The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
112
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structure length |
112
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Chain Sequence |
GPGSMVNAFLAKIAAWLNAGYPEGVPGPDRVPLLALLTRRLTNDEIKAIAEDLEKRAHFDHIDIGVLITQMTDEMPREEDIERVRRHLALQGWPLDDPRDGEEPDGESGGPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Different structures for two DUF3349 annotated proteins in the genome of Mycobacterium smegmatis suggest a structural diversity within the DUF3349 superfamily.
rcsb |
| molecule keywords |
Uncharacterized protein
|
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Mycobacterium smegmatis str. mc2 155
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| total genus |
29
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| structure length |
112
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| sequence length |
112
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-10-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11829 | DUF3349 | Protein of unknown function (DUF3349) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LKY A; 2KVC A; 2M0N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DF8 A; 4GFJ A; 3JPQ A; 4Q8E A; 4EX6 A; 4NL9 C; 7ICJ A; 1ZRM A; 2JEG A; 2IOF A; 4TUQ A; 1J97 A; 2QAR A; 4I2J A; 4RU9 A; 2EAN A; 4AYB F; 2JZB A; 2HHQ A; 1ZQY A; 8ICY A; 2YMP A; 3EWA A; 3TAC B; 1BPY A; 4RQ0 A; 3KHG A; 3GII A; 3N7R C; 3UPQ A; 5KL8 B; 5KNI A; 2B21 A; 5KFE A; 4DL6 A; 3FM9 A; 1S0V A; 3QU7 A; 3PW5 A; 2M9N A; 4F50 A; 1SGG A; 2FPL A; 4DLE A; 8ICU A; 4F2R A; 3RJH A; 5B5E U; 1RXW A; 4YR2 A; 4NL9 A; 4DFP A; 3CP8 A; 2XGQ A; 5KT7 A; 3K4G A; 2HHU A; 3GIK A; 9ICO A; 3EPI A; 3HX0 A; 1S8O A; 2A1J A; 4WJ3 B; 1U9L A; 3TAD C; 4K4G A; 4ED3 A; 3JPR A; 1RYR A; 1VJ5 A; 1D8B A; 1ZQG A; 4FS2 A; 2E1E A; 5ALN A; 3RB0 A; 1IXR A; 3MR6 A; 4J9S A; 2V9W A; 3QEA Z; 3FC4 A; 4M9L A; 4F8R A; 5J2G A; 5L1L A; 4Y2Y A; 4KLS A; 4DS4 A; 2NRV A; 3H4D A; 4OJL A; 4DFM A; 1M6Y A; 4C8O A; 3UQ0 A; 1L3U A; 9ICL A; 4OD0 A; 4DO9 A; 5F3X B; 4B6J A; 5D46 A; 4GC7 A; 1FFV A; 1DGJ A; 2G09 A; 4ED0 A; 4P4O A; 3SAH A; 5KFK A; 1B22 A; 3N28 A; 4KLL A; 1WYG A; 2QB0 B; 1ZQW A; 5DBC A; 5J2D A; 4QJF B; 2MRL A; 4F3O A; 1ZQK A; 1L5U A; 3ONN A; 2R18 A; 1TE2 A; 7ICK A; 4F5O A; 3UM9 A; 3BQ2 A; 1PK3 A; 3GDX A; 2G06 A; 5KFL A; 4GXI A; 3NUQ A; 5BPC A; 3QUT A; 5AM5 A; 2JR5 A; 2UVW A; 1ZQC A; 2WB1 C; 4JWN A; 4YXM A; 4PHA A; 3JPT A; 3T3F A; 1X9W A; 2UVU A; 1JRO A; 1XU4 A; 4F92 B; 3SAF A; 3QZ7 A; 2C2D A; 2K4P A; 3V6K A; 4MHV A; 4FFD A; 4RQM A; 3TFR A; 1RM6 C; 2ZXI A; 2KIW A; 2NRW A; 1UT8 A; 2BR0 A; 9ICV A; 2C2E A; 1KL9 A; 4UAR A; 4QZ8 A; 2YX8 A; 9ICX A; 5J2F A; 4NWI A; 4IR1 A; 5ALQ A; 4PGX A; 1BPD A; 1RDF A; 4I2E A; 1KFD A; 2HBM A; 4FO6 A; 4EEN A; 2E5S A; 2ZTC A; 2XIC A; 1S5L U; 2LM4 A; 4Y2S A; 4M9N A; 1JX4 A; 1S0M A; 1SB3 C; 2KIV A; 5ALY A; 3PW2 A; 5JUM A; 3WKE A; 2HOI A; 2WHE A; 2K8C B; 1ZQD A; 1NJW A; 3AL0 B; 5ALI A; 4FBT A; 4NM2 A; 2BCR A; 2LI6 A; 4RZR A; 1ZQL A; 2ATL A; 4TUR A; 2HBK A; 4FS1 A; 1JN3 A; 2Y9T A; 4C8M A; 3Q8K A; 4DQP A; 4DL2 A; 1QH9 A; 3IG8 A; 2C28 A; 3VCB A; 2WF7 A; 4O3Q A; 4RNO A; 2OM6 A; 4DLG A; 8ICW A; 4OJ6 A; 3E2E A; 3QUC A; 3I1Y A; 3ICX A; 3ZDE A; 4KX3 A; 4Y2Q A; 4YN4 A; 2HMX A; 5DG7 A; 2YMM A; 4XQ8 A; 2GO7 A; 3H8W A; 5ALM A; 3UXP A; 1T7P A; 1RZT A; 1X66 A; 1XWL A; 4YQW A; 4DCC A; 3GFK B; 1T4G A; 2OHF A; 3BZK A; 5KFH A; 1XSL A; 3Q8M A; 5CHG A; 2W9A A; 4XUS A; 4OJ5 A; 4R65 A; 4R8U A; 5HR7 A; 2K60 A; 1FO4 A; 1JIH A; 4O3P A; 1NK8 A; 3G6Y A; 3C5G A; 3SAG A; 3RJG A; 1KW4 A; 3OHB A; 1XO1 A; 1JXL A; 9ICW A; 3AMZ A; 3QU5 A; 4YMN A; 2PXI A; 1GO3 F; 5J0X A; 1KBU A; 1IV8 A; 2EAO A; 2UVV A; 4I2H A; 3MBY A; 1KKX A; 2YML A; 3QUB A; 3OHA A; 4YD1 A; 4O9M A; 1PVQ A; 2OCE A; 2KZ3 A; 2HBL A; 3KD3 A; 1L3V A; 4NM1 A; 1S77 D; 2DF4 B; 3QEB Z; 3J81 j; 2J6S A; 7ICG A; 4O0I A; 4J9R A; 3F5A A; 3LWL A; 1Z19 A; 1ZQM A; 2MSN A; 3HKZ F; 5C5J A; 4DF4 A; 3HWT A; 2XO7 A; 3BQ0 A; 1TAQ A; 2W9C A; 3WKC A; 3CW2 C; 5CWR A; 1COK A; 5KFP A; 4J9N A; 1QQ6 A; 4M47 A; 3N7S C; 4IQW A; 1VLB A; 2D6F C; 2C22 A; 2ZIU A; 4DWI A; 3IP4 B; 4BDP A; 4BUG A; 5ALR A; 1L7O A; 2BQU A; 2FI1 A; 4A8E A; 2KFN A; 5KFO A; 4M0A A; 5KFX A; 3F53 A; 3HW8 A; 3OTQ A; 5DB6 A; 5AM4 A; 4RQ3 A; 4DQI A; 2WFA A; 2ZJ5 A; 5J0T A; 3RBD A; 3TAP A; 3B0Y A; 3M7D A; 1ZQQ A; 1NK7 A; 4LVS A; 2WF8 A; 4GLX A; 4JK1 A; 3NGD A; 5DDM A; 1Z00 A; 2PFN A; 3DEE A; 4RUC A; 4IQV A; 1NZP A; 4Y2T A; 2KSO B; 4QZA A; 5DQG A; 2I9G A; 2W43 A; 8ICG A; 2Z7J A; 1N60 A; 2AJQ A; 3C1Z A; 4C8N A; 4O3O A; 1ZQA A; 5ALE A; 1H38 A; 1KDH A; 4TQS A; 4CNQ A; 4J9K A; 4FZN A; 4PJ0 U; 1U4B A; 4KMU A; 2NO4 A; 4X5V A; 2JEI A; 2VJ4 A; 1TK5 A; 1MC8 A; 1JI7 A; 3KBB A; 1OXJ A; 3IM1 A; 4JMU A; 1B4F A; 2GOL A; 3B9J A; 1HUO A; 4BXO A; 2ZIX B; 5L1K A; 2KZZ A; 5KT3 A; 5J0R A; 4P0P A; 2JEF A; 2WTF A; 4C80 A; 3F2C A; 2Y1J A; 1U45 A; 4OJP A; 2R8J A; 5AKK A; 9ICA A; 5ALG A; 5AK6 A; 8ICX A; 4P0Q A; 2AGO A; 1Q3V A; 5JTI A; 2HHV A; 4RQ8 A; 5KT2 A; 2FDR A; 3NRZ A; 2XY7 A; 5J2I A; 4KN4 A; 1XS9 D; 7ICF A; 5ALK A; 1K1S A; 3LYS A; 2W04 A; 3CYM A; 8ICL A; 1JXE A; 4UB8 U; 4JWM A; 2A1A A; 1QCK A; 5KG0 A; 1X2I A; 4Y2P A; 2ZIV A; 4YR3 A; 4QZB A; 3HPO A; 4MFA A; 4Y2V A; 4OJO A; 5DG8 A; 1J2M A; 1OW5 A; 5AM0 A; 4IQT A; 1SV0 C; 1DK3 A; 4QZF A; 4RPY A; 5KT5 A; 3BZC A; 1D9D A; 4KLT A; 3H4B A; 3RR7 A; 7ICL A; 2P6U A; 5IIO A; 3WKA A; 3SMV A; 5KG2 A; 5AIB A; 4M9H A; 2F76 X; 1Z4O A; 4O5E A; 4ED7 A; 4I2A A; 4J9M A; 3A0H U; 2ZTE A; 4DSI A; 3NVW A; 5KT6 A; 3GIL A; 4B9M A; 1U47 A; 3HIL A; 3T5H A; 1T3Q A; 3UXO A; 4J9O A; 4ECZ A; 3RB4 A; 2QB1 A; 3QNM A; 2KKV A; 4RQN A; 1SV0 A; 2LKY A; 4XA5 A; 4I2B A; 1SL2 A; 3Q8P B; 4B9V A; 3KTQ A; 1UPH A; 2WF9 A; 3M9O B; 5KFQ A; 2RQ5 A; 1MQ3 A; 4DL5 A; 5JRT A; 3OSN A; 1A6S A; 3PR4 A; 2KP7 A; 1NNL A; 4R66 A; 2MAX A; 1SWW A; 3NTU A; 3NVV A; 2EH9 A; 5ALL A; 3AN1 A; 3Q8S B; 4EEY A; 3AQE A; 2HHS A; 4US9 A; 1SL0 A; 5TIS U; 4PZN A; 1QLN A; 3N7P D; 4YMO A; 4JV2 A; 2VA2 A; 4I2G A; 5BOL A; 4P2H A; 4M6W B; 2KNJ A; 1NZB A; 4UAT A; 4B9T A; 4UAY A; 2PI4 A; 2YB1 A; 5KTQ A; 2O6K A; 2OXO A; 3EUB 2; 3M6K A; 3H40 A; 4F5P A; 4YCX A; 4F93 B; 4K4I A; 3C21 A; 3THV A; 5IIK A; 4RQ7 A; 3QYP A; 5ALH A; 1ZQE A; 5CA7 A; 3QU9 A; 2LHT A; 2YN4 A; 3ZDD A; 4ELV A; 3MDC A; 2BDP A; 1HIW A; 2IA6 A; 4O3M A; 3PZP A; 4NXZ A; 2K8A A; 4ECQ A; 4EBD A; 2KOB A; 2F8L A; 2ZXH A; 1V97 A; 2PFO A; 1RYS A; 4DS5 A; 5L9X A; 3SD7 A; 2F8K A; 1LVH A; 2JRZ A; 5AI4 A; 4Z6D A; 5KFA A; 4KTQ A; 4OCZ A; 4PL2 A; 3GQC A; 4MEY A; 1V9P A; 2R8I A; 2HHW A; 1BPE A; 2PMZ C; 3IV6 A; 4F91 B; 3KZI U; 5DLG A; 2FE9 A; 3EZ5 A; 3MC1 A; 1ZQF A; 4UB5 A; 1S9F A; 3V7J A; 2YMQ A; 3H8M A; 4KLF A; 3RR8 A; 2Y0S F; 2AQ4 A; 2AXT U; 1ZQT A; 2QAR B; 2W8L A; 5AKL A; 2LM1 A; 4R63 A; 5K4L A; 2VKQ A; 1XSN A; 2OWO A; 5KAF U; 2IMW P; 2G5I B; 2FLL A; 4M9G A; 1L7N A; 5J8Y C; 9ICI A; 3QX7 A; 4C4T A; 2ALZ A; 2JXJ A; 2F3N A; 4US8 A; 3H0L B; 3TAQ A; 4C4S A; 3KHR A; 1SXD A; 4TQR A; 1S0N A; 2YB4 A; 1ZQH A; 4F5Q A; 2HDO A; 3WK5 A; 1P7D A; 3Q8L A; 1DK2 A; 1RXV A; 4J03 A; 2AGP A; 2AU0 A; 1NK6 A; 2JMG A; 4DEZ A; 4QNL A; 5III A; 1S0O A; 2W8K A; 3F2D A; 4U7C A; 5J8Y A; 2ZJA A; 2HCF A; 4MFF A; 2BPG A; 2W3S A; 3RJK A; 1Z1B A; 2K4H A; 3WU2 U; 3M6Z A; 1HUZ A; 5DGB A; 1DRG A; 8ICP A; 4HAI A; 5KFG A; 4UB6 U; 1KN5 A; 4DOB A; 1ZD3 A; 2D8C A; 4BWM A; 5DB9 A; 5KAI U; 1KLN A; 3TAN A; 1PVR A; 5KFV A; 4DSF A; 5ALW A; 7ICE A; 3OJS A; 5CRX A; 4M04 A; 5AI5 A; 1FFU A; 5DGA A; 4B9U A; 8ICO A; 4F4K A; 5DG9 A; 5AI9 A; 1RPL A; 4M2Y A; 4ELT A; 5J0Y A; 4PGQ A; 4NLG A; 3D6J A; 3SEN A; 2E1F A; 3SR6 A; 1WG8 A; 3HJE A; 3ISC A; 3GV7 B; 5KG3 A; 5KFU A; 3IG5 A; 5CJ7 A; 2DFL A; 9ICG A; 4PH5 A; 1N56 A; 5DKW A; 5KG7 A; 2CPR A; 3PST A; 4PL1 A; 3M9N B; 3RTV A; 1N2X A; 5G5G A; 9ICE A; 2H3Z A; 3ALR A; 4QZE A; 4KN7 A; 4DQR A; 8ICM A; 2AH5 A; 4UAS A; 1NK0 A; 5KFR A; 1ZQR A; 2NYV A; 3OGU A; 2PKE A; 2JH1 A; 5DBA A; 1L8L A; 4UB2 A; 3PMN A; 8ICS A; 4KLH A; 3IHQ B; 3K75 D; 4DFD A; 4YG2 A; 2IHM A; 5DB7 A; 4KIT B; 8ICN A; 2P35 A; 2PFP A; 4AYB C; 2JGA A; 1ZQO A; 2LYA A; 2E8P A; 3PSP A; 2BQR A; 4EYH B; 4F5R A; 4F5N A; 4RT3 A; 4RQ5 A; 1CI4 A; 7ICN A; 2HW3 A; 2EQY A; 2LBO A; 3N4M B; 2PI5 A; 2YQE A; 3TQ1 A; 1SL1 A; 3WK7 A; 4F4Y A; 5ALV A; 2F77 X; 1ZJN A; 1ZQU A; 4UAV A; 5AM2 A; 5IIM A; 1KFT A; 2Y0S C; 1UQV A; 4BWJ A; 1CRX A; 5F9L A; 5CR0 A; 2KK0 A; 3QE9 Y; 3SEI A; 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3OPX A; 3PW0 A; 1C20 A; 1QSY A; 2XCA A; 3PW4 A; 1BPB A; 1V85 A; 3GIJ A; 3BS5 B; 3H0M B; 5KG1 A; 1S97 A; 1RQL A; 3TFS A; 1BGX T; 1D8Y A; 4YXJ A; 5JU5 A; 4NLN A; 5EOZ A; 5HNK A; 2IBK A; 1HEK A; 1ZQZ A; 5AKE A; 3L3F X; 2IOF K; 4EBC A; 1UA1 A; 4UAW A; 2H3Q A; 1QSL A; 3HRD D; 1L3T A; 4EBE A; 3DDH A; 4RNM A; 4B9L A; 1YZ6 A; 3KKA C; 2ASJ A; 3MGH A; 5CB1 A; 2BQ3 A; 4UBC A; 2WAQ F; 2DBY A; 2ZIX A; 5EE9 A; 9ICB A; 4NV0 A; 4BX9 C; 5AKG A; 3WK4 A; 5EWF A; 2ZTD A; 4I28 A; 2K89 A; 1NKC A; 2W7O A; 2G5H B; 4MF8 A; 4FZM A; 4NLC A; 1UA0 A; 2ZIW B; 1FIQ A; 3H8J A; 4FE3 A; 1PZN A; 2KFZ A; 3T5K A; 5L1I A; 2BPC A; 2AQ0 A; 1CEZ A; 4P4P A; 2R8K A; 3JPS A; 1MN8 A; 4IRD A; 5KFZ A; 3LWM A; 2JHD A; 3KKA A; 1AQ6 A; 3RH6 A; 5DQH A; 3S6J A; 2MUT B; 3F2B A; 3PV8 A; 5DB8 A; 5H2F U; 4KLE A; 1ZQS A; 1L7M A; 3LVW A; 1ARO P; 1DOQ A; 1KQQ A; 3ZD8 A; 4DQS A; 4F72 A; 4OO1 J; 2DWQ A; 1ZQ1 C; 1DXS A; 4PHE A; 3LK9 A; 4QZ9 A; 9ICC A; 5HP4 A; 2KZM A; 1TVA A; 5GTH U; 9ICP A; 2RDI A; 3UMG A; 3NAS A; 3UXN A; 3NVZ A; 4DOC A; 1TV9 A; 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