The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
122
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structure length |
122
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Chain Sequence |
GSSGSSGEAQTRVKLNFLDQIAKYWELQGSTLKIPHVERKILDLFQLNKLVAEEGGFAVVCKDRKWTKIATKMGFAPGKAVGSHIRGHYERILNPYNLFLSGDSLRCLQKPNLTSDTKDKEY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
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| molecule keywords |
Jumonji, AT rich interactive domain 1B
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| publication title |
Solution structure of the ARID domain of Jarid1b protein
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
22
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| structure length |
122
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| sequence length |
122
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KKX A; 1IG6 A; 2LM1 A; 5K4L A; 2OEH A; 2LI6 A; 2EH9 A; 4LJX A; 2CXY A; 1RYU A; 2KK0 A; 2RQ5 A; 1KQQ A; 1C20 A; 1KN5 A; 2EQY A; 2JXJ A; 2YQE A; 2JRZ A; 5CEH A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5J2G A; 1NI3 A; 2JEI A; 8ICQ A; 2KIW A; 1ZQM A; 2ZIX A; 5AI8 A; 3N97 B; 5KFG A; 5KG2 A; 3GIM A; 3RJI A; 7ICV A; 3MFH A; 1RG6 A; 2RQ5 A; 3NAS A; 9ICV A; 1JMS A; 4UBB A; 2C2D A; 1ZQL A; 1C7Y A; 2XGP A; 1DK3 A; 4C7Y A; 4RUC A; 5IIJ A; 2HBK A; 3HX0 A; 1RXV A; 4RQN A; 1DGS A; 4G9B A; 7ICE A; 4UB2 A; 3RRH A; 4BXO B; 1Q3U A; 3KHR A; 4UW9 A; 2UVW A; 2YX8 A; 2EZX A; 5AM4 A; 1S9F A; 3PVX A; 5KFR A; 4QZ9 A; 1RZT A; 5JTI A; 3F2B A; 3PX0 A; 5E79 U; 1NJX A; 5KFT A; 2QB0 B; 2JV3 A; 5J2I A; 3NRZ A; 2OHF A; 2K4E A; 2G5H B; 4KLG A; 2AQ0 A; 2I1Q A; 2AH5 A; 1SXD A; 4EEY A; 5AI9 A; 1PK3 A; 2V4Q A; 4B9T A; 3M9M B; 2F77 X; 4F4Z A; 2HBM A; 3AMZ A; 7ICJ A; 4M9H A; 3JPP A; 4KX3 A; 2PXI A; 4I2J A; 1X40 A; 1PVR A; 3RF9 A; 4O0I A; 4KN4 A; 3CYM A; 4LZG A; 2YB4 A; 1K1S A; 2I5H A; 1MA7 A; 2JMG A; 1K5O A; 4HYK A; 2D3D A; 2KNJ A; 2MAX A; 2NRZ A; 2DKX A; 2LI6 A; 4FBT A; 2KN7 A; 2HW3 A; 2XCA A; 1XSN A; 2H3F A; 4BWM A; 1IV8 A; 3T3F A; 5DB8 A; 4P0P B; 5HML A; 2QB0 A; 5J0O A; 5EWG A; 4QIW C; 3OJS A; 4MHV A; 4I2B A; 5C5J A; 1ZQJ A; 2NO5 A; 7ICQ A; 1NKC A; 4Z6F A; 1XNS A; 2I6X A; 4YP3 A; 4F5O A; 4QZD A; 4I27 A; 3TAP A; 1N5W A; 5B66 U; 1LB2 B; 4K4H A; 3ZD8 A; 4Y2R A; 5IIO A; 1WWU A; 2EAM A; 4B9N A; 2B0C A; 3D6J A; 1SXE A; 2BDU A; 3ETR A; 4J9M A; 4EEK A; 1V9P A; 3ISD A; 2P6U A; 4Z6E A; 3V6H A; 4QWA A; 8ICW A; 4TUQ A; 1KL9 A; 2Q4T A; 4KLH A; 4OJP A; 2NRW A; 5AK4 A; 4KN7 A; 4DL7 A; 3T5K A; 2WTF A; 1QTM A; 2KJ9 A; 3WK5 A; 4RQ2 A; 3V6K A; 5AI0 A; 2ESE A; 1Z4N A; 4DSF A; 5KFV A; 3WKE A; 3GFK B; 2L5Y A; 3K75 D; 5AKX A; 1RDF A; 2EZZ A; 4J9R A; 3H0R B; 4QZE A; 1XO1 A; 2HVH A; 9ICP A; 1DGJ A; 3SAH A; 4J9N A; 4P0P A; 4B9U A; 3TAN A; 8ICI A; 3PSF A; 4KLJ A; 3UM9 A; 1L7N A; 3ZDD A; 3EZ5 A; 8ICO A; 4FZN A; 3HW8 A; 1C20 A; 1RPL A; 4C4T A; 1MN8 A; 5DG9 A; 3FAH A; 5D46 A; 3UMC A; 4IR1 A; 2Y1J A; 5ALF A; 3KKA C; 3BQ2 A; 4RT3 A; 2BCS A; 1D9D A; 2ZUD A; 4RZR A; 5KG3 A; 3E2E A; 3N7P D; 5CP2 A; 1T7P A; 1ZQN A; 2W43 A; 4NXZ A; 4QW8 A; 8ICK A; 4HAI A; 4F93 B; 3ZDA A; 3QZ7 A; 2FMS A; 1ZQE A; 4UAZ A; 1XSP A; 3BZK A; 1KLN A; 2FDR A; 2WF7 A; 3PML A; 5JRT A; 4PHA A; 1NZP A; 4QJF B; 2YB1 A; 4RPX A; 5EWE A; 3RB6 A; 2A3V A; 2RDJ A; 2Q0Z X; 4JV2 A; 5EE3 A; 3KHH A; 3KZI U; 2ODG A; 2KP7 A; 1N61 A; 3G6X A; 4P0Q B; 4C7Z A; 1KW4 A; 1Y88 A; 2BDP A; 4FZL A; 2Z7J A; 2WF6 A; 1U9L A; 3E0F A; 4RNO A; 2C28 A; 1COK A; 3QEB Z; 3HT3 A; 1VJ5 A; 1FIQ A; 1RQL A; 5EE9 A; 2YY6 A; 3HKZ C; 1QSS A; 2BPC A; 4ZOH C; 2XY7 A; 2PFO A; 5J2H A; 3H4B A; 4F5R A; 4PZO A; 9ICH A; 4B9M A; 5J0S A; 3SV3 A; 1L8L A; 1WCL A; 1SV0 A; 3SQI A; 4O3P A; 4QZA A; 5J8Y C; 3RAX A; 4FS2 A; 4UAU A; 4PGY A; 5HHI A; 7ICI A; 2O6K A; 3LDA A; 2AHO B; 3TAD C; 3ISC A; 4PZN A; 3ZI4 A; 2F76 X; 2MUT B; 2ZUB A; 2ZJ8 A; 3RB0 A; 5G5H A; 1NJZ A; 2LM1 A; 5KFL A; 2FLN A; 4P0Q A; 1KBU A; 5ALZ A; 2W3S A; 3C23 A; 1TK8 A; 4BGD A; 2ZTC A; 4YR0 A; 5DKW A; 3ONN A; 1ZQU A; 3M9N B; 2K4H A; 4M9N A; 1NJY A; 1ZQH A; 1UPH A; 1LKY B; 3NVZ A; 5AKI A; 2VA3 A; 3IP4 B; 4O3Q A; 4WJ3 B; 3QU9 A; 1NKE A; 2W04 A; 2KZZ A; 4FO6 A; 1SZH A; 1Z3E B; 4F92 B; 4DF8 A; 2JEF A; 1D8B A; 3QNM A; 4UAY A; 5EE1 A; 3M6K A; 1ZXI A; 3UXP A; 2RP5 A; 3QUC A; 3R9K A; 3MGV A; 5J2F A; 5AIB A; 5J0T A; 5J2J A; 3F2C A; 5IIM A; 2HDO A; 2NV3 A; 3LWL A; 3QE9 Y; 5J0P A; 2VA2 A; 4NL9 C; 7ICS A; 2NYV A; 2DPJ A; 4CF4 A; 7ICK A; 4EEN A; 2F8L A; 2EH9 A; 4IRD A; 4PGX A; 2HOF A; 2XI9 A; 4J9K A; 4CDG A; 2MUT A; 4IL6 U; 4R63 A; 2F1I A; 1BPY A; 5L9X A; 3F5E A; 5EWF A; 1N62 A; 4DFM A; 1SL0 A; 4EZ6 A; 4OD0 A; 4DL5 A; 3UMB A; 3HP6 A; 5F9L A; 5J2C A; 4TQS A; 3H8W A; 1NK0 A; 4KLQ A; 1L3T A; 1LKY A; 3H8M A; 1KDH A; 1QH9 A; 2E5S A; 2KZ3 A; 3QYP A; 3ORY A; 3SD7 A; 4DSE A; 3HKZ F; 2ZG6 A; 4OJ5 A; 3TFS A; 3RBD A; 3PY8 A; 3GV5 B; 5DB9 A; 4C8M A; 5HP4 A; 2G0A A; 4KLM A; 5J2K A; 2G07 A; 4QZF A; 2PFN A; 5J2D A; 5AKZ A; 8ICU A; 2IOH A; 5DDM A; 1MQ2 A; 3O0F A; 5KL8 B; 2E3T A; 5DQI A; 2GH1 A; 3KZX A; 5J2E A; 3SEI A; 4M47 A; 4DFJ A; 1BPE A; 2HHW A; 1XS9 D; 2PI5 A; 2C2R A; 1MC8 A; 4F8R A; 4F4W A; 4F4K A; 1SGG A; 5BOL A; 5TIS U; 3SAF A; 3MBY A; 7ICH A; 3ZD9 A; 4UB6 U; 4PH5 A; 4UB3 A; 4IR9 A; 1BPD A; 3FYH A; 2AXT U; 5KT3 A; 5KG6 A; 4RT2 A; 2E8N A; 2IOF K; 1IG6 A; 2BKE A; 2W11 A; 5AKK A; 4JUZ A; 4NJ8 A; 2M9N A; 4RQ8 A; 3RH6 A; 1ZQQ A; 1RXW A; 2LMR A; 2W3R A; 4ECT A; 3PW7 A; 3H8S A; 4O3S A; 3RAQ A; 1RQN A; 4KLS A; 1ZQT A; 9ICC A; 4F2R A; 3H8J A; 3QU2 A; 4GC7 A; 4PJ0 U; 9ICF A; 1KFD A; 2K4I A; 3MGI A; 2VJ5 A; 2HHU A; 1SIJ A; 4KLT A; 4QWC A; 4AYB C; 4YQW A; 5HNK A; 4KLI A; 2JZB B; 5AKJ A; 5KFJ A; 5KFS A; 1Q8K A; 3SMV A; 5ALG A; 2HHS A; 9ICX A; 1Q3V A; 3FM9 A; 1T3N A; 3T5L A; 1ZET A; 3OGU A; 2Y0S C; 3N28 A; 3C28 A; 2MU2 A; 4U6P A; 4UB5 A; 9ICR A; 5KFN A; 3QU5 A; 4K4G A; 9ICI A; 4RQ3 A; 4MF8 A; 4EX7 A; 2W03 A; 3PR5 B; 1NK8 A; 2JH7 A; 1A6S A; 1DXS A; 5KT4 A; 4LZD A; 2E8P A; 2W55 A; 1Z1V A; 3FC4 A; 4GLX A; 1JXL A; 8ICL A; 1UA0 A; 5KAI U; 8ICM A; 3N7S C; 1VLB A; 3C2K A; 2BCV A; 3HWT A; 4USA A; 4O5E A; 2WF9 A; 1ZRN A; 3PNC A; 3BQ7 A; 2XCP A; 5J0X A; 3SAG A; 5AKE A; 2JZB A; 3T5J A; 2VAN A; 3AU6 A; 3RJF A; 3IG8 A; 8ICR A; 2ASL A; 3A0B U; 2AU0 A; 2W9A A; 2WB1 C; 1OXJ A; 5EE0 A; 2J6T A; 4O3R A; 3CNH A; 2K89 A; 4IS7 A; 3KD3 A; 2AJQ A; 5B5E U; 5J0R A; 1L7O A; 5ALH A; 5KFA A; 4NM2 A; 4KMU A; 4FFD A; 1N63 A; 1LVH A; 2QLT A; 4UAR A; 2W54 A; 2KKP A; 2G09 A; 3WK4 A; 4YMN A; 2KEY A; 1D8Y A; 1PUZ A; 5KFY A; 7ICR A; 1WG8 A; 5AKY A; 1U49 A; 2E1E A; 4JWM A; 4US9 A; 3H40 A; 3NVV A; 3OJU A; 4MFA A; 2PMZ C; 4M9G A; 3F2D A; 2BGW A; 1Z00 A; 1ZQI A; 1L8O A; 1V97 A; 3OSN A; 1IM4 A; 4AYB F; 4NWI A; 3OTQ A; 2D6F C; 5AM3 A; 1JRO A; 4ECQ A; 4RQM A; 2V9W A; 2XIC A; 4XA5 A; 3PX6 A; 1BNP A; 5BOM A; 5CWR A; 2Y0S F; 1VDV A; 4CGZ A; 2J6U A; 4NLZ A; 3GV7 B; 1PK1 B; 4C8N A; 4ED1 A; 2YML A; 3JPQ A; 2KFZ A; 9ICE A; 4BWJ A; 4QZI A; 4MFF A; 2KKV A; 3C2L A; 2KFN A; 1FFU A; 5AKL A; 3L4P A; 9ICM A; 4UB8 U; 3EPI A; 1ZQW A; 4QW9 A; 2JEJ A; 5DBB A; 2H3Q A; 5DB7 A; 2K4P A; 4C8K A; 3ETL A; 4ECW A; 4YMO A; 1UCV A; 2IHN A; 4ZH4 A; 5L1K A; 5J8Y A; 2QKQ A; 2EAO A; 3SI8 A; 2HCF A; 1X9M A; 5AK6 A; 1SZP A; 2OCE A; 9ICG A; 9ICA A; 2BQU A; 3GDX A; 4C80 A; 8ICT A; 4UB4 A; 1ZQV A; 2WHE A; 4QNL A; 3Q8S B; 2NO4 A; 2XID A; 1ECW A; 5CR0 A; 1K1Q A; 3L3F X; 4P4O A; 1TAQ A; 1QSL A; 2H3I A; 4OJO A; 2NRT A; 2OH2 A; 1U4B A; 1B0X A; 4Z6C A; 3C21 A; 1DK2 A; 5KFW A; 1Z19 A; 2ISO A; 4F5Q A; 2WB1 F; 4NM1 A; 1KFT A; 3KFU F; 3B0X A; 3BQT A; 1PK1 A; 8ICY A; 2KIV A; 5L1M A; 4B6J A; 4YVZ A; 1ZQG A; 4O5C A; 4IC9 A; 4KLF A; 3GZF A; 2HVI A; 2LYH A; 4BX9 C; 5ALY A; 3QU4 A; 5J2B A; 4Q43 A; 3N7R C; 1XO0 A; 3ED5 A; 2HOI A; 5H2F U; 1ZQR A; 5CEH A; 5GTI U; 1SL1 A; 3PMN A; 2ZXI A; 2MSN A; 1MQ3 A; 5AIC A; 3M6Z A; 1QQ7 A; 4BJQ A; 3GV8 B; 4DQP A; 1L5U A; 4GIB A; 4RPZ A; 4FS1 A; 3RJJ A; 4NL9 A; 2PMZ F; 9ICW A; 4F4X A; 3M7D A; 4DS5 A; 4C4S A; 5DGB A; 3BDP A; 4ACO A; 5CJ7 A; 5AM0 A; 1TV9 A; 4ELV A; 4U7C A; 5K4L A; 2R8K A; 1V85 A; 3OPX A; 1ZD2 P; 2BQ3 A; 4CE6 A; 5KFD A; 2BQR A; 1X9X A; 4FE3 A; 2R8I A; 4Y2T A; 1SWV A; 7ICP A; 5KAF U; 1V38 A; 5KFE A; 4R64 A; 1QCK A; 4YR2 A; 1L3U A; 3PW2 A; 1YZ6 A; 5KFU A; 5ALW A; 3AQE A; 1TAM A; 4QIW F; 5ALI A; 5ALK A; 1UQV A; 1NZB A; 4MEY A; 3UMG A; 3CW2 C; 4ED6 A; 3T5H A; 2P66 A; 4Q8F A; 4J9L A; 3E58 A; 4IRC A; 4ED3 A; 5ALM A; 4YCX A; 1IXR A; 2BZF A; 5DBC A; 3TAQ A; 1QSY A; 4X5V A; 2F2A B; 3KOO A; 2W7P A; 2HHT A; 3IV6 A; 9ICB A; 4YD1 A; 2KHV A; 3WK7 A; 3K4G A; 3V72 A; 2JEG A; 4NLC A; 1BGX T; 4EEL A; 4KIT B; 2OEH A; 5CHG A; 4US8 A; 1XC9 A; 7ICN A; 1S0N A; 1JAL A; 1A77 A; 4ELT A; 5KFQ A; 2Y9U A; 4QZG A; 4EYI B; 1ZYQ A; 2ZIW B; 1SB3 C; 1O08 A; 1XSL A; 2BPG A; 2FMQ A; 9ICL A; 2YMM A; 2HHV A; 4Y2Q A; 4NLK A; 3EPG A; 3D2S A; 4PL1 A; 5L1J A; 1HEK A; 4MF2 A; 2RLT A; 1A0P A; 3Q8K A; 5KFK A; 4R66 A; 1CI4 A; 2KVS A; 1BPZ A; 1ZD4 A; 4DOC A; 2W7O A; 4RNM A; 1NKB A; 4RQ7 A; 2ATL A; 1UT8 A; 2JXJ A; 1JRP A; 2JRZ A; 5KT7 A; 1SKS A; 3PW4 A; 1JIH A; 4M2Y A; 2PI4 A; 1NK9 A; 3MDC A; 2RHF A; 3S6J A; 2KIC A; 3MR5 A; 3F5A A; 1WYG A; 2UVU A; 2BHN A; 3RJK A; 1BPB A; 2ZIU B; 4RPY A; 5J0W A; 2YN4 A; 4O5K A; 1YZ7 A; 3RJE A; 1WCN A; 1PZN A; 1CEZ A; 2XGQ A; 3HIL A; 4F5P A; 5DGA A; 2M0N A; 2ZTD A; 4LVS A; 1KN5 A; 4Y2U A; 3MFI A; 3PW5 A; 1L7M A; 3QXG A; 2FLP A; 5AI5 A; 1ZQD A; 3DV9 A; 3RJH A; 2FJ6 A; 2ZIW A; 3WK9 A; 3K1R B; 3GII A; 3KBB A; 4DLG A; 4DS4 A; 3M9O B; 1KFS A; 2KV2 A; 5KFB A; 2W8K A; 1F44 A; 5TZV A; 3AU2 A; 4I29 A; 4IQU A; 4KX5 A; 1A76 A; 9ICK A; 5FP0 A; 3ZDE A; 4DFK A; 4CCH A; 5KT2 A; 4I2G A; 1KKX A; 5IIN A; 5HHH A; 2MA1 A; 3NUQ A; 1ZQA A; 7ICG A; 7ICU A; 2B21 A; 1ZJN A; 4YXM A; 2KVC A; 1X42 A; 2ISP A; 3UPQ A; 3GIK A; 5ALN A; 4F3O A; 3AEV A; 2ZIV B; 4DO9 A; 3TI0 A; 2JGA A; 2IA6 A; 5DLF A; 1UHU A; 2VJ4 A; 3MC1 A; 4JK1 A; 2DUY A; 2EAN A; 4DOB A; 5DBA A; 2ZIU A; 5DG8 A; 1Q46 A; 2AGQ A; 2D8C A; 4TUP A; 1U45 A; 1NK6 A; 2KE7 A; 2CXY A; 3BS5 B; 1TKD A; 4J9P A; 3NGD A; 1J2M A; 2FPM A; 5G5G A; 4DEZ A; 1FEZ A; 3TQ1 A; 3RBE A; 4EBD A; 3AM9 A; 4J9S A; 4XQ8 A; 1NOM A; 3C1Y A; 1IIP A; 4DCC A; 2C2E A; 3NVY A; 1KTQ A; 4KLE A; 5IIL A; 1SV4 A; 3BQ0 A; 3WK8 A; 2F3N A; 5KFX A; 3BS7 A; 4UBC A; 3PX4 A; 3RJG A; 3B9J A; 4CF5 A; 1ZQO A; 2ZIV A; 4ED0 A; 3DEE A; 5D4B A; 1S77 D; 1N2X A; 4Z6D A; 4UB1 A; 2LYB A; 5DQG A; 4ED7 A; 4RQ4 A; 4IQV A; 4KLO A; 1NNL A; 4DQR A; 4GXJ A; 1S76 D; 5GTH U; 4IQW A; 2LYA A; 8ICS A; 5L1L A; 3H0L B; 1KSP A; 5ALE A; 2GOL A; 5AK3 A; 3BS5 A; 5KFZ A; 4NY8 A; 3SZ2 A; 5J29 A; 1WUD A; 2KJ8 A; 3ZDB A; 5KT6 A; 1SWW A; 3WKD A; 4Y2S A; 1ZQP A; 8ICF A; 8ICZ A; 1DRG A; 3WKA A; 4JV1 A; 1TAU A; 3WU2 U; 2KHQ A; 4ECU A; 2H3V A; 1ZQF A; 5DLG A; 2JHD A; 3G6V A; 4QWD A; 4OJL A; 3EYZ A; 4G3I A; 2DF4 B; 5ALJ A; 8ICG A; 4IQT A; 1B4F A; 2JR5 A; 4IRK A; 4Q44 A; 1X6I A; 2DL0 A; 4OCZ A; 9ICO A; 5ALD A; 2GWS A; 2BPF A; 1YT3 A; 1SKW A; 2HHX A; 2E8M A; 4KMO B; 1M6Y A; 1S8O A; 1BNO A; 4NLB A; 3QUQ A; 4QWE A; 4B9V A; 2WAQ C; 5J2A A; 3PR4 A; 3C2M A; 4RU9 A; 3SYZ A; 3SR6 A; 9ICN A; 1L6N A; 2PFP A; 4NLG A; 1S0M A; 1NJW A; 3SEN A; 1J2N A; 3NS1 A; 2XVT A; 3V7L A; 4PHE A; 4Y2Y A; 3EUB 2; 2KG5 A; 2EDU A; 2HI0 A; 2FLL A; 5ALO A; 3RTV A; 1Z00 B; 2G06 A; 4UAV A; 4J9O A; 4PHP A; 5KFH A; 4BDP A; 2ASD A; 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