2HBMA

Structure of the yeast nuclear exosome component, rrp6p, reveals an interplay between the active site and the hrdc domain; protein in complex with mn, zn, and ump
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GMVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDENNPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMDIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAAARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNTN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
publication title Structure of the nuclear exosome component Rrp6p reveals an interplay between the active site and the HRDC domain.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Hydrolase, gene regulation
total genus 118
structure length 390
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 2hbmA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2hbmA01
2HBLA 2HBMA 4QJFB 1WUDA 4NLBA 4QIWF 2MA1A 3SAGA 2RHFA 4NLCA 2HBJA 4OO1J 2DGZA 5C0YA 2E1FA 4CDGA 4CGZA 3SAFA 1GO3F 4O3MA 2RRDA 2KV2A 1YT3A 2E1EA 2CPRA 3CYMA 2HBKA 3SAHA 1D8BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NKCA 4YXMA 1DTTA 1WNSA 3OA9A 4ECRA 1KVAA 3DV9A 5AQOA 3G25A 2MA1A 3RRHA 3RB4A 2VKQA 2FDRA 7ICPA 1BU6O 1GLLO 3K58A 2DPJA 1KFDA 2YHAA 4JWMA 4BR2A 3AO4A 3K0SA 1VQ4N 3TFSA 2WTFA 4KLIA 3AU6A 5J0TA 5C42A 4L8RB 1U48A 2F9WA 2HI0A 1ZXIA 5ALEA 3PSFA 4FW1A 3JSMA 4BWJA 1X66A 4J9QA 3H7IA 4I2BA 3ZSZA 3L2WA 1VQLN 4F4YA 2ODGA 3EZ5A 3OYEA 3EEQA 4R64A 4DU1A 2OA8A 4EBCA 3UMBA 1ATNA 4G1QA 5AKJA 3LDOA 4MFCA 4J9MA 4M47A 4KLTA 4V19S 3DM2A 1CZ9A 4X64K 2WB1C 5AQLA 4YNQA 3PZPA 7ICJA 3FE1A 1RT3A 2IS3A 3QESA 4I27A 2OANA 3KWGA 1IKXA 5KFOA 3IN5A 4CGFA 2VG6A 4CJKA 3H0RB 4Z4EA 2GWKA 2OCEA 1FEZA 3CP8A 3ZDEA 2RE2A 3V4IA 8ICEA 3HT3A 1MN8A 2VQFK 3VF4A 3CM5A 3CG7A 2JH7A 5AQXA 4QZ8A 1B0XA 2HHSA 2PFQA 2F8TA 4HTLA 7ICQA 5DMRA 2VCPA 9ICPA 3OJUA 3QU9A 1W97L 3KHRA 1JXLA 9ICQA 5A0LA 4DQSA 3V9ZA 2EANA 2DFFA 3G0ZA 4WE1A 2QWPA 5KG7A 3T3FA 1C6VA 4ECZA 5CRXA 1XHXA 4BQZA 5AKGA 4Z4IA 4JKGA 4QWEA 3THYB 1FFUA 2FLPA 2RN2A 2DGZA 4CESA 5T7BA 3THXB 4F93B 5T14A 5IILA 3HSTB 1HJPA 1BPYA 4M42A 4NLZA 3CD6N 2ASLA 4JNEA 4FJHA 3RH6A 4DL6A 1RTJA 3UPQA 3B0YA 4JKFA 4CZLA 3OS2A 4Y2YA 1JLQA 2ZGZA 2UUAK 4M6WB 2ZUDA 3SI8A 1SZHA 3HOSA 5M1OA 4K25A 4B1WB 4JS5A 1JUDA 2DKZA 2OYYA 4CGIA 1NI3A 1MDUB 1N62A 1E3MA 3ZDBA 3H8SA 4J9SA 4FOEA 5L1KA 2VANA 3ED5A 2H5XA 5KG3A 3RB6A 4FYDA 4Y2SA 4DTUA 3EW9A 3IG8A 7ICRA 2W7PA 5AQNA 4ELTA 1C1CA 2YHXA 3FLCO 1ZQNA 4ED1A 4AILC 2ZTDA 3VERA 5ALPA 2P9SA 1DOQA 5IIOA 1Q8KA 4DQPA 1S5JA 5EE9A 1L7OA 2KVCA 4M41A 1DGJA 2J6UA 4EZ6A 1BG3A 3KZBA 2FBVA 4A62A 4NLKA 2DKXA 2EZZA 3T1YK 1C1AA 2OPPA 3FAHA 2ZUBA 4PY5A 3BP8A 3RJJA 1WSIA 4FJMA 2B6GA 4RQMA 4JMUA 1NK7A 2PI5A 2F9TA 2HNDA 3O3FA 4HTUA 3D2NA 1OKJA 1VK0A 3D2EA 2DF4B 3O9QA 1ZJNA 4WQ4A 2UVUA 5DB7A 4IEIA 4RQ5A 5M1FA 4P0QA 3L2QA 3HI0A 4DFKA 1OH8A 4GFJA 5CB1A 1QTMA 1HKCA 5ALSA 5J2NA 4IQWA 4AP9A 2A41A 3NF7A 7ICKA 2WBNA 5AFUH 1N61A 1KLNA 2E8NA 2ZD1A 3AVNA 1FIQA 5CYQA 2DTUA 3KTQA 3OBWA 4LF5K 4IFYA 5HRRA 3OVNA 3JPRA 4OX9K 1TVAA 4PGXA 3VGLA 1LB2B 5KL1B 4IEEA 3V9XA 4CGDA 2E2PA 4B9QA 4YQWA 5MLCQ 2WTUA 4IO9L 3IHQB 4C1NK 2G5IB 2GOLA 1T6CA 4MDAA 5AQIA 3RB0A 3WU2U 4GC7A 4FO6A 1HYVA 3ULEA 1XWLA 3M8RA 4FW2A 3QEXA 2Q0ZX 2G5HB 4O8UA 3BS5B 1GO3F 4RWTA 2YHWA 1C0TA 1RT6A 3C94A 3VGKA 4CEAA 3FZMA 2HBKA 3TFRA 3N97B 1QQOA 3B8AX 3GIIA 4I2IA 3LP0A 4XEIA 1RDWX 1F21A 4KB1A 4FWNA 4C8NA 3TAGA 3GL1A 2UVVA 1L7MA 4RUCA 5HRPA 1NGEA 1WSGA 2IOFA 2WF6A 4OJPA 4BWMA 1RYRA 1HNZK 2PBDA 5J8YC 3O3GA 5SWMA 3CFPA 1IKWA 1CEZA 3D6JA 1JJ2M 2NLXA 4GIBA 4CDGA 4FWQA 5J2MA 5KFZA 2W3RA 1WSFA 3VEWA 2LM4A 5L1MA 1RCHA 3CCSN 4TQRA 1JKHA 3CIPA 3RTVA 5CHGA 2HHVA 1SS6A 3CYMA 5M1QA 1Q3VA 3ORYA 4FK0A 2XGQA 1RDDA 4RT3A 4O5FA 4RNNA 4FLUA 1SL1A 3NVKA 2IOHA 5KQDA 5ALVA 1BIUA 2P1JA 4KHUA 5JUMA 1IO2A 4F5PA 3KLGA 2UVWA 4FXDA 2YB4A 4FZZA 2KG5A 5AKLA 5CZ2A 4O9MA 1VSHA 3CI5A 3TARA 5J2QA 5KFFA 1XO1A 2F8LA 4WFAL 4LF8K 3G10A 1L8LA 3UXOA 4HWIA 2BCUA 2KJ8A 4CIFA 3GILA 5ELZA 2AXTU 1OH5A 1D4XA 4PH5A 3IS9A 3CM6A 4AHVA 3UKRA 3LDAA 4TUQA 1NKBA 3O08A 4OPJA 4WQ5C 2B4JA 3MDQA 4FWPA 3PW7A 2DPIA 5DLGA 5KFUA 1NK8A 1OH6A 3SENA 4QJFB 1S72N 4FK2A 2G8VA 5D4BA 1Q18A 2IIRA 3ZSRA 4UAZA 1IG6A 3I8BA 3H6EA 2ZIXA 2NO5A 3JPSA 4KMOB 4B1UB 2IA6A 1WAJA 3OYMA 2UUBK 4U6PA 5KG2A 5ALLA 3A2FA 4UQGA 2CH6A 1N5YA 3OHBA 3DAWA 2GLEA 1CUKA 5J0YA 1S10A 3L8BA 2Q1NA 4JKGB 4FLVA 4C23A 1YHQN 1N34K 4TSXA 3C6AA 2QLTA 2Q2RA 3ZCMA 3T1HK 1VSDA 5DG8A 1MU2A 5DBAA 3RJEA 2HBMA 4FZYA 1WUDA 5CR0A 2J6SA 1KVCA 3THVA 3C6UA 3HPHA 5DG7A 2EAPA 1NJYA 1ASVA 4KX5A 5FRMA 4DR7K 3ZETB 4PA1A 3O4WA 5HROA 3IG5A 8ICZA 1VSMA 3F5TA 1MA9B 2BPCA 1L5UA 4UARA 3ULDA 2D0OA 4M3UA 4XUSA 2FXUA 1D8LA 3MBYA 2E1FA 1VSIA 5C24A 3T69A 4CZMA 4KITB 3CERA 4E89A 1NJWA 4BE2A 1ZD5A 1V4TA 5M1NA 3ZDAA 3SJJA 3CJ9A 3KLHA 4IFEA 4MFBA 2A3ZA 3AVGA 1Q8IA 1D8YA 2B5JA 4KKOA 5EOYA 3ZX0A 1RT2A 3H1VX 2P9SB 3NFAA 4JV2A 4GY2B 3I55N 1IV8A 4H0XB 4ISEA 4AHCA 3THWA 4YR2A 4M9GA 2HHWA 2QXFA 5AK5A 4W5RA 3QU7A 4HCBA 3TQ1A 1TL1A 2KEYA 4JN4A 3OYBA 4ZH4A 1VQ7N 1VQNN 5EY4A 1YJWN 5KFKA 1ZXOA 3AVHA 4DCHA 3GIJA 1R0AA 5EE1A 3BQ0A 3RJFA 3AA3A 4CEOA 5J2BA 4ED0A 3OTOK 4Z4GA 3QU2A 3TWHA 4N56A 1K6YA 1CXQA 3D2EB 3A8YA 4YOUA 1TUUA 1AQ6A 2M9NA 3MABA 2GBZA 4HUGA 4RG8A 4P0QB 3HPGA 4OPHA 2R8JA 1P90A 5FLXO 4OVLA 4YN4A 3WXKA 3V6JA 1DKGD 3S9HA 3BF3A 3OSPA 5AQGA 4Q43A 4EYHB 5KFVA 1MQ3A 2P5OA 2KNJA 4B1VA 4IWVA 4CJ4A 1NU0A 4FBUA 5I42A 1YITN 1S8OA 1Q82O 1YTUA 4O0IA 4B08A 4B1ZA 3NVZA 1NZBA 3EWAA 3KHGA 1OVYA 3MWPA 5BPCA 4I2HA 4JKEA 1VSKA 3BQTA 4J2BA 1NOZA 4C8KA 3E1YA 4YY3K 1L3UA 2IHNA 4Y1DA 5KT3A 1NOYA 3LDQA 3CQYA 3MR5A 2C22A 4BVOA 3NVVA 3BQ2A 2ASDA 4PQUA 1ZQQA 3F53A 3WXJA 4ZTJA 3ULEB 2E1ZA 1X9SA 2HF3A 3BJYA 1FKOA 3B0XA 2ATLA 4IL6U 4PL1A 2RQ5A 3K57A 2BH1A 3SV3A 3R6MA 1JLAA 3KHYA 5BN8A 1MA7A 1J5EK 3UM9A 4F8RA 3SQ0A 2XY5A 3ICXA 3OS0A 1JMSA 5TKYA 3ETLA 4I2EA 2ATQA 4FJ7A 1KN5A 3R1XA 3NF6A 2FMPA 3LYSA 4PHDA 4H4OA 1XU4A 2JHDA 1C0UA 5C25A 4ILHA 4O8KA 1OW5A 1DGSA 3TTDA 4CJ7A 2F8SA 1Q46A 1UAXA 3IUCA 3TPQA 3MXIA 1VHXA 3H0MB 3OYFA 4WJ3B 3HILA 1G15A 5JMVA 3HSCA 5IIKA 4O3NA 1BPXA 3SYZA 4PZNA 2I5HA 2QB0B 2FPLA 2KJ9A 2ZXHA 5ALOA 3KHHA 3AV9A 1WUAA 5JVHL 1KD1O 3MCPA 4Z4FA 2GUPA 1VQ5N 4DR5K 2FBTA 3L6QA 3LZJA 2OTJN 1Z05A 1TAQA 4RQNA 7ICNA 2EWSA 1TK8A 2YHYA 3CHWA 1M6YA 4CW7B 1WBDA 4IS7A 3TADC 2O8FA 3CF5L 4K43A 4BREA 3KK1A 3WK4A 3V7JA 4C8LA 4CVNE 4DQRA 1MSWD 4JK9A 3MCAB 4FJLA 3V9UA 3ATVA 3K1ZA 2DQNB 3KLIA 3E9LA 4K8ZA 4JHDA 2PAVA 5DB9A 3M1FA 3UKRB 3L3UA 3U8XA 4DL5A 4CJEA 3LALA 2A3VA 3OTQA 3KOOA 5KFBA 1LW2A 1Z6RA 4GVEA 5DGAA 1NGGA 3MK6A 1OXJA 3O1WA 4KHPK 2V9WA 5JRTA 4CBXA 2ZIWA 4FLXA 1Z4NA 3UXNA 4FCYA 2W9MA 2VWBA 3LWLA 5AKZA 5EXWA 2P6RA 1SV0C 5J2CA 1T4GA 1QQNA 2ZIXB 2PFPA 3J7YP 2JGAA 4CRXA 8ICFA 3ZSQA 4ACOA 3GG4A 2O8DA 3TI0A 3RR7A 3UQ2A 4P4MA 4BC4A 4O5EA 3ID8A 3NGIA 4ED7A 2Q31A 4JI8K 2PYLA 1PUZA 3F5EA 3VQQA 3QZ8A 4M3XA 2HF4A 2G06A 2BANA 2ZIUA 1SKWA 3AMZA 4CBUA 4C4TA 2CH5A 4DTSA 2YV0X 3AA2A 4DV4K 1MWMA 2Q97A 3Q7CA 4EYIB 3PX0A 3OW2M 3O9UA 3NVWA 1YTAA 4IXCA 1LW0A 3MDCA 4O3SA 4CJRA 3OYLA 2QB1A 1T05A 2C2EA 4Q8FA 3MEEA 8ICLA 1ZQFA 3E66A 2IOCA 1RBTA 1X40A 4M9JA 4A8EA 2E3TA 1KTQA 2HBLA 2P9KA 2O8EA 3TSPA 2Y9TA 9ICSA 2A5XA 4QIWF 3HRDD 1I39A 3V81A 3PX6A 5ALQA 3NGDA 2X6SA 3UE5A 4ECUA 3CC7N 4R66A 1IJJA 1O13A 4P4OA 1A6SA 4LFBK 5CE3A 4NV0A 3H8JA 5DGBA 2G8UA 3BF1A 2RHKA 2KW4A 1S22A 3OYCA 4HCCA 5BRFA 3GU3A 1O1WA 1HUXA 3THWB 5J2HA 2AGQA 1CXUA 4KB0A 5KG6A 5AQRA 2RRDA 1LKYA 1ZQMA 5KFYA 2BCSA 1HRHA 1DT9A 4IQTA 4DB3A 4M9NA 1X9WA 4BROA 2WAQF 2NV3A 3FFIA 1KKXA 3D0PA 1ASWA 2JLEA 1BO5O 5KGXA 3O9SA 2HHTA 1FKPA 1QHTA 3PNCA 2UYTA 2E2OA 3A0BU 4F4WA 1ZQ1C 3O5BA 4IDKA 2ZIVA 4USAA 5M1KA 5AM2A 3PV8A 4C4RA 4RW8A 2ZG6A 4O5KA 1IG8A 1S1VA 4ILJA 4QZBA 3MR3A 3QINA 4DF4A 4ECQA 3PW2A 4FWKA 2OEHA 1U9LA 3EL2A 4C80A 3QICA 4I6MA 5J2IA 5C15A 2Z7JA 3KKAC 4EAHD 4G3IA 3GBTA 1Q3UA 1NKEA 4X62K 2O8CA 3LM2A 4CEZA 4FM1A 1Q81O 2WFAA 5KFMA 4KREA 5CEHA 1U6ZA 3AUOA 1EWQA 3VTIA 4BRPA 4UASA 4CF4A 2DFHA 3MDAA 4Y2UA 8ICKA 5ADXH 2K8BB 3VEOA 1WYGA 2CGLA 4O0JA 1OVQA 1B22A 1CZBA 2Z1HA 3VQ8A 1SKSA 4G9ZA 3N28A 4FSVA 2FLNA 3PW5A 4YORA 2PMZF 1TGOA 2OWOA 4LJXA 8ICGA 4UAYA 1QSSA 3RF9A 4KI4A 2H3ZA 2KIWA 3C1ZA 5AQSA 2HNZA 2PFUA 4IRCA 3VEXA 2LYHA 5ALYA 9ICFA 2ZXIA 2KKZA 1VJ5A 5EVZA 4I2JA 5AQZA 4NCBA 3LZIA 5FP0A 1YIJN 2LKYA 2BGGA 4PHEA 4RQ4A 8ICCA 2HMIA 5AQJA 3V6DA 4YP3A 1FO4A 5DG9A 1VSLA 3VQAA 4C7ZA 3QB0A 5GAHP 4FJIA 3KK3A 1UQVA 4YMOA 3CCLN 4BRGA 4QCLA 3F73A 1VQ6N 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HBL A;  2HBM A;  4QJF B;  1WUD A;  4NLB A;  4QIW F;  2MA1 A;  3SAG A;  2RHF A;  4NLC A;  2HBJ A;  4OO1 J;  2DGZ A;  5C0Y A;  2E1F A;  4CDG A;  4CGZ A;  3SAF A;  1GO3 F;  4O3M A;  2RRD A;  2KV2 A;  1YT3 A;  2E1E A;  2CPR A;  3CYM A;  2HBK A;  3SAH A;  1D8B A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2OM6 A;  3THX A;  3PMN A;  4U67 L;  5C5J A;  1RPL A;  4WFN L;  4PWD A;  4DSI A;  4M3Y A;  2VIX A;  2VWK A;  4BRN A;  2HCF A;  3K5N A;  2ITM A;  3BUZ B;  1URJ A;  1L3S A;  3I28 A;  4DS5 A;  2D0B A;  2F3N A;  4FS2 A;  3ZD9 A;  3N4Q A;  1J97 A;  2HMP A;  3V1R A;  1VQO N;  4M6W A;  1XS9 D;  4OD0 A;  4CZJ A;  3DLB A;  4DR1 K;  4CJ3 A;  1QSY A;  3U6F A;  3NBP A;  4Z94 A;  2JWL A;  3T7Z A;  3DDH A;  4RCH A;  3OY9 A;  2PXI A;  1DTQ A;  4IKF A;  4PZO A;  4H0V B;  1PVQ A;  2WUS A;  4FZL A;  2ALZ A;  3Q8R B;  2CPR A;  3CNH A;  1VQM N;  3HJF A;  5C2F A;  3O4N A;  1HEK A;  5AM3 A;  2VG5 A;  4NJ8 A;  3ZSY A;  4CED A;  2LYB A;  3AVF A;  1WOQ A;  3F9K A;  4DFJ A;  4CFC A;  5DM6 L;  4H5R A;  3HKZ F;  2OHF A;  2NNW A;  4J2A A;  3HW8 A;  5KRS A;  2FJ6 A;  1LAW A;  2Y9U A;  1KCF A;  3OYD A;  4DV7 K;  3LAN A;  3DXM B;  3WK5 A;  1NBW A;  1KVB A;  3B6O A;  3NF9 A;  1ZRN A;  2HHU A;  3G71 N;  4M3Z A;  1XC3 A;  3MN6 A;  5J2P A;  2FLO A;  5HOO A;  2W55 A;  3BS7 A;  4RQ3 A;  2WFB A;  3SBT A;  2KSO B;  4J9L A;  2Y1I A;  3TAP A;  1W9H A;  4EBE A;  2A19 A;  4DLG A;  4XIU A;  2QXL A;  3M3Z A;  3OYN A;  4B9S A;  4R5P A;  1OH7 A;  5KPZ A;  2JV3 A;  8ICM A;  1HJR A;  3KKR A;  2ASJ A;  3L4P A;  3VTH A;  4DFP A;  4JV0 A;  1XMQ K;  1A5X A;  4M7Y A;  4LH4 A;  3IV6 A;  3D2F B;  3WXI A;  4YFK A;  2ES6 A;  4O3P A;  2R8G A;  4P2H A;  2XRI A;  3UIQ A;  1TV6 A;  1IM4 A;  1DXS A;  2JEI A;  1EQY A;  4EP4 A;  2XCP A;  2D0C A;  5E26 A;  4DR2 K;  2Q4T A;  5LMU K;  5KT6 A;  3WK7 A;  5KFQ A;  5J0W A;  2KQ2 A;  4QS8 A;  3JPT A;  2IDO A;  3ZSX A;  3OYI A;  1XC9 A;  4M0A A;  5H1S Q;  5AQV A;  4Y2R A;  2W9C B;  1A0P A;  3IM1 A;  3AVC A;  3VPZ A;  4HHT A;  1Q86 O;  4DKW A;  3B9J A;  2CRX A;  2UXD K;  4FLW A;  2K60 A;  2W54 A;  1F5S A;  5F1X A;  2F96 A;  3BS5 A;  2BGW A;  3NCI A;  3PO4 A;  1F0M A;  4NLC A;  1D5A A;  1TYQ B;  4B6J A;  2FSN A;  2ZE2 A;  4CF5 A;  3IP4 B;  1QQ7 A;  3OHA A;  4B9M A;  1BA0 A;  3DJC A;  3KIO A;  4E7J A;  2GV9 A;  3LM9 A;  3RAQ A;  1LWF A;  5KG0 A;  1GLA G;  4KFB A;  3AM9 A;  4I2Q A;  3DLL L;  3V7L A;  1Z26 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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