The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
105
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structure length |
105
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Chain Sequence |
GSSGSSGTPLSLTLDHWSEIRSRAHNLSVEIKKGPWRTFCASEWPTFDVGWPPEGTFDLTVIFEVKAIVFQDGPGSHPDQQPYITVWQDLVQNSPPWIKSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the retroviral Gag MA-like domain of RIKEN cDNA 3110009E22
rcsb |
| molecule keywords |
product of RIKEN cDNA 3110009E22
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
24
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-07-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Gamma-retroviral matrix domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MN8 A; 1UHU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5AK3 A; 2CXY A; 2HBM A; 2W7P A; 1UA1 A; 2KD1 A; 3RB4 A; 5KFD A; 2NV3 A; 3H8W A; 2B6G A; 5KFR A; 1HEK A; 1B43 A; 8ICM A; 4DSE A; 3KHH A; 4G3I A; 4QZH A; 1ZQX A; 4BGD A; 3NRZ A; 1UA0 A; 1WWU A; 1NJZ A; 5IIO A; 5KFK A; 1DRG A; 3A0H U; 5DKW A; 4B9T A; 4KX5 A; 3HIL A; 1XO1 A; 1KQQ A; 3RH4 A; 4NJ8 A; 1PVP A; 2KN7 A; 5J2A A; 5AM3 A; 2XY7 A; 4UQG A; 5ALQ A; 5KT6 A; 3IN5 A; 1FO4 A; 2P6R A; 3SI8 A; 1DK2 A; 5KG6 A; 3GZF A; 3T5J A; 1QQ6 A; 4NXZ A; 3LYS A; 2I6X A; 2EZY A; 5AM1 A; 3N97 B; 3MR6 A; 5KAF U; 9ICQ A; 5DLF A; 2FLL A; 3PNC A; 2BCU A; 2W3R A; 2ZIU B; 2HW3 A; 2Y1I A; 4J9P A; 5L1M A; 4ED7 A; 5BPC A; 3C5F A; 2BR0 A; 3HRD D; 5ALT A; 5AM0 A; 3AU6 A; 4BXO A; 3KHR A; 1S76 D; 4F4K A; 4YQW A; 7ICP A; 3NGD A; 1ZQV A; 2ZTC A; 4RQ5 A; 2RHF A; 3OTQ A; 1JUD A; 4OCZ A; 3NVV A; 3TAP A; 3TI0 A; 2E8N A; 5L1L A; 4NY8 A; 4C4R A; 2Y9U A; 4ELV A; 2AXT U; 5KFW A; 3CRX A; 4O9M A; 4Q8F A; 4KLJ A; 2PFP A; 3MDC A; 5AK4 A; 2PKE A; 3UMC A; 1SV0 A; 4M6W B; 5J0R A; 1ZQD A; 1UHU A; 3PY8 A; 1ZQP A; 2K4I A; 1JXL A; 2WTF A; 4QWD A; 4MFF A; 3BZC A; 4EEY A; 3FC4 A; 2F2A B; 1Z00 A; 4YXM A; 3A0B U; 4I2D A; 1XNS A; 5KFI A; 1ZQI A; 5ALN A; 4Q43 A; 2FJ6 A; 2Q4T A; 4DFM A; 4M9G A; 3E58 A; 3RJE A; 2C22 A; 1SL2 A; 3N7S C; 5CR0 A; 8ICZ A; 5DDY A; 3M6Z A; 1NK6 A; 5A0L A; 1MA7 A; 1NKE A; 2FMQ A; 4F3O A; 4NLC A; 3WK9 A; 2W7O A; 4J9O A; 3NS1 A; 4F91 B; 2JR5 A; 3K1Z A; 4Z6C A; 4C8O A; 2HCF A; 1S0N A; 8ICV A; 2H3I A; 2KZ3 A; 4LVS A; 4KMU A; 2FPM A; 3TAC B; 3KD3 A; 1XU4 A; 8ICJ A; 4EZ6 A; 2CRX A; 5E79 U; 5BOL A; 3JPP A; 3GV5 B; 4X5V A; 1SXD A; 2W43 A; 4FBT A; 8ICL A; 3MGH A; 3PVX A; 2ESE A; 8ICA A; 4CF4 A; 2BCQ A; 5J2I A; 1CI4 A; 3IM1 A; 1SZP A; 5EOZ A; 1X6J A; 5DDM A; 2DGZ A; 4KLO A; 4TUP A; 1YZ7 A; 4NV0 A; 2KG5 A; 4XRH A; 1Z1B A; 1K1S A; 4DO9 A; 2YMM A; 3ZD8 A; 4LJX A; 2W9M A; 2AU0 A; 2LM1 A; 3S6J A; 4YR2 A; 4TUS A; 2D6F C; 2UVU A; 5L1K A; 3SV4 A; 4DF4 A; 2JEF A; 4RU9 A; 3GDX A; 1V97 A; 4CNQ A; 4ED2 A; 4NLN A; 4RQ7 A; 1Z4N A; 5AKL A; 2E1E A; 5KFY A; 3TFS A; 5KG3 A; 4Z6D A; 2RQ5 A; 1T8E A; 2W8K A; 1SKS A; 5AI4 A; 1Q3V A; 4Y2Q A; 2NRZ A; 2MUT A; 2ZG6 A; 5ALY A; 2YX8 A; 1NJW A; 1U9L A; 1ZQK A; 3JPO A; 4ECU A; 1NKB A; 4UAT A; 5AI8 A; 4F8R A; 1X42 A; 2YQE A; 1NK4 A; 1YZ6 A; 5DB9 A; 5IIM A; 4QWA A; 5L9X A; 1S0V A; 2DKX A; 2OCE A; 1L5U A; 4OD0 A; 1KSP A; 4QZF A; 3RB0 A; 4K4I A; 4DQP A; 1PK3 A; 2G06 A; 4YFK A; 3TAQ A; 9ICC A; 1OW5 A; 3FYH A; 3B0X A; 3GII A; 3PR5 B; 3QXG A; 1ZQW A; 5IIK A; 5HR6 A; 8ICH A; 5ALG A; 3TAD A; 2KZM A; 3D2N A; 3SYZ A; 9ICW A; 1ZD5 A; 2G09 A; 2I1Q A; 5TIS U; 9ICM A; 4PHE A; 3PML A; 2GWS A; 1F0M A; 1DK3 A; 1SB3 C; 5ALJ A; 4IRC A; 4I2A A; 2F8K A; 1NK7 A; 2KJ5 A; 4F4W A; 1VDV A; 4IQU A; 4I2F A; 4F5Q A; 3ETL A; 3F2C A; 1DGJ A; 4NLG A; 4Y2V A; 1D9D A; 2HOI A; 1URJ A; 5ALH A; 4OJ6 A; 2QKQ A; 1RPL A; 3OHA A; 5HMM A; 3SEI A; 4RT3 A; 1OUQ A; 1QTM A; 5AIC A; 3HPO A; 2F76 X; 4DQS A; 2HOF A; 3WK5 A; 1ZQO A; 3H8J A; 4I28 A; 2HBL A; 1N61 A; 1N56 A; 2Q0Z X; 4C7Y A; 1LKY A; 4ECQ A; 2P66 A; 5ALS A; 4WJ3 B; 5ALE A; 3ED5 A; 1ZQF A; 3MR2 A; 4ED3 A; 2P6U A; 2ALZ A; 4BWM A; 2LI6 A; 4PJ0 U; 1Z19 A; 4UAV A; 3O0F A; 5KFP A; 4RNN A; 1ZQA A; 3JPQ A; 4J9M A; 1TAM A; 1OXJ A; 4NWI A; 2J6S A; 3WKD A; 2JH1 A; 5KFB A; 2UVW A; 5IIL A; 4KTQ A; 4GIB A; 3QUB A; 2NRT A; 4M9N A; 8ICQ A; 2QLT A; 4PGX A; 4DWI A; 3OJU A; 9ICA A; 1KFD A; 3RR8 A; 4R64 A; 4KLL A; 3PZP A; 3RB6 A; 2VA3 A; 3AU2 A; 2WF8 A; 2KHV A; 4HYK A; 5DQI A; 3L5K A; 5J0O A; 2QAR A; 5KFA A; 2HHX A; 3HKZ F; 1ZRN A; 8ICB A; 4DOC A; 2WAQ F; 4OJ5 A; 5KFE A; 4UAR A; 3RB3 A; 3M8S A; 5H2F U; 5KFH A; 4I27 A; 1KFS A; 9ICT A; 3M9N B; 3B9J A; 1RYR A; 7ICR A; 2KE7 A; 3IHQ B; 3PW7 A; 1IV8 A; 3U26 A; 2WF6 A; 3EW9 A; 1X9S A; 4NLK A; 2KP7 A; 5J2J A; 4ECW A; 1CRX A; 5HNK A; 2PXI A; 5T14 A; 4QZA A; 2RDJ A; 3SEN A; 2LM4 A; 4ELT A; 3RJI A; 4RPX A; 1NJY A; 3L3F X; 4RQ4 A; 4I2C A; 4Y2S A; 3V6J A; 3ALR A; 8ICY A; 3QU9 A; 3ISB A; 4J9S A; 1TKD A; 5KFT A; 2JGA A; 4ECZ A; 1BPY A; 5AM4 A; 3AN1 A; 5AHX A; 3SD7 A; 2GH1 A; 7ICE A; 3PSP A; 4G9B A; 2K60 A; 2E1F A; 5KFU A; 1A77 A; 7ICO A; 2BPC A; 4CF5 A; 4MEY A; 5KFZ A; 2F3N A; 4Y2P A; 3LWL A; 1KKX A; 3BDP A; 4KN7 A; 4F4Z A; 3T3F A; 3HKZ C; 4F93 B; 5J2K A; 1HJP A; 5GTI U; 2FPL A; 2WAQ C; 3PX0 A; 4OO1 J; 5ALR A; 3QU4 A; 2V9W A; 4BXO B; 5KG2 A; 1T7P A; 2OM6 A; 1SV0 C; 3HX0 A; 4KLE A; 3NTU A; 1ZXI A; 4MFC A; 2A1J B; 2EAP A; 5KFL A; 3WU2 U; 4ED1 A; 2ZIX A; 2DUY A; 3CNH A; 5J0Q A; 2HVI A; 3NRW A; 3TQ1 A; 2Z7J A; 5B66 U; 4RQ3 A; 2C2R A; 1PZN A; 3I1Y A; 5KNI A; 2I9G A; 5J2D A; 2FI1 A; 2WF9 A; 3H8M A; 5CHG A; 5CEH A; 3PR4 A; 3PSI A; 2W9C A; 2KTQ A; 3IV6 A; 4PHA A; 2JMG A; 2JZB B; 1NZB A; 3BQ1 A; 4UB5 A; 2Y9T A; 4TUQ A; 4JV1 A; 4DOA A; 2AGQ A; 1ZQR A; 1S9F A; 3H40 A; 1XSP A; 2BDP A; 3IP4 B; 4P0P A; 5EE9 A; 4FE3 A; 5J8Y C; 4B9L A; 5J2E A; 2BCV A; 1JIH A; 4RQN A; 5ALF A; 2QB0 B; 3HT3 A; 4J9Q A; 2HHW A; 3K1R B; 4XA5 A; 5EWE A; 1ZET A; 5DG7 A; 3ISD A; 3KKA C; 4I2G A; 5AKK A; 4I29 A; 4USA A; 1K5O A; 2LMR A; 7ICH A; 3VCB A; 4KX3 A; 2F77 X; 3PSF A; 3PW0 A; 3PMN A; 2ZIW B; 5ALV A; 3MR5 A; 2C28 A; 3L4P A; 1B4F A; 3RJG A; 1JN3 A; 4ACO A; 4IQW A; 1DXS A; 1COO A; 2NO4 A; 4Q8E A; 4I2B A; 2XCP A; 3QEA Z; 4B9S A; 4ECX A; 7ICI A; 4DFD A; 1TFR A; 4CGZ A; 3D2S A; 2H3F A; 1NZP A; 3QUT A; 5KT3 A; 4ZOH C; 3GIL A; 3OSN A; 4PGQ A; 1ZD3 A; 2KHQ A; 1ZRM A; 1V85 A; 4DL5 A; 1TV9 A; 3KTQ A; 1COK A; 3Q8K A; 3Q8S B; 3KBB A; 2YMQ A; 2IHM A; 2NRW A; 1ZQG A; 1MQ3 A; 2JEJ A; 2BQU A; 5DGA A; 1VJ5 A; 1T3Q A; 2YMP A; 4JMU A; 3AL0 B; 4Y2U A; 1T4G A; 4EEL A; 3V6K A; 1B0X A; 3GQC A; 1ZQE A; 2AH5 A; 1ZQS A; 2ZIV B; 5KT5 A; 1ZQN A; 5KTQ A; 9ICG A; 3DEE A; 5K4L A; 4O3P A; 4MF8 A; 1S97 A; 2W54 A; 2J6T A; 3HP6 A; 3JPN A; 2W9B A; 1BPB A; 5J0Y A; 8ICW A; 4IQV A; 7ICS A; 3SMV A; 1IM4 A; 4ED6 A; 4F2S A; 1PUZ A; 2KIW A; 5KAI U; 1M6Y A; 2KJ8 A; 5IIJ A; 4UAY A; 5F3X B; 2YB4 A; 1J97 A; 4KLM A; 1SGG A; 2HDO A; 2V4Q A; 2C2E A; 1PK1 A; 5KFM A; 1V9P A; 4DSF A; 3NVW A; 3UXP A; 2R8G A; 4ZH4 A; 3I76 A; 4O3Q A; 4QZC A; 2NYV A; 4O3S A; 4JV0 A; 3SZ2 A; 2PFN A; 2XC9 A; 3IG5 A; 5DG8 A; 2AQ4 A; 3Q8P B; 3AQF A; 4J9N A; 2F1J A; 1N2X A; 5JRT A; 5DBC A; 3EZ5 A; 4IR1 A; 4M2Y A; 3ICX A; 1TK0 A; 4XQ8 A; 4DCC A; 1N5W A; 9ICE A; 3EPI A; 8ICK A; 4AP9 A; 5DGB A; 3C1Z A; 4EZ9 A; 1ARO P; 2CPR A; 3F2B A; 2OWO A; 2UVV A; 3PV8 A; 5JTI A; 2W55 A; 4DS5 A; 1AQ6 A; 1C7Y A; 3Q8Q B; 3WK7 A; 3SV3 A; 3C2K A; 3NVY A; 3FAH A; 3OSP A; 5C5J A; 1WYG A; 1U47 A; 1RDF A; 1UPH A; 4EEN A; 4F5R A; 4CRX A; 1ZD2 P; 3IG8 A; 3C1Y A; 2HSZ A; 2BPF A; 4EX7 A; 2AQ0 A; 4EYI B; 5L1J A; 7ICQ A; 5CJ7 A; 1RM6 C; 2K4H A; 4QZD A; 1TK8 A; 4DOB A; 3RBE A; 3H0R B; 2JHD A; 3ONN A; 1A76 A; 5JUM A; 1U4B A; 4QZE A; 2V4R A; 5CB1 A; 2KMD A; 2KJ9 A; 3OPX A; 4ED0 A; 2GLE A; 3V72 A; 3BZK A; 1S77 D; 4EYH B; 2AGO A; 2WHE A; 4F71 A; 7ICF A; 2BCS A; 2E5S A; 3V7K A; 1UT5 A; 3AQE A; 1JX4 A; 1ZQH A; 2EZZ A; 2N1R A; 2BGW A; 1RXW A; 4R63 A; 4R8U B; 1NI3 A; 8ICU A; 3ORY A; 4NM2 A; 4FO6 A; 3WKC A; 2RLT A; 4ECV A; 4DEZ A; 5AM5 A; 4F50 A; 4YXJ A; 4QJF B; 5CWR A; 3QU2 A; 3ZDB A; 2WB1 F; 1NK9 A; 4DS4 A; 4I2H A; 2ZIU A; 3KFU F; 3QU5 A; 4KLD A; 3M1Y A; 5J0W A; 2QAR B; 2JEG A; 2F8L A; 3LDA A; 1KDH A; 4DL4 A; 1ZQM A; 1ED1 A; 2VAN A; 5F9N A; 2MA1 A; 1L7M A; 4NL9 A; 4PZO A; 2ODG A; 1X66 A; 3DV9 A; 4UB2 A; 1U48 A; 3C21 A; 3T5L A; 3PW5 A; 9ICJ A; 2OH2 A; 4O3R A; 1NK5 A; 2FLN A; 5AIA A; 3C28 A; 9ICN A; 9ICP A; 2KVS A; 1D8L A; 2K8C B; 8ICR A; 4YN4 A; 4BDP A; 1HIW A; 4MFA A; 5KFF A; 1WCL A; 2MU2 A; 2KFN A; 2WF7 A; 4O3O A; 1U45 A; 5F9L A; 3Q8L A; 4MF2 A; 4LZG A; 2R8K A; 4PHP A; 3QU7 A; 3VC8 A; 2C2D A; 3MFI A; 1KW4 A; 1IIP A; 4PHD A; 1O08 A; 2WB1 C; 3AM9 A; 1WWV A; 9ICH A; 3GFK B; 1MC8 A; 2ZUD A; 4UBB A; 1L6N A; 5D46 A; 3GIM A; 3G6Y A; 3ISC A; 1Z1V A; 5J0T A; 4KLF A; 3MFH A; 5KFJ A; 1JRO A; 5ALM A; 2VA2 A; 9ICU A; 4J9L A; 3RJK A; 4NM1 A; 1S5L U; 1X9X A; 2ZIX B; 3RFA A; 2QB1 A; 4JV2 A; 3GU3 A; 2NO5 A; 4EBC A; 4YG2 A; 5AK5 A; 4IRD A; 1XC9 A; 2KKP A; 1XO0 A; 2R8I A; 1IXR A; 5GTH U; 3T5K A; 4KLQ A; 2W03 A; 9ICO A; 4J03 A; 2BKE A; 2P35 A; 1QCK A; 2LYA A; 4FZM A; 2BDU A; 2W9C B; 2W3S A; 4F72 A; 4R65 A; 4R66 A; 3QX7 A; 5J2B A; 4YVZ A; 5J2C A; 2LYB A; 4YMO A; 1X40 A; 5KFV A; 2DL0 A; 4F5P A; 4C8M A; 4F2R A; 5FP0 A; 3UQ0 A; 4P0P B; 5TZV A; 4ECY A; 1ZQ1 C; 5AKI A; 4DL3 A; 1B22 A; 4QWC A; 2XY5 A; 3C2L A; 3TKA A; 3MBY A; 2D3D A; 2F1I A; 3QNM A; 3MR3 A; 4QW8 A; 2ISP A; 5DB6 A; 4I2E A; 8ICS A; 4P0Q A; 3RTV A; 9ICX A; 2IHN A; 4B9M A; 1ZYQ A; 4JK1 A; 5DBB A; 5AI0 A; 4A8E A; 3NVZ A; 4YMN A; 2DF4 B; 3N4M B; 3RH6 A; 4M0A A; 4US8 A; 3ZD9 A; 5J2F A; 4PPX A; 5G5G A; 5KFG A; 2RDI A; 5CA7 A; 4CDG A; 4M9L A; 4DSK A; 2RP5 A; 3ZI4 A; 2H3Z A; 1SZH A; 2JRZ A; 3K4G A; 4P4P A; 5ALX A; 4C8K A; 1WUD A; 1ZQL A; 5DLG A; 4B9N A; 5KFQ A; 1ZD4 A; 1LB2 B; 4KLG A; 2WF5 A; 3BQ0 A; 2EAN A; 4RPZ A; 2MSN A; 4JWN A; 3M6K A; 3RR7 A; 4Q45 A; 1MN8 A; 2IOF K; 2B21 A; 1BPE A; 5BOM A; 5KFX A; 4TQR A; 3NAS A; 2KNJ A; 1FFU A; 2ZUC A; 1XS9 D; 5J0U A; 1JI7 A; 4QZ8 A; 7ICG A; 1K1Q A; 4DLE A; 3QUQ A; 1BPX A; 2W8L A; 1TVA A; 4O3M A; 4KLS A; 3CW2 C; 4BJQ A; 1KBU A; 3EUB 2; 3WKA A; 4KMO B; 2FPK A; 4FBU A; 3H4B A; 4JUZ A; 3K75 D; 3RAX A; 4UB3 A; 1ZQQ A; 2R18 A; 5HML A; 1NKC A; 2ZXH A; 3HWT A; 4MEX A; 2YN4 A; 5KFN A; 2OXO A; 2Y0S F; 1PVR A; 4P4M A; 1SXE A; 5CP2 A; 1ZQC A; 1VLB A; 8ICG A; 2EZX A; 3MC1 A; 1SKW A; 3NUQ A; 3PW2 A; 3D2Q A; 2GO7 A; 1J2M A; 1PK1 B; 5D4B A; 4O5C A; 2GOL A; 4M9J A; 4IRK A; 4DFK A; 1Q8K A; 2HHV A; 1XSN A; 2DPI A; 2ZTD A; 4YD1 A; 1XWL A; 2MRL A; 9ICI A; 1N60 A; 4XUS A; 5J0X A; 2LPE A; 5KL1 B; 3QZ8 A; 1D8B A; 1SL0 A; 2BPG A; 2PFQ A; 4FZN A; 4Y2T A; 2W9A A; 1N5X A; 4ICA A; 1Z00 B; 1KFT A; 4RT2 A; 4FZL A; 5KG7 A; 4RUC A; 1SL1 A; 2G5H B; 4YD2 A; 3ZDA A; 8ICI A; 3RJH A; 4RQ2 A; 3M8R A; 3PO5 A; 2OHF A; 1MSW D; 2Y0S C; 1DOQ A; 5EE1 A; 4IR9 A; 3F53 A; 5EE0 A; 3E0F A; 4KLH A; 2EDU A; 1ZJN A; 4UB1 A; 5KG0 A; 3UPQ A; 4DSL A; 3H8S A; 1S8O A; 4DQR A; 1KRP A; 5III A; 1SWV A; 3T79 A; 2H5X A; 7ICV A; 3TAR A; 5DG9 A; 2R8H A; 3RF9 A; 5L1I A; 1JRP A; 1CUK A; 2HOQ A; 8ICC A; 2FMS A; 4B6J A; 9ICK A; 4UW9 A; 2DWQ A; 3BQT A; 3BS5 A; 4I2I A; 1P7D A; 4OJO A; 2YTU A; 3KZX A; 3MGI A; 2LKY A; 2ZUB A; 1BNO A; 3UQ2 A; 2ZJA A; 5ALO A; 1X9W A; 1QSS A; 4UBC A; 1RZT A; 4O0I A; 5J2G A; 4QWB A; 3RRH A; 4DQI A; 3FM9 A; 4DL2 A; 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