2HBMA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn, zn, and ump
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Hydrolase, gene regulation
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 118
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbmA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbmA01
2HBLA 1YT3A 3SAGA 2HBJA 2MA1A 1GO3F 3SAHA 4CGZA 3CYMA 4CDGA 2E1FA 4NLBA 2KV2A 4OO1J 4NLCA 2CPRA 2DGZA 2HBKA 2RHFA 4O3MA 2E1EA 4QIWF 1WUDA 4QJFB 3SAFA 2HBMA 1D8BA 5C0YA 2RRDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4F71A 4BRLA 2WBNA 3WK7A 3H6EA 3CMEN 2DKZA 2KSOA 2IMWP 1KVBA 1ZBFA 4EZ6A 1WSFA 4YOWA 4JK1A 4TUSA 4DFKA 2P9IB 1YHQN 3V6HA 3BY5A 4BY9C 2ZXIA 1ZQXA 4FZYA 2UUCK 4Y2RA 3PV8A 3MXJA 3CM5A 3WNGA 5AKZA 2ZGYA 4YD1A 4MLHA 3CFRA 4HCBA 1Z4OA 4UAZA 4HHTA 7ICKA 1U4BA 3MCPA 4CECA 2JH7A 1L3UA 2AA4A 1G99A 4R66A 4B9TA 2YHAA 2PYLA 5EE0A 2XVTA 1DLOA 3O9UA 4BRIA 4M3RA 4K4GA 2EH9A 3WU2U 4UATA 2PFOA 3AO1A 1I39A 4F5QA 3GOIA 4I9LA 5ALRA 5JU5A 4I6MA 5SZTA 4JK7A 4MFBA 2FE9A 3LDOA 1OVYA 3L4PA 3RAQA 3TSUA 1JL2A 2HBJA 3CF5L 2QKBA 4KI4A 3CCVN 2BCSA 3KHLA 3PVXA 2PY5A 4AP9A 4KKOA 4K4HA 3L2UA 3JSMA 1X1PA 4CDGA 1RQLA 1N34K 4FJ8A 4CZMA 2G08A 3AV9A 2YV0X 4PHTX 3QERA 3SENA 2HMIA 3AM9A 3HWTA 2RDJA 4O3OA 5C5JA 2R8HA 2NRZA 4LJXA 2HBMA 3GILA 2JGAA 1IM4A 1N32K 1ZJNA 3DLHA 2D8CA 3DMJA 3WK4A 3K75D 1TE2A 3Q8RB 2GLEA 3MCAB 5CY4A 1JRPA 3OY9A 4LSLA 1LWFA 5AQGA 2O8EB 4JHDB 3B6PA 2Q36A 4YMOA 3AA5X 3DM2A 4DTPA 2X6NA 3ZSQA 1OH6A 1S22A 1HNXK 4ECSA 4U7CA 3ZD9A 5FDLA 3L3FX 5BPMA 4UARA 4CF5A 2ATLA 4CF1A 1QCKA 4WFAL 3QB0A 2XCAA 2W55A 5BOLA 3SPZA 2WB1C 2A3ZA 5CRXA 1PVQA 3ID8A 1YTUA 4C7YA 3G6YA 3TFSA 3IP4B 4FLTA 5ALSA 3V6KA 4K8ZA 1XUPO 3TR8A 3QU2A 2ESEA 4JKEA 3IRXA 2Y9TA 3L6QA 5DB6A 4FXDA 4EBDA 4JNEA 4FSVA 3MGIA 2J6SA 1K1SA 2YKMA 1WSJA 1V9PA 4KLEA 1RTHA 5B8HA 4I2EA 4B3RK 3ZX2A 4FJ7A 4F5RA 4NM2A 1JXEA 1SQKA 4M3XA 5AQOA 2E6MA 3OYDA 4ICAA 4F92B 2WOMA 5FPEA 3EZWA 3PW4A 3V7LA 4QZFA 2NO5A 3O4WA 9ICPA 3OSNA 2Q1NA 4U6PA 4G3IA 4E1NA 4B9NA 1QQNA 5LJVA 1XWLA 4B9MA 4H5VA 4CZEA 3RH6A 3MXIA 2ZQBA 3VF2A 4CEBA 1ZQVA 3TAPA 4G9ZA 4Z4GA 4LFAK 2YMMA 1M6YA 2WB1F 4QOZB 2BPGA 4EX7A 2DL0A 3VENA 5A2QO 4J9NA 3RMBA 2QKQA 1S9EA 2RN2A 5AFUH 3WQUA 4CJSA 4YNQA 1TKDA 2ISPA 3V9SA 4Y2UA 4LF5K 2G8IA 2WF6A 2KLAA 3TADC 3KBBA 5IIOA 4CK1A 5BR9A 2UVUA 1T3QA 3ZYYX 5AK5A 4BRKA 4HCCA 4J9KA 3K0SA 1WSGA 3LVVA 4KMUA 9ICIA 4RPYA 3A2FA 2NNWA 3RMCA 1QQ6A 2E8MA 1KTQA 1NM1A 2Z1HA 1KRPA 3OW2M 5AQKA 4X66K 1HR0K 2P66A 4OD0A 2I7NA 5MLCQ 3OJUA 1C6VA 2JH1A 4WYBA 4JI6K 4FZNA 1SWVA 2YY6A 3JS6A 3CC2N 4A5AA 3LDLA 1YTAA 1ZQSA 3THYB 2QK9A 1BPDA 4UW9A 1WSIA 5I9EB 3HVRA 1B22A 4G1QA 4KN7A 4ELUA 1EX4A 2B21A 4BXOA 5IIKA 3L2RA 1HUZA 4J2EA 1ZQWA 2HHVA 4DV5K 4DV6K 1LB2B 3GIJA 8ICKA 2FLOA 5ALJA 2DGZA 2HHQA 1U2VB 3LM9A 2Q0ZX 5E84A 4XIUA 1Q3UA 4DU1A 3PNCA 1JCFA 5ALHA 4M3YA 4UASA 3CCSN 2QB0B 2ZJQL 3KD1E 4M7XA 2PBDA 4KLMA 4CZHA 1SIJA 2RP5A 3C5FA 1N48A 1TVRA 2ZJ8A 3HYFA 4KRFA 4YXMA 4C8MA 3HP9A 3THYA 4FPBA 4I2IA 4R5PA 1VQKN 2ATQA 4MFAA 4JV5K 2B0CA 1HPZA 1RTJA 3DRSA 4IJNA 1ECWA 4CIFA 4K4IA 2WF7A 4NL9C 2GEMA 4O3QA 4CNQA 2E1ZA 4E0DA 4PPXA 5J2BA 4IL6U 3DXKB 4CJRA 2CGJA 2G8KA 2BDUA 4ELTA 4NM1A 5EX5A 5J0WA 4X5VA 4KH6A 3C28A 5ALXA 2PYJA 7ICSA 5DBAA 2DWQA 4UAYA 5JMVA 5L9XA 4N5SA 3H0LB 3CJAA 4YMNA 4PY5A 1B9DA 2E5LK 3PR4A 2W9BA 3C7NB 3L8BA 5F0XA 1HYZA 3QMLA 3GQCA 4OPKA 5BN8A 3WQTA 4Q5VA 1SKSA 4IC9A 5AQQA 3HM9A 2E8PA 4DFJA 4RW4A 7ICEA 3ZCMA 1XHZA 1S9GA 8ICQA 1DEJA 2EAMA 4CEZA 2EZZA 5J2EA 2Q0UA 5T14A 1ZQUA 4EEYA 3QINA 1LAVA 7ICTA 4MQ3A 5EOYA 4OGCA 5DGAA 3AARA 3OTQA 3ZSOA 1K73O 1YAGA 3IG5A 2HNDA 1SKRA 4JKDA 4OO1J 3N4PA 4ED1A 1S8OA 2QEXN 2FSJA 1P90A 4DL5A 2O4IA 3UKUA 4I7FA 3V1QA 2D0OA 1IO2A 1ZETA 8ICWA 2I7PA 3ED5A 3CCUN 5AZJB 5J2KA 3LDPA 5AK4A 1NI3A 3SUOA 3AO2A 2KHVA 2V51B 3ALRA 4GV3A 4BRPA 4LY7A 5KT3A 3UXNA 4P0PB 5J29A 3U8XA 1ASUA 1T3VA 4CZLA 2KKPA 2OXOA 4E7KA 2LMRA 2RQ5A 4DTOA 3GG4A 5AM0A 1QQOA 3IFRA 2DUYA 5J0XA 3D45A 1A5XA 4IDKA 5CZ1A 5C25A 4K0KK 2BHNA 1ZRMA 3BS5B 3MX5A 3V6JA 4B08A 1V85A 4H5NA 4QJFB 1ZQTA 5M1PA 3PR5B 4B1ZA 1KFDA 3DOKA 3PX4A 3ZDBA 1VSEA 2K8AA 1CZ9A 4CFAA 3KKSA 1J2MA 4XA5A 1HKCA 3I33A 5AI6A 1IG6A 2IIRA 1COKA 5CR4A 4CF2A 4F9OA 1HKBA 3IHQB 3FFKB 1OH5A 3ASMA 5DQHA 1GOBA 1RT2A 3C5GA 3HL8A 4FLUA 1P8ZA 4E7IA 4B8CA 4BGDA 3R6MA 2D1KA 1RDUA 1FO4A 4O0JA 1J9AA 1JUDA 1SKWA 4W5OA 2W42A 4AHTA 2OWOA 1VQ5N 3ZSYA 4KB0A 4DUYK 1QHAA 3PSFA 4M04A 4IBNA 3U3GA 1JX4A 2O8FB 1K6YA 3VC8A 3AO5A 3I8DA 4ILHA 3PW7A 3PW2A 4H0TB 4FWSA 3K57A 1KCFA 4B9QA 1BI4A 3G6VA 3OYMA 2E8NA 7ICOA 3E9PA 3FR0A 2KICA 4UAUA 4WQ5C 2GTDA 4CEQA 3KJVA 1JJ2M 2OHFA 2YMQA 1NOZA 4P2HA 3Q7CA 1IJJA 1N63A 5AKKA 1ZQOA 2B4JA 1DK3A 4KLJA 3V9WA 2HDOA 3QIPA 1T3NA 3OSPA 3BQTA 3ITHA 5F3XB 2WC9A 4QZCA 2WF8A 4Y2XA 1YXQA 2FPLA 4FO0A 4RU9A 4DS5A 3SLCA 3AL0B 1FJGK 4RW6A 4QWBA 4IDHA 2ZE2A 1YZ6A 1OUQA 3WXJA 5AKGA 5G5HA 4GMJB 1CI4A 1F5SA 4XRHA 4OLAA 3WKBA 1C0FA 4DSJA 4ACOA 2UVRA 4XH4A 1KEJA 3M8PA 4HWIA 4EP4A 3M7DA 3MR5A 2ZM6K 5KFPA 4C0ZA 5JRTA 4CHQA 4UAVA 4DLGA 5D4BA 3C95A 4BRCA 2CH5A 3RJFA 5LMNK 1EXQA 1NZBA 1S76D 4DR6K 5J2NA 1RCHA 3CPEA 4Q0BA 3O4QA 4MDAA 1L6NA 4NXNK 4M3TA 1ZBIA 2FBTA 3DXKA 3Q7BA 3M6GA 3GIMA 4CJUA 1VSJA 3N28A 4DQ8A 5FLXO 3LP0A 4DWIA 2K4PA 4UBCA 3V9XA 1NGIA 5FRMA 5KFYA 4IXCA 1OVQA 3T7ZA 5AQPA 2PXIA 3LP2A 4YFUA 1KSPA 3TSPA 4CGHA 4JI1K 5SWMA 4C8KA 5AQSA 2K89A 2ZXHA 3AU2A 1IKYA 1J54A 4AHRA 4FOEA 3CJCA 3FFIA 3ZSVA 2DF4B 4CJ4A 5KPZA 4DCHA 4CJLA 2CXYA 3N4MB 3BZKA 4JKHA 2IVPA 1QQ5A 3M8RA 1HUXA 2ZWHA 3RVCA 9ICAA 5J2MA 1XI1A 3ISDA 3I8BA 3JXUA 5BOMA 2HOFA 3VQ5A 3M1FA 4JMUA 3JPQA 1FKOA 2BE2A 1TK8A 3QNNA 3OYLA 3ZETA 1N5WA 4RQNA 3EE8A 3AGKA 4Z6EA 5F9LA 1YITN 2MA1A 4H4MA 1LW0A 3C6TA 4CBWA 3G0ZA 1SGGA 1YF5L 3CCQN 3DRPA 4KHNA 2DY4A 2WFAA 3ZEUA 4O0IA 4KH5A 4ECRA 1KQSM 4KLDA 4J9SA 2P5OA 1NOYA 4CEFA 4KHPK 1DGKN 3WNFA 1VHXA 2ITGA 4OPJA 4EELA 3HZ6A 4ZH4A 2L5YA 5EE3A 1HUOA 4QAGA 3U6FA 4IFVA 4DOBA 2IBKA 2HHSA 4FJXA 4PZNA 3RBEA 5JS1A 2EQYA 3TU5A 4EBCA 2QWLA 2YHBA 1ZQQA 2C22A 3TI0A 7ICHA 1IBMK 2F1IA 2ZTEA 2AXTU 1QVGM 5HMLA 2UU9K 1XU4A 3OJSA 3KHHA 1UCVA 3AO3A 3OYIA 3H08A 3IDWA 4US8A 5KFDA 1IIPA 1ZYQA 1SXDA 1EKEA 1NGDA 4RTFD 9ICKA 1KVCA 1DTQA 2OANA 1RYSA 3VQ7A 3MR3A 9ICVA 3MR6A 4NLKA 4PKGA 5J2QA 4F3OA 5KTQA 2NZTA 2O4GA 1ESVA 4QIWC 3AVLA 5D46A 5ALWA 1V4SA 3T1YK 1MSWD 3B0XA 3HSCA 4CHOA 2V4QA 5J8YC 3TAGA 3L0QA 4JI3K 2QA4N 1Y97A 1BPEA 2IOFA 5H1SQ 2XRIA 1VSLA 2F76X 4JWMA 2A41A 4DTRA 1RNHA 5BN9A 1T94A 2F9TA 1L3SA 5JS2A 2XI9A 2BANA 2AJQA 2X78A 4EBEA 3O5BA 4H8KA 1BA1A 3TPQA 2W9CB 4KB1A 3FZMA 1VQMN 2YNIA 1MA7A 9ICNA 2F9WA 2QWMA 3PIOL 3C2LA 1GLEG 3CG7A 4BE2A 1BDGA 4RQ5A 1N61A 2VG6A 2YN4A 2KV2A 3D6JA 3PMNA 3E9OA 1OKJA 3L3VA 3P5JA 4A8EA 4C1NK 4GVMA 4B1VA 3C1YA 1OH8A 1S5LU 4HUGA 1NNLA 3CCEN 8ICVA 4DL7A 1E4FT 5AI4A 4DFMA 1RDWX 2C28A 4FLXA 3TAEA 3LAKA 3THXB 3E2EA 4P4MA 2YNFA 3NF6A 4CIEA 4FJLA 2BQ3A 2HBLA 1XO0A 2JEIA 4GV9A 4IR1A 5KFSA 1XMOK 3KFUF 5AQVA 3K5MA 5GAGP 3V4IA 1RG6A 3AN1A 3WK9A 4Y0WA 2RF2A 2R7YA 1S6QA 4ISFA 1L7MA 4TQRA 3O1BA 1S1VA 1W97L 1JLQA 9ICMA 9ICJA 4YMMA 4O44A 5KFXA 1DT9A 1MQ3A 3U4LA 3RF9A 2E3TA 3A0BU 3LVWA 4EZ9A 4UB5A 3NTUA 1QTMA 5KG5A 3K58A 4BGAA 5C42A 1TAUA 4C1NI 3E01A 5CHIA 3LYSA 4NCAA 1ZJMA 4JAXA 2KJ5A 1Q86O 3RR8A 3H8JA 3NH1A 4LZDA 1WLJA 2KEYA 3CYMA 3DXMA 2JEJA 4OPAA 4UB4A 4FZZA 2DFEA 1SWWA 5DG9A 1V38A 2GOLA 3KD3A 3AVCA 4BR4A 3QZ8A 3CMAN 3ALYA 3L2WA 2JZBB 3CERA 1XC9A 4M3ZA 4KHUA 2W03A 2K4EA 3IRUA 2YMLA 1U04A 3BQ1A 2XICA 2RHKA 1LWEA 1RXWA 3SUNA 5M1QA 1HNZK 3WK5A 1WUAA 2P6UA 1XSNA 1FFUA 3ISNC 3LDNA 2MUTA 4N56A 2W7PA 3CQYA 2KHQA 4PL8A 2E2PA 5C15A 3M8SA 5KFAA 3SMSA 3K5NA 3ISBA 2BQRA 4YG2A 2HHWA 3BUZB 3VQPA 1VSKA 2LI6A 2P9PB 3O8MA 1J5OA 1EO1A 1L8LA 4QS7A 2GV9A 2M0NA 3T5LA 1UPHA 3EL2A 4R8UA 5KG7A 4NLZA 4ECUA 1RBUA 4DOAA 5AFUA 3QEAZ 9ICBA 2NRWA 2FPMA 3OYGA 4OJPA 4HYKA 3F53A 1NK0A 7ICVA 3RJKA 4YDUC 5AQMA 2VWBA 4JRQA 4E89A 5J1EA 2KZ3A 3FC4A 1I94K 3LDSA 2A1JA 1UQVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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3MX2A 3UKRA 3QICA 3O5BA 4B1XB 5F1XA 1BA1A 4CBXA 3TPQA 4BVPA 1Q81O 3FZMA 1HEKA 1ZBSA 1TYQB 2Q97A 4XH5A 4U7BA 1VQMN 1MA7A 2F9WA 2QWMA 4CI6A 4JKGA 1GLEG 3SBGA 3J7ZO 3PIOL 1BDGA 1Q18A 2E1FA 2HOIA 2KVCA 2KV2A 1YVNA 2YCHA 3A0IX 1OKJA 1CZAN 3CI5A 4A8EA 3E9OA 4C1NK 1X3NA 4H5TA 4MLEA 4B1VA 4WCEL 2HBKA 3CJ9A 2H3GX 4M7YA 3O08A 1NLVA 5GADP 3E1YA 5AZIA 2YHWA 3CCEN 1E4FT 2HSTA 2EWSA 2VKQA 3A5NC 1RDWX 5A0LA 4H0YB 2KD1A
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HBL A;  1YT3 A;  3SAG A;  2HBJ A;  2MA1 A;  1GO3 F;  3SAH A;  4CGZ A;  3CYM A;  4CDG A;  2E1F A;  4NLB A;  2KV2 A;  4OO1 J;  4NLC A;  2CPR A;  2DGZ A;  2HBK A;  2RHF A;  4O3M A;  2E1E A;  4QIW F;  1WUD A;  4QJF B;  3SAF A;  2HBM A;  1D8B A;  5C0Y A;  2RRD A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SQI A;  1WCL A;  3QUB A;  3F9M A;  5ALL A;  2OCE A;  1ATS A;  1VDV A;  1JLG A;  3FE1 A;  5M1F A;  3DYA A;  4J9P A;  4GC6 A;  4CHY A;  4BR9 A;  2EDU A;  2KVS A;  2ZUC A;  3M9O B;  3PY8 A;  2E2N A;  4FWR A;  2VA8 A;  3WT0 A;  1X9W A;  3NVV A;  1NJX A;  3SUQ A;  3QYP A;  3LAM A;  4ED3 A;  7ICU A;  2KKV A;  3KLI A;  1VLB A;  4LH4 A;  3GE1 A;  2F1J A;  3MR2 A;  4KRE A;  4I2D A;  4FM2 A;  3MN6 A;  4GIB A;  2AU0 A;  3QU9 A;  5AKL A;  5J0Q A;  3ATU A;  3QET A;  3N7P D;  2C2R A;  4B9L A;  4DR7 K;  4C8L A;  3TAM A;  2C2D A;  5DDY A;  1SL0 A;  1H38 A;  5KNI A;  4KHY A;  1Z26 A;  2FBY A;  3C2M A;  1ZRN A;  3B6O A;  2H5X A;  4IS7 A;  5HR6 A;  4IQV A;  3T1A A;  4F2R A;  1N6Q A;  2VJ4 A;  3OYC A;  1A5W A;  5AQU A;  1RBV A;  3UKR A;  4FJN A;  4OKJ A;  4CBX A;  4GXJ A;  4BVP A;  3HK2 A;  1HEK A;  1ZBS A;  5KRS A;  2Q97 A;  2EHG A;  4FW1 A;  4KLH A;  3L5K A;  4I28 A;  4YY3 K;  4B9S A;  5HP1 A;  4QZ9 A;  2YCH A;  2E1F A;  1YVN A;  2KVC A;  2FJ6 A;  1FIQ A;  3CI5 A;  3NDK A;  1X3N A;  4WCE L;  2UXC K;  2HBK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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