3SAHA

Crystal structure of the human rrp6 catalytic domain with y436a mutation in the catalytic site
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
409
structure length
377
Chain Sequence
SIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVDLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSAARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Activities of human RRP6 and structure of the human RRP6 catalytic domain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Exosome component 10
total genus 113
structure length 377
sequence length 409
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3sahA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3sahA01
2DGZA 3SAFA 1GO3F 2HBLA 2KV2A 4CGZA 2CPRA 1YT3A 2HBMA 4NLBA 4NLCA 2HBKA 1WUDA 2RRDA 2E1FA 4QIWF 1D8BA 4CDGA 3SAHA 2HBJA 3SAGA 4O3MA 4OO1J 2MA1A 2E1EA 2RHFA 3CYMA 4QJFB 5C0YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KG2A 1O13A 1RFQA 1V4TA 2GLEA 1ZD3A 1SXEA 1JXBA 1B9DA 4G9ZA 2F9TA 3I56N 1QZ6A 9ICTA 3WK9A 1RXVA 2UUCK 4KHWA 3UKRB 4CGHA 2I1QA 2IC3A 2XCAA 3PX6A 2BANA 4FFDA 5KNIA 3KHLA 1O1WA 3LDOA 2P9PA 4YOWA 2Y0SC 2E3TA 4FWPA 4WFNL 4ED7A 4KI6A 1F5SA 4C0ZA 1S1WA 2KOBA 3VEZA 1NK8A 4QZCA 3KZIU 2ZTDA 3ZETA 2B21A 2GWSA 2WAQC 5KRSA 2E8MA 3SBTA 3KLEA 3NDKA 3QNNA 3U6FA 3ZDAA 4QZFA 2IVOA 3ULDA 1VRTA 4N41A 3L4IA 4E1MA 1BISA 1A0PA 5HRNA 1RBSA 1SUQA 3MMVA 3G4SN 2VJ5A 2P6UA 8ICHA 1C0UA 2W9MA 3WQTA 4NLCA 2LM1A 3V1OA 8ICSA 3C0BA 4BROA 2HNZA 3MK6A 1KEJA 1NI3A 3VEWA 5KAFU 4F4KA 3C1ZA 3AO1A 5GAHP 4B3SK 3SENA 3QNMA 3TADC 3V6JA 3Q8MA 3QEBZ 2CGJA 4RW8A 4LFAK 1TV9A 4NCGA 1UPHA 3T69A 5ALNA 3MX5A 4DR4K 2IVNA 4H03B 4RQ6A 2O8EA 5J0XA 4KI4A 1YI2N 3OPXA 1HNIA 3C6UA 1U2VA 3HM9A 4R8UB 1VSFA 5AQHA 1KFTA 4E7LA 2PYJA 4G9BA 2CN1A 3SI8A 4PHDA 3OYJA 3CPWM 3CIPA 2ESEA 3WXLA 4PJ0U 2G5HB 3PW7A 4NLZA 5K14A 1WUDA 1ZQCA 3HP9A 9ICLA 4UB6U 1WAFA 2QWLA 3U9DA 3L4QA 5BPMA 1X42A 4J9PA 2MA1A 3WK8A 4OKJA 3WT0A 4FM2A 4Z4FA 3FR0A 4O5KA 2PI5A 1ZQXA 3RJGA 2KLAA 4KX5A 3WK7A 2M9NA 3VQCA 4CIGA 4Z4CA 1OXJA 1IJJA 4JRPA 5CZ2A 3QUCA 1Q82O 3AO5A 4NLNA 3OBYA 3O4QA 1SZ2A 4CZLA 4PGQA 2PFNA 5E41A 5KL8B 2VCPA 9ICRA 3GBTA 4JMUA 1RDUA 3SQ1A 3NGDA 4RTFD 3KD1E 2KEYA 5M1OA 2JV3A 4M3ZA 4M7YA 3WQUA 2OCEA 2K8CB 1NJWA 1T4GA 1VQ9N 3CCQN 3BZCA 4KAZA 3QX7A 3TTCA 2WTUA 2PKEA 4C4SA 2WB1C 5AQTA 2G07A 5HR6A 4QZGA 4FOEA 1EXQA 1Q8IA 5EWEA 3AVLA 2KKVA 4CECA 1ZD2P 3F9MA 1WSEA 3F2DA 2P35A 4CEAA 2QWOA 5BPLA 1YJWN 3PSIA 3O9TA 4JKDA 2HNDA 5GADP 4YXMA 1T7PA 2HF4A 4FVMA 1KAYA 4EP5A 1K1QA 3A5LC 1T6CA 4W5TA 4R64A 3AVFA 1BG3A 1QZ5A 2HF3A 3CRXA 4ICAA 5E79U 5J0UA 3I28A 4CF1A 2O4IA 2D6FC 5L1JA 1K8KB 5ALEA 2YKMA 3AARA 2WAQF 4CEEA 2PFQA 8ICZA 2YHXA 4YOVA 4OJOA 4ELTA 1RT5A 2ZUBA 1ZQDA 4FZLA 4IJNA 2HMPA 2KSOB 1ATRA 5AM0A 2YKNA 2UXCK 4CJ3A 1KVAA 5J0WA 1BA1A 3GDXA 4M0AA 9ICBA 2G8FA 3AVBA 4Y2YA 5IIKA 3UQ0A 3TTDA 5C10A 4QWDA 3O3HA 5T14A 3QEPA 4Q5VA 3V9UA 2CXYA 4QWCA 4TUSA 1L7MA 5AQJA 4CVNE 4AHTA 3BUZB 2H5XA 1VSLA 8ICRA 3BQ2A 2C22A 4J9QA 3L6QA 3KLFA 2EHGA 5L9XA 1YJNN 3DOKA 2W55A 2N1RA 3LDNA 1F21A 1WBDA 2G09A 1REVA 1O03A 1YUWA 4JD2B 2G08A 9ICKA 2J4RA 1SV0C 1C0GA 1MQ3A 1LAWA 3NVMA 4Y2JA 3A8YA 4PGYA 3PZPA 4BGBA 3PLAA 3D6JA 1NK5A 2QB0A 4JI7K 3A5NC 2UYTA 2FMQA 3NVVA 3K1RB 3RSEA 2F3NA 3FFKB 3GIIA 1EXNA 3GV8B 5ALIA 3SK3A 1N5WA 4DSJA 1XNSA 3RJJA 2QWPA 4FLZA 9ICFA 2VA2A 2EAPA 3SEIA 4QZ9A 1LB2B 3LP0A 4C1NI 3CCLN 2YMMA 4NLKA 4FBUA 2FBYA 4MDBA 4JS4A 2FMPA 3D2FB 4DSEA 1N2XA 4CE9A 3RTVA 1GLAG 3WKCA 3H1QA 3IKMA 4H5TA 5AZJA 4UBCA 1S76D 3Q8RB 1DK2A 9ICGA 3QEXA 3JPTA 3TSPA 4DR1K 3OYHA 4M3WA 4AYBF 3OTQA 2P66A 3BQTA 4KLEA 4AM6A 5ALKA 1CXQA 3MECA 4JKFA 2JGUA 1SL1A 2K89A 3AVNA 4XUSA 2CGKA 3WK6A 4QZDA 8ICEA 1ZQPA 4JYAK 3NAEA 1JROA 2HSZA 2P9UA 3FZHA 4E7JA 1DTQA 1HJPA 4EYIB 2KKZA 4Y2RA 3NF6A 5AQPA 1HLUA 4L8RB 1ZQ1C 1XC9A 5KFKA 3FYHA 1ESVA 4HYKA 3K75D 4I2JA 4NLBA 7ICLA 3V1RA 4ID1A 1BHLA 4O55A 5HOOA 5AKGA 3MR5A 4AF1A 2KW4A 2FPKA 2GWJA 2JWKA 4UB8U 4K43A 3CJ9A 3MEGA 3VENA 5KQ8A 3CF5L 4TURA 5BN8A 1LWCA 3H8MA 1S1VA 5I9EB 3E1YA 4KLGA 4KH5A 5IIIA 3H8WA 3GFKB 5CHGA 3Q7BA 4H5WA 4NJ8A 4ELUA 2W6KA 3UXPA 9ICAA 4UAZA 2ODGA 3CFPA 3H46O 5KFTA 3AA3A 4CF0A 1V9PA 1ZQNA 2VQEK 2BKEA 2E6LA 4JD2A 1KC8O 1JCEA 1HR0K 4LC9B 3QU5A 1IKYA 5AQSA 7ICVA 4GIBA 2HHSA 3THXA 3JYTA 4K4GA 4JI1K 4CJUA 4FPBA 2F2AB 4B3TK 1NWKA 1QSSA 2YI1A 4DFDA 4J2BA 3HTVA 4WQ4C 3EYZA 2EDUA 2R7YA 4DQRA 1YF5L 3HO1A 1ZQRA 5D49A 1S22A 5AM1A 1UA1A 1KQQA 3SPZA 2E2PA 3UXNA 4IS7A 4O3SA 4KLDA 2ZF5O 3IFRA 2KSOA 2JLEA 5CR4A 2F4VK 4RG8A 4CERA 5L1LA 2WHEA 2XVTA 1MQ2A 2IOHA 3AV9A 2W41A 2A3ZA 5M1PA 4PQUA 1ASVA 2D0OA 3PIPL 5KFBA 3D45A 2GELA 4A2BA 3ZDBA 2XO7A 3KK7A 5LMNK 4Y2TA 3K58A 3WNHA 2BQUA 3H6EA 1CEZA 3KKSA 2ZIWB 2A40A 1JLEA 1Q8KA 3AUOA 4KHQA 2ZIUB 3S3OA 3PW5A 4BXOB 4YFKA 3EKUA 4X5VA 1RDAA 5AKEA 2KG5A 3HPHA 4ED1A 4GLXA 5F1XA 5J0SA 3SUPA 1HNWK 4M6WB 5KFAA 3UQ2A 3WKBA 3N4QA 3O1BA 3KBBA 1J2NA 4OJ6A 3OYEA 1VSDA 5GIOA 3N4MB 4UB5A 1Q9XA 4WF9L 1VQ5N 2ZUDA 1N62A 4JV0A 3NH2A 1ZQAA 3GQCA 2LI6A 5AQGA 4QIWC 3U4LA 3T79A 3QICA 2V7ZA 5F9NA 5KT5A 3M8SA 2IGIA 3O08A 3HM8A 3LZIA 2RDJA 4P2HA 8ICFA 3UKUA 4BUGA 2H3QA 2RF2A 3QINA 5KG3A 4EBDA 4C8OA 1RT4A 4IBNA 4DOBA 4P0PA 4CW7B 3BS7A 3V7JA 5C0YA 1B0XA 4K0KK 5J2CA 5J0QA 2OHFA 2F8LA 5IIJA 1JRPA 4IQVA 2GWKA 3ZX3A 3VGMA 1Z26A 4IQUA 4RUCA 1ZQLA 2GBZA 1WSJA 1BPEA 1WN7A 3CQ8A 8ICQA 3S9HA 2A5XA 2V7YA 2FSNA 3THYA 1IG6A 2VA3A 3H45C 3ULEA 9ICWA 3KLHA 4DFJA 1NKBA 3CCSN 5KFPA 2Q3SA 1ZQKA 3PNCA 2IHNA 2D0BA 1HPZA 3ITHA 4ECRA 1P7DA 3IN5A 4GXKA 3SMVA 7ICIA 3OW2M 1OH8A 4ZHRA 4C4RA 5GINA 1C0MA 4ECYA 2DFHA 3F5EA 4CBXA 3VQ8A 4W5RA 1YT3A 4NY8A 4TUPA 1XUPO 1ZQTA 4DQQA 3FM9A 1T8EA 4PPXA 1RT3A 8ICWA 4ISFA 3L3VA 2YY6A 1QSYA 3VERA 3QESA 1KN5A 2PFPA 4BC2A 5EY4A 4QIWF 3T1HK 1J2MA 1H1VA 4P0PB 2W40A 2KTQA 3AVIA 2KICA 2HBJA 5B5EU 9ICCA 2HVIA 3LZJA 3SPYA 2FBXA 1GO3F 2JH7A 3RF9A 2R8IA 2IOFA 4YMOA 4ECUA 4ED0A 5FRNA 1S0OA 1TUUA 3FC4A 9ICNA 3CCJN 2BZFA 4UB4A 2FPMA 3KTQA 1JXEA 3WKEA 1IV0A 9ICMA 1ATNA 2KMDA 2NZTA 1WCNA 2W54A 2EX3A 4DV7K 1HX1A 3ZETB 3OA9A 3N4PA 4W5QA 1NGFA 4LFCK 2VGMA 3A0IX 4CGJA 1LW2A 2PYLA 1IM4A 4QJFB 2K8BB 4RNOA 3MFHA 4GC6A 4JAXA 4ILJA 1WSHA 2NNWA 4EBCA 2ASDA 2PAVA 3ZEUB 3RSEB 5JS2A 2ASLA 2AJQA 5B8HA 4E1NA 2WOMA 3M5RA 3VF4A 3OYCA 3U9ZA 4BWMA 3WK5A 2BQ3A 4H0VB 3RAXA 4O5FA 4H4MA 4LZDA 3L2WA 4JS5A 4M04A 5AI4A 2V4QA 4F4YA 4Z6EA 3R9KA 4EYHB 4Z6CA 2FBTA 4JI4K 3NF7A 4QZAA 4LZGA 2Z1HA 1IKWA 4WQ4A 4GV6A 4AQYK 3LANA 1PZNA 2KQ2A 3IDHA 3AO3A 4FYDA 4ECXA 5EVZA 2K4IA 2E2NA 2AP1A 1L3VA 4C1NK 1JLFA 3FZMA 3FLCO 3KZXA 4J2AA 1TKDA 1ED1A 4RPZA 4UB2A 3Q8QB 3PIOL 3S3NA 4KLUA 3HW8A 2XCPA 5CP2A 1XSLA 3ULEB 3C23A 3ZLJA 1N8RO 1TFRA 3OS0A 1Y88A 1K73O 4A5BA 3NTUA 2KE7A 4Y2QA 8ICOA 3IS9A 4EIAA 3OY9A 3IDWA 4FJNA 1NLVA 2Q0UA 8ICVA 3DLRA 4JK9A 3D2NA 4C4TA 1VJ5A 1YVNA 2Y0SF 1JL1A 4DL3A 4JI3K 5AQZA 1J5OA 3PR4A 3C5FA 3C5GA 5AHXA 3O80A 4MF2A 2PFUA 2Z1GA 1ZQOA 1GOAA 2HHTA 4BRLA 2AQ4A 1NGEA 4PKIA 4RT3A 4GV9A 7ICKA 1Q18A 2A1SA 5ADXA 5HR7A 4H5VA 5LJWA 3J7AP 4XRHA 1NGIA 3QEWA 2EQYA 2J6UA 4O8KA 4RQ1A 1Z1BA 4BRGA 3MDQA 3LWLA 3K4GA 4YXJA 4MEXA 4DQ8A 1ATSA 3B0XA 2DWQA 2R18A 4C7YA 1SL2A 3DOLA 3TAFA 1L6NA 4NLGA 4BVPA 4EBEA 1T3QA 2NO5A 3VA0A 5KG7A 5HBMA 4CEQA 4H0PA 5DG9A 4CHPA 5BN9A 3CP8A 5AIBA 3BQ1A 4KN4A 1T3NA 2JEFA 4NL9A 2OZSA 5IIOA 3AQFA 2A42A 4IOAL 4YN4A 2HHQA 4YOUA 4KHNA 4XH4A 4F4XA 4DTPA 4C8LA 1GLDG 5AZJB 3BY5A 4LJXA 4RT2A 5BOLA 3KIOA 4IDHA 4CEDA 5JICA 2PMZC 4I2AA 5KFNA 4PKHA 3V4IA 4XIUA 2JWLA 3H8JA 3KD3A 1LOTB 4RW4A 3LM2A 2YMQA 3IAYA 2QKQA 4KLHA 3CC2N 3H0RB 4DR5K 2XY8A 3F2KA 1C1AA 2VWBA 3VQQA 5GIPA 4UARA 4CJPA 1FXXA 3Q8KA 1N63A 4DU1A 2MSNA 3F5AA 4I6MB 3CFOA 3IRUA 3E01A 3MX2A 4CGGA 4AHCA 1DK3A 2FF6A 4Z6DA 4C7ZA 3A5MC 2IOFK 1V38A 4YNQA 3C6TA 3MEDA 1HYSA 3H3NO 3GIKA 3MXMA 5ALSA 2D1KA 2ZUCA 1XU4A 3M9OB 4F71A 3ISCA 2BE2A 4H5NA 3T19A 4I29A 4JI5K 1L3TA 4HUEA 3ENHA 3DEEA 4CE6A 4RU9A 1JCGA 2V9WA 4Y1CA 4EELA 3F5TA 2EWSA 3PMNA 3VA3A 3SQ4A 4RQ2A 3AA2A 9ICSA 3CW2C 4NL9C 4I2GA 1S77D 1WWUA 5FPMA 4BREA 4DTNA 1BOTO 4BRFA 1UHUA 3GIMA 2HVHA 3HYFA 1G15A 2D4WA 4JRQA 1TK8A 2P9KA 3PX0A 2WF6A 1KDHA 3LDQA 4CFCA 4F9OA 4K42A 4P4OA 4JWMA 1K9MO 2JZBA 2KJ5A 5ALQA 1NMDA 3AVMA 4YOXA 1ZQYA 5DB8A 3JSMA 3UM9A 4FVUA 2HDOA 2JZBB 4ECQA 2D3DA 1ASUA 2HHWA 1KXPA 1Z00A 3PW4A 4DCCA 2AU0A 4MHVA 1C1BA 2YX8A 3H08A 4O44A 5AJ3K 5AK5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DGZ A;  3SAF A;  1GO3 F;  2HBL A;  2KV2 A;  4CGZ A;  2CPR A;  1YT3 A;  2HBM A;  4NLB A;  4NLC A;  2HBK A;  1WUD A;  2RRD A;  2E1F A;  4QIW F;  1D8B A;  4CDG A;  3SAH A;  2HBJ A;  3SAG A;  4O3M A;  4OO1 J;  2MA1 A;  2E1E A;  2RHF A;  3CYM A;  4QJF B;  5C0Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CGI A;  3RH5 A;  1NOM A;  5KFG A;  4QAG A;  4FS1 A;  4IFV A;  3RRH A;  4LF9 K;  4M3Y A;  2BHN A;  4DL2 A;  1BO5 O;  1DLO A;  1VHX A;  3K9K A;  3WEE A;  2EAM A;  1TAQ A;  1Z1V A;  2YMP A;  3DM2 A;  3G10 A;  3WUH A;  3HP6 A;  2KFZ A;  3T3F A;  2ASP A;  3JPN A;  4UW9 A;  3C95 A;  4IO9 L;  1JI7 A;  2JXJ A;  3PST A;  3G6V A;  2EZZ A;  3KHR A;  1QLN A;  5AQY A;  5KPZ A;  1XWL A;  4CF9 A;  3VGK A;  3NMU A;  3KLI A;  3I8B A;  4LVS A;  4A59 A;  3HPG A;  4UQG A;  3QEA Z;  2FI1 A;  1D9F A;  2Q36 A;  4BVO A;  1C1C A;  1SWV A;  3LYS A;  3RMD A;  2KHQ A;  5EOY A;  4IL6 U;  1NK0 A;  3THX B;  7ICH A;  2G8W A;  1L7O A;  5KPR A;  2JRZ A;  1JIH A;  3MFI A;  3VEV A;  5BRH A;  3L2V A;  4F3T A;  2AGQ A;  3SUN A;  3C2M A;  3NRZ A;  3O9R A;  5IIM A;  1FKP A;  5AQN A;  4CJR A;  1KVC A;  4UAY A;  3BDP A;  4FE3 A;  2MAX A;  1QQO A;  2F7T A;  1SZH A;  3G6E N;  4FJL A;  1ZET A;  4KLQ A;  4NV0 A;  2DF4 B;  1SZP A;  4HVJ A;  3NS1 A;  3R3L A;  2E5L K;  2JR5 A;  1M1K O;  2ES6 A;  4DTS A;  4ECW A;  4QS9 A;  5DQI A;  4F8R A; 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 4O0I A;  1B43 A;  3QFP A;  4CCH A;  1ZRN A;  4Y2P A;  3L4P A;  4JI8 K;  4WCE L;  4KMU A;  4BRM A;  5J2I A;  4KRF A;  1KW4 A;  5TKW A;  1SB3 C;  4FSV A;  4PL2 A;  3C2L A;  5AFU H;  3MR2 A;  4BRP A;  5L1M A;  4PY5 A;  4YD1 A;  4A62 A;  2ZXI A;  3VQ9 A;  4HUG A;  4Y1D A;  3ZI4 A;  5CZ1 A;  5FP0 A;  5EOZ A;  3NVZ A;  3P1G A;  4JHD A;  1T44 A;  1G99 A;  1RGI A;  1X9J A;  4I2E A;  9ICE A;  2J6T A;  3BZK A;  5FLX O;  3I8D A;  4YMM A;  3AGK A;  3QUB A;  2C2E A;  8ICM A;  3HWT A;  2KP7 A;  4CJF A;  3VQ4 A;  5JVH L;  1XMQ K;  2NRT A;  1JUD A;  9ICO A;  1X9W A;  3RJF A;  3SV4 A;  3MEE A;  1YZ7 A;  5KG1 A;  4DWI A;  5FPD A;  2KD1 A;  3HX0 A;  5KT7 A;  1ZQG A;  2FC0 A;  1CZB A;  3QEI A;  3H4D A;  1MA7 A;  4NCA A;  4O0J A;  4YHH K;  3OYN A;  3OYB A;  1ZJM A;  1EQY A;  2PY5 A;  2KIW A;  3TAN A;  4RW9 A;  5CY4 A;  4X65 K;  5KG5 A;  3U26 A;  4FJI A;  4IOX A;  1C6V A;  4J9S A;  1S9G A;  4FJH A;  3CMA N;  2ZJ8 A;  4P4M A;  1ZRM A;  2RP5 A;  2LPE A;  2EZY A;  2PFO A;  3DJC A;  4I7F A;  5KFU A;  2HOF A;  2C2D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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