5HR7A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli with cross-linked in vitro transcribed trna
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
360
structure length
358
Chain Sequence
GKINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDAAGQLAGDVIDRTKRTLRKRMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Escherichia coli
publication title Crystallographic capture of a radical S-adenosylmethionine enzyme in the act of modifying tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA Glu
total genus 132
structure length 358
sequence length 360
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2016-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5hr7A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5hr7A02
3EWZA 1MSSA 3L21A 4LRTA 1DOSA 2EPHA 2V2HA 4O12A 4LUIA 3RFAA 5F4WA 3G0XA 3T78A 4A2RA 4RLIA 2YCEA 5D38A 4EOUA 1NF0A 3HGOA 2QCNA 4UNLA 1EA0A 1IF2A 1JCMP 3L2IA 1B4KA 1AW1A 1XXXA 2X16A 5GVJA 4QM1A 1LBFA 3N3MA 3PVFA 3DH7A 1ZCOA 2QJHA 1AG1O 5HULA 1BTMA 1QPNA 1VHCA 2RHGA 5DLCA 5AYZA 4KWVA 3SZ8A 3A5FA 3O05A 1KW1A 3G24A 1EP3A 1JRCA 5CPNA 3GR8A 2NV2A 2V2DA 3P5ZA 1BEUA 4OQVA 3G18A 3PB0A 2H8XA 3B0UX 4N4QA 1MXSA 1PL9A 2NX3A 2V81A 3QMRA 3N9SA 5AHLA 4JXCA 2QCCA 3BLEA 4UTTA 3KOFA 3NL2A 4ALDA 3TFCA 1RPXA 1QOQA 1VLWA 4Q33A 3TMQA 4QNEA 5LKYA 3R13A 1XKYA 1ADOA 3E02A 3KVMA 3NPUA 3EXSA 1TSIA 1DQXA 3L0KA 3B0VC 4Y96A 3W2MA 2V30A 4FX7A 1HO1A 3QYQA 1VCVA 4WD0A 1LOQA 1OX4A 2I1OA 3EWUA 1Z48A 5E1QA 3ABQA 3RF9A 3BLFA 1I2RA 3QH2A 3HIJA 4MFDA 4WY0F 4K8EA 2DU2A 3P7YA 2PURA 4X3ZA 3W23A 2ZFAA 5HQEA 3GDTA 4HHPA 3DI0A 3S1UA 4BK9A 2X30A 5AHMA 3CEPA 2A6LA 3HG3A 4JTKA 2PC4A 4ZQOA 3EB2A 4LY8A 1VCFA 4UTUA 1YPFA 2FPTA 3H54A 3L65A 1KFKA 3ANYA 3QPZA 5AHNA 3GDMA 4MKNA 4AWSA 2QDHA 1KM0A 2NXIA 3C2RA 1A50A 3S8HA 3OEXA 3W7JA 4IGHA 3A23A 1FCBA 2ZRWA 2RDWA 1SW3A 4UTHA 4E2BA 3TJXA 2Y62A 3F1QA 3PG8A 2I9EA 1SW7A 3C4UA 3W1LA 5G5IA 2QCMA 3EX6A 2QCHA 2TPSA 4GUFA 4JTLA 3UWVA 3VNDA 4UTKA 1OFEA 1F2JA 3LHWA 2WNQA 1GQNA 1I2QA 3Q58A 4K36A 5EPDA 4IX0A 2LLEA 5LNSA 2X1UA 3MO7A 1ZJIA 4I7WA 5D2TA 1W3IA 2Y6ZA 5CPOA 1KM1A 3B05A 4PA8A 2JGQA 1FY6A 2HSAA 3UZ5A 3KRZA 3G1SA 3V75A 3W86A 4NXKA 4AF0A 3FEMA 1S5VA 2G96A 3M1ZA 4LWWA 1LTDA 3PULA 4O0ZA 2BTMA 2Z1BA 4HSOA 3LRLA 2ISVA 4RJEA 3G0UA 5AN7A 3QW3A 3RMJA 2Q3RA 3DHFA 3W75A 3W7KA 4JTGA 3OVQA 5D05A 4HIBA 4TIMA 2GQ9A 3HJZA 3PBYA 5CGQA 1ML1A 2CZDA 1AW5A 1D9EA 1WQ5A 3PSVA 3QEZA 3ATYA 3N2MA 5K4XA 3W7NA 4RZ5A 2C16A 3EX3A 2VFEA 5CZJA 3SFKA 1F73A 4RV8A 5FF4A 2YYTA 5I3IA 4MUZA 2VFHA 1IGSA 5SWUA 1BWKA 1PCWA 3UYCA 4TR9A 1HG3A 3GDKA 3R12A 5CZ0A 1SZEA 1TRDA 4RXGA 3USBA 4UTTC 5AHFA 2ZRYA 4Z1BA 3T7VA 2PRMA 4JY9A 1PE1A 3PF3A 4LNYA 4UFJA 4XTDA 1SO3A 4WXZA 4WXYA 3TC6A 4Y6GA 4RCXA 1JCYA 3HF3A 3O6YX 3UWUA 5D04C 3P84A 3VKJA 1W5OA 1AL7A 1T96A 3A21A 2NV1A 3MHFA 4EF9A 4N02A 2DZSA 4MOZA 3SIZA 3NQDA 4HNVA 3AJXA 3O6CA 5I3FA 4GE8A 5FEXA 4KWWA 1L6YA 4IWWA 2P10A 1KM6A 2J27A 1FDYA 3S1VA 3P82A 4TX9A 2DZUA 3U8GA 4Z1CA 4O10A 1ZALA 3EX2A 3UZJA 4LS2A 3LV5A 3LOTA 1X1OA 1WA3A 1Q6OA 4AB4A 3UQNA 2QCDA 3E9AA 2XN1A 3NL6A 1P1XA 3I7QA 4FB7A 4CCDA 1Q6LA 4JD4A 4PL1A 2Q3OA 5BMWA 1K7FA 3TXZA 2FDSA 3QM3A 3ZFHA 3RU6A 3M16A 1G7VA 2CLEA 5LHEA 4S2BA 1QCWA 5CSRA 1AK5A 2YFOA 4PFMA 1TPB1 2A6NA 4FIQA 2A21A 2TMDA 2H3BA 2QCEA 3P5YA 2QUVA 1J5TA 5I3KA 5DCDA 1RVGA 1FXQA 3W2KA 5LGZA 4UR7A 5MHBA 5HMSA 4BFAA 1H7RA 4XWUA 3WJZA 2QAPA 1KA9F 2ZZ4A 3L0GA 2GVLA 3WJWA 5F2IA 2Y61A 4HNNA 5KZMA 2NXHA 1N55A 4N4PA 3MP4A 3TSBA 1CX9A 2CU0A 5U4NA 3GK0A 1R2SA 3S6DA 3QPYA 4NJGA 2RH9A 2ZA3A 2ZDRA 3LTSA 1TPDA 3WJYA 1G4TA 1K02A 2BXVA 5DELA 2WNZA 3W22A 5T26A 3HPZA 5IM51 2E1DA 3GLCA 3WFAA 2FIQA 1K8ZA 3JR2A 3NQGA 5F1VA 5D2VA 5H2ZA 4ORMA 1O5XA 3TAOA 4AHOA 2WO5A 3LHVA 4WX2A 2Y89A 2D73A 3MJYA 3PR2A 4WY0A 4DBDA 2B7QA 5DCBA 4LOCA 1KV8A 1GJPA 3GKFA 3W85A 5EL1A 4MLJA 4RZ6A 1SUXA 2YW3A 4OBTA 1H51A 1WV2A 2Y85A 4JYFA 5LSMA 4EF8A 4M6PA 1XL9A 4X9SA 4GUGA 3TA6A 3ZWSA 1KTBA 2ATMA 3BGJA 3W7CA 3EX1A 3MP5A 1SZGA 4WUIA 4ZQRA 4YXGA 1VJIA 1YDOA 3BG9A 3L5MA 1C8VA 3BV4A 3UY7A 3F4WA 3TQVA 2C1HA 2E6DA 4K38A 3TW7A 4QSHA 2ABBA 3M6YA 3P8IA 2ZTJA 4RXFA 3QRHA 2QR6A 4G1KA 4O28A 3W1QA 3W7HA 3G3MA 1TO3A 5D32A 3PAJA 3O16A 1J4EA 1KFLA 1M6JA 3U2OA 5I3GA 4Q4KA 4DBEA 4AWUA 5KZEA 2A0NA 2J9XA 5F4SA 4E2DA 3KRSA 1G4SA 3NM3A 4FHAA 1BWLA 2Y70A 3FYOA 2AQWA 4AEOA 4HPXA 5AC7A 3O07A 4NU7A 4RK8A 2EKCA 4EWND 1DJNA 4YWIA 3W72A 3LTYA 2YX0A 4C1LA 1DKWA 1GTHA 4JDYA 2NUWA 4MY8A 4GBUA 1OFDA 4AHPA 4M7SA 1ONRA 4MZ8A 4O53A 1HO4A 4LVFA 2ZA2A 1GVFA 3ATZA 5AHEA 3WK1A 4AMAA 5LNUA 1R46A 1RZMA 1ZAHA 2DZVA 5AYXA 3M5XA 1O94A 3C8FA 3P8JA 5D33A 1GYNA 4P2VA 3M7WA 4R34A 3S5YA 2ZRXA 3E0IA 1IXNA 5FEWA 4FXRA 3QSRA 3PM6A 3GNNA 3NQMA 3W1NA 1Q6QA 3PG9A 2O7SA 4ML9A 3T44A 2ATSA 1VC4A 4AVFA 1GEQA 3K30A 3C2OA 3NM1A 1LOLA 2FB3A 4DO6A 1HFBA 4K37A 1NF7A 2CLHA 4GUJA 2X1SA 5BMXA 1I2NA 2FJKA 1QDSA 4ORIA 4ADSA 2FQIA 1LOSA 4UCGA 1H62A 4Q32A 3IGXA 1OX5A 1EX5A 1FCQA 2GPTA 3RLVA 2FTPA 3W7PA 2BWGA 2GJLA 6TIMA 4XKYB 3TQKA 3IIVA 2NX9A 1DVJA 3G1AA 1RQHA 1IXPA 4GUHA 1TREA 4L4LA 1ZAIA 3FKRA 4QISA 1PIIA 3M5ZA 1J2WA 1TPEA 1VR6A 3CLMA 1V5XA 3VFLA 1XM3A 3I65A 4JTFA 3R89A 2HMCA 3NOEA 4H4IA 1YXDA 3FYPA 4M6VA 1ME7A 1VRDA 4N9CA 4ADTA 4FO4A 1W54A 4BI7A 1XDMA 5HWJA 4CNNA 1VH7A 3UXDA 3EWWA 3WJXA 1LRQA 4O50A 3N34A 1A5SA 3STCA 3B03A 2B7PA 2VFIA 5K9CA 1F05A 2NUXA 4ZQMA 2B7OA 2FB2A 3Q94A 3HGJA 5KSWA 5D2XA 2EF9A 5LNVA 5LZLA 1Z42A 4PL2A 4NZFA 4GRSA 1GTEA 2YZRA 3HG2A 1MEIA 3W1XA 4H3DA 1XBZA 5E0KA 1KFEA 1R30A 1K8YA 3EXRA 3PBVA 4I7VA 5TIMA 1FX6A 3NPXA 1MZHA 5DN1A 3LX9A 3BW4A 1DBTA 5G2HA 4XZ9A 2OCZA 1VS1A 5HJLA 4IPJA 1QR7A 1QNVA 2YR1A 3C2VA 3P62A 3W7LA 3BG3A 7TIMA 3HPXA 3NEVA 5CKSA 3NVTA 4AWTA 1SO6A 1A53A 2YGYA 2DZPA 1VCGA 4Z1DA 5AOUA 1GG0A 2C0AA 3B0PA 5G2IA 1NSJA 3HOJA 2VC6A 2ZRVA 3LCLA 2C18A 3UNDA 1Q45A 4JY8A 4MZ1A 4GJ1A 1WXJA 2Z2UA 3W7IA 1I8JA 1O5KA 3KFTA 1G4EA 3O06A 4LTSA 2WSRA 4S2CA 1W5MA 1LRNA 4R7JA 3FOKA 4L4MA 2QCLA 1K7EA 5DXYA 4U4MA 5K9DA 1OK4A 5DY3A 1GOXA 3W7RA 4JGDA 3MI3A 2NUYA 3LRMA 3S42A 1ICSA 3MI6A 3BGGA 4H6KA 4JDBA 3QSTA 3UY8A 1O4UA 1QWGA 3W1UA 3VE9A 3DAQA 5K9XA 4A29A 5I3JA 3MW7A 2Y7EA 1ZFJA 4QITA 5CPLA 1F7BA 5FI8A 3NQ8A 4HN4A 3MBDA 1W5QA 4JICA 3L0NA 3CPRA 4ONVA 1ZNNA 1JVNA 3R2GA 1P0NA 3W7QA 1WBHA 3HGSA 5HWMA 3C52A 4O54A 4LV9A 2VKZG 4IMDA 4MPQA 1UJPA 4BWLA 1YXYA 2F84A 2BZNA 3C0JA 1SR9A 5CZTA 4CCEA 4XBKA 4A21A 2Q8ZA 4X2RA 1SU5A 4UFKA 4LC8A 4O1CA 4R53A 4IMFA 2GVGA 4TMBA 4LRSA 4DXVA 1I2PA 3DGRA 3LBCA 1JRBA 1I45A 2TYSA 4LVGA 1P4CA 1MO0A 4UIOA 3P67A 1RD5A 3FIGA 2KZHA 3NYZA 3V1PA 2UV8G 1OVDA 4TO8A 1JR1A 1JCJA 3PY2A 3C56A 2QKFA 1KFBA 1TPFA 4NX0A 1YTKA 1VQTA 5EKYA 4ZMGA 1H7WA 1LZOA 3UPWA 4JX4A 2J9ZA 1TTQA 1ZY9A 1X8FA 4CQAA 2V2CA 3B06A 4ZVJA 1ICQA 3W2NA 2ZYFA 5D30A 1BKSA 2GUUA 2X1TA 1K8XA 3L5AA 3MMTA 3KX6A 5KINA 2FFCA 3NL3A 3IVSA 1D3GA 3H55A 2WV8A 4HNUA 3E12A 3SECA 2PRLA 4MY9A 3GB6A 2OT0A 1WOAA 1OF6A 4UUIA 3NGJA 5AB3A 3DU0A 4OHQA 3Q37A 1L6WA 3NPVA 4MIMA 3PUOA 2ZZ1A 4OWGA 1TMHA 2V9DA 5F2LA 1XBVA 3W6YA 4O4VA 1WAUA 2V8ZA 3THQA 2VEIA 3KAOA 4EVZA 3NZRA 1L6SA 1PHWA 3C61A 2A4AA 3TNOA 1THFD 2CLOA 3Q2DA 3R5EA 3LCGA 2Y7GA 4YCPA 4UR8A 1F76A 3GIYA 4UMAA 3TDFA 4JEQA 3S0CA 4IJBA 5HR6A 3TXVA 3TU9A 2V5BA 3CT7A 4MYXA 1EP2A 3NQ7A 3W2LA 1H1YA 3M44A 6ALDA 3BPWA 4K6AA 2BX7A 3E96A 4FF7A 1EUAA 3B4UA 1IXQA 4O4WA 1DQWA 1LBLA 2C13A 1KTCA 1ME9A 4CNPA 2ZRUA 1Q6RA 4CQ9A 1YTEA 4O0KA 1WYIA 5F2GA 4GC4A 2B7NA 1YLVA 2WKJA 1M7OA 1TJPA 3MUXA 1NAL1 2A85A 4MFEA 4Y90A 3GR7A 4POCA 2C19A 3DENA 5D37A 5K4ZA 5FF3A 2ZBTA 4BWLC 2CWNA 3W88A 3LCXA 1B9BA 2J9YA 3NQVA 1W1ZA 1FQ0A 1VYSX 4N6EA 1FBAA 3GNDA 3CWOX 1QO5A 2H8ZA 4UFHA 2ISSA 1TTPA 4A2SA 3W70A 3DI1A 4O1AA 2W6RA 3OA3A 1GPWA 4R33A 3GDRA 2JKEA 2VFDA 3M5VA 5CPMA 1YADA 4O16A 5J5RA 1TPH1 2Y88A 3P74A 3W9ZA 1P0KA 3THAA 5BRBA 4UTMA 2Y7DA 2HTMA 4DO4A 1O95A 4FNSA 4PODA 3TC7A 1SSGA 3TJLA 2PRHA 4IUOA 3EEGA 4MJMA 4AHQA 3P61A 2OT1A 3HMJG 5F2MA 3N19B 1QFEA 5AFDA 2YSWA 1UUMA 4DO5A 4FNTA 4UXDA 4IQLA 1ZAJA 3W1RA 5FF7A 3UD6A 5G1TA 4Z0JA 2G97A 5LNWA 1UASA 3LCFA 4E0CA 2E5BA 5D02A 2WPBA 3N2XA 3SW6A 2RDUA 3AO0A 1S5WA 1SFJA 3O8AA 3LGEA 4UTJA 4LT9A 2JGYA 1KLYA 1E51A 1R2TA 3W7EA 4XQ6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3L21 A;  3N1A A;  1D8W A;  1SKS A;  2CET A;  2A1J A;  1E9Z B;  1DJH A;  5AKH A;  3TYZ A;  3CLW A;  4WGH A;  3AHT A;  5KZ6 A;  4A2R A;  1KN5 A;  2YCE A;  5GJN A;  2W92 A;  4R7W A;  1JMS A;  1BYB A;  4I2J A;  5AKQ A;  2EPL X;  1AFS A;  2QCN A;  5C0Y A;  1CB7 B;  4PCN A;  1EA0 A;  4M2Y A;  5G4H C;  3N3M A;  3GSM A;  4Z2I A;  1FHV A;  3WKE A;  5HUL A;  1AG1 O;  1XHG A;  5T14 A;  5DGB A;  1Z00 A;  3O05 A;  4JKL A;  1X38 A;  3BZJ A;  1BEU A;  3ECQ A;  5III A;  3IK2 A;  3PB0 A;  3B0U X;  3A4A A;  1MXS A;  3A4X A;  1XW8 A;  4PMX A;  3UJR A;  3WU2 U;  4I2H A;  3C29 A;  2K4I A;  3NL2 A;  2YL9 A;  2BR0 A;  3BQT A;  3UG3 A;  1RPX A;  1QH9 A;  4N0R A;  5AC5 A;  1JIH A;  3NPU A;  3EXS A;  1DQX A;  3L0K A;  4Y96 A;  3WBY A;  2BV9 A;  4WD0 A;  2I1O A;  1PIF A;  2WJE A;  5E1Q A;  2RDX A;  3CV1 A;  3LPP A;  3QH2 A;  5HNT A;  4RQ6 A;  4WY0 F;  3TFS A;  3XIN A;  1RJQ A;  4GG9 A;  3DI0 A;  2WVT A;  2PGE A;  4G2D A;  4BK9 A;  3PAN A;  5AHM A;  2PWU A;  1KXV A;  2P8B A;  1UZ4 A;  2HCV A;  5M1T A;  1UA7 A;  2FKP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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