2HBMA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn, zn, and ump
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
molecule tags Hydrolase, gene regulation
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 118
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbmA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbmA01
4QIWF 4O3MA 5C0YA 3SAGA 4QJFB 1GO3F 1WUDA 2HBJA 2E1EA 2DGZA 4NLCA 2RRDA 2HBMA 4NLBA 3CYMA 4CDGA 3SAFA 3SAHA 2E1FA 2HBLA 2KV2A 2RHFA 4CGZA 2CPRA 2HBKA 2MA1A 4OO1J 1D8BA 1YT3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FLTA 5J1EA 1HNWK 3AGRA 4B3SK 1COOA 3MN7A 2HHWA 4KTQA 1RDUA 4JHDA 3SBTA 2HHQA 3VN5A 2ZJ8A 3WK8A 3SYZA 3FZLA 5AKYA 4JKBA 4PHDA 4NJ8A 1FO4A 4NB4A 5DBCA 3OS0A 3B8AX 3KD1E 5ALHA 1D8YA 1G15A 3V9SA 3KHGA 1FIQA 4EP5A 2FC0A 4UB8U 2FBXA 4O4GA 1LKYA 3BQ1A 2PFUA 5JRTA 4MDBA 2Y9TA 3G6XA 4RTFD 8ICPA 2KIWA 3QX7A 3ULEA 3IP4B 4EZ9A 4M6WA 3VEXA 3PR5B 4MO4A 3J81O 1ZJMA 3F9KA 5KFLA 3THXB 2HF4A 3PO4A 3RSEA 4PZOA 2KSOB 8ICBA 1KFSA 5KFUA 1HKGA 1HPZA 2HHSA 3DM2A 3CD6N 1KEJA 1RDBA 2P9KA 4MDAA 5KT3A 1NGCA 3AO3A 2HMPA 3BJYA 1L8OA 2PYLA 3V6JA 5J0PA 3V1OA 3M1FA 5KFNA 4R64A 3I8BA 2BDPA 1YXQA 5AKIA 2HOFA 4CFBA 2E8NA 4EHUA 5TKWA 3C6AA 5LJWA 3R6MA 3CCQN 3HO1A 5EE0A 4N5SA 1KVCA 3I1YA 3NH0A 5H2FU 1GO3F 2F76X 4GIBA 4C8NA 5AQPA 3T1AA 1ZQHA 4WJ3B 3K1ZA 2ETJA 3VGMA 1ZQ1C 2VG5A 5EU7A 3VQ5A 5ALQA 3MGIA 1TK5A 3NAEA 5ELZA 1X9JA 4KLOA 4RCHA 5M1FA 4IOAL 5M1KA 4EHTA 1Q81O 5ALNA 2IVPA 3NE6A 4I2HA 1SV0A 2VQEK 1HR0K 4Q43A 3IAYA 3DLEA 2EDUA 1DEJA 5KT7A 4QS7A 2XC9A 3FYHA 4I9LA 2HDOA 4KLIA 4PQUA 1T3NA 1WG8A 1RBSA 1HQUA 3QEXA 4ELVA 2ZJAA 4GXJA 3A0IX 2F77X 4KLUA 4FVUA 3KK2A 4BRMA 2LYHA 1TVRA 1NGAA 2NRHA 4EZ6A 4KHQA 1VQ7N 4E7HA 2YB4A 4X65K 3FFKB 1WAJA 5FRMA 1ASVA 1TFRA 4NV0A 4K41A 5EX5A 4G1QA 4NCBA 1ZQZA 3V1RA 5AQMA 1RYSA 2JZBB 5AIAA 3VF4A 4RW4A 2J6TA 3Q8KA 3LZIA 5IIIA 4GFJA 2MUTB 2CGKA 2FMSA 2ZGYA 4FO0A 4DKWA 2AQ0A 3AM9A 3BS5A 1UA0A 5HOOA 5IT9O 4KLFA 3CCMN 5KFRA 3L4PA 3GQCA 4OD0A 3VQPA 3KK3A 3BZCA 2F1IA 1SXDA 4TSXA 4A59A 3UQ2A 5J2BA 4Z4HA 3LDLA 5ALSA 4JD2A 1NKBA 1QZ6A 2ZGZA 3C7NB 4BC2A 3FGUA 5KFOA 4I2AA 1Q9XA 4Y2TA 3MEDA 4CBXA 4QWAA 4BWJA 4FWLA 3PW4A 2HBLA 1IH7A 1MU2A 2GUPA 2HNDA 4KX3A 4DWIA 2NRWA 4JI0K 3KLFA 4MFFA 1B0XA 4JI2K 2YJEA 3CCSN 4NL9A 1NGJA 3WEEB 3PW7A 2P9SB 3CQXA 3FZFA 2BGWA 2LYAA 4Z94A 3DDHA 4CHZA 4YFUA 4HHTA 4FLWA 3QIOA 1XI1A 4CEAA 4MLHA 5B8HA 4M7YA 3UKRB 4YNQA 5KAFU 2KZMA 5AI9A 2F96A 3DLLL 2EZXA 3IHQB 3GIMA 4ED3A 3QZ7A 3RAQA 1JCFA 3U3GA 2HOIA 1V38A 1CRXA 3J7YP 5DG9A 4JLHA 5FDLA 1VSJA 4CJUA 1NOMA 3LAMA 4RQNA 1LCUA 1FFUA 4EX6A 1Q8IA 2QI2A 5FROA 3OHAA 3NGIA 4OJOA 2JXJA 3RJEA 1VQ5N 3LDPA 5DBAA 4QWBA 5G5GA 3UPQA 5AQSA 4M2YA 4CHYA 4PGXA 8ICLA 4LY7A 2O8DA 3RR7A 2CGJA 1WCLA 2UUBK 3DAWA 5KFXA 1NMDA 2ITMA 2KVCA 4E7LA 3H40A 2KJ5A 3OJUA 4G9ZA 3QNNA 5K14A 3HRGA 1ZQXA 4QZCA 1QCKA 4F8RA 5AM0A 4B1UB 3NF7A 4Y2VA 1WOQA 3QB0A 2W7OA 3T7ZA 4GKJK 1C1AA 4CF9A 1WSEA 3ZSWA 1RDFA 4KBOA 1SZ2A 2ESEA 1CZBA 3AARA 2XY5A 1BNPA 3TANA 2MSNA 3UMBA 5CYQA 2YMLA 2KP7A 4FS2A 3PY8A 5KQDA 3AGKA 4C7ZA 4GMJB 2AGQA 1JN3A 2F44A 5AQOA 3CCRN 5J2FA 3CC7N 1NLVA 2W9BB 3WQUA 3PSFA 5D49A 4JHDB 4U67L 1X6IA 5KG0A 1Y64A 3WKEA 1OVYA 4PPXA 2EX3A 1NGEA 1T44A 4PL8A 2NO5A 3I8DA 3HX0A 4CJFA 4ILGB 3OS1A 1ZQYA 1VSMA 3RH5A 1VSFA 1EX4A 3LDOA 3WKBA 3QBWA 4YMOA 4EYIB 3ENBA 3NDKA 5JLFA 2WF5A 1LKYB 2FLPA 4I27A 5KAIU 1BOTO 3THYA 1HNXK 1RXVA 4FZYA 3ULEB 2A6AA 4DSKA 1HX1A 7ICIA 4AH9A 5AI5A 4P4OA 1EWRA 5CHIA 1YJNN 1KAZA 1F5SA 2GH1A 5AKGA 1RBVA 4YR3A 3BEXA 1HNZK 3RJFA 3HYFA 1D8LA 2HSZA 5C24A 1Z3EB 1BQNA 1WSJA 2Z1JA 1UPHA 4ICLA 3W3DA 1S76D 1UAXA 2ZUBA 4IC9A 2UU9K 4IRKA 1LOTB 3VEWA 4O3OA 3UM9A 5KFZA 4F4WA 4CGFA 4CFDA 3KLEA 4F4KA 5JUMA 3NVVA 4CJQA 3PW0A 4MO5A 5J2MA 5GAEP 3MC1A 2IOCA 1RTDA 4AILC 5JS2A 4H5RA 3KKAC 3WK7A 5KG7A 4CEQA 1X9SA 3UE5A 8ICSA 4DLGA 4HTLA 8ICOA 5DG7A 3CMAN 1NJIO 4LJXA 1EP4A 3L6QA 2KKZA 3HT3A 4JI8K 1ZD5A 3QMLA 3KWIA 4BR9A 3EE9A 1FEZA 3AL0B 4EENA 3M1YA 3LP0A 3MWTA 4LF4K 1KFDA 4F2RA 4UBCA 3ULDA 4NLKA 2E8PA 3T5HA 1RM6C 3ENOA 5GADP 2E6LA 3L2WA 4E89A 2YY6A 3V7JA 3HJFA 4CJ7A 3S9HA 2WTUA 2Q3SA 2FBYA 1EETA 2ITGA 5CYMA 4CZEA 1W2BM 3NUQA 4CNQA 3V6DA 4CBUA 1WB9A 1RQNA 2OEHA 4DTPA 4NXNK 5KFYA 3IG8A 4RQ8A 5KG1A 1H1VA 5KPRA 3TSQA 8ICZA 4BRGA 4GV9A 4Y2JA 9ICKA 4PZNA 4FPAA 4Y0WA 4H8KA 4FLVA 1RXWA 4LF5K 5JS1A 3WNGA 1SWWA 3OY9A 5I3UA 1J9AA 4O3MA 1YAGA 1YVUA 4ZHRA 3TU5A 5AFUA 1VRTA 1ZQLA 2ZIUA 1Z25A 3RF9A 2R8JA 1HLUA 5ALGA 3MWPA 1S1VA 2O8EA 3MR6A 1KKXA 2CRXA 4CZLA 3NF9A 3WKDA 3PVXA 4IOCL 4JI7K 4E1JA 3T1HK 4NLBA 3VQ9A 5HR7A 4CEEA 2ZXIA 1VSHA 4CJTA 4ED1A 4B8AB 5LMNK 4MLEA 4B8CA 2W3RA 4CJ5A 5B66U 3T3FA 3BS5B 2QB0A 2GWKA 2CPRA 2HHTA 3R3LA 2HBKA 4C4RA 1L3VA 3QBXA 2EZYA 4YMMA 4OO1J 5AQUA 1NJWA 2DPJA 4YG2A 3WXLA 1BDGA 5KFIA 5C5JA 1VQLN 4JD2B 4DUZK 4RUAA 1B92A 1IBKK 3CCEN 4B9TA 2KLAA 2DKXA 1ZQOA 3C6UA 1F21A 3IRXA 4YDUA 3P31A 3T19A 4DB3A 4BR2A 3CXCM 4JKCA 4R65A 4BROA 1BNOA 3ETLA 2DTUA 5TZVA 4PKHA 3J81j 3MN9A 1VQON 2K8AA 3LP1A 5ALZA 4P0QB 3C95A 1HQEA 5SZTA 1UWBA 2XI9A 5LJVA 4I9QA 4KHYA 4J9OA 5I9EB 3OBYA 4RG8A 1ZQJA 3ZT4A 4ILJA 4BUGA 2Q0UA 1XMQK 1ZXOA 4HVJA 5ALFA 1L3UA 2DKZA 3THWA 4BR0A 4ELTA 3M7DA 3PW2A 3TFRA 1XU4A 2KMDA 2NRRA 2OANA 3E9OA 4JKGA 4UAVA 3TAGA 5AQQA 2BPFA 4J9NA 5HNKA 3J80O 2FPMA 4CFCA 3ZD8A 1SGGA 4DFKA 4CBWA 4RQ3A 1DXSA 2IAJA 3O1WA 2E2OA 1WSIA 5DMRA 4CEFA 3NVYA 3NVZA 4CIFA 4DFDA 3L0QA 2NZTA 2ZJQL 3AU2A 2HSTA 4OJPA 2KQ2A 5GIPA 3CCLN 1PVRA 1HKBA 3O9RA 1KTQA 8ICUA 2E8AA 4IJNA 4ECZA 5JMVA 2AGPA 1IBMK 3C2LA 1J2MA 2ZIVA 5AM3A 3LPTA 1VQ8N 4DTXA 4FW2A 3RFAA 3FZKA 4QNLA 4I6MA 4DO9A 2FMQA 1MQ2A 3F2CA 3G4SN 2YMQA 2OYQA 3DXKA 4N56A 1DLOA 5KRTA 4OLAA 5J0YA 4I2BA 2I1QA 1YVNA 3K9KA 4Y2PA 4FM0A 1VSKA 1URJA 4JWNA 3O1BA 1S6PA 1TKXA 3OYMA 4QIWC 1QS4A 4PHAA 2KG5A 2GTDA 3WT0A 4H5WA 2UVRA 3SQ4A 2EANA 4C8OA 2F8TA 2D0PA 4AM6A 1ATNA 5K4LA 2YJFA 1BIUA 3ZLJA 1Z4OA 4DR5K 4RQ5A 3OA9A 5DB8A 2XICA 2YTUA 2BANA 3WXIA 1K6YA 4J2BA 2XCAA 1X2IA 3OYBA 5T14A 4M04A 1QE1A 1ZETA 3OTOK 5AFUH 1LWFA 3SNNA 1IKWA 3K5OA 3O8MA 4E19A 3THYB 4O5EA 5DM7L 1CLQA 5KL1B 2IOHA 9ICQA 1ASUA 2HMIA 4JKEA 1IKVA 4WQ5C 1ZRMA 3V9ZA 4NM2A 4K8XA 2QKQA 4XA5A 4DSEA 4J8FA 2B0CA 4DV2K 1ZD3A 3WK6A 4BDPA 1H38A 2OPRA 4AYBC 4IBNA 1OW5A 5FPNA 3MXMA 4C23A 5DGAA 1COKA 3H1QA 3F2DA 2GOLA 1S9FA 2OTJN 4DR7K 2VGNA 2OHFA 8ICCA 3M3ZA 2KK0A 5J2GA 1XMOK 4J9KA 3HBTA 4F5QA 3CM6A 4L8RB 1Q9YA 3RH6A 4P2HA 4I2QA 4LFBK 4LZDA 1TKTA 4B1VA 3UKUB 3L5KA 3VQQA 4M9JA 9ICFA 5AQYA 1ZQAA 3MR5A 4O5BA 4YQWA 1X3NA 3ZDCA 3ZDDA 3KHYA 2KSOA 1RNHA 1DK2A 4BRPA 3L2QA 5BOLA 2ES6A 1S77D 3MGHA 1N36K 4F2SA 4F5NA 2F7TA 3DEEA 1U04A 3WU2U 8ICTA 2VJ4A 2WFBA 1LWEA 4LF9K 4CD3A 4MF8A 3D45A 2P35A 5CWRA 3A5NC 3GDQA 4KLJA 5BRFA 3N97B 2M0NA 3UXOA 1A6SA 3OPXA 5F3XB 2G8WA 2ZQBA 2CGLA 3C5FA 2HBJA 4OJ6A 5KG4A 2P5OA 3CF5L 1CZ9A 3JPRA 4FJXA 1WLJA 3CJ1A 3P39A 5KFQA 1SL0A 2BQUA 2W3SA 5HP4A 1A77A 4RW7A 3GZFA 1NK6A 2KHOA 1OKJA 9ICRA 4JK9A 1M6YA 1SZHA 3E01A 4H0TB 5C42A 1GOCA 3C2MA 5EOZA 5AQXA 3UQ0A 2Q97A 4ISEA 5D3GA 4GNIA 3DOLA 3F9MA 4CZGA 5E79U 3UXNA 5CHGA 1YUWA 1GLDG 3RMAA 5DDMA 5KG3A 1Z1BA 1BQMA 2JWKA 5KT2A 3DXMA 3OYIA 4XQ8A 2Q31A 1VHXA 2Q36A 1HMVA 3KOOA 5EY4A 3M6ZA 1WN7A 4O3NA 4BR5A 3H8JA 5J2IA 4CZKA 3BF1A 3AVCA 2UYTA 3KK1A 3KFUF 1ED1A 4DTMA 4IQUA 1T6DA 3WK9A 4CEZA 4YFKA 4MEXA 3AVGA 4I2FA 4I2JA 4DQSA 3U8XA 3SQ1A 3SR6A 2JRZA 4YOVA 2PKEA 3S3NA 3SJJA 2FLNA 4XH1A 8ICWA 5CY4A 2IHNA 2OZMA 3R9PA 5KPTA 2JZBA 1WYGA 2O8CA 2B4JA 1ZYQA 1O1WA 5JVGL 4F50A 1PK3A 3QEIA 3CFRA 4IFEA 2UXBK 2KICA 1WSHA 3HSCA 4JI6K 3GILA 1WBBA 3DMJA 4I7FA 5AQFA 4BG9A 2HNZA 4OVLA 4BRAA 5AHXA 1ZC6A 4AHTA 5AKLA 4MFAA 1EXQA 5AQJA 3THWB 4C80A 5F9NA 5DB6A 5E41A 2WC9A 9ICVA 3WK4A 1ATSA 4JKGB 3EYZA 5AQZA 1RBTA 3E58A 3MR3A 1S0OA 1D8BA 1D9DA 1ZOLA 1J6ZA 4N41A 3D6RA 4N76A 4RNMA 4MF2A 1PUZA 3O0FA 1ZQIA 4C1NI 1ZQNA 1ZQVA 5DM6L 2ZIWB 4P4PA 4Y2YA 1DTTA 3Q8LA 2VA3A 2V52B 2A19A 4Y2SA 3KVGA 3HJEA 2I7PA 5GTHU 1B9FA 3H0LB 3LPUA 3W0LA 3AEVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QIW F;  4O3M A;  5C0Y A;  3SAG A;  4QJF B;  1GO3 F;  1WUD A;  2HBJ A;  2E1E A;  2DGZ A;  4NLC A;  2RRD A;  2HBM A;  4NLB A;  3CYM A;  4CDG A;  3SAF A;  3SAH A;  2E1F A;  2HBL A;  2KV2 A;  2RHF A;  4CGZ A;  2CPR A;  2HBK A;  2MA1 A;  4OO1 J;  1D8B A;  1YT3 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1IG6 A;  9ICC A;  2O8E B;  2FBT A;  3DYA A;  3QEV A;  3AAP A;  1XHZ A;  2YNF A;  2YNI A;  4WYB A;  3OYF A;  4M3U A;  1G99 A;  3C6T A;  3FDS A;  3QFU A;  1KQS M;  1FJG K;  1XHX A;  4IFV A;  3CG7 A;  4CHP A;  4QZH A;  2E2N A;  2QB0 B;  4EEK A;  3U9D A;  2VG6 A;  3H4B A;  2QEX N;  4FZN A;  4DL4 A;  5G5H A;  5TIS U;  1OXJ A;  1K8K A;  2XY8 A;  4AHU A;  1X6J A;  3TAM A;  3UXP A;  4CZH A;  3Q8Q B;  5A2Q O;  3E9P A;  3ZSQ A;  3G0Z A;  3OGU A;  3HPH A;  4B9N A;  4HCB A;  3HVR A;  1M1K O;  4QZ9 A;  4QW9 A;  3QNO A;  5EWF A;  2H3F A;  5KFB A;  4QOZ B;  2JH1 A;  4J9S A;  4JI5 K;  1QQN A;  3LZJ A;  1GLE G;  2MUT A;  2BE2 A;  4DL7 A;  2WBN A;  2YHA A;  5EWE A;  3RH4 A;  4UB6 U;  2Y0S F;  4BGD A;  4FBU A;  3QIP A;  1QVG M;  4UAT A;  1U48 A;  5J2H A;  8ICA A;  3PNC A;  1C20 A;  1TL3 A;  9ICL A;  2DFH A;  1SZP A;  4FJG A;  3QER A;  3AVK A;  1K8A O;  1XS9 D;  3EKS A;  1JAL A;  5AM5 A;  3C7N A;  1ZQU A;  1IG9 A;  1ZBH A;  1RTH A;  5J0Q A;  3PIP L;  2BUP A;  1A5W A;  1Z00 B;  1TYQ B;  1HEK A;  3CQY A;  1VSL A;  4PKI A;  4A5A A;  3VEY A;  4ISG A;  4B3T K;  1XWL A;  1V85 A;  3LAK A;  1C1B A;  3WEE A;  2P9S A;  1VQP N;  3KZI U;  4FLU A;  9ICA A;  2HCF A;  4X62 K;  5ALT A;  7ICJ A;  3PLA A;  2ODG A;  4YP3 A;  1BWF O;  3A5O C;  5HR6 A;  3GV5 B;  1JLA A;  3UKR A;  1ZQM A;  4CW7 B;  2HW3 A;  3TAD A;  2XRI A;  2F8L A;  2XO7 A;  4O3S A;  3CRX A;  2ZIV B;  1S6Q A;  2GEM A;  4CGI A;  4NCG A;  3HM9 A;  1N48 A;  3TTF A;  5CEH A;  1S97 A;  3AY9 A;  4NLN A;  5CP2 A;  1SKS A;  3BUZ B;  1LAW A;  3CI5 A;  2AQ4 A;  4ED7 A;  4ZH4 A;  2QTD A;  3DXK B;  3CNH A;  4RWT A;  1N5Y A;  1FW6 A;  3VEV A;  4BVP A;  4F72 A;  1S22 A;  2P6R A;  1RTI A;  4AP9 A;  4M63 C;  2MAX A;  2FSJ A;  7ICH A;  3EE8 A;  3TAE A;  4KHW A;  1ZQC A;  4BWM A;  1KXP A;  3EL2 A;  3D2Q A;  1HYZ A;  3K58 A;  4C7Y A;  1ZQW A;  2XY7 A;  4ECW A;  1KQQ A;  5CZ2 A;  2BKE A;  2RPI A;  1W7A A;  4KI6 A;  4IFY A;  4JNE A;  2R8H A;  2ISP A;  3GFK B;  4DEZ A;  4IQW A;  1MA9 B;  1VSI A;  4BE2 A;  1SS6 A;  2ZJP L;  2V7Y A;  2K4E A;  3N4P A;  4H4O A;  4I28 A;  2VG7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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