3SAHA

Crystal structure of the human rrp6 catalytic domain with y436a mutation in the catalytic site
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
409
structure length
377
Chain Sequence
b'SIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVDLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSAARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Exosome component 10
publication title Activities of human RRP6 and structure of the human RRP6 catalytic domain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Hydrolase
total genus 113
structure length 377
sequence length 409
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3sahA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3sahA01
2HBLA 3SAFA 2MA1A 5C0YA 4NLBA 2DGZA 1WUDA 2RRDA 2HBMA 4NLCA 4OO1J 2E1EA 4CGZA 4CDGA 1YT3A 1D8BA 4QJFB 3CYMA 2HBJA 2RHFA 3SAHA 3SAGA 2E1FA 2KV2A 4O3MA 1GO3F 2CPRA 2HBKA 4QIWF
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3R8EA 1W97L 3BQ0A 3VEXA 5JTIA 4H4OA 2K4EA 1Z25A 5CY4A 4J2EA 2D8CA 4RT2A 4UY8O 3IM1A 2DF4B 3C28A 4DFJA 1RBTA 2V52B 3EKSA 4CZHA 2G8WA 3EPGA 3M5RA 1SZHA 5DB6A 5HP4A 4PKGA 5KT2A 3AVHA 4YOTA 3A0BU 4DWIA 4L3QA 8ICSA 3KLHA 2F8KA 4UAVA 4EBCA 4EHUA 2XY7A 3MMVA 3TADA 3LWMA 1RDWX 2E3TA 1IV8A 3V72A 2ZIWB 3FZMA 4MLHA 1ZQQA 3M6KA 3D2EB 4FWMA 2HOIA 3QINA 2IVNA 5ALSA 2ZIXA 3MK6A 5D4BA 2BR0A 2R8GA 2F1IA 2KN7A 3N7PD 3MGHA 2KFNA 2GV9A 2DBYA 2ATLA 4DU1A 4I27A 1RYUA 8ICCA 2GX9A 2WFBA 3WXMB 4DV1K 3U26A 4BC5A 4FXDA 4J9QA 3H46O 3OYGA 3QBXA 3BF1A 4IFYA 3WXLA 5ALZA 1BGXT 1FFUA 1VSJA 1NK4A 2QKKA 4BWJA 4PWDA 1QCKA 1OW5A 4AHUA 3TARA 1QSYA 2IOHA 4M9HA 4N47A 3RMBA 3ZD9A 3OHBA 4M9JA 4B1YB 4O3SA 1ASVA 1H1VA 3K2PA 3PUFA 2FLNA 4F8RA 5JS1A 1TKZA 1BHLA 4PKIA 4CJRA 2WB1F 1VK0A 1RGIA 5LL6Z 2P9LA 3CFOA 3FZLA 3TAGA 1XQSC 2YX6A 3DLEA 4KLMA 5KFOA 3ZSXA 4K4GA 1EXNA 5AQXA 4NXNK 2X78A 2QXFA 4PL8A 4MFCA 3RRHA 3SUNA 3K9JA 3ICXA 2YNFA 5DBBA 4RW8A 4ECYA 5EVZA 4CF8A 3UE5A 3RWUA 5HRSA 3PW7A 3FYHA 3RAXA 2JEGA 2QW9A 3HX0A 4H8KA 3ZT0A 3CHWA 4M0AA 2KNJA 4IXCA 4PL7A 3FZFA 4ECQA 3SPYA 2BE2A 4ECZA 3V6JA 2AQ0A 4GV6A 4XA5A 4ILHA 2MAXA 4ISFA 2DKZA 2Q1NA 5K14A 3L3UA 2KVCA 1Z4NA 3K75D 2DGZA 3KZXA 4J9OA 5ALMA 2E6LA 1OH6A 1VQ8N 1RT1A 1TKDA 1DOQA 3AAPA 4H0YB 2PFNA 3AA3A 4MQ3A 3C7NA 1RBRA 3GDXA 4CZIA 3AVBA 3AVLA 3DRPA 4LZDA 1SV0A 3PR5B 1HYZA 4UB3A 5TKWA 4CZEA 4USAA 4PQUA 1NK8A 4NYFA 4ECTA 2HOQA 7ICVA 3PSPA 4KHYA 4J2BA 2UYTA 1BPDA 4DQPA 1NU0A 3SMSA 4W5QA 2FBVA 2YMQA 4WFNL 3J7ZO 1PVRA 4IO8A 3H3OB 1XC9A 3LDSA 1DTQA 5ALVA 2JEJA 9ICMA 2A1SA 1T6CA 2P9PA 3UXNA 3U9ZA 4N5SA 3K59A 4DU3A 4LF7K 5EE1A 4DR3K 3MR5A 4M45A 4BRHA 3NS1A 4KPYA 2P51A 4FVMA 2X74A 3O6WA 3PR4A 2QKQA 3RBDA 5FRNA 1VQON 4KB0A 4RZRA 4PHAA 5KG2A 4O8UA 4RG8A 4WFAL 5AQJA 5JRTA 4DKWA 1QQOA 1VQ7N 1S1TA 1XO1A 2Q97A 4QNLA 3ZDCA 5IINA 4CK1A 4FZXC 1DGJA 1IH7A 4BRQA 4DV0K 3ZT2A 5EX5A 3SQ2A 5ELZA 3U3YA 3NVKA 2KJ5A 4Z0UA 1GLDG 5AI9A 4C80A 3F5EA 4CF3A 5HNKA 1S0VA 2KEYA 2WF8A 4KLTA 3WK4A 3V4IA 5KFXA 2HHXA 1ZRNA 1RT2A 1COOA 1N5YA 2PFQA 5F3XB 3E58A 4E7IA 2A3ZA 4O8KA 3ZDDA 3N4QA 4FO6A 3H7IA 5F1XA 2G09A 2KIVA 2JRZA 4KX3A 4O3QA 2BTFA 3VENA 3WEEB 2D0PA 3G6EN 4IZ9A 3AGKA 3GOIA 1WN7A 4ISEA 2EDUA 5TISU 1NZBA 4F4KA 3KHYA 4JS4A 2BQUA 3TAFA 4QWEA 4F3OA 4FK0A 2VWBA 3VQAA 2KV2A 5CZ1A 1SWVA 5J2HA 4X65K 4YMOA 5DDYA 3ZT1A 3NGIA 4B1WB 5F2RA 2QXLA 1X9MA 3VQ4A 3QMLA 1LKYB 1NLVA 3CCRN 2ZJ5A 2ZUBA 4ZOHC 3ATVA 2YHWA 3O3HA 1U4BA 4TUQA 1Q82O 3F5AA 3QUBA 3IHQB 4ISGA 3SJJA 5CYMA 1FW6A 1HKBA 3VF2A 9ICKA 5AM2A 3GV8B 3LAMA 1O08A 3VEVA 3G71N 4DQQA 4I2HA 1Z00A 4RQ2A 2V51B 2VCPA 4WE1A 3AU2A 4CF9A 5AZIB 3SMPA 9ICTA 4JHDB 3QU2A 4FLYA 1U49A 3Q7BA 1KVCA 3VGMA 4R5PA 3L2RA 3QX7A 4YQWA 1V38A 3P38A 5JICA 1L3UA 3UKRB 1BOTO 2EAMA 2R18A 4JK7A 4BR5A 4Q5VA 1S1XA 2EQYA 1HPZA 4JI5K 4FJIA 5IIMA 2DTUA 5G5HA 4DEZA 2O8EB 3T1HK 4Y2XA 1K8AO 4BREA 4CE9A 2E8OA 1N8RO 5HHIA 1ZQDA 7ICSA 1QQCA 3T1YK 3HOSA 8ICUA 3GV5B 1A5VA 4QIWC 1ZYQA 2EWSA 4M9LA 2I5JA 5ALIA 4JWMA 4M7YA 3VGLA 1L7OA 3MXMA 4ECSA 4R79A 4K41A 3NGYA 5GAEP 3B0YA 3CQXA 4U67L 2Z1HA 4E7LA 3NCIA 1TVRA 5AQKA 5JS2A 3DOLA 1ZXIA 2HF3A 2Z1GA 4CJEA 4BQZA 3NE6A 1N6QA 1Y64A 4FK4A 5J0TA 1YHQN 1TVAA 5AQSA 1ZQMA 1JLGA 4LF8K 4QZCA 3P83D 1HIWA 3QNNA 5AQFA 4CZLA 2QWLA 4W5NA 2AU0A 4N41A 3BQ1A 4OJRA 1CLQA 4R65A 2NRHA 2KG5A 3NF8A 4CEBA 4E1NA 4DL4A 1NKBA 3KLFA 3T5JA 2YNIA 1B4FA 1WG8A 4K8ZA 4FLTA 4KLIA 3UM9A 4ELUA 3PX6A 9ICPA 3HM8A 4GXKA 2ZXIA 2HBLA 4BR9A 5KFEA 3THYA 4DR5K 4CE6A 4P4PA 3N7SC 4AF1A 4CHPA 1L7PA 2DPJA 4M04A 1WBBA 4RU9A 3BQ2A 3H45C 1MSWD 1QQ6A 4IR9A 4BC4A 3LALA 2PYLA 1S9EA 5KFMA 1DT9A 3FZHA 3P31A 3MN7A 3ZX2A 3C1YA 4YDUA 4CZFA 1JUDA 3KK2A 2Y1JA 9ICUA 2IVPA 3EEQA 3RH5A 3KKRA 3UKUB 3UMCA 2RQ5A 4CJUA 1AQ6A 4JI0K 3RJHA 1A6SA 3L6QA 5AK6A 3O4WA 2FSJA 3FC4A 4OKKA 1MC8A 4RQ8A 4AHSA 4DSIA 1LW0A 2Y0SF 2VG6A 4EX7A 3F2BA 1XSNA 3TANA 3F9MA 4Z4GA 4HWIA 1X40A 1CI4A 1NK5A 4KLOA 2BQ3A 2ZWHA 3WKDA 2A1JB 1ZQNA 3D0PA 2H5XA 4M6WB 2ZTDA 1U47A 4ELVA 1NGEA 5I3UA 1VSLA 1UT8A 2P9SA 1BPZA 2K89A 3VEZA 5J2CA 4FL9A 3U4LA 1QVGM 1IBLK 2K4HA 2Z7JA 2C22A 4CI6A 1F21A 1V4SA 1NK6A 4I2DA 4I2QA 4GMJB 2ZJQL 2YMPA 3GIJA 2LYBA 2KD1A 2V4RA 3THVA 5LJVA 4DV2K 3RJIA 3THXA 4DV7K 4FYDA 2IS3A 3AA5X 3ZLJA 4Q0BA 2YNGA 2X6NA 3TADC 3W0LA 4KLDA 3OYMA 4CZMA 4NM1A 2RF2A 3RFAA 5B66U 2Q3SA 3LYSA 3ENOA 4TSXA 1ZBUA 3ULEA 4DR6K 2O8DA 2E2PA 4MDBA 4F2RA 1NK0A 3MDQA 3QBWA 3WK9A 4DTXA 4FCYA 4DOAA 3QUTA 2WF7A 3BS7A 5ALDA 2EZXA 2IHNA 3PO4A 4R63A 1HYSA 4KLLA 4DSLA 1RT3A 4YG2A 3KK3A 1WCNA 2HI0A 1MWMA 3K5NA 4Y2UA 3AO1A 4BXOA 3DEEA 2PXIA 3O1WA 5EWFA 3EW9A 3EKUA 4U7BA 3LVVA 2ZIUB 3I0SA 4W5OA 1PK1A 2NLXA 2JZBA 3AVGA 1SB3C 2XY5A 5J2QA 4UBBA 2UUBK 3MN9A 3ZX0A 3FM9A 4KHQA 1RNHA 3R3LA 1K1QA 2O8FB 1LCUA 3C2MA 4CJTA 1ZETA 1I39A 4OKJA 4KITB 1KCFA 3M1YA 3WXKA 3OSNA 1PVPA 1KL9A 3RRGA 1DTTA 1R59O 3HO1A 4P0QA 3H4BA 5ALEA 1XSPA 1T44A 3L2WA 2XHBA 3I1YA 4JI3K 3IP4B 1QSSA 2OHFA 5J0YA 3MCPA 7ICIA 2YI1A 2IDOA 3WXJA 2K60A 2E2QA 2YCHA 2LBOA 4Z4CA 4X64K 1BVSA 4OD0A 3PMNA 1Q8IA 3UIQA 1TYQA 1L3TA 5AJ3K 2OCEA 3SBGA 5KQ8A 1FFVA 1FIQA 2KKZA 2F44A 2HBKA 3CJ7A 4JV2A 3HJFA 4FBTA 1X9JA 3PW0A 3D6JA 3BDPA 5AK4A 3NVZA 1JLCA 2DKXA 4M3WA 3WK7A 4MHVA 4YOVA 3AO2A 4YR0A 3TACB 2DPNA 3TU5A 2YQEA 1B43A 3QEPA 5L1IA 2OA8A 4BRGA 5GAGP 4YR3A 4XUSA 3I76A 4IR1A 5DM6L 1EO1A 1VQKN 4UAYA 3I8BA 4BR7A 1IO2A 4JI2K 3V7KA 4P4MA 5KFVA 5H1SQ 1SV0C 3DLBA 3ZSZA 3H08A 3IG5A 4QZHA 4BGDA 3O3GA 3KK1A 5AQWA 3JPRA 1VDVA 1HR0K 2V4QA 3G6YA 3E2EA 3D7EO 3H6EA 1C0UA 3KZBA 4UB6U 3VERA 1NBWA 3QEWA 4GC6A 4KHUA 1CZAN 1GLLO 4DB3A 2H3ZA 1BNOA 4O3OA 3A5NC 1KVAA 4BRNA 5BOMA 3RR7A 1NK9A 4Y2SA 7ICUA 4OJPA 1MU2A 5KFNA 1D9DA 1OKJA 3R1XA 4JD2B 1RCHA 2M9NA 1NGCA 3E9LA 3LAKA 4BROA 2YHAA 1D8BA 5JLFA 3CC4N 2E88A 1BPYA 3ID8A 5KPTA 2A1RA 3VF6A 4LFCK 3C2LA 1WSJA 2IHMA 1N2XA 2E1FA 4DMNA 1OH8A 4LSLA 3RJEA 4G9BA 3GU3A 4B8CA 5M1NA 3AO4A 1KFTA 3AVAA 2P9KB 1U2VA 2WF5A 3HXMA 1ZQZA 4P2HA 2P66A 2R8IA 1WUDA 2P9UB 3VF4A 1U45A 4BQLA 4I2BA 5J2EA 1BPBA 1YTUA 4CHNA 4CIEA 3CF5L 3OTQA 1BPXA 3HKZC 3CCVN 3UMGA 5LMUK 4DTMA 2UVRA 4Z4FA 2MSNA 3B0XA 3RB3A 1SL1A 4M47A 1BA1A 4B3MK 2ZE2A 3E9PA 1N61A 3CMAN 1PK3A 2WC9A 3KWGA 4UARA 4OJ6A 3NAEA 1S9FA 2YJFA 2BDUA 1BISA 1VSDA 8ICGA 1MA7A 1K8KA 3S3NA 2DQNB 3IDWA 2PFPA 1YVUA 2FF6A 2OPSA 5F0XA 1RYSA 1DLOA 4B8AB 4DCCA 5C12A 3JSMA 3MEGA 1D8LA 2Q4TA 1TUYA 4Q43A 2GO7A 2F8SA 4H0TB 4DSJA 2ASMA 4CGGA 1SGGA 4O9MA 3VQ8A 9ICQA 5KFLA 5FLXO 1ZQIA 5D3GA 5AKJA 3OYCA 5HMMA 4BUGA 2VYPA 1FJGK 1FK9A 4PHTX 2JHDA 1QS4A 5DBCA 4FLXA 1ZBLA 3JPOA 4PH5A 4H5WA 4JI1K 3VQ5A 4CHZA 2E5LK 4F72A 3QEIA 3SZ2A 4CF4A 3NVWA 1ITGA 1NJWA 4DL2A 1YF5L 4BRKA 3TWHA 2AGOA 2A40A 4KREA 4CECA 1X42A 2OWOA 3WUHA 4FOIA 4FJ8A 3IG8A 3OA9A 1MWKA 4LF4K 3KLIA 4QZDA 1OVYA 5KFIA 2HHWA 8ICVA 3HRGA 4OO1J 1XU4A 1VSFA 5E26A 4CJLA 4CZJA 4O5EA 1ZJMA 2F9WA 1WAJA 5LMNK 4QJFB 1Q7YO 4GW6A 3DLHA 4KN4A 2ZIWA 2BCQA 4CK3A 4UASA 4YFKA 4LSNA 2KIWA 2AGQA 4CW7B 3KK7A 3FGUA 1S72N 1RG6A 4UBCA 2W7OA 1ZQLA 1CRXA 2HVIA 3G10A 2NZTA 4QS7A 4HHTA 1QSLA 4NO7A 4RPYA 3AARA 4M3XA 2F8TA 3CCJN 4KBOA 2YJEA 2RKIA 7ICMA 4KHWA 1V85A 5KG5A 5AQTA 3JPSA 4MF8A 2RRDA 3M8SA 3O0FA 4DOCA 2KW4A 3KHLA 5DK5A 5AQUA 4RQ3A 4CJ5A 2VQEK 4J9PA 2P6UA 5DQIA 3EN9A 3OTOK 4E1JA 5AQVA 5AQYA 5AQPA 3A5MC 1EWQA 3KWIA 4YD1A 3SUOA 1VRTA 4CFAA 4EEKA 4PY5A 3B8AX 3CPEA 5TZVA 5E79U 4DHYA 4PUOA 1KDHA 3JPNA 4EAHD 1ZBFA 3CQYA 1LW2A 1ZBHA 4CERA 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3IMXA 2Q31A 2YHXA 3IDHA 5C10A 4H0OA 1M1KO 1BWFO 3DXKA 3NMUA 4IJNA 1S3XA 3HOTA 2M0NA 3LM2A 2GH1A 2AP1A 2E5SA 3PLAA 1Q86O 2NRTA 4MDAA 3H1QA 3GZFA 4EIAA 5FPMA 2QA4N 2Y0SC 2ZXHA 1KAYA 1ESVA 4AYBF 1OUQA 4H5NA 3NRWA 3LL3A 4U6PA 2FSNA 2GWKA 5BPMA 1NGIA 2HMPA 2XICA 4BVOA 1DKGD 5DM7L 5BRFA 4Y0WA 3VMFB 2NV3A 3PSTA 1JCGA 3SJHA 3OW2M 2E2OA 2D1KA 5AZJA 1HKCA 2XI9A 5CE3A 3M6GA 4BG9A 4K43A 5C0YA 4DCHA 1KAXA 1SZ2A 4B1XB 4JKGA 1ECWA 4JNEA 4BG8A 3CJ1A 3H1VX 2H3FA 3WQTA 2MRLA 3WT0A 1ATNA 4KH4A 3F53A 2E20A 2JWKA 2OTLN 1P7DA 5CHIA 2ASPA 2QI2A 4KMOB 4JAXA 3NVMA 4LC9B 4IC9A 3T7ZA 2G5IB 1SAZA 4NLBA 2YB4A 2YHYA 3F5TA 2F9TA 3K1ZA 3CC7N 2HOFA 4EFHA 3S41A 2P9SB 5FPDA 1L6NA 4KH5A 5EY4A 4FWLA 2CN1A 3MX2A 3G25A 3ULEB 1NGJA 4F9OA 1QVFM 2Q36A 4JEPA 1J6ZA 1KBUA 4WYBA 3L3FX 3SK3A 3O08A 5AZJB 2KJ9A 1X3NA 5EXWA 5BPLA 4XH1A 3CCQN 5KQDA 1P8ZA 2V7ZA 3CJ9A 1DRGA 5MLCQ 3RSEA 4BRAA 1D4XA 3TTCA 4NV0A 3M3ZA 4P0QB 2FXUA 2GTDA 2G07A 4C1NI 3OBWA 1TYQB 2AA4A 4PL2A 1ZBSA 2OTJN 3CC2N 5GAHP 1BO5O 3TTFA 4H0VB 4G9ZA 1P90A 3FE1A 4CRXA 4IOCL 4CGZA 2D0OA 4RWTA 3QFUA 4JN4A 3U8XA 2A6AA 4C1NK 3D2EA 2ZIVA 4JK8A 4CBUA 1IIPA 1Z05A 2KOBA 4YORA 2RP5A 4IJAA 5AQGA 3FR0A 1HEKA 2KLAA 3CIPA 1HX1A 3L0QA 3VOVA 4IFEA 4U7CA 2HSTA 5BREA 2YB1A 4AM6A 1ATSA 4IEIA 4CZKA 1Z19A 3ATUA 1U2VB 2PMZF 2ITMA 4MLEA 2G5HB 4YDUC 4BGBA 2VJ4A 2W7PA 2JWLA 2OM6A 4BJQA 1VQ6N 5KPZA 1XUPO 4BQZA 2LKYA 4IEEA 3OHRA 1BU6O 4P0PA 2F76X 4BR2A 1VQ9N 2ZJPL 3VESA 4FWNA 1YXQA 4FWOA 3DXMA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HBL A;  3SAF A;  2MA1 A;  5C0Y A;  4NLB A;  2DGZ A;  1WUD A;  2RRD A;  2HBM A;  4NLC A;  4OO1 J;  2E1E A;  4CGZ A;  4CDG A;  1YT3 A;  1D8B A;  4QJF B;  3CYM A;  2HBJ A;  2RHF A;  3SAH A;  3SAG A;  2E1F A;  2KV2 A;  4O3M A;  1GO3 F;  2CPR A;  2HBK A;  4QIW F; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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