2HBKA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Hydrolase, gene regulation
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 122
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbkA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbkA01
2HBKA 2HBLA 2E1EA 4NLCA 2HBMA 4CDGA 1YT3A 2E1FA 2RRDA 1GO3F 2CPRA 4QIWF 3SAGA 4QJFB 2HBJA 4O3MA 3SAHA 2DGZA 2RHFA 2KV2A 4NLBA 1D8BA 1WUDA 4CGZA 3CYMA 4OO1J 3SAFA 5C0YA 2MA1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
8ICHA 2ZJ5A 4OJ6A 2HHSA 4WQ4C 4DV3K 1WN7A 3MR3A 1WCLA 5AQVA 3SPZA 3WKBA 5CR0A 4WQ4A 5I3UA 4GXJA 4O3SA 3THWA 5ALSA 2GWJA 4P0QB 1XNRK 3GV8B 3J7YP 5KFKA 3ZEUB 4JI0K 4DFJA 4JI1K 1C0UA 3F2CA 3I8BA 3EL2A 4BGBA 2R8IA 3TABA 1X40A 4YMMA 4NLKA 2CGKA 3O9TA 3ED5A 4H8KA 1K1SA 4U6PA 3AVKA 3G6YA 2DL0A 1G15A 3AO5A 1I94K 4KBOA 3KHYA 4RQ3A 1S9FA 1NK7A 4NCAA 4IDKA 4E3SA 5CJ7A 1ZQPA 3RH4A 2V4QA 2B4JA 2UU9K 3VEOA 1SL2A 4FZXC 5AKLA 3QEBZ 2QEXN 4FWNA 3C23A 2F9TA 2GELA 3TQ1A 4C7ZA 4I2FA 2RN2A 4M7YA 1NOZA 3K1RB 1WSHA 4FWSA 3HO1A 4Q8EA 3T79A 3IFRA 3L6QA 3QNOA 3H0RB 2QI2A 4J9QA 3LDPA 1RDAA 5HOOA 4CK1A 3GBTA 5T14A 1TKZA 3E9LA 2X74A 3UKUA 1T7PA 4Q44A 2VG5A 1X2IA 1L3VA 4UB5A 4LH5A 3BF1A 1RQLA 2FLOA 3JXUA 3O4QA 4PQUA 4W5OA 2BE2A 4CD1A 4YR0A 5AI4A 1ZRNA 4CEOA 2D1KA 5KRSA 3OYLA 4O0IA 2V7ZA 5J2FA 3SYZA 2Q2RA 3K0SA 2XCAA 4FK0A 5CB1A 3PW0A 1UHUA 5JRTA 3G10A 4B9TA 3OS0A 3BS5A 1QSYA 4Z6CA 5AIAA 3QXGA 3O3HA 3O3GA 3AO2A 1ZQKA 3UMGA 3VEVA 1V9PA 4RQ7A 4FZLA 3HI0A 1SZ2A 4YORA 4JV1A 4A2AA 2H3VA 2C2DA 1KVBA 9ICHA 2P51A 1L3SA 4NO7A 3LP3A 2EANA 3K4GA 5DDYA 1FIQA 2WTFA 4ED3A 2R8JA 1URJA 1Z3EB 2NUBA 3NVMA 3WUHA 5J2NA 2DY4A 2G5IB 3EKSA 3FDSA 2YHXA 5AKKA 4YN4A 3SBGA 5T7BA 3RJGA 2LMRA 3BQTA 3WKCA 4KLQA 3B0YA 3QU5A 4ED1A 3HZ6A 2A1AA 4Z4HA 4WCEL 3I1YA 2KHOA 3RBEA 2B6GA 4RQ2A 3PSTA 3D2NA 3W3DA 4G9ZA 4B1WB 3TFRA 1BVSA 1DGJA 2YKMA 2V4RA 3AV9A 3C95A 3AM9A 4RQ5A 4ZH4A 2AQ4A 4BR7A 1OW5A 2QARA 3QLHA 5AM5A 2HHVA 3V9SA 3CMEN 4PWDA 2E2QA 1KC8O 3UE5A 4LSLA 1RT2A 1RT6A 5CRXA 3CG7A 3V9WA 2I6XA 1KL9A 4ILHA 1KEJA 1U9LA 4F5QA 3CD6N 5ALWA 3LK9A 3QEWA 1SZHA 1X6IA 4UW9A 2W6LA 4CCHA 2R7YA 3PR4A 3ZSYA 4DV5K 4BC4A 3MXJA 1VSKA 3V7KA 4RCHA 4CIFA 3BS5B 4BGAA 3ZLJA 1UT8A 1M90O 3RMAA 3AVAA 4BRIA 3O0FA 4GKJK 2V9WA 1QZ6A 4RQ6A 1ZD5A 3R8EA 5C24A 1K8AO 4B9VA 4J9PA 1N8RO 5KGWA 3J7ZO 5D3GA 2ZTDA 3VQBA 1IXRA 4DB3A 4OPJA 4CEDA 4U7BA 4J2EA 5IIKA 3UXPA 3LVWA 4BWJA 4FWMA 3AAQA 4NXMK 4B1VA 4JKAA 4Q43A 4K4HA 1YUWA 3FFIA 3LAMA 3O4NA 4WFAL 4FK2A 1JL1A 4RQ8A 4FOIA 3TTFA 4KTZA 2D0OA 3GE1A 5J2GA 1K5OA 1RTJA 1DEJA 1QQCA 3IAYA 1K9MO 1SKRA 3SD7A 4NL9A 2VQFK 2GOLA 3S9HA 3L4IA 2O8CB 1LW2A 3QERA 3O3FA 3DDHA 4HVJA 3OYKA 2NRTA 4H0YB 4MEYA 5AQGA 1ZRMA 3RJFA 4O3QA 3VQ5A 2ATQA 4DUZK 8ICVA 3DI6A 1EWQA 4ELUA 4B1ZA 4JI6K 2IAJA 4ISEA 4ACOA 1WAFA 3NVVA 2PMZF 3OYBA 1ZOLA 2ZG6A 5DDMA 3AVHA 5LMNK 2YNGA 1S76D 2KIVA 4M04A 5DKWA 1GLFO 3TAMA 3LM9A 2F8SA 1XNSA 3QEIA 3KHHA 3THWB 8ICAA 1TVRA 4Y2JA 4LF6K 4QNLA 1TKDA 2ASOA 7ICQA 4UASA 9ICFA 1CXUA 4NLNA 3E9OA 1S0VA 4AF1A 1C0MA 3RFAA 1RDWX 4RNMA 3WK6A 4ICLA 5J29A 4QWAA 3ZT4A 1Q3UA 4F4KA 3E2EA 2WC9A 1WSGA 3SMPA 3WKDA 4BRNA 4DV6K 1S9EA 4LH4A 3O80A 1TK5A 4C1NI 4WFBL 1W7AA 3RB3A 4BDZA 4FBTA 5I9EB 4JV0A 3QNMA 1IG6A 5AZIA 2E8NA 2K8AA 2YQEA 5AI8A 5AQRA 3H45C 4MHVA 1TAMA 2ITMA 4DR1K 4FLWA 3KIOA 1HKGA 5AK3A 3J81j 3ZSVA 1D8LA 5ALKA 1K1QA 3DEEA 3HW8A 1EP4A 1IH7A 3G6EN 1NG9A 3DLEA 4O8KA 1HJRA 3F5EA 4FM1A 3HM9A 3DV9A 7ICVA 2KQ2A 3CCVN 5KNIA 5HROA 3KK3A 2FMSA 3M1FA 4BE2A 3HBTA 3DAWA 3AA2A 1EWRA 3I0RA 3AUOA 1XU4A 5KFPA 2CN1A 4CJTA 4EHUA 3K5MA 4Z94A 4OJPA 4YD1A 4JWMA 3B6PA 4BREA 3RJIA 4CJFA 3CMAN 2OTLN 1JLGA 2OCEA 2ZUDA 1U04A 2IC3A 4JKGA 8ICNA 1L5UA 3CP8A 4Y2XA 3F5AA 1N48A 3WK9A 5J2JA 1JLAA 1KFTA 4P4OA 1B92A 4LZDA 2IDOA 1N61A 2ZIWB 2UYTA 4DSLA 4F5OA 3FYHA 4BJQA 5BN9A 2KICA 2QK9A 2BPCA 4YXJA 1B9FA 1N5XA 5IIOA 1CZAN 3FR0A 1SXEA 2BANA 4Y2SA 3RR8A 3L4PA 3D7EO 3DWLA 1N63A 3AEVA 8ICFA 1D8BA 1JCEA 3NF8A 4DR2K 4RT2A 3OYCA 3ZT2A 1HR0K 3TWHA 3WQTA 4G1QA 2W41A 1QCKA 4KMUA 1KDHA 1HPZA 3QFPA 1E4FT 3TFSA 3E9PA 4I2PA 4YDUC 1IIPA 4FSVA 2HOFA 1F44A 1SS6A 4RTFD 8ICOA 3A0IX 2A3VA 3AAPA 3PR5B 3KLEA 1ZD4A 3V1RA 3CHWA 1JXLA 3ZDEA 1MN8A 1T03A 1CXQA 4Z6FA 3PX0A 4JI2K 2Q97A 4ED0A 3BEXA 3DXKA 4HAIA 4KRFA 5M1KA 5C2FA 4FZZA 3SAGA 3RJJA 2QWPA 4QIWC 2YY6A 3OSNA 1XSPA 2YV0X 4NB4A 4CHQA 2F77X 2ODGA 3K58A 3AVCA 3AA3A 5EE9A 3BZKA 3K5OA 3DXMB 4F3OA 1HYZA 4H5TA 8ICEA 2G0AA 1IBMK 1T94A 5AM1A 2JH1A 5FPEA 3QEXA 1K6YA 5KGXA 1TK8A 2M0NA 4TQSA 1MA9B 4O5FA 4RW9A 3F2DA 4EEKA 4KN7A 3RMDA 3M9OB 1YZ7A 3IRUA 2W7PA 2JWLA 1N2XA 4CBWA 5ALPA 4FM0A 1ZD3A 1N62A 2FPLA 4IO8A 2N1RA 5DM6L 2NRHA 5DB7A 3PSPA 3HT3A 2KKVA 5GAEP 3L2VA 1GO3F 4RQNA 1X3NA 3O08A 3SMVA 2PI5A 2W43A 2IOCA 4DSKA 1LWCA 5M1PA 3GQCA 4KI4A 2RHFA 4FYDA 4CF1A 3BDPA 2F3NA 1ZQTA 4H5WA 1ZQCA 1ZETA 5KFHA 1UA0A 4CRXA 5HR6A 2P9LA 2BGWA 3MMVA 5ADXA 3UPQA 3PO5A 5AZIB 5J1EA 3SNNA 2LM1A 1GLDG 3ZX3A 3NRZA 2YHBA 3AGRA 3QICA 2KNJA 1KRPA 3MCPA 3KFUF 4NWIA 4BR4A 4A5BA 3AVFA 4CK2A 2R8GA 1J6ZA 1ZQSA 4B1YB 1YAGA 2H3FA 3KWIA 4NM1A 4EZ6A 2GX9A 2D8CA 3VQEA 1XO1A 2FXUA 5KFBA 3I0SA 2FJ6A 2KVSA 1NJYA 2BHNA 7ICGA 3JYTA 1WUAA 2W3RA 1TUUA 3P1GA 2VKQA 2AGPA 2PMZC 8ICKA 5B8HA 4I2AA 4FWKA 4EBEA 1KAYA 4RQ4A 2JZBB 3ISCA 3WXIA 2IBKA 2ZXIA 3GOIA 1KSPA 4GXIA 4JEPA 4R8UA 4UATA 2FLPA 1X9JA 4JKDA 4DV2K 1FFUA 2JWKA 3FZFA 4IQVA 4J9SA 3MWPA 4CGGA 3C65A 4RW8A 4DU4A 3L4QA 5KFVA 5KI6A 4CHNA 2V51B 5JUMA 2WAQC 3EN9A 1U2VA 2LYBA 2PKEA 3QU4A 3RB6A 1HNXK 3LDSA 5KAFU 2ALZA 3THXB 2YMMA 3VEXA 3U3GA 3MDCA 9ICBA 1ZBFA 3NVZA 2YHAA 1GOBA 2JZBA 1BPXA 4IOCL 4LY7A 4JRPA 4M41A 4DL2A 1T8EA 3ITHA 4YOTA 3VEYA 3F73A 4O4GA 1HUXA 5CY4A 2D0PA 1CZBA 3LDNA 4E7LA 2OYQA 5KT5A 9ICTA 4BVOA 5EOZA 4KITB 3WNGA 2PFOA 2AGOA 4JHDA 3RVCA 4JRQA 3AA5X 2LI6A 4GC6A 3OYEA 1JJ2M 2NLXA 2D4WA 1U6ZA 3K2PA 1ZQQA 4C8LA 3NF9A 1UPHA 3NUQA 4FM2A 4DSJA 1LKYB 2VWBA 3H0MB 3ATVA 4HHTA 4EELA 3FM9A 5J2IA 3HL8A 4F3TA 2LSNA 3H6EA 2KIWA 4X62K 3MR2A 4BRKA 5FP0A 3ONNA 2Q3SA 4OKJA 3QX7A 3UKRA 1CUKA 4K25A 2XIDA 3P4IA 4J9OA 4MLEA 5J2BA 1B0XA 4KLLA 5JVGL 3PNCA 1S0OA 1QZ5A 1KBUA 3PUFA 3QFUA 4XEIA 3KBBA 2O8DB 3AQEA 3H0LB 8ICUA 4CGFA 1RT3A 2OPPA 4DFKA 2WFBA 3LP2A 4QZHA 1YF5L 2XI9A 2KZMA 2DKZA 2Q0RA 4YOVA 5CWRA 3SZ2A 1VSEA 4R64A 2E20A 5KG3A 1REVA 1RT5A 4CGDA 3OYHA 1RFQA 4ISFA 3TAGA 5CZ1A 3HYFA 3C5GA 4GIBA 3Q8RB 4DTRA 4FO6A 1KN5A 4F2RA 5ALMA 1RT1A 3FC4A 1EX4A 2HNDA 5E79U 1N36K 2W11A 3P31A 5DB9A 3UMCA 1YJNN 4CD3A 4QIWF 3LWLA 2E1YA 4NL9C 4PL1A 3ISBA 4JI7K 3MC1A 1ZQXA 4F50A 4UAVA 3LAKA 4CF3A 1C0FA 3CJ7A 5CYMA 4W5TA 1M1KO 5HR7A 4BRLA 3THYA 2O8EA 5HHHA 4B3OA 4PZOA 3UXNA 4G9BA 3TAFA 3D2EA 1QS4A 4IKFA 4CZEA 1T3VA 2E6LA 7ICUA 2JGAA 2MUTA 1Z19A 3GL1A 3L3FX 3R3LA 4F92B 5JMVA 4FPBA 1L8OA 4FJKA 2F8TA 2KP7A 4KX3A 4E19A 1IM4A 3ZI4A 2ATLA 1YXQA 1N5YA 2XGQA 4FLTA 3GV5B 3ASMA 4FJMA 2UVVA 4I9LA 4E7KA 4B8CA 1S1XA 4O3RA 2F9WA 4FPAA 4US8A 2WOMA 4FS1A 4O3MA 3OYMA 2NNWA 3A5OC 4BXOB 5CA7A 4KPYA 1L7OA 1QTMA 4M3XA 4X5VA 3QEAZ 1NGIA 5KFWA 8ICZA 3KZIU 2IA6A 5AI9A 2HSTA 2MA1A 1ZQLA 2HMIA 1Z25A 4CJLA 4QWDA 4DS5A 3JPNA 3ZYYX 3AVMA 3QEPA 4NLZA 4IWVA 3VA3A 3RBDA 3DRRA 3LYSA 4IFYA 3QO9A 3I28A 1DKGD 4FS2A 3O4WA 5AI5A 8ICGA 1NK0A 4FL9A 2EAMA 5DBBA 3ZSWA 3CJ1A 4DMNA 2QXFA 2EH9A 4MO4A 3MXIA 4N41A 1S1UA 1SUQA 3SUQA 4YDUA 1Z4OA 5EX5A 3TARA 4DF8A 1VQ7N 7ICIA 3H08A 3AMZA 2KHQA 5SZTA 3SUPA 3OBYA 2H3ZA 2W8KA 1BU6O 2GWKA 4U67L 1L7NA 1O13A 4P0PB 2NO4A 4DL4A 2K8BB 5DGAA 3N4QA 2EZYA 2JXJA 4CI6A 4M3WA 2Z1HA 4Y2UA 3EZ5A 4KTWA 1LAWA 3OVNA 1X9XA 3ZDDA 3EEQA 5AKEA 1YJ9N 4R63A 3N7SC 5DGBA 3PY8A 3S3MA 1VAZA 1ZQVA 4CBXA 1U49A 4ZOHC 4Z4CA 2X78A 3SJJA 2JMGA 1IO2A 1Q81O 3EYZA 1QSLA 1R0AA 5BOMA 4RPYA 3BY5A 1WSIA 4RUAA 2Y1JA 3D6JA 4OJLA 4F4XA 3HKZF 1BGXT 4XH4A 2P9NB 5HBMA 4GNIA 3OGUA 5AQOA 1EETA 4X64K 3CRXA 7ICHA 3KKSA 1BPEA 3RTVA 4NYNA 2QWLA 1FFVA 4LSNA 1VQNN 3E0FA 9ICCA 4KHNA 4XA5A 4QZFA 4FJHA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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1RFQA 3SAFA 4ISFA 5H1SQ 3KVGA 3A8YA 3SMSA 1TYQB 4JN4A 3VEZA 4PL7A 5JLHA 2MRLA 1PVRA 4DHYA 3OW2M 3P31A 2HOIA 4MLHA 3I55N 2HMPA 2QW9A 2E2PA 1BOTO 4JD2B 3FZMA 4CZHA 2AA4A 4ISGA 4P0QA 5AZJB 5FPNA 4CD3A 4QIWF 3M3ZA 1YJNN 2E1YA 2VYPA 3T69A 4PL1A 5AQHA 3A5NC 1QVGM 3IP4B 1KQSM 5BRDA 4AM6A 2LBOA 1W2BM 3F2BA 3MGVA 1P90A 1C0FA 4UY8O 1W97L 2ZGZA 3CJ7A 2YB4A 1M1KO 2P9UB 5HR7A 3CJAA 4BRLA 2K8CB 2KHVA 2FXUA 4H03B 4MO5A
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HBK A;  2HBL A;  2E1E A;  4NLC A;  2HBM A;  4CDG A;  1YT3 A;  2E1F A;  2RRD A;  1GO3 F;  2CPR A;  4QIW F;  3SAG A;  4QJF B;  2HBJ A;  4O3M A;  3SAH A;  2DGZ A;  2RHF A;  2KV2 A;  4NLB A;  1D8B A;  1WUD A;  4CGZ A;  3CYM A;  4OO1 J;  3SAF A;  5C0Y A;  2MA1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2K4H A;  1EXQ A;  4DKW A;  5GTH U;  3PW7 A;  4CEE A;  4EP5 A;  3HSC A;  2D5R A;  2EAO A;  4OGE A;  3CF5 L;  1HYV A;  4KAZ A;  7ICS A;  3MN9 A;  2KD1 A;  3L2R A;  1NKB A;  1S8O A;  4CDG A;  2P6R A;  3J81 O;  4O3O A;  4I29 A;  5EU7 A;  4GV6 A;  3IDH A;  2BQ3 A;  4PPX A;  3KTQ A;  4KH5 A;  2EZX A;  3QIO A;  2JEI A;  2CPR A;  3AVL A;  1WB9 A;  2NRV A;  5KT4 A;  2J4R A;  2OM6 A;  1NJI O;  4Y2T A;  4DR5 K;  4MQ3 A;  5HRN A;  3K5L A;  4M42 A;  1ZJM A;  5BPN A;  3CPE A;  4QWB A;  1RBR A;  5TZV A;  3MX2 A;  2J6S A;  4CHO A;  3SAF A;  5H1S Q;  4NXZ A;  3CM6 A;  1SKW A;  4IQU A;  3D45 A;  1H38 A;  3VEZ A;  9ICJ A;  3L3V A;  2MRL A;  1TKX A;  3NGY A;  3KLF A;  5HLF A;  1ZD2 P;  1PVR A;  3QUC A;  1FKO A;  3SV4 A;  3I55 N;  5KT7 A;  2QW9 A;  2Y9T A;  9ICX A;  2E2P A;  2JEF A;  1FKP A;  1NK8 A;  2RKI A;  3FZM A;  4CJR A;  1IV0 A;  4ISG A;  4CW7 B;  3JPO A;  1JUD A;  3HP6 A;  5FPN A;  3MDA A;  1KQS M;  5FRM A;  3T5H A;  5C42 A;  2VYP A;  3T69 A;  4DOB A;  5AQH A;  3V1O A;  3A5N C;  1QVG M;  4KHY A;  2KK0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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