2HBKA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 122
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbkA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbkA01
2E1EA 3SAFA 1D8BA 4NLCA 5C0YA 2HBJA 2RHFA 2MA1A 4CGZA 1YT3A 3SAGA 2HBKA 2HBMA 2CPRA 4CDGA 4QJFB 1GO3F 4OO1J 4NLBA 1WUDA 2KV2A 4O3MA 2RRDA 2E1FA 4QIWF 3SAHA 2HBLA 2DGZA 3CYMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QZAA 4O9MA 5HNKA 2MSNA 2DPIA 4Y2SA 4ILHA 5CEHA 3HJEA 3AVKA 3M1FA 3BP8A 2A19A 3JS6A 1RT1A 9ICJA 2OZSA 3VQAA 2CPRA 3TAEA 5K4LA 2DBYA 2ZM6K 3NVVA 4KHPK 4QZCA 3CQ8A 1VJ5A 4QS9A 4LFAK 5I3UA 4MO4A 2P9PB 2FMSA 4NLBA 2CRXA 4LY7A 4ECSA 1S0MA 1NWKA 1YZ7A 4JLHA 1IV0A 3RB4A 5AZJA 4W5QA 4Z6DA 3IV6A 2BQ3A 3OYHA 4QZHA 3DM2A 2KFZA 2VJ5A 1OH6A 2RDIA 4R63A 5AKLA 3QEXA 1WSHA 3NF9A 1YAGA 1UA0A 1GLCG 2RHFA 4LSNA 3L3FX 2W7PA 2R8IA 2JWKA 2RF2A 2KICA 3CCLN 2AGOA 1XC9A 2FSKA 4CF9A 2EX3A 5C42A 4NM1A 1Q81O 2XGPA 1URJA 5J0UA 1CZ9A 3TQ1A 5FROA 5GAHP 3VENA 4BUGA 4QZEA 1HNIA 4ED7A 1V9PA 4PL7A 3TACB 3H3OB 5J2DA 3DXKA 1NBWA 5DQIA 2O4IA 1OVQA 2IAJA 1ZQXA 2K4PA 4PHPA 5J8YC 2AP1A 5J2QA 2A1JB 1NOMA 1RPLA 2A42A 3RTVA 3WQTA 9ICEA 9ICLA 3A5LC 2RE2A 3MK6A 4NYNA 2P9IB 5ELZA 1KBUA 3H4BA 1P8ZA 1OH8A 3J7YP 4MFCA 3K75D 3IHQB 3PX4A 1DLOA 3ITHA 4I2IA 1KFDA 4IO9L 4BC2A 4F5RA 5HR6A 5ALIA 3OPXA 2Z1IA 2HHSA 4B9NA 3DLKA 4JUZA 3DRSA 3C21A 2ZIVB 3QINA 3PZPA 5HROA 4RW8A 5HR7A 4KLIA 3UKUA 4BR0A 3EPGA 1QCKA 1NKCA 4YFUA 5AK3A 1L3VA 1NK5A 1ZQQA 4DOAA 4B9SA 4JV1A 4H03B 4CJ4A 4F9OA 4DKWA 3OHAA 1NGGA 2UXCK 3QUTA 1C0TA 3GILA 1TK5A 2UVUA 3DI6A 3BJYA 2W9AA 4M45A 3WT0A 3UM9A 4P2HA 3FFKB 3J7ZO 4HAIA 4C4SA 3CF5L 5CJ7A 4BREA 3CD6N 2H3IA 1Z05A 4IO8A 4H0VB 5AQUA 3ZD9A 2D1KA 4RW9A 2FPLA 1E4GT 1EWRA 5GTIU 3RJKA 3MEDA 4PHDA 3CCMN 4ED1A 4ZH4A 1S77D 3M8PA 4EAHD 1BHLA 3VQ4A 4FCYA 5KQ8A 1BA1A 2HHTA 2KW4A 5C5JA 3H4DA 2JEIA 3UKRB 1VSDA 4FWOA 4DV6K 2EH9A 2W04A 1BUPA 3PX6A 2BGWA 2WF8A 2IHNA 2YTUA 2F9TA 4CJ3A 4LFCK 5KT4A 4YOXA 3A5OC 1N56A 1NZPA 3O4WA 3K1ZA 1DGJA 4BDPA 1D8BA 5AQPA 1QHAA 4PL1A 3H8SA 3QXGA 4B9UA 4IRKA 3K57A 3SAGA 3TI0A 2E6MA 2P9KA 4FM1A 5AQZA 3DLBA 3GQCA 2KVCA 4ID1A 2O8EA 1QSYA 3ATVA 5BR8K 5DBAA 5AQTA 5LY3A 2W41A 2OPQA 1VDVA 1IKYA 3S3NA 1D9DA 3C23A 3O1WA 2P9PA 5EY4A 3ZSRA 1RDCA 2YX8A 4O5BA 2QB0B 8ICLA 4GXIA 4P4OA 5KFEA 3E01A 5L1MA 1LVHA 3CETA 4Y1CA 3WUHA 2F44A 4NL9C 3HOSA 3IUCA 3U8XA 4E7LA 2KJ8A 5DBBA 3HYFA 3A5MC 4OGEA 3M3ZA 4DR7K 2CN1A 4KLLA 3C65A 4ISGA 3L2RA 2BTFA 9ICIA 3CW2C 4F4ZA 2V4QA 3HSCA 2HOIA 1WB9A 1UQVA 4Z4CA 3IRUA 3OYGA 3ISDA 3AGRA 4CJQA 1JLCA 3ZSWA 3CCRN 2F1IA 4FJMA 2QKKA 1ZQPA 4XH4A 2A3VA 2F8SA 3GDXA 4WYBA 3SENA 4KLTA 5GINA 4ZTFA 1IG6A 4DL5A 4IWVA 3CXCM 1BOTO 1ATNA 2P9SA 3F9KA 1OH5A 3I1YA 3VGLA 2A1JA 3OYEA 2RKIA 5FPEA 2DPNA 2DTUA 1A6SA 1MC8A 4ED3A 4Q8EA 9ICKA 8ICTA 1NK8A 4DSLA 2PFUA 1XQSC 3CM6A 3T5JA 4YOUA 3GG4A 4CF8A 4B9QA 1TK8A 7ICSA 1RYUA 4BC4A 4CF5A 1I94K 2XGQA 2ZIWB 4JI5K 1UAXA 5AKGA 4ILGB 4CZGA 3LDLA 9ICAA 2OANA 9ICUA 1RBUA 4UB1A 3V1QA 2MRLA 4EZ9A 9ICTA 4OJ6A 1U2VB 3LANA 1LB2B 2Y0SC 1JXBA 1V85A 5FPNA 4B3RK 2E1EA 5DM6L 4GC7A 3HWTA 3FZFA 4F3TA 3SEIA 2GH1A 4RNNA 1ATRA 3RR8A 4FLZA 2YNGA 2P9LB 3LAKA 4EYIB 3I0SA 1DK3A 3ZI4A 4B3TK 1JIHA 9ICHA 4NY8A 3NFAA 1Z26A 4BRAA 2GWKA 3ENHA 4J9NA 3O6WA 1A5XA 5H2FU 3TADC 5IIOA 4K41A 4MLHA 4RQ7A 4H0XB 3NMUA 3ZX0A 1BG3A 3TAFA 4Q5VA 3TABA 5DG7A 2IBKA 1TVRA 3D2FA 1EX4A 3V1RA 5EWFA 3FR0A 4KLDA 3UKRA 4YR3A 3KD5E 3UIQA 4OLAA 4KN7A 3O9UA 3MFHA 2IC3A 1L8LA 3NUQA 3OJSA 4NWIA 2YN4A 1BO5O 3DRPA 4DTUA 4N76A 2EAPA 2YHBA 2J6TA 4KHQA 2E8OA 3AO1A 5AKXA 2ZD1A 5DGBA 1KL9A 5IINA 1KVBA 1GO3F 3OSNA 3HI0A 3RMCA 1PK1B 1MSWD 1OKJA 3NE6A 3WXIA 2FXUA 1X9JA 3V81A 4Z6FA 2VWBA 2NRXA 4ELVA 2KHVA 1S1VA 3E66A 1NOYA 4CGJA 4YHHK 1RTIA 1WWVA 3F2CA 4JI3K 2WF9A 3MR3A 4HUFA 4DMNA 3LAMA 5DK5A 1BU6O 3CJBA 3L2QA 2F76X 1WG8A 4KLFA 2FE9A 2GBZA 3TPQA 3A0IX 4AHCA 4KLQA 2IDOA 2E6LA 1A5WA 4K42A 1HYVA 2J6SA 4CJSA 4B3SK 4TQSA 1G15A 3VESA 3SMPA 3T5KA 2AGQA 8ICRA 4OVLA 2O4GA 3OS0A 2CGJA 3BQTA 1L3UA 5BOMA 2LI6A 3U6FA 4K0KK 2HI0A 1ZBFA 4KHUA 2ZJAA 4KKOA 3FZKA 3K59A 1ASVA 3FGUA 1UCVA 1DKGD 5J2HA 5J2PA 3V72A 3KHRA 1QQCA 2B5JA 2R18A 3VQBA 4BRFA 4U67L 2KSOA 1IO2A 2KIVA 1DRGA 3O9SA 4CE6A 2YNHA 3AV9A 5AKYA 5DGAA 4K4IA 4X66K 4PH5A 2P9NA 2IOHA 1PVQA 3H46O 3S3MA 3CCEN 4EBDA 4DU3A 4CHYA 4ACOA 3KZBA 2KFNA 1WUDA 1QQ7A 1D4XA 2ZIWA 2A1SA 1A0PA 1ZQYA 2HBLA 2Q4TA 3HJFA 1XWLA 2WB1F 4CZFA 4ECUA 5AFUH 1TKZA 3JXUA 4UB6U 1TL3A 3G6EN 4BRMA 4HVJA 4KI4A 2Z7JA 5KFHA 1XHZA 5JRTA 3S9HA 1OXJA 4QAGA 1YT3A 1L6NA 2VIXA 4IKFA 5AQOA 2P9LA 5CRXA 8ICWA 4KREA 1QQ5A 2ESEA 1L7OA 3T79A 4ELTA 3K1RB 4YOYA 3DRRA 4DV1K 4BDYA 5HRNA 3OBYA 3MAQA 4DS5A 3UMGA 2ZIXA 1BPDA 2ISPA 1NGCA 2W7OA 5HBMA 4FK0A 3OS1A 1QZ5A 5J0SA 1MWKA 4I2QA 1S1WA 2YHWA 3NCIA 1AQ6A 4YG2A 3SV3A 1WUAA 3S6JA 3O4QA 2W9BA 1IXRA 5JUMA 2LKYA 5AHXA 3MDAA 3C28A 4E7KA 3THYA 1WBBA 3AA2A 3N7RC 4KAZA 3T1HK 3S41A 1K73O 1VSEA 4Z4EA 3QEVA 1VQLN 3ATUA 4UW9A 3M9MB 4BRKA 5EWGA 3ULDA 2EDUA 3H3NO 3BF1A 3BQ2A 3ENBA 5EXWA 1RFQA 2QTDA 2O8FB 4H5VA 3CC7N 5AI0A 3HILA 1L8OA 4IEIA 3TAMA 5KFNA 1HNXK 1SGGA 5KFTA 4B9VA 3QICA 1D8LA 5D4BA 1VHXA 2BQUA 2VGMA 1LCUA 3WQUA 3OGUA 3AA4A 3CCVN 3VQ5A 5LMUK 3F53A 2W11A 3LP0A 1Z1BA 5L1JA 4CK2A 4KN4A 4KH6A 2C22A 4O0JA 2XHBA 1TVAA 2D8CA 4ID5A 2VQEK 2W8KA 3OYMA 1MA7A 5HRPA 4Y2YA 4DL6A 5KFFA 4L3QA 5KFVA 3KHGA 2IIRA 4PHEA 4OKEA 4C23A 3CCUN 4IR1A 1NGEA 4BX9C 3RRHA 1T7PA 4BRHA 4OJ5A 1S0NA 1EETA 4F4WA 4CHOA 3AVFA 5KFWA 4MDBA 2D4WA 2QARB 1ED1A 2O6KA 4CGIA 4KLSA 3H8MA 4OCZA 1CRXA 1YJ9N 3WKAA 4DV7K 3MDQA 2OCEA 5FLXO 3EY1A 1KCFA 5IIMA 3OVNA 4JS5A 2BCVA 3AVGA 4R65A 1UT5A 1VQ6N 3NASA 4RPYA 1BISA 4RPZA 1VAZA 3TFRA 1TGOA 1B0XA 2IOCA 4EBCA 2K60A 2QB1A 2D0OA 3C6AA 2X74A 4WE1A 5AKZA 3K0SA 1TAMA 3C2LA 1TYQB 4XUSA 5MLCQ 2D0BA 4MLEA 5KT6A 3VPZA 3H0MB 1COOA 4CZKA 3DXMB 3AVAA 8ICUA 5KFZA 5J2FA 1UHUA 3NVWA 5AI8A 3ETLA 3ZDDA 3V9XA 4YDUA 2JH1A 2O8CB 2HHQA 4DCHA 3KKSA 1YHQN 1RT7A 3U3YA 3PLAA 2K8AA 4KHNA 5IT9O 1HNZK 5DMRA 1PVPA 2AQ0A 2E88A 2EAOA 4B9LA 4USAA 3NVMA 4F92B 4DR1K 3LM9A 3H7IA 3BS5A 4UAZA 3P38A 4BY9C 4IQWA 3P31A 1RDBA 3ZDAA 3OYLA 4CZLA 2P66A 7ICUA 4O3OA 2JLEA 4CIEA 1JCGA 1J5EK 2BCQA 5AQKA 2BDPA 3N7SC 3RMAA 2ZIUB 1ZBLA 2NRVA 3MWTA 4KRFA 1DTTA 2Y1IA 2MUTA 3O9TA 4PL8A 5KFLA 3LWLA 1BI4B 4BRNA 4M3UA 3O0FA 3QU7A 1NGHA 3MN6A 3SUPA 3IAYA 5F3XB 4QIWF 4Z4FA 4ISEA 3OYNA 4CJFA 2ATLA 4JKFA 2P35A 2HNZA 5C2DA 3VQPA 2EZYA 3FC4A 2QK9A 3OYFA 3WK6A 3QU4A 4M0AA 1FKOA 1Q8IA 5KFYA 3R1XA 4M6WA 4RCHA 1TV9A 1ZBHA 4GV9A 4OKJA 3OBWA 3CMAN 9ICGA 2K4HA 4FZLA 4JB3A 3AUOA 2YHYA 5AFUA 3VA3A 5TZVA 7ICMA 3M5RA 1ZQIA 3TAGA 4BROA 1RT3A 4ZOHC 1I39A 4FK2A 2O8FA 2KJ9A 1V4TA 1KEJA 3AA5X 4DTSA 3QUQA 4QZ8A 3B6OA 4DU1A 1B43A 1Z00B 2I5JA 3GIKA 5L1LA 3WKDA 1VSKA 2OHFA 3PMNA 2J6UA 2XY7A 4UAWA 1HKCA 4G3IA 1KQSM 5G5GA 4AHSA 4WCEL 1YI2N 5AQJA 2H3FA 4KLJA 4KTZA 3ZETB 7ICEA 5CYMA 3CPEA 2YJFA 1JLEA 5ALJA 5J0XA 3AO2A 4RTFD 2G8KA 1T3VA 1N62A 3I33A 2F8LA 3U4LA 3VMFB 1BNPA 4PZNA 2E2PA 2F7TA 2QXFA 5HMMA 1BPZA 2DFFA 5M1FA 2K89A 4O0IA 1A5VA 4RNOA 1RBRA 2O8BA 3QU9A 1ZQCA 2E4LA 5AKHA 5DB9A 3F73A 3CFOA 3JPPA 2NV3A 4US9A 2XVTA 4Y0WA 2YMLA 4CFCA 4HYKA 4AILC 2W9CB 4F4XA 3WNHA 3ZSOA 5J2KA 3KIOA 2B21A 5DB6A 4F2RA 2KKZA 2YNFA 4FWQA 4JK8A 4W5OA 2CGKA 4DTMA 2GLEA 4C8LA 5FPDA 1S1UA 3AVCA 3WK4A 4QZIA 5F2RA 4M3TA 1O08A 4KX3A 3O80A 1ZETA 4U7BA 2H3GX 3WK9A 3GBTA 4YVZA 4Q0BA 3SPZA 1XSPA 3ZDCA 1CI4A 4WQ5A 2OM6A 2X6NA 2YHAA 2HMIA 3LZJA 3U9ZA 2PFOA 2F2AB 3DXMA 3O3FA 2O8CA 3O3HA 2HNYA 1N5WA 5L1IA 1RBVA 4FL9A 4DTNA 4UARA 2DPJA 1PK3A 3L4QA 4IG0A 3ZSYA 1NGAA 4Q44A 4BXOB 1RGIA 3GE1A 3QNMA 5J0TA 4ED2A 2H3ZA 1PVRA 2QWMA 5E41A 2DFLA 5HL7L 1OVYA 4K8ZA 4Y2TA 4RNMA 3P1GA 3BY5A 1CLQA 4CGFA 3LL3A 3NGZA 8ICFA 9ICSA 2KTQA 5J2JA 3N7PD 2P51A 3HX0A 3CJCA 2ZIUA 1IBMK 5KFGA 5DLGA 4UB4A 1NZBA 3ULEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2E1E A;  3SAF A;  1D8B A;  4NLC A;  5C0Y A;  2HBJ A;  2RHF A;  2MA1 A;  4CGZ A;  1YT3 A;  3SAG A;  2HBK A;  2HBM A;  2CPR A;  4CDG A;  4QJF B;  1GO3 F;  4OO1 J;  4NLB A;  1WUD A;  2KV2 A;  4O3M A;  2RRD A;  2E1F A;  4QIW F;  3SAH A;  2HBL A;  2DGZ A;  3CYM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CED A;  4Z6C A;  1TFR A;  1LWC A;  2VA3 A;  2YB4 A;  3JPT A;  3ISN C;  2F8T A;  3RF9 A;  2I9G A;  5KAF U;  4YMN A;  3PV8 A;  2H3Q A;  2MAX A;  3KLF A;  2KVS A;  5AQY A;  2ITG A;  2JZB A;  4PHT X;  5HHH A;  1N2X A;  2HOQ A;  5ALM A;  3CRX A;  4PZO A;  1W0H A;  3ASM A;  5CYQ A;  3CC4 N;  3BZK A;  4FBT A;  2WC9 A;  1X9M A;  2YV0 X;  2QWQ A;  3UKU B;  3DYA A;  5AQF A;  5BR9 A;  2FF3 B;  4IR9 A;  2HHU A;  3LP1 A;  4QS7 A;  4MQ3 A;  2E20 A;  5KFU A;  2XID A;  3MEC A;  5AK6 A;  3VEO A;  4IBN A;  3SJH A;  4O3N A;  2Q31 A;  1RZT A;  4I9L A;  4LJX A;  1K8K B;  4PHA A;  3K9K A;  1C1B A;  4FS1 A;  4H0T B;  3M6Z A;  4RQ5 A;  3M1Y A;  3NH2 A;  4LSL A;  1ZQR A;  4PWD A;  1SV5 A;  5DM7 L;  4E3S A;  3IMX A;  3THW A;  1WOQ A;  2F9W A;  1T6C A;  2MA1 A;  5F0X A;  1T44 A;  4DFJ A;  3AAR A;  4DUZ K;  4JKH A;  4CIG A;  4C4T A;  4FVM A;  4HUE A;  2AQ4 A;  4NLZ A;  5EE0 A;  1QQN A;  2GUP A;  2ZF5 O;  3MCP A;  2UUC K;  3AVH A;  1S97 A;  3CP8 A;  2NRZ A;  2ZXI A;  4CF1 A;  2WON A;  3AM9 A;  1ESV A;  3O9Q A;  5KFK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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