4PL1A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli with s-adenosylmethionine
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
KINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of a cross-linked protein-nucleic acid substrate radical in the reaction catalyzed by RlmN.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dual-specificity RNA methyltransferase RlmN
molecule tags Transferase
source organism Escherichia coli
total genus 108
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2014-05-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 4pl1A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pl1A02
3YPIA 4NNAA 3TIMA 4UFIA 1NF7A 3NQVA 1VCFA 2VC6A 4I9AA 4C1LA 1K8YA 1A50A 1P4CA 3TXVA 1PL9A 2A2IA 3L5AA 5CSSA 5CG7A 2GVJA 3WJSA 4AEOA 2NX9A 3HG2A 2WSQA 3IGUA 4ALDA 1YPFA 3GXTA 3PBVA 3CIXA 5CSRA 1DVJA 2XN2A 3A5VA 3G22A 2X1SA 4DQWA 4PCFA 2A6NA 3O16A 3T55A 1I2NA 2A6LA 1G4EA 3I7RA 4FIRA 1KM1A 1LRNA 3QRHA 1XC4A 5H2ZA 1Z44A 5K9DA 1OK4A 2A7NA 5HUPA 4FXRA 2Y62A 1ZENA 4P61A 1ALDA 3O63A 3HJZA 2DZVA 1H1ZA 3EXTA 1OX6A 4N4QA 3DHDA 3T78A 5I3IA 3HO8A 3PF3A 1LRQA 4MJZA 2BSLA 4UCGA 3UWZA 1SU5A 1HG3A 3LM7A 4RR4A 4MIMA 1VLWA 1EUAA 2H8XA 2DZTA 1AW1A 3W23A 3GYEA 2QCFA 2GVGA 1W5NA 2FB2A 5CZ0A 5D2WA 1FY6A 4LW7A 4NU7A 2JKEA 1Q6QA 2BWGA 4UTKA 2ABBA 4FX7A 3LRLA 1GTEA 1SFLA 5E0KA 2QCEA 3TA6A 4K38A 1XCFA 2CWNA 3EX2A 5AHEA 3HIJA 3L68A 3NXFA 5BMXA 3S1WA 4ONVA 3T44A 3W7OA 1DKWA 4RLIA 2B7QA 4JN6A 4JEQA 1SZNA 1H7RA 1WDWA 3C3NA 1W5OA 3N2MA 4UFLA 5ABTA 4RK8A 3LV5A 4LC6A 2FIQA 4LS1A 3P74A 3NVTA 5AHNA 3W87A 4BWLA 1PCKA 5IM51 2YR1A 1FWRA 3KXQA 3NQGA 4M7SA 1FCQA 3W2UA 2PC4A 4XWUA 3THAA 1SW0A 3CPRA 3TJXA 1DV7A 2OZ0A 3GXNA 4ML9A 1KA9F 1LOLA 5BRBA 5D37A 4MLJA 1J4EA 4FNQA 3W2NA 1KFBA 4R7JA 1KTNA 1H7PA 4UTWA 3P7YA 4JY8A 5HR6A 1ZAHA 4Q4KA 4O17A 5H91A 5D2VA 3JRKA 1KM0A 4H4IA 1SW7A 4KKXA 3W7PA 3W85A 1H61A 1TTQA 4H6KA 1I4NA 4CQAA 5DN1A 4MKNA 5K4ZA 1TPFA 4OGZA 4UIOA 3GDLA 3PM6A 1OK6A 1OX4A 1LBFA 2WNZA 4WQ6A 2ZTJA 4GWEA 3W7GA 3DI0A 4DO6A 3D0CA 4WY0F 2Q3RA 3DGRA 3G3MA 2JGQA 1BTMA 5AHIA 4HNVA 1VHNA 1G69A 1LTDA 2YCEA 1TPH1 1SQ7A 3HPXA 1XI3A 3QJAA 2V0TA 4FXSA 1VRDA 3P5ZA 1LBMA 3FA5A 1PV8A 5LNUA 3IVTA 3Q58A 3C2OA 5F1VA 1QR7A 5HNRA 1O5XA 3N9SA 1R30A 4ORIA 4MFDA 2B0MA 3P60A 4XTDA 3B03A 2YXGA 3G1AA 5F4SA 5FEXA 5F2MA 1EP1A 4IXHA 2I9EA 4NJGA 1WYIA 3VE7A 2F7FA 1TPB1 2X1UA 3KX6A 1ICQA 2VEPA 3W1XA 1L6WA 3QZEA 4UTHA 1FCUA 3CHVA 3Q2DA 4DF0A 3M44A 5CPNA 2LLEA 4GJ1A 2ISSA 2YYTA 5I3KA 1TCDA 3VNDA 1MXSA 3RU6A 4ADTA 2ZZ4A 1GVOA 1F2JA 4RJEA 1W3IA 5D03A 3F1QA 5EL1A 1GT8A 4PC8A 4S2BA 1VQTA 1X1ZA 1TIMA 1Q45A 2EPHA 5KINA 3HG4A 4AB4A 4JTTA 3EXRA 5EKYA 3DFNA 3H54A 5C54A 3EX3A 2RDTA 4M6QA 4NX0A 3EB2A 5EA9A 1XBXA 1FWWA 4DBDA 3PS7A 4OV9A 1CI1A 1OHLA 1PIIA 3VFLA 3W1MA 1IXOA 2TSYA 3BO9A 3BGGA 4ZL1A 1X6UA 1KBJA 1YXYA 2V30A 2GUUA 4XKYA 1EWDA 1AL8A 1O94A 1IGSA 3B4UA 3W72A 5LSMA 1RQHA 3DFOA 2V82A 4N2YA 4UTTA 2VFEA 4Y90A 2E5DA 1ZAJA 3PB2A 1HL2A 3NQ6A 3P5YA 5L9FA 3EWUA 1HO1A 4OWGA 2JBMA 1F05A 3RFAA 4LC8A 3NPXA 4UTJA 4DXVA 3NO5A 2V81A 1H7WA 3TCEA 4O10A 1KLYA 3R13A 3KRUA 1TPEA 3M5ZA 1OJXA 3W3OA 3LOTA 3NM1A 1LOQA 1XFBA 5F2GA 1P0NA 1PS9A 1DJNA 2C0AA 4S2CA 1XBZA 4HSOA 4LVGA 4IPIA 2NLIA 5CPOA 1TQXA 2ZYFA 2E68A 3LI1A 4CCDA 3NZ1A 2QCCA 4QQ3A 3LLFA 1WOAA 4O1AA 4IMCA 2Z1BA 5J5DA 4PODA 1EX5A 3QFEA 5LZLA 4O50A 1RQEA 5U7SA 3EX4A 3KOFA 1IIHA 4PTNA 1AK5A 3G18A 4UXDA 4DO4A 1BWKA 2ABAA 1A53A 1SR9A 4PH6A 1DOSA 1WBHA 4JTUA 4CQ8A 4AHOA 1LZOA 4O19A 2NX3A 2Y7FA 5AC6A 4QAIA 4PL1A 5FEZA 3TROA 2AAMA 1GZGA 3BK0A 1OFRA 4KWVA 3C0JA 5G1TA 3TSMA 3BG3A 3P67A 4LUIA 1KM6A 4RZ6A 1R46A 4IMDA 3S5NA 4O18A 3C56A 2FPVA 4DF2A 2J27A 3W7MA 1IF2A 3HQ1A 1GG1A 3NPUA 3S5OA 4TMCA 4WX2A 1P0KA 3FIGA 2RFGA 1W54A 1G7VA 1QOQA 4K39A 3FKKA 4G1KA 2CZEA 3STCA 1H63A 1YTDA 2YGYA 4UFHA 2NUXA 3P80A 4YLWA 3L5MA 1W56A 4I7WA 2IQTA 3TSDA 2QAFA 4MZ8A 5DCDA 2GJNA 4JNMA 3P8IA 3UWUA 3FJLA 2P1FA 3L0KA 2E6AA 2JKPA 2XN1A 4N9EA 1TPVA 3QW4B 3SI9A 2E5BA 4RZ5A 1W5MA 4O1CA 3W6YA 4NX5A 1B4KA 5EPDA 3IV3A 4ZQOA 3TW7A 1RD5A 1SUXA 3UQNA 2CLMA 5LNRA 4CNPA 2WJZA 5BOOA 1KV8A 3GNDA 1QWGA 2DJXA 3JS3A 4HNNA 2WSRA 4FHAA 3QQ1A 2H6RA 1O4UA 2QJHA 4FO4A 3OIXA 3CM4A 2OMAA 3UXAA 1M6JA 3TC7A 1SFJA 1RQBA 5D33A 4XUGA 3NL2A 4EVZA 3S1VA 3M47A 4Y9AA 1KBIA 1VS1A 3DFSA 2JKAA 2ZA1A 1PHWA 2HSAA 1TSIA 5AHLA 4NZJA 3TK7A 1OYAA 1UUOA 1GVFA 3SGZA 3TDFA 1WQ5A 4UFKA 3N19B 2YX0A 1AW2A 3W84A 1UB3A 3GLCA 3N73A 3QMSA 4KFOA 3CQ0A 3QMTA 3W88A 3K30A 3MP4A 3GDRA 3TFCA 3GDMA 3TNOA 3W1NA 1TPWA 1YADA 1K7EA 3IVSA 5K7JA 2GVLA 5LGXA 2D73A 3EKLA 3IRDA 1UBSA 4K36A 4KFNA 1TV8A 1OVDA 4O1BA 2ZRXA 3GK0A 1GYLA 1JUEA 1FDJA 5BMWA 4MFEA 4E38A 3Q94A 5LKYA 1ZAIA 4OT7A 1PCWA 5HMSA 2WQPA 1I8JA 1JUKA 2X1RA 1TPC1 3LXBA 5I3JA 1WOBA 4MY1A 5SWUA 2E5CA 3C4UA 3P61A 1XUUA 4FNPA 1GVRA 4KFPA 5DY2A 4JTFA 3HG3A 1NFBA 4JX5A 4AVFA 2F84A 3FJ6A 2VFDA 2DZXA 1HO4A 5D02A 5G4EA 1VH7A 5HWJA 3BW3A 2TRSA 4NJIA 5HQEA 2NWSA 3DZ1A 2RDWA 4OE7A 4TR9A 3ELFA 1FQ0A 1ZCOA 3NQEA 4A2SA 3HPSA 4JIPA 5TBOA 3RNDA 3S5YA 5LNVA 3MUXA 1U5JA 4M6VA 2YDAA 5I3HA 2QCNA 5D09A 1Z41A 1GOXA 2G5WA 3DU0A 3HGSA 4NNBA 5A8GA 2C14A 2A7RA 3GDKA 2NX1A 3HPZA 3WJWA 4BWLC 4CCCA 3G1VA 1AW5A 2QUUA 2O7QA 3WK2A 4AHQA 3DFQA 1FXQA 4JICA 4O16A 5KZEA 3PSVA 3QSRA 4O28A 4JTLA 3NPVA 1LCOA 3Q37A 1T99A 4XBKA 2Q8ZA 2CFFA 1YXDA 8TIMA 3LHWA 3P62A 3UWYA 1KFJA 3FEMA 4UTWC 3M5YA 4Z1DA 3S9YA 5CZSA 3WJXA 1WBJA 4A2RA 5T26A 3B04A 3M5XA 4FNRA 7TIMA 4JDBA 1KTBA 5C5YA 1H60A 3SZ8A 1TV7A 1JCJA 1I45A 1D3GA 3R89A 4O4WA 4Q33A 5G5IA 5LHFA 2ZRUA 4HNTA 1QNVA 1RV8A 1THFD 1M7PA 3S1UA 1OFBA 3M16A 1EA0A 4XKYB 2FPTA 4QJ1A 3EWYA 1T96A 1SZFA 2JGYA 1YYAA 3LHVA 2FPYA 3ZWSA 2AGKA 4UC5A 3ATYA 2NXGA 2C3ZA 3GXPA 1IIGA 2NUYA 3WJZA 1YDNA 3NZRA 1H1YA 5IBXA 1VCVA 3I7QA 1O60A 4PA8A 2CLLA 1ZNNA 3PSWA 1BKSA 4TMBA 1ME7A 1A5SA 1IXNA 1V7YA 5KSWA 2OX1A 2H90A 2OCZA 3NL3A 2A85A 3M41A 4C1KA 1TV5A 5FI8A 3FYPA 3MHUA 1S5VA 2FJKA 3O6YX 4NXSA 1OFPA 3KAOA 4JTHA 4Y8FA 4YCOA 1F76A 1XUZA 2Y7EA 1H7NA 2KZHA 3W73A 4XTIA 3NQFA 4LY8A 2YYUA 3TXZA 4A22A 5D38A 1XL9A 3LB0A 2VFIA 1PVNA 4RZ4A 2VEIA 3W7RA 2DORA 1G4PA 2E1DA 5D30A 4M19A 5HUOA 1SSGA 4IPJA 2Y88A 4JYFA 4N4PA 4Z0JA 1QMLA 1DHPA 4MY8A 3STEA 3WK0A 5KZDA 4JYEA 1UUMA 4O54A 2BTMA 3PBUA 2NWRA 5KMYA 3P8JA 2A21A 4LOCA 4WXYA 3ATZA 3LERA 1YTKA 1Z48A 1A5BA 4JTKA 4N9CA 1BEUA 3GKAA 2JK2A 1TRIA 3W2LA 3GNNA 4LWWA 3B0VC 3QPYA 1O5KA 1H5YA 2XFWA 3CB8A 1M5WA 5G2HA 2BZNA 4QISA 5DCEA 1XXXA 3VI2A 3G0XA 2YPIA 2C13A 4IMGA 4NZFA 1G6CA 4TO8A 1DJQA 1XBVA 3R5EA 3B8DA 2GQ9A 3N2XA 3LGEA 4LU0A 1H51A 1ICSA 3DHFA 2W79A 3CWOX 4YCPA 4W9TA 2A5HA 1YXCA 1AG1O 1F5ZA 2YZRA 3LLDA 1JCNA 1XBYA 4NJJA 2C16A 2NXIA 4FF7A 4WD0A 3W7EA 3R2GA 2VELA 3I7SA 1TJPA 3CEUA 1VGAA 2RDUA 4GC4A 1NAL1 2P10A 4RV8A 1GWJA 5EYWA 3B0UX 3S0CA 1PHQA 4OHQA 4U4MA 1ML1A 3V1PA 1MZHA 2FB3A 1HUVA 2ZQ0A 1GQNA 3W1PA 1ME8A 1O95A 3MO7A 1KM3A 3L5LA 3LBCA 4GBUA 1TREA 1B57A 4JY9A 3PG9A 4LV4A 1RZMA 3UPBA 1UJPA 4R33A 4BFAA 2Y7GA 2Z0IA 2ZA3A 1LOSA 1R2TA 3N34A 1TYGA 1DQXA 3T7VA 5AB3A 3QYQA 2A0NA 1AL7A 3IIZA 3GZ3A 4I7VA 3W1UA 4BI7A 4L4LA 3SFKA 4HSNA 4UUIA 3MHGA 1OX5A 2VFFA 5GVJA 1OABA 4RXGA 4ZQRA 1H62A 4HKPA 2BXVA 3KVLA 3LXAA 3PUEA 4X2RA 1V5XA 2C15A 4CNOA 1YLVA 3C8FA 3OEXA 3HGRA 4HHPA 3PVFA 5CPLA 2CZFA 3IIOA 2WOQA 4Z0SA 4WUIA 5TQLA 1B3OA 3PBWA 3DI1A 3G24A 1C9DA 3W7DA 1DORA 3G8EA 2ZZ7A 3BV4A 4JR5A 3NQ8A 3G0UA 3L67A 2CLEA 1TPUA 4UFMA 4FIQA 3UWWA 5K9CA 3ABSA 4WJEA 4JTGA 3HB9A 2WKJA 5G4WA 4BR1A 4A21A 1Q6LA 5MHBA 3DXIA 3OA3A 2PRMA 5KTLA 4UMBA 1UASA 1KTCA 4Y6GA 5DXXA 5F1UA 4LV9A 4IUOA 4NJKA 4UNLA 3B0PA 3PG8A 1QOPA 4Q32A 1SZGA 4AH7A 2E6DA 4IMFA 3TV8A 3NPWA 5D04C 2A4AA 2VFHA 2AQWA 4GUFA 3N9RA 4UNKA 1G7UA 3G1XA 3INPA 1HTIA 2OT1A 3PUDA 4B5NA 1H7OA 4JD4A 1ADOA 3BLEA 2E6YA 5KITA 3MWAA 1YTEA 3DBPA 3OVQA 1JRCA 4IWWA 2G97A 2QF7A 3G8RA 5AYZA 3GR7A 1FCBA 3L2IA 1JJKA 3ZFHA 4YXGA 3KVKA 2Y6ZA 3U6WA 5D2TA 1FCVA 3C2VA 3TC6A 4IMEA 3LCLA 1SPQA 3NNTA 4RCXA 3SJ3A 2V2DA 3TAKA 3THQA 2I14A 4E2DA 2VEKA 2EKCA 5HINA 3A21A 3F4WA 3H55A 1ME9A 2QCGA 4O11A 1FDZA 3C61A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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