The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
110
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structure length |
110
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Chain Sequence |
MITFADYFYQWYEVNKLPHVSESTKRHYESAYKHIKDHFRHKLLKDIKRTEYQKFLNEYGLTHSYETIRKLNSYIRNAFDDAIHEGYVIKNPTYKAELHASVLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus atcc 15305
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| publication title |
Solution NMR structure of a phage integrase SSP1947 fragment 59-159 from
Staphylococcus saprophyticus
rcsb |
| molecule keywords |
Integrase
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| total genus |
36
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| structure length |
110
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| sequence length |
110
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-04-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14659 | Phage_int_SAM_3 | Phage integrase, N-terminal SAM-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KKP A; 3C29 A; 2KJ5 A; 1Q3U A; 4ACO A; 2KD1 A; 2KEY A; 2KJ9 A; 2OXO A; 3MGV A; 3CRX A; 2HOF A; 2CRX A; 2KHQ A; 5CRX A; 1Q3V A; 1DRG A; 1MA7 A; 2KKV A; 1PVP A; 2KHV A; 3C28 A; 1P7D A; 4A8E A; 1F44 A; 1Z1B A; 1OUQ A; 2A3V A; 2KJ8 A; 2KOB A; 1XNS A; 1A0P A; 3NRW A; 1KBU A; 1CRX A; 3LYS A; 1NZB A; 2HOI A; 1PVQ A; 1PVR A; 1XO0 A; 1Z19 A; 2KIW A; 4CRX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1ZQW A; 5J0Q A; 1J97 A; 4NL9 A; 3RB0 A; 5KFU A; 4PGQ A; 7ICK A; 5B66 U; 1T7P A; 4Y2U A; 8ICU A; 1ZQY A; 3C2M A; 2JR5 A; 3TFR A; 4M9G A; 1N48 A; 2JV3 A; 3LVV A; 3RFA A; 1CRX A; 2RDJ A; 2EAM A; 4K4G A; 3RRH A; 4DL3 A; 1SKS A; 3EPI A; 8ICV A; 3JPQ A; 3LWL A; 4CRX A; 2LM4 A; 3IV6 A; 5ALL A; 4LVS A; 2RRD A; 5ALI A; 3N7R C; 4Y2J A; 4M2Y A; 4UAT A; 5AIA A; 7ICQ A; 4NY8 A; 2JMG A; 3AUO A; 4QWC A; 4USA A; 4PPX A; 8ICZ A; 4UB5 A; 5J0Y A; 3IM1 A; 4XUS A; 2R8H A; 2XCP A; 4F8R A; 2V4R A; 3GIJ A; 2W3S A; 3BS5 B; 4EYI B; 3QU7 A; 1L5U A; 2HHV A; 5AHX A; 1NKC A; 2CXY A; 2YB1 A; 3MAB A; 2K60 A; 4UB2 A; 4RQ0 A; 5C5J A; 4DSI A; 8ICE A; 8ICY A; 3OPX A; 1Q8K A; 1D8L A; 3WKC A; 4J9S A; 2R18 A; 5EWE A; 3LYS A; 5T14 A; 1NJZ A; 2NO5 A; 1KRP A; 2ZIV A; 3MDA A; 5HML A; 5KFP A; 4PZN A; 3GFK B; 3CW2 C; 4C4R A; 3WKD A; 4PHD A; 4BX9 C; 4DOB A; 3RB3 A; 1PK3 A; 4BJQ A; 3WKB A; 2DPJ A; 4AP9 A; 4BWJ A; 4R8U B; 4DQP A; 1JXE A; 4KLJ A; 3WK7 A; 3HKZ F; 3K1Z A; 4NWI A; 2PXI A; 2BCU A; 4ECV A; 4R63 A; 9ICO A; 1MQ3 A; 3T79 A; 1D9D A; 4IRD A; 3D2N A; 2BHN A; 4Z6C A; 4RU9 A; 3RR7 A; 4ELU A; 2V9W A; 4O3N A; 4RQ1 A; 4MFC A; 7ICI A; 1ZD2 P; 2ESE A; 2P6R A; 3C2K A; 1U9L A; 3BQ2 A; 4HYK A; 1QQ7 A; 4P4M A; 2H3I A; 4EEY A; 8ICT A; 4UB3 A; 3D2S A; 4EEK A; 3N97 B; 4BGD A; 4O3Q A; 2K4H A; 3E2E A; 3QUQ A; 2FLL A; 4KN7 A; 4F5R A; 4RNM A; 1KEJ A; 2BCQ A; 4KLH A; 3QZ7 A; 2IHN A; 1BGX T; 4UAV A; 1QQ5 A; 4JK1 A; 1IM4 A; 1TE2 A; 3SMV A; 1U48 A; 3TAP A; 3PW2 A; 2KZZ A; 5KFC A; 3PZP A; 4KLL A; 4UB1 A; 4QZD A; 4I2B A; 4UAR A; 5L1I A; 4ELV A; 2IMW P; 2PFN A; 2ODG A; 2ZUB A; 3EYZ A; 3TAR A; 3ED5 A; 2ZIX A; 5ALP A; 1UCV A; 5ALR A; 2ZJA A; 3OJU A; 4O3R A; 1GO3 F; 1WWV A; 2KHV A; 4M9L A; 3IN5 A; 2MA1 A; 5FP0 A; 3H7I A; 2E8P A; 3AMZ A; 3WKE A; 5KFE A; 4F3O A; 4PHP A; 2VKQ A; 3D2Q A; 1ZD3 A; 1UA0 A; 5KG2 A; 5KFK A; 5CP2 A; 3S6J A; 1BPY A; 1ZQB A; 1B22 A; 4U7C A; 2ISO A; 2A1J B; 3F2C A; 3UXN A; 4CF4 A; 3TAD A; 4ED7 A; 5ALQ A; 1YZ6 A; 2YN4 A; 4ED6 A; 1NJY A; 2KZM A; 4O0I A; 3EW9 A; 1ZQH A; 5ALO A; 1ZQL A; 4IQU A; 1N5X A; 3Q8P B; 2J6S A; 1S0O A; 9ICC A; 4XRH A; 4I2E A; 7ICF A; 2OCE A; 4RUA A; 3MR6 A; 5IIM A; 2F2A B; 5J2C A; 4DFJ A; 1ZQT A; 2W9B B; 5J2E A; 3C28 A; 3EWA A; 3KHL A; 4F4K A; 4P4P A; 9ICA A; 1EXN A; 1NK0 A; 3QYP A; 4PZO A; 2AXT U; 4LZG A; 2W9M A; 1ZQK A; 4LZD A; 1D8Y A; 2OM6 A; 2YQE A; 5KFT A; 4C7Y A; 2ZIU A; 5IIJ A; 5AM3 A; 4DSE A; 3B0X A; 3HKZ C; 5G5G A; 2QB1 A; 1ZYQ A; 3SYZ A; 1KFS A; 3PML A; 1ZQ1 C; 3GDX A; 3BZC A; 3H8M A; 3A0H U; 2NRZ A; 2Y0S C; 3EZ5 A; 4C8K A; 4CF3 A; 3JPP A; 2DKZ A; 1B43 A; 9ICK A; 3L5K A; 3RJG A; 4YR3 A; 4J9L A; 1NJW A; 4IL6 U; 4I27 A; 3QU5 A; 4ZH4 A; 2P66 A; 4FZL A; 3MR5 A; 4AYB F; 3C2L A; 4QWE A; 2JEI A; 5L1K A; 1JAL A; 1NK6 A; 2HHX A; 3PY8 A; 4C4S A; 3HIL A; 1Z00 A; 3H8W A; 4MHV A; 4J9R A; 4ICA A; 1L7O A; 5EE1 A; 4M9H A; 5ALJ A; 4QZH A; 5AKI A; 3V6J A; 1SGG A; 3IG8 A; 1ZQD A; 8ICF A; 1COK A; 3BDP A; 5J0U A; 2E8O A; 1LB2 B; 4Q8E A; 2BCV A; 2BGW A; 2Y1J A; 4KLO A; 1CEZ A; 3FAH A; 2I6X A; 2FMP A; 3V6K A; 2QAR A; 3RTV A; 1X9S A; 4NM2 A; 5GTI U; 5KT4 A; 2BQ3 A; 4RQ6 A; 1XO1 A; 3V7J A; 4F5Q A; 4NLK A; 2LPE A; 3TAQ A; 9ICG A; 3SR6 A; 1VJ5 A; 1P7D A; 5KFO A; 4FFD A; 4M9J A; 1SXE A; 3MFH A; 4YMO A; 4ELT A; 5ALT A; 3WK9 A; 4YP3 A; 1SIJ A; 2FDR A; 5ALD A; 2K8C B; 2C2R A; 2WHE A; 2PFO A; 2KD1 A; 5KFI A; 2XY7 A; 9ICN A; 1XC9 A; 1S0N A; 5CEH A; 5CB1 A; 7ICT A; 2XCA A; 3H0L B; 2DKX A; 4TUP A; 5KT5 A; 3ETR A; 4KIT B; 2HBJ A; 2XC9 A; 2KSO B; 4JUZ A; 2WB1 F; 4G9B A; 5JTI A; 5KL1 B; 1WYG A; 3MGI A; 3RAX A; 4KN4 A; 4FS2 A; 1ZQF A; 1LVH A; 3SZ2 A; 1M6Y A; 2KEY A; 1ECW A; 3VCB A; 1DRG A; 5B5E U; 5KFX A; 4JMU A; 3V72 A; 2LYA A; 2JRZ A; 3ZD8 A; 4YMN A; 3NVW A; 1KKX A; 2QB0 B; 3UM9 A; 2RP5 A; 2HHT A; 3BS5 A; 2Y9T A; 2ZG6 A; 2KFZ A; 2ZTC A; 4EZ9 A; 4QZ8 A; 2Y9U A; 1K1S A; 5DBC A; 2E5S A; 2W04 A; 3E0F A; 2YY6 A; 1TFR A; 2L5Y A; 2XY6 A; 2D8C A; 4DWI A; 3ORY A; 2YMP A; 5J0W A; 4EYH B; 5J2B A; 4YXJ A; 5KFD A; 5KNI A; 3B9J A; 3HJE A; 3KOO A; 4DO9 A; 4YR0 A; 1Q3V A; 2C28 A; 4AYB C; 1S9F A; 2KFN A; 1J2N A; 2ASD A; 4C8O A; 1ZQC A; 3J81 j; 3H8S A; 3Q8M A; 1XS9 D; 2GH1 A; 2LYB A; 2OHF A; 4C8N A; 8ICS A; 4F2S A; 4RPX A; 3WK8 A; 4O3S A; 2ASL A; 2AGP A; 1OW5 A; 5C0Y A; 4C0Z A; 4J9P A; 3ALR A; 3BJY A; 4B9U A; 5DG9 A; 1JXL A; 4BDP A; 2ISP A; 2QLT A; 9ICM A; 3G6V A; 2W3R A; 3GU3 A; 1T8E A; 2W11 A; 3GIM A; 3RBD A; 2XY5 A; 3UMC A; 3Q8K A; 3CRX A; 4EEL A; 5DB8 A; 4ECX A; 2W8L A; 4CE6 A; 2GOL A; 3L3F X; 2JZB B; 8ICR A; 4QZG A; 1TKD A; 1DGS A; 4IS7 A; 5KT6 A; 5J0P A; 3BQ0 A; 3QX7 A; 5H2F U; 3GQC A; 2P6U A; 2HW3 A; 1IIP A; 3T5J A; 4EBD A; 2NRW A; 8ICL A; 2QKQ A; 4FO6 A; 2KE7 A; 4KLT A; 4P4O A; 4NLG A; 2LI6 A; 4F2R A; 4PHE A; 8ICW A; 1L3T A; 3KZI U; 1RM6 C; 3QUB A; 3F53 A; 5ALH A; 5J8Y C; 4FBT A; 4P0P B; 1RQL A; 4OD0 A; 2JXJ A; 8ICP A; 1DK3 A; 3H4B A; 1KTQ A; 3RJH A; 2WB1 C; 4DQR A; 2LHT A; 2GO7 A; 7ICG A; 2EQY A; 2MAX A; 5CR0 A; 3DDH A; 5ALX A; 3M7D A; 2HVH A; 3MR3 A; 2W9A A; 2D6F C; 5ALN A; 2KIC A; 1DGJ A; 1IG6 A; 5D49 A; 3PVX A; 1UHU A; 4KLM A; 1V38 A; 1T3N A; 4OJ5 A; 5AK3 A; 3FDS A; 4JWN A; 2XIC A; 1T4G A; 1L8L A; 1RPL A; 4I2F A; 1ZQG A; 2K4P A; 1LKY B; 3PR4 A; 4ECY A; 1XO0 A; 2A1J A; 7ICN A; 3QXG A; 4F5P A; 2OH2 A; 3RB6 A; 1IV8 A; 3LK9 A; 2Z7J A; 4BXO B; 4QWD A; 3N28 A; 4QZE A; 1V85 A; 1FFU A; 4ECR A; 4DOA A; 4DQS A; 4NL9 C; 2ZXH A; 2W7O A; 4PH5 A; 1X2I A; 2VA8 A; 2LMR A; 4TUS A; 3NAS A; 5HHH A; 3QZ8 A; 2IA6 A; 3PSP A; 2AHO B; 1JRO A; 4GXJ A; 4QZB A; 3H0M B; 1RYR A; 9ICL A; 1JUD A; 3N7P D; 4TUQ A; 4ED1 A; 3ONN A; 1KFT A; 4NLB A; 4B9V A; 4PJ0 U; 3PST A; 1ARO P; 3OGU A; 2BDP A; 2WF7 A; 4KTQ A; 8ICC A; 5HNK A; 4R66 A; 2CN1 A; 1U47 A; 1ZET A; 5F3X B; 8ICH A; 1BNO A; 4ECQ A; 2DWQ A; 5AK6 A; 2FPM A; 4RQN A; 3ZDE A; 5KG6 A; 2Q4T A; 1UT8 A; 2KP7 A; 1ZQQ A; 5AIB A; 3LWM A; 4JV2 A; 5D4B A; 4Y2S A; 5DBB A; 1WG8 A; 3WKA A; 2OEH A; 2ES6 A; 4OJL A; 2FPL A; 5AIC A; 1MSW D; 5DDM A; 4Q43 A; 1U49 A; 1N2X A; 1FIQ A; 5DG8 A; 3I76 A; 4MF8 A; 3PNC A; 4TUR A; 5III A; 1UA1 A; 2YMQ A; 1N60 A; 3PW5 A; 1YZ7 A; 2WF5 A; 2H3F A; 2FI1 A; 5IIL A; 3AEV A; 4UB6 U; 1J2M A; 1DXS A; 1K5O A; 2EZZ A; 4UAZ A; 4RQ3 A; 2HHU A; 3F5E A; 4ECT A; 3SEN A; 2BPC A; 3RBE A; 1SWW A; 2C2E A; 5KT2 A; 1ZQX A; 1BPX A; 2R8G A; 5ALE A; 3OSP A; 4RQ5 A; 4JB3 A; 1Q3U A; 1Q46 A; 2EAN A; 2CRX A; 5KG0 A; 9ICU A; 2XO7 A; 5KFG A; 3KHG A; 1TV9 A; 2KJ8 A; 5KFY A; 2E3T A; 4YXM A; 4J03 A; 3THV A; 3TI0 A; 4F71 A; 3UXP A; 1X66 A; 4ED0 A; 3Q8L A; 1NNL A; 1TAU A; 1FFV A; 2HOQ A; 1PZN A; 2RDI A; 2K89 A; 3NRZ A; 3RF9 A; 4UBB A; 4I2A A; 3PV8 A; 1N62 A; 5AI5 A; 5J0O A; 3JPR A; 3EUB 2; 3WK6 A; 2ZJ8 A; 2W55 A; 3IDW A; 2F3N A; 1URJ A; 2LYH A; 3VC8 A; 4J9K A; 1S97 A; 5AI4 A; 4OO1 J; 2DF4 B; 4OCZ A; 9ICE A; 2J6T A; 2KSO A; 3BZK A; 2JEG A; 2AJQ A; 5AK4 A; 4RZR A; 1NOM A; 2AH5 A; 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2K4E A; 2JZB A; 5AM1 A; 4YCX A; 5KFR A; 1FEZ A; 2F8L A; 8ICG A; 2EZX A; 4CDG A; 5F9N A; 3PO4 A; 1XSP A; 3AQF A; 2XGP A; 2F44 A; 4P2H A; 3JPN A; 4UAY A; 4ED3 A; 4XQ8 A; 2LM1 A; 2WFA A; 2KIW A; 5ALM A; 5KAF U; 2YMM A; 2WF9 A; 1L8O A; 2Y1I A; 4QWB A; 4PGX A; 5HR6 A; 3ISC A; 1WCL A; 5KFH A; 4DSL A; 1WCN A; 3ZDD A; 1O08 A; 5KFZ A; 5K4L A; 2I9G A; 1ZD5 A; 3UXO A; 1Z1V A; 2PMZ F; 2ZTE A; 5DQH A; 4M6W B; 4UW9 A; 4ECS A; 2KIV A; 5J2J A; 2HHS A; 2HBL A; 2ZXI A; 3D6J A; 3SAG A; 3M9M B; 3I28 A; 2B21 A; 2DBY A; 5DDY A; 1XSL A; 1TK5 A; 2OWO A; 3ISD A; 1LKY A; 2VJ5 A; 1IXR A; 2MRL A; 3T5H A; 3RH6 A; 3RJF A; 2HDO A; 3RJE A; 1RYU A; 4BXO A; 1COO A; 1O03 A; 3WK5 A; 5CHG A; 1ZJN A; 3BQT A; 2IOF K; 4Y2T A; 4A8E A; 2W54 A; 4YG2 A; 4DLE A; 1RXW A; 3MR2 A; 4PGY A; 5AM0 A; 1L3S A; 5AKJ A; 2WF6 A; 2G07 A; 5J29 A; 1HJP A; 1ZQA A; 2PI4 A; 2IBK A; 3M8S A; 2OYY A; 1ZQJ A; 2DL0 A; 3C1Y A; 1WUD A; 2KV2 A; 3QNM A; 1RDF A; 4DL6 A; 5EOZ A; 1L7P A; 3R9K A; 4F4X A; 2ZUD A; 4RQ7 A; 1JMS A; 1SKR A; 4QIW F; 4Q44 A; 2VAN A; 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