2HBKA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 122
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbkA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbkA01
2HBJA 3CYMA 2HBKA 4CGZA 4QJFB 2HBLA 4NLBA 4NLCA 2CPRA 2RHFA 1WUDA 2DGZA 4CDGA 1D8BA 3SAGA 3SAHA 2RRDA 5C0YA 2E1FA 1YT3A 2KV2A 4QIWF 3SAFA 2E1EA 4OO1J 2HBMA 2MA1A 1GO3F 4O3MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RJFA 1SAZA 2D4WA 3WXKA 5ALUA 4CHOA 3O3HA 2O8DB 8ICUA 2JR5A 4GC6A 2QTDA 2HMPA 4OJ6A 5HMMA 3V72A 3L4QA 3CCUN 4GKJK 2YMPA 4WF9L 2DTUA 2CPRA 2YNHA 3VA3A 1HLUA 4WJ3B 4CDGA 5DG7A 3C0BA 4DV2K 1ZBHA 1XO1A 3C2MA 1ASVA 3ONNA 4G3IA 1MU2A 3MN5A 2A42A 4F5NA 5EX5A 5D46A 9ICAA 7ICUA 4KI6A 2HMIA 4FWRA 1QZ5A 4BE0A 4PZOA 4QZFA 3LM2A 4I28A 3KHYA 2KKZA 4UB4A 5KFPA 5F3XB 1K5OA 2JHDA 3OA9A 3BQTA 3F2KA 1KKXA 3CC2N 4CEZA 2M9NA 2DFLA 4KLUA 3SV3A 2UU9K 2FLNA 4DL2A 2HHQA 5CR0A 4BC5A 1K6YA 5FROA 5CRXA 5AZIB 2BPFA 3C7NB 1N63A 4MQ3A 4EX7A 5KFLA 2F8LA 3TAQA 3HOTA 1UAXA 5CE3A 5AI0A 4I2IA 5AQTA 3RJHA 4BRQA 3AU6A 2Q1NA 4MFBA 2A1AA 1MWMA 2Z1GA 1BISA 5IIKA 3HYFA 4U6PA 4BR0A 5KFTA 2ZD1A 2F3NA 2NO5A 1NK6A 5CHGA 1B4FA 1O1WA 3RSEA 5J0UA 3IN5A 2GV9A 1L7MA 1DK3A 2OCEA 1NKCA 1Q7YO 4DV1K 2EWSA 4C7ZA 3QXGA 2I7PA 5L1KA 1HUXA 1ZBFA 3WXLA 3RBEA 1X9SA 1KQQA 1RTJA 3UQ2A 5A0LA 4FPAA 4JI3K 3ISBA 8ICHA 1HUOA 3FM9A 1Z1VA 2YTUA 3V1QA 2O8DA 3PSFA 5HR6A 1ZXIA 4ICLA 3CCQN 1I94K 3C95A 2ZJQL 1IBKK 5KG6A 3SZ2A 4DG1A 3THYB 3D2NA 4YG2A 2K4PA 4Z6EA 3AA4A 4FLXA 1JL2A 3T79A 4H0PA 4CF0A 3FC4A 1ZQOA 2GH1A 2WTFA 2YQEA 1WOQA 2GUIA 4KTZA 3ZSQA 5KPZA 2VKQA 2JEIA 3EKSA 9ICSA 2KHOA 3CYMA 3CP8A 3MX5A 4FE3A 3M8SA 5CJ7A 1DGJA 4O8KA 4RT3A 4WFBL 4CI6A 1NGHA 1N48A 3QB0A 3CCRN 3ZSOA 4H0XB 5AZIA 4LF5K 4Y2QA 3GIJA 2ZGZA 4RW9A 3C7NA 4CD1A 4DV4K 3CQYA 3B9JA 3V6HA 7ICTA 4IDHA 3I1YA 1UWBA 1T94A 4C4SA 1RT3A 1AROP 4O5KA 1Q3UA 5F9NA 4CFCA 4CZLA 3HPGA 2P5OA 7ICLA 2E1YA 4EENA 4B9NA 2XHBA 5IIOA 1S72N 1UT5A 1ZQDA 3OYDA 4EYHB 3J7AP 1UT8A 7ICFA 2YN4A 3M5RA 1YZ7A 4EP5A 2GOLA 4CF8A 1XMOK 4TUSA 4HVJA 4RW8A 3KHLA 5M1QA 3OYCA 3MBYA 4G1QA 3UXOA 1WBBA 2QKBA 1IBLK 2EZXA 4KITB 4B1XB 4KHWA 1JJ2M 4FLZA 4LJXA 3LZJA 5HP1A 2LYHA 4LZDA 2BQRA 4BR7A 1RQLA 3D2QA 5AKIA 3EE8A 3JPRA 4F4YA 4CW7B 2W9AA 4ED0A 1KQSM 1BQNA 1S9FA 3WQTA 1ZBIA 3RF9A 1SWVA 2ALZA 1X40A 2YHYA 4EEYA 4DEZA 1KLNA 3O8MA 2ZTDA 4LVSA 3CCEN 2X78A 3WKDA 3S3NA 1WSHA 5ADXH 3VQAA 3S3MA 5C24A 1YJ9N 4M9LA 2V9WA 1K1SA 1RFQA 7ICGA 4FXDA 2QI2A 1W0HA 4B1WB 2YNFA 3MDAA 4FZXC 3L0QA 4FW2A 4WFAL 1U04A 3I8DA 2F1HA 2A1SA 5CWRA 4CF9A 4LFAK 4FWNA 3M1FA 4RW4A 1ZQLA 3L4IA 4BRAA 4F5RA 5J2PA 5AQNA 4GXKA 4NLNA 4UAUA 2GELA 3AL0B 3HXMA 3DLLL 4JWNA 4K0KK 3RWUA 5H1SQ 4EZ9A 2XCAA 5BPMA 3THVA 2NV3A 2BCRA 3PMNA 3TARA 3NVZA 2ETJA 5BR9A 4M3RA 1QSYA 1HJRA 1H38A 3V4IA 3UXNA 2Q0UA 3FDSA 2HBKA 2C2RA 4UY8O 4W5NA 5SZTA 4IFEA 4JEPA 4CIEA 5AKHA 3WK5A 1XWLA 2F4VK 5KFFA 2VQFK 3V7LA 4K41A 1U47A 3PO4A 2KTQA 5L1JA 3ZT1A 4CIFA 1JN3A 2KOBA 1HYVA 3FZMA 3PR5B 2QW9A 4PHAA 1NOYA 3UB5A 4LF7K 3SNNA 4P0PB 3GG4A 1ZQCA 3C6HA 3AEVA 3VEYA 3MWPA 4F4ZA 2WB1F 3SI6A 3MR2A 4O5CA 3SPZA 3FZFA 3QUTA 3GV8B 1NGFA 4JS4A 3DAWA 4Z0UA 1L3SA 3C1ZA 1RCHA 4N41A 3LAMA 3T1YK 4JAXA 1R59O 5KFHA 1WLJA 1BOTO 4H5WA 2D3DA 5ALIA 1KL9A 2W55A 2QB0B 4TQSA 4RQ8A 2DPJA 1B22A 1SUQA 2ZF5O 2W41A 3AVNA 4BGBA 1S5JA 1EWRA 4BRLA 2BCVA 5T7BA 3RJIA 1HQUA 3MR3A 3D45A 3F9MA 5AICA 5BN8A 3M8PA 2XY7A 2KLAA 1YAGA 3OHAA 2HBMA 2ZIVB 5AI5A 3HRGA 5KAFU 3OYBA 5KFCA 4E1MA 3BQ7A 2HHSA 4TQRA 3WK9A 1Q46A 5IIMA 4IDKA 2B6AA 2IVPA 1QTMA 1BUPA 2K4EA 3NGYA 5HL7L 4DSKA 2UUBK 3V9XA 1VRTA 1KVAA 1BPDA 2OPSA 2OPRA 1FXXA 3TADA 1BQMA 3SAHA 3VQ6A 7ICIA 2J6UA 2UVUA 5HRRA 4YCXA 2P35A 4KLQA 1ZQYA 1SKRA 4I2EA 4J2BA 1PK3A 1GLDG 3O9SA 1WUAA 4IEEA 1OH5A 3QYPA 4RT2A 4EZ6A 4ZHRA 4DQ8A 3AAQA 4BWMA 4IFYA 3CJCA 4NXZA 2P9LA 3AM9A 2R8HA 5KT5A 2F9WA 8ICXA 1VSFA 3JPTA 4XH4A 3KHRA 1J5EK 4EHUA 1D9FA 5J2BA 2OEHA 4GMJB 2E6LA 3THWB 5AM1A 2UUCK 2PFPA 3AV9A 1UA1A 9ICQA 4P0PA 9ICWA 3M6ZA 4Q8EA 1NBWA 4HCBA 2KIVA 3ZSYA 3QNMA 4C8MA 2XY6A 1C0TA 3ED5A 2BQUA 2KIWA 4DOBA 1BWFO 2HNZA 1YJNN 4KLLA 3SJJA 4KX3A 1Z3EB 3OS0A 3KWIA 2QB1A 2A3VA 2LM1A 5KT2A 3Q8QB 3TACB 1Q8IA 2P9UB 2D0OA 4CGFA 3KK7A 4UAYA 3KJVA 4CCHA 1X9MA 1JX4A 1HJPA 2QWQA 4IKFA 2IOHA 1PVPA 4KLHA 3O9QA 1GLJO 5J0TA 4JYAK 5J2AA 1SL0A 3C6TA 4FZLA 5CY4A 4QZ9A 1N36K 3NRZA 3CJAA 3HP9A 3VQ4A 3QNOA 3PSTA 5D3GA 3O4WA 2RPIA 2ZIVA 1BPZA 2LYAA 4MLEA 3A0IX 5AK6A 3UE5A 1X6JA 1JLAA 4I2FA 3RH4A 1NGAA 2OXOA 1HMVA 1P90A 1S6PA 3M8RA 2E2OA 4RW7A 5AFUH 1WCLA 3RMCA 4RQ4A 2EAPA 2Q4TA 5G5HA 4PGYA 4NV0A 4UAVA 8ICLA 1E4FT 2GUPA 1EQYA 4Z94A 1K8AO 8ICGA 2HCFA 4CHQA 3IHQB 5FP0A 2ZJ8A 3ZI4A 1J9AA 3LP1A 5AQYA 4DTNA 4M3YA 3QUQA 2P5GA 2UVRA 1W9HA 3AUOA 2BGGA 2QLTA 4C4RA 4A57A 4I9QA 4ECTA 4BWJA 3NMUA 4F93B 4RPZA 3A2FA 4Y0WA 3M6GA 3EN9A 3VOVA 4F4XA 3AVFA 3MFIA 2BZFA 4B3TK 2D0BA 9ICIA 3THWA 3O1WA 1L6NA 1CZ9A 2FF3B 3T5JA 2KJ9A 3TANA 4RQ5A 2Q31A 3CW2C 1QQ6A 5AM4A 3DXKB 1RDDA 2XY5A 4FK0A 4DSFA 2B6GA 2HSTA 4JRQA 3HO1A 3QEXA 1GLAG 4UB1A 3GQCA 1U45A 2Y9UA 3AA5X 1HYZA 1VSMA 5MLCQ 1J53A 1GOCA 4A8EA 4FS2A 3AVGA 3ATUA 2P9UA 3KLGA 4OD0A 1XUPO 3HWTA 3SPYA 5CB1A 4F91B 3U3YA 4CJSA 1VQMN 2HHWA 1QHTA 4IL6U 4E7JA 4J9NA 1IH7A 3C6AA 1NJXA 1KDHA 1NOZA 3FFIA 5DG9A 1NK5A 1IV0A 1W2BM 3FGUA 4ED7A 3H6EA 4FLTA 4AHUA 3BS7A 5IIJA 4BDPA 3VMFB 3SAFA 1BVSA 1IXRA 1V4SA 4FWOA 1FFUA 4JV5K 4DR6K 4XH5A 5ALJA 1U4BA 3HBTA 2FMQA 3D2EB 2F1IA 3C65A 3S41A 4Z6CA 3CJBA 1TKDA 4M6WB 2E20A 2PZSA 4CF2A 3CPEA 4FWPA 5AI9A 2O8FB 5DM7L 3ZT2A 2PI4A 3NVYA 4OJOA 3M9NB 2JMGA 1PUZA 9ICPA 4KLSA 8ICBA 4B3RK 1QQOA 4WQ5C 1IO2A 4UB3A 2RRDA 4BC2A 3J81O 2E1FA 4CEEA 5KFUA 4FWQA 4LF6K 2Q0ZX 3SUPA 3UKUB 2HOEA 2IOFA 4LFCK 5J2CA 2N1RA 4AHTA 5AQSA 1COOA 2XO7A 2KJ8A 4PKHA 4B8CA 8ICQA 5ALSA 4H0VB 1KAXA 1KXPA 4DCHA 4JV2A 4EAHD 3ICXA 5EE1A 2KEYA 2AGPA 2WONA 4O3PA 4PGQA 1RNHA 2WF7A 1FK9A 1Q82O 5AK3A 4GC7A 1SKWA 1UPHA 2E8PA 2OZSA 1GLBG 2NRHA 3LDQA 2G8IA 1NGCA 2ZXIA 4Z4CA 4FJGA 1QQMA 2QKQA 2LBOA 3UM9A 8ICSA 1S6QA 4BREA 2RN2A 2Z1HA 4J9MA 4CZIA 3C28A 3CI5A 4UAZA 3PV8A 1MWKA 2JZBA 3TQ1A 3U9ZA 4HUGA 3Q8KA 3G6VA 5B66U 1L7OA 3VC8A 2KNJA 4JKHA 4YD2A 4BDYA 4KHYA 2QWLA 3LPTA 3ZX0A 4J9OA 1A6SA 4JD2B 3WUHA 3ZSXA 3S9HA 2MAXA 4KBOA 4CZJA 3HVRA 2L5YA 3DLBA 3H3OB 5KG4A 3PZPA 1C6VA 4B1UB 3OVNA 4GV6A 3D2EA 3PY8A 1QLNA 2JWKA 1WUDA 4I2JA 3Q8LA 4KLEA 4KLMA 1SQKA 4FOIA 4KKOA 2XC9A 4UBCA 5C2DA 5J2FA 2HF3A 3SI8A 4IOCL 1RTDA 4M6WA 1LVHA 1U9LA 3MWTA 3V6KA 2W04A 3L3FX 4FWMA 1X9XA 2O8FA 3PUFA 3DRSA 3H3NO 2Y1JA 4KMOB 5J2JA 2MUTB 5ALTA 5KFRA 1VQLN 1BI4B 3IDHA 4BR2A 3L2QA 4HUFA 4IQVA 2ZG6A 7ICKA 4JN4A 2KZZA 4JV0A 2ISPA 5JMVA 1Q9YA 2E2QA 5KG1A 4CEAA 5AM3A 3UKUA 5DLFA 5AQZA 2W7PA 1KD1O 4HWIA 9ICJA 1M1KO 3OYHA 2IAJA 4R65A 1ATRA 2HOQA 3RR8A 5KFWA 4JS5A 4FWKA 3AO5A 4FK4A 4BC4A 4BC3A 1Z00B 1L8OA 1ZYQA 3O1BA 4KX5A 5AQFA 3V9ZA 1NK4A 1S9GA 4UARA 4DTXA 3C23A 4RQ1A 3VEWA 1VQNN 3TSPA 3I56N 2G09A 1VLBA 3OPXA 4PY5A 1OVQA 3NHGA 4JV1A 3VEZA 3VQQA 3KD1E 1QQCA 2HOFA 2VQEK 5HNKA 1WSEA 4Y2JA 3SQ4A 5IWAK 4QJFB 4LZGA 2G8FA 4LH5A 2IVOA 4W5QA 4J2AA 3IRUA 1V4TA 1NNEA 1KEJA 1NNLA 3RB3A 3RB6A 5BOLA 2I5JA 4LF4K 9ICBA 4NXMK 2RHKA 1RQNA 4FWLA 2BE2A 4DV3K 2DUYA 4G9ZA 4QWBA 1BCOA 2JRZA 2AQ4A 1DT9A 4YDUA 4YOVA 4KHNA 1L3UA 4IZ9A 5AQWA 1PVQA 1NJIO 3EZWA 1SXDA 3H8SA 2FBXA 1V85A 5EY4A 4PL2A 3SMSA 2K8CB 3TTDA 1RT4A 5DG8A 1NJWA 1NK7A 2HB5A 3BZKA 3AN1A 4ZTJA 4UBBA 8ICOA 2MUTA 2YI1A 3U9DA 5ALYA 1BI4A 5DGBA 5A2QO 1IG9A 4NYFA 1CXQA 2IOFK 1H1VA 3A5MC 1BPYA 3SR6A 4CF3A 2AJQA 4RQ2A 5TISU 1Z6RA 4QIWC 3JSMA 3KOOA 4OJ5A 1YVUA 2J6TA 2PI5A 2RQ5A 2QWNA 4C23A 1TKTA 3QIPA 4DTPA 1ATSA 3LDOA 3C5FA 5DBBA 3ZSVA 4FYDA 1RG6A 2OZMA 5J2IA 2Y1IA 1XNRK 5C25A 5JLFA 4DSIA 4QW9A 4ECUA 4L3QA 1U6ZA 3AA2A 5KQDA 1F0MA 4OLBA 2ZUDA 2YJEA 1VQ9N 3SBGA 3HTVA 8ICAA 4FW1A 2AQ0A 1MQ2A 3SUNA 1K73O 2YMLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HBJ A;  3CYM A;  2HBK A;  4CGZ A;  4QJF B;  2HBL A;  4NLB A;  4NLC A;  2CPR A;  2RHF A;  1WUD A;  2DGZ A;  4CDG A;  1D8B A;  3SAG A;  3SAH A;  2RRD A;  5C0Y A;  2E1F A;  1YT3 A;  2KV2 A;  4QIW F;  3SAF A;  2E1E A;  4OO1 J;  2HBM A;  2MA1 A;  1GO3 F;  4O3M A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3NUQ A;  1UHU A;  2NO4 A;  3JXU A;  3KFU F;  3NFA A;  1YIT N;  3E1Y A;  3K5M A;  1ZRM A;  2QM1 A;  5TKW A;  3V6J A;  4LF8 K;  3MK6 A;  4LSN A;  3HT3 A;  1XO0 A;  3GFK B;  3PW2 A;  3JS6 A;  3R9K A;  4CGH A;  2BCS A;  3FFK B;  4AHS A;  5DQH A;  2G5I B;  2GWS A;  4E89 A;  1TAM A;  3NAS A;  4RZR A;  1XSP A;  5KL1 B;  4IJA A;  2B5J A;  3R3L A;  2ZJR L;  4P0Q B;  3AVM A;  3H08 A;  2E5S A;  4UW9 A;  3HST B;  3P39 A;  1BA1 A;  4KPY A;  2XIC A;  4P2H A;  1K8K A;  3F53 A;  4DB3 A;  3H4B A;  4IO9 L;  4UB5 A;  2JEF A;  3FR0 A;  5KT6 A;  4Y2Y A;  2QWM A;  2AHO B;  2HOI A;  3KZX A;  4PL1 A;  4DU4 A;  3HKZ C;  1P7D A;  5J2K A;  2C28 A;  2OYY A;  4HYK A;  3MCP A;  1ZJM A;  2DY4 A;  1YT3 A;  4KTW A;  3NVW A;  2QWR A;  1NZB A;  4QWE A;  4DLE A;  1S9E A;  2QB0 A;  2D8C A;  4FJL A;  2YJF A;  2GEM A;  3HZ6 A;  2EZZ A;  2ATQ A;  2MA1 A;  3MR6 A;  3LM9 A;  2CH6 A;  4Y2P A;  3IKM A;  1VSE A;  3CXC M;  2KSO A;  5D49 A;  3SK3 A;  1LKY B;  4YDU C;  1Q8K A;  1S77 D;  2XRI A;  1YTU A;  3VQ9 A;  2WF8 A;  3CER A;  2D6F C; 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 4BR5 A;  1VK0 A;  1X9J A;  3OYI A;  4QW8 A;  7ICE A;  1HKC A;  2P9P A;  3L2R A;  1NMN A;  2KVC A;  2B21 A;  5AI6 A;  4DR5 K;  1N33 K;  1ILY A;  3WNF A;  3IG5 A;  5AQO A;  4DWI A;  5FPN A;  3RRH A;  4W5T A;  5D4B A;  2W54 A;  4O3O A;  2AGO A;  2NRV A;  1REV A;  3W3D A;  3ID8 A;  1S76 D;  3D7E O;  4CZE A;  2ES6 A;  2JLE A;  1TE2 A;  2C2E A;  4X64 K;  5AIB A;  3EY1 A;  5DQI A;  3OHR A;  2E1Z A;  3HIL A;  3ENH A;  2R18 A;  2RDJ A;  1LWF A;  4FJ5 A;  5E41 A;  1S1X A;  1SXE A;  4JK7 A;  5AQP A;  3NE6 A;  2WAQ F;  1ZD2 P;  3VER A;  2W03 A;  2BH1 A;  1XC9 A;  1BCM A;  1YXQ A;  3AVI A;  4BGA A;  3QEW A;  1Z00 A;  1Q9X A;  2P6R A;  3ZYY X;  1CRX A;  4DS4 A;  3ATV A;  1TK5 A;  3MN9 A;  3ZSW A;  4R8U B;  4IR9 A;  4QAG A;  2YMM A;  3GIK A;  4CJR A;  3G6X A;  4IRD A;  2KFN A;  3VN5 A;  4CGZ A;  2W7O A;  2P9I A;  2R7Y A;  1MA9 B;  3VQ8 A;  3QLH A;  2VJ4 A;  2VGM A;  4ZTF A;  1TAU A;  3CQ8 A;  1Q3V A;  4KN4 A;  4CF1 A;  5DB7 A;  3LDA A;  3RSE B;  3T1A A;  4QZ8 A;  3G25 A;  2DKX A;  3VTI A;  5BPC A;  1KFT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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