2HBKA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
b'GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Hydrolase, gene regulation
total genus 122
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbkA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbkA01
1YT3A 2DGZA 2E1EA 3SAHA 2HBMA 2MA1A 4CDGA 2E1FA 2RHFA 4NLCA 2HBJA 4QJFB 1GO3F 2RRDA 3SAFA 3SAGA 4O3MA 2HBLA 4NLBA 2KV2A 1WUDA 1D8BA 5C0YA 2CPRA 4QIWF 4OO1J 2HBKA 4CGZA 3CYMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DGSA 4DF8A 2O8BB 3QXGA 1L5UA 1XNRK 2MA1A 5BPNA 2W9MA 1GOAA 2AU0A 3SZ2A 4CBXA 1YVNA 3HBTA 1TVRA 3BDPA 3RH5A 1RT1A 4F5NA 4PL8A 4QS7A 4G9ZA 3L3VA 2YB4A 3FFKB 1ZJNA 3RBDA 2QWLA 3NVMA 2A5XA 3OA9A 3VEOA 1ILYA 4L3QA 5EE1A 3K5NA 1JALA 1T3NA 4BC4A 2P51A 4CGFA 4KH6A 4UAZA 1D5AA 1K73O 1VQLN 4KBOA 1HPZA 1SKWA 3KWIA 4O4GA 5AICA 3VCBA 2Q0ZX 5AQWA 2JMGA 4H0PA 3WXLA 1K9MO 1HUXA 3KFUF 2XI9A 3O4NA 3JPTA 4XEIA 4GC7A 4Q8EA 4CFDA 3OTQA 5SZTA 3PVXA 5LMUK 1Q9YA 1E4GT 2H3ZA 2JWLA 3ZEUA 1XUPO 3RJHA 4DTXA 1QQ6A 4E7LA 3M6KA 3G6VA 1SV5A 3RB3A 4FWRA 4DKWA 5FPDA 2HCFA 4CESA 4FJLA 2IGIA 2LMRA 2VANA 3L2VA 4KB1A 1RDWX 2IVPA 1E3MA 7ICSA 3QBXA 3QB0A 2NYVA 1ITGA 4I2PA 3PW7A 3S6JA 4O5BA 4GXKA 4I2DA 4MEYA 2CN1A 2VWKA 5BPMA 5FLXO 1VSIA 3ZEUB 2WF5A 3KLHA 5KGXA 3K2PA 1AROP 4RW7A 4BRKA 1SV0C 3T5HA 1IM4A 4C8KA 2HNZA 4CJSA 4PGYA 1DT9A 2C2EA 2QM1A 3DV9A 2KMDA 1VQ6N 5ALEA 4JKCA 1XC9A 9ICXA 1X9JA 1L7OA 3VGMA 3ZT2A 5C25A 5DG8A 3WXMB 1Q3VA 4QCLA 5GTHU 1D8LA 1ZQVA 4ICAA 5AZJB 2KD1A 3JPPA 1N61A 4CK2A 2NO5A 3BS5A 2PMZF 3MEEA 5F9LA 2A1RA 3O0FA 4JWNA 1CXUA 2ZQBA 5C2FA 1EWRA 2HVHA 5HR7A 7ICHA 9ICLA 5EOZA 3MWTA 3J7YP 1X9MA 4ECZA 4J03A 5DG7A 5HMLA 3BF3A 3CJCA 3K5OA 4C4RA 3O1BA 2YY6A 4LH4A 3UKUA 5DBAA 1ZQHA 2GLEA 1VSFA 4C8LA 3VOVA 3A2FA 3QEPA 2OHFA 2ALZA 4IEIA 2HBJA 1ZQXA 3H4BA 2IOCA 2RRDA 4DFPA 4YORA 4CHNA 4JHDB 4FL9A 3SQ0A 1HR0K 5AK4A 1KLMA 2A19A 3LM9A 3WNEA 4DOAA 8ICHA 2ZUDA 4OJ5A 1NM1A 4US9A 3L5KA 2IS3A 1OKJA 1FXXA 3CJ7A 2ZIXA 4M3RA 2F8TA 3QU7A 1KQSM 3SQ1A 4GV6A 3IHQB 3GU3A 3TKAA 1T7PA 2BANA 5LL6Z 1JLQA 8ICRA 2GWKA 3KOOA 5DLFA 2YV0X 3TAFA 3NVVA 3ISCA 3F2KA 3GZFA 3G6XA 4OKKA 1W2BM 2KHVA 5ALSA 5GAHP 4L8RB 5B5EU 3OVNA 2PY5A 4AHRA 1WCLA 5J2CA 1C1BA 4EHTA 1IBKK 4DF4A 2G0AA 3IS9A 4DUZK 4B3TK 3CJ9A 3DXMA 1RQLA 4ECTA 5KAFU 1Q8KA 4A59A 4DSJA 3VQ9A 3N4MB 4TUPA 4BR4A 3E2EA 2X74A 5AI5A 5J2MA 2VQEK 2J4RA 1BGXT 1S97A 3JXUA 3CYMA 2E1ZA 5FDLA 1IKVA 3LYSA 5FPMA 4LZGA 4E7IA 4YNQA 2PMZC 4E3SA 5AI4A 1UWBA 2F96A 3MAQA 4B08A 2KJ5A 3GL1A 3HRGA 4RQ3A 4OPHA 1MA7A 4JI7K 1B92A 1ZQZA 2P9PB 4O0JA 4LF8K 4PGXA 4F4XA 1ZQPA 2K8BB 4IRCA 4UASA 4NJ8A 4FM2A 1LW0A 4ISGA 3BUZB 4RQ7A 4BRCA 4PKGA 3THWB 2V4QA 2RHKA 4JK8A 1V4TA 4ECWA 1UAXA 9ICPA 3QIPA 1B4FA 3H0LB 4WQ5C 5G5GA 3VF2A 4JV1A 4BC5A 3H6EA 3HK2A 1KVCA 2CGKA 5F2RA 3MABA 1NZPA 2YMLA 4BWMA 4LVSA 4PUOA 3NFAA 2PFPA 3PUFA 2G8KA 5J2HA 2BH1A 3CCSN 5L1LA 2P9IB 1KW4A 4EELA 1HUZA 3C5GA 1HJRA 1JLEA 4KHNA 2JH7A 2YTUA 3AV9A 5AFUH 5EY4A 4TUSA 5AR0A 2RP5A 3SV3A 3GV5B 3EL2A 3FZHA 1W0HA 3HJEA 1FFUA 5JU5A 2AH5A 2YI1A 3FZFA 4R5PA 3V9UA 4YG2A 1SXEA 5D4BA 4DU3A 3SPZA 3MGHA 1AQ6A 4BUGA 4OPJA 3LP0A 1ZQJA 3WKAA 4JK7A 5ALMA 2E1YA 4CF9A 4BR0A 2RN2A 1RDFA 3HYFA 4H4OA 4CDGA 1YF5L 3IM1A 3C2MA 1XS9D 1Z4OA 8ICOA 1X2IA 4CFBA 4UB3A 3SQ2A 2HW3A 3ENOA 1SB3C 1NZBA 1A5XA 3D2EA 5KFLA 3NF9A 1YJWN 4FWMA 2BHNA 4IQTA 3E9OA 4MFFA 4EFHA 1EX4A 4UAYA 2CGLA 4H5WA 4FW1A 4C4SA 4AYBF 3SK3A 1XC3A 2KZ3A 5KG3A 2YNGA 3D2FA 2K8AA 4RQ6A 2H3IA 1NGFA 4Z4FA 2FLPA 1BQNA 2ZM6K 4DV1K 3RB0A 3KLEA 4C8MA 4F92B 2FXUA 3CC7N 5KT4A 1PVPA 3MK6A 3RVCA 5AKLA 4P4OA 4B9LA 1UQVA 4DTJA 3TI0A 3FE1A 1VSLA 4JKBA 1C0TA 4AHTA 4M2YA 1QCKA 4PHAA 2FBTA 4CZGA 3GILA 2YMPA 4OKJA 2XGQA 5CB1A 8ICWA 1BPYA 5AJ3K 1VQPN 4OGCA 5KG1A 1RTJA 3AUOA 4FLYA 3OBWA 8ICSA 4GNIA 5BR9A 5TISU 4UB6U 1SL0A 5E79U 4F50A 3AVHA 3D2FB 2FBVA 1QTMA 4FPBA 3LALA 3OY9A 3N7PD 4KAZA 2QWQA 1X6IA 2FMQA 1RDDA 1JL1A 4NCAA 2B4JA 2WOMA 3H3NO 3AGKA 3QUCA 5EWFA 5ALOA 3F53A 4QZDA 1Q82O 4DTOA 1ZRNA 1X3MA 1Z26A 2E8OA 2W7PA 1O1WA 2YN4A 2HHSA 4MO5A 4JI6K 4QS9A 3AVMA 5DKWA 3I0SA 3VERA 4KB0A 1NKBA 3ZSRA 3H8WA 2Q0UA 3TPQA 4BR2A 4QWEA 1RYSA 1I94K 2G09A 2F76X 2XCAA 1N32K 3I76A 5CA7A 5KFBA 3R9KA 3DEEA 1RXWA 3BQ7A 3SAFA 3HSCA 3AVKA 1HYSA 5ALIA 1U45A 2LYAA 5KG5A 2DPIA 1BCOA 2W41A 4FWSA 3I56N 1D9DA 4X64K 3QETA 3EE9A 4FWOA 2M9NA 4TQSA 2BR0A 4H5RA 3AM9A 4ECSA 4KLEA 1QQMA 4C80A 4QNLA 2UVWA 4Q5VA 5AKJA 2KN7A 2YMQA 2W9CB 3WK4A 1L3UA 1C20A 1SQKA 4AYBC 4CHQA 4NWIA 4IOCL 1O13A 1BU6O 4U7CA 2I1QA 3U4LA 4HCCA 5JRTA 1ZD3A 4X65K 4M9NA 5CYQA 3NGIA 4UW9A 1MDUB 2EAOA 3K9KA 1ZQDA 3CJBA 4JI2K 1BA0A 1LWCA 2FF6A 4KH5A 3C5FA 2HMPA 2F1IA 2GWJA 2QKBA 3KIOA 5AM1A 1VQKN 4Y2VA 2N1RA 4YOTA 3AO1A 4QS8A 4F5OA 1HKCA 3LDAA 3R1XA 3MX2A 2DY4A 1T94A 5JICA 2FSJA 3DLEA 3RH6A 5M1KA 3I28A 1JXLA 3AAPA 3IDWA 2WF6A 1WBDA 2UXCK 4G1QA 3C6UA 1L7MA 2OPRA 3C29A 5KFEA 4BE2A 1KFTA 4KHYA 3ZSYA 5F3XB 4I2GA 4RT3A 1X6JA 4FJKA 3T5JA 4N47A 1ZBLA 3K75D 3CD6N 1HYZA 2YJEA 1NOZA 1X40A 5J8YC 4ICLA 3HL8A 3LDSA 3QESA 3IV6A 1N62A 5DBCA 3ZD8A 2IBKA 3TAPA 3M9OB 2QWOA 1IKWA 4IFEA 4F91B 4CBWA 5LMNK 3CG7A 3M8PA 3EWAA 2O8FB 1KFDA 1DK2A 1WBBA 3PY8A 4O5CA 4J9PA 2JWKA 4DFKA 4NL9A 9ICMA 3OYKA 2VA2A 4ISEA 4DV4K 2JZBB 5KFPA 3OJUA 1HLUA 2AP1A 5DM6L 4WFAL 1X9XA 4G9BA 1NK4A 3GDXA 1RT7A 4CJVA 4NYFA 3HP6A 3DXKA 4RW8A 3SMPA 2K60A 1SUQA 3CCMN 4HAIA 7ICNA 2QWMA 3AVGA 3VTHA 4LF6K 1PUZA 4IG0A 5DG9A 3U8XA 1BPEA 2JEIA 2BPCA 3R9PA 3OYLA 4EBDA 5EE3A 1B43A 1J97A 1Z00B 2X6NA 3HM8A 3FZLA 2OYQA 5CZ1A 5J2AA 3K0SA 3O08A 3PW4A 3N97B 2E6LA 5CY4A 1DK3A 3N7SC 4PHEA 3HPHA 3AAQA 5DDMA 3O5BA 2G8IA 1JLBA 1NGAA 3ATUA 4IQWA 4HWIA 2JRZA 3LZJA 2FPKA 3HOTA 4HHTA 2EDUA 1O03A 1ATNA 1MWMA 2KIVA 5KFNA 1UHUA 1GLCG 2D5RA 4JRQA 2CH5A 4Y2SA 3O3FA 5KT6A 3NF7A 1TV9A 1RTDA 1TGOA 4IRKA 3OTOK 1TYQB 2HHUA 2Q4TA 4FWLA 1KXPA 2DFEA 2QWRA 1QHTA 2EHGA 2GTDA 5L1IA 4NM1A 1L7NA 4X5VA 2VWBA 1XU4A 1PZNA 1ZQIA 1OVYA 4QZ8A 4NCBA 1ESVA 1IBLK 4DG1A 2LPEA 1L3TA 1F44A 1NGIA 3F5AA 4I2JA 3HXMA 3VEYA 4RNNA 2H3QA 4F72A 2JLEA 1SZHA 1KKXA 5IWAK 3M8QA 3SEIA 1QSLA 1YZ7A 8ICCA 4B9MA 2CH6A 5B66U 4C0ZA 3K58A 4XH4A 3AVAA 1FJGK 4OLAA 4QIWF 2QI2A 2A1JB 4DQIA 2VGNA 2HBKA 2A42A 4CBUA 1KSPA 5I9EB 1RT4A 1S5JA 3EPIA 3ALYA 1URJA 1GLFO 3RMAA 3DDHA 4USAA 3NF8A 4I6MA 1S1VA 2E2OA 3F5TA 4O55A 2FF3B 3SLCA 4EHUA 1T3QA 5BRFA 3JPSA 2GX9A 1ZQWA 3VQ7A 3G25A 4E89A 5HROA 4IJNA 5HP4A 4P4MA 1Z1BA 4KLHA 4UQGA 4UARA 3THYB 3C21A 3GBTA 4I2QA 5I42A 4JI8K 1ZBSA 3PSFA 4Q43A 3RBEA 1TUUA 7ICRA 1NGCA 4CHZA 3K4GA 4RQNA 4DTSA 3VQPA 3O8MA 3GDQA 1VQ4N 3WKDA 4WF9L 5D3GA 2ZIWB 3LPTA 4GC6A 1NGHA 3VMFB 3ASMA 1FEZA 2Y9UA 4BGDA 9ICUA 1JLAA 3RB4A 2F8LA 5AM3A 4DSKA 4PHPA 5MLCQ 3CC2N 4ZOHC 4CEZA 4EYIB 5J0OA 1LOTB 1S6PA 3JPQA 1NK8A 3M7DA 1WWVA 1XSLA 4DOBA 1QQOA 2UYTA 2JV3A 3O4WA 4FOEA 4KFBA 4OPAA 3CFPA 4ED6A 2QWNA 2IOFK 5AFUA 4W5OA 3K9JA 1MC8A 3NGDA 4IDHA 3VQ6A 4YFKA 2DWQA 3DWLA 2H3FA 4B9SA 5AQFA 5HBMA 3AL0B 5DQGA 4EENA 4RPZA 1JLGA 1NK9A 3T3FA 1TK0A 1N63A 1TKTA 2B6AA 3DOKA 2GBZA 2KQ2A 4I2AA 4H5VA 2XVTA 2Y0SC 3RSEA 4A5BA 4PHDA 2O8EA 1RILA 3EYZA 4DV6K 2Q1NA 1JCFA 4QIWC 1NLVA 5CP2A 4BVPA 1NGBA 4KREA 3WK6A 3ZLJA 1ZBIA 4KV8A 3D45A 2OA8A 4FWKA 5J1EA 4JV0A 3PW2A 4BDPA 5KFDA 4YOYA 2BKEA 2EWSA 8ICFA 1ECWA 4DL5A 2WAQC 4CEQA 3T5KA 2ZUBA 5FPNA 2XICA 4PY5A 2YKMA 4M0AA 2E20A 5AQTA 2E8MA 4MF8A 3TANA 4JI1K 3CXCM 4RQMA 2O4GA 3W0LA 2NRXA 2KKZA 2G8WA 1WLJA 4FJJA 4KHPK 4TQRA 3LWLA 4RNOA 2PFNA 2O8DA 2P9SB 1NKEA 1B22A 4KLMA 3ZI4A 2PZSA 3HVRA 1NMDA 5AIAA 3NHGA 4QW8A 4K4GA 4UBBA 4PPXA 4MF2A 2F3NA 3IN5A 2DFHA 3AVCA 3LL3A 4RCHA 1S1TA 4B8CA 3U3YA 2UXBK 4BR7A 4F5PA 1T44A 5ALLA 7ICGA 4HCBA 3F5EA 4BGAA 3DLLL 3MECA 2JEFA 5BREA 4FJNA 4M3WA 2DQNB 4GIBA 3TSQA 2WB1F 5KG0A 3T5LA 1XQSC 4CZMA 1C0MA 1YI2N 5ALWA 5CHIA 1ZQYA 4XA5A 2AQ4A 2QKKA 1N60A 2E8NA 2D1KA 3WU2U 2ZIVA 2BGWA 2HOEA 3MFIA 4C8OA 8ICMA 8ICUA 4DL3A 5AQQA 1N8RO 3UE5A 3U6FA 3EEQA 5EU7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YT3 A;  2DGZ A;  2E1E A;  3SAH A;  2HBM A;  2MA1 A;  4CDG A;  2E1F A;  2RHF A;  4NLC A;  2HBJ A;  4QJF B;  1GO3 F;  2RRD A;  3SAF A;  3SAG A;  4O3M A;  2HBL A;  4NLB A;  2KV2 A;  1WUD A;  1D8B A;  5C0Y A;  2CPR A;  4QIW F;  4OO1 J;  2HBK A;  4CGZ A;  3CYM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2G5I B;  4Z4I A;  2NLX A;  4M6W A;  2IA6 A;  1S76 D;  2FSN A;  3FYH A;  2ZTE A;  2P9U A;  2ZF5 O;  4MDB A;  3WQU A;  4ECX A;  1ZQE A;  4Y2U A;  3DRP A;  2ZJP L;  4JKH A;  5KRS A;  2RHF A;  5TZV A;  4RQ5 A;  4JD2 B;  4YFU A;  4RNM A;  5HLF A;  3KKA C;  4CEA A;  3TTD A;  5EWE A;  2VKQ A;  3AAR A;  1NOY A;  4YN4 A;  3ATV A;  3KD3 A;  4OX9 K;  3C7N B;  1TAM A;  1BI4 B;  3V7J A;  4DSI A;  4M9G A;  1FK9 A;  4O8U A;  4BE0 A;  3TAB A;  3GIK A;  4XUS A;  1ASW A;  4P4P A;  5J2J A;  4UB2 A;  1VK0 A;  4CJT A;  1C0G A;  4NLN A;  4I2C A;  3V4I A;  2O8C B;  4CF5 A;  3V7L A;  5IIK A;  1Y97 A;  3TQ1 A;  2QEX N;  1CZ9 A;  4CE9 A;  1ZQO A;  4X66 K;  1KTQ A;  5ALZ A;  2RLT A;  5AKG A;  3MR2 A;  3CME N;  1T05 A;  3T1Y K;  3HO1 A;  4IO8 A;  4BX9 C;  3VEW A;  5J0W A;  3HRD D;  3PIP L;  1JI7 A;  2XID A;  2J6T A;  3KK3 A;  3DLB A;  5M1P A;  3J81 O;  3QER A;  3A8Y A;  4LZD A;  3M3Z A;  2HBL A;  1TAQ A;  4KN7 A;  5KFG A;  1BPX A;  3HIL A;  1Z25 A;  3LAK A;  3IFR A;  3BS7 A;  2XGP A;  2V52 B;  3LPU A;  4N5S A;  4Z94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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