The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
ERIEGRVAALQTAADAFYKAKNEFAAKATEDQMRLLRLQRRLEDELGGQFLDLSLHDTVTTLILGGHNKRAEQLARDFRIPDKRLWWLKLTALAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport
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| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Structural basis of Vps33A recruitment to the human HOPS complex by Vps16.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 33A
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| total genus |
38
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-07-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4BX9 C; 4KMO B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BGD A; 1UA1 A; 2HVH A; 2XCA A; 4F5Q A; 3CP8 A; 3FAH A; 5A0L A; 2XY7 A; 1COO A; 3OSP A; 2XGQ A; 5C5J A; 4J9S A; 4DOC A; 3GII A; 5EE3 A; 1H38 A; 2FLN A; 5J0Q A; 5ALM A; 3OJU A; 3ZDD A; 4P0Q B; 2MUT B; 4O3P A; 2WAQ C; 5DKW A; 1X42 A; 1X6I A; 1ZXI A; 3GFK B; 1DOQ A; 5L1J A; 5KFZ A; 2H3F A; 1S0M A; 3Q8S B; 1TK5 A; 3TAR A; 2HOF A; 4MEY A; 9ICP A; 5J0O A; 4UB3 A; 1NKE A; 1RQL A; 3SEI A; 4MEX A; 9ICB A; 5CA7 A; 3I28 A; 2R18 A; 4PL2 A; 1NI3 A; 1Z19 A; 5KL8 B; 7ICI A; 4FS1 A; 5KFR A; 2K60 A; 2PFQ A; 3UQ2 A; 1UT8 A; 3RH5 A; 1DGJ A; 1NOM A; 5ALD A; 5KG1 A; 5J2F A; 5AKY A; 4BWM A; 3AMZ A; 1SKR A; 3C23 A; 3QU4 A; 4FS2 A; 3ZD9 A; 2V4R A; 1EXN A; 4QZD A; 5J2B A; 5AK5 A; 1T3Q A; 3BQ1 A; 1FEZ A; 3C5F A; 1DRG A; 5IIK A; 9ICW A; 2YN4 A; 1JI7 A; 4F5O A; 2G06 A; 1TV9 A; 5AM0 A; 3LDA A; 3J81 j; 4Y2U A; 3RB3 A; 8ICE A; 2F8L A; 2F3N A; 3T5L A; 4DEZ A; 2HHU A; 3GQC A; 2AGQ A; 2C28 A; 5JRT A; 1DXS A; 1B0X A; 4YR0 A; 1SXE A; 5DB7 A; 3WK9 A; 2FMP A; 2HMX A; 4R65 A; 5J2H A; 4YR3 A; 4J9K A; 1BPE A; 2LBO A; 1S76 D; 8ICP A; 4OJ6 A; 4KLT A; 4DLG A; 2JEI A; 8ICK A; 4Q8E A; 3NGD A; 1CRX A; 1ZQK A; 2FLL A; 4DQR A; 4DQI A; 5AKG A; 2EAM A; 2BDU A; 5J2K A; 3JPN A; 4I2E A; 3D2S A; 1QQ6 A; 2FLP A; 1KRP A; 5DQI A; 7ICO A; 2YB1 A; 3ZDA A; 3C21 A; 4DQS A; 2WTF A; 1KQQ A; 5KFS A; 3N97 B; 8ICV A; 3ETR A; 1RDF A; 4PHE A; 2FMQ A; 4I2C A; 2I6X A; 5ALV A; 2NRV A; 4FO6 A; 2BCU A; 3LWM A; 4E0D A; 2F2A B; 1SWW A; 3NS1 A; 3ISD A; 5III A; 4ED3 A; 3V7J A; 3PW0 A; 2ZXI A; 3K1Z A; 1NK4 A; 2NO4 A; 3MGH A; 1N56 A; 7ICK A; 4IR1 A; 4J03 A; 2D3D A; 3KKA C; 3UXP A; 5ALX A; 1ZQX A; 4G9B A; 3RR8 A; 4KLE A; 4PHD A; 3EPI A; 1DK2 A; 4RQN A; 5KFC A; 4KLS A; 3BS7 A; 1WCL A; 3EWA A; 1ZQW A; 5J2I A; 3MR3 A; 2ZTD A; 1HUO A; 3PSP A; 4MF2 A; 3NVZ A; 1QQ5 A; 3RJI A; 2HHQ A; 1NKC A; 1Z00 A; 4PL1 A; 1MC8 A; 3UPQ A; 2RHF A; 3QZ8 A; 4TUS A; 4EX7 A; 2K89 A; 1XU4 A; 5ALY A; 4KTQ A; 5AKZ A; 2XC9 A; 2LYA A; 2GH1 A; 3RH6 A; 3DEE A; 2KVC A; 1V97 A; 4QIW F; 2DL0 A; 1B22 A; 1SB3 C; 5DB9 A; 1RG6 A; 1T8E A; 3FYH A; 5ALS A; 2F1H A; 4CRX A; 4Q43 A; 2W7P A; 9ICG A; 3WK6 A; 4O3N A; 2K4P A; 3A0B U; 4QZB A; 4ED6 A; 1MA7 A; 4QW8 A; 2PFO A; 1Y88 A; 4UAW A; 1NKB A; 3PMN A; 3V6J A; 4QZE A; 4XUS A; 3CNH A; 2G08 A; 2OHF A; 3K75 D; 2KJ9 A; 5EWG A; 3WKD A; 4I2G A; 2KEY A; 1TFR A; 4IL6 U; 2BGW A; 4YXM A; 4J9L A; 3H7I A; 2H3Z A; 3IV6 A; 3GU3 A; 4OJ5 A; 3FM9 A; 3NVW A; 1TE2 A; 2MU2 A; 4R8U B; 2CN1 A; 5AKE A; 1OUQ A; 1JMS A; 4LZG A; 4J9Q A; 2W8L A; 3WKE A; 1ZQQ A; 3IG8 A; 4EBC A; 2GLE A; 2HBJ A; 4JK1 A; 4KLJ A; 1WWU A; 1S0V A; 4QZG A; 3SZ2 A; 3F2D A; 3M1Y A; 3ISC A; 4QZA A; 4O5E A; 3Q8M A; 1K5O A; 3C29 A; 2ASD A; 3M6Z A; 3MBY A; 3UXO A; 5KFM A; 1ZQH A; 4C4S A; 5ALT A; 4XA5 A; 5J0P A; 3GIL A; 7ICF A; 4DSL A; 4P4M A; 1U47 A; 4QWB A; 5KFJ A; 1BPY A; 2P35 A; 3MR6 A; 1NJX A; 1RYU A; 2LPE A; 4TQS A; 4IS7 A; 4KLH A; 1SV0 A; 3ORY A; 7ICG A; 4M2Y A; 2JV3 A; 4YR2 A; 4K4G A; 1NK6 A; 1ZRM A; 3PST A; 2C2D A; 4M9L A; 4F4K A; 2HSZ A; 1LVH A; 1KEJ A; 3PSI A; 8ICB A; 3Q8L A; 4I2H A; 1UT5 A; 7ICE A; 4NV0 A; 1XC9 A; 4EZ9 A; 5KFT A; 3KHL A; 4RT2 A; 1BNO A; 4QIW C; 4F5R A; 1LB2 B; 2JMG A; 4DL4 A; 4ED8 A; 2BCQ A; 9ICI A; 4ECV A; 1QCK A; 1JXE A; 4DLE A; 4RQ3 A; 1Q3U A; 3QUT A; 3TI0 A; 1L7P A; 4FFD A; 2H3I A; 2B0C A; 5KFH A; 7ICP A; 4FZL A; 2K4I A; 1Z4N A; 2FI1 A; 3ONN A; 5AKI A; 4M0A A; 4NWI A; 1PVP A; 1T7P A; 2W9M A; 1D9D A; 3WKA A; 1J97 A; 5KG7 A; 9ICH A; 2MSN A; 4FZM A; 5AHX A; 4RQ1 A; 5KNI A; 1CUK A; 2YMQ A; 1A0P A; 2Y9T A; 1WCN A; 2VJ4 A; 3THV A; 3V6K A; 5CJ7 A; 3RJG A; 1TAM A; 2DQN B; 3PO4 A; 7ICM A; 3F5A A; 2RDJ A; 3M9M B; 2D8C A; 2WF9 A; 3KKA A; 3UQ0 A; 3LVV A; 2DGZ A; 1JAL A; 2H3V A; 5HNK A; 3BZK A; 4YMM A; 3RF9 A; 4F2S A; 3Q8P B; 9ICM A; 1ZQA A; 2BCS A; 1IIP A; 2HBL A; 3DDH A; 2JZB A; 2Z7J A; 1XSN A; 2IBK A; 2XO7 A; 1D9F A; 2KHV A; 5DGA A; 2WF7 A; 9ICJ A; 4YMN A; 3JPQ A; 1ZD4 A; 1Z00 B; 1NNL A; 3GIM A; 2F1I A; 3N7P D; 4GC6 A; 1S0O A; 3SR6 A; 5T14 A; 5HHI A; 3WK7 A; 1ZQG A; 1DK3 A; 5KFK A; 2K4E A; 3TAC B; 2N1R A; 3V7K A; 2JEG A; 2JEJ A; 1KBU A; 3GZF A; 7ICS A; 5ALP A; 5EE1 A; 3C2K A; 5L1I A; 4QZ8 A; 2HOQ A; 3ICX A; 3N4M B; 1ZQO A; 4C8O A; 2KZ3 A; 1ZQL A; 3PVX A; 1KTQ A; 3OPX A; 2K8A A; 5D46 A; 4F3O A; 1QLN A; 3HX0 A; 2ES6 A; 1ZJM A; 1L7O A; 4I2J A; 1QSS A; 5AI0 A; 4CE6 A; 2XI9 A; 2F44 A; 2RDI A; 3KOO A; 5AM5 A; 3OHA A; 4F5N A; 4BDP A; 4NLN A; 5KFU A; 4BWJ A; 2IMW P; 8ICA A; 1Q8K A; 4J9R A; 1FFU A; 2PI5 A; 1T4G A; 5J0S A; 1N63 A; 5KL1 B; 1VJ5 A; 2VIX A; 3AU2 A; 3QU5 A; 2OEH A; 3BQ7 A; 9ICT A; 2VA2 A; 3GV8 B; 1UA0 A; 1SZH A; 2KTQ A; 5KFD A; 2CRX A; 4DSJ A; 4B9U A; 4KLM A; 2BCV A; 3QUQ A; 4QZI A; 2W55 A; 5ALZ A; 4YMO A; 5EE9 A; 5DG8 A; 2AJQ A; 5DLF A; 4IQV A; 4BJQ A; 3H0L B; 3C5G A; 2KFN A; 4PPX A; 3NTU A; 2Q0Z X; 1N5X A; 4F50 A; 2R8H A; 1L5U A; 4MFA A; 2JR5 A; 2HOI A; 4KMU A; 4EYH B; 3SMV A; 4I28 A; 3RB4 A; 2C22 A; 3OHB A; 4UAU A; 2NRX A; 4J9O A; 2QLT A; 4YFK A; 1JRP A; 4OJO A; 3JPO A; 3QNM A; 2KNJ A; 5ALO A; 1V85 A; 5KT4 A; 1QTM A; 5DBB A; 3BQT A; 2ZUB A; 2W54 A; 2W03 A; 5KG0 A; 4J9P A; 2AHO B; 3GIK A; 4YD1 A; 2Y1I A; 3T5J A; 5KG4 A; 5BOM A; 2NRT A; 4DWI A; 3HJE A; 3MC1 A; 3M6K A; 3HRD D; 4ECR A; 3EW9 A; 5CRX A; 3M9N B; 5L1L A; 3RAX A; 2M9N A; 5DG7 A; 4QZ9 A; 2KG5 A; 2BPG A; 2KSO A; 2K4H A; 2VA3 A; 4R8U A; 3KHR A; 3RTV A; 1ZD2 P; 1YT3 A; 2VKQ A; 3S6J A; 1UQV A; 4R66 A; 3HIL A; 3SD7 A; 3WKC A; 3BQ0 A; 1NJW A; 1QH9 A; 1X9X A; 1COK A; 2EZY A; 1PK1 A; 2VAN A; 1M6Y A; 2FPK A; 4QWA A; 4CF5 A; 2K8B B; 5EOZ A; 2JH7 A; 1ZD3 A; 3N7S C; 3RAQ A; 3MDA A; 4RPY A; 4CF4 A; 3GDX A; 4KX5 A; 1SIJ A; 2F77 X; 1NJZ A; 4C80 A; 1SV0 C; 1ZRN A; 1TKD A; 3PW7 A; 5H2F U; 1N61 A; 4GXI A; 1ZQI A; 3I76 A; 3JPT A; 4FBT A; 2JZB B; 1S10 A; 1RXV A; 5J0T A; 2KD1 A; 9ICQ A; 9ICC A; 9ICO A; 4AP9 A; 2EZZ A; 4DSF A; 1KFD A; 4AYB F; 1U45 A; 5J0Y A; 4RQ5 A; 5KTQ A; 4RQ0 A; 3PV8 A; 5L1K A; 1S77 D; 2YMM A; 8ICF A; 4ED2 A; 1LKY A; 2ZIV A; 3WU2 U; 2H3Q A; 5KFV A; 4QZF A; 4ECQ A; 2DF4 B; 4GLX A; 3OTQ A; 8ICY A; 3M9O B; 2HHV A; 4IRK A; 1OXJ A; 3LYS A; 3BS5 A; 3IM1 A; 3CRX A; 4M9J A; 2KFZ A; 5AI5 A; 5AI6 A; 4JV1 A; 2RP5 A; 3SAF A; 4B9M A; 4K4H A; 1ZQF A; 1X40 A; 4ZH4 A; 5DQG A; 3MR5 A; 4DL2 A; 5AKX A; 3QX7 A; 4DSE A; 4TUP A; 3HP6 A; 4RQ2 A; 2J6T A; 1LV5 A; 1A76 A; 3ALR A; 2FJ6 A; 1NK9 A; 3QE9 Y; 2KHQ A; 3ETL A; 3NRW A; 2ZXH A; 2HHT A; 5CP2 A; 4ECY A; 3GV7 B; 4NJ8 A; 4RQ7 A; 2KN7 A; 2E8M A; 2EH9 A; 2Y9U A; 3M8R A; 3M7D A; 2MRL A; 2LMR A; 2YX8 A; 1ZQP A; 4PZN A; 3PZP A; 2YMP A; 1VDV A; 5IIO A; 4B6J A; 3ZD8 A; 1UPH A; 2KE7 A; 2P66 A; 4KLD A; 4F91 B; 3WK4 A; 4Y2S A; 4IQU A; 2QB0 A; 5F9N A; 5JUM A; 2R8G A; 3PW5 A; 2IOF A; 2EQY A; 3B0X A; 2W11 A; 4DO9 A; 5KFA A; 4PGY A; 2RRD A; 3MFH A; 2I9G A; 2ZTC A; 2KP7 A; 4M6W A; 5ALL A; 1UCV A; 4ELT A; 1RXW A; 5J2G A; 4XRH A; 2EAP A; 4US9 A; 4P2H A; 1NZP A; 1TAQ A; 3TFR A; 1MQ3 A; 4M9N A; 5DQH A; 3QU2 A; 4NM1 A; 5TZV A; 5J2E A; 4C8L A; 4JUZ A; 4AYB C; 1L8L A; 4F92 B; 4CGZ A; 2HHX A; 3H4B A; 2EAO A; 1KFS A; 2BQU A; 1URJ A; 2R8J A; 5J2A A; 4QNL A; 1D8L A; 2E1F A; 2JXJ A; 3RBD A; 1RZT A; 9ICF A; 3EYZ A; 4UAY A; 7ICJ A; 9ICE A; 3H8J A; 2VA8 A; 1XWL A; 3SAH A; 1ZQV A; 2LM4 A; 9ICS A; 4UAZ A; 1KN5 A; 1T94 A; 3G6Y A; 4DOA A; 2NRW A; 9ICX A; 2DBY A; 4M04 A; 3KZX A; 1OW5 A; 3RJH A; 1XS9 D; 2KSO B; 1U49 A; 1YZ7 A; 2HCF A; 4OJL A; 4FBU A; 4F93 B; 4O3R A; 1PK3 A; 5ALE A; 3H8S A; 1L3T A; 3AU6 A; 3JPS A; 4R63 A; 1AQ6 A; 4PHA A; 4B9N A; 3RR7 A; 1N60 A; 5AM4 A; 1PK1 B; 5KT6 A; 4NL9 C; 5J0W A; 5KFG A; 3F53 A; 7ICU A; 3T5K A; 1L7N A; 2YML A; 3MGV A; 1O03 A; 5C0Y A; 3ZDE A; 5AK3 A; 2UVR A; 3IN5 A; 4DCC A; 4B9L A; 1F44 A; 1IV8 A; 4C8K A; 1BNP A; 3IHQ B; 3AN1 A; 4ELU A; 2HDO A; 2NO5 A; 2V4Q A; 8ICU A; 1JX4 A; 4YQW A; 4KLL A; 2AQ4 A; 3PW2 A; 4Z6C A; 2BHN A; 1RM6 C; 1U4B A; 4HYK A; 1TAU A; 3MAB A; 1XSP A; 1WWV A; 4IC9 A; 4UAV A; 2VJ5 A; 2QB1 A; 5DB8 A; 3KFU F; 5AKJ A; 4YN4 A; 2PMZ F; 2Y0S F; 1SXD A; 1LKY B; 2ZIV B; 3AM9 A; 3U26 A; 5AM2 A; 3H0R B; 1KFT A; 2XY6 A; 3NUQ A; 1SGG A; 2IA6 A; 4FE3 A; 5CB1 A; 3T5H A; 4NLZ A; 4RNN A; 5ALG A; 5L9X A; 2W3R A; 3BS5 B; 3N28 A; 2J6U A; 3V72 A; 2OH2 A; 2GWS A; 4WJ3 B; 1B43 A; 2GOL A; 3F2B A; 5AIB A; 5KFX A; 2CXY A; 1QSY A; 3MFI A; 3N7R C; 2UVU A; 2OCE A; 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5DB6 A; 5KFP A; 3BZC A; 2JEF A; 8ICG A; 2YTU A; 4ICA A; 1PVR A; 4ECS A; 2WF5 A; 1ZQB A; 1FO4 A; 3RB6 A; 3HW8 A; 1C7Y A; 1JRO A; 4EZ6 A; 5IIM A; 3H4D A; 4UW9 A; 5DGB A; 5J8Y C; 4Y2J A; 4DF4 A; 4NL9 A; 5J2C A; 2ZIW A; 1JUD A; 4DL3 A; 4JWN A; 1HJP A; 4Y2Y A; 4EX6 A; 5ALU A; 4F2R A; 3BQ2 A; 1V9P A; 1XSL A; 2E5S A; 4Q45 A; 4I27 A; 3HPO A; 1CI4 A; 4UAT A; 3AEV A; 2LHT A; 4RUC A; 2AGP A; 5ALR A; 4P0P A; 1ZQS A; 4RPZ A; 3IG5 A; 3G6V A; 3KD3 A; 3KBB A; 2KKP A; 5AK6 A; 4YVZ A; 1BGX T; 3E58 A; 4IR9 A; 1Z4O A; 4C4T A; 3AUO A; 4DSK A; 1HUZ A; 2V9W A; 2OYY A; 3PX0 A; 1KL9 A; 3D6J A; 5ALJ A; 3UXN A; 3IDW A; 1L3U A; 5KFL A; 3QU7 A; 2JH1 A; 5J29 A; 3RJJ A; 4M9G A; 4NM2 A; 2OWO A; 2NV3 A; 2NYV A; 7ICR A; 2ESE A; 2GO7 A; 5KFN A; 2KV2 A; 3C28 A; 2KVS A; 3C1Z A; 3MDC A; 4USA A; 7ICV A; 1L6N A; 4NLG A; 2BCR A; 1XO0 A; 2E3T A; 2A3V A; 3OGU A; 4IRC A; 1BVS A; 4PGQ A; 2UVV A; 3CYM A; 3GV5 B; 4RNO A; 3AQE A; 3PML A; 3TAN A; 2I1Q A; 3TAD A; 2YB4 A; 4ED7 A; 1A6S A; 5J0R A; 2H5X A; 1X6J A; 2E8O A; 4I2D A; 1Z1B A; 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