3PSFA

Crystal structure of the spt6 core domain from saccharomyces cerevisiae, form spt6(236-1259)
Total Genus 293
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
293
sequence length
951
structure length
826
Chain Sequence
DIYDLEDLKKNLMTEGDMKIRKTDIPERYQELRAGITDYGNMSSEDQELERNWIAEKISVDKNFDANYDLTEFKEAIGNAIKFITKENLEVPFIYAYRRNYISSREKDGFLLTEDDLWDIVSLDIEFHSLVNKKDYVQRFYAELHIDDPIVTEYFKNQNSLQDIYDYLEFKYANEINEMSYEKFKASPLYQAVSDIGISAEDVGENISSQHQIHPPVDHPSSKPVEVIESILNANSGDLQTKLAIDTVQKYYSLELSKNTKIREKVRSDFSKYYLADVVLTAKGKKEIQKGSLYEDIKYAINRTPMHFRRDPDVFLKMVEAESLNLLSVKLHMSSQAQYIEHLFQIALETTNTSDIAIEWNNFRKLAFNQAMDKIFQDISQEVKDNLTKNCQKLVAKTVRHKFMTKLDQAPFIPNVRDPKIPKILSLTCGQGRFGADAIIAVYVNRKGDFIRDYKIVDNPFDKTNPEKFEDTLDNIIQSCQPNAIGINGPNPKTQKFYKRLQEVLHKKQIVDSRGHTIPIIYVEDEVAIRYQNSERAAQEFPNKPPLVKYCIALARYMHSPLLEYANLTSEEVRSLSIHPHQNLLSSEQLSWALETAFVDIVNLVSVEVNKATDNNYYASALKYISGFGKRKAIDFLQSLQRLNEPLLARQQLITHNILHKTIFMNSAGFLYISWNEDLEHDQLDSTRIHPEDYHLATKVAADALEYDPDTIAEKEEQGTMSEFIELLREDPDRRAKLESLNLESYAEELEKNTGLRKLNNLNTIVLELLDGFEELRNDFHPLQGDEIFQSLTGESSKDPSIWDLKQELEDAEEERKLMMAEARAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of the S. cerevisiae Spt6 core and C-terminal tandem SH2 domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcription elongation factor SPT6
molecule tags Transcription
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 293
structure length 826
sequence length 951
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14635 HHH_7 Helix-hairpin-helix motif
A PF14639 YqgF Holliday-junction resolvase-like of SPT6
A PF14641 HTH_44 Helix-turn-helix DNA-binding domain of SPT6
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.650 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A RuvA domain 2-like 3psfA02
1.10.10.2740 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3psfA05
1.10.150.850 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3psfA01
1.10.3500.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Tex N-terminal region-like Tex N-terminal region-like 3psfA03
3.30.420.140 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 YqgF/RNase H-like domain 3psfA04
1NMNA 3PSFA 1OVQA 1IV0A 2OCEA 3PSIA 3BZCA 1VHXA 3BZKA 1NU0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NMNA 3ZSRA 2VKHA 3VWBA 3G6YA 2WB1N 2AXTU 3SQ4A 2EANA 3RDIA 3U6FA 4Y2YA 3JXUA 3PW4A 3BR0A 1IXRA 4B3MK 1SVOA 3CUQC 5DYMA 1XS9A 1L3LA 3FE1A 1FKPA 4DR4K 4DSJA 1B72B 1XSLA 3OTQA 2KTQA 3O6BB 4BL0B 3ISNC 3GYHX 2YHYA 5FROA 4CF9A 2EZYA 5KG0A 3NRZA 3NDKA 3L2RA 3L2UA 1ZRMA 1IKYA 2M7BA 3E1YA 1ATNA 5L3CA 1X9JA 3SBGA 5A2QZ 1X4OA 3AG4H 4ECVA 3U3GA 2RVCA 2G08A 3H35A 2PG4A 5J2DA 4IZ9A 2AU0A 4ZTJA 2HYGD 4DTPA 4DL3A 4J9SA 4BX9C 1Y64A 3F2CA 3HOYJ 4QZAA 1KYWA 4FLTA 5AM0A 2P5GA 4PGXA 3FM3A 4AYBC 5LEJA 4IOAL 1VQ5I 2R0QC 4A59A 4A0XA 1SFXA 2BHNA 4TV7A 4J9LA 1LWEA 2YPRA 3J7ZI 1NKBA 3ZDCA 2E34A 1N6QA 3HM8A 3SDGA 4FLYA 4MHVA 1MIJA 4CZMA 4DTRA 3MC1A 3WK4A 5GIOA 1RDCA 5KPRA 1RUNA 4YIFA 3TADC 1VQ7N 1DT9A 3BUZB 1IXSB 3E9LA 5TJJA 3H0GJ 1BPDA 8ICVA 1VQNI 2KRHA 4A2UA 2VA2A 3THXB 3ID8A 4OX9K 1Q9XA 3QYPA 1WG8A 3CF2A 3JRCA 4EP5A 2KZGA 4CZHA 4DSLA 3QZ8A 4HHTA 2HGCA 2X6OA 1LE8B 2CRXA 1JLCA 3Q8MA 4BREA 3CCQI 5H1SQ 4ECUA 2A1JA 2JTVA 3LP2A 2BCQA 4JN4A 5AQHA 5D49A 5BPDA 1T95A 4BHCA 4GVMA 4NY8A 4CF5A 1MMGA 1VHXA 4KFCA 4XRSG 3A01B 3CC4N 3KOOA 4KN4A 2GEMA 4LFAK 1YITN 1KQSM 4OLBA 2DOEA 3W2AA 3T7ZA 1YJWI 2OANA 4P0QA 2GIVA 5EGOB 3J7YP 3V4GA 5KFWA 5E1ZB 3K1MA 5ALPA 3DLGA 3MDQA 2BY2A 3P7NA 1KQQA 2ZJ2A 1Q46A 3ZYYX 2Y9ZA 2QCOA 1Z1DA 4PL7A 3CHWA 5AK5A 3CCVI 1ZQPA 1WHUA 1NBWA 3SMVA 1VSKA 9ICEA 1QSYA 4FWSA 2VQFK 2Z1HA 3J7AP 3HM5A 1GHCA 3QU7A 3QX7A 5AQOA 3HJFA 3BG6A 1R58A 2XIGA 2DMTA 4WQ5A 3IH2A 3RB4A 2MLKA 2E88A 5KQ8A 4KPYA 1YVNA 2B9SA 2A42A 1NGJA 1WSEA 3OBYA 3LSKA 2EX3A 1KFDA 5E1WA 1VRTA 4IJAA 1FIQA 5JI6A 4KDPA 2I7PA 2Y9UA 4BR0A 4RGSA 3D2SA 3W0LA 3OIQA 4CCHA 3M3ZA 5AI9A 2Z1GA 1KZHA 1N25A 3BQZA 5ICCA 4BJTA 1HPZA 4IWVA 4E0DA 4ZYGA 4YG2F 5EZHA 1MD0A 2UUZA 4U7DA 1C6VA 4CCNA 2WTUA 1WI9A 1RDAA 4W5QA 1HSTA 2IBKA 2Q2RA 4E1NA 1N78A 1TNTA 4RB2C 3AVBA 2XPWA 2VJ4A 3IH4A 1SXDA 4UXNA 4ZYAA 4EV0A 2HCFA 1FT9A 3CDIA 3JPTA 2JA6J 4CERA 4W1UA 1ZQQA 4ZZDA 4BEHA 1QSSA 4DOAA 3RKWA 1Q7YO 3BT9A 4Q48A 1XG1A 1T33A 1STZA 2HF4A 1YJNN 2JMGA 4KI4A 3OYDA 3MFKA 3RSEB 4G12A 2V4JC 4Z4CA 5H2FU 3SQIA 4CHOA 3G73A 1FBUA 3F6OA 7ICLA 3VENA 4Z4GA 4B3RK 2MGQA 4NLNA 3UR3C 4DV5K 1HW5A 2HOTA 4N56A 3M3YJ 2JUGA 4LVSA 1DQUA 2OYYA 2KIQA 4H0YB 5J2FA 1T3QA 1OVYA 3TAFA 4DSFA 4DG1A 4I2OA 4HNUA 4XKCA 4EHUA 3HSCA 3NVZA 3RTRA 3HL8A 4HTLA 3CFRA 1XTAA 2IOHA 5DCMB 2OZSA 3JPNA 3O9RA 5J1UA 5F04A 5DDGA 3NASA 4YEJA 2LREA 3MGHA 4BRFA 5J3LA 2K4PA 3OSGA 5IWAK 3WEEA 2RC4A 4MFEA 2Y1JA 3ZCOA 4F52A 1APLC 4KKOA 1WBBA 4O9MA 3LSHA 5ERIA 1WN7A 2BW3B 1MBKA 3HSTB 4RQ6A 2M1BA 4IR9A 3KK2A 2JSCA 4S05A 2O8DB 3CMEI 3AG3H 2PJPA 3F73A 4A2AA 3Q7CA 3ASMA 4ZHRA 1TKZA 1V4TA 3Q8RB 4FZLA 3RQ4A 1BIZA 5CR4A 3JR9A 4ED6A 3H9QA 5CZ1A 3MN9A 2OA8A 2IS4A 1HC8A 3PFIA 3FHZA 1Z7LA 4HTUA 4NC7A 5ED4A 4CA0A 4MNUA 2UXCK 3JSOA 3GV5B 3E5XA 5BN9A 1SIJA 1GXPA 3Q0VA 2ASOA 2LKXA 5ALNA 4B1ZA 2H27A 1V9PA 3V72A 3P83D 4DQIA 4OIQF 2CXYA 4AU7A 5DD8A 2YX7A 3SNNA 3C7NA 4AIKA 1J75A 1IDYA 5CHGA 3KZYA 5KG5A 3MBYA 1LW2A 1K8KB 4A57A 1R23A 1D3YA 3VQBA 4YXMA 2H3IA 4Y2JA 1C0FA 2PBDA 8ICCA 1JLGA 2NVYJ 3E66A 1Z6TA 2RHFA 4GNIA 3HK2A 1IIPA 2EB7A 5L1JA 4MQVA 4LG3A 2W40A 5G5HA 3GU3A 2YHXA 2E5NA 3UKUB 3KYLA 3M8JA 3I4PA 2PLYA 5BPMA 2PFNA 1LCUA 1BI0A 4BRHA 3RWUA 2I5HA 4JKCA 2ZWHA 1S5LU 2Z16A 5T7BA 1X40A 2PAVA 3U1KA 2WBMA 5HR6A 2KP6A 7ICSA 2M0NA 5C15A 3V8JA 3SI6A 2O8KA 1WWVA 3LP3A 3CCEI 4PL1A 3JPQA 3WTYC 4DEZA 5GAHJ 4RAYA 4UB4A 2XGDA 3BPVA 4KRFA 3EUB2 3VOEA 1GLEG 1C1BA 3HVTA 1S1TA 4FWKA 1TK0A 1I6XA 2EWNA 2UWMA 4FBUA 3D2FB 3AMZA 2IVMA 3NGIA 1ZGJA 3ZDEA 2DQLA 2MC4A 3PR5B 3HZJA 2GUIA 2QBYA 3F5TA 2KIVA 5JS1A 5AI5A 4QZCA 5HLIA 4I2IA 4CF1A 4ED3A 2K9SA 2VA3A 4UY8O 2WAFA 2G8FA 4FE7A 1TW2A 5AQGA 3FZVA 1WJCA 1ZELA 5J0SA 4U0WA 4FQGA 4OIOF 4JRQA 2XCAA 1W7PD 3HUGA 4UATA 3MMVA 2CW8A 4X66K 2W43A 2MFZA 3LSPA 1OH8A 2V6EA 2BPFA 1RGIA 1K5OA 3K2AA 4J9NA 4DGWB 1S6PA 3L3UA 4AUXA 5FPMA 1JRPA 5D3GA 1W97L 4OJRA 3DLBA 2YU9J 1S22A 5AQSA 4UQGA 5CP2A 1OISA 3CP8A 2OPPA 4KLGA 4BVOA 4AVPA 4M9LA 3EEQA 1Z21A 2ELKA 1NU0A 5CB1A 1DDNA 2ZJ8A 4DTMA 4CHNA 1KVBA 3G4SN 2H3FA 3TACB 3C3WA 3L4QA 2Q2EB 3VPZA 3G71I 3J80K 3T1HK 1RT2A 4CFAA 2HZDA 1K1SA 4C2MJ 4NLKA 1LB2A 4GMJB 5IILA 5ALGA 2F6CA 4B6JA 3LWMA 3M6KA 4V19S 3NGYA 4MFCA 5E17F 9ICTA 2P7CB 2XHBA 7ICMA 4A3KJ 2K4JA 1XQSC 2BQUA 1R59O 2D0OA 4FWRA 1OJLA 2NVXJ 5M3MJ 1VQPI 2LM1A 1F1ZA 4J8FA 3T19A 5M5YJ 5HMMA 1D4XA 2QKMB 2QM1A 4WWCA 1S9FA 1L7OA 5JLWA 2K4EA 4P9FA 4FT8A 3IAM2 3SZPA 5J2HA 2OWOA 3JTHA 3DWLE 1ZG5A 4XLEA 3QERA 5KG1A 4YY3K 3WU2C 3THXA 4FWPA 2IVOA 4BBSJ 4MEXA 2EV0A 4UASA 3UM9A 3KETA 4YFXF 4PZJA 2FBVA 3G6VA 4ECRA 4E89A 2UXNA 4AP9A 4CJ3A 5AFUA 2ESNA 4E7LA 1TC3C 3THVA 2CSOA 4XLAA 3A01A 3G2BA 4B8AB 3G3ZA 2H94A 3K1NA 1FTZA 5TKWA 3WG7H 3UB5A 2BPGA 1AWCA 2AQEA 2CGJA 5H6RA 1UG2A 3V6JA 1K1QA 5DGAA 4BR5A 3E3VA 5ALIA 3RMBA 3G6EI 5EGOA 2XGQA 4C23A 1YRNB 1A5WA 2A68F 4UV8A 3TP3A 4IG3A 4MDAA 4FYDA 2DPJA 2P66A 3WXMB 1VF9A 4MEYF 2NS0A 1J7KA 5KFPA 2WB1F 4DU3A 9ICCA 4S04A 1FFVA 3NAUA 1FYLA 3TAQA 4LFBK 2JN6A 3PSTA 3IAYA 4Z94A 3F8FA 2F1HA 2ELHA 4KIFA 4ACOA 1BBYA 1NLVA 4CXFA 4B9SA 4JX6A 3VF4A 3RTVA 2JWLA 1IXRC 2A6HF 3HRSA 3AO3A 2RV8A 1B1BA 4DV2K 4U88A 4BRLA 1Q8KA 4CHYA 3MXIA 3RCOA 5KNIA 9ICVA 3PM1A 1E17A 3KKRA 4JX5A 2ASJA 4A0YA 2ZFWA 3KKAA 3O9TA 2DFEA 3ZSWA 2C2DA 4YRVA 2UXBK 4E4HA 3DBHB 3LQRA 3UMBA 3H4BA 2FMLA 2Y2ZA 1RBSA 3ZPLA 3K0SA 1LFUP 2COMA 3NF7A 5B3SH 1VAZA 2VJJA 4OU0A 4YIIA 4F7ZA 4JKBA 1K4SA 2E1YA 2H3GX 3GZ5A 5AKZA 1RTDA 4KHWA 2O8EB 5KNLA 5JLFA 1ZAOA 2L9RA 3OR1C 2LK2A 1SZ2A 1QE1A 1YTYA 4M3GA 2NRZA 3C21A 1OH6A 2BHZA 1GXQA 4HVJA 2DPIA 1PUEE 2KJBA 3RSEA 5KQDA 4UB8U 4JUZA 2XRNA 1U8RA 1OLTA 3V7SA 4NHJA 4XH5A 4H4KC 1DPUA 3OS0A 4D7MA 4PCQA 2H1KA 4UUVA 1ZG1A 2OPTA 4EYHB 1NK6A 2VPRA 3VQCA 2DYRH 3MDAA 1ZQLA 5GAEJ 4RPZA 1TZLA 1B9DA 3ONNA 4KAZA 3R1XA 2Z5UA 2ZO4A 4FASD 1GVJA 5DCMA 3CQYA 4ENNA 4AYBN 2DA3A 3IWFA 5AM4A 1S9GA 1SAZA 4G6TB 8ICRA 5D8KB 2G8VA 1SGGA 2NAZA 5AM3A 4DL2A 2CUFA 2B7EA 1K6OA 1WAFA 1X1DA 1JCFA 1D1BA 4I27A 3Q5FA 3BZ6A 3EUAA 4H0PA 5KFYA 2BW3A 2DMQA 2Z9OA 1NGEA 5D4SA 3NHGA 2KISA 1HKQA 2JXJA 4QZDA 2O8DA 2IHMA 4XN3A 4LF7K 2NV3A 2R18A 3CJCA 1RETA 1RBUA 1U78A 2LVSA 2VCPA 4B9QA 4E7HA 4FXDA 9ICAA 2RNGA 4YOYA 1YIJN 1X3WB 4FW2A 3MABA 5AZIB 4M45A 2QWNA 2UYTA 3N4PA 3RMDA 3CQ8A 2YY6A 1SFEA 3U9DA 2W9MA 2PYJA 3ZSXA 1S9EA 1NK5A 3FF5A 3QDKA 3E9OA 2MC3A 2RQQA 4UNOA 4CZEA 3TPQA 4EZ9A 2JPBA 1IKWA 3M8QA 3HRTA 5CEHA 1QQOA 3VEPA 2DFLA 1JKHA 1K8KA 5ALMA 4QZHA 1LAVA 4MLOA 5AHXA 1C1AA 2HNHA 2EV6A 4ECTA 1HNZK 5KAIC 5C3EJ 5EX5A 1QRYA 1PP7U 4FZYA 2VOOA 2V52B 1Z4NA 1LAWA 5KFJA 2H3VA 8ICBA 1BO5O 3DTEA 3ABUA 3UKUA 1TNSA 4KHQA 1Z25A 2BANA 2BH1A 4RAFA 2R5YB 3T3FA 1B92A 3U26A 2P5KA 1XDSA 4S0HB 1TTYA 3ZXSA 1FNNA 2XY6A 3FHNA 2P4WA 1B43A 3ZMDA 8ICXA 2E2QA 4JS4A 3FM5A 4CHPA 4QOZB 4CYCB 3RF9A 1TW3A 2HVHA 1Y1WJ 3RI4A 5J0OA 5IP9J 2DT5A 1DP3A 3SMPA 3CDLA 2W24A 4GGGA 4E70A 3AA4A 5E41A 3H36A 2GIZA 4X1EA 4HCBA 3LK9A 4FPBA 4GKJK 1WJDA 2GOMA 4IPAA 3D2FA 3CCLN 1NGCA 4KLEA 1LV5A 3CMMA 3J81j 3FK6A 1ZQHA 2XVTA 5IP6A 3OSFA 1VQ4N 1HDPA 1ON1A 1W5SA 1N34K 1BDGA 5AKJA 3ZLJA 3FFKB 3C2BA 3G1OA 3GTLJ 1X9XA 4NNJA 3R60A 3MX2A 1WJAA 2XPUA 2XRIA 1D5VA 4IG0A 1FBQA 4KLQA 2GBYA 2F1IA 3WTTC 1EKEA 3HT3A 1XMKA 1HW1A 3BJAA 1N5WA 4Z4HA 3D1NI 4J9QA 3DXMB 1BL3A 1FP2A 3T0YA 3I56N 4QZ9A 4I6MB 4JNEA 3JREA 3JRBA 3J8AA 2FE3A 4NM2A 2KEYA 2E8PA 5M5WJ 2VG6A 2KMDA 3B8AX 7ICOA 1SD6A 2FLOA 4ILHA 4XOTA 3TOBA 2ZB9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1NMN A;  3ZSR A;  2VKH A;  3VWB A;  3G6Y A;  2WB1 N;  2AXT U;  3SQ4 A;  2EAN A;  3RDI A;  3U6F A;  4Y2Y A;  3JXU A;  3PW4 A;  3BR0 A;  1IXR A;  4B3M K;  1SVO A;  3CUQ C;  5DYM A;  1XS9 A;  1L3L A;  3FE1 A;  1FKP A;  4DR4 K;  4DSJ A;  1B72 B;  1XSL A;  3OTQ A;  2KTQ A;  3O6B B;  4BL0 B;  3ISN C;  3GYH X;  2YHY A;  5FRO A;  4CF9 A;  2EZY A;  5KG0 A;  3NRZ A;  3NDK A;  3L2R A;  3L2U A;  1ZRM A;  1IKY A;  2M7B A;  3E1Y A;  1ATN A;  5L3C A;  1X9J A;  3SBG A;  5A2Q Z;  1X4O A;  3AG4 H;  4ECV A;  3U3G A;  2RVC A;  2G08 A;  3H35 A;  2PG4 A;  5J2D A;  4IZ9 A;  2AU0 A;  4ZTJ A;  2HYG D;  4DTP A;  4DL3 A;  4J9S A;  4BX9 C;  1Y64 A;  3F2C A;  3HOY J;  4QZA A;  1KYW A;  4FLT A;  5AM0 A;  2P5G A;  4PGX A;  3FM3 A;  4AYB C;  5LEJ A;  4IOA L;  1VQ5 I;  2R0Q C;  4A59 A;  4A0X A;  1SFX A;  2BHN A;  4TV7 A;  4J9L A;  1LWE A;  2YPR A;  3J7Z I;  1NKB A;  3ZDC A;  2E34 A;  1N6Q A;  3HM8 A;  3SDG A;  4FLY A;  4MHV A;  1MIJ A;  4CZM A;  4DTR A;  3MC1 A;  3WK4 A;  5GIO A;  1RDC A;  5KPR A;  1RUN A;  4YIF A;  3TAD C; 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