3SAGA

Crystal structure of the human rrp6 catalytic domain with d313n mutation in the active site
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
410
structure length
381
Chain Sequence
b'SIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVNLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNLGRHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSYARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVAA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Exosome component 10
publication title Activities of human RRP6 and structure of the human RRP6 catalytic domain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Hydrolase
total genus 124
structure length 381
sequence length 410
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3sagA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3sagA01
4QIWF 2HBLA 1D8BA 2DGZA 4NLBA 2HBMA 3CYMA 2MA1A 4O3MA 3SAHA 5C0YA 1GO3F 2RHFA 3SAGA 4CGZA 2E1EA 4NLCA 4QJFB 2RRDA 1WUDA 2HBJA 2HBKA 4CDGA 1YT3A 4OO1J 3SAFA 2E1FA 2CPRA 2KV2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZQDA 1TYQB 3UKUA 4AF1A 3ZDBA 5JUMA 2A1RA 3OA9A 1ZD4A 3J7AP 4YY3K 2W6LA 2R8KA 4F4XA 4UBBA 4GVMA 4DR3K 1VDVA 2W54A 3WXJA 4CHNA 1W7AA 3QEWA 3T5LA 4Z4EA 1RILA 2FBXA 3UMBA 1ZQQA 1IG6A 5AZJB 4M3ZA 3GU3A 3VQ9A 4ISEA 2Z7JA 9ICUA 4BY9C 5IWAK 2G08A 5AQWA 2PFPA 2CH5A 3C6TA 3THVA 4CEFA 4IJNA 2LMRA 5F2RA 3LDLA 3CMEN 4GKJK 4P0PB 4G9BA 1XNRK 1BGXT 3RBDA 5L9XA 2KSOA 1ZQSA 4KLDA 5AI0A 8ICIA 3PZPA 1EETA 3QZ8A 4KPYA 3HP6A 4FWPA 5KFPA 5DGBA 3C23A 1VSLA 1BI4B 1SAZA 1YI2N 3NVKA 3LDQA 4FWLA 2BCUA 3KFUF 5AKZA 4XIUA 3A5OC 2QWLA 4RCHA 4B9UA 5ALDA 3ALYA 1TFRA 4AHVA 5TKYA 2FF6A 2ITGA 2QTDA 3THXB 4PUOA 3LWLA 3QUQA 3JPRA 4EFHA 4O3SA 4ZTJA 3PLAA 2W9BA 1NJYA 1A0PA 2IA6A 1SQKA 3AGKA 2JH7A 4RW8A 3VEZA 1QQCA 5GAEP 3M6KA 5AZIB 5KQ8A 2Q97A 5J2KA 3C5FA 3RTVA 1XNSA 1ZD2P 2ISPA 5C12A 1N8RO 1RFQA 2YHYA 4CIEA 1ZQFA 3MABA 1QZ6A 3CJAA 4KLQA 4UB2A 1YJWN 3V1OA 4YORA 4NLCA 3V9XA 4US8A 3THYB 2F44A 3TKAA 4IG3A 3AVCA 1ILYA 4F3OA 4CIGA 4DSLA 4J9RA 4QZ9A 3C21A 2ZIVA 1J54A 2O4GA 4F4KA 4IRKA 2ZM6K 3DRSA 4JKDA 3SQ2A 4K43A 5AKJA 3FZMA 2KV2A 2VJ5A 2ZUDA 2WF7A 2E2OA 3SUNA 4XA5A 3BDPA 2ZWHA 3UKRA 5AI8A 1XC9A 4ECWA 5JVGL 2NRHA 1SB3C 2OM6A 1N48A 4YDUC 4CJQA 3H3OB 4H5NA 3F9KA 5EX5A 4EX7A 3DLEA 4CHQA 1UT5A 5DDYA 2MAXA 5HMMA 3NMUA 3AVNA 1QVFM 3DLHA 3HKZF 1COOA 1DK3A 2P1JA 4QZHA 2KNJA 3S3OA 1K6YA 1HNIA 2ES6A 3D2FB 5ALIA 3MN6A 4CI6A 3V6HA 3CJ9A 3CCVN 2KHQA 8ICLA 3OYMA 3EEQA 1WSHA 4AHUA 4Y2TA 1TKZA 9ICFA 5ALRA 4MQ3A 3MR5A 2A42A 4Z6DA 3H45C 4BVOA 1T4GA 4CJSA 3CYMA 3C65A 3ICXA 4OKEA 4E1MA 1BPZA 3R9KA 5AZJA 1DGJA 3A5NC 5HRPA 5M1NA 2XY8A 1NJZA 1Q9XA 1CZ9A 1NG9A 2Y9UA 4I2HA 4WQ5C 2YN4A 4DQSA 2FJ6A 3V6DA 2JEIA 4IQVA 3EE9A 1DKGD 4EENA 3VQQA 3SENA 1KBUA 4WJ3B 8ICVA 3TSPA 2Q0UA 2WFAA 3UXOA 4B08A 1D9FA 1MU2A 1L7PA 4Y2SA 4C1NK 3QNNA 3TABA 4KN7A 2BPFA 2WC9A 1RZTA 4ED1A 5DG8A 1WCNA 5J0PA 2VGNA 1ZQIA 4NXZA 3D2SA 3FLCO 2YX8A 1U9LA 4RUCA 2V4QA 3AARA 4O3MA 1RT5A 2K4EA 5HMLA 4M63C 5DKWA 1C1AA 5DLGA 4DFMA 4ECRA 4KLGA 2I5JA 3LM2A 4YDUA 4EHUA 1B43A 3G6VA 2GWJA 4BXOA 2HNYA 3O5BA 3TU5A 4FBUA 1S72N 3CJ1A 3OYIA 2WFBA 2F2AB 4I2FA 3FE1A 4IOAL 3K59A 1N61A 2F8SA 2VANA 5HRRA 9ICKA 4ECXA 3RRGA 2Z1IA 5ALWA 3CD6N 5G5GA 2OZMA 2YHXA 1KAXA 1P7DA 2ZJPL 2AXTU 3FAHA 2JR5A 4LVSA 1QVGM 5CYMA 3T79A 3UPQA 3TSUA 2QXLA 3J80O 1HUZA 3H0LB 4YXMA 1SS6A 4OJRA 3K58A 5KT6A 1FKOA 3CRXA 5ALPA 2ASDA 4HAIA 4WE1A 3MDQA 1RTDA 3WK7A 3FZLA 2G5IB 3U4LA 1JLEA 4KI4A 3L3UA 4FBTA 2F3NA 4H0VB 2B5JA 2YMPA 1IBKK 2IOFA 3IRUA 5CB1A 1L5UA 4J9LA 4DL4A 2IAJA 4C8MA 4M9JA 2W03A 3MC1A 3RSEA 2A1JA 4ED8A 5GAHP 3C7NA 3C28A 3HL8A 3BQ2A 3EPGA 3WKBA 5AM1A 4F91B 1Z4OA 2NRRA 4J2AA 1N2XA 2LBOA 3QEVA 3BF1A 4QS8A 2CPRA 2NRZA 2JZBA 1RYUA 2HOIA 9ICJA 3KLIA 5AQNA 1IIPA 4DTOA 5DG9A 3QFPA 1LWCA 4C4RA 4O0IA 4KV8A 1NK6A 2OYYA 1JI7A 5AKXA 1ZYQA 2D0CA 4RPXA 3Q8RB 4Q0BA 3BS7A 1MWKA 2ALZA 3DI6A 5AQTA 2E8MA 3V81A 2VA8A 2A5XA 2KD1A 1BISA 4CJ4A 3HXMA 4JKGB 3WNFA 1XHXA 4FYDA 4C0ZA 3GIJA 3OJSA 1ZQBA 1GLDG 3I0RA 1EXNA 3BQ1A 2FBVA 3BF3A 3TAQA 2O8BB 3RH5A 5EU7A 2VIXA 1N5XA 5JTIA 5L1JA 3ZDCA 1SL2A 4CEBA 3PIOL 4KHUA 3N28A 4CF3A 2NV3A 1BNPA 3WKAA 3VEXA 3VENA 1I94K 1UWBA 3I76A 4JI8K 4NLBA 1ZQNA 4CJ7A 7ICVA 2E2PA 3OVNA 3T5JA 4YP3A 1NGAA 3N97B 4K41A 1HUXA 2Y1JA 2A1SA 4O5FA 4B1UB 2HMXA 4FPAA 4IKFA 4U7BA 3G25A 4JV5K 1BQMA 4FWOA 1K8KA 3LALA 4FK0A 2V51B 2KIVA 3UXNA 4KLHA 1HJRA 2D5RA 4QWBA 2NRWA 3CNHA 3CIPA 4OKKA 1AQ6A 3AVHA 3UXPA 1SXEA 1TKXA 1N5WA 2FBYA 2NZTA 2F8TA 4LZGA 3DAWA 8ICGA 4WYBA 4BGAA 1HQEA 3N7PD 3EKSA 4RW9A 1NGCA 4CJFA 1OVQA 1L7OA 1B9DA 1E3MA 5JU5A 4IBNA 2G8WA 2AGOA 3VEOA 3K0SA 3VQ7A 8ICRA 1LVHA 4ECYA 1ZQLA 1GLEG 3HM8A 2QKBA 2JEFA 5J2NA 1T94A 4RW4A 4I2JA 1ZD5A 2KN7A 1N62A 4Q43A 3HW8A 2E5LK 1Z00B 1FKPA 3CF5L 4FL9A 2G8VA 1HQUA 2D0AA 4PY5A 4KHPK 4FZXC 1KFDA 2KEYA 4GVEA 1JROA 1SV0C 3DLLL 3CW2C 3F5AA 3CQYA 4YMOA 4PPXA 8ICKA 3VA0A 4LF6K 5D4BA 8ICOA 1GOCA 4H4MA 1ZXOA 4I9LA 3KHGA 1C0FA 2VKQA 1QQOA 3P38A 4PZOA 2P9IB 2AQ4A 3QERA 3SNNA 1KD1O 1GO3F 4JAXA 1X9MA 2LYAA 2E3TA 5KFSA 3ENOA 1Z1VA 4NV0A 2MUTA 4B1YB 4ZHRA 5DQHA 4KX3A 2P9KA 4M3UA 5B8HA 1QCKA 1R59O 2P9PA 2F76X 3SK3A 4LF9K 1O03A 2QARB 4M41A 1KCFA 4AHSA 1VAZA 3FR0A 1QQNA 3ZSRA 4CHPA 5KPTA 3WKCA 4GLXA 2QM1A 4WCEL 2Q36A 4XH1A 1XUPO 4DL5A 3AO3A 4BRFA 4B1ZA 1U49A 4K8ZA 4CD3A 2W3SA 4PH5A 1UOCA 1T03A 3SAGA 2QB0A 4CGZA 3C6AA 3VESA 1L3UA 4M9HA 8ICMA 1ZBFA 3WXKA 3M9NB 3CETA 3OBYA 3WK9A 5GIOA 1IH7A 1HNXK 2DL0A 2E8NA 5HR6A 2FXUA 2K89A 3KKAA 5KFOA 3T19A 4DEZA 3VCBA 2YCHA 1DGSA 3GE1A 2YKNA 3OYFA 3F5TA 3I8DA 2BANA 5KFJA 4DO9A 4QZAA 9ICHA 2D0OA 1RBTA 4IG0A 3LZJA 3LP2A 2VCPA 3QDKA 4YMNA 3FZHA 4B6JA 4OJLA 2OPSA 1NI3A 4M9NA 5JMVA 2HF4A 1WSFA 2K4PA 2OXOA 2C28A 1R0AA 4W5TA 2KP7A 5KT5A 3GV7B 5AKLA 3O0FA 3K1ZA 3M1YA 4PL7A 5CJ7A 3NFAA 1T8EA 3JYTA 3ZETB 4O3RA 1VSEA 4OPAA 3ZT1A 3I1YA 2Q2RA 3E9PA 3OYLA 4F5OA 4RTFD 2ZGZA 4DR5K 3HYFA 1MA9B 3B6OA 1BIUA 2OTJN 3FZFA 5KFRA 3TADC 4NLNA 1C1CA 3EWAA 1ZQRA 2IHNA 4E7HA 1IBMK 3SEIA 3P4IA 3ZLJA 2JLEA 2RHKA 4EEKA 4NM2A 1Q3UA 3NRWA 4CHOA 4EIAA 3SUPA 3P31A 3U9ZA 2H3GX 1HKGA 1NK0A 1VQNN 5C0YA 4K4IA 1TVAA 4Y2UA 1YTUA 3MN5A 3OYBA 4RQ3A 3MR3A 2E20A 1RDFA 3QE9Y 3ZSQA 4BRIA 4I6MA 3H46O 5AQHA 2JRZA 4H0OA 2F8KA 2ZD1A 2E6LA 2QWRA 3HPGA 2KE7A 1RDDA 2EAOA 5EE3A 1U48A 1A5VA 4OO1J 1GLFO 5GTHU 4LD0A 3CMAN 2FPKA 3KD3A 3MGVA 4I2PA 5CEHA 3R9PA 3TTCA 4H0XB 1VQ9N 3V9UA 1LB2B 4AP9A 4RQ1A 4JV1A 4LY7A 4C23A 4P0QB 1V4TA 4YR2A 3QU4A 2P9IA 3DJCA 2O8FB 2IOFK 5C5JA 3I55N 4MF8A 4CEDA 1U2VA 3ALRA 4Q45A 3FM9A 2O8CB 1ZBUA 5AQRA 5KT2A 3LZIA 4KHNA 3HPOA 9ICGA 3U3YA 1ZQUA 2DFLA 1G99A 4RW6A 1IKVA 1WSEA 3NAEA 4OX9K 2ZIUB 1VRTA 4I2IA 4GW6A 4DV3K 3QETA 3QU5A 2J6UA 2XIDA 4BRGA 4FZNA 3ENHA 2OH2A 5EY4A 4BRDA 3M6ZA 1KW4A 3CCUN 2KOBA 4AM7A 5AM5A 4YG2A 1RT1A 1OH8A 2AGPA 3HM9A 4FE3A 3CPWM 4EZ9A 4UQGA 1DGKN 4I29A 4BRHA 1X9XA 2IIRA 4N76A 3CFOA 3LVWA 4JI3K 3HZ6A 4FJXA 3I56N 4JI5K 4CF5A 4Q44A 3SQ0A 1BCMA 5GADP 3K5OA 3SMVA 1RQLA 3EUB2 1WN7A 3GBTA 4ED3A 4MLEA 3VQ8A 4DOBA 1JJ2M 1FW6A 5FPDA 4ED7A 1KC8O 2QKQA 1QHTA 1IKYA 2YV0X 4M3RA 4HUFA 2OCEA 4O5EA 1QHAA 3L3VA 3MCPA 2DTUA 1S9EA 4BRMA 1WNSA 8ICPA 3K75D 1PVQA 4FPBA 3VGKA 4FS1A 2YB4A 5AIAA 2Y9TA 1DTQA 1YVNA 3JS6A 2KK0A 4B3OA 1CZBA 2GO7A 5J2BA 3AA3A 1FIQA 4HWIA 4CFBA 3M8PA 4JEPA 4JS5A 2BZFA 4FM0A 1ZD3A 1K73O 4Y0WA 4RW7A 2AA4A 4DOAA 2D6FC 4CZEA 3HKZC 3G6EN 2DGZA 4FJNA 2Y0SC 1S1WA 9ICSA 5L1KA 4BRQA 2ZQBA 3O9RA 4FJGA 3F2KA 3G6XA 1XHZA 4GC6A 4KLTA 1HJPA 3PSIA 1C0UA 2BKEA 3JPOA 4UBCA 5KG4A 1JN3A 5J2EA 2HOEA 3D6RA 4R5PA 1WAJA 1YXQA 4QWAA 2PMZF 2AU0A 2QLTA 2R18A 5DDMA 3AVJA 7ICPA 3O4NA 2E4LA 4YHHK 1BWFO 2UVWA 1HUOA 1ZETA 3A5LC 4CD1A 2QW9A 3DOLA 1L8OA 4M6WB 3VQPA 4IFEA 4KX5A 4EYIB 4CJLA 2A19A 5HROA 1N60A 1XO0A 3ZX2A 4IJAA 4OJPA 4R8UB 1ASVA 1PK3A 2OANA 4O0JA 1VQ5N 3VA3A 3K5MA 1X6IA 3CG7A 3UKUB 4RQMA 3VQBA 8ICSA 1ZQYA 4NXMK 3CJ7A 4BE2A 4C4SA 4MDAA 1OUQA 4J2BA 4DQPA 1QLNA 3L6QA 4UAWA 7ICGA 2M9NA 3HO1A 4IFVA 1XWLA 3OSNA 1OH7A 1J97A 1DEJA 5DBBA 4FM1A 5J0QA 2W8KA 2ASMA 5M1FA 1VQ7N 3S9HA 3GFKB 1PZNA 3H1QA 5AQUA 3I0SA 1ZQGA 3HILA 1HKCA 1YJNN 3KKRA 4QOZB 5KNIA 1ZXIA 5BRHA 1NK9A 3WK5A 3CM5A 3ZSVA 1NJIO 5KFNA 3MK6A 3A2FA 4YOTA 2KSOB 3TPQA 4KTZA 5J2PA 2Y1IA 5CR4A 1Z19A 5C15A 2E2QA 2V7YA 3E01A 2K4IA 3TR8A 1T7PA 5B66U 4P4MA 1WBDA 3ENBA 4HHTA 3MX5A 1S97A 5J0XA 3Q8KA 4MEXA 2CH6A 1J2MA 1WOQA 1WSGA 5AKHA 3TI0A 2W9BB 2F96A 5DBAA 3K2PA 3R3LA 5DB7A 4PL1A 4JI1K 2RKIA 1O1WA 1J5EK 3VGMA 4LF4K 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chains in the Genus database with same CATH topology
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5DM7L 2GOLA 4JN4A 3MMVA 3VF2A 2P9SB 4FO0A 2QEXN 4P0QA 4XH5A 3SMSA 4K42A 4BREA 5AQZA 1NZBA 4O8KA 4DQ8A 3CC4N 3O9UA 4PHTX 2ZIUA 1IJJA 2E88A 3OPXA 2LKYA 5ADXH 2IVPA 3PIPL 4H5VA 3GZFA 1O13A 1VQ6N 1XC3A 2JWLA 2KJ9A 3EZWA 2LYBA 3H0MB 5EVZA 5GAGP 4CZMA 2GWKA 3FFKB 1PVPA 2N1RA 4CZJA 5LJVA 5AQJA 5BRDA 3KHYA 2ZIVB 1HX1A 3CCSN 2QWOA 3IG5A 2HF3A 3M1FA 5HL7L 3R1XA 3GDQA 1OKJA 3ZX0A 2WUSA 3CJBA 1F44A 5C2DA 2KICA 2NLXA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QIW F;  2HBL A;  1D8B A;  2DGZ A;  4NLB A;  2HBM A;  3CYM A;  2MA1 A;  4O3M A;  3SAH A;  5C0Y A;  1GO3 F;  2RHF A;  3SAG A;  4CGZ A;  2E1E A;  4NLC A;  4QJF B;  2RRD A;  1WUD A;  2HBJ A;  2HBK A;  4CDG A;  1YT3 A;  4OO1 J;  3SAF A;  2E1F A;  2CPR A;  2KV2 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CJ3 A;  4H5V A;  3GZF A;  1O13 A;  3RMD A;  4CW7 B;  3E58 A;  2C2D A;  4N47 A;  1CI4 A;  3OTO K;  3DLK A;  1VQ6 N;  3SR6 A;  4F8R A;  1XC3 A;  3NF6 A;  2JWL A;  2O8D A;  4DTN A;  4BWM A;  4CJW A;  2VQF K;  1OH5 A;  2KJ9 A;  4P4O A;  5EE0 A;  3EZW A;  2LYB A;  3H0M B;  4JK1 A;  5J0S A;  4FLZ A;  5EVZ A;  4F5N A;  4BDP A;  4ECT A;  4HUE A;  3K1R B;  2HND A;  5GAG P;  2HHT A;  4CZM A;  1X6J A;  2GWK A;  3G10 A;  4DTM A;  4Y2Y A;  3FFK B;  1HR0 K;  1PVP A;  2N1R A;  3LAM A;  3QUC A;  4CZJ A;  2W11 A;  4QZF A;  2KTQ A;  4DV4 K;  4DTS A;  5LJV A;  3SYZ A;  5AQJ A;  2E8O A;  5BRD A;  3KHY A;  2ZIV B;  1KVA A;  1Z25 A;  1HX1 A;  3Q8P B;  3CCS N;  2JV3 A;  2JXJ A;  8ICF A;  1NK4 A;  2QWO A;  3QES A;  1FO4 A;  4KLL A;  1XMQ K;  3IG5 A;  4DUZ K;  5KFX A;  2RF2 A;  3IS9 A;  2HF3 A;  1ZQW A;  3LPU A;  1RBU A;  1K5O A;  1A5W A;  3M1F A;  9ICE A;  3IRX A;  5HL7 L;  5DQI A;  4DUY K;  5J29 A;  3R1X A;  4O3O A;  3GDQ A;  1S0N A;  1OKJ A;  4FLT A;  5KFQ A;  1MSW D;  4M6W A;  2BPC A;  2FLP A;  4KLO A;  2WUS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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