2HBKA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase, gene regulation
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 122
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbkA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbkA01
2E1EA 3SAGA 5C0YA 2HBKA 1WUDA 2RRDA 3CYMA 2CPRA 2HBJA 1D8BA 4NLCA 2E1FA 3SAHA 4QJFB 4CGZA 2HBLA 1YT3A 4CDGA 2HBMA 4O3MA 1GO3F 2DGZA 4QIWF 2KV2A 2MA1A 4OO1J 4NLBA 2RHFA 3SAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FWMA 3I33A 1UWBA 4FJ9A 3SAGA 3TU5A 5AZJB 4X5VA 1NNLA 1J2NA 2ZIUB 2OWOA 1JKHA 3HM8A 4J2EA 1BPZA 4KITB 4CZFA 1I3AA 4BC4A 4C8MA 1X3MA 3GE1A 4I2FA 3S6JA 4EEKA 2NV3A 2P9UA 4QWDA 3K2PA 4Y2JA 5D4BA 2ATLA 3S3MA 5J0WA 5AQTA 1HQEA 3O8MA 4BRAA 2QARB 5ALFA 4CJ7A 3B0YA 3OA9A 4QS7A 4H8KA 1Q3VA 4MFFA 1S0NA 4JI1K 1KC8O 1NNEA 1S5JA 3KKRA 4NYNA 1FKPA 2QXFA 1BQNA 3SNNA 5LMNK 1U4BA 1Q8KA 1JLBA 3LDAA 4B08A 5J2DA 3CD6N 1KQSM 2JRZA 3U9DA 3G6VA 5T7BA 1TV6A 3OYLA 2B6GA 3ITHA 2EDUA 5KFOA 5J2IA 3RRHA 4DV7K 2P51A 1RNHA 3FZMA 2ASJA 2O8BA 4QNLA 3RJHA 4OPJA 2IGIA 5AZIA 1YVNA 3OYGA 2ETJA 1ZQMA 2K8CB 3NDKA 2FI1A 1SAZA 5AICA 4J9OA 1BG3A 1L3VA 2WF6A 4YCXA 3SAFA 1TYQB 3VEOA 3K1ZA 4RW7A 5LMUK 3CP8A 1Y64A 8ICRA 2QB0B 1KL9A 4FLVA 4XQ8A 3N97B 1UAXA 1BU6O 3PIPL 3RR7A 2C28A 3K0SA 2E8OA 2V4QA 3OVNA 4N56A 4N5SA 2GELA 3KZIU 2C22A 4J9LA 1ZQDA 3MN6A 3CF5L 2LKYA 4LSLA 3FZHA 4KTWA 3M8PA 4KLIA 4CFDA 1XO0A 1OH6A 3GL1A 4B9NA 2QXLA 4J03A 2EWSA 5IIIA 3MDAA 2F3NA 2GLEA 2QB1A 2HNYA 2BGGA 3ZETB 4BRQA 1M1KO 2F2AB 1EP4A 1RXWA 3OY9A 2E4LA 3C5GA 2OYYA 4MO5A 8ICYA 3OHRA 3RRGA 1Z1VA 4HUGA 2PY5A 3D2NA 3P39A 4OD0A 1ZRMA 5TZVA 2GWKA 2XVTA 5KG4A 4M3WA 2P9IA 4OJ5A 3RR8A 3BEXA 2YMPA 4R79A 2P66A 3KOOA 2ZTDA 5AQQA 2AQ0A 5IIJA 1N33K 2F1IA 1QTMA 1FW6A 3O9RA 3RBDA 5ALDA 3ID8A 1T3VA 4EHUA 1S8OA 4NCAA 1DK3A 5CJ7A 3ISCA 1S76D 1TUUA 2W6LA 4YOTA 4JS5A 3BQ0A 3SMSA 4B1ZA 4GKKK 1QSLA 4NB4A 2NO5A 2ZF5O 4KHPK 3QBWA 2QLTA 1VRUA 3LVWA 4I2QA 1N63A 4I27A 3AY9A 3O3GA 2GWJA 4MQ3A 1ATNA 1ZQYA 1Z1BA 2K4EA 4FPBA 1LAVA 1ZQXA 3ZX2A 5AR0A 1QVFM 1JROA 1LAWA 3BS5A 1WSHA 2FBYA 4M9NA 3FLCO 3MEDA 5K4LA 3DRSA 4CEEA 5J0YA 3AVJA 2D8CA 3LAMA 3MDQA 2Z7JA 3I0RA 2QKKA 3T5HA 1XSNA 2LYHA 4J9RA 4QZHA 4PQUA 1HR0K 4O4GA 3ZYYX 3ATVA 4QWCA 1PUZA 5BRFA 4IG3A 4B3SK 3O4NA 3D2QA 1VQ8N 1FFVA 2Y1IA 2PYLA 1L7MA 4KFBA 1IV8A 1JXEA 2AH5A 4C80A 3MWPA 4B8AB 5ALHA 4H5NA 3NBPA 3CM5A 3EY1A 2KE7A 3FAHA 4IBNA 2RP5A 4DTOA 3WK7A 2XIDA 1QZ6A 1SUQA 3D2EB 5ALRA 3VQQA 1CLQA 1ZQQA 3CQXA 4AM6A 1IG9A 3QU4A 4JWNA 1ASUA 1BDGA 1S77D 3T1YK 3CCUN 4CZHA 2PYJA 3MFIA 3UQ2A 3QEPA 4DR6K 3QUBA 1ATSA 1Z26A 4U7CA 5HP4A 4BWJA 1JIHA 1TE2A 3M1FA 4U7BA 4FO0A 2F77X 4ECZA 2DFHA 2W43A 3ZSWA 4KKOA 4ZH4A 1Z3EB 2W9AA 1BA1A 5BR8K 4ECQA 9ICWA 4CJUA 1F5SA 8ICCA 2HHWA 4DV2K 1NK8A 4JKCA 4OGEA 5AQOA 3TSQA 3I76A 1REVA 3LK9A 1IJJA 3K1RB 2FJ6A 2FSNA 5KFCA 2XCAA 3K4GA 3P83D 1HJPA 5KGXA 4LFBK 2QWMA 5KT3A 1JJ2M 1ZQRA 3V72A 3DXKB 1NKBA 4ICLA 2O8DB 4E1MA 4US8A 4IO9L 4ZTFA 3OYNA 3F2CA 2NYVA 2VCPA 4M45A 5DB9A 3V7LA 5HRPA 5CYQA 3V1QA 3ZSQA 4B3TK 1BCOA 1IG6A 4IEIA 5AQJA 1U2VA 3GU3A 3SV3A 2WTFA 9ICBA 4IQWA 2V51B 2W7OA 4KMUA 4ECUA 1EWRA 3WK8A 1X9XA 3KK2A 1XMQK 4FJGA 2DKZA 9ICTA 4BRGA 3NF7A 4XIUA 5IT9O 3QEAZ 4L8RB 3GBTA 5I42A 4B9MA 1U45A 1K73O 5J2FA 2HNZA 1VLBA 1NGHA 5KG2A 1COOA 2W3SA 1T6CA 2A40A 1ZQVA 1VQPN 3V6JA 3LL3A 3AVCA 4FLYA 3H0RB 1NKCA 2IC3A 2RE2A 3AN1A 4KHYA 5AKYA 4OLBA 3SQ0A 1DGKN 4DV1K 2V4RA 2B4JA 4CNQA 4OJLA 2DTUA 2HB5A 3LDOA 1F44A 4CZJA 2CXYA 3CCRN 2OANA 2ZUBA 1ZXOA 5EWEA 3WKCA 3TTDA 3WXLA 1NBWA 2Y0SC 3I8DA 3RB3A 4ILGB 2KD1A 5J2JA 1X42A 3A2FA 4RG8A 1QZ5A 3EKUA 5KFMA 1FKOA 3H1QA 3U8XA 4FZXC 2EAMA 1VQ6N 1IKWA 4JN4A 4H0TB 1VRTA 3F2BA 4O5BA 3TANA 4O44A 4BVOA 3OSPA 2AXTU 1RDFA 1PZNA 4BX9C 2YJFA 1NK6A 4B1UB 5M1NA 3SJHA 2AGPA 5GIPA 3PSTA 1Z6RA 3ZX0A 3LZJA 1OH5A 4CF3A 5KFFA 2I7PA 4ED0A 1ZQHA 4AP9A 3LP1A 3VPZA 4DTRA 1U9LA 3VQ7A 4FCYA 2D6FC 3R3LA 3V6DA 5EOYA 5C2DA 1HJOA 2D3DA 1RBTA 1CRXA 7ICFA 2DPNA 5HP1A 3OBWA 4CFCA 2UUBK 3AU2A 4C7ZA 1NI3A 4CECA 4FZZA 4YG2A 1KBUA 3VQBA 3CCEN 3HL8A 4O3MA 3VETA 1T03A 5KFXA 3O4WA 2NNWA 1N48A 3M9MB 4JI4K 4BC5A 4DR7K 4QZCA 4DV6K 5ALLA 4AYBC 4DL6A 4NLBA 4QW9A 2I5HA 1TK0A 2H3FA 2BCRA 1GLCG 2KQ2A 3A0HU 3R6MA 1B4FA 4AHUA 4Y2QA 4JI5K 1C6VA 3KLFA 4DOAA 4NXNK 2E6LA 4OPAA 5FPNA 2XY5A 2HVIA 4FW1A 3OYBA 4C1NK 4RPZA 1ASVA 2JEJA 4JHDB 3DOLA 4OJRA 3KHLA 2KLAA 1N5WA 4UW9A 4CK2A 3GFKB 3VCBA 4O9MA 2D5RA 4BWMA 3MN5A 4BQZA 3WXJA 4DQPA 1DK2A 4MFAA 1W0HA 3TSPA 4USAA 2HOIA 2O6KA 2JEIA 2IBKA 4CEZA 5KFLA 4G9ZA 1NJWA 1E3MA 2BQUA 5ALSA 2P9KA 3A8YA 4C1NI 1BISA 5KQ8A 3MR5A 1PVPA 1BPXA 3TWHA 4IQTA 3IKMA 3TAGA 3MCAB 4M6WA 3CC2N 1X66A 3SBGA 4O3PA 1OVYA 4DFMA 4BE2A 3VA0A 3SV4A 4QJFB 5H1SQ 4AILC 1KKXA 3MECA 1JLQA 1C1AA 5KFAA 4YORA 3V1RA 3OJUA 4KHWA 5C12A 5KFKA 3HTVA 3ZSVA 3HRGA 2VA2A 4F9OA 2E2QA 4ELTA 4CZEA 4ED8A 3UM9A 4AHCA 3KHYA 3G71N 1V9PA 4HAIA 1D5AA 1S9GA 4OX9K 1WUAA 3SYZA 3WUHA 4B1YB 1BPEA 4OCZA 4UAWA 3UB5A 3CCJN 5HNKA 3EW9A 4C8OA 3QZ7A 1XSPA 3RVCA 4BRMA 3T69A 2P5GA 4RNMA 4DFKA 5IILA 4DS4A 3KKSA 3TAEA 4PY5A 1OXJA 4YOXA 3HJFA 3AVHA 1YT3A 4H5TA 1COKA 3WXIA 4M2YA 3KZXA 4CZLA 3VEYA 4Z6CA 4CRXA 4FYDA 2XRIA 8ICGA 3LVVA 2FMQA 4AH9A 2UXDK 8ICKA 4XH4A 4CIEA 3Q8SB 1L3UA 2KJ9A 4YXMA 1XNSA 4OO1J 2WUSA 3VEWA 3OYMA 2NRTA 3FYHA 2ZE2A 4K8ZA 2K8AA 4DL7A 2LBOA 2ITMA 1NGGA 1HYVA 1SS6A 4NXZA 2ASPA 3CJBA 3QEWA 4YXJA 1FO4A 2W04A 5DK5A 2W6KA 1L7OA 3PW4A 3SI6A 4RWTA 3QICA 1IBMK 3CYMA 1CEZA 2VQFK 4US9A 4JAXA 4Z4GA 3QERA 4GFJA 4EELA 5FLXO 4IQUA 4KV8A 3B6PA 1SL2A 1UOCA 3MXMA 1TL1A 3PSIA 4MEYA 2HHVA 4JKGB 3FFKB 5AM1A 1BQMA 4F4KA 3SQ4A 1N36K 1FIQA 3C23A 3L2WA 3HVRA 3ATUA 4YMOA 2MAXA 2W9BA 3NGYA 3DLEA 3IP4B 4KLDA 7ICKA 4H0XB 5F1XA 2UVRA 5AM2A 2KSOB 1QQNA 2D0PA 3FGUA 1RTIA 1OH7A 1ESVA 2E1YA 5LJWA 5HR6A 2O4GA 3GOIA 2W55A 4FVMA 4K4IA 3NCIA 1SV5A 5KPRA 1SB3C 3IDWA 5DG7A 2P9NB 3H08A 1SZPA 1RZTA 3VTHA 3OYCA 1TK5A 2Z1HA 1DLOA 3ZDBA 2LI6A 5EE1A 3CXCM 3WNGA 3I28A 1I39A 1RGIA 2VIXA 3RSEA 4E1JA 3QEIA 3RJJA 4NCBA 3DEEA 2XC9A 2IAJA 4MFBA 4MLHA 4ECVA 4XA5A 1NGDA 9ICVA 3TAMA 3IG5A 3THYA 2E1ZA 1LWCA 3ED5A 2WC9A 2LHTA 4JV0A 1ZQ1C 3KVGA 2KJ5A 4ACOA 4DTJA 3T79A 2Q36A 5BREA 3O3HA 4B3OA 2DFFA 4F4XA 4I9LA 2O8CB 3S9HA 2IIRA 4IRDA 4BRDA 3CCLN 3LAKA 1RFQA 2Q1NA 2EAPA 5IWAK 4CHNA 1SGGA 3CW2C 5J0SA 3R1XA 1S9FA 3O3FA 4DV0K 1SV0C 1TFRA 2E2NA 1RDDA 1YXQA 5AI4A 2GUIA 3HKZC 4N76A 3C65A 4KTZA 1ZQEA 8ICNA 3MX5A 3LYSA 1HRHA 2FBVA 2YMQA 2YNHA 5ALTA 4U67L 2KNJA 4KLLA 4ISGA 1C1CA 4CZGA 3M7DA 3HP6A 5E41A 9ICLA 5ALWA 4BJQA 3O9UA 2X6NA 3C6AA 2KHQA 4GLXA 4F8RA 1VAZA 3TKAA 1C0FA 1VSJA 1YI2N 1HKGA 2X74A 4H4OA 1ZQKA 5KG6A 2F4VK 2MSNA 5ALQA 3NH0A 4Y2TA 2HHUA 3NVZA 1HJRA 4CEAA 4BG8A 4ECYA 2IHNA 8ICZA 5M1OA 3PW7A 2RKIA 2ZGZA 3NFAA 4R66A 7ICHA 9ICMA 5AQGA 1Z00B 5KFZA 4JD2B 3SJJA 2K60A 3MEEA 1X9JA 3SUPA 1VSFA 3H46O 3SK3A 3VQEA 1QCKA 8ICLA 3C95A 2RRDA 1NMDA 1QSYA 2CPRA 3WKEA 4QZ8A 5J0UA 2AGOA 3QFUA 4IDHA 4JI6K 2DPIA 3WKBA 2PI4A 5KFDA 1YTAA 2DWQA 5C5JA 4Z4HA 4Q8FA 4JV5K 4YN4A 2K89A 5KGWA 5EE3A 1JX4A 1K9MO 3WQTA 2A6AA 5CA7A 5HHIA 1S6PA 3UIQA 4ED3A 7ICUA 3EZWA 4WFBL 1V38A 3L4PA 2DPJA 2XGQA 2I6XA 1MQ3A 4CHZA 3MABA 3V9XA 3HOSA 2CGLA 4FSVA 4JK9A 5DM6L 3S3OA 4FWNA 4GXJA 4CJWA 2LMRA 3RH4A 3ZT1A 4W5RA 1S5LU 1WCNA 1JLEA 7ICOA 3KLHA 5J2QA 5GTHU 4CF9A 4P0QA 1O08A 3HI0A 2ASLA 5CHIA 1L8OA 2IOFA 3UMGA 1KXPA 2Q0UA 2ZIVA 4F5OA 2NO4A 1UCVA 4TUSA 3A0BU 3CJ7A 3G10A 4HWIA 2EANA 1LB2B 4CHQA 5CZ1A 3AVBA 3THXA 3SENA 4I6MB 3KJVA 2IMWP 2IVNA 3K9KA 4PZNA 1NGCA 9ICNA 3JPSA 3FR0A 2W9CA 5AM0A 3QXGA 4PKIA 5DB7A 3NH1A 3NHGA 2Z1GA 2MUTB 2VJ5A 3MBYA 3LALA 3VGMA 2ISOA 3C6TA 1ZBUA 3ZT4A 2P6UA 2CH5A 4IO8A 3CJCA 2FLNA 4P0PB 2KVCA 4BRHA 4Y0WA 3PO4A 3VEVA 3C2MA 2VWJA 1PK1A 4NYFA 1MSWD 2KN7A 1NM1A 2D1KA 3V9ZA 2DFLA 4UB4A 5L1MA 3QU2A 2D0AA 4IL6U 3RTVA 2XY6A 3M8RA 5KI6A 3AA5X 2XY7A 3LP2A 1E4GT 3QESA 1WWVA 1XI1A 2OYQA 2KFZA 1NK0A 3DDHA 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3EN9A 2KOBA 3M6ZA 3ZEUA 3ONNA 5AQPA 2G09A 5HR7A 5KPTA 3M6GA 3O1WA 1J6ZA 2A5XA 1HKBA 1OUQA 2A3ZA 3MWTA 3DJCA 2NRZA 3A5LC 3HZ6A 3U9ZA 2P9PB 4BC3A 3DWLA 4FZMA 5GAHP 1W2BM 1NGEA 2KHVA 3ALRA 3ENBA 3CC4N 3NVKA 3ULEB 3O9SA 2ZIXB 1MA7A 3VESA 5AQKA 2H3GX 2KEYA 2Q2RA 3F5EA 2P9LB 4A59A 4QS8A 4A61A 5AQVA 1ATRA 2DQNB 5KPZA 3C7NB 3M3ZA 2E1FA 2VYPA 2JWKA 4XH1A 5KL8B 1Q3UA 3N7PD 2P9SA 5BN8A 4RTFD 1K8AO 4BR4A 4FWLA 5M1FA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2E1E A;  3SAG A;  5C0Y A;  2HBK A;  1WUD A;  2RRD A;  3CYM A;  2CPR A;  2HBJ A;  1D8B A;  4NLC A;  2E1F A;  3SAH A;  4QJF B;  4CGZ A;  2HBL A;  1YT3 A;  4CDG A;  2HBM A;  4O3M A;  1GO3 F;  2DGZ A;  4QIW F;  2KV2 A;  2MA1 A;  4OO1 J;  4NLB A;  2RHF A;  3SAF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3MAQ A;  4BC3 A;  1TK8 A;  3DWL A;  4FZM A;  5GAH P;  1W2B M;  1HPZ A;  4DMN A;  2ZTE A;  1NGE A;  2KHV A;  3G6X A;  3ALR A;  3ENB A;  1FK9 A;  2IA6 A;  2R7Y A;  3CC4 N;  3NVK A;  4Y2U A;  5B66 U;  5KFR A;  4QZD A;  3ULE B;  2IHM A;  3O9S A;  2ZIX B;  5ALJ A;  5AM4 A;  4I28 A;  4UB1 A;  4NJ8 A;  5J2P A;  1BCM A;  1MA7 A;  5KFV A;  3MEG A;  4I29 A;  3VES A;  3EUB 2;  4DS5 A;  4FJ7 A;  3VQC A;  4IFY A;  2H3G X;  2KEY A;  1RYR A;  5AQK A;  2Q2R A;  3F5E A;  3RMD A;  4UAY A;  2P9L B;  5HBM A;  4QZ9 A;  4A59 A;  2A19 A;  4R5P A;  4QS8 A;  4RQ1 A;  4A61 A;  4YY3 K;  5AQV A;  3AA4 A;  5EE9 A;  4UBB A;  1GOC A;  1ATR A;  5ALO A;  2DQN B;  4KLO A;  5KPZ A;  4E3S A;  4CK1 A;  5L1K A;  2XO7 A;  3C7N B;  4QZI A;  5KT6 A;  3M3Z A;  2E1F A;  4F3O A;  2VYP A;  3DRP A;  2JWK A;  1T05 A;  2BPF A;  1X6J A;  4XH1 A;  4GXI A;  4LH4 A;  4DR2 K;  1VSM A;  5KG5 A;  5F9L A;  3ORY A;  2YKM A;  2KMD A;  4EP4 A;  1KW4 A;  4NLK A;  5KL8 B;  8ICP A;  1N5X A;  1J5E K;  4HCB A;  1Q3U A;  1HUO A;  3QNM A;  3N7P D;  1N56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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