The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
90
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structure length |
90
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Chain Sequence |
SVYIVEEHYIPYSVAKKLLSDVIKSGSSSNLLQRTYDYLNSVEKCDAESAQKVVEELSSIISREDVRAVLASICPITPDEVRSILIMDSN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1N SUBUNIT
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| publication title |
Evolution of complex RNA polymerases: the complete archaeal RNA polymerase structure.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| total genus |
13
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| structure length |
90
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| sequence length |
90
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| F | PF03874 | RNA_pol_Rpb4 | RNA polymerase Rpb4 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2WAQ F; 2PMZ F; 2WB1 F; 3HKZ F; 2Y0S F; 4AYB F; #chains in the Genus database with same CATH topology 2D3D A; 2ZXI A; 2A1J B; 3QXG A; 2B0C A; 4F92 B; 1RXW A; 2WF5 A; 5HML A; 3THV A; 3HJE A; 4NLG A; 4UAV A; 3JPP A; 3RH5 A; 8ICA A; 3PX6 A; 2R8K A; 2JGA A; 4R8U B; 5J0X A; 3RBD A; 2FLP A; 5DB7 A; 3WKD A; 2Y0S C; 2KSO A; 5KG3 A; 4BXO A; 1ZQS A; 2KJ9 A; 1N2X A; 4YMM A; 5J0T A; 3RB3 A; 5ALP A; 1ZRN A; 4C0Z A; 1VJ5 A; 4LZD A; 4YR2 A; 4IQT A; 5J0Y A; 3PST A; 1UCV A; 7ICP A; 4FBT A; 3N7P D; 4RQ8 A; 1U47 A; 1S76 D; 3GU3 A; 1EXN A; 3AEV A; 1RM6 C; 3NVZ A; 8ICP A; 3D2S A; 4QZI A; 4CRX A; 5AK3 A; 4QZ8 A; 2G5I B; 5AM2 A; 2VAN A; 4IQV A; 4PHP A; 1Y88 A; 4Q8F A; 2PMZ C; 2VA3 A; 2G5H B; 4F5R A; 4Y2R A; 2FLL A; 5HR7 A; 2R8G A; 1T3Q A; 3RJK A; 2HHS A; 2ISP A; 5KG5 A; 4C8O A; 1IM4 A; 2F1H A; 1BPB A; 3RR7 A; 3PNC A; 3SV3 A; 2AXT U; 5JU5 A; 1Z19 A; 4KLE A; 1TK5 A; 1J2N A; 3FC4 A; 3H40 A; 1BNP A; 1S77 D; 3D2N A; 3UMC A; 1NOM A; 3QUB A; 3N4M B; 3FM9 A; 5KFM A; 1T8E A; 1ZQP A; 4ED7 A; 1CRX A; 4JK1 A; 4QZG A; 2W9B A; 5AIC A; 4I2A A; 2FJ6 A; 3HKZ F; 4DQQ A; 2ES6 A; 2XGP A; 4GFJ A; 2EAM A; 3DDH A; 4RNO A; 1PZN A; 1LVH A; 1ZQJ A; 4F50 A; 2IBK A; 5DQG A; 4UAT A; 4LVS A; 3M6Z A; 5KFR A; 2HW3 A; 2ZIV A; 5ALR A; 2KNJ A; 4KIT B; 1KEJ A; 1BPY A; 3CRX A; 1ZQO A; 3RH6 A; 2WAQ F; 2RHF A; 1QSY A; 3UQ0 A; 4F4Y A; 4YCX A; 2GO7 A; 2JH7 A; 4CF5 A; 4RNM A; 1IXR A; 4R64 A; 1QQ6 A; 4AYB F; 3H8M A; 2DPI A; 2LM1 A; 2RP5 A; 3RRH A; 5KFD A; 4IR1 A; 2CXY A; 1TK0 A; 5KFW A; 1IV8 A; 3H8J A; 4EEL A; 1ZQE A; 2KSO B; 2KOB A; 4M47 A; 2EAP A; 4J9M A; 4EYI B; 2K8B B; 3TQ1 A; 1V38 A; 4UAS A; 2BPF A; 3BS7 A; 2JV3 A; 1Z00 A; 4PHA A; 5DBA A; 4NJ8 A; 9ICF A; 8ICG A; 2P6U A; 4BWM A; 4ED2 A; 4P0P A; 4EBD A; 3I1Y A; 1B0X A; 1N5W A; 3LWM A; 3LK9 A; 4DL6 A; 2A19 A; 2IHN A; 7ICE A; 2ZIU A; 2GOL A; 4M0A A; 3AM9 A; 3QX7 A; 3S6J A; 1NK9 A; 1J97 A; 3R9K A; 2XY5 A; 7ICR A; 1PVR A; 9ICR A; 4Q44 A; 1L7N A; 3EPG A; 5KFH A; 4QZC A; 4F8R A; 1LKY A; 5J2E A; 2HHQ A; 5IIJ A; 5KFS A; 9ICI A; 2ZIX B; 2W9A A; 7ICU A; 3QEA Z; 5KFZ A; 5ALG A; 4BGD A; 2B21 A; 8ICI A; 4F3O A; 3BS5 A; 4MF2 A; 5AKE A; 3MAB A; 1U9L A; 1WUD A; 2HCF A; 1TVA A; 4CGZ A; 1C7Y A; 4RQ6 A; 3H8W A; 3NVY A; 2NRZ A; 8ICU A; 2W9B B; 3M6K A; 5KFX A; 1K1S A; 3AL0 B; 1ED1 A; 1X9S A; 5DGA A; 5DLG A; 4DS4 A; 4FO6 A; 5T14 A; 1MA7 A; 5CR0 A; 4M6W A; 4PL2 A; 4RPX A; 5ALY A; 3C28 A; 4DL7 A; 3RH4 A; 4DL2 A; 2I5H A; 1J2M A; 4DQP A; 3JPS A; 2MU2 A; 8ICV A; 2QAR A; 1XSN A; 2XY6 A; 1SL2 A; 4JWM A; 1RQN A; 9ICS A; 3RB0 A; 4ECX A; 4UAU A; 3D6J A; 4DLG A; 5FP0 A; 2KFZ A; 1JI7 A; 1VLB A; 1QQ7 A; 3GFK B; 4KN7 A; 3AU6 A; 3BQ7 A; 3V6K A; 4DQR A; 4KLT A; 4F5O A; 1TFR A; 3B9J A; 2UVU A; 1CEZ A; 4KLQ A; 2DPJ A; 5ALO A; 1T7P A; 1L8O A; 4DCC A; 4J9P A; 2EDU A; 5KFP A; 1SZP A; 5AI5 A; 5J29 A; 2I6X A; 4DLE A; 2BCU A; 2W3S A; 4EEK A; 4OJ6 A; 3WU2 U; 5ALN A; 1DRG A; 3IM1 A; 1Z00 B; 3MGH A; 3OTQ A; 2YN4 A; 2MA1 A; 2Q0Z X; 3ISB A; 2KN7 A; 2AQ0 A; 4NLC A; 3N7R C; 1DXS A; 4C4S A; 2K8C B; 2BKE A; 2WF6 A; 4P0P B; 1NZP A; 3M8S A; 2F8K A; 3NVV A; 4Z6D A; 1ZYQ A; 1XNS A; 2ZIU B; 4UB3 A; 4M9H A; 3OJU A; 3H0M B; 2L5Y A; 5ALW A; 3GDX A; 4PH5 A; 2XVT A; 5ALS A; 1O08 A; 3BZK A; 1LKY B; 5AM1 A; 1NK6 A; 2XIC A; 2C2R A; 3NRW A; 5KFN A; 1TAM A; 1ZD5 A; 4OCZ A; 4I2F A; 2JEI A; 2KK0 A; 3SZ2 A; 4GLX A; 1SV4 A; 2KG5 A; 3EW9 A; 5AI4 A; 2IA6 A; 3EZ5 A; 1SXD A; 1ZD4 A; 1ZQR A; 4HAI A; 5DLF A; 1TAU A; 2V4R A; 3HP6 A; 5IIN A; 4RPZ A; 1MN8 A; 4AP9 A; 2JHD A; 1KKX A; 3ED5 A; 5F9N A; 5DKW A; 1BPE A; 1ZQL A; 2F1I A; 1YZ6 A; 3T79 A; 2NRW A; 2KD1 A; 3OSN A; 2IMW P; 1X2I A; 4F4K A; 3WK4 A; 1JRP A; 1OUQ A; 1ZXI A; 3MR2 A; 1BGX T; 1L7M A; 4M6W B; 2AH5 A; 2BQU A; 1NK4 A; 2JR5 A; 4JWN A; 4C4T A; 2G08 A; 4NLK A; 4YXM A; 8ICN A; 1HUO A; 2QAR B; 1K1Q A; 3GV5 B; 9ICA A; 2PFQ A; 2LPE A; 2ZUB A; 4RUC A; 4DOA A; 4DSI A; 3HKZ C; 1TK8 A; 7ICI A; 3Q8S B; 3A0B U; 2Y9U A; 4ZOH C; 4PPX A; 4KTQ A; 3QU9 A; 3RJI A; 3SMV A; 4EZ9 A; 1ZQZ A; 5EWE A; 1MC8 A; 4P4P A; 3OSP A; 1ZQF A; 5DG9 A; 3M9O B; 3PW0 A; 3IRU A; 1KRP A; 2E8O A; 3UXN A; 2WAQ C; 1RYS A; 4KX5 A; 2W8L A; 4Y2J A; 2J6S A; 3T5H A; 1N48 A; 5C0Y A; 1XWL A; 5AKY A; 9ICK A; 2H3Q A; 8ICQ A; 2KJ8 A; 4F72 A; 5TZV A; 4QWC A; 3BQ2 A; 5B66 U; 1ZQK A; 3GV7 B; 3ZDD A; 2HSZ A; 2NV3 A; 2EZX A; 4ED0 A; 3KBB A; 2K89 A; 4R8U A; 3V7L A; 4GXK A; 1S8O A; 4DQS A; 1URJ A; 4KMO B; 3JPT A; 3OHA A; 4UB1 A; 3QZ7 A; 3G6Y A; 2XC9 A; 2JEF A; 3IV6 A; 4QNL A; 5AKK A; 3SEI A; 9ICB A; 4IR9 A; 1A77 A; 1X9M A; 3PVX A; 2HMX A; 2KJ5 A; 1Q8K A; 5ALV A; 4DWI A; 5ALH A; 3AN1 A; 3ZDA A; 1F0M A; 1P7D A; 1ZJM A; 1ZQM A; 5AIB A; 1QSL A; 4USA A; 4ECS A; 5KL1 B; 5CEH A; 4PGQ A; 3MDC A; 3IP4 B; 1JAL A; 4O3N A; 3RR8 A; 1S5L U; 3KHL A; 4DL4 A; 1BPX A; 5GTI U; 2IOF K; 3NVW A; 4JUZ A; 2HOF A; 4O3Q A; 5ALD A; 1ZD3 A; 1KTQ A; 4J9K A; 2ESE A; 3K1R B; 1JXE A; 2E5S A; 2JEJ A; 1DOQ A; 3K1Z A; 3ONN A; 4DEZ A; 2BQ3 A; 2AJQ A; 1PVQ A; 4M04 A; 4BJQ A; 2LI6 A; 3KZX A; 4EYH B; 2UVW A; 2HBJ A; 2NRT A; 4G9B A; 4I2J A; 1NKC A; 3OGU A; 1ZET A; 2F76 X; 3BZC A; 2PI4 A; 2KVC A; 4B9U A; 5BOL A; 2HHV A; 2KE7 A; 1SL0 A; 2ASD A; 5ALM A; 9ICL A; 2D8C A; 3C2M A; 3QUT A; 3SR6 A; 5KFY A; 4TQS A; 4UB2 A; 5ALE A; 4NL9 C; 1XSP A; 1U48 A; 2YMP A; 2FDR A; 1SV0 A; 5J2B A; 2YX8 A; 1WCL A; 7ICL A; 4QJF B; 4RNN A; 5KT7 A; 3PMN A; 1A0P A; 1PK1 A; 2ZG6 A; 1ZD2 P; 3KD3 A; 1B43 A; 4M9J A; 5ALT A; 3OJS A; 3T3F A; 2NO5 A; 2DF4 B; 8ICZ A; 4ECY A; 1ZQX A; 7ICS A; 2QB1 A; 1SWW A; 4GIB A; 2F3N A; 2H3V A; 1BNO A; 5AHX A; 2I1Q A; 4DSE A; 4YD1 A; 1RZT A; 5D4B A; 2BR0 A; 3ZDB A; 5KFB A; 1C20 A; 2BCR A; 2WF9 A; 3TFS A; 2C28 A; 3D2Q A; 4M2Y A; 5EE9 A; 2FMP A; 8ICR A; 5DBC A; 3PW7 A; 3QUC A; 3GV8 B; 2EQY A; 1QQ5 A; 2EZZ A; 2Y1J A; 4Y2V A; 4NLZ A; 8ICE A; 2ZIX A; 7ICV A; 4I27 A; 2KIW A; 2ISO A; 3N28 A; 1NKB A; 1SXE A; 8ICF A; 2KZ3 A; 1NZB A; 3KHH A; 1FO4 A; 3K4G A; 2R8J A; 5AM0 A; 3QZ8 A; 3PZP A; 4UQG A; 4FFD A; 3WKE A; 3MDA A; 3SAF A; 2NYV A; 2NRV A; 7ICO A; 3M9M B; 7ICK A; 3ORY A; 7ICT A; 1WCN A; 4O3R A; 4PHE A; 4O9M A; 3EUB 2; 3H0R B; 4MEX A; 2JRZ A; 5EE1 A; 4OJO A; 5CWR A; 4O0I A; 4ED8 A; 4GC6 A; 2XO7 A; 2PKE A; 4IRK A; 5KFQ A; 4QW8 A; 4B9S A; 3BQ0 A; 4KLI A; 1F44 A; 3FDS A; 4A8E A; 5DBB A; 2PFP A; 5IIK A; 1N61 A; 4QW9 A; 5DG8 A; 5J0W A; 1U4B A; 2G06 A; 3RJH A; 3ETR A; 2E8N A; 4TQR A; 1PUZ A; 4FZN A; 3TFR A; 3TAP A; 1GO3 F; 3FAH A; 3NS1 A; 4DS5 A; 1NK7 A; 1JRO A; 3RB4 A; 1NNL A; 4B9V A; 4DSL A; 1WYG A; 2JZB A; 1PK1 B; 3DV9 A; 1TV9 A; 4RU9 A; 4RQ1 A; 3UPQ A; 4DOC A; 1L3S A; 3V7K A; 3OPX A; 2KZM A; 1RYR A; 1RDF A; 2BQR A; 2W43 A; 5BPC A; 3C21 A; 4PL1 A; 3ISC A; 3KZI U; 4C8M A; 4RQ0 A; 1TKD A; 8ICT A; 4ELV A; 2DGZ A; 4MFA A; 3WK5 A; 4NV0 A; 4UAY A; 4J9N A; 4EZ6 A; 1NK0 A; 8ICM A; 2WFA A; 1KDH A; 9ICN A; 3ETL A; 5L1L A; 3GQC A; 4U6P A; 1DK3 A; 2DL0 A; 1ZQ1 C; 2RQ5 A; 1ZQD A; 4I2E A; 4YR0 A; 3KKA C; 4C8L A; 4P4M A; 2HHT A; 9ICH A; 2Z7J A; 4BDP A; 2HVH A; 3VC8 A; 2YML A; 1OW5 A; 2A1A A; 4Y2Q A; 1Z4O A; 4ELT A; 5J2J A; 5JUM A; 3QU4 A; 1ZQB A; 3PO4 A; 5KFO A; 3E0F A; 4O3S A; 2V9W A; 2E1F A; 1TE2 A; 4F5Q A; 5J2K A; 5HP4 A; 4RQ4 A; 4UW9 A; 1NKE A; 2IHM A; 5KT6 A; 2ASJ A; 5L1J A; 5AKX A; 4DO9 A; 4DL5 A; 3Q8M A; 1PK3 A; 5BOM A; 5AK5 A; 4E0D A; 2VIX A; 3Q8K A; 4QZA A; 1B4F A; 4UB8 U; 3GZF A; 4EEY A; 4ICA A; 4DFP A; 5KAI U; 1YZ7 A; 4I2C A; 1RG6 A; 4OJL A; 1RXV A; 4FBU A; 1UPH A; 3C23 A; 4BWJ A; 5CHG A; 1COO A; 5IIL A; 4JV0 A; 2HDO A; 2K4H A; 4G3I A; 4RUA A; 3HIL A; 1X42 A; 1X66 A; 3ZI4 A; 3KHG A; 3MR5 A; 2DBY A; 5EOZ A; 5AKH A; 1D9F A; 5L1K A; 5DDY A; 2JZB B; 1HEK A; 4UBC A; 3T5J A; 3J81 j; 5CA7 A; 3B0Y A; 2DUY A; 2HHW A; 9ICX A; 1S9F A; 4IQW A; 3MFI A; 2DKX A; 4YMN A; 1ZQC A; 3NAS A; 2H3I A; 1WG8 A; 4QWA A; 3UMG A; 3KHR A; 1S97 A; 9ICO A; 2B6G A; 2BZF A; 5JRT A; 1XO0 A; 1D8L A; 1AQ6 A; 5KG4 A; 4J9S A; 2FPM A; 1O03 A; 4PJ0 U; 1XS9 D; 2LMR A; 5KAF U; 5DG7 A; 4Q45 A; 4FZL A; 5J2H A; 4B9M A; 3C1Z A; 3RJG A; 3C5F A; 2XGQ A; 5TIS U; 1SKW A; 3V7J A; 4TUQ A; 2K4E A; 4UB4 A; 1A76 A; 4O5K A; 8ICB A; 3SAH A; 2DWQ A; 2OM6 A; 2W03 A; 5KG1 A; 3C1Y A; 5EE0 A; 4QWB A; 3PW2 A; 4I2B A; 3PO5 A; 9ICW A; 2HBM A; 5KT5 A; 3AMZ A; 3Q8L A; 3RAX A; 2RLT A; 2BCS A; 4C7Z A; 4MF8 A; 2N1R A; 5HMM A; 1ARO P; 2CPR A; 4RQ5 A; 1BVS A; 5KFF A; 4O5E A; 3NRZ A; 3TAN A; 2P6R A; 4KMU A; 4QZE A; 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5ALK A; 5J8Y C; 3SD7 A; 3LVV A; 2H3F A; 2W54 A; 2EAO A; 2BCV A; 3PY8 A; 1SIJ A; 1ZJN A; 2G07 A; 4DL3 A; 4DQI A; 5AK4 A; 2W9M A; 3GII A; 4M9L A; 4F93 B; 2ZTE A; 7ICJ A; 4NLB A; 2NO4 A; 4UB5 A; 2ZXH A; 2HOI A; 2ZTC A; 4GXI A; 4NY8 A; 5EWG A; 5IIO A; 3BDP A; 5ALJ A; 1NJX A; 4BUG A; 4B9T A; 2LYB A; 4TUR A; 1KSP A; 4YFK A; 3PSI A; 2R8I A; 1T4G A; 3U26 A; 3AQE A; 5KFG A; 5KFE A; 5ALU A; 2ZIW A; 3TAC B; 2F2A B; 4K4I A; 3E58 A; 4R66 A; 1SWV A; 2G0A A; 2E3T A; 1V97 A; 4OJ5 A; 4RZR A; 4IC9 A; 2JH1 A; 4KLM A; 5HNK A; 3F53 A; 9ICC A; 1JN3 A; 3RJF A; 4IQU A; 1L3U A; 3BQT A; 3M7D A; 4BX9 C; 2RDI A; 5F9L A; 3Q8P B; 4RT3 A; 5DQI A; 4RQM A; 3IG8 A; 1NJY A; 1JMS A; 3A0H U; 1RQL A; 3RAQ A; 2IOH A; 5AKG A; 2MRL A; 5L9X A; 5CP2 A; 3GIJ A; 3RFA A; 2FMS A; 1Q46 A; 2LYH A; 4QIW F; 5HR6 A; 2ASL A; 2YB4 A; 4RPY A; 8ICO A; 2DKZ A; 1HJP A; 3CNH A; 4XQ8 A; 2WF7 A; 2RRD A; 5GTH U; 3GIL A; 1Z1V A; 1ZQY A; 2UVV A; 4I28 A; 1QCK A; 4QWD A; 1N56 A; 4PZN A; 1ZQG A; 3UXP A; 1X6J A; 3PX0 A; 4KLH A; 2LM4 A; 4XA5 A; 3KKA A; 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