2HBJA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase, gene regulation
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 126
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbjA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbjA01
5C0YA 2HBKA 3CYMA 2MA1A 3SAHA 4CGZA 1YT3A 4CDGA 2RRDA 2DGZA 4NLBA 3SAFA 1D8BA 4NLCA 2E1EA 2HBJA 4QIWF 2E1FA 1GO3F 2HBLA 2KV2A 2RHFA 4QJFB 3SAGA 2CPRA 1WUDA 4O3MA 2HBMA 4OO1J
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PSIA 3D45A 3U3GA 4Z4HA 5DDYA 4YMMA 1WSHA 1VSDA 4CJVA 3TU5A 3CCRN 2O4GA 5TISU 3M9MB 4PHAA 4JS5A 2O8EA 2QB0A 3UQ2A 1LB2B 4DR6K 3C21A 3OYGA 4ICAA 4YXJA 3DEEA 4FLZA 2DFEA 4KV8A 3NH2A 1J5EK 4AP9A 3ZDEA 4JUZA 4NLNA 2BCQA 4O3OA 2YI1A 2PY5A 1ZD5A 1B0XA 4NWIA 2KV2A 2F8LA 2XCPA 3AO1A 3QO9A 3LAMA 1KN5A 3OS1A 3WU2U 3PW7A 3RJHA 2YHYA 3DLBA 4OLAA 1DRGA 2AQ0A 3O3FA 3RAXA 1C0FA 2V4RA 3PX6A 4IQVA 2HVIA 2I9GA 4KLIA 1T4GA 4F4XA 4BG9A 5AQVA 4M9LA 3O9UA 2HNZA 3OYEA 3OS0A 3ZT3A 2CXYA 3N28A 3VEXA 5HNKA 3NVMA 3VQQA 4CDGA 5J0XA 2RRDA 4RQ0A 3VQ9A 3MCPA 4EYIB 4FE3A 2JGUA 2NO5A 3CG7A 2B6AA 2IGIA 4RQNA 4DU1A 2HHXA 2P9LB 4AH9A 5A0LA 4CGJA 4CJUA 1P8ZA 4FLVA 4TUQA 3QIPA 1G15A 4O8UA 4K41A 5C2DA 2Y9UA 3O3HA 4KLGA 3MX5A 3GE1A 2LKYA 4IDKA 2HBMA 2C2EA 4ZTFA 1D8YA 1U6ZA 1ZQBA 3AARA 4DFMA 5M1QA 2ZD1A 1FO4A 1QSLA 2ZJRL 1FKOA 1VSKA 4BQLA 3RFAA 4OLBA 3DV9A 4W5QA 3IG8A 3NVWA 3QU5A 2GV9A 4DTPA 3BQ7A 3HBTA 5DB8A 5AKLA 7ICGA 5HR7A 2NRZA 3P31A 3SMPA 4CF8A 7ICRA 4GV9A 2P9LA 4UAYA 4FWRA 4LH5A 4AHTA 4IBNA 4PL1A 3AO4A 4DTRA 4GV6A 7ICSA 3JPOA 3WNEA 3JPQA 4RU9A 5KFQA 1TKZA 5M1PA 3HRGA 4A2BA 4FZYA 2R8GA 4R79A 1TAMA 5KFTA 3K75D 4G9BA 3TWHA 3WNHA 1JI7A 4CEEA 4IRCA 4F2SA 1Q9YA 5KFNA 2EAOA 3M8RA 3RRHA 1ATSA 3AM9A 5KFEA 3ZSWA 4H0OA 4N76A 2JV3A 5ALMA 3ALRA 2P1JA 4M2YA 3L3VA 2XCAA 1WSEA 4PY5A 4RQ2A 4M7YA 4DHYA 1B9DA 4U7CA 5C12A 4DTUA 1Q3UA 5KT7A 4WCEL 2QK9A 1GLCG 4I2DA 2FBTA 4J2AA 2D6FC 3HKZF 4RUCA 4E7IA 3O9RA 5F9NA 3AVKA 1NGBA 4NXMK 3V7JA 2YX8A 4ZTJA 4XH5A 2OM6A 4FJKA 2O8CB 1JKHA 4UB4A 3ATVA 3HT3A 1QZ5A 2F77X 2E2OA 4UQGA 1MWKA 4KMUA 3WKCA 2FSNA 3DLHA 2HI0A 1BPXA 1LWFA 4IJAA 1S6QA 1DGJA 3ZT4A 2W55A 3C94A 3MDQA 4I2AA 1RT6A 1NJWA 2I1QA 4MDAA 2JRZA 2G8KA 3A0HU 4RQ3A 2MAXA 3IN5A 3SUNA 3CP8A 5KT2A 4DQPA 5EU7A 4W5OA 5CYQA 3EE9A 5AI9A 3I56N 3SQ1A 2O8CA 3L4PA 5L9XA 2YHXA 2F7TA 4ED2A 4J9QA 3UMCA 9ICGA 4CZJA 1KXPA 5KL8B 2JWLA 4J2DA 1HJOA 1D5AA 2QW9A 2ZWHA 4FJ7A 3ZD8A 4IQTA 4Y2YA 4OJLA 3QBWA 4OX9K 2ZJPL 4RQ8A 3R9KA 3SENA 3HSTB 1BNPA 2IOHA 4Q45A 3PIPL 5DM7L 3SAFA 3LDPA 1BG3A 3IM1A 1K8KB 5DG7A 3DXMB 3QFUA 4FWKA 4FWPA 3SBTA 5KQDA 3MGVA 4ECRA 5T7BA 1ZQFA 4BC4A 4RW7A 2YNFA 2JEJA 4WJ3B 4YOVA 4H0PA 2HVHA 3SR6A 3ZYYX 9ICPA 4E0DA 2XVTA 4KLJA 5DGAA 1X6JA 2AGOA 7ICMA 4GVMA 1JX4A 3MABA 3JAMO 3J81O 4YVZA 1ZC6A 3KVGA 3ZEUB 3BY5A 3M8QA 5D49A 3V6KA 1ZBSA 1HNZK 4UB2A 1K8KA 8ICWA 3DXMA 1ATRA 2YNHA 5E79U 4U7BA 3T5JA 2V4QA 3I76A 1KFTA 5AZIB 5JMVA 4IEEA 3CM5A 3IG5A 5ALGA 3RJIA 4UAUA 2BQRA 2QWQA 3TABA 2A1RA 3RH5A 1IH7A 2P9NB 3TTFA 3R6MA 5EE1A 1YJNN 3GG4A 2FE9A 2FLOA 2VQFK 1QVFM 4E7LA 5AI6A 3HRDD 1XHXA 4YDUC 3ZEUA 4BRQA 1NK0A 5AQMA 3D2SA 4K25A 3AUOA 5JVGL 3VQBA 3UMBA 5AZIA 5I3UA 3ULEA 3BUZB 4DTOA 4KLMA 4LY7A 2IOFA 1X66A 1RM6C 3I28A 4OKEA 4CHNA 2Q0ZX 4NV0A 4F91B 2P9NA 1ZBIA 5AKKA 4KI4A 2RF2A 1XO0A 4ELVA 3RB0A 3OTQA 4KN7A 1NGJA 4KH4A 3QUTA 1ZQIA 4L8RB 2RKIA 3B0YA 3THWB 5JICA 4IZ9A 1NNEA 4UATA 2FBXA 3SMVA 3KKSA 4KMOB 2O4IA 3N4MB 5CA7A 3QETA 4FK0A 5FRNA 5B5EU 3VF6A 2PYJA 1S5LU 4CHOA 3KLFA 2E3TA 3DRSA 1JL2A 2HF4A 4KHSA 2F1IA 4CGHA 4ECQA 1B9FA 2YKNA 2N1RA 4Z6CA 4ECYA 8ICBA 3WUHA 4E1MA 4DUZK 3OTOK 2KP7A 4O44A 3RB6A 2PKEA 2KJ5A 1BQNA 1E4FT 5CZ1A 5KFFA 3S3NA 4CJRA 3JPSA 1YUWA 1PZNA 2MUTB 4CJSA 4B1XB 1GOAA 2ALZA 4ISEA 5L1MA 3R8EA 1ZYQA 4JK1A 4ZOHC 5TZVA 1GLAG 2X74A 3Q7BA 2WTUA 1ZQMA 1NJIO 4DL6A 4JI0K 1L8LA 2FC0A 5FPEA 2E8AA 4FS2A 2VCPA 3NVKA 2B0CA 2OTJN 4DL4A 1YZ6A 3T5KA 9ICHA 5JS1A 4YORA 3M9OB 3HO1A 2K60A 3AGKA 3NRZA 1OH7A 3H0LB 3TFSA 4XEIA 4CZEA 1JLEA 5KQ8A 4QIWC 1OUQA 4OD0A 4JKHA 3WT0A 3W3DA 9ICIA 5DB6A 2W3SA 1RT4A 4H0TB 2R8JA 1S9FA 2MUTA 4US8A 4BACA 4FLXA 1Q46A 4RQMA 4P4MA 1SV0A 4KLDA 3FZFA 2O8FB 1VSHA 4AHSA 2KSOA 4JV1A 5BPNA 2HBKA 5KT3A 5J0RA 3VQ8A 4BVOA 1VJ5A 2LYBA 3WKBA 4JKBA 4MQ3A 2O6KA 4Y2SA 1VQ6N 3JPPA 1MC8A 7ICLA 2LSNA 4QWEA 3RF9A 1VSMA 3N4QA 5KPRA 1A5VA 3AA3A 4OKKA 4CIEA 1UT8A 3AL0B 3OS2A 1K5OA 3KHHA 4EBEA 3R3LA 2YB4A 1ZJNA 3DLEA 5AKJA 4QZFA 3ZDBA 3N4PA 1K6YA 1TAQA 3HYFA 1U47A 3SV3A 4CEBA 2O8FA 2LBOA 5J0WA 4CHYA 2QI2A 1Z6RA 4LZDA 2FLPA 1D9FA 5CR0A 2A3VA 1RDBA 3THXB 1Q9XA 4QZIA 2OPPA 4YOYA 4OPAA 4F8RA 3AU6A 5GAGP 3VEOA 4IG0A 4M3YA 2FF3B 1TUYA 1JUDA 1ZQAA 3O4NA 4YOXA 4NL9A 3ED5A 4EFHA 3WK5A 5BR9A 1XSNA 1IKWA 3DLRA 1NLVA 2B5JA 2I6XA 3TANA 1HNVA 2BDUA 3M6KA 3TSQA 5TKWA 5AKZA 1ZQ1C 4NCAA 3AU2A 3Q8SB 5DLGA 2ZTEA 5C5JA 3CJBA 3P5JA 5HL7L 3THXA 5FRMA 3F5AA 1L3UA 5CJ7A 4FM0A 1EO1A 3C1ZA 3PR4A 3V81A 1EXNA 1LKYB 3G71N 3DJCA 3I55N 3DM2A 3CCSN 1UHUA 3EUB2 1KW4A 3TTCA 1RT5A 4M9HA 2CN1A 1BPEA 3T3FA 1WAFA 4DR4K 1SZHA 1IKYA 2LI6A 3WQTA 5HMMA 3VGKA 5BPLA 3AV9A 2ATLA 4HAIA 3OYAA 3V7LA 2W9BA 1RDFA 3NS1A 3CJCA 1BIZA 4BDYA 2ES6A 5EVZA 1QLNA 3QU4A 3V1RA 4QS7A 3V4IA 3VERA 4C8NA 4YNQA 2EAPA 4YOTA 3VESA 4QZEA 1LKYA 3UM9A 5ELZA 2PAVA 2GX9A 1NNLA 4CJ7A 3RR8A 3K5LA 3D6JA 5HRPA 4AF1A 1BHLA 5ALQA 4DTMA 2JZBB 2EZYA 2WHEA 4KH5A 5DLFA 4WE1A 4N41A 1MDUB 4Y1DA 2QM1A 5AM0A 3BQ1A 4JKDA 3SD7A 1T05A 4C4RA 4PH5A 4DL2A 4DQSA 3KFUF 3WXJA 5JLFA 3OPXA 3V9UA 1WG8A 4CE9A 2XY6A 5AQQA 4TURA 4LSLA 5ALDA 2X6SA 4QZGA 5HRSA 1S9GA 1VQ4N 2FMPA 5HP1A 2XC9A 5LMNK 4IO9L 3H8SA 5KFAA 1QHAA 1RQLA 3MEGA 3L4IA 2YHWA 4E7KA 2HHTA 2FDRA 2JZBA 2ISPA 1HQEA 3EO3A 2WC9A 3WXMB 4FWQA 1RBRA 4BC3A 3LP2A 2PBDA 3QBXA 1I39A 4DR2K 1U49A 3H4DA 9ICVA 4RNMA 4Y2XA 3MR3A 2GWKA 4OVLA 3WKDA 2KE7A 3THVA 3HI0A 5IINA 5MLCQ 1YITN 1HLUA 4QZ8A 4NLBA 5AJ3K 4CZMA 5CHIA 1CI4A 9ICUA 2Z1HA 2KICA 1PVPA 1S0MA 4FJHA 1VSJA 2V51B 3K5MA 3HP9A 4Q8FA 2OYYA 5GIOA 5AQNA 1COOA 3QZ8A 9ICJA 1WYGA 2XGQA 2Y0SC 5F9LA 1QS4A 4DSJA 4FSVA 1Q8IA 4EHTA 4CJQA 2FBYA 1X40A 4JI4K 3TADA 2RHKA 1HPMA 9ICKA 9ICLA 1SKSA 3F9MA 1IM4A 1WUAA 3GV8B 2W8KA 1JL1A 3AVJA 4PL2A 2E8OA 3KKRA 1G99A 4RQ1A 1SWWA 1WLJA 3H0RB 3VA3A 3CPEA 3K2PA 2HHWA 5F1XA 2F8KA 1Z19A 1YI2N 5T14A 4AHRA 4GNIA 1JMSA 4RQ6A 3C6TA 1A5WA 5KGXA 1BISA 4UAWA 3SQ4A 1CZ9A 5D4BA 7ICQA 2LYHA 2RP5A 2NRXA 1KRPA 4CESA 1VQMN 2XRIA 2YN4A 5C42A 1XSPA 2D4WA 1ZQCA 3OYHA 4B1UB 5KTQA 2W9CB 1AROP 2DQNB 3S41A 3ZCMA 4Z4GA 2VA2A 1RYUA 2MA1A 4O5KA 4LFCK 3RH6A 4CJ5A 2KLAA 3NGYA 3SUOA 1VSLA 1JXBA 1UCVA 4MFCA 2KZMA 1RT3A 5EE0A 1RXWA 5M1NA 3FGUA 2W42A 2D0CA 1BNOA 4FWNA 3GDXA 4BR2A 5SZTA 2AU0A 1NOYA 1DKGD 3N7SC 3SK3A 4I2FA 1OXJA 4YG2A 2KIWA 3RRGA 4CEDA 2PMZC 4DWIA 5AQTA 7ICKA 4F4YA 1N62A 3WK6A 5C0YA 3ALYA 4E7HA 4NXNK 1TK5A 2W7OA 3L6QA 4DV3K 1S1XA 4I2EA 3VN5A 2G08A 2HHUA 5ALRA 2GTDA 2G0AA 2K4IA 4GKJK 3SV4A 1NWKA 4UARA 1KAXA 2UVUA 3AMZA 1T94A 3PIOL 5DB7A 4RUAA 3M6GA 5AKHA 1QSYA 2KOBA 3UIQA 5CEHA 4I2QA 1L7NA 5KAIU 1KAZA 3CJ7A 2ASLA 3TTDA 4FJ8A 4UBCA 1F21A 2GUIA 5KRTA 4FLYA 2P5GA 3VQ6A 2GUPA 1BCOA 3PR5B 1UT5A 2Q2RA 3SMSA 7ICTA 4PZOA 4A57A 5J2AA 3B6PA 1ZQEA 3GIJA 1S72N 2OPQA 3KZBA 2B21A 1PK3A 2RDIA 1Q86O 4RT3A 3UXPA 5JLHA 4IOCL 3SQ0A 3BQ2A 4B9LA 3AVCA 1WCLA 3FC4A 4HCCA 1XNRK 4BWMA 1RDAA 1L5UA 1RTDA 2QWOA 2VYPA 3C2LA 3VMFB 1N8RO 5EWGA 3A0IX 5CYMA 1VQ8N 1IV0A 2JLEA 2VWJA 1TAUA 5AQPA 4DV4K 4QZBA 3KLEA 1SKWA 1C1BA 1RDCA 5JU5A 1HNWK 4H5TA 4Y2QA 4HTLA 2WF6A 3SLCA 4Z4IA 4FJNA 2ZGYA 4C4SA 3PX4A 2YB1A 2OA8A 2AQ4A 4F4KA 2V7YA 2IOCA 2P51A 3FM9A 3D0PA 2R8IA 4IRKA 2WOMA 3TAGA 4DF4A 4KHQA 4Z94A 4DUYK 4EX6A 3VTHA 3ZETA 1EWRA 5IIOA 1ZJMA 3Q8PB 5BOLA 3L2QA 4FLTA 3MWTA 1RNHA 3EEQA 3PV8A 3LDAA 3SEIA 1BDGA 1KTQA 1RTIA 3KHYA 3NF8A 1X3MA 1NGFA 4KLTA 3VENA 3TAMA 5AK6A 3F2BA 1EP4A 3TADC 3V72A 2EX3A 3OJUA 3SQIA 3WXKA 1Z3EB 5G5HA 1BA1A 4EENA 1CRXA 4G1QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5C0Y A;  2HBK A;  3CYM A;  2MA1 A;  3SAH A;  4CGZ A;  1YT3 A;  4CDG A;  2RRD A;  2DGZ A;  4NLB A;  3SAF A;  1D8B A;  4NLC A;  2E1E A;  2HBJ A;  4QIW F;  2E1F A;  1GO3 F;  2HBL A;  2KV2 A;  2RHF A;  4QJF B;  3SAG A;  2CPR A;  1WUD A;  4O3M A;  2HBM A;  4OO1 J; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2RPI A;  1ILY A;  1NK7 A;  4EBC A;  1H38 A;  1IIP A;  4OJ5 A;  3RB3 A;  3MN9 A;  3LPT A;  1NMD A;  5AQK A;  3VQ5 A;  5CHG A;  3V6D A;  2ZE2 A;  5J0Q A;  1HJP A;  3MMV A;  7ICO A;  3U9D A;  3QU2 A;  9ICT A;  3HL8 A;  4FVU A;  4DKW A;  1EQY A;  4LF4 K;  1PK1 A;  3M8S A;  1NK8 A;  3SUQ A;  1RDD A;  3HW8 A;  5J2Q A;  2P9K A;  2UVR A;  3JPR A;  2Q36 A;  2D3D A;  1DGS A;  4PGQ A;  1VRT A;  1HKG A;  3H8W A;  4BGD A;  5ADX H;  4EEY A;  1OW5 A;  3PO5 A;  7ICP A;  3D2N A;  4B1Z A;  3G6E N;  3GII A;  1X42 A;  4J8F A;  5ALU A;  9ICQ A;  1Q3V A;  3VPZ A;  4FK2 A;  4IEI A;  4ECV A;  4P4O A;  1LOT B;  2LM4 A;  5KT4 A;  4MLE A;  1QH9 A;  4JKG B;  1S97 A;  4OJ6 A;  4ISG A;  3F73 A;  3RJE A;  4ED0 A;  2LYA A;  3ZDC A;  4YCX A;  5J2P A;  1ZQX A;  9ICC A;  3CYM A;  5J2G A;  1PVR A;  1S0N A;  1RFQ A;  3NF9 A;  3MXM A;  2BGW A;  3CFO A;  4ECT A;  3L3U A;  4UBB A;  4DS5 A;  4CF9 A;  1Z4O A;  2Y1I A;  4DOC A;  8ICK A;  3H3N O;  4BRF A;  2O8E B;  2QB0 B;  5AQO A;  2B6G A;  1JLB A;  1DOQ A;  2AP1 A;  3LM2 A;  1SB3 C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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