The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
117
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sequence length |
366
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structure length |
359
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Chain Sequence |
SVLRPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISCVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
Ribosomal RNA processing protein 6
|
molecule tags |
Hydrolase
|
source organism |
Trypanosoma brucei brucei
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total genus |
117
|
structure length |
359
|
sequence length |
366
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2013-11-14 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00570 | HRDC | HRDC domain |
A | PF01612 | DNA_pol_A_exo1 | 3'-5' exonuclease |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E1F A; 2DGZ A; 4O3M A; 2MA1 A; 4CDG A; 4NLC A; 4CGZ A; 2HBL A; 2HBK A; 1D8B A; 1GO3 F; 5C0Y A; 3SAH A; 2HBM A; 2KV2 A; 4NLB A; 4QIW F; 4OO1 J; 2RHF A; 3SAF A; 4QJF B; 2HBJ A; 3CYM A; 3SAG A; 1WUD A; 1YT3 A; 2E1E A; 2CPR A; 2RRD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4GKK K; 3HM9 A; 5T14 A; 3K9K A; 4CIG A; 4GV9 A; 2UUA K; 5ALX A; 1YVN A; 3UMG A; 3VF4 A; 3JAM O; 3BJY A; 3CM5 A; 3AAR A; 3MXI A; 4MEX A; 4FJM A; 4J9R A; 2RN2 A; 4XRH A; 2YNG A; 2G8I A; 1VHX A; 1RM6 C; 1ILY A; 9ICS A; 2UU9 K; 1YJ9 N; 4NCG A; 3FYH A; 5CP2 A; 4YOY A; 4DR4 K; 3R9P A; 1IO2 A; 4Y1D A; 4J2A A; 2O8E A; 1NGF A; 3ZT2 A; 4HTL A; 4GIB A; 2D6F C; 4O3Q A; 3IS9 A; 1OH8 A; 4YR2 A; 1Q8K A; 2BQ3 A; 2AH5 A; 3M9O B; 2HHQ A; 3DWL A; 3ISC A; 2ZTC A; 1U4B A; 2Q31 A; 3F73 A; 2DUY A; 2Q97 A; 3D2E B; 2ZIU B; 3ZDE A; 3OY9 A; 2ZJP L; 3ONN A; 1S1X A; 5EWF A; 4YR0 A; 1ZYQ A; 3SI8 A; 3RJJ A; 3VGL A; 4MFC A; 4F8R A; 3QFP A; 2O8F B; 2H3F A; 2FSN A; 5KG0 A; 2QI2 A; 5JUM A; 1CEZ A; 1EKE A; 4OVL A; 2L5Y A; 3HP9 A; 3P31 A; 4DSE A; 1BI4 B; 3R3L A; 2KIC A; 5M1O A; 3DLK A; 3CC4 N; 3EKU A; 4B3S K; 2IHM A; 1BCM A; 3CFR A; 4CGH A; 5J2I A; 4CJQ A; 4M2Y A; 1QQM A; 2EX3 A; 4FSV A; 3KK1 A; 4CER A; 4A8E A; 1CLQ A; 3CNH A; 4RQ0 A; 1COK A; 2KZZ A; 5KFZ A; 1MQ3 A; 4FBT A; 4UAS A; 3SAH A; 2JHD A; 2XY7 A; 5KQD A; 1NLV A; 3ZSW A; 2O4G A; 3E1Y A; 3ALR A; 3NVV A; 4RPX A; 4DCC A; 3I0S A; 4RNO A; 4UAV A; 4CJF A; 3SUN A; 3MFI A; 8ICC A; 2QB0 A; 2MUT B; 4CF3 A; 8ICZ A; 2KE7 A; 4Z6E A; 2XGQ A; 3C6T A; 4ECR A; 2AHO B; 2E2Q A; 3OS0 A; 4JB3 A; 1TGO A; 2CPR A; 3AQF A; 5E79 U; 1MA7 A; 5AI6 A; 3S41 A; 5C2F A; 3VQD A; 3CJA A; 4PHT X; 3OYK A; 5KFD A; 2R8H A; 1EQY A; 4JKG B; 4AHC A; 4CJP A; 3NH0 A; 3CCE N; 4KI6 A; 3K0S A; 2QWL A; 4KN7 A; 2HBK A; 4JKC A; 4YD2 A; 4I6M A; 4FJH A; 3CI5 A; 3RMB A; 3OYB A; 3PSI A; 3O1B A; 3VTH A; 2XO7 A; 4BRG A; 2A3V A; 1UPH A; 3EUB 2; 5BOM A; 3C7N A; 3GV5 B; 4JAX A; 4L8R B; 2ASL A; 1MN8 A; 8ICJ A; 1VSD A; 5BRF A; 4DL4 A; 1UA0 A; 1L3S A; 5DKW A; 2A1S A; 1K9M O; 4UW9 A; 1NNL A; 1S77 D; 4IG0 A; 3NF8 A; 2KZM A; 1FEZ A; 1N5Y A; 1S1U A; 3KHL A; 4ISF A; 3DRR A; 3PST A; 1JXL A; 4F4Y A; 1TL1 A; 3E66 A; 2ZIX B; 3M9M B; 2W9C B; 2FJ6 A; 4YOV A; 3KK7 A; 2GO7 A; 1ZQP A; 3J7Y P; 5J0S A; 3AUO A; 1NGI A; 1PUZ A; 4B8C A; 4DSJ A; 1F21 A; 4I2F A; 2FLO A; 2OHF A; 5FPE A; 5KFB A; 4KLL A; 1MQ2 A; 2NLX A; 4KH5 A; 5E41 A; 3OSP A; 3CCR N; 2FBV A; 4Z0U A; 1HR0 K; 2F8T A; 2QEX N; 1MC8 A; 3TSU A; 4BR5 A; 1BPX A; 2KSO B; 5J0O A; 2YJE A; 1KD1 O; 1ZQW A; 2W40 A; 3MDQ A; 1AQ6 A; 3TKA A; 3P4I A; 1SZ2 A; 3V9Z A; 3ISD A; 3V6D A; 3IRX A; 4I2E A; 4CJE A; 1XSN A; 1HYV A; 4BC4 A; 2DQN B; 2I5J A; 1RT6 A; 4UB1 A; 1S0O A; 1RDU A; 1JXB A; 1SXE A; 1JX4 A; 1B9D A; 4AIL C; 3SJH A; 4JI0 K; 2XCP A; 4RQM A; 4TUR A; 3VET A; 4EHT A; 3OBY A; 2Q0Z X; 3UKR A; 3O9Q A; 5CZ2 A; 3OVN A; 2HNZ A; 1WSH A; 2AGO A; 1HQU A; 3D6J A; 3JPN A; 4YXM A; 2BCV A; 4IOC L; 1E4F T; 4NJ8 A; 4CGD A; 5DK5 A; 5MLC Q; 3T5K A; 3QE9 Y; 2EZZ A; 4JLH A; 4C1N I; 4DQ8 A; 4HTU A; 2ASP A; 4FLX A; 3S3N A; 4M3Z A; 3WQU A; 3AA5 X; 1L7M A; 4B9T A; 1L6N A; 3DAW A; 3O1W A; 2YB4 A; 3HJE A; 5ALN A; 2ZQB A; 1JKH A; 1RT2 A; 1Z00 A; 4F9O A; 1Q82 O; 2O8D B; 3LP0 A; 1N33 K; 3THW A; 4DU3 A; 5HP4 A; 1CXQ A; 2YHB A; 4R64 A; 3Q8R B; 2WC9 A; 4Q5V A; 1SWW A; 2HMX A; 3RMC A; 4B9N A; 4OKJ A; 2JGA A; 4ZTF A; 4C4S A; 3MR2 A; 4YY3 K; 1D8L A; 3J81 O; 2K8A A; 3CRX A; 3SLC A; 4PL8 A; 4EEL A; 2YN4 A; 1ZBS A; 3BY5 A; 2HF4 A; 1ZQK A; 3K9J A; 2WAQ F; 3KFU F; 1T44 A; 2F1H A; 4H0O A; 3TI0 A; 1NJX A; 5ALF A; 3WXJ A; 1MSW D; 3THY A; 1OVY A; 2YQE A; 1Z1B A; 2KMD A; 3QIN A; 2JZB B; 1K1Q A; 5JLH A; 3FFK B; 3V4I A; 2YML A; 1ASW A; 4FJK A; 4CRX A; 4NB4 A; 3VCB A; 8ICR A; 1J6Z A; 2JEF A; 4OKK A; 3OYF A; 3LWM A; 3PVX A; 4JI2 K; 1VQO N; 3GII A; 5GAG P; 4FJG A; 2D8C A; 4CGF A; 3SD7 A; 3CCM N; 1A76 A; 4B9U A; 5AM2 A; 3RH4 A; 3FDS A; 4P0Q A; 3J7A P; 3ETR A; 2B4J A; 1N2X A; 4RWT A; 4UB3 A; 1TK5 A; 3H08 A; 2KP7 A; 4DG1 A; 3ZEU B; 4UBC A; 3PR5 B; 5GIN A; 5C10 A; 5KFM A; 3SQ1 A; 3PSP A; 1D9F A; 3CQ8 A; 4H5W A; 4NLK A; 4FK4 A; 2Y9T A; 1ZQR A; 2AA4 A; 3LDN A; 4AHU A; 5TIS U; 3BQ2 A; 4C23 A; 2OPS A; 4K4H A; 3ITH A; 5KG3 A; 4ED6 A; 1Z25 A; 3QEW A; 4PQU A; 2ATL A; 3FE1 A; 1VQM N; 4MQ3 A; 3U9D A; 1NBW A; 1DRG A; 2UVU A; 1WG8 A; 2ISO A; 3MFH A; 4CED A; 5AK4 A; 2W3S A; 5AQP A; 2FMP A; 8ICA A; 5DGA A; 4IBN A; 4BVO A; 4K4G A; 4CJW A; 2E2N A; 1QH9 A; 4IQW A; 4RQ6 A; 3H0M B; 1HKC A; 1V4S A; 3VQA A; 1ZQE A; 3TAN A; 4BRL A; 4M9G A; 9ICJ A; 3LL3 A; 4BQL A; 3G6V A; 2F9T A; 5CJ7 A; 3ZDD A; 3NRZ A; 5GAE P; 3HST B; 3OTQ A; 1HX1 A; 2OTJ N; 1L3U A; 4H03 B; 4DL3 A; 5EWE A; 3H3N O; 4DSL A; 1HJP A; 3L3V A; 4F3O A; 3I28 A; 2YHX A; 4GVE A; 4RQ2 A; 4BDZ A; 1U2V B; 3ZT0 A; 4F4W A; 3QEA Z; 1S76 D; 1XC3 A; 3KHY A; 3L6Q A; 4MDA A; 3HOT A; 4KHQ A; 4B3M K; 4F5O A; 3B6P A; 3BZK A; 4QNL A; 1LKY A; 2W6L A; 4J8F A; 2YCH A; 1IKX A; 3B0X A; 4CNQ A; 3ZYY X; 5KFS A; 5BPL A; 7ICI A; 1YVU A; 2AP1 A; 4E1N A; 5HHH A; 4JS5 A; 4LVS A; 2D0A A; 4RQN A; 2WHE A; 4H5T A; 4K42 A; 2C2E A; 2FBX A; 1VQP N; 3CC2 N; 3H45 C; 3DOL A; 4FW1 A; 2B6A A; 3BQT A; 3QNM A; 4EEY A; 4LZG A; 1WOQ A; 4AM7 A; 3N7R C; 4WFB L; 3HPG A; 4CE9 A; 4E89 A; 8ICE A; 5AKK A; 1EXN A; 1NGE A; 2Y0S C; 4KI4 A; 5ALP A; 1NGG A; 2W54 A; 7ICQ A; 1T7P A; 3VEN A; 3ZI4 A; 4PL2 A; 4ZOH C; 2XY5 A; 1RDC A; 2BQU A; 2I7P A; 4Y1C A; 5HHI A; 2UYT A; 4BRN A; 3V9S A; 2DFH A; 3QZ8 A; 4H0P A; 3C6A A; 1PK1 B; 1C7Y A; 4JN4 A; 4CJR A; 3O5B A; 1N56 A; 3RB6 A; 2JR5 A; 3AA3 A; 4DUZ K; 5IIK A; 4H0X B; 4CBX A; 2P9I B; 2RHF A; 2JWK A; 4OX9 K; 3MXJ A; 3KLH A; 5JS1 A; 1ZRM A; 5KTQ A; 3H6E A; 4DV6 K; 3PW4 A; 4IZ9 A; 3AL0 B; 2ZTE A; 1Q3U A; 4M7X A; 3V1Q A; 2QKQ A; 4FZN A; 1BIU A; 3WKA A; 2OWO A; 3NGY A; 4H0T B; 4MDB A; 1X2I A; 4Y2P A; 4DCH A; 3ULE B; 1QQ5 A; 4YP3 A; 2V4Q A; 2G08 A; 1ZQI A; 5HR7 A; 2HMI A; 3ALY A; 1X9X A; 2D0B A; 3C23 A; 4DSF A; 3I56 N; 1PK3 A; 5AKI A; 5L1J A; 2P6R A; 5DLG A; 2P9P B; 2GX9 A; 3WEE B; 4RW7 A; 1BQN A; 3W3D A; 1RT5 A; 2BE2 A; 1LWF A; 4FWN A; 4NYN A; 4CJ4 A; 1GO3 F; 1YAG A; 4ECZ A; 2JLE A; 2VWJ A; 3QEX A; 4BX9 C; 3GDX A; 4CF2 A; 3QNO A; 4FK0 A; 1N32 K; 4I7F A; 4J9Q A; 1DOQ A; 1NJY A; 4RNN A; 1Q3V A; 4NCB A; 1HMV A; 3M5R A; 5D4B A; 5J2F A; 3C1Z A; 3CJ1 A; 5TKW A; 3H0L B; 4B8A B; 4BGD A; 4PGQ A; 3HRD D; 3JPR A; 4IQT A; 4ELT A; 4J2E A; 3JPO A; 1QS4 A; 1NK4 A; 3R8E A; 3MGI A; 2IHN A; 2OH2 A; 3SV4 A; 4BVP A; 1OKJ A; 1LW2 A; 3KD1 E; 5EOY A; 5GTI U; 2YB1 A; 3V6H A; 2B6G A; 2KFN A; 4G9Z A; 3CM6 A; 2X74 A; 5AFU A; 3RVC A; 1X42 A; 1JLG A; 3SBG A; 3QFU A; 4HVJ A; 1SGG A; 3C65 A; 5AQO A; 3CFP A; 4K8X A; 1J5O A; 1FFU A; 3IG1 A; 3Q8K A; 3EO3 A; 4GV3 A; 2NRT A; 3M7D A; 4FJJ A; 1RXW A; 1IG9 A; 1HKB A; 2IDO A; 3DLR A; 3AV9 A; 2YNI A; 3OHR A; 2ZE2 A; 4CZM A; 5GIP A; 2LM1 A; 3Q7B A; 4O0I A; 3V6J A; 1ATN A; 3DXK B; 3CQX A; 1HIW A; 4PZN A; 4JV0 A; 1HNV A; 3OPX A; 3RMD A; 1S97 A; 2FBT A; 3U3Y A; 4QW9 A; 4F2R A; 5M1N A; 5JVG L; 4JK1 A; 1EXQ A; 4B1Z A; 3BS5 B; 2QB1 A; 1ZBL A; 4F5Q A; 4DR2 K; 2E8O A; 4Q8F A; 1BUP A; 5J2M A; 1GOC A; 4KAZ A; 1X9J A; 3AN1 A; 3ZSZ A; 3WQT A; 4BGA A; 4GXJ A; 5F1X A; 4M3U A; 4AYB C; 1KFS A; 1P7D A; 1C1A A; 4JS4 A; 3DRS A; 2PBD A; 5BPC A; 2WFB A; 2YX8 A; 4DQQ A; 1YI2 N; 4MLH A; 3AVN A; 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2JEJ A; 4P4P A; 2F1J A; 1NOZ A; 3KLE A; 4ILH A; 4EFH A; 2XIC A; 2MRL A; 3IP4 B; 1JAL A; 3RB3 A; 4DFM A; 4OLB A; 4M0A A; 4KLS A; 1BIZ A; 4GC6 A; 4BRC A; 1NGB A; 1A77 A; 5KFX A; 1QQN A; 2QB0 B; 3S6J A; 2P9U A; 3C6H A; 3VPZ A; 4KLJ A; 2XGP A; 4F50 A; 5CHI A; 1YJW N; 4QZA A; 2DPN A; 4NLB A; 3L2W A; 5BN8 A; 4I2I A; 2DY4 A; 1Q9Y A; 1TUY A; 1BVS A; 3QU5 A; 3QUQ A; 5HRN A; 1XMO K; 5KT7 A; 3UMB A; 2QXF A; 2E1E A; 5KFY A; 5ALS A; 3RFA A; 1B43 A; 4BR7 A; 4JKH A; 4Z4G A; 3BQ0 A; 4BDY A; 5AZJ A; 1HYZ A; 3ENB A; 2DGZ A; 4PJ0 U; 4OJO A; 3JPS A; 2WB1 C; 1FKP A; 1E4G T; 1Y64 A; 4GY2 B; 2A6A A; 2DF4 B; 2WF6 A; 3MR6 A; 4WYB A; 4LF4 K; 2AJQ A; 7ICV A; 3TAB A; 1YJN N; 4ACO A; 3PNC A; 5ALH A; 2F7T A; 9ICE A; 3C7N B; 1TVA A; 4H5V A; 4QZC A; 2A41 A; 4OGC A; 3GQC A; 1SUQ A; 4JKB A; 3WK9 A; 9ICX A; 4AM6 A; 1OH5 A; 3DOK A; 8ICQ A; 2ZUB A; 5HR6 A; 1V38 A; 4A5A A; 3SQI A; 1N6Q A; 3TAF A; 1PK1 A; 2D0P A; 4EBE A; 2P35 A; 3CJ7 A; 2A1J A; 4JI3 K; 4CVN E; 1SL1 A; 2FSK A; 4QZ9 A; 4RQ4 A; 3KWI A; 4CZF A; 5EWG A; 3C1Y A; 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