The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
SVLSGKKADELEKIRLRPGGKKKYMLKHVVWAANELDRFGLAESLLENKEGCQKILSVLAPLVPTGSENLKSLYNTVCVIWCIHAEEKVKHTEEAKQIVQRHLVVETGTAETMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of SIV matrix antigen and implications for virus assembly.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GAG POLYPROTEIN
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| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Simian immunodeficiency virus
|
| total genus |
38
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2000-01-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2N1R A; 2H3V A; 2GOL A; 2H3Z A; 2H3F A; 2HMX A; 2K4H A; 1ED1 A; 4IC9 A; 2JMG A; 1TAM A; 4JMU A; 1ECW A; 2LYB A; 1HIW A; 2H3Q A; 1UPH A; 1A6S A; 2K4I A; 1HEK A; 2K4E A; 2LYA A; 2H3I A; 4ICA A; 2NV3 A; 1L6N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MGH A; 3C2K A; 3NTU A; 2K4P A; 1ZQ1 C; 3LK9 A; 2KIW A; 5J0Y A; 3BQ1 A; 4DL3 A; 2AH5 A; 2ESE A; 1KW4 A; 1ECW A; 5J2D A; 3TAP A; 5AIB A; 2WTF A; 5DKW A; 2AQ0 A; 1VLB A; 1D8Y A; 3TAN A; 1NK8 A; 1N5X A; 3QU2 A; 1C7Y A; 1ZQJ A; 1XU4 A; 4AP9 A; 5EWF A; 1PVR A; 5J2G A; 4RT3 A; 1UA1 A; 3V6H A; 4I28 A; 4GC7 A; 4NV0 A; 5D49 A; 3GU3 A; 3RJJ A; 8ICL A; 4DCC A; 3TFR A; 2UVW A; 4UB3 A; 3SI8 A; 2FPM A; 2IOH A; 4Z6F A; 5DQG A; 5H2F U; 8ICC A; 5CJ7 A; 4KMO B; 1K5O A; 3QZ8 A; 4C7Z A; 2KG5 A; 5KT7 A; 5KL1 B; 3HKZ C; 4F5Q A; 2GO7 A; 4EZ9 A; 5A0L A; 5J0Q A; 1UHU A; 5J2A A; 3GQC A; 4B9N A; 3WK7 A; 3PVX A; 1BPD A; 2MU2 A; 1TFR A; 4UBC A; 2WAQ F; 2XID A; 3TAR A; 1ZRN A; 5ALW A; 1TK8 A; 2K4I A; 4NLZ A; 4ELU A; 4DL5 A; 2HSZ A; 1MC8 A; 1NJX A; 4EYI B; 3HRD D; 1SV0 A; 2FMQ A; 2BHN A; 2MRL A; 4QWD A; 2JMG A; 3GIL A; 3WK9 A; 4C8N A; 3SAF A; 3H4B A; 3H8W A; 4Y2V A; 4MF2 A; 2KEY A; 1N62 A; 3RBD A; 3BQ0 A; 8ICU A; 5J0P A; 5AIC A; 1L3V A; 2LM1 A; 2LYA A; 2R8J A; 4QWB A; 1N48 A; 2CPR A; 2AQ4 A; 5IIK A; 5FP0 A; 1ZQG A; 9ICG A; 2V4R A; 4Y2Y A; 3D2S A; 2C2R A; 4Y2S A; 3WK6 A; 1RZT A; 1JXL A; 4GIB A; 4QNL A; 3ZDB A; 1FFV A; 3QYP A; 2WB1 F; 3C21 A; 2W54 A; 3KHR A; 2GLE A; 3BQ2 A; 2XY5 A; 1D8B A; 1TV9 A; 4YP3 A; 4EEY A; 3RB6 A; 1ZQR A; 2RDJ A; 1X9X A; 1NNL A; 2JHD A; 1NK6 A; 5KFO A; 3RJG A; 2P35 A; 1NZP A; 4FZM A; 4YMN A; 3QXG A; 3JPQ A; 4JWN A; 1YZ7 A; 3FM9 A; 2A3V A; 3QUQ A; 2W9M A; 2H5X A; 1L8L A; 2HOF A; 4Z6E A; 3K4G A; 2YX8 A; 2N1R A; 9ICX A; 4UAW A; 2H3F A; 2YB1 A; 3OJS A; 4J9O A; 5KFT A; 1FO4 A; 3H8J A; 1SWW A; 1NZB A; 4QZH A; 1NK9 A; 1MQ2 A; 1U47 A; 5L1K A; 4P0P B; 5J2I A; 4FBU A; 4OJO A; 1DRG A; 3MDA A; 4RZR A; 1S5L U; 5ALV A; 1XO1 A; 3SEN A; 1Q3U A; 4B9L A; 4LJX A; 3RTV A; 5KG6 A; 4PZN A; 4A8E A; 1QCK A; 3SD7 A; 4ECT A; 2XVT A; 4I2A A; 3THV A; 3WKE A; 1RQL A; 4IR1 A; 2A1J B; 2BR0 A; 4PZO A; 1L7N A; 1RDF A; 1U9L A; 4TQS A; 4R65 A; 4QWC A; 3PSI A; 1N61 A; 1WCN A; 2YMM A; 3T3F A; 3RB3 A; 4IC9 A; 5AKE A; 5CEH A; 1SZH A; 5HHI A; 5KG5 A; 1Z4N A; 9ICW A; 2JEJ A; 4RPX A; 3KZI U; 2JR5 A; 1CEZ A; 1IM4 A; 5IIN A; 4MFF A; 2EAN A; 4YN4 A; 1COK A; 1BPB A; 4F5R A; 3GV5 B; 2C2D A; 4UAU A; 1SXE A; 1RYR A; 7ICR A; 5JUM A; 4CF4 A; 4BXO B; 4AYB C; 2E8P A; 3F5E A; 5KFL A; 1QQ6 A; 5DG8 A; 2F44 A; 1KTQ A; 2WF8 A; 4ED8 A; 4C4S A; 8ICH A; 3GV7 B; 4M9H A; 1UPH A; 3E0F A; 1UA0 A; 4ECQ A; 1LV5 A; 2H3I A; 3NAS A; 4DF4 A; 4DL6 A; 2IOF K; 4KLG A; 5AI0 A; 3M6K A; 2HHV A; 9ICU A; 4UW9 A; 2VIX A; 3NRZ A; 4GFJ A; 4DLG A; 3D2N A; 7ICT A; 3WU2 U; 3PSP A; 2FPK A; 3JPT A; 5DB7 A; 2KKP A; 2WF6 A; 4QZI A; 4DQS A; 2W04 A; 4F5N A; 2XI9 A; 1QSS A; 2YB4 A; 4LZG A; 1V97 A; 2FLP A; 3V7K A; 4CNQ A; 4JB3 A; 2Y1I A; 3HX0 A; 4M04 A; 5DLF A; 1S77 D; 1KFD A; 1RPL A; 4I2C A; 4FO6 A; 4NLB A; 5J2K A; 5G5H A; 2IOF A; 1KSP A; 3B0X A; 2CN1 A; 3PW7 A; 2KK0 A; 2XO7 A; 2W3S A; 3PX4 A; 1RYU A; 3MC1 A; 3UMB A; 5HHH A; 8ICP A; 1JAL A; 2HI0 A; 4F4W A; 2DKZ A; 4P0P A; 4Q43 A; 4OJ5 A; 1ZQZ A; 2J6S A; 3HP6 A; 1PUZ A; 3IN5 A; 5CA7 A; 8ICN A; 2ASD A; 2HBJ A; 1VDV A; 5AI4 A; 5AI8 A; 2G5H B; 5KFM A; 5IIL A; 2EH9 A; 2IHN A; 3TI0 A; 3QU4 A; 5KNI A; 2Q4T A; 5ALZ A; 2I5H A; 2LYH A; 4UB4 A; 2JEF A; 3KKA C; 3IG8 A; 2MUT B; 4ELV A; 1NJY A; 2UVV A; 3AQF A; 2FLN A; 5JRT A; 5CB1 A; 1PVQ A; 1J97 A; 1QQ5 A; 2NO4 A; 2BPG A; 3ONN A; 2W9B B; 3VC8 A; 3M8R A; 5DG9 A; 1HEK A; 4RQ7 A; 5AKY A; 2JXJ A; 4KLO A; 4B9T A; 1JI7 A; 4TUR A; 4NLC A; 3KOO A; 2NRT A; 1H38 A; 2FLL A; 3WK5 A; 3UM9 A; 1ZQY A; 4CRX A; 3FC4 A; 1VJ5 A; 4PPX A; 4IL6 U; 5DBA A; 2ISO A; 8ICT A; 4F71 A; 3SEI A; 4BXO A; 1D8L A; 5J8Y C; 3RR7 A; 2BQU A; 8ICZ A; 3NVY A; 3IV6 A; 4KIT B; 4JUZ A; 2PXI A; 9ICO A; 2F76 X; 3KFU F; 4NXZ A; 5III A; 2I6X A; 3ISD A; 1EXN A; 2QB1 A; 1BPX A; 2VAN A; 4C8M A; 4DFP A; 3MGV A; 3H7I A; 3F53 A; 4FE3 A; 1U4B A; 3EW9 A; 3UMG A; 4LVS A; 1ZQP A; 3NVZ A; 1X42 A; 2HHT A; 2VKQ A; 1UQV A; 4NL9 C; 5L1M A; 4UAZ A; 4M6W B; 4B9V A; 3NRW A; 5HR7 A; 1S10 A; 1X2I A; 2HHS A; 4BUG A; 4B9S A; 7ICU A; 5J29 A; 2BCU A; 4O3R A; 5DB8 A; 1T3N A; 2OWO A; 4EX7 A; 2ZXI A; 8ICW A; 3EWA A; 3OSN A; 2KZM A; 2BQR A; 3HW8 A; 4PHP A; 2YTU A; 5D4B A; 1A0P A; 3QU7 A; 2WF5 A; 3TAC B; 5BOL A; 1F44 A; 1Q8K A; 3MGI A; 3AUO A; 4F91 B; 4NM1 A; 4YFK A; 4QIW F; 5JTI A; 4F72 A; 1WWV A; 4C7Y A; 4DSI A; 4Q45 A; 1SZP A; 5KFQ A; 1L5U A; 2QKQ A; 4F93 B; 4PH5 A; 2KNJ A; 2EQY A; 3A0H U; 2HHQ A; 5KG4 A; 4G3I A; 2A19 A; 2MUT A; 3RJK A; 1JX4 A; 1UCV A; 5AI5 A; 4GC6 A; 4E0D A; 4CDG A; 2MSN A; 3GII A; 4C8K A; 2YQE A; 3WKC A; 8ICI A; 2KZZ A; 3QEA Z; 3BJY A; 4P0Q B; 3IHQ B; 4MEY A; 2XC9 A; 4XRH A; 2JZB A; 1A76 A; 1S0N A; 2F3N A; 4O3S A; 3T5K A; 4C8O A; 3OSP A; 9ICF A; 2KTQ A; 4UB6 U; 1BGX T; 5KAI U; 3N4M B; 2ZJA A; 3KD3 A; 3C5G A; 3RRG A; 2XY6 A; 4EBE A; 1Z4O A; 1KFS A; 2P66 A; 4I2H A; 4P4M A; 4DQI A; 4O9M A; 3MAB A; 3AU2 A; 3TQ1 A; 2IBK A; 1ZD2 P; 3PW0 A; 3RFA A; 2H3Q A; 3F2C A; 2VJ4 A; 2LPE A; 7ICH A; 2VA8 A; 5DGB A; 4OJP A; 4KLE A; 2ZUB A; 3KHH A; 5KFS A; 2HCF A; 4DQP A; 4FZN A; 3BDP A; 3RRH A; 4J9P A; 4I2F A; 1WWU A; 1YT3 A; 4I2G A; 3PSF A; 5ALK A; 5KFV A; 4YR3 A; 3M9N B; 1ZYQ A; 3RB0 A; 2KSO A; 7ICI A; 2E8O A; 4DSE A; 1V85 A; 1X6J A; 2NRW A; 4MHV A; 2M9N A; 3QNM A; 4ECW A; 3EPG A; 1S0O A; 4QZ9 A; 5KFZ A; 3U26 A; 1RXV A; 2JV3 A; 2EAO A; 4DFD A; 5IIJ A; 5J0O A; 2KMD A; 4KLI A; 4Y2P A; 2EZZ A; 3MR6 A; 3IG5 A; 4UAY A; 1ZQC A; 5J2H A; 2A1A A; 4M6W A; 5HP4 A; 2R8G A; 1T3Q A; 7ICP A; 3C23 A; 4PL1 A; 5AK5 A; 1SV0 C; 2Z7J A; 1NK0 A; 5L1I A; 4JK1 A; 2JH1 A; 4FS2 A; 4KLJ A; 4YD2 A; 4ECR A; 5KFN A; 2EDU A; 5AK4 A; 4OCZ A; 4RNM A; 4ED7 A; 5L9X A; 3NVV A; 3I1Y A; 2E1F A; 3AL0 B; 1L7O A; 1ZD3 A; 5EOZ A; 5DQH A; 4EEK A; 1L3T A; 4M0A A; 4I2J A; 4RQ3 A; 5AKG A; 7ICS A; 2HHW A; 3FDS A; 2BDU A; 2WAQ C; 5KFK A; 1MQ3 A; 3HIL A; 1MN8 A; 5EWE A; 4R63 A; 3G6V A; 2P6R A; 1WCL A; 3RJI A; 9ICN A; 1KDH A; 5AKL A; 2F1H A; 1DXS A; 7ICE A; 4QZF A; 7ICM A; 5ALU A; 1ZQB A; 2CXY A; 2E8N A; 1SKW A; 1ARO P; 3L4P A; 5KFD A; 2EZY A; 4M9G A; 3GIJ A; 2F8K A; 5KFY A; 4ED6 A; 2KZ3 A; 4PGQ A; 4R8U B; 4YR0 A; 1QSY A; 1N5W A; 5KFF A; 1QLN A; 3AU6 A; 4Z6D A; 5DBC A; 2XIC A; 4P0Q A; 1TAU A; 1J2N A; 2ZXH A; 2C28 A; 4MEX A; 9ICP A; 4R64 A; 2VJ5 A; 4XA5 A; 1AQ6 A; 5J0U A; 5K4L A; 4UQG A; 3WKA A; 2R8H A; 4UB8 U; 3V72 A; 3Q8R B; 3OHB A; 3RAQ A; 1ZQN A; 5AK3 A; 5F3X B; 2WB1 C; 2FMP A; 2BGW A; 9ICM A; 3LVW A; 3SAG A; 2ZIX B; 4O3M A; 1ZQL A; 4YD1 A; 2PMZ F; 1KQQ A; 1ZQS A; 5HNK A; 2GWS A; 3KTQ A; 4UB5 A; 1ZET A; 3CNH A; 1ZQA A; 3G6Y A; 2KHV A; 4UBB A; 2KE7 A; 4J9R A; 5AI9 A; 4TUS A; 4F5O A; 3D6J A; 2MAX A; 1CUK A; 5J0T A; 3PR5 B; 2FDR A; 2R8K A; 2Y0S F; 3F5A A; 4F4Z A; 4I2D A; 4IQU A; 2W8L A; 4I27 A; 2JH7 A; 3TKA A; 8ICM A; 1B4F A; 3ED5 A; 1NKE A; 1XWL A; 4O3N A; 1SL0 A; 1NKC A; 3PW2 A; 5KT3 A; 1Z1B A; 3CRX A; 4YMO A; 5AM1 A; 3PNC A; 4TQR A; 1MA7 A; 3F2D A; 4O5K A; 4KLM A; 7ICF A; 2JGA A; 5KG0 A; 2ZIW B; 2PI4 A; 3T5L A; 1S9F A; 4F5P A; 2ATL A; 3EYZ A; 1WUD A; 5KG3 A; 2R8I A; 5EE9 A; 4IQV A; 3JPR A; 1IG6 A; 5C5J A; 5J2J A; 5ALY A; 3C1Z A; 5KFG A; 2B0C A; 3K75 D; 4RT2 A; 5F9L A; 1P7D A; 4C80 A; 3PW4 A; 3ZD9 A; 3Q8Q B; 3LVV A; 8ICY A; 1XSN A; 5AKK A; 2JEI A; 2G5I B; 2BCV A; 4Y2T A; 2KHQ A; 1NI3 A; 5ALF A; 4UAS A; 4ECY A; 2V4Q A; 2BCS A; 4CGZ A; 1S0M A; 5B66 U; 3Q8M A; 5KFW A; 4YXJ A; 4BWJ A; 5CRX A; 1TK5 A; 3TFS A; 3JPO A; 3OHA A; 2DBY A; 2KVC A; 4R8U A; 2LKY A; 4XQ8 A; 4US9 A; 3KHG A; 2J6U A; 1N60 A; 2ZIU B; 1NK5 A; 3V7J A; 3QZ7 A; 1UT5 A; 5ALD A; 5HR6 A; 4NJ8 A; 2F2A B; 5E79 U; 3SZ2 A; 5ALH A; 3IDW A; 1CI4 A; 4I2I A; 1XSL A; 2BQ3 A; 1N56 A; 1SWV A; 4DQQ A; 2FE9 A; 1KLN A; 1C20 A; 1ZQQ A; 1A6S A; 1X6I A; 4F4X A; 1ZJN A; 5BOM A; 5J2C A; 5ALQ A; 1XS9 D; 2DKX A; 5J2B A; 4XUS A; 5B5E U; 4NY8 A; 3RR8 A; 2LHT A; 4M9N A; 1HUO A; 5KG7 A; 1XSP A; 1ZQW A; 9ICA A; 1ZQF A; 2Y1J A; 1L3U A; 5J0S A; 1NOM A; 3SV3 A; 3AMZ A; 4EZ6 A; 1ZRM A; 4J9L A; 4HYK A; 4DO9 A; 4PGY A; 4MFC A; 3S6J A; 4DL7 A; 4YVZ A; 3LYS A; 3BS5 B; 3ZDE A; 3ICX A; 4IRK A; 2HVI A; 4OJL A; 2JEG A; 9ICQ A; 2ZJ8 A; 4ACO A; 3RAX A; 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2ASL A; 4B9M A; 3SQI A; 3M1Y A; 4I2B A; 2W55 A; 5AKJ A; 3I76 A; 2EAM A; 8ICJ A; 8ICK A; 1Z19 A; 2QAR B; 1N63 A; 2Q0Z X; 5KG1 A; 4US8 A; 1TAM A; 1ZQE A; 5ALL A; 4BJQ A; 1ZXI A; 2ASJ A; 1RM6 C; 2KIC A; 4NLK A; 1T94 A; 3CP8 A; 4RQ4 A; 3QEB Z; 3QE9 Y; 1D9D A; 3BS7 A; 1KBU A; 2M0N A; 3FYH A; 8ICX A; 5KG2 A; 2O6K A; 2RP5 A; 3V6J A; 2FJ6 A; 4KLH A; 4Q8E A; 3GFK B; 1ZD4 A; 5AKZ A; 2OYY A; 4QIW C; 3Q8L A; 5KFP A; 4OD0 A; 5AKH A; 3UMC A; 1X40 A; 2KD1 A; 3RH6 A; 1LVH A; 3I28 A; 1ZJM A; 4BWM A; 2J6T A; 4UB2 A; 1SXD A; 4J9K A; 3MR3 A; 4I29 A; 4NLG A; 1HJP A; 1ZQH A; 2AHO B; 3AM9 A; 3KHL A; 2W9B A; 4YR2 A; 1IXR A; 4TUQ A; 5AM0 A; 3OPX A; 1O08 A; 4QWA A; 4EBC A; 4DS4 A; 9ICH A; 3SYZ A; 3J81 j; 2QLT A; 2D3D A; 2ZTD A; 2KKV A; 2RRD A; 5L1J A; 2DWQ A; 1BPE A; 5ALE A; 7ICK A; 1TE2 A; 3KBB A; 8ICV A; 2RDI A; 2L5Y A; 1ZQO A; 2AXT U; 7ICN A; 2AGQ A; 1SKS A; 3R9K A; 8ICQ A; 1KRP A; 1WYG A; 3C29 A; 4IRC A; 5BPC A; 2VA2 A; 3MR2 A; 4O0I A; 4ED1 A; 3UXN A; 1UT8 A; 3LDA A; 2XCA A; 2BDP A; 2ZTC A; 4U6P A; 4QZD A; 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