The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
90
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structure length |
90
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Chain Sequence |
b'SVYIVEEHYIPYSVAKKLLSDVIKSGSSSNLLQRTYDYLNSVEKCDAESAQKVVEELSSIISREDVRAVLASICPITPDEVRSILIMDSN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1N SUBUNIT
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| molecule tags |
Transcription
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| publication title |
Evolution of complex RNA polymerases: the complete archaeal RNA polymerase structure.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
13
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| structure length |
90
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| sequence length |
90
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| F | PF03874 | RNA_pol_Rpb4 | RNA polymerase Rpb4 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PMZ F; 2WAQ F; 3HKZ F; 2Y0S F; 4AYB F; 2WB1 F; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IV8 A; 5ALH A; 2W8K A; 7ICG A; 1U45 A; 4XRH A; 5ALM A; 3BQT A; 1SL0 A; 1BPD A; 3GU3 A; 5KL1 B; 4JK1 A; 2H5X A; 2VJ5 A; 5H2F U; 1EXN A; 2XID A; 3KHH A; 3AN1 A; 4I2C A; 4BJQ A; 2P6R A; 1LV5 A; 2A1A A; 4YD1 A; 5KTQ A; 1S0N A; 2H3Z A; 2KJ5 A; 2ODG A; 3IP4 B; 3NVV A; 1IM4 A; 2K60 A; 4UAZ A; 1X6J A; 3PMN A; 5DBC A; 3DV9 A; 4DFJ A; 4NLG A; 4DL6 A; 5KFV A; 3AQE A; 2MU2 A; 4GXK A; 1D8B A; 3TAN A; 4EBC A; 2HHT A; 1K5O A; 4I28 A; 5DGA A; 5ALP A; 3MR2 A; 1ZQX A; 3RB6 A; 4OJP A; 3Q8M A; 1SV0 C; 5AM0 A; 1QTM A; 3FAH A; 3E0F A; 4NY8 A; 2F8L A; 4Y2P A; 3KHL A; 4J9N A; 4UB6 U; 3V6H A; 3C5G A; 2DUY A; 4NLN A; 4IC9 A; 4RT3 A; 2R8H A; 3SZ2 A; 1NK5 A; 4CRX A; 3RF9 A; 2HVH A; 1JRP A; 2DL0 A; 5KFS A; 5JU5 A; 4F4W A; 2R8G A; 1ZQG A; 5KFB A; 1NK0 A; 3R9K A; 3RAX A; 5IIL A; 5J8Y A; 3HKZ C; 3IM1 A; 2V4R A; 3QXG A; 3GII A; 3NGD A; 3RJG A; 9ICE A; 8ICB A; 5DB6 A; 3N28 A; 3SV3 A; 3UXP A; 1NJZ A; 1TAM A; 4BX9 C; 5KG6 A; 2KKP A; 4DQS A; 4J9M A; 2C28 A; 1P7D A; 2YX8 A; 4PL1 A; 3QUQ A; 4AP9 A; 1N2X A; 1OUQ A; 4KLE A; 5G5H A; 3J81 j; 1BPX A; 3QU5 A; 4DL5 A; 3M9M B; 3B0X A; 4RQ2 A; 1ZJM A; 4KLI A; 2KJ8 A; 2F77 X; 4HYK A; 4F8R A; 4AYB C; 3BQ1 A; 3N7R C; 4OD0 A; 4M0A A; 3H40 A; 4QWE A; 4KLG A; 1Z3E B; 8ICN A; 2LPE A; 2HSZ A; 2JZB A; 2DF4 B; 4EZ9 A; 3PX0 A; 4MF2 A; 2OHF A; 3Q8Q B; 1HUZ A; 3ETR A; 5ALJ A; 3HX0 A; 3NRW A; 2W9B B; 2MRL A; 4EX7 A; 7ICL A; 2RLT A; 2ZXI A; 9ICR A; 2KD1 A; 2KKV A; 8ICW A; 8ICH A; 3N4M B; 5KFQ A; 1B4F A; 1TAQ A; 4ZOH C; 4F4Y A; 3D2S A; 5HR6 A; 4DSK A; 4M9L A; 4I2B A; 4YN4 A; 3UMG A; 5J2H A; 5CB1 A; 5DDY A; 2Q0Z X; 3K4G A; 4K4H A; 7ICM A; 1KSP A; 4EBD A; 2E1F A; 2G0A A; 3AUO A; 2DBY A; 3LWL A; 2QKQ A; 2DQN B; 4AYB F; 4JMU A; 1ZQT A; 4C80 A; 2JZB B; 3KBB A; 3IDW A; 1QH9 A; 2F44 A; 3TI0 A; 5FP0 A; 4DQP A; 1ARO P; 2ATL A; 5C0Y A; 2DFL A; 4M2Y A; 1ZQZ A; 1PK1 B; 4QZH A; 3OHA A; 5J2J A; 3ZDD A; 2KNJ A; 2KEY A; 2K8C B; 2H3F A; 1LB2 B; 4YQW A; 3HIL A; 2D6F C; 4DEZ A; 2EZZ A; 5DGB A; 3Q8P B; 1DK2 A; 3RJF A; 4RQ1 A; 4ICA A; 2W9C B; 1ZQQ A; 4KLU A; 2E8N A; 2YQE A; 1WG8 A; 2NV3 A; 1PVP A; 2YMQ A; 1NJX A; 4DS5 A; 2IOH A; 1UCV A; 3SV4 A; 2UVU A; 5T14 A; 1F5S A; 3F2C A; 1JIH A; 2JGA A; 3MGV A; 4ECW A; 4DSI A; 1ZQR A; 3QU7 A; 1ZQH A; 2ZIU B; 2PFN A; 1VJ5 A; 1URJ A; 4ED3 A; 4J9Q A; 3TAR A; 4EEY A; 2ZJ5 A; 5J0U A; 4E0D A; 3RFA A; 2RDJ A; 3F5E A; 2KHQ A; 1Z00 A; 4OJ6 A; 4IRD A; 4R65 A; 3A0H U; 3AEV A; 2CN1 A; 9ICT A; 1D9D A; 3FYH A; 3KD3 A; 2BDP A; 3WK5 A; 5ALQ A; 1Y88 A; 2VA8 A; 3T79 A; 4O5K A; 1X9X A; 5EE0 A; 5J0R A; 4MF8 A; 2WF9 A; 5KFM A; 2F3N A; 1BPB A; 1KN5 A; 1KQQ A; 3D2Q A; 1ZQL A; 4PJ0 U; 4IS7 A; 5CRX A; 9ICP A; 1CUK A; 5F9L A; 2XCP A; 3KHG A; 4DSE A; 2W11 A; 3D2N A; 2QLT A; 5KAI U; 2KZ3 A; 1UQV A; 2H3V A; 4IR9 A; 4IQU A; 3NAS A; 5EWG A; 1DGS A; 3OSN A; 4GXI A; 1ZQF A; 2HW3 A; 1L7M A; 4O5E A; 1DK3 A; 4MEX A; 3BS5 B; 4PH5 A; 4MHV A; 4NJ8 A; 4TUS A; 2G5H B; 4M6W A; 5DDM A; 4RU9 A; 4YVZ A; 1UA1 A; 5J0O A; 4O3N A; 3M9N B; 2WAQ C; 5KG4 A; 4NLK A; 4RT2 A; 2GLE A; 2HMX A; 2KIV A; 2HOI A; 1RYR A; 4YP3 A; 5AKH A; 2OYY A; 1RM6 C; 4DLG A; 1T4G A; 4QZF A; 2WF8 A; 3RJK A; 2LYB A; 4QIW F; 4QWA A; 3RRG A; 3H4B A; 1KKX A; 2Y1J A; 1NK4 A; 4C7Z A; 4UAV A; 1COO A; 3G6X A; 2Y0S F; 4ZH4 A; 5KFW A; 5J2A A; 1RQN A; 2R8K A; 2BQR A; 5L1J A; 9ICS A; 5AM4 A; 5DG8 A; 1XSN A; 4JWN A; 1C20 A; 3RH4 A; 5AKZ A; 4RQN A; 4DL7 A; 2E8O A; 4P0Q A; 5L9X A; 2ZTC A; 1KRP A; 4C4T A; 4C7Y A; 4QWB A; 1IXR A; 1XSP A; 4I29 A; 4F3O A; 2W9A A; 4IQV A; 7ICN A; 1NZP A; 5E79 U; 2W8L A; 2OXO A; 4RPX A; 1U49 A; 3QEB Z; 4BDP A; 4Q45 A; 1SXD A; 2EAO A; 2BQU A; 1L3S A; 4UB8 U; 5KFL A; 1RXV A; 5IIN A; 3IG8 A; 3TAP A; 1Z4O A; 5AIB A; 2KFN A; 3C29 A; 2PMZ F; 4UAT A; 2AH5 A; 4C8L A; 1S0M A; 1S5L U; 2RQ5 A; 5AK6 A; 2NRX A; 5DLG A; 4B9T A; 2XI9 A; 2NO5 A; 4Y2Q A; 4KX5 A; 3F2D A; 1UHU A; 2BCV A; 4CF5 A; 4C8N A; 4PZN A; 2FDR A; 5C5J A; 2YN4 A; 2YML A; 1WYG A; 8ICM A; 1Q3V A; 2NYV A; 1MA7 A; 1RYS A; 7ICV A; 3MR5 A; 4FZN A; 1L7O A; 5KFH A; 1X9M A; 2BCR A; 4MEY A; 3I28 A; 4O9M A; 1SZP A; 3BQ2 A; 3RJE A; 2E8M A; 4BWJ A; 4DOC A; 3ALR A; 4RQ3 A; 2HHW A; 1X6I A; 1SWW A; 3BDP A; 3RBE A; 4F5Q A; 3NRZ A; 3PNC A; 4I2I A; 1LKY B; 2MA1 A; 2G08 A; 3C2L A; 3EZ5 A; 4J9L A; 9ICX A; 5KAF U; 1NKC A; 4YMO A; 2GO7 A; 5ALI A; 3QUT A; 2W3S A; 4UW9 A; 2BCS A; 7ICI A; 2ISO A; 3GZF A; 5J0T A; 1ZQY A; 4TUR A; 4GC7 A; 4ECT A; 4DQR A; 4Y2R A; 3H8J A; 3PX6 A; 2JMG A; 4B9V A; 5KFU A; 3PZP A; 2YB1 A; 2BDU A; 2IBK A; 3LDA A; 1NK9 A; 4M04 A; 2HHX A; 3C5F A; 4PHE A; 4M9G A; 1SL2 A; 1J2M A; 3WKD A; 4F71 A; 2XY7 A; 2VIX A; 1JI7 A; 2KHV A; 5DB9 A; 2BR0 A; 1CRX A; 1MQ3 A; 4PGX A; 5IIK A; 4F5R A; 3KTQ A; 2W43 A; 9ICA A; 1WCN A; 4DQQ A; 2OEH A; 2ZIV B; 1T3N A; 1N48 A; 4RUC A; 2XO7 A; 4EBE A; 1JX4 A; 5GTI U; 4CNQ A; 1N62 A; 3B9J A; 3M6K A; 5CWR A; 3PW5 A; 1S10 A; 2BKE A; 4NM2 A; 2BQ3 A; 5AI9 A; 2GH1 A; 1A0P A; 1ZD3 A; 3PO5 A; 9ICW A; 4ED7 A; 2A1J A; 4EX6 A; 2K4E A; 2W9M A; 1NK8 A; 5III A; 4KLF A; 2AXT U; 4RNO A; 3HRD D; 4UB4 A; 3BS7 A; 8ICE A; 1ZET A; 3MAB A; 3THV A; 1ZOL A; 2OM6 A; 3MGI A; 3SQI A; 1M6Y A; 1N60 A; 4DOA A; 1BVS A; 3QNM A; 3KHR A; 3TAD A; 4NXZ A; 4CDG A; 4R63 A; 8ICS A; 4F72 A; 5DLF A; 4DS4 A; 4MFF A; 2WFA A; 2OCE A; 1NK7 A; 2HI0 A; 4Y2S A; 4P4M A; 4J9O A; 5KFD A; 2K8B B; 2UVW A; 2MAX A; 3K1R B; 4F92 B; 5AKG A; 1KEJ A; 2M0N A; 3MFH A; 1SV4 A; 4ED0 A; 4YR3 A; 3T3F A; 3V7K A; 1Z4N A; 7ICQ A; 7ICF A; 3N7P D; 5ALV A; 4R8U A; 4B9U A; 4IQW A; 3HW8 A; 2K8A A; 3PW4 A; 5J0S A; 4RQ0 A; 1FO4 A; 1ZQE A; 1XO1 A; 2J6U A; 2AQ0 A; 2C2D A; 5ALE A; 3UQ0 A; 4OJL A; 4FO6 A; 1F44 A; 3T5K A; 1L7P A; 4B9S A; 4UB1 A; 4RPZ A; 4DL3 A; 3NTU A; 2HDO A; 1QSL A; 2P35 A; 1SXE A; 2BZF A; 2PMZ C; 3G6V A; 3QZ8 A; 4CF3 A; 4IRC A; 4ECZ A; 1RYU A; 1WCL A; 2EAM A; 5AKL A; 1XNS A; 1ZQP A; 4WJ3 B; 1HEK A; 1UA0 A; 4B9N A; 2IOF K; 2KK0 A; 3OPX A; 4KLJ A; 4F4K A; 3V72 A; 2Y0S C; 3TQ1 A; 2RRD A; 4QZC A; 1COK A; 3OHB A; 4QZA A; 5CP2 A; 1B22 A; 4J03 A; 9ICF A; 3C2M A; 8ICR A; 3SAH A; 1KDH A; 4EZ6 A; 3DEE A; 4R8U B; 3EYZ A; 2H3I A; 1S9F A; 1RG6 A; 2YMP A; 2JEI A; 4G3I A; 4QZD A; 3NVY A; 2F8K A; 3PML A; 1ZQB A; 4BUG A; 4YD2 A; 4O3O A; 8ICG A; 2E3T A; 3LWM A; 4RUA A; 5HP4 A; 2LHT A; 7ICT A; 2CXY A; 4GFJ A; 3PR5 B; 4M47 A; 4UB2 A; 2JEJ A; 1U9L A; 3PR4 A; 3OJS A; 5ALU A; 3E58 A; 7ICS A; 1ED1 A; 4PGY A; 4P2H A; 3F2B A; 2KG5 A; 4KN4 A; 1X40 A; 2IMW P; 1HJP A; 3FC4 A; 5AI8 A; 4US8 A; 5J2F A; 1KFT A; 1PUZ A; 5L1K A; 2K4I A; 2P6U A; 4USA A; 3RBD A; 1L8O A; 5IIO A; 3O0F A; 5AKX A; 4I2H A; 1D8Y A; 2EZX A; 2KFZ A; 4JV2 A; 3GIJ A; 2KV2 A; 4ELU A; 4DF4 A; 5B5E U; 2E8P A; 2ALZ A; 1RQL A; 2KIW A; 2ZIV A; 5D4B A; 3EPI A; 2KJ9 A; 3QYP A; 1Q46 A; 2A19 A; 3RJJ A; 1U48 A; 1JRO A; 9ICU A; 3RTV A; 9ICJ A; 7ICR A; 2PFP A; 3CW2 C; 5J8Y C; 5KG2 A; 2HHQ A; 8ICY A; 2W3R A; 2BPF A; 4RQM A; 1QQ6 A; 4NLB A; 1C7Y A; 1A6S A; 4TQS A; 4Q8E A; 2XY5 A; 5AKK A; 4FS2 A; 1ZQK A; 1ZQC A; 1N63 A; 2FJ6 A; 3H0L B; 1LKY A; 3WKC A; 4CCH A; 5JRT A; 4M9J A; 2KZZ A; 1DOQ A; 2NRV A; 1BNP A; 3JPQ A; 2EAP A; 5AIC A; 5KG3 A; 3ZDA A; 1WUD A; 5GTH U; 1L3T A; 2HHU A; 5KFX A; 2GWS A; 1SKS A; 5AIA A; 1U47 A; 3RAQ A; 4RQ7 A; 1SGG A; 5KFT A; 3OSP A; 1NJW A; 2E5S A; 2Y9U A; 4YFK A; 3PX4 A; 3ISC A; 2WHE A; 2H3Q A; 3TFR A; 2KOB A; 4JWM A; 4UB3 A; 5F9N A; 1ZQM A; 2AGO A; 3WK4 A; 2ISP A; 4UB5 A; 8ICZ A; 3WK6 A; 1PVQ A; 8ICC A; 5ALY A; 8ICJ A; 1PZN A; 4F91 B; 9ICB A; 3ZDE A; 2IA6 A; 4IR1 A; 2GOL A; 5ALS A; 2CPR A; 5J2G A; 5EOZ A; 1FFU A; 5G5G A; 3LYS A; 1NI3 A; 4NL9 C; 2FMP A; 5BOL A; 1QQ5 A; 3KZX A; 1BPE A; 3SI8 A; 5KG7 A; 1UT5 A; 1BGX T; 2A1J B; 2I5H A; 3BZK A; 1ZQJ A; 2HVI A; 3CYM A; 3CRX A; 5IIJ A; 3GIM A; 2C22 A; 3OGU A; 2JH1 A; 5KFR A; 1FEZ A; 3KKA A; 3HPO A; 3BQ0 A; 1TV9 A; 4C8O A; 2Q4T A; 4KLL A; 3PV8 A; 3AU6 A; 4I2E A; 1MN8 A; 5J2E A; 3BQ7 A; 1ZQD A; 3UQ2 A; 5KL8 B; 4P0Q B; 5KFA A; 1AQ6 A; 3DDH A; 1RXW A; 5TZV A; 8ICI A; 5F3X B; 2XGP A; 4O3M A; 3H4D A; 9ICQ A; 5ALT A; 3H8W A; 3ICX A; 3WKB A; 3VC8 A; 2ES6 A; 5KT6 A; 3PST A; 3JPN A; 4ECQ A; 4O5C A; 4DWI A; 4PHA A; 9ICN A; 4F5P A; 2WAQ F; 2IHN A; 3GIL A; 3M9O B; 5HNK A; 2MUT B; 2RHF A; 5JTI A; 2HCF A; 2ZXH A; 4P4O A; 5ALG A; 2PKE A; 9ICM A; 3UM9 A; 3TFS A; 4DQI A; 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4NLC A; 1UT8 A; 2FI1 A; 5A0L A; 2MSN A; 3FM9 A; 2G07 A; 7ICE A; 2W7P A; 4KIT B; 3PSP A; 4QJF B; 1N56 A; 4KMU A; 3C28 A; 2KIC A; 2AQ4 A; 2V4Q A; 5AI4 A; 2YTU A; 4RQ8 A; 4PPX A; 4F2S A; 2JHD A; 1NZB A; 2I9G A; 3RRH A; 3ZI4 A; 3TAQ A; 9ICI A; 5DKW A; 3VCB A; 4QZE A; 4R64 A; 3Q8L A; 4QNL A; 4DFP A; 5D46 A; 3BZC A; 1KFD A; 2I6X A; 3RB3 A; 4J9K A; 4U6P A; 3QUC A; 3GIK A; 4ECV A; 1NKE A; 8ICP A; 3S6J A; 3T5L A; 1JUD A; 3UMC A; 1SKR A; 2BPC A; 3AU2 A; 3SAF A; 4I2D A; 4J9P A; 3L3F X; 2MUT A; 2JH7 A; 3HWT A; 1SIJ A; 1TK0 A; 4JV1 A; 2XGQ A; 2ASD A; 5EE1 A; 2W03 A; 2LBO A; 2G5I B; 4XUS A; 5DQI A; 3V6J A; 2B6G A; 1TKD A; 5KFG A; 1NJY A; 2DPI A; 1ECW A; 4UAY A; 3M8R A; 5ALF A; 1J2N A; 2ZUB A; 1FIQ A; 2L5Y A; 3MFI A; 4O3S A; 3M8S A; 4J9R A; 2HBL A; 1HUO A; 1KW4 A; 1ZQ1 C; 1ZD4 A; 4NM1 A; 2DKX A; 5CA7 A; 3MDA A; 4FZL A; 2KSO B; 2VKQ A; 4P4P A; 5CR0 A; 4C0Z A; 2HOF A; 3EWA A; 3MC1 A; 4NWI A; 5J2D A; 2ESE A; 2QAR A; 4C4S A; 2LI6 A; 1V97 A; 3K1Z A; 3WKE A; 4PZO A; 2KZM A; 3PW0 A; 2FPM A; 3ZDB A; 3JPT A; 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