The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
134
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structure length |
134
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Chain Sequence |
GNGASRDWKMAIKRCSNVAVGVGGKSKKFGEGNFRWAIRMANVSTGREPGDIPETLDQLRLVICDLQERREKFGSSKEIDMAIVTLKVFAVAGLLNMTVSTAAAAENMYSQMGLDTRPSMKEAGGKEEGPPQAY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Matrix protein p15
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| publication title |
NMR structure of the myristylated feline immunodeficiency virus matrix protein.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Feline immunodeficiency virus (isolate petaluma)
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| molecule tags |
Viral protein
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| total genus |
33
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| structure length |
134
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| sequence length |
134
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-04-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K4I A; 2K4H A; 2K4E A; 2NV3 A; 2LYB A; 2H3Z A; 2H3F A; 1ED1 A; 2LYA A; 1HEK A; 2HMX A; 4IC9 A; 2N1R A; 4JMU A; 2H3I A; 2JMG A; 1ECW A; 1UPH A; 4ICA A; 1L6N A; 2GOL A; 1HIW A; 1TAM A; 2H3Q A; 2H3V A; 1A6S A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3B0Y A; 2KZ3 A; 4Z6E A; 5EE3 A; 2AJQ A; 3KD3 A; 3RJI A; 5KFG A; 3HKZ C; 4Y2Q A; 4Q8E A; 3MBY A; 2VJ5 A; 4JWM A; 5CJ7 A; 2LM4 A; 4KLG A; 2W43 A; 4RQM A; 3JPS A; 5HHH A; 2OM6 A; 2MUT B; 3PW5 A; 5L1L A; 1Q3U A; 2FLL A; 2K4I A; 2KVS A; 4X5V A; 1UT8 A; 4PL2 A; 2ZIU A; 2QAR B; 5J2C A; 9ICG A; 4C8K A; 2D3D A; 4RPY A; 1U48 A; 4LZD A; 3ISD A; 2DFL A; 1NK4 A; 2DGZ A; 4NL9 C; 3GU3 A; 3RJG A; 1D8Y A; 3RAX A; 4I2B A; 3BS5 B; 3KHG A; 5AM5 A; 1PK1 B; 5J2I A; 3D2S A; 4GXI A; 3NRZ A; 4F4Y A; 2YB4 A; 7ICM A; 9ICF A; 2XID A; 4DL5 A; 2ZJA A; 1KEJ A; 2HOQ A; 3M6Z A; 2ZIW B; 4ECY A; 4O9M A; 3VC8 A; 2OWO A; 2YN4 A; 5AI0 A; 1N56 A; 3WK4 A; 5L1M A; 4IQU A; 4DS5 A; 4JUZ A; 3SZ2 A; 4ED0 A; 4IQW A; 5AKH A; 4M9H A; 4P4P A; 5ALR A; 5ALV A; 1Z00 B; 3ISB A; 2BQR A; 2BCR A; 1N63 A; 4YN4 A; 5KFR A; 1XNS A; 3BS5 A; 3K4G A; 4CGZ A; 8ICH A; 3UPQ A; 2K8A A; 3C1Y A; 1RXW A; 1PK1 A; 3CNH A; 2ASL A; 3PX0 A; 2UVU A; 2I1Q A; 2DPI A; 1ZQQ A; 4FS2 A; 1WCN A; 4AYB C; 5ALK A; 2E8P A; 4M9G A; 3HPO A; 1JRP A; 4YCX A; 9ICA A; 2JGA A; 2KTQ A; 1KRP A; 8ICC A; 4NLC A; 3WKB A; 4ECU A; 3PX4 A; 2YMM A; 4DEZ A; 4KX3 A; 4OCZ A; 1HJP A; 5KFI A; 1ZQM A; 2GH1 A; 4IQT A; 3RH6 A; 4ECR A; 4BXO A; 2H3Z A; 2W3S A; 1A0P A; 4UAT A; 3TAD A; 1PZN A; 1DK3 A; 2DL0 A; 2F1J A; 5TZV A; 4C8O A; 1ZD4 A; 2KN7 A; 2J6U A; 1DXS A; 1NJZ A; 2JZB A; 1A6S A; 2BCU A; 5DG9 A; 1WWU A; 2KSO B; 1L7M A; 1T7P A; 3FC4 A; 5CRX A; 5DBB A; 3C1Z A; 1N5W A; 4ZH4 A; 3BJY A; 4O3S A; 1ZQ1 C; 3WKA A; 3V6H A; 1V85 A; 3QUQ A; 1B0X A; 3D2Q A; 3F2D A; 5CR0 A; 2L5Y A; 4QZI A; 5L1K A; 5KG1 A; 1QH9 A; 4FZM A; 2BCQ A; 9ICS A; 4JB3 A; 5J0Y A; 4DOB A; 2BHN A; 4R65 A; 2W9B A; 3Q8K A; 4U7C A; 2MAX A; 1RQN A; 3K1R B; 5KT6 A; 3LWM A; 2KE7 A; 1VDV A; 3I28 A; 3D2N A; 4YP3 A; 4J9N A; 4UB3 A; 1N5X A; 3KFU F; 1XSL A; 7ICQ A; 3EW9 A; 4YR3 A; 4QZ9 A; 2XIC A; 2I5H A; 4PHP A; 4IRC A; 3GQC A; 4YG2 A; 5DLG A; 1NK8 A; 2KJ8 A; 4FE3 A; 2JH7 A; 3D6J A; 9ICI A; 1SL1 A; 1XWL A; 2DBY A; 2AGP A; 2M9N A; 2N1R A; 4UB8 U; 4YXJ A; 1YZ7 A; 2JRZ A; 5KL1 B; 3MR3 A; 5KFZ A; 4CNQ A; 4RQ1 A; 4P2H A; 4NXZ A; 5ALM A; 2RQ5 A; 7ICP A; 7ICK A; 1ARO P; 2NV3 A; 4I27 A; 5JTI A; 3KZX A; 1X6J A; 1ZRM A; 4QWC A; 1UA1 A; 5HML A; 1BPD A; 3NAS A; 9ICW A; 4QIW F; 2F1H A; 2OEH A; 9ICQ A; 1COK A; 5J2F A; 1RYR A; 2Y1I A; 5KFA A; 4NLN A; 1ZQD A; 1B4F A; 2B21 A; 2K4E A; 1Z3E B; 4G9B A; 5AHX A; 1URJ A; 3TI0 A; 5AKG A; 4M9J A; 4FO6 A; 5ALP A; 5EOZ A; 5J0X A; 3IG8 A; 4Y2T A; 5G5H A; 3DV9 A; 2MRL A; 3DEE A; 5ALW A; 4XA5 A; 1Q46 A; 1IXR A; 3H8W A; 3N4M B; 3F53 A; 2HSZ A; 2NRW A; 4P4O A; 4R8U B; 2EAO A; 5IIJ A; 4KTQ A; 4UQG A; 3QU4 A; 4WJ3 B; 3DDH A; 5AI9 A; 3JPP A; 3WKE A; 2KKV A; 5ALH A; 5DGA A; 4KLL A; 1YZ6 A; 1QSY A; 2RRD A; 4Y2R A; 7ICU A; 2HCF A; 4K4I A; 4C80 A; 4GC6 A; 2LHT A; 1F44 A; 5AM4 A; 3T5J A; 2KKP A; 5HR7 A; 5HP4 A; 4TQR A; 2JMG A; 5KFD A; 1IV8 A; 5J8Y A; 3U26 A; 2R8G A; 3QU9 A; 5CP2 A; 3JPR A; 4CDG A; 4DQS A; 4MEX A; 4R8U A; 1SGG A; 3KHL A; 5KT2 A; 3RR8 A; 1X9X A; 2WHE A; 4DOA A; 1OXJ A; 3H8S A; 2AU0 A; 5J2D A; 2HVH A; 2HBM A; 3T5K A; 3MGH A; 3QUC A; 2YY6 A; 9ICX A; 4C7Y A; 1K1Q A; 1NZP A; 3V7L A; 4TUR A; 3C2L A; 4DL7 A; 9ICP A; 5KFY A; 1JIH A; 1KDH A; 2RLT A; 1S77 D; 3HJE A; 4ED1 A; 2ZUD A; 3GIL A; 1JRO A; 5KFX A; 1L5U A; 3Q8M A; 2HHU A; 1KL9 A; 2IBK A; 2Q0Z X; 3QUB A; 2KFN A; 4DF8 A; 4CF3 A; 3N28 A; 1NK7 A; 2QKQ A; 4P4M A; 1YT3 A; 4ECT A; 5ALO A; 1SL2 A; 5DQI A; 2R8H A; 4UAS A; 1SXE A; 5J2A A; 3BQT A; 1SKS A; 3OPX A; 8ICL A; 3PX6 A; 4F92 B; 3ZDE A; 4QIW C; 4O5C A; 2KIW A; 3RH4 A; 1COO A; 3CP8 A; 5KG4 A; 1ZQC A; 3SYZ A; 5J0W A; 1ZD2 P; 3QU5 A; 2BPG A; 5DDM A; 1Z19 A; 1Q3V A; 3ZDB A; 2MA1 A; 2ISP A; 4F5O A; 5KFP A; 2WFA A; 2DWQ A; 3F2B A; 1X9M A; 3RB0 A; 4O3O A; 5DB8 A; 2P66 A; 1WYG A; 1SKR A; 2HDO A; 1XSN A; 2K60 A; 3TAD C; 2W8L A; 1KSP A; 2QLT A; 4F4Z A; 2KHQ A; 5H2F U; 2ZXH A; 2YTU A; 4EYI B; 1TKD A; 2A1J B; 1OUQ A; 4KMU A; 3UXN A; 2WF8 A; 2E5S A; 3NS1 A; 2GWS A; 4GFJ A; 3UMG A; 3ZD9 A; 2ZIX B; 4I2D A; 2ATL A; 4DL2 A; 1SL0 A; 3GIK A; 4QZF A; 3QU2 A; 3JPO A; 8ICQ A; 5AKX A; 1HUO A; 3RJE A; 4BUG A; 5HHI A; 3OGU A; 5L1J A; 1SZP A; 4FZL A; 5KFT A; 2F77 X; 1S10 A; 2LYH A; 5KAI U; 1RXV A; 4RQ4 A; 4O3R A; 8ICU A; 1F0M A; 3PR4 A; 5BOM A; 3Q8P B; 3RJJ A; 4HYK A; 4KLF A; 1UCV A; 2HBJ A; 4FBT A; 1V9P A; 3UXO A; 3IG5 A; 3KKA A; 3CRX A; 4EEL A; 1SXD A; 3E0F A; 3PML A; 4XUS A; 1L3U A; 2A1J A; 1NZB A; 1LV5 A; 4Y2V A; 4GC7 A; 4KN7 A; 3CW2 C; 1B22 A; 2DUY A; 5KG0 A; 1S8O A; 1KTQ A; 5KFM A; 4JV0 A; 3MDC A; 4DFJ A; 2E1F A; 9ICU A; 4RQ7 A; 7ICL A; 1WG8 A; 2EZX A; 3IRU A; 4YMO A; 1O08 A; 4YXM A; 1S0V A; 2FE9 A; 3G6X A; 2ZIU B; 4RQ8 A; 2W7O A; 3WU2 U; 4DS4 A; 1CI4 A; 2Y0S F; 1SB3 C; 2PFP A; 4RQN A; 3L4P A; 2ALZ A; 2BZF A; 4QNL A; 1ZRN A; 4RPZ A; 3OJS A; 4I2G A; 3M9M B; 3ETL A; 3WK5 A; 4MF8 A; 4I2E A; 4J9Q A; 1S9F A; 4UB1 A; 1L7O A; 1ED1 A; 2VA8 A; 2AQ4 A; 2A1A A; 5KFO A; 5AK5 A; 5AIA A; 4DL3 A; 1MA7 A; 2K89 A; 3EYZ A; 3C21 A; 1JI7 A; 5DB6 A; 3BQ0 A; 1BPX A; 3WK9 A; 5ALG A; 2H3V A; 2K8C B; 2RHF A; 4FBU A; 2XY5 A; 1IM4 A; 2HHS A; 2G0A A; 4JV1 A; 3SQI A; 1DOQ A; 4EX6 A; 1XSP A; 3AQF A; 4I2A A; 3RFA A; 1T3Q A; 4KLM A; 2XGP A; 3MDA A; 1NOM A; 1JXL A; 4DFD A; 1S0M A; 1ZJM A; 2FPL A; 2EAM A; 4QJF B; 7ICR A; 1XO0 A; 3H8M A; 2ZIV A; 4ED3 A; 9ICV A; 5AK6 A; 2Y9U A; 3G6V A; 1ZJN A; 2BCS A; 3SAH A; 1DRG A; 4UAY A; 1ZQI A; 2WF5 A; 2HBK A; 1ZQR A; 4UBB A; 1TE2 A; 5DQG A; 3N7P D; 2KEY A; 2KP7 A; 4B9M A; 3QE9 Y; 3SEI A; 4I28 A; 2G09 A; 8ICY A; 1RQL A; 4C7Z A; 1VJ5 A; 5B5E U; 2KHV A; 1KFS A; 4EYH B; 2W8K A; 1L7N A; 4QWB A; 1A76 A; 1K1S A; 2YMP A; 2KV2 A; 1CEZ A; 3TAQ A; 4TQS A; 4J03 A; 1NJY A; 2DKZ A; 4BXO B; 3ISC A; 5J8Y C; 3MFI A; 5ALE A; 2J6S A; 4KLU A; 2FPM A; 4I2J A; 4P0Q A; 4C4R A; 4UBC A; 1ZQO A; 3RR7 A; 4US8 A; 2JZB B; 4F91 B; 5AKL A; 3T5H A; 3LVV A; 4YD2 A; 1MQ3 A; 9ICC A; 1ZD5 A; 3ALR A; 3TFS A; 8ICB A; 4FZN A; 5J29 A; 4QW9 A; 1T94 A; 7ICO A; 3FDS A; 1NI3 A; 3BQ2 A; 9ICB A; 1RYU A; 3IM1 A; 8ICG A; 3RH5 A; 3WKD A; 3PW4 A; 4R63 A; 1U9L A; 5EE9 A; 2W9B B; 2PFN A; 1QLN A; 3RB6 A; 2IOF K; 3PR5 B; 3LVW A; 2BGW A; 4ECQ A; 4OJL A; 4F8R A; 2JEJ A; 2PFO A; 1KQQ A; 4C8M A; 4EEN A; 2ZJ5 A; 3NUQ A; 2YX8 A; 2WF6 A; 2HVI A; 4NLG A; 2AH5 A; 1ZQW A; 3IDW A; 1U45 A; 1KFD A; 3H4B A; 4DL4 A; 1N60 A; 2BDU A; 1FFU A; 4RQ3 A; 3TAP A; 1NNL A; 2F76 X; 1PVR A; 1L7P A; 1L8L A; 5J0Q A; 4YR2 A; 4YMM A; 2K4H A; 3QNM A; 3HP6 A; 3PW2 A; 1ZQJ A; 4G3I A; 1UQV A; 5KTQ A; 5J0O A; 3ZDA A; 4M6W A; 2HHX A; 4KIT B; 4I2H A; 4QW8 A; 4DOC A; 1L3T A; 1RM6 C; 5JU5 A; 1C20 A; 3QEA Z; 2GOL A; 2R8K A; 5D49 A; 2PFQ A; 4P0P A; 8ICN A; 4UAR A; 4O3N A; 1T4G A; 3FYH A; 5DDY A; 4DSJ A; 1ZD3 A; 2ZTC A; 4YMN A; 4DQQ A; 2BQ3 A; 5DLF A; 1QQ5 A; 1TV9 A; 4QWE A; 1V38 A; 3A0B U; 3OJU A; 2IHM A; 3AQE A; 1MC8 A; 2KJ5 A; 4UB2 A; 1FIQ A; 3EZ5 A; 1TK5 A; 2W11 A; 4QZA A; 2I9G A; 4UAZ A; 3H4D A; 3HW8 A; 5DG7 A; 3ZD8 A; 3PO4 A; 4Z6F A; 4Y2S A; 3RRG A; 4ECZ A; 4CE6 A; 2KZZ A; 2LYA A; 1U4B A; 5D46 A; 4F4W A; 1XU4 A; 4RT3 A; 3M1Y A; 7ICH A; 3KKA C; 5L9X A; 2WAQ F; 3IHQ B; 1B43 A; 5EE0 A; 4F71 A; 4UAU A; 3BQ1 A; 4Y2J A; 4RZR A; 4KLJ A; 4B9T A; 5KT5 A; 2LMR A; 3R9K A; 1QSS A; 4NLB A; 4RNO A; 1GO3 F; 1ZQS A; 5BOL A; 2BPC A; 9ICH A; 9ICL A; 2QB0 B; 5KT3 A; 5CA7 A; 4ELT A; 1NK6 A; 5KFC A; 3PO5 A; 3T3F A; 1PVP A; 5CHG A; 4F2R A; 1CRX A; 3V6J A; 3FAH A; 2C2E A; 3KHR A; 2WTF A; 2C2D A; 4YVZ A; 1JN3 A; 4F5N A; 4CCH A; 2R18 A; 5KFE A; 5CB1 A; 3MR6 A; 9ICE A; 3C5F A; 1MSW D; 2G5H B; 4DFM A; 3TAR A; 4LZG A; 4J9S A; 1D9D A; 1F5S A; 5AM1 A; 4QZB A; 4Y2U A; 5DKW A; 5DBA A; 2KJ9 A; 3RJF A; 3V7K A; 7ICS A; 2PMZ F; 3H0L B; 1Z1V A; 3M7D A; 4PHA A; 4JK1 A; 2XVT A; 3WK8 A; 4LVS A; 4F4X A; 2VJ4 A; 2QB0 A; 4QWA A; 5F9N A; 1L6N A; 2F2A B; 4J9R A; 4DFP A; 2P6R A; 2YQE A; 4UB4 A; 1AQ6 A; 1NJW A; 5JUM A; 5FP0 A; 2BCV A; 3GDX A; 3LDA A; 4OJ6 A; 2ODG A; 3PVX A; 3C23 A; 2EAP A; 3H0R B; 4F5P A; 4GIB A; 1TAQ A; 5III A; 3TAN A; 3QEB Z; 4M9N A; 2C28 A; 1X66 A; 3AMZ A; 2BKE A; 4RU9 A; 2BR0 A; 3QU7 A; 5HMM A; 5EE1 A; 2DQN B; 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3SD7 A; 1L3V A; 3M8R A; 4ED2 A; 2K8B B; 3EPG A; 8ICP A; 2KZM A; 3Q8S B; 4A8E A; 3EWA A; 4PHE A; 3M8S A; 2XCP A; 4IR1 A; 1X6I A; 4PZN A; 2LYB A; 4DL6 A; 1XC9 A; 2EQY A; 3NGD A; 4IRK A; 4OJO A; 3GFK B; 3MAB A; 4C4S A; 3TFR A; 4E0D A; 3RB4 A; 5KFW A; 2LPE A; 2HI0 A; 4TUQ A; 2YB1 A; 3HWT A; 4B9L A; 4OO1 J; 2UVW A; 4F5R A; 3H7I A; 8ICW A; 4FFD A; 4UAW A; 3LYS A; 4M2Y A; 3LWL A; 4K4G A; 2NRZ A; 3EUB 2; 5AK3 A; 3GZF A; 8ICZ A; 3B0X A; 7ICV A; 5IIO A; 4AYB F; 4RUA A; 3H0M B; 3LK9 A; 1Z1B A; 1TK8 A; 1BPY A; 1NKB A; 4PPX A; 3GV5 B; 1QTM A; 2IMW P; 4KLD A; 3O0F A; 1U49 A; 5J2J A; 3UXP A; 4J9M A; 4Q8F A; 4YQW A; 2BDP A; 1D8B A; 2Y1J A; 4B9N A; 2RP5 A; 2W9M A; 2OHF A; 1DK2 A; 4EEK A; 3FM9 A; 1KBU A; 1ZQP A; 5KFS A; 2WB1 F; 1S0N A; 3PMN A; 3T5L A; 3ZI4 A; 4JV2 A; 3OHA A; 2ASJ A; 4NY8 A; 4YD1 A; 1X42 A; 2ZIV B; 1ZYQ A; 2IHN A; 5AKZ A; 4O3Q A; 2W03 A; 2W9A A; 4DSI A; 4JMU A; 1FO4 A; 2F1I A; 4PGY A; 5AIB A; 1DGS A; 2KFZ A; 5KFN A; 3PST A; 5KG2 A; 1ZQL A; 4MFF A; 3T79 A; 5D4B A; 3RJH A; 5J2E A; 1PK3 A; 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