3RFAA

X-ray structure of rlmn from escherichia coli in complex with s-adenosylmethionine
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
333
structure length
333
Chain Sequence
KINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLCVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for methyl transfer by a radical SAM enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli
total genus 125
structure length 333
sequence length 333
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2011-04-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3rfaA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3rfaA02
1QDSA 4FIRA 4X3ZA 2AGKA 4JDBA 4O15A 5HWNA 3CHVA 1I2OA 3N19B 2QUUA 2HS6A 5BNKA 3LBCA 4FNSA 1G6CA 1W56A 4NXSA 2X1UA 3O06A 4E38A 2J27A 2RKXA 3UWYA 3W9ZA 1FCUA 4WY0B 5E1QA 2VEKA 4LVGA 1X1OA 4LVDA 3O05A 4UCGA 4OV4A 1B3OA 1OHLA 3PG8A 4K39A 3DFSA 3TXZA 3W1MA 2NWSA 3EWBX 4OWGA 1T0OA 3TUUA 2J6XA 3KHJA 3W7PA 4WXZA 2NZLA 4N02A 4U4MA 4O8RA 1FWSA 4ZQOA 4QSHA 4LVFA 4B5NA 4OHQA 4UTWC 2V8ZA 1W5QA 4M7SA 3ABRA 5A5WA 2YYTA 4Q32A 3B0VC 3VE9A 2CW6A 1HO1A 1GT8A 3ABOA 3IIVA 1LOSA 3W1XA 3NDOA 4JY9A 2QUVA 4AWUA 4DF1A 3NPUA 3Q37A 1EIXA 2YSWA 4GUJA 4JNMA 5DCDA 5HUPA 5AB3A 1JUBA 2AQWA 4O0KA 1OX4A 3IVTA 5K7JA 1OX5A 1TTJA 5D09A 3W2KA 1BWLA 3EWWA 1XCFA 1XBYA 5F2MA 4XBKA 2FPYA 2E6AA 3E9AA 5LGZA 4ZQRA 3L2IA 1JJKA 1F74A 1H5YA 1QOPA 3SGZA 4HNUA 1VJIA 3MHFA 3QMSA 5DBTA 3NZ1A 5F4SA 1JQVA 1Q45A 1IF2A 2ZZ4A 2CWNA 2DZUA 3MMTA 2QEZA 4TIMA 5IBXA 2TSYA 5DLCA 3TV8A 3ANYA 1ZALA 5KZEA 2Q3OA 4MPQA 4JTHA 3BV4A 3ATYA 4MJMA 2QCLA 3TW6A 4AF0B 1BKSA 3RLVA 4IMDA 5EY5A 3GVGA 3OHIA 3W2LA 1JCMP 1ME7A 2ZDRA 3M47A 1KW1A 1OYCA 3NO5A 2D73A 2VEIA 3NGJA 3W22A 1QWGA 3BG5A 3QYQA 1I4NA 1G67A 1AG1O 1KTNA 3EX1A 3MI6A 1WOAA 1T96A 2QKFA 1FY6A 1QCWA 1OFDA 3LRLA 4QITA 1O4UA 3N3MA 4QQ3A 1M7OA 2QCEA 3A9IA 1RQHA 4O1DA 4PH6A 4Y96A 1VLIA 4UFLA 4JTUA 1LORA 3W72A 2BSLA 4O1BA 5DXYA 8TIMA 3N34A 3R13A 3H53A 4FEZA 3TMQA 2O7QA 3A21A 3DKLA 5HWMA 1CW2A 3DHDA 2IQTA 1GTEA 1PVNA 3O6DA 5CPOA 3N2XA 4UNLA 3GR8A 1FCBA 2A7NA 3PB2A 2R14A 2Y7DA 4KFOA 1A5AA 3CT7A 2WSYA 3R8RA 1AW5A 3G1SA 3VNDA 3TXVA 3PBVA 5HMSA 5U4NA 4NJJA 1TV5A 2A1YA 4ORMA 2QJIA 4O16A 1FWWA 1K7EA 3SIZA 3NQ8A 4JGDA 2YGYA 3QZEA 3E02A 2LLEA 1H7OA 1LP6A 4GJ1A 5CZJA 4ZMGA 3GK0A 2YZRA 4A2SA 1VRDA 3FFSA 3W1AA 1V7YA 2ZRYA 1W0MA 4LC6A 4JTKA 1KFCA 3HGSA 2Q8LA 5KSWA 1SO5A 2J9YA 1VLWA 3BW2A 3C6CA 3L5MA 4FNUA 5L6UA 3W1QA 3GZ3A 2F84A 3LXCA 3WK0A 2C3ZA 4C1KA 3S5ZA 4OE7A 1EA0A 1IXNA 5D30A 3IV3A 4WY0F 3HMJG 3G22A 1GTHA 1H1YA 5IM51 1ZJIA 3TMLA 3SGUA 1FWNA 4ADUA 3FYPA 3EWYA 1W8SA 3MYPA 4NZFA 5D37A 3W1TA 2WJZA 3NVTA 1QR7A 1C9DA 3QSRA 3VE7A 3QC3A 4K8EA 1ICQA 2ZZ5A 3C8FA 1RD5A 1VZWA 3G3DA 3L65A 3W7JA 4DPQA 1R47A 4Y9AA 1YDNA 4ALDA 3E49A 2C0AA 3QPYA 3LHYA 2Y89A 4R7JA 3MP5A 3W75A 2VFIA 1XBZA 4UTKA 4O10A 4Q33A 4H6KA 1F05A 4HSNA 4R34A 1TV7A 1W37A 3L9CA 1XBVA 3MJYA 2ISVA 1EP2A 2CLFA 1OFEA 4NX0A 1Q6RA 3NL5A 1SU5A 2A7PA 3SECA 3S5NA 2A21A 3S5OA 3DZ1A 1SPQA 3I7SA 4NJGA 4ICNA 5TIMA 3AJXA 4N6FA 1N8FA 1U83A 3IGSA 1SZFA 3W84A 5J5RA 1HL2A 4LRSA 2DJXA 3HQ1A 3BGGA 4DO4A 4DF2A 3GIYA 3PF3A 1SFJA 1TPDA 1KFEA 3CM4A 4ADSA 3GDRA 2ZA1A 3TQ0A 3C2FA 3LDVA 3MP3A 1W54A 1R30A 5BOOA 1H7WA 2DZWA 1I2NA 4J9JA 5K3VA 1W1ZA 5HR6A 4O12A 1SW3A 5AC8A 3FS2A 2ZTJA 5KITA 3FLUA 5D05A 1H7XA 2F7FA 2ALDA 3GDKA 3OG3A 5HWJA 3P74A 1TO3A 3PB0A 4JTGA 4IMFA 3TW7A 1UBSA 3MO7A 2E68A 4EWND 2ISSA 1LRTA 3LERA 4Y6GA 1SO4A 1B4KA 3VCRA 3JS3A 2YW3A 2E6DA 4AHPA 1J4EA 3ABSA 3FJLA 3O07A 3R89A 1GEQA 2H8ZA 4WJEA 3LTYA 5CKSA 3W2MA 1S5VA 3PY2A 5DELA 3MYOA 2Y7EA 5I3KA 3GAKA 2Y88A 3P61A 3QM3A 3W74A 1Q6OA 1YXDA 4AAJA 4O11A 2RDWA 1RZMA 1OYBA 4KFPA 4P61A 1SR9A 1P1XA 1G7VA 3SSJA 3THAA 1LTDA 4N2YA 3DAQA 1IIGA 4RR4A 3LHZA 4H3DA 3NL3A 1X6UA 3KAOA 5KINA 2V82A 2ZZ7A 2FTPA 3A5VA 2PE4A 3G1FA 4O57A 5FF7A 4JIQA 5K9XA 3TCEA 3NZRA 4WXYA 1QPOA 2DJLA 3T40A 1H51A 3CEUA 3LXBA 2J24A 4JR5A 3S1WA 5DCEA 3BVJA 3W2NA 1PCWA 1W3TA 1A5SA 3UY7A 4BI5A 5H2ZA 4MY1A 4OU1A 3EKLA 5BW6A 2B7OA 2ZRVA 1H63A 1XI3A 2VKZG 4HNNA 3W6YA 1KM2A 4BI6A 1AL7A 4GXMA 4QJ1A 2W0UA 1EP1A 4TX9A 4UUIA 1MEHA 3WK2A 4QIUA 4FNTA 1WDWA 3NA8A 2AAMA 3SZ8A 5KZDA 2VFGA 3UPBA 1B57A 1TCDA 5I3JA 3QQ1A 5EBUA 2GQAA 4JN6A 1OFQA 1AW2A 5K2ZA 3LHUA 3NR0A 1M7PA 3HGRA 1ZAIA 1OK6A 3WK1A 1E51A 3NQVA 4R53A 1GYLA 2C6QA 4UR8A 1ML1A 3CC1A 2YFOA 1XDLA 3P80A 3TROA 2WNNA 2P0OA 4MLJA 1LLWA 3S0CA 1N55A 5BMWA 4ZL1A 2OCZA 3GDMA 3W2UA 5C55A 4A29A 1OYAA 4EOUA 3O6CA 3LOTA 1EPXA 4Z08A 2CFFA 3P60A 1IXOA 2PRLA 4R33A 1SO6A 3L67A 4ZVJA 3TAOA 5ABTA 1P0KA 3VFLA 4UTMA 1F7BA 3TX9A 1DBTA 4HPXA 3S1UA 4HHPA 3LM7A 4NJIA 3W07A 4GUIA 3NNTA 1PCKA 4LV4A 2V2HA 3UWUA 1ZNNA 3HG5A 1OABA 2Q3RA 4DQWA 4N9EA 3OVPA 2FPTA 2OZ0A 3F1QA 2Z6JA 5HULA 2QAPA 4LW7A 3NQ2A 2G96A 2WSRA 5AYYA 4UTTA 5LSMA 1MO0A 4FXRA 2CLMA 1OX6A 3UQNA 2FPVA 1OG0A 1W5NA 1BWKA 3NM1A 3UNDA 1THFD 4DEFA 4ML9A 2QUTA 1TPVA 2FFCA 1OVDA 2O7SA 4GNJA 3BG3A 3W73A 4WZHA 2Y7GA 2V5BA 3IIXA 3OA3A 5G1TA 1YPFA 1QPRA 1CI1A 2XN1A 3G1YA 4BWLC 4XZ9A 3NL2A 1YXCA 2GJLA 2E5DA 3TU9A 3LI0A 3C4UA 4AB4A 1VYSX 1N7KA 4RLIA 1MSSA 1JCLA 3MI2A 2JKAA 3WK3A 3NPVA 1RPXA 1GPWA 1O94A 2VXNA 1GWJA 3UY8A 4XTDA 1Z48A 2FDSA 3LRMA 3G3MA 2ZA2A 1XUUA 3M43A 1KFLA 2QR6A 1SZGA 1TQXA 4AXKA 1NF7A 3DI1A 3IEBA 3B03A 5G2HA 2NXIA 2DP3A 1FWTA 1OF6A 1DL3A 1EB3A 4IMEA 1YYAA 1YDOA 3TC6A 1MXSA 1JCXA 4KFNA 1O60A 4HNTA 3NQAA 1FDJA 4FNQA 1QNVA 1EWEA 3P62A 1GG1A 4UMBA 2YDAA 1J2WA 3LCWA 2OMAA 2WPBA 4Z0JA 3CWNA 2C15A 1ZAJA 3O63A 2R8WA 1YTDA 3G8RA 1GJPA 5AHMA 3I68A 1JCNA 2TMDA 2B0MA 4IMCA 1TTIA 1F76A 5EA9A 4XQ6A 3TSDA 1RVGA 4O4VA 3DFNA 3QW4B 4ZQMA 2J9ZA 2VFEA 1BTMA 5K9CA 4P2VA 2C16A 3ZWSA 2PCQA 3MI3A 4JDYA 1VHCA 3K30A 4IJBA 1YLVA 5AN7A 4O18A 1AK5A 3Q2DA 1DOSA 3BW4A 3NQCA 1KM6A 2ZZ3A 2JKEA 5TQLA 1LOLA 4O19A 1Z44A 2EKCA 5K9DA 2Z0IA 5D32A 5EMUA 1EUNA 1FXPA 2JGYA 4JTSA 1TTQA 2PC4A 3LGEA 1K02A 4FXSA 4QAIA 3GR7A 5EL1A 2DZXA 3GB6A 4CQ9A 1ZENA 3FOKA 4E2DA 5C2XA 5IBXC 3HPZA 4TO8A 4DXVA 4DBDA 3NYZA 1QAPA 3O15A 3G8EA 1MEIA 1JRBA 3BGJA 1SW7A 1LOQA 1G4SA 3ZR4A 5H91A 2PRHA 2W79A 3D0CA 1FCQA 2FB3A 3L5AA 2EHHA 4WQ6A 4X22A 1XDMA 4Z1AA 2HS8A 3JRKA 5D04C 1OX4B 4S1FA 4RV8A 3NEVA 3LCIA 4CNPA 3MWAA 2TPSA 2R94A 2DU2A 5LNRA 1ZFJA 4FX6M 1TPB1 2I1OA 3DHFA 3QSTA 3UZ5A 4NZJA 2B4GA 1F6KA 4CQ8A 3FKRA 1P4CA 1R46A 2QDHA 2X16A 3TSMA 2QCNA 2GOUA 3TSBA 4KWVA 1IIHA 4H4IA 1LM1A 1SUXA 4BF9A 2C19A 1PL9A 5MHBA 2E6YA 2JKPA 1KM4A 1I2RA 2H8XA 3DFTA 5BRBA 5I3IA 1PV8A 3NQ6A 4K36A 2QCFA 2A6LA 1KM0A 3G1XA 4NNBA 1W5MA 4YWIA 1QO5A 1TSIA 1DV7A 5D2XA 5FF3A 3EXRA 3NL6A 1GVRA 5CSSA 4JYEA 5HJLA 5F1UA 1C29A 3W1NA 3SJ3A 3FYOA 5J5DA 4A2RA 1F2JA 2V81A 4CCDA 3N73A 4K8HA 4JIPA 3DFOA 4CNOA 2A85A 3W1UA 4LVBA 4RZ6A 3RU6A 5AYZA 4L4MA 2DZPA 3TAKA 3TJLA 3S6DA 4GFSA 2CZ5A 1XFBA 5AC7A 5D33A 3CB8A 1K7FA 3KRSA 2G97A 2EF9A 1X8FA 3CLMA 5F2LA 2I9EA 3DKJA 4JTTA 5DXXA 2ZZ2A 4XBSA 3B0PA 4TR9A 2BWGA 5AHNA 3N2MA 1I2PA 1WBJA 3ZWTA 1KTBA 1YADA 3F4NA 2ZZ6A 5I3FA 1LROA 1TJRA 2JBMA 4WX2A 1NEYA 5G1YA 3CU2A 3NXFA 3S1XA 2NUXA 4MYXA 2HSAA 4TMCA 1HO4A 4AMAA 5BMXA 4O14A 3P8IA 1JCJA 2H6RA 1NSJA 3N9SA 2QCDA 1XKYA 1OFBA 1TQJA 2ZRUA 3MBFA 2NWRA 5LKYA 4JTEA 2GJNA 1VYRA 3MW7A 3LRKA 5F1VA 3C3NA 2WV8A 4AWTA 5AYXA 2RDTA 1OFAA 4XWUA 1KV5A 2DORA 3G1VA 3NQDA 3BARA 2GQ9A 5LNSA 3P67A 3VKJA 1EWDA 3QW3A 1YXYA 3G0XA 4IMGA 1ZAHA 1PE1A 1TB3A 2CZFA 3B4UA 2YPIA 5T26A 2RFGA 1QOQA 4XTIA 3TQKA 4AWSA 1SSGA 4MIMA 3ELFA 2Y85A 3BLIA 3W7CA 4JTLA 4N9BA 1KFBA 3HO8A 3PUOA 4RXFA 2VFHA 1TPEA 4HSOA 4Z1BA 4NJHA 1QMLA 2XFWA 4YCOA 2ZRZA 4Q4KA 1B4EA 3Q58A 5LNWA 2A2IA 1WV2A 4HT3A 3W2JA 2YFNA 1VC4A 3MP4A 4TU1A 1Z42A 4K7VA 2NUWA 1EEPA 4WOQA 3DFQA 2PRMA 3ATZA 4LC8A 1JQXA 3R2GA 4ZQPA 3STEA 3G18A 5CPLA 2ABBA 4MOZA 1FDYA 1I8JA 2C13A 1G7UA 3I65A 4AH7A 1PIIA 3NPWA 5D2TA 3W23A 1TIMA 1SW0A 3LB0A 1NVMA 3GKFA 2X30A 5AHEA 1OF8A 4ZZ9A 2QDGA 5AHLA 4MYAA 2Y7FA 1HTIA 2GVJA 4M7TA 1EUAA 2CLEA 4JX5A 3HOJA 4IXHA 2HMCA 3T78A 2OT0A 2Q8ZA 1LBLA 2VFFA 4RX0A 1UB3A 2X1TA 1TPFA 1HUVA 5FI8A 3W7MA 2CLOA 3TFCA 3LHVA 4JTFA 4N9DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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