The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
122
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structure length |
122
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Chain Sequence |
GSSGSSGEAQTRVKLNFLDQIAKYWELQGSTLKIPHVERKILDLFQLNKLVAEEGGFAVVCKDRKWTKIATKMGFAPGKAVGSHIRGHYERILNPYNLFLSGDSLRCLQKPNLTSDTKDKEY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the ARID domain of Jarid1b protein
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| molecule tags |
Dna binding protein
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| molecule keywords |
Jumonji, AT rich interactive domain 1B
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| total genus |
22
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| structure length |
122
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| sequence length |
122
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JXJ A; 2LM1 A; 2EH9 A; 1IG6 A; 2OEH A; 1KKX A; 5K4L A; 1C20 A; 1RYU A; 2CXY A; 2EQY A; 2LI6 A; 2RQ5 A; 2YQE A; 4LJX A; 2JRZ A; 2KK0 A; 5CEH A; 1KN5 A; 1KQQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5CP2 A; 3UPQ A; 1A6S A; 4GLX A; 3EZ5 A; 1X40 A; 2A19 A; 3HPO A; 2I5H A; 4DFJ A; 4RNN A; 2W9C A; 1WWV A; 5JRT A; 3RJJ A; 1U9L A; 4C4S A; 1JUD A; 2LM1 A; 4YXM A; 3SV3 A; 2WB1 F; 4I2D A; 2GOL A; 1XSL A; 4QZC A; 2IHM A; 1NJZ A; 2CPR A; 3GFK B; 1N61 A; 3ISB A; 2JZB B; 3RH6 A; 4TQS A; 2B21 A; 9ICX A; 2QB0 B; 2FDR A; 4FS2 A; 3K4G A; 4NLC A; 4PZO A; 5KFH A; 1ARO P; 2FLL A; 4KLE A; 1N56 A; 5J8Y A; 4IR1 A; 4P4M A; 2D3D A; 3VCB A; 1K5O A; 1HEK A; 4Y2Y A; 1X42 A; 4O3M A; 3UMG A; 1PVQ A; 5FP0 A; 1KL9 A; 3HRD D; 4CRX A; 3SMV A; 3OJU A; 3T5J A; 4NJ8 A; 4F4W A; 2IMW P; 4OJP A; 7ICI A; 1B4F A; 4RQ2 A; 2YB4 A; 5J29 A; 3SR6 A; 2JHD A; 3UXN A; 3QU9 A; 3PX0 A; 4RQ8 A; 5DB8 A; 4RPX A; 4UAR A; 4QW8 A; 9ICB A; 2ZIW A; 3ZDD A; 4MFC A; 1DK3 A; 3TAD C; 8ICV A; 3B9J A; 3JPN A; 5L1J A; 3QNM A; 4P0Q B; 4QZF A; 3L4P A; 4TUS A; 4ECQ A; 7ICV A; 1ZQ1 C; 9ICU A; 5G5H A; 3QU5 A; 3ONN A; 5IIM A; 2KNJ A; 2BZF A; 1NK6 A; 4O3S A; 1ZQI A; 5J2I A; 3N28 A; 3WKD A; 2EZX A; 4QJF B; 4JMU A; 2Y1J A; 4I2A A; 1HUZ A; 3IN5 A; 1LV5 A; 2YML A; 1COO A; 4R65 A; 1SGG A; 4UAU A; 1SV0 C; 1QQ6 A; 4DF8 A; 3G6X A; 4I2C A; 5KFL A; 5DBC A; 5KFF A; 2VIX A; 2FJ6 A; 1RYS A; 4KLH A; 2NV3 A; 4YMM A; 4RNM A; 1XC9 A; 8ICC A; 4J9O A; 3KBB A; 2XGP A; 4YN4 A; 4UAV A; 3WKA A; 5KFE A; 1ZD3 A; 3KZI U; 3VC8 A; 1S0N A; 4Z6C A; 4Y2P A; 1QSL A; 1WG8 A; 5J2J A; 1IV8 A; 2FLN A; 4J9R A; 3T5K A; 1ZD4 A; 1IM4 A; 3RBD A; 3MDA A; 4YMO A; 4G3I A; 2KTQ A; 2KMD A; 2VKQ A; 3N7R C; 3RRH A; 1Q3U A; 5ALU A; 1QH9 A; 4UW9 A; 1S77 D; 3PNC A; 4M9H A; 4U7C A; 5IIJ A; 3N7P D; 1T3Q A; 4DSL A; 4ECT A; 1T3N A; 9ICQ A; 2WAQ C; 3J81 j; 5CR0 A; 1XWL A; 1XO0 A; 5DB9 A; 2ZG6 A; 5J2C A; 4JWM A; 3C1Y A; 2FLP A; 3ORY A; 1ZOL A; 7ICE A; 4Y2T A; 3H0L B; 5JUM A; 1T7P A; 1ZQV A; 5AI9 A; 1NOM A; 5AKH A; 3PW4 A; 3NRZ A; 2W9B A; 2KFN A; 2NRX A; 4YFK A; 2HCF A; 3M6Z A; 4KLG A; 1D9F A; 5ALO A; 5ALE A; 2JV3 A; 4C7Z A; 3QEB Z; 3K1R B; 7ICR A; 3F2D A; 1RG6 A; 3KZX A; 2OEH A; 5DG7 A; 1JX4 A; 1A76 A; 2KV2 A; 3BS5 B; 2F8L A; 4P2H A; 4UQG A; 3HX0 A; 2KVS A; 2PMZ C; 3R9K A; 5KT5 A; 1C7Y A; 2GO7 A; 2NRW A; 5KG2 A; 4C4R A; 4BGD A; 3EUB 2; 3NAS A; 2Z7J A; 5GTH U; 2YTU A; 3AU2 A; 1N63 A; 4CF5 A; 4KTQ A; 3RRG A; 5D4B A; 3BJY A; 1U47 A; 3MR6 A; 3PSI A; 3HJE A; 1IIP A; 4QZ9 A; 1NJW A; 2KZM A; 2W3R A; 4Y2Q A; 2K89 A; 5CRX A; 3RJE A; 1JAL A; 2YN4 A; 4BJQ A; 2EH9 A; 5HR6 A; 2KIC A; 2ISP A; 1TKD A; 2KFZ A; 4ECU A; 2AXT U; 1QQ7 A; 8ICM A; 1HUO A; 4PGQ A; 3MGI A; 4UB6 U; 2RLT A; 5IIO A; 2K4H A; 1L3U A; 4PPX A; 1FIQ A; 3NRW A; 2HBK A; 1S0M A; 4Q44 A; 2ZUB A; 4KN7 A; 4IQW A; 4ECV A; 3V72 A; 2K8C B; 5HP4 A; 1U45 A; 1ZQL A; 3TAD A; 2XY6 A; 4EYI B; 2OXO A; 9ICJ A; 4B9U A; 3JPS A; 4PL2 A; 4KLS A; 2KE7 A; 1HIW A; 8ICI A; 3AM9 A; 5DQI A; 2DPI A; 5JU5 A; 3T3F A; 3KOO A; 4ZOH C; 5KFW A; 4C8L A; 1SV4 A; 3GIK A; 3HWT A; 3H8W A; 5ALP A; 5DLG A; 5TIS U; 8ICY A; 3GII A; 2ZIX B; 3IM1 A; 1ZQZ A; 5G5G A; 2K8A A; 1YT3 A; 3PMN A; 5KL1 B; 3UM9 A; 2W8K A; 5J8Y C; 3CP8 A; 3PX6 A; 1DK2 A; 1F44 A; 3G6Y A; 1F0M A; 3AQF A; 2DGZ A; 5AKE A; 5L1L A; 2HHQ A; 1SL0 A; 1KKX A; 3M8S A; 2PXI A; 3ZDB A; 1B22 A; 4RT2 A; 2H3V A; 4IC9 A; 1KLN A; 3RJI A; 2BQR A; 1BNP A; 1OW5 A; 8ICP A; 4QZB A; 4NV0 A; 3UQ2 A; 3ED5 A; 1SV0 A; 9ICC A; 4NLZ A; 1MQ2 A; 4RQ0 A; 2ZJ8 A; 3MR5 A; 4DL7 A; 2AJQ A; 3NS1 A; 5EOZ A; 3Q8L A; 1S10 A; 4JV0 A; 3C2M A; 3TAN A; 2E5S A; 1X6I A; 2H5X A; 5AKL A; 1QSS A; 2ZIX A; 2V4R A; 4IL6 U; 3F2B A; 4UB4 A; 2EAP A; 4ELU A; 2IOH A; 2Y9U A; 2R8H A; 4DCC A; 1BPZ A; 3MDC A; 2YX8 A; 2G07 A; 2A1J B; 4DOB A; 3N97 B; 4PJ0 U; 3V6K A; 4FBU A; 4DSK A; 1N5W A; 2EAO A; 2MA1 A; 1WCL A; 2NRZ A; 3QZ7 A; 7ICL A; 5KL8 B; 2AQ4 A; 4HAI A; 5J0S A; 5AK4 A; 3QZ8 A; 5ALF A; 3QU4 A; 2ZXI A; 4B9L A; 2F2A B; 3QXG A; 4R8U A; 3RH5 A; 4LVS A; 4P0P B; 2HHS A; 4F5Q A; 5AM2 A; 2HOF A; 1IXR A; 3AN1 A; 4YP3 A; 3C5F A; 7ICP A; 5T14 A; 1EXN A; 3C23 A; 1O08 A; 4PHP A; 1DXS A; 4HYK A; 4RQ7 A; 2EQY A; 8ICK A; 1BVS A; 3C21 A; 1CI4 A; 3IDW A; 2DKZ A; 1X9M A; 3AUO A; 5HR7 A; 5J0R A; 4C8N A; 5DQH A; 4J03 A; 1XSP A; 1ZQM A; 5J2E A; 1TK8 A; 3KKA A; 1D8L A; 1L7M A; 2B0C A; 2F1I A; 2BQU A; 1NNL A; 1ZQK A; 2W7O A; 3LWL A; 3V7J A; 1SXD A; 2LKY A; 4KLF A; 5KFN A; 1ZQX A; 1UA1 A; 2KD1 A; 5KG1 A; 3WK5 A; 1UA0 A; 1N5X A; 3SI8 A; 4DS4 A; 4FS1 A; 4RQ6 A; 1KFS A; 5AM1 A; 3KHG A; 3WU2 U; 2QLT A; 3QUT A; 2VAN A; 3AU6 A; 1Z1B A; 5CEH A; 3SV4 A; 4DWI A; 1N2X A; 4BXO A; 5CWR A; 5ALS A; 1ZQO A; 1UQV A; 5CB1 A; 3D6J A; 1NJY A; 1LVH A; 5HML A; 2LBO A; 4CF3 A; 4K4G A; 4M9N A; 4P0Q A; 2OWO A; 3PW0 A; 5AM3 A; 4Y2X A; 2JEF A; 1N62 A; 4U6P A; 2ZTC A; 4XQ8 A; 1BGX T; 3BS7 A; 1UCV A; 2ZIW B; 2C2D A; 2EDU A; 2HSZ A; 5IIL A; 5DB7 A; 3EW9 A; 1SKS A; 4DFM A; 3DDH A; 4ED6 A; 3EWA A; 1ZJM A; 4GXJ A; 2FPK A; 1LB2 B; 1ZD5 A; 4Y2J A; 3RH4 A; 1KN5 A; 1JI7 A; 1TVA A; 1KDH A; 1OXJ A; 4J9P A; 4DQI A; 1WWU A; 1RM6 C; 7ICQ A; 1KRP A; 8ICS A; 3ICX A; 9ICF A; 2OM6 A; 5AK3 A; 1RPL A; 5ALN A; 3SAF A; 5K4L A; 2BCQ A; 4F5R A; 1UHU A; 2QB1 A; 1BPE A; 2MUT B; 9ICH A; 3QU7 A; 2HHW A; 9ICK A; 5KFM A; 3BZK A; 2G06 A; 1SZP A; 1Q8K A; 2KHV A; 2B6G A; 1ZQW A; 4JWN A; 5ALX A; 1ED1 A; 3GZF A; 2XVT A; 2HHV A; 2E8P A; 1PUZ A; 4OD0 A; 4XRH A; 2AGO A; 3C28 A; 5DG9 A; 4NLG A; 4QZA A; 4QIW F; 4UB1 A; 2MUT A; 1L7O A; 1V9P A; 5BPC A; 1F5S A; 2QAR A; 3BQ2 A; 5AKG A; 2ZIU A; 3CRX A; 4M6W A; 3SZ2 A; 1X9W A; 3IHQ B; 4CCH A; 8ICU A; 4DLE A; 4KLQ A; 1IG6 A; 7ICU A; 8ICG A; 5AKK A; 2XCP A; 5ALL A; 2ASL A; 4UAY A; 4GXK A; 4C4T A; 2J6U A; 2LI6 A; 1MN8 A; 3E0F A; 3RB3 A; 4EEL A; 2HW3 A; 4US9 A; 2BPG A; 2UVU A; 2BDU A; 2W54 A; 1S8O A; 1Q46 A; 4DFD A; 2RDI A; 2K4I A; 2RQ5 A; 4F4Y A; 4I2B A; 3OSN A; 5IIK A; 4DQS A; 2DL0 A; 2HDO A; 2Q4T A; 2GH1 A; 3QYP A; 4FZL A; 3WK9 A; 3PO5 A; 3IV6 A; 3Q8M A; 2JZB A; 3GIJ A; 5KG7 A; 3JPR A; 1FEZ A; 2ASD A; 2ESE A; 4YXJ A; 5D46 A; 2KIW A; 4F4K A; 4BWM A; 1PK3 A; 1SWV A; 5KFO A; 2KKP A; 3TQ1 A; 4QWC A; 5KT7 A; 8ICX A; 3QUQ A; 2XO7 A; 5E79 U; 4NWI A; 2WAQ F; 3M6K A; 1L7P A; 4EX6 A; 2W04 A; 4BUG A; 4F5P A; 5AM0 A; 2OHF A; 4F3O A; 3QX7 A; 4P4O A; 5TZV A; 4M9G A; 4DF4 A; 2XY5 A; 5CHG A; 1PZN A; 1TAM A; 2AHO B; 3LDA A; 4GXI A; 2KSO A; 3OJS A; 2W11 A; 4RPZ A; 1SWW A; 8ICR A; 8ICZ A; 3JPP A; 4UAS A; 3V7K A; 2R8J A; 2JRZ A; 3IRU A; 9ICS A; 4I29 A; 3QEA Z; 1QTM A; 1KFT A; 4FBT A; 4O3N A; 3A0H U; 4MEY A; 4IQV A; 4UAZ A; 2LPE A; 2FMP A; 2ZUC A; 4Q45 A; 5ALQ A; 4P0P A; 2HBJ A; 1LKY B; 3OSP A; 2DWQ A; 5KFT A; 4IQT A; 1KBU A; 4NLB A; 3H0R B; 2OH2 A; 2JR5 A; 3N7S C; 1S5L U; 1NZB A; 4YD1 A; 3RF9 A; 2DKX A; 7ICH A; 5C5J A; 9ICN A; 3H8S A; 1QQ5 A; 2W9A A; 4ICA A; 2FMQ A; 5ALV A; 4ECS A; 1QCK A; 3JPO A; 3WKC A; 4QZD A; 4F50 A; 4DOC A; 3SAG A; 4UAW A; 5J0X A; 4I28 A; 3RJH A; 4DSF A; 3GIL A; 1L8L A; 4Q8E A; 2BDP A; 3KHR A; 4PGY A; 4DL6 A; 3RB6 A; 1D8B A; 9ICP A; 4CGZ A; 2KVC A; 2W8L A; 2PMZ F; 4DSI A; 5HNK A; 1NK4 A; 3NUQ A; 1NK5 A; 4WJ3 B; 1JRP A; 4ELV A; 5KG0 A; 5KT3 A; 2LYB A; 1BPD A; 3CW2 C; 2YMP A; 1SB3 C; 4J9Q A; 5KAF U; 3AEV A; 2HHX A; 3WK7 A; 4O5E A; 2KZZ A; 1S76 D; 1NK8 A; 2JEG A; 2P6U A; 3TFS A; 5AHX A; 1ZXI A; 4BX9 C; 4KIT B; 3GV8 B; 3F5E A; 2AGQ A; 2BCS A; 1MSW D; 3H0M B; 4DSJ A; 3RAX A; 3GIM A; 2HHU A; 3Q8R B; 1Z19 A; 1RYR A; 3ETL A; 4F5N A; 3I76 A; 3ZDE A; 3BZC A; 2WFA A; 5AK6 A; 4I2I A; 5AI8 A; 2PKE A; 2NO4 A; 3BQ0 A; 4QWE A; 4O9M A; 4QWD A; 2IHN A; 5B66 U; 2AU0 A; 2WTF A; 9ICM A; 5DGA A; 2Q0Z X; 1RXV A; 4UAT A; 1Z4N A; 2ZTD A; 3DV9 A; 2KEY A; 5KFP A; 2BR0 A; 2AQ0 A; 3LK9 A; 2MU2 A; 4CF4 A; 4RT3 A; 4FO6 A; 1UPH A; 2M0N A; 3QUB A; 4KLJ A; 2KK0 A; 2G09 A; 1NK9 A; 3BDP A; 5L1I A; 1TK5 A; 4AYB F; 3GV7 B; 2LMR A; 4RQ1 A; 1URJ A; 3HKZ F; 3ETR A; 4XA5 A; 5AIB A; 3F5A A; 2F1H A; 3Q8P B; 1TV9 A; 3ZI4 A; 2CN1 A; 2R18 A; 4Y2V A; 5J2F A; 4ELT A; 3D2Q A; 4TQR A; 2W9M A; 2HMX A; 2DFL A; 4C8M A; 5AKI A; 1X66 A; 4F5O A; 4M47 A; 4J9S A; 4YR2 A; 4RUA A; 2G0A A; 5AM4 A; 2BGW A; 3LVW A; 4DEZ A; 2EAM A; 3H4D A; 3NVW A; 2RHF A; 4C80 A; 5KT4 A; 4FZN A; 3FDS A; 4UB3 A; 3PR4 A; 3BS5 A; 3DEE A; 4YQW A; 4PL1 A; 2HBM A; 4EEY A; 2NRT A; 3C29 A; 3NVZ A; 3SYZ A; 2VA8 A; 2KHQ A; 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1ZQN A; 3LWM A; 3TAC B; 4MFF A; 1GO3 F; 4ECY A; 8ICE A; 7ICK A; 2H3Z A; 4Z6D A; 3B0X A; 5DBB A; 3I28 A; 1XSN A; 3HIL A; 3PW5 A; 8ICQ A; 2E3T A; 2WF8 A; 2ES6 A; 1JN3 A; 1NKB A; 2BCR A; 5KT2 A; 2D8C A; 2ZIU B; 2IOF A; 2M9N A; 5AK5 A; 1SIJ A; 3EPI A; 3D2S A; 5L1K A; 1Z00 B; 3KKA C; 3U26 A; 4DSE A; 9ICR A; 1TE2 A; 5B5E U; 3LVV A; 4QIW C; 4MF8 A; 1B43 A; 5ALZ A; 1PVR A; 5DDY A; 4QZG A; 2GLE A; 4EZ9 A; 2WF9 A; 4O5K A; 4I27 A; 3C5G A; 1HJP A; 1YZ6 A; 3NVY A; 3QUC A; 1XU4 A; 5ALY A; 2MAX A; 2KP7 A; 3O0F A; 5KFJ A; 4F91 B; 1FO4 A; 5J0Y A; 5J2A A; 4YR0 A; 3IG8 A; 4R66 A; 3Q8S B; 1Y88 A; 5DB6 A; 3MC1 A; 4FE3 A; 4KX5 A; 5A0L A; 2LHT A; 3M9N B; 1NK7 A; 4GC7 A; 5J0O A; 4US8 A; 1U49 A; 3BQT A; 1COK A; 4NY8 A; 2I6X A; 7ICM A; 2XI9 A; 4EBE A; 3RR8 A; 4YR3 A; 4OJ5 A; 4DLG A; 4Y2S A; 4O3R A; 2KZ3 A; 5J0P A; 4EEN A; 5IIN A; 4KLT A; 5D49 A; 3T5H A; 4O3Q A; 1NKE A; 5DLF A; 3OHA A; 4DS5 A; 1SZH A; 2Y1I A; 4J9M A; 4JK1 A; 1PK1 B; 8ICJ A; 2ZIV A; 1Z3E B; 5KFY A; 4KLU A; 2BCU A; 5KFG A; 1DOQ A; 2NYV A; 4PH5 A; 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