The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
80
|
structure length |
80
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Chain Sequence |
ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
Phospholipase A-2-activating protein
|
| total genus |
12
|
| structure length |
80
|
| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PST A; 2K8A A; 3PSP A; 2K89 A; 2K8B B; 2K8C B; 3L3F X; #chains in the Genus database with same CATH topology 2C2D A; 2E8M A; 1O03 A; 2HMX A; 8ICH A; 7ICL A; 2IOH A; 4QWD A; 4C4R A; 3V6K A; 2C2E A; 5KFC A; 5ALZ A; 2OCE A; 5TIS U; 2BDP A; 4C8L A; 4M9L A; 5ALL A; 4ECX A; 2QAR A; 5F9L A; 1S9F A; 3HIL A; 3PY8 A; 4QNL A; 3PML A; 1NOM A; 2F1I A; 2W9B A; 3EYZ A; 1FEZ A; 3D2N A; 3UMG A; 3C1Y A; 4KLJ A; 4F8R A; 2MA1 A; 2XCA A; 3RTV A; 1IM4 A; 1KEJ A; 4RQ2 A; 1CEZ A; 3MR5 A; 3KFU F; 3M9N B; 4UB5 A; 4FS1 A; 4QIW F; 2KZZ A; 2KKV A; 2BR0 A; 1U4B A; 4J9O A; 2CN1 A; 4C8N A; 4O3N A; 4E0D A; 2KTQ A; 4OJP A; 3WK5 A; 5KFS A; 4LJX A; 4IRC A; 9ICU A; 2KK0 A; 2A1J B; 1T4G A; 3Q8R B; 2B6G A; 2BPF A; 3C5F A; 2K8C B; 2AJQ A; 4F4Z A; 2ES6 A; 3GV8 B; 3V7K A; 3V7J A; 1ECW A; 5IIO A; 1BVS A; 2Z7J A; 2DKX A; 2XY5 A; 2FDR A; 1NK7 A; 4CF5 A; 4QWA A; 2HSZ A; 5AKI A; 3PW4 A; 2W7P A; 1T8E A; 3GZF A; 3CRX A; 1T7P A; 8ICJ A; 4KLS A; 2MU2 A; 5ALT A; 2F1J A; 4J9M A; 2J6S A; 4I2C A; 4ED1 A; 1WCN A; 4QZB A; 2ZJA A; 4KN7 A; 4UB6 U; 3ED5 A; 3LDA A; 4DQS A; 2JEJ A; 4CF4 A; 4P2H A; 4IC9 A; 5DLG A; 4Y2V A; 4P4P A; 2K4E A; 4ECT A; 3H8S A; 5J8Y A; 4DSL A; 9ICS A; 4DLG A; 5J2C A; 4FFD A; 8ICW A; 3Q8Q B; 3H7I A; 5J2B A; 1X2I A; 2R8G A; 2ZUB A; 3IDW A; 4J9K A; 1HUO A; 3NUQ A; 1RXV A; 2I5H A; 3IG8 A; 5KFG A; 3PVX A; 1NK8 A; 3JPT A; 2F44 A; 4ECS A; 2EAP A; 3BZC A; 3L5K A; 2AQ4 A; 5HHI A; 7ICT A; 2ZTE A; 2HHT A; 1ZQZ A; 1V9P A; 2V4R A; 5H2F U; 1U45 A; 4DOC A; 2DWQ A; 4ZH4 A; 3SYZ A; 1ZQQ A; 2B0C A; 3DV9 A; 2XO7 A; 3T5J A; 5ALK A; 3QEA Z; 1BPB A; 2PMZ C; 4MFC A; 5KFL A; 2KG5 A; 4ZOH C; 3QZ8 A; 5L9X A; 2RHF A; 3FM9 A; 4YMO A; 5KFH A; 1URJ A; 4CF3 A; 3NAS A; 4I27 A; 1PK3 A; 4NLZ A; 5C5J A; 4UB2 A; 3F2C A; 7ICI A; 5ALV A; 9ICL A; 2WHE A; 1ZD3 A; 1UPH A; 1ZQY A; 4EZ9 A; 5DDM A; 3MDA A; 4KN4 A; 4OO1 J; 5J0T A; 3JPQ A; 5EWE A; 2JZB B; 2JZB A; 5AI0 A; 4DCC A; 5AI8 A; 5J0R A; 2R8H A; 3QU7 A; 2GWS A; 3ISC A; 3H0L B; 1ZQK A; 2YTU A; 5KG1 A; 1S8O A; 3TAR A; 3SR6 A; 3M7D A; 1OW5 A; 4F91 B; 2G07 A; 5DLF A; 5KFA A; 4RQ8 A; 1DRG A; 1XWL A; 4I2D A; 4O3M A; 4YG2 A; 2H3Q A; 4PGY A; 1T3N A; 3J81 j; 3K1R B; 3U26 A; 3N28 A; 1UCV A; 3MDC A; 1QTM A; 4X5V A; 1NK5 A; 4Z6E A; 3MGI A; 3AM9 A; 2ZJ8 A; 1C20 A; 1L7P A; 4PH5 A; 1ZD5 A; 4F4Y A; 1J2N A; 5L1M A; 5D46 A; 4ELT A; 4NJ8 A; 4UAT A; 4O5C A; 1T94 A; 2AQ0 A; 2N1R A; 5CHG A; 1KRP A; 1SZH A; 2DPJ A; 3BQ2 A; 7ICP A; 4DQQ A; 3RJF A; 4O5E A; 3PW7 A; 4C8O A; 3UXN A; 3NVZ A; 4QZG A; 1BNP A; 2NRV A; 2UVV A; 1UT8 A; 4QIW C; 5KT6 A; 2LI6 A; 3BDP A; 4UAS A; 1ZQU A; 1DOQ A; 5AKX A; 2LHT A; 3PX6 A; 1OUQ A; 3IN5 A; 4DQI A; 2ZIW A; 1ZD2 P; 2K60 A; 4RQ5 A; 3MR3 A; 2GH1 A; 1NJX A; 1CI4 A; 4DOB A; 3BS5 A; 5AK3 A; 1WG8 A; 4R8U A; 1ZQS A; 1SV0 C; 3GV7 B; 1F44 A; 3NS1 A; 2BQR A; 4UBC A; 1PK1 B; 5D4B A; 4U6P A; 4DO9 A; 5F9N A; 3K75 D; 4UB1 A; 3IM1 A; 4FZM A; 2H3V A; 3Q8L A; 2JH1 A; 4FS2 A; 4JWN A; 3TAD C; 3GFK B; 4F93 B; 1RDF A; 2HVH A; 1ZQV A; 2ZIV A; 4RPY A; 2BCQ A; 5ALY A; 5BOL A; 2P6R A; 1NJY A; 4GXJ A; 4DQP A; 3AN1 A; 3KBB A; 3PZP A; 2I6X A; 1SV4 A; 5TZV A; 5JTI A; 2XGP A; 1QQ5 A; 2VA8 A; 1ZQM A; 2HCF A; 4R65 A; 2HW3 A; 2A1J A; 5ALP A; 4F4K A; 3RB6 A; 2K4I A; 4DFJ A; 8ICU A; 3TAD A; 5D49 A; 5IIL A; 5AM5 A; 1TKD A; 4J9S A; 5CWR A; 4J03 A; 4FZL A; 5KG5 A; 1S5L U; 5L1I A; 5KFB A; 4DL6 A; 2C28 A; 3M6Z A; 5J2K A; 2HHW A; 8ICA A; 5HR6 A; 3V7L A; 4YD2 A; 4B9T A; 4KTQ A; 4Z6F A; 2QAR B; 4HAI A; 2Y9T A; 2KJ9 A; 1D9D A; 1SIJ A; 3SV3 A; 2W9C A; 2FMS A; 4TQR A; 5KFE A; 5J2F A; 4F72 A; 2ISP A; 4GFJ A; 5JRT A; 2MUT A; 5KFF A; 4DL3 A; 3T3F A; 3UMB A; 3WK7 A; 5DKW A; 9ICI A; 2EZZ A; 3HP6 A; 2JR5 A; 5KT4 A; 5DG8 A; 3F5E A; 3N7S C; 3M8S A; 4CCH A; 3N4M B; 3ETR A; 1NNL A; 1S0O A; 1YT3 A; 1Q3U A; 1RYR A; 4QWC A; 4R66 A; 4F4W A; 1SXD A; 3TAQ A; 9ICQ A; 5KT2 A; 1KBU A; 2AH5 A; 5AM4 A; 4KX3 A; 2KHQ A; 9ICO A; 3UXO A; 4F2S A; 2IMW P; 2ZIX A; 3QU4 A; 5J0S A; 1SL2 A; 4J9L A; 2UVU A; 3QZ7 A; 2ASL A; 2Y0S C; 3C1Z A; 4FBU A; 5ALO A; 1VDV A; 3PR5 B; 3UM9 A; 2HHX A; 2AGP A; 1N56 A; 2XY7 A; 4F5O A; 3SI8 A; 5J0U A; 3AUO A; 2ZIW B; 3G6V A; 2FLP A; 2JEF A; 7ICG A; 3M9O B; 5ALM A; 4F5P A; 2RRD A; 4BUG A; 1QSY A; 4DWI A; 5AIC A; 3PX4 A; 4RNO A; 5AM1 A; 3LYS A; 2BKE A; 4IQT A; 2KP7 A; 5DQH A; 4BDP A; 3L3F X; 4Q44 A; 4B9V A; 4B9L A; 1IXR A; 4GXK A; 3WKE A; 4ECZ A; 4O9M A; 1Q46 A; 4Y2R A; 3QUT A; 5EWG A; 3RBE A; 3SQI A; 5L1J A; 3ORY A; 1WWU A; 2ISO A; 1Y88 A; 1VLB A; 4RQN A; 1ZJM A; 4RNM A; 4KLF A; 3OTQ A; 3GQC A; 1SL1 A; 1S77 D; 3ZDD A; 3QE9 Y; 2EZX A; 4PJ0 U; 1XNS A; 3SEI A; 3AMZ A; 4UAR A; 4IRD A; 2E1E A; 2VAN A; 1ZD4 A; 1X9W A; 1ZJN A; 4DSK A; 2LKY A; 3IG5 A; 7ICV A; 2H3Z A; 5KFM A; 2E8N A; 1TFR A; 9ICW A; 5AKZ A; 1WWV A; 5AKY A; 7ICM A; 1L3V A; 4Y2P A; 4B9S A; 2R18 A; 2PI4 A; 2ZUC A; 3SAF A; 3ISD A; 1L3T A; 1K1Q A; 4TUR A; 2QB0 A; 5KFZ A; 1HUZ A; 3OGU A; 4DL5 A; 2FMP A; 1KQQ A; 5ALG A; 3T5K A; 4QZC A; 5J2A A; 1RYU A; 3MFI A; 1HJP A; 3BJY A; 2E5S A; 3NVY A; 4RQ1 A; 2JV3 A; 1L3U A; 4KLH A; 3H4B A; 3NTU A; 2J6U A; 1JN3 A; 2M9N A; 4LZD A; 2LBO A; 3RAX A; 4Q8F A; 3CNH A; 2GLE A; 5ALF A; 1N60 A; 2LYB A; 3S6J A; 7ICE A; 8ICS A; 3PSF A; 4J9R A; 2K4P A; 1JRO A; 4GIB A; 5G5H A; 3HT3 A; 4BXO A; 4QZ8 A; 4BJQ A; 3ETL A; 3RH5 A; 1S0V A; 5KFN A; 4PL1 A; 2KKP A; 2KZ3 A; 5ALD A; 4P4M A; 2CPR A; 1FFV A; 5B5E U; 5KAI U; 5KFR A; 1A76 A; 2XVT A; 3EW9 A; 4UB4 A; 1ZQA A; 2F76 X; 4OJO A; 2IA6 A; 2HDO A; 4B9N A; 4F71 A; 5CRX A; 1JRP A; 2A1A A; 2ASJ A; 5ALU A; 4NLN A; 4ELV A; 3QEB Z; 1KFS A; 3KKA A; 3I76 A; 5JUM A; 1ZQN A; 2HOQ A; 3MAB A; 4IR1 A; 5AK4 A; 2DF4 B; 2XY6 A; 2XGQ A; 4FZN A; 5L1L A; 9ICE A; 4F4X A; 2MUT B; 4CGZ A; 1N61 A; 2I1Q A; 2HBK A; 1L8L A; 3M6K A; 1ZQP A; 3GDX A; 4ED6 A; 4P0Q B; 4M04 A; 2C2R A; 4DF4 A; 4R63 A; 1WUD A; 1QSL A; 2R8K A; 8ICQ A; 9ICC A; 2BGW A; 2GOL A; 3H40 A; 2IOF K; 1X6I A; 2ZTD A; 9ICG A; 4YVZ A; 2OH2 A; 1UT5 A; 2W8L A; 2W9C B; 4ED0 A; 5ALX A; 3QU5 A; 2OEH A; 3JPO A; 3HX0 A; 1N48 A; 2W9M A; 3ZD8 A; 4AP9 A; 2YN4 A; 4DEZ A; 5AI4 A; 1NKC A; 1LB2 B; 1DGS A; 4OJ6 A; 4UBB A; 4P4O A; 5ALN A; 3NGD A; 3RR7 A; 2WB1 F; 4B6J A; 3H4D A; 4RQM A; 3MR2 A; 1BGX T; 2KHV A; 2G0A A; 4DSF A; 4I29 A; 2WF7 A; 2FMQ A; 1ZET A; 5B66 U; 1GO3 F; 4ECV A; 3OSP A; 3WKC A; 4RT2 A; 4EX7 A; 3N97 B; 1ZQR A; 2MSN A; 3NRZ A; 1SKS A; 2ZIU A; 3KKA C; 3LVV A; 1N62 A; 4O3R A; 4O3S A; 5AKH A; 4QZF A; 3CYM A; 4UAW A; 4M6W A; 1KKX A; 5E79 U; 1ARO P; 4QZI A; 2P6U A; 1A0P A; 3QU9 A; 3DDH A; 3ZDC A; 3A0B U; 4YQW A; 2K8A A; 1Q3V A; 2K8B B; 2AXT U; 1VJ5 A; 4PGX A; 2DBY A; 3RRG A; 1NI3 A; 4DL2 A; 1KFD A; 4OJL A; 1SKW A; 3UPQ A; 1PVP A; 2H3F A; 4HYK A; 5KFJ A; 4JB3 A; 1H38 A; 1BPZ A; 4XRH A; 2HHV A; 4YD1 A; 4OCZ A; 2KFN A; 9ICH A; 4YR3 A; 1QCK A; 3V72 A; 5KG0 A; 2FI1 A; 1SWV A; 4JV2 A; 2LMR A; 5C0Y A; 1JXL A; 1U47 A; 5IIN A; 2KJ8 A; 4Y2Q A; 4DOA A; 4RQ6 A; 1T3Q A; 5DGA A; 4NL9 A; 4NLB A; 3E2E A; 4CRX A; 2DL0 A; 1TAQ A; 2YQE A; 2MRL A; 2FLL A; 2YMQ A; 1JIH A; 2O6K A; 7ICH A; 5J2D A; 2OYY A; 3ZDA A; 1TVA A; 4KLQ A; 4KLO A; 4B9M A; 1V38 A; 3PMN A; 2NRX A; 1L8O A; 4M9N A; 4MFA A; 3M1Y A; 1XS9 D; 2NRZ A; 3F2D A; 4PZN A; 2W04 A; 5KT3 A; 1XSP A; 7ICU A; 8ICL A; 4I2E A; 1L7O A; 8ICR A; 7ICJ A; 3PO5 A; 3D6J A; 5KFD A; 2EAO A; 5ALI A; 5DB9 A; 3OJU A; 2E8O A; 1TAU A; 2ZUD A; 4XQ8 A; 3WK8 A; 1ZQ1 C; 4QW8 A; 5KFY A; 4TUS A; 5KFW A; 3C21 A; 3BQ0 A; 2AHO B; 2MAX A; 4MEX A; 1DK3 A; 4M47 A; 4EEY A; 1X9M A; 2JHD A; 4IQV A; 1JMS A; 1MQ3 A; 1HIW A; 4NV0 A; 4ECW A; 3PST A; 1Z1B A; 1TV9 A; 1RPL A; 4I2B A; 4NL9 C; 5KT7 A; 5J0W A; 4K4H A; 1UQV A; 2KD1 A; 1KSP A; 1KN5 A; 7ICS A; 4ECQ A; 1IG6 A; 8ICF A; 3WK6 A; 4RT3 A; 3HJE A; 2EH9 A; 3HW8 A; 2IHM A; 4GXI A; 3C23 A; 3UQ0 A; 4M0A A; 5EE9 A; 3TAN A; 3B0Y A; 9ICF A; 2EZY A; 1N63 A; 8ICI A; 1Z00 A; 2EDU A; 4QJF B; 3UMC A; 2YY6 A; 5AIB A; 8ICP A; 2WFA A; 2BCS A; 2AGO A; 1ZOL A; 2OHF A; 3ZDB A; 4KLI A; 5AI5 A; 4NLC A; 3LK9 A; 4Y2T A; 3ZD9 A; 4Q43 A; 3ZDE A; 3M9M B; 4MF2 A; 2KSO B; 4TUP A; 4F5N A; 1D8B A; 5J0O A; 1BPY A; 1ZQF A; 2PFQ A; 3WKB A; 2RQ5 A; 4KLG A; 4R64 A; 1BPX A; 5AM3 A; 2JRZ A; 1TK8 A; 4C8K A; 2NYV A; 5AKG A; 4PPX A; 2HHQ A; 3Q8M A; 1TK0 A; 4C8M A; 4EYH B; 1SZP A; 4KLM A; 1SGG A; 3F5A A; 3MR6 A; 2R8J A; 9ICB A; 4ECU A; 1DGJ A; 5KG2 A; 3RAQ A; 2YX8 A; 4EEL A; 3HWT A; 3E0F A; 1KFT A; 2RP5 A; 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5DB8 A; 2G09 A; 5DBA A; 1ZQW A; 2EAN A; 4RPZ A; 2P66 A; 2KSO A; 1FFU A; 2ATL A; 1FIQ A; 1QQ6 A; 1ZQG A; 3MGH A; 3Q8P B; 4J9P A; 2WF8 A; 4UW9 A; 1D9F A; 2ALZ A; 5J2H A; 2PKE A; 3KHL A; 4DS4 A; 3GV5 B; 1X40 A; 1IV8 A; 4M9H A; 5HML A; 2LYH A; 3RF9 A; 4JV1 A; 3A0H U; 3C29 A; 1MA7 A; 1LV5 A; 1B4F A; 4EZ6 A; 3NVW A; 4GLX A; 2W7O A; 4NLG A; 4FO6 A; 7ICF A; 3TI0 A; 9ICA A; 4QW9 A; 3V6H A; 4DFP A; 2RLT A; 5AK5 A; 2KNJ A; 4P0Q A; 1QSS A; 3T79 A; 1D8Y A; 1OXJ A; 2H5X A; 4RQ7 A; 1UA0 A; 2YB4 A; 3GU3 A; 5ALS A; 4AYB C; 9ICR A; 3H8J A; 2R8I A; 5J2J A; 2BZF A; 4LVS A; 2BQU A; 9ICJ A; 1WYG A; 8ICO A; 3D2S A; 3BQ7 A; 4QWB A; 1JI7 A; 1N2X A; 1K1S A; 1XSL A; 1LKY A; 5AM2 A; 5DQI A; 3NRW A; 1KW4 A; 4C4S A; 4USA A; 4FBT A; 4JWM A; 1ZQB A; 5KT5 A; 2KZM A; 2E1F A; 3BQ1 A; 2E3T A; 5IIK A; 1ZYQ A; 2KFZ A; 4KIT B; 5AKE A; 4ED3 A; 2ASD A; 1Z1V A; 1A77 A; 5KFK A; 5AM0 A; 4B9U A; 1D8L A; 5AI6 A; 5DG7 A; 2JEI A; 3VC8 A; 2G5H B; 5KAF U; 2KIW A; 2B21 A; 5DBC A; 4RUA A; 4O0I A; 3N7P D; 1IIP A; 2NO4 A; 3SAH A; 5KFX A; 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