The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
117
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structure length |
117
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Chain Sequence |
TNYSFRTLTLSTAEYTKVVEFLAREAKVPRYTWVPTQVVSHILPTEGLERFLTAIKAGHDSVLFNANGIYTMGDMIREFEKHNDIFERIGIDSSKLSKYYEAFLSFYRIQEAMKLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural evolution of C-terminal domains in the p53 family
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Caenorhabditis elegans
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| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein cep-1
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| total genus |
31
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| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-05-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RP5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VLB A; 3Q8S B; 1MC8 A; 1ZD4 A; 4QNL A; 4PZO A; 3UMG A; 9ICL A; 4J9O A; 2JEJ A; 1S0M A; 3QUC A; 2KD1 A; 1PVP A; 2UVW A; 4KIT B; 4TQR A; 2IOF K; 1TE2 A; 1TV9 A; 5AKE A; 4M2Y A; 4G3I A; 1ZRM A; 4UBC A; 4M04 A; 4KLM A; 2Q4T A; 2HHU A; 2IBK A; 2VKQ A; 3V6K A; 2ASJ A; 3UM9 A; 1D8Y A; 4J9P A; 1ZQC A; 3MR2 A; 5KFM A; 3F5E A; 1F5S A; 2KJ9 A; 1BPD A; 2B6G A; 2WB1 C; 4EYI B; 2NRW A; 3M9M B; 2V4Q A; 4O9M A; 2JGA A; 4C8O A; 2ZXH A; 4IR9 A; 2NO5 A; 4RZR A; 1BPB A; 4F4Y A; 4TUS A; 2C2D A; 4F5P A; 3A0B U; 5AI5 A; 2LI6 A; 1CI4 A; 4YXJ A; 2Y9T A; 1MN8 A; 3AUO A; 2H5X A; 3GII A; 1KW4 A; 2AH5 A; 2RDJ A; 4M47 A; 3H8J A; 2FPK A; 2ZIX A; 5AK4 A; 3LVV A; 1AQ6 A; 4YQW A; 3G6V A; 2VA3 A; 2G09 A; 5EE9 A; 2RDI A; 2NRX A; 2R8J A; 1NOM A; 1KL9 A; 4UB2 A; 4YMM A; 3RR8 A; 3RH5 A; 5J0Y A; 3H8W A; 5ALF A; 4FBT A; 9ICF A; 2E1F A; 9ICW A; 4NY8 A; 1ZD3 A; 2EAM A; 2KIC A; 2H3Z A; 1L7M A; 4ED8 A; 5B66 U; 3L3F X; 5DLG A; 4DOA A; 4QIW F; 8ICP A; 4EX6 A; 4C0Z A; 2QKQ A; 1S10 A; 2XY5 A; 2DKX A; 3IRU A; 2Y0S C; 2QB0 B; 3PMN A; 4JV2 A; 4KLO A; 4B9V A; 1V97 A; 3TAR A; 4ECY A; 1QLN A; 8ICZ A; 3HKZ F; 5KFL A; 4Y2J A; 9ICN A; 2ZTD A; 2BPF A; 4I2G A; 3AL0 B; 3PV8 A; 9ICH A; 3ZDB A; 2E5S A; 7ICN A; 2K4E A; 4ECQ A; 5J0U A; 2R8G A; 4KLD A; 7ICS A; 2PFQ A; 2XIC A; 4DFD A; 2P6U A; 5DBC A; 4TQS A; 2AGO A; 2HHS A; 5AHX A; 4NL9 A; 1QCK A; 1KSP A; 3TAP A; 5HHH A; 3PW0 A; 2F8L A; 4J03 A; 1Z4N A; 2WF5 A; 2W9C B; 3BS5 B; 4QIW C; 1DGJ A; 1ZQB A; 2CXY A; 3HPO A; 4C80 A; 2KTQ A; 3WK9 A; 2K89 A; 3MFI A; 2KKP A; 3OPX A; 2KFN A; 3TQ1 A; 4EEN A; 3F2C A; 4UB8 U; 4IRC A; 3AU6 A; 2WF8 A; 1WUD A; 3ETR A; 3HKZ C; 2MU2 A; 5AKY A; 4IQT A; 4RQ4 A; 4F50 A; 3RR7 A; 2P66 A; 1TK5 A; 2AQ4 A; 4DF8 A; 5ALY A; 4O3N A; 4F3O A; 4P0P B; 1K1S A; 4NJ8 A; 1D8L A; 2ISP A; 2G5I B; 4DSL A; 3PST A; 3UXO A; 3QU2 A; 5III A; 3PML A; 1B43 A; 3JPR A; 1B0X A; 3IV6 A; 1Z1B A; 1ZQL A; 3V6J A; 7ICM A; 9ICO A; 3SD7 A; 2W7P A; 4Y2T A; 3IN5 A; 2LYB A; 2ZJ8 A; 3NS1 A; 2UVR A; 2KVC A; 2H3Q A; 5AKG A; 3PX0 A; 4EBC A; 1S8O A; 2NRZ A; 3RJF A; 3M6Z A; 1QQ6 A; 1TKD A; 1HUZ A; 5KL1 B; 1L3U A; 3H7I A; 5CEH A; 4JWM A; 2OHF A; 5ALH A; 4C8M A; 3MDA A; 5ALO A; 5KFH A; 4TUP A; 4J9N A; 1ZJN A; 1SKW A; 1ZQV A; 5J29 A; 8ICY A; 4OD0 A; 1C20 A; 5ALX A; 4YMN A; 1XSP A; 3C21 A; 3ISC A; 3OGU A; 4NLZ A; 2HVI A; 3A0H U; 5J0P A; 4KLH A; 5KAF U; 3Q8M A; 1PVR A; 5J0S A; 5AIB A; 2XID A; 1RYS A; 2FDR A; 2M0N A; 1WYG A; 4YR0 A; 3KKA C; 3SV3 A; 3B9J A; 2KG5 A; 4I2I A; 4RQ0 A; 1JXE A; 4IQV A; 5ALN A; 1X9S A; 4MEX A; 5KFU A; 1N63 A; 4K4I A; 2Z7J A; 3GIL A; 3NVW A; 4O5C A; 2KZM A; 4YP3 A; 5J2F A; 3EPG A; 3SR6 A; 1X6J A; 3ZDD A; 1T3Q A; 4KLQ A; 3UPQ A; 3HW8 A; 4ED2 A; 3Q8P B; 2PFO A; 4FS1 A; 4QZD A; 1SB3 C; 1RYU A; 3NRW A; 1O03 A; 4ECT A; 1N62 A; 3NUQ A; 5JRT A; 1UA0 A; 2RP5 A; 5L1I A; 5KG0 A; 3D2Q A; 2BCR A; 8ICO A; 4ECX A; 4NM1 A; 2HDO A; 5GTI U; 5KFS A; 3TI0 A; 4E0D A; 8ICA A; 3BS7 A; 4NLG A; 1DXS A; 5AM1 A; 4RT2 A; 5D46 A; 2F76 X; 2ZIW A; 2YB1 A; 3UMC A; 3I28 A; 2GLE A; 1OXJ A; 1ZQI A; 3ZD8 A; 2QAR A; 2MUT A; 1DRG A; 4O3S A; 5AKI A; 4RPY A; 2RLT A; 2GO7 A; 3GV7 B; 1HEK A; 3THV A; 2JV3 A; 4I29 A; 4PHP A; 3T79 A; 1U4B A; 4GXI A; 4RQ5 A; 4NL9 C; 1LKY A; 2P35 A; 4UB6 U; 1MSW D; 2AQ0 A; 4TUQ A; 4IQW A; 5CHG A; 1KLN A; 1QTM A; 5ALK A; 1TAQ A; 4RQ1 A; 1S0V A; 4ED0 A; 4DL7 A; 2AHO B; 4G9B A; 3C5F A; 2OYY A; 1VJ5 A; 7ICI A; 5J2H A; 4F4X A; 4EBD A; 4EEK A; 3FDS A; 4UB3 A; 4J9M A; 1QSY A; 1Y88 A; 2BQR A; 1GO3 F; 3Q8R B; 2BR0 A; 2PI4 A; 4PGQ A; 4PZN A; 5AM3 A; 1L3V A; 5IIK A; 3NGD A; 3RB6 A; 4I2H A; 3TAD A; 3QUQ A; 4ECR A; 7ICE A; 2HI0 A; 3OTQ A; 1JXL A; 1S0N A; 4LZD A; 1BNO A; 1JRO A; 2ZUB A; 4PGY A; 5IIO A; 4UAU A; 2WHE A; 2XVT A; 2G08 A; 1NKB A; 3KZI U; 4ZH4 A; 4LJX A; 4J9Q A; 2HOI A; 3PVX A; 4Z6E A; 2W9B A; 1RG6 A; 3SEI A; 5CJ7 A; 4RQ2 A; 3EUB 2; 1IM4 A; 2W3R A; 1UT5 A; 4CDG A; 3BQ7 A; 5AI4 A; 3Q8Q B; 1RDF A; 3F2D A; 2NRV A; 4KLU A; 3BQ0 A; 3H0R B; 9ICA A; 5KG6 A; 1J2M A; 8ICE A; 4NV0 A; 5J2D A; 2YML A; 4DL5 A; 2G5H B; 5J0W A; 2W7O A; 3CNH A; 3RH4 A; 1UPH A; 4MHV A; 1N61 A; 8ICU A; 4OJO A; 3PW5 A; 2BZF A; 3RJI A; 5ALL A; 4QWD A; 4HYK A; 3PW7 A; 1S76 D; 4R63 A; 1WG8 A; 4UB5 A; 4FS2 A; 3F53 A; 4BJQ A; 2AXT U; 2ZJA A; 4DFM A; 5JU5 A; 3ICX A; 5K4L A; 5J0X A; 1LB2 B; 2KOB A; 3PSF A; 1OUQ A; 2KIV A; 2QB0 A; 1QSS A; 2K60 A; 5F9L A; 2UVV A; 3BZC A; 2NRT A; 3CYM A; 2ZG6 A; 2DF4 B; 3TFR A; 3F2B A; 2YN4 A; 2H3F A; 3NAS A; 4YD2 A; 2AU0 A; 1O08 A; 4WJ3 B; 4F2R A; 1L8L A; 5KFC A; 3MGV A; 5D4B A; 4Y2Y A; 4DCC A; 1BPZ A; 1ARO P; 1MA7 A; 4I27 A; 1Z4O A; 3RJG A; 2IOH A; 4Y2S A; 2WAQ C; 3BQT A; 2KV2 A; 2BPC A; 3RJK A; 5J2A A; 1TAU A; 1HJP A; 4F72 A; 1SIJ A; 2DGZ A; 5F3X B; 2WB1 F; 4RUA A; 2LM4 A; 2JZB B; 2HBJ A; 2XY7 A; 1YZ6 A; 2R8K A; 4B9S A; 2F1J A; 2H3V A; 1DK2 A; 5KL8 B; 1N5X A; 5IIM A; 3GV8 B; 4P0Q B; 1WCN A; 9ICB A; 5DGA A; 1HIW A; 3BS5 A; 2LHT A; 2BGW A; 4Q8E A; 3RF9 A; 1TVA A; 4MEY A; 3ZD9 A; 3SAF A; 3HJE A; 5F9N A; 2MAX A; 1ZQY A; 4UB4 A; 2XO7 A; 4C4R A; 4UAV A; 2HOF A; 4O3Q A; 2ASL A; 2AGP A; 1NKE A; 4PL2 A; 1SV0 C; 2C2R A; 5C5J A; 4ELT A; 2HVH A; 2G0A A; 3GZF A; 1KN5 A; 1XWL A; 3GQC A; 3L4P A; 1N5W A; 4RU9 A; 1RXV A; 4GXJ A; 1IIP A; 2JHD A; 2K8C B; 2W43 A; 1PVQ A; 3M7D A; 2KZZ A; 1X40 A; 3H0M B; 3PSI A; 1PZN A; 5DBA A; 3N97 B; 3H4B A; 3LVW A; 1WWU A; 1T3N A; 2Y0S F; 4YD1 A; 4P2H A; 1V85 A; 5GTH U; 2D3D A; 4Y2V A; 4U7C A; 1V9P A; 4O3R A; 5CRX A; 3I76 A; 5IIL A; 4F71 A; 2LPE A; 3IG8 A; 3T3F A; 4NLN A; 4IR1 A; 5J0T A; 2EZX A; 1ZQG A; 3NTU A; 2OWO A; 9ICC A; 3U26 A; 1JMS A; 2J6T A; 1BGX T; 4ELV A; 3TAD C; 3M1Y A; 2OEH A; 2PKE A; 5AKZ A; 3M6K A; 4B9U A; 4U6P A; 1Z3E B; 3O0F A; 1X66 A; 4NWI A; 4DL4 A; 2IHN A; 4GXK A; 1DGS A; 2YMQ A; 8ICR A; 5KFG A; 2FLP A; 4JK1 A; 3IM1 A; 4QZE A; 1PK3 A; 5KAI U; 4RPZ A; 4Y2R A; 3WK5 A; 1TFR A; 7ICU A; 3ZDC A; 2PMZ F; 7ICP A; 8ICG A; 5ALJ A; 4RQ6 A; 4IRK A; 2KN7 A; 3JPN A; 4DWI A; 3CW2 C; 5AKK A; 3MGH A; 4IQU A; 1N2X A; 1ZQK A; 3G6X A; 5T14 A; 2A19 A; 2HHQ A; 5C0Y A; 3RB4 A; 2YMM A; 4QZI A; 2PI5 A; 4QZB A; 2ZIU B; 4IRD A; 3QU9 A; 3NVV A; 2A3V A; 2YX8 A; 4Y2U A; 4PPX A; 1ZQU A; 3BQ2 A; 1SKR A; 2W04 A; 4ED7 A; 2XCA A; 1BPX A; 2VJ4 A; 2ZTE A; 3C5G A; 4JV1 A; 5EOZ A; 3QEB Z; 3GIJ A; 3AQE A; 1QH9 A; 1XU4 A; 3QXG A; 5ALQ A; 1X9W A; 4IL6 U; 5J2K A; 2RHF A; 3HP6 A; 1S97 A; 4B6J A; 5KFD A; 1EXN A; 1RQL A; 4C7Y A; 5AKL A; 9ICT A; 2PMZ C; 1S5L U; 4QJF B; 3B0X A; 1L8O A; 2L5Y A; 9ICK A; 4DSF A; 3LDA A; 2VA2 A; 2XCP A; 4PHD A; 2DBY A; 2KSO B; 3M8S A; 1S77 D; 3VC8 A; 5DBB A; 8ICM A; 1ZQE A; 3BJY A; 3RAQ A; 2DPI A; 4I2A A; 3DV9 A; 5H2F U; 1D9F A; 2HSZ A; 1D8B A; 3AEV A; 1PK1 A; 4C8L A; 4JUZ A; 3SYZ A; 2ZIV B; 5BOL A; 1S0O A; 2OXO A; 4M9H A; 2BHN A; 3WK7 A; 4CGZ A; 3UXN A; 4UAW A; 5IIN A; 1NK4 A; 4RQ8 A; 1X6I A; 5AKH A; 2OCE A; 3GU3 A; 1PUZ A; 5BOM A; 1KQQ A; 3T5H A; 1XSN A; 4KLJ A; 3BQ1 A; 4R8U A; 3C1Y A; 3SEN A; 4UAT A; 1RQN A; 2FPM A; 2W11 A; 3FC4 A; 4F91 B; 4NLK A; 4Y2Q A; 2F3N A; 3RJE A; 2JR5 A; 1NK7 A; 3QU5 A; 7ICG A; 3NVZ A; 1L5U A; 2V4R A; 3K4G A; 1FIQ A; 4UAS A; 4PHA A; 3ORY A; 1KFD A; 3RBE A; 3KZX A; 4RT3 A; 2BQ3 A; 8ICH A; 4YR2 A; 4GIB A; 5KG4 A; 4I2D A; 1SWV A; 1BVS A; 3JPO A; 2O6K A; 3N7P D; 2DUY A; 4YG2 A; 4J9S A; 1FFV A; 1ZQM A; 2ZIX B; 2EAN A; 1T8E A; 1ZQO A; 1CEZ A; 4ZOH C; 9ICJ A; 3C1Z A; 4QWC A; 1ZQT A; 4F4W A; 5DG8 A; 7ICT A; 4FO6 A; 4QZG A; 2BDP A; 1OW5 A; 3M8R A; 1NK5 A; 2JEF A; 3EW9 A; 4HAI A; 3D2S A; 2E8N A; 3T5L A; 5D49 A; 2DPJ A; 2WF6 A; 2I6X A; 5DB6 A; 2WF7 A; 4Q45 A; 3SV4 A; 3PW4 A; 5DQH A; 2A1J A; 1U9L A; 1FEZ A; 3PY8 A; 3WKD A; 4QW9 A; 3QEA Z; 2B21 A; 4PHE A; 4NXZ A; 2FLN A; 4US8 A; 9ICP A; 3FYH A; 2HHX A; 4O3M A; 4DEZ A; 4A8E A; 3RAX A; 2KEY A; 3T5J A; 3N28 A; 1C7Y A; 3RRH A; 8ICN A; 3HIL A; 5DQI A; 4Q43 A; 2ISO A; 5CA7 A; 5JTI A; 4NM2 A; 3KBB A; 4YR3 A; 4ACO A; 4KMU A; 2J6S A; 1RZT A; 3SZ2 A; 1YZ7 A; 3GIK A; 5KT4 A; 5ALZ A; 4O5K A; 1NK0 A; 1X9X A; 1ZQW A; 4BXO B; 1Z00 A; 1B22 A; 3RRG A; 4I2F A; 3MC1 A; 4KLT A; 2KHV A; 3ZDA A; 3PR4 A; 3ONN A; 2KJ8 A; 8ICQ A; 3C2K A; 3V6H A; 3CRX A; 1ZQX A; 2HMX A; 5CP2 A; 1ZET A; 4MF2 A; 4OJ5 A; 4DS4 A; 4M6W B; 2I9G A; 4KLF A; 3WKC A; 3LK9 A; 4R66 A; 3H0L B; 3SMV A; 3WK8 A; 2YTU A; 1LVH A; 4EX7 A; 4Y2P A; 5J0O A; 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4Z6F A; 1TK8 A; 4DSJ A; 5KFW A; 2F1H A; 5EWE A; 2ZIW B; 5ALT A; 2WTF A; 4NLC A; 4J9R A; 8ICT A; 2K4I A; 2QAR B; 4FZM A; 4KN4 A; 3SAG A; 2W9C A; 3C2M A; 2KKV A; 3ETL A; 4F5R A; 1NZP A; 1KEJ A; 5E79 U; 2FJ6 A; 4DFJ A; 1A77 A; 3PO5 A; 1L3S A; 3EYZ A; 4PGX A; 4QZF A; 4YMO A; 2MSN A; 1XO1 A; 5KFF A; 1LKY B; 2KK0 A; 4BDP A; 3WK6 A; 5J2G A; 2KZ3 A; 4R64 A; 3N4M B; 1ZYQ A; 7ICL A; 4QZH A; 4QZC A; 2E8O A; 2LMR A; 3QUT A; 5J2B A; 1IXR A; 4BGD A; 4UB1 A; 2EDU A; 2R8I A; 4K4G A; 3C29 A; 2HHW A; 4BWM A; 4GFJ A; 4P0P A; 3F5A A; 1L7N A; 5KFY A; 5KFO A; 2KJ5 A; 5AK6 A; 2YMP A; 1SGG A; 3SAH A; 2CPR A; 2LYA A; 1S9F A; 2BKE A; 2PXI A; 9ICS A; 3TKA A; 4F5N A; 4CF5 A; 5AM2 A; 3FM9 A; 3WKE A; 2W9M A; 1IG6 A; 4LZG A; 9ICR A; 2ZUC A; 2K4P A; 3UMB A; 4F93 B; 1XO0 A; 2JH7 A; 5HHI A; 2FMS A; 1LV5 A; 2RQ5 A; 3CP8 A; 4P4O A; 3ZI4 A; 3LWM A; 4DSI A; 5AK3 A; 4EYH B; 4DF4 A; 3E0F A; 2HHT A; 1BPE A; 2W9B B; 3Q8L A; 3AQF A; 2A1A A; 1JN3 A; 1KDH A; 2IHM A; 4QWE A; 3L5K A; 4DFP A; 1H38 A; 4ED6 A; 5KG5 A; 1L7O A; 3V72 A; 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