The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
80
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sequence length |
272
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structure length |
265
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Chain Sequence |
RLATELLNHEPRAGRQVPLLLSMEEDELALDKAIESGDTDLIYFVIHQLRRKLPLASFFRVVSSRPTASAMVEALARNDTALLKDLYYQDDRRLDGASVFIREALQQPETRTASDKLDLAANLLQGNQKEHVFELGALKEAKMLLRMQETFERDLTDSFVGLSVNQTMFKLIKLGYHGRAKKIQSEFKVPERVAWWIRLQALVAKRDWNEIEEISRQRKSPIGWEPFFNQVLQAGNPRLAATFIPKCTNLEPGQTITMYEKCGMR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structures of the Sec1/Munc18 (SM) Protein Vps33, Alone and Bound to the Homotypic Fusion and Vacuolar Protein Sorting (HOPS) Subunit Vps16*
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Small conjugating protein ligase-like protein
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Chaetomium thermophilum
|
| total genus |
80
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| structure length |
265
|
| sequence length |
272
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-05-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF04840 | Vps16_C | Vps16, C-terminal region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4KMO B; 4BX9 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3UMB A; 3ISD A; 2I6X A; 2NRT A; 4YQW A; 5AI4 A; 5DB7 A; 2E8P A; 2KIW A; 1HJP A; 1ZOL A; 1S97 A; 2KZ3 A; 2BQ3 A; 2OM6 A; 3TAP A; 2W9A A; 3H8S A; 5KFP A; 2GO7 A; 4ED1 A; 3PMN A; 4IC9 A; 4US8 A; 1QQ6 A; 3TQ1 A; 1X9W A; 1QH9 A; 3BQ1 A; 3KBB A; 2W9B B; 1MA7 A; 8ICG A; 2ZIV A; 4JV1 A; 3U26 A; 2OXO A; 4ZOH C; 5AM0 A; 4F5P A; 4DFD A; 1QLN A; 2CRX A; 1TK5 A; 4ELV A; 5KNI A; 2HHU A; 2MUT A; 4DQQ A; 3PX0 A; 4JUZ A; 5KFB A; 1ZQF A; 7ICQ A; 4I2F A; 5D49 A; 4QW8 A; 9ICW A; 1KTQ A; 2DUY A; 4YD2 A; 5ALQ A; 2Z7J A; 2EAN A; 1XO1 A; 2ZIX A; 1N60 A; 4NM2 A; 2YB1 A; 1DGJ A; 1JRO A; 4XUS A; 3RH5 A; 3MDA A; 1M6Y A; 5J2G A; 4PHE A; 5D46 A; 4DSJ A; 2E5S A; 1ZRM A; 4J9L A; 4F50 A; 5J0S A; 4R63 A; 2BPF A; 4KN4 A; 5BOL A; 4ED7 A; 2HOF A; 2JZB A; 1V9P A; 2FPK A; 3QXG A; 1SXE A; 4KLJ A; 2W3R A; 2ISO A; 2QKQ A; 2IHM A; 4HAI A; 3PML A; 4I28 A; 5EE3 A; 4KMU A; 2HHV A; 2JR5 A; 2KK0 A; 4YR0 A; 3RBD A; 2XCA A; 4OJ5 A; 3SAH A; 2ZTE A; 1NZB A; 5AIB A; 3UMG A; 2Q4T A; 1PK1 B; 4Z6D A; 3H8W A; 2LMR A; 4J03 A; 2VJ5 A; 5J29 A; 5KG5 A; 3C1Y A; 5GTH U; 4UAZ A; 1D8L A; 4DL6 A; 1Q8K A; 2LM1 A; 1SKR A; 2K8A A; 4CCH A; 3QX7 A; 4O5E A; 5IIM A; 3PSP A; 8ICI A; 3M1Y A; 3RRH A; 1KDH A; 2J6U A; 4MHV A; 4DOA A; 2P6U A; 4M04 A; 2J6S A; 5J2C A; 3RB4 A; 3L4P A; 3QU5 A; 5KG4 A; 2XGQ A; 4YMM A; 2F8L A; 3IN5 A; 2HVH A; 1N56 A; 5DBC A; 5J2B A; 4UB6 U; 3SAG A; 1ZQE A; 3LK9 A; 3H0M B; 3AU2 A; 1S0O A; 2LM4 A; 4F5R A; 3I1Y A; 1Z1V A; 1QTM A; 2LYA A; 5J2D A; 5JU5 A; 4KLS A; 5ALY A; 2YTU A; 4KLD A; 3MC1 A; 7ICL A; 4DFJ A; 5TIS U; 4PGQ A; 4PHA A; 2XY5 A; 1K5O A; 1ZQK A; 2RDJ A; 4RQ5 A; 1ZXI A; 2KN7 A; 2KKV A; 3RB0 A; 1QSS A; 4RU9 A; 2HW3 A; 3RAX A; 4QZI A; 3NGD A; 4J9N A; 4O3O A; 5AI6 A; 2ZIW B; 1XSN A; 3RR7 A; 1ZQV A; 2VAN A; 3KD3 A; 3H4B A; 2XI9 A; 3CW2 C; 3RAQ A; 9ICN A; 4RNO A; 2BPC A; 2J6T A; 1T4G A; 4DQI A; 5A0L A; 4KLE A; 4KLF A; 5KFF A; 5ALE A; 4O3N A; 2VKQ A; 3F2D A; 1FO4 A; 4BDP A; 2MSN A; 2B0C A; 4I2A A; 5KG3 A; 3LVV A; 3WK9 A; 2KSO B; 3RJG A; 1NK4 A; 1K1S A; 1EXN A; 3E0F A; 3OHB A; 5EWE A; 5AI8 A; 2XGP A; 4OD0 A; 3LWM A; 2PMZ F; 1ZQP A; 3D2Q A; 3FAH A; 5J2E A; 4ECY A; 1TVA A; 2KZM A; 7ICP A; 4QZB A; 5DQH A; 2YML A; 4EBE A; 3M9M B; 3ZD8 A; 2BZF A; 2KZZ A; 1QQ5 A; 4R65 A; 2EQY A; 2OWO A; 4UAU A; 1X9X A; 2KFN A; 5III A; 5DQG A; 4RZR A; 1MC8 A; 2E8M A; 3GIK A; 2GOL A; 1J97 A; 1DK3 A; 5L1L A; 4JB3 A; 4C8L A; 4DOB A; 2YMP A; 5AM4 A; 2C22 A; 3SV4 A; 1URJ A; 3AM9 A; 4B9L A; 3TAR A; 4F92 B; 2VIX A; 2PKE A; 2XO7 A; 4QWC A; 3N97 B; 4QZA A; 4I2J A; 5EE1 A; 1NKC A; 3C21 A; 2F1J A; 2KV2 A; 3RF9 A; 3BJY A; 4I2G A; 3WKA A; 2KHQ A; 5DGB A; 3TAC B; 2CN1 A; 5KFT A; 2E8N A; 1UA0 A; 3QUB A; 1S9F A; 2WTF A; 3A0H U; 3MDC A; 2FMQ A; 2KKP A; 4EZ6 A; 4NJ8 A; 8ICW A; 2LYH A; 2L5Y A; 3MFI A; 4O3Q A; 2YX8 A; 2ES6 A; 3THV A; 4IR1 A; 3UXO A; 4EEL A; 2ZXH A; 7ICG A; 3IDW A; 1ZD5 A; 1J2N A; 1JRP A; 1BPX A; 2D3D A; 8ICV A; 4F3O A; 4QWB A; 2XIC A; 5J8Y C; 1ZQT A; 5J8Y A; 3NTU A; 5AIC A; 1SZP A; 2BKE A; 2G09 A; 2UVW A; 3GIM A; 3K75 D; 3Q8M A; 1A76 A; 1HEK A; 4YMN A; 2AQ0 A; 3H0L B; 5JTI A; 2OH2 A; 2KMD A; 4AYB F; 5HMM A; 1BPY A; 4UBC A; 1NOM A; 2KG5 A; 2W54 A; 2P35 A; 3C5F A; 4M9N A; 5J2I A; 1TV9 A; 1DOQ A; 2BGW A; 2R8K A; 8ICQ A; 1BVS A; 5HHH A; 3TFS A; 3ALR A; 9ICS A; 1JUD A; 4FBT A; 1ZQA A; 1ZQZ A; 4B6J A; 3RRG A; 5ALL A; 2QB1 A; 3DV9 A; 2JV3 A; 4IQV A; 2I5H A; 2JEI A; 3M7D A; 8ICT A; 1V38 A; 1ZQM A; 3C2K A; 1LB2 B; 3GIJ A; 3J81 j; 5AKI A; 2IOF A; 1JXE A; 2H3I A; 4NLB A; 3V72 A; 5ALH A; 3RH6 A; 4P4O A; 1ZQW A; 4RQ0 A; 5DGA A; 2EAM A; 4DLG A; 4M6W A; 1BPZ A; 3KOO A; 2AGO A; 2C2R A; 4YR3 A; 4F4K A; 2GLE A; 9ICA A; 3G6V A; 3UXP A; 4YN4 A; 9ICH A; 3PSF A; 2UVU A; 4QZH A; 1X66 A; 2AJQ A; 1N5X A; 1N63 A; 3V7K A; 4C4T A; 3UQ0 A; 1U49 A; 1CUK A; 1ZQD A; 4GLX A; 2KD1 A; 3MGH A; 4C4S A; 3LWL A; 4QZG A; 3MR5 A; 1TAM A; 2PFN A; 4JK1 A; 4BXO B; 1KQQ A; 4F2R A; 5KL1 B; 1Q46 A; 5ALI A; 4JMU A; 5AK6 A; 2FMS A; 4F4Z A; 5H2F U; 1NJZ A; 3OPX A; 2C2D A; 8ICO A; 2E1E A; 4G9B A; 1X40 A; 3GFK B; 1ZD2 P; 3IV6 A; 4TUP A; 3UMC A; 1KFT A; 3QZ8 A; 3JPS A; 2KEY A; 3N7P D; 4DLE A; 4BX9 C; 4MFA A; 4QWA A; 4QW9 A; 3HW8 A; 4ECQ A; 2I9G A; 1T3N A; 3FDS A; 2G5H B; 4IS7 A; 1BGX T; 3ZDE A; 4CNQ A; 4UB8 U; 1ZQN A; 4C7Z A; 5HP4 A; 2ZUD A; 2Y1I A; 1O03 A; 4P0Q B; 3EWA A; 4RNN A; 4M9G A; 4ED0 A; 3PW0 A; 2E3T A; 4KLL A; 3WKD A; 3IP4 B; 4TUQ A; 4ED6 A; 3ZD9 A; 2IA6 A; 1LV5 A; 2NYV A; 1VDV A; 4J9O A; 3GV8 B; 2A1A A; 1SIJ A; 3FM9 A; 3PST A; 3OJS A; 4RUA A; 3BS5 A; 2BQU A; 1DRG A; 7ICI A; 9ICB A; 3IHQ B; 4EYH B; 1XSP A; 4NXZ A; 3UXN A; 4IR9 A; 2IBK A; 1V97 A; 3I76 A; 1KRP A; 1NJX A; 3V6K A; 3M6K A; 2AH5 A; 4R8U B; 3RJH A; 4DCC A; 4GC7 A; 2K8C B; 1N48 A; 2LPE A; 2JMG A; 3BS7 A; 5ALD A; 4Q43 A; 1GO3 F; 5IIL A; 4C7Y A; 2G0A A; 3Q8K A; 5CR0 A; 9ICR A; 2F8K A; 1ZD4 A; 2Y0S C; 7ICN A; 1T94 A; 5AM3 A; 5DG8 A; 3DEE A; 1RQN A; 3GIL A; 5HR6 A; 1L8L A; 2BQR A; 3HPO A; 3RFA A; 4XA5 A; 2HMX A; 3SI8 A; 3O0F A; 2QB0 A; 3C2M A; 1IIP A; 3Q8P B; 1L7N A; 1Q3U A; 4MFC A; 1UT8 A; 5KT4 A; 3ZDD A; 9ICJ A; 1N5W A; 3Q8Q B; 8ICB A; 2WFA A; 1LVH A; 1WYG A; 5J0W A; 5DG9 A; 4QIW C; 2DF4 B; 5AKK A; 1NK7 A; 3WK6 A; 1Z00 A; 2DPJ A; 3SR6 A; 3IG8 A; 4GXK A; 2PFP A; 3RJJ A; 3CYM A; 1BNP A; 5KFL A; 3RB6 A; 2OHF A; 4WJ3 B; 9ICQ A; 3EZ5 A; 2WAQ C; 3GV7 B; 2M9N A; 5ALO A; 1SGG A; 2G5I B; 2KVC A; 1NI3 A; 1U4B A; 2JEG A; 2ZJ5 A; 1SWV A; 4RQ3 A; 3AL0 B; 2LKY A; 1S0N A; 2JRZ A; 2WB1 F; 2W3S A; 1ZET A; 1RZT A; 4EEK A; 4OJO A; 4F72 A; 5AI9 A; 5KFN A; 4B9M A; 3JPN A; 1ZQU A; 4DQP A; 5DB8 A; 1X2I A; 5L9X A; 3NUQ A; 2CXY A; 7ICT A; 2DFL A; 2QAR B; 3Q8L A; 1PZN A; 2ASL A; 5KL8 B; 4CDG A; 1XO0 A; 1UQV A; 4I2E A; 1U45 A; 1VLB A; 4DQR A; 4M0A A; 2Y9T A; 3OJU A; 4ICA A; 1WCN A; 4QZC A; 5DB6 A; 1KSP A; 5BPC A; 1JN3 A; 1RYU A; 4YFK A; 4FFD A; 2A1J B; 2W9C A; 2ZIU B; 3ISB A; 3WK7 A; 2RRD A; 2MRL A; 4KX5 A; 4Y2R A; 3H4D A; 3V6H A; 1XNS A; 4C8O A; 7ICF A; 1V85 A; 3ZDA A; 9ICF A; 4QZ8 A; 2KE7 A; 4FE3 A; 3RJI A; 2Y9U A; 3IRU A; 3SEI A; 4PGX A; 4P0P A; 5KFE A; 3TAQ A; 4NY8 A; 4GXJ A; 3GZF A; 4CGZ A; 5DDM A; 2H3F A; 3RJK A; 5J2A A; 5ALV A; 4ED3 A; 2HBK A; 2ZJA A; 4E0D A; 5ALM A; 5DKW A; 1ZQX A; 2N1R A; 4DFP A; 2K4E A; 3OSP A; 3KHR A; 4J9K A; 2K4I A; 2K60 A; 4PL1 A; 2RQ5 A; 4RT3 A; 5J0T A; 4M47 A; 5CHG A; 4MEX A; 1CEZ A; 4NV0 A; 2R8I A; 3PW2 A; 4KLT A; 2Q0Z X; 5ALN A; 5KFM A; 5EE0 A; 3WK5 A; 2K4P A; 2NV3 A; 3H8J A; 4PHD A; 1RQL A; 1UPH A; 2XY7 A; 4I2B A; 1S10 A; 1F0M A; 3RTV A; 2KJ5 A; 4RQ2 A; 1PK3 A; 5AKY A; 3ED5 A; 4P4M A; 2BR0 A; 3IG5 A; 4A8E A; 2A3V A; 1QCK A; 1L3U A; 2H3Q A; 2EDU A; 4PJ0 U; 7ICV A; 1ZQL A; 2JXJ A; 4I2I A; 2EZY A; 2HVI A; 3T5K A; 5DDY A; 5L1K A; 4LVS A; 4EBC A; 1FIQ A; 3QU7 A; 3BQ7 A; 8ICL A; 1ECW A; 2FLL A; 1O08 A; 5GTI U; 1ZQH A; 1FFU A; 3AQE A; 3PNC A; 2DWQ A; 1LKY A; 2D6F C; 4NLZ A; 4UAT A; 3DDH A; 2DQN B; 9ICI A; 3K1R B; 4ECZ A; 8ICF A; 4O3R A; 2F3N A; 1COK A; 3VCB A; 4Z6E A; 4QZF A; 4R64 A; 4C4R A; 3KZI U; 2P66 A; 4NLN A; 5ALX A; 2P6R A; 4EBD A; 2MUT B; 2HBM A; 2HHT A; 4BXO A; 4YP3 A; 5CWR A; 3T5L A; 4C8K A; 3QU9 A; 1HIW A; 2Y1J A; 2YMM A; 4KMO B; 1OUQ A; 4UB3 A; 3OSN A; 5AI5 A; 2RP5 A; 1B4F A; 2XY6 A; 2C28 A; 4QJF B; 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3QUC A; 5KAI U; 2HBJ A; 4DEZ A; 1SL2 A; 3PX4 A; 1NJY A; 1YZ6 A; 1RXV A; 1VJ5 A; 4Y2Y A; 2W9B A; 2HDO A; 5ALR A; 1NK0 A; 3PR5 B; 1WUD A; 5ALP A; 4F93 B; 3MBY A; 1ED1 A; 1B43 A; 2OEH A; 3HX0 A; 2BDU A; 5IIK A; 2JH1 A; 5KG2 A; 4IQU A; 3WKC A; 3C1Z A; 4ECU A; 1QSL A; 4DFM A; 1AQ6 A; 1ZQI A; 2LBO A; 3KKA C; 3KKA A; 5DLF A; 4TQR A; 2CPR A; 2ESE A; 3PO5 A; 2YN4 A; 3MFH A; 4LZG A; 1XSL A; 2RDI A; 8ICE A; 1TFR A; 1IXR A; 2O6K A; 2I1Q A; 4J9S A; 7ICK A; 4MFF A; 5AKG A; 3C2L A; 3TFR A; 2HHQ A; 4RQ6 A; 4DSL A; 3PVX A; 1X42 A; 3SZ2 A; 5EWG A; 4O3M A; 3TAN A; 4UAR A; 4QZE A; 1NK6 A; 4C8M A; 3NS1 A; 4KIT B; 5KFW A; 1QSY A; 2QAR A; 4F2S A; 8ICJ A; 2W04 A; 3T5J A; 1COO A; 2IOH A; 2HHS A; 2FMP A; 4J9Q A; 5AHX A; 3SD7 A; 2F44 A; 5ALS A; 3GII A; 4BGD A; 2H5X A; 1D8Y A; 4IQW A; 3PV8 A; 4OJP A; 2R8G A; 3D2N A; 8ICS A; 9ICT A; 2K8B B; 4GC6 A; 9ICL A; 1ZQO A; 1MQ3 A; 2GH1 A; 3T79 A; 4JWN A; 1WCL A; 5AM5 A; 2R18 A; 2E1F A; 4AYB C; 5F3X B; 1X9S A; 1MQ2 A; 4QZ9 A; 5DG7 A; 3K4G A; 1T8E A; 1PK1 A; 3A0B U; 3H7I A; 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