4NLCA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei, mutant c496s
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
362
structure length
355
Chain Sequence
RPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISSVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
molecule tags Hydrolase
total genus 116
structure length 355
sequence length 362
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlcA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlcA01
1YT3A 2HBKA 2E1EA 2DGZA 1GO3F 1WUDA 4CDGA 5C0YA 2HBMA 2CPRA 4OO1J 4NLBA 2HBLA 4O3MA 2E1FA 2HBJA 3SAFA 2RRDA 3CYMA 4CGZA 3SAGA 2MA1A 2RHFA 4NLCA 3SAHA 4QJFB 4QIWF 1D8BA 2KV2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ALHA 4DWIA 1ZQ1C 2FJ6A 1EQYA 3T1AA 1S22A 4CBUA 4AILC 5A0LA 1TK5A 1RXVA 3GOIA 1ZQTA 3FDSA 1L3VA 1S8OA 4LZGA 4JKCA 3H8SA 1UWBA 4BVOA 2KE7A 2QM1A 2FDRA 2O8DA 2NO5A 4FW1A 1TE2A 2ZM6K 3FM9A 2V7ZA 1YVUA 5ALPA 4BWMA 4QAGA 2PFUA 3V1OA 4KFBA 4CESA 4ECYA 4KLMA 4KITB 4NXNK 1JKHA 1OXJA 4BRIA 1V4SA 3I28A 3H8MA 4C23A 5JLFA 4JD2B 2ZJRL 1PK1A 2D0AA 4IJAA 4ECSA 5KG0A 5JTIA 5CHGA 5CR4A 1JLCA 3LAMA 5FPNA 2AGOA 2HBMA 4NCBA 4FZMA 5FLXO 4RW9A 3ITHA 3VQ8A 4UB3A 4B9LA 3KD3A 3LDPA 4ILGB 4YXJA 5KFGA 4LY7A 4DEZA 4CJEA 3SUPA 4Z6CA 3MDAA 3MDQA 2FF3B 4MFBA 3HKZC 2JXJA 5KT3A 2D8CA 3VQ9A 3GILA 3SQ4A 2BGGA 3NUQA 2CH6A 3SZ2A 4FZYA 5BR8K 5L1IA 3TFSA 1S1TA 3F9MA 4BRAA 5MLCQ 3S9HA 2AGQA 5EVZA 9ICVA 4N56A 4LH5A 3KK1A 1GO3F 3VEVA 1YTUA 8ICIA 1SS6A 2DFLA 3O08A 2N1RA 4UW9A 4UAYA 1S77D 4ISGA 4FS1A 2XRIA 3MCPA 4O55A 5GIPA 2O8EB 1Z00A 2JWLA 1J5OA 4ZTFA 1LWCA 2ZJ5A 4JS4A 3KD5E 1TV9A 1Q86O 5EXWA 9ICWA 5JMVA 5J0PA 4CEFA 1GLEG 2FSNA 1ZQQA 4CHYA 5ALVA 5C2DA 3LPUA 4KI6A 1JLQA 4BGDA 1XHZA 2HDOA 3MABA 4GXIA 3BF3A 3U9DA 3L4PA 5KFCA 3GG4A 2E2OA 4EZ9A 3KHLA 2FBXA 1RXWA 2R7YA 5DDYA 2PI4A 1OKJA 3IRXA 1NJWA 2DF4B 2DFEA 3C95A 2JH7A 2I9GA 1RBVA 2B6AA 3QB0A 3RH5A 4NCAA 8ICJA 4OJ6A 2P9LB 3ALYA 2FI1A 2P9PA 3ZDAA 4FWNA 1COOA 2YB4A 1PVQA 1NGIA 3SAFA 2RLTA 3CCJN 5DDMA 1BPYA 4JI5K 3ENOA 4JRQA 5AM1A 3PSFA 5KFYA 3ZX0A 4BROA 3CG7A 1UA1A 4NLGA 4X66K 1LW2A 3LANA 3AAQA 1IBMK 2FXUA 1CZBA 3CJ7A 4M3ZA 4BWJA 2W6KA 4BRPA 4DL3A 3CM6A 2DUYA 4DR6K 3K1ZA 4OJLA 3TADC 3JPQA 5DQGA 4GC6A 3C6UA 3OYFA 3THVA 1GOCA 3TKAA 4B3SK 1YZ6A 4DU3A 2R8HA 3ZSQA 3UMCA 2UVUA 4ED0A 4LF4K 4L8RB 1ZRMA 3H6EA 3UXPA 5DB8A 1WWVA 2ZIWA 2ZXIA 1ZQBA 7ICHA 1KFTA 4A2AA 4HUGA 4Z4CA 2AQ0A 4UASA 1Z25A 9ICAA 1YIJN 1VQ7N 1S6PA 1HKCA 5J0WA 3JPSA 4WQ4C 1X3NA 2JRZA 5KPZA 3PO4A 3V9SA 1HNVA 3EKSA 3AU2A 4KB1A 4QZ8A 1MWKA 2A1RA 3GZFA 3VQQA 1SKSA 4GLXA 4PA1A 4TQSA 4ELTA 3HL8A 1TAQA 3N28A 5J2AA 1C7YA 1QQ7A 2ZIVB 3RB0A 3SQ2A 3HILA 3RJHA 2A3ZA 2YMLA 3RR8A 4E7HA 4ZH4A 2AU0A 3P4IA 5JICA 4LSNA 3JPNA 5E26A 3RVCA 1HNZK 1Z4OA 4OJ5A 1Q7YO 3HO1A 3QEIA 5AIAA 3F2BA 1E3MA 2FPKA 2W6LA 2OYQA 3AVBA 3CC4N 3A5NC 1JLAA 2DQNB 3VQCA 3GQCA 4H0XB 2RDIA 2P9SB 4Q45A 1X1PA 2CXYA 5JUMA 2IDOA 8ICLA 3TAEA 5KT6A 1FK9A 4J2BA 1XQSC 2EHGA 2YB1A 4RQ6A 3V6HA 1QZ6A 9ICRA 1B0XA 2GELA 4B1UB 2IOFA 4NM2A 2W9BA 4H5TA 4BRLA 4FLZA 2F96A 3M5RA 4CZMA 5AQTA 1ZOLA 4Y2TA 2KLAA 2ASJA 5D3GA 5DMRA 1NGAA 4KHPK 2E8PA 4GIBA 3HI0A 3R6MA 3TTDA 4B1XB 4AP9A 5FP0A 3CNHA 7ICNA 3WNGA 4FJ8A 1OW5A 5T7BA 3IUCA 1RM6C 3LVVA 3CD6N 4NM1A 3QFPA 3WQTA 2MSNA 4BC2A 1VAZA 1S1UA 4F5PA 3TAMA 2BDUA 3Q8RB 4YDUC 3HM8A 3NDKA 1KAXA 5CJ7A 4WQ5C 4LFCK 5BRFA 3OS1A 1P8ZA 3BQ1A 4CRXA 2OPQA 2UYTA 3NH0A 2F4VK 1ZQVA 4EX6A 1S5LU 3M9OB 4LC9B 2DKZA 1T4GA 1L3TA 4M41A 5ALIA 5M1QA 2ZWHA 3J7ZO 3G6EN 3I0RA 2FMPA 3KTQA 2RRDA 3CPEA 2WC9A 2A41A 3I56N 3UMGA 3DLHA 1HPMA 3NGIA 3HP9A 4MQ3A 1BPZA 1L7PA 3UPQA 3DXKB 2RHFA 4FJMA 4Y2QA 2B4JA 4B3TK 4FJKA 1WCNA 3WK8A 3MGVA 1J54A 4GFJA 2ZD1A 3VEZA 3OYHA 5ALWA 3EL2A 4KX5A 2K60A 2BPGA 4YR0A 4I2HA 4O8KA 3I76A 4CEEA 1RG6A 4IRKA 4IJNA 4K4GA 3SCXA 1L8OA 4PGQA 4NXMK 4BE1A 1L5UA 4YY3K 1NMDA 4DTMA 4GVMA 1SZ2A 4PKHA 1DEJA 1Q46A 2A42A 2B5JA 3KK7A 1RTJA 4YOXA 1UQVA 4O3MA 3T5KA 4CVNE 4Y0WA 3CFPA 1W2BM 5AKZA 4RPZA 2P6RA 3M8PA 3WXKA 1BNOA 4JMUA 4M3YA 4YCXA 2LYHA 3QU9A 3T7ZA 5J0RA 2IGIA 3ENBA 4KMUA 3NF9A 1IJJA 4KLIA 1ZD3A 3E58A 3FFIA 4FWQA 4O5BA 4CEDA 1VQNN 3D0PA 2EDUA 3UKRB 2VG6A 4BRDA 2AGPA 3OTQA 3QFUA 4IS7A 4RU9A 3OHBA 5F1XA 5FRMA 1VQMN 1VSDA 1C6VA 3N97B 3S6JA 3AA4A 4ED3A 2JEJA 3KLFA 2YKNA 2NRVA 3AY9A 4JKDA 4CZLA 5FPDA 3C2MA 5EU7A 2ZIXA 3L2VA 5KAIU 3HM9A 2EQYA 3F73A 2AP1A 2FLPA 3V9ZA 5KI6A 1UCVA 2OHFA 2HCFA 1Q81O 3ZD8A 4CF9A 5D46A 3MFHA 2JGAA 9ICCA 3SV3A 3WKAA 4CF4A 2I1QA 3C1YA 4OCZA 3WK5A 2BZFA 9ICNA 1RT7A 1RBRA 2OH2A 4H5RA 4F5RA 4CZEA 2Q0UA 3V9UA 3AMZA 1RDWX 1QHTA 3THXB 5AQFA 2O8FA 3TANA 5DM7L 3AARA 1WG8A 5CP2A 2VA2A 3DLEA 3G4SN 4R63A 3HYFA 4N41A 4E0DA 4FBUA 3QETA 2MRLA 2BPFA 2HSTA 2RE2A 3U3YA 1X6IA 1SWWA 1NMNA 3CJAA 3WK4A 3JPTA 1J2MA 3RB4A 5AQXA 3UQ2A 4JKBA 1SV4A 4BACA 3A2FA 2DY4A 3C6TA 4FBTA 3AVIA 3NFAA 4CEOA 5KT7A 4QIWC 3TSPA 3SYZA 4CF5A 2QK9A 9ICLA 4R65A 1DK3A 1A6SA 1DK2A 1HRHA 1QQCA 4B9QA 4LF9K 2AJQA 1C0TA 2UUBK 2AH5A 5KT5A 1LWEA 4KO0A 4MF8A 2GWKA 2OXOA 3VMFB 2KOBA 5ALKA 2GLEA 3CETA 3BQ0A 2G5HB 1DT9A 2ASDA 1CZAN 2OZSA 1ZBSA 3NH2A 5AK4A 2BKEA 3I1YA 4PZNA 2PI5A 4LZDA 1JX4A 2HMIA 9ICGA 1DLOA 2BCUA 3S41A 5BPNA 4DL5A 3RR7A 4IBNA 4CZKA 2VJ5A 3IKMA 1Z1BA 4XIUA 4FLWA 2KZ3A 1J53A 5FPMA 3WNHA 2KMDA 7ICFA 1I3AA 4DQQA 1UAXA 2PAVA 4RQ0A 3JPRA 4KHWA 3C23A 1TFRA 4IG3A 4H5NA 1HQUA 1HKBA 4NLZA 1U2VA 5F2RA 3QNNA 2P35A 1ZYQA 1QTMA 4BC5A 4ECUA 1SKWA 1IM4A 2QKQA 4W5RA 4FWLA 4DV4K 4Z4GA 1BOTO 3K59A 1WLJA 3K5OA 2F8LA 1DOQA 3H08A 4MFCA 1SB3C 3SPZA 2DTUA 2QWQA 4Y1DA 1JXLA 1XHXA 4B1YB 2ZF5O 4CD1A 1BIZA 4PKIA 3H0MB 1K73O 3JSMA 4GW6A 4PPXA 1RCHA 2DFFA 1CRXA 1WUDA 4CF1A 3TFRA 5C0YA 7ICMA 5ADXA 4EHUA 2KG5A 4KAZA 1HEKA 1Z05A 1TKDA 1TAUA 5AM4A 4BXOA 4M9NA 3J81O 1SXDA 2YHWA 3T5LA 3WU2U 1SL1A 1NGDA 2KFZA 4NLNA 5E84A 1RQLA 3J81j 4DR3K 1BCMA 4I2IA 4PHDA 5BN9A 3V7LA 1E4FT 3QNMA 3IM1A 3Q8LA 4IDHA 2YY6A 4NLCA 3PW4A 1PVPA 4DR7K 5AQZA 3QICA 2EH9A 2R8JA 4MFFA 1NGBA 4AM7A 1C0UA 4QIWF 4JK7A 3M6KA 1NNEA 2EX3A 3V9XA 3LWLA 3HPHA 2YMMA 3HTVA 3NF8A 3OYGA 3KHGA 4P0QB 4YMNA 3TACB 4CJFA 4LJXA 5J2IA 1U4BA 9ICTA 1GLAG 5EOZA 5KFOA 5KFPA 4M3UA 5ALMA 4GY2B 5GTIU 3K1RB 5EE0A 3SEIA 1VQKN 5IT9O 4CF2A 3KK3A 4FM1A 3EPGA 1WSJA 2GUIA 2A19A 5AI6A 1NJIO 4C7YA 4B3MK 4M3XA 2ZE2A 1WCLA 3DEEA 5KTQA 1A77A 1K8KA 4NL9A 4FW2A 3L3UA 1HYZA 1SUQA 3ISNC 3QYPA 4C4TA 4CJ3A 2F1HA 3HX0A 4KV8A 4J2AA 2G8UA 4KLQA 3OYEA 3C1ZA 3T79A 4YD1A 5IIMA 2ZIUB 2JGUA 1EWRA 4O4GA 3CCVN 4OPAA 2F1JA 2W42A 5HL7L 1DKGD 3QDKA 2GTDA 3TSUA 4DSEA 1Z19A 1VHXA 4OGCA 1HUXA 3O80A 5LJVA 4R66A 4Y2UA 5DM6L 2DPJA 2WF7A 4DL4A 3L4IA 1U9LA 4I2BA 1YF5L 7ICGA 1B4FA 5HRRA 2ES6A 4Z4HA 1QLNA 4JKAA 4RPXA 3LALA 5HNKA 5KG6A 4ECWA 4RUAA 4FJ5A 3HXMA 1D8YA 3OA9A 5DLFA 2WOMA 3ASMA 2BE2A 4A5BA 4F4ZA 3IV6A 2B6GA 3E2EA 3OYBA 3ICXA 3J7AP 4BRMA 2ZUCA 2WB1C 4JI6K 2AHOB 1RNHA 4B08A 2NNWA 1SIJA 2LM1A 4CIGA 2QA4N 1N2XA 5FDLA 5A2QO 3PSPA 2EWSA 4IDKA 4CEBA 8ICUA 1F21A 3OYCA 5I3UA 5TKYA 4EEYA 2RHKA 1JIHA 4O3PA 4QCLA 5EWFA 4DS5A 2VWJA 2P5OA 1BPDA 3AO2A 3LZJA 3L8BA 4J03A 3FZKA 5IIOA 5HMLA 4DLGA 5HBMA 3AL0B 4UY8O 4FO6A 1RTDA 3PV8A 1I39A 2QARB 3C6AA 2Q0RA 2QXFA 4P0PA 4EBCA 3J8AA 1ZC6A 3DDHA 5ALRA 1E4GT 2K4IA 1ATRA 3DOKA 1IBLK 2O8CA 4I28A 5KG1A 1ECWA 4BR7A 2GBZA 3VQ5A 2KP7A 1LKYB 3KLHA 2JH1A 1FIQA 1ED1A 1ZQPA 3BS7A 1KFSA 5C42A 2GV9A 2G08A 5AKKA 3O9SA 5EOYA 3BS5A 4DUZK 4M47A 3KFUF 4MF2A 4RQMA 1KVAA 2YHXA 4JN4A 4ELUA 2HHUA 5ADXH 2J4RA 1CLQA 4CGHA 1NK5A 3ZI4A 4XEIA 3PIPL 4H0OA 3MC1A 4RTFD 3RB3A 1VSMA 3UMBA 4BGAA 3QU7A 3FE1A 3VTIA 2NRZA 4F3OA 5J0OA 2FSKA 2P9NA 2ZJQL 3RWUA 1EXNA 3B6PA 3WUHA 4NLBA 5DLGA 2EZZA 1JL1A 3TI0A 5AQYA 5AKIA 1YAGA 3ATUA 4BR2A 3T69A 3C21A 2W9CA 9ICFA 5HHIA 5F9NA 3ZT2A 4WF9L 2FF6A 5J2FA 3K58A 3CMEN 3MFIA 1BU6O 3EZ5A 3EW9A 4FOIA 1JLEA 4DUYK 1WSGA 3SAHA 1TVRA 2YKMA 2Z1JA 4CIEA 4QZFA 2BANA 5M1FA 1J97A 4YMOA 4PHAA 5AQVA 3ALRA 2P1JA 3DI6A 4FJLA 4W5NA 2WTUA 4A2BA 4CE6A 4MDAA 2WB1F 1XNQK 3PX0A 2V7YA 3MCAB 4UARA 2Q36A 3FZLA 1ZBIA 3VENA 1R59O 1N61A 5DG8A 3WKDA 3G10A 1YJ9N 9ICIA 1T3VA 4CJLA 5I42A 1UPHA 1MQ2A 1QSYA 1X9XA 5ALFA 2HHXA 5AR0A 2W8LA 1KKXA 4AHTA 4CBXA 5GAHP 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3IG8A 5BR9A 5AQNA 2I7PA 2KIWA 2P9KA 3OBYA 2OYYA 3M1FA 2IVPA 4GNIA 2JWKA 3A0IX 2E1EA 2ZG6A 4ISEA 3E66A 2KJ8A 3VC8A 1NZBA 3M6GA 4H03B 5AQIA 4G9ZA 4HWIA 3PSIA 3F5TA 3VEYA 1U2VB 2CGKA 3P39A 4JKFA 4H0VB 3QBWA 3UKUA 4JK8A 1SZHA 1DGKN 4QNLA 4OO1J 4BC4A 4A5AA 4M7YA 1J6ZA 2WAQC 3R1XA 4IOAL 4WJ3B 5M1KA 5C2FA 3CJCA 3R3LA 1K8AO 3MN7A 2BH1A 3SLCA 5AQMA 3O8MA 1H1VA 3WEEA 3L0QA 4WYBA 3H3NO 4ICAA 2VCPA 3GE1A 4FO0A 2F2AB 3RF9A 3E0FA 1M1KO 3AAPA 2HOEA 1MWMA 1DRGA 1BA0A 3QMLA 4DHYA 1K8KB 4ISFA 1JJ2M 1BUPA 1XC3A 2KVCA 1L6NA 3HOSA 3C6HA 1TYQA 3DXMA 2QW9A 4B1WB 3M6ZA 4BVPA 3CERA 5BREA 2IVOA 2YI1A 3CF5L 1S3XA 2HF4A 1JCGA 1QVFM 2KKZA 2QTDA 1SAZA 4FWMA 1RDUA 4FOEA 5CE3A 5GAGP 1BG3A 1HX1A 1YXQA 2KKPA 1GLFO 2HOIA 4BQLA 3UE5A 4J8FA 4C1NI 2NRRA 1XO0A 3D2EA 4FPBA 1Y64A 3HOTA 2E1ZA 3MX2A 4FE3A 3FZHA 4P0PB 3G25A 1ATNA 2QI2A 3VF6A 5C10A 3SBTA 4BRHA 2BUPA 2G5IB 5JLHA 2W7OA 1GLJO 2LYAA 4OPHA 3WXJA 4JEPA 3BUZB 1NGGA 3GDQA 2KJ5A 3VCBA 1PVRA 3CHWA 1QQOA 3ZX2A 3SAGA 3H45C 2XIDA 2NV3A 2P9NB 2DGZA 2AA4A 5GADP 3KWGA 2P9UA 1G99A 1JCFA 4EIAA 2W04A 3PSTA 2KJ9A 3WT0A 3D6RA 4O5FA 3E9LA 3SJHA 3U4LA 3L3FX 3SQIA 5CHIA 4GV9A 3P31A 2V51B 1LOTB 2QWOA 3EE9A 3LDLA 4AYBC 5KL1B 4IO9L 2YJFA 4WQ4A 5HR7A 1N8RO 3ULEA 3GBTA 4XH5A 2A6AA 5AQHA 2HBJA 2GH1A 3ZETB 1QHAA 4BG9A 5AQOA 2M0NA 4F9OA 2CN1A 3I33A 1VQ5N 3LYSA 4NV0A 1NBWA 5GINA 3CQXA 3E9OA 2K8AA 3C65A 1T44A 3BF1A 2OTLN 2KD1A 2ZGYA 1NGEA 5AQSA 3RFAA 5AZIB 4QS8A 1WOQA 4YDUA 4BY9C 1GLBG 4WQ5A
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YT3 A;  2HBK A;  2E1E A;  2DGZ A;  1GO3 F;  1WUD A;  4CDG A;  5C0Y A;  2HBM A;  2CPR A;  4OO1 J;  4NLB A;  2HBL A;  4O3M A;  2E1F A;  2HBJ A;  3SAF A;  2RRD A;  3CYM A;  4CGZ A;  3SAG A;  2MA1 A;  2RHF A;  4NLC A;  3SAH A;  4QJF B;  4QIW F;  1D8B A;  2KV2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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