4NLBA

Crystal structure of the catalytic core of rrp6 from trypanosoma brucei
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
366
structure length
359
Chain Sequence
SVLRPQLTFEHPVDNSPTPFRPVYYDEKGVRHVGEPGVHPFAERIKAVSVPSEQLLLKTETPYLSLVTCPLTFVDTVEDLEALVAVLLNETEIAVDLEHHDFYSYQGFTCLMQISTRTQDFIVDCLKVRANMYLMAPVFLQPNIVKVFHGAREDVRWLQKDFGLYIVNLFDTSIALQNLHMPHSLAFAVDHFCQVKLNKKYQTADWRVRPIPAEMVSYAQQDTHFLLYVYDRLKQLLLNCNMLLHVFQESRLLSLERYEKPHLDPDVTYKQALGRSLGGLSSSQLQVAREIFNWRDMAAREADDSPSAVMHISCVLSIATKLPTSANEVLKCCSPVSVAVRTNVMKLLQIVKDAIGSAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Ribosomal RNA processing protein 6
publication title RRP6 from Trypanosoma brucei: Crystal Structure of the Catalytic Domain, Association with EAP3 and Activity towards Structured and Non-Structured RNA Substrates
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
molecule tags Hydrolase
total genus 117
structure length 359
sequence length 366
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4nlbA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4nlbA01
2KV2A 4O3MA 2CPRA 1YT3A 1D8BA 2RHFA 2E1FA 3CYMA 2DGZA 4QIWF 3SAHA 4CGZA 3SAGA 4NLBA 2HBMA 2E1EA 4CDGA 1GO3F 2MA1A 5C0YA 3SAFA 2RRDA 2HBKA 4OO1J 2HBJA 4QJFB 1WUDA 2HBLA 4NLCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F5NA 1VSLA 3OYIA 1RM6C 1ZQTA 2FF6A 3GFKB 1IO2A 4JKGA 5DB6A 5ALXA 3ZETA 1FK9A 3QICA 1S77D 2RHKA 3E1YA 5E26A 3M8SA 4FJXA 5FLXO 4BE2A 3IG5A 3SAHA 2UVUA 4K41A 3RMBA 2D0OA 4FM0A 4XH5A 4B9UA 3FFIA 2KJ5A 2CXYA 3VCBA 5HL7L 4NLZA 7ICNA 1HPMA 1YHQN 4YCXA 2G8HA 3OYKA 1KC8O 1YITN 1ZQGA 1NK5A 1ZC6A 4A2AA 2F9WA 2QWMA 1NJYA 4CJKA 4MEXA 2HHUA 3GOIA 3K0SA 3CP8A 4QWDA 4JV5K 3L3UA 3SI6A 3NMUA 2A40A 3I76A 4IO9L 5J2HA 3VTHA 3GDQA 2PMZF 4AM7A 2F2AB 3D45A 3T1AA 2E1YA 4GV9A 2W40A 4JNEA 2OYYA 5HNKA 1S0NA 3KHLA 3S3NA 3HYFA 4DL6A 5AM2A 2Q3SA 4FJNA 3CRXA 5L1KA 1Q7YO 1N6QA 5DLFA 1TL3A 4EP4A 2B4JA 3NFAA 4M9JA 1URJA 4RPXA 1IBLK 1OKJA 2BPCA 1S3XA 4U6PA 5AQXA 2FLNA 3L4PA 1RTIA 4FJ8A 4ISGA 1QCKA 4J2DA 1QQ7A 1NU0A 1KL9A 1ILYA 2W6LA 1RBVA 5FPMA 1SWVA 8ICEA 3ORYA 4ACOA 1B9DA 4FVUA 2DBYA 4OPJA 3HX0A 3DEEA 2D1KA 3N97B 3NGZA 4B9SA 1ZBSA 4BE0A 1ZXIA 3D2EB 4DOBA 4IO8A 1W0HA 1VQ8N 1OUQA 1WSHA 4BR0A 2Q0ZX 2KN7A 4P4PA 2F7TA 2W8LA 4ECYA 4PL7A 4FE3A 4CCHA 2P51A 3O4QA 2QXFA 5ADXH 3LM9A 4B6JA 4PKGA 4W5QA 5T14A 1N2XA 3OYAA 3C6AA 4KMUA 4HCBA 2R8IA 2P9SA 5CA7A 4KTQA 4FCYA 5G5HA 1L5UA 3H46O 5HOOA 4F4ZA 4BWJA 3K5LA 5KQDA 4LZGA 5KFLA 4RQ8A 3CJ7A 3RAQA 2E2NA 5LL6Z 5M1OA 1K8AO 3WXMB 3TAFA 2W55A 4FZXC 2W3SA 4F3OA 2HF3A 1T3QA 5IINA 4KH4A 2IIRA 3VQ5A 4FJMA 1CZ9A 4O5CA 2NRWA 2FSNA 5AQKA 4CJTA 4BY9C 4N76A 3THWB 1DGSA 3NRWA 2KLAA 3RMCA 1O13A 4EZ6A 2YY6A 4GNIA 4EYIB 3GV8B 1J2NA 3JPTA 3CXCM 4FYDA 1COKA 5ALYA 3CC2N 2YHBA 4JI0K 3M9MB 4BUGA 3CETA 4BQLA 5HBMA 1N36K 3LAMA 5KFNA 4Y2XA 3MEDA 4KTWA 1YT3A 4M7XA 4ECQA 4H5WA 2ESEA 3ZSRA 3S9HA 1QVGM 3ITHA 1G99A 3AEVA 3MBYA 1VQLN 4H0OA 3D2SA 3DXMA 2H3IA 3T1YK 4KLLA 5AI4A 1ZQZA 3WEEB 1PK1A 4WQ5C 5EE0A 3ALYA 4M41A 5ALIA 5KPRA 3T1HK 5BPNA 4I29A 3GV7B 4J9MA 1J54A 3EW9A 4KLGA 2A41A 4QWAA 4QWEA 2PBDA 3CJ1A 4E7LA 1GOAA 4B1UB 1CI4A 2ZIWB 3OJUA 4E1MA 4GKJK 2V51B 2O8BB 1T7PA 2QKQA 1Z1VA 2GELA 1VJ5A 4HTLA 3WT0A 4E7HA 4OVLA 1VSMA 4I2PA 4BQZA 4DV2K 4GW6A 5HRRA 4M45A 2G5HB 2O8EB 1OH7A 1ZQLA 4B1XB 4CK3A 1NGAA 3THXA 2MU2A 1HNVA 4N56A 4ELUA 4ID1A 3PW7A 5JTIA 1Z25A 1QQ6A 3J81O 1IKXA 3J8AA 3QETA 3MXJA 4DQ8A 3FAHA 2GX9A 2KW4A 4PHAA 3C6UA 5J8YC 5C15A 5AQGA 3NF8A 5EVZA 2QWLA 3DAWA 5AK5A 4BGAA 1LKYB 5J0PA 4C4RA 3A0HU 5AKLA 2VKQA 1E4FT 5AQVA 1A6SA 4NLNA 2KKVA 3WK4A 1LB2B 4BDPA 1F5SA 3PUFA 2H3ZA 2ITMA 3ENBA 3TTCA 2XY7A 1A76A 3S3MA 1YZ6A 1J5OA 1EX4A 2Z1HA 1MC8A 5C0YA 4MEYA 1OVYA 3DXKB 2VA8A 1FW6A 5JLFA 1L7PA 3RJFA 1TYQB 3MDCA 2RDJA 1VSHA 2YNFA 4TSXA 3DI6A 4QZ8A 5AIBA 1IKVA 4KHNA 5HHIA 5KG7A 3KZXA 8ICWA 2DFEA 3ZDCA 1LVHA 1S5LU 3PW5A 4LF4K 3EL2A 2GUPA 1V38A 3SZ2A 1IM4A 9ICCA 4RW6A 2VQEK 4PKIA 2I1QA 3OYCA 1PVRA 3RMAA 4IR1A 2EHGA 2DGZA 4ED0A 1BA1A 4QIWF 3TI0A 3QX7A 5KPZA 4JD2A 1JCEA 4NL9C 1OW5A 3R1XA 4L8RB 1XC9A 3DRPA 2JGAA 2RE2A 4IJAA 5CR4A 5J2EA 1MWMA 9ICBA 3ZSVA 3SV3A 4CF9A 4F3TA 2UUAK 1RGIA 3EE9A 1Z4OA 1N5YA 4B9TA 4RUAA 4F4KA 3GU3A 2ISPA 3BP8A 5A2QO 2KNJA 2JEGA 3AA2A 3SUOA 5GAHP 2K4IA 1Q86O 4US9A 4UB6U 5LY3A 5DBAA 3CFPA 2G8KA 2ZIXA 5KTQA 3U4LA 2PMZC 3C7NB 4B3TK 1BA0A 2UVWA 3D7EO 2Q0UA 4UY8O 2BGWA 1SKSA 3HM8A 4J03A 1MA9B 4B1ZA 1ZRNA 3LWMA 1JL1A 1N48A 3DM2A 5M1NA 3D6JA 2OYQA 4LF9K 3VMFB 5AJ3K 4XQ8A 1S1TA 2JMGA 4NLBA 3MGIA 4ELTA 2ZUCA 2HI0A 1TL1A 3PR4A 3HW8A 3VEXA 3UMCA 1ITGA 2ZIVA 3AU6A 2G5IB 4DUZK 3H8MA 2JWKA 4YR0A 3OYFA 3A5OC 4FJ5A 4Y2QA 4BRQA 3NDKA 1O08A 1BPXA 4C4TA 4CGJA 1N33K 1O03A 3P4IA 3ZI4A 4RZRA 2IOCA 3D2FB 1SAZA 4IFEA 3KBBA 1TKXA 4FWNA 7ICGA 2GEMA 2PY5A 3UIQA 3MEEA 3UB5A 3T5JA 3O9UA 2YCHA 2IVOA 2WBNA 4KX5A 4LJXA 1ZQFA 1ZQJA 3QUCA 3SAGA 1XNQK 5KFRA 2JEJA 7ICIA 5KG5A 3AAQA 7ICPA 1WUAA 4OD0A 4KHWA 3ZSYA 2R7YA 2ATLA 5AI8A 2JHDA 3A2FA 2BPFA 3EPGA 3T5HA 3FZHA 3AO5A 3CI5A 1TKTA 2P9PB 4IDKA 3TSQA 3T79A 1HR0K 1OVQA 4K42A 3HP9A 3K4GA 1S0MA 1C6VA 4AILC 3VQPA 3OHRA 3QMLA 3WK5A 3QEPA 3O3GA 2AJQA 4CEOA 4EEKA 4GLXA 4BC5A 1L7MA 2E8NA 5M1KA 2B21A 5DBCA 2IAJA 2XRIA 5AKXA 2R8JA 5BR8K 9ICQA 2WOMA 3R8EA 5EXWA 5HRNA 4DEZA 2IMWP 4CJ5A 4XH1A 4ZTJA 4FM2A 2QB0B 2E8MA 3B8AX 5AQNA 4KN7A 4N5SA 2OM6A 8ICQA 1UHUA 1GLAG 5AQWA 4CHPA 3UXOA 2LYAA 4GIBA 4Q5VA 1HQUA 4OX9K 1T03A 1JXBA 5AKYA 4UAWA 4DOCA 3AVMA 1LCUA 1L6NA 4CGIA 2KK0A 4I28A 5DLGA 3H8SA 1ZQPA 2WF7A 2DPJA 3VQEA 4TUPA 1YUWA 2DY4A 2BHNA 3OSPA 4KO0A 1GLLO 4I7FA 2Q36A 3G25A 1SV4A 2EH9A 2ASPA 3JS6A 3G6YA 2O4IA 2ODGA 4P0PB 4MDAA 3L2UA 1NK7A 3BQ2A 2QWOA 5L1MA 4B1VA 3D2EA 5ALPA 2PFNA 1LW0A 3C95A 2E2OA 4O55A 1XI1A 3C21A 1CLQA 4N41A 4NLGA 5EOZA 3IFRA 5ALSA 1S6PA 1VRUA 4EYHB 3AVBA 1VQ5N 4IEEA 4NL9A 5JUMA 5JVGL 7ICSA 1ZYQA 4RCHA 4KLQA 1WBBA 4LH4A 2YHAA 3ZD9A 9ICXA 3HOSA 5KT4A 5EWGA 4I27A 4CI6A 1D8BA 1NM1A 4JKGB 3NRZA 3ZETB 1XHXA 4DLGA 2IHNA 1Z4NA 2Y0SF 3Q8QB 5C2DA 3PSTA 2KZ3A 3QLHA 1B0XA 1S9GA 4ID5A 4R8UA 1SKRA 2KJ9A 2ZJ8A 4CE9A 4QNLA 5IIOA 3TAQA 5A0LA 2L5YA 4DV5K 4IFYA 4QZEA 4KAZA 3SV4A 2FDRA 3GIKA 3OHBA 1B92A 3NH0A 1L8LA 4CZGA 1HNWK 1NGEA 4EFHA 3MK6A 3H40A 5H2FU 1L3UA 4PZOA 2KFZA 3OS1A 1S72N 4KB1A 3CFRA 1J6ZA 2UVVA 2O8FB 4KH5A 3VEYA 3TSPA 1CXUA 4C80A 4QZIA 2OZMA 3OJSA 2EX3A 4F92B 3WXJA 1KAZA 5KFSA 4P0QA 5HMMA 3RSEA 4FLYA 2ZE2A 2BCSA 3CCUN 4B9VA 1UT8A 3PX0A 1Z6RA 4P2HA 3LDLA 3SMVA 1RXVA 3LYSA 4A8EA 3SQIA 1N63A 1KAXA 5J2GA 1JCGA 1RTHA 2I7NA 3UMGA 3DMJA 3K1ZA 2FXUA 4U7CA 5DG8A 4I2FA 3UKRA 4CBUA 4EX6A 4PHDA 2DFLA 3BJYA 4YOUA 4CNQA 2PXIA 5J0XA 7ICHA 2LSNA 2OZSA 4NCGA 2WAQF 5KFYA 3IRXA 3FZFA 2XICA 3WK9A 2Z1JA 3IUCA 3AAPA 3AVFA 1S1VA 1TUYA 1Q3UA 5ALLA 4FLVA 3IAYA 4DU4A 2GV9A 3PO5A 3KHHA 3CYMA 4QIWC 2CGJA 4MO4A 2OPRA 5AM4A 2K60A 4RQ6A 2HVHA 3FLCO 2BDPA 4BC4A 2ZUDA 2CGKA 3ISDA 2FC0A 4FWRA 4CFDA 2HHHK 3KOOA 4TURA 3AVHA 4PH5A 5KT5A 2WC9A 4FOEA 4PHEA 4JK8A 4AP9A 3C5GA 4F5OA 1UWBA 1KN5A 1MU2A 3TTDA 4DTSA 4FLZA 5HP4A 4OO1J 2D0PA 4RG8A 2P9SB 3WU2U 4YY3K 4MFBA 4DG1A 3DYAA 3LP1A 4NO7A 1QQOA 2E6LA 4A57A 1OH6A 1Z00A 4KN4A 4O3QA 1RT6A 4KHPK 2HHSA 3I28A 3O0FA 4RQNA 5AQQA 5KFGA 4RQ1A 4HAIA 4GFJA 2IOFK 3BZKA 3PR5B 4H5TA 4LSLA 4R66A 4DTPA 3NASA 3M6KA 4YFUA 4FBTA 1LV5A 4CZJA 3F73A 1RG6A 2VYPA 4YORA 3FGUA 5KQ8A 4QZ9A 5AK4A 1KD1O 1XMQK 5AK6A 2XI9A 2Y9TA 4ED2A 1XO0A 2XGQA 2A3VA 1NGCA 3OVNA 4F8RA 3MXIA 1NGHA 3DXKA 2F4VK 3EEQA 8ICHA 1EWRA 3MN6A 3CQXA 7ICOA 3I1YA 1QE1A 4PY5A 4NM2A 1GLJO 2UYTA 2EANA 4F5QA 1RT5A 3RVCA 2A3ZA 4M63C 3QUQA 5GTHU 8ICFA 3MDQA 2PFPA 4I6MA 3CMAN 3TADC 4PL2A 4A5AA 3CPWM 5KFQA 4RT2A 8ICYA 3PW0A 2G8FA 2FLLA 3CQ8A 4Y2TA 2P9LA 4DUYK 2ZG6A 3MAQA 1NWKA 4CJEA 4IRDA 5HRSA 2I7PA 3ZT1A 4BX9C 4FJHA 3LL3A 5C10A 3KLFA 5DMRA 4DR4K 3AVAA 1MA7A 4FWOA 4CEBA 2MAXA 1NMDA 3H3OB 4E89A 4CBXA 2UUBK 4R63A 1RQNA 3HZ6A 9ICNA 1ESVA 5DGAA 4M9GA 3SPZA 1HJOA 4YDUA 3WXKA 2KEYA 2HNZA 4RWTA 2Q4TA 1Z26A 3CHWA 3HKZF 2QARB 3DLEA 2HMPA 2WB1C 4PA1A 2CGLA 2O8DA 8ICXA 3VEZA 3ZX3A 5AKKA 8ICRA 4BJQA 4F72A 3THXB 3ZSOA 2FI1A 2K4PA 2XGPA 2KKZA 3VESA 4CJLA 3U3YA 4O3OA 2ASMA 4BVPA 1U49A 2P5GA 2FPLA 4O8UA 5C24A 3ENHA 1RDBA 3VQ9A 4KLOA 5EE1A 4EENA 1J97A 4ED8A 2CH6A 3QBWA 4FZYA 1Z05A 1A5XA 2ZTEA 4AH9A 1QSSA 1NI3A 2D4WA 1WUDA 4F5PA 4IDHA 3B0XA 3ED5A 1T44A 5KFMA 4WQ4A 3QNOA 1UPHA 4NM1A 3ID8A 2OCEA 5CY4A 3NVMA 4I9QA 4BRLA 3VETA 2YN4A 1RDFA 4RW8A 1FEZA 3NS1A 4F4WA 1FFUA 5DB8A 1S0VA 5C42A 5JLHA 2D6FC 5ALUA 4CJVA 5KFBA 2XIDA 3AVNA 5J2DA 3H7IA 5J0WA 3T19A 1DTQA 4UB3A 2DTUA 2AQ4A 2B6GA 2KIWA 3QE9Y 3VQQA 4NXMK 4OKKA 1V85A 2HF4A 4Y2YA 3I56N 3QFUA 1WN7A 2GH1A 3F53A 3AA4A 4PUOA 3L2WA 8ICGA 4CGGA 2CPRA 5KT2A 2HHVA 3GZFA 1ZQHA 3NAEA 2Y0SC 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2KV2 A;  4O3M A;  2CPR A;  1YT3 A;  1D8B A;  2RHF A;  2E1F A;  3CYM A;  2DGZ A;  4QIW F;  3SAH A;  4CGZ A;  3SAG A;  4NLB A;  2HBM A;  2E1E A;  4CDG A;  1GO3 F;  2MA1 A;  5C0Y A;  3SAF A;  2RRD A;  2HBK A;  4OO1 J;  2HBJ A;  4QJF B;  1WUD A;  2HBL A;  4NLC A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3VF2 A;  4KMO B;  4CF8 A;  5GTI U;  1HNX K;  3IDW A;  1ZBF A;  3ONN A;  1G15 A;  5J2C A;  7ICV A;  1NK0 A;  3ISN C;  4BRA A;  1Q82 O;  2WFA A;  5III A;  2XC9 A;  2X6N A;  1ZQO A;  1WAJ A;  5JRT A;  1YTA A;  2YV0 X;  3V7L A;  2IVN A;  2DKZ A;  2QB0 A;  1LAW A;  1RBS A;  3ICX A;  2HB5 A;  3CJC A;  4AYB C;  2K89 A;  3K1R B;  4KLE A;  4BRE A;  5GIO A;  2P66 A;  2HSZ A;  3WKB A;  1SB3 C;  1Y97 A;  3E0F A;  3RB0 A;  5F9N A;  4M47 A;  1ZQE A;  4O5B A;  4YXJ A;  4ICA A;  3H4D A;  4QAG A;  5DG7 A;  2YNH A;  2QW9 A;  4G9Z A;  3L2Q A;  3QES A;  5J0Y A;  4IQT A;  2UUC K;  1QQN A;  1YAG A;  3O8M A;  3U9Z A;  7ICJ A;  1OH8 A;  4KI4 A;  3RJE A;  1Z19 A;  4DCH A;  2UXB K;  8ICP A;  1SL1 A;  1ZXO A;  4I2G A;  2EWS A;  3H3N O;  1ZBU A;  3VEN A;  4UW9 A;  2N1R A;  3WXL A;  2BCR A;  5F1X A;  3ULE B;  4P0P A;  2DKX A;  1YXQ A;  2ZD1 A;  2E5L K;  3KD1 E;  4QS7 A;  1VSK A;  3LVV A;  4YG2 A;  5F2R A;  5KFW A;  3PSI A;  2BQU A;  3BQ0 A;  2KHO A;  2NLX A;  1U47 A;  4DFJ A;  3UXP A;  4YMO A;  3KK7 A;  5SZT A;  2GLE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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