5HR7A

X-ray crystal structure of c118a rlmn from escherichia coli with cross-linked in vitro transcribed trna
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
360
structure length
358
Chain Sequence
GKINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLAVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDIDAAGQLAGDVIDRTKRTLRKRMQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic capture of a radical S-adenosylmethionine enzyme in the act of modifying tRNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords tRNA Glu
molecule tags Oxidoreductase/rna
source organism Escherichia coli
total genus 132
structure length 358
sequence length 360
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2016-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5hr7A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5hr7A02
3CT7A 2Z6IA 3NR0A 1TPWA 1SW7A 2C6QA 2GVJA 1W0MA 3E96A 3G1HA 1SU5A 3U6WA 1JVNA 3CIWA 1W5MA 1JCLA 4JTLA 3L67A 4A29A 4UMCA 4DF2A 1KV8A 4OV4A 1JCJA 4CCCA 5LHEA 3THQA 3A21A 5AYYA 4JX6A 4AWUA 1HO1A 5C2XA 4RR4A 4MOZA 1K03A 2PE4A 3TSMA 1EPXA 4GUHA 2X30A 2C15A 1FY6A 4PA8A 1GG0A 1DV7A 4TMBA 3R89A 3BGJA 3W1AA 4GC4A 1KFKA 2ZA3A 5EPDA 1LORA 4HN4A 1Q6LA 3DGRA 3LI0A 3R13A 3W9ZA 1T0OA 3HGOA 3HB9A 5AN7A 4A2RA 1RD5A 3B8DA 4LOCA 4G1KA 5LNSA 3GNDA 1KFEA 4PL1A 2XN1A 1BEUA 1I8JA 1SR9A 4JN6A 3DFNA 4P2VA 4LRTA 4MKNA 1GG1A 3LHZA 1ME7A 3EX1A 1UUOA 2PRHA 3S9YA 2H8XA 1KLYA 1YXCA 1PV8A 2TRSA 3NQMA 4WY0A 3QH2A 3W74A 1H7RA 4BI5A 1OYBA 3UPBA 3DFOA 2HS8A 3BLIA 4MFEA 1U83A 3SIZA 4I7UA 4WJEA 1CI1A 2XFWA 2XN0A 1FCVA 3W76A 1YXYA 4ZZ9A 1N7KA 4PCFA 1W37A 1M6JA 4O13A 4UFIA 2GJLA 4MPQA 5K2ZA 3N34A 5F1UA 3NQ6A 4CNOA 2VFHA 1P0KA 4TX9A 1WV2A 3CM4A 5BMWA 2TMDA 1JR1A 5HUOA 2C3ZA 3LERA 5I3HA 4UTHA 4JX4A 4HNVA 5FF0A 4D2JA 3UXAA 1XBYA 2GUUA 2A85A 3W7EA 2WNNA 2OT0A 4AF0B 2V2CA 1AK5A 1AMKA 1ME9A 1IXOA 4O28A 4K37A 4LS1A 4UR7A 4M6PA 1PCKA 2AGKA 3HGRA 4IPIA 3FIGA 2OJPA 5D32A 4XUGA 1QFEA 2NWRA 2Y85A 3TW7A 4N9CA 5AHFA 4R53A 3G0SA 1F76A 3DFTA 5CGQA 4AHPA 4DBEA 1B4EA 4JIPA 4UCGA 3PC0A 3W84A 4FHAA 1SW0A 2PC4A 4FEZA 5BNKA 1VYSX 3SZ8A 4GE8A 5L9FA 1GT8A 3T78A 4HT3A 1G4TA 2KZHA 3PULA 3B06A 2C16A 3NPXA 4HNUA 1KTBA 3W1RA 1W3NA 2ATMA 3BGGA 3HO8A 3NO5A 5FF7A 2E09A 3HPZA 4MY1A 3B0UX 4O11A 1QMLA 1TV8A 2A5HA 4QNEA 3L68A 1JQXA 3TSBA 2QCFA 5FESA 3G0XA 1OFDA 3RLVA 4JTJA 2V30A 1AW2A 2CZDA 3EWYA 4TO8A 3IVSA 1I4NA 3M5XA 4C1LA 1Z44A 1VCVA 1XDMA 1XBVA 1TTIA 4QM1A 3ANYA 1CX9A 3PSWA 5H2ZA 3W6YA 1Q6QA 1OG0A 1H1ZA 1KM1A 1ZCOA 3IGSA 4AXKA 1YTDA 3RMJA 3IGXA 1P1XA 3PBWA 4QSHA 2DJXA 4ICNA 4JTEA 2NX3A 1EP3A 4GXMA 3CC1A 1F7BA 4NNBA 4XWUA 1HG3A 4M7SA 1G4PA 1FCUA 4HIBA 2JKAA 3SY5A 4NJHA 2ISWA 4O18A 1I2OA 4HNTA 4MYAA 3DKJA 1TV5A 4JTIA 4Z1CA 4ZMGA 3ABRA 1GYNA 3GDMA 1OABA 4XTDA 4K6AA 4HPJA 5J5DA 2RFGA 1G4EA 2Q8LA 5I3IA 3LCXA 1VHCA 3MP4A 3TSDA 5LNRA 3GR7A 2P10A 4QIUA 1OJXA 3BG3A 1LLZA 5SWUA 4NU7A 1KTNA 1QPOA 3W7HA 1OX4A 4O4WA 2OCZA 3PB0A 3GKAA 1F73A 5LKYA 1W8SA 3C2VA 3F1QA 3P61A 2QCDA 2HTMA 3N14A 4UMBA 4NNCA 2GOUA 3EWUA 3LHVA 1GWJA 4PC8A 5HUPA 2DORA 4NJKA 1OFOA 4U28A 1MSSA 2WSQA 1TB3A 3SR7A 2ZZ5A 1TRDA 3PG9A 3PBYA 2HMCA 4O15A 5FF3A 3LLFA 3HPSA 4WD0A 2QF7A 4EOUA 2BLEA 5EMUA 3W7GA 2J24A 1K8XA 1GOXA 4K8HA 2AQWA 3PUDA 3TXZA 1D9EA 2F7FA 3B05A 1Z48A 4UTLA 3EEGA 5AHNA 5K9CA 3NL5A 1ZENA 1AW1A 3ABOA 4Y96A 2J27A 1QPRA 1QO5A 1MO0A 5BRBA 4JEQA 2PRLA 1NEYA 1K7EA 4X9SA 5CZSA 3DU0A 3LHWA 3KRUA 2A1YA 2BSLA 5G1TA 1AW5A 2DU2A 4FNTA 1RVGA 2R8WA 4UIOA 3R5EA 3O6DA 1EWDA 5AHMA 1EUNA 3PSVA 5HR6A 1L6WA 1LRTA 3E02A 3P5ZA 1QNVA 3DFPA 2YW3A 3LTSA 3Q94A 4N6FA 5G2WA 5K9DA 6ALDA 1IIHA 3FJLA 4S2BA 4HKPA 3U8GA 3M7WA 4IMCA 5L6UA 3W2MA 1K7FA 1EWEA 1X1ZA 3NQVA 3SW6A 2RHGA 2DZWA 2A7NA 3IV3A 1XKYA 4LRSA 3UWWA 3WK1A 1GTHA 3BV4A 2GVGA 2WSRA 3SI9A 3OIXA 1S3HA 1NVMA 2BZNA 3W70A 2A7RA 4WY0B 1XDLA 3GVGA 4TR9A 2FB3A 4Q32A 3W87A 4JTFA 3LHUA 1AG1O 5CZJA 2ZTKA 5HINA 2A0NA 1H51A 2W0UA 3PG8A 4NQ1A 2B7QA 4NJJA 3STGA 2X1RA 4O50A 2ZA2A 2GQ8A 3W3OA 1A5SA 5I3JA 1DKWA 3LBCA 3D0CA 3GLCA 4XBSA 4YLWA 3L21A 4JXCA 1JRCA 4ZVJA 2E5BA 3B03A 4AEOA 4Z1AA 2EKCA 1EUAA 3KRSA 3LDVA 3GR8A 3PBUA 5KTLA 3LRKA 5AHLA 1K8YA 3W7LA 2ZCGA 4XBKA 3DFQA 1DBTA 1NSJA 2B7NA 5D30A 1TV7A 3NXFA 4EF9A 2NXIA 3QYQA 3VNDA 3PB2A 1YTEA 4ZQOA 1F6KA 2E6YA 4GFSA 4K8EA 5F2LA 2J9XA 3N2MA 2WJZA 3N9SA 2Y61A 1GVOA 3MO7A 1LM1A 2VELA 3R12A 4ZL1A 3I7RA 1W31A 3PUEA 4FX7A 1KV5A 3W1NA 4XKYA 3LLDA 3V1PA 2J9YA 3C3NA 3F4NA 1FWSA 2Z0IA 4WY0F 2JBMA 2NX9A 3TQVA 4JICA 2CLLA 4X22A 3EKZA 4NJGA 3OVRA 1W1ZA 3NM3A 1GYLA 2NWSA 3KVLA 3LBMA 1R2RA 3MI3A 1LOQA 4IXXA 5A5WA 4RZ4A 4O1CA 2E6FA 4BR1A 1FWRA 1K02A 4HSNA 4LS0A 3INPA 1FDZA 4O8RA 1EX5A 1GZGA 1I45A 2ZZ7A 4UNKA 2G5WA 3TQ0A 1CW2A 3S42A 1DVJA 3HGJA 1VPXA 4UUIA 1Q3NA 4GJ1A 1XL9A 3T40A 3OVQA 5IBXC 3EX2A 3NZ1A 3LV6A 4YMZA 2DZPA 4O0ZA 3IVUA 4UFJA 3W7DA 2CLEA 1VRDA 4Y6GA 3NQAA 4N9BA 1OYAA 1FXQA 2O7SA 4FO4A 3TJXA 3CLMA 3EWXA 3NQGA 1EA0A 1GEQA 3UY8A 3W1PA 1GVRA 3CQ0A 5G2HA 1M5WA 1G7UA 5KMYA 1LROA 2VEPA 5LNVA 3EXTA 1VR6A 5F2IA 1DOSA 5I3KA 2OT1A 3KX6A 5TIMA 3MI6A 3QFEA 4JYFA 3M5VA 2CLOA 1RPXA 2FPYA 3P74A 4MYXA 2Y7EA 3MMTA 4XZ9A 3U2OA 3W1QA 5D37A 1JRBA 4WQ6A 5EY5A 3C2OA 4CCEA 3KOFA 1YDNA 4Z08A 3WJSA 1W54A 1TPFA 2H6RA 3EX4A 4Z0JA 2WSYA 2ZRYA 3GDLA 3C4UA 3LTYA 5DELA 1O94A 3VI2A 2YYTA 2QCMA 3LX9A 3DI1A 3T44A 4AVFA 3GIYA 5KITA 2WOQA 3MYOA 2ATSA 1XCFA 2GQAA 3NM1A 2V0TA 3EXSA 4HSOA 1C29A 3O6CA 4NX5A 2X2GA 1OF6A 2QCHA 1TPB1 3IIXA 4FNPA 2C18A 2F84A 4UR8A 1FCBA 4BFAA 1KBIA 1H7WA 3SFKA 3BPWA 4UNLA 3S8HA 2FDSA 3MUXA 2Q8ZA 3CEPA 1XBXA 4OU1A 5A8GA 5BMXA 2FLIA 5HWJA 3LB0A 4RLIA 1L6YA 4IMFA 1OX4B 1BWLA 3W1LA 1G6CA 2VFEA 5CPOA 1T8XA 2Y6ZA 2YGYA 1PHWA 2NV1A 1TJRA 4O1BA 2YDAA 5HWMA 1PCWA 3B04A 3IGUA 2QCDB 3DHDA 3LV5A 3NL3A 1G7VA 5G5IA 3W1TA 2NXGA 4IJBA 3WK2A 1T96A 1VQTA 4BK9A 1D3GA 1I2PA 3NQFA 3WJXA 3W1MA 1F2JA 2RKXA 2Q3OA 1KM4A 1NFBA 1UB3A 2AAMA 4RX0A 2X1TA 1C9DA 3BVJA 4JYDA 3TE9A 3MHFA 4OV9A 3IIZA 4OBTA 1LOSA 1OK6A 5D04C 3CB8A 2V8ZA 2NV2A 3FKKA 3STEA 1QDSA 3LRMA 3W7OA 1X1OA 1VZWA 3ABQA 3IRDA 1ADOA 2X1SA 4GUFA 3G1YA 3I7SA 5LNWA 2BX7A 3TXVA 1TPVA 1W5NA 1BTMA 2EF9A 5DXYA 3P8JA 1AL7A 3P62A 4UTUA 1YTKA 1TPUA 1TTQA 1YDOA 4I7WA 4MUZA 5EYWA 3W1UA 3W7IA 3FEMA 4O1DA 1ZY9A 4DF0A 1DQWA 3TCEA 2CLHA 1Q45A 1PHQA 1J2WA 3L9CA 4R7JA 2E6AA 3NAVA 4Z0SA 3NA8A 2FFCA 3TC6A 3F4WA 1WBHA 1FXPA 1KM3A 3BO9A 5DXXA 1TJPA 3E9AA 3WJZA 1FBAA 4MIMA 3YPIA 1S5WA 4FNRA 1L9WA 4RK8A 1U5JA 1LOLA 3S5NA 3TH6A 1JJKA 2IQTA 3DFSA 4NZJA 2QAFA 3G1SA 1A53A 1SO6A 4OT7A 1KM6A 2YFNA 3KRZA 1KA9F 5D2XA 1RQHA 1I2NA 2Y70A 1ZAHA 3B4UA 3NOEA 4LWWA 3TX9A 3FKRA 3QEZA 3W2KA 3LCIA 4FIQA 3UPWA 4O14A 1I2RA 4YL2A 3NNTA 3MBDA 3I7QA 5CPNA 4UC5A 3G18A 1R47A 2ABBA 4K36A 4MZYA 4LT9A 1XUUA 3GK0A 1MEWA 4KWWA 5BOOA 4LV4A 4PFMA 5ABTA 3OG3A 3P81A 2EGZA 2D73A 5HR7A 2CWNA 2J6XA 3NZRA 1P5BA 4LC6A 2QCEA 3H53A 3L0NA 3BW2A 4ORIA 2RDWA 3M41A 1LP6A 3JS3A 4Z1BA 2WNZA 3GDTA 3GNNA 2CLIA 1EIXA 2DP3A 3STCA 1QO2A 1TIMA 3HG2A 3P67A 1KFCA 1OK4A 1H7PA 3MYPA 4POCA 3UZ5A 1ZFJA 1TYGA 3TKFA 3NQ8A 3O6YX 4UMAA 4QAIA 3KFTA 3C52A 4O54A 1VC4A 5AYZA 1W3IA 2ZBTA 4XKYB 2V2HA 5DCEA 4L4LA 1VYPX 3UYCA 1E51A 5C55A 2DZTA 1WAUA 2QCLA 2YW4A 5H91A 2ZRXA 3MBFA 1YYAA 3W75A 3W83A 3O16A 3M6YA 2X16A 3W86A 3H55A 1X8FA 1N55A 3L65A 4EWND 1GQNA 1DQXA 1VCGA 2P1FA 2Y62A 3QRHA 4K7VA 3C61A 3LTPA 4GUIA 1TRIA 4N9EA 3GYEA 8TIMA 4YWIA 3W88A 4IPJA 1ALDA 4MFDA 4TU1A 3W1XA 1F05A 2YPIA 5CZTA 3G8RA 3W2UA 2QJIA 1IXNA 5CZ0A 3QM3A 1RV8A 5HJLA 2A21A 4PH6A 3EX3A 3TAOA 2YYUA 3TFCA 5HMSA 5K7JA 1LYXA 4RXFA 4LUJA 3IVTA 2I1OA 3G1XA 1Y0EA 1I2QA 3HG4A 1B3OA 4FXSA 3G3MA 2RDUA 3VE9A 1HUVA 5EBUA 3I68A 4QNWA 3CPRA 3EWBX 2QEZA 1TPDA 7TIMA 3BG9A 3TV8A 2WV8A 2BTMA 3Q58A 3MJYA 3Q37A 1VLIA 5LGXA 3B0VC 3NPVA 5AC6A 4KFNA 3M44A 3NPUA 3HJZA 3GXNA 3NG3A 1K8ZA 4UXDA 4DELA 4A21A 1B4KA 1Q6RA 5D2VA 2C19A 5CPLA 3GX9A 1QAPA 4FIRA 5AFDA 3THAA 4CQAA 3E12A 2E6DA 4WOQA 1K7XA 1XI3A 2JGYA 1IF2A 3HMJG 2ZYFA 3GXTA 2QJHA 3W7QA 3TR2A 3S5OA 5CSRA 1H7NA 3A9IA 3TNOA 3S1UA 3KVKA 3UWUA 4QITA 2EPHA 2ZRVA 1FDYA 3HG5A 3N9RA 3CTLA 5TBOA 2UV8G 1NF0A 3H54A 4DO4A 3ZR4A 1SPQA 5FI8A 4JD4A 1X6UA 5AB3A 4LVBA 2YR1A 2QKFA 4AWTA 5IM51 5TQLA 1BWKA 4JY9A 4LUIA 3W71A 4OQVA 4KWVA 4RXGA 2WQPA 4ALDA 2PCQA 3CWNA 3C2FA 5G1YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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