5C0YA

Crystal structure of the rrp6 catalytic domain bound to poly(u) rna
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
389
structure length
386
Chain Sequence
KRVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMNIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title RNA degradation paths in a 12-subunit nuclear exosome complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
total genus 125
structure length 386
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2015-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5c0yA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c0yA01
4QIWF 3SAFA 2E1EA 1GO3F 2DGZA 2HBJA 3CYMA 1D8BA 2KV2A 2RRDA 2HBLA 2CPRA 2HBMA 4OO1J 4QJFB 3SAHA 4CGZA 4NLBA 4NLCA 2MA1A 2E1FA 1YT3A 4CDGA 4O3MA 3SAGA 5C0YA 2HBKA 1WUDA 2RHFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSQA 4YXMA 4RQ2A 3H3NO 1QQNA 3QESA 1N48A 3KWIA 2AGPA 4GW6A 4DV1K 2XCAA 1I3AA 1JLQA 4KHPK 2A42A 5CJ7A 3B0XA 5KFNA 2W11A 3SR6A 3THWB 2NLXA 1KSPA 3U8XA 4A59A 5KRSA 2VGNA 5CA7A 4NJ8A 2CGLA 4K4GA 2QWPA 2VGMA 3EKUA 2WHEA 1N5YA 1ATNA 1KDHA 4BRHA 1ASUA 3KBBA 4W5OA 3TARA 1JCFA 3IUCA 5KT3A 3I28A 9ICJA 4PGYA 3C5FA 2G08A 3QNMA 4N41A 1XHZA 1AQ6A 2UXDK 2KVSA 4Z0UA 5KFWA 4KX3A 5EOZA 1KFTA 4K4HA 1HPZA 2ZGYA 5D3GA 1JX4A 4IC9A 4AHCA 5H1SQ 1K5OA 3O3HA 4F91B 4CGGA 3N7SC 1GOAA 1KL9A 3EEQA 5JUMA 2RDIA 3T7ZA 2YN4A 1BPXA 1C1AA 4O4GA 4JRPA 5I42A 3CERA 1HJOA 2XCPA 4FZLA 1EP4A 2QWNA 3E0FA 4BDZA 2O8BA 2F9WA 4C8NA 1WSEA 1DEJA 1T8EA 3IG1A 1EWQA 4P4PA 2CXYA 3KKRA 2P6RA 4JV1A 3ZSVA 2ZQBA 4BQLA 4RQ4A 3MEEA 5KFIA 5KG5A 1CI4A 4FWPA 4YOWA 1YUWA 2F1IA 3HVTA 2F4VK 3E9OA 2PKEA 3E2EA 1TUUA 5ALWA 2JGUA 3H0MB 2HI0A 2ASLA 2XY5A 4FJ5A 9ICSA 4CZFA 5KFGA 2AA4A 1YTAA 3CJ1A 5IINA 4DSEA 1L7OA 1SZHA 1HQEA 3B0YA 3RAXA 5SZTA 3DLGA 2MA1A 2ISPA 4B8CA 2NRZA 1VQPN 4IRCA 4MO4A 2ZD1A 1S76D 2WAQF 1Q3VA 3RJFA 1Q81O 1SV0A 5T14A 3UM9A 5KG7A 1ZQTA 1TKTA 3VOVA 3L4PA 9ICKA 3F2KA 3U3YA 5IIIA 1FIQA 3QEPA 3AA3A 4RT3A 4Q5VA 4QNLA 2EAMA 3MMVA 2QKBA 2WFAA 3HZ6A 2W9BB 4LH5A 3D2QA 4FLXA 5AJ3K 4QJFB 4YORA 4CJWA 3ED5A 1NZBA 3PVXA 4BRCA 5J2IA 4C80A 3RBDA 1RFQA 3D6JA 3DLEA 4DFPA 3VETA 4HCBA 1PK3A 2IVPA 4BR4A 4GKKK 1RGIA 1KVBA 4B9NA 2YMMA 4A62A 3H0LB 3U26A 1KAYA 3THYA 1XS9D 5KFAA 3L3VA 4NYFA 4CJRA 3LP2A 4JI5K 2GH1A 3I0SA 3MXIA 2LM4A 4Z4IA 4EYHB 2NO5A 1EKEA 2W8LA 3HXMA 8ICNA 3QEBZ 2J4RA 4G9ZA 5CZ2A 1ZBFA 2D8CA 2YHWA 3IMXA 3ZSWA 5J0XA 3LP0A 5DGAA 3T69A 5LMNK 1WNSA 4KREA 4CJ5A 2Z1JA 5AM4A 3O0FA 2H3ZA 4QW8A 2RF2A 3DLLL 2KHQA 2W9AA 5J8YA 2FPLA 1W9HA 5DG9A 1NKCA 1C0UA 3ZETB 1J9AA 3O1WA 4UAYA 1KFDA 4YNQA 1T3NA 2HF3A 3B9JA 4H0OA 3QEIA 5EWFA 3AVBA 1Z05A 3WKBA 2F1HA 1S6QA 3UXNA 3ISDA 4KB1A 4UB2A 1VDVA 4P0PA 5DM7L 4M3RA 3FC4A 2XC9A 4M7XA 3LVVA 3MC1A 4O55A 2PAVA 4WFAL 3WUHA 1RT2A 1YXQA 4KLSA 3M5RA 3VMFB 3NGYA 3K4GA 3UKRA 2ASJA 2P9LA 2C2RA 3A5OC 1QVFM 9ICBA 4E1NA 2E2OA 5HOOA 2F76X 4PL2A 5IIKA 3WNGA 4BXOA 1V97A 3A0HU 4K8ZA 4M6WB 5ALGA 3QZ8A 2WUSA 3RAQA 1W97L 5BPLA 4Q8EA 3HL8A 1AROP 3C2LA 4DO9A 4XH5A 5BR8K 5ALKA 3AVCA 5L1KA 3H4DA 1SV0C 4CGJA 1IV0A 3V1RA 4CZHA 2I6XA 2ZIXA 4GC7A 2JEJA 1ZBLA 1TAUA 2DUYA 1ECWA 4IS7A 2CGKA 1PVQA 1NGHA 2GBZA 3CCSN 4Y1CA 2G07A 2IBKA 3RFAA 1S5JA 3PX0A 1NJXA 3RMCA 3I8DA 2ZWHA 3LALA 3N4PA 4CJ4A 1YJWN 2PYLA 3QEAZ 4KMOB 2JMGA 5GTHU 1IIPA 8ICAA 1M6YA 1KVCA 2H3GX 4LH4A 4NB4A 1NGCA 3HO1A 5AKEA 4J9MA 2R8KA 2H3IA 4YXJA 4Z6EA 1BWFO 2UXCK 3FLCO 2ITMA 2FLLA 5HR7A 8ICSA 2K4HA 1OH6A 5CR0A 1N5WA 2KN7A 3RH5A 3D2FA 1BA1A 4CFBA 3CCRN 8ICFA 4YR2A 2UYTA 3UIQA 4F4WA 2JV3A 1Q7YO 1NGEA 3GV7B 1L8LA 4IQWA 9ICHA 4CFCA 4C8MA 3THWA 2F8KA 2G8UA 4OPJA 2E2PA 2KZMA 1NGFA 3OTQA 1BGXT 4I6MB 4JWMA 3KKAA 4CF9A 7ICOA 5ALSA 3JPQA 3M9OB 3MDAA 5AIBA 4FVUA 2ZJAA 4MLHA 4I2AA 1WUDA 1Y64A 4O8KA 1MU2A 5KGWA 5C15A 3CI5A 3QEXA 5KFEA 4Y2QA 5MLCQ 4M9GA 3NUQA 4DCCA 1JXLA 2A1JB 1NGBA 2D5RA 3MAQA 2W55A 3BS5B 2YHAA 5KFRA 3ZT0A 5AM3A 4NCGA 5CHIA 3OYDA 4DMNA 4JS4A 1HNXK 4M7YA 3TANA 4RQ3A 4OKJA 5KFTA 1ZD3A 4NCAA 1S9FA 3CCJN 3DRRA 2BDUA 3MDQA 5J2FA 4BR0A 3RBEA 1O08A 3M1YA 1J97A 3OPXA 5J8YC 4WJ3B 3EO3A 4IOXA 4FZXC 4DL5A 3RJEA 2C2EA 2AH5A 3PIOL 5AZIB 3EZWA 1X6IA 5AK5A 1XSNA 1SQKA 3KVGA 2HCFA 2I7NA 3CCEN 3A0BU 2J6SA 4ICAA 5ALFA 3K9KA 4JK8A 2IMWP 5EU7A 4GKJK 2LPEA 1RBRA 1RDCA 2VWKA 4FVMA 1O03A 4XRHA 3QO9A 1NGJA 1U2VA 4GXJA 4QS7A 3ZSOA 5L1IA 1XI1A 3CFPA 3VF4A 4KN4A 2LBOA 4B3TK 2UVVA 1NI3A 4F2SA 3VQAA 3MABA 4Q43A 4O8UA 5AI0A 5HMMA 3HWTA 1CUKA 1VSFA 5A0LA 2VA8A 4Q8FA 2XGQA 4JI2K 1BNOA 4IO9L 3QEVA 2BCVA 2FMQA 3WKDA 4DTUA 1YVNA 3C95A 1SKWA 1VRTA 1X3NA 1RDDA 4YFUA 1NLVA 4RPYA 4RNNA 4B9MA 3R6MA 1MWMA 4MFBA 5KG3A 2A1AA 5JS2A 1VQ7N 4LSNA 1Z00A 2HHQA 2IVNA 2K8BB 1SGGA 1GLCG 8ICQA 1WG8A 1VJ5A 1C0TA 3TABA 3CC7N 3HP9A 3BP8A 1ZD4A 3EE8A 1UPHA 5AKZA 4A57A 4QS8A 3DV9A 2JR5A 5AM0A 1REVA 2Y1JA 2IOFA 3NMUA 2W9BA 4WYBA 4EHTA 4KH6A 5ALUA 2O6KA 3NH1A 2F77X 3MFIA 4BACA 4G3IA 4P0QB 2JZBA 3AVJA 4CBWA 4OCZA 4QZIA 2IHMA 3QFUA 4NYNA 3HI0A 3IDHA 3I0RA 3WK6A 2HHXA 2BE2A 4CIEA 5JVHL 4BVPA 4FLZA 4UAWA 1LKYB 2C22A 2I7PA 3QLHA 4FWLA 4GY2B 1Z19A 3L5KA 4NLZA 3VF6A 4CE6A 3KKAC 4ILGB 4J03A 2G5IB 4BR7A 5IT9O 5JRTA 1A5VA 1MWKA 4CE9A 4TUSA 3EW9A 4NM1A 4Y2UA 1X9JA 4FO0A 1SWWA 1JLBA 4B3RK 1V9PA 1FEZA 1BIZA 3SQ4A 4B1XB 1A0PA 3V9ZA 4QWEA 5AQOA 3AO5A 4B6JA 4CF8A 5SWMA 3TSPA 4E7IA 3SPZA 2KHOA 4PHAA 4Z6FA 5CB1A 5KFBA 5ALHA 3TPQA 2P5OA 2Z1IA 4IJAA 3BS7A 1M90O 1RT7A 2G8VA 4GVMA 2D1KA 2FBXA 5KFOA 4J9KA 1LW0A 3BZKA 3GIIA 5L1JA 4H5WA 3Q8MA 4JKFA 4GXKA 3LK9A 1A6SA 2NRRA 1IXRA 2KKZA 5ALPA 3C0BA 4US8A 4NLNA 1VQLN 2IOFK 1WAFA 2UUAK 3DJCA 4UB5A 1RXWA 4FWQA 4OKKA 5GIPA 5JLFA 1NKEA 5TZVA 1M1KO 4OLAA 2W6LA 5G5HA 4F3OA 3IRXA 2OM6A 2PFQA 3LDNA 1KD1O 1PK1B 2K4PA 4CD3A 3OYIA 2EDUA 4Z4EA 5TISU 4M3TA 5AQXA 3K5OA 1KAZA 3PSIA 3ENOA 2E1FA 5IWAK 1L7MA 4TQSA 4DL7A 2XGPA 1BPBA 4IQVA 1MA7A 1C1CA 2VANA 4UY8O 3PO5A 4C23A 3NF6A 2AQ0A 2D4WA 2KHVA 1KQQA 5JS1A 3V6HA 1V38A 2WAQC 3M7DA 5J0UA 3C6TA 3ULDA 3S3NA 2BGGA 4XEIA 1NOYA 4FZYA 1PVRA 1CLQA 5CEHA 4RZRA 4CF1A 3J7YP 3ENHA 1ZQRA 4M6WA 2P1JA 4KKOA 3HVRA 4RW4A 3MX5A 4FWNA 1ILYA 2BQ3A 4DS4A 3AGRA 1NJWA 4ECQA 4CD1A 3LP1A 3OYBA 4F72A 4EYIB 4W5QA 1W2BM 4ZTJA 1U9LA 3JPPA 5AQIA 4CEBA 3TTFA 5AI6A 4DTRA 7ICIA 1HJPA 4C4RA 3E9LA 9ICVA 5DMRA 1JXBA 1NGAA 4H4OA 4JKEA 2HOQA 2JEGA 2HHTA 1BO5O 4PGXA 2GV9A 5M1QA 3SLCA 4BR2A 1BDGA 1S9EA 4BRNA 1KXPA 2YX8A 3DXMB 2B21A 4MEXA 8ICYA 5AICA 1QHAA 4KH4A 4KLUA 3NASA 3CFOA 1EXNA 4IQTA 5AQWA 3PSFA 4G1QA 2E8NA 5AI8A 4O3QA 3ZX2A 4UAZA 1MQ2A 2DFHA 2RHKA 4IR1A 1X3MA 3VEZA 1QQ5A 3F2DA 1PVPA 3D2EB 4K0KK 1B0XA 3KIOA 1XHXA 4B3MK 3BQ2A 1VQKN 2AJQA 5BOMA 4I2FA 2F96A 2XY7A 2KZZA 2LYAA 9ICNA 3FZFA 4KH5A 3VEOA 2A1JA 3VQPA 4BQZA 3KLGA 3BS5A 4DLEA 4PKHA 2LKYA 1P7DA 3EPIA 4QZ8A 2Q0RA 1Q8IA 3PX6A 5J1EA 3CQ8A 3IN5A 3OHBA 4CJUA 4UARA 4DV4K 3GG4A 3C6UA 1SUQA 4YN4A 4DR7K 1S1UA 4YVZA 3JXUA 2EANA 3M9MB 3G4SN 3VCBA 5KFPA 5AZIA 3L3UA 1Z3EB 3BQ0A 3HBTA 3O9SA 3WXJA 4CJQA 1K1QA 3GDXA 4FK2A 3QUQA 3QU4A 4DSKA 3MDCA 8ICRA 1LWCA 9ICEA 4WQ5A 4MF8A 4I2BA 3OBWA 4PY5A 2I5HA 4OJLA 1K8AO 2JXJA 4DOCA 3RSEB 3B6OA 3F73A 3NE6A 2DGZA 4HUFA 1JUDA 4CGFA 4MF2A 5EE3A 1IM4A 3ZD9A 1L6NA 4JI8K 3L4QA 1COKA 4PL8A 2BDPA 2GLEA 3AQFA 1QCKA 1NGDA 3VGLA 4FJHA 4BR5A 5J2CA 4CGZA 2ZJRL 1ZETA 4I9LA 3PW0A 3FR0A 4KV8A 1BPYA 4CESA 3ID6A 4MHVA 5AQYA 2D3DA 3M8SA 2EZYA 3GIKA 3VQQA 1JN3A 1RG6A 3NVWA 2OEHA 1WSJA 4CJ7A 4J9OA 4KHSA 3BY5A 2FSKA 1P8ZA 1ZQUA 3C23A 5KFFA 2Y9UA 1OH5A 4CFDA 1Q3UA 3QDKA 4H4MA 2Y0SF 3L2WA 3QUBA 3V1OA 4R66A 3DM2A 2HSZA 2KNJA 1NK7A 1NWKA 4H0XB 4TUQA 3DLHA 3TAMA 3RB4A 4EBEA 3GDQA 2EHGA 3KHYA 4XH1A 4BGAA 4CGDA 1D9FA 2XHBA 3DXKB 4B1YB 3NHGA 4U7BA 5JICA 4OVLA 3G25A 4JNEA 5HMLA 1NOZA 4FLUA 3CC4N 1T4GA 2C28A 4DR6K 3VGMA 2WF8A 4YOXA 3Q8QB 4P0QA 1I94K 1CRXA 4MQ3A 5DQHA 9ICOA 1DK3A 2KVCA 3K1RB 3KOOA 5KAIU 4IEIA 3CCUN 3S3OA 4QAGA 1LKYA 3AVNA 3G0ZA 4IDKA 3IAYA 3QETA 3PW2A 1VRUA 3BDPA 4UB3A 4FJNA 1ZQAA 5IILA 1HEKA 3MECA 1NBWA 4Z6CA 2Q3SA 3OY9A 5J2QA 4H03B 2ZJQL 4JV0A 2WF7A 3FE1A 4CERA 3VENA 5DB8A 3GE1A 1UCVA 2H5XA 2Z1HA 1B4FA 3RJHA 5GINA 2Q31A 2MRLA 3SJJA 3C2KA 1NGIA 4F93B 2W9CB 4KTZA 1QS4A 2HNDA 5ALTA 1ITGA 4DSLA 4N5SA 2KK0A 3T79A 2O8EB 3U3GA 1LV5A 4FE3A 4MFCA 5DBAA 4FW2A 4LSLA 3UKUA 4KLIA 3AARA 1BI4B 1JLAA 3NH0A 1T3VA 4DG1A 4WQ5C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QIW F;  3SAF A;  2E1E A;  1GO3 F;  2DGZ A;  2HBJ A;  3CYM A;  1D8B A;  2KV2 A;  2RRD A;  2HBL A;  2CPR A;  2HBM A;  4OO1 J;  4QJF B;  3SAH A;  4CGZ A;  4NLB A;  4NLC A;  2MA1 A;  2E1F A;  1YT3 A;  4CDG A;  4O3M A;  3SAG A;  5C0Y A;  2HBK A;  1WUD A;  2RHF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3OGU A;  4UB4 A;  4M9L A;  2E2N A;  4ECX A;  1ZRM A;  1SKS A;  4ACO A;  4IBN A;  3NFA A;  4B08 A;  4W5T A;  3SAF A;  2DL0 A;  1BG3 A;  4JB3 A;  4CCH A;  2MUT B;  1QSY A;  1SS6 A;  4O3O A;  2P9U A;  3LM9 A;  2KKP A;  4PZO A;  1OUQ A;  5E26 A;  2V9W A;  5T7B A;  3OS0 A;  1KKX A;  5DLG A;  5FRN A;  2HB5 A;  5J0P A;  1XO1 A;  4O5F A;  5KFS A;  3RJJ A;  2E8M A;  2FLN A;  1QVG M;  5C5J A;  3VA3 A;  5ALX A;  5J2J A;  2WOM A;  4BRK A;  1PUZ A;  2HHH K;  1VQ5 N;  4GXI A;  4DF4 A;  5DK5 A;  5EVZ A;  2PZS A;  2ZUC A;  3CW2 C;  3OYH A;  1L7P A;  4RQ0 A;  4I2G A;  2GEM A;  4HHT A;  2RP5 A;  4LF4 K;  3MGI A;  2O8D A;  2AU0 A;  4P2H A;  3LDL A;  2DPN A;  5KFD A;  3T5J A;  8ICO A;  1QSL A;  4NL9 C;  2AXT U;  1TUY A;  5HRS A;  4Y2Y A;  3KKS A;  2M9N A;  4AQY K;  2HBJ A;  3AQE A;  5FPD A;  2BCQ A;  4DU4 A;  2K4E A;  3I8B A;  3H1Q A;  3L8B A;  4FJJ A;  1YIJ N;  3MN5 A;  2FI1 A;  1YF5 L;  3AEV A;  3AA5 X;  3H8M A;  3M9N B;  1JRP A;  9ICX A;  1XSL A;  2QXL A;  4CZK A;  1RT6 A;  4OGC A;  3C2M A;  3P39 A;  3WK8 A;  4NV0 A;  3ZT3 A;  1VQN N;  4F5P A;  4USA A;  4ZOH C;  5GAD P;  2YKM A;  3JS6 A;  5B8H A;  3RRH A;  1BL3 A;  3LYS A;  3VTH A;  3GU3 A;  2O8F A;  3MWT A;  4FM2 A;  5DGB A;  1NKB A;  5I3U A;  1SV4 A;  4BRQ A;  2E1E A;  1ZQZ A;  4J9S A;  3LPU A;  4HWI A;  3F9M A;  5KFL A;  2MSN A;  4PA1 A;  4CJF A;  1NOM A;  4DR3 K;  2I5J A;  1ZJM A;  1HNI A;  1HYV A;  3M1F A;  4IJN A;  4WQ4 C;  2W9M A;  3VQ6 A;  4C4S A;  1JLC A;  2KJ5 A;  4CZJ A;  3H8S A;  4EEK A;  3F2C A;  4M3W A;  3N4Q A;  3UKR B;  2FJ6 A;  2K8A A;  2P9L B;  2X6N A;  5J0T A;  5J2B A;  3BGR A;  3ZDA A;  4H0T B;  1DOQ A;  3TTD A;  2E1Z A;  4QZH A;  2VWJ A;  1K1S A;  4BXO B;  1ZQE A;  2FC0 A;  3CG7 A;  3V4I A;  3ZT2 A;  4PWD A;  3MR2 A;  3V6K A;  4IOA L;  4RQN A;  2YJE A;  3PML A;  9ICQ A;  2KV2 A;  1HUX A;  1RNH A;  2ETJ A;  4F5Q A;  1XUP O;  3QML A;  1VQ6 N;  3C7N A;  4H0Y B;  4ED3 A;  2ZIX B;  4JKA A;  4RW8 A;  4BE2 A;  5DDY A;  1RTH A;  5HR6 A;  5DKW A;  4J9L A;  4EEY A;  1LAW A;  3IG8 A;  4FWR A;  2G09 A;  3T19 A;  4RW7 A;  5J0Y A;  3LAM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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