The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
122
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structure length |
122
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Chain Sequence |
GSSGSSGEAQTRVKLNFLDQIAKYWELQGSTLKIPHVERKILDLFQLNKLVAEEGGFAVVCKDRKWTKIATKMGFAPGKAVGSHIRGHYERILNPYNLFLSGDSLRCLQKPNLTSDTKDKEY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the ARID domain of Jarid1b protein
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| molecule tags |
Dna binding protein
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| molecule keywords |
Jumonji, AT rich interactive domain 1B
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| total genus |
22
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| structure length |
122
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| sequence length |
122
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KKX A; 1KN5 A; 2EQY A; 2JXJ A; 2OEH A; 2LM1 A; 1KQQ A; 5CEH A; 5K4L A; 2KK0 A; 1C20 A; 2EH9 A; 2RQ5 A; 2YQE A; 4LJX A; 1IG6 A; 2JRZ A; 1RYU A; 2LI6 A; 2CXY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SZH A; 4P0P B; 1QQ7 A; 3ETR A; 2KSO B; 2G09 A; 5EE0 A; 3U26 A; 1XU4 A; 1K1S A; 4UAY A; 1RM6 C; 5J2H A; 4NLG A; 3ISC A; 1MN8 A; 4I2G A; 5L1L A; 1N2X A; 2ZIW A; 1PK1 A; 3GDX A; 4DEZ A; 4DFK A; 2KJ5 A; 3TAP A; 5AK6 A; 4Y2R A; 2NO4 A; 2AJQ A; 3M9M B; 5DDY A; 4BUG A; 4C80 A; 5JU5 A; 5IIJ A; 1CUK A; 9ICW A; 2KN7 A; 1FEZ A; 1S0N A; 5J0R A; 3UMC A; 5B66 U; 5KFP A; 3HRD D; 4Y2P A; 5KT4 A; 1D9F A; 9ICF A; 4UB6 U; 2VKQ A; 5ALR A; 3SAF A; 2NV3 A; 5K4L A; 2LHT A; 3ZDC A; 1SV4 A; 3QNM A; 2NRT A; 3ICX A; 3M6K A; 5KT2 A; 5EE1 A; 5KNI A; 5KT7 A; 2VJ5 A; 1NJZ A; 3V7L A; 5KG2 A; 5HP4 A; 3VCB A; 4F71 A; 2OXO A; 5A0L A; 5KFO A; 1HIW A; 4OJ5 A; 4PZO A; 5DBB A; 3OJU A; 2GLE A; 2KV2 A; 3B0Y A; 3PZP A; 5J2J A; 2WFA A; 3H8S A; 3EW9 A; 1C7Y A; 3H7I A; 3NRZ A; 3QEA Z; 3SV4 A; 1ZQF A; 2YTU A; 2DGZ A; 2ZIU B; 3NGD A; 8ICN A; 3GIK A; 4QZ8 A; 3MR6 A; 2D8C A; 4NV0 A; 4P4O A; 3SYZ A; 4QW8 A; 3WK4 A; 2FLL A; 2JHD A; 1UT8 A; 2VJ4 A; 4C8N A; 3I28 A; 3PSF A; 4IR9 A; 2V9W A; 3RBD A; 3CP8 A; 4OJL A; 4DL6 A; 1WG8 A; 2UVR A; 1SXD A; 3H4D A; 3CW2 C; 1T94 A; 1TFR A; 3QU5 A; 2ATL A; 4QW9 A; 1SGG A; 3AN1 A; 3PR4 A; 3QX7 A; 2WF5 A; 2KP7 A; 4F4K A; 1QH9 A; 3SR6 A; 2LBO A; 3RJH A; 3K4G A; 1L7O A; 4XA5 A; 1NKB A; 4UAU A; 7ICN A; 5AM2 A; 5T14 A; 1TAM A; 4PHP A; 1FFU A; 1BPZ A; 5CP2 A; 2WF8 A; 2QAR B; 2FE9 A; 2W9C A; 4J9L A; 4ECY A; 4F3O A; 2WAQ F; 2OHF A; 3ETL A; 2PFP A; 5HR6 A; 5L9X A; 4YXJ A; 4RQ1 A; 2P6R A; 5J2G A; 1ZQS A; 3WKA A; 3VC8 A; 3WK7 A; 4JB3 A; 4ZH4 A; 4ECX A; 4KX3 A; 2W9B A; 3OGU A; 1C20 A; 4DSI A; 2A19 A; 2KHV A; 2ZTE A; 3MDA A; 7ICU A; 5HHH A; 4PL2 A; 1ZQI A; 1PK3 A; 4PHD A; 4JK1 A; 5AK5 A; 2ZXI A; 1X9M A; 4F4X A; 2G08 A; 2WF7 A; 3IG8 A; 1A6S A; 1JUD A; 1N63 A; 1BPY A; 5J0Y A; 3BQ2 A; 3RB0 A; 5IIL A; 1WYG A; 5KFX A; 4OCZ A; 4IQU A; 1KSP A; 4E0D A; 1F44 A; 5KFB A; 4BWJ A; 3C2M A; 4F2R A; 2KNJ A; 5CA7 A; 2VA8 A; 2XCA A; 3RJI A; 5DB9 A; 2ISO A; 5L1M A; 1L3S A; 4PGQ A; 1J97 A; 4ZOH C; 4USA A; 2CN1 A; 3DDH A; 2IOH A; 2OWO A; 1A76 A; 2DKZ A; 4X5V A; 1ZJM A; 3BZK A; 3QU2 A; 1KN5 A; 2NYV A; 1LKY A; 3PVX A; 4TUQ A; 2FMQ A; 3PW2 A; 2DPJ A; 2LM1 A; 3PX6 A; 3PX0 A; 4Y2Q A; 2R8J A; 4J03 A; 2F44 A; 5CHG A; 4YD1 A; 1OUQ A; 4RNO A; 4ICA A; 2NRV A; 4KLQ A; 1UQV A; 3OSN A; 4O3S A; 3NUQ A; 3SAG A; 4QZH A; 3TAN A; 1S76 D; 4I28 A; 3NS1 A; 3TQ1 A; 4YG2 A; 1PVQ A; 3GV5 B; 3TFS A; 2A1J A; 1T8E A; 3ORY A; 5ALE A; 3KHH A; 3SAH A; 3C23 A; 9ICE A; 4US9 A; 5L1I A; 5DQH A; 4DL4 A; 1QSY A; 2ZJ5 A; 4F5P A; 2H3V A; 4QZA A; 3BS5 B; 1X9W A; 4UAZ A; 4J9S A; 4OD0 A; 3ZI4 A; 4DF4 A; 4MFA A; 1MQ2 A; 2DFL A; 2G5H B; 2ASL A; 2W9B B; 3BZC A; 3PY8 A; 1SWW A; 2BGW A; 4EZ6 A; 2HVI A; 4U6P A; 3JPN A; 5DG7 A; 2BPC A; 3PW5 A; 1U9L A; 3MR3 A; 1FO4 A; 3SZ2 A; 2HHS A; 1NK4 A; 2HW3 A; 2HCF A; 1RYU A; 1GO3 F; 1YZ7 A; 3QU9 A; 4YMN A; 5BOM A; 4P0P A; 4PZN A; 5J2F A; 3N7P D; 3MR5 A; 4QZF A; 3T5K A; 4C4T A; 1JRO A; 4J9K A; 1QSL A; 2H3Z A; 3PR5 B; 3S6J A; 5B5E U; 3RTV A; 3IV6 A; 2NRW A; 5KFE A; 4KTQ A; 1ZQV A; 2E8P A; 3BQ1 A; 5AKK A; 3K75 D; 5JUM A; 4RPY A; 2BDP A; 1Q3U A; 2I6X A; 2DF4 B; 1NOM A; 3HIL A; 5DB8 A; 4I2I A; 1S0V A; 4I2C A; 5AKH A; 4M2Y A; 3RB3 A; 4UBC A; 5AI5 A; 2V4Q A; 3M7D A; 4JV1 A; 7ICG A; 4CF5 A; 4B6J A; 4K4I A; 3UPQ A; 4IRD A; 4YN4 A; 2KVC A; 2J6S A; 1D8Y A; 2W9A A; 4PH5 A; 5KAF U; 3QZ8 A; 3C21 A; 5KFT A; 4UW9 A; 4DS4 A; 1V97 A; 2FMP A; 2HI0 A; 4B9T A; 4PGY A; 1BNO A; 4EZ9 A; 4O9M A; 3GV8 B; 5G5G A; 3LWM A; 1ZQG A; 3L3F X; 1N62 A; 9ICN A; 3T5L A; 4IQV A; 1UT5 A; 1Z4O A; 2CXY A; 3GQC A; 2QKQ A; 4MEX A; 8ICE A; 5AKL A; 3TAD A; 4MF2 A; 2K8B B; 2W3S A; 4I2E A; 4Q8E A; 3CYM A; 2G5I B; 1XC9 A; 5CEH A; 1Z00 A; 3TAR A; 5EOZ A; 3JPS A; 2WB1 C; 4DSK A; 3C1Y A; 4KLO A; 4C0Z A; 5F9L A; 2JEF A; 3BQT A; 4DFM A; 1DK2 A; 2DWQ A; 3UQ0 A; 2ASD A; 1V9P A; 3JPQ A; 5KFU A; 4CGZ A; 4ECW A; 3ZDA A; 2E1F A; 3QUB A; 4YQW A; 2HBJ A; 3Q8L A; 2A1J B; 4EX6 A; 2HVH A; 1ZET A; 2XY7 A; 3MFI A; 2RRD A; 3SD7 A; 1ZQA A; 2K89 A; 3RB6 A; 3WKB A; 1RDF A; 1RYR A; 2FJ6 A; 2ZJA A; 1S9F A; 3V6H A; 4C8O A; 3NVZ A; 1SB3 C; 5AM1 A; 1P7D A; 5HR7 A; 2ZTD A; 5ALH A; 1BNP A; 3M9O B; 5ALF A; 2LM4 A; 2MU2 A; 3SI8 A; 2JH7 A; 5J29 A; 2AQ4 A; 2BZF A; 2F1I A; 5JTI A; 2KKP A; 2ZIW B; 4M0A A; 5AKG A; 1JRP A; 2XIC A; 5KT6 A; 3UQ2 A; 4QZG A; 3G6V A; 3D2S A; 4JWM A; 4M9N A; 2BHN A; 1ZYQ A; 2UVW A; 2I1Q A; 3KBB A; 5J0P A; 2BCQ A; 1QLN A; 4QZC A; 5KFW A; 3SQI A; 9ICB A; 3BQ7 A; 5AM3 A; 5DG9 A; 1TE2 A; 4NL9 C; 3ZDB A; 3PML A; 4ED7 A; 3UXO A; 4C8M A; 2KMD A; 3TAQ A; 5ALU A; 1TVA A; 1V85 A; 4EEN A; 2OEH A; 3WK5 A; 3A0H U; 3OHA A; 5J0S A; 3PX4 A; 1KFS A; 4M47 A; 4PJ0 U; 1VLB A; 1ZQX A; 4I29 A; 7ICV A; 2PXI A; 4P0Q A; 4Z6C A; 1ZRN A; 2P66 A; 4RQM A; 1O08 A; 1KQQ A; 3ISD A; 1ZQD A; 2VAN A; 2KIW A; 2W55 A; 5DDM A; 4F50 A; 3RFA A; 5KFK A; 4O3N A; 1ZQR A; 2W7P A; 4O5C A; 2AGQ A; 2RDJ A; 2IBK A; 4I2B A; 5DLG A; 2M0N A; 3EWA A; 4CDG A; 1SWV A; 3PW4 A; 3IN5 A; 1TK5 A; 5KFJ A; 4RQ5 A; 2I5H A; 2JZB A; 2ZUD A; 2W11 A; 3SV3 A; 1DRG A; 2R8H A; 2YMQ A; 3FDS A; 3CRX A; 2KSO A; 3K1R B; 4FZM A; 2ZIU A; 2E8M A; 4P4M A; 2BQU A; 3BDP A; 1J2M A; 1IIP A; 1XS9 D; 3RRG A; 4OJ6 A; 1UHU A; 4RT3 A; 2MRL A; 1ZQE A; 5KG0 A; 3RH4 A; 9ICT A; 5KT5 A; 4I2D A; 5EWG A; 4C7Y A; 5J2K A; 2K8A A; 4O3O A; 4B9N A; 4LZD A; 2H3I A; 2RQ5 A; 4BGD A; 1FIQ A; 4YXM A; 1KRP A; 2KOB A; 2H3Q A; 2BCU A; 3TKA A; 5L1J A; 1RYS A; 8ICO A; 1OXJ A; 1X6I A; 3M8R A; 4DQI A; 2HHW A; 5AI6 A; 4UB4 A; 2KE7 A; 9ICI A; 5J2D A; 4KLL A; 1L3U A; 1ZQY A; 1ZD5 A; 4XQ8 A; 2KEY A; 4I2H A; 4KX5 A; 4C7Z A; 5KG5 A; 4YCX A; 1NZP A; 3RJE A; 3QXG A; 1T7P A; 1ZQN A; 4I2J A; 1SZP A; 4ECR A; 2KZZ A; 4R8U B; 5DGA A; 4QJF B; 4AYB C; 2WF6 A; 1Q3V A; 2HHT A; 1IV8 A; 3SMV A; 5ALJ A; 3C29 A; 2EQY A; 1ZQO A; 4B9L A; 3Q8K A; 3OPX A; 2K4P A; 5KFM A; 8ICL A; 4KMO B; 4GFJ A; 2ISP A; 2JR5 A; 8ICC A; 5TIS U; 2D3D A; 9ICR A; 5J0X A; 2BR0 A; 1S97 A; 4UAT A; 7ICR A; 3N7S C; 4YR3 A; 2JZB B; 4A8E A; 8ICF A; 1H38 A; 1JXL A; 4RQ8 A; 3HKZ C; 5KFZ A; 4GXJ A; 1L7M A; 4DOC A; 1K1Q A; 2AU0 A; 4TQR A; 1RG6 A; 2RLT A; 5AKJ A; 3M8S A; 2EZZ A; 5IIN A; 1L7P A; 3EYZ A; 3FM9 A; 8ICS A; 5IIM A; 4ED3 A; 5KL8 B; 3R9K A; 2GH1 A; 5KL1 B; 5L1K A; 4ACO A; 4ELV A; 3ZD8 A; 5AM4 A; 1MQ3 A; 8ICM A; 2JXJ A; 4TUR A; 1Z3E B; 4Z6D A; 3RJK A; 2XVT A; 1MSW D; 3Q8S B; 3EPI A; 3MAB A; 5KFN A; 3RR8 A; 1ZD2 P; 1N60 A; 4FZL A; 2BDU A; 5J8Y C; 3GII A; 4F8R A; 5ALT A; 3BQ0 A; 1WCN A; 5J2B A; 2P6U A; 2HHV A; 5D4B A; 3BJY A; 4DQP A; 2Y9U A; 4F91 B; 2XID A; 1JIH A; 1KTQ A; 4Y2X A; 5ALY A; 3UXN A; 4IRK A; 2C22 A; 4DO9 A; 4YMO A; 2H5X A; 5DBA A; 4JV0 A; 1MA7 A; 3AQF A; 2HDO A; 1COO A; 1J2N A; 2HOQ A; 3IRU A; 5HMM A; 4QZD A; 2KFZ A; 5TZV A; 1BPX A; 4IQW A; 5AM5 A; 3FC4 A; 1ZQH A; 3OSP A; 2K4E A; 1XO1 A; 4Y2J A; 2OM6 A; 1Z19 A; 1L8O A; 4Y2U A; 2Q0Z X; 4UB3 A; 2QB0 B; 1BPB A; 3H4B A; 1KFD A; 1UA1 A; 4BDP A; 1URJ A; 1U47 A; 3SEI A; 3KKA A; 1ZQP A; 8ICH A; 4NY8 A; 4DLE A; 3F5A A; 2NRX A; 2ES6 A; 4J9O A; 2XC9 A; 1COK A; 1BPE A; 2KZ3 A; 3HPO A; 1Z4N A; 1N5X A; 1ZQQ A; 5AKI A; 2WB1 F; 1NK8 A; 1X9S A; 4Y2T A; 2A1A A; 5AKZ A; 8ICY A; 3PW7 A; 4U7C A; 4JV2 A; 4DOB A; 3HWT A; 5EWF A; 2GO7 A; 3O0F A; 4M9J A; 2W8L A; 5J0T A; 2NRZ A; 4K4H A; 1ZD4 A; 3TFR A; 9ICQ A; 8ICP A; 2ODG A; 2W54 A; 1PK1 B; 3H0R B; 3MDC A; 3UMB A; 4NLK A; 5AHX A; 3QU7 A; 4YMM A; 1SKR A; 2KJ8 A; 2JRZ A; 3WKE A; 2W03 A; 4B9S A; 3AQE A; 1QSS A; 2IMW P; 4DSE A; 1QCK A; 5KFV A; 7ICT A; 3IP4 B; 3UXP A; 5HML A; 2HHQ A; 4ED0 A; 2C28 A; 4ECT A; 2KD1 A; 4Q45 A; 3BS7 A; 3WU2 U; 4DWI A; 1JAL A; 3NTU A; 2EZX A; 4XUS A; 4KLU A; 2ASJ A; 4RUC A; 2DUY A; 1CI4 A; 3QU4 A; 4YR0 A; 2K4H A; 3T3F A; 5AI9 A; 4UB1 A; 4QWE A; 7ICE A; 3F2C A; 3UMG A; 3JPP A; 5DGB A; 3D2N A; 2FMS A; 3NAS A; 4FS2 A; 4ED6 A; 3KFU F; 4KN4 A; 3HW8 A; 3LVW A; 4CNQ A; 2GOL A; 4C8K A; 5BOL A; 4PL1 A; 5ALV A; 2PFQ A; 2KG5 A; 3B0X A; 1CRX A; 2DQN B; 5KFI A; 8ICK A; 2BQ3 A; 2PI5 A; 1VJ5 A; 9ICM A; 3KHR A; 2LI6 A; 9ICS A; 4M9L A; 3QZ7 A; 1KBU A; 2YMP A; 4OO1 J; 4BWM A; 2ZG6 A; 4NLN A; 2W7O A; 1SKS A; 1UA0 A; 2ZTC A; 2LYH A; 4OJO A; 5ALN A; 4DF8 A; 1RQL A; 4F5N A; 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2WAQ C; 4R64 A; 4CF3 A; 2Y9T A; 2Z7J A; 1BVS A; 3MBY A; 3GFK B; 4NL9 A; 2KVS A; 2R8I A; 5AI0 A; 5AK4 A; 2YMM A; 1YT3 A; 3NVY A; 2OH2 A; 1ZQM A; 1Z1B A; 5KFG A; 3RAX A; 2YB1 A; 3T5J A; 1ZD3 A; 5KG6 A; 4FBU A; 1RZT A; 7ICK A; 5KG4 A; 3UM9 A; 3RR7 A; 4I2A A; 5KG3 A; 3WKD A; 4QWC A; 5J8Y A; 2VA3 A; 1L3V A; 2FI1 A; 3JPO A; 3C5G A; 1DGJ A; 4ED2 A; 2DPI A; 4MFC A; 4M6W B; 3F5E A; 2E1E A; 2FLP A; 3MGH A; 4J9R A; 2Y1I A; 4DCC A; 4O3M A; 3PW0 A; 3H8J A; 3WKC A; 1A77 A; 5KFA A; 3THV A; 1LV5 A; 2DBY A; 5AIC A; 1S77 D; 8ICT A; 4C8L A; 4EEY A; 3ZDE A; 3AUO A; 2JEI A; 3WK6 A; 4UAW A; 1UPH A; 4DL3 A; 2Y1J A; 5J0O A; 8ICR A; 5D49 A; 3RJG A; 1SIJ A; 4NXZ A; 5ALK A; 3KOO A; 9ICG A; 3LYS A; 4IL6 U; 1L5U A; 4OJP A; 4F4Y A; 4KLS A; 5AKX A; 1D8B A; 3Q8P B; 1WCL A; 1ZQU A; 9ICU A; 2G06 A; 1B22 A; 4YP3 A; 1JI7 A; 1ZRM A; 2K4I A; 4JWN A; 5H2F U; 5F3X B; 1NK5 A; 1RXV A; 2HSZ A; 5BPC A; 4RQ4 A; 2FDR A; 1N61 A; 4Z6E A; 1S5L U; 4G3I A; 1HJP A; 5GTH U; 3HT3 A; 4R66 A; 3GIM A; 4UBB A; 5AKE A; 3C2L A; 7ICS A; 1HUZ A; 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