4NLBA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
359
Chain Sequence
SVLRPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISCVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
molecule tags Hydrolase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 117
structure length 359
sequence length 366
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlbA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlbA01
2E1FA 2DGZA 4O3MA 2MA1A 4CDGA 4NLCA 4CGZA 2HBLA 2HBKA 1D8BA 1GO3F 5C0YA 3SAHA 2HBMA 2KV2A 4NLBA 4QIWF 4OO1J 2RHFA 3SAFA 4QJFB 2HBJA 3CYMA 3SAGA 1WUDA 1YT3A 2E1EA 2CPRA 2RRDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GKKK 3HM9A 5T14A 3K9KA 4CIGA 4GV9A 2UUAK 5ALXA 1YVNA 3UMGA 3VF4A 3JAMO 3BJYA 3CM5A 3AARA 3MXIA 4MEXA 4FJMA 4J9RA 2RN2A 4XRHA 2YNGA 2G8IA 1VHXA 1RM6C 1ILYA 9ICSA 2UU9K 1YJ9N 4NCGA 3FYHA 5CP2A 4YOYA 4DR4K 3R9PA 1IO2A 4Y1DA 4J2AA 2O8EA 1NGFA 3ZT2A 4HTLA 4GIBA 2D6FC 4O3QA 3IS9A 1OH8A 4YR2A 1Q8KA 2BQ3A 2AH5A 3M9OB 2HHQA 3DWLA 3ISCA 2ZTCA 1U4BA 2Q31A 3F73A 2DUYA 2Q97A 3D2EB 2ZIUB 3ZDEA 3OY9A 2ZJPL 3ONNA 1S1XA 5EWFA 4YR0A 1ZYQA 3SI8A 3RJJA 3VGLA 4MFCA 4F8RA 3QFPA 2O8FB 2H3FA 2FSNA 5KG0A 2QI2A 5JUMA 1CEZA 1EKEA 4OVLA 2L5YA 3HP9A 3P31A 4DSEA 1BI4B 3R3LA 2KICA 5M1OA 3DLKA 3CC4N 3EKUA 4B3SK 2IHMA 1BCMA 3CFRA 4CGHA 5J2IA 4CJQA 4M2YA 1QQMA 2EX3A 4FSVA 3KK1A 4CERA 4A8EA 1CLQA 3CNHA 4RQ0A 1COKA 2KZZA 5KFZA 1MQ3A 4FBTA 4UASA 3SAHA 2JHDA 2XY7A 5KQDA 1NLVA 3ZSWA 2O4GA 3E1YA 3ALRA 3NVVA 4RPXA 4DCCA 3I0SA 4RNOA 4UAVA 4CJFA 3SUNA 3MFIA 8ICCA 2QB0A 2MUTB 4CF3A 8ICZA 2KE7A 4Z6EA 2XGQA 3C6TA 4ECRA 2AHOB 2E2QA 3OS0A 4JB3A 1TGOA 2CPRA 3AQFA 5E79U 1MA7A 5AI6A 3S41A 5C2FA 3VQDA 3CJAA 4PHTX 3OYKA 5KFDA 2R8HA 1EQYA 4JKGB 4AHCA 4CJPA 3NH0A 3CCEN 4KI6A 3K0SA 2QWLA 4KN7A 2HBKA 4JKCA 4YD2A 4I6MA 4FJHA 3CI5A 3RMBA 3OYBA 3PSIA 3O1BA 3VTHA 2XO7A 4BRGA 2A3VA 1UPHA 3EUB2 5BOMA 3C7NA 3GV5B 4JAXA 4L8RB 2ASLA 1MN8A 8ICJA 1VSDA 5BRFA 4DL4A 1UA0A 1L3SA 5DKWA 2A1SA 1K9MO 4UW9A 1NNLA 1S77D 4IG0A 3NF8A 2KZMA 1FEZA 1N5YA 1S1UA 3KHLA 4ISFA 3DRRA 3PSTA 1JXLA 4F4YA 1TL1A 3E66A 2ZIXB 3M9MB 2W9CB 2FJ6A 4YOVA 3KK7A 2GO7A 1ZQPA 3J7YP 5J0SA 3AUOA 1NGIA 1PUZA 4B8CA 4DSJA 1F21A 4I2FA 2FLOA 2OHFA 5FPEA 5KFBA 4KLLA 1MQ2A 2NLXA 4KH5A 5E41A 3OSPA 3CCRN 2FBVA 4Z0UA 1HR0K 2F8TA 2QEXN 1MC8A 3TSUA 4BR5A 1BPXA 2KSOB 5J0OA 2YJEA 1KD1O 1ZQWA 2W40A 3MDQA 1AQ6A 3TKAA 3P4IA 1SZ2A 3V9ZA 3ISDA 3V6DA 3IRXA 4I2EA 4CJEA 1XSNA 1HYVA 4BC4A 2DQNB 2I5JA 1RT6A 4UB1A 1S0OA 1RDUA 1JXBA 1SXEA 1JX4A 1B9DA 4AILC 3SJHA 4JI0K 2XCPA 4RQMA 4TURA 3VETA 4EHTA 3OBYA 2Q0ZX 3UKRA 3O9QA 5CZ2A 3OVNA 2HNZA 1WSHA 2AGOA 1HQUA 3D6JA 3JPNA 4YXMA 2BCVA 4IOCL 1E4FT 4NJ8A 4CGDA 5DK5A 5MLCQ 3T5KA 3QE9Y 2EZZA 4JLHA 4C1NI 4DQ8A 4HTUA 2ASPA 4FLXA 3S3NA 4M3ZA 3WQUA 3AA5X 1L7MA 4B9TA 1L6NA 3DAWA 3O1WA 2YB4A 3HJEA 5ALNA 2ZQBA 1JKHA 1RT2A 1Z00A 4F9OA 1Q82O 2O8DB 3LP0A 1N33K 3THWA 4DU3A 5HP4A 1CXQA 2YHBA 4R64A 3Q8RB 2WC9A 4Q5VA 1SWWA 2HMXA 3RMCA 4B9NA 4OKJA 2JGAA 4ZTFA 4C4SA 3MR2A 4YY3K 1D8LA 3J81O 2K8AA 3CRXA 3SLCA 4PL8A 4EELA 2YN4A 1ZBSA 3BY5A 2HF4A 1ZQKA 3K9JA 2WAQF 3KFUF 1T44A 2F1HA 4H0OA 3TI0A 1NJXA 5ALFA 3WXJA 1MSWD 3THYA 1OVYA 2YQEA 1Z1BA 2KMDA 3QINA 2JZBB 1K1QA 5JLHA 3FFKB 3V4IA 2YMLA 1ASWA 4FJKA 4CRXA 4NB4A 3VCBA 8ICRA 1J6ZA 2JEFA 4OKKA 3OYFA 3LWMA 3PVXA 4JI2K 1VQON 3GIIA 5GAGP 4FJGA 2D8CA 4CGFA 3SD7A 3CCMN 1A76A 4B9UA 5AM2A 3RH4A 3FDSA 4P0QA 3J7AP 3ETRA 2B4JA 1N2XA 4RWTA 4UB3A 1TK5A 3H08A 2KP7A 4DG1A 3ZEUB 4UBCA 3PR5B 5GINA 5C10A 5KFMA 3SQ1A 3PSPA 1D9FA 3CQ8A 4H5WA 4NLKA 4FK4A 2Y9TA 1ZQRA 2AA4A 3LDNA 4AHUA 5TISU 3BQ2A 4C23A 2OPSA 4K4HA 3ITHA 5KG3A 4ED6A 1Z25A 3QEWA 4PQUA 2ATLA 3FE1A 1VQMN 4MQ3A 3U9DA 1NBWA 1DRGA 2UVUA 1WG8A 2ISOA 3MFHA 4CEDA 5AK4A 2W3SA 5AQPA 2FMPA 8ICAA 5DGAA 4IBNA 4BVOA 4K4GA 4CJWA 2E2NA 1QH9A 4IQWA 4RQ6A 3H0MB 1HKCA 1V4SA 3VQAA 1ZQEA 3TANA 4BRLA 4M9GA 9ICJA 3LL3A 4BQLA 3G6VA 2F9TA 5CJ7A 3ZDDA 3NRZA 5GAEP 3HSTB 3OTQA 1HX1A 2OTJN 1L3UA 4H03B 4DL3A 5EWEA 3H3NO 4DSLA 1HJPA 3L3VA 4F3OA 3I28A 2YHXA 4GVEA 4RQ2A 4BDZA 1U2VB 3ZT0A 4F4WA 3QEAZ 1S76D 1XC3A 3KHYA 3L6QA 4MDAA 3HOTA 4KHQA 4B3MK 4F5OA 3B6PA 3BZKA 4QNLA 1LKYA 2W6LA 4J8FA 2YCHA 1IKXA 3B0XA 4CNQA 3ZYYX 5KFSA 5BPLA 7ICIA 1YVUA 2AP1A 4E1NA 5HHHA 4JS5A 4LVSA 2D0AA 4RQNA 2WHEA 4H5TA 4K42A 2C2EA 2FBXA 1VQPN 3CC2N 3H45C 3DOLA 4FW1A 2B6AA 3BQTA 3QNMA 4EEYA 4LZGA 1WOQA 4AM7A 3N7RC 4WFBL 3HPGA 4CE9A 4E89A 8ICEA 5AKKA 1EXNA 1NGEA 2Y0SC 4KI4A 5ALPA 1NGGA 2W54A 7ICQA 1T7PA 3VENA 3ZI4A 4PL2A 4ZOHC 2XY5A 1RDCA 2BQUA 2I7PA 4Y1CA 5HHIA 2UYTA 4BRNA 3V9SA 2DFHA 3QZ8A 4H0PA 3C6AA 1PK1B 1C7YA 4JN4A 4CJRA 3O5BA 1N56A 3RB6A 2JR5A 3AA3A 4DUZK 5IIKA 4H0XB 4CBXA 2P9IB 2RHFA 2JWKA 4OX9K 3MXJA 3KLHA 5JS1A 1ZRMA 5KTQA 3H6EA 4DV6K 3PW4A 4IZ9A 3AL0B 2ZTEA 1Q3UA 4M7XA 3V1QA 2QKQA 4FZNA 1BIUA 3WKAA 2OWOA 3NGYA 4H0TB 4MDBA 1X2IA 4Y2PA 4DCHA 3ULEB 1QQ5A 4YP3A 2V4QA 2G08A 1ZQIA 5HR7A 2HMIA 3ALYA 1X9XA 2D0BA 3C23A 4DSFA 3I56N 1PK3A 5AKIA 5L1JA 2P6RA 5DLGA 2P9PB 2GX9A 3WEEB 4RW7A 1BQNA 3W3DA 1RT5A 2BE2A 1LWFA 4FWNA 4NYNA 4CJ4A 1GO3F 1YAGA 4ECZA 2JLEA 2VWJA 3QEXA 4BX9C 3GDXA 4CF2A 3QNOA 4FK0A 1N32K 4I7FA 4J9QA 1DOQA 1NJYA 4RNNA 1Q3VA 4NCBA 1HMVA 3M5RA 5D4BA 5J2FA 3C1ZA 3CJ1A 5TKWA 3H0LB 4B8AB 4BGDA 4PGQA 3HRDD 3JPRA 4IQTA 4ELTA 4J2EA 3JPOA 1QS4A 1NK4A 3R8EA 3MGIA 2IHNA 2OH2A 3SV4A 4BVPA 1OKJA 1LW2A 3KD1E 5EOYA 5GTIU 2YB1A 3V6HA 2B6GA 2KFNA 4G9ZA 3CM6A 2X74A 5AFUA 3RVCA 1X42A 1JLGA 3SBGA 3QFUA 4HVJA 1SGGA 3C65A 5AQOA 3CFPA 4K8XA 1J5OA 1FFUA 3IG1A 3Q8KA 3EO3A 4GV3A 2NRTA 3M7DA 4FJJA 1RXWA 1IG9A 1HKBA 2IDOA 3DLRA 3AV9A 2YNIA 3OHRA 2ZE2A 4CZMA 5GIPA 2LM1A 3Q7BA 4O0IA 3V6JA 1ATNA 3DXKB 3CQXA 1HIWA 4PZNA 4JV0A 1HNVA 3OPXA 3RMDA 1S97A 2FBTA 3U3YA 4QW9A 4F2RA 5M1NA 5JVGL 4JK1A 1EXQA 4B1ZA 3BS5B 2QB1A 1ZBLA 4F5QA 4DR2K 2E8OA 4Q8FA 1BUPA 5J2MA 1GOCA 4KAZA 1X9JA 3AN1A 3ZSZA 3WQTA 4BGAA 4GXJA 5F1XA 4M3UA 4AYBC 1KFSA 1P7DA 1C1AA 4JS4A 3DRSA 2PBDA 5BPCA 2WFBA 2YX8A 4DQQA 1YI2N 4MLHA 3AVNA 5IIJA 5HOOA 4US9A 1K8AO 1L3TA 4YHHK 2HCFA 5GAHP 4OPAA 1Y88A 1VQ7N 5HRPA 2Z1GA 3U4LA 2ISPA 5LMNK 3KK3A 4UY8O 5AQYA 3MX5A 3O8MA 2AGPA 2GBZA 3VEVA 2O6KA 1Z26A 3EL2A 4CJVA 1XWLA 3IG8A 4J03A 1KBUA 2O8EB 2P9KA 2E8PA 5KNIA 2OTLN 3GE1A 3CCSN 4OO1J 1ZQFA 3QIOA 4YG2A 1ATSA 5AQIA 2KIVA 5BPMA 4O9MA 3LP2A 1EWQA 1O03A 3OSNA 4FZLA 4MFFA 4E7IA 5KFWA 4RUAA 2VIXA 4ED8A 3RR8A 8ICLA 4MO4A 4UAUA 2QWRA 4JUZA 7ICRA 1ZQZA 2F9WA 4PL7A 4CJSA 3QEVA 3SEIA 4UB6U 4XIUA 2QKKA 1YXQA 3O6WA 2QK9A 1VJ5A 5J2DA 5AQNA 5LJVA 2BHNA 4FZMA 1JLFA 4FJLA 3C6UA 1CXUA 3AVAA 1VQ4N 2QM1A 1JLQA 2FC0A 4JKDA 1WBBA 3UMCA 5F3XB 5DG8A 1YTAA 5KPRA 1S22A 4FWSA 1SZPA 4RUCA 5HBMA 5TKYA 3WXMB 4F5NA 3O80A 3WU2U 3SAFA 7ICOA 3ZT1A 3VQCA 2QTDA 4JV5K 3RAQA 5IIIA 1NMNA 5AQRA 4W5NA 1QQ6A 5KRSA 4DTRA 2LKYA 2JEJA 4P4PA 2F1JA 1NOZA 3KLEA 4ILHA 4EFHA 2XICA 2MRLA 3IP4B 1JALA 3RB3A 4DFMA 4OLBA 4M0AA 4KLSA 1BIZA 4GC6A 4BRCA 1NGBA 1A77A 5KFXA 1QQNA 2QB0B 3S6JA 2P9UA 3C6HA 3VPZA 4KLJA 2XGPA 4F50A 5CHIA 1YJWN 4QZAA 2DPNA 4NLBA 3L2WA 5BN8A 4I2IA 2DY4A 1Q9YA 1TUYA 1BVSA 3QU5A 3QUQA 5HRNA 1XMOK 5KT7A 3UMBA 2QXFA 2E1EA 5KFYA 5ALSA 3RFAA 1B43A 4BR7A 4JKHA 4Z4GA 3BQ0A 4BDYA 5AZJA 1HYZA 3ENBA 2DGZA 4PJ0U 4OJOA 3JPSA 2WB1C 1FKPA 1E4GT 1Y64A 4GY2B 2A6AA 2DF4B 2WF6A 3MR6A 4WYBA 4LF4K 2AJQA 7ICVA 3TABA 1YJNN 4ACOA 3PNCA 5ALHA 2F7TA 9ICEA 3C7NB 1TVAA 4H5VA 4QZCA 2A41A 4OGCA 3GQCA 1SUQA 4JKBA 3WK9A 9ICXA 4AM6A 1OH5A 3DOKA 8ICQA 2ZUBA 5HR6A 1V38A 4A5AA 3SQIA 1N6QA 3TAFA 1PK1A 2D0PA 4EBEA 2P35A 3CJ7A 2A1JA 4JI3K 4CVNE 1SL1A 2FSKA 4QZ9A 4RQ4A 3KWIA 4CZFA 5EWGA 3C1YA 5L1KA 3QLHA 4A57A 1EETA 1KL9A 3ISBA 3RWUA 4DV4K 2ZGYA 4CZGA 2HBLA 2VGMA 2HHHK 4JNEA 4WF9L 3BQ7A 2KIWA 3TWHA 1FXXA 1S8OA 2W7OA 5ALUA 1M1KO 5ALLA 3AO5A 1KVCA 2E1ZA 1ZD4A 1DTTA 2M9NA 2UUBK 3H40A 2LHTA 1NKEA 5EOZA 2H3QA 3GDQA 3BS7A 3LYSA 4FLWA 2BKEA 5J2HA 1QSSA 2BANA 3T1AA 1BGXT 3LAMA 1GLAG 3KD3A 3RJIA 4LJXA 1U47A 1WSJA 3TTDA 1HNXK 3MDAA 2ZJ8A 4C4RA 5EX5A 4CJ5A 4O3MA 2XHBA 2UVWA 5HMMA 4QWDA 4BWJA 1BQMA 3UKRB 4NCAA 5F9LA 5DM6L 1BNPA 4FYDA 3DLLL 1HUXA 4KTWA 1HQEA 1XNQK 4LF6K 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2E1F A;  2DGZ A;  4O3M A;  2MA1 A;  4CDG A;  4NLC A;  4CGZ A;  2HBL A;  2HBK A;  1D8B A;  1GO3 F;  5C0Y A;  3SAH A;  2HBM A;  2KV2 A;  4NLB A;  4QIW F;  4OO1 J;  2RHF A;  3SAF A;  4QJF B;  2HBJ A;  3CYM A;  3SAG A;  1WUD A;  1YT3 A;  2E1E A;  2CPR A;  2RRD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4JEP A;  2HDO A;  4OKE A;  4BRH A;  1O1W A;  2GWK A;  2KOB A;  3O3H A;  2YY6 A;  2JEI A;  2P9P A;  2HMP A;  3WEE A;  3SCX A;  4ZTJ A;  2WTU A;  3PW2 A;  4B9Q A;  4W5Q A;  4Q43 A;  3OW2 M;  2CGJ A;  3TAE A;  2PY5 A;  4ISG A;  5J29 A;  3C2K A;  5JTI A;  4A62 A;  4CZL A;  4FO6 A;  1A6S A;  3DDH A;  1KLM A;  5IIN A;  3ZCM A;  3CJ9 A;  1J97 A;  5ALE A;  4KRE A;  2RDI A;  3HPO A;  5CB1 A;  1HNZ K;  3IFR A;  4FFD A;  3NMU A;  2KFZ A;  4FOI A;  4ECS A;  2CH6 A;  2W9A A;  3ORY A;  5DB7 A;  5KAF U;  3QES A;  2E8N A;  4IJA A;  4H5N A;  3M8Q A;  1R59 O;  1A0P A;  5DQH A;  4OJP A;  1XO1 A;  3P5J A;  4FOE A;  4OJR A;  3V7K A;  4YMM A;  4FWQ A;  3PO5 A;  2K8B B;  2K4H A;  4R66 A;  4DLE A;  3F9K A;  3SI6 A;  2YHY A;  4CEE A;  3PW0 A;  1S1V A;  2Y1J A;  7ICU A;  4C8K A;  4J9L A;  1XUP O;  1ZQG A;  5GAD P;  1BPZ A;  4YMN A;  2EH9 A;  5AI0 A;  3GL1 A;  5AQG A;  3VA0 A;  2BCR A;  5AQU A;  1RBR A;  3DXK A;  1GLF O;  2EAP A;  3KBB A;  1UOC A;  1BL3 A;  2XCA A;  4XH5 A;  2E88 A;  2E5L K;  5CHG A;  3RH6 A;  3BS5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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