The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
97
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structure length |
97
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Chain Sequence |
ELVNVVDEKLGTAYGEKIDLNNTNIAAFIQYRGLYPTLAKLIVKNAPYESVEDVLNIPGLTERQKQILRENLEHFTVTEVETALVEGGDRYNNGLYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Photosynthesis
|
| publication title |
Macromolecular diffractive imaging using imperfect crystals.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| total genus |
33
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| structure length |
97
|
| sequence length |
97
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| chains with identical sequence |
u
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-10-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| U | PF06514 | PsbU | Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Photosystem II 12 kDa extrinsic protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4UB8 U; 2DUY A; 3WU2 U; 3KZI U; 5GTH U; 4UB6 U; 3A0H U; 4IL6 U; 5TIS U; 1S5L U; 2AXT U; 5H2F U; 4PJ0 U; 5B66 U; 5GTI U; 5KAI U; 5B5E U; 5KAF U; 5E79 U; 3A0B U; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JUD A; 3V6J A; 4ECV A; 4DSL A; 3OJU A; 4BXO A; 3G6X A; 1COO A; 3HW8 A; 1BPY A; 3BZC A; 2KKP A; 2AGQ A; 1NZP A; 3FC4 A; 5AIC A; 1XU4 A; 4QZB A; 4BJQ A; 4MFC A; 2ZJ8 A; 1RM6 C; 1B4F A; 3MR6 A; 1RQL A; 3UMC A; 1A0P A; 1P7D A; 4PZO A; 1NJX A; 3KOO A; 2K8A A; 2AU0 A; 1ZQK A; 3GU3 A; 2W8L A; 3THV A; 4OD0 A; 1SZH A; 4KLF A; 2HHV A; 3GII A; 2Q4T A; 2HW3 A; 2BCQ A; 2HHW A; 5G5G A; 5KAI U; 4M0A A; 3M6K A; 1NKC A; 4UAR A; 1HUZ A; 2OH2 A; 3D6J A; 5HHH A; 1L3U A; 3RB6 A; 2B0C A; 4M6W A; 4QZ8 A; 2QAR B; 2P66 A; 1XSN A; 2VIX A; 5KG5 A; 3RH6 A; 9ICX A; 2W9M A; 2LBO A; 7ICF A; 3BS5 A; 5DBB A; 3B0X A; 4ECX A; 3L5K A; 1L7N A; 4ECR A; 3T5K A; 4BWJ A; 2L5Y A; 3JPT A; 2C2D A; 3TAQ A; 3SEI A; 2K4H A; 4F5Q A; 5KFH A; 4NWI A; 1J2N A; 4KLS A; 2AH5 A; 3U26 A; 4BGD A; 2GO7 A; 8ICN A; 3WK6 A; 5AK5 A; 9ICQ A; 5CR0 A; 3F2D A; 5ALD A; 5AKY A; 1HEK A; 1SXE A; 5KFW A; 3H8W A; 2W9B B; 4OO1 J; 3ZDE A; 1DOQ A; 4ELV A; 2JEF A; 4O5C A; 5L1L A; 3SQI A; 4PGQ A; 8ICA A; 4R65 A; 5HR6 A; 1X40 A; 3I1Y A; 3ONN A; 4MFF A; 3HRD D; 1RYU A; 5ALJ A; 4UBB A; 3BJY A; 5KG7 A; 4O3N A; 4ZH4 A; 3PW0 A; 4QWD A; 3C5G A; 1ZQS A; 2W54 A; 2Y1I A; 3O0F A; 2K8C B; 2MUT B; 3QU2 A; 2JRZ A; 5KFF A; 1L5U A; 2LI6 A; 4EEY A; 2NO4 A; 3RTV A; 1TKD A; 5KFB A; 2HBJ A; 5IIJ A; 3A0H U; 5IIK A; 5CJ7 A; 2BPC A; 2VA8 A; 8ICQ A; 3PST A; 5KFG A; 5EE1 A; 3UQ2 A; 2EQY A; 3QZ7 A; 5ALV A; 5J0O A; 5H2F U; 2E8P A; 3Q8R B; 1WYG A; 3QNM A; 3R9K A; 2JXJ A; 2W8K A; 2NRT A; 2V4Q A; 4C8M A; 2JH7 A; 3MR3 A; 3T5L A; 5JU5 A; 3WU2 U; 4NXZ A; 4UB3 A; 2P35 A; 1Z00 B; 3N7P D; 3H8S A; 2AQ0 A; 4TUP A; 4QNL A; 3NAS A; 5IIM A; 4M9L A; 5ALR A; 3HIL A; 2ZTC A; 2KJ8 A; 2BQ3 A; 5J0P A; 2XY6 A; 4F3O A; 4QWB A; 4J9O A; 4M9H A; 3KZI U; 5AIB A; 2EZY A; 3KTQ A; 4IL6 U; 1Z19 A; 2KG5 A; 1ZRN A; 1N61 A; 4DCC A; 2K4I A; 5J2K A; 5HP4 A; 1HUO A; 2O6K A; 5DB6 A; 4M47 A; 1DGS A; 3GQC A; 3KHR A; 4PHD A; 4F4X A; 2G5I B; 1X9W A; 5ALK A; 1RYR A; 2Y9U A; 5J0Q A; 2BCS A; 2JR5 A; 5AKI A; 5J2E A; 1ZQE A; 1FIQ A; 2YMQ A; 3T5H A; 2KEY A; 2K8B B; 4F72 A; 2A1J B; 3GV5 B; 4DOC A; 3C2M A; 2YY6 A; 2KHQ A; 4FBT A; 1JI7 A; 1N63 A; 1QCK A; 4JUZ A; 4GXJ A; 1KFT A; 5EE0 A; 2G0A A; 3LYS A; 1X9X A; 2DUY A; 3H7I A; 5L9X A; 3K1R B; 1SKW A; 2G06 A; 3PO4 A; 4F2S A; 3PW4 A; 3E0F A; 3ZDD A; 3N97 B; 4OJ5 A; 1NI3 A; 2XCP A; 3C28 A; 7ICU A; 1Q3U A; 1SZP A; 2E1F A; 1KW4 A; 1ZD4 A; 2KHV A; 1PK1 B; 3E58 A; 4US9 A; 4PL2 A; 1WG8 A; 2ALZ A; 2YN4 A; 1F0M A; 1PZN A; 4R66 A; 5DGA A; 2XIC A; 7ICP A; 2LMR A; 4QZD A; 2DPJ A; 8ICC A; 4FBU A; 2HHQ A; 4BXO B; 2BCU A; 2KJ9 A; 3N7S C; 3Q8L A; 5AM5 A; 1KRP A; 3LDA A; 1JRP A; 1IIP A; 4HYK A; 2HBL A; 2AHO B; 1U45 A; 1RDF A; 2H5X A; 4IRC A; 4TUQ A; 3NVY A; 5KL1 B; 4LJX A; 4IQU A; 4QW8 A; 3LVW A; 1JN3 A; 4DL4 A; 2I6X A; 3M9O B; 4XUS A; 1KBU A; 4J03 A; 4K4I A; 2W7P A; 5EWE A; 2W9C A; 1U9L A; 4DL2 A; 4YCX A; 4F4Z A; 4QIW F; 1N56 A; 3HJE A; 4Q8F A; 2ZIW A; 5AI8 A; 4QZA A; 5ALY A; 2ZJ5 A; 3ALR A; 4F4W A; 5KT4 A; 1KN5 A; 5KG6 A; 9ICW A; 4J9Q A; 4B9N A; 4NV0 A; 2JMG A; 3QUC A; 5G5H A; 2DKX A; 4M6W B; 4Y2R A; 2UVU A; 4RQ2 A; 5J0R A; 2NRX A; 1KTQ A; 9ICS A; 4Y2X A; 3BS5 B; 4F5N A; 4I2H A; 2V4R A; 4TQR A; 1Q46 A; 2EDU A; 2NRV A; 4EX6 A; 4KLQ A; 2GOL A; 1NK5 A; 3MFH A; 5L1I A; 2IHN A; 5KFP A; 2DBY A; 3ZD8 A; 4DQI A; 2OCE A; 2BHN A; 4QZC A; 3KZX A; 4DL7 A; 2UVV A; 2HBK A; 3TFR A; 4Y2U A; 2YB1 A; 4ED2 A; 4Z6C A; 4RQ1 A; 3OGU A; 4YD1 A; 4Z6F A; 1T7P A; 4C8O A; 1L7M A; 4J9L A; 4B9T A; 3WKA A; 3FYH A; 3RJF A; 3BQT A; 4KLT A; 2JH1 A; 1RPL A; 4FZL A; 3BS7 A; 5KG3 A; 4DL6 A; 4RQN A; 2G5H B; 2RLT A; 5AM0 A; 3MGH A; 4B9V A; 1L3S A; 3CW2 C; 2FPL A; 3KHG A; 2E1E A; 4M2Y A; 5J2J A; 2PFO A; 2MA1 A; 1NK9 A; 2E3T A; 2R8J A; 1LKY A; 7ICK A; 4Q45 A; 2KMD A; 4C0Z A; 4RPY A; 2VJ4 A; 4NLG A; 3D2N A; 1JXE A; 5BOL A; 3H0M B; 3IV6 A; 2PKE A; 2HVI A; 4EZ6 A; 3SAG A; 4GC6 A; 4DSE A; 3RR8 A; 1M6Y A; 2MUT A; 2KSO A; 3QEB Z; 2BDP A; 4EX7 A; 4DLE A; 4DWI A; 1OXJ A; 5KFI A; 5AM2 A; 2KTQ A; 3OJS A; 1ZQC A; 4DSK A; 4DEZ A; 2LM1 A; 3C29 A; 9ICP A; 4UAY A; 4KMU A; 2F3N A; 3QX7 A; 4ED1 A; 2W3R A; 3HX0 A; 2B6G A; 1XSP A; 1F5S A; 3C2L A; 4BDP A; 3GIM A; 1PUZ A; 4RQ3 A; 3PY8 A; 5J0Y A; 4DFP A; 4ECU A; 1DK3 A; 3PO5 A; 3QYP A; 5KG2 A; 1ZQV A; 2XVT A; 5CB1 A; 2VJ5 A; 5F3X B; 2DQN B; 2PMZ C; 2IHM A; 1XSL A; 4I29 A; 3UMB A; 2KV2 A; 1IG6 A; 3V7L A; 5ALI A; 1ZQR A; 3C1Y A; 3HWT A; 1XNS A; 3QZ8 A; 2ZTD A; 1JRO A; 3FM9 A; 3QUQ A; 2I5H A; 3SR6 A; 4CCH A; 4J9R A; 2ZUD A; 1L6N A; 3PR4 A; 5CRX A; 3F2C A; 2R18 A; 4UAZ A; 2RHF A; 1SWV A; 4DF8 A; 4XRH A; 4KLJ A; 1HIW A; 5KT6 A; 1X66 A; 1ZJN A; 7ICG A; 2HCF A; 4UB4 A; 2NYV A; 3Q8Q B; 4Q44 A; 4Q8E A; 4YXJ A; 3PSF A; 5JTI A; 4IR9 A; 4PHA A; 5BPC A; 2G08 A; 1COK A; 1BPE A; 3RJG A; 3SD7 A; 5AI5 A; 5GTH U; 1ZOL A; 3F2B A; 2HDO A; 1N48 A; 3RRH A; 2ZXI A; 4FE3 A; 1XO1 A; 3CP8 A; 3PV8 A; 1Z1V A; 4PHE A; 5J2H A; 1ZQH A; 4C4T A; 5AM4 A; 4QW9 A; 3EUB 2; 1RG6 A; 5ALG A; 5KFV A; 2KP7 A; 3H4B A; 3QU4 A; 2WFA A; 4M9J A; 1TAU A; 4X5V A; 4CRX A; 2W9A A; 1X42 A; 3SAH A; 2XY7 A; 5ALQ A; 5KFL A; 4QZ9 A; 4I2E A; 4JMU A; 5KT5 A; 2RP5 A; 4ED3 A; 2HHS A; 1UT8 A; 4XQ8 A; 2OHF A; 1V97 A; 2D8C A; 2E8N A; 4YD2 A; 3RFA A; 3IN5 A; 9ICI A; 4ECT A; 1BPZ A; 3GV8 B; 4MF8 A; 5ALN A; 1ZQJ A; 5DDY A; 5AKZ A; 1QQ6 A; 3WKC A; 5DB8 A; 1JAL A; 5KFE A; 4FO6 A; 2H3F A; 4G9B A; 4PL1 A; 1N5W A; 3K1Z A; 4ECW A; 3EW9 A; 2XCA A; 4ECZ A; 4KX3 A; 3RJE A; 2WF6 A; 2XI9 A; 2A1A A; 2BDU A; 2F44 A; 2YTU A; 4I2F A; 3K4G A; 3BQ0 A; 2E8O A; 4KLI A; 1T4G A; 5KNI A; 2EZX A; 4O3P A; 4M9G A; 3JPN A; 2W9C B; 4B6J A; 1NK7 A; 3N28 A; 2HHT A; 2ZIW B; 4K4H A; 3F5A A; 3UPQ A; 1ZYQ A; 1NK6 A; 4RNO A; 4C8K A; 8ICH A; 5AKJ A; 1URJ A; 4CE6 A; 1AQ6 A; 2K60 A; 3PVX A; 5KFM A; 1Z1B A; 3QUB A; 4Q43 A; 4KLE A; 1NKB A; 3PX0 A; 5AKK A; 4DFJ A; 3MFI A; 4USA A; 2FMS A; 1DXS A; 2M0N A; 2LHT A; 5TIS U; 5AKE A; 4IQW A; 4R64 A; 5L1J A; 2ISP A; 1B43 A; 4NJ8 A; 4EYH B; 3QUT A; 4UB1 A; 4UB5 A; 2FLL A; 3NTU A; 5B66 U; 2R8H A; 7ICI A; 8ICE A; 1BGX T; 2ZIV A; 4DS4 A; 3N7R C; 7ICN A; 2FPK A; 3L4P A; 2BQU A; 3H8J A; 1D9D A; 2KIW A; 3AEV A; 4EEN A; 3UM9 A; 1T8E A; 3ISB A; 4QWC A; 1C20 A; 2FDR A; 4F2R A; 2EAN A; 3RB0 A; 2ZIU A; 2V9W A; 3QU9 A; 8ICL A; 2G09 A; 9ICJ A; 2VKQ A; 2ZG6 A; 5BOM A; 9ICA A; 2IMW P; 2KOB A; 4UBC A; 1SV4 A; 1V9P A; 1LKY B; 4KIT B; 4RT3 A; 2ESE A; 4B9M A; 2R8K A; 2C28 A; 1UPH A; 2ZXH A; 3SI8 A; 4I2J A; 2BKE A; 1D8Y A; 1S0M A; 4CGZ A; 1SL2 A; 2KNJ A; 3OTQ A; 2FLP A; 4NY8 A; 2KSO B; 1QTM A; 3M8S A; 1BPX A; 4AYB C; 2HI0 A; 3KHH A; 4YN4 A; 4F5P A; 2HHX A; 1JX4 A; 1L7P A; 4RU9 A; 4I2A A; 5KG1 A; 1ZRM A; 8ICB A; 2XGP A; 1B0X A; 3EYZ A; 3IM1 A; 1IM4 A; 5ALU A; 2H3Z A; 8ICP A; 3D2S A; 4O9M A; 1QSY A; 2EZZ A; 2HOF A; 3ZI4 A; 4O0I A; 1D9F A; 4G3I A; 5AK6 A; 4F92 B; 3RH4 A; 4K4G A; 1Q8K A; 5K4L A; 1TAQ A; 2HVH A; 7ICV A; 1FEZ A; 5J2D A; 3SV4 A; 4DFD A; 5AM1 A; 2C2E A; 1NKE A; 4O3M A; 4PJ0 U; 7ICL A; 3NVZ A; 2ASD A; 2UVW A; 2C22 A; 2EAM A; 4YMM A; 4F4Y A; 1KDH A; 7ICE A; 1XS9 D; 2H3I A; 4I27 A; 2AGP A; 3ICX A; 1GO3 F; 4MEY A; 4RQ5 A; 1ZQX A; 3WK7 A; 5KFJ A; 4B9S A; 2LM4 A; 5ALP A; 1U48 A; 3MBY A; 2ASL A; 4JV0 A; 4DFM A; 4KLG A; 5ALS A; 9ICR A; 4OJP A; 2ZUB A; 4C4S A; 1TK8 A; 4P2H A; 3PSI A; 3CYM A; 5J0W A; 3FDS A; 3RBE A; 2ISO A; 2W7O A; 2AJQ A; 5T14 A; 2W55 A; 5EE9 A; 3Q8S B; 2QLT A; 1FFV A; 1BNO A; 3C23 A; 5JUM A; 3TI0 A; 5CEH A; 4PPX A; 4RZR A; 1KFS A; 4Y2T A; 5DBC A; 5AK4 A; 1SWW A; 4J9K A; 3A0B U; 9ICK A; 1LB2 B; 1PK3 A; 3RJI A; 1EXN A; 4DOB A; 2C2R A; 2BR0 A; 9ICT A; 3AMZ A; 4GXI A; 4GXK A; 5AI9 A; 8ICJ A; 1ZQQ A; 4KN4 A; 4YR2 A; 1BVS A; 3DV9 A; 4DQS A; 1PVQ A; 4QZF A; 2PMZ F; 1S76 D; 4NLN A; 3LK9 A; 5DB9 A; 5DQG A; 5J0T A; 5DG8 A; 7ICO A; 3RJH A; 2VA2 A; 2IOH A; 2KVC A; 5HML A; 2BGW A; 3K75 D; 4RQ7 A; 2FJ6 A; 2FI1 A; 4UAW A; 5IIN A; 3D2Q A; 4KLH A; 4I2D A; 2YMM A; 2CRX A; 4O3Q A; 2KFZ A; 3UMG A; 5DG7 A; 3AN1 A; 3IDW A; 2K4E A; 5DB7 A; 3PNC A; 2XY5 A; 3M1Y A; 1QLN A; 4MFA A; 1SB3 C; 1D8L A; 2WF5 A; 2MAX A; 4IQT A; 5IIO A; 4RUC A; 2WF8 A; 1K1S A; 3KBB A; 4C80 A; 2HBM A; 3QU7 A; 2F76 X; 4EBE A; 2BZF A; 3IP4 B; 5AM3 A; 1L3T A; 5ALZ A; 8ICY A; 5B5E U; 2HSZ A; 2KKV A; 2I9G A; 2GWS A; 2KK0 A; 5KT7 A; 1L8L A; 2WB1 F; 2JEJ A; 1L7O A; 7ICM A; 5KFT A; 2Y0S F; 1TE2 A; 5CA7 A; 3F53 A; 3JPO A; 3ISC A; 5EOZ A; 4YR0 A; 8ICZ A; 1MQ3 A; 1RYS A; 1WWV A; 1K5O A; 4TUR A; 4XA5 A; 2DGZ A; 2PFP A; 4NM1 A; 1ZQU A; 4EEK A; 4M9N A; 3BZK A; 3QU5 A; 3V6K A; 2ZIV B; 2G07 A; 1LV5 A; 4P4O A; 2BPG A; 4GC7 A; 5A0L A; 2AXT U; 2OXO A; 1A76 A; 2DWQ A; 2PI5 A; 1N62 A; 4YR3 A; 4ED6 A; 7ICS A; 1ZQO A; 2GH1 A; 4OJL A; 4UQG A; 3AUO A; 5HMM A; 4P0Q B; 2JHD A; 2ZIU B; 3RAX A; 1NK4 A; 4YXM A; 4GFJ A; 4J9M A; 3TAP A; 5III A; 3JPQ A; 5J2I A; 9ICM A; 4I28 A; 1V38 A; 2UVR A; 1TVA A; 5AI4 A; 5AI0 A; 3MGI A; 3PX6 A; 4IR1 A; 3SV3 A; 4UAV A; 5DG9 A; 2QKQ A; 1RXW A; 1QQ5 A; 4KN7 A; 2F8K A; 4KLM A; 4EEL A; 1ZQT A; 4QWE A; 4PGX A; 1X2I A; 1KLN A; 3ISD A; 1S0V A; 1VLB A; 4I2C A; 4E0D A; 5KFU A; 5DLG A; 2W04 A; 5KFX A; 3V7J A; 5D4B A; 2I1Q A; 4NM2 A; 4RT2 A; 1VDV A; 3TKA A; 3VC8 A; 2W3S A; 4ED0 A; 1N2X A; 4F4K A; 5J2G A; 4DOA A; 5EWF A; 3HKZ C; 2P6R A; 3TAN A; 1ZQI A; 1J2M A; 5DBA A; 2NRZ A; 2GLE A; 5AK3 A; 3ZDB A; 4DSJ A; 3NS1 A; 5KFC A; 2VAN A; 1KL9 A; 1MA7 A; 3TAD C; 4JB3 A; 5DDM A; 2PFN A; 8ICI A; 2ASJ A; 1RXV A; 1ZQF A; 4FZN A; 4O5K A; 3Q8M A; 3KFU F; 3RJK A; 2H3Q A; 1SIJ A; 3L3F X; 4AP9 A; 2MU2 A; 4OJO A; 1CUK A; 1F44 A; 2CPR A; 1T3N A; 4C7Y A; 3UXN A; 4DFK A; 1ZD2 P; 3MAB A; 2DF4 B; 3CNH A; 4DS5 A; 1NJW A; 3B0Y A; 3MDA A; 3NRZ A; 3GFK B; 2DFL A; 3DEE A; 4PHP A; 4TQS A; 4DF4 A; 3RR7 A; 9ICL A; 5KFR A; 2XGQ A; 3H4D A; 4ELT A; 9ICU A; 2W11 A; 5KG4 A; 1FFU A; 4EBC A; 1QSS A; 5CWR A; 4KLO A; 5EWG A; 4IQV A; 1U4B A; 2EAP A; 4P0P A; 1WWU A; 2BPF A; 4YFK A; 4J9S A; 1KQQ A; 1BNP A; 4Y2Y A; 3PW2 A; 2JGA A; 2CN1 A; 3QXG A; 1YZ6 A; 2MRL A; 2QB0 A; 2YML A; 1N60 A; 4KX5 A; 4R8U A; 3GDX A; 4Y2P A; 1XO0 A; 2IBK A; 1ZQD A; 3SEN A; 2FE9 A; 2ZUC A; 4DSF A; 5KL8 B; 3NRW A; 2ZTE A; 2H3V A; 2F1J A; 9ICB A; 5AIA A; 2FMQ A; 2OEH A; 8ICO A; 3M8R A; 4NL9 C; 1JMS A; 8ICV A; 3G6V A; 1S8O A; 1ZD3 A; 2ZJA A; 3M9N B; 2KVS A; 4F8R A; 2LPE A; 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