The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
122
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structure length |
122
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Chain Sequence |
b'GSSGSSGEAQTRVKLNFLDQIAKYWELQGSTLKIPHVERKILDLFQLNKLVAEEGGFAVVCKDRKWTKIATKMGFAPGKAVGSHIRGHYERILNPYNLFLSGDSLRCLQKPNLTSDTKDKEY'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Jumonji, AT rich interactive domain 1B
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| publication title |
Solution structure of the ARID domain of Jarid1b protein
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| molecule tags |
Dna binding protein
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| total genus |
22
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| structure length |
122
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| sequence length |
122
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JRZ A; 1IG6 A; 2LI6 A; 5CEH A; 1KQQ A; 4LJX A; 2YQE A; 5K4L A; 2OEH A; 1RYU A; 2LM1 A; 2RQ5 A; 2KK0 A; 2CXY A; 1C20 A; 2EQY A; 1KN5 A; 2EH9 A; 1KKX A; 2JXJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QNM A; 3FC4 A; 4YD2 A; 4QZH A; 4IQT A; 3EPI A; 2A1J B; 1KQQ A; 4EBD A; 3GU3 A; 2FJ6 A; 3JPQ A; 3WKC A; 4J9P A; 2XO7 A; 3M9O B; 2RDI A; 4EX7 A; 4M9J A; 4KIT B; 2JEI A; 4BXO A; 1Z4N A; 5ALY A; 1PVP A; 4I2H A; 1QH9 A; 5CHG A; 5JU5 A; 1XSP A; 1A0P A; 1ZQX A; 3D2S A; 5CEH A; 3C21 A; 5KFJ A; 1L3V A; 2ZIV B; 1ARO P; 2BR0 A; 4PZO A; 2RLT A; 3AUO A; 2WAQ F; 5J0X A; 2E8N A; 4O5E A; 1RYU A; 4C80 A; 3ETL A; 4KN7 A; 4KN4 A; 4MEX A; 2Y0S F; 2JZB A; 2YMM A; 3E2E A; 2QB0 B; 3SAG A; 9ICC A; 3ZDD A; 7ICP A; 3RJE A; 4B9U A; 5ALP A; 1ZQR A; 1ZQE A; 5BOL A; 5J0T A; 3OPX A; 3T5L A; 1SGG A; 2LHT A; 2RP5 A; 1N62 A; 3QZ8 A; 4KLI A; 4NLG A; 4KMU A; 4DL3 A; 4UB2 A; 1A77 A; 3AN1 A; 3HP6 A; 3GV8 B; 1UA1 A; 1MQ2 A; 4M9H A; 4M2Y A; 2KFN A; 4RQN A; 2DL0 A; 1N61 A; 8ICP A; 4PJ0 U; 5JTI A; 5KG6 A; 2Y9U A; 3HPO A; 2XY5 A; 3UQ0 A; 3ED5 A; 4EZ6 A; 2WF6 A; 3OJU A; 3RBE A; 4UAR A; 5AKJ A; 5AK3 A; 4PHE A; 1NJZ A; 1P7D A; 4ED2 A; 3LWM A; 5J0R A; 5D4B A; 2W04 A; 2KHV A; 4BGD A; 3UMC A; 1ZQZ A; 1ZOL A; 1DOQ A; 4EEY A; 4DL7 A; 2WF7 A; 4BUG A; 1ZQV A; 2RRD A; 2R8K A; 4UAV A; 1RYS A; 9ICA A; 1ZQH A; 2VAN A; 1KL9 A; 4RT2 A; 1BPD A; 1LVH A; 5KG5 A; 2W9A A; 3TKA A; 1WCN A; 7ICN A; 1ZRM A; 5K4L A; 2KD1 A; 2MA1 A; 4ELT A; 1V97 A; 2DKX A; 3FM9 A; 3M8S A; 3SAF A; 1X9W A; 2FE9 A; 2W55 A; 3MFH A; 3EWA A; 2NV3 A; 3GQC A; 3TAD A; 3UMB A; 3QU4 A; 4QWE A; 1YZ6 A; 2KIW A; 1DGJ A; 3WK5 A; 2KJ9 A; 5AM4 A; 3AU6 A; 4IR1 A; 1MA7 A; 4DFK A; 3MR3 A; 5KFF A; 3HJE A; 1K1Q A; 1RXW A; 4GC7 A; 3D2Q A; 4QZD A; 3AQE A; 5ALJ A; 3QEA Z; 5TIS U; 1TK0 A; 3DV9 A; 3KKA A; 1NZB A; 3KHL A; 4KLJ A; 9ICV A; 4KLE A; 5IIK A; 3TAN A; 3C29 A; 3N7R C; 2H3Z A; 3K75 D; 1LKY A; 9ICQ A; 2OYY A; 1TV9 A; 1PK1 B; 9ICS A; 1IV8 A; 5AKI A; 3M6Z A; 3RR7 A; 5KFU A; 4BX9 C; 3TAQ A; 4EBC A; 1X9S A; 3BJY A; 3GIL A; 2W3R A; 2KKP A; 3PW0 A; 1HUO A; 5J2C A; 3JPP A; 9ICG A; 5CA7 A; 2EZX A; 2W7O A; 5DQH A; 2E8O A; 5D49 A; 5J2H A; 3C23 A; 2M9N A; 3IG5 A; 3RH6 A; 2C2E A; 2JV3 A; 2K4I A; 2BCV A; 3N97 B; 1DGS A; 2G09 A; 3BQ0 A; 5J0Y A; 2C28 A; 2CXY A; 3H0M B; 2HHQ A; 3HIL A; 7ICI A; 4KLU A; 3D2N A; 5DDM A; 5EE3 A; 1Q3U A; 4NWI A; 2ZUD A; 4C4R A; 3F53 A; 4R64 A; 5DB6 A; 5F3X B; 1L5U A; 2KVS A; 4NM2 A; 2V4R A; 2OXO A; 4U6P A; 4TUQ A; 5III A; 3PW2 A; 1OXJ A; 2ZJ8 A; 1ZD5 A; 2LPE A; 2PXI A; 3MGH A; 4DSJ A; 1S0V A; 2I6X A; 5KT7 A; 1B43 A; 2F8L A; 2ZJA A; 2KV2 A; 4IC9 A; 4ZH4 A; 5J2B A; 2Y9T A; 5DQG A; 5J2F A; 1KKX A; 2G5H B; 2DF4 B; 4UAY A; 4KLQ A; 7ICT A; 1SXE A; 3BZC A; 3M1Y A; 2XCP A; 1IG6 A; 4C4S A; 5KL1 B; 5DKW A; 4DO9 A; 1YT3 A; 4ED3 A; 2KHQ A; 5KFE A; 5AKK A; 3OSP A; 5KAF U; 3L5K A; 3SI8 A; 5AM2 A; 1PK3 A; 2PFP A; 4ZOH C; 1KFD A; 1QSS A; 1IXR A; 4M6W B; 3ZDB A; 1NZP A; 3M6K A; 2F76 X; 4LZG A; 2ZG6 A; 4EEL A; 2CRX A; 5HMM A; 2IHN A; 3V6K A; 4NLZ A; 5HP4 A; 1L7P A; 4DS4 A; 4RUC A; 4JWN A; 4LJX A; 1BPZ A; 2ZTC A; 3QE9 Y; 1ZQP A; 1KSP A; 2H3I A; 2LBO A; 5EWE A; 2W8L A; 4B9V A; 2I5H A; 9ICB A; 2KK0 A; 5ALG A; 1C20 A; 8ICL A; 4FFD A; 1F0M A; 1RG6 A; 4TUR A; 7ICV A; 1SZH A; 3IRU A; 2AXT U; 1BPY A; 3A0B U; 4PHP A; 4FBT A; 4YQW A; 3QX7 A; 3WK7 A; 4B6J A; 3BQ7 A; 5ALE A; 4RT3 A; 4F3O A; 2FI1 A; 4BXO B; 5KFY A; 3N4M B; 2HDO A; 2ZIX A; 1S10 A; 4O3N A; 5KFG A; 4JV2 A; 1NK8 A; 3IN5 A; 3ZI4 A; 3OHB A; 3NVV A; 3C1Y A; 2KJ5 A; 4B9M A; 3N7S C; 2J6T A; 7ICS A; 1K5O A; 4PZN A; 2W43 A; 3KTQ A; 4YG2 A; 2G07 A; 3H0R B; 5KFP A; 4KLS A; 9ICF A; 5IIJ A; 1T3Q A; 2EH9 A; 4UAW A; 4KMO B; 1ZQF A; 1JRP A; 5KFC A; 3PMN A; 3QUB A; 8ICY A; 4K4G A; 1KW4 A; 2KZ3 A; 8ICU A; 3HKZ C; 1RDF A; 3SEN A; 4IR9 A; 2K8C B; 5DB8 A; 4JK1 A; 3BZK A; 3PW5 A; 1J2N A; 4PGQ A; 4O9M A; 2DQN B; 2IOF A; 4WJ3 B; 5AI4 A; 2G06 A; 5J0W A; 4JMU A; 4QNL A; 1CUK A; 4GC6 A; 8ICW A; 5ALV A; 1Z4O A; 2D8C A; 3F5E A; 3GII A; 3FYH A; 5GTI U; 2XIC A; 5KG4 A; 4E0D A; 4YMN A; 2K60 A; 1U45 A; 3WK4 A; 2AHO B; 4ED6 A; 3JPN A; 3C5F A; 3N28 A; 1NJX A; 4KLO A; 2R8J A; 1B0X A; 3MBY A; 2EAM A; 2HHU A; 4C7Z A; 4M9N A; 2R18 A; 2VJ5 A; 2FMQ A; 2PI4 A; 2H3F A; 4R8U A; 4ELV A; 7ICL A; 3H40 A; 2QKQ A; 3OJS A; 2YTU A; 3QU2 A; 2GLE A; 3T5H A; 1MSW D; 9ICE A; 4YR0 A; 9ICW A; 4Z6D A; 4ECU A; 5J0S A; 8ICQ A; 5KT6 A; 1QSY A; 2RHF A; 2JH1 A; 1RPL A; 1O03 A; 2EDU A; 9ICL A; 3L4P A; 2YQE A; 2LKY A; 4MEY A; 5EOZ A; 2EZZ A; 2LMR A; 4FE3 A; 1SKS A; 3QEB Z; 1Z1B A; 3GFK B; 1SKR A; 2KEY A; 2F3N A; 1X9X A; 3QU7 A; 5DG8 A; 7ICJ A; 3ZD9 A; 4OJO A; 3I1Y A; 2JEJ A; 3QUT A; 8ICH A; 1Z1V A; 1MN8 A; 3RTV A; 5JUM A; 4YN4 A; 7ICU A; 2HVI A; 5AIA A; 5DB7 A; 4P4P A; 1ED1 A; 1OUQ A; 1AQ6 A; 1ZQY A; 2A1A A; 4MHV A; 2VJ4 A; 4QJF B; 1Z19 A; 4CF5 A; 5HNK A; 4XRH A; 2W54 A; 3NVZ A; 2FLN A; 4KLT A; 2H3Q A; 4Z6E A; 4QWD A; 1OW5 A; 1S9F A; 4EEK A; 3TFS A; 5G5G A; 3HT3 A; 4PGX A; 4HYK A; 1KBU A; 4J9N A; 2H5X A; 5AM3 A; 3TAR A; 4DLG A; 4O5K A; 4RPY A; 1O08 A; 2E1E A; 3SD7 A; 2HBK A; 4LVS A; 5AIC A; 1WWU A; 4Z6C A; 4F2S A; 3TAD C; 1D9F A; 5IIL A; 2NYV A; 3J81 j; 1TVA A; 2EAP A; 2ZTD A; 1X40 A; 4KX3 A; 2MU2 A; 3PNC A; 4BJQ A; 3BQT A; 2LYB A; 2F44 A; 2RDJ A; 2VA8 A; 1J2M A; 1Q46 A; 3PX4 A; 2B6G A; 2GOL A; 2HOF A; 3RJH A; 2WB1 C; 3WK8 A; 1JI7 A; 2JRZ A; 4CF4 A; 1XO0 A; 1NKE A; 4F2R A; 2AGP A; 2HBL A; 1NK5 A; 3KKA C; 1NKB A; 4XUS A; 2ZIU A; 5L1I A; 2HOQ A; 2E5S A; 2IMW P; 1N63 A; 4Y2X A; 4QZI A; 4XA5 A; 4EX6 A; 4ECY A; 2MSN A; 2P35 A; 3QXG A; 1NJY A; 3E58 A; 4Y2T A; 2HBJ A; 3PR5 B; 3H8M A; 4AP9 A; 7ICR A; 2QB1 A; 2KIC A; 2K4E A; 2P6U A; 1J97 A; 3C1Z A; 1FFV A; 5KFN A; 3FAH A; 3TAC B; 4C0Z A; 1BVS A; 1LV5 A; 2VA3 A; 4YR2 A; 3PR4 A; 2ZTE A; 1TAQ A; 9ICR A; 2BGW A; 5KL8 B; 3SV3 A; 4O0I A; 2KOB A; 5T14 A; 4UB4 A; 4DQI A; 7ICO A; 3PW4 A; 4F50 A; 1ECW A; 2B0C A; 4UB5 A; 5KG3 A; 3B0Y A; 2JGA A; 4CNQ A; 4AYB C; 4DL6 A; 5ALW A; 4UW9 A; 2JH7 A; 2OCE A; 4I2D A; 4HAI A; 1MQ3 A; 2ZIW A; 2WHE A; 3T3F A; 4PPX A; 4J9O A; 1QQ5 A; 1SZP A; 3FDS A; 2BDU A; 3EPG A; 2KG5 A; 4EYI B; 2EAN A; 3IV6 A; 1WWV A; 3KOO A; 5AKH A; 3M9N B; 4DL5 A; 4Q8F A; 1SWW A; 4ECR A; 5AM0 A; 2HHT A; 1V85 A; 4IRC A; 5KFS A; 4YFK A; 2DBY A; 7ICH A; 1N5X A; 1L6N A; 3ISD A; 3MR6 A; 4F92 B; 3C2L A; 2FLP A; 3PSI A; 2HSZ A; 4KLF A; 1Z3E B; 3V7K A; 5B66 U; 4ICA A; 1S0O A; 2G08 A; 1RYR A; 4GXI A; 1X2I A; 3CP8 A; 4P0P A; 2BKE A; 3OHA A; 2KTQ A; 2MUT A; 4J9K A; 4Y2S A; 1BNP A; 1MC8 A; 3THV A; 3DEE A; 4UBC A; 8ICJ A; 1HJP A; 3RRH A; 2UVW A; 2XY6 A; 1A6S A; 3QYP A; 3M9M B; 1RQL A; 1ZRN A; 4GFJ A; 3Q8P B; 4RPZ A; 3UPQ A; 3H0L B; 2UVU A; 8ICT A; 4F91 B; 4R66 A; 5EWF A; 2PMZ F; 3RAX A; 9ICP A; 9ICU A; 2KSO A; 4ECX A; 5HR6 A; 9ICJ A; 1U48 A; 5KFW A; 3EW9 A; 3G6V A; 4F4K A; 1KDH A; 4UQG A; 3MAB A; 3F5A A; 2AGQ A; 1XC9 A; 4DOC A; 3RH5 A; 4P0Q B; 2LYH A; 1WYG A; 1UT8 A; 2KN7 A; 2R8I A; 4R8U B; 5KFK A; 4NLC A; 1NKC A; 2Y1J A; 2DPJ A; 1ZQN A; 3BS7 A; 1WG8 A; 2BQU A; 4BWJ A; 4RPX A; 4F5N A; 5J2K A; 1BPB A; 1S77 D; 3H8J A; 2YMP A; 2ASL A; 3PO4 A; 4I2G A; 8ICR A; 2OH2 A; 4CCH A; 2K4H A; 1IM4 A; 5KFT A; 1L8O A; 4K4I A; 3GIK A; 2FPL A; 5KG0 A; 5L1M A; 1VJ5 A; 4ECT A; 2C22 A; 2W9B B; 3UXP A; 8ICI A; 1PVR A; 8ICF A; 1Z00 A; 4MFA A; 2F1H A; 3N7P D; 1KFT A; 5ALM A; 3U26 A; 3SV4 A; 2BPC A; 2W9M A; 1X6I A; 3ZDA A; 5AI5 A; 5AM5 A; 4I2A A; 8ICC A; 4UB1 A; 4Z6F A; 2YB4 A; 5ALR A; 3JPS A; 3C2M A; 1JUD A; 5HR7 A; 2PMZ C; 2ZJ5 A; 4DCC A; 5KNI A; 2W9C B; 5KT2 A; 5D46 A; 4B9L A; 4UAU A; 2ISO A; 5AK5 A; 4B9N A; 2NRT A; 3GIJ A; 4QZE A; 3GV7 B; 1JX4 A; 3BS5 B; 4EZ9 A; 1M6Y A; 4YR3 A; 4QZG A; 1WCL A; 4TUS A; 3H8W A; 2R8H A; 3TFR A; 2JMG A; 5KG7 A; 3MC1 A; 5DDY A; 1PZN A; 4MF8 A; 8ICK A; 3ORY A; 1ZQQ A; 3UM9 A; 4CF3 A; 2HW3 A; 8ICG A; 4GXK A; 3WK6 A; 4IQV A; 3SEI A; 4R63 A; 3GIM A; 4F5R A; 4QZA A; 2A1J A; 4RNM A; 5KFV A; 1N2X A; 4DOA A; 4DSL A; 1GO3 F; 3CRX A; 1NI3 A; 4QWB A; 5AK4 A; 2AGO A; 7ICG A; 2A3V A; 3Q8R B; 4UB6 U; 3PX0 A; 3HKZ F; 4Y2Q A; 1ZD2 P; 4NLB A; 5AI9 A; 4QIW F; 4UB8 U; 3RJJ A; 4DQR A; 5KTQ A; 3DDH A; 3LDA A; 3C28 A; 1ZQK A; 2ZIV A; 4ECZ A; 2LM1 A; 2KNJ A; 2XGP A; 2IOH A; 1ZQM A; 2BCU A; 4KLL A; 3AQF A; 4IQU A; 2F77 X; 4UBB A; 1L8L A; 1IIP A; 4OJP A; 1CRX A; 1BPE A; 5H2F U; 3PML A; 5KG2 A; 2QB0 A; 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3LK9 A; 5L1J A; 7ICQ A; 4DOB A; 2FPK A; 2GO7 A; 4GLX A; 3KZX A; 5E79 U; 1DRG A; 3UMG A; 1ZQB A; 4Y2V A; 4YP3 A; 1ZJN A; 3F2B A; 3PST A; 2V4Q A; 3SQI A; 3RRG A; 5EE0 A; 4F71 A; 4QZF A; 3NAS A; 3JPR A; 1ZQA A; 1QSL A; 4DFP A; 2AU0 A; 2HHV A; 1QQ6 A; 1ZQI A; 5JRT A; 3BQ1 A; 2WTF A; 1NJW A; 1PK1 A; 5IIO A; 2WB1 F; 2ATL A; 1RXV A; 2FMP A; 1S0N A; 5DQI A; 4EEN A; 3O0F A; 2FMS A; 1SB3 C; 1SL0 A; 3RJI A; 3QU9 A; 4I2E A; 3M7D A; 3ZDE A; 5ALF A; 7ICF A; 2Q4T A; 8ICO A; 3PX6 A; 3G6Y A; 3TAP A; 1XO1 A; 3NTU A; 5ALU A; 4B9S A; 3WKB A; 2HCF A; 3WKA A; 1LKY B; 3C2K A; 4KLD A; 5B5E U; 3H8S A; 4DWI A; 4O3M A; 1U4B A; 4I27 A; 5AKE A; 2KFZ A; 4F4Z A; 4M47 A; 5KFH A; 4RUA A; 2ESE A; 4G9B A; 4O3Q A; 5CR0 A; 1ZD4 A; 4RNN A; 4MF2 A; 4M9G A; 3F2C A; 2I9G A; 4OJ5 A; 3MR2 A; 1L7M A; 4OJ6 A; 1L3U A; 4PH5 A; 8ICM A; 2B21 A; 2XC9 A; 4AYB F; 3Q8L A; 2FLL A; 2AH5 A; 4LZD A; 4F93 B; 4I29 A; 3SAH A; 2PFN A; 3RFA A; 1XSN A; 4KLG A; 5ALS A; 3S6J A; 5KFQ A; 2W7P A; 5AKZ A; 1S97 A; 1TKD A; 4J03 A; 3IDW A; 1D8L A; 4M6W A; 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