3SAGA

Crystal structure of the human rrp6 catalytic domain with d313n mutation in the active site
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
410
structure length
381
Chain Sequence
SIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVNLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNLGRHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSYARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Activities of human RRP6 and structure of the human RRP6 catalytic domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome component 10
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 124
structure length 381
sequence length 410
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3sagA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3sagA01
1YT3A 3SAFA 4QIWF 1D8BA 4NLBA 2HBMA 2RRDA 2RHFA 4CGZA 2CPRA 1WUDA 3SAGA 4O3MA 2HBJA 5C0YA 2HBLA 2DGZA 2E1FA 4QJFB 2E1EA 2MA1A 4NLCA 4OO1J 1GO3F 3CYMA 4CDGA 2KV2A 2HBKA 3SAHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HM8A 4UATA 3WXLA 4UB6U 4F5OA 2ZIWB 4DLEA 3VF6A 1NJWA 1XSPA 4CEBA 2ZUBA 9ICNA 4DR2K 1RBVA 4Z4EA 4UW9A 1L3TA 3HJFA 1NGAA 3VQ5A 1BU6O 1KN5A 3OYKA 2QXLA 4TSXA 3QUTA 2BPGA 3KWIA 1DXSA 4RPXA 4F91B 3BZKA 4O0IA 4DS4A 2KZMA 1ZD5A 3RRGA 3SD7A 4FJJA 4JMUA 2ZD1A 4Z6CA 1SL2A 4A61A 2H3VA 3VMFB 3ZT4A 4BR5A 4B9TA 3AO5A 4GVEA 4M6WB 3IG1A 4KHQA 2PFOA 3ETLA 4N5SA 5F1XA 1GLFO 4ECZA 1U6ZA 2WHEA 1MWKA 3ISBA 1IG6A 3A5NC 2Y9TA 4DSEA 4JHDA 4MQ3A 5C2FA 3DLEA 1Y64A 1XMQK 3AAPA 1KDHA 1VQMN 1J6ZA 4WQ5C 2XGPA 3W0LA 3OHBA 4BC4A 3WKAA 4QNLA 1DLOA 4ZTFA 4DV7K 5KPRA 1KVBA 2WONA 4IEIA 2QB0A 1WLJA 3D2FA 1FJGK 1T44A 3EKUA 4QJFB 2OZMA 2ES6A 1NGCA 2HOEA 3CERA 2ATQA 3DOLA 1RDWX 5AI0A 2OPRA 3SMPA 4Q5VA 3QESA 5KFUA 4YXMA 3ATUA 4NLCA 4UAYA 3HKZC 2D3DA 1X9SA 2HVHA 4X62K 3RJGA 3FGUA 4LF9K 1ZQVA 2Q4TA 2F9TA 3ZX2A 2I5JA 2P9PB 4BE1A 4CGHA 1X9JA 3JPNA 5ALRA 3RJKA 2Q3SA 4Q0BA 1Q9YA 1A0PA 4XH1A 2RDJA 3OS1A 4F4XA 1Q82O 4CGZA 2K89A 3SI6A 3ZT1A 3F73A 3FZFA 2EANA 5J0TA 2JWLA 4AYBF 4U6PA 5J2QA 5JTIA 3B0XA 1S5LU 3NS1A 2W03A 1IIPA 4IQVA 2JEFA 4QS9A 2FMSA 2E2QA 4YP3A 5AJ3K 2P9NB 3T1HK 3E58A 2E2OA 1ATNA 1RT4A 1YUWA 3VPZA 3S3NA 4FLXA 4CIEA 4KLTA 3E9LA 5KFBA 2BCQA 4UB2A 4QZDA 2FMQA 4IR9A 3NH2A 2KD1A 1ESVA 5C15A 2HW3A 3ALRA 3TKAA 4KLLA 4J03A 1L3VA 5HRRA 2P5GA 5ALEA 1ZETA 2BGWA 4YHHK 2HCFA 4P4OA 3DXKB 5KFMA 2ZF5O 4DV4K 2NRHA 2VJ4A 3A0HU 3ZLJA 2BGGA 4CJ3A 2P6UA 1V85A 3EE8A 1G99A 5ALUA 5AHXA 1RDUA 1ZBFA 5AM5A 2EZYA 3G0ZA 4JYAK 4CFDA 5DBCA 4G3IA 1MSWD 4KV8A 2E6LA 3GE1A 4B9VA 2W9BA 5C42A 4Z4GA 1X2IA 1TYQB 3UQ2A 5EE3A 4RQ1A 3H7IA 5AQJA 1OW5A 4NCBA 4UARA 4Y1CA 3ZT3A 2ZUCA 5KFEA 1GLBG 2JH7A 4KX5A 4CHPA 2JZBB 1NNLA 3MCPA 4DTRA 4F5NA 2K8CB 2ZJ5A 3QXGA 4XA5A 5J2CA 4CJ4A 4GC7A 2E2PA 2ZTDA 1V9PA 1CEZA 1ZQXA 1ZQBA 4FZLA 3DI6A 1WB9A 1NGHA 5FPNA 3EPGA 2IBKA 2W6KA 3KJVA 3I1YA 4UB8U 4F4YA 4KREA 1S9FA 4CK3A 4C4TA 3ZDAA 3FZLA 3ZYYX 4I7FA 1KKXA 3VN5A 4F2SA 3VEXA 1TVRA 3L8BA 2BHNA 5AKEA 1MC8A 1YT3A 2CN1A 5JU5A 4KTQA 4CJLA 1YXQA 3QNNA 5KFYA 3RR7A 5DG8A 3DRRA 4B8AB 4IZ9A 5BN8A 4YMNA 1UA1A 5KPZA 2O4GA 4B3MK 1Q8KA 7ICTA 1MA9B 1KAYA 3RSEA 3H6EA 4CE6A 3TANA 3ID8A 3ZD8A 4X66K 3RB3A 1IKVA 1S1UA 4I2BA 4B9MA 4FK4A 4J2DA 1KSPA 2P51A 5KFJA 5KFVA 2PI4A 4CBWA 3TABA 2M9NA 1VQ5N 4JV0A 2A19A 2DFHA 4K8ZA 4QZAA 5ALYA 4O9MA 5KFQA 4UB3A 3C6UA 1J97A 3SQ0A 2A6AA 4TQRA 4ED2A 1NU0A 2R7YA 2KOBA 1HNIA 2KP7A 4KI6A 3QINA 4BDYA 3M7DA 2P66A 2VA8A 3P4IA 3G6XA 3CI5A 1CXQA 2RRDA 2D5RA 4KLEA 2Q1NA 1HIWA 1TFRA 4Q8FA 4CHZA 2F44A 3GL1A 3RJHA 4DV0K 1OVYA 1VSHA 2A3VA 3HKZF 2A1RA 5K4LA 2MUTB 3HTVA 3ORYA 4M9JA 8ICSA 3AVGA 4ZH4A 3MDCA 4PZOA 1XO1A 2EH9A 1FO4A 3KHLA 1GOCA 5ALSA 1WSIA 3GQCA 2I7NA 4M3WA 5ALTA 1Y88A 3ONNA 1VQ7N 3TAQA 2UYTA 2Q97A 3LL3A 5BR8K 3RBEA 3EZ5A 1JN3A 2E3TA 2WF5A 1QSLA 4DCHA 4OPKA 5HMMA 3OHRA 1IXRA 2MAXA 2PKEA 3OYGA 2AHOB 1UHUA 3SV4A 4RQ8A 4CJUA 3ZSRA 3DLHA 5LJWA 5AQFA 2G8FA 4CF2A 1XMOK 3ICXA 3D2EB 4BG8A 5BR9A 3HXMA 1SZPA 3RBDA 4PL2A 2DUYA 5AQTA 2ZIUB 7ICRA 2P9LA 3VEYA 1Z00B 1U4BA 1TE2A 2W40A 5KG1A 1JUDA 2KMDA 2K4EA 1ZD4A 4QWCA 4J9OA 2HBKA 4EYIB 2Z1GA 2ZGYA 3GV7B 1VQKN 4KLUA 2OPPA 2O6KA 2HMPA 3MN7A 3NTUA 4ID1A 2Q31A 4BRKA 2IOCA 2G8IA 2ZWHA 2YHWA 5LMNK 2ZTEA 4YG2A 1CUKA 1S1WA 4EHUA 4FJXA 4EFHA 1EWQA 5KRSA 1Z4NA 3CCSN 2KSOB 3F5AA 5AQPA 4B1YB 1AQ6A 2V7ZA 2XY6A 4O8UA 3UIQA 3DRSA 3HBTA 1NGJA 2OZSA 1O03A 5KFGA 3IDWA 3BQ1A 1UPHA 1SGGA 5DKWA 4NCAA 4OD0A 3EPIA 3D2QA 5SZTA 4RQ3A 4BRAA 1H1VA 4CZIA 3ENHA 8ICTA 3GBTA 2LI6A 1WN7A 5EE0A 4GV9A 1CRXA 1N36K 4RQ6A 5KFIA 4NM2A 2NLXA 4DFJA 3VEOA 1QQNA 3B6OA 3PY8A 2W9CA 3AVBA 4WE1A 3TAMA 1GOBA 5DG7A 3H1VX 4Z4CA 4PH5A 3LWLA 2V4QA 4WJ3B 2F1HA 2ZJ8A 3PSFA 2Z1IA 3OS0A 2XO7A 3ULDA 3TFRA 2JEIA 4IOXA 4KO0A 1C0UA 2KNJA 1Z4OA 2G8KA 4PGQA 5CHIA 1D8YA 1V4TA 2IDOA 5KFHA 4PKHA 3L5KA 5E26A 4N56A 3J7YP 3V9WA 3O4WA 4FLVA 4Z4FA 9ICTA 4AHUA 1X40A 3QFPA 5AQHA 4FJMA 3H08A 1RDCA 2F7TA 3OYHA 1VQLN 3EW9A 1SXDA 2VWKA 4YORA 1ZD3A 3UKRA 3OYMA 4G9ZA 1Z19A 3TAFA 1T8EA 4ILHA 4CCHA 2AGPA 1HYZA 1V4SA 1S22A 3RH5A 7ICEA 2G08A 2MA1A 4M3YA 4BC3A 5AZIB 5J0OA 4RQ7A 2I9GA 4FWNA 3PX4A 1HNXK 3N97B 1Z26A 3S3OA 4LH4A 4JKEA 3C7NB 4CEZA 5CWRA 1HKBA 1ZBSA 3BQTA 2VG7A 4Z4HA 3MN5A 1WAFA 4KLIA 1XQSC 2QA4N 1W7AA 3IUCA 1B22A 1IBLK 1COKA 4F5QA 2BANA 4YOVA 4FWSA 2MRLA 4DFPA 5J8YC 3C6TA 3FZMA 4DQRA 3TAEA 4DOCA 4M3XA 3BQ0A 3NF9A 4P4MA 2IOHA 3VQ8A 4XQ8A 4Y2QA 4QW8A 3QUQA 4ECTA 1NMNA 4XIUA 1W2BM 4HWIA 2DWQA 4ED0A 1J9AA 4YOTA 2YB1A 3TADC 1MA7A 5JS1A 3CCRN 4I2DA 9ICXA 3ATVA 3CFRA 4B1XB 3NGZA 5AKZA 5A0LA 3LDNA 3PW5A 4IRKA 1CZ9A 4DCCA 2E20A 3TSPA 3HVTA 3MAQA 4OJ5A 2VJ5A 1U04A 5D3GA 7ICOA 5KG2A 2JRZA 2NRXA 2MU2A 2Y1JA 4BRHA 4M9LA 3SMSA 4OKJA 2F8TA 3L2QA 1U48A 3AVMA 2AXTU 1T7PA 1JLGA 5LMUK 2JR5A 3E9OA 5CYMA 2D8CA 1SQKA 3SQ2A 3K5LA 4J9SA 5IIJA 3H8JA 5KG3A 3GV5B 3T5LA 1NJYA 1CI4A 4O5BA 4CZEA 4ECVA 3K1RB 3TFSA 2DPNA 4HCCA 3M9OB 2BPCA 4FVMA 1DGKN 1SZHA 4CESA 2KFZA 2OHFA 4RQ5A 2D0PA 1N63A 3F2KA 2G5IB 5AQSA 3RRHA 4B08A 4FW1A 2DFLA 4PKIA 4E1MA 5HOOA 4FW2A 4ED1A 3VQEA 1S77D 5J8YA 4JKGA 3NDKA 5KGXA 5HR6A 3I33A 1VSKA 5KFDA 2BUPA 1N5XA 3ISDA 4YDUC 1S97A 4ISFA 7ICNA 4RTFD 1HUZA 3ETRA 4CEAA 2BDPA 1WSEA 4M41A 4CJ5A 3TADA 1BI4A 4FWKA 5AKXA 5C12A 3M8RA 3DLBA 1KAZA 2BQRA 3G25A 5AIBA 3JPQA 1HPMA 1X3NA 4WFNL 4C1NI 4AHRA 5KFPA 2RN2A 2P5OA 4R66A 4ECXA 3C2MA 1O13A 1KL9A 2X6NA 4JN4A 4KLOA 2NRRA 4M9NA 3VQAA 4IOCL 3QYPA 5HMLA 2A1JA 2GUIA 4KHSA 1PVPA 4BQZA 4ACOA 3H0RB 1D9DA 4WF9L 4K41A 4DFDA 4ECRA 1JALA 5J0PA 1S0MA 1EX4A 5ALQA 2P9UA 4H03B 2G8WA 2UUBK 1TL3A 2YQEA 2QM1A 3KLFA 1GLDG 4Y0WA 3SAGA 3MCAB 1JXEA 3AVKA 4IEEA 1RT2A 4A2AA 1A76A 4CIGA 4JS4A 2WB1F 4IFYA 3ZI4A 2XVTA 3ZDBA 3LAKA 3VTHA 3JPRA 2OTLN 5KFSA 4I2JA 5KT5A 3I0SA 4DSFA 4IC9A 3ZSOA 4H5TA 1BUPA 1NK0A 1VRUA 5ALIA 1U45A 2GBZA 4YDUA 1SB3C 4LF4K 3I8DA 5AFUA 3PSIA 3GIMA 4EBCA 7ICKA 2A3ZA 5CA7A 3HL8A 4JK9A 4CK1A 2O8EB 2KLAA 2VG6A 4CRXA 2ISPA 5AQVA 2ASJA 3OA9A 3LP1A 3UPQA 4RNMA 4BREA 5CHGA 2HBMA 3U8XA 2I7PA 3VEWA 3MECA 2IVPA 5H2FU 2IS3A 4NLKA 3UE5A 5KFWA 3K5MA 1N56A 5GIOA 4QZGA 4G9BA 4BRGA 3FDSA 4JS5A 9ICIA 4KH5A 3V9SA 1BQMA 3BF1A 4GFJA 3C5GA 3SI8A 1WOQA 3MBYA 4CNQA 4B8CA 2J6UA 1Z05A 1RT5A 1OH5A 3BEXA 2H3GX 2HHWA 4H5VA 2LMRA 2OPSA 3VF2A 3R9KA 3THYB 1KAXA 5HHHA 3D2SA 3AV9A 2A42A 4F4ZA 3ZSVA 3V6HA 4AP9A 5DGBA 3DEEA 4E3SA 1ZQNA 1C1AA 4LJXA 1NJXA 2OYYA 4YVZA 5KG6A 4ED3A 3HRGA 5KQDA 4OJRA 3L2VA 4HUEA 4I6MB 4LC9B 2W3SA 4CE9A 5KFZA 3HVRA 2PZSA 4CD3A 2O8BB 4ELTA 2DY4A 3SQ4A 4FZMA 4RG8A 1EP4A 3RTVA 3MXIA 1J2MA 3ASMA 3SZ2A 4DL3A 4NM1A 2YHAA 3BUZB 2QEXN 4AH9A 1SUQA 2GWSA 2E8NA 5F9LA 3LK9A 3V6KA 3IP4B 3NF6A 3SQ1A 3CC4N 1B9FA 2OEHA 1X1PA 4O3QA 3ULEA 5EE9A 4O44A 4CZGA 2KHOA 3JS6A 2YNHA 1DTTA 3ZX3A 1K5OA 1QSYA 1TK8A 1SL0A 5JICA 3M8SA 1K8AO 5EE1A 3LDLA 3ZSZA 5BPCA 2RHKA 3CJ1A 3PUFA 4DV2K 2OTJN 1QLNA 3P83D 2LSNA 1LKYB 4FL9A 1L5UA 2VGNA 8ICBA 3LDOA 3VEVA 1LWCA 3J7ZO 2QARB 1SV0C 1NJZA 3T5HA 7ICGA 4CJKA 2E8AA 3QU4A 2IC3A 4YR0A 4PHAA 5ALMA 1NGEA 1RCHA 2Q0ZX 5J2MA 3RJIA 1KD1O 7ICHA 4E7LA 1D5AA 1VSDA 4CJ7A 1YJNN 4RZRA 8ICJA 4PL8A 4RQMA 4JKCA 4OPHA 5FLXO 3DJCA 3JPOA 1CZAN 2FF6A 1AROP 2D4WA 4DF8A 2OPQA 3ZT2A 3U9ZA 1SKRA 3O08A 4Y2SA 4AYBC 2HMIA 3IKMA 3NE6A 4TUSA 4DFMA 2QK9A 4LF8K 2F8SA 1WWVA 1JL2A 5GIPA 3HT3A 3T69A 4PL1A 1ZQHA 1LW0A 3L2WA 2H3FA 3WK9A 3MFIA 5J1EA 4ISEA 2VCPA 1J5OA 1RBSA 1QVFM 1BIZA 3WK4A 4AHTA 3FFKB 4Z6DA 3B6PA 5AM2A 5T14A 3KVGA 2F8KA 1JRPA 2ZIWA 4I2FA 5BPLA 2ASPA 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4BGBA 1KQSM 1ILYA 2CGLA 3A5OC 4P0QA 4P0PA 3KZXA 2RHFA 2KKVA 1ECWA 3LDQA 5BRHA 2W7PA 3F5EA 4MDAA 4M7YA 4C23A 4FZNA 4U7CA 1MDUB 2CH6A 3ULEB 4BR0A 4NB4A 1KXPA 3RVCA 2JMGA 1YHQN 1VQON 4CZMA 4ILJA 3TTCA 2P9KA 3TSQA 1HEKA 5AR0A 1S72N 3KFUF 5M1NA 2QWPA 3N4QA 3AAQA 2XIDA 2GTDA 1YF5L 4A2BA 2G0AA 4BX9C 2V51B 4EHTA 2KICA 2JHDA 4QIWF 5EOYA 1E4FT 4B1WB 3CQXA 4BGAA 3L0QA 5B8HA 5KL8B 4CBUA 3OBYA 4NV0A 3CPEA 4XH4A 3ATVA
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YT3 A;  3SAF A;  4QIW F;  1D8B A;  4NLB A;  2HBM A;  2RRD A;  2RHF A;  4CGZ A;  2CPR A;  1WUD A;  3SAG A;  4O3M A;  2HBJ A;  5C0Y A;  2HBL A;  2DGZ A;  2E1F A;  4QJF B;  2E1E A;  2MA1 A;  4NLC A;  4OO1 J;  1GO3 F;  3CYM A;  4CDG A;  2KV2 A;  2HBK A;  3SAH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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