2HBJA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Hydrolase, gene regulation
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 126
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbjA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbjA01
3SAHA 2DGZA 1D8BA 4CDGA 2HBJA 2HBLA 3SAFA 5C0YA 2E1EA 2HBKA 4NLCA 4NLBA 3SAGA 4CGZA 4QJFB 2MA1A 3CYMA 2KV2A 1GO3F 4OO1J 4QIWF 4O3MA 1WUDA 2RRDA 1YT3A 2E1FA 2RHFA 2CPRA 2HBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JS4A 3KK7A 5KPZA 3CCMN 4AILC 2G09A 3ZDCA 2RE2A 5KFAA 4DS4A 4WQ5C 3V6KA 4Y1DA 4RNMA 3ONNA 2VQEK 5TISU 3R9KA 2F9WA 4CZLA 4F4WA 2W43A 4I2JA 4ELVA 3QUQA 4WCEL 2VWKA 4US9A 4KRFA 2ASMA 1V85A 1DLOA 1V9PA 3LDPA 4DG1A 2YMMA 5KG0A 3AU6A 8ICAA 3U3YA 4IFYA 4ZOHC 1FO4A 1CUKA 2JEFA 4P4PA 4B1WB 3ZSVA 3NMUA 5GAGP 2H3FA 1TVAA 2B5JA 1RPLA 4NYFA 3BDPA 2RN2A 3JS6A 1S5JA 3MCPA 1K8KA 2VJ4A 3O80A 2W6KA 1ZQNA 2I6XA 3G6XA 2B0CA 2I5JA 3R1XA 3QEIA 4J9MA 1ZQEA 3HOTA 2G5HB 1BCOA 4BR2A 4ELTA 3M9NB 4KLLA 3C95A 4K4GA 3NF7A 1QHAA 9ICGA 2VANA 4DWIA 3L3VA 1UHUA 3VEWA 5J2EA 3ETLA 4O0IA 1ASVA 2R8GA 2GUPA 1RTDA 2OTJN 1WCNA 4P0QA 4Z6CA 3TSUA 1NK6A 1U49A 4FWRA 3QUCA 1RTHA 4R8UA 2ZF5O 2FLLA 3M8SA 4BC2A 1IBMK 4PHAA 3V81A 2ZIXA 3BQ7A 5EE9A 4ACOA 1XQSC 4OJLA 5J0SA 4KX5A 1XU4A 4R66A 2X6SA 3WT0A 4BC3A 5JMVA 5J2QA 2Y0SF 2YNIA 5H2FU 4TUSA 4MF2A 1S1WA 4Y2XA 4PA1A 4DKWA 4LFBK 3ZEUB 1VSLA 3ZETA 3N4MB 1ZD4A 4PY5A 3N4PA 4KH6A 4DL7A 2NRWA 3AM9A 8ICNA 4PHPA 4RQ1A 2GBZA 4K4IA 2OH2A 1XC3A 4W5RA 3EPGA 2QI2A 2K89A 4IOCL 4DUZK 3CCVN 4PPXA 4RT3A 2GOLA 1X66A 4B9VA 3JAMO 3VGLA 4XEIA 5KL8B 3V6DA 3RB6A 1RBTA 4XUSA 1FKPA 1NOZA 2E1FA 4BY9C 5GTHU 4NCGA 3WXJA 3KK1A 4O5FA 2FF6A 2QWQA 3U9DA 5J0RA 2D4WA 8ICIA 1D9DA 1XO0A 8ICXA 4O3QA 4FM0A 3AO4A 4F5NA 5EE1A 4K4HA 2ZM6K 3L2RA 1W7AA 3DXMB 1VQNN 2BCUA 3CG7A 2QWRA 4CGHA 4IWVA 4DSLA 1S9FA 1YTUA 1Z1VA 5HLFA 1LKYA 2LM1A 4C7YA 3G25A 4PHDA 5H1SQ 4AH9A 4CJ7A 4M6WB 1S5LU 3SUQA 5LMNK 3PMLA 3QX7A 3AVFA 4WFBL 3L5KA 1FEZA 2HVIA 2W9CA 2EAOA 2GH1A 4IRDA 4JI3K 5AKLA 3TQ1A 5AKIA 4BRAA 1RCHA 4DV6K 4BR0A 5HR6A 2P9UA 7ICUA 1EWRA 2F77X 3KKRA 4DQ8A 5LY3A 4AQYK 4PL2A 5KFJA 4F3OA 2FF3B 3I0SA 8ICWA 3K5OA 3F73A 4C4RA 4KLJA 5D46A 3BF3A 1ZRNA 3OYLA 4J9KA 3PV8A 4HAIA 3V9WA 1Z05A 3LP3A 2HSZA 2YHAA 3JPOA 4U67L 4DHYA 5AQYA 5I3UA 4DTJA 4H5WA 3QEBZ 1HKBA 3N7PD 8ICQA 3ZX0A 4NY8A 2DWQA 4FBUA 5J1EA 4QZBA 2PI4A 5AKHA 5ALVA 4O5KA 4DL4A 3PNCA 2BZFA 3WXMB 4GW6A 2P9SB 3VEXA 2PYJA 4LFAK 1Q86O 1EWQA 2P9LA 4KPYA 4UAZA 2WFBA 3PVXA 4CEEA 1NK8A 2IBKA 2FXUA 4RQ8A 2KSOB 1CRXA 3QU9A 4JWMA 5KFLA 2LBOA 1KCFA 4Y0WA 3SLCA 4O9MA 4DOBA 5DK5A 4B1YB 4X62K 2XO7A 2P1JA 4CJRA 1RDWX 3AGKA 4JHDB 3WNEA 3CJAA 2H5XA 4QJFB 3FE1A 2GELA 4GXJA 2VQFK 1IV8A 1NGJA 2J6TA 4DEZA 5B66U 1ZXIA 4UW9A 2QTDA 3VQ7A 4M45A 3NS1A 4G9BA 2WBNA 1XNQK 1A5WA 4C8MA 2RDIA 2ZIUA 1ATSA 2E20A 2H3IA 1KVCA 1BU6O 4DTPA 4BWMA 1NG9A 5AFUA 3MXIA 4F71A 3D2FA 5HMMA 7ICJA 2HF3A 2IVOA 3MGIA 4FJ5A 2XI9A 3D2EB 3H3NO 3WQUA 1WSHA 2QARB 2NRRA 5L1LA 5C15A 3KD3A 3A8YA 1BWFO 5AZIB 1CZBA 3LVVA 2RF2A 1A0PA 1QVGM 2KJ8A 4PGYA 5CRXA 1XI1A 3I33A 2IVPA 3H1VX 4OGEA 2ZIWB 4OLAA 9ICHA 1B9FA 4PL8A 4E19A 3IP4B 9ICXA 1ZBIA 1EO1A 1GOCA 3K75D 2DUYA 1YJWN 2YNGA 5AKEA 5C12A 1QSSA 2HHXA 2FBYA 3R8EA 4PUOA 4CJUA 2NRTA 1T44A 4EFHA 2KIVA 2KKZA 5A2QO 2IA6A 4KO0A 7ICFA 4BG9A 5L1JA 4KLEA 1ED1A 2XGPA 3ZSXA 1RTJA 3DOKA 1V38A 4ED8A 3IG5A 1K8AO 3KHRA 4ECXA 3QU5A 2RDJA 1JLFA 2AP1A 3HPGA 5JLHA 1J2NA 1HNWK 4ELUA 3FC4A 4UB6U 4PL7A 3OYFA 1SZHA 4CEDA 5B8HA 4X64K 4UB2A 1HR0K 1HJRA 2O8DA 2O4IA 5ADXH 2J6UA 3H0MB 5AQOA 5EWEA 3UKRB 4W5TA 4AHRA 5HHHA 4CCHA 1JCEA 4A2AA 4CHOA 3U26A 1NNLA 1KVAA 3P83D 2RHFA 5F1XA 3E0FA 3S6JA 4M3UA 2FSNA 1C7YA 3WKBA 2WAQC 4B1XB 3PIPL 3P5JA 4H0YB 4YOTA 2YKNA 2E88A 4N76A 3CF5L 4I9QA 3M9MB 3OYNA 1TKTA 1I39A 4Z0UA 3K59A 1LWEA 4YY3K 4O3OA 3WKEA 4ISFA 2BCQA 5JS2A 3CRXA 1FFVA 5JU5A 4R64A 3U4LA 4DSFA 3GIIA 8ICPA 3WNFA 1BNOA 2C28A 3NH1A 3L2VA 3OYHA 2GWSA 5AM3A 4FW1A 1NKEA 7ICSA 4LZGA 4RCHA 3IFRA 2ZJ5A 4RNNA 2QB1A 4EZ6A 5HRRA 5GADP 4DR1K 3V72A 3UIQA 1Q8KA 1J9AA 1KFDA 1Q9YA 1UCVA 2Q3SA 4RQ5A 2PI5A 3DXKA 4QCLA 4KLIA 2VG5A 1NKCA 3QZ8A 4AHUA 1RTIA 3Q8LA 3FDSA 2RHKA 3MN5A 1Z19A 2HOFA 3OJUA 4DV3K 4I2IA 3MN6A 3EL2A 7ICLA 2QK9A 1BPBA 3LM2A 2ZJPL 5J0XA 1KL9A 3UXNA 2WTFA 3ZX2A 4TSXA 3ZSYA 5BR8K 2XY7A 3DDHA 2AJQA 4LC9B 3VTIA 2B6AA 2P9KB 5KT6A 3SYZA 2HNZA 2HBMA 1BI4B 1RDBA 3CFPA 3LZJA 2KK0A 3Q7CA 4RQ2A 2WFAA 3DMJA 1ZQ1C 1KXPA 2XY6A 4IEEA 5LJVA 2E1EA 1IKVA 2RKIA 4ED0A 4UB8U 5J2PA 5DGBA 4IXCA 4B1VA 3DRSA 5E84A 5AI9A 2ZJRL 2WUSA 4LF6K 3PUFA 3C0BA 1NJZA 2G8WA 1GLJO 4B6JA 1S76D 3W3DA 2MAXA 4FWPA 4QZFA 1PUZA 4U6PA 4QS7A 1GO3F 1X3NA 1VSFA 4ICLA 3WUHA 2F7TA 3KK2A 5KG4A 4DQPA 1Z00A 3CJ9A 1IO2A 1A5VA 4LF5K 3OYKA 4QNLA 2ZQBA 5CR4A 4IO9L 3RH6A 3SQ4A 2YMQA 3LVWA 3UM9A 5F9NA 3D2SA 4RQNA 3ZX3A 1DTTA 3HRGA 2JWLA 5ALOA 3G0ZA 2KFNA 3W0LA 3C2LA 1V4SA 2YX6A 4HCBA 2KZMA 3K58A 4H5VA 4B1UB 1ZQAA 2YHWA 2XVTA 4BG8A 5J2MA 2ITGA 1N36K 4BXOA 3M1FA 4GVMA 5B5EU 4FZMA 1BPYA 4KV8A 1W9HA 4EYIB 1BQMA 4I2HA 5L1IA 3ED5A 3UXPA 1NGGA 4PKHA 2AGOA 4I2QA 2W42A 4IQTA 2PFQA 1WCLA 3C1YA 3E9OA 2GX9A 4DR2K 2HMIA 3RJFA 3LAMA 4IEIA 3SMPA 3PW5A 1BQNA 2E1ZA 3KJVA 4R65A 4JYAK 3VCBA 3CM6A 3DLBA 5ELZA 3RJJA 4EX7A 4O0JA 3MWTA 2O8EA 3PW0A 4IS7A 4DTOA 3MFHA 4OPKA 3HWTA 1QZ5A 1K1SA 4CJTA 3GU3A 3CCUN 2E8MA 3M6GA 1F21A 8ICLA 1UA1A 5C2FA 3Q8QB 1H38A 3E01A 2YJFA 5AQUA 3HP6A 4DQRA 1IXRA 5KFEA 4BC5A 4CJKA 5AI4A 1ZD2P 1X9SA 4KB1A 3DRRA 3OBYA 2E4LA 3HP9A 5KT4A 3SJJA 3NRZA 3HJFA 1VK0A 4ED2A 5AIAA 4RQ0A 5ALKA 4PZNA 1N60A 5J0OA 1EETA 4O8UA 3PO5A 1UQVA 4DSEA 1RDFA 3DRPA 3MFIA 7ICNA 9ICTA 4ID5A 3D45A 4NB4A 2ESEA 5KG1A 1BPZA 2HNDA 4CE6A 1Q82O 3CQ8A 4YD1A 1S1XA 2AXTU 1Q18A 3CMEN 3ZT2A 4BVOA 5IINA 2HB5A 4PWDA 5J2FA 3PX0A 4M41A 3OYDA 2DFLA 4KMUA 2NRHA 2OPSA 2I1QA 3E1YA 4WYBA 2P9IA 4KB0A 3CMAN 4FJKA 5J8YC 9ICIA 4O44A 5KI6A 4M9HA 1QQMA 1YJ9N 5AHXA 1HKCA 3BS5B 4I28A 5JICA 4UB1A 1U2VB 4Z4EA 3UB5A 4DR4K 3NASA 3O4QA 2M9NA 1X9XA 5F3XB 5DB9A 3I0RA 4YFKA 3EYZA 2FMQA 4DL6A 1I94K 4LF8K 1Z6RA 2UVRA 5CZ1A 4MFBA 2P5OA 4DTRA 4MFFA 1SL0A 3FM9A 1KD1O 4YMOA 1N8RO 4Z4CA 5AKZA 1B92A 4KN4A 4HVJA 2LYAA 1KTQA 2D5RA 4CF9A 4G3IA 4QWAA 4EP5A 3ITHA 3TAQA 2ASLA 2OZSA 3VENA 5KG2A 4OCZA 2F44A 1XMOK 2BCVA 4EAHD 2BKEA 4GKKK 1N61A 4UASA 1OH7A 5M1OA 3IHQB 1NZBA 2A41A 5HRPA 3ZDBA 2KVSA 2E6LA 2FSJA 2HNYA 4DQSA 2BR0A 2F1JA 4DLEA 2R18A 3OSNA 1NKBA 1L3TA 1QTMA 3WNHA 5CYQA 3CCRN 4UBCA 3JPQA 1L7NA 1DK2A 1JLCA 3VQQA 4KI4A 3BZKA 2KW4A 4Y2YA 1XO1A 3AO1A 2RRDA 3KFUF 3MX5A 3H8JA 3QNMA 4NYNA 4CK2A 1HQUA 3AQEA 8ICBA 4J9LA 2QARA 5KFBA 5LMUK 3HTVA 2GWKA 1RBVA 1BGXT 3D6RA 1A5XA 3R9PA 2V7YA 4OKJA 4J9OA 2ZIWA 4HWIA 1K73O 5DLFA 2X78A 4KLOA 4OJPA 4Z6DA 5T7BA 5EXWA 4NCAA 1YXQA 1RXVA 7ICGA 3D2QA 3H3OB 5KGXA 2HOIA 2B4JA 1D8YA 1RGIA 3EZ5A 4IOAL 2ZUBA 4FWKA 3WXLA 1IM4A 2P6UA 4J8FA 2O8FA 5HBMA 5GIPA 1K5OA 5K14A 4QZ8A 1ZBLA 5DM6L 2I7NA 5AI8A 1PVRA 4KLHA 1JIHA 8ICZA 1PZNA 4Z4FA 4Y2UA 4PHEA 1L6NA 4BR9A 3HM8A 1B0XA 1D8BA 3HRDD 1CI4A 4IC9A 5HL7L 4LH5A 2UUCK 1NGAA 4QZDA 1HUZA 3L4IA 3V7LA 1NMDA 2H3GX 5KFVA 2FC0A 3C65A 3QIPA 3VEOA 4BRMA 4FVUA 1TE2A 1DGKN 1WB9A 2AHOB 2C2DA 2W8LA 4OD0A 4F50A 2W40A 1N32K 5KFTA 4DS5A 3O1WA 4CBWA 4LF9K 4EBDA 4DCHA 4CZHA 2CRXA 2HI0A 4ED6A 2F3NA 1QHTA 1RDCA 4CEBA 4OJ5A 2N1RA 5J2GA 4BDPA 3LPTA 4BQLA 5JS1A 2GTDA 4M9NA 1ZQSA 2FJ6A 4Q45A 4JK1A 4AHVA 4QZEA 4Y2JA 1IBKK 3MR2A 3JPNA 4CZJA 1XNSA 4I7FA 2IIRA 4FFDA 4I29A 5ALFA 4UAYA 3AN1A 1BUPA 1OH6A 5KFFA 2PFUA 2H3VA 2Z7JA 9ICMA 2HHQA 3SPZA 1MQ3A 8ICRA 1YVNA 1ZC6A 3G6VA 1X6JA 5J2HA 1RBSA 3C6TA 2DTUA 4ECYA 1RDDA 1C1CA 3CFOA 5KFPA 2E2OA 2VYPA 4C23A 3LALA 3ZI4A 4KLFA 2YJEA 1HUXA 1ZQIA 2IOHA 1BA0A 1WG8A 1VSIA 4PJ0U 1RT2A 4H8KA 3QU7A 1MSWD 2P51A 9ICNA 1KAZA 3EO3A 1VQ5N 2JV3A 2AQ4A 4JKGA 4FOEA 2A40A 3CJBA 3EKUA 1H1VA 3HI0A 4CZMA 4IFVA 3S3NA 3LP2A 9ICVA 4B8AB 4KHUA 2FPMA 4P0PA 2H3ZA 3KHGA 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2YCHA 2HBLA 1DKGD 1RFQA 5BPNA 4JD2A 3VENA 3KZXA 2I7PA 3M7DA 3QFUA 5AQWA 2ZIVA 3PZPA 4EAHD 2JMGA 3ID8A 1TYQA 4A2BA 5JLFA 3ALRA 5M1OA 1VQKN 1NZBA 1S22A 2A41A 2KIWA 2FSJA 4FWMA 4H5NA 4EHTA 2R18A 3CCRN 3TTFA 5HOOA 4XH4A 5AQQA 2A5XA 5M1PA 1E4FT 2YB4A 1X3MA 3O1BA 5GINA 1WOQA 2K8CB 3DEEA 4OO1J 5M1KA 5M1QA 5BRDA 5GIOA 2ZIXB 2HSTA 5F0XA 5HR7A 2RRDA 3KFUF 1GLLO 2CH6A 3MX5A 5AQXA 5F1XA 3F5AA 2NRVA 3AQEA 2F8LA 1LOTB
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAH A;  2DGZ A;  1D8B A;  4CDG A;  2HBJ A;  2HBL A;  3SAF A;  5C0Y A;  2E1E A;  2HBK A;  4NLC A;  4NLB A;  3SAG A;  4CGZ A;  4QJF B;  2MA1 A;  3CYM A;  2KV2 A;  1GO3 F;  4OO1 J;  4QIW F;  4O3M A;  1WUD A;  2RRD A;  1YT3 A;  2E1F A;  2RHF A;  2CPR A;  2HBM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2CXY A;  3VF2 A;  1P90 A;  2D0P A;  4E3S A;  4C1N I;  3OGU A;  2WF8 A;  3VA0 A;  2KKV A;  2JRZ A;  2OCE A;  3THW B;  2DY4 A;  1X9W A;  1U48 A;  2UVU A;  3RMA A;  3IAY A;  1QE1 A;  4NLC A;  5DG9 A;  2JGA A;  2JZB A;  4F3T A;  1ZQU A;  1GLE G;  1BNP A;  3E66 A;  1HYS A;  4FWL A;  4H5T A;  2E5S A;  4Q8E A;  3VQE A;  7ICM A;  1IV0 A;  1VQ4 N;  4XRH A;  1HEK A;  3MR3 A;  5KG7 A;  2FPK A;  4CIE A;  4F5O A;  1B9D A;  2QM1 A;  3JPT A;  5AQR A;  5AZJ B;  3DAW A;  1OH8 A;  3M8R A;  1YF5 L;  1HNI A;  3LL3 A;  5ADX A;  3HO1 A;  2EZX A;  4EBC A;  3H6E A;  5KFC A;  4YN4 A;  1RDU A;  2W41 A;  1C0M A;  2OA8 A;  2C22 A;  3QU2 A;  1IKY A;  2WOM A;  4CGJ A;  5BPN A;  1RBU A;  4ECU A;  3KZX A;  2I7P A;  3M8Q A;  3OYM A;  3I28 A;  1TK5 A;  2OYQ A;  3ID8 A;  4A2B A;  1NNE A;  4JWN A;  8ICM A;  3ALR A;  4JS5 A;  1VQK N;  1S22 A;  2KTQ A;  2W9B A;  2YKM A;  1JAL A;  1TAU A;  5HOO A;  3WKD A;  4XH4 A;  4IG3 A;  5AQQ A;  5M1P A;  1E4F T;  3VQ4 A;  3O1B A;  5GIN A;  2K8C B;  3DEE A;  3MXJ A;  2HHW A;  2XRI A;  2RQ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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