2HBKA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Hydrolase, gene regulation
total genus 122
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbkA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbkA01
1WUDA 4QIWF 1YT3A 4QJFB 3SAHA 2HBMA 4NLBA 4NLCA 4CGZA 2CPRA 2HBKA 5C0YA 4O3MA 2HBLA 2HBJA 4CDGA 1D8BA 2DGZA 2E1EA 2RRDA 3SAGA 2E1FA 2KV2A 1GO3F 3CYMA 2RHFA 4OO1J 2MA1A 3SAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZD5A 4BR5A 2WTFA 5J8YA 1HNVA 4F4WA 1XNSA 2AA4A 3WKAA 3PIPL 3QXGA 3VQCA 3AO1A 4PHDA 1RT6A 4FFDA 1Z05A 2NRHA 3RVCA 3DOLA 2DFFA 4O0JA 3VQ7A 3IS9A 3PW2A 4U6PA 3TAMA 3OYFA 2KG5A 3BZKA 3A0IX 4CESA 5AQMA 2UYTA 4ED0A 1GLAG 4CRXA 3QUCA 4NY8A 3GQCA 3NH1A 3BS5B 1S22A 4YORA 3QESA 5KFUA 3AQFA 2HMXA 1JLQA 4OPJA 4I2JA 1ATNA 2YMQA 4FM2A 3TTFA 4Y2PA 3PO4A 4IG0A 4BC2A 2HNYA 4OPAA 3C5GA 1WCNA 5JLHA 3RJFA 1L8OA 5AKHA 2YB4A 2E5SA 1K5OA 5J2BA 5HOOA 3V9UA 2F77X 3AVGA 3QLHA 1H1VA 5CWRA 3PW0A 4RQ2A 4CFDA 5DM6L 2KE7A 1LWEA 2OPSA 2IHMA 2BPGA 4IOXA 1JL1A 1B4FA 2YKNA 1XMQK 2QK9A 3WNEA 2LKYA 1VQ4N 5L1MA 5B5EU 5KT4A 2ASMA 3OYDA 2A1JB 3O80A 4DV5K 3QU5A 4O8KA 7ICMA 1IKXA 1C0MA 3MEGA 1W9HA 1X6IA 4H03B 2P6UA 1X42A 3T1AA 2HF4A 2ASJA 2HHVA 4YMNA 3TI0A 4JEPA 3VEVA 2VIXA 2OYYA 4F71A 3C29A 3TAPA 5ALZA 1Z19A 1NK8A 3AVMA 4B6JA 1SQKA 3O8MA 4FYDA 2K8AA 1VK0A 4F5RA 4DFMA 3JSMA 1XI1A 1SV4A 4DFJA 1BWFO 1SS6A 4FLUA 9ICEA 2EAMA 1XC9A 5L1KA 3R9PA 3C2LA 4LJXA 4O4GA 3J7ZO 3N97B 4DTOA 3H8MA 3WEEB 1VQ7N 9ICJA 3SZ2A 3G10A 5C15A 2QI2A 4RQ7A 2D6FC 2WUSA 1P90A 1MA9B 4YCXA 4ISEA 2A1RA 4DR2K 1YI2N 3NUQA 3KK1A 4IQWA 2E20A 3SUOA 3UQ2A 3EEQA 5CYMA 3HOSA 3CG7A 4JYAK 9ICTA 3OJSA 1TKZA 3C6AA 2VWJA 3D2FA 2O4IA 5J0OA 3JPNA 4IFVA 3PW7A 2ALZA 5CE3A 5KQ8A 4ILJA 3U6FA 3G6VA 1TK0A 1HQUA 4CJSA 3CCMN 3KLGA 4QZBA 3VGLA 4ECVA 4GXKA 1SL2A 1O03A 1E3MA 2HOEA 2H5XA 4JRQA 4KTZA 1HNWK 1IV8A 1ZXIA 2Z7JA 5AHXA 5KTQA 1DTQA 4JI4K 4KREA 1HUOA 7ICGA 4HTUA 4UY8O 1ZQAA 5KFOA 5EOYA 4ECZA 1VJ5A 4UAZA 7ICVA 1LV5A 5KAFU 5DBAA 3HM8A 4Y2RA 5HNKA 1N5WA 1NK6A 2UU9K 3R1XA 5EXWA 4MLEA 3KD3A 2W8LA 4A62A 3C2MA 4BRFA 3E58A 3FC4A 3ZX0A 1LKYB 4M3TA 2H3ZA 1YVUA 3C0BA 3K4GA 4TURA 5BPMA 2NRXA 1OVQA 1K1QA 3OY9A 4AHSA 3CJBA 4EFHA 3CF5L 2WAQC 3VETA 3A5NC 8ICZA 2W9AA 3KHRA 1Q8IA 3H45C 2FF3B 3R6MA 4YY3K 1RDAA 4I2QA 4KLHA 4CJWA 3AO2A 4XIUA 1BGXT 4Z6FA 2OH2A 3I8BA 2BQ3A 1KTQA 2G5IB 5EX5A 3QIOA 3K58A 1ZBSA 2J6SA 2QWNA 3U8XA 3NTUA 3ISNC 4CDGA 2Q0ZX 4CF9A 4PGQA 3H8JA 3Q8PB 1IG6A 3QBXA 3OTQA 1ATSA 4CJPA 3AN1A 4W5NA 4JHDB 2LI6A 3MDQA 4PA1A 2CH6A 1QVFM 4KLMA 3M5RA 4W5OA 1OW5A 2P9UB 4XH5A 2QM1A 2JH7A 1QQ7A 4ECXA 4GV9A 4FS1A 2D1KA 1Q3UA 2E6MA 2DPJA 1RPLA 3V7JA 7ICIA 3MDAA 2BH1A 2FXUA 3RMCA 1VSJA 1F0MA 1B43A 3MC1A 4RNOA 4G3IA 4CGFA 5KG5A 8ICRA 2YJEA 5M1KA 3TFRA 1ZQOA 1TAUA 3QNOA 3MXIA 3BS5A 1A5XA 3NCIA 1X3NA 4M9HA 4NL9A 5J0YA 5D46A 2CRXA 5J0QA 1RG6A 3JXUA 3LDOA 4KPYA 3HKZF 4MFCA 3PSPA 1QZ6A 4XQ8A 4QWAA 1BIUA 4YR2A 1RDBA 2D0OA 5TZVA 2GOLA 2AGOA 2AQ4A 2KIVA 5AQJA 2JLEA 3C1ZA 5KL1B 3KHGA 2B0CA 3UM9A 2GEMA 5BRFA 2W04A 1BQMA 3MMVA 2DFLA 4GXJA 9ICCA 4DTPA 7ICOA 1WLJA 5KI6A 1M90O 2XY7A 4IO9L 3O1BA 4O8UA 4J9RA 4CEAA 2HHXA 1S0VA 1QH9A 1IH7A 1BPBA 2CGJA 4DR6K 3GDXA 3UXOA 4IG3A 4K4HA 4H5NA 2A1JA 4BACA 3Q8MA 1HYVA 4E1MA 3M9MB 1V4TA 3KKRA 2BUPA 3GIMA 3T1HK 1JLAA 3SNNA 4F3OA 3AVLA 3Q7BA 2UUAK 3AVBA 4Y1DA 2G06A 1NJXA 3OBWA 3GZFA 4Y2TA 1WBDA 4JUZA 1N60A 4R66A 3ALRA 3DI6A 5F9LA 1VQKN 4CEQA 1YITN 4YG2A 3PSTA 3HSTB 5D3GA 4EHUA 3C2KA 4UAVA 2BQRA 5M1OA 1REVA 1D9FA 4KO0A 4DKWA 4BRCA 2HOIA 2R8GA 2EHGA 3CQYA 2PFOA 2W43A 2CH5A 4OKKA 3HW8A 4ECWA 1HR0K 1N2XA 4W5TA 2W9CB 5EWEA 5ALIA 4K4IA 2Q4TA 5AM1A 5AQIA 4I2FA 1ZQFA 5J0SA 4BDZA 3SUPA 2RE2A 1ZQEA 4EBDA 3UKUB 4A8EA 3M8RA 8ICUA 2D0BA 5AQKA 3I0RA 4BR2A 5ALEA 2V52B 4WFAL 1IBLK 1WSJA 5JS1A 4B1ZA 3LVWA 4NLNA 4JWMA 4FE3A 4DU1A 4OGCA 4F5PA 4KTQA 1MU2A 3B9JA 2P9NB 4C0ZA 5AKIA 4YVZA 2R8JA 4B3MK 3BQTA 2ASPA 4H0XB 3HKZC 3GIJA 1GLDG 4U7CA 2W42A 1WSIA 4NLKA 8ICKA 9ICLA 1IKVA 4FS2A 3WK7A 5BR8K 1HNXK 4UB2A 3H8SA 3L2WA 2RN2A 3T1YK 4C7ZA 4KLIA 4JI2K 1ZQYA 4DO9A 1J5EK 3N7PD 4O5BA 4LSLA 5KFAA 3V6DA 1VDVA 3NF7A 4CJTA 3A5OC 3K1RB 1HJRA 4WYBA 1TUUA 3F53A 8ICSA 1NZBA 1BPDA 4P0QA 4W5QA 4OJRA 3BJYA 4B9LA 3O4WA 1Z1VA 4TUPA 2IS3A 2VWBA 4K43A 4AHTA 1VQ9N 4M42A 3U9ZA 5BOMA 5AM5A 1TVRA 1YF5L 5CHGA 2P66A 1SWWA 2E6LA 4JK8A 1LKYA 1N62A 3FM9A 4GV3A 4LF5K 3SUQA 3SQIA 3SYZA 1HPMA 3O3FA 1YXQA 4ECRA 2GWKA 4GC6A 2IOFA 4MEXA 1K8KA 2ASDA 4DL5A 1RBRA 4LH5A 4KHWA 1FK9A 2AJQA 4DL6A 2YN4A 1BIZA 4NXZA 1D4XA 1O08A 5AI9A 3R9KA 1YT3A 1ZQUA 4KLTA 8ICLA 4JS4A 2LSNA 3VEOA 1SV0A 4GVMA 3PX6A 4FJ9A 1D8YA 1QE1A 4US9A 4DR5K 5AQOA 2A41A 3HPOA 4ID5A 1T94A 2F8LA 2PI4A 1TKTA 5EU7A 2KJ9A 4FZZA 3ISBA 1S0OA 2XCAA 5AK4A 3OHBA 3M9NB 3E9PA 1PVRA 4JHDA 4FOIA 2YMMA 4ILGB 4OPHA 5HRNA 4N76A 5AR0A 2OM6A 1J5OA 2YB1A 2P9UA 3QFUA 4CGGA 1I3AA 3IN5A 1LW0A 2KQ2A 3KFUF 3HXMA 2QLTA 3ETRA 2HHUA 1R59O 4BG9A 4RZRA 3VQPA 3EPGA 3ORYA 5ADXH 1SL0A 1ZXOA 2YI1A 3VQ8A 4M6WB 3AO3A 1BUPA 3D6RA 1U4BA 3ZT1A 3LZJA 2XVTA 3PR5B 4BRDA 4TUQA 2Q3SA 3E66A 3KK7A 4Q45A 1NBWA 1S9EA 1JLGA 3QDKA 4O3RA 2HBLA 5DB7A 3Q8QB 1GLLO 3ZSYA 1LCUA 5AQVA 4F5QA 3Q8SB 5KFHA 3NH0A 3QU9A 3FZKA 2EZZA 5EE9A 4RQ3A 3OYCA 1V4SA 7ICKA 9ICHA 1XC3A 1JLBA 1NK4A 2AGPA 4ELTA 1TAQA 3AY9A 3O3HA 4FWRA 4O3QA 3ULEA 4YHHK 4FLXA 5DG9A 2YNGA 4RW8A 3EKUA 5GINA 4RQNA 3TACB 1LWCA 3MGVA 4BE2A 4F72A 1VQON 1RQLA 4BR9A 4A5AA 1X1PA 4G9ZA 1PUZA 5CR0A 5GADP 3NMUA 2WTUA 4B8CA 4UW9A 4IR9A 1OH6A 4WQ4C 2R8KA 2NLXA 3CJ9A 4BY9C 1JJ2M 4CF5A 2ITGA 4IOAL 2E3TA 2EAOA 5ALPA 2ZXHA 1LW2A 1RFQA 1VAZA 2B5JA 3WNGA 4CF8A 1QLNA 1T3NA 5M1PA 3S41A 4B9QA 1U2VB 3A5MC 5JLFA 1VQMN 3CIPA 3K75D 1S0MA 2ES6A 3BQ7A 5E79U 3CCEN 2AU0A 1VQ8N 4KLUA 3OVNA 4FJGA 4YR3A 2W9CA 4PPXA 5KT2A 3TU5A 4Z4IA 3QEXA 4JKDA 3B0YA 5HMMA 3TSQA 3VQBA 3I8DA 3MR5A 4DV3K 3O5BA 3UKUA 3OW2M 3ZDAA 4WQ4A 4DV1K 3K57A 3ZX3A 2E88A 5LMNK 1A77A 3TSUA 1NJIO 2NUBA 2Z1JA 1XWLA 3AU2A 1J97A 2P9NA 3PX4A 2R18A 4YD2A 4R79A 3H1VX 8ICNA 1S1VA 4QAGA 2GUIA 5KFFA 3PW5A 2H3QA 1QQOA 4QOZB 4I28A 1V38A 3C5FA 3OYLA 5M1NA 1HJPA 4TSXA 1OVYA 1IV0A 4FZNA 3DXMB 4JI0K 4KHPK 5ALUA 3SR6A 4Y2VA 4O3MA 3PSFA 5GAGP 5C2FA 1NNEA 2A19A 2K4HA 3ZX2A 4M3WA 3D2QA 3MGIA 4J9LA 3B6PA 4H0TB 4KHSA 4FLZA 1J2MA 1DRGA 3U26A 3EN9A 3SLCA 5KAIU 4M04A 5C12A 4AHUA 4F50A 4KLOA 7ICEA 3V9ZA 1LAVA 1ZQ1C 5F9NA 2P9IB 5AQYA 3IRXA 5DM7L 1OUQA 2IOFK 4XH1A 2GLEA 2OTLN 5D4BA 3CC7N 1LAWA 4ZOHC 4EX7A 4CZLA 4H5VA 1CEZA 2AGQA 3VEWA 4QS9A 4L3QA 2KZMA 3V81A 3LVVA 8ICOA 1KQSM 3UKRB 3IFRA 4M0AA 2UVVA 1ESVA 2XRIA 4J9NA 3O1WA 3ED5A 4IFEA 2HHWA 3UMCA 1XSPA 3LANA 3R8EA 2JXJA 3MN7A 2ITMA 5KFQA 4KHNA 4DQIA 4FWNA 1WB9A 5J2GA 1MN8A 3NVWA 1I39A 2BDPA 2VWKA 3AAQA 3WK5A 2DGZA 3ULDA 3M3ZA 1L7MA 3WK4A 3S3MA 3VOVA 2O8FB 3MWPA 3NVYA 1SL1A 5EWFA 2A40A 5KG7A 2FPMA 3KKAC 2M0NA 4B9MA 1RT1A 3GIKA 1E4GT 4CIEA 4U7BA 4B3SK 3GFKB 5J0XA 1T44A 5J2CA 4Q43A 4CD3A 3F9KA 5M1QA 4JI5K 1KSPA 5HBMA 2G8IA 3NVMA 4KTWA 3FFKB 2PXIA 5GTIU 4F4KA 5ALFA 2LYBA 2W7OA 1SXEA 3H7IA 1DK2A 5AQUA 5KFMA 2LHTA 5AKKA 3RB4A 1ZBHA 3NFAA 5C0YA 2QWMA 2C28A 3RBEA 1ZQRA 3AA5X 1C0FA 3VEZA 2KICA 3LAKA 2I6XA 1HIWA 1K6YA 3BEXA 4RQ4A 1F21A 2KV2A 2OZMA 5IILA 3QUQA 4O5KA 3PSIA 4F5NA 3SUNA 3M1YA 5KPRA 2OZSA 3UMBA 2G5HB 4M3UA 3CC4N 4CK2A 4RQ1A 5J0WA 1NK7A 3MCAB 1ZQIA 4LH4A 4FO6A 4EEYA 1VSEA 2FJ6A 3C6HA 3IKMA 1CLQA 3JPTA 2Q1NA 4Y2UA 2KHQA 2ZTDA 1TUYA 4FSVA 1CZBA 4Z0UA 3CCUN 1Q9XA 3I0SA 4J2BA 9ICPA 3LZIA 5JS2A 4OGEA 1VQ6N 4PL2A 5EE0A 3ZSVA 2P9KB 3GV7B 3C21A 4XRHA 5AQNA 3B0XA 4I9QA 3ZD8A 5I9EB 3BZCA 3FZLA 2NYVA 2VA8A 3QU7A 1GO3F 3T79A 4N5SA 4K41A 3C23A 4CFBA 1EO1A 4E1NA 7ICSA 3ATVA 2PYJA 4V19S 8ICGA 3ISDA 2ZXIA 3T3FA 1N56A 4CGJA 4I2EA 3CD6N 8ICBA 1HUZA 5HL7L 4M7YA 4I7FA 4KLGA 3M9OB 8ICPA 5C24A 5F0XA 2BKEA 2I5HA 4RQ5A 1ZBUA 4QWBA 4GVEA 1BPZA 2ZM6K 2FMSA 1M1KO 2G8FA 3WK9A 4OKEA 1PK3A 4KBOA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WUD A;  4QIW F;  1YT3 A;  4QJF B;  3SAH A;  2HBM A;  4NLB A;  4NLC A;  4CGZ A;  2CPR A;  2HBK A;  5C0Y A;  4O3M A;  2HBL A;  2HBJ A;  4CDG A;  1D8B A;  2DGZ A;  2E1E A;  2RRD A;  3SAG A;  2E1F A;  2KV2 A;  1GO3 F;  3CYM A;  2RHF A;  4OO1 J;  2MA1 A;  3SAF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4IS7 A;  3AQE A;  3V6J A;  4FOE A;  4KFB A;  2KVS A;  2PBD A;  4IJA A;  1JCE A;  4RT2 A;  1TV9 A;  2BR0 A;  4JKB A;  4BQZ A;  8ICC A;  1ARO P;  1KKX A;  3CJC A;  3NGZ A;  5J2Q A;  4AQY K;  1S97 A;  4B1X B;  5KFI A;  2ZUD A;  1SV0 C;  2CXY A;  4F4X A;  1X9S A;  3TAF A;  2OYQ A;  4OX9 K;  1BA1 A;  4M45 A;  3CFR A;  1RNH A;  2KIW A;  3GIL A;  5KFV A;  4CCH A;  8ICJ A;  2KJ5 A;  2BCQ A;  5AZI A;  1U48 A;  3IV6 A;  1NK9 A;  2PFN A;  2K60 A;  3H0M B;  3QEI A;  1NLV A;  5DKW A;  4YOU A;  7ICU A;  2D4W A;  4CHP A;  1PK1 A;  2FMP A;  1S1X A;  2P9S A;  4CHQ A;  3W0L A;  3V6K A;  3FAH A;  1RTI A;  5AQG A;  2BGW A;  2IVP A;  2OEH A;  3CQ8 A;  1PZN A;  2VG5 A;  1KN5 A;  4QZG A;  5IIN A;  2W03 A;  1ZQL A;  3CFP A;  2VYP A;  3NDK A;  3WT0 A;  3IP4 B;  1ZRN A;  5DDM A;  1VQ5 N;  2WB1 F;  1HRH A;  4JK7 A;  3IG8 A;  4BRL A;  5J0P A;  4DU3 A;  1L7N A;  4FLV A;  2OTJ N;  4JI3 K;  2HCF A;  1E4F T;  2ZJ8 A;  3AA3 A;  1BNP A;  2NZT A;  2XGQ A;  4I2C A;  4UBC A;  4YDU A;  2IVO A;  3ZET B;  1IG9 A;  4CNQ A;  2WHE A; 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 2UXD K;  3F2B A;  4DOC A;  4QZH A;  4C4S A;  5AFU A;  2DWQ A;  4CK1 A;  1GOC A;  4W5R A;  3TFS A;  4IWV A;  5E84 A;  4A57 A;  4AH9 A;  3VA0 A;  4UB3 A;  1BG3 A;  1X66 A;  1W7A A;  1NWK A;  4JNE A;  2Q31 A;  4MO4 A;  4B1W B;  3M8Q A;  2BZF A;  1NNL A;  3AAP A;  4IR1 A;  1N48 A;  5GIP A;  1ITG A;  1J9A A;  3LL3 A;  1IG8 A;  2W9B A;  2WFA A;  1LB2 B;  2E8A A;  2KZZ A;  2QWR A;  2YNI A;  3CP8 A;  3AUO A;  5AQQ A;  5AM4 A;  1KXP A;  5E26 A;  5FPD A;  2YMP A;  1G15 A;  2UUC K;  3RH4 A;  4NLG A;  3RR7 A;  4EBE A;  1C7Y A;  1GOA A;  2Y9U A;  4BWJ A;  1A5V A;  4Y2S A;  3JPP A;  5AKY A;  4PL8 A;  3HO1 A;  1NOY A;  4KAZ A;  4KMO B;  1HUX A;  4K4G A;  4C23 A;  2WFB A;  3CC2 N;  1NOZ A;  1ZQQ A;  3Q8K A;  4UB1 A;  2IHN A;  2O8E A;  4JB3 A;  1P8Z A;  1XNQ K;  4FLW A;  4DQR A;  2O8B A;  4FWL A;  5ALM A;  3LP2 A;  3OYA A;  3L2R A;  5I42 A;  3DEE A;  3LK9 A;  2KTQ A;  4FL9 A;  1EXN A;  4CJF A;  5AQL A;  4FVU A;  4ZTJ A;  4KN7 A;  2Q36 A;  2YX8 A;  3H08 A;  3P1G A;  5LY3 A;  2QA4 N;  4O55 A;  2ZJR L;  1S1T A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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