The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
134
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structure length |
134
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Chain Sequence |
GNGASRDWKMAIKRCSNVAVGVGGKSKKFGEGNFRWAIRMANVSTGREPGDIPETLDQLRLVICDLQERREKFGSSKEIDMAIVTLKVFAVAGLLNMTVSTAAAAENMYSQMGLDTRPSMKEAGGKEEGPPQAY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Feline immunodeficiency virus (isolate petaluma)
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| publication title |
NMR structure of the myristylated feline immunodeficiency virus matrix protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Matrix protein p15
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| total genus |
33
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| structure length |
134
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| sequence length |
134
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-04-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ED1 A; 2H3F A; 1A6S A; 1HIW A; 4JMU A; 2H3V A; 2K4H A; 1TAM A; 2H3Z A; 2GOL A; 2K4E A; 2LYB A; 2N1R A; 4IC9 A; 1HEK A; 2H3I A; 2JMG A; 1L6N A; 1UPH A; 1ECW A; 2HMX A; 2NV3 A; 4ICA A; 2LYA A; 2K4I A; 2H3Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DFD A; 2XGP A; 4DOB A; 2Y1J A; 2RHF A; 5AI9 A; 1SKS A; 2HBM A; 4F50 A; 5KFK A; 3QX7 A; 9ICO A; 3RH5 A; 3QU4 A; 4DQQ A; 2G5H B; 3WK6 A; 1ZQQ A; 2ZIU A; 8ICB A; 4NJ8 A; 1D8B A; 3OSN A; 1UA0 A; 8ICC A; 4PJ0 U; 3TAD C; 5ALT A; 2IA6 A; 2BGW A; 2HBK A; 1L5U A; 1ZRN A; 3WK7 A; 1MSW D; 1S77 D; 1ZD4 A; 3TQ1 A; 3WK9 A; 4DFP A; 4LJX A; 1XSP A; 3M6Z A; 2MSN A; 3AM9 A; 2JEJ A; 2AGQ A; 2N1R A; 4F5R A; 4K4I A; 5L1L A; 1Z4N A; 2XCA A; 4F5N A; 2ZTC A; 5ALX A; 1BPE A; 4EEY A; 1T8E A; 1Q8K A; 3KHR A; 1L7N A; 5KFN A; 4Q44 A; 5J2C A; 5CB1 A; 2W11 A; 2HHU A; 4KLT A; 4DS4 A; 2V4Q A; 4YN4 A; 4MHV A; 5KL1 B; 2HVH A; 1T7P A; 3RAQ A; 3ZD9 A; 2BQ3 A; 4KN7 A; 5DB6 A; 1TK5 A; 3UMB A; 5DB9 A; 4NL9 A; 3RH4 A; 1N5W A; 2PFQ A; 4Y2Y A; 1J2N A; 3BQ1 A; 4C4S A; 1ZET A; 4YFK A; 2QKQ A; 1T4G A; 4ECX A; 3LVW A; 4RQ1 A; 7ICO A; 2P35 A; 1DK2 A; 1XC9 A; 4DSE A; 4EYH B; 8ICY A; 2J6S A; 1UQV A; 1TV9 A; 2Q0Z X; 3C5G A; 4DL2 A; 1JN3 A; 2K8B B; 3G6V A; 1SB3 C; 2JEF A; 3AU2 A; 1XO1 A; 4DQI A; 3LWL A; 3H0M B; 1S0N A; 3CNH A; 1IM4 A; 4R64 A; 3THV A; 7ICK A; 1XSL A; 4F2S A; 3PR4 A; 1ZQB A; 3SAG A; 1SXD A; 3RAX A; 3ZDE A; 2K4I A; 1PVP A; 1MN8 A; 5JUM A; 4KN4 A; 4C4R A; 2ASL A; 1ZOL A; 3H8W A; 3QE9 Y; 4YR0 A; 1V38 A; 2F2A B; 3B9J A; 1O08 A; 2FPM A; 4TQS A; 3ISD A; 1ZQE A; 4FZM A; 1MA7 A; 1HEK A; 3QU5 A; 4F4X A; 3EUB 2; 3TAC B; 2LBO A; 4Z6C A; 2JH7 A; 3RJI A; 2RRD A; 4QZ8 A; 2ZIW B; 3TAQ A; 4RT2 A; 2KNJ A; 4QWB A; 8ICV A; 5HNK A; 4OJO A; 1XNS A; 1RXW A; 3QEA Z; 1ZQL A; 1ZRM A; 3JPT A; 2CN1 A; 4BUG A; 8ICM A; 8ICU A; 2JH1 A; 2BCS A; 3QU2 A; 2JHD A; 3Q8S B; 2QLT A; 1LB2 B; 3ETL A; 4IS7 A; 2C28 A; 3SI8 A; 1L3S A; 4ED2 A; 5EWF A; 3F5A A; 1TKD A; 4ZOH C; 3WK4 A; 3K4G A; 2AXT U; 2F3N A; 2E3T A; 2BKE A; 9ICH A; 4Q8F A; 2KK0 A; 5KFR A; 3V7J A; 3JPO A; 1NJY A; 2KE7 A; 4RQ7 A; 4QZI A; 8ICK A; 1PVR A; 5J2D A; 1MQ2 A; 3KKA C; 5ALH A; 3UXN A; 2HOQ A; 5AKL A; 9ICA A; 4ECQ A; 2A1J A; 4RU9 A; 3RB3 A; 3T5H A; 3NVV A; 3BZC A; 4BX9 C; 3D2N A; 2HMX A; 4UB8 U; 2FE9 A; 4NXZ A; 8ICG A; 4B9U A; 3E58 A; 2AQ0 A; 2VJ5 A; 1TVA A; 3BS7 A; 4RQ5 A; 5IIO A; 2XGQ A; 5DBB A; 3ALR A; 1CUK A; 3Q8Q B; 4ECT A; 2GO7 A; 2I9G A; 9ICV A; 5EE1 A; 2M9N A; 4UW9 A; 4CF5 A; 2J6T A; 5KFZ A; 2RDI A; 5KFE A; 1BPY A; 4GXK A; 2EAM A; 3V72 A; 1Z19 A; 5ALW A; 4Q43 A; 4YXM A; 5ALV A; 1FEZ A; 9ICE A; 4AYB C; 4M47 A; 1NZB A; 5KG3 A; 2DFL A; 5ALU A; 2ES6 A; 3CRX A; 2YB1 A; 5J2A A; 5AKH A; 4DLG A; 4M9H A; 1RYR A; 1QQ5 A; 4MFF A; 3AU6 A; 4F4K A; 4XA5 A; 4KX5 A; 3PZP A; 1ZQY A; 4Q45 A; 1JUD A; 4Z6D A; 4RZR A; 2ZUB A; 2Y9T A; 3FC4 A; 4LZG A; 1LV5 A; 1KFD A; 2YN4 A; 5K4L A; 1PK1 B; 3F5E A; 4LZD A; 5D46 A; 4YQW A; 7ICV A; 3TAP A; 2PI4 A; 3U26 A; 4Z6E A; 1LVH A; 3V7L A; 3HT3 A; 1ECW A; 3AL0 B; 1WUD A; 3Q8P B; 3GV8 B; 2H3F A; 2OM6 A; 3ETR A; 4YMM A; 4PGQ A; 4JWM A; 4PL1 A; 2O6K A; 1PK3 A; 4P4M A; 7ICF A; 5HHH A; 4ELV A; 1KRP A; 3H4D A; 1QSS A; 5CWR A; 2E1F A; 3MBY A; 3N7R C; 4KLG A; 3KOO A; 5KFS A; 3I28 A; 3HPO A; 5AI0 A; 3EWA A; 4QZA A; 2KD1 A; 3SQI A; 3T5J A; 1SV4 A; 1ZD3 A; 1QQ6 A; 2AGP A; 2DQN B; 5G5G A; 1B0X A; 1S10 A; 3OHA A; 2F77 X; 1NK0 A; 3QZ7 A; 4B9M A; 5L1K A; 5DGA A; 4RUC A; 4NLG A; 8ICE A; 2F1I A; 4M0A A; 4XRH A; 4YR2 A; 4C0Z A; 2NRT A; 4O3O A; 4QZ9 A; 9ICF A; 3MDA A; 2W9M A; 3JPN A; 2OH2 A; 3MGI A; 1NK7 A; 1QSY A; 2PXI A; 3UM9 A; 4M6W A; 1P7D A; 3RJJ A; 3NGD A; 2UVW A; 4DF4 A; 9ICX A; 3E2E A; 4J9Q A; 4JV2 A; 4O5E A; 2NRW A; 1NZP A; 2QB0 B; 5AK4 A; 1PK1 A; 2KHQ A; 4Y2X A; 4YXJ A; 2R8G A; 2LMR A; 3F2B A; 2BPF A; 4O3N A; 2FPK A; 5J2H A; 3MR3 A; 4BXO B; 4I27 A; 5AIC A; 2G0A A; 1Z00 A; 2BZF A; 3S6J A; 1BGX T; 5AM0 A; 2GWS A; 5AIA A; 2E8O A; 3K1R B; 5AKI A; 5J2E A; 2B21 A; 2Y9U A; 3SEI A; 2JEG A; 3Q8R B; 8ICR A; 2W8L A; 1UPH A; 1ZQI A; 4UQG A; 2MUT A; 3NVZ A; 4QIW C; 4NY8 A; 3KHL A; 1X2I A; 3UQ0 A; 1HUO A; 1U4B A; 3RJF A; 4J03 A; 2LM4 A; 2OCE A; 7ICL A; 4DLE A; 4JMU A; 1JXE A; 3BQ7 A; 4NLC A; 2IOF A; 2PFN A; 1ZQZ A; 2QAR B; 5AIB A; 1LKY A; 1M6Y A; 1ZD5 A; 2ZIX A; 3MFH A; 1Q46 A; 4JWN A; 4DQR A; 2XID A; 5AKX A; 2ZUD A; 5KG2 A; 4IQV A; 2BR0 A; 5JRT A; 3MR2 A; 9ICT A; 2H3Q A; 1ZQC A; 7ICQ A; 4TUQ A; 2WF5 A; 4C7Z A; 3ZDC A; 4RNN A; 4UB3 A; 4MF2 A; 2PMZ F; 2W55 A; 5ALD A; 4DFJ A; 3GFK B; 8ICJ A; 3PX4 A; 5C0Y A; 4UAR A; 4IRC A; 4I2G A; 3BDP A; 1JRO A; 3UQ2 A; 5G5H A; 1RZT A; 5L1I A; 2MA1 A; 5AK3 A; 1D9F A; 1NK6 A; 4ECY A; 5ALM A; 1B22 A; 1X9W A; 1DOQ A; 2DGZ A; 4F5O A; 3N4M B; 2A1A A; 4Q8E A; 5AK6 A; 3M9M B; 2YTU A; 4M9J A; 1KKX A; 2QB1 A; 3WU2 U; 4NWI A; 3OTQ A; 2F1J A; 3N28 A; 1COO A; 5J0W A; 1S0V A; 1IG6 A; 2QB0 A; 4R66 A; 2DL0 A; 1L6N A; 4YR3 A; 4J9N A; 1ZQV A; 7ICP A; 4I28 A; 5L1M A; 3RB0 A; 9ICW A; 3DEE A; 2WFA A; 2PFP A; 2HHW A; 3RFA A; 1KW4 A; 1C7Y A; 2ASJ A; 2Y0S C; 2J6U A; 1CRX A; 5KFI A; 3IM1 A; 2H3Z A; 3NVW A; 4YVZ A; 2VIX A; 4DQP A; 1KLN A; 4FZL A; 2E5S A; 4P0P B; 5KAI U; 4QZE A; 4R8U A; 2ATL A; 1VJ5 A; 4DL4 A; 5ALQ A; 2G06 A; 4DCC A; 5EWG A; 1D8L A; 2VA8 A; 4KLL A; 4TQR A; 2XC9 A; 1HIW A; 2DUY A; 3BQT A; 4O3Q A; 1JRP A; 4Y2P A; 5III A; 2FDR A; 3GQC A; 3M9N B; 3G6X A; 1WCL A; 5IIJ A; 4KLM A; 1FFU A; 5KTQ A; 2QAR A; 3UXP A; 2W9A A; 3PY8 A; 3Q8L A; 2LYA A; 4PHA A; 4K4G A; 4I2F A; 4GFJ A; 4A8E A; 1A6S A; 5A0L A; 4B9V A; 3JPR A; 2HBJ A; 4RUA A; 5KFH A; 1RQN A; 3QYP A; 5J8Y A; 2G08 A; 5AKZ A; 2KTQ A; 4EZ6 A; 1X6I A; 3MGH A; 4PH5 A; 5BOL A; 1FIQ A; 4EZ9 A; 1B4F A; 4EEK A; 3AEV A; 5EOZ A; 4RQM A; 3GIM A; 2C2R A; 5KG6 A; 9ICC A; 4DL3 A; 8ICS A; 1SL0 A; 3UPQ A; 7ICR A; 2KHV A; 2F1H A; 1X66 A; 4FBU A; 4QZH A; 2KJ9 A; 3FYH A; 3GIK A; 8ICN A; 5AI5 A; 2DBY A; 1Y88 A; 4KLJ A; 2K8A A; 5B5E U; 3BQ0 A; 1NK4 A; 2WF7 A; 4EEL A; 2KMD A; 5L9X A; 1K1S A; 3I76 A; 2IBK A; 4DWI A; 4O5C A; 5AHX A; 4KLS A; 4WJ3 B; 1RPL A; 8ICF A; 2NRV A; 5TIS U; 4BGD A; 1MQ3 A; 3Q8M A; 1X6J A; 3RJG A; 1XO0 A; 2CRX A; 9ICL A; 5KFG A; 5KFA A; 3PMN A; 2NRZ A; 5KFO A; 5IIL A; 1KQQ A; 3QXG A; 4P0P A; 9ICS A; 3PNC A; 4I2C A; 2GLE A; 4P0Q A; 1S97 A; 2F44 A; 3OSP A; 1ZQ1 C; 4QWC A; 4OJ6 A; 3QUB A; 1BPB A; 5J2B A; 2BCV A; 4LVS A; 3FAH A; 2D3D A; 2WF9 A; 4IQW A; 4QZD A; 2R8J A; 3M1Y A; 1ED1 A; 9ICB A; 3N7P D; 3PSP A; 2ODG A; 4IRK A; 1OXJ A; 2HHQ A; 1ARO P; 3V6K A; 1VLB A; 2CXY A; 4B9T A; 3D2S A; 9ICI A; 4U6P A; 2IHM A; 3PSF A; 5J0Y A; 1SV0 C; 3NS1 A; 4BJQ A; 3M9O B; 5KFC A; 4I2D A; 1ZQD A; 3O0F A; 5DG7 A; 2DPJ A; 8ICA A; 4DSF A; 4UB4 A; 2W43 A; 4EX6 A; 2AQ4 A; 2HOI A; 2CPR A; 3ORY A; 8ICW A; 4QNL A; 4AP9 A; 8ICH A; 3QNM A; 3WK8 A; 2KJ8 A; 3AN1 A; 1A77 A; 2F8K A; 2KKP A; 4O3M A; 2WB1 F; 4EBC A; 5FP0 A; 4ICA A; 1ZQU A; 3AQF A; 5KG5 A; 4UBB A; 1IIP A; 1L3U A; 2JZB B; 2HSZ A; 2KFZ A; 4F72 A; 1RYS A; 4DOA A; 5KFM A; 1KSP A; 3RB6 A; 1NKC A; 2RLT A; 4PZN A; 3MR5 A; 2W3R A; 2YML A; 4KX3 A; 1SL1 A; 3CW2 C; 1ZD2 P; 3BQ2 A; 3M6K A; 2YY6 A; 5DLG A; 3D6J A; 4RQ3 A; 4IR9 A; 8ICP A; 2KZZ A; 3SAH A; 4UB6 U; 3WKD A; 3RRH A; 4Y2S A; 4DOC A; 3MAB A; 5HP4 A; 2H5X A; 5KFD A; 4XUS A; 2LYH A; 1T94 A; 1N61 A; 3C28 A; 1KFT A; 3WKC A; 4TUR A; 4ECV A; 1S76 D; 1BNP A; 2L5Y A; 4EX7 A; 1XWL A; 1ZQN A; 3D2Q A; 1YZ6 A; 4MEY A; 5AKK A; 4NL9 C; 3KTQ A; 4ECS A; 2E8M A; 1WWU A; 3I1Y A; 7ICE A; 4ELU A; 3V7K A; 1ZJN A; 1DK3 A; 1X9S A; 4DO9 A; 2I5H A; 5ALN A; 4M9L A; 4KTQ A; 3SAF A; 1ZQH A; 5KG7 A; 4JK1 A; 4KLU A; 1KBU A; 1F44 A; 4OD0 A; 3G6Y A; 4DEZ A; 1U47 A; 2HCF A; 2ZIW A; 2WF8 A; 4PZO A; 2MU2 A; 2JV3 A; 4ED1 A; 3HP6 A; 2VKQ A; 5GTH U; 2D6F C; 4RQN A; 1K5O A; 4ECW A; 2F76 X; 3WKE A; 4QZB A; 5KFF A; 2PI5 A; 1NK5 A; 4K4H A; 2JMG A; 2W9C B; 4Y2V A; 1ZQP A; 5AM2 A; 3ZDB A; 1RYU A; 8ICQ A; 5ALF A; 3JPQ A; 5HMM A; 2BQU A; 1ZQS A; 1GO3 F; 1WYG A; 4FS1 A; 1YZ7 A; 1DGS A; 3B0X A; 2KVC A; 4GC7 A; 2ZJ5 A; 2M0N A; 3ZDD A; 2JZB A; 4XQ8 A; 3J81 j; 5J2G A; 3RBD A; 2KJ5 A; 2ZTE A; 4DL6 A; 1U48 A; 4P4P A; 1Q3U A; 5KFX A; 2KV2 A; 3HKZ F; 1S9F A; 1S0M A; 5ALJ A; 5F9N A; 2HBL A; 1KDH A; 3PW0 A; 2ZJ8 A; 2FJ6 A; 5EE0 A; 4O3R A; 2I1Q A; 1NNL A; 1QH9 A; 5AK5 A; 2W04 A; 4J9R A; 4P4O A; 3ICX A; 5ALY A; 4OJP A; 1N60 A; 4QW8 A; 5CEH A; 3SYZ A; 4YMO A; 2KIV A; 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