The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
|
sequence length |
81
|
structure length |
81
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Chain Sequence |
TFEEMALTTFMITKESYCKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the C-terminal cytoplasmic domain of non-structural protein 4 from mouse hepatitis virus A59.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA-directed RNA polymerase
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Murine hepatitis virus
|
| total genus |
28
|
| structure length |
81
|
| sequence length |
81
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2012-01-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VCB A; 3GZF A; 3VC8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3C1Y A; 4CE6 A; 3N4M B; 3JPP A; 2H3Z A; 4YXJ A; 2HHT A; 2LKY A; 4J9K A; 5JTI A; 9ICB A; 1SZH A; 3QEA Z; 1ZRN A; 3V7K A; 3RH5 A; 3SV3 A; 2WAQ F; 4IQT A; 2HVI A; 3D2Q A; 3EZ5 A; 2KJ9 A; 2P6U A; 1RYU A; 1JIH A; 4DL4 A; 3T79 A; 1KFD A; 2H3I A; 3JPO A; 4X5V A; 5ALP A; 5C5J A; 4QNL A; 3N7R C; 4Y2V A; 1D8B A; 4YVZ A; 5KNI A; 3C1Z A; 4PGQ A; 5AKL A; 4I2E A; 3D2N A; 3UMG A; 5ALT A; 1FEZ A; 1V9P A; 4XUS A; 2ZXH A; 2PI5 A; 1SV0 A; 5KT4 A; 4NLN A; 2BDP A; 4PHD A; 1RM6 C; 1AQ6 A; 3UXO A; 4P4M A; 4U7C A; 3ONN A; 4PL2 A; 1KFT A; 1N61 A; 1NZP A; 4GC6 A; 2DL0 A; 5CEH A; 2UVU A; 3ZDE A; 2HHV A; 2P6R A; 1ZQX A; 2ZIW B; 3K1R B; 4EZ6 A; 4ZH4 A; 3CRX A; 4FBU A; 4OJO A; 2ZJ8 A; 2IHM A; 1L7O A; 4PZN A; 4EBE A; 2D6F C; 2F8L A; 3NVV A; 4QWE A; 5L1L A; 5KG1 A; 5KFU A; 4ED7 A; 4KLG A; 3MFI A; 3N97 B; 3RJH A; 3SMV A; 1Z19 A; 1SB3 C; 4PZO A; 2PXI A; 5AK4 A; 4RZR A; 5CP2 A; 1F5S A; 2W11 A; 5D4B A; 4YR2 A; 1QSL A; 4DSJ A; 5ALW A; 4QZE A; 4FZN A; 5J8Y A; 1X9W A; 2JRZ A; 7ICJ A; 1VDV A; 2W43 A; 1ECW A; 8ICS A; 4KIT B; 4J9N A; 4FS1 A; 4O3N A; 4KMU A; 5J2K A; 4EX7 A; 2V4R A; 4PHP A; 5DG9 A; 4Z6C A; 2KNJ A; 5J2B A; 5J2C A; 4O3Q A; 4YMM A; 5ALS A; 4JB3 A; 3UM9 A; 2H3Q A; 2R8I A; 5AIC A; 5KT5 A; 2H3V A; 2ZJ5 A; 2MA1 A; 1ZET A; 3NRW A; 3OSN A; 3SV4 A; 5L1I A; 2UVR A; 2XCA A; 3F5A A; 5ALV A; 2BR0 A; 2HOF A; 4IQW A; 2R8H A; 4OD0 A; 1TK5 A; 3I1Y A; 3ZDC A; 4CGZ A; 3KFU F; 4CNQ A; 2W3S A; 3QUC A; 2MRL A; 3RBD A; 4ECU A; 1ED1 A; 1RDF A; 3MBY A; 4J9M A; 5J2A A; 3ZDB A; 4BWM A; 3QYP A; 2W9C B; 5CHG A; 3RRG A; 3OJU A; 4RQ7 A; 3DEE A; 3M8R A; 2YB4 A; 4EYI B; 3V6J A; 4F50 A; 1ZQC A; 2V4Q A; 3HIL A; 1OW5 A; 1SZP A; 1K5O A; 3AN1 A; 5T14 A; 1NK7 A; 5ALQ A; 5CB1 A; 1RQN A; 2VJ5 A; 2F1J A; 2XID A; 4AYB F; 3RB6 A; 1O08 A; 4C8O A; 2PMZ C; 4ED3 A; 2JEF A; 3LVW A; 3NS1 A; 3KZX A; 5A0L A; 3PSI A; 4R8U A; 1SKR A; 3KHL A; 1QSS A; 1JN3 A; 4KLE A; 3Q8K A; 5KFK A; 3SQI A; 1L3T A; 5KG7 A; 4DOC A; 3GII A; 5DLG A; 2I1Q A; 5J0Y A; 2MU2 A; 4Y2P A; 4KLI A; 3MGI A; 3BZK A; 5L9X A; 1BPD A; 1JUD A; 3GIJ A; 1KL9 A; 2WF9 A; 5F3X B; 2ZUD A; 3M8S A; 1Q3V A; 2RLT A; 4G9B A; 3F2B A; 2JEI A; 4UAV A; 3FYH A; 3H8M A; 4C4S A; 3Q8L A; 5KFT A; 5DB9 A; 2FMS A; 1ZD4 A; 4YN4 A; 2W03 A; 3NTU A; 3SZ2 A; 4J03 A; 1SWW A; 4PJ0 U; 2HHQ A; 2EAM A; 2JH7 A; 1V38 A; 3T3F A; 3AU6 A; 3TAC B; 3ICX A; 1U49 A; 3PW4 A; 3Q8R B; 2EZX A; 4RQ5 A; 3AU2 A; 1D8Y A; 4OCZ A; 1S0V A; 4DL7 A; 7ICK A; 4O3P A; 4GFJ A; 2LYB A; 4YCX A; 2C2D A; 1N63 A; 4QZB A; 3K1Z A; 4QZI A; 5AK3 A; 4I2C A; 2KJ5 A; 3AMZ A; 2AGP A; 4P2H A; 3LWL A; 5KAF U; 2KFN A; 4KN7 A; 2G5H B; 5J2J A; 1ZQN A; 2QAR A; 4HAI A; 2YMP A; 4Y2R A; 9ICU A; 1MQ2 A; 5KFY A; 2K4I A; 5AKE A; 5JU5 A; 3TAR A; 5KL1 B; 1S8O A; 3HKZ F; 4QWB A; 3TAD C; 2NRX A; 1J2N A; 1NK6 A; 3IM1 A; 2FLP A; 4YXM A; 2OEH A; 4C4R A; 2ATL A; 2R8K A; 4M0A A; 2DF4 B; 3TI0 A; 3PSF A; 3HT3 A; 2JV3 A; 4IRD A; 4PHA A; 4B6J A; 1LKY A; 2ODG A; 1KRP A; 1SWV A; 2FE9 A; 3PVX A; 1QLN A; 5AM2 A; 5AM3 A; 3PX6 A; 5JRT A; 5EWG A; 3QUT A; 2W9B B; 3Q8Q B; 2YB1 A; 2XY7 A; 4OJ6 A; 4B9M A; 2A1A A; 5ALR A; 4UAW A; 1XC9 A; 5FP0 A; 3RH4 A; 3QU4 A; 1O03 A; 3QU2 A; 3CW2 C; 4FBT A; 2KSO B; 1SXE A; 4RUA A; 3MGV A; 2QB1 A; 5KG5 A; 2XY6 A; 1FIQ A; 2LHT A; 1JMS A; 2MUT B; 4TUR A; 1WYG A; 3PW2 A; 3S6J A; 2W04 A; 3K4G A; 4P0P A; 1ZQE A; 7ICH A; 2K4P A; 4LZG A; 1ZQH A; 2IA6 A; 3N7S C; 1X42 A; 4UB3 A; 2RRD A; 4IQV A; 1ZD2 P; 4PH5 A; 3T5L A; 4UB4 A; 1DK3 A; 3KHG A; 2KHV A; 4IRC A; 5DBB A; 5L1K A; 3GZF A; 1ZQI A; 3AL0 B; 2FPM A; 3BQT A; 1S0O A; 2EDU A; 2I5H A; 2LBO A; 1XS9 D; 1J97 A; 2OCE A; 1RZT A; 3EPI A; 5KFH A; 4YG2 A; 2XC9 A; 3JPR A; 3MGH A; 2M9N A; 1F44 A; 5KFR A; 1S76 D; 1X9X A; 3RAQ A; 3PW0 A; 2JEG A; 2XIC A; 4CCH A; 1N60 A; 5CA7 A; 1J2M A; 3TQ1 A; 2JEJ A; 4C80 A; 2ZUC A; 5KG4 A; 3GIM A; 4DLG A; 4F4X A; 5KFC A; 3RJI A; 1FFV A; 2XGP A; 2W8K A; 4A8E A; 4KLU A; 3RH6 A; 4MF8 A; 2HBK A; 3DV9 A; 4NXZ A; 3D2S A; 3RJF A; 1Z3E B; 3ISB A; 1Z00 B; 1T94 A; 2ZIV A; 2ZXI A; 4KLO A; 1XO0 A; 3H4B A; 1ZQK A; 2JH1 A; 3J81 j; 2QB0 A; 5ALM A; 4B9V A; 2ZJA A; 4DS4 A; 5ALO A; 2E8N A; 8ICZ A; 4OJP A; 1X9S A; 5ALX A; 1S9F A; 5L1J A; 4B9U A; 1MN8 A; 2JZB B; 4P0Q A; 1VLB A; 1NK5 A; 4LZD A; 2N1R A; 2AU0 A; 5KFZ A; 3ISC A; 2OM6 A; 4DS5 A; 4DF4 A; 7ICQ A; 5DKW A; 4FFD A; 4I2I A; 1S0M A; 4KMO B; 2P35 A; 3LYS A; 5ALL A; 3T5H A; 4EBD A; 1QQ5 A; 3B9J A; 3TFR A; 4B9N A; 2PFP A; 5ALK A; 8ICE A; 2HBJ A; 3LVV A; 4F71 A; 3ETL A; 1ZQL A; 3C2M A; 2D3D A; 1LVH A; 3GV5 B; 3G6V A; 2AGO A; 1A76 A; 4Y2Q A; 3KBB A; 1X40 A; 2YMM A; 1PZN A; 3EUB 2; 2KV2 A; 5J2H A; 5CWR A; 4DOB A; 1L3S A; 2ES6 A; 1KBU A; 3PV8 A; 5KFI A; 3AEV A; 4RPY A; 4IRK A; 4IR1 A; 2FI1 A; 2ISO A; 8ICT A; 2H5X A; 4E0D A; 4RNN A; 1Q8K A; 1DRG A; 2VA2 A; 2XGQ A; 2I6X A; 1JX4 A; 1KSP A; 2VJ4 A; 4F2R A; 5AK5 A; 5J2E A; 8ICB A; 4I27 A; 2C22 A; 1Z1B A; 3O0F A; 2VA3 A; 2KP7 A; 1ZD3 A; 1L8L A; 3ORY A; 4KLF A; 3H0M B; 3I76 A; 2HW3 A; 5DG7 A; 4C8M A; 2F77 X; 1BVS A; 4QZG A; 1KKX A; 2M0N A; 1Q46 A; 2FJ6 A; 1TK0 A; 2GO7 A; 4M9L A; 1GO3 F; 4DSK A; 1N62 A; 3QUB A; 2RHF A; 5KG3 A; 3IHQ B; 4NJ8 A; 2XI9 A; 4YP3 A; 2F3N A; 1OXJ A; 1WCN A; 4ECW A; 5DB8 A; 4BUG A; 3SAH A; 2AXT U; 2OWO A; 2XCP A; 5IIL A; 4IQU A; 5D49 A; 4RPZ A; 1XSP A; 2VA8 A; 3ETR A; 1B0X A; 5HP4 A; 2OHF A; 4RQ2 A; 2W7O A; 5ALG A; 1NK4 A; 5DGA A; 2HBM A; 3UMB A; 1IXR A; 2GLE A; 3JPQ A; 1SKW A; 2BCU A; 4OJL A; 7ICN A; 2PFN A; 1JXL A; 3H7I A; 2WF7 A; 1WWV A; 5J0R A; 3PSP A; 1UHU A; 3WU2 U; 9ICT A; 3IN5 A; 4K4H A; 8ICI A; 2VKQ A; 3EWA A; 1JRP A; 2HHX A; 1A0P A; 3GDX A; 1L3U A; 2HHW A; 4ECT A; 4KLD A; 4QIW C; 1SIJ A; 2G08 A; 1QQ7 A; 1S5L U; 3FDS A; 2NYV A; 4BWJ A; 4FO6 A; 4K4G A; 2KIV A; 2HHU A; 3C21 A; 3H8W A; 3RJG A; 4YR0 A; 2BCS A; 5KFF A; 5KFG A; 9ICF A; 2W55 A; 4JWM A; 4KLT A; 5J0W A; 4EEY A; 3JPT A; 7ICS A; 3QUQ A; 5KT3 A; 2DKX A; 4EBC A; 1KN5 A; 3RFA A; 1NNL A; 2O6K A; 4I2G A; 1CEZ A; 2DBY A; 3KD3 A; 7ICI A; 4Y2Y A; 2WB1 C; 8ICW A; 4RQ3 A; 5B66 U; 2E8O A; 5AM0 A; 4NL9 A; 4YR3 A; 3WK8 A; 1OUQ A; 1F0M A; 5KTQ A; 2F44 A; 2YMQ A; 3SAF A; 2ZUB A; 4Y2X A; 4PPX A; 5ALH A; 1ZQV A; 5L1M A; 2EZY A; 2Y1I A; 1JRO A; 1X6J A; 4RQ0 A; 2BGW A; 2BKE A; 4DCC A; 3V6K A; 3R9K A; 1KFS A; 2V9W A; 4ED6 A; 5KG2 A; 2BQ3 A; 4RNO A; 1JXE A; 3VCB A; 7ICO A; 2A3V A; 4Z6D A; 3F2D A; 8ICV A; 4NLK A; 2W8L A; 3AM9 A; 3QZ7 A; 5AKG A; 3SAG A; 4I29 A; 3G6X A; 2WTF A; 4F5R A; 1H38 A; 3EW9 A; 2E1E A; 5IIJ A; 4QZD A; 3LWM A; 2J6S A; 8ICH A; 1Z4N A; 4QZC A; 4JV2 A; 4DL2 A; 1IIP A; 9ICI A; 2IHN A; 3I28 A; 5KFJ A; 2HHS A; 4I2J A; 4EX6 A; 2D8C A; 2DPI A; 2F1H A; 4ACO A; 3PY8 A; 4Q43 A; 1COK A; 3BS7 A; 4U6P A; 4UAZ A; 8ICK A; 3MFH A; 3OGU A; 4DFJ A; 1BNP A; 3H0L B; 3OHB A; 5AI4 A; 2FDR A; 3NUQ A; 2E3T A; 1UA0 A; 3FC4 A; 1L7M A; 3LK9 A; 2UVV A; 2QLT A; 1NKC A; 4I2A A; 4Q8F A; 2KN7 A; 3UQ0 A; 4F5N A; 5AKX A; 3M6K A; 4Y2S A; 1IV8 A; 2XO7 A; 4KLM A; 3OPX A; 4M6W B; 4Q44 A; 1COO A; 4RQ8 A; 1FO4 A; 4DQI A; 4NM2 A; 5AHX A; 2KIW A; 3G6Y A; 3ZD9 A; 9ICO A; 3JPS A; 4KLJ A; 7ICU A; 1BPB A; 3PST A; 3HRD D; 3MR5 A; 3B0X A; 4F4W A; 5KFP A; 4F4Z A; 1LV5 A; 3JPN A; 1S77 D; 2PKE A; 3WKE A; 4PGX A; 3KKA C; 3ZDD A; 4OJ5 A; 2DPJ A; 2J6U A; 4J9R A; 2JXJ A; 2NO4 A; 1KLN A; 1LKY B; 5CR0 A; 1X2I A; 3ISD A; 1N5X A; 1ZQU A; 5DB7 A; 2Y9T A; 1NKB A; 2NRT A; 4DSI A; 7ICV A; 4I2H A; 5AM5 A; 3BS5 A; 3C28 A; 2FPL A; 4DFM A; 2IBK A; 4Q45 A; 2E8M A; 5AIA A; 5AI9 A; 4DL3 A; 1ZQJ A; 2Y0S F; 2A19 A; 2LMR A; 1XSN A; 1IM4 A; 1MC8 A; 4KLH A; 1SL0 A; 4NM1 A; 4EEK A; 2WF6 A; 1SKS A; 2K8C B; 4P0P B; 2G06 A; 3D6J A; 1U48 A; 5KL8 B; 2A1J B; 3ZD8 A; 2FPK A; 3CYM A; 1ZOL A; 3QXG A; 4YQW A; 3QU9 A; 3TAP A; 1T3N A; 4RQ4 A; 4F93 B; 2AQ4 A; 2ISP A; 1WCL A; 5KFB A; 3MR6 A; 4KLS A; 2HVH A; 3GV8 B; 7ICM A; 4RUC A; 3WK6 A; 4QZA A; 3GFK B; 1X9M A; 1TAM A; 5KAI U; 2EZZ A; 9ICP A; 3UXP A; 4QZH A; 1BNO A; 5J29 A; 3OJS A; 3Q8M A; 1U4B A; 1ZQ1 C; 4M9H A; 2E1F A; 4R65 A; 5DG8 A; 5KT6 A; 5IIN A; 2WF8 A; 2AGQ A; 5ALN A; 4C7Y A; 9ICK A; 4J9Q A; 9ICH A; 1P7D A; 5DB6 A; 3RJE A; 4BGD A; 3RF9 A; 4QZF A; 2YML A; 5TZV A; 1C7Y A; 4O3M A; 4RQM A; 3C5F A; 4TQS A; 4HYK A; 2BPC A; 2AHO B; 3F5E A; 4NV0 A; 1ARO P; 4F72 A; 1UA1 A; 1TFR A; 2E5S A; 3UQ2 A; 5HR7 A; 3QEB Z; 4BXO B; 4AYB C; 1S97 A; 4UAT A; 2PI4 A; 4EEN A; 4MEY A; 4C8L A; 8ICM A; 2EAP A; 1PVR A; 4DQR A; 3H0R B; 3UXN A; 4TUS A; 5AI6 A; 1D9F A; 2QB0 B; 3MDC A; 4RQN A; 5AM4 A; 3UMC A; 4GXJ A; 3GIL A; 3PML A; 1SV0 C; 4RNM A; 5AKH A; 2WFA A; 2LYH A; 4RU9 A; 2K4E A; 4KN4 A; 5KG0 A; 1HIW A; 2L5Y A; 1KDH A; 1ZQW A; 3PNC A; 5BPC A; 5EE1 A; 4QW8 A; 2W7P A; 2IOF A; 4AP9 A; 2F76 X; 4UB5 A; 2EAO A; 4UB8 U; 1N2X A; 1A6S A; 5CRX A; 3ED5 A; 5AKI A; 5IIO A; 1ZQO A; 4O3S A; 5K4L A; 3IDW A; 2BCV A; 4DEZ A; 5EOZ A; 2KJ8 A; 4DQS A; 1ZQP A; 1QTM A; 3BQ1 A; 4JUZ A; 4MF2 A; 2ZIU A; 2F2A B; 2G07 A; 4IS7 A; 4ELT A; 2GWS A; 7ICT A; 1QQ6 A; 5J2G A; 8ICA A; 3ALR A; 1NK9 A; 1ZYQ A; 1ZRM A; 4BX9 C; 1TVA A; 4CF5 A; 3U26 A; 1XNS A; 2BDU A; 5KFQ A; 4GC7 A; 1L7P A; 1SXD A; 3C2K A; 3MR2 A; 4UAR A; 2ASL A; 4QWD A; 5DBC A; 2MSN A; 5E79 U; 4MHV A; 4FZM A; 5EWF A; 4RQ1 A; 3M6Z A; 1ZQQ A; 5J8Y C; 2KSO A; 3WK4 A; 2JGA A; 4F5P A; 2KE7 A; 2ALZ A; 3SD7 A; 3L4P A; 3T5K A; 4M9N A; 1TKD A; 1T3Q A; 2MUT A; 2FMQ A; 2DQN B; 3IP4 B; 4K4I A; 4UB6 U; 3V72 A; 4F91 B; 5F9N A; 5JUM A; 9ICN A; 3WKD A; 4ZOH C; 2KOB A; 1PK1 B; 4UAS A; 3BQ2 A; 9ICM A; 8ICL A; 1U45 A; 5AI0 A; 4IL6 U; 4YD1 A; 4Y2J A; 1BPZ A; 4M47 A; 1T7P A; 4QWC A; 4ECX A; 2AH5 A; 2KZZ A; 2EH9 A; 4YD2 A; 4F5Q A; 4RQ6 A; 1JAL A; 1QH9 A; 2HSZ A; 7ICG A; 3SEN A; 5HML A; 4XQ8 A; 1V85 A; 7ICE A; 3WKB A; 4C0Z A; 5KFN A; 7ICP A; 1RPL A; 2KMD A; 5B5E U; 5J2F A; 4QJF B; 1NJY A; 2W9A A; 2AQ0 A; 3MAB A; 2P66 A; 3RJK A; 8ICY A; 4XRH A; 1UT5 A; 3HX0 A; 5KFL A; 3UPQ A; 2WB1 F; 2EQY A; 3SR6 A; 1U47 A; 1S10 A; 1RG6 A; 2WF5 A; 3QE9 Y; 4ICA A; 1SL2 A; 3EYZ A; 2BZF A; 9ICX A; 1KTQ A; 5DQG A; 3RB0 A; 3TAN A; 1ZJN A; 2OYY A; 1Z00 A; 4DSL A; 3HWT A; 2K8B B; 1ZQS A; 1L3V A; 1A77 A; 5KT7 A; 9ICC A; 1Q3U A; 1DK2 A; 4P4O A; 2LPE A; 1RXV A; 4Z6E A; 3FAH A; 3TAD A; 1K1S A; 9ICA A; 2CPR A; 2BQR A; 1CI4 A; 4UQG A; 5J2D A; 2ZTE A; 5ALF A; 3MC1 A; 5BOM A; 3BQ0 A; 4YMN A; 5KG6 A; 1T8E A; 4J9P A; 3RB3 A; 3PZP A; 4YMO A; 9ICG A; 5C0Y A; 2ZIX A; 5EE9 A; 4DFD A; 3QU5 A; 4QW9 A; 4TQR A; 1M6Y A; 3KHR A; 5HHI A; 2Y9U A; 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