4NLCA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei, mutant c496s
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
362
structure length
355
Chain Sequence
RPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISSVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 116
structure length 355
sequence length 362
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlcA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlcA01
4OO1J 5C0YA 2E1EA 2KV2A 2HBKA 2RHFA 4CDGA 1GO3F 2HBLA 4NLBA 1YT3A 3SAFA 2E1FA 3SAHA 1D8BA 2HBMA 2HBJA 2MA1A 4QIWF 2RRDA 3CYMA 4CGZA 3SAGA 4O3MA 2CPRA 2DGZA 4NLCA 1WUDA 4QJFB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BP8A 2ASLA 3CQXA 3LP3A 4M9GA 4KLHA 4KLSA 3NBPA 3AA5X 2JR5A 2I1QA 1WSHA 4J8FA 3UMBA 3O1WA 4CE6A 1DXSA 1PK3A 4F4YA 3CM5A 5LMNK 1NG9A 4ZTJA 1GOAA 4USAA 3ZX3A 2FE9A 4I6MB 2QB1A 4Y1CA 4B3SK 3H4BA 1X6IA 3HKZF 5C15A 3CJAA 4BREA 3CJ7A 1UA0A 1TAUA 4PKHA 2UXCK 5SWMA 3K5LA 2CRXA 3TI0A 3FLCO 4MFBA 1X40A 2W7OA 1PVRA 5KFPA 1C6VA 1R0AA 4XH4A 4B3TK 4YDUC 3CF5L 1HNZK 9ICKA 3MWPA 3TABA 3KD5E 1X3MA 4TUSA 8ICAA 3O4QA 1WNSA 3KD3A 4FPBA 3D7EO 4K4HA 3E1YA 3VQ8A 5AK3A 1IXRA 4MQ3A 1WG8A 4R5PA 3F53A 5HRPA 3O3GA 5JMVA 4ECZA 3LWMA 4DR2K 1VQ9N 3TFSA 1XMOK 4IEEA 4FCYA 5CB1A 3M7DA 3B6OA 3MABA 4H0OA 4HYKA 4PHAA 4XH1A 2HSZA 3SJJA 3Q8SB 4CJUA 3PIOL 2IBKA 5EXWA 2ITMA 5C24A 5KT6A 2XC9A 3A2FA 4OJOA 1OUQA 1ZQQA 4AHCA 5CY4A 5AM4A 3B9JA 1MQ3A 2W9BB 4KLEA 3HWTA 1UPHA 1KVBA 2F3NA 4M45A 5H2FU 3H1VX 2HBKA 2W43A 5DGBA 5M1FA 1LAVA 1BDGA 2ZG6A 3RFAA 4IS7A 5KT2A 3MN6A 5AZIB 4BRCA 8ICWA 4O5CA 1OVQA 1TUUA 2BCSA 3D6JA 3DJCA 3MR2A 1D8YA 4NY8A 2AJQA 1RDBA 2G8KA 3T19A 2FLLA 1NK6A 3MWTA 4MO5A 2RN2A 3OTOK 4UW9A 4PHDA 1S5JA 1P7DA 2OYYA 2P9KB 4RQ8A 4YY3K 2K4EA 1NU0A 4H5RA 1RTJA 1Q82O 4JI5K 4LSNA 5IIKA 1QQNA 2R8JA 4RNNA 3K4GA 2W8KA 1NKEA 5F0XA 1YIJN 2VJ4A 3NF9A 1RYRA 4CJRA 4FS2A 3CJ1A 7ICVA 4UBBA 3C2LA 4B9UA 2VJ5A 4BC4A 3L2QA 3HTVA 3HKZC 5ALYA 1T6CA 1RTDA 3V7KA 1Q8IA 4CGDA 2JGUA 1N6QA 4IQUA 1DK2A 1S0MA 3CCEN 3KVGA 3EWAA 1KC8O 5K14A 2UUCK 3MEGA 3H46O 3CD6N 5EE0A 3VQDA 5AQIA 4LD0A 1RTHA 4E7HA 1ZBIA 3AAPA 2VWKA 3PNCA 1KTQA 4CBWA 1OH7A 3BS5A 3P31A 5DQGA 3NFAA 4AQYK 3AVMA 3FZHA 2Q36A 3GZFA 4EX6A 5ALIA 4F2RA 4U7BA 4ED0A 4BG9A 3THWA 3EW9A 4ED8A 4AHUA 8ICVA 5J8YA 3T5LA 5CR4A 3VQ6A 2F8KA 5DB7A 2ZIWB 3L3FX 4GC6A 1L3SA 4M2YA 2QWRA 3HZ6A 4EIAA 3GIKA 3V6JA 4YFUA 3EYZA 3KKAC 2PKEA 1NKBA 3J8AA 3OYEA 1K8AO 2ZIUA 5DDMA 5ALFA 4KFBA 4NCAA 2QK9A 2F8TA 3GDXA 1KN5A 3T5JA 5AQVA 5AKZA 4BWJA 1RGIA 3VEWA 3N97B 2ZQBA 4TQSA 4ICLA 4FSVA 2HMPA 2KKVA 4BDPA 1XQSC 3RJKA 3FFKB 3KLHA 4BC3A 2NRTA 3EL2A 2GO7A 1RCHA 4M3YA 2CH5A 4IJNA 3LP2A 1SKSA 3ALRA 3MEEA 1B92A 2KW4A 2RPIA 4RQ2A 4M47A 2ASPA 1VQON 2K4PA 3QUTA 1J6ZA 3GL1A 3OBYA 3FGUA 4ID5A 1T05A 2QB0A 2D8CA 3RH5A 1LWFA 3R9PA 3LPTA 3SZ2A 2KV2A 4ZH4A 4X62K 4FLUA 4KLMA 5CE3A 5L1IA 4DTNA 2E88A 4EYHB 8ICYA 5AHXA 5ALSA 1U48A 3VTHA 5KT7A 2NO4A 5AQUA 4O0JA 3PMLA 1J9AA 4CF8A 3DXMA 1JCEA 5C12A 4H5NA 2XO7A 2RQ5A 4NLGA 1Q46A 4WQ5C 2I5HA 4MFCA 4BACA 3ULEB 3PX0A 3VQ9A 4F5RA 4BRFA 4JV1A 5BRHA 5FLXO 3GFKB 1T6DA 2EAMA 5FPNA 4JI4K 3TKAA 9ICOA 1SB3C 2LHTA 4M9JA 3KK3A 4A57A 4A59A 9ICVA 5AQNA 4AYBF 1WSGA 4TUQA 1VSHA 4DTSA 1ATSA 1WOQA 5KFKA 4US8A 1D9FA 4DV2K 4MEYA 3PUFA 5ALNA 4JK9A 3UKUB 3VQEA 3PW5A 3BQ0A 1NJZA 4KTQA 2P9LA 2G8UA 3QEAZ 4JYAK 2OXOA 3O8MA 1HNVA 4IOAL 1Q7YO 4YR2A 4C8LA 2PMZC 3WQUA 5KTQA 1EQYA 3VF2A 4LF8K 1G99A 4KB0A 5DGAA 4MDBA 2DFHA 4FJXA 3I33A 3OBWA 2HCFA 5KNIA 1VSJA 2BCQA 2GH1A 4I2HA 2ES6A 3TTDA 4FZLA 1RG6A 4I2CA 1NJXA 1K73O 2PFNA 1RQNA 2RHFA 1UT8A 3RJGA 1LWEA 4DU1A 2NRWA 2BCRA 2E1ZA 3OY9A 5DBAA 4FJ9A 4CFDA 5LY3A 3LAMA 1CXUA 3NVMA 3G10A 2XY7A 2FI1A 3SK3A 2XCAA 3P83D 3HI0A 1BQMA 2RRDA 3P39A 3AVCA 2IHNA 3WNGA 2P51A 3LANA 4FFDA 3RRGA 2KVSA 3L2UA 3UKRB 3C6HA 1XS9D 3WKAA 1FKOA 3B6PA 4UATA 2HDOA 2R8KA 5EOYA 4UY8O 2BGGA 3TU5A 3M9MB 1DLOA 1QQ6A 1Z4NA 1C0MA 4CJEA 4W5RA 2KD1A 3V1RA 4H0VB 4I2FA 4ECWA 4I2QA 1IKWA 2P5GA 3OJUA 3KHLA 4AF1A 2FBTA 5DKWA 5E26A 5HR7A 1QQ7A 2F2AB 2OM6A 3I1YA 2P9PB 1XNQK 2KHOA 2E2OA 5J0PA 1GLBG 8ICCA 1WSJA 2IDOA 5J0QA 4B8AB 4EEKA 2H3IA 5AQQA 3KBBA 3JS6A 2QI2A 3VOVA 2P5OA 4Z6CA 1NGCA 1N8RO 1XNSA 2RF2A 3NAEA 4YP3A 2XGPA 1FJGK 1DTTA 1GLDG 4JHDA 4N5SA 4JWNA 3DLHA 2HHXA 2VKQA 4Y2PA 5CEHA 4PHEA 3EO3A 5BR8K 4YR0A 1C1AA 3DV9A 5CA7A 1VQ4N 2OPQA 4U7CA 4DTRA 4CEQA 2GLEA 4QWDA 4CK3A 5IWAK 1D8BA 5LJVA 1AQ6A 3G4SN 3SQ1A 3ISCA 3ED5A 1S10A 2HHHK 4QZ9A 2WC9A 2FPKA 1NGAA 5J2PA 2JMGA 1QLNA 5J2FA 1GLJO 3J7ZO 2PYLA 1TV6A 4DSEA 3CC7N 4FXDA 1BPDA 4ECRA 4MLEA 4FW1A 3WK4A 2V9WA 3WXMB 3TR8A 5ALWA 4LFCK 4I7FA 4OPHA 4JS4A 1VQNN 1JIHA 2KK0A 3LVWA 1BISA 1ZQHA 5ALMA 3M8SA 1ZQTA 4F4KA 3FC4A 2RP5A 5KFLA 5J2KA 3E9OA 1NK5A 4CJ3A 5J8YC 3ZT4A 4CZJA 2VWJA 1OH6A 1Z1VA 2E1FA 2YY6A 2K4IA 2ZGZA 3QX7A 1QQCA 4BDYA 2DPJA 4CW7B 4O3QA 4UB1A 4JRPA 1NKCA 3BQ1A 2D4WA 4F5OA 1Q9XA 1BPEA 2VWBA 2YHYA 3CJCA 5AQKA 5AQMA 1QZ6A 3N7RC 4KITB 3O0FA 4PGQA 2H3VA 1WUDA 4PL8A 4BWMA 4DCCA 3H3NO 5IIIA 4NLNA 2L5YA 1P8ZA 4FJHA 2KIVA 3TANA 5C2DA 1H1VA 3DI6A 1RBUA 2QWQA 3DXKA 2VYPA 3AEVA 3H0RB 4PA1A 4WFNL 4B9NA 5AKKA 4Y2SA 3WKEA 2W40A 3DRRA 4HTLA 1JXBA 3UMCA 4PGXA 3GG4A 1L8OA 4KTZA 3PSIA 3F2BA 3QNNA 1LKYB 4O8KA 4Z4FA 1MN8A 1OW5A 7ICGA 2ZIWA 4RQ0A 2AP1A 3GBTA 2WB1F 4KH4A 5AR0A 4E89A 3D6RA 5KFFA 4P4MA 2FMQA 3QB0A 2GX9A 2Z1IA 3C29A 3WK6A 3DLRA 5AQYA 1RBTA 4B9TA 3K5OA 2O8EB 1YXQA 1Q3UA 2WF7A 3OYLA 3CM6A 3GV5B 3V6KA 3QEWA 5AQGA 2E4LA 1XC9A 1BIUA 1GLAG 3ZDBA 3V9ZA 2ZTDA 3SAHA 1NK8A 1TGOA 3NRZA 3VEZA 3K2PA 1UA1A 5F2RA 3LPUA 4CJSA 5DG8A 3MGIA 3IDWA 3RMCA 3H1QA 4CZIA 2OZMA 3NGZA 5GTHU 4KLTA 1B0XA 3A5LC 3NASA 3Q7BA 4OKJA 5C10A 4QZ8A 3PX6A 4JUZA 4CFAA 2BE2A 1NGIA 2OCEA 5TISU 3J80O 3SUOA 5J2HA 4GXIA 2ZXIA 4Q44A 3CCLN 2LSNA 4I2AA 3V9SA 3ENBA 2WUSA 2ATQA 5FRNA 2BPFA 3JPQA 2CXYA 4FJLA 4OLBA 3F2CA 1RQLA 3M1YA 1I3AA 3AM9A 1JLFA 3VQCA 2PI5A 4BROA 1YZ6A 3WK9A 3K9KA 2EZZA 3THVA 5AQXA 4DSKA 4WYBA 1HRHA 5G5HA 5GIOA 1T44A 5LMUK 4DV4K 4MEXA 2IC3A 4QZBA 2KN7A 1KVAA 1ZRNA 3ULEA 3C1ZA 1ZBLA 4BR4A 4UBCA 5KGWA 3CCRN 3HRDD 2DUYA 4XA5A 3KHRA 4A62A 8ICUA 3P5JA 1WN7A 4F9OA 1ZQDA 5L1MA 2Y9UA 4XUSA 4H0TB 3HSCA 2BQUA 3PW0A 3HOSA 1W7AA 1Z00B 4JD2A 4PKIA 1NBWA 3GDQA 4M6WA 4NCGA 2HBMA 3U4LA 2IVOA 5DB9A 5KAIU 4KN7A 4JV0A 1ZJNA 1NMDA 3QYPA 3SV3A 5IINA 2W3SA 1LW0A 4B8CA 1XHXA 3FZLA 3KHYA 3CCQN 3V9XA 5IILA 9ICHA 4U67L 1WB9A 7ICFA 1L7MA 2EAOA 4KAZA 1WCLA 4F8RA 3MGHA 4ELTA 3K5MA 4F93B 2KHVA 1BGXT 3LDSA 1IG9A 1NOYA 1TL3A 5HNKA 3ZT3A 2FDRA 4DL7A 2DQNB 5AKIA 4YCXA 3CG7A 1D4XA 3G6VA 1VQPN 4FE3A 2MA1A 3VQBA 2H3ZA 3SPZA 1YJ9N 3L2VA 4QZCA 5G5GA 4CGZA 4J9NA 1ZD4A 1BA1A 4KHWA 8ICKA 3TFRA 4LFBK 4R8UA 2ZJ8A 4LY7A 3UXOA 3BS5B 5KGXA 4B08A 1QS4A 2MAXA 5KQDA 2H3QA 5FDLA 3C2KA 5AQLA 3UKRA 4IQWA 3R8EA 1B4FA 5DK5A 3HT3A 5HROA 4QZHA 1QE1A 5T7BA 3VEOA 1W97L 3M5RA 1VK0A 4CI6A 3VQ5A 3TSUA 5AK6A 4J9SA 3C5GA 8ICXA 1EWQA 1LAWA 4RZRA 5AM2A 2Z1JA 4HUGA 4NLZA 4QCLA 4B9LA 1JL2A 1S1UA 3WXKA 3MR6A 3CIPA 2B21A 4ECUA 4A2BA 1YTAA 4E7LA 4WQ4A 4ED3A 4IEIA 5H1SQ 5FPDA 3CCJN 3AGKA 3ISBA 1KKXA 3WKBA 5DG7A 1N48A 1SWWA 2VQEK 1Z6RA 4ECXA 4BVOA 2C28A 4JLHA 5ALOA 4H4MA 4RQ6A 4LH4A 3O08A 4HWIA 4ED1A 3N7PD 2EAPA 1GO3F 5ALVA 1MDUB 5AFUH 3QEIA 4JRQA 2O4GA 5KPRA 1SV0A 3AVAA 2F77X 2FSJA 4B9MA 2B6GA 3JAMO 4KI4A 1J53A 4ICAA 3ATUA 5AM5A 3CNHA 1D5AA 3EKUA 4RWTA 3RBEA 2QB0B 2QLTA 3T69A 4LF9K 3QBXA 4FS1A 5MLCQ 2IIRA 4EX7A 5HHHA 5J0XA 5E84A 4RQMA 4I2PA 4CJTA 1KD1O 1VJ5A 2KQ2A 1S0NA 3O4WA 3WK8A 3V7LA 2FMSA 4CERA 3ZDEA 4DSLA 3J81j 3BQ7A 4OKEA 1TV9A 5AQJA 2OZSA 1KXPA 2DPNA 1XSLA 5EY4A 1ZJMA 4LVSA 1RBSA 5C25A 1O08A 3DOLA 3QLHA 4IDHA 4CF0A 4YOWA 4KLDA 4BG8A 5J0SA 2VCPA 4KBOA 4CEOA 3KLEA 9ICQA 1C1CA 4MDAA 1YVUA 4JK8A 3S6JA 4JI8K 4C8MA 4EZ6A 2CH6A 3AMZA 4GKKK 4CIEA 4QNLA 5BPMA 3SEIA 3QFUA 3PLAA 3L2WA 1ZQNA 2KEYA 2PFPA 4B9SA 2LPEA 3E9PA 3ZSQA 2JZBB 2ZE2A 3ZDCA 4QWEA 3O9RA 4W5QA 5KFAA 3S3OA 2P9LB 1JUDA 1Z05A 3ALYA 1MU2A 5AJ3K 2YNFA 2HHWA 3BGRA 4DR3K 3SUQA 3MN9A 2E2QA 2D0PA 5D46A 2H3FA 4OX9K 3RJFA 2VIXA 3A0BU 3H0MB 4TQRA 4G9BA 2FBXA 2HOQA 5KG1A 4KLJA 2DWQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OO1 J;  5C0Y A;  2E1E A;  2KV2 A;  2HBK A;  2RHF A;  4CDG A;  1GO3 F;  2HBL A;  4NLB A;  1YT3 A;  3SAF A;  2E1F A;  3SAH A;  1D8B A;  2HBM A;  2HBJ A;  2MA1 A;  4QIW F;  2RRD A;  3CYM A;  4CGZ A;  3SAG A;  4O3M A;  2CPR A;  2DGZ A;  4NLC A;  1WUD A;  4QJF B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1OUQ A;  1ZQQ A;  4AHC A;  5CY4 A;  5AM4 A;  3B9J A;  1MQ3 A;  2W9B B;  4KLE A;  3HWT A;  1UPH A;  1KVB A;  2F3N A;  4M45 A;  5H2F U;  3H1V X;  2HBK A;  2W43 A;  5DGB A;  5M1F A;  1LAV A;  1BDG A;  2ZG6 A;  3RFA A;  4IS7 A;  5KT2 A;  3MN6 A;  5AZI B;  4BRC A;  8ICW A;  4O5C A;  1OVQ A;  1TUU A;  2BCS A;  3D6J A;  3DJC A;  3MR2 A;  1D8Y A;  4NY8 A;  2AJQ A;  1RDB A;  2G8K A;  3T19 A;  2FLL A;  1NK6 A;  3MWT A;  4MO5 A;  2RN2 A;  3OTO K;  4UW9 A;  4PHD A;  1S5J A;  1P7D A;  2OYY A;  2P9K B;  4RQ8 A;  4YY3 K;  2K4E A;  1NU0 A;  4H5R A;  1RTJ A;  1Q82 O;  4JI5 K;  4LSN A;  5IIK A;  1QQN A;  2R8J A;  4RNN A;  3K4G A;  2W8K A;  1NKE A;  5F0X A;  1YIJ N;  2VJ4 A;  3NF9 A;  1RYR A;  4CJR A;  4FS2 A;  3CJ1 A;  7ICV A;  4UBB A;  3C2L A;  4B9U A;  2VJ5 A;  4BC4 A;  3L2Q A;  3HTV A;  3HKZ C;  5ALY A;  1T6C A;  1RTD A;  3V7K A;  1Q8I A;  4CGD A;  2JGU A;  1N6Q A;  4IQU A;  1DK2 A;  1S0M A;  3CCE N;  3KVG A;  3EWA A;  1KC8 O;  5K14 A;  2UUC K;  3MEG A;  3H46 O;  3CD6 N;  5EE0 A;  3VQD A;  5AQI A;  4LD0 A; 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 1SL0 A;  3DLL L;  1COO A;  3PMN A;  4RW7 A;  2Q97 A;  3SI8 A;  4KHY A;  2YB1 A;  1ZQK A;  4KTW A;  2A40 A;  3R9K A;  1K1S A;  1SXD A;  4CJL A;  1ED1 A;  2NRX A;  2Z7J A;  3RJH A;  4CCH A;  3LAL A;  4DO9 A;  3GOI A;  1J54 A;  1ESV A;  3RMA A;  4DSI A;  2WTF A;  5J0O A;  2R8G A;  4RW4 A;  1ZBF A;  2AGQ A;  3DXM B;  4CJW A;  2QWN A;  5AQF A;  2DFF A;  1JLQ A;  1S1V A;  3M8R A;  2E6L A;  3AO2 A;  1F0M A;  1VDV A;  1ZQB A;  1C0G A;  3QXG A;  2YJE A;  3RJE A;  4I2G A;  3OS2 A;  3OYM A;  2V4Q A;  4YQW A;  4DQS A;  4O5B A;  3RRH A;  4FM0 A;  3M6K A;  5LJW A;  4RW6 A;  4OD0 A;  4DCH A;  1ASU A;  1HLU A;  2C22 A;  1VRU A;  3ZSX A;  2D1K A;  1MC8 A;  4A8E A;  1DOQ A;  4UB3 A;  3KK7 A;  4BGB A;  4ECS A;  2V51 B;  4IO8 A;  2ZIV B;  5AI8 A;  3LDO A;  2HHU A;  5KG6 A;  3Q8R B;  4HCC A;  3L4P A;  3M9N B;  4DL4 A;  4O5E A;  1CZB A;  2P9N A;  3AQE A;  2DFE A;  4OCZ A;  1HUX A;  4FW2 A;  4CFC A;  5CZ1 A;  1QVF M;  4FLV A;  2YMM A;  3VF6 A;  2LYA A;  4CZL A;  5M1N A;  5E79 U;  4W5O A;  2QKK A;  4N76 A;  2PI4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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