4NLCA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei, mutant c496s
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
362
structure length
355
Chain Sequence
RPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISSVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 116
structure length 355
sequence length 362
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlcA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlcA01
2HBLA 2HBMA 2MA1A 2E1FA 1WUDA 2RHFA 4NLCA 5C0YA 1GO3F 2HBKA 1YT3A 1D8BA 2E1EA 4OO1J 4QJFB 3SAHA 2CPRA 4O3MA 3CYMA 2RRDA 4QIWF 2DGZA 4CDGA 4NLBA 3SAFA 4CGZA 3SAGA 2HBJA 2KV2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WKEA 2YY6A 1IM4A 3JPQA 1WAJA 1TL3A 3AO4A 3LM2A 1DT9A 4C4TA 3NH2A 3ETRA 2BCUA 1FFUA 4PGQA 1K9MO 4C8NA 4BRCA 4Y1DA 3GOIA 1ZBHA 2R8KA 3MGHA 5CP2A 5DBCA 5SZTA 3MABA 4UB8U 4ED0A 3L2UA 3DXKB 2DPJA 4JKFA 2HVHA 3R8EA 4NL9A 2B0CA 2I5HA 1D4XA 4Z0UA 1WUAA 4P4PA 2W54A 3QNOA 3HOTA 4BQLA 4DSEA 5HL7L 8ICJA 3IDHA 4LF4K 4CZIA 9ICBA 5KL1B 2BH1A 3OYFA 2Q31A 4EYHB 1MN8A 4Q0BA 4FYDA 3BQ2A 2DPIA 2YNGA 3AVKA 4DMNA 2J6SA 2LM1A 3DRSA 4P0QA 5GAEP 2KLAA 3KKSA 4JKBA 2W8KA 1Z3EB 5KL8B 4J2BA 1IIPA 5BPCA 2CPRA 4KITB 5EE1A 2UVRA 3UIQA 1KFDA 1RTDA 3TR8A 4KX3A 2OEHA 5EX5A 4DCHA 4C4RA 4NM2A 4A59A 5AIBA 3D2FB 3CI5A 3M9NB 1X6IA 3KIOA 4CE9A 2VQFK 5EE3A 3UE5A 2JZBA 4FLZA 4RWTA 4AHSA 3PZPA 4MDAA 2LMRA 1HUXA 2P9PB 2D0BA 3QEIA 1NMDA 4EP5A 2W11A 1Z00A 3AL0B 4UAVA 1RM6C 5AQHA 4E1MA 4PWDA 2W9CB 1MQ3A 4RT2A 2W9BB 1L3SA 2YTUA 4CZGA 3H3NO 4KBOA 2KICA 2HOIA 4CJLA 4RQ2A 3G6XA 4C8KA 4CZFA 2W43A 4M3TA 3KOOA 1KN5A 4NB4A 5F3XB 3TAPA 4KLTA 3M9MB 4Z94A 5JICA 1ZXIA 1IG6A 4U7BA 2KV2A 3SI8A 4KHSA 5AI9A 5B66U 4FZXC 1Z1BA 3SNNA 2WB1F 4OKEA 2QI2A 5A2QO 3RBEA 2W9AA 3WK8A 3D6RA 1BU6O 4CHZA 5C0YA 4Z4EA 3KFUF 4CZLA 1BPXA 1SIJA 2ASLA 1KKXA 3B6OA 2FPMA 5AZIB 1WSJA 4B08A 2GH1A 2A3VA 5HR7A 4WFNL 4KLFA 4FJGA 1C1BA 4Y2QA 5DB8A 4FZYA 5DQHA 1VSMA 1XC3A 5T7BA 3EZWA 2W03A 3K9JA 3EZ5A 1T7PA 4R65A 2GOLA 2HHXA 1HKBA 3MEEA 4QAGA 3M3ZA 3VEOA 1N56A 1BISA 4MLEA 2YNHA 2PYJA 2P9LA 1S1XA 4DQ8A 5J2CA 2HOEA 2Q4TA 3HKZC 2Z1HA 4DV4K 1DLOA 1J2NA 3C21A 3CYMA 5J2KA 3ZDBA 2QWQA 3AVCA 5KFGA 1DTTA 2HDOA 4IO8A 1WN7A 3LZJA 4FLYA 4DO9A 4EP4A 3V9WA 4DUZK 4J2EA 3MCPA 3HI0A 4CEAA 1BG3A 3ATVA 5J2NA 1U9LA 4M9NA 1J6ZA 2HSZA 5ALPA 2HNYA 3TARA 4CBXA 2RP5A 4UQGA 3BS7A 1BPYA 1ATRA 4BDYA 5AQLA 4CHPA 5FLXO 4KLQA 3MBYA 3OYLA 2QB0B 3GG4A 1RT1A 4CF8A 3WXKA 4DV6K 2ZTDA 7ICFA 4GVMA 3ZD9A 3EL2A 3NASA 4I7FA 4JI6K 2HMPA 3T19A 3QINA 1S3XA 4DV0K 3D2NA 4MFBA 4F2RA 3DLLL 1MC8A 5AZJB 1DXSA 3ZYYX 1RTIA 4IR1A 3LDLA 3L3VA 4PY5A 3NUQA 3O4WA 4YD1A 4XUSA 5J2BA 3AA5X 3MECA 5IIJA 3NFAA 2HF3A 5BRDA 3GIJA 1ZQXA 4GV9A 2QWMA 5M1KA 4B3TK 3G6YA 3ALYA 4UB6U 3TTCA 1FJGK 3ZSZA 2KFZA 3DXMA 8ICHA 2YKMA 3VTHA 2QXLA 1ESVA 4Q45A 3JPPA 8ICSA 3QU7A 5TKWA 1ZQJA 1XO0A 4DHYA 1M6YA 5KFYA 1RTHA 4CJ5A 4WQ5C 4B9VA 3MK6A 2ASPA 3WU2U 3MEGA 2HHTA 3MWPA 1VQ7N 5KFUA 5KFPA 3ZT3A 5ALOA 4C8MA 3F2KA 2JEIA 1V85A 3IFRA 4HTUA 1A5VA 1RT5A 4E1NA 4IQWA 1TKXA 3E9PA 3N7SC 3PW0A 3ULEA 5J0UA 4QZBA 4MFCA 4CF4A 3ZDDA 4I2GA 3M8PA 3CW2C 3IN5A 1KLMA 1QSYA 4QIWC 4P0QB 5FPEA 3VF4A 3LWLA 5KFCA 3HKZF 4YN4A 1H1VA 5KFFA 2BDUA 3Q8RB 1RDFA 2FXUA 3CCQN 2HB5A 4DF8A 1MA9B 1C0FA 2ZGZA 5AM1A 3VA3A 2N1RA 4YOUA 9ICOA 4A62A 5H1SQ 3TQ1A 5JU5A 2ISPA 5CYMA 3HRDD 1OKJA 3U9ZA 1V38A 1OVQA 5ALVA 2IS3A 4YR2A 3JPTA 1TV9A 5KT6A 3G25A 1JXBA 5C24A 3OBWA 1VSJA 2JZBB 4W5TA 4NLCA 8ICAA 1KBUA 4OJLA 4EBEA 1N5YA 3PX6A 2V7ZA 3BF3A 4CJTA 5KFHA 4CJFA 1UT8A 2OYYA 5AKGA 3ZD8A 3MDAA 5GIPA 3T1HK 1Z00B 3PSPA 4Y2JA 3T1AA 3VENA 1ZQQA 4DR4K 4F3OA 4QZHA 2W40A 2FPLA 2RDJA 4IEIA 4Z4CA 8ICRA 3VQBA 2PFUA 5I9EB 4YOYA 4HCBA 1G15A 1UPHA 5ALSA 4ICLA 1FXXA 4RG8A 3EPGA 2PMZC 1UHUA 2WHEA 2IA6A 2M0NA 1WSFA 1ZD5A 4F4WA 4QZEA 1X9JA 3F9MA 4C7ZA 5C2DA 5CEHA 1NK0A 4KB0A 1NJZA 3QXGA 3B9JA 3ZSXA 2QKKA 1L6NA 2CRXA 1HNVA 2MU2A 2F7TA 4BGBA 1J5EK 3RB4A 1JI7A 3LDAA 2QWNA 4CI6A 1YAGA 1NJWA 5CR0A 2IIRA 2LI6A 4RQ6A 3AO1A 8ICWA 1NK8A 4FWOA 5I42A 3BDPA 4KRFA 3VQ4A 4CNQA 4EHTA 4FCYA 4R64A 2W3SA 3PSFA 2FLNA 2JGAA 2K4HA 4I2DA 1ZQUA 3DLKA 2VGMA 1BO5O 2A41A 4FWPA 1GLFO 2YMMA 4UASA 3C29A 4Y1CA 4L3QA 4KHNA 1TE2A 1F0MA 2ASDA 4DTXA 1HQUA 2PYLA 1ZQAA 2V9WA 8ICKA 4JK8A 3O4NA 3WT0A 2WF7A 3B6PA 5KT5A 3CQYA 3WXMB 2V52B 5KGWA 1ED1A 3TWHA 4BX9C 2IOFK 4TQRA 2HNDA 2OPSA 3I8DA 4FK2A 2P9LB 3D2EA 4GXKA 4JV1A 3BEXA 3IG8A 4QIWF 3AGRA 3S3NA 4RQ0A 3V81A 4B9SA 3O9RA 1T6CA 5HNKA 1HKCA 4Y2PA 3VEWA 4B9QA 4YQWA 3L2VA 4CJEA 1VQ9N 2WUSA 3A2FA 3QO9A 2HOQA 4IQUA 4RQ3A 2HBMA 5E41A 4C1NK 5AQXA 2E1FA 5AKJA 1JXEA 1KQQA 4PQUA 3C6AA 9ICHA 5J0SA 1CZ9A 2Q2RA 4W5NA 1REVA 4B1VA 3ENHA 4RCHA 2V51B 2FF6A 4YG2A 2F3NA 3CJBA 3U8XA 4FZNA 4J9KA 2P1JA 3ZDAA 5TKYA 3VQAA 1NOMA 4FBUA 4O5EA 2A3ZA 5ALKA 4C8LA 5FP0A 4CHOA 3M5RA 2CH5A 4K8ZA 4MF2A 3T5KA 3A5MC 4FWQA 9ICVA 4H4MA 4BVOA 1EKEA 2G8KA 4BRNA 3NGIA 5HMMA 2DFFA 1K5OA 3SQ1A 3CM5A 3NRWA 8ICGA 5ALYA 4F3TA 2ZTCA 2F9WA 4K4IA 2PMZF 1VDVA 4FK4A 3EE9A 3H8WA 2P5OA 1DGSA 2QWLA 3ENOA 3LP2A 4ILGB 4IRDA 5AICA 7ICUA 3I0RA 5KQ8A 3NCIA 2LYBA 4YMOA 4QW9A 4BXOA 1VQON 4CJUA 1RBVA 2NV3A 3O1WA 5KT7A 2YN4A 2UVWA 2EAPA 4PHAA 1U47A 2HSTA 1LCUA 4QW8A 3LAMA 4I9QA 4ZTFA 2G5HB 1RDDA 1XC9A 2W55A 1S0VA 5KFSA 3UMGA 2Q36A 2ZIVA 4CEEA 4PL7A 3OY9A 2LM4A 4BRHA 2BCQA 3CHWA 2ZM6K 3VQEA 1JL2A 4I29A 3RH5A 3RFAA 1MA7A 4AHUA 2C28A 3LDQA 3CC4N 3VPZA 3AM9A 1P8ZA 3BY5A 3V1QA 4Z6EA 3RMDA 5EXWA 4CCHA 1WSGA 3WXIA 4JKAA 3AY9A 4WFBL 3C1ZA 2YQEA 3QYPA 2BCVA 3NH1A 4CK2A 3KHRA 3ULEB 4JI3K 4BGDA 5HRRA 1N5XA 4QZAA 2RE2A 3OTQA 2A19A 4F71A 4Y2SA 2NO5A 4J9SA 4ELUA 5KT2A 4EYIB 3OS2A 2R8IA 1VSHA 4MEXA 5J2HA 2CGJA 2GO7A 1QQ6A 1FFVA 4FZMA 1L3VA 3OYDA 4G9ZA 4BRDA 3E66A 2QLTA 5KNIA 3ZT2A 8ICBA 4A57A 2FMQA 2F76X 5ADXA 2E2OA 4QZFA 1IKYA 1VSFA 4K0KK 3LP0A 3Q7BA 2JH7A 2YHYA 3H7IA 1S9EA 1IKWA 1DEJA 4TURA 4A61A 4BACA 3OYNA 4FS1A 3DV9A 4FO6A 4DTUA 2IMWP 5AR0A 1L3TA 1RT6A 4DS4A 1KD1O 4PKHA 2FBVA 3FZMA 4IFEA 2ZXHA 4LSNA 2OA8A 4ELTA 2O4GA 2BQUA 3AVBA 2EH9A 3OHBA 4CDGA 2YB4A 4CHNA 3BJYA 3K1ZA 1TK5A 2HOFA 2ZWHA 3WKCA 4FJMA 3UXOA 7ICPA 4DR5K 4ED2A 1NJIO 2JEJA 4IJNA 3OYEA 2F8LA 3VA0A 2B5JA 4GW6A 4MDBA 3PX0A 4O5BA 3L2QA 1C0TA 2DFEA 4DFKA 5KT3A 3ZEUB 5CY4A 2EWSA 3JYTA 4CK3A 1TK0A 1T3VA 5BR9A 4KHYA 4UAYA 3MAQA 2PXIA 1LW0A 2Q3SA 3O9UA 5ALDA 4C0ZA 2A40A 3SUNA 1X9WA 4I2QA 4OJPA 4IBNA 3SCXA 1XHXA 4ECTA 3KKRA 4KTWA 4F5NA 2V7YA 2G8FA 2JLEA 1D9FA 2F1HA 1URJA 2YNFA 4IOAL 5A0LA 2K4PA 1WLJA 5EY4A 3H8JA 1EWRA 5GADP 4XH1A 4CJ7A 4P0PA 1X6JA 3T79A 3L6QA 4F5QA 2CH6A 3DI6A 4CJWA 2NRRA 4CVNE 5DG8A 3WNFA 2O8EA 2A1SA 4OPHA 1OXJA 1S0OA 4FBTA 4BR4A 1RDWX 2GELA 1KAYA 2ZGYA 1V97A 4JD2B 4DU1A 4OJOA 1C1CA 5HRPA 1BNOA 3IRUA 4KLSA 3K9KA 4H4OA 3IG1A 3T1YK 5IIMA 3P38A 4H5VA 2LKYA 1NK9A 4CEQA 4QS9A 4LH4A 2G08A 3FAHA 4WQ4A 2G8UA 1RT7A 4E1JA 5EE0A 3EPIA 3PW2A 3OYIA 4F2SA 2DGZA 4Y2VA 1VQLN 4XEIA 4NCBA 3D2EB 2OZMA 7ICRA 4YP3A 3ID6A 3QNMA 3Q7CA 5BN9A 1XWLA 3TU5A 1CI4A 2FBYA 5FPDA 2DKZA 3AVJA 2RQ5A 1GLEG 1U48A 2KZZA 3F5AA 4O5KA 3HL8A 1KCFA 4OPKA 3RR8A 3V9SA 4RW7A 2ZUDA 3H8MA 2P9UA 2QWRA 1Q7YO 2BCRA 8ICNA 4DSLA 3NVWA 4J9NA 1UAXA 4JI0K 5KFRA 4WCEL 3PSTA 2W8LA 4DFMA 1B9DA 4YY3K 4G1QA 2PBDA 3F2DA 2YJEA 2AGOA 1X66A 3I1YA 4K25A 3RVCA 2EZZA 3N4QA 4CBUA 2FI1A 1U4BA 1RT4A 2BGGA 4F8RA 1KAXA 3AVNA 1NK7A 3QZ8A 4O8KA 4EX6A 2KN7A 3HT3A 5IINA 1SKRA 4JKHA 5KFLA 4FJ7A 4LD0A 4W5QA 2ZJPL 3TACB 2YB1A 5GAHP 1KFTA 4E89A 3A5NC 1CRXA 1E3MA 5AQJA 3K1RB 1HQEA 5AJ3K 5KFWA 3ZSOA 1T3QA 1S1UA 4OLAA 3VERA 3THWA 4I2EA 3ZT0A 3SMVA 1NGEA 5HP4A 1SV0A 3RRHA 3CQ8A 2O8CA 3HW8A 2EAMA 3CCUN 3V6JA 3VQCA 3TADC 1N33K 4BXOB 4M47A 4O4GA 3KLEA 3NMUA 3TKAA 5GTIU 2Y1JA 4CGGA 1RZTA 3QICA 4AM6A 5I3UA 5JUMA 2KP7A 4AYBF 3OSNA 2E4LA 1VQMN 4BJQA 2ZIVB 2A5XA 4BRKA 1Z6RA 2EQYA 3CM6A 3NS1A 1PVQA 3MR3A 3B0YA 2ZJRL 3PW7A 4XQ8A 2OM6A 1NKEA 2BPGA 1ZC6A 2ASOA 1UQVA 4E0DA 4AM7A 2NZTA 2HI0A 4ED3A 3VGLA 4AHRA 4WQ4C 4N47A 2E8OA 1YVUA 3UQ0A 2FSNA 1ZBFA 1GLBG 3WK6A 4BRAA 3OJSA 3MN7A 2A1RA 3L3UA 5AM3A 2RLTA 2D5RA 1RDBA 3SUPA 3PLAA 1XSNA 2XY8A 3BZCA 3VGMA 3CCSN 4M6WA 1NK5A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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2FSKA 1GO3F 3ENBA 2AA4A 4U6PA 2RRDA 2WFBA 2KNJA 3FE1A 3AAPA 3R6MA 1MWKA 3IUCA 5AZIA 2Q0UA 1C0GA 2OXOA 3PIPL 2YHWA 1Q18A 2KD1A 1QVGM 4B1ZA 2J4RA 3J8AA 1Q3VA 2KHQA 2W7OA 4CD1A 3VCBA 3SBGA 2KJ8A 3G6EN 5M1FA 2YX8A 4B1YB 1VAZA 3H3OB 4BC4A 4ILHA 3SAHA 3CJAA 3DEEA 3CJ7A 2E8AA 4WF9L 5AQVA 3FZLA 2RHFA 2CGKA 3EKSA 4H5NA 5M1OA 1TAMA 3D7EO 2BTFA 4JMUA 5AZJA 2K89A 2ZIWB 1OVYA 3FFKB 4Y0WA 1YXQA 2H3GX 3IG5A 3EN9A 4A5AA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HBL A;  2HBM A;  2MA1 A;  2E1F A;  1WUD A;  2RHF A;  4NLC A;  5C0Y A;  1GO3 F;  2HBK A;  1YT3 A;  1D8B A;  2E1E A;  4OO1 J;  4QJF B;  3SAH A;  2CPR A;  4O3M A;  3CYM A;  2RRD A;  4QIW F;  2DGZ A;  4CDG A;  4NLB A;  3SAF A;  4CGZ A;  3SAG A;  2HBJ A;  2KV2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HUX A;  2P9P B;  2D0B A;  3QEI A;  1NMD A;  4EP5 A;  2W11 A;  1Z00 A;  3AL0 B;  4UAV A;  1RM6 C;  5AQH A;  4E1M A;  4PWD A;  2W9C B;  1MQ3 A;  4RT2 A;  2W9B B;  1L3S A;  2YTU A;  4CZG A;  3H3N O;  4KBO A;  2KIC A;  2HOI A;  4CJL A;  4RQ2 A;  3G6X A;  4C8K A;  4CZF A;  2W43 A;  4M3T A;  3KOO A;  1KN5 A;  4NB4 A;  5F3X B;  3TAP A;  4KLT A;  3M9M B;  4Z94 A;  5JIC A;  1ZXI A;  1IG6 A;  4U7B A;  2KV2 A;  3SI8 A;  4KHS A;  5AI9 A;  5B66 U;  4FZX C;  1Z1B A;  3SNN A;  2WB1 F;  4OKE A;  2QI2 A;  5A2Q O;  3RBE A;  2W9A A;  3WK8 A;  3D6R A;  1BU6 O;  4CHZ A;  5C0Y A;  4Z4E A;  3KFU F;  4CZL A;  1BPX A;  1SIJ A;  2ASL A;  1KKX A;  3B6O A;  2FPM A;  5AZI B;  1WSJ A;  4B08 A;  2GH1 A;  2A3V A;  5HR7 A;  4WFN L;  4KLF A;  4FJG A;  1C1B A;  4Y2Q A;  5DB8 A;  4FZY A;  5DQH A;  1VSM A;  1XC3 A;  5T7B A;  3EZW A;  2W03 A;  3K9J A;  3EZ5 A;  1T7P A;  4R65 A;  2GOL A;  2HHX A;  1HKB A;  3MEE A;  4QAG A;  3M3Z A;  3VEO A;  1N56 A;  1BIS A;  4MLE A;  2YNH A;  2PYJ A;  2P9L A;  1S1X A;  4DQ8 A;  5J2C A;  2HOE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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