The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
105
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structure length |
105
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Chain Sequence |
GSSGSSGTPLSLTLDHWSEIRSRAHNLSVEIKKGPWRTFCASEWPTFDVGWPPEGTFDLTVIFEVKAIVFQDGPGSHPDQQPYITVWQDLVQNSPPWIKSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the retroviral Gag MA-like domain of RIKEN cDNA 3110009E22
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
product of RIKEN cDNA 3110009E22
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| total genus |
24
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-07-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Gamma-retroviral matrix domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UHU A; 1MN8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HW8 A; 2KP7 A; 8ICL A; 1TKD A; 2KIV A; 1NZP A; 4PJ0 U; 1XO0 A; 1SKS A; 2KK0 A; 1ZQW A; 1N61 A; 5KFE A; 2HHU A; 4B9L A; 5HR6 A; 4O0I A; 4QWB A; 4F91 B; 4EX6 A; 5ALE A; 2H3Q A; 2BGW A; 1SKR A; 2DUY A; 1N56 A; 2KE7 A; 4CF4 A; 2F1J A; 4B9N A; 7ICQ A; 4OJP A; 4EEY A; 1UA1 A; 1MQ3 A; 5KG5 A; 2HBL A; 5IIK A; 3PX6 A; 2D8C A; 4KTQ A; 3NUQ A; 4UAS A; 1NK7 A; 2A1J B; 2F8L A; 3RJJ A; 3PR5 B; 1S97 A; 1SV4 A; 2W9B A; 4LVS A; 1NI3 A; 2IOF K; 3BS5 B; 4NLN A; 4C4R A; 1COO A; 5J2J A; 3C29 A; 3PSF A; 5L1J A; 4QWD A; 4I2G A; 1TVA A; 4KLF A; 8ICR A; 4GXJ A; 4DLG A; 1UQV A; 4C4S A; 7ICJ A; 2BQU A; 4DSK A; 4P0P A; 4PHD A; 4EBC A; 5EE0 A; 5DQI A; 2ASJ A; 2R18 A; 2XVT A; 4UB3 A; 5AI4 A; 4EEL A; 4YP3 A; 4B6J A; 1PVP A; 4O3N A; 2VAN A; 2K8B B; 4KIT B; 2K60 A; 2KVC A; 4KN7 A; 5J8Y C; 7ICN A; 3H4D A; 2XY7 A; 3GIM A; 5HP4 A; 2DKX A; 3PMN A; 4RQN A; 3WK9 A; 5KFC A; 5KFB A; 2HHW A; 2KG5 A; 4UAZ A; 3GV5 B; 5ALX A; 2BCU A; 1D9F A; 1Q3U A; 3UMB A; 5KFO A; 2Y9U A; 4DF4 A; 1KTQ A; 3TQ1 A; 5D4B A; 1N62 A; 4Q8E A; 2J6T A; 1ARO P; 2ZIW B; 4YR3 A; 4OO1 J; 5CB1 A; 3BQ0 A; 1KKX A; 2J6S A; 3AQF A; 4QZI A; 1SV0 A; 3H8M A; 1NJY A; 1L5U A; 5DGB A; 3C28 A; 3I28 A; 4I2H A; 5DKW A; 2HBK A; 1B0X A; 1JXE A; 1IXR A; 2EZY A; 1KEJ A; 4ACO A; 3T5J A; 2F77 X; 1HUZ A; 4Z6C A; 1NOM A; 2KKV A; 1ZQO A; 3PR4 A; 2JEI A; 4Z6E A; 4P0P B; 4I28 A; 4YFK A; 4DSI A; 1ZQQ A; 2KHQ A; 4B9V A; 4C7Z A; 1V85 A; 4EX7 A; 4QW9 A; 3PV8 A; 1WCN A; 3RB4 A; 1BPZ A; 4M6W B; 2FLL A; 2IOH A; 5J0W A; 4YMN A; 5C5J A; 4R65 A; 3LDA A; 4QZE A; 3KHL A; 1RYS A; 1T4G A; 3RJH A; 2LM1 A; 4GLX A; 2ALZ A; 2HDO A; 3OJU A; 3M6K A; 3GIJ A; 1MQ2 A; 2R8K A; 2KZM A; 3C23 A; 5EE9 A; 2W43 A; 4RUC A; 1X9M A; 2C2D A; 3UPQ A; 3ALR A; 3N7P D; 4NL9 C; 5DLG A; 8ICZ A; 3KFU F; 4ECU A; 3ED5 A; 9ICN A; 3EYZ A; 2NRW A; 3F2D A; 2BCQ A; 4ECV A; 5K4L A; 3HX0 A; 2AQ0 A; 2WF9 A; 4UB6 U; 1KSP A; 4IQW A; 2W9A A; 2I1Q A; 4JV1 A; 3C1Y A; 4Y2U A; 4JUZ A; 4RQ8 A; 4QZG A; 5L1K A; 8ICV A; 3H0M B; 4Y2J A; 5CA7 A; 2AU0 A; 2XIC A; 3AUO A; 3LYS A; 3VCB A; 4O9M A; 4PZO A; 1SXE A; 1DOQ A; 3SAH A; 1Q46 A; 5ALI A; 2CPR A; 4Y2V A; 2IA6 A; 5AHX A; 2BCR A; 3QU7 A; 2I9G A; 2YN4 A; 2MA1 A; 3LK9 A; 3TAD C; 5J0S A; 2ZJA A; 1HEK A; 3IP4 B; 5ALD A; 1ZQS A; 4XQ8 A; 5DQG A; 3T5L A; 3KHH A; 4JMU A; 4AP9 A; 5J2A A; 3SAF A; 2JMG A; 3THV A; 4MEY A; 3QEA Z; 2HOF A; 2PMZ C; 2V9W A; 3K1R B; 9ICQ A; 2OH2 A; 3C2L A; 1P7D A; 3NRW A; 3C5F A; 4Y2T A; 2HBM A; 2Y1I A; 4F8R A; 1ZQY A; 1ZQJ A; 1L3U A; 3ORY A; 5KL8 B; 1MA7 A; 4CRX A; 2G09 A; 3SEI A; 4UB4 A; 2HVH A; 4PGQ A; 4RZR A; 1JMS A; 1DGS A; 4IC9 A; 4DSL A; 1XSP A; 1LB2 B; 3TI0 A; 1NK6 A; 2Y0S C; 2JZB A; 5ALY A; 2DGZ A; 1RQL A; 2JH7 A; 5J2G A; 3ZD8 A; 4BJQ A; 8ICI A; 4R63 A; 4UAR A; 3MDC A; 1B22 A; 2HOI A; 1SB3 C; 3EUB 2; 1D8B A; 1WUD A; 2FMS A; 1ZD5 A; 4DCC A; 2WB1 C; 3JPT A; 3LVW A; 5KFH A; 5J2I A; 5ALM A; 3GDX A; 3MGI A; 3MC1 A; 1Z3E B; 3ICX A; 5HR7 A; 3F53 A; 4J9M A; 4I27 A; 1HIW A; 1EXN A; 2K8C B; 3BQT A; 3QUB A; 4YN4 A; 3BDP A; 2F3N A; 4Y2Q A; 2KMD A; 3NTU A; 1L8O A; 5AIB A; 3V6K A; 3RBE A; 3CW2 C; 4LZD A; 1DXS A; 4YXM A; 4IQU A; 3H8S A; 3UM9 A; 2JXJ A; 3PSP A; 9ICT A; 8ICS A; 5CHG A; 4Q45 A; 4RUA A; 1TE2 A; 4BDP A; 2ODG A; 4DL4 A; 4KLU A; 2BHN A; 3WK6 A; 5F9L A; 4YMO A; 4IR9 A; 3IG5 A; 1HUO A; 2ISP A; 2LYB A; 2XY5 A; 3KTQ A; 2QAR A; 5KTQ A; 3OGU A; 2H3Z A; 2E8P A; 5ALV A; 3A0B U; 4DFM A; 5F3X B; 4KLL A; 3KHG A; 1TAU A; 5KFR A; 4QNL A; 2G07 A; 4C4T A; 3RR8 A; 3BZK A; 1KDH A; 2XCP A; 2JZB B; 3MR2 A; 1YZ7 A; 1N63 A; 3PST A; 1ZRN A; 1U45 A; 9ICX A; 3G6Y A; 3K75 D; 3RAX A; 1YZ6 A; 3EZ5 A; 4I2F A; 5G5G A; 1X40 A; 7ICK A; 3JPR A; 4DFK A; 4IRC A; 3MFH A; 4PH5 A; 3I76 A; 2FPK A; 2OXO A; 4PGY A; 1UPH A; 4NLZ A; 2HVI A; 4M2Y A; 2HHT A; 3QUC A; 2V4R A; 4DQR A; 1ZQ1 C; 1YT3 A; 2ZTC A; 5ALH A; 1ZQR A; 4KX5 A; 2ASL A; 2WHE A; 4UBB A; 3SYZ A; 1U9L A; 1X9W A; 4I29 A; 3PW2 A; 2EH9 A; 5ALS A; 2K4P A; 3OHA A; 2RDI A; 5DB8 A; 4DS4 A; 1FO4 A; 3SD7 A; 1UA0 A; 5J0X A; 2WF5 A; 3QUQ A; 5G5H A; 5AIA A; 5J8Y A; 1PK3 A; 3QU5 A; 1XO1 A; 1KRP A; 4US9 A; 1ED1 A; 4RQ1 A; 4DQI A; 2FPM A; 5DQH A; 3KOO A; 5KG2 A; 8ICB A; 1XSN A; 1MN8 A; 4IS7 A; 4QZB A; 4BX9 C; 4ECZ A; 4FE3 A; 1IV8 A; 4GXK A; 3MAB A; 4QJF B; 4IRD A; 3ISB A; 2BQ3 A; 1NK5 A; 1SZH A; 5J0P A; 5AK5 A; 4NJ8 A; 5AIC A; 3TAR A; 3T3F A; 3T5H A; 3RB6 A; 5L9X A; 5ALO A; 4NM1 A; 2NRV A; 2E3T A; 7ICE A; 2NRZ A; 3ZDB A; 2XY6 A; 3GV7 B; 2WAQ F; 2F76 X; 2BPG A; 1RXV A; 2KD1 A; 2G0A A; 4PHA A; 5AKJ A; 3F2B A; 2ES6 A; 4BGD A; 3F2C A; 1KFD A; 1S76 D; 2R8G A; 3UMC A; 2XC9 A; 2P6U A; 2Q4T A; 1S5L U; 2W9C B; 4DL3 A; 1SL0 A; 3GV8 B; 3PML A; 4KX3 A; 2N1R A; 4C7Y A; 3C1Z A; 4R64 A; 3RTV A; 2JRZ A; 2MUT A; 3QYP A; 1Z19 A; 3DEE A; 8ICJ A; 3RH5 A; 4C8N A; 2C22 A; 5KT6 A; 1ZQU A; 4QZD A; 3O0F A; 3PY8 A; 5T14 A; 3SZ2 A; 5J2C A; 5AKY A; 1S0M A; 4K4H A; 3V72 A; 3QXG A; 5KG1 A; 4DOA A; 4I2C A; 5KFT A; 2A1A A; 2JEF A; 1BPB A; 1X66 A; 1DK3 A; 1NJX A; 3E2E A; 4ED2 A; 2G08 A; 4DWI A; 1BPE A; 2GWS A; 3IV6 A; 4IRK A; 2FLP A; 4NL9 A; 4YMM A; 3M9O B; 3QU9 A; 4NV0 A; 4J03 A; 3ZDD A; 2PI4 A; 5J2F A; 2EAP A; 5KG0 A; 1FFV A; 4NWI A; 2E5S A; 4J9Q A; 2K8A A; 8ICH A; 9ICM A; 3BS7 A; 1N5X A; 1ZQV A; 4YD2 A; 5J0O A; 1S0V A; 3KZX A; 4NLC A; 7ICP A; 2KZ3 A; 2MRL A; 4M47 A; 4K4G A; 4B9U A; 1ZQE A; 4C8O A; 1XNS A; 5HHH A; 3Q8Q B; 4C80 A; 3WKC A; 4ELV A; 4ICA A; 3NVZ A; 1L7O A; 4Y2Y A; 4J9K A; 1X6I A; 5KFA A; 2MUT B; 3Q8P B; 4DFP A; 1ZQD A; 4DO9 A; 2KIW A; 5KT2 A; 5KG7 A; 4DQP A; 2AJQ A; 3WKE A; 9ICR A; 1NJZ A; 4OJ5 A; 5CRX A; 2VA2 A; 5AKX A; 3HKZ F; 3TAD A; 2ATL A; 4AYB F; 4F4X A; 4PPX A; 3V7L A; 3AEV A; 4Z6D A; 3RBD A; 5TZV A; 2PXI A; 4P4O A; 1X6J A; 1XU4 A; 3MR3 A; 4NLG A; 2JH1 A; 4DSE A; 3HWT A; 4DEZ A; 2FMP A; 4E0D A; 5IIO A; 5J0T A; 4KLH A; 1IM4 A; 1M6Y A; 7ICS A; 3ZDA A; 1JUD A; 4P0Q A; 3QU4 A; 5AM0 A; 9ICW A; 8ICW A; 1GO3 F; 2HHV A; 4OCZ A; 2OWO A; 1Z4O A; 9ICK A; 9ICH A; 4DL6 A; 2VJ5 A; 5J2D A; 9ICB A; 4IQV A; 2G06 A; 4F2R A; 2KFN A; 1J2M A; 2Q0Z X; 2W9B B; 3AMZ A; 1ZD4 A; 5EE1 A; 3RB3 A; 1NJW A; 3WKB A; 2NRT A; 5KG4 A; 5DLF A; 1X2I A; 3JPQ A; 3UMG A; 4UAT A; 4F2S A; 4JB3 A; 4MFA A; 3H7I A; 4UBC A; 4GIB A; 1Y88 A; 1XC9 A; 1JI7 A; 4UB2 A; 4TQS A; 2HOQ A; 4FO6 A; 1SKW A; 4UQG A; 4MFC A; 4QIW F; 2ASD A; 1TK5 A; 4BWJ A; 2W8L A; 2KZZ A; 1UCV A; 4QZH A; 9ICG A; 2GLE A; 2FLN A; 5KT4 A; 4PZN A; 2ZG6 A; 4JWM A; 2KJ5 A; 4UAU A; 3AU6 A; 1QSY A; 3RF9 A; 3NVV A; 3SV3 A; 8ICM A; 1T3N A; 2BR0 A; 3BJY A; 2EDU A; 2H5X A; 3L3F X; 3QUT A; 1NKB A; 5HNK A; 1N5W A; 1KLN A; 4P0Q B; 1OW5 A; 2Y9T A; 7ICU A; 1BPX A; 2BPC A; 5ALK A; 3RJE A; 4O5E A; 1X42 A; 3L4P A; 3BQ1 A; 4ED8 A; 2PFP A; 5A0L A; 3F5E A; 3HIL A; 2PFN A; 5KFS A; 1L6N A; 5E79 U; 1ZQB A; 3M9M B; 5J0U A; 4YD1 A; 5BPC A; 4F4K A; 1T7P A; 4DOB A; 4RQ6 A; 4DFJ A; 3PX4 A; 5DBB A; 2WF8 A; 2GH1 A; 2Y1J A; 3M1Y A; 8ICX A; 4KLD A; 3KD3 A; 3U26 A; 2KFZ A; 3QEB Z; 2HI0 A; 2A3V A; 1Z00 A; 2ZXI A; 1WYG A; 1PK1 A; 2F2A B; 1L3V A; 8ICO A; 3ONN A; 4F71 A; 4J9R A; 3D2N A; 1WG8 A; 4KLO A; 1L7N A; 3N97 B; 3UXN A; 4M04 A; 4NXZ A; 5AM4 A; 4CCH A; 4F4Y A; 2FI1 A; 4FFD A; 3TFR A; 3AN1 A; 2EAN A; 1B43 A; 1K1Q A; 3KHR A; 1COK A; 4O5C A; 3CYM A; 3PNC A; 4Y2S A; 4UAV A; 8ICA A; 4NM2 A; 5JU5 A; 3M8S A; 4Q8F A; 3TKA A; 2JEG A; 7ICH A; 4YR2 A; 4QWA A; 4JWN A; 5ALQ A; 4USA A; 2KJ9 A; 4RQM A; 4XRH A; 2ZUD A; 3V7J A; 1ZQX A; 4QZ8 A; 5L1L A; 3Q8L A; 4M9N A; 2MSN A; 2NO4 A; 5KT7 A; 4ECR A; 2VJ4 A; 1ZD3 A; 4O3Q A; 3FC4 A; 5TIS U; 5DB7 A; 4M0A A; 4OJL A; 3N28 A; 5KT5 A; 2XI9 A; 3WK8 A; 5HML A; 4LZG A; 4U6P A; 3ISD A; 1A0P A; 2DF4 B; 5KFI A; 2F1H A; 4ZH4 A; 4RQ0 A; 1A77 A; 2JR5 A; 4F5R A; 3HJE A; 5BOM A; 4P2H A; 2MAX A; 4KLI A; 3HT3 A; 2M0N A; 2DL0 A; 1S10 A; 1QTM A; 1DRG A; 2ZTE A; 3QU2 A; 4ELT A; 4RPX A; 1RXW A; 1XS9 D; 3Q8S B; 5CWR A; 4MEX A; 4FZL A; 5ALG A; 4F4Z A; 5III A; 5KFD A; 1Z00 B; 1NNL A; 1LV5 A; 3RRH A; 1PK1 B; 3LVV A; 5AI6 A; 5AI8 A; 2W03 A; 4ECW A; 2ESE A; 2XGQ A; 4O3S A; 4M9G A; 3OJS A; 2KHV A; 3EW9 A; 5KFZ A; 5DG7 A; 1KW4 A; 3M8R A; 3PVX A; 1U49 A; 4JK1 A; 3SMV A; 9ICJ A; 2WAQ C; 3PZP A; 1OUQ A; 4QWE A; 1ZQI A; 5AI9 A; 3GII A; 5F9N A; 3LWL A; 2CRX A; 5FP0 A; 1UHU A; 4RT3 A; 5KT3 A; 4ECQ A; 1T8E A; 3JPP A; 1Z1V A; 3H4B A; 1ZOL A; 2R8J A; 2EAM A; 2DQN B; 4ED6 A; 2HSZ A; 4I2B A; 5ALU A; 4P4M A; 4EZ6 A; 5DGA A; 1ECW A; 1V38 A; 2QLT A; 2F1I A; 1X9S A; 4FBU A; 5AKG A; 1KQQ A; 3GU3 A; 5AI0 A; 3FYH A; 4ZOH C; 3IDW A; 4GFJ A; 2UVU A; 1QCK A; 2ZUC A; 3DDH A; 2WF7 A; 4B9S A; 2HHQ A; 2YB4 A; 4EYI B; 4ECS A; 2P66 A; 5J2E A; 1B4F A; 2G5I B; 2W3R A; 4JV0 A; 4KLQ A; 2W7O A; 4QZA A; 8ICE A; 3ISC A; 2DFL A; 5J2H A; 1RDF A; 1F0M A; 3C2M A; 4WJ3 B; 5DB9 A; 2KSO A; 4I2A A; 4QZF A; 9ICS A; 2NYV A; 2D6F C; 3PSI A; 1LKY A; 4ECX A; 4X5V A; 5HHI A; 2ZIV A; 3Q8R B; 1S8O A; 2K4I A; 1UT5 A; 2LM4 A; 3OSN A; 3RAQ A; 3GQC A; 2H3I A; 3QZ8 A; 2W04 A; 2IBK A; 7ICM A; 4UW9 A; 3IM1 A; 1ZRM A; 4RNO A; 4R8U A; 3CNH A; 2LBO A; 4TUR A; 4ECT A; 5AKI A; 4F50 A; 4I2E A; 4ELU A; 3AU2 A; 2UVW A; 1TFR A; 3GIL A; 5KFX A; 4F5Q A; 4KMU A; 1SGG A; 3G6V A; 3DV9 A; 2QAR B; 9ICP A; 1S0N A; 5DG8 A; 3HKZ C; 4AYB C; 4EEK A; 3GZF A; 1SIJ A; 3T79 A; 8ICU A; 2PFO A; 1S77 D; 2NV3 A; 4EEN A; 4UB5 A; 5KFU A; 5C0Y A; 3RJG A; 5IIM A; 1A6S A; 1TK0 A; 3WKD A; 4RPZ A; 2Z7J A; 3C21 A; 5AM1 A; 4O3R A; 2KSO B; 3MR5 A; 4KLG A; 3NVW A; 1KN5 A; 3B0X A; 1O03 A; 5EWF A; 1LKY B; 1IIP A; 1L7M A; 3A0H U; 5KFM A; 2ZIV B; 3MGV A; 2E1F A; 2YB1 A; 4RNN A; 4CF3 A; 1A76 A; 1JXL A; 5IIJ A; 3TAN A; 1PVQ A; 8ICY A; 5ALF A; 1RQN A; 4DOC A; 3PW5 A; 5JRT A; 5ALW A; 5DDM A; 1RPL A; 3H40 A; 5CR0 A; 2UVR A; 5ALL A; 1JX4 A; 3ZDC A; 3V6J A; 1N60 A; 5ALZ A; 4GC6 A; 3KZI U; 4M9J A; 1J2N A; 4ED1 A; 5D46 A; 2EQY A; 1ZQA A; 1Q8K A; 2RP5 A; 5ALT A; 4HAI A; 3H0R B; 4EBD A; 4RPY A; 1SWW A; 4F5N A; 4F4W A; 4QIW C; 3WK7 A; 2IHM A; 2B21 A; 5GTH U; 8ICC A; 7ICL A; 2G5H B; 5J0R A; 2BDP A; 5J29 A; 5KFL A; 3EPG A; 2OHF A; 5AM3 A; 2VKQ A; 3SEN A; 1ZQF A; 3PW4 A; 1K5O A; 5J2B A; 4O5K A; 3PO5 A; 1ZD2 P; 2QB1 A; 5CJ7 A; 2XO7 A; 5AK3 A; 4F5P A; 1HJP A; 7ICT A; 4DL7 A; 4US8 A; 4M9L A; 2DPJ A; 4I2J A; 1ZQG A; 3FDS A; 2WFA A; 4ED3 A; 3WU2 U; 7ICF A; 4Y2X A; 4BWM A; 2ZIW A; 3K4G A; 2DBY A; 1WWV A; 4C8L A; 1ZJN A; 2EAO A; 2P6R A; 2QKQ A; 4RQ7 A; 5DG9 A; 4DQQ A; 1WWU A; 4F5O A; 3AL0 B; 3IHQ B; 2KJ8 A; 4CF5 A; 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