The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
GEKITKVYELGNEPERKLWVDRYLTFMEERGSPVSSLPAVGKKPLDLFRLYVCVKEIGGLAQVNKNKKWRELATNLNVGTSSSAASSLKKQYIQYLFAFECKIERGEEPPPEVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
BAF250b subunit
|
| publication title |
Crystal structure of the hBAF250b AT-rich interaction domain (ARID)
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Dna binding protein
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| total genus |
35
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-07-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RYU A; 2LI6 A; 1KKX A; 5CEH A; 1C20 A; 4LJX A; 2OEH A; 2CXY A; 2YQE A; 2EQY A; 2LM1 A; 2JRZ A; 2KK0 A; 5K4L A; 1KQQ A; 1KN5 A; 1IG6 A; 2RQ5 A; 2JXJ A; 2EH9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2C28 A; 3B0Y A; 2JH7 A; 5IIO A; 1YZ7 A; 4TUR A; 4M47 A; 3QUB A; 1UPH A; 4JMU A; 2XCP A; 2NO5 A; 1TK0 A; 2KFN A; 5KFG A; 4O5C A; 2R8H A; 2KIC A; 4KLT A; 4CE6 A; 4O0I A; 4KLI A; 2RDJ A; 1QLN A; 3FC4 A; 4GXK A; 3PX0 A; 5KFM A; 3UXP A; 3M1Y A; 8ICO A; 4OCZ A; 5AKE A; 3KHG A; 2B0C A; 2JH1 A; 8ICR A; 1N2X A; 3OTQ A; 3AN1 A; 5ALX A; 3KFU F; 2QB0 B; 4Y2Q A; 3H8W A; 4O3R A; 3GQC A; 5K4L A; 5CRX A; 3GV8 B; 2RDI A; 5KAI U; 5EE0 A; 1QCK A; 2W9B A; 7ICH A; 2R8G A; 3C23 A; 4F93 B; 4TUS A; 1J2M A; 5GTI U; 2G08 A; 1X9W A; 4CRX A; 3KZI U; 3RB3 A; 1PZN A; 1SKS A; 1BPB A; 2XIC A; 3H8M A; 3SEI A; 5FP0 A; 5CR0 A; 1Z19 A; 4UAU A; 2KOB A; 8ICB A; 2Y1I A; 5KFE A; 2FLN A; 4TUP A; 3RJE A; 1UCV A; 1QSS A; 4IR1 A; 1Z00 B; 5AI4 A; 2G5H B; 1LKY A; 5BPC A; 1F0M A; 1RPL A; 4OJP A; 4EEY A; 4KLL A; 4RQ4 A; 5ALF A; 1X2I A; 9ICT A; 4O3Q A; 4NLZ A; 4P0Q A; 4Q43 A; 1NJX A; 1ZQW A; 2ESE A; 3M6Z A; 3TAP A; 2FPK A; 3MR2 A; 2ZIV B; 4KLD A; 4ELV A; 1ZD3 A; 2G0A A; 1YZ6 A; 5J2G A; 3IHQ B; 4ICA A; 3C5G A; 4F5Q A; 4DS5 A; 1B4F A; 1J97 A; 4IQT A; 5J0T A; 8ICI A; 2XCA A; 4QWE A; 3PVX A; 4B9U A; 4MEX A; 2Y9U A; 1U45 A; 3C2M A; 3R9K A; 3QX7 A; 4RT2 A; 5DB8 A; 2KSO A; 2W3R A; 5CHG A; 1ZJN A; 2H3I A; 2G09 A; 4P4O A; 3RB6 A; 1UHU A; 4XQ8 A; 4F91 B; 2DWQ A; 4Z6D A; 8ICX A; 2PFO A; 4B9N A; 5DBC A; 1BPX A; 1KW4 A; 5AI8 A; 1JXE A; 3KTQ A; 2O6K A; 5KT3 A; 4I2I A; 3NRZ A; 4DQS A; 3ORY A; 4YXM A; 7ICR A; 4DSE A; 2HOQ A; 3GZF A; 1N56 A; 3T5K A; 1KFD A; 4ECQ A; 4KLJ A; 3PW7 A; 4UB8 U; 3BQT A; 3I28 A; 5AKK A; 4GIB A; 4DFD A; 4Y2R A; 1XSL A; 3PSF A; 4RPZ A; 5KFT A; 4US8 A; 3LDA A; 1KKX A; 4DS4 A; 4M04 A; 3OJS A; 1N60 A; 2EZY A; 3K4G A; 5AK6 A; 4PHD A; 2ZG6 A; 4YMM A; 2HBJ A; 3H0L B; 4ECT A; 2LBO A; 4NM2 A; 3C2K A; 2EAM A; 3NVW A; 4C8N A; 1TV9 A; 1VLB A; 2BPG A; 2IBK A; 4I2E A; 1QSY A; 5CB1 A; 1LB2 B; 9ICM A; 1ZQJ A; 5ALT A; 1KDH A; 4F5N A; 1U47 A; 1S0O A; 2F77 X; 3QU9 A; 4DSI A; 3M9M B; 2BR0 A; 4ECZ A; 3UMG A; 3HW8 A; 5AKG A; 2I6X A; 2MUT B; 3KD3 A; 3H0R B; 3QXG A; 1V97 A; 4C80 A; 3T5L A; 1ZQI A; 1LVH A; 2Y9T A; 5HR7 A; 5KL8 B; 1NK5 A; 2J6S A; 5J8Y C; 2BPC A; 2AJQ A; 1Y88 A; 4UB6 U; 5DQG A; 4EX7 A; 2HHQ A; 4CF4 A; 5G5G A; 1N61 A; 2DKZ A; 2FMS A; 2UVU A; 3BS5 A; 2GO7 A; 2W9C B; 3V7J A; 4JV2 A; 2RP5 A; 3OPX A; 3QUT A; 1RZT A; 1XO1 A; 2EDU A; 3ALR A; 4DOA A; 4R8U A; 5J2H A; 3SAF A; 4NLG A; 4P4P A; 3Q8L A; 2CRX A; 2RLT A; 1UQV A; 4J9K A; 1PK1 B; 9ICU A; 2WAQ C; 3QU7 A; 5L1M A; 2E8N A; 3AU6 A; 4RNN A; 1TK5 A; 2PMZ F; 4HYK A; 1ZOL A; 5ALL A; 2OWO A; 5J0Q A; 4IRC A; 3UMB A; 4IC9 A; 1SV0 A; 3L5K A; 1RXV A; 1QSL A; 2ZIW B; 4CDG A; 4RQ0 A; 4Z6C A; 9ICK A; 1RQN A; 4AYB C; 3SV3 A; 5J0X A; 3M8R A; 1XNS A; 3PSP A; 2UVR A; 2LPE A; 2HDO A; 4UAS A; 3RBD A; 3Q8P B; 1TVA A; 2A1J A; 1F5S A; 2KVS A; 3WU2 U; 4UAV A; 5J29 A; 1XSP A; 5KG1 A; 1S10 A; 1BPE A; 4DLE A; 5KFY A; 4F5R A; 5ALG A; 4JV1 A; 2R8K A; 1L7O A; 4PZN A; 4USA A; 7ICQ A; 3HJE A; 2ZTD A; 1K1S A; 8ICT A; 5AI0 A; 4QIW F; 5ALU A; 4DQQ A; 8ICK A; 2KEY A; 4RPY A; 3PR4 A; 2W9M A; 2B21 A; 1PVP A; 2W3S A; 3LWL A; 3QUQ A; 2KTQ A; 3RH5 A; 5DDY A; 3O0F A; 3JPQ A; 3LWM A; 4DQP A; 2KE7 A; 4QWB A; 3MR3 A; 3NVZ A; 2GWS A; 2E3T A; 1A76 A; 4JB3 A; 4YG2 A; 4KLE A; 1NK8 A; 4YN4 A; 1XS9 D; 3QZ7 A; 3NGD A; 2AQ4 A; 4J03 A; 5ALS A; 4R66 A; 1X9M A; 1U9L A; 2KP7 A; 2KJ9 A; 3I76 A; 4R64 A; 1QQ5 A; 3SI8 A; 1OUQ A; 3UQ2 A; 4KLO A; 3DDH A; 2K4I A; 4US9 A; 3M8S A; 1BPD A; 4BGD A; 3WKD A; 2AQ0 A; 4IQW A; 1S97 A; 1VJ5 A; 5L1K A; 4EZ9 A; 2ZUD A; 4ED0 A; 4QNL A; 4YD2 A; 4ECR A; 2AH5 A; 8ICP A; 1SKW A; 4QZ9 A; 4RQM A; 1PVR A; 2WF8 A; 2Y0S C; 2MRL A; 4Y2J A; 3SZ2 A; 1ZQS A; 1UT8 A; 2NV3 A; 3F2C A; 4O5E A; 4QZA A; 1IV8 A; 3GDX A; 8ICJ A; 2R18 A; 5B66 U; 2KNJ A; 4Y2U A; 3MR6 A; 5AIC A; 9ICL A; 5DLF A; 1ZQM A; 5HNK A; 5HMM A; 5KFQ A; 4QZI A; 1L7P A; 3Q8K A; 3LVW A; 3H4B A; 4AP9 A; 5CJ7 A; 2KZM A; 5KNI A; 4DF4 A; 3PX4 A; 4KMO B; 5DBA A; 3RJF A; 4RQ2 A; 1NZB A; 2EZZ A; 2JMG A; 2LYA A; 2IOH A; 3KOO A; 4DFK A; 8ICG A; 3PX6 A; 2H3Z A; 1ZQN A; 1UA0 A; 2WF9 A; 1ZD5 A; 1Z4N A; 5KFP A; 2NRZ A; 1X6J A; 5AHX A; 4FBT A; 3ZD8 A; 3SEN A; 1ZQB A; 4I2C A; 4UAR A; 4GXI A; 4DL7 A; 4F71 A; 3UPQ A; 3C1Y A; 4DCC A; 1KSP A; 4QWD A; 4EBC A; 1IIP A; 3MGI A; 4M9H A; 2Y1J A; 1NZP A; 3PY8 A; 9ICA A; 2QB0 A; 4DL4 A; 5KFW A; 4I2A A; 2GH1 A; 1JAL A; 4F72 A; 3FM9 A; 1CI4 A; 5KT2 A; 2VIX A; 1QQ7 A; 2KHV A; 3ED5 A; 2DF4 B; 2QAR B; 2HHX A; 1NJW A; 4J9Q A; 4MFF A; 1ZQZ A; 1NK9 A; 2XY7 A; 5AKX A; 2PXI A; 3TAR A; 2P6U A; 1T3Q A; 2ZXH A; 2ZTC A; 2XGQ A; 3KHR A; 4ECS A; 1URJ A; 1VDV A; 1DXS A; 4Y2T A; 2AGO A; 3WKC A; 2JZB A; 2PI5 A; 4CGZ A; 7ICM A; 4KLS A; 1MQ3 A; 5J2E A; 1KBU A; 1T7P A; 2YMM A; 2MA1 A; 5J0U A; 2NRX A; 4RPX A; 4K4H A; 2YY6 A; 1XU4 A; 3H4D A; 1Z00 A; 1S77 D; 2WHE A; 3V6H A; 2W7P A; 1SL1 A; 1GO3 F; 3UQ0 A; 2DBY A; 2WF6 A; 1PK3 A; 1L3S A; 2KD1 A; 5KFB A; 4KX3 A; 2WFA A; 5DG9 A; 1L3T A; 1ZQV A; 3PO4 A; 3CYM A; 4ED1 A; 5DGA A; 3WK9 A; 9ICO A; 2NO4 A; 3D2Q A; 1S9F A; 3EYZ A; 5F3X B; 2W8K A; 4NY8 A; 5DB6 A; 3IG8 A; 1A77 A; 1Z3E B; 5L1J A; 3CW2 C; 4JWM A; 3U26 A; 3HP6 A; 4DOB A; 4RNM A; 3PO5 A; 3F5A A; 5AI9 A; 3V72 A; 3HT3 A; 1UA1 A; 5KT4 A; 1S5L U; 4YFK A; 5EE9 A; 4B6J A; 1WUD A; 5C0Y A; 1TKD A; 4F4K A; 1L3U A; 3V6J A; 1OW5 A; 3H40 A; 1L5U A; 2BQR A; 2YB1 A; 1ZQR A; 4FBU A; 4F4W A; 7ICN A; 2DPI A; 3LK9 A; 5B5E U; 5J2A A; 2PMZ C; 4KLQ A; 3SMV A; 1T4G A; 4CF5 A; 4Y2X A; 3C29 A; 2P66 A; 2DQN B; 1JIH A; 5BOL A; 2I9G A; 4U6P A; 2EH9 A; 3BQ0 A; 2H3V A; 1BNO A; 2JR5 A; 3TAD C; 4KLU A; 3J81 j; 4OJ6 A; 5ALY A; 1UT5 A; 1KLN A; 4C8M A; 1H38 A; 5KL1 B; 1WCN A; 3TAQ A; 3LVV A; 2EAP A; 2OH2 A; 4C8L A; 4EEK A; 4QWA A; 3MGH A; 2HHU A; 3D2N A; 2H3F A; 2LYB A; 2WF5 A; 7ICU A; 1RYU A; 1AQ6 A; 2G06 A; 4DOC A; 4YQW A; 4ECX A; 4PH5 A; 3EUB 2; 4PGY A; 2IHM A; 1X40 A; 1SWW A; 3HKZ F; 2A1A A; 3BJY A; 1KQQ A; 3FDS A; 4ED6 A; 5J2F A; 3AUO A; 5DB9 A; 3KKA A; 4E0D A; 5ALK A; 7ICL A; 4EZ6 A; 4PPX A; 1JRP A; 4ECW A; 3F5E A; 1TAQ A; 2DKX A; 1D9D A; 5J2K A; 4RQ8 A; 2QKQ A; 3NTU A; 3V7L A; 3Q8Q B; 1BPY A; 1D8B A; 2DFL A; 2HBK A; 4DFM A; 2LYH A; 2B6G A; 2AGQ A; 1S0M A; 1S8O A; 3WK4 A; 4C4R A; 2W11 A; 3KBB A; 2VAN A; 3ZDE A; 4CCH A; 1A0P A; 5ALO A; 3ISB A; 2BCQ A; 5CA7 A; 9ICH A; 5HHI A; 1Z1V A; 4LJX A; 2MUT A; 3SAH A; 4K4I A; 5ALQ A; 3RB0 A; 1RM6 C; 1NKB A; 5H2F U; 5AI5 A; 4ED7 A; 2DUY A; 4ED3 A; 1NNL A; 8ICQ A; 4DFJ A; 2F3N A; 4YP3 A; 4QWC A; 2FE9 A; 1KRP A; 4YMO A; 3JPP A; 1N48 A; 5J2C A; 2Z7J A; 4GLX A; 3IDW A; 2C2R A; 1PK1 A; 5A0L A; 4FO6 A; 3RH6 A; 3HWT A; 3UXN A; 2KV2 A; 4DL5 A; 5KFS A; 1FFV A; 3Q8R B; 3PST A; 4DSL A; 4XRH A; 5F9L A; 2ZIW A; 3BQ7 A; 5AM1 A; 2FDR A; 4Q8F A; 1ZQU A; 4I28 A; 1V9P A; 2F1I A; 4PL2 A; 5KG7 A; 4A8E A; 2JEF A; 2RQ5 A; 3EPG A; 5KFL A; 4BWM A; 4YMN A; 4QZB A; 4RQ1 A; 4RNO A; 1DK2 A; 4Y2S A; 4M0A A; 3MFH A; 3OGU A; 2VJ4 A; 2HHS A; 5KG0 A; 4B9L A; 4C0Z A; 2CN1 A; 2J6U A; 2PKE A; 4ECU A; 2XC9 A; 1Q3V A; 4XUS A; 3QU4 A; 4FS2 A; 1NK7 A; 3H8J A; 2BKE A; 4O3O A; 4QZF A; 3A0H U; 5KT7 A; 3G6Y A; 1M6Y A; 9ICV A; 2AU0 A; 1ZQE A; 1L7M A; 1BVS A; 2K4P A; 3JPS A; 3MDA A; 2V9W A; 3MAB A; 1RYR A; 5KFU A; 3DV9 A; 4J9R A; 5HHH A; 4DFP A; 4BUG A; 4C4S A; 1YT3 A; 1S76 D; 3IM1 A; 4J9P A; 5AM5 A; 4ELT A; 5AI6 A; 4KIT B; 4J9N A; 2D8C A; 4JV0 A; 1COO A; 2KSO B; 1D8L A; 4ZOH C; 2DL0 A; 2KK0 A; 3WKA A; 1KN5 A; 9ICS A; 2AHO B; 3AL0 B; 1SXE A; 1WCL A; 4CNQ A; 4RT3 A; 3OHB A; 3BZC A; 5CEH A; 1ZQA A; 1K1Q A; 3M9N B; 2FPL A; 3QE9 Y; 4OJO A; 2ASJ A; 2YQE A; 4P4M A; 2UVV A; 2JRZ A; 3N7P D; 2IA6 A; 2FLP A; 2WF7 A; 1WWV A; 1ZQ1 C; 4IQU A; 2KKP A; 5ALZ A; 4YR3 A; 5KT5 A; 3RBE A; 8ICV A; 1LV5 A; 4DQI A; 3QU5 A; 2L5Y A; 4NV0 A; 2XY5 A; 2ISP A; 2HVI A; 1JI7 A; 2YB4 A; 1X9X A; 2HI0 A; 5KFA A; 4LZG A; 3KHL A; 4Y2Y A; 1FIQ A; 2E8P A; 4FZM A; 8ICH A; 4GC6 A; 1Z1B A; 2ZUB A; 3FAH A; 4MFC A; 5J0S A; 5TZV A; 4RQ6 A; 2EAN A; 4LZD A; 3PW2 A; 4DLG A; 2ASL A; 2F2A B; 3B0X A; 9ICJ A; 5ALP A; 2JV3 A; 4YCX A; 3GIK A; 3EWA A; 7ICV A; 1XWL A; 3RAX A; 2BCV A; 4F8R A; 3NUQ A; 3N28 A; 3E0F A; 4YR0 A; 4UAT A; 4G3I A; 2YTU A; 5AKH A; 2CPR A; 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5J0P A; 4OO1 J; 5BOM A; 4BXO B; 3AM9 A; 3MR5 A; 3UXO A; 4J9L A; 1TK8 A; 9ICC A; 2W03 A; 3SD7 A; 3RJK A; 2M0N A; 3IP4 B; 3K1Z A; 4IL6 U; 5KFR A; 4I2F A; 3MFI A; 5ALR A; 5EWE A; 4BDP A; 5D46 A; 3N4M B; 2HMX A; 4HAI A; 4FZL A; 5ALW A; 3Q8M A; 4BJQ A; 3TI0 A; 3RJH A; 5KG5 A; 2JEJ A; 4QZE A; 1JRO A; 4MEY A; 2HBL A; 2ZIX B; 3VC8 A; 2HSZ A; 1ZQT A; 1B0X A; 1KFS A; 8ICA A; 2HOF A; 2E5S A; 1WG8 A; 9ICF A; 9ICN A; 1X6I A; 2IMW P; 4O3P A; 2K60 A; 5AK5 A; 1PVQ A; 4NM1 A; 2JEG A; 4BWJ A; 2CXY A; 3EZ5 A; 5KFC A; 5EWF A; 5KFD A; 5D4B A; 2LHT A; 9ICX A; 4DSK A; 3ETR A; 5KFX A; 3KHH A; 1ZQX A; 2OXO A; 3JPO A; 9ICB A; 4F4Z A; 2KVC A; 4UAW A; 3ISC A; 4UW9 A; 3NS1 A; 3ZDA A; 2W43 A; 3T5H A; 2A3V A; 5CWR A; 5AKI A; 3TAC B; 1O08 A; 5G5H A; 1ZRM A; 3GU3 A; 1ZQP A; 3H8S A; 3NVY A; 2ZIV A; 1DRG A; 2GLE A; 3ICX A; 2AXT U; 1ZQQ A; 4C4T A; 1NKE A; 1ZD4 A; 2WB1 F; 3E2E A; 3JPN A; 3K75 D; 1SXD A; 3F53 A; 4YD1 A; 2BGW A; 1MQ2 A; 2BCR A; 2YMP A; 4TUQ A; 4KN4 A; 2N1R A; 4UAZ A; 3HRD D; 2GOL A; 2BDP A; 5J8Y A; 4Q44 A; 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