The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
101
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structure length |
101
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Chain Sequence |
GIPEFKQKALVAKVSQREEMVKKCLGELTEVCKSLGKVFGVHYFNIFNTVTLKKLAESLSSDPEVLLQIDGVTEDKLEKYGAEVISVLQKYSEWTSPAEDS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the HRDC domain of human Bloom syndrome protein BLM
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
HRDC domain from Bloom syndrome protein
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
26
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| structure length |
101
|
| sequence length |
101
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| ec nomenclature |
ec
3.6.4.12: DNA helicase. |
| pdb deposition date | 2010-07-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00570 | HRDC | HRDC domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HBM A; 1YT3 A; 4O3M A; 2E1E A; 3CYM A; 3SAG A; 2E1F A; 4QJF B; 5C0Y A; 2KV2 A; 2RHF A; 2HBK A; 4QIW F; 4OO1 J; 2HBL A; 2MA1 A; 1GO3 F; 2CPR A; 3SAF A; 2HBJ A; 3SAH A; 4NLB A; 1D8B A; 2DGZ A; 1WUD A; 4NLC A; 2RRD A; 4CDG A; 4CGZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DOC A; 2UVU A; 5KG5 A; 3LDA A; 4F8R A; 2EZX A; 3BQ1 A; 4OJP A; 5J0U A; 1MSW D; 2Y9T A; 3ISC A; 4QZD A; 5AKK A; 5C5J A; 2BQ3 A; 2BCS A; 3TAP A; 4M2Y A; 4DCC A; 3H4D A; 3RJJ A; 1SB3 C; 3H8M A; 2KZZ A; 4TUR A; 4FZM A; 4GXJ A; 3KTQ A; 4CDG A; 2VA8 A; 2W3R A; 5KTQ A; 2Z7J A; 4I2J A; 5IIL A; 2AGQ A; 5ALT A; 5G5H A; 2AGP A; 2JR5 A; 2WB1 C; 1S77 D; 4GFJ A; 2AH5 A; 5III A; 4C7Y A; 3OJU A; 4YP3 A; 1XO1 A; 5L1J A; 5ALD A; 3BJY A; 5D49 A; 1BNP A; 3BQT A; 1URJ A; 3I1Y A; 1BPE A; 5DBB A; 5KFB A; 4PHD A; 3OJS A; 3HJE A; 3M8S A; 2M9N A; 5HHH A; 9ICJ A; 4QZB A; 4NL9 C; 3ZDB A; 4IR1 A; 4FS1 A; 4QZH A; 3HT3 A; 1SGG A; 1NZP A; 5TIS U; 1ZQQ A; 3VCB A; 4GLX A; 1L6N A; 4F71 A; 2BPC A; 3GIM A; 1ZQX A; 4QZE A; 2WAQ C; 3A0B U; 3M7D A; 5KFF A; 2AHO B; 4US8 A; 7ICU A; 3KOO A; 3C23 A; 2W9A A; 3OGU A; 3HP6 A; 4PZO A; 5DB9 A; 4B9V A; 5ALV A; 9ICT A; 1FIQ A; 4O5E A; 5AI4 A; 1QSS A; 4P4M A; 8ICI A; 1UCV A; 4ED2 A; 3UMG A; 2FMQ A; 2HW3 A; 3SAG A; 4IC9 A; 4M0A A; 3BQ7 A; 3BS5 B; 5J2A A; 5DB8 A; 1BPZ A; 2KTQ A; 2F1I A; 3KHL A; 4KX5 A; 4P2H A; 5CRX A; 2EH9 A; 3Q8Q B; 2W9M A; 4U6P A; 5CA7 A; 4RQ7 A; 2ODG A; 5AKL A; 4Y2X A; 1DRG A; 4P0P A; 2RLT A; 2PMZ F; 1N62 A; 3ORY A; 2XO7 A; 4F5O A; 1TKD A; 1PVP A; 1XNS A; 4B9U A; 1Q46 A; 3EZ5 A; 2ZIW B; 3PW0 A; 2HCF A; 2F3N A; 1NNL A; 1RDF A; 8ICG A; 4KLU A; 2KKP A; 4CF3 A; 4B9T A; 3DV9 A; 2YB4 A; 1L8L A; 5AK6 A; 3QEB Z; 2PFN A; 2IHM A; 3PX6 A; 5KFN A; 3RJI A; 3RB6 A; 1NJW A; 1U49 A; 3EWA A; 4EYH B; 3GU3 A; 4J9M A; 3TAQ A; 5JUM A; 3RF9 A; 5DDY A; 5J2D A; 1X9S A; 1N61 A; 2P66 A; 4YD1 A; 4Y2R A; 3VC8 A; 5HR7 A; 4KTQ A; 1HUO A; 5DGA A; 3UXO A; 2KJ8 A; 2A3V A; 9ICN A; 3K75 D; 5HMM A; 1A0P A; 5KL8 B; 5A0L A; 1ZJM A; 2HI0 A; 5AI5 A; 5CEH A; 5IIJ A; 5KFV A; 2K89 A; 5KG4 A; 4ELU A; 4DFJ A; 4K4I A; 3G6V A; 4US9 A; 1C20 A; 4IR9 A; 3RBE A; 4KLH A; 4I2B A; 2GOL A; 4BXO B; 5KFG A; 3D2N A; 2NRW A; 4BUG A; 1N48 A; 3CNH A; 3NVZ A; 4Q43 A; 2DQN B; 2KIC A; 4F5N A; 1DGS A; 3PR5 B; 1JRP A; 3H7I A; 3ICX A; 1LB2 B; 4OJO A; 4NXZ A; 1WWV A; 2A19 A; 4KLO A; 3CW2 C; 3OSN A; 2GWS A; 3V7J A; 4Z6C A; 4O9M A; 3T79 A; 4F92 B; 5J2C A; 3F2B A; 2YX8 A; 4DL3 A; 2ZTD A; 1HIW A; 4O5C A; 2HHU A; 4FS2 A; 2ZXI A; 2KP7 A; 2IA6 A; 1ZQZ A; 4QIW F; 1SXD A; 4PHA A; 3HKZ F; 4DQI A; 1CUK A; 4RNO A; 5J0Q A; 4RU9 A; 8ICU A; 1M6Y A; 2A1J A; 1KFS A; 1DXS A; 4J9K A; 1ED1 A; 2NRV A; 2E8M A; 2HBK A; 2VA3 A; 3PO4 A; 2FJ6 A; 4Q8E A; 2K60 A; 5KFL A; 1Z1B A; 2EAP A; 2YB1 A; 3C1Z A; 1RXV A; 3PX4 A; 1C7Y A; 1L7N A; 5BPC A; 1HUZ A; 3QXG A; 4MFC A; 2FPL A; 1QTM A; 4I2C A; 1ZJN A; 4DL4 A; 2G5H B; 2KV2 A; 2KOB A; 1Q3V A; 3TKA A; 3S6J A; 4DFP A; 1JI7 A; 4I27 A; 5IIK A; 4UQG A; 1X2I A; 3ZD9 A; 4YR2 A; 3C5F A; 3RB3 A; 2WB1 F; 4RQN A; 3AEV A; 2PI5 A; 2DBY A; 1ZXI A; 3MAB A; 5ALG A; 2ESE A; 2EDU A; 3WK8 A; 4YR0 A; 5AHX A; 4ECY A; 4MFA A; 3IG8 A; 1T3Q A; 2ASJ A; 2DKX A; 3MR2 A; 5KAF U; 4J03 A; 4RPX A; 3GQC A; 5B5E U; 2BCR A; 4P0P B; 2OHF A; 2HHX A; 1B22 A; 5D46 A; 4R63 A; 1KEJ A; 4Y2S A; 4UAW A; 4Y2Q A; 4QZA A; 4KLE A; 3PO5 A; 1S0V A; 4C8M A; 5JU5 A; 5K4L A; 4FBU A; 1L3T A; 3RBD A; 3HW8 A; 4O3Q A; 5D4B A; 4M47 A; 2WAQ F; 5KFW A; 2VJ4 A; 3V72 A; 5IIN A; 4PGX A; 7ICK A; 5ALP A; 1A76 A; 4EEY A; 4YN4 A; 1ZD4 A; 4FBT A; 2YML A; 1NJX A; 2H3I A; 5AM4 A; 4TQS A; 3QZ8 A; 1ZQD A; 2FMP A; 4CRX A; 4NLZ A; 3V7L A; 4Y2T A; 4DSI A; 4OJ5 A; 1ZQP A; 2JHD A; 3EUB 2; 4ECQ A; 5AM1 A; 2FLL A; 3BZC A; 2HHW A; 1RG6 A; 3TAD C; 9ICW A; 3FYH A; 4DQS A; 5EWE A; 1J2M A; 1ECW A; 2AGO A; 4B6J A; 4CF5 A; 2EZZ A; 8ICN A; 5AKH A; 4ZH4 A; 1KQQ A; 4RZR A; 2W55 A; 4Q8F A; 2C2R A; 3LWL A; 3PX0 A; 1ZQO A; 3L3F X; 4IRD A; 5J2B A; 2HBL A; 3NUQ A; 5KFI A; 4JWN A; 3JPR A; 2NV3 A; 2B21 A; 3QX7 A; 1YZ6 A; 7ICR A; 5KFQ A; 1D9F A; 2VIX A; 1QQ5 A; 1QQ7 A; 2M0N A; 1ZYQ A; 1PUZ A; 2ZUB A; 1XSP A; 2JEI A; 2W7O A; 1K5O A; 1UT8 A; 3QUC A; 2KFZ A; 2BZF A; 2GLE A; 3UPQ A; 5EE9 A; 2NO4 A; 2YTU A; 3QU7 A; 4QWB A; 4KLT A; 1IV8 A; 3FAH A; 2I9G A; 1RPL A; 2F1J A; 1BNO A; 1BPD A; 4RQ4 A; 4DL7 A; 3KKA A; 2MUT A; 4NY8 A; 3UXN A; 4ED0 A; 2IMW P; 3F2D A; 5AKZ A; 4J9P A; 3AU6 A; 4QZF A; 2KZM A; 2NRT A; 2KVS A; 2A1J B; 2LM1 A; 2R8G A; 3RJF A; 3QUB A; 3THV A; 5DQG A; 5DLG A; 2RP5 A; 1O03 A; 5KG0 A; 1IM4 A; 2JH1 A; 1TK0 A; 2C28 A; 1FO4 A; 4M9G A; 2QB0 A; 2NRZ A; 3FM9 A; 3QU5 A; 3M8R A; 3KKA C; 5KFM A; 1PK3 A; 1U9L A; 1BPX A; 4C8O A; 3ED5 A; 3PSP A; 5HR6 A; 5J0O A; 2KJ9 A; 2WF9 A; 2LKY A; 3KFU F; 5E79 U; 3QUT A; 4JV2 A; 4CNQ A; 4EEN A; 4Z6E A; 3BQ2 A; 1COO A; 4CGZ A; 2MU2 A; 4YD2 A; 2LYA A; 4J9Q A; 3PW7 A; 4UAY A; 5J2I A; 4F4W A; 4EYI B; 4ED7 A; 1JXE A; 4ELV A; 2PKE A; 3PW4 A; 3NRZ A; 2F77 X; 3O0F A; 1N60 A; 3B0Y A; 1ZQV A; 3JPQ A; 3PSI A; 3UQ2 A; 4P4P A; 1TVA A; 3DDH A; 4YG2 A; 2DKZ A; 2OH2 A; 4G9B A; 4AYB C; 2ZIX A; 4F5Q A; 2EAN A; 4BWM A; 2KG5 A; 5AIA A; 3TAC B; 2BPG A; 5DKW A; 2NO5 A; 1V38 A; 3HPO A; 2OEH A; 1Q8K A; 3WK7 A; 3WKD A; 1V97 A; 1CEZ A; 3QYP A; 1RYU A; 1DOQ A; 1KLN A; 2E1F A; 3CP8 A; 3JPN A; 4RUC A; 1TK8 A; 1S0M A; 2IBK A; 1ZQJ A; 3KZX A; 4ICA A; 5KFR A; 3K4G A; 4I2D A; 1LKY A; 3ONN A; 5EWF A; 5KFP A; 4DLG A; 2BGW A; 5DGB A; 4I2E A; 1DK2 A; 2ZJ5 A; 4NL9 A; 4MF2 A; 2VA2 A; 4EZ6 A; 1AQ6 A; 4JK1 A; 1JMS A; 5F3X B; 4QWE A; 5CP2 A; 2W8L A; 1N2X A; 1NKE A; 3PV8 A; 4QWC A; 2FMS A; 4KN4 A; 4DF8 A; 1XWL A; 3EYZ A; 1B4F A; 3TAN A; 4PGY A; 5AIB A; 2KIW A; 2H3Z A; 5EWG A; 4CF4 A; 1TAM A; 1X6I A; 4UB4 A; 1U4B A; 1RZT A; 2ZUD A; 4G3I A; 8ICR A; 4NLG A; 4KN7 A; 4NV0 A; 2K8A A; 4ZOH C; 1X9X A; 3Q8K A; 3KHH A; 4NJ8 A; 2W04 A; 2JXJ A; 2W11 A; 4NM2 A; 5J0T A; 1IG6 A; 5CB1 A; 9ICE A; 4MFF A; 2P6R A; 5KL1 B; 5AI6 A; 3PY8 A; 2Y9U A; 5KG3 A; 9ICM A; 4IQW A; 4R8U A; 3SV3 A; 4F50 A; 1NI3 A; 4J9N A; 4XA5 A; 4IQU A; 2G09 A; 4ECX A; 4ECR A; 4MEY A; 4R66 A; 3NS1 A; 2KE7 A; 2Q0Z X; 3MDA A; 4NLB A; 5JRT A; 1WG8 A; 1VDV A; 1KW4 A; 3N7P D; 2AQ4 A; 2HHV A; 2PFO A; 5AKG A; 3HRD D; 7ICF A; 5BOL A; 2KSO B; 3F5A A; 2DFL A; 2FE9 A; 2WF6 A; 2W9B A; 3MGV A; 3H0L B; 3M9M B; 7ICJ A; 2ZIU B; 4EZ9 A; 4YMM A; 3AN1 A; 2ZJA A; 4Z6F A; 2MA1 A; 4OJ6 A; 1Q3U A; 2VJ5 A; 4YXM A; 5ALW A; 1WUD A; 5ALY A; 4NWI A; 4C8K A; 1RQL A; 1U47 A; 3SD7 A; 4EBE A; 1XS9 D; 1NOM A; 3MC1 A; 5AKI A; 3GZF A; 3QUQ A; 3M6K A; 4B9M A; 1KKX A; 2I5H A; 2XY5 A; 2YMM A; 8ICB A; 1ZQB A; 2G06 A; 2ASD A; 2ES6 A; 4P0Q A; 4F5R A; 2YN4 A; 3UM9 A; 2JGA A; 1OUQ A; 3ETR A; 4UB3 A; 1JUD A; 4RQ3 A; 4DQP A; 3WKC A; 4PL2 A; 4LVS A; 1KFD A; 3NRW A; 1X6J A; 1QSY A; 1SWW A; 3TFR A; 2J6U A; 5KFH A; 5J2J A; 2E8O A; 3MFI A; 2KIV A; 3EPG A; 1Z3E B; 7ICS A; 2HMX A; 4J9S A; 1ZQA A; 2R8I A; 3Q8L A; 2BQR A; 4DS5 A; 4F3O A; 2QAR A; 2QB1 A; 2BDP A; 1ZRM A; 2F2A B; 2CPR A; 4IS7 A; 7ICQ A; 4M9J A; 1RYR A; 3WK4 A; 9ICP A; 4UBB A; 2Y0S C; 4I2F A; 3D2Q A; 2W43 A; 1CRX A; 2DUY A; 2OWO A; 3CYM A; 1QQ6 A; 1LKY B; 2KHQ A; 1S9F A; 1V9P A; 1XSN A; 2C2E A; 1D9D A; 2HHQ A; 5DB7 A; 1WWU A; 5ALI A; 4RT2 A; 4Z6D A; 4DL6 A; 4BJQ A; 3H0M B; 2HOI A; 2G0A A; 2KMD A; 1SWV A; 4NM1 A; 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2MAX A; 8ICE A; 3T5K A; 1S76 D; 5KT7 A; 1SXE A; 2R18 A; 5KG1 A; 9ICS A; 4YR3 A; 1FEZ A; 4DSK A; 3RRG A; 3E58 A; 1NK7 A; 1ZQU A; 3C1Y A; 1XC9 A; 4DQR A; 3MR6 A; 2PXI A; 4I28 A; 3ETL A; 1KN5 A; 8ICS A; 2C2D A; 3NAS A; 9ICG A; 7ICE A; 1NJY A; 5FP0 A; 2KK0 A; 2OM6 A; 3PR4 A; 1S0N A; 4DFM A; 8ICY A; 3PW2 A; 3EPI A; 5ALL A; 1TFR A; 4Y2U A; 4B9S A; 5AI9 A; 4UW9 A; 2BKE A; 3C5G A; 1TE2 A; 2UVW A; 4OO1 J; 4J9L A; 4QZI A; 1NK8 A; 3AL0 B; 4ED6 A; 2FPK A; 4Q44 A; 4Y2V A; 2EZY A; 4F2R A; 3QU9 A; 1QCK A; 1WCL A; 1TAU A; 7ICG A; 5J2G A; 5KFD A; 3GV7 B; 3RR7 A; 1T4G A; 2BDU A; 4DFK A; 1L3V A; 3MBY A; 2XCA A; 2K4P A; 4J9O A; 2AQ0 A; 3TFS A; 4DSE A; 1ZQE A; 4ECZ A; 5AKE A; 1QSL A; 3CRX A; 5KT4 A; 8ICQ A; 4HAI A; 5AK5 A; 2W8K A; 1SIJ A; 2G07 A; 5H2F U; 5KFK A; 3RJE A; 1ZQW A; 3QNM A; 4RPY A; 3SV4 A; 4EX6 A; 3IV6 A; 5T14 A; 3SZ2 A; 4C0Z A; 2VKQ A; 5GTH U; 4HYK A; 1B0X A; 5DQI A; 3QU4 A; 4RPZ A; 4UAR A; 1KBU A; 2PI4 A; 1NK4 A; 3UXP A; 4F4X A; 2LBO A; 5KFZ A; 1X66 A; 5JTI A; 2Y0S F; 3SMV A; 7ICN A; 3NVY A; 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