4NLBA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
359
Chain Sequence
SVLRPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISCVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
total genus 117
structure length 359
sequence length 366
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlbA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlbA01
4QIWF 4OO1J 2HBJA 2HBMA 5C0YA 2E1FA 4CDGA 2RHFA 4QJFB 3CYMA 2MA1A 4NLCA 2HBLA 3SAFA 1YT3A 2HBKA 2DGZA 2CPRA 4NLBA 1GO3F 3SAHA 4O3MA 2E1EA 1D8BA 1WUDA 4CGZA 3SAGA 2KV2A 2RRDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FCYA 4I2PA 1IM4A 2KZMA 1O1WA 3MEEA 5KRTA 4GV6A 3F2CA 2KLAA 3O1WA 1ZQHA 9ICMA 7ICVA 9ICOA 1HUXA 1WSHA 4NXNK 1GLCG 5AJ3K 4JV5K 2F1JA 5J0YA 4RW8A 3LYSA 3KLEA 1YIJN 3Q8KA 4KLHA 4OKKA 3MDCA 4DSKA 5AI9A 4N47A 3KJVA 4WQ4C 3ENBA 4DHYA 3I55N 1H38A 3C2MA 4PZNA 4CGGA 2QB0B 3THXA 5ADXA 1NGCA 3M9OB 2W9CB 2ZTCA 4FJNA 2DFFA 2BTFA 1Z1BA 3QETA 3ZSRA 3BS5A 4CF9A 3AU6A 4BWJA 3N28A 1X9MA 3NGDA 4KLTA 8ICNA 4EFHA 4BWMA 5KFHA 3E01A 3KKAC 5HRSA 4KLFA 5HROA 1NG9A 1CUKA 4H0YB 4CDGA 1WBDA 5ALWA 1QZ6A 3PO4A 4ECSA 2K8BB 1OUQA 4RQ0A 1S0VA 1DXSA 2FJ6A 4RPZA 2NZTA 1V4SA 1ZD2P 3CIPA 2KZ3A 4US8A 4BRMA 3ZDCA 2NUBA 1S9GA 5B8HA 5BRFA 4BE1A 3SQ4A 4CEOA 4R66A 3CM5A 2HHUA 3TAMA 2JR5A 1BIUA 2P9IA 4JKHA 2JV3A 2ASOA 5HHHA 3NS1A 3D0PA 1QQMA 5AI4A 2WFBA 2EDUA 3FGUA 1ATSA 1L6NA 4J2EA 1LV5A 5JICA 1A5VA 1GOAA 4CF0A 3E9PA 5BRHA 4RQ1A 2VA3A 1NNEA 1C20A 5KG1A 1L5UA 4I27A 4DSFA 4KHQA 1ZD4A 3RJKA 2P9IB 3CJ7A 3HOSA 4CJUA 3LDQA 5AKKA 1GLFO 5JTIA 5TZVA 1Q9XA 1TKXA 4CBWA 4BRKA 2IGIA 4DTPA 1SKRA 1U2VB 4YCXA 2I5HA 1TYQA 5BN9A 3WNGA 1MSWD 4YMOA 1BO5O 3ULEB 3QZ7A 2YMPA 4PZOA 1XNSA 1IV0A 3D2QA 3HTVA 4TUSA 7ICEA 3BY5A 3ZT1A 2FBXA 2D4WA 3THWA 4M3ZA 5JS2A 1D8YA 3BGRA 3VEXA 1KSPA 3MDQA 5HRRA 4JI3K 7ICTA 3KOOA 2GBZA 2YKNA 1J97A 1L7PA 4C80A 4PGXA 2IA6A 5BPLA 5HL7L 2OYQA 1WLJA 5M1NA 2LYBA 4C8KA 1JJ2M 3OYFA 3ZETB 4B3OA 4BG8A 3NF9A 3RB3A 2HVHA 1S6QA 3HKZC 4KV8A 1P90A 3UQ0A 1XWLA 1OH6A 5AI8A 3VA3A 3QEWA 3VQ9A 1UOCA 4NYNA 4UB1A 2R7YA 1BCOA 4M3TA 3ZT3A 4KN4A 1DRGA 4RT3A 4EX7A 2WTFA 4YR2A 5DK5A 2Q4TA 2F76X 3VEYA 2E1YA 3SYZA 3WXKA 4DB3A 2CXYA 4OJOA 4CK3A 3S41A 3VPZA 4FZLA 4E7HA 4FL9A 4C7ZA 1NZPA 4HCBA 4I9QA 3DM2A 1TK8A 2EZYA 1IBKK 4J9NA 5KTQA 3M9NB 2BQ3A 3C6TA 4AHRA 1KDHA 1EXNA 2J6SA 2LM4A 1F44A 1HNIA 3PSIA 3A5OC 4DKWA 3Q8LA 3HKZF 1ZQZA 3HM9A 1VQKN 3N97B 5EY4A 4O0JA 5DLGA 4YG2A 3QE9Y 4DOBA 4OPAA 2J6UA 1TFRA 3ZDAA 2IOCA 1Q8KA 5DB7A 2BANA 2P9SB 1YJ9N 4H5VA 3CQXA 1EWQA 2KNJA 4CGZA 3E66A 4M9JA 4I6MB 4H0XB 3GV5B 4B1ZA 1KAZA 4ISGA 5AIAA 2JH7A 5LMNK 3BS7A 3DYAA 5ALOA 3K0SA 2P5GA 4CZHA 4KBOA 3AA3A 2ZTDA 3VQDA 3S3NA 2C22A 2G0AA 5AHXA 2JH1A 4BDYA 1NWKA 4M04A 5I42A 3IKMA 5JS1A 2JEGA 2QKBA 1YTAA 1YT3A 4M3RA 3DAWA 5D4BA 3E0FA 1SUQA 3SD7A 4PQUA 2E8NA 1K73O 2FMSA 1ZXOA 1ASWA 1GLBG 3R8EA 1NGJA 2F77X 4DLGA 3MR6A 3F2DA 4E0DA 3LVVA 1MN8A 1L7NA 2P66A 3MWTA 2OTLN 4M63C 1KLMA 1JXBA 1V97A 4BRIA 5CA7A 4IRCA 4I28A 3QEXA 3PZPA 3K58A 3F2KA 2F8TA 2HNZA 3NUQA 1NJXA 2VCPA 1BI4A 4QZGA 4USAA 1VSHA 4BGAA 4CK2A 1J5EK 3OTOK 4KB0A 4FZYA 1S5LU 2ZIWB 4RUCA 4NM1A 3A5NC 3S6JA 1X42A 2PAVA 4U7CA 4AM7A 4BROA 3TABA 2ZXHA 1XHZA 2V4RA 3BF1A 1KQQA 3VENA 3CD6N 3IDWA 4FJJA 3H4BA 5DB6A 2E3TA 5C2FA 3EKUA 3DRRA 3O4NA 2DTUA 5AM2A 2IMWP 3OYAA 2OPSA 4FLWA 5ALEA 3SQIA 1ZQNA 3C6UA 4QOZB 2E88A 3QEAZ 3RMCA 2RF2A 4C4RA 5KFUA 1NGEA 5KT7A 5AKIA 5J0QA 5ALXA 1PZNA 5IILA 3M7DA 3O08A 4A59A 4CJ4A 1FIQA 4FBUA 1N5XA 3BS5B 3QU4A 4ELUA 2KHOA 5GTHU 1BPEA 4FWLA 1S72N 3QUTA 4LD0A 1S9FA 1NLVA 3G4SN 3EE8A 4Y1CA 3PW2A 1VSIA 3HYFA 5KQ8A 4FSVA 3SJHA 2UXBK 4DTRA 4OJ6A 4BACA 4JI8K 2HB5A 4QW9A 3A5MC 4O5EA 2F8SA 3MN5A 2EX3A 3HSCA 2IHNA 1BIZA 3CFPA 1NI3A 2ZIUB 4F93B 1NKEA 4M47A 3AO5A 2PZSA 4RQ3A 4DTXA 3SI6A 3CC4N 1Q46A 1HJPA 3CFRA 4Q5VA 4K25A 3DLKA 3ZDEA 3K9KA 1UHUA 2VKQA 2A3VA 2W40A 4J2AA 4PKGA 5CR4A 9ICKA 5FPDA 3CNHA 4YMNA 4WQ5C 1IJJA 1FKPA 4X65K 1TV9A 5GAGP 4CJQA 4MFFA 1N5YA 4DFDA 3CC7N 8ICVA 3NFAA 5KFQA 1JLFA 1W0HA 4CZEA 1N61A 3HPHA 1JALA 3D2NA 3AAQA 4F2RA 1IG8A 3SMPA 2UVUA 2OPQA 3C2LA 1DKGD 2FXUA 1M6YA 2RHFA 4X5VA 1IBMK 1RT3A 1FK9A 2A1RA 3HP6A 4BGDA 4W5RA 1NJWA 4J9OA 1ZQPA 4KREA 2DBYA 2Y0SC 3P4IA 1NZBA 4JKGA 2CPRA 3ZT0A 3OYMA 1SB3C 3O3GA 5CE3A 5J2BA 2ODGA 4PPXA 1X6IA 2EHGA 4Q44A 4O3PA 1HKBA 5L1IA 1LW2A 3A2FA 3KHLA 4XA5A 2JWKA 3TKAA 3ZSOA 1PVPA 3HL8A 3MCAB 1B22A 1RTDA 1SXEA 4A2BA 3RMBA 4M3YA 5BOLA 4A61A 3CMAN 3U9DA 1A76A 3H46O 3GU3A 3ISDA 2DKXA 4LSNA 2YHBA 7ICNA 4J9MA 1RT1A 2QKQA 1KLNA 1ILYA 3HK2A 3DXKA 4WFAL 2FDRA 2X74A 2I7PA 5JLHA 3CCVN 4Z6DA 2W9BB 4AM6A 3UKUA 2KJ9A 4IS7A 1ZBSA 4RWTA 4QZ8A 1BPZA 2QB0A 1ZRNA 3WUHA 5HMLA 5JU5A 1U4BA 4OO1J 3E9OA 4J9KA 1A77A 1KAYA 4RG8A 4QS9A 2I1QA 8ICOA 3LZIA 1HJRA 4DUYK 3H1VX 2D0AA 2VIXA 3QYPA 1B43A 4BXOA 2VWBA 4NXMK 3VN5A 3NASA 1DK2A 1Z05A 1ZQYA 3O5BA 4JV0A 3R9KA 2XY7A 4DG1A 1NGGA 1OW5A 1Q81O 3F2BA 4WJ3B 4RQ5A 4JN4A 1VK0A 4KMOB 1DK3A 3MR2A 2IVPA 4K8XA 2V4QA 1S97A 1BG3A 3NH2A 4XRHA 4DQ8A 4JI7K 2OXOA 3TFRA 3N7PD 1PK1A 4IG0A 4K41A 2GWSA 4LF8K 4PHPA 2GO7A 5J2FA 2PFUA 3BF3A 5KFWA 1HX1A 3IFRA 2QKKA 4O5KA 4B1UB 3H1QA 4FJLA 2XCAA 5L1JA 3RRGA 4Z4CA 2XCPA 4DLEA 7ICMA 5E79U 2E8PA 5EXWA 2JXJA 4FBTA 5ALZA 1NK5A 3K2PA 4ISFA 3T19A 1RFQA 1HJOA 1K8KA 4DR6K 4MFAA 2W04A 2AGQA 1Z26A 3NGZA 5DGAA 5HP4A 2YI1A 4H0VB 2HF4A 3GIJA 3K1ZA 2UXCK 3HPGA 2E2PA 3GBTA 4CK1A 2W55A 2BCSA 3OYLA 3UE5A 3AN1A 2HHWA 1VQLN 1LB2B 4O5CA 3DLBA 3PMLA 3CJCA 3PLAA 3VGLA 4Q45A 1T05A 4E7LA 2E2OA 2DUYA 1K1SA 1CLQA 5CB1A 2VJ5A 4PL8A 9ICEA 1N8RO 4PGYA 1GLAG 1KD1O 4FJMA 3D45A 3MECA 3MGIA 4IDKA 2KKVA 3MK6A 5DMRA 3CMEN 2P6RA 3RTVA 1N56A 4JK8A 4CJLA 2BDPA 3DI6A 2OA8A 3HILA 2F96A 4LFCK 4QZBA 1C1CA 3CQYA 5J2KA 1HUZA 3KK2A 4B1YB 3PVXA 1NK7A 1RYSA 2A40A 3C7NB 1ZD3A 3Q8PB 1RZTA 3PR5B 2O8BA 3AU2A 1HPZA 1EO1A 5DDYA 1P8ZA 3H45C 2GLEA 4EZ6A 2FMPA 3TTDA 3M1YA 1QQ7A 4DMNA 4QZHA 3S9HA 1WCLA 1WNSA 3WXJA 4FJXA 4CJ3A 1RT5A 5ALJA 5CP2A 5KFDA 4KLOA 4U6PA 2CGLA 4AHCA 2K4HA 3SQ1A 3QNNA 7ICFA 1COOA 2IBKA 1EQYA 5DB8A 4CF1A 4H0PA 2PFOA 1VRTA 4I7FA 4DFPA 4EX6A 1K8KB 1S6PA 2P9KA 3OSNA 4IQVA 4QZDA 3SUPA 3T1HK 2BCVA 4ECWA 1WSGA 1YZ6A 1Z4OA 2WOMA 3QEVA 4DTNA 2H3VA 1T4GA 9ICJA 2WB1F 7ICHA 1M1KO 1UA1A 4F5QA 4RW7A 2V51B 5AQQA 1V85A 1XO1A 1TKTA 3AEVA 1ZYQA 2J6TA 8ICAA 3ZDBA 1X2IA 9ICGA 3L8BA 1A0PA 3JS6A 4CBXA 4OPHA 2E5LK 3UPQA 4ICLA 4DQSA 3AL0B 1BISA 3I1YA 3OBYA 4UBCA 4QWAA 1RDFA 2QXFA 2QEXN 4RUAA 4IG3A 3ICXA 1Z00A 2KP7A 2QI2A 3F9MA 4BRDA 3Q8MA 1JLQA 4FOIA 3HRGA 3ZLJA 2FLNA 1RQNA 8ICBA 5CRXA 3DRSA 5J2MA 3OHAA 3F9KA 2WAQF 1RG6A 4DTMA 7ICRA 3WQUA 4KLLA 2IVOA 4YOWA 2HBLA 4DTSA 1RTJA 4BRHA 2A1JA 4BQLA 2G5HB 2HBKA 4EBCA 1N63A 2O8BB 5FDLA 3ULDA 1B9DA 3TANA 5AKGA 5KFGA 2R8GA 3V6KA 8ICJA 1KAXA 4B9NA 4M2YA 1X3NA 1TAUA 5CYMA 2JRZA 5BREA 2PBDA 1SWVA 3NRZA 4AHSA 4CF2A 2QB1A 1K5OA 4Y2YA 5KG0A 4CNQA 3QLHA 4M7YA 2CH6A 3IP4B 4JI6K 4RPYA 3FZMA 3CW2C 2YMQA 4F5PA 1F21A 2HBJA 5EE3A 1ZQSA 3NGYA 1HIWA 2XVTA 1HYVA 1ZQBA 3CCRN 1WB9A 2JGAA 1QHAA 2QXLA 4CE9A 4JI0K 1QQOA 4QZFA 4FWNA 3RBDA 3U3GA 4JS4A 1JXLA 4JK7A 3HXMA 4IQTA 3KFUF 3G10A 4DV0K 1S3XA 9ICWA 3VQAA 4KHSA 4ECVA 3DLGA 3HSTB 4H8KA 3C28A 3UXOA 3AV9A 4JRPA 4GW6A 1YUWA 1GLEG 2AXTU 2FC0A 2LM1A 1BWFO 1VAZA 2P5OA 1K9MO 2BCQA 3UXNA 3DDHA 4JS5A 2Q3SA 3C6AA 3G71N 3UQ2A 1XI1A 4FVMA 3THYA 2XIDA 4FFDA 4OJ5A 4WYBA 4CGFA 5ALSA 3UM9A 3B6OA 8ICUA 4DL4A 3D7EO 3G0ZA 3O4QA 2WUSA 1NMDA 3QICA 4M7XA 5KG6A 2W42A 4OLBA 2DY4A 2O8EA 5BPMA 4NCAA 3IDHA 2BCUA 3K57A 2RKIA 2G8WA 4EBDA 1C7YA 4KTQA 3EKSA 4FO0A 2KK0A 3RRHA 1ZQKA 2IVNA 5LJVA 4LH5A 3F5EA 5DM7L 4F4KA 4M45A 4GVEA 1ZETA 3U4LA 4B1XB 5GADP 3VF4A 4KPYA 4ELTA 3BQ0A 5EE0A 3C2KA 1XS9D 5F0XA 2ZTEA 2JHDA 2P9LA 2RN2A 3CFOA 4DV5K 3OY9A 4U67L 3RR7A 1MC8A 4BC4A 3SLCA 5KPZA 3QX7A 2BGWA 1NK0A 3NHGA 2H5XA 2P9PB 3PW4A 2JZBB 3DJCA 4G9BA 2VYPA 5KI6A 4O8UA 1JIHA 1KKXA 2G09A 3ZCMA 4DR1K 3ONNA 3QINA 4OD0A 4UAZA 3LPUA 3LDNA 3PUFA 3OHBA 8ICXA 3SK3A 4JHDA 3AA5X 1ASVA 5J2DA 3MEDA 1Q86O 2HMPA 3WXLA 4FJGA 2PFNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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2F7TA 2Q0RA 3CCUN 4HTLA 3IMXA 4NB4A 4YDUA 2GELA 3ZYYX 1MA7A 4JMUA 2H3VA 4YOXA 3CCLN 4P0QA 2WB1F 3N4QA 4IEEA 4XH4A 1M1KO 3CCEN 4WFBL 4EAHD 2V51B 4AYBC 3DXMB 1BDGA 2P9KB 3MX2A 4I6MA 2V52B 5AQQA 1VQMN 2Z7JA 2KOBA 3IG8A 1GLDG 2E1ZA 3WXIA 1A0PA 2N1RA 2P9LB 3JS6A 3TSPA 4C1NI 4CBXA 4OPHA 1SS6A 2NNWA 2QWRA 3MN7A 3O4WA 3AL0B 3TPQA 3VERA 2ITMA 2UYTA 3OBYA 4BR0A 5EOYA 3R1XA 1BA0A 2QEXN 3ID8A 1IIPA 2KKZA 1ATRA 3ICXA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QIW F;  4OO1 J;  2HBJ A;  2HBM A;  5C0Y A;  2E1F A;  4CDG A;  2RHF A;  4QJF B;  3CYM A;  2MA1 A;  4NLC A;  2HBL A;  3SAF A;  1YT3 A;  2HBK A;  2DGZ A;  2CPR A;  4NLB A;  1GO3 F;  3SAH A;  4O3M A;  2E1E A;  1D8B A;  1WUD A;  4CGZ A;  3SAG A;  2KV2 A;  2RRD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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