The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
|
sequence length |
96
|
structure length |
96
|
Chain Sequence |
LVNVVDEKLGTAYGEKIDLNNTNIAAFIQYRGLYPTLAKLIVKNAPYESVEDVLNIPGLTERQKQILRENLEHFTVTEVETALVEGGDRYNNGLYK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Light-induced structural changes and the site of O=O bond formation in PSII caught by XFEL.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1
|
| total genus |
29
|
| structure length |
96
|
| sequence length |
96
|
| chains with identical sequence |
u
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-08-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| U | PF06514 | PsbU | Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Photosystem II 12 kDa extrinsic protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3A0H U; 4IL6 U; 3A0B U; 5TIS U; 5KAI U; 2AXT U; 5H2F U; 5B5E U; 5E79 U; 5B66 U; 5KAF U; 4UB8 U; 4PJ0 U; 3KZI U; 1S5L U; 5GTH U; 2DUY A; 3WU2 U; 4UB6 U; 5GTI U; #chains in the Genus database with same CATH topology 5AIA A; 8ICY A; 2ATL A; 5TIS U; 2EZZ A; 1X9X A; 5KFR A; 5J2G A; 1L7O A; 1ZQW A; 3GV8 B; 3C1Z A; 3PML A; 4QWA A; 1SZP A; 4UB2 A; 1NJY A; 1ARO P; 2CXY A; 1S0O A; 1S77 D; 3NVZ A; 5J0T A; 2MA1 A; 3ZDB A; 2KG5 A; 2JZB A; 2KN7 A; 1Z00 A; 3CYM A; 1MQ2 A; 1KKX A; 2HSZ A; 1S10 A; 2FLP A; 1RDF A; 1WWU A; 2O6K A; 8ICE A; 1YZ7 A; 1ECW A; 2EZX A; 2PMZ F; 3H8J A; 1RZT A; 4NL9 C; 2NO4 A; 1SXE A; 4RUC A; 8ICX A; 3ZI4 A; 1ZRM A; 2KMD A; 4QZI A; 2WB1 C; 4YG2 A; 2XO7 A; 3D2N A; 2ZIV A; 2FPL A; 5KG2 A; 5DLF A; 2W9C B; 4I2B A; 2I1Q A; 3G6X A; 2H5X A; 3C5G A; 2V9W A; 4P0Q B; 1JXE A; 3G6V A; 3FM9 A; 5KL1 B; 2KIC A; 4C4T A; 4M9J A; 2BGW A; 1CRX A; 3SAG A; 5L9X A; 5JTI A; 2W03 A; 3AEV A; 3QZ7 A; 3UMB A; 4B9U A; 4M9L A; 4GIB A; 3MR5 A; 3RBE A; 2B0C A; 4DL6 A; 1B0X A; 2AJQ A; 1ZQA A; 4J9L A; 2AU0 A; 5J0X A; 4ECX A; 3WKE A; 1Q46 A; 4B9V A; 3QU4 A; 2AGO A; 4HYK A; 4F72 A; 9ICK A; 3HT3 A; 4IRC A; 2NV3 A; 1Z19 A; 2HCF A; 2JH7 A; 4QIW C; 5D4B A; 3FDS A; 3HKZ F; 5KT5 A; 1ZQC A; 1JN3 A; 5J0O A; 5HML A; 4R8U A; 3PSI A; 4F5R A; 3RH6 A; 4KIT B; 1A77 A; 3RJJ A; 5KFG A; 3CNH A; 4EEL A; 5HP4 A; 2DL0 A; 2NYV A; 1ZD4 A; 3GU3 A; 2N1R A; 3I76 A; 2HOI A; 4JV1 A; 3RBD A; 1ZQR A; 2FMQ A; 4QWC A; 3AUO A; 5AKY A; 5HHI A; 2Y1I A; 1RM6 C; 1KQQ A; 4NLC A; 2Y9U A; 2JGA A; 2BCS A; 4DFK A; 1RXV A; 4E0D A; 2A1A A; 3HX0 A; 3QUQ A; 4O3S A; 1JAL A; 1N5X A; 2BQU A; 3PVX A; 3G6Y A; 5IIJ A; 3F5A A; 2A1J A; 1FFU A; 1DK2 A; 7ICF A; 3J81 j; 4QW9 A; 3AQF A; 3N7R C; 5AKJ A; 9ICT A; 1TE2 A; 8ICA A; 3PSP A; 3F2D A; 3N7P D; 5JU5 A; 2BCQ A; 1WYG A; 1SGG A; 2JEI A; 3KZX A; 3MGV A; 1MSW D; 3QUB A; 2DGZ A; 1SV4 A; 1DGS A; 3NVW A; 2HHX A; 2A19 A; 1N61 A; 1N62 A; 4UAS A; 3HPO A; 3MDA A; 3ORY A; 1S0V A; 1S97 A; 5DDY A; 1TFR A; 4KMO B; 1MQ3 A; 4J9N A; 1ZJM A; 8ICO A; 3WK7 A; 1S0N A; 4KLQ A; 3BQ7 A; 1ZQO A; 3ZD9 A; 3SV4 A; 5KG6 A; 4U7C A; 4Y2J A; 9ICP A; 2EDU A; 8ICT A; 4J9K A; 4UAZ A; 2WF6 A; 2HOF A; 3C2K A; 2KOB A; 4M6W B; 5ALY A; 4KLS A; 3RH5 A; 4BXO B; 2MUT A; 3Q8P B; 4K4I A; 3WK6 A; 5KT6 A; 4BUG A; 4I2C A; 2ZJA A; 1PK1 B; 1Z4O A; 4NL9 A; 5KL8 B; 5KG3 A; 5ALM A; 1ZQV A; 1NJX A; 4C7Z A; 4ELT A; 2EQY A; 2W7P A; 1Z1B A; 1PVR A; 1V38 A; 2G07 A; 2P6U A; 4RQ6 A; 4BX9 C; 2IOF K; 3QUT A; 4NWI A; 2KFZ A; 2GLE A; 1NK4 A; 4EZ6 A; 2PMZ C; 3WK4 A; 1RQL A; 4PHD A; 2QLT A; 5L1L A; 4J9Q A; 3BZC A; 2AGP A; 4KTQ A; 5C0Y A; 2W04 A; 5KG7 A; 3F2B A; 3PX6 A; 1V97 A; 4OJL A; 5KG0 A; 1SIJ A; 4ED6 A; 3MR3 A; 5DKW A; 4YMO A; 2IOF A; 2KJ9 A; 4F4X A; 2OH2 A; 5AK4 A; 5J2E A; 1V9P A; 3HP6 A; 1N63 A; 2ISO A; 4P0Q A; 1JMS A; 2FJ6 A; 4NM2 A; 1X42 A; 2EAN A; 4IC9 A; 4DL3 A; 5AM2 A; 2ZTC A; 4M2Y A; 1XS9 D; 3LVW A; 4ZH4 A; 1T7P A; 5ALS A; 4JUZ A; 4F4Z A; 3D6J A; 4BWJ A; 9ICN A; 4C7Y A; 4DS4 A; 4PJ0 U; 2K4E A; 4M47 A; 2K60 A; 2XI9 A; 5IIO A; 3M9M B; 3NRW A; 4ED0 A; 4F5O A; 4XQ8 A; 2DBY A; 2HHW A; 4CRX A; 4K4H A; 5KFQ A; 3PW0 A; 5CHG A; 3SEN A; 1ZET A; 4UAU A; 5AI0 A; 1L7P A; 5D46 A; 5J0W A; 1LB2 B; 3AMZ A; 5J2H A; 4Z6C A; 8ICK A; 3JPQ A; 3GII A; 2UVV A; 1NZB A; 3ZDE A; 4TUS A; 2NRV A; 2YY6 A; 1NK9 A; 5ALK A; 9ICS A; 3WU2 U; 3TAQ A; 3AU6 A; 7ICK A; 1FEZ A; 3PW2 A; 2PKE A; 4TUR A; 3QE9 Y; 4DOA A; 2WF7 A; 1FO4 A; 3WKD A; 4NM1 A; 2ZG6 A; 1NK7 A; 9ICW A; 4JK1 A; 1PVQ A; 2NRX A; 3OSN A; 1L7N A; 2JMG A; 3EWA A; 9ICH A; 1X2I A; 4MHV A; 4ECS A; 3T5J A; 1ZD3 A; 5ALN A; 3U26 A; 3UXP A; 1HUO A; 4TQR A; 4JV0 A; 1BPE A; 2WAQ F; 2HHQ A; 4F4Y A; 3KHR A; 3ZDA A; 2B6G A; 3IP4 B; 4B9N A; 2KEY A; 4A8E A; 4F5N A; 1PK3 A; 3VCB A; 4QZA A; 1SWV A; 1J97 A; 4Y2X A; 1N2X A; 1ZQE A; 7ICP A; 5J2F A; 8ICF A; 3T5K A; 5KFI A; 5ALT A; 4FS2 A; 3PX0 A; 4LZG A; 1L6N A; 1P7D A; 2Z7J A; 3LYS A; 1B43 A; 1TAQ A; 2ASL A; 2XGP A; 1JIH A; 1L3S A; 1U9L A; 1BPY A; 2LYB A; 3NS1 A; 2OHF A; 5KFO A; 2ASJ A; 3ETR A; 2VJ4 A; 1D8Y A; 4DSF A; 1ZQY A; 3NGD A; 1HEK A; 4ECT A; 2YB1 A; 1MC8 A; 1QCK A; 5KT3 A; 4RQ3 A; 4P0P B; 3PNC A; 2XGQ A; 3Q8K A; 1ZRN A; 2XY6 A; 2LYH A; 3BS5 B; 1C20 A; 4RPX A; 4M6W A; 4BXO A; 2GWS A; 1HUZ A; 3QZ8 A; 4DFP A; 1BPX A; 3CP8 A; 3GQC A; 4NY8 A; 5BOL A; 2FLN A; 1ZQ1 C; 3ISC A; 4C4R A; 1NJW A; 1PK1 A; 2JHD A; 2W7O A; 2JR5 A; 3RJK A; 2PI4 A; 2QB0 B; 4DQI A; 4EYI B; 1DK3 A; 7ICI A; 1D9D A; 2JV3 A; 5KFT A; 3WKC A; 4QWD A; 3KTQ A; 3GIL A; 4YN4 A; 1K1Q A; 4DFD A; 5C5J A; 9ICE A; 2ES6 A; 3MR6 A; 4ED8 A; 5KG4 A; 2G08 A; 4M0A A; 4NXZ A; 3F53 A; 5ALV A; 4Q8E A; 1SKW A; 4IRD A; 1KDH A; 4USA A; 5J2A A; 4Y2Y A; 1S76 D; 3K75 D; 2P6R A; 2KKV A; 2ZJ8 A; 4QZG A; 1OUQ A; 2W9B B; 3PX4 A; 2PFO A; 2JEG A; 4ACO A; 4AYB C; 4KLF A; 1X6J A; 9ICM A; 1UQV A; 3PST A; 5AI5 A; 5ALF A; 4K4G A; 4I2E A; 1NI3 A; 5KFS A; 4QW8 A; 4P2H A; 4DQS A; 1UHU A; 2CPR A; 3WK8 A; 4C8L A; 5D49 A; 4UB6 U; 1FFV A; 5DBC A; 4GLX A; 1KBU A; 4QZ8 A; 3AU2 A; 4JB3 A; 2ZIW A; 2WF5 A; 5KFM A; 3PW7 A; 1EXN A; 1RPL A; 3V7J A; 3QEB Z; 4OJ5 A; 2AHO B; 5KFV A; 2KVS A; 4O0I A; 5AKH A; 3PW4 A; 2ZUC A; 9ICX A; 3H4D A; 2G06 A; 2HBL A; 3LWL A; 4UAV A; 1HJP A; 2ZIU B; 8ICJ A; 2W11 A; 2OWO A; 2A3V A; 4I2F A; 2RLT A; 3THV A; 4FZM A; 5L1J A; 1XSP A; 3V6K A; 7ICU A; 5KFN A; 2I5H A; 2PFN A; 3C28 A; 3EW9 A; 4I2I A; 3NUQ A; 3Q8S B; 4Y2S A; 5AIB A; 4X5V A; 5KG1 A; 4Y2P A; 2XY7 A; 4RQ4 A; 4O3Q A; 3D2S A; 4J9S A; 3T5H A; 2XCP A; 3JPT A; 3UMC A; 2W3R A; 1SL2 A; 3O0F A; 1ZQB A; 5KFE A; 4DWI A; 4PHP A; 4YVZ A; 3KHL A; 4HAI A; 1MA7 A; 1NNL A; 3PR4 A; 4F8R A; 3TQ1 A; 1QQ6 A; 1COO A; 1ZJN A; 1LKY A; 2XY5 A; 4B9T A; 4YQW A; 2ZIX A; 4KX3 A; 5AKL A; 4IQV A; 2WAQ C; 4IL6 U; 1SV0 C; 3TAR A; 4KLG A; 3WKA A; 4J9M A; 3RB4 A; 4QZF A; 7ICG A; 1CEZ A; 8ICI A; 2G5H B; 4RQN A; 2KK0 A; 1QLN A; 1U49 A; 1KLN A; 5E79 U; 3TAP A; 1VDV A; 2GOL A; 4ELV A; 1NZP A; 1KFT A; 3QUC A; 2KTQ A; 1ZXI A; 4F50 A; 4Y2T A; 5A0L A; 4PGX A; 4DFM A; 3KHH A; 3A0H U; 7ICL A; 4C8N A; 1JRO A; 3DEE A; 5DB9 A; 2AQ0 A; 5KFK A; 7ICO A; 1VLB A; 7ICN A; 2K4I A; 4MF2 A; 5KFJ A; 5J29 A; 2BQ3 A; 1SZH A; 8ICQ A; 4F71 A; 2E8O A; 5AM3 A; 5ALQ A; 3KZI U; 1IIP A; 1ED1 A; 4DOC A; 1QSS A; 2R8K A; 4J9O A; 3I28 A; 1XSL A; 1OXJ A; 1D8L A; 4F5P A; 2YTU A; 2RDI A; 1ZOL A; 3WK5 A; 1HIW A; 3QU5 A; 5KFC A; 1JRP A; 4DF4 A; 3Q8R B; 4F5Q A; 3IM1 A; 7ICE A; 1L3V A; 2G09 A; 4MEY A; 1D8B A; 4G9B A; 3MDC A; 1DOQ A; 4KLT A; 2WF9 A; 3KFU F; 4O3R A; 4RPZ A; 1X66 A; 3Q8M A; 1VJ5 A; 4KMU A; 4I2J A; 1UPH A; 2KJ8 A; 4IQT A; 5L1I A; 4FFD A; 2DWQ A; 3D2Q A; 4NLB A; 2EAO A; 5B5E U; 4KLM A; 3KKA C; 5F3X B; 4P0P A; 2BPC A; 2UVU A; 1QH9 A; 1ZD2 P; 4FZL A; 3IDW A; 3MFH A; 1KN5 A; 5K4L A; 4KLD A; 4UAY A; 2KFN A; 3UMG A; 4DCC A; 5GTI U; 3ALR A; 3QYP A; 2J6U A; 5KT7 A; 5ALO A; 3IHQ B; 2W43 A; 3DV9 A; 1TVA A; 8ICZ A; 5ALR A; 4ECQ A; 2KHQ A; 5ALW A; 3RJE A; 4RT3 A; 2FPK A; 5HMM A; 3T79 A; 2AXT U; 8ICG A; 4MEX A; 3HWT A; 2BDP A; 1RQN A; 4J9P A; 3K4G A; 3UXN A; 4AP9 A; 4B6J A; 3L5K A; 2RP5 A; 4RUA A; 4KLO A; 3QXG A; 1BPD A; 1LVH A; 1S9F A; 1A76 A; 3KBB A; 4DSE A; 2LKY A; 5L1K A; 2W8K A; 2KJ5 A; 4UQG A; 3TAN A; 3EYZ A; 4Q8F A; 3V7L A; 5J2B A; 4KLJ A; 5KFA A; 3IV6 A; 4I2D A; 4US8 A; 1JI7 A; 1KFD A; 4O3O A; 4F2S A; 9ICL A; 1F0M A; 1QTM A; 5J0Q A; 4JWN A; 3FYH A; 4KX5 A; 1BNP A; 5KT2 A; 9ICC A; 2W9B A; 4C80 A; 8ICR A; 4TQS A; 1IG6 A; 5CR0 A; 4O5E A; 4R63 A; 3EPI A; 4ECR A; 1NOM A; 2KSO B; 4I2A A; 4KLI A; 4O3P A; 4NLN A; 2KVC A; 1RXW A; 9ICV A; 1X40 A; 3NAS A; 5CA7 A; 3SR6 A; 3V72 A; 1K1S A; 3GFK B; 5DGB A; 2LPE A; 2W9A A; 4YD1 A; 4EBD A; 4M04 A; 2ESE A; 5DG9 A; 4NLK A; 3ISB A; 1ZQH A; 2QAR B; 2DKZ A; 2DPJ A; 4EBC A; 5F9L A; 4RZR A; 3RB3 A; 4P4M A; 5EE9 A; 1YZ6 A; 3C23 A; 4O9M A; 5AM1 A; 1M6Y A; 4GXK A; 7ICQ A; 1UCV A; 2PXI A; 1ZQX A; 4KLL A; 4GC7 A; 2HDO A; 2W9C A; 1SV0 A; 3BDP A; 3UPQ A; 2JXJ A; 2XCA A; 2HBM A; 3BQ1 A; 2W9M A; 3ETL A; 2HHV A; 3JPR A; 3DDH A; 3M6K A; 3OTQ A; 2FE9 A; 4Y2R A; 2I9G A; 5AK5 A; 4CNQ A; 1IM4 A; 1SXD A; 4DQR A; 3HW8 A; 1Z00 B; 1ZQM A; 7ICM A; 2F1I A; 2OCE A; 2WHE A; 4CDG A; 8ICH A; 2HBK A; 5T14 A; 3CW2 C; 5KFW A; 1GO3 F; 1XWL A; 4F92 B; 1RYR A; 3HKZ C; 3K1Z A; 1S5L U; 5GTH U; 4CCH A; 4I27 A; 3JPN A; 2YMQ A; 1D9F A; 4PL2 A; 2E1E A; 2BDU A; 3MC1 A; 4O5C A; 3OPX A; 4QWE A; 3NVV A; 2ZIV B; 1QSY A; 4LZD A; 2JH1 A; 4RU9 A; 9ICA A; 3IN5 A; 1X9S A; 3PY8 A; 2K4H A; 1ZQP A; 3C29 A; 2V4R A; 2WB1 F; 4DF8 A; 2FMS A; 3PW5 A; 5DGA A; 4EEK A; 2UVW A; 2YX8 A; 2NO5 A; 4ECW A; 1DGJ A; 4RQ7 A; 1T4G A; 4F2R A; 4PZN A; 4ED1 A; 4KN7 A; 4FO6 A; 2R8G A; 2AGQ A; 3LVV A; 2HHT A; 5ALX A; 3QX7 A; 3RFA A; 3KKA A; 1TK5 A; 5G5H A; 2BZF A; 2F3N A; 3TFR A; 2KZ3 A; 3LDA A; 3RAQ A; 4DSI A; 5AM5 A; 3C5F A; 2YMP A; 3EUB 2; 4QZH A; 1UT5 A; 4DSL A; 1WCL A; 4PHE A; 2BHN A; 3H40 A; 1O08 A; 1BPB A; 4XUS A; 4O3N A; 5KFU A; 4MFF A; 2ZXH A; 4PL1 A; 3IRU A; 4DL7 A; 2KP7 A; 3B9J A; 4R8U B; 3H4B A; 1TK0 A; 4RQ5 A; 5J0R A; 1L3T A; 5J0U A; 2KIV A; 3RJG A; 3PSF A; 4UB1 A; 4ECZ A; 2PI5 A; 4DQQ A; 2H3I A; 5ALZ A; 1SL0 A; 1JXL A; 2Q4T A; 4JWM A; 4QZD A; 1ZQS A; 5TZV A; 1S0M A; 4MF8 A; 1QQ7 A; 3TAD C; 2BCV A; 4B9M A; 2KIW A; 4QJF B; 1IV8 A; 4UB4 A; 3QEA Z; 5J2J A; 5DDM A; 2W3S A; 4P4O A; 4WJ3 B; 1WUD A; 4UBC A; 5DB8 A; 5ALJ A; 1B4F A; 2BPF A; 2R8H A; 4PGQ A; 3QU2 A; 4Z6E A; 1UA1 A; 2P66 A; 1ZQZ A; 4EYH B; 2A1J B; 3EZ5 A; 1CI4 A; 1LV5 A; 4QZC A; 4FS1 A; 3N4M B; 4NLZ A; 2ZXI A; 2ZJ5 A; 5AI9 A; 2P35 A; 3RJF A; 1ZQD A; 2EAP A; 2KHV A; 3PO4 A; 9ICG A; 5L1M A; 5ALP A; 2QB1 A; 3MR2 A; 1Z1V A; 1X6I A; 2E8M A; 2H3V A; 1A0P A; 4NV0 A; 2LBO A; 3PV8 A; 4OO1 J; 4RQ8 A; 5KT4 A; 4RT2 A; 4NJ8 A; 3NRZ A; 3HIL A; 5HR6 A; 2KZZ A; 2MSN A; 2MAX A; 1NK0 A; 3RB0 A; 2OM6 A; 1BVS A; 2F8K A; 4DEZ A; 1F44 A; 2KKP A; 3ZDC A; 2ASD A; 2ZTE A; 2KSO A; 3SD7 A; 4PZO A; 2KE7 A; 1DXS A; 5J8Y C; 2H3Z A; 2ZTD A; 5EWF A; 3FC4 A; 1OW5 A; 3JPS A; 2UVR A; 2VAN A; 3GV7 B; 2D8C A; 4GFJ A; 5ALU A; 3OJS A; 3I1Y A; 4CE6 A; 4Q44 A; 3RF9 A; 3MAB A; 4C8O A; 1IXR A; 2D3D A; 2F2A B; 3IG5 A; 5AI4 A; 5J2C A; 3LWM A; 9ICJ A; 1TK8 A; 1XO1 A; 5J2I A; 3TAC B; 2IBK A; 4DFJ A; 2YMM A; 4Y2V A; 1Z4N A; 4YXM A; 3SV3 A; 2ISP A; 9ICO A; 1XC9 A; 5CP2 A; 3RTV A; 2C2R A; 1N48 A; 2XIC A; 2F1H A; 1KEJ A; 2MU2 A; 2IOH A; 5B66 U; 5KAF U; 5DBB A; 3M9O B; 4CF3 A; 4XA5 A; 2M0N A; 5CEH A; 3RRH A; 4U6P A; 2K8B B; 1J2N A; 9ICB A; 3ONN A; 3MBY A; 3SI8 A; 4YR3 A; 2KV2 A; 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