5C0YA

Crystal structure of the rrp6 catalytic domain bound to poly(u) rna
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
389
structure length
386
Chain Sequence
KRVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMNIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
publication title RNA degradation paths in a 12-subunit nuclear exosome complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
molecule tags Hydrolase
total genus 125
structure length 386
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2015-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5c0yA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c0yA01
2HBJA 2CPRA 2HBLA 4QJFB 2HBKA 2DGZA 4CDGA 4NLBA 1GO3F 2RHFA 4O3MA 4OO1J 3SAHA 2MA1A 2E1EA 4QIWF 3SAGA 4CGZA 2KV2A 1YT3A 2HBMA 1WUDA 2RRDA 3CYMA 1D8BA 2E1FA 4NLCA 3SAFA 5C0YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M3ZA 1HNVA 2WTUA 8ICOA 2GLEA 1IH7A 1Z26A 1GOBA 1RT4A 3ZT2A 3I76A 4JUZA 3SQ4A 4NYFA 3C1ZA 1UT8A 1XWLA 1B43A 1HMVA 4O3QA 5CWRA 4LZGA 3OYAA 4CEBA 1N33K 4DWIA 4CJQA 3S3OA 3V1OA 3TAEA 7ICRA 2ZIUB 4P4OA 3PR4A 2ZJ8A 4XA5A 3TARA 4P2HA 2W41A 4BR4A 5AQRA 4NJ8A 2Z1GA 4FJKA 4RNMA 1D9FA 2PXIA 3KKSA 1K9MO 1ITGA 1K6YA 2WFAA 1ZBSA 1C7YA 5EX5A 3U26A 2BCRA 1L5UA 3IM1A 3MCAB 3U3GA 4CZIA 3DDHA 3NASA 4CJTA 3KWGA 3RJHA 3LANA 4BQLA 2NRVA 2Q97A 3D45A 2AGPA 4CZLA 3PNCA 4JWMA 3WKCA 1IKYA 2VGMA 4O8UA 5AI9A 2FMSA 3C1YA 1GLLO 2Q36A 1ZQXA 2VA2A 5JS2A 2LSNA 3UMGA 5J0PA 4CJSA 4BRFA 1YTAA 5KG7A 1N63A 1OH8A 2DKZA 1W9HA 1NI3A 3BQ0A 5KFQA 3SAFA 3MGIA 1VQ4N 1ZBFA 4H5RA 4EBEA 4CIGA 3HL8A 1VSHA 5HL7L 1JLGA 2P9PA 5KFOA 3M9OB 2AHOB 4HTLA 4KFBA 4KTWA 4IO8A 5AFUA 2M9NA 9ICNA 7ICIA 1UHUA 4C23A 5AKGA 3Q8PB 3VC8A 1F0MA 5FP0A 1Y88A 4MFAA 4O3RA 2KW4A 4Y2VA 4B1VA 2W3SA 3QZ8A 4CEOA 3OYGA 3CJ1A 3R9KA 3HX0A 3B8AX 3ZSXA 2E5LK 3MR3A 4KH6A 2OYQA 3TKAA 2G07A 1XMOK 4P4PA 4JYAK 1K1SA 1U2VA 2E8NA 2F2AB 3CCUN 3MFHA 4FWSA 1L7PA 4NL9C 3VQ5A 3A8YA 5KAIU 3EZWA 2R8IA 1Q46A 3DRSA 2V7YA 3OSNA 3F9KA 2F8KA 1VSDA 4LF6K 5C25A 1MA9B 3OS0A 4IBNA 2P9PB 3CFPA 4H0XB 2H3VA 4YR2A 4KLHA 1TL3A 3KHRA 1DK2A 3L2RA 3HM8A 5CRXA 1NLVA 3U9ZA 2JWLA 9ICTA 4NV0A 2YNHA 2OHFA 3BY5A 4E7HA 1S22A 4NO7A 3IFRA 4DR4K 4QIWC 5FPNA 2UU9K 2KKVA 1D8YA 2ZXHA 4UB8U 1I94K 4IG0A 3C2MA 3L2UA 3C2KA 4GLXA 3SUPA 3WNEA 2HDOA 8ICWA 4B1ZA 4FPAA 4UAWA 5AM5A 5B5EU 4XUSA 2PFQA 2DTUA 1S6QA 5JUMA 1BL3A 1U2VB 3AY9A 4EENA 4I2EA 1ZQMA 3H0RB 2ZJAA 5AQFA 1WBBA 3KD5E 4IOXA 3D2SA 4OPKA 3QUBA 4DU1A 1JRPA 3M5RA 5C2FA 2KV2A 4ELVA 3R6MA 3A0IX 4FWKA 4I9LA 3MR6A 3ZDBA 3I0RA 4YDUA 2K8AA 1EKEA 2P9SA 3LALA 1J9AA 3HK2A 5DDYA 3Q8RB 4OLAA 2OZSA 5KL8B 4CNQA 3AVGA 3F73A 4PZOA 1XO1A 3FZHA 2AGQA 3OYDA 4ECTA 2ALZA 3ZDDA 5HRNA 3CCEN 1YITN 2OZMA 1VSKA 5IINA 2KD1A 4DL5A 3UB5A 4XRHA 5ALDA 2IDOA 1T7PA 3LM9A 2FF6A 4PKGA 2WF9A 2DQNB 3LM2A 4GY2B 3C65A 5HMLA 4I2JA 3RJKA 4JNEA 2HB5A 3O1BA 5ELZA 4Y2TA 3VF2A 2X78A 1JL1A 2UVUA 1N32K 5KFHA 8ICHA 5J2QA 4O5EA 3ISBA 1X66A 2KHVA 3QEWA 3AA4A 4DSKA 1BG3A 2F76X 3PO5A 3L2VA 5M1OA 4DF8A 4WFNL 3AMZA 3JPSA 4KLTA 3E9OA 2P9SB 1EQYA 4E89A 2N1RA 3MEDA 5LY3A 3KHYA 2QKKA 3BF1A 3TTFA 3H8MA 9ICQA 3ED5A 4FOIA 4JS4A 3CCQN 1C1BA 4FWLA 4YD1A 3OYFA 5KT3A 1XNRK 5DB6A 1O1WA 5DBCA 3TQ1A 4C8MA 3RAQA 3AAQA 1NMDA 4JWNA 3LAMA 5AKYA 3WXMB 4CBWA 1S9FA 4USAA 1ASWA 4XH1A 3SV4A 2QWLA 4E1NA 5GIOA 3H8JA 3UPQA 2P9LA 4O8KA 1T4GA 2W9CA 3A0HU 2D0CA 3LP1A 7ICOA 2AU0A 3SMSA 3S9HA 1N6QA 3TFSA 5ALUA 2R8JA 4YD2A 4KN7A 3U8XA 3O9RA 4QW9A 4CGJA 2FSNA 3EZ5A 3MEEA 1PK3A 3LL3A 2H3IA 4V19S 5J2FA 3SR6A 3G6YA 3H8WA 2XGQA 3WEEA 2B0CA 2BQRA 1YIJN 4LZDA 1YJ9N 3R9PA 3OW2M 1NM1A 4IR9A 7ICHA 4BRGA 1KW4A 3NF7A 4X66K 3GG4A 5BRHA 3SQ1A 4LF4K 3VTIA 1YT3A 3BZKA 3PO4A 1KBUA 1QHAA 3IDHA 2CH6A 2XGPA 5GAEP 1OKJA 4I2GA 4XEIA 2HSTA 5AM4A 4Y1CA 3HBTA 4MFCA 1ATSA 4MEXA 3V9ZA 2CPRA 2P9LB 1BPZA 4U6PA 3HOSA 1VJ5A 3EUB2 2KIWA 1YVUA 5SZTA 5T7BA 3UMCA 4FM0A 1L7MA 4AYBC 9ICWA 4KLLA 3DLLL 4BRKA 5J0RA 3D6RA 5KRTA 2E2OA 4DQSA 1RXWA 1B92A 5AQUA 3WK4A 2KIVA 1NJWA 4TQSA 1YAGA 4ED3A 3WEEB 5AKLA 4JI4K 3V6JA 3K57A 2E1YA 2PI4A 1Q82O 4Z6EA 3HPOA 3AA2A 1HJOA 3RJIA 1JLBA 3CYMA 4F50A 4BRIA 3T5LA 2YB1A 1Z3EB 4DOAA 4NYNA 3TSQA 1ZD5A 5JVHL 1X40A 2KICA 1P8ZA 3S6JA 4M42A 2A41A 2YKMA 2E1ZA 3CNHA 4Z4CA 1WAFA 4JAXA 3JPQA 3QBWA 1N62A 1PUZA 1IBMK 3KK2A 2K4IA 3HW8A 4ECXA 1W0HA 4AHRA 3L8BA 2W55A 3H1QA 4H5VA 1TFRA 4HWIA 2P5OA 3L4IA 4R5PA 1R0AA 3CP8A 4IC9A 1ZC6A 5AI8A 3GV7B 3BGRA 1S1TA 1VQ5N 2OTJN 1NOMA 1ZQKA 2RRDA 4TUPA 4JV1A 2E4LA 1FKPA 1RBTA 3MEGA 5I9EB 3AQFA 4EX7A 3NE6A 2UXCK 3BEXA 3UKRA 1SAZA 4IL6U 1VQ8N 4CIFA 1VSJA 1LWEA 5ALLA 1VQPN 1HRHA 5AQIA 5HBMA 5CEHA 4RQ5A 3AA3A 1BQMA 4M6WA 3V7LA 2R18A 1BPYA 3KLEA 1NGHA 5ALVA 2KLAA 3G4SN 2YHYA 2RE2A 5J29A 1QS4A 3MX2A 4YOWA 3EY1A 3CJ9A 1KN5A 3MDAA 1GLJO 1Z6RA 3ZT1A 4KX5A 4OJ6A 1NK0A 1PK1A 2KK0A 4A61A 1EO1A 3S3NA 1TKZA 3QFUA 8ICXA 4CJ5A 1QZ6A 3ZSZA 8ICUA 1ED1A 4PJ0U 5E26A 4YFUA 3VGKA 3WK5A 3LZIA 4J9MA 4HYKA 3B6OA 3B9JA 3MECA 4F8RA 1KLMA 1WNSA 3P31A 2GUIA 3HPGA 4Q5VA 4FO0A 5JVGL 1J97A 3P83D 3KLGA 4CZEA 1TV6A 4JEPA 3O9SA 4RWTA 2KN7A 4QS9A 2FI1A 1SZHA 4UARA 1A6SA 1JKHA 4B9LA 3GIMA 3SEIA 2H3FA 3CI5A 2V4QA 3QNNA 4M6WB 2HSZA 4J9PA 3ZDEA 2WB1C 1C0MA 3T69A 4O3PA 3MXMA 2UUBK 4C1NI 3EE8A 4CBUA 5L9XA 4Y2QA 4JI2K 3F5AA 5DG7A 4PL2A 3QUTA 1PK1B 1LWCA 5EU7A 3MXIA 4RUAA 1Q9YA 1ZBHA 3MFIA 3LWMA 2G08A 4Z4GA 4CGHA 2OM6A 2JGAA 4CRXA 4MDBA 4FZXC 4FXDA 4NXZA 4FJGA 5AKEA 1ZXOA 4J9OA 4DCHA 2ZUCA 9ICAA 1NKCA 4KX3A 4FZZA 1XSPA 4J2AA 2XY7A 1HX1A 3SAGA 1T94A 5AK4A 3NVWA 3CC7N 2CGJA 4WQ4C 2KEYA 5KFZA 1DT9A 4DS4A 4ILGB 4B8CA 1JJ2M 2EZYA 1L3SA 1L7OA 2DBYA 1QSYA 2JEGA 3FZFA 4YR0A 2KKPA 2W43A 5AIAA 4MO5A 3PW5A 1X3NA 2E20A 3SCXA 2W40A 4K0KK 5AK5A 5FROA 1N5WA 1JUDA 4NLKA 4B1YB 2Y9UA 1WUAA 4DOBA 4CHNA 4RPYA 4P4MA 3KKAA 2KQ2A 9ICUA 3RB3A 1HYZA 4BREA 2FBTA 4CHYA 5ALXA 3PR5B 3DM2A 1OXJA 5HROA 4FK4A 4Q0BA 3DOLA 1WWUA 2P51A 2JEIA 5AKKA 5J2BA 2XRIA 3TPQA 4CFAA 5KPZA 4BROA 1K73O 5KFIA 4BR5A 4B9SA 4ZOHC 5F1XA 5HRRA 8ICKA 2E8AA 1YZ6A 4AHSA 1ZQYA 5HNKA 4DO9A 4DTSA 3U4LA 4DFKA 1BU6O 1ZQNA 1BO5O 5FRMA 4FPBA 3T5HA 3PZPA 3EKUA 1VQLN 1IG9A 4BDPA 5J0YA 5DB8A 3BZCA 3IG1A 2VJ5A 1X9MA 3MN5A 2GOLA 3H7IA 5KFVA 1N34K 3IRUA 1CLQA 3VA3A 2Y0SC 3GDXA 3NH0A 3FZMA 5KFCA 4RQ4A 2YNGA 3VQAA 3CFRA 4CCHA 4UB1A 5JTIA 4ECRA 4KMUA 1G99A 3K5OA 1RT6A 3D7EO 1N36K 3VERA 3TTCA 2GV9A 2FMQA 4FLYA 1RDCA 5D46A 5KFDA 4C7ZA 4BR7A 2FMPA 4FS2A 5HR7A 3FR0A 1TK8A 4H4MA 3NDKA 4DR1K 4XIUA 3KZBA 3O3FA 3PSFA 4B3OA 5EY4A 2LYAA 2VYPA 3G71N 4CZJA 3N7PD 5KQDA 2MSNA 2FSJA 3TAQA 4NXNK 5L1MA 4ZHRA 1FO4A 4LSLA 3DXMA 3DLGA 1ATNA 4NM2A 4JI6K 3L5KA 2IOFK 2F8LA 5ALNA 1TKTA 3C7NB 2Z1HA 2F8TA 3AVMA 3LDAA 4JLHA 3ZSRA 2HHQA 2W8LA 4QWEA 4IRDA 2FPLA 4XH5A 4DV7K 3NGZA 4Y2XA 1UOCA 4E19A 4BDYA 5KFBA 3GDQA 3ISDA 3UIQA 5HHHA 4PGXA 1SKWA 2DPIA 4OKEA 4DV3K 2MU2A 5KFLA 3BDPA 2D3DA 3MXJA 1JMSA 2DUYA 2G09A 4CVNE 2UVVA 3QNMA 4ILHA 4JN4A 4GKKK 2Q1NA 3JPOA 3QEXA 4C8KA 4G3IA 2H3GX 7ICFA 4K4GA 3TAPA 3VGLA 3OHAA 3RBDA 1KCFA 4I2PA 3ZT3A 3TR8A 2BQ3A 3IAYA 4RCHA 1B22A 5CE3A 5HP4A 5KPRA 3TU5A 4JI5K 2O6KA 1NJIO 3DXMB 4Y1DA 3NUQA 4ECWA 1XS9D 4IRKA 4EFHA 4CK3A 3PX4A 2ZXIA 2KFNA 3KJVA 4LH5A 3CCSN 4H8KA 4F71A 3HXMA 3K9KA 4F5RA 4KREA 1YJNN 1WSIA 4PWDA 4DQPA 3SPZA 4L8RB 1COKA 2GTDA 3CD6N 4RW9A 4ED0A 3THVA 3VQ9A 2G5IB 4OPJA 1X9WA 1YI2N 3TFRA 3NVMA 2ASPA 1EWRA 3VQ8A 1VLBA 4J9LA 4FWRA 1MQ3A 2IHMA 3K5LA 1V9PA 2QB1A 5KFSA 4M45A 4DG1A 3OYEA 1Z1VA 4Q8EA 4I6MA 1HNWK 4O5BA 4X62K 4QZHA 4QS8A 2K4PA 2P6RA 1RT5A 1WUDA 2KZ3A 5KFJA 4K42A 2YQEA 5BREA 3VENA 4U7CA 1OH5A 5C0YA 3GOIA 4AF1A 5M1NA 3OYNA 2A1SA 3HWTA 1S1UA 5GTIU 2D6FC 3QZ7A 3BQ7A 5J2HA 2ASMA 3PMNA 4CJFA 3RJEA 4OKJA 4IQWA 4YP3A 3MR2A 4CJPA 3DEEA 3G6XA 2E2NA 2YHBA 5KQ8A 4J2EA 2OH2A 4DR6K 4YMNA 3R3LA 2EH9A 1S97A 4P0PA 3O3GA 3KHHA 3IMXA 2ASJA 5C24A 2XCPA 2FBYA 2FLLA 3C0BA 3VOVA 2Y1IA 4NCAA 4AHCA 2LM4A 4I6MB 9ICHA 1VQNN 1MQ2A 2HF3A 4TSXA 3CIPA 3OY9A 5IIKA 4B3MK 1HUXA 2GWKA 2ISPA 4J03A 4K4HA 4I2CA 3AVIA 1X6IA 2UUAK 4FLWA 4KB1A 1Q3UA 1DGSA 1SZ2A 3PX0A 2KTQA 1RYRA 1FK9A 2XVTA 3H4DA 4ED2A 4F92B 4ISFA 2PFPA 4CJ3A 2A40A 5HRPA 1ZQZA 4DTJA 4I2DA 5DM7L 5ALJA 3TAFA 3V4IA 4FCYA 3GIIA 4FK0A 4RQNA 4IQVA 4A5AA 4DL3A 4PHPA 2DWQA 3GIKA 1S10A 1Y97A 3ZCMA 4P0PB 7ICGA 4B08A 5HMMA 4QZBA 1JX4A 1ZQFA 2VIXA 4H5NA 1TAQA 4EX6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HBJ A;  2CPR A;  2HBL A;  4QJF B;  2HBK A;  2DGZ A;  4CDG A;  4NLB A;  1GO3 F;  2RHF A;  4O3M A;  4OO1 J;  3SAH A;  2MA1 A;  2E1E A;  4QIW F;  3SAG A;  4CGZ A;  2KV2 A;  1YT3 A;  2HBM A;  1WUD A;  2RRD A;  3CYM A;  1D8B A;  2E1F A;  4NLC A;  3SAF A;  5C0Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ITG A;  1X42 A;  3KWI A;  2O8C A;  1QVF M;  5AM2 A;  7ICK A;  1C0F A;  4M9G A;  2WF8 A;  8ICM A;  4UAU A;  8ICF A;  4BRP A;  3NH2 A;  5F9N A;  3C94 A;  5LMN K;  2IMW P;  5TZV A;  4WQ4 A;  1RDB A;  1S9G A;  4CHZ A;  3ZSO A;  2VG5 A;  4U7B A;  1ZQE A;  1A0P A;  5J2C A;  1BA0 A;  2RPI A;  4O0J A;  1JIH A;  9ICC A;  1PVP A;  3M6G A;  3BJY A;  2BH1 A;  3C5F A;  2YX8 A;  1TAM A;  3MBY A;  2ITM A;  1RT1 A;  4G9B A;  3QER A;  5EWF A;  2B6G A;  3ZD9 A;  5AK3 A;  3LVW A;  1LVH A;  2Q0Z X;  3D6J A;  4XQ8 A;  1HUO A;  4DV5 K;  2XO7 A;  4I27 A;  5AI6 A;  1TYQ B;  4BGD A;  4F4K A;  4CGI A;  3K1R B;  5KFP A;  4JHD A;  1JL2 A;  5D49 A;  4UQG A;  1JXB A;  1WSF A;  1ZQT A;  4BRL A;  4QWB A;  5AKX A;  1GLD G;  3QIC A;  2HHS A;  3PST A;  3VQP A;  1BPX A;  4BG8 A;  4PA1 A;  2V4R A;  8ICQ A;  2O8C B;  1B4F A;  4ZTJ A;  2RP5 A;  2Y0S F;  4EBD A;  2KP7 A;  5CYQ A;  3QES A;  3OBY A;  4DB3 A;  3CXC M;  3VEV A;  1O13 A;  3RMD A;  5DGB A;  1SIJ A;  2F44 A;  4M47 A;  4FWM A;  1CZ9 A;  3FE1 A;  3FFI A;  3IV6 A;  1KEJ A; 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 2OCE A;  1W97 L;  3N97 B;  2X6N A;  2NUB A;  3VES A;  9ICM A;  2DFF A;  2IS3 A;  1Q86 O;  1VRU A;  4N47 A;  1Z25 A;  4KH5 A;  5KL1 B;  4UY8 O;  5KAF U;  4O3M A;  4K8X A;  1KVB A;  4FZM A;  3G10 A;  3MWT A;  1E4G T;  3VQ7 A;  1HKC A;  3QU7 A;  4YG2 A;  3QUQ A;  4DS5 A;  3VQB A;  4BVP A;  1GLA G;  3I1Y A;  3OBW A;  4WQ5 C;  3HST B;  3C95 A;  4A5B A;  5KG1 A;  1NGD A;  3KD3 A;  1XNS A;  4RT2 A;  4NLZ A;  4F5N A;  1JXE A;  5J0O A;  3JPN A;  1DOQ A;  4CJ7 A;  2W9B A;  4H4O A;  1WYG A;  2OPS A;  2AA4 A;  3KHL A;  1GLE G;  4MEY A;  3ULE B;  3QYP A;  1NOZ A;  1BVS A;  1ZJM A;  2P9N B;  4Z4F A;  4KLD A;  5T14 A;  2ZIU A;  4B9Q A;  3WQU A;  4CDG A;  1M90 O;  2UVW A;  4HCB A;  4TQR A;  4IDK A;  3JAM O;  5F0X A;  1SUQ A;  3CMA N;  3RWU A;  2WF6 A;  7ICU A;  3LPT A;  2CN1 A;  2A19 A;  5EOZ A;  2HI0 A;  4Z6D A;  3M8R A;  1RT7 A;  3SLC A;  3VQC A;  2OPQ A;  3Q8M A;  2LKY A;  4FOE A;  1RTI A;  1UAX A;  1X9X A;  2VAN A;  2O4I A;  1KLN A;  5KG3 A;  5CA7 A;  4GV6 A;  4PPX A;  1XUP O;  2EWS A;  2I7N A;  1RPL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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