The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
SVLSGKKADELEKIRLRPGGKKKYMLKHVVWAANELDRFGLAESLLENKEGCQKILSVLAPLVPTGSENLKSLYNTVCVIWCIHAEEKVKHTEEAKQIVQRHLVVETGTAETMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of SIV matrix antigen and implications for virus assembly.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GAG POLYPROTEIN
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| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Simian immunodeficiency virus - mac
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| total genus |
37
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2000-01-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2N1R A; 1A6S A; 2NV3 A; 1HEK A; 1HIW A; 1ECW A; 2GOL A; 1TAM A; 2H3V A; 2JMG A; 2H3F A; 1ED1 A; 2K4E A; 2LYA A; 1UPH A; 1L6N A; 2K4H A; 2LYB A; 2H3Z A; 4ICA A; 2H3Q A; 2H3I A; 4JMU A; 2HMX A; 4IC9 A; 2K4I A; #chains in the Genus database with same CATH topology 9ICR A; 1ZQD A; 3H8J A; 2Y1I A; 3NAS A; 4EYI B; 2G5I B; 3PW0 A; 4DL7 A; 2H5X A; 4M9J A; 3QU9 A; 4NM2 A; 2ZTE A; 1NZP A; 3AMZ A; 2FE9 A; 5AKL A; 4K4G A; 2PXI A; 1Z1V A; 3QZ8 A; 4TQR A; 2R18 A; 2KJ8 A; 4Y2Q A; 2W3R A; 4F50 A; 4O3Q A; 3SD7 A; 3BQ7 A; 4IC9 A; 5KFT A; 4JV2 A; 1JIH A; 2NV3 A; 1QCK A; 8ICH A; 4DF4 A; 2G08 A; 2HCF A; 5ALJ A; 3NTU A; 4MFF A; 2ZIW B; 3AN1 A; 1NNL A; 5L1L A; 1ZQY A; 3M9O B; 4R63 A; 1B4F A; 7ICM A; 5KFF A; 3ALR A; 1N5X A; 4RQ7 A; 2KVC A; 5EWF A; 5T14 A; 4M47 A; 2BCS A; 4RT2 A; 3R9K A; 4IQU A; 3CRX A; 4OO1 J; 4KIT B; 4P4P A; 2XO7 A; 1CRX A; 3MR5 A; 1QSS A; 1SL0 A; 4B9S A; 2F76 X; 3SEI A; 1XNS A; 4YR0 A; 2LMR A; 4F93 B; 2B21 A; 3IN5 A; 4NLB A; 1T94 A; 4Y2R A; 2HHQ A; 4QJF B; 3EUB 2; 2BR0 A; 2V9W A; 4DOC A; 4J9L A; 5CWR A; 2ASL A; 3UPQ A; 1MA7 A; 3RR7 A; 4F4W A; 4O3O A; 2J6S A; 3NVZ A; 2JMG A; 4TUQ A; 4DFD A; 2G0A A; 5IIJ A; 3KKA C; 3M1Y A; 5JU5 A; 2YQE A; 1U9L A; 4ELV A; 4FS1 A; 2C2R A; 1DGS A; 1XSP A; 2XC9 A; 2EH9 A; 5DB6 A; 5BPC A; 2VJ4 A; 2E8N A; 3RB6 A; 3QUQ A; 5J2F A; 4YXJ A; 3Q8Q B; 4C7Y A; 1L3V A; 1XSN A; 4QW9 A; 3OSP A; 5DB7 A; 3WKC A; 4Q8E A; 3C23 A; 4PHP A; 2HHS A; 1NKB A; 5JTI A; 3TAR A; 1T8E A; 4EEK A; 2KSO A; 3KOO A; 3ONN A; 3VC8 A; 8ICU A; 4RPZ A; 4IRD A; 2NO5 A; 2ZUD A; 4OJL A; 5ALD A; 4J9O A; 2ZTC A; 4IQW A; 5KFW A; 1PVQ A; 5KFP A; 5CA7 A; 3JPR A; 4EEN A; 3M9N B; 4KLH A; 3K1Z A; 3F2C A; 1KFT A; 2ZIX B; 2Y0S C; 5J8Y C; 2K60 A; 1LB2 B; 4TUS A; 8ICS A; 2YMM A; 1BPY A; 1NOM A; 3PO4 A; 1Z4O A; 2K4P A; 2W55 A; 2ZJ5 A; 1L6N A; 2OXO A; 5KFC A; 2JHD A; 2A1A A; 2W9M A; 5K4L A; 1S0V A; 5KFL A; 2ISO A; 2RLT A; 2ESE A; 3B0X A; 2KKV A; 1GO3 F; 4OD0 A; 1D8Y A; 4PHE A; 4B9N A; 5AIC A; 2PFN A; 5GTH U; 1RYU A; 4UB2 A; 2Y1J A; 4O3N A; 3PW4 A; 1F0M A; 4YQW A; 4F71 A; 1SKS A; 3WK8 A; 2F2A B; 4RQ4 A; 2JXJ A; 1CEZ A; 1JAL A; 3DV9 A; 2JH1 A; 1N60 A; 3S6J A; 3MGI A; 3SAF A; 2AGP A; 2F8L A; 4DFK A; 4F2S A; 4YD1 A; 2LPE A; 1X9W A; 3PST A; 7ICJ A; 2P35 A; 2J6T A; 3HX0 A; 5KFS A; 2H3Q A; 1WG8 A; 2KOB A; 2HOF A; 3TAQ A; 3AUO A; 2NRV A; 4J03 A; 1Z19 A; 2KJ9 A; 3PR4 A; 9ICS A; 4DQI A; 3N7R C; 2HHU A; 4ECZ A; 4ELT A; 2BCR A; 5ALF A; 5KFA A; 3LVV A; 4F5R A; 1LV5 A; 2KZZ A; 4QZH A; 1A76 A; 4F3O A; 1X66 A; 2IHM A; 2KJ5 A; 1ZQC A; 4ZOH C; 1U4B A; 5DQH A; 2KNJ A; 3QUT A; 4GXK A; 3PW2 A; 1S0N A; 4DL4 A; 1ZQX A; 5AI8 A; 4BX9 C; 4B9T A; 2JEJ A; 2EZZ A; 4M2Y A; 1S0O A; 3SAH A; 5ALP A; 2OH2 A; 3HP6 A; 8ICI A; 2ZXI A; 4O3P A; 4EEL A; 3OHB A; 2W7O A; 3KZI U; 3RRH A; 4E0D A; 3LK9 A; 3QXG A; 2QB1 A; 1S5L U; 4QZD A; 3WU2 U; 9ICC A; 5ALI A; 1FFV A; 1ZQN A; 1FFU A; 2ZIX A; 8ICM A; 1ZQP A; 2DKX A; 1N62 A; 5KG4 A; 4KN4 A; 4RQ6 A; 2QLT A; 2ALZ A; 5KFR A; 4F92 B; 3QUB A; 4Y2U A; 5AI6 A; 4J9R A; 3E58 A; 3N7P D; 5KFM A; 4ECY A; 2A1J B; 2YB1 A; 1N63 A; 4IQV A; 3AM9 A; 4I28 A; 1BNP A; 2OWO A; 4ZH4 A; 1N5W A; 5AI5 A; 4C80 A; 3QYP A; 4NL9 C; 5BOL A; 4ECW A; 2BGW A; 2HW3 A; 5E79 U; 3C2M A; 3GU3 A; 4FBU A; 4QWC A; 4I27 A; 5AIB A; 3PNC A; 5A0L A; 2K4I A; 2FPM A; 4CF4 A; 1WWV A; 4DL6 A; 4ECQ A; 4Z6D A; 2FMQ A; 5JRT A; 2JRZ A; 2KZ3 A; 2UVV A; 5AKJ A; 5HHH A; 4FZM A; 4C7Z A; 1XSL A; 4FS2 A; 2LHT A; 2XCA A; 2F1H A; 3RRG A; 4DQQ A; 1RDF A; 2JEF A; 5KFX A; 1NK4 A; 5ALG A; 4AP9 A; 2EZY A; 2MU2 A; 2WF9 A; 2R8G A; 9ICO A; 8ICT A; 5AKZ A; 2FLN A; 3RJI A; 3WKD A; 4TQS A; 4B9V A; 3EPI A; 2LI6 A; 1U47 A; 4KX5 A; 3CP8 A; 3MBY A; 1X40 A; 1URJ A; 9ICB A; 2FDR A; 4YR3 A; 2WTF A; 2YB4 A; 1QQ7 A; 3ZDA A; 5AKE A; 1ZQJ A; 3B0Y A; 1SZP A; 1KEJ A; 1QQ5 A; 5L1M A; 4M04 A; 7ICS A; 2FLP A; 3QZ7 A; 3PX4 A; 4IRK A; 3Q8L A; 4DQR A; 4C8M A; 5KFO A; 3D6J A; 1HUO A; 3OGU A; 1COK A; 1UA0 A; 4FO6 A; 4QWB A; 1UHU A; 2LBO A; 1TAU A; 5H2F U; 1ZQU A; 5TIS U; 4PJ0 U; 3FDS A; 4KLM A; 4NLG A; 1DOQ A; 2BCU A; 9ICL A; 1BNO A; 1J2M A; 1IG6 A; 2R8H A; 3OHA A; 4J9N A; 3LWM A; 4C8K A; 5EE0 A; 5KFN A; 3L4P A; 8ICG A; 2P6U A; 3I76 A; 5KFQ A; 2KD1 A; 3CYM A; 4QZC A; 3C5G A; 1S9F A; 3KBB A; 2DKZ A; 2Q4T A; 3RJG A; 3L3F X; 1X9X A; 4BJQ A; 4PZO A; 4BWM A; 3V6K A; 4DFJ A; 2N1R A; 1VLB A; 4B9L A; 5CR0 A; 9ICH A; 4UB5 A; 4P4O A; 2ISP A; 5F9L A; 3T79 A; 5J2C A; 1N56 A; 2ZIU B; 8ICJ A; 2H3F A; 3RJF A; 5AM2 A; 1A77 A; 4RQ3 A; 3C2K A; 1KKX A; 3SV4 A; 4C4T A; 5KT2 A; 2NYV A; 2FI1 A; 3M6Z A; 1NI3 A; 3ZDE A; 2NRX A; 1TV9 A; 4EBD A; 1B43 A; 5AHX A; 1PZN A; 3PMN A; 4QZ9 A; 1MN8 A; 5ALZ A; 5AKH A; 2BPG A; 5DBA A; 2I9G A; 3WK7 A; 2K8C B; 5KG5 A; 5F9N A; 1RYS A; 4G9B A; 3G6V A; 4DO9 A; 4P0Q B; 2BZF A; 1JRP A; 3RBD A; 2XVT A; 4I2A A; 3NS1 A; 3JPQ A; 4CGZ A; 4QZ8 A; 2WB1 C; 2I5H A; 2F3N A; 4UAY A; 1J97 A; 1ZD3 A; 3QU5 A; 4OJ6 A; 9ICM A; 4KTQ A; 2H3V A; 1SL2 A; 1AQ6 A; 2F44 A; 1QH9 A; 4UAR A; 3MAB A; 3V6H A; 4R64 A; 3Q8K A; 4JK1 A; 4QZE A; 2CXY A; 1SIJ A; 4DL3 A; 8ICY A; 1NK5 A; 4GC6 A; 4KLT A; 3G6Y A; 4DOB A; 3H8M A; 9ICJ A; 2LM1 A; 4YVZ A; 4C0Z A; 5DB9 A; 4O5C A; 4YXM A; 7ICI A; 3C1Z A; 4PGX A; 2IOH A; 4C8L A; 3AL0 B; 2PMZ C; 1ZQG A; 4USA A; 1D8B A; 2ZJ8 A; 3ZDC A; 2W54 A; 5ALO A; 3V6J A; 3GII A; 3Q8P B; 2JR5 A; 3J81 j; 1X6J A; 1NKE A; 4NY8 A; 1OUQ A; 2MA1 A; 2A19 A; 8ICW A; 4J9K A; 4ECV A; 2PI4 A; 1TK0 A; 4DS5 A; 1BPX A; 3RB3 A; 4KLU A; 2KFZ A; 1ZQE A; 5KFY A; 3SR6 A; 2KZM A; 8ICP A; 1OW5 A; 4M9N A; 2MSN A; 3OPX A; 3UQ2 A; 4R66 A; 3HJE A; 2K4E A; 1XU4 A; 2W8L A; 1QLN A; 4NM1 A; 5JUM A; 2W9B B; 2RHF A; 2H3Z A; 8ICE A; 5L1J A; 5ALE A; 5AIA A; 4R65 A; 5ALN A; 1T7P A; 3SQI A; 1SV0 A; 4YR2 A; 1Z1B A; 4UB3 A; 5KFU A; 3TAC B; 4DSK A; 1ZQF A; 4RQ1 A; 5HMM A; 4BWJ A; 5ALS A; 2DUY A; 5DG7 A; 1BPZ A; 2Q0Z X; 2ZIU A; 1JRO A; 5J0X A; 5J29 A; 4IS7 A; 5AK4 A; 3DEE A; 4YN4 A; 3I28 A; 4ED3 A; 3TAD A; 4OJ5 A; 2G06 A; 4M0A A; 5EWG A; 9ICK A; 1ARO P; 2G07 A; 1RXW A; 4NLZ A; 3NRZ A; 2BPC A; 2HHT A; 4PHA A; 2ZUC A; 1DK3 A; 3Q8S B; 4GXI A; 2AH5 A; 3LDA A; 4BUG A; 2GWS A; 8ICX A; 4I2E A; 5ALQ A; 5AKX A; 4P0Q A; 1Z4N A; 2QAR B; 5AM1 A; 4RNM A; 2HHW A; 1XS9 D; 4CNQ A; 4XUS A; 4DLG A; 4F8R A; 3HW8 A; 3C28 A; 1HEK A; 2W8K A; 4YFK A; 4P2H A; 4HAI A; 2BKE A; 7ICV A; 3C29 A; 3RFA A; 2UVR A; 1OXJ A; 2ASJ A; 4UB8 U; 2A3V A; 4GC7 A; 2DL0 A; 2KHQ A; 5EWE A; 2QB0 A; 1ZQT A; 4KX3 A; 1B22 A; 3GIL A; 5AK3 A; 3QX7 A; 1XWL A; 4KLG A; 4PL2 A; 2QKQ A; 5HR7 A; 3LVW A; 3QU7 A; 3K1R B; 3LYS A; 2MRL A; 1NJZ A; 1UQV A; 8ICB A; 2BCQ A; 2V4Q A; 1TFR A; 2G09 A; 4M9H A; 3K4G A; 5KFV A; 4DSL A; 1IV8 A; 3QNM A; 2I1Q A; 4KMU A; 3GIM A; 4Y2S A; 1N2X A; 2E8O A; 1ZQM A; 1L7M A; 5KT5 A; 3H0L B; 5DQG A; 2YMP A; 4Y2X A; 4RQ8 A; 4O3S A; 4NXZ A; 3ZI4 A; 2PFP A; 2WF8 A; 3UMC A; 5L9X A; 3RTV A; 4DS4 A; 7ICR A; 4G3I A; 4JB3 A; 1LVH A; 2WF7 A; 1TAQ A; 4XQ8 A; 2HMX A; 2W9B A; 2HOI A; 4WJ3 B; 1ZRN A; 5KTQ A; 4FE3 A; 3H8W A; 2FLL A; 4FBT A; 5HML A; 2BHN A; 2ZG6 A; 1VJ5 A; 2EDU A; 3FYH A; 5DDY A; 2VA2 A; 2VKQ A; 1KRP A; 2KFN A; 4ECX A; 2Y0S F; 5HP4 A; 1JI7 A; 2XCP A; 4RQN A; 4B9U A; 3KKA A; 5C5J A; 5ALW A; 9ICX A; 2VA8 A; 1KBU A; 4F2R A; 3RAQ A; 3NGD A; 4CCH A; 4US9 A; 5ALV A; 2D3D A; 2IBK A; 3V7L A; 4ICA A; 1NJW A; 3JPS A; 4Y2P A; 3GDX A; 1U45 A; 4K4I A; 3UXP A; 4PPX A; 4UB4 A; 3EZ5 A; 5ALR A; 1PUZ A; 4DSF A; 2P6R A; 3EWA A; 5AKK A; 2WF5 A; 4TUR A; 2AU0 A; 4F5P A; 2QAR A; 3SZ2 A; 5DKW A; 1F44 A; 1MSW D; 5J2I A; 5J0S A; 9ICP A; 1UPH A; 4A8E A; 3UQ0 A; 1YZ6 A; 2JV3 A; 3SAG A; 1COO A; 1ZQO A; 1D9D A; 2W9C B; 4BXO B; 4C4R A; 5AM5 A; 1NKC A; 4GXJ A; 5ALK A; 2EAM A; 2IHN A; 2R8I A; 1K5O A; 3IDW A; 3PSI A; 4NLN A; 1V85 A; 4J9Q A; 1ZJN A; 3A0B U; 5J8Y A; 7ICL A; 2E1F A; 4Y2J A; 5GTI U; 2YN4 A; 8ICL A; 1P7D A; 4BGD A; 1L5U A; 8ICC A; 1ZXI A; 4EYH B; 4I2G A; 2RP5 A; 3RF9 A; 1U49 A; 4RZR A; 4MF2 A; 3BQ1 A; 1IIP A; 3KHL A; 2ZJA A; 5J0Y A; 4F5Q A; 1JXE A; 2P66 A; 2HBK A; 3V7J A; 2KTQ A; 1ZET A; 3RJE A; 4C8N A; 1ZD2 P; 4Q45 A; 1PK3 A; 1BGX T; 5DG8 A; 3OJS A; 1RYR A; 2CRX A; 1L7O A; 5KFH A; 1UA1 A; 1ZQW A; 3PY8 A; 2KV2 A; 3ETL A; 5KAI U; 4BDP A; 3TKA A; 4RU9 A; 2EAP A; 2MUT B; 4DSJ A; 2DPJ A; 3N28 A; 4QNL A; 1L8O A; 2XGP A; 3BS7 A; 4PL1 A; 3N7S C; 5TZV A; 2Y9T A; 5KT7 A; 1Q3U A; 4DFP A; 1L7P A; 3MDA A; 2KN7 A; 5G5H A; 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3NVW A; 5ALU A; 1TE2 A; 5J2D A; 4IL6 U; 2W3S A; 4RUA A; 1S0M A; 3BDP A; 3M6K A; 2MUT A; 1A6S A; 4EX7 A; 1KDH A; 7ICG A; 2YMQ A; 4ED0 A; 1S8O A; 1M6Y A; 1X42 A; 3PW7 A; 3PV8 A; 2KIC A; 4DWI A; 4C4S A; 4NLC A; 2XIC A; 2I6X A; 8ICR A; 2W04 A; 2V4R A; 1NK0 A; 1B0X A; 7ICH A; 2DWQ A; 5KFB A; 5B66 U; 3GIK A; 3WK5 A; 4DQP A; 8ICF A; 2K8B B; 3T5H A; 4QIW F; 9ICV A; 1S97 A; 2JEG A; 5DLG A; 4YG2 A; 5KG0 A; 2KEY A; 1SKW A; 1IXR A; 3BJY A; 1SZH A; 5ALT A; 1QSL A; 4KLJ A; 2AXT U; 9ICI A; 2JZB A; 3E0F A; 4F4Y A; 4P0P A; 3ORY A; 4O9M A; 3D2Q A; 1PK1 B; 5CEH A; 2F77 X; 5ALY A; 3HKZ F; 4NV0 A; 1RQL A; 2YML A; 5J0R A; 4FFD A; 2QB0 B; 2FPK A; 3GIJ A; 9ICU A; 4M6W B; 5DGB A; 3H8S A; 3F2B A; 2EAN A; 1SXD A; 5F3X B; 4YMM A; 3IHQ B; 2UVW A; 3UM9 A; 5AI4 A; 2RRD A; 4B6J A; 1SGG A; 3WKE A; 5IIL A; 4MFA A; 1X2I A; 4KLE A; 2WB1 F; 2KE7 A; 2BQ3 A; 2Y9U A; 2W7P A; 4Q8F A; 2C28 A; 2WF6 A; 4J9S A; 2NRZ A; 4JUZ A; 3UMG A; 9ICF A; 2NRT A; 3OJU A; 3Q8M A; 1ZQH A; 7ICU A; 2WAQ F; 4JWN A; 2W11 A; 4YD2 A; 2OCE A; 2GLE A; 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