The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
ERIEGRVAALQTAADAFYKAKNEFAAKATEDQMRLLRLQRRLEDELGGQFLDLSLHDTVTTLILGGHNKRAEQLARDFRIPDKRLWWLKLTALAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
VACUOLAR PROTEIN SORTING-ASSOCIATED PROTEIN 33A
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| publication title |
Structural basis of Vps33A recruitment to the human HOPS complex by Vps16.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Protein transport
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| total genus |
38
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-07-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4BX9 C; 4KMO B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JMS A; 4OJ5 A; 1L7N A; 1UCV A; 3DEE A; 2BQU A; 1DK3 A; 2ODG A; 2P6R A; 3EYZ A; 2BPG A; 2N1R A; 1S76 D; 4EBD A; 4NJ8 A; 2R8G A; 1ZXI A; 5KFR A; 2RRD A; 4PGQ A; 3TAC B; 3IG8 A; 3JPT A; 2VJ4 A; 2ASL A; 3NVV A; 2Q0Z X; 3QUC A; 1QTM A; 1SV0 A; 4DL6 A; 2HI0 A; 3PSP A; 5G5G A; 2XY6 A; 4DSK A; 3B0Y A; 2Y1I A; 3C28 A; 1J97 A; 2F8K A; 4ELT A; 5J0O A; 2KSO B; 5EE3 A; 4DSJ A; 2LMR A; 3N7R C; 4B9M A; 4ED7 A; 3QU7 A; 1ZQR A; 2D6F C; 2H3I A; 3B0X A; 1ZQX A; 3TQ1 A; 2KVC A; 5KFL A; 1S8O A; 3RFA A; 2KG5 A; 3M9N B; 1EXN A; 1BGX T; 1S10 A; 2HBJ A; 2JRZ A; 3JPN A; 3QU5 A; 4FS2 A; 2KKV A; 2BQ3 A; 4FBU A; 4DL7 A; 1CEZ A; 4Z6C A; 4C4R A; 2BHN A; 4KLS A; 1T3Q A; 1KN5 A; 4J9S A; 4O9M A; 5K4L A; 1TAM A; 2H3Q A; 4B6J A; 4GXI A; 1DRG A; 1UHU A; 5KFP A; 2ZIU B; 4Z6F A; 4YP3 A; 3G6V A; 4DF4 A; 4DEZ A; 2IBK A; 5J0W A; 2BDP A; 2W04 A; 4YXM A; 2JZB B; 2HHU A; 1C20 A; 3K1R B; 4GC6 A; 3KOO A; 2FMP A; 3SZ2 A; 4EYH B; 1KFT A; 5HML A; 4Z6D A; 2IHN A; 7ICH A; 9ICH A; 4I2E A; 1ZQF A; 2YB4 A; 2JH1 A; 2W55 A; 3EPI A; 4F2R A; 2M9N A; 3NS1 A; 1ZQK A; 3H8J A; 4KN7 A; 3IP4 B; 3PO4 A; 4KLU A; 2EH9 A; 4QZD A; 4UAT A; 1ZD5 A; 4ECY A; 2HDO A; 4KTQ A; 4X5V A; 2HW3 A; 2F1J A; 3TAD A; 2FI1 A; 1N5X A; 3AEV A; 4QWB A; 2GH1 A; 4QW8 A; 1D8L A; 2E1F A; 2OHF A; 3MGV A; 5DGA A; 4R63 A; 3N28 A; 2V4Q A; 1D8B A; 1QQ6 A; 5AI0 A; 4JV0 A; 4Y2Y A; 3PW2 A; 4B9U A; 1F44 A; 1DGJ A; 5ALD A; 4QIW C; 3VCB A; 1ZQV A; 3WKE A; 4Q8E A; 2LM1 A; 3SQI A; 5J8Y C; 3M6K A; 5KNI A; 3C23 A; 4Y2S A; 2GLE A; 4BX9 C; 9ICU A; 2KZ3 A; 4C8O A; 4K4I A; 4CCH A; 4M6W B; 5AM2 A; 2XC9 A; 4QZF A; 2JH7 A; 4YR0 A; 1BPE A; 2GWS A; 3D6J A; 2XCP A; 2FPL A; 1L7O A; 3SEI A; 4O3P A; 2KZZ A; 1ZQ1 C; 3BQT A; 2L5Y A; 2AHO B; 3KTQ A; 4ELV A; 1ZQI A; 2E8P A; 5ALK A; 3RTV A; 3IHQ B; 2DF4 B; 4RNN A; 4I2B A; 4QIW F; 5KFV A; 4Y2R A; 7ICK A; 1SGG A; 1ZRN A; 2BGW A; 4KLI A; 2F76 X; 1BVS A; 2ES6 A; 5G5H A; 5DQH A; 4UAW A; 5CWR A; 2W3R A; 4YCX A; 5AI8 A; 4ECT A; 5DBC A; 5KT4 A; 5J0P A; 2C28 A; 3T5J A; 2ZTC A; 4QZB A; 8ICO A; 3E58 A; 2G08 A; 3AUO A; 9ICR A; 1BPD A; 1NNL A; 2MAX A; 2ZJA A; 8ICJ A; 2QKQ A; 2AQ0 A; 4MF8 A; 3TAR A; 3QUB A; 3OHA A; 7ICM A; 2KEY A; 2BR0 A; 1MSW D; 1S0O A; 3AQF A; 3UMC A; 2UVR A; 3KHG A; 5ALF A; 2WB1 C; 1PK1 B; 4KIT B; 2PMZ F; 2LYA A; 3N7S C; 5AK5 A; 3SEN A; 4F5N A; 1WUD A; 4UBB A; 2Y0S C; 4USA A; 2WF7 A; 1UT8 A; 4YMN A; 4O0I A; 5CEH A; 9ICE A; 1TK8 A; 3Q8R B; 2DKX A; 5ALH A; 4MEY A; 3MR5 A; 5J2G A; 2KIV A; 4LZD A; 4FS1 A; 1NJW A; 9ICL A; 8ICI A; 1ZJM A; 1JRP A; 4I2I A; 2YMP A; 1PK3 A; 3F2C A; 3RBE A; 1RXW A; 1DOQ A; 3H4D A; 4DL3 A; 3LVV A; 3T5K A; 3MDA A; 5D4B A; 4NM1 A; 3WKB A; 4GIB A; 2XCA A; 4JB3 A; 2LKY A; 5EWG A; 2WB1 F; 3HIL A; 2HCF A; 4UB5 A; 4K4G A; 3H7I A; 5BOL A; 5A0L A; 3V72 A; 5KG3 A; 3WU2 U; 2K4I A; 3JPS A; 3V6J A; 1NI3 A; 5AIC A; 4C8N A; 3NGD A; 2KSO A; 2XID A; 2RDJ A; 9ICG A; 3SMV A; 2KIC A; 5HR6 A; 3ISC A; 1XSN A; 3CW2 C; 3QEA Z; 5T14 A; 4Q43 A; 5ALQ A; 5F9L A; 3M9O B; 4EEN A; 4J9L A; 4BDP A; 2MUT B; 1ZET A; 3PW7 A; 3GU3 A; 1KFD A; 4OJL A; 3I76 A; 4O5C A; 2WFA A; 1NK6 A; 2PKE A; 3WK7 A; 3GV8 B; 5KT7 A; 3C2L A; 4DL5 A; 4CRX A; 1L7M A; 2ESE A; 5C5J A; 1LVH A; 1K1S A; 4P4O A; 3T79 A; 3CYM A; 1XNS A; 5J2K A; 2XIC A; 4B9N A; 5KFX A; 4UB6 U; 4RZR A; 3KHR A; 2F2A B; 2DBY A; 3H4B A; 4ZOH C; 4F4K A; 4Q8F A; 4RUC A; 1Z19 A; 3FC4 A; 4DOC A; 2YB1 A; 2W7P A; 5AKK A; 4DFP A; 3F5E A; 1ZD4 A; 2EZZ A; 4GLX A; 5AI9 A; 2JZB A; 3LYS A; 3K1Z A; 3V7L A; 2KJ5 A; 4NL9 C; 3PW5 A; 8ICL A; 4C8L A; 4MEX A; 3HP6 A; 3RB6 A; 5D46 A; 4PGX A; 5KT3 A; 5KL1 B; 5ALS A; 4PL1 A; 3RR8 A; 7ICL A; 3MAB A; 5EOZ A; 4RPY A; 3C2M A; 2W7O A; 2W11 A; 5CP2 A; 3SAH A; 1JRO A; 3A0H U; 1SXD A; 1U47 A; 2MU2 A; 2DUY A; 2K4P A; 4KLH A; 5ALM A; 3PO5 A; 4NLC A; 7ICT A; 2P66 A; 5IIM A; 5J0S A; 4B9V A; 1T8E A; 3I1Y A; 4DSI A; 1TAU A; 3OHB A; 5IIN A; 3SYZ A; 5ALO A; 2BCU A; 4YR2 A; 1ZQN A; 4C8M A; 2ZTE A; 2AGO A; 1NOM A; 5FP0 A; 5J2C A; 3MBY A; 2V4R A; 5E79 U; 5DB7 A; 4QZ8 A; 3D2Q A; 3TAP A; 4CF5 A; 1BPB A; 4F4W A; 1XSL A; 3BQ1 A; 2DPJ A; 2KD1 A; 4UW9 A; 1ZQP A; 3UQ0 A; 4IR1 A; 5AKE A; 5ALG A; 1A76 A; 4IR9 A; 5ALN A; 3WK4 A; 1Y88 A; 4F50 A; 4CE6 A; 1IM4 A; 1ZQE A; 4GFJ A; 4JK1 A; 8ICK A; 4US9 A; 3AL0 B; 1ZJN A; 2JXJ A; 2WF8 A; 3QU9 A; 1U48 A; 2E1E A; 5KFB A; 1IG6 A; 5KFO A; 5BPC A; 4O5K A; 1SIJ A; 2E8O A; 5H2F U; 1U49 A; 4M9L A; 4B9S A; 3SAF A; 2ZXH A; 3HT3 A; 3GII A; 2XI9 A; 1SKW A; 2W9A A; 3Q8P B; 4FZL A; 1QSL A; 5EWF A; 7ICQ A; 3RJF A; 8ICB A; 9ICK A; 2KK0 A; 5KFT A; 7ICJ A; 2R8I A; 8ICT A; 1COO A; 2YMQ A; 1NK4 A; 7ICP A; 5HP4 A; 4US8 A; 1XO1 A; 2CRX A; 4BWM A; 2B6G A; 2BCV A; 5DDM A; 1SL2 A; 2QB0 B; 5IIJ A; 2NRZ A; 3M9M B; 1RYU A; 3ZD8 A; 2DPI A; 1COK A; 3ONN A; 8ICR A; 3IM1 A; 4HYK A; 3K75 D; 4BJQ A; 3UM9 A; 4UB3 A; 4PHD A; 2J6S A; 4AP9 A; 2EAN A; 5AM1 A; 4O3O A; 1NKC A; 1PK1 A; 1JN3 A; 4KLM A; 3LVW A; 4DWI A; 1BNP A; 1X9W A; 2R8H A; 2G5H B; 2CPR A; 1NJX A; 4EYI B; 3AQE A; 2EAP A; 4PPX A; 2KN7 A; 8ICY A; 1QCK A; 4NLB A; 1S0V A; 4G3I A; 4QZI A; 4ED6 A; 2OWO A; 3LWL A; 1KBU A; 5CA7 A; 4J9K A; 5BOM A; 3RAX A; 1DXS A; 4FO6 A; 5GTI U; 3GV7 B; 4EX7 A; 1V97 A; 5IIO A; 1JX4 A; 9ICJ A; 4KX3 A; 1QSS A; 5D49 A; 5KFM A; 5ALI A; 4UQG A; 4ACO A; 2AQ4 A; 5L1I A; 4YR3 A; 1MN8 A; 4F92 B; 1A0P A; 3TAN A; 1HUZ A; 3PSF A; 5J2A A; 2XGQ A; 7ICO A; 1RG6 A; 1FIQ A; 5AI4 A; 4TUP A; 3RJI A; 4IL6 U; 1UT5 A; 4RQM A; 3QU2 A; 1SKS A; 2MA1 A; 5J2J A; 4O3M A; 1JI7 A; 3R9K A; 3N97 B; 4XUS A; 2KP7 A; 3BQ0 A; 3V6K A; 3SR6 A; 3RF9 A; 4RNM A; 1L3T A; 1XU4 A; 3WKA A; 2FMS A; 1KSP A; 9ICF A; 4ED2 A; 2RLT A; 3T3F A; 2EAO A; 8ICC A; 2H3V A; 2MUT A; 1ARO P; 1SXE A; 5DG8 A; 3GV5 B; 3Q8K A; 1NK7 A; 2HHX A; 3MR6 A; 1ZYQ A; 5KFY A; 4PL2 A; 4QZ9 A; 2WF9 A; 3TAQ A; 2ALZ A; 1D9D A; 1N61 A; 4DSL A; 9ICQ A; 3CP8 A; 2ZJ5 A; 5KFW A; 4OJP A; 5ALW A; 2XVT A; 2BDU A; 2HOI A; 4DQR A; 2WHE A; 1L5U A; 7ICS A; 4Q45 A; 4EZ6 A; 3HWT A; 5J0U A; 2OCE A; 2FMQ A; 4F4X A; 3EZ5 A; 8ICN A; 2KFN A; 4UB8 U; 4QZE A; 4O3Q A; 3C29 A; 4C4T A; 5III A; 5F3X B; 2W9C B; 1PUZ A; 3PV8 A; 4F5Q A; 4OJ6 A; 1U45 A; 1V38 A; 4ICA A; 2YTU A; 1PVQ A; 4G9B A; 4M0A A; 1L3S A; 5J8Y A; 1ZD3 A; 5DBB A; 4IRD A; 2FPK A; 3RBD A; 4RPZ A; 2HOQ A; 4DQI A; 3BZK A; 4PJ0 U; 1YZ6 A; 2VIX A; 2JEF A; 2IHM A; 2G06 A; 4TUR A; 4Y2Q A; 1RQL A; 4RQ4 A; 3OJU A; 3NRW A; 4DS5 A; 2VAN A; 1DK2 A; 2HSZ A; 3WKD A; 1ECW A; 3N7P D; 4I2C A; 3G6Y A; 4C4S A; 1TK0 A; 1N62 A; 5ALV A; 3RJE A; 1B43 A; 2GOL A; 5J2I A; 1CUK A; 5ALR A; 5KFH A; 9ICA A; 4IQV A; 1S77 D; 3GZF A; 4I2A A; 4BUG A; 2HHQ A; 4NLK A; 2OH2 A; 5DBA A; 2PFN A; 1WCL A; 4BWJ A; 4PZN A; 4O5E A; 4GXK A; 3BS7 A; 3QEB Z; 2RHF A; 2LHT A; 3PX0 A; 1X6J A; 4KMU A; 4KMO B; 2E8N A; 2F1H A; 1L8O A; 5KL8 B; 5DQI A; 1Z4O A; 1TE2 A; 3H8W A; 3KFU F; 2AU0 A; 9ICP A; 4I2H A; 3TKA A; 4AYB C; 2FDR A; 2FLP A; 5J0X A; 2F77 X; 3J81 j; 3ZD9 A; 2OXO A; 2ZIW B; 3PW0 A; 3PNC A; 4OJO A; 3BQ7 A; 5B5E U; 4XRH A; 2V9W A; 4ZH4 A; 2Z7J A; 5ALX A; 2A1A A; 2EQY A; 3SI8 A; 3M6Z A; 4RQ3 A; 1D8Y A; 3MR2 A; 3RRH A; 4MFA A; 3H8S A; 1T4G A; 2O6K A; 8ICM A; 2F1I A; 3L4P A; 5J0Y A; 4MFF A; 4UAZ A; 3WK9 A; 2EAM A; 2FLL A; 3NRZ A; 4CNQ A; 5JU5 A; 5AM4 A; 4FZM A; 3WKC A; 2C2E A; 5HHH A; 4NLG A; 4DQS A; 1X9X A; 2QB0 A; 4B9T A; 4AYB F; 1ZQS A; 2W03 A; 1LKY A; 3RJH A; 2K8B B; 3AM9 A; 3RAQ A; 4NXZ A; 3A0B U; 3ETR A; 2K8A A; 2KNJ A; 4MFC A; 1BNO A; 5KG6 A; 3AU6 A; 5KFC A; 1JAL A; 1ZQO A; 1N60 A; 2KZM A; 3ZDB A; 4RNO A; 4RQ5 A; 3RRG A; 2NO4 A; 3QU4 A; 8ICA A; 1QQ5 A; 4TQS A; 3SV4 A; 4I2J A; 3BJY A; 1KRP A; 1SKR A; 3BS5 B; 4U6P A; 1VLB A; 1RM6 C; 5AKL A; 5DG9 A; 1UQV A; 5KG1 A; 4HAI A; 3TI0 A; 3HPO A; 7ICV A; 2KVS A; 1F5S A; 4IQU A; 2HVH A; 3IG5 A; 4IS7 A; 3C5G A; 4M9G A; 4YMM A; 4WJ3 B; 1OXJ A; 1SZH A; 4GXJ A; 1IIP A; 2FPM A; 1K5O A; 1WG8 A; 2D8C A; 5JUM A; 2F44 A; 4QWD A; 5J2E A; 5AIB A; 4JUZ A; 2IOF K; 5KFZ A; 2I5H A; 2KV2 A; 2UVV A; 2BQR A; 1JUD A; 3HRD D; 1N5W A; 1B0X A; 3C1Z A; 9ICN A; 2Y0S F; 2DFL A; 1FFU A; 5KFQ A; 3H0M B; 4UB2 A; 5KFK A; 4KN4 A; 1U9L A; 3DDH A; 2D3D A; 4QWA A; 5B66 U; 2LPE A; 4J9O A; 4XQ8 A; 2W9B A; 2WAQ C; 3H0L B; 4IQW A; 4NL9 A; 2JGA A; 5F9N A; 1XC9 A; 4P0Q A; 3BQ2 A; 1XS9 D; 2KMD A; 4F4Y A; 4C0Z A; 2ZIX B; 5DB6 A; 3Q8M A; 2ZIV B; 2JEJ A; 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3M1Y A; 5EE1 A; 3M8R A; 2MSN A; 8ICS A; 4PGY A; 4P4P A; 3Q8S B; 4RT2 A; 3QUQ A; 4NLN A; 3RR7 A; 3MDC A; 1SWW A; 4F71 A; 2WTF A; 4DS4 A; 4UAU A; 5DLF A; 1ZOL A; 4ED1 A; 1HEK A; 3G6X A; 4UB1 A; 5J0Q A; 9ICS A; 1L8L A; 4ECS A; 1KKX A; 3RJK A; 5AK3 A; 9ICT A; 2ISP A; 5CRX A; 1L6N A; 2I6X A; 2E5S A; 4KLQ A; 3RB4 A; 4RQ0 A; 9ICB A; 3GIK A; 1N63 A; 2ISO A; 4Y2J A; 4LZG A; 4ECW A; 2P35 A; 4U7C A; 2PI4 A; 3RH5 A; 3UMB A; 1LKY B; 1SWV A; 4RQ8 A; 1CRX A; 1RYR A; 3UXO A; 3TFR A; 5AKG A; 3GFK B; 2R18 A; 4DLG A; 1UA0 A; 7ICE A; 5C0Y A; 4CDG A; 2FE9 A; 2XY7 A; 1ZQT A; 2W9M A; 5CR0 A; 4EZ9 A; 1NK5 A; 1YZ7 A; 3BS5 A; 4Y2P A; 3KKA C; 4JWM A; 3GIM A; 1Z1B A; 4I2G A; 1VDV A; 2HMX A; 3LDA A; 2GO7 A; 5J2H A; 4DL2 A; 2J6T A; 2K60 A; 3JPP A; 5KG7 A; 3PMN A; 1SV4 A; 4EBE A; 1OW5 A; 3Q8Q B; 3NVW A; 4DQP A; 4NM2 A; 3H0R B; 2R8K A; 4UAV A; 5AM5 A; 3F2B A; 4J9N A; 4M04 A; 3PX6 A; 2C2R A; 1NK8 A; 3AMZ A; 2G5I B; 1AQ6 A; 1HUO A; 5IIL A; 1SL0 A; 1P7D A; 1PVP A; 2ZTD A; 4ECX A; 3MFI A; 4F93 B; 1NKE A; 8ICX A; 4P0P A; 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