3SAHA

Crystal structure of the human rrp6 catalytic domain with y436a mutation in the catalytic site
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
409
structure length
377
Chain Sequence
SIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVDLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSAARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Exosome component 10
publication title Activities of human RRP6 and structure of the human RRP6 catalytic domain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 113
structure length 377
sequence length 409
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3sahA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3sahA01
3SAFA 1WUDA 4O3MA 4NLBA 4CGZA 2RRDA 1YT3A 2E1FA 4QIWF 3SAGA 2HBJA 4NLCA 2KV2A 2MA1A 5C0YA 2CPRA 4OO1J 1GO3F 2HBMA 1D8BA 2RHFA 4CDGA 2DGZA 2HBLA 3CYMA 4QJFB 2HBKA 2E1EA 3SAHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZIUA 4I2FA 4CHPA 5HRPA 4BC3A 3J81O 3RMDA 3OYIA 4F4WA 4F8RA 3OS1A 1XI1A 3WNHA 4H0YB 3OYDA 4ISEA 3MK6A 1T8EA 4W5NA 4DL7A 2ASDA 1FXXA 3PX4A 1X3NA 2P9SA 4BRIA 1DGJA 3VQ7A 4US9A 3O80A 3WXMB 4BRMA 3RAXA 5J2AA 4Q45A 3D0PA 2D5RA 2EHGA 2XHBA 2N1RA 3O3FA 4M42A 9ICFA 1LVHA 4BQZA 3OYAA 4TUQA 2QWQA 1ZQTA 1ZBFA 3CCMN 2GUPA 4KLTA 4M7XA 5AI8A 3RR8A 2OWOA 3CCSN 4YR2A 3I28A 2P9UA 1OXJA 3WKEA 2ZWHA 3MN6A 2G8WA 3QEIA 4M3WA 4YFUA 2BGWA 5D3GA 2OPRA 2EZZA 2W7OA 3PLAA 2YN4A 5M1KA 2F96A 4FZNA 4B8CA 3TPQA 3ATVA 1KXPA 2WTFA 4GXKA 1NGGA 4AHRA 5KT4A 1ZQLA 1ZC6A 1VSEA 4M6WA 4F4YA 4K0KK 3PNCA 5D49A 1O03A 3UMBA 1QQCA 1Q81O 2GWSA 2CRXA 4QS9A 3C5GA 3LDOA 3AVAA 3ALRA 4IFVA 2DF4B 3M9MB 3RTVA 3U9ZA 4MEYA 2YB1A 5AK3A 5KG3A 4KHPK 3IG1A 5EE9A 2QWPA 1WNSA 3KK2A 3WKAA 4IRDA 2NRVA 5DQHA 4CESA 5AQLA 1ESVA 3J8AA 4C7YA 2OA8A 4YOUA 5EE1A 1QQNA 2ZJAA 1HUXA 3DXMB 3EEQA 3HSTB 8ICIA 4BQLA 3RRGA 4DKWA 4J2EA 1A6SA 4JV0A 4JN4A 1XUPO 3HT3A 5TKWA 5C42A 5J0YA 1DT9A 3SAHA 3BF1A 1VQ5N 1NJWA 1RT1A 4XEIA 4FJMA 4KI6A 4QS8A 3I33A 2W03A 3ZCMA 1BHLA 4Z94A 1ZD5A 1ZQHA 2YNIA 1E4FT 3BS5B 4A2BA 3LVVA 1JL2A 3AO2A 5GADP 1KQQA 3SV4A 2P9KA 3CCLN 3SCXA 3CC7N 1HIWA 1BOTO 2LMRA 1TVAA 2E2QA 4MEXA 1OH7A 4FJLA 1NK8A 3NHGA 2D0CA 2BQ3A 3AVGA 2O8CA 4CGGA 3D7EO 2ETJA 4E7IA 4EYHB 1RQLA 5KFPA 5J8YA 1KW4A 4ISFA 3NH1A 1CZ9A 4ZTFA 4KB1A 4FO6A 2GX9A 1N32K 2JRZA 4DQQA 1BCOA 5AKXA 4Y2YA 2ISOA 4DWIA 2YV0X 1ASUA 3RSEB 7ICIA 2GTDA 5DB6A 3VMFB 4I7FA 4H5NA 1N8RO 3H8MA 1JXEA 4KMUA 5JTIA 1N48A 3WK5A 1OH6A 4CF5A 3L3FX 1E3MA 1NGFA 5KG7A 1LW0A 3EL2A 2YJFA 4CJUA 4FK4A 5L1MA 4X66K 5KQ8A 4A8EA 3OPXA 3ICXA 1IIPA 3SQ0A 3PX6A 3JPTA 1KEJA 1U47A 3RFAA 3UXPA 8ICMA 4NWIA 1C6VA 1TKTA 3HSCA 3VQ9A 5C15A 1LKYA 4JRPA 4FK0A 4J9RA 1NKEA 1ZRNA 3ATUA 2F44A 4DHYA 4FO0A 1NJYA 5JVGL 1VQ7N 4FZMA 3CNHA 2RHKA 4CEAA 3TWHA 4FJ8A 4UY8O 1TV9A 5AQMA 3NF9A 4KAZA 2EZYA 4WFAL 4GMJB 2EX3A 3P39A 4DFDA 1GLCG 2XIDA 2XGQA 2X78A 4BXOB 5DB9A 4NM1A 1JLBA 3T7ZA 1WLJA 8ICGA 3J81j 3H40A 1C0FA 1Z4NA 5KL1B 4F50A 3G25A 4IFYA 4YMNA 1L3VA 9ICPA 1X40A 2E6LA 1ED1A 3OHRA 1RDWX 3CM5A 2ITMA 4JI8K 3V9SA 2BDUA 1JLQA 2DKXA 1X3MA 2HB5A 1GO3F 3NVVA 1TYQA 4EAHD 4CI6A 2VCPA 1XWLA 4FLUA 4CW7B 4IS7A 4USAA 1KTQA 5CE3A 5BN9A 2JGAA 2OM6A 4R63A 3SK3A 3CPWM 1S3XA 3OYCA 4U7BA 5ALDA 4FJIA 4PQUA 2A1AA 1MA9B 4CZEA 1XHXA 1YJ9N 1ASWA 3PO5A 5LY3A 2QKKA 4F5OA 2QWNA 3T69A 3ETRA 3C5FA 4ECVA 4K8XA 3FYHA 1OKJA 2Q0UA 2OCEA 3L4QA 3LDQA 1VQ6N 3QU4A 2KMDA 3N7RC 3WKBA 9ICTA 4OGEA 4RW6A 4CZIA 5CHGA 4F5NA 1ZQKA 2K4EA 2D0OA 4YOTA 4AHTA 3LAKA 5J2NA 3HJFA 2A3ZA 4RPZA 4GLXA 3OHAA 4I2EA 2V52B 4LSLA 3NE6A 4DTJA 3ID6A 1RBUA 2I9GA 3ZT0A 2A41A 4BRPA 5GIOA 5FRNA 1QCKA 4H0PA 2QW9A 2HHWA 4ECZA 1QQOA 2K8CB 3UQ0A 1B9FA 3AA3A 4FM2A 2YQEA 4CHZA 2BHNA 4NY8A 3IRXA 5H1SQ 4N56A 3Q8PB 2HF4A 3ZSXA 1B92A 1HYVA 4M3YA 7ICKA 4CJ4A 4EBEA 4FS1A 2ATQA 1IG6A 4XA5A 4UB2A 3LPUA 2ZIVA 5ALJA 1XSPA 2P6RA 3SUQA 5G5GA 2MUTB 4LJXA 3ONNA 5KT6A 4OJLA 5AI9A 3KKAA 3KHLA 1RT2A 2HSTA 3NGYA 1JCFA 4FWMA 2Q0ZX 3KKSA 3PZPA 4BRLA 3NRZA 2RDJA 5KFFA 4IG3A 4M9NA 1UT5A 2QXLA 1T3NA 3HTVA 4B3MK 5DG9A 4Y2QA 2FSJA 5KRSA 2NRHA 2VYPA 4FJHA 1K6YA 1X2IA 2W7PA 3MCAB 3M6ZA 1YZ7A 5DB7A 4DTRA 4RNMA 3JSMA 1GLLO 5ELZA 7ICJA 3HZ6A 3HPGA 2VG6A 3QFPA 3TTDA 3AVHA 3THVA 3E9OA 4YOXA 3PW4A 4RW4A 4LF7K 3G6YA 5J2FA 4J9KA 1RDAA 2I5JA 1J6ZA 2E2NA 2G06A 4IG0A 5KT7A 1SKWA 5ALWA 3UMCA 4HUEA 3OJSA 2VA3A 4TQRA 2OXOA 3VEZA 5GAGP 2HDOA 1G15A 1V4SA 1S6PA 2P9IB 4FVMA 4AHUA 1X9SA 1VSFA 4B8AB 4JV2A 1PVQA 5CY4A 1SZ2A 4E89A 2F2AB 3O9QA 1IBLK 3DLKA 1S0NA 1SXEA 1FJGK 1HNXK 1ZRMA 4F71A 4ID1A 5AI4A 1J97A 5KT3A 1NNEA 4O5KA 1BGXT 4KLMA 3WXLA 1NGJA 5DM7L 2E2OA 4I2PA 2E5LK 2ZUCA 4NV0A 1FFUA 3HXMA 1BI4A 4EX6A 4KKOA 1S0VA 2G8VA 3L4PA 4JWMA 3VTIA 4I2JA 4R79A 5AQYA 2K4HA 3UXNA 5M1FA 2W42A 2HHHK 2J6TA 1LB2B 2GH1A 5J0SA 4ICLA 3EN9A 2CXYA 1PK1A 4XQ8A 3QX7A 2EQYA 5KFTA 2LYAA 4IJNA 4Q8FA 1BIUA 5J2MA 5IINA 1HR0K 4I2HA 1N34K 4PKHA 2VWJA 3MBYA 3GIMA 5AQRA 3ZX3A 4H4OA 4MDAA 5J8YC 2KHQA 4I6MA 4U6PA 7ICQA 3H1QA 5CB1A 4MO4A 3HOTA 1KLNA 3VF4A 3RB4A 4FK2A 4ED8A 4KO0A 2A1JA 4C80A 2RRDA 4KX5A 4F5PA 1KN5A 4RT2A 4OVLA 4CEBA 1KLMA 2YNFA 2XY6A 3LZIA 3LZJA 4GVMA 3L6QA 2G8IA 2HI0A 4NLZA 5J0RA 3C2LA 3QNMA 1L6NA 1VRTA 4BE0A 3I0SA 3F5AA 2GOLA 3HKZF 3SJJA 3H4DA 2D8CA 2P66A 1YZ6A 3CPEA 3CC4N 4GXJA 1UA0A 2X74A 3JPNA 4CECA 5FPNA 3UE5A 4OKEA 1L7PA 4M04A 5DLFA 4IFEA 3OSPA 3H3OB 3J7YP 1Q8KA 1T94A 4A5AA 2HHXA 1XNSA 4QZHA 4Y0WA 3GFKB 3ED5A 4HAIA 4RQ4A 4B9TA 7ICOA 4JKGB 1DGKN 2BH1A 5DB8A 2D4WA 2XICA 3IM1A 4ED6A 3PX0A 3CCVN 1NNLA 3QNNA 2FLPA 4CE9A 4U7CA 4DR5K 1NJIO 1VQ9N 3EYZA 3ISBA 3MEEA 2FJ6A 1SKSA 4UAUA 1Z4OA 3DAWA 4Z0UA 5ALGA 2R8KA 4JV1A 7ICSA 3VENA 2W41A 1Z00B 4J9SA 1TAMA 4RQ3A 3L2VA 4AILC 2WFBA 4KLIA 1S76D 4X62K 4AHCA 9ICJA 2ZIWB 1ZQZA 3K58A 2FI1A 2CN1A 4NXMK 5CWRA 4CHQA 1VLBA 2QKBA 3BJYA 3NF7A 1ZD2P 9ICGA 4CJPA 4DQRA 1WCLA 1KAZA 5BPLA 4OJ6A 5AQKA 4FXDA 4M2YA 3K59A 3L0QA 1VQNN 1BA1A 4C1NK 3KHYA 3NS1A 5AZJB 2CH6A 1S1VA 4JI2K 3FGUA 4FWKA 3AA5X 4TSXA 4CZLA 1HYSA 1IG9A 7ICRA 3HW8A 3FZLA 4ED7A 1NGAA 2UUCK 5DKWA 1XO0A 3C6TA 2Q2RA 4J2AA 1Q3VA 2IIRA 4ELTA 4KTQA 3DLBA 2ZTEA 4FWLA 3ZD8A 5J0PA 4FWOA 4Y2JA 3NRWA 3KHRA 2ZF5O 3N4PA 1YAGA 4JB3A 3TFSA 4FLTA 1NK9A 3OA9A 3QDKA 1WG8A 5JLFA 1RT7A 5AQIA 3CIPA 1QZ5A 4BRHA 3D2NA 4HYKA 3N28A 2HOEA 4NJ8A 5HHHA 5M1PA 3LL3A 3K9KA 5KFEA 2Y1IA 1TV6A 3VTHA 4K4GA 1X1PA 1WB9A 4OPKA 4ECXA 2DFHA 5KFHA 3WXJA 3C65A 1JRPA 1SUQA 2QB0B 3E01A 1JLAA 3KKAC 1MWKA 9ICNA 3T1AA 4KLFA 1YIJN 3LK9A 5LL6Z 4CZJA 4DR4K 3IDWA 1NGEA 2HMXA 2ASMA 4BRFA 2VG7A 3Q7BA 4Y2VA 4GV9A 1NK0A 1JXBA 3WK6A 3DLGA 2F8TA 5LJVA 4ED0A 4BY9C 4K41A 3NASA 3CQXA 1FK9A 3MR2A 3SUPA 4DF8A 4KHUA 1RGIA 1C0UA 2NRRA 5KTQA 4KLEA 2EANA 1YITN 1ZBIA 1BVSA 3JPSA 2F3NA 5J0TA 5KFLA 5A0LA 1K5OA 5HRRA 2F76X 2P9NB 5AZIB 1LWFA 2Q1NA 2YMMA 4J8FA 3VEYA 3O9SA 1L8OA 1KC8O 2XRIA 4L3QA 1FW6A 1ZBHA 3CD6N 2IOFA 5KFQA 2OPPA 3K4GA 5AKYA 3H0MB 2RKIA 3WU2U 3Q8RB 3PR5B 3CJ7A 3HRGA 4MFBA 3QEWA 4C4TA 1YVUA 4CHOA 4FW2A 3T1HK 4B3OA 2JLEA 3LP0A 2AH5A 3AARA 4NYNA 5SWMA 1XNQK 5HMLA 4DO9A 2W9BB 1COOA 4AHVA 2YMQA 5AI6A 2XY8A 4FYDA 2Y0SC 3Q8KA 1Q82O 2RPIA 4FJNA 1WSIA 2KOBA 4B9QA 3SUOA 1S9FA 1JALA 1ZQUA 3V7KA 4DV6K 2A1SA 2ZGYA 4FPBA 3NVKA 3QETA 2P35A 5CRXA 4O44A 2PY5A 2LM1A 1HNIA 4DTMA 3NAEA 4UATA 4IO9L 2PFUA 9ICLA 5D46A 2Z1JA 2I7NA 1L7MA 3QUTA 1NZBA 4Y2RA 3NCIA 2Z1IA 5IWAK 2IOFK 3QEBZ 4K4IA 2VQFK 1X9WA 5KFZA 4PKIA 2UYTA 3EZWA 4EHTA 4YNQA 1OW5A 2FXUA 4EIAA 4KPYA 1S10A 3VGMA 1HPZA 3C2MA 2ZJ5A 4BX9C 2XI9A 3CETA 4H5RA 4WQ5A 5AQTA 1B43A 4C23A 2KQ2A 3OYEA 3CQ8A 4NYFA 4QWDA 2KVSA 4LZGA 5JRTA 3CJAA 2F9TA 1NKCA 4DL2A 3VF2A 2AXTU 2Q31A 3BZKA 1MSWD 3OHBA 4DS4A 9ICIA 3O5BA 4IO8A 3ZSOA 1VSKA 2P5GA 1IM4A 4QIWF 4BXOA 4H5WA 4ILJA 4DQ8A 1S5LU 2E8OA 4Z4FA 1Z3EB 2E4LA 2K8AA 5IIOA 5HP4A 2NRTA 4F5RA 1X6JA 1QQ5A 5KFXA 5KFIA 4B9NA 1CEZA 1SGGA 2ZE2A 3MN9A 5F1XA 3DLHA 3THXA 2W9AA 1RBRA 2UUAK 3MABA 3NGIA 3HILA 4C8NA 3GDXA 4FPAA 4DUZK 4ILHA 4C0ZA 5BRDA 4BR2A 2UXBK 2ZJ8A 3BQTA 3ZSQA 4LFBK 3GIJA 5M1NA 3QINA 1TAUA 3HM9A 1T05A 4QWAA 1DTTA 1CI4A 4ZH4A 4CIGA 3KKRA 4KLHA 4R66A 4P2HA 4H0OA 2WHEA 3AQFA 4PGXA 2AP1A 2MA1A 1UQVA 2O6KA 1NJZA 2J6UA 3RH5A 4I2DA 5AICA 2KKZA 4IQVA 3D2FB 2GO7A 1CZBA 2V9WA 2FSNA 1SIJA 3IN5A 5AM3A 1JMSA 3FC4A 3ZETA 3MCPA 5KPTA 1NKBA 1RDBA 4O8KA 5FRMA 2F9WA 2W11A 4KLOA 3LVWA 3RJIA 1JL1A 5BR9A 3K57A 2NO4A 5HRSA 4DU1A 4TUPA 1BISA 3SAFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAF A;  1WUD A;  4O3M A;  4NLB A;  4CGZ A;  2RRD A;  1YT3 A;  2E1F A;  4QIW F;  3SAG A;  2HBJ A;  4NLC A;  2KV2 A;  2MA1 A;  5C0Y A;  2CPR A;  4OO1 J;  1GO3 F;  2HBM A;  1D8B A;  2RHF A;  4CDG A;  2DGZ A;  2HBL A;  3CYM A;  4QJF B;  2HBK A;  2E1E A;  3SAH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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