4NLCA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei, mutant c496s
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
362
structure length
355
Chain Sequence
b'RPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISSVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma brucei brucei
publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
total genus 116
structure length 355
sequence length 362
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlcA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlcA01
5C0YA 3CYMA 3SAFA 1WUDA 2HBKA 1YT3A 2HBJA 4CGZA 4NLBA 4OO1J 3SAGA 2DGZA 1GO3F 3SAHA 2E1FA 1D8BA 2E1EA 2HBLA 2RRDA 2KV2A 4NLCA 4QIWF 2MA1A 4QJFB 2HBMA 2CPRA 4CDGA 4O3MA 2RHFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ED3A 4NL9C 2BE2A 5ALPA 3KK1A 5KFVA 5BOMA 2FF3B 3LDNA 3SQ4A 1N34K 3IRUA 4AHRA 3WKAA 5AKHA 9ICIA 1VQPN 1VHXA 4FS1A 5KG4A 1UWBA 3KOOA 4FLYA 1BNOA 2E2QA 4B1XB 3PLAA 2G09A 3WU2U 3TAEA 1BDGA 4NCGA 4FJ7A 1JLAA 3HOTA 4Q8FA 1TVRA 1DRGA 2JWKA 3Q8RB 4JHDA 4CGIA 1SGGA 2G8VA 2KZZA 1YAGA 4BDYA 2ZTEA 3DLBA 3JPRA 3DDHA 1WWUA 4YR0A 3QZ8A 4J9RA 2P9LB 4FWNA 3PIPL 4YR3A 2KEYA 4A62A 3THYB 8ICJA 4Q44A 3MR6A 3NGIA 2KKPA 2KTQA 2H3GX 4CGDA 1HIWA 2A19A 4I2PA 4EBEA 4CW7B 2EZYA 1MSWD 5GINA 4H4OA 2ZIUB 3QEWA 3A5LC 3JAMO 1SAZA 2IMWP 1U9LA 9ICWA 5CHGA 1F44A 5T7BA 1SS6A 2ETJA 5CP2A 3LZIA 3AVFA 3RJFA 4GXKA 2ZM6K 1NGCA 3RMDA 2RKIA 4CJFA 2VJ4A 2CRXA 3S3MA 2BPCA 2NRWA 4KLOA 3QU2A 1OUQA 1SQKA 5IWAK 2QKKA 1WNSA 5J8YC 2FBXA 3JS6A 3QIPA 3CJBA 3CJAA 2WBNA 2DKXA 4J2AA 1KXPA 5AQMA 3VF6A 4IKFA 4FYDA 1K8KB 4QCLA 4KLFA 2DGZA 3O4NA 3OYAA 4IR1A 1X3NA 4ICAA 3IRXA 4BRDA 2MU2A 3MR5A 4K4GA 2ZQBA 2KFNA 1RTHA 3CM6A 1T05A 2BCUA 4BRQA 3MCAB 4BRAA 4YQWA 1RYSA 1QZ5A 2WUSA 4RZRA 1N48A 2W55A 1NKCA 4E3SA 1DK3A 4KI4A 2FPKA 2EX3A 1N56A 4H5NA 4CEOA 4CZIA 2RDIA 5FROA 2D0CA 2JEIA 3THWA 5F9NA 2J6SA 4ELVA 3AO2A 3QEBZ 2KKZA 2JR5A 3AARA 3VQCA 3QETA 1A0PA 3CCUN 3KLIA 3I1YA 3PR4A 1JN3A 3QLHA 3J81j 3QX7A 3T1YK 1SKWA 2M9NA 4EP4A 2HMIA 2JRZA 4GC6A 1C20A 3HXMA 4PQUA 2BDUA 4I2QA 1B0XA 1YVUA 3A0HU 3RAXA 3ZETB 4BE1A 2G5HB 5GAHP 4OJLA 2NNWA 1T7PA 3RAQA 3HPGA 5KAFU 1WBBA 2F8SA 2CXYA 1U45A 4F4KA 4G3IA 2P9NA 3BP8A 1C7YA 4G9ZA 3AAQA 3ID8A 3I56N 1IIPA 4CE9A 3KFUF 7ICVA 3H4DA 2AJQA 5J2PA 2QI2A 3UQ0A 1SZHA 2H5XA 1WOQA 4YN4A 5FPMA 3TACB 3SQIA 5BPLA 4PL7A 3GL1A 2GWKA 1E3MA 1D8LA 1S5LU 5KFPA 1S1TA 5KG0A 3TADA 2YHAA 4XUSA 1ZQJA 5FPNA 2OTJN 4GC7A 1EKEA 3ZDEA 4B3MK 3F53A 3ZEUA 3CCRN 1S0VA 4RNNA 4H0YB 1COOA 1VSMA 3MXJA 1NGEA 2ZTDA 4J9MA 1NMDA 2LKYA 1KQSM 4EHTA 3H7IA 3RJJA 4BACA 3BF3A 3U9DA 4BC5A 4PGXA 3AEVA 4M9GA 4DTSA 5AQTA 4US8A 1TUYA 4MLEA 1PK3A 5TISU 5FRNA 5DKWA 2UYTA 4KLTA 1T3VA 4IWVA 2BGGA 2YJFA 1RFQA 1C0GA 5LMNK 2D1KA 2PFPA 2FLPA 1K1QA 2K8AA 2Y1JA 5CWRA 4ECXA 4ECUA 5BPMA 2CH5A 4BE2A 2ALZA 5FRMA 4NY8A 2JV3A 5J2GA 2EZZA 4M0AA 3RBDA 3M8PA 4ACOA 4BR7A 3Q8LA 3MEEA 3FZLA 3SPYA 4JV5K 3R9KA 5C24A 3I76A 4JLHA 1HQEA 1GLCG 8ICIA 1KRPA 1D4XA 1V97A 4Z4EA 1RDDA 1HX1A 3LPTA 3CQ8A 4Z4IA 4CZGA 5ALQA 2JZBA 5KFYA 3W3DA 5I3UA 1BPEA 5AQYA 2PZSA 1MN8A 2JZBB 5AQFA 1WYGA 4OJPA 3WNHA 1J97A 1DLOA 2P9IA 3RJGA 5J2AA 5SWMA 2ZJRL 2IOHA 1JALA 3PZPA 8ICGA 2ATQA 4O44A 1EXNA 9ICLA 4NLZA 4FLXA 2QA4N 4Y2RA 1C1CA 3J7AP 3QUBA 5G5HA 2ISPA 1JLQA 3KHYA 4B8CA 4MHVA 3WXKA 4QZCA 1J9AA 2OA8A 2DBYA 4B9LA 4YMOA 3K5LA 3DM2A 3B0YA 1VLBA 2PI4A 2HHVA 3CCSN 5J8YA 3SQ1A 1R59O 3E66A 4NM1A 2OPRA 3AU2A 4F92B 4YDUA 3TR8A 4IRCA 4Y2YA 2FPMA 4ECYA 1ZBHA 2C2EA 1TYQA 1ZYQA 3CF5L 2QB1A 5JICA 2IVPA 4I2IA 1ZRNA 4ISEA 1KVBA 2O8DB 2K4PA 1NGBA 4W5TA 5AM3A 2VYPA 3ZEUB 4I2AA 3F9MA 2HI0A 3BDPA 4Z6EA 3KHHA 4DR7K 1BNPA 1ZBSA 3OYIA 5AQSA 1ZBFA 3CQXA 2LMRA 3DOKA 3M6ZA 5DMRA 2HNZA 1QQ6A 2HBKA 5KG1A 2NUBA 7ICRA 4DSFA 4CD1A 2A41A 3F5TA 2G8WA 1E4GT 4PGYA 5D49A 1RDAA 3QDKA 3MXIA 5AKKA 1JLCA 1NJWA 5HRSA 4BR4A 3KKAC 5JUMA 1NLVA 1RBTA 1LCUA 7ICPA 1CZBA 2X78A 3U9ZA 4X65K 1UHUA 2RN2A 3CXCM 3N4MB 4E7JA 3V6KA 3FC4A 4F3OA 2Z1JA 3VTIA 4Z4GA 5BRDA 2XC9A 3F5AA 3H0MB 5HHIA 4C1NK 5GIOA 3ETLA 2BHNA 4KLHA 2EAMA 2GBZA 2NRXA 2ZGYA 4CEQA 3HL8A 4FJMA 1JKHA 3IFRA 1K5OA 4L3QA 5CEHA 2E8MA 1PVRA 3O3FA 3C6HA 2DPNA 4BC3A 2O8FA 4KRFA 1A77A 3F9KA 3O08A 4XIUA 3OYKA 3OJUA 1VQ5N 1GOCA 5GADP 2QLTA 4CGGA 3M9MB 3HSTB 1VSIA 2KMDA 3JXUA 3RFAA 4RQ8A 2FSJA 1D5AA 3AVAA 3B6PA 3VOVA 2NZTA 4CHQA 1RBUA 2PYLA 2ZJQL 3EUB2 1QSSA 3OHRA 4O5BA 2KG5A 3GILA 2DFFA 5AZJB 3LP0A 3DRRA 4FVMA 5KAIU 4F93B 4P4PA 3DXKA 4CF0A 2DUYA 1TKDA 2F96A 1NKEA 4RWTA 5DLFA 4RCHA 2G08A 2XHBA 1ZQDA 2IA6A 1LWFA 4DCCA 1SV0A 1ZQWA 2YI1A 2K8CB 1V4SA 5GTHU 4BUGA 3QZ7A 3JPNA 1HPZA 3DMJA 3SBTA 2P6UA 5CB1A 3TAGA 3H4BA 4KLQA 1RDCA 3C6TA 3LDOA 2UUBK 5AM1A 4FS2A 4DSEA 1DGSA 3VESA 2GO7A 2ZGZA 5A0LA 1X9XA 4Y2TA 1I94K 5DQHA 2EDUA 4BRIA 5J2FA 1URJA 4OKKA 3AY9A 4DTOA 1Z25A 4CZFA 2D5RA 5AK5A 4KLUA 4LSLA 2KJ9A 5F1XA 2P9KB 2FBTA 4ZOHC 4CZJA 3GIKA 1VSEA 2ASJA 3HTVA 5AR0A 2X6NA 1DK2A 5EWFA 1LAWA 4AP9A 3C1ZA 3N7SC 4CJUA 3ZLJA 4FJLA 3RF9A 4QZHA 2VG7A 3VQ6A 1KEJA 3FLCO 3QESA 3V9ZA 4CBXA 3OYHA 1FW6A 3V7KA 1X9JA 1S1XA 3CJ1A 4C4TA 5AQWA 4ED1A 2HBLA 1Z19A 3VQ5A 4RTFD 4W5RA 2DWQA 3SNNA 1RYUA 2G06A 4PH5A 2I7PA 1EO1A 4N56A 4WFBL 2MA1A 2ASDA 4CHOA 4K0KK 2Z1IA 3NGYA 4M63C 4CJ3A 4C8LA 4OJOA 5J2JA 3C1YA 3WKDA 5IIOA 9ICXA 1IH7A 4E7IA 4QZBA 2HMPA 3J81O 1JXEA 5L1KA 1WN7A 4DL3A 5KFAA 4UB3A 3C65A 1XI1A 4GMJB 4JKFA 4M2YA 2B4JA 4MO4A 3UQ2A 3EWAA 4JKGB 1S10A 4DQPA 4EBCA 5BPCA 2ASMA 4DV6K 4I29A 4KLIA 5DQIA 5E26A 4DFKA 1A76A 1PVPA 2P5GA 4C23A 3UM9A 3ZCMA 4FCYA 3I33A 3QMLA 4E19A 3WEEA 1IG8A 3T5KA 1JXBA 1JCEA 4XH4A 2P35A 5M1FA 2ZIWB 4DWIA 4HYKA 9ICGA 2DFHA 5AI5A 4RNMA 4FJHA 3NMUA 3NF6A 1ZJNA 4GKJK 3WQUA 2NRZA 5KFHA 3GV7B 2AXTU 3HILA 2DPJA 1Q18A 4E7KA 4RQ3A 1XHXA 1VQLN 4JKBA 5J2QA 3DXMB 3G6VA 2AU0A 3WNEA 1Z00B 3KK2A 4KB0A 4MLHA 3CIPA 1ZQZA 1COKA 3P5JA 3HM9A 1W9HA 3HPHA 3DRPA 2K4EA 3DAWA 1OH8A 4KHSA 3DI6A 3OGUA 3QYPA 1B4FA 4U6PA 4I2HA 1TKTA 2HHUA 2VGNA 2JH1A 4GLXA 4J8FA 4GXJA 1OVQA 4LC9B 1ECWA 4QS7A 3NH0A 1Z1BA 3E0FA 2VKQA 2I6XA 4EAHD 1N5YA 4YFUA 5BRHA 1VJ5A 3PX4A 3K75D 2BCRA 5AM5A 3SEIA 4PKGA 2P9LA 1RBVA 1V85A 3L3FX 2WF9A 3UMGA 2HOQA 3CYMA 5GAEP 1V9PA 4H0XB 9ICFA 3VCBA 2XI9A 4K4IA 2YHXA 4DOAA 4HTLA 4DL7A 3H0LB 4R8UA 5DG8A 2YY6A 4QAGA 1QLNA 4BE0A 2JXJA 3I8DA 3SAHA 4MEYA 3TAMA 7ICFA 5L1IA 2ZIWA 3OA9A 4AH9A 4DO9A 1BGXT 2FF6A 4OJ6A 3K58A 1JROA 3GG4A 3T69A 5K4LA 4ILGB 4BREA 1ZBLA 4JI7K 3O5BA 3EYZA 4FM1A 4GKKK 2L5YA 4IR9A 4OLBA 4Q5VA 1JLEA 2J4RA 1BISA 3BJYA 3CERA 4JI6K 3M8SA 2UVWA 3OBWA 1IKYA 2F8KA 4FLTA 3E01A 3R8EA 3AQEA 4FWQA 1S97A 3HBTA 2CH6A 4H0VB 1OKJA 4DL4A 3ASMA 2QXFA 3SV3A 3VQBA 3NVWA 1U49A 1CRXA 1RG6A 1IG9A 1NGIA 4YMMA 5KT7A 4N5SA 4JI1K 4NXMK 3NTUA 3QUCA 2QWRA 2M0NA 4CZMA 4C8OA 4GVMA 1KC8O 2H3VA 3J7YP 5J2BA 5A2QO 4CEFA 8ICOA 7ICIA 5AZIA 1XSNA 2QARB 3P83D 2E5SA 3NAEA 4BGBA 4YG2A 4LH5A 4FWOA 4HUEA 3KD3A 5J0RA 2PBDA 1VK0A 2D3DA 4Z4CA 7ICEA 3LP2A 4R64A 3PMLA 2BQUA 1Q3UA 4M3TA 5AQVA 4A5AA 1FO4A 1B22A 1ASVA 1T44A 3DLHA 3V9SA 1T6CA 3IG1A 3WQTA 4TUSA 4CZHA 3UIQA 3K1RB 4KLDA 3M5RA 3HOSA 5L1MA 4RT3A 5AQPA 4W5QA 4LF4K 5ADXH 3U26A 4BX9C 2BQ3A 4E7LA 1JX4A 3ZT2A 2C28A 1HQUA 4DTXA 3MN6A 5J2KA 2HHSA 4WQ4A 1G15A 1RZTA 5EU7A 4XRHA 3EKUA 2DTUA 5AQGA 2YB1A 3FDSA 4B9TA 5AJ3K 4IBNA 2O4IA 5DGAA 1LOTB 3ZX3A 3OS2A 2BCVA 3SMPA 4ECRA 2OYYA 5CE3A 2BTFA 1ZQBA 3FZMA 3SQ2A 4CIGA 5L1JA 4PGQA 3RJEA 2Y9UA 3IV6A 4YCXA 4FLZA 4CJSA 3EE9A 5KQDA 4R79A 4P0PA 4CFAA 5KTQA 4DR3K 3KHRA 3LM2A 3QERA 2IOFK 3HRDD 4BVOA 1BCOA 3FM9A 5KRTA 2P5OA 4O9MA 3NUQA 5AKLA 4J2DA 3QUTA 1N2XA 4PHTX 2GOLA 4DV2K 4N41A 4FOIA 4HVJA 4LFBK 2E3TA 5AKZA 5DGBA 1QHAA 2QM1A 4Y1CA 2E8OA 4AQYK 4DU1A 2EZXA 1GOAA 4KHPK 5EWEA 3WUHA 5KFXA 1ZETA 4QIWC 3PW7A 2RPIA 2VWKA 3AVGA 1XUPO 2OPQA 3IG5A 3WK5A 4YD1A 5HRRA 3E58A 1JMSA 4WQ5C 5KT4A 4UW9A 4CFBA 4X5VA 1K9MO 4PL8A 5AIBA 3H3OB 2Q0ZX 5BN8A 3HP9A 1WCLA 4JB3A 2UXCK 5ALFA 3CC4N 5J2NA 3U4LA 3O3HA 1KFDA 5ALDA 2CGLA 5KGWA 2YNIA 2W9BA 2PI5A 3SUNA 4IJAA 2UVVA 3FGUA 2IBKA 2RF2A 3CHWA 1O03A 3QU4A 4J9KA 2KVCA 4MFCA 2PY5A 3H40A 3QNMA 3VF2A 2LPEA 4DF4A 3SCXA 5FDLA 4H5TA 3ZDBA 3NE6A 3NCIA 3L3VA 3MX5A 3Q8MA 4BRFA 1ZOLA 1NGGA 5ALXA 1KTQA 1P7DA 1JCGA 5AHXA 4FO6A 2QKBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5C0Y A;  3CYM A;  3SAF A;  1WUD A;  2HBK A;  1YT3 A;  2HBJ A;  4CGZ A;  4NLB A;  4OO1 J;  3SAG A;  2DGZ A;  1GO3 F;  3SAH A;  2E1F A;  1D8B A;  2E1E A;  2HBL A;  2RRD A;  2KV2 A;  4NLC A;  4QIW F;  2MA1 A;  4QJF B;  2HBM A;  2CPR A;  4CDG A;  4O3M A;  2RHF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1YJW N;  7ICH A;  5KFR A;  2D0A A;  4DG1 A;  2YKM A;  4CIF A;  3K1Z A;  3CM5 A;  4R8U B;  3SJJ A;  1RTJ A;  3V9W A;  3C0B A;  3EZ5 A;  1T3N A;  2D6F C;  4CED A;  3QFU A;  4HTU A;  3MMV A;  1SL2 A;  4A2A A;  4O55 A;  4F50 A;  5ALK A;  4JWM A;  3N4P A;  2W40 A;  5LMU K;  3SK3 A;  4WCE L;  2B6A A;  2JH7 A;  5KFG A;  2LYA A;  3SZ2 A;  4DV0 K;  4B9V A;  8ICF A;  3WK6 A;  4LVS A;  1HKG A;  3BS5 A;  9ICS A;  2IVN A;  4AIL C;  3ULE A;  3ORY A;  2KN7 A;  1TE2 A;  4NXZ A;  5CR0 A;  2IHM A;  4AM6 A;  4O8U A;  3AA2 A;  4AYB F;  2B5J A;  3VQ8 A;  3MWT A;  4JS5 A;  2RE2 A;  2OCE A;  5ALJ A;  4CE6 A;  4CZE A;  4WF9 L;  3A0I X;  4JI5 K;  3UE5 A;  3O1W A;  1ZXI A;  1MWK A;  1HJP A;  5AM4 A;  2DF4 B;  1ZQL A;  1ZQR A;  1YTA A;  2YNG A;  3Q8P B;  5BRE A;  5HHH A;  2K60 A;  4B9M A;  4ILJ A;  3WK7 A;  1HPM A;  2WTF A;  1BU6 O;  1QQN A;  4C7Y A;  1ZQK A;  2F77 X;  1ZQQ A;  3ZSW A;  5C15 A;  5TKW A;  5J0Q A;  2VA3 A;  3RB4 A;  5C2F A;  4ECT A;  3CJC A;  3C29 A;  4WQ5 A;  3L2W A;  4FM2 A;  4KPY A;  3PX6 A;  4MFB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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