3CYMA

Crystal structure of protein bad_0989 from bifidobacterium adolescentis
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
429
structure length
415
Chain Sequence
EPKLLAEPREGVPNVIDTLPAFRDYCSELASSHGSLAADAERASGFRYGHEDWLVQFKRDGAGIGLLDPQALAAAGADWNDFNRAVGDAVWILHDSLQDLPGFDELGMEPQRLFDTEIAARLLGLKRFGLAAVTEHFLGLTLAKEHSAADWSYRPLPRDWRNYAALDVELLIELETKMRAELKRQGKMEWAQEEFDYALKEGLGPRKEHLIPWMHVSHITEVMRDRQALAIVRALWTRRDELAREYDIAPTLLLSDSSIIEVAKRKPHNAAQFRSIRSINERVRIHTDSEQDKMFERYAPIQRKIKPSMWKNIIQDALALPPSEWPDSAPKSIRVWKERYPERLQVLNRVRKAVSQIAEDTRTPVEIVIKPQYLRNLCWTDEPRKRDVARFLSEQGARDWQVSLVAESVSRAIEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Bifidobacterium adolescentis atcc 15703
publication title Crystal structure of protein BAD_0989 from Bifidobacterium adolescentis.
rcsb
molecule keywords Uncharacterized protein BAD_0989
total genus 150
structure length 415
sequence length 429
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
A PF18305 DNA_pol_A_exoN 3' to 5' exonuclease C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3cymA03
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3cymA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3cymA01
4RW9A 2P1JA 3MXIA 1HJRA 4CJPA 3TAGA 3IG1A 4CJWA 4KB0A 4PA1A 2HNDA 3L2VA 3DLRA 3VQ5A 1CZBA 2XY6A 1VSKA 4JRQA 1TKZA 5J2NA 1S6PA 1WAJA 3DLKA 3K57A 3LWMA 4J2BA 3SQ2A 4JRPA 4FJ8A 1FKOA 4AHCA 4KREA 4CIEA 3KKRA 1Y97A 1KLNA 3NGYA 4G1QA 2ZE2A 4Z0UA 2YNHA 4FJXA 1A5WA 4CGIA 1RBRA 1YVUA 2CPRA 1TK8A 1EX4A 3ZSXA 4CEFA 1J53A 2Z1GA 4CEQA 4FLTA 1RT7A 3SYZA 4DU1A 1R0AA 1Q9XA 4M3XA 3PUFA 2X74A 4YFUA 1UAXA 4M3WA 4KHYA 2G8UA 1SKRA 2HNYA 4O0JA 5KTQA 4Z4GA 3AO5A 4M3ZA 1T03A 2OPQA 4KB1A 2PZSA 3LZJA 1VSJA 1VSLA 3AVJA 3K5LA 4KI6A 1NJWA 4C8LA 4IDKA 1RT6A 1C1CA 3NH2A 4B9MA 3KD5E 5J2QA 4CK2A 5KRTA 3OYJA 1U04A 1BQMA 2FBTA 3CM5A 1D9DA 3QNNA 1CZ9A 4QCLA 1Z25A 2YHAA 4DS4A 3OYNA 3QEXA 1WN7A 1RBSA 4DLGA 4CGDA 2HVHA 3NFAA 1RILA 3RMAA 4E89A 3L2RA 1WLJA 2DFEA 4M3TA 4DMNA 1TK5A 4I9LA 3DYAA 3RMCA 4AHUA 1SL2A 3KK2A 3C6UA 4GVMA 4C8MA 3O3GA 4ZTFA 3QIPA 5KI6A 4CJUA 4KHWA 3AVGA 4RW6A 4CEDA 2XRIA 4FLVA 2Q3SA 4LD0A 1RDAA 1T05A 3RR8A 1RDCA 3LAMA 3L3UA 1S1TA 3AVMA 4RW8A 3V6DA 3DRSA 1GOAA 2YV0X 3K5NA 4E1NA 1HPZA 2O4IA 3DLGA 3HVRA 1ASVA 1B9FA 3K2PA 3VQCA 4M42A 1JLBA 2X78A 2P5OA 4FJNA 1WUDA 1C1AA 1UWBA 4QAGA 1SL0A 4N47A 4OGCA 4FJ5A 4J2EA 1TGOA 4CJSA 3VQBA 2XY5A 1BL3A 2YKNA 4CEBA 1HNIA 4FJMA 3ZSWA 4HVJA 4FM0A 2HB5A 3DI6A 3ZSYA 3O4QA 1C1BA 4DTNA 3ZSQA 3CM6A 1RT1A 4Z4EA 1D8BA 1JLFA 3VQ6A 3SUNA 1T7PA 4Y1DA 3K58A 2IOCA 2OPRA 3TAEA 3DLHA 3A2FA 1YTAA 3LP0A 4OO1J 3V4IA 4BWJA 3SAHA 4CEAA 4CGHA 3LWLA 3HJFA 1S1UA 2B4JA 3O4NA 2OPPA 3SPZA 4HCBA 3QIOA 3T1AA 4KO0A 5C0YA 4H4OA 3IRXA 2Z1HA 3V1QA 3HPOA 5C25A 3I8DA 3LZIA 2Z1JA 3AO4A 3UIQA 4PWDA 1BISA 1FXXA 4FW2A 4DF4A 1JLAA 3WNGA 5FRNA 4B9VA 2RRDA 3V9WA 3AVHA 4DQPA 3QEIA 4Q0BA 4M45A 3KLEA 1X9MA 4DTPA 2VG5A 1GOCA 4FJIA 1WNSA 3ZCMA 3ZT2A 4FJHA 2Z1IA 2HBLA 2ZD1A 3D45A 1JKHA 4CCHA 2QXFA 3OJSA 1DLOA 4CFCA 4B9NA 4F2SA 4CIFA 2OYQA 4DTRA 1L3TA 3LP1A 2JLEA 2KV2A 3M8PA 3L8BA 1TV6A 1VK0A 5T7BA 1F21A 2G8IA 5JS1A 1WSIA 5J2PA 3I0RA 2PYJA 3ZT4A 1VSDA 2HBMA 1DTTA 3OS1A 2EX3A 1WSFA 3VQPA 4DFKA 3S9HA 1SKWA 4HCCA 3KLIA 1BI4B 4CHQA 1VSFA 2A1SA 1IKYA 3QERA 1VRUA 4CEEA 4E1MA 4CF9A 2DGZA 4KHQA 2BE2A 3PX0A 4CJ5A 1L3VA 1I3AA 2B5JA 2VG7A 1TKDA 3KD1E 4DS5A 4CJTA 5I3UA 4ZTJA 4F3OA 1S1WA 1C0TA 3AVIA 4BACA 3SCXA 2FBXA 2HHSA 2KZZA 3H08A 2F8TA 3SUPA 1HYZA 1RTIA 3AVFA 5CY4A 4BDZA 3HPGA 4CJVA 3MAQA 4NLBA 4W5OA 2G8WA 3TAQA 4FXDA 4CGGA 4CHZA 4FZYA 3ASMA 2XY8A 4BE1A 3KK3A 1U4BA 4OVLA 3ZSVA 4OKJA 4QIWF 3L3VA 3EY1A 4CEZA 4DFPA 3SJJA 1TKXA 4FJGA 2HHTA 4CF1A 1NK0A 4CFDA 1Q8IA 4E7JA 4DFMA 1L5UA 3QEWA 4FM1A 5D3GA 2A1RA 2P51A 4OLBA 1QTMA 3V1RA 1ASWA 3OYDA 1HYVA 2KFZA 3CYMA 4M41A 1CXQA 3S3MA 3CG7A 3LP2A 4KTQA 2D5RA 4CJLA 2HVIA 4TSXA 2RF2A 1X1PA 1LWFA 1LWEA 4KV8A 4FLUA 2AJQA 4C8NA 1NK4A 2XO7A 3HP9A 3DLEA 4FW1A 4Z4FA 4MFBA 1SKSA 3RRGA 3KLFA 5J2MA 1ASUA 4C8OA 4N76A 1LAVA 1JLEA 3HL8A 3SUQA 3RTVA 2RPIA 1S5JA 4QOZB 3L2QA 1S9GA 4IG3A 2GV9A 4W5QA 4FCYA 3V9ZA 4FJKA 3OYEA 2RKIA 3EYZA 3SV3A 3V9SA 2HBKA 3SI6A 5C42A 1HNVA 1NKEA 1EKEA 2G8FA 4KTWA 1T8EA 4OKEA 3DRRA 3LPTA 2QKKA 4CF8A 4FJLA 2PYLA 3K5MA 2HNZA 4OKKA 3OY9A 1JLGA 1D8YA 1CLQA 2F8SA 3ZSRA 3KIOA 4IBNA 4IG0A 1BQNA 1C6VA 4CJRA 1KVAA 3DRPA 3U6FA 1VSHA 3S3NA 3HVTA 3BDPA 3OYFA 3RMDA 1NK6A 4Z4HA 2E6LA 2GBZA 1XHZA 4LH5A 1RTJA 1KFDA 2FC0A 3NH1A 3VN5A 2BDPA 4E7KA 3PY8A 4B9TA 3SAFA 2WOMA 1RT3A 1TAQA 2E4LA 3DM2A 3KKSA 3VQ4A 3G10A 1JXEA 4E7HA 1UOCA 4PY5A 2Y1JA 1BGXT 3AA3A 3ZT3A 1RDDA 2YNIA 4Q5VA 1XWLA 4B3OA 4DSKA 4J2DA 4I2QA 4M3RA 4AHTA 1GOBA 3AO1A 1KVBA 1VSMA 4CHOA 3HSTB 3ZT0A 1W0HA 1D5AA 2YNGA 4DTXA 4ICLA 4DF8A 4DSLA 3TWHA 3SZ2A 3HK2A 3B6PA 3AVAA 1JLQA 3OYMA 1KRPA 2F96A 2HHQA 2HBJA 3O3FA 4FLYA 1TAUA 3LANA 4CGJA 4W5TA 4DLEA 4N41A 3NGZA 1J54A 2KQ2A 1QSYA 3OYHA 4ZHRA 3F73A 1J5OA 2W42A 3LDSA 3K59A 4HTUA 4L8RB 4FZXC 3CFOA 2XHBA 2DFFA 1NKCA 1U49A 5DMRA 3RWUA 4CERA 4CJFA 1I39A 3NH0A 1GO3F 4CK1A 4OLAA 1ITGA 4JS5A 2E1FA 4HUFA 1D9FA 1QSLA 1VSEA 1B9DA 4DFJA 3NF7A 1U45A 2RHFA 2QKBA 3NF9A 3PX4A 3C95A 3NHGA 3FFIA 1WSEA 3NDKA 3IS9A 3QETA 2O4GA 3SQ0A 1SL1A 3B6OA 5HRSA 4OPJA 3OS2A 2QK9A 1IH7A 1NJZA 1RBUA 4O4GA 3DOKA 3ULDA 1LV5A 1QSSA 4CJKA 4O0IA 4M3UA 2YHBA 3PV8A 4YNQA 1NKBA 3P83D 4BE2A 4NCAA 2HHVA 3I0SA 1QHTA 4Z4IA 4LSNA 3ZT1A 1HRHA 2KFNA 2NUBA 3VQDA 1A5XA 4FYDA 3MEGA 3HXMA 1WSJA 4J2AA 3D0PA 3VA3A 4IFVA 4IKFA 5HBMA 2HHUA 4ELUA 4PUOA 3QNOA 1Z26A 4DQQA 2OZMA 4KI4A 1NK9A 4FZZA 5DK5A 1A5VA 1RTHA 2DTUA 4NCGA 3ISNC 3AA4A 4DSFA 2ITGA 1U48A 1G15A 4DG1A 1ZBUA 2VG6A 3MXMA 4DTSA 4CECA 1IKXA 2KZMA 1TK0A 4FLZA 5KGWA 4B9LA 4KTZA 4DTUA 3AA5X 5JS2A 1MU2A 3VQ7A 3M8RA 3MECA 1LW2A 3JYTA 1UA0A 4EZ6A 4FJ9A 2IC3A 4NLCA 1QQCA 4FVMA 3LPUA 4BE0A 4O3MA 4CGZA 1KVCA 5C24A 4B08A 4CJQA 1WAFA 4KAZA 2IAJA 3T19A 4FJJA 3DOLA 3K5OA 2DFHA 4B8AB 5HLFA 3QEPA 3QO9A 1RT2A 1NJXA 1RBVA 3HYFA 1RBTA 3QINA 2HHWA 2VWKA 1S9EA 1WSHA 1XI1A 2IS3A 4F2RA 1K6YA 4CFAA 4HHTA 4EP4A 5EU7A 5KRSA 2ZQBA 3CFPA 1EP4A 1N5YA 4KRFA 3LALA 4JS4A 4KHUA 4W5RA 1U47A 3V9UA 2D0AA 5FROA 1JXBA 4FLWA 1WSGA 3TAPA 4DWIA 3TABA 4E7LA 1RTDA 5FRMA 3V81A 1N6QA 3OYGA 4CDGA 4HUGA 4EZ9A 3OYAA 1C0UA 4FK4A 4DQRA 1LW0A 2LSNA 5HRRA 3JSMA 3HPHA 3S3OA 4B8CA 3MEEA 5CYMA 3BGRA 1ZBHA 3VA0A 1HMVA 3QLHA 4IFYA 5HRPA 4H8KA 3MEDA 3AA2A 3E01A 1HYSA 4LH4A 3PO5A 1BCMA 1IG9A 3SUOA 1BIZA 3KJVA 1RCHA 4DTOA 2OZSA 4RG8A 2RN2A 5CZ2A 4K8ZA 2GUIA 4F3TA 1QS4A 4AILC 3HM9A 4AHRA 1DTQA 2OPSA 1NK8A 3HT3A 3NE6A 3IAYA 2D0BA 1S6QA 3VQEA 1UA1A 1LWCA 3PO4A 4OJRA 1KLMA 3ZSOA 3L2UA 1SUQA 2FBYA 1BIUA 2VWJA 4N56A 3RRHA 4B9UA 3SQ4A 1VSIA 3DLBA 3ITHA 4AHSA 4RW4A 3OS0A 3TANA 4DSIA 5E41A 4O5BA 4OPKA 2BGGA 4LSLA 4F8RA 3TR8A 5KGXA 3QEVA 2MA1A 3SPYA 1TL3A 4FK0A 2HW3A 2HHXA 3NF8A 3V9XA 1KCFA 1CXUA 4PQUA 1XHXA 4N5SA 4DU4A 4DTMA 3HP6A 5HROA 3TI0A 1S1XA 3VQAA 4RW7A 4CEOA 1BHLA 3LP3A 1ZBLA 1TKTA 2G8HA 5FDLA 1EETA 1O1WA 3WNFA 4AH9A 1W9HA 5J1EA 2ATQA 3L2WA 3RMBA 4ELTA 4M3YA 3NAEA 1B92A 2Y1IA 4CHYA 3NCIA 4NCBA 4CESA 3NF6A 4CF2A 3KTQA 3NGIA 1NJYA 5HP1A 3OYKA 5CYQA 4B9SA 3ALYA 1L3UA 4UQGA 4E3SA 4I2PA 3OJUA 4I9QA 4BWMA 4DTJA 1EXQA 2EHGA 3TAFA 3TARA 1J9AA 1XC9A 3VQQA 4BDPA 3ZSZA 4O44A 4DQSA 3SAGA 2ETJA 3CFRA 1L3SA 3V1OA 3WNHA 4ID1A 1KFSA 2PY5A 4DQIA 1QE1A 2P5GA 4K8XA 4FJ7A 4OGEA 3U3YA 4E7IA 4KKOA 3AVKA 3WNEA 4XIUA 3TAMA 2HMIA 3OYBA 4QJFB 3EZ5A 3AO3A 4DSJA 3OYCA 3SQ1A 2FBVA 4JLHA 2X6NA 2E1EA 1ZBFA 1RT5A 2D0CA 4KFBA 3THVA 4FK2A 3F9KA 3DMJA 3M8SA 4CHNA 4KPYA 4LY7A 4FM2A 1REVA 4CFBA 1ZBIA 4Z4CA 4H4MA 4AHVA 2R7YA 4BDYA 4DU3A 3QESA 1S1VA 4EP5A 1JL2A 1BCOA 1LAWA 2G8KA 2JGUA 3U3GA 3MXJA 4F4KA 1NK5A 1X9SA 4W5NA 1IKWA 1KSPA 3M8QA 3SV4A 2E6MA 3P5JA 1RNHA 3AO2A 2G8VA 1VRTA 3OYLA 3RR7A 4KHSA 3SNNA 1SV5A 3OVNA 1X9WA 2KW4A 4DSEA 3HO1A 1TVRA 3VQ9A 1BI4A 3KK1A 1IKVA 3AVNA 3VQ8A 4KHNA 3AVBA 1FK9A 2IGIA 4FLXA 3T3FA 1NOZA 4CJ4A 1KTQA 1RT4A 2BANA 4GW6A 4CE9A 1IO2A 4GMJB 4E19A 5SWMA 2XY7A 4CGFA 2YNFA 3PX6A 2B6AA 4NYFA 3NBPA 3P1GA 4CF0A 5HRNA 1ZYQA 2DY4A 4NYNA 1JLCA 1HQUA 3C6TA 4I7FA 4HUEA 3LAKA 4CHPA 5SZTA 4O55A 4CK3A 2IDOA 2WONA 1RDBA 3AVLA 4Y1CA 5CZ1A 1Q9YA 2X6SA 4MQ3A 2OA8A 4C8KA 3C94A 4CJ3A 3AVCA 4E0DA 1YT3A 4WE1A 3G0ZA 3O3HA 2YKMA 1YTUA 4CIGA 1NOYA 1NK7A 1C0MA 1TL1A 2I5JA 3AV9A 1JL1A 4R5PA 3CQ8A 5I42A 5K14A 3KLGA 4ELVA 3KLHA 4ID5A 1HQEA 1FKPA 2KTQA 3OYIA 4CJEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2CH5A 2P1JA 2BR0A 1N2XA 2ZGYA 4OJOA 3UKRA 5J2BA 4CJWA 4RNMA 1PVPA 4ACOA 4PA1A 4KLSA 3L2VA 1BPEA 2YY6A 1ZXIA 1WB9A 4DR5K 2ODGA 2FF3B 3LWMA 4IC9A 2KOBA 4GY2B 1K1SA 4JRPA 4J8FA 3SQ2A 1S72N 4QZGA 3RFAA 1Z19A 4YMNA 5DLGA 2HMPA 4Z0UA 2FSKA 1RBRA 1YVUA 1YJNN 5ALHA 5KFGA 1KFTA 2WFBA 2AP1A 2NRHA 4QWBA 3G25A 1R0AA 5DKWA 1RT7A 4Y2TA 3EPIA 3OGUA 3PUFA 2X74A 4YFUA 3RH5A 4YR3A 3IUCA 1HR0K 4KHYA 9ICPA 2HNYA 2PKEA 2V4RA 5KTQA 1H1VA 1DK3A 4GNIA 5KT2A 3QFPA 2OPQA 2PZSA 1KN5A 5KG6A 3L4QA 3I55N 3K5LA 9ICKA 4DV0K 1RT6A 1HIWA 5J2QA 1FEZA 3OYJA 1ZQUA 3WEEB 1XO0A 1ATNA 3QNNA 1CZ9A 4QCLA 4RT3A 4DS4A 4MDBA 5ALSA 1ATRA 1RBSA 4PKGA 4CGDA 1D4XA 1ZBSA 3L2RA 3ZETA 4DMNA 3DYAA 3RMCA 3GILA 1SL2A 4GVMA 4C8MA 3EWAA 3PSIA 3R9KA 1QQ7A 5AQGA 2KICA 2E1ZA 4ZTFA 3WXMB 1F5SA 3CF5L 2Q0RA 3C7NA 4ED7A 3AVGA 1HUZA 3E2EA 3C0BA 4FLVA 2F2AB 4LD0A 4BR4A 4ECRA 4RW8A 1DGSA 4P0QB 3DRSA 2YV0X 4E1NA 2NLXA 3BZKA 3WKEA 3QMLA 1ASVA 2W11A 1B9FA 1U2VA 3EL2A 3VETA 5CP2A 5AKXA 4IR1A 5G5HA 1VAZA 5AQVA 5C10A 2E5LK 1L8OA 1UWBA 3H8JA 4FE3A 4OGCA 1HKCA 3CCLN 3VQBA 4CJ7A 1TYQA 5CE3A 2HB5A 3DI6A 4DTNA 4C4TA 1SAZA 3CM6A 1JLFA 4EYHB 2P9IA 4B3SK 1CRXA 4Y1DA 1XNSA 2OPRA 2XCAA 3A2FA 4OO1J 1L7OA 3TSPA 3KZIU 4ED2A 3CETA 4H5WA 8ICGA 3HJFA 9ICHA 3O4NA 3THWA 2OPPA 2W6KA 3FC4A 3QIOA 9ICFA 3I8DA 1DRGA 3AO4A 9ICNA 7ICNA 1NWKA 3J7YP 1HNXK 4WF9L 5D49A 1JLAA 1MQ3A 2IOFA 2PAVA 2ZUBA 5FRNA 2FJ6A 3AVHA 1N61A 4YP3A 4Q0BA 4M45A 3CCVN 3ZCMA 3J80O 2EANA 4JI2K 1JKHA 3P4IA 3QFUA 1X2IA 4CBWA 3PSFA 4CFCA 3HOSA 5ALUA 3KBBA 1SWWA 4YDUA 2QARA 4YOTA 5AZJA 4CIFA 4RQ2A 1L3TA 3ZDCA 2UUCK 2OYQA 2QB1A 3LP1A 2JLEA 1TV6A 1VK0A 5T7BA 5J2PA 1BNOA 2QKQA 3I0RA 4KX3A 5KFZA 5BRDA 3SMPA 1DTTA 4DL3A 1SKWA 4H0XB 4EHTA 2WF7A 7ICLA 4JKAA 2J6TA 1W2BM 3WKCA 4HAIA 1VSFA 2A1SA 1Z00A 5LMUK 4CEEA 4KLUA 1C20A 2ZJAA 1NGIA 4CF9A 2BE2A 3IRUA 2VG7A 4F3OA 2B5JA 4FZXC 5IIOA 3ZD9A 1C0TA 3AVIA 8ICZA 4BACA 1Z4NA 3SCXA 5L9XA 2HHSA 4DL4A 1G99A 2IVPA 3H08A 2F8TA 1HYZA 5CY4A 4RQ7A 4BDZA 4NJ8A 2G07A 4JKGA 5AQNA 3BS7A 3TAQA 2XY8A 4H5NA 5AQQA 1JIHA 2EAPA 4OKJA 3ZSVA 4EBEA 2QWQA 2HHTA 4JKCA 1Q8IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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