5C0YA

Crystal structure of the rrp6 catalytic domain bound to poly(u) rna
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
389
structure length
386
Chain Sequence
KRVEKPQLKFKSPIDNSESHPFIPLLKEKPNALKPLSESLRLVDDDPSHYPHPYEYEIDHQEYSPEILQIREEIPSKSWDDSVPIWVDTSTELESMLEDLKNTKEIAVDLEHHDYRSYYGIVCLMQISTRERDYLVDTLKLRENLHILNEVFTNPSIVKVFHGAFMNIIWLQRDLGLYVVGLFDTYHASKAIGLPRHSLAYLLENFANFKTSKKYQLADWRIRPLSKPMTAYARADTHFLLNIYDQLRNKLIESNKLAGVLYESRNVAKRRFEYSKYRPLTPSSEVYSPIEKESPWKILMYQYNIPPEREVLVRELYQWRDLIARRDDESPRFVMPNQLLAALVAYTPTDVIGVVSLTNGVTEHVRQNAKLLANLIRDALRNIKNT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title RNA degradation paths in a 12-subunit nuclear exosome complex.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Exosome complex exonuclease RRP6
total genus 125
structure length 386
sequence length 389
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2015-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 5c0yA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c0yA01
3SAGA 2RRDA 1GO3F 1D8BA 4O3MA 4CGZA 1WUDA 4NLCA 4CDGA 2MA1A 2DGZA 4OO1J 3SAFA 5C0YA 4QJFB 2HBJA 4QIWF 3CYMA 4NLBA 2E1EA 2HBLA 2RHFA 2CPRA 3SAHA 2E1FA 2HBMA 2KV2A 1YT3A 2HBKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4J2EA 4IKFA 3WNHA 2NLXA 4CEDA 3ZSZA 3FM9A 4IQVA 4ECRA 2KK0A 1NJIO 2IOHA 5AFUA 3SQ0A 4FXDA 4ED2A 2BDPA 2LM1A 5J2FA 3NVZA 2QB0B 3WXIA 2Y9UA 3UMCA 9ICQA 4GV9A 2JZBB 3SYZA 1VQPN 4C8NA 2P9PA 4CZIA 4JI2K 3BQ0A 3UKRA 1X9XA 2FBYA 1KAYA 2JWKA 3Q8RB 2JHDA 5KFMA 2QARB 3FYHA 2ZIXB 3MC1A 2HOQA 4OPAA 4G1QA 2PY5A 3WK8A 1N5YA 3E0FA 5C2FA 3VEYA 1NLVA 3AA2A 2E1FA 3NHGA 4DR5K 1NK0A 1KQSM 3VERA 3LDAA 1WSEA 4F93B 3M7DA 4H0VB 4H0TB 2P9NB 3K58A 1RTIA 4BRDA 4Z4IA 1RQLA 1WYGA 4DFKA 4CHYA 3J7AP 3M8QA 5M1PA 2ZJRL 2QWMA 2AGQA 1VQON 4DSJA 1SKWA 3QIPA 4PH5A 4Z6FA 4YMNA 1IO2A 1S6QA 4CZGA 3IUCA 1KEJA 1WSFA 1HKBA 4O5CA 3KIOA 3TU5A 3ULDA 2M9NA 3KJVA 4YOXA 4HUEA 5HMLA 3SV4A 3Q8QB 3CJ1A 4I28A 4RTFD 4FPAA 3VQ7A 2V52B 3ZSRA 2P6UA 1WWUA 1X9MA 1LWEA 2P66A 3DRSA 4PJ0U 3SMPA 2HBLA 3BQ1A 5IINA 2OH2A 2P9NA 1BPBA 4OJ6A 4IFEA 5DM7L 3H0RB 3LALA 3J80O 4NXMK 2OHFA 4F5NA 5J0PA 1TKTA 1WBDA 2LYAA 4OPHA 3L2QA 3CFRA 3ITHA 1KN5A 2KLAA 4DR6K 2EWSA 1NGIA 4KHSA 3RB0A 4I7FA 1ZD4A 5SWMA 4QW9A 3L4IA 3CC4N 2DPJA 5G5HA 4Y2YA 5HP4A 4B1WB 4KO0A 4IL6U 5EY4A 2HBJA 2LPEA 1LWCA 1ZXIA 3CJ9A 3EN9A 2GOLA 4CFBA 2G8HA 4JI5K 1TAUA 4GKJK 3VTHA 9ICCA 3RJFA 2A42A 3O80A 2NRVA 2QB0A 2XY5A 4C23A 4ECUA 1SB3C 4YXJA 1MWKA 4CJWA 4NLBA 4YHHK 2O8BA 5AQYA 2Q0RA 3AA3A 1VQMN 9ICKA 4R65A 1BU6O 4Y2RA 5KFVA 2K4EA 3MR5A 2YMQA 3JS6A 9ICOA 1BCOA 4DWIA 8ICFA 3HJEA 1IKYA 5J0TA 1X3MA 4BRPA 4JV0A 1T05A 4F3TA 2KKPA 5F2RA 5KQDA 5KL1B 4AF1A 2MA1A 3L4PA 3L8BA 1L8OA 2YTUA 2P9LB 1Z00B 1VHXA 3IG5A 4JWMA 3O9SA 5JS2A 3EY1A 3M6GA 1NNLA 1VSMA 2NZTA 1LW2A 4YY3K 5EE3A 3NF7A 2HF3A 2WONA 3ENHA 5AR0A 2A3ZA 1Z25A 3RH6A 3JPSA 4DL5A 2G8VA 4NYNA 4M63C 3LZJA 3DJCA 2KHVA 1QQ6A 2BQUA 1NZBA 3DOLA 3HOTA 3BS5B 4GXIA 4O3OA 1BPDA 1KVCA 2WHEA 3HX0A 2WF9A 1BGXT 3P39A 5AQRA 3SCXA 2YKMA 1Q86O 1XSLA 1L7NA 4O5FA 2EANA 4X5VA 2DWQA 2F76X 3FGUA 4CJFA 5EE0A 2AU0A 4CD1A 3C29A 2VWJA 2DKZA 5IIJA 2JMGA 1Z19A 2F77X 1HNXK 1BIUA 1I3AA 3H3OB 3WKEA 3W3DA 2VJ5A 1ZQIA 4MEXA 4QWAA 5ALXA 3OS1A 2KEYA 2E6MA 3HM9A 4EEYA 2FMQA 3QDKA 4ILJA 4FJ5A 3BZKA 2P9SB 3PUFA 2W9BB 2HF4A 3LYSA 3H0MB 1RYUA 1C0MA 3AVHA 4O55A 2ZIWA 4B1VA 2CXYA 3MR3A 2YMMA 2HDOA 1SS6A 4PWDA 4R8UA 5LL6Z 3UMGA 2QWRA 1Q81O 1U04A 2JEIA 5CEHA 2K4IA 3PSTA 1QLNA 3N4QA 2OPQA 5FRNA 4JV1A 1XO0A 4WE1A 3R9PA 3D2SA 1B9FA 4PY5A 1B92A 1S1WA 4A62A 4KH6A 3C6TA 2YKNA 2KIVA 4KKOA 4J9MA 3OY9A 2ASOA 3KD5E 3T3FA 5KT6A 2AXTU 3QZ7A 4CEAA 4BQLA 5BR8K 3OYLA 1NK6A 4YOWA 2WAQF 2OZMA 2R18A 5J2KA 4BG8A 8ICNA 2P5OA 5J29A 4HAIA 1LWFA 3H45C 4YQWA 3T69A 1ZBLA 1F21A 4CHOA 1PK1B 4O5EA 2Z1GA 1RZTA 2QEXN 1QHAA 4I6MA 2P9IA 3RBEA 4NLZA 2YQEA 2ATLA 1HLUA 5EVZA 1QZ5A 4N41A 2E8AA 5HNKA 1NOYA 3AL0B 3V7KA 1VRUA 5ALPA 4KN4A 3VGMA 2D8CA 3WK7A 5DBCA 4XEIA 3B0XA 1J6ZA 1RBSA 3VF2A 5BRHA 2WTFA 4KLLA 4M9GA 3EKUA 1PVQA 5HR7A 3MBYA 4FJ8A 4JEPA 1LV5A 3MMVA 1V38A 1MU2A 4EHUA 2O4GA 4IC9A 1K8KB 4FVMA 4JAXA 4BRGA 4F5PA 3I0SA 1JROA 1ZQQA 2X6SA 2QWOA 2BQ3A 5J2QA 3S41A 3FR0A 4ECYA 2KN7A 2EZXA 3N4MB 3VQBA 3L3FX 3I33A 4E89A 3BQTA 3KWIA 3SMVA 5KAFU 2BR0A 5D4BA 4BJQA 3AGKA 3G4SN 1ED1A 4F9OA 2Q0UA 2RHFA 5CZ1A 3PNCA 3KBBA 4M47A 1NM1A 2RDJA 5ALRA 1SZHA 2R7YA 2XIDA 1CZAN 7ICUA 2FLPA 2D0CA 5GAEP 4CBUA 3H8WA 3J81O 4O3PA 8ICLA 4BDZA 2AHOB 4BWMA 3R9KA 4KLFA 4JK9A 1SV0C 2N1RA 1TUYA 4NCGA 4AM7A 3BZCA 2X74A 1QHTA 3QYPA 1SZ2A 1VDVA 4I2FA 1TK8A 4PGYA 3AO5A 5DBBA 2IVNA 2YHYA 3PVXA 4GFJA 1XUPO 3QUTA 4LSNA 1YZ6A 1ZQRA 4DL6A 4ID1A 1VSIA 2F8SA 4NXNK 4E3SA 3M6KA 2FPLA 3MEEA 1NGBA 4FO0A 5KFLA 4FJJA 4O3RA 4AHSA 1MN8A 2AQ0A 1BI4B 5ALVA 5B8HA 4H5RA 5BR9A 3ZEUA 4DS4A 4BC4A 1GLEG 1IXRA 5ALFA 3V9UA 2RLTA 2O8DA 2O8DB 2OYYA 1N60A 4ECVA 4EBEA 4LH5A 1K9MO 3TAFA 4AHCA 3ZDEA 1B43A 1IBMK 2K4HA 3QZ8A 4E0DA 2D3DA 3MFIA 1P8ZA 4M3RA 4F4XA 5AKJA 4YOTA 5ALZA 5AZJA 3PZPA 4C0ZA 3CQYA 4FWLA 4HVJA 1TVAA 3T79A 1SAZA 4CJEA 1HKCA 5J2JA 5L1LA 1ZQWA 2UVUA 3MDQA 4IEIA 4N56A 3WNFA 3KLHA 1XHZA 2GUPA 5J2NA 1ZQPA 4QZIA 2PMZF 1LB2B 1X9JA 3HTVA 5KG4A 2IOFK 3ENBA 3WK9A 4KHYA 2KVSA 2ZIVA 2PAVA 5HP1A 3D0PA 4O4GA 2OTJN 4CF3A 4CHZA 3PSFA 2Z1IA 4RQ1A 3AU2A 2IVPA 2XO7A 4CEFA 4MLEA 3VPZA 4G9ZA 2M0NA 3NS1A 1RPLA 3GG4A 4QJFB 2W04A 3MFHA 4CF8A 4F4ZA 7ICEA 3L2RA 2J6TA 2HHVA 1N5XA 1S1UA 3EZ5A 4R79A 4M6WA 5LY3A 5ALNA 4UAZA 3UXOA 3UM9A 1LKYA 3SEIA 3VQEA 1T03A 3HRDD 2ZD1A 3UQ0A 3MEDA 2ODGA 5HRRA 1DRGA 3V9XA 5AQWA 3PR5B 4DV6K 3MDCA 1FK9A 5D49A 3LPUA 4NV0A 4FM0A 1FEZA 4OGCA 5ALDA 3F2KA 4RQ4A 3OYDA 2YB1A 2HOEA 3QBWA 2BZFA 5AQXA 4YOYA 2ZIVB 1S9EA 3GFKB 1T3NA 1ZYQA 3PX6A 3FZKA 4CHQA 1XO1A 1VLBA 4PZNA 3T7ZA 1ATNA 1U6ZA 4GMJB 4BC2A 3ZSQA 5BREA 5EXWA 2IHMA 5KGXA 5D46A 3IV6A 4BR4A 4CGHA 3OJSA 4LFCK 3KLFA 1L3SA 4QZ8A 1J54A 5KFJA 5AZJB 2FPMA 2D5RA 2ZF5O 3KLEA 4LF4K 3L3UA 1AQ6A 3NVVA 3DM2A 3QEXA 1WNSA 4KB1A 4QNLA 3IP4B 1PK1A 4C8LA 1X6JA 1O13A 4FK4A 1JXBA 2Z1HA 3EL2A 4DTXA 3CPEA 4ED1A 1OH6A 1WCNA 3RJJA 4ELVA 2VYPA 2VKQA 2R8HA 3VEOA 1ESVA 2E8PA 3D2QA 3AVFA 3CF5L 1BVSA 4DV1K 1NGCA 5ALKA 1BPYA 4ILGB 3VA0A 2JEJA 4DV3K 3M8SA 4KHUA 2QLTA 5TKYA 3O4WA 4HCBA 4IO8A 4N5SA 2OM6A 1NK9A 4GV6A 7ICRA 4E1JA 1SIJA 4UAUA 2ASMA 9ICPA 4I2DA 3E66A 3SJHA 1VQNN 5KG1A 1QSSA 3T1YK 2ZJAA 3JPRA 3AAPA 4CF9A 3U9DA 3AM9A 4ISGA 2O8EA 4KX3A 4PUOA 5DQGA 5AIBA 4C8KA 3P83D 2JGAA 3NGYA 5ADXH 2A1AA 2H3QA 3AN1A 2UXCK 1YIJN 3PX4A 1S1VA 2F3NA 4QIWF 5J0UA 4BRMA 4NB4A 3HXMA 2VANA 1WSHA 4UATA 4DTJA 3H6EA 1IJJA 3OHAA 3OJUA 4I2HA 4Y2UA 3OYFA 3WT0A 3QERA 4Q0BA 3DLLL 4KN7A 1HX1A 3Q8KA 2V7YA 4P4OA 4RZRA 1BQMA 3JPTA 4X66K 1ZBIA 5ALEA 1ZQ1C 1L8LA 5B66U 4DTNA 1RBTA 5F9LA 3CMEN 5AICA 2VWBA 4G9BA 3K1ZA 4B9VA 3N4PA 4IOXA 1FJGK 2QWNA 4IEEA 4BC5A 3BF1A 3JPOA 1UPHA 3KK2A 4IQWA 2LYBA 4KLIA 4IDKA 4JKGA 3MAQA 1J5EK 1NGDA 4WFAL 4HHTA 4H5TA 2JXJA 1ZQSA 3LP3A 3GILA 2CH5A 4ILHA 3HVRA 1X1PA 1C0FA 3WU2U 4QZAA 1T44A 5FPEA 2ASDA 4DTRA 5AKYA 4YXMA 1T6DA 5GADP 3KHGA 4CZLA 4KI4A 3GDXA 3T1HK 4FZLA 4BE2A 2D0BA 5AQSA 1D8LA 4UB2A 1XU4A 4BR2A 5AK3A 2OYQA 4B3RK 4C7ZA 4IRDA 4OJRA 2YHWA 3I0RA 5AM2A 1RT7A 1YF5L 3GU3A 4H0OA 3QNOA 3THXA 1PK3A 1XMOK 1QQ7A 3D6JA 1Q82O 4O5KA 4DL4A 3A5OC 1W9HA 3KKRA 9ICRA 3K75D 3V6HA 3Q7CA 1XNSA 3CERA 2XY8A 1DLOA 3MN9A 2JWLA 1IG6A 1V4SA 4BQZA 1ASUA 3DYAA 1IG9A 5AI5A 2O8BB 9ICIA 1X9WA 4X64K 5BPCA 5DDYA 4PA1A 5KPZA 2QK9A 5LMUK 1UA1A 3OBYA 1ZC6A 3DAWA 4OPJA 5LJVA 3BF3A 3NAEA 4I2GA 3SAGA 3CP8A 8ICCA 4PZOA 3A2FA 1TL3A 3I1YA 4EELA 4KLHA 1SKSA 3D2FB 5HL7L 5J2MA 3GE1A 4Z94A 4GVMA 3EZWA 2GLEA 3KHYA 1RXWA 1QSLA 3PIPL 2GO7A 3OYGA 2E2OA 8ICRA 5E41A 4F4WA 5AJ3K 4IZ9A 5AK6A 1L7MA 3RTVA 3MWPA 5J0WA 4O8KA 1G15A 3M1YA 2W9MA 1BO5O 3ZYYX 3T1AA 3DRRA 1KTQA 2E5LK 2AH5A 3KKAC 3QU4A 3RFAA 4P4PA 4GC6A 1GLAG 3K9JA 3W0LA 1RBUA 4NL9C 3AU6A 1XWLA 2ITGA 3RRGA 3DXKA 3HSCA 4B1XB 3F5AA 5ALLA 3OYAA 4QWCA 2R8IA 4CJPA 3NRWA 5EWFA 2W03A 3P5JA 1KAXA 1S1XA 5TKWA 3VESA 4RNMA 3THWB 1L3VA 9ICMA 1V9PA 3MR6A 5C10A 4QWEA 4DO9A 3NH0A 2D6FC 4HUGA 3M6ZA 3ZT2A 4DR1K 2ZG6A 4LJXA 5DKWA 5AQUA 3MGHA 1K5OA 5CB1A 5GINA 3C6HA 3V1RA 2BQRA 4K0KK 1KQQA 4FJGA 1Q18A 4JKGB 4C1NK 2ZJQL 3ICXA 3SD7A 4CK3A 1TV6A 3HRGA 2EAOA 1NWKA 1VSJA 1KKXA 2QARA 3H1QA 3OHRA 2IMWP 1N33K 3HPGA 1JLCA 4FW1A 2ZTDA 3TADC 2NO4A 2BDUA 3SAHA 3RF9A 3HBTA 5CWRA 1S0NA 1BCMA 5F0XA 1U49A 1SL1A 2NRWA 3G25A 1E4GT 3THVA 2V7ZA 2A3VA 5SZTA 4C7YA 4DKWA 4PHDA 1GLFO 3LDOA 3LVWA 4DU3A 1DGKN 4K4IA 3PR4A 5EE9A 4LF9K 3O9RA 1YJWN 3G10A 4KFBA 2FBVA 2EDUA 4OJOA 2V9WA 4BRAA 3H0LB 3ALRA 2YX8A 4I2CA 2P1JA 5KPTA 4KMOB 2LBOA 4JV5K 4EENA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAG A;  2RRD A;  1GO3 F;  1D8B A;  4O3M A;  4CGZ A;  1WUD A;  4NLC A;  4CDG A;  2MA1 A;  2DGZ A;  4OO1 J;  3SAF A;  5C0Y A;  4QJF B;  2HBJ A;  4QIW F;  3CYM A;  4NLB A;  2E1E A;  2HBL A;  2RHF A;  2CPR A;  3SAH A;  2E1F A;  2HBM A;  2KV2 A;  1YT3 A;  2HBK A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2EH9 A;  4WQ5 A;  7ICK A;  4US8 A;  4UB5 A;  3K1R B;  1WB9 A;  4DLE A;  1BHL A;  1E3M A;  1RT5 A;  4UB3 A;  3I76 A;  1BDG A;  3D2E A;  4AHT A;  4YFU A;  4JRP A;  2W9B A;  1VSL A;  3T19 A;  2XGP A;  3CC2 N;  2AJQ A;  3HZ6 A;  1HUO A;  3C0B A;  3ZSW A;  1L3U A;  4B9M A;  5KT4 A;  2G8U A;  1M6Y A;  4Y2S A;  1VSF A;  4O3M A;  1L6N A;  1BIS A;  4MFC A;  2EQY A;  2F9T A;  4QWD A;  3HT3 A;  1ZQX A;  3KZX A;  1ATS A;  4W5T A;  3LWM A;  1MSW D;  1T8E A;  1ZET A;  4CE6 A;  1TUU A;  2UXB K;  1S6P A;  3E9O A;  4XH1 A;  3CC7 N;  2IHN A;  2IA6 A;  5M1Q A;  3NH1 A;  1UHU A;  3NGZ A;  5GTH U;  3RSE B;  2KJ9 A;  4B6J A;  4KX5 A;  2RP5 A;  3AVN A;  5IIK A;  3I28 A;  4ISE A;  4M42 A;  4DS5 A;  2HW3 A;  4CZH A;  2PFQ A;  7ICO A;  3OSN A;  5FPD A;  4KLM A;  5BN8 A;  1UAX A;  3A5N C;  8ICW A;  3V72 A;  4H4O A;  3DV9 A;  1CXQ A;  1N36 K;  4GW6 A;  4TQR A;  4BRQ A;  5GAG P;  4LSL A;  2DFH A;  1Z00 A;  1NK8 A;  1RFQ A;  3NF6 A;  4RWT A;  4ICL A;  3FZM A;  4ECT A;  3G6Y A;  4UAR A;  2DF4 B;  5CRX A;  3V9Z A;  4FLT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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