The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
b'ERIEGRVAALQTAADAFYKAKNEFAAKATEDQMRLLRLQRRLEDELGGQFLDLSLHDTVTTLILGGHNKRAEQLARDFRIPDKRLWWLKLTALAD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 33A
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| publication title |
Structural basis of Vps33A recruitment to the human HOPS complex by Vps16.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Protein transport
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| total genus |
38
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-07-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KMO B; 4BX9 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Y2X A; 3PV8 A; 4I2I A; 4NLK A; 1T7P A; 1SZH A; 1L7M A; 2JR5 A; 2MUT A; 3LYS A; 2VA8 A; 4XA5 A; 3ONN A; 1T3Q A; 4RT2 A; 2EAM A; 5KG2 A; 3CP8 A; 9ICS A; 3NVW A; 4GC6 A; 2JEI A; 3NAS A; 1J2N A; 2NO4 A; 4QIW F; 3THV A; 4FBT A; 2V9W A; 5EE0 A; 3KTQ A; 1ZD3 A; 2WTF A; 3QU9 A; 3SD7 A; 3BZK A; 4J9P A; 4KTQ A; 3MC1 A; 9ICQ A; 2BDP A; 4QIW C; 5J0U A; 2Q0Z X; 3MFH A; 3BQ0 A; 3DDH A; 3NUQ A; 2ISO A; 1HIW A; 4JV2 A; 1WYG A; 3C29 A; 4YN4 A; 5KFA A; 3DEE A; 4BXO A; 4QZD A; 5F9N A; 5HMM A; 2I9G A; 2QKQ A; 4UAU A; 1OXJ A; 2ASD A; 4OJ6 A; 3VCB A; 1TK8 A; 4DFP A; 2DBY A; 1NZB A; 4EBC A; 3UPQ A; 1O08 A; 2OXO A; 3I28 A; 3SEN A; 4M47 A; 8ICU A; 1XSN A; 4B9N A; 3PZP A; 3PW4 A; 3BDP A; 1D9F A; 4I2J A; 3I76 A; 2ZUD A; 4KX5 A; 3C2K A; 5KFG A; 2HHW A; 4I2A A; 3FDS A; 4F5Q A; 8ICM A; 3C28 A; 7ICT A; 5BOL A; 4QWC A; 5B66 U; 2W3S A; 4DSJ A; 4UAW A; 4B9M A; 4FO6 A; 4O5E A; 3D2N A; 2E8P A; 3H0R B; 3PX6 A; 2EZZ A; 1TV9 A; 2HOF A; 1U48 A; 2FDR A; 1BPB A; 5KG0 A; 2LYB A; 4Y2R A; 3MAB A; 1PK1 B; 4ELT A; 4J9K A; 4K4G A; 2OCE A; 3TAQ A; 3OHB A; 1ZJM A; 1QQ6 A; 2YMM A; 2LYA A; 1CUK A; 4EZ6 A; 4NLZ A; 4DL5 A; 2LHT A; 4R66 A; 1ZOL A; 2W04 A; 5AM1 A; 3KKA A; 1N62 A; 3UQ0 A; 4RU9 A; 4BX9 C; 1NKB A; 3PSI A; 4UBC A; 2NRV A; 4YMO A; 5DGB A; 4P0Q B; 4US8 A; 1JMS A; 1ZQD A; 1HEK A; 2XVT A; 5ALF A; 3Q8P B; 3V6J A; 3AQE A; 5EE1 A; 5KG7 A; 2KIV A; 1MQ3 A; 2DPI A; 4KLJ A; 2RHF A; 4O5C A; 5KFV A; 5ALJ A; 1D9D A; 3OPX A; 3GFK B; 4PL2 A; 2Q4T A; 3EPG A; 3V6H A; 2EZX A; 5IIN A; 2C2R A; 4I2E A; 2J6T A; 3RJI A; 2V4Q A; 4DOA A; 2KSO A; 5KFI A; 1ZQG A; 3PST A; 3H4D A; 2WF7 A; 2C22 A; 2G0A A; 5DG8 A; 4O9M A; 3F2D A; 1MN8 A; 1KFD A; 4ED6 A; 3L3F X; 4FBU A; 1BNO A; 1A77 A; 4I2H A; 3KKA C; 4ECR A; 3F2C A; 1L3T A; 1KRP A; 4ED3 A; 2E8O A; 1VDV A; 3MGI A; 2HBK A; 2F1I A; 2WF6 A; 3HW8 A; 4B9V A; 1N48 A; 2KG5 A; 4MHV A; 1ZQY A; 1ZD2 P; 5ALU A; 5E79 U; 4F5R A; 3OTQ A; 4HAI A; 4DFD A; 3ORY A; 4YD2 A; 4KLH A; 1RG6 A; 2HBM A; 1PVQ A; 2FMP A; 1Q46 A; 5AKG A; 3WK9 A; 3NGD A; 7ICK A; 3BQ2 A; 3ETR A; 2VAN A; 2ZIU B; 3H0M B; 4B9L A; 2P6R A; 4P4O A; 3SZ2 A; 2JZB B; 1PVR A; 2DPJ A; 5DQI A; 2O6K A; 3LVV A; 3H8M A; 5KFJ A; 5KFN A; 1SWV A; 5DG7 A; 1WCL A; 5KT5 A; 1PVP A; 5KFF A; 2BQR A; 4Y2T A; 4DO9 A; 4QZ8 A; 4UW9 A; 5KG6 A; 3RB4 A; 2DKX A; 2GWS A; 2KEY A; 2IA6 A; 3SQI A; 1UT8 A; 1ZRM A; 4F93 B; 3OSN A; 3VC8 A; 3RJJ A; 3RF9 A; 4DQI A; 2F2A B; 4F4Z A; 4RNM A; 3N7S C; 3CNH A; 5KT2 A; 2IMW P; 4UB3 A; 4J9M A; 3MR3 A; 3AN1 A; 3ZDD A; 2W03 A; 4DCC A; 3LWM A; 1D8L A; 3CYM A; 5DLF A; 4MFA A; 3BQ1 A; 2AJQ A; 1Z4O A; 1ZQJ A; 3RJF A; 4F5P A; 2HHQ A; 5J2E A; 2WB1 F; 4C8L A; 1BPY A; 3WKD A; 1QSL A; 4NV0 A; 3A0H U; 5AK6 A; 1Y88 A; 4LZG A; 3MBY A; 3N7P D; 4NM1 A; 2FLP A; 5ALG A; 1BPD A; 4RQ1 A; 1DK2 A; 4PGQ A; 3OGU A; 2WB1 C; 4OO1 J; 2G5I B; 3IP4 B; 5ALL A; 5KFQ A; 4NL9 A; 1PK1 A; 1MA7 A; 4F50 A; 1ZQQ A; 7ICS A; 3A0B U; 5J0P A; 4OJO A; 4DQP A; 5AI5 A; 5KFL A; 2KMD A; 3K4G A; 2XO7 A; 1TAQ A; 3UXN A; 2K89 A; 5ALD A; 1S0O A; 4DF4 A; 4E0D A; 3H8W A; 4FZN A; 2NV3 A; 2D3D A; 9ICI A; 1Z1V A; 4O3Q A; 5ALI A; 3Q8K A; 2MAX A; 1WCN A; 4LJX A; 1T8E A; 2Y0S C; 2KTQ A; 4CE6 A; 4P0Q A; 4NLN A; 7ICQ A; 2UVU A; 1ZQK A; 3ZD9 A; 1ZQF A; 2OEH A; 5CHG A; 4C0Z A; 4RQ6 A; 8ICN A; 4GLX A; 4ECY A; 4UAV A; 3F5A A; 4UB2 A; 3EYZ A; 5DB9 A; 3G6V A; 1D8B A; 2CRX A; 3SAF A; 3M7D A; 4NL9 C; 4G3I A; 4EEY A; 5DLG A; 5AKJ A; 3L5K A; 4C4S A; 2B6G A; 9ICV A; 4YG2 A; 5ALW A; 8ICZ A; 5AI8 A; 1SZP A; 2W7P A; 4P2H A; 1ZJN A; 2D6F C; 1U47 A; 3KOO A; 5ALK A; 4Z6D A; 2ZTC A; 3H7I A; 4ECV A; 4KX3 A; 2AQ0 A; 4RUC A; 5EWG A; 1FEZ A; 1JX4 A; 4DLE A; 2RQ5 A; 2NRT A; 1TK5 A; 4DSK A; 4US9 A; 2UVV A; 5KFZ A; 2F3N A; 1SB3 C; 1X66 A; 9ICK A; 1NOM A; 8ICI A; 4NWI A; 2YN4 A; 2H5X A; 4RUA A; 1SL2 A; 3C1Y A; 1NNL A; 2KE7 A; 1S0M A; 8ICV A; 2N1R A; 4HYK A; 3MGV A; 4YD1 A; 3WK4 A; 1SWW A; 3HRD D; 4EYI B; 1TKD A; 4ECT A; 2JZB A; 4UB8 U; 4DFK A; 2FPK A; 2I1Q A; 2XGQ A; 2MSN A; 1S76 D; 1CI4 A; 3HJE A; 2HHT A; 2VA3 A; 1Z1B A; 3IG5 A; 4M6W B; 3N97 B; 4YR3 A; 5J0X A; 2JRZ A; 2F8K A; 5B5E U; 4TUQ A; 4KLO A; 2G07 A; 5L9X A; 1M6Y A; 2KVC A; 3GIJ A; 1X6J A; 4IL6 U; 1NJZ A; 4CF3 A; 3L4P A; 4UAT A; 5J2F A; 1Q8K A; 3ALR A; 3LK9 A; 1JXE A; 4RQ2 A; 1RQN A; 3WKE A; 4KN4 A; 3KHR A; 3QEB Z; 1NZP A; 3GZF A; 2I5H A; 5KFR A; 4KLL A; 3MR2 A; 4KLI A; 2K4H A; 4R64 A; 4DL4 A; 4C4T A; 2NRX A; 1ZQU A; 8ICA A; 2ALZ A; 5J2I A; 2YML A; 2E8N A; 3RAQ A; 4JWN A; 2E3T A; 1RYS A; 2QB1 A; 1NK7 A; 3WK8 A; 5KFB A; 2XCA A; 1DK3 A; 1T4G A; 1WG8 A; 3F5E A; 3ISB A; 3HX0 A; 5DDY A; 2L5Y A; 3KHH A; 2FJ6 A; 4KLS A; 2GOL A; 4UB6 U; 5IIO A; 2RRD A; 5KFT A; 4FE3 A; 3E58 A; 1BPZ A; 4NLC A; 2JMG A; 7ICM A; 1KFS A; 2P6U A; 9ICL A; 5CP2 A; 5CA7 A; 4KLU A; 2Y9T A; 4RT3 A; 1NK5 A; 5AM5 A; 2JEG A; 4F5O A; 4Y2Y A; 3PNC A; 1KL9 A; 3H4B A; 1B43 A; 5J0Y A; 5JRT A; 2KOB A; 4UB1 A; 8ICK A; 2R18 A; 3JPR A; 2ZJ5 A; 3ZD8 A; 1S0N A; 4C8O A; 4PPX A; 5DBB A; 5KG1 A; 3PR4 A; 3C23 A; 2JH7 A; 1ZQB A; 1QTM A; 9ICN A; 4DF8 A; 5G5H A; 2R8K A; 1NK6 A; 3T5H A; 2K4I A; 3SEI A; 5ALS A; 2CXY A; 2ES6 A; 3F53 A; 3S6J A; 2Y9U A; 1HUZ A; 3QU2 A; 3BS5 B; 4YMN A; 1KN5 A; 2OYY A; 2Z7J A; 2ZJ8 A; 4M9L A; 8ICY A; 3H8S A; 3D6J A; 1XU4 A; 2KP7 A; 3B9J A; 1N63 A; 1PUZ A; 2XID A; 4F4X A; 2HHU A; 3Q8L A; 1K1S A; 2QAR A; 3C5F A; 3GV8 B; 5K4L A; 5H2F U; 2DUY A; 3PX4 A; 3C21 A; 4EEK A; 3QUC A; 5AKZ A; 3HPO A; 2IHN A; 4Q8F A; 4DFM A; 2DGZ A; 1CRX A; 2C2E A; 1TE2 A; 2HHS A; 1NI3 A; 4CDG A; 4RPY A; 3WU2 U; 2UVR A; 1JRP A; 5FP0 A; 4K4I A; 3SAG A; 1S10 A; 9ICA A; 1NJW A; 1NK8 A; 3T79 A; 2JGA A; 3TAR A; 2PFQ A; 2XY7 A; 5KFS A; 4M9N A; 3ZI4 A; 1ZD4 A; 5KT7 A; 3V7J A; 2NYV A; 4DSI A; 4F3O A; 1FFU A; 3QE9 Y; 2YB4 A; 1O03 A; 5AM4 A; 3BQT A; 4M6W A; 1QSY A; 1Z00 B; 4RZR A; 1XSP A; 4QW8 A; 4M9J A; 3AM9 A; 2HVH A; 3V7K A; 5TIS U; 2DFL A; 4TQR A; 3OHA A; 2NO5 A; 4OJ5 A; 2Y1I A; 4QWB A; 4TUS A; 1YZ6 A; 3T5J A; 1NK0 A; 1L3U A; 3UMG A; 2M0N A; 2QB0 B; 3TAC B; 4GXK A; 4B9T A; 3KFU F; 3QUQ A; 7ICF A; 2J6U A; 2R8H A; 2YB1 A; 2W9C B; 2HBJ A; 2G09 A; 2BCR A; 2DF4 B; 2BQU A; 8ICH A; 1ZQW A; 4C80 A; 5KT3 A; 4IR1 A; 4YFK A; 5C0Y A; 5KFK A; 1ZQE A; 9ICO A; 4F2R A; 3EUB 2; 3SMV A; 2HBL A; 4PZO A; 4YVZ A; 2WF5 A; 5J8Y A; 2KN7 A; 3ZDA A; 4F2S A; 1WUD A; 5T14 A; 4M2Y A; 2BKE A; 3ETL A; 4I27 A; 3K1Z A; 2LI6 A; 2AQ4 A; 1V9P A; 2W54 A; 5CRX A; 3GIK A; 1YT3 A; 4Z6E A; 3J81 j; 4KLT A; 3GDX A; 2YY6 A; 2H3F A; 3FM9 A; 5AK4 A; 2KHQ A; 5KFU A; 2HMX A; 2ZXH A; 4KLQ A; 5EE9 A; 1TK0 A; 3PO4 A; 5J2D A; 8ICQ A; 1RZT A; 1N60 A; 5DQG A; 2LYH A; 4KLF A; 1F5S A; 2E1E A; 4ACO A; 1RXV A; 4O5K A; 1ZD5 A; 4A8E A; 5ALV A; 5DQH A; 3Q8S B; 5KL1 B; 4Y2Q A; 2I6X A; 3C2L A; 2VJ5 A; 3TFS A; 2JV3 A; 2HOI A; 3O0F A; 5J8Y C; 1X9M A; 4PL1 A; 1X6I A; 3TAD C; 1N56 A; 3OJU A; 2WF8 A; 2ZIW B; 1SIJ A; 3F2B A; 8ICL A; 1JN3 A; 8ICW A; 1AQ6 A; 3M6K A; 1U49 A; 5ALY A; 2GH1 A; 4YQW A; 1SGG A; 3BS5 A; 3OJS A; 3LWL A; 2KZM A; 3IRU A; 3UM9 A; 3CW2 C; 3NRZ A; 4B9U A; 4UBB A; 1EXN A; 4ECS A; 3RRG A; 9ICJ A; 7ICR A; 8ICO A; 1UHU A; 4YMM A; 3B0X A; 2DWQ A; 4KLG A; 1KLN A; 4KLE A; 3EWA A; 2ZIV B; 5EWE A; 5DKW A; 1XC9 A; 1TVA A; 4CGZ A; 1Q3V A; 2BR0 A; 2V4R A; 3KZX A; 5III A; 1XWL A; 7ICL A; 3NVY A; 4ED2 A; 5AKL A; 7ICG A; 4KMO B; 4GFJ A; 4U7C A; 3OSP A; 1X2I A; 2PI5 A; 3MR6 A; 3ICX A; 2KK0 A; 4EYH B; 3KHL A; 3DV9 A; 7ICE A; 5L1J A; 2EZY A; 4ICA A; 4UAR A; 4DOB A; 2IBK A; 3AL0 B; 4KMU A; 1DXS A; 3H40 A; 5DB7 A; 3B0Y A; 4QZA A; 4C8K A; 2YQE A; 2BCV A; 1F0M A; 2PKE A; 4AYB C; 3N4M B; 1MSW D; 1K5O A; 1F44 A; 4R65 A; 4EZ9 A; 4RNO A; 4RNN A; 4ED7 A; 4R63 A; 5HR7 A; 2KVS A; 1SKR A; 2W7O A; 2KFN A; 2K4E A; 3UXO A; 5DGA A; 1Z00 A; 2EQY A; 2ZXI A; 5D46 A; 4EEN A; 4OJL A; 5F3X B; 3PSP A; 3WK6 A; 2G5H B; 3JPT A; 1TAM A; 1A0P A; 4FS1 A; 3H0L B; 1DGJ A; 2Y0S F; 2XGP A; 5CWR A; 2ZJA A; 4F5N A; 1S9F A; 3Q8R B; 1S0V A; 4KN7 A; 2QB0 A; 4XUS A; 3IDW A; 3RJE A; 3FC4 A; 2W9C A; 5G5G A; 5AKK A; 4IR9 A; 2A1A A; 5J29 A; 7ICH A; 2HW3 A; 1VLB A; 2DL0 A; 4QJF B; 2ZTE A; 2KJ9 A; 7ICP A; 2EAN A; 9ICX A; 2G08 A; 2A19 A; 4DS5 A; 4FZL A; 4FZM A; 5ALQ A; 1ECW A; 2HSZ A; 5DB6 A; 1JUD A; 5A0L A; 1T94 A; 2G06 A; 3T5K A; 4IRK A; 4O3O A; 2PFP A; 1XO1 A; 3SR6 A; 2Y1J A; 1U4B A; 2R8I A; 1CEZ A; 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5J0T A; 2W3R A; 2XY6 A; 5AKI A; 3QX7 A; 2OM6 A; 2BGW A; 4DL7 A; 3C2M A; 5KL8 B; 3AU2 A; 4DFJ A; 1LVH A; 2B21 A; 3EW9 A; 9ICW A; 2W9B B; 1B22 A; 4J03 A; 4M0A A; 4J9O A; 3ED5 A; 4XRH A; 4NJ8 A; 2M9N A; 5EE3 A; 2E8M A; 2ZUB A; 1WWV A; 3SAH A; 3EZ5 A; 5ALO A; 3RBE A; 1KTQ A; 3JPN A; 5CR0 A; 2RDI A; 4PHE A; 2F1H A; 1C7Y A; 3PW0 A; 1N5X A; 4EBD A; 1KBU A; 5HHH A; 2WHE A; 5KTQ A; 4QZC A; 1JXL A; 1QLN A; 3N28 A; 1KKX A; 1RDF A; 1MC8 A; 5J2A A; 2ASJ A; 1COK A; 2ATL A; 2HHV A; 3M9M B; 5KFX A; 1X40 A; 2FLN A; 2NRW A; 4YP3 A; 2F1J A; 2ZIX B; 4IQV A; 4EX7 A; 2IOH A; 2W8L A; 4P0P B; 2KIC A; 2K8A A; 1S77 D; 3GV7 B; 4NXZ A; 4DQQ A; 2GO7 A; 5ALE A; 2E5S A; 3HKZ F; 8ICS A; 5J2C A; 4YCX A; 4LVS A; 5DDM A; 2RP5 A; 2AH5 A; 3PML A; 4C4R A; 2YTU A; 4F91 B; 1QH9 A; 3RB0 A; 4CF5 A; 3C5G A; 3HKZ C; 4RQ7 A; 1UA1 A; 5DBA A; 3PX0 A; 4Y2S A; 5KT4 A; 3M9O B; 3GIL A; 2EDU A; 3RB6 A; 5AM0 A; 1S97 A; 1UT5 A; 5AI4 A; 1XS9 D; 2PMZ F; 1L8O A; 5BPC A; 4C7Y A; 4I2B A; 1B4F A; 2KKP A; 4I28 A; 2KNJ A; 5ALH A; 1RYU A; 2PMZ C; 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