The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
107
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structure length |
107
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Chain Sequence |
RADEQAFLVALYKYMKERKTPIERIPYLGFKQINLWTMFQAAQKLGGYETITARRQWKHIYDELGGNPGSTSAATCTRRHYERLILPYERFIKGEEDKPLPPIKPRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| molecule keywords |
MODULATOR RECOGNITION FACTOR 2
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| publication title |
HUMAN MRF-2 DOMAIN, NMR, 11 STRUCTURES
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
33
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| structure length |
107
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| sequence length |
107
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KN5 A; 2OEH A; 2LM1 A; 5CEH A; 2JRZ A; 1RYU A; 5K4L A; 2CXY A; 2EH9 A; 2YQE A; 1IG6 A; 2RQ5 A; 4LJX A; 2EQY A; 1C20 A; 2LI6 A; 1KQQ A; 2KK0 A; 2JXJ A; 1KKX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HKZ C; 5C0Y A; 2E8P A; 4KLT A; 1V85 A; 2ZUC A; 3V6K A; 3CNH A; 3UMB A; 3RR7 A; 3NVV A; 4KN4 A; 5ALG A; 5J2F A; 3HRD D; 3SZ2 A; 2W04 A; 3SMV A; 3QE9 Y; 1PUZ A; 5KTQ A; 2PI4 A; 5AM3 A; 3THV A; 3PX0 A; 4KTQ A; 4DFK A; 5EOZ A; 2F76 X; 4DFM A; 4EZ6 A; 4ED0 A; 2KJ8 A; 3UQ2 A; 3RJF A; 2EH9 A; 2FMS A; 2GWS A; 2KVS A; 4IRD A; 2A1A A; 3I28 A; 4HAI A; 5KL1 B; 3ZDA A; 5G5G A; 3T79 A; 2LI6 A; 1IIP A; 3F2C A; 4OCZ A; 1KFD A; 1XO0 A; 1LKY A; 2JRZ A; 4J9Q A; 9ICL A; 3SAG A; 2ZXH A; 3PSP A; 4FZL A; 1NK5 A; 5J0X A; 1SL2 A; 4RQ7 A; 4PL1 A; 3AMZ A; 3B9J A; 4O3R A; 3WKC A; 2JHD A; 2ZUD A; 2XIC A; 5AKZ A; 1ZQY A; 2AGP A; 4ICA A; 2ZJ8 A; 2E5S A; 4F4K A; 5L9X A; 5ALH A; 2ZIW A; 3HKZ F; 1NK0 A; 5CP2 A; 1ZQX A; 1XC9 A; 4XUS A; 3PW4 A; 1ZYQ A; 1FIQ A; 4EEY A; 2BCS A; 3IN5 A; 2OXO A; 5DG9 A; 5H2F U; 4I2F A; 2LYB A; 4ACO A; 3JPP A; 3KZI U; 5AK6 A; 3M9N B; 5D49 A; 3OSP A; 8ICG A; 1XSN A; 4O5K A; 4ED1 A; 1ZQN A; 1KSP A; 3N7S C; 1NKB A; 3SD7 A; 4CF4 A; 1DK2 A; 1ED1 A; 4KLE A; 1NJW A; 4YD1 A; 4ECZ A; 3PO4 A; 3H8J A; 3MFI A; 1S10 A; 4O3S A; 4M9H A; 2FLN A; 1OXJ A; 2A1J A; 1F5S A; 4DL4 A; 4Y2J A; 4TUR A; 5J2E A; 4F4Z A; 2Q4T A; 1DRG A; 1Z00 B; 1L7M A; 3GII A; 2HI0 A; 3ETL A; 2BPF A; 5KFF A; 2I1Q A; 2ZJA A; 4F4W A; 4K4H A; 1K1Q A; 2RLT A; 3H0M B; 2K8C B; 4UW9 A; 5ALJ A; 1A6S A; 2PFP A; 4DSL A; 2ZIX A; 2I9G A; 4R8U B; 2MAX A; 4P2H A; 1U47 A; 3RB4 A; 1ZD5 A; 2ESE A; 4RT2 A; 4GXJ A; 2FPK A; 3TAN A; 3H8S A; 1ZQJ A; 1ZQL A; 1QTM A; 1ZQU A; 1QSL A; 3OJS A; 3F53 A; 2AU0 A; 1TFR A; 3GV8 B; 3K75 D; 4I2G A; 1L3U A; 2KMD A; 3PW7 A; 1GO3 F; 1T94 A; 4PHA A; 3UMG A; 4NLN A; 5KFG A; 4TUS A; 2K4P A; 3H0L B; 5KT4 A; 2H5X A; 3TAP A; 4PHD A; 3N97 B; 3KKA A; 3V7L A; 5ALL A; 5KFA A; 3V72 A; 4KLQ A; 2KHV A; 1ZQR A; 3RJK A; 3O0F A; 5F3X B; 3GIM A; 4USA A; 1X9X A; 7ICE A; 4BGD A; 4P0P B; 8ICS A; 3BQT A; 2N1R A; 3PO5 A; 5DB6 A; 3SYZ A; 2F8K A; 5KG4 A; 1FO4 A; 3L5K A; 4UB1 A; 8ICW A; 2EAN A; 1QLN A; 5KFH A; 3EYZ A; 2AGQ A; 4RU9 A; 3Q8M A; 2JR5 A; 4F91 B; 3NVZ A; 5KFR A; 1NJX A; 3BQ0 A; 2W7P A; 4B9T A; 1SL0 A; 1S97 A; 2OWO A; 2ASD A; 4OJP A; 2BQ3 A; 4GLX A; 1UA0 A; 4UB4 A; 4C4T A; 2V9W A; 4EBC A; 2JGA A; 1O08 A; 4I2B A; 4XA5 A; 2W54 A; 4NL9 A; 3BS7 A; 1SV4 A; 1DXS A; 4LVS A; 1Z4O A; 5E79 U; 3E0F A; 4U7C A; 5AM5 A; 1KQQ A; 4JWM A; 1KFT A; 4B9V A; 1N62 A; 4DEZ A; 5AKL A; 3UXP A; 4P0Q A; 3GQC A; 2KJ9 A; 4M9N A; 3TKA A; 4TQS A; 4IR1 A; 4I2I A; 2R8J A; 4U6P A; 2G5H B; 1XU4 A; 4KLO A; 3HJE A; 4X5V A; 4IR9 A; 1J2N A; 9ICR A; 3KTQ A; 5AKJ A; 2YMQ A; 1ZXI A; 1SIJ A; 1WCN A; 5EE0 A; 3EPI A; 8ICA A; 3TAC B; 5KT2 A; 8ICF A; 2YMM A; 1L8L A; 2KFZ A; 1WUD A; 3ISC A; 1U4B A; 2J6S A; 1ZOL A; 3BJY A; 3MR3 A; 1LV5 A; 2YB1 A; 4QZC A; 5KFM A; 4R8U A; 5B66 U; 7ICI A; 1X9M A; 3NUQ A; 4RQ1 A; 9ICC A; 2LYH A; 5HNK A; 4C8O A; 5KFU A; 1CUK A; 2F1H A; 2DKX A; 5AI5 A; 1NK6 A; 4CF3 A; 2AQ4 A; 5HR6 A; 5TIS U; 1TK8 A; 8ICE A; 4HYK A; 3BQ7 A; 4FZN A; 4Z6C A; 1K5O A; 5J0U A; 2AJQ A; 4QNL A; 5AI8 A; 5KFL A; 5DDM A; 3QEA Z; 1URJ A; 2K89 A; 5G5H A; 3KHL A; 4B9S A; 2MU2 A; 2G06 A; 2HBJ A; 3G6X A; 1TE2 A; 3C23 A; 3H4B A; 5HHI A; 3UM9 A; 1T3Q A; 4Z6E A; 2PI5 A; 2DGZ A; 2WAQ C; 3NAS A; 3ORY A; 4F2S A; 4OO1 J; 5AI9 A; 2XGQ A; 1S0M A; 2QB0 A; 5KFC A; 1BPX A; 4JV2 A; 4FFD A; 1Z19 A; 1HIW A; 1ZQQ A; 4YMO A; 4F4Y A; 2KNJ A; 5BOL A; 3LDA A; 4YR0 A; 3AL0 B; 1SB3 C; 3C2M A; 4YMN A; 5T14 A; 2DQN B; 3H7I A; 4F5P A; 1RM6 C; 3QUC A; 8ICT A; 2KSO B; 2HBK A; 5KL8 B; 4DLG A; 7ICL A; 2XCP A; 2NYV A; 5KT7 A; 4QZH A; 2E8O A; 5J0S A; 4DLE A; 2BQU A; 5EWF A; 2NRT A; 1Q3V A; 1LVH A; 5DGA A; 4F50 A; 3JPS A; 3UXO A; 4C7Y A; 2KZ3 A; 2ATL A; 1TK0 A; 5KFW A; 2D6F C; 3QUQ A; 4C8M A; 7ICO A; 1BPZ A; 2KJ5 A; 3PW5 A; 1BNP A; 3AN1 A; 3L3F X; 4ECQ A; 5KG0 A; 3A0B U; 5KFQ A; 5GTH U; 3CP8 A; 3RBD A; 3GIL A; 3SEN A; 1B0X A; 1U49 A; 3QUB A; 3MR6 A; 2ZG6 A; 2YX8 A; 4O9M A; 4Z6D A; 1WYG A; 4PGQ A; 4F93 B; 4KLJ A; 1BPD A; 2ISO A; 4RQ8 A; 4IQV A; 2BCR A; 4NLG A; 4CRX A; 3SAF A; 3AU6 A; 2FMP A; 5TZV A; 1ZQG A; 1T7P A; 9ICQ A; 4ZH4 A; 2QKQ A; 2BKE A; 1QQ5 A; 5KG7 A; 1KBU A; 5CHG A; 3JPT A; 1ZD2 P; 3T5H A; 4FBT A; 5C5J A; 1KFS A; 4F71 A; 2R18 A; 5ALE A; 4OD0 A; 4YXJ A; 5ALT A; 2JEG A; 3GDX A; 3WU2 U; 9ICW A; 2F1J A; 4O3M A; 1MSW D; 2AQ0 A; 3L4P A; 1SXE A; 3RAX A; 4MF2 A; 4ECS A; 5JU5 A; 1Y88 A; 1B22 A; 4KX5 A; 5KG6 A; 3LVV A; 1NOM A; 1U9L A; 5KFI A; 8ICZ A; 3C5G A; 5KAF U; 4DWI A; 4B9U A; 2WF5 A; 4JK1 A; 4ELU A; 1SKR A; 1D8L A; 3TAR A; 5KFB A; 1XWL A; 4KMO B; 2JEF A; 1YZ6 A; 3PX4 A; 4MEX A; 2W55 A; 3KHR A; 1PVR A; 3RJE A; 4XQ8 A; 5HMM A; 1DK3 A; 1A77 A; 4DFJ A; 1S9F A; 1XSP A; 4IQW A; 1X6J A; 2LKY A; 2XVT A; 4GC7 A; 5IIK A; 5ALZ A; 2MUT A; 1H38 A; 1TV9 A; 1KL9 A; 1KKX A; 8ICM A; 4KLU A; 5HHH A; 5L1J A; 2C2D A; 5KFZ A; 3U26 A; 3QU9 A; 1V9P A; 1VLB A; 2W03 A; 3WK6 A; 1L7O A; 2KKP A; 2Y9T A; 4GIB A; 1KRP A; 4KLF A; 4RQ2 A; 3QYP A; 5KFE A; 9ICJ A; 3UQ0 A; 3BQ1 A; 1SV0 C; 2JMG A; 4QWA A; 4OJ6 A; 3BDP A; 2FE9 A; 1K1S A; 3QU5 A; 5D4B A; 3WKD A; 4E0D A; 4ED6 A; 3RJI A; 2FLP A; 2CN1 A; 5KFO A; 4P4M A; 1X66 A; 5BOM A; 5DG8 A; 5CEH A; 2RHF A; 1BGX T; 3WKB A; 1P7D A; 2BDP A; 2H3F A; 3GZF A; 1SZP A; 5EE1 A; 4KLH A; 4NXZ A; 1BPY A; 3SEI A; 1ZJM A; 1ZQI A; 3BS5 B; 3HP6 A; 1DOQ A; 3QU2 A; 1S5L U; 3LVW A; 5DB9 A; 4DSJ A; 5AIB A; 5J0P A; 2Z7J A; 2OEH A; 4UAZ A; 2LM4 A; 2V4Q A; 1U48 A; 4I2A A; 5KFT A; 2E1E A; 3PML A; 4C80 A; 4TUP A; 4NWI A; 9ICV A; 4UAU A; 4Y2V A; 5DBB A; 1D9D A; 4IRC A; 4RQN A; 4J9L A; 1OUQ A; 5AM1 A; 2LPE A; 3JPN A; 2JZB B; 4ED7 A; 1N48 A; 2J6U A; 1ZD4 A; 1V97 A; 4GC6 A; 2W9B B; 2G0A A; 2QLT A; 1EXN A; 2K60 A; 1COK A; 1PK3 A; 4KX3 A; 7ICJ A; 2KP7 A; 2ZTC A; 3WKE A; 5J0W A; 3TFS A; 4KMU A; 2D3D A; 2O6K A; 4DF4 A; 2KD1 A; 5IIM A; 8ICP A; 2ZIV A; 1TKD A; 2ZJ5 A; 8ICU A; 3QU7 A; 1SWV A; 4RPZ A; 2R8I A; 4F5R A; 1PVP A; 1NK7 A; 4RQM A; 4DSI A; 4Y2U A; 2QAR B; 1JX4 A; 2F44 A; 3C1Y A; 2MA1 A; 4QZI A; 2KV2 A; 3K1Z A; 2YQE A; 2IBK A; 5DLG A; 1V38 A; 9ICG A; 4ECV A; 2I6X A; 9ICM A; 3H8W A; 4B9N A; 5KFK A; 2F8L A; 2KIW A; 2W3R A; 2R8K A; 4NJ8 A; 4IQU A; 4NM1 A; 2XY6 A; 2FMQ A; 1X40 A; 2HHS A; 5AKY A; 8ICX A; 4QZF A; 1S8O A; 3EUB 2; 2CXY A; 4JB3 A; 4ECR A; 1SWW A; 3HT3 A; 1ZQH A; 1NJZ A; 4BWJ A; 4BUG A; 2GH1 A; 3BZC A; 4EEL A; 5F9L A; 4PL2 A; 4EX7 A; 5ALD A; 2BR0 A; 5DG7 A; 2HHU A; 2KN7 A; 2LBO A; 5KFD A; 1N56 A; 4YG2 A; 2HVI A; 2LM1 A; 5J2K A; 4M9G A; 3VC8 A; 3HX0 A; 4UAR A; 2LMR A; 3OJU A; 5CJ7 A; 4YQW A; 4PH5 A; 1ZD3 A; 5CWR A; 4QZ9 A; 2GOL A; 4KLL A; 9ICU A; 4Q43 A; 1NNL A; 2F1I A; 2ALZ A; 3DEE A; 4J9P A; 4IS7 A; 1D8Y A; 1RQL A; 9ICS A; 3T5J A; 3AUO A; 5KFV A; 1XNS A; 3OTQ A; 5KG3 A; 3PX6 A; 4FZM A; 4YR2 A; 3I1Y A; 3G6V A; 7ICH A; 1RZT A; 5ALI A; 4UAT A; 3ETR A; 2PFN A; 1J2M A; 4F5Q A; 2ASJ A; 1MQ2 A; 2C2E A; 2WB1 F; 4DQI A; 3QUT A; 2B6G A; 3ZD8 A; 1AQ6 A; 3V6J A; 5DDY A; 3IRU A; 4F3O A; 3UXN A; 5J0Y A; 4DO9 A; 3PSI A; 4UB2 A; 3MDC A; 2G09 A; 2A3V A; 9ICT A; 3M9M B; 5DB8 A; 1RDF A; 4YXM A; 1KEJ A; 4NM2 A; 3T5L A; 3RAQ A; 1TAU A; 2H3I A; 5HML A; 4M04 A; 5AKH A; 3KHG A; 2BQR A; 4QZA A; 1HJP A; 5J29 A; 4O5C A; 3RB6 A; 3D2Q A; 1ZQW A; 4Y2X A; 3C5F A; 4Z6F A; 3KHH A; 3SQI A; 3TFR A; 3GFK B; 1L8O A; 3RB0 A; 4GFJ A; 3IHQ B; 5CB1 A; 3KBB A; 1S0N A; 1C20 A; 3HW8 A; 5J0T A; 4UB8 U; 1JUD A; 4BXO B; 2C2R A; 2EAO A; 3SR6 A; 2EAP A; 8ICH A; 1TK5 A; 4ELV A; 1ZQO A; 3KZX A; 5ALQ A; 4F8R A; 2XI9 A; 3B0X A; 4YN4 A; 4Y2T A; 1SZH A; 4QZG A; 4JWN A; 3KFU F; 4KLD A; 4J9M A; 1Z00 A; 2VIX A; 1RYS A; 4CF5 A; 4Q45 A; 4PZO A; 4EBE A; 4ECW A; 1Q46 A; 3HWT A; 4TUQ A; 4QIW F; 1ZQB A; 1RYR A; 1NK8 A; 7ICV A; 4OJ5 A; 1VJ5 A; 1RYU A; 1IXR A; 1JIH A; 5DB7 A; 2HBM A; 4IC9 A; 4C0Z A; 1KTQ A; 2W9C B; 5DBC A; 1TVA A; 1N5W A; 2G07 A; 3RRG A; 3VCB A; 2IOF A; 4PGY A; 4US8 A; 4B6J A; 9ICF A; 3V6H A; 4RT3 A; 2R8G A; 5B5E U; 4DL7 A; 2IHM A; 5IIO A; 4ECT A; 4I28 A; 4IRK A; 4UQG A; 4YFK A; 3C2L A; 1ZQE A; 1L3T A; 4FS2 A; 5JRT A; 3TI0 A; 2JH1 A; 2KIV A; 4Y2Q A; 5AIA A; 1Q8K A; 3TAD A; 2BDU A; 5AM0 A; 2DWQ A; 2ZUB A; 3PW2 A; 2GLE A; 3RF9 A; 3RH6 A; 1NZP A; 2P35 A; 2P6R A; 3ISD A; 4EX6 A; 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1IM4 A; 4UBB A; 3RH5 A; 5DQH A; 4O3O A; 3TAQ A; 4RPX A; 3RR8 A; 4ECX A; 5J2J A; 7ICM A; 1QH9 A; 3NGD A; 5KG2 A; 3NRW A; 2WF8 A; 3QX7 A; 4KLI A; 2JH7 A; 3PZP A; 1UQV A; 1ZQZ A; 3EPG A; 2XY5 A; 3CYM A; 2XCA A; 5KG1 A; 5ALU A; 2VA2 A; 3MGI A; 2IOH A; 2KZZ A; 5KT5 A; 4QW9 A; 2XGP A; 5AM2 A; 3IG5 A; 5DBA A; 3TQ1 A; 2FJ6 A; 2Y0S F; 5ALW A; 4P4O A; 4EBD A; 7ICG A; 4LZD A; 3OHA A; 2HOF A; 3ZDC A; 3MC1 A; 5EE9 A; 3ZDE A; 5AK3 A; 2UVU A; 1RG6 A; 1L7P A; 5AK5 A; 1XSL A; 4LZG A; 4YP3 A; 2OM6 A; 4CDG A; 3N28 A; 5L1I A; 2AGO A; 2WTF A; 2KSO A; 2AHO B; 2OYY A; 2YTU A; 5AIC A; 2IHN A; 4UAW A; 1T4G A; 4PJ0 U; 3RRH A; 5IIN A; 2A1J B; 1VDV A; 4DL2 A; 2UVV A; 4MFC A; 2W9M A; 4DOA A; 3LYS A; 2JXJ A; 3EW9 A; 2B0C A; 5A0L A; 1C7Y A; 4O3N A; 3M7D A; 3H40 A; 2E1F A; 3C28 A; 3HIL A; 2NO5 A; 3QNM A; 1ZQD A; 5J0O A; 4C4S A; 5KNI A; 4RQ5 A; 1QSS A; 2I5H A; 4ED3 A; 3PR4 A; 2DPI A; 8ICI A; 1WWU A; 2C28 A; 1N60 A; 1S77 D; 2VA8 A; 2MRL A; 1SKS A; 4DCC A; 4WJ3 B; 3RJJ A; 2YB4 A; 2ZIX B; 3IM1 A; 3F2B A; 4DQQ A; 1A0P A; 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