4NLCA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei, mutant c496s
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
362
structure length
355
Chain Sequence
RPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISSVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
molecule tags Hydrolase
total genus 116
structure length 355
sequence length 362
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlcA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlcA01
1YT3A 2E1FA 2HBLA 4QIWF 4NLCA 2DGZA 4CDGA 2HBKA 2KV2A 2RRDA 4CGZA 4OO1J 1GO3F 3SAGA 2HBMA 2E1EA 2CPRA 3CYMA 2HBJA 3SAHA 4O3MA 1WUDA 5C0YA 1D8BA 2MA1A 4QJFB 4NLBA 3SAFA 2RHFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QZ8A 2BPGA 4C7YA 4E3SA 4DV4K 1VQ8N 2XRIA 1RT6A 4IBNA 4I2QA 3M8SA 3ID8A 3RMDA 4F4XA 3CCVN 1DT9A 4DSIA 4NO7A 3QEBZ 4M45A 3JAMO 3R9PA 1CI4A 4IR1A 4KRFA 3T5LA 5KT3A 4YXJA 4YMOA 2DKXA 1R59O 3ZSQA 3VQ8A 2EDUA 1BPDA 1Z3EB 3LP3A 5EE3A 4M0AA 3NH2A 7ICQA 1RBUA 3ZX2A 3S3NA 4K8XA 2PFPA 4BRDA 3HW8A 2KEYA 4Y2VA 3V1QA 2FE9A 5AFUH 2FI1A 2RLTA 1I94K 2BGWA 2E1FA 2JZBB 5DKWA 9ICSA 4Z4CA 2KIWA 3B0XA 3Q8SB 2NRVA 3ZT1A 1RT3A 3NE6A 4GKJK 5ALHA 4FJ5A 2HOEA 5C24A 3CFRA 4J03A 4QZAA 4KX5A 1ZQMA 3L3UA 5EE9A 4A62A 3RJFA 2QKKA 4JRPA 1CRXA 5IIIA 5HRSA 1KCFA 4DTNA 3S6JA 4IOAL 3GDXA 3VTIA 4JV0A 2KFNA 1SL0A 5ALPA 4KLSA 4RNOA 2AGQA 4A5AA 5JICA 1T03A 4Z4IA 3SQ2A 4CFDA 2V4QA 2F8LA 1HJPA 2D0BA 4ID5A 4NYNA 1T3NA 3MEGA 3OA9A 4RWTA 4RQ7A 2KHOA 1D8LA 5KT7A 1GOAA 3WXMB 4Q0BA 3JPTA 3QU9A 2XVTA 3I0RA 3K4GA 2Q0ZX 2NYVA 3LDQA 5DMRA 1NOZA 5T7BA 1CZ9A 2F1IA 1KVAA 2NLXA 3AVLA 1YITN 4GIBA 5J8YC 1JIHA 8ICNA 2G8VA 2W7OA 5C5JA 3TKAA 8ICPA 3KWGA 2YKNA 3MMVA 2DKZA 4YORA 1SZPA 1XMQK 2IOCA 2XY6A 3J80O 4C8LA 1YT3A 5DQIA 2YNGA 4RU9A 1OVQA 1DTQA 4FJ8A 2OPRA 3M9NB 4I2GA 1IM4A 5C2DA 2XO7A 3DRPA 3H8MA 4UAVA 4MO4A 3ATVA 4KTWA 2M9NA 3ZX0A 1UCVA 3GIJA 4ELUA 4FZZA 3G6VA 4GXJA 4JB3A 3FZLA 2HBMA 1KAZA 5AQNA 3SUPA 4EFHA 4ZTFA 4IFEA 5KFUA 4FE3A 3PSFA 1A5XA 3BS5B 2MA1A 4IRDA 4G1QA 4PHAA 4ED7A 4RG8A 1B9FA 3UQ2A 3OPXA 3RH5A 4Y2XA 3HILA 1SAZA 4DQPA 5HR6A 1D9FA 2QWLA 4QS7A 2AH5A 3V6KA 4CZJA 4FM2A 4UB5A 3SK3A 4CJWA 2YB4A 1NK5A 1BG3A 4CHQA 1WAFA 3QIPA 3T3FA 2OPPA 2NO5A 1RG6A 2W9CA 4YOTA 2K4PA 4OKKA 3HJFA 4BR5A 2KSOB 1X3MA 2GWJA 3IKMA 4X66K 9ICMA 4TURA 2J4RA 5CZ1A 3KD1E 2KK0A 5AKYA 2YMPA 2BCRA 4OLBA 2KMDA 5J2JA 3U9DA 3QLHA 2PXIA 3G6EN 3NGIA 4FZXC 2E88A 3D6JA 3L5KA 4KLLA 1QQMA 5DGAA 4GLXA 4CHPA 3N4MB 3B9JA 2HB5A 2YCHA 2QKBA 3T79A 1BCOA 2ZM6K 3VEVA 1L3TA 4FM1A 2O8CB 3AN1A 1ATSA 2YI1A 3N7RC 4I28A 3ITHA 3DLRA 3K5LA 2DTUA 4FVMA 2PFNA 3O9RA 4B9SA 9ICVA 1RBTA 4JK9A 5M1QA 1C0GA 9ICAA 2P9PB 3ZLJA 3MABA 1XHZA 3SV4A 4BWJA 3PW0A 3KHHA 1VRTA 3OW2M 3F53A 5KFKA 1KQQA 3M8PA 1J54A 5J29A 2VJ5A 4ECXA 3NBPA 2G8HA 4AHRA 3RRHA 4FLWA 1PVPA 2EHGA 1ZQHA 3N4PA 2D4WA 4FZLA 1MQ2A 3PO5A 5KFMA 2F8SA 4C1NI 3TU5A 4PHEA 1YVNA 4RQ8A 4CEAA 4DU4A 3U26A 3SLCA 1HNXK 4AHUA 4HTUA 1Q3VA 3BGRA 3D2FA 4PKIA 5J0RA 5FDLA 4YFUA 3DLLL 3HT3A 1CZAN 3TQ1A 2GWKA 1JLAA 1FXXA 4WCEL 4DOCA 3LVVA 2Y1IA 4N5SA 2ASOA 4CEOA 2FF6A 5AKJA 2W42A 4YMNA 4PGXA 3P31A 4MEYA 4F92B 3CQYA 3LM9A 2EH9A 1RILA 2WB1F 5M1OA 4CESA 4CZKA 4AF1A 2W3RA 3U9ZA 3SAFA 1VQ5N 3SBTA 4O8KA 5IT9O 4UW9A 2Q3SA 3SUQA 1S6PA 4ILHA 3M8RA 3FM9A 4WQ5A 3OYLA 3WNGA 1KFTA 3M6GA 4Z6FA 3QESA 1HUOA 2HF4A 3FFKB 1BIZA 4O9MA 3NS1A 4NXZA 3W0LA 3QYPA 3VQQA 3D2QA 7ICRA 2IA6A 1EXQA 4YXMA 2I6XA 4OJLA 2UU9K 4NCBA 1U9LA 4LY7A 3C6UA 2E1EA 4O0IA 4I9LA 3SQ1A 5HRPA 2CRXA 3CHWA 5AKIA 5LL6Z 3IG8A 2BE2A 1T4GA 5J2HA 3WK7A 4DR1K 1HX1A 1RT7A 1WCLA 2P6UA 3WNEA 2G08A 2VWBA 4I6MA 3RMBA 4E1MA 3DLHA 4JK1A 5HLFA 4CF9A 4KKOA 2YMLA 5KFGA 5ALFA 4KLUA 1WSHA 3ISCA 2VG6A 4BGBA 4FWQA 1Q9XA 1ZQZA 3KZIU 3RAXA 1NJWA 1L7OA 1HNIA 2ISOA 1MC8A 3VC8A 4F4WA 2VJ4A 1RXVA 4GXKA 3AA4A 3LM2A 3RB6A 1N61A 2WC9A 5J1EA 4J9LA 4YDUA 2NRTA 4Y1DA 3E9OA 5J0PA 2ITMA 4NM1A 4X64K 8ICJA 5GIPA 5CJ7A 1JXBA 5AJ3K 3ATUA 3LP1A 2GOLA 4YVZA 3B6PA 4O44A 3DOLA 1WUDA 1JLCA 1CLQA 4EX6A 1K73O 5KT6A 2KKPA 1Q18A 3KK3A 4CD3A 4PY5A 2NV3A 2BR0A 1U2VB 2EX3A 5F1XA 3QU5A 4RPYA 4J2DA 1TL3A 2O8DA 1RQLA 1WNSA 4YOVA 1G99A 3AVJA 3ID6A 1BIUA 4NLCA 5GADP 1ZQVA 2NRZA 3CP8A 5DLGA 1NK9A 2DGZA 2HBKA 3NVVA 3JPQA 5AI4A 4K43A 3IM1A 4DCHA 4M9HA 2ZGZA 4M3UA 8ICCA 4OPHA 1NG9A 1T8EA 1CEZA 4AM6A 4C8MA 4CJ7A 4ISGA 4FCYA 2G8FA 4J9SA 4DV2K 4ECZA 4J9KA 3DXMB 1BI4A 3HPOA 4DFMA 4YR3A 1W7AA 1SZHA 4RW6A 4ED6A 5L1JA 4IG3A 2ZWHA 4RW9A 4KHPK 1NJXA 2JLEA 2W6LA 4A57A 1QZ6A 4CFBA 3NTUA 5FPEA 1H1VA 4JI5K 4BXOA 7ICUA 2JMGA 1SKSA 4B8AB 4BROA 4WFBL 2CH6A 5J2FA 4UATA 3L2VA 7ICGA 2VQFK 1TGOA 1O13A 1T05A 1QSYA 2O4GA 1QTMA 1RBRA 4UB6U 3LDPA 2QARA 3EYZA 2ZD1A 1JLFA 4KHYA 3RAQA 3NGDA 1LW2A 3AVBA 1FK9A 1QVGM 4KLJA 1NKCA 3N28A 3PX4A 4PKGA 3OYAA 1IXRA 4M2YA 3CQXA 3U3YA 5KPZA 4Q45A 3KLEA 3V72A 1LB2B 5KG2A 4PHDA 4KX3A 5M1NA 5AI6A 4YFKA 4IQVA 1BPBA 4N76A 4RQ3A 4F5PA 5EU7A 2HMIA 2BQ3A 1Z1VA 2LPEA 3AEVA 1TVAA 3QE9Y 2LYHA 1O1WA 1O03A 3TADA 5D46A 4DB3A 4H4OA 4O55A 4I9QA 1IKYA 3TANA 4RQ0A 4BGAA 1SQKA 3L4QA 3PV8A 4QWBA 5J2BA 3EO3A 4F72A 3F9MA 3VENA 1RM6C 3WQTA 4LFAK 3IHQB 4WJ3B 4YD1A 1HLUA 1YTAA 4R5PA 1TFRA 3PIPL 5EY4A 3HPGA 4CHOA 3TPQA 3OYGA 1EWRA 1E4GT 1C0TA 1T7PA 8ICMA 3DI6A 4LF9K 5AI8A 8ICRA 4FS2A 3QXGA 3OYEA 1ZD3A 3BZKA 3KHLA 3AVHA 2ZJ5A 4CEDA 3CPWM 4BDYA 3THWB 2O8BB 4B3SK 2BQUA 5CEHA 1OW5A 3CETA 7ICEA 3NVWA 1X1PA 3AVMA 2KIVA 7ICOA 2ZQBA 2BPFA 4KO0A 2BCSA 4QW9A 2AA4A 4FWKA 1ZOLA 3H8JA 5KL8B 1TKXA 4DS4A 3KKRA 3GU3A 3SD7A 2QM1A 3TABA 3SENA 4BC4A 4YP3A 3H4DA 4B9VA 5AM4A 3NH0A 2DFHA 2QXLA 4MO5A 3KKAC 4BQZA 4EP4A 4Z94A 3SNNA 4F3TA 1QCKA 1ZQJA 2W9BB 3JSMA 3HO1A 1J6ZA 4QZIA 1HRHA 4J9OA 3I8DA 3AVKA 4Q43A 2NRHA 2V4RA 4PKHA 3DEEA 4JD2A 5GAGP 1N2XA 5HP4A 3TSQA 5C25A 2WAQF 4CJFA 2B0CA 3AA3A 5AQSA 4Z4EA 3CMEN 2HOFA 1Z25A 3EKUA 2XICA 3E9PA 4E7HA 3VEZA 1RCHA 2JZBA 2KOBA 3C28A 2C28A 3OTQA 3I28A 2P9UA 3RR8A 1IBKK 2G8WA 3UM9A 1NK8A 1X9MA 1YVUA 4P0PB 2Z1IA 3C94A 2E3TA 3I33A 3D7EO 1GLAG 5AM1A 5HNKA 4OJPA 4I2CA 3MDQA 3NVZA 4GVEA 2YMMA 1S1WA 1DOQA 2KFZA 1YJWN 3MDCA 4J9PA 1WWVA 3BQ0A 3H8SA 4EELA 3KZXA 4ECYA 5AKHA 3ZD8A 2ES6A 4DFDA 4DL7A 3KLFA 2G5IB 1NU0A 1KSPA 1Z6RA 2AP1A 3U8XA 2XHBA 2Q4TA 5KPRA 5J2EA 1JX4A 2AGOA 1NGIA 3V9ZA 5KNIA 5KFOA 2YX6A 8ICVA 4UB3A 2PFQA 3B8AX 3F2DA 5KAFU 3E01A 5EOYA 4BRAA 2IOFK 1WSEA 2VKQA 2FPKA 3HI0A 3MXJA 5AICA 2P9SA 3UMBA 4CBWA 1S1XA 3F2CA 1S72N 2WAQC 3LYSA 2VCPA 3E58A 1VSDA 4H0VB 4CHZA 2UXCK 2AQ4A 2Y1JA 4W5TA 2X6SA 5E84A 1LKYB 2PMZF 2OZSA 1TAQA 2FDRA 4O5FA 2IOFA 4UBBA 4KFBA 2ZIWB 4JV1A 4BE1A 1KN5A 4FWPA 3RH6A 4FWOA 4JI7K 4B9LA 4DHYA 3IUCA 1XHXA 4U7BA 3VA0A 3I1YA 5KFLA 3H1VX 4DL6A 2VWKA 3HVTA 5LY3A 1QZ5A 4ISEA 2YY6A 4I2BA 4ED0A 1BHLA 2WOMA 3O08A 5KFVA 3P5JA 4FWMA 1NLVA 3WEEB 1A5WA 3O4NA 5AI9A 3CJAA 3EPGA 5ALUA 4DEZA 4JN4A 4G3IA 4M3ZA 3PX0A 1ZQNA 2IBKA 4CJTA 4HUEA 2ESEA 3BS5A 4A61A 4Q44A 2B4JA 1F21A 2OEHA 1ITGA 3GL1A 4DV3K 3MECA 4IZ9A 4AYBF 5CR4A 4PUOA 3C21A 1ZQIA 3B0YA 5KFTA 5DBCA 3KLGA 4UQGA 1E3MA 2JGAA 2QB0B 5TKWA 2QA4N 3HXMA 4JI8K 4UB4A 7ICSA 4Q8FA 4GY2B 4IXCA 4C0ZA 4I2HA 2VWJA 3MGIA 2PMZC 2P9KA 1JLBA 2KSOA 3TAPA 4DL3A 9ICCA 1RBSA 1ZQSA 4GKKK 3ZT0A 2HSTA 1KVBA 5KFYA 1JUDA 4DSKA 4H0YB 4HTLA 4HCCA 1SXDA 5KG5A 1OUQA 4XH4A 1EQYA 1SZ2A 3PZPA 5HRRA 5JVGL 3OJUA 4KMUA 4O4GA 1P90A 1Z26A 4CJ4A 4J9MA 3ASMA 3MGVA 2ASDA 2O8CA 5L1KA 1JLGA 2WF5A 3OYNA 1UA1A 4WE1A 2W8LA 5KFJA 4F5RA 4NJ8A 3U3GA 4BRNA 2F77X 1JLQA 2F4VK 1TK8A 5HMLA 2NNWA 3LP2A 8ICFA 2P9PA 4K4GA 4UAYA 2LKYA 5AZIB 3CCUN 3H3NO 4IKFA 1RDFA 1Z1BA 4CBXA 4GXIA 2C2EA 2JEFA 2ZJRL 2LM1A 3HSCA 4AYBC 2I9GA 5BRHA 2CXYA 5J2CA 2PI5A 2RQ5A 3EE8A 2FLLA 1VSLA 3JPPA 5ADXH 2AQ0A 2FLOA 5L1LA 4JI2K 3TAFA 4DCCA 3V1OA 2ZTCA 1KW4A 4QZHA 3H6EA 1HMVA 3KVGA 1NMNA 4BREA 2RDJA 4B3OA 4KMOB 5FRNA 4UBCA 4PGQA 1TAMA 2B6AA 4DR5K 5KG4A 4NCAA 2HI0A 3W3DA 3WXKA 4CHYA 1RNHA 2DFEA 4CK1A 2E5SA 3UMCA 3H45C 5AQZA 3K0SA 1VJ5A 5AKEA 2NUBA 4OPKA 3MR6A 1RZTA 1TYQA 4FL9A 2WTUA 4CDGA 1BPXA 2KTQA 5KFPA 3AVFA 3HOSA 2A5XA 2EWSA 1IG8A 3AVIA 1NGEA 3V6HA 5K14A 5HP1A 3LL3A 5AKXA 2A19A 3FZKA 2BCUA 3CCRN 3TAMA 3P39A 1KLNA 5AIBA 4ICLA 3D2NA 2QWPA 1C1AA 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5E26A 1T6DA 2W03A 3MWPA 4BC5A 1YHQN 2KICA 3CJ1A 1NGCA 1X3NA 3A0IX 3SQIA 5EXWA 1NJIO 5JLFA 4H0OA 3GE1A 3RF9A 3TSUA 1GLCG 2K8BB 3CERA 2KNJA 1D8BA 2XIDA 3RFAA 5GAHP 5ADXA 3TTDA 4PL2A 3GZFA 4IO8A 4M7XA 1VQ9N 2QTDA 4JNEA 2H3FA 1HKBA 3H0MB 4YOYA 3U4LA 4JAXA 2VYPA 1NMDA 5ELZA 5LJWA 5AQYA 4FSVA 5C12A 4A2AA 3AARA 1W97L 3CJBA 1YF5L 1ZC6A 2UYTA 3GBTA 3EL2A 1GLBG 3T69A 2H3GX 1GLLO 4IEEA 4FZNA 3N7PD 4H0TB 2E8AA 4QIWC
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YT3 A;  2E1F A;  2HBL A;  4QIW F;  4NLC A;  2DGZ A;  4CDG A;  2HBK A;  2KV2 A;  2RRD A;  4CGZ A;  4OO1 J;  1GO3 F;  3SAG A;  2HBM A;  2E1E A;  2CPR A;  3CYM A;  2HBJ A;  3SAH A;  4O3M A;  1WUD A;  5C0Y A;  1D8B A;  2MA1 A;  4QJF B;  4NLB A;  3SAF A;  2RHF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2KNJ A;  3Q8K A;  2HDO A;  1D8B A;  2XID A;  2AU0 A;  1ZBF A;  3RFA A;  2JEG A;  2FC0 A;  3IS9 A;  1RPL A;  1ZQW A;  1TV9 A;  3V6D A;  5KFN A;  9ICX A;  5GAH P;  3PUF A;  3AO5 A;  3SUN A;  5ADX A;  1HR0 K;  1NJZ A;  4DL2 A;  4AP9 A;  3JPO A;  1Q8K A;  9ICG A;  3WK9 A;  3TTD A;  4PL2 A;  3GZF A;  3PX6 A;  4US8 A;  4IO8 A;  3LPU A;  3CFO A;  3LPT A;  4M7X A;  1QQ7 A;  5ALG A;  1QQ6 A;  3GIL A;  1FKP A;  1SKR A;  1L8O A;  1VQ9 N;  3L4P A;  2QTD A;  4JNE A;  1EWQ A;  2H3F A;  1HKB A;  3H0M B;  1SL2 A;  2DFF A;  4Y2T A;  3K5O A;  4YOY A;  3GV5 B;  3U4L A;  1ZBI A;  4I2F A;  4JAX A;  4QWD A;  2VYP A;  1NMD A;  1IKW A;  1A77 A;  5ELZ A;  5LJW A;  5AQY A;  3OYD A;  4LF5 K;  4FSV A;  1WSJ A;  5C12 A;  4Y2Q A;  5ALY A;  1TK0 A;  3AAR A;  4A2A A;  3BQ2 A;  3Q8M A;  1W97 L;  3CJB A;  3EZ5 A;  3QNN A;  1YF5 L;  5KT5 A;  1ZC6 A;  2UYT A;  5KFI A;  3PW5 A;  3EL2 A;  3GBT A;  5DBB A;  4YN4 A;  1GLB G;  1ZQL A;  3ZSZ A;  2JXJ A;  3T69 A;  2H3G X;  1GLL O;  2QB1 A;  3RB0 A;  5HRN A;  4HAI A;  7ICP A;  2F96 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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