2HBKA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Hydrolase, gene regulation
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 122
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbkA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbkA01
4NLCA 1GO3F 4OO1J 3SAHA 2HBMA 2E1EA 2KV2A 3SAGA 2HBJA 4CDGA 2HBKA 1D8BA 2RHFA 2MA1A 4QJFB 2RRDA 4O3MA 5C0YA 4CGZA 2CPRA 2HBLA 3CYMA 2E1FA 1WUDA 4QIWF 1YT3A 2DGZA 3SAFA 4NLBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
9ICOA 2Y1IA 3SV3A 1PK1B 5AQWA 4TSXA 3J7AP 3RVCA 4JUZA 5AQTA 2KIWA 4RQ0A 4IQWA 3IRXA 1VQLN 4BDPA 4J9MA 2NO5A 3HZ6A 4A8EA 4CEFA 2A1RA 3WK8A 2O8EB 5GAEP 4IR1A 1D9DA 5AQLA 3V9ZA 4XUSA 4DFDA 3IS9A 2LYAA 2QKKA 4YFUA 3TAFA 2H3IA 4KLDA 3RB0A 4IJNA 4A57A 4CEQA 1DEJA 5CWRA 4E1MA 3JSMA 5AZIB 4KV8A 3TAEA 1ATRA 3Q7BA 3LM9A 3H0LB 4Y2QA 5AQFA 4GV3A 3KLFA 4I2FA 4KLTA 3G71N 1BL3A 2LI6A 3QMLA 3M9NB 1ZQMA 5KFHA 1JXBA 4BRQA 3EPGA 4EZ6A 3IDWA 2LYBA 3B6PA 4ELTA 4RNOA 2E1ZA 3MEGA 1GOCA 2QXLA 5ALFA 3HP6A 3VEWA 4QZDA 3RWUA 3OYIA 5HRNA 1UCVA 5D46A 3TAPA 5CJ7A 2B6GA 4GMJB 1UT5A 1NGGA 4JKEA 5ALXA 5JRTA 3DYAA 4FJJA 4RQ4A 1O08A 2P5GA 3JPQA 3AVKA 3F53A 1BQNA 2BZFA 3SUPA 5KFCA 3MN5A 3AVBA 3QBWA 3TADC 1IJJA 3PY8A 3O3GA 3KBBA 2J6SA 2UXBK 5J0RA 3RTVA 4CJRA 4IFVA 1UPHA 1KC8O 3MR3A 1YZ6A 1RYRA 3IV6A 4JK1A 1QSYA 3GV7B 4CJUA 2HBJA 3D2SA 4W5RA 3CCEN 3AQFA 3AVLA 3S41A 5CHIA 3PSPA 3PIPL 2XGQA 4BRHA 4HYKA 1QQ5A 1K1QA 1B9FA 4CJ5A 3CC4N 3UB5A 4C8KA 4OKEA 1UWBA 3LANA 2A1SA 1IKVA 5ALIA 4Z6EA 2ZJ5A 4DHYA 4GV9A 1ZRNA 3UKUA 3KD1E 1XQSC 1S0NA 4CJSA 4BWJA 3LDAA 4IFYA 5T7BA 1KCFA 5ALDA 2G8IA 4Z94A 2OEHA 5H1SQ 4EENA 1U47A 1ZOLA 3TR8A 5KFRA 1I94K 3H8MA 3UQ2A 3T69A 3WQTA 3V9SA 2O8FB 1NZBA 3HRDD 7ICMA 4CIFA 3WNHA 5EWGA 2V4RA 3KOOA 5C0YA 3CERA 1NI3A 2LKYA 3AVHA 2G5IB 4KFBA 3AVGA 4BE0A 3HJEA 4CNQA 2V4QA 3AA4A 2ATLA 4B3SK 2UXDK 4M9LA 1WCNA 1U9LA 2Y0SF 3SEIA 4MLHA 3FZFA 1P7DA 1IXRA 1XC9A 4KB1A 1SV5A 2GUIA 5KG6A 2V52B 5BN8A 1GLDG 4CHZA 3EO3A 2G8KA 4BRFA 5TZVA 4MO5A 3PMNA 2D6FC 3G0ZA 1EXNA 2YHBA 3LZIA 1HMVA 2GWJA 1S0VA 4CECA 3VGLA 4YR3A 1UT8A 3F5TA 1BPYA 1GLBG 4USAA 1BNPA 3PR4A 2H3QA 1ZD5A 1EKEA 2ATQA 3H3OB 4I2PA 4PZNA 5AR0A 2DTUA 2P35A 1PK3A 2AGQA 3Q8MA 3QNMA 2O8CA 1V9PA 3PW4A 2W41A 5AFUA 3M9OB 5I9EB 4FWKA 4BE1A 2P9PB 4GC7A 3GIMA 5HMLA 1CZBA 4CERA 3L2VA 1JL2A 2G8WA 3WXIA 4JI0K 1S8OA 4K8ZA 1GO3F 3D6JA 4C23A 4Y2PA 2ZJQL 4WQ4C 3NRWA 2YNIA 3B9JA 4E7JA 4E19A 4KTQA 3U6FA 3BQ7A 3HPOA 4JKHA 1FKPA 3CRXA 1X42A 1B22A 4QCLA 9ICUA 5KT3A 4HVJA 1NOMA 4CZMA 1VRUA 9ICKA 4H4OA 3HO1A 4KTZA 4LFBK 3C7NB 2O4GA 7ICJA 1L8LA 4LH5A 3FM9A 3CC2N 3RAQA 1DGSA 5KFGA 3U26A 3B0YA 4PL2A 4U7CA 3CCQN 3QEVA 3SCXA 1ZQUA 3M6KA 5HR6A 2XVTA 2E20A 4WF9L 4KKOA 3A5OC 3K5MA 1NM1A 1RT4A 4KI4A 3T5KA 4FWQA 4CZIA 3FC4A 5C42A 4CEEA 3LDOA 5AQVA 3J7YP 1SQKA 1CRXA 4I2BA 4FZLA 3CP8A 3U9DA 3ALYA 3QNOA 2MUTA 1Y97A 5J0SA 4PKHA 1WSIA 1RFQA 3RBEA 3NF6A 3BDPA 2H3VA 2AQ4A 4JMUA 3LAKA 4FWPA 5DBBA 1FKOA 4FLUA 4DL6A 1ZBSA 5AKZA 4DSIA 3C95A 3VGMA 2W42A 2O8FA 2FXUA 4KREA 4IG0A 4O5BA 1TL1A 2FMQA 4J2EA 3WK4A 7ICSA 4J9PA 3AVNA 2O8DB 3C1YA 2KVCA 1F0MA 1NGDA 2LHTA 4UAZA 2HSTA 4UB4A 3C5GA 7ICQA 1RZTA 1ASVA 3WKAA 4Z0UA 4A61A 3P31A 1C0GA 2QLTA 5AI9A 2RP5A 1RTIA 3AVJA 1YUWA 4RQ5A 4B9TA 9ICRA 5AQOA 1T4GA 4PHPA 2ITMA 3C5FA 1QHAA 1UHUA 4LJXA 5FPNA 3VQCA 4NLBA 3K75D 3F9KA 4EYIB 3DRRA 2HI0A 3SMPA 4QZHA 3GIJA 1DTQA 3BS7A 4Z4IA 5AKIA 3ORYA 3SUNA 2NRZA 1WUAA 2KZ3A 2WAQF 4I6MB 2WFBA 4ICAA 7ICFA 1EO1A 1HKGA 4NO7A 3OHAA 4YXJA 4KHWA 2EANA 2ZTDA 3A2FA 1FXXA 3BP8A 8ICFA 4JI2K 3Q8PB 4ECWA 3H1VX 3NGZA 2VG6A 4C8LA 3GQCA 4EX7A 4F2RA 4NM1A 1RDFA 3EZWA 3VQ4A 1QCKA 4Q8EA 1LCUA 4PUOA 4US8A 3PSTA 3PSFA 3VQQA 2ZIUB 4BR9A 1RT3A 1JXEA 4K42A 4YN4A 5CR4A 3TPQA 4Y1CA 3KK3A 4BG9A 2DQNB 3L5KA 4I2IA 2E2QA 3GV5B 1E4GT 3AQEA 4K41A 1ZQLA 2YKNA 1SWWA 3IG8A 3NVZA 3N4MB 8ICPA 1ZD2P 2NRHA 1ZQKA 4F4ZA 4H0XB 3KLIA 1IH7A 2FF6A 1HNWK 5ADXA 2Q1NA 3ATVA 2YMPA 1X66A 2B4JA 4E7LA 1NJYA 5KFPA 1UOCA 3HBTA 3V6DA 3CJAA 5KG0A 3F2CA 2W43A 4UASA 5C10A 3HSCA 2BHNA 4PQUA 4NLGA 2G08A 1HUXA 3DOLA 2LYHA 2BKEA 3ENBA 1VLBA 4QW8A 3TFRA 3UXOA 1MA7A 2A3ZA 2KQ2A 3EKSA 3WK7A 4CJEA 4YOXA 4DU3A 3OSNA 4KI6A 2P9UB 2RHKA 1JXLA 3U9ZA 3KLHA 3MWTA 4QWEA 4CZGA 1JN3A 4RG8A 1WBBA 1JCGA 1Q8IA 1AQ6A 4YR0A 2EAOA 3LDPA 5LMNK 3MFHA 2JRZA 1W2BM 2MA1A 2KIVA 4YMNA 1L7OA 3HKZC 4NB4A 1CZAN 3DI6A 3AL0B 4JKCA 5JICA 3HYFA 3OBWA 4YXMA 2FBTA 1S72N 1EP4A 1RBRA 4O5KA 1RM6C 3QU7A 5J0PA 2JEGA 3VMFB 4DV3K 2A6AA 4LFAK 3IKMA 1HPZA 1RBSA 1B92A 3OYBA 4CE9A 1S1TA 3C6UA 3OW2M 1VAZA 4YMOA 2K4HA 5KQ8A 5KT6A 3M3ZA 1S97A 4IO9L 4IZ9A 4XH5A 5ALLA 1FK9A 3UKRA 4B1WB 1ZQFA 4PJ0U 3HTVA 3BY5A 3V1RA 2CH5A 5EWEA 1RQLA 4MF2A 2YHWA 3LDQA 3N4QA 3OYNA 4MEYA 1W9HA 4KX5A 4M6WA 1RBTA 2FF3B 3SR6A 5BRHA 5BREA 4FO6A 2YV0X 2FBVA 1KVCA 5AI6A 4B1YB 1VSFA 4B9NA 3K2PA 3PV8A 5AKHA 4RWTA 3E01A 3LP1A 1RGIA 1HJRA 1RXVA 3N4PA 4NYFA 5BOLA 3ISNC 4OKJA 1BWFO 4HWIA 4DV1K 1Z19A 2IOFK 4EP4A 2HBMA 4J9NA 2IA6A 1ZQOA 3BF1A 5KI6A 2PFPA 5GADP 3SQ4A 1X1PA 2JZBB 3SD7A 4M9HA 4ZTFA 4NWIA 3O4WA 1VSLA 1MA9B 4BG8A 2DPJA 1DGJA 4CBWA 1RCHA 4OJ6A 5DBCA 5KG4A 1ESVA 2ZIUA 3QDKA 3K57A 2A1AA 5IIKA 3DLRA 5D3GA 3WXKA 1WSEA 1ZRMA 1U6ZA 1RTJA 3KKRA 1KD1O 4CJTA 1VQKN 2BR0A 1QH9A 3VEYA 1SZ2A 2P51A 3TTDA 5DKWA 2Z1IA 3DXMA 4CF1A 4HHTA 1L3VA 3QNNA 1WOQA 1FFUA 4P4MA 3V9WA 2JWKA 4DV4K 4FFDA 4YQWA 9ICXA 3RMDA 4FJMA 4CZJA 1C0TA 2VGNA 3VA3A 3NGIA 5KFJA 4FJIA 5J2NA 4DOAA 1CXQA 4DTMA 2F1IA 3OY9A 2KFZA 2IIRA 4CGJA 4DKWA 2BUPA 5A2QO 2ZIWA 4EBDA 4HCBA 4B1UB 4DS5A 3PW0A 4MEXA 1D9FA 2FMSA 9ICBA 2YNHA 2HBLA 2HVHA 2A3VA 4JD2A 4CEBA 5JVGL 2P5OA 4QZAA 4N76A 1MC8A 3TFSA 4NV0A 3CCSN 4RW9A 2GX9A 1B4FA 4P0QA 1T6DA 4OKKA 4NJ8A 3MN6A 2R8IA 4ILGB 1A5VA 2VWKA 3MXJA 8ICKA 2FJ6A 4ZOHC 3T79A 2HDOA 4M0AA 2FBXA 2GO7A 4Z4CA 3SUOA 1LW0A 5TKYA 3W0LA 2FC0A 4HUGA 1BVSA 3ULDA 1X9WA 5AKYA 2QWRA 3ISBA 4ECVA 5HR7A 4CK1A 2E5LK 1ZQYA 5DQHA 2I6XA 3ICXA 4P4PA 1Z26A 5EXWA 4B1ZA 2W11A 3VEXA 3OSPA 3CXCM 1SV4A 3BGRA 4BACA 3MR6A 4IG3A 4BXOB 1CEZA 2D0CA 4AF1A 5BPNA 5M1QA 4F8RA 2P1JA 3ZCMA 4BRIA 4EHTA 4QZEA 1W97L 1J97A 1Z05A 3EE9A 2ZUCA 2KSOB 4JK9A 4CGGA 3OYFA 1QQOA 2ISOA 4JN4A 3DLGA 2Q3SA 3UKRB 3NVYA 2ZD1A 2BGGA 2IOCA 4DV6K 1VQ5N 8ICNA 4I27A 4O3RA 5KFIA 4IEEA 2OYYA 1T3NA 1VRTA 2EZZA 1J6ZA 1JKHA 2FPMA 3LVWA 1BG3A 1O1WA 3D2EA 2JR5A 2JHDA 2F1HA 1X6IA 3VQ8A 3GZFA 3TQ1A 1A6SA 1RDUA 3JPSA 4O44A 3ZT4A 4ECYA 4DO9A 1VSEA 4QWDA 1WG8A 1M1KO 4DR2K 2B5JA 3OJUA 9ICVA 1T3VA 5SWMA 4CJ7A 3K9KA 4O8UA 3I0RA 3MGHA 1TAUA 3CCRN 2F4VK 2O8BA 4GIBA 3BS5A 1IKXA 1S6PA 2Q36A 2PMZC 5AZJB 4FJHA 3BQ1A 5J0YA 3THYA 3C1ZA 5TKWA 3R9KA 3P39A 2E3TA 2FSJA 2P9IB 1S5JA 1SXEA 4CF8A 2F7TA 2F44A 5AKKA 7ICKA 5EOZA 1DT9A 2BANA 2NYVA 4RNMA 4O5FA 4KPYA 3AO2A 4DTNA 4PY5A 1MDUB 3DXMB 1COOA 5ALJA 1N63A 4BR5A 4BGDA 1RT1A 3U4LA 7ICGA 4IL6U 2KJ8A 2I5JA 4TQRA 3RR8A 5AKXA 5BRDA 2UVVA 4NLNA 2ZXHA 2DFHA 3H8WA 1BGXT 4UAWA 2VWBA 4OX9K 2NV3A 1K8KA 1SXDA 2Y9UA 4K4HA 3SI8A 1JCFA 2DFLA 1BPZA 2MAXA 4R8UB 1QTMA 2VGMA 3DMJA 4DTJA 4FL9A 1P90A 1KAYA 2KW4A 1TV9A 2Q31A 2IGIA 3PW2A 1JX4A 3KTQA 2JEIA 2KZZA 3M1FA 4A59A 2ZG6A 3GDQA 4PL8A 1Z1VA 1JLQA 4F5RA 2FPLA 1S1VA 4Z6CA 5KTQA 5L1JA 1TGOA 5E41A 1C0UA 4WYBA 4OCZA 1HQUA 2QW9A 2ALZA 1TKDA 3WNFA 1FO4A 3NASA 3JS6A 3UMBA 4N56A 4J2DA 2WF5A 3C29A 5CRXA 1HLUA 1LVHA 3P83D 4N47A 3M8RA 3D2FA 4PPXA 3SPYA 1LWFA 5JTIA 2WF7A 1VDVA 3BQ0A 1RDDA 4BC4A 2PI4A 4I2AA 3CJCA 2RPIA 3DM2A 3SENA 1MN8A 3MXIA 2BCQA 4ECTA 2EAMA 4GXKA 3RJJA 3NUQA 3AA3A 3ZSVA 2A1JB 3LWLA 2JH7A 4Z6DA 4DFJA 1NGHA 3QLHA 4H4MA 5AQJA 4AHVA 3O9RA 3L8BA 1XMQK 2DUYA 2VYPA 1X9MA 4DSEA 3L4QA 3K58A 1RILA 1J2NA 5B5EU 4MO4A 1QQ6A 4M2YA 1XSLA 3HM8A 1RT2A 2G8HA 4UBCA 2NRWA 3T7ZA 4PHAA 3VENA 3MR2A 3RH5A 2FE9A 2KTQA 4BGAA 4LC9B 4CGFA 4ECSA 2H3GX 1X2IA 3WEEB 3T3FA 5LJWA 1P8ZA 4Y2RA 2R8GA 3AA2A 3G25A 3KK2A 1X9XA 3ZI4A 1IO2A 5M1NA 5IIMA 2G8UA 3VF4A 1JALA 4M3XA 3RAXA 2ZQBA 4CDGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NLC A;  1GO3 F;  4OO1 J;  3SAH A;  2HBM A;  2E1E A;  2KV2 A;  3SAG A;  2HBJ A;  4CDG A;  2HBK A;  1D8B A;  2RHF A;  2MA1 A;  4QJF B;  2RRD A;  4O3M A;  5C0Y A;  4CGZ A;  2CPR A;  2HBL A;  3CYM A;  2E1F A;  1WUD A;  4QIW F;  1YT3 A;  2DGZ A;  3SAF A;  4NLB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3TAD C;  1IJJ A;  3PY8 A;  3O3G A;  3KBB A;  2J6S A;  2UXB K;  5J0R A;  3RTV A;  4CJR A;  4IFV A;  1UPH A;  1KC8 O;  3MR3 A;  1YZ6 A;  1RYR A;  3IV6 A;  4JK1 A;  1QSY A;  3GV7 B;  4CJU A;  2HBJ A;  3D2S A;  4W5R A;  3CCE N;  3AQF A;  3AVL A;  3S41 A;  5CHI A;  3PSP A;  3PIP L;  2XGQ A;  4BRH A;  4HYK A;  1QQ5 A;  1K1Q A;  1B9F A;  4CJ5 A;  3CC4 N;  3UB5 A;  4C8K A;  4OKE A;  1UWB A;  3LAN A;  2A1S A;  1IKV A;  5ALI A;  4Z6E A;  2ZJ5 A;  4DHY A;  4GV9 A;  1ZRN A;  3UKU A;  3KD1 E;  1XQS C;  1S0N A;  4CJS A;  4BWJ A;  3LDA A;  4IFY A;  5T7B A;  1KCF A;  5ALD A;  2G8I A;  4Z94 A;  2OEH A;  5H1S Q;  4EEN A;  1U47 A;  1ZOL A;  3TR8 A;  5KFR A;  1I94 K;  3H8M A;  3UQ2 A;  3T69 A;  3WQT A;  3V9S A;  2O8F B;  1NZB A;  3HRD D;  7ICM A;  4CIF A;  3WNH A;  5EWG A;  2V4R A;  3KOO A;  5C0Y A;  3CER A;  1NI3 A;  2LKY A;  3AVH A;  2G5I B;  4KFB A;  3AVG A;  4BE0 A;  3HJE A;  4CNQ A;  2V4Q A;  3AA4 A;  2ATL A;  4B3S K;  2UXD K;  4M9L A;  1WCN A;  1U9L A;  2Y0S F;  3SEI A;  4MLH A;  3FZF A;  1P7D A;  1IXR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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