The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
121
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structure length |
121
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Chain Sequence |
GPLGSLGRRWGPNVQRLACIKKHLRSQGITMDELPLIGGCELDLACFFRLINEMGGMQQVTDLKKWNKLADMLRIPKTAQDRLAKLQEAYCQYLLSYDSLSPEEHRRLEKEVLMEKEILEK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the AT-rich interaction domain of Jumonji/JARID2
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein Jumonji
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| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
31
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| structure length |
121
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| sequence length |
121
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1C20 A; 2EQY A; 2JRZ A; 2JXJ A; 2RQ5 A; 2OEH A; 2YQE A; 1IG6 A; 2KK0 A; 5CEH A; 1KN5 A; 1KQQ A; 4LJX A; 2LM1 A; 2LI6 A; 2CXY A; 2EH9 A; 1KKX A; 5K4L A; 1RYU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KG6 A; 1ZQD A; 2W9B A; 5EWF A; 4BGD A; 2YB4 A; 9ICA A; 1FO4 A; 4RQN A; 4OJ5 A; 4DQS A; 4UB2 A; 3A0H U; 5AKH A; 4QWA A; 8ICS A; 2DBY A; 4JB3 A; 4UAR A; 1HIW A; 2RDJ A; 2BR0 A; 2P6U A; 3G6Y A; 5IIM A; 2ZIX B; 2ZIW B; 5AKZ A; 4RNN A; 7ICN A; 2C2D A; 4OJ6 A; 2IA6 A; 2I5H A; 5GTH U; 3WK7 A; 4K4H A; 4TUP A; 1DOQ A; 2HCF A; 4RPY A; 4C0Z A; 2JEJ A; 5DG9 A; 4F4W A; 5AKY A; 1V85 A; 2F44 A; 3BQ1 A; 1NOM A; 3H8M A; 1VLB A; 4RQ0 A; 4OCZ A; 4RQ4 A; 4M9G A; 5EWG A; 4UB4 A; 3RBD A; 1L3S A; 3C5G A; 3RH6 A; 4J9N A; 4ELT A; 4F5P A; 2Y0S C; 1RDF A; 5DKW A; 5KNI A; 4KLI A; 1X9M A; 3MR2 A; 4PHP A; 5KFE A; 3C28 A; 4UB3 A; 4QZB A; 2I1Q A; 5AI6 A; 4KLQ A; 1KQQ A; 3EUB 2; 5J0X A; 4UAT A; 1V97 A; 3HIL A; 2B6G A; 4ED6 A; 5L9X A; 3KZI U; 2WHE A; 5KAI U; 1SL0 A; 4Z6E A; 4QZH A; 1TK0 A; 1CUK A; 1T7P A; 2MRL A; 4FS2 A; 5B66 U; 4QZD A; 4C8N A; 2OWO A; 3MGH A; 2ATL A; 1ZQE A; 3B0Y A; 4NLC A; 1SKW A; 2EAP A; 5ALT A; 4GXJ A; 3WKB A; 3OSN A; 5AK6 A; 2HHW A; 4DQQ A; 4FS1 A; 4AYB F; 3CYM A; 4F4K A; 3JPS A; 3T79 A; 3PV8 A; 1ZXI A; 5ALO A; 3ISB A; 4ECS A; 1QSS A; 2EZY A; 3PX6 A; 2HHT A; 5CR0 A; 2ZXI A; 1L3T A; 2Y9U A; 5CHG A; 4EZ6 A; 4ZH4 A; 4P0Q A; 4O3M A; 2QAR B; 4TQR A; 1ZQV A; 2Y1J A; 4NWI A; 2ZIX A; 2RLT A; 4KMO B; 1ZQG A; 1B22 A; 2J6T A; 2BPF A; 2A3V A; 4TQS A; 9ICO A; 4QWD A; 5J2J A; 2W8L A; 9ICH A; 4IR9 A; 2YMM A; 4CRX A; 1QTM A; 2UVR A; 2WAQ F; 1NKC A; 2FE9 A; 2UVW A; 3ZD9 A; 2WF9 A; 3WK9 A; 2BCR A; 2V4Q A; 4QZC A; 2W7O A; 1J2N A; 4YMO A; 4RU9 A; 2DWQ A; 4KLJ A; 5DGB A; 2HBL A; 4DSI A; 2G07 A; 1WCN A; 1IV8 A; 3H8S A; 4DLE A; 1ZOL A; 3UM9 A; 4RQM A; 5ALD A; 3TKA A; 2JH7 A; 2FPM A; 3BS5 A; 5KFN A; 5C5J A; 4FE3 A; 3SV4 A; 4ED0 A; 5D4B A; 1F0M A; 4KTQ A; 5AM4 A; 3RJI A; 2JEG A; 4UW9 A; 2C22 A; 4QWB A; 4Y2J A; 1MA7 A; 2R8H A; 1HEK A; 4LJX A; 2DUY A; 5ALE A; 2VJ4 A; 3T5H A; 1JUD A; 1NK8 A; 3SAF A; 5KFQ A; 5AI0 A; 4DSJ A; 4BWJ A; 3NVZ A; 3GZF A; 3TAQ A; 1O03 A; 2F77 X; 2JXJ A; 3RR7 A; 1BPE A; 3PR5 B; 3N7P D; 5KT7 A; 1YZ7 A; 5HMM A; 4RUA A; 4J9K A; 7ICP A; 1RZT A; 3V6K A; 3BDP A; 3RJH A; 4M9L A; 4U7C A; 1SGG A; 3F53 A; 9ICC A; 4RZR A; 3T5K A; 4UAS A; 1U49 A; 2YX8 A; 3GIM A; 3SZ2 A; 4DS5 A; 4I2E A; 4EEL A; 2KZM A; 4MEY A; 2IOF A; 2K4H A; 4O5K A; 2V9W A; 3ALR A; 1X40 A; 4QZG A; 4MHV A; 2WF5 A; 5HNK A; 2E8N A; 2BGW A; 2AU0 A; 1MQ3 A; 1KW4 A; 5AHX A; 4NLG A; 5ALG A; 5HP4 A; 1PK3 A; 5L1I A; 8ICP A; 3Q8R B; 1B4F A; 1XSL A; 2FMS A; 3T3F A; 2KV2 A; 1IXR A; 9ICU A; 8ICT A; 1MSW D; 2H3V A; 3RRG A; 5D49 A; 3RH4 A; 8ICI A; 4ECW A; 1ZQB A; 2KZ3 A; 2N1R A; 8ICH A; 2ZIU B; 4J9M A; 8ICO A; 3QEB Z; 1UT5 A; 3C1Y A; 4MF8 A; 4DSL A; 2KSO A; 5DB9 A; 2KEY A; 5J2B A; 4R64 A; 4KLS A; 3U26 A; 1JI7 A; 3GV8 B; 1S0N A; 4M9N A; 5AK3 A; 8ICW A; 9ICJ A; 3SV3 A; 1A0P A; 3UMC A; 5KT5 A; 2JGA A; 3H0R B; 3WK6 A; 5KFB A; 1BPY A; 7ICM A; 1ZQM A; 4F93 B; 1ZQO A; 3TAR A; 5KG7 A; 2HW3 A; 1IIP A; 5ALX A; 1FIQ A; 5J29 A; 4DL5 A; 4NXZ A; 4UAY A; 4GIB A; 4I2H A; 2K89 A; 2KTQ A; 4FO6 A; 4YR2 A; 1TFR A; 3I28 A; 2NYV A; 4O5E A; 1DK2 A; 1UPH A; 3QUQ A; 1S77 D; 1Z00 A; 2J6U A; 4BXO B; 3RR8 A; 1ZD4 A; 7ICJ A; 3AL0 B; 5KG3 A; 2JZB A; 2W9C B; 2AGO A; 4KX3 A; 1PUZ A; 3AU6 A; 4CF4 A; 3QUC A; 2KFZ A; 2H3F A; 4Y2S A; 4YCX A; 5J2E A; 1SWV A; 1ZQJ A; 3UMB A; 2ESE A; 1XNS A; 2R8G A; 3HT3 A; 1V38 A; 3ZDA A; 4ELV A; 2HVH A; 4PGY A; 7ICE A; 1ZQP A; 4PHD A; 1SV4 A; 3IN5 A; 5AM5 A; 2PFO A; 1VJ5 A; 1ZQU A; 2ZIU A; 4UB5 A; 1ZQH A; 4KLO A; 3UQ0 A; 3IDW A; 3HJE A; 5AKI A; 2LKY A; 4ECV A; 1U4B A; 5JUM A; 2JEI A; 1SXE A; 2AGP A; 5J2D A; 4DL4 A; 3M9N B; 3QU2 A; 4Y2Q A; 2L5Y A; 4B9T A; 3WK4 A; 2KE7 A; 3NUQ A; 5AIA A; 3H8W A; 1NK0 A; 1N5W A; 4YMN A; 2PMZ C; 2ZIV B; 3ZI4 A; 1XO0 A; 1NK9 A; 3H0L B; 4UBC A; 4DQP A; 3ORY A; 3EPI A; 5DB6 A; 5ALY A; 4J9R A; 3QZ8 A; 3WU2 U; 2KVS A; 7ICI A; 4C80 A; 4F3O A; 4ELU A; 2HBJ A; 2LHT A; 3I76 A; 2XCP A; 5G5H A; 2G0A A; 4NLZ A; 2VKQ A; 5J2I A; 7ICH A; 2YMQ A; 2K8A A; 4BXO A; 1C7Y A; 3H0M B; 3NVV A; 1ZQA A; 3ED5 A; 1N63 A; 4TUS A; 5AM2 A; 2GOL A; 2W9C A; 2R8J A; 3RFA A; 5AM1 A; 3ZDE A; 1LKY B; 2OEH A; 4IQV A; 2WF7 A; 2WFA A; 4DFM A; 5KG4 A; 5KTQ A; 5BOL A; 2A1J B; 4KLH A; 3PST A; 1LB2 B; 4NV0 A; 3EYZ A; 3ETR A; 3QEA Z; 1HJP A; 4YQW A; 1RM6 C; 1AQ6 A; 4C7Z A; 2DFL A; 5J8Y C; 2P66 A; 1NNL A; 1OUQ A; 3N7R C; 4DOC A; 4O3R A; 5CEH A; 1BGX T; 4PGX A; 1OW5 A; 4NJ8 A; 3EWA A; 3IG8 A; 4UQG A; 3PNC A; 3PW0 A; 2BQR A; 4TUQ A; 2M9N A; 1UA1 A; 4RT3 A; 2K8B B; 4PZO A; 4YD2 A; 8ICK A; 4AP9 A; 4F2R A; 1YT3 A; 1T4G A; 3HPO A; 2ALZ A; 4RUC A; 1NJW A; 2KK0 A; 4BDP A; 4O3Q A; 4DOB A; 2PFP A; 3K4G A; 4QW8 A; 2ZIV A; 1MC8 A; 1Z19 A; 1WUD A; 5J2H A; 4KLU A; 1RPL A; 2IMW P; 4Y2V A; 1TV9 A; 4Y2R A; 5KAF U; 3UXP A; 5GTI U; 3PY8 A; 5ALJ A; 4JK1 A; 2CPR A; 4OJO A; 7ICQ A; 2M0N A; 3K75 D; 3B0X A; 3PW2 A; 3UXO A; 3QUT A; 2W3R A; 2HHS A; 5L1K A; 2LBO A; 3BQ0 A; 3N97 B; 4O0I A; 3QZ7 A; 2W55 A; 2XY6 A; 1HUZ A; 1ZQF A; 7ICR A; 4DF4 A; 4KX5 A; 4NLB A; 1ARO P; 4DOA A; 2ISP A; 2ZTD A; 4ECR A; 1LKY A; 2KNJ A; 2YMP A; 1DGS A; 3OTQ A; 4UAZ A; 5AIC A; 1S76 D; 1UA0 A; 3GIL A; 2A1J A; 1M6Y A; 5AKE A; 1DRG A; 2CXY A; 3H4B A; 4PHA A; 3WK8 A; 4Y2T A; 9ICL A; 2RDI A; 2XID A; 1KL9 A; 4J9P A; 4QNL A; 8ICG A; 3C1Z A; 2FPK A; 3LWM A; 4G3I A; 4G9B A; 4EBC A; 2G5I B; 4J9L A; 4ACO A; 3IRU A; 2GWS A; 2LPE A; 4DFP A; 2ZJA A; 7ICG A; 4IQT A; 4YFK A; 3RRH A; 1BNP A; 4UB1 A; 2PFQ A; 3C21 A; 2KIC A; 1JMS A; 1ZQR A; 2OCE A; 2NO4 A; 5J0R A; 9ICQ A; 2W11 A; 4ECX A; 4KN7 A; 2GLE A; 4I2I A; 1TK5 A; 1B43 A; 5DG7 A; 3TI0 A; 2BHN A; 5ALV A; 2JR5 A; 5A0L A; 5J0U A; 5IIN A; 5KFJ A; 4DQR A; 5DBA A; 3RJG A; 4DO9 A; 5DB7 A; 2JMG A; 7ICS A; 2QB0 B; 2DF4 B; 3RJE A; 1J2M A; 2MUT B; 5ALN A; 5EE9 A; 2XCA A; 1SB3 C; 2G06 A; 2KKP A; 4NLN A; 4GFJ A; 5F9N A; 4GC7 A; 5J8Y A; 3V6H A; 2W03 A; 5AI8 A; 1D8Y A; 3BQ7 A; 4I29 A; 2LYA A; 3RAQ A; 2DKZ A; 2ZIW A; 3M9O B; 2UVV A; 1QCK A; 4J9O A; 4C8M A; 2WB1 F; 3GIK A; 2J6S A; 2F1H A; 4M2Y A; 3BZK A; 1ZQC A; 1N62 A; 1QSL A; 2JHD A; 3LYS A; 5ALR A; 1D9D A; 1SL2 A; 1N5X A; 1ZQT A; 3PSF A; 4DEZ A; 1L3U A; 2GH1 A; 1TAU A; 4F91 B; 3ICX A; 4QZ8 A; 3CRX A; 5KFX A; 3RB6 A; 1WYG A; 2KJ9 A; 4AYB C; 2YML A; 5KFT A; 4DSE A; 3ZDC A; 2ZTE A; 3V6J A; 3HRD D; 2HHQ A; 5CWR A; 3RAX A; 3D6J A; 3PVX A; 2F2A B; 1TAM A; 5KT2 A; 4Z6D A; 3BQT A; 3SD7 A; 1C20 A; 5C0Y A; 8ICV A; 4IQW A; 1ZD2 P; 5KG0 A; 3MFI A; 4CGZ A; 2YQE A; 7ICF A; 4C4R A; 3WKD A; 1WWU A; 4CDG A; 3PR4 A; 2KJ8 A; 2XI9 A; 2ZUC A; 1NZB A; 3RJJ A; 4C4T A; 2W3S A; 3OGU A; 4PJ0 U; 1U47 A; 2QB0 A; 4M6W B; 3GFK B; 1QH9 A; 3K1Z A; 3HX0 A; 2WAQ C; 2BCU A; 3MDC A; 3TAP A; 2ISO A; 5DDY A; 1TAQ A; 4I2J A; 5ALK A; 3BS7 A; 1KN5 A; 1UQV A; 4K4I A; 2PKE A; 3IP4 B; 5FP0 A; 1ZQQ A; 4B9M A; 1SIJ A; 2ASD A; 3MBY A; 4CF3 A; 2D3D A; 2QAR A; 1T8E A; 4FBT A; 1NK7 A; 5J0Q A; 5K4L A; 1ZQL A; 1ZYQ A; 1XO1 A; 3TQ1 A; 3MFH A; 5KFI A; 2KJ5 A; 1UHU A; 1V9P A; 1COO A; 5ALL A; 1XSP A; 5CRX A; 2H3I A; 4KLD A; 5IIL A; 3C2L A; 3SAH A; 2KG5 A; 2LI6 A; 5KFZ A; 4ECU A; 3T5L A; 4EZ9 A; 3G6X A; 5JTI A; 1QQ7 A; 3BZC A; 3UPQ A; 1L6N A; 4PL1 A; 4UAV A; 4QZE A; 4ED8 A; 2IBK A; 4QZF A; 4EBD A; 1YZ6 A; 4I2D A; 2MU2 A; 2OYY A; 3F5A A; 5HR6 A; 4KN4 A; 2HBK A; 4UB6 U; 2XY7 A; 2C2E A; 3TAD C; 1JAL A; 3UXN A; 2HDO A; 7ICK A; 3PML A; 5DG8 A; 4P4O A; 4F5O A; 2K8C B; 1J97 A; 4Y2X A; 4RQ8 A; 2A1A A; 5J0W A; 2VAN A; 1N2X A; 4O3N A; 1A77 A; 3JPT A; 5J2K A; 9ICS A; 1OXJ A; 2W8K A; 2FLN A; 1S10 A; 1SZH A; 2KMD A; 4U6P A; 4B9U A; 3RJF A; 4YXM A; 4XRH A; 4ZOH C; 3IG5 A; 2H3Q A; 3IHQ B; 4MFF A; 1XWL A; 3SEI A; 3Q8L A; 1IG6 A; 2AGQ A; 4YN4 A; 1XS9 D; 4KLE A; 5KL1 B; 5AKJ A; 5DDM A; 2KHQ A; 3LWL A; 3SI8 A; 8ICM A; 2AJQ A; 2ASL A; 1S5L U; 5DB8 A; 3SQI A; 4I27 A; 3ISD A; 3KBB A; 3LVW A; 4QWC A; 4Z6F A; 2ODG A; 4DFJ A; 1L7O A; 1Q8K A; 3C5F A; 2A19 A; 2LYH A; 3PMN A; 9ICK A; 3N7S C; 2FLL A; 1COK A; 5ALI A; 3HW8 A; 3BJY A; 2ZG6 A; 1GO3 F; 4EEY A; 1ZJN A; 4OJP A; 1NJX A; 4QIW F; 1JN3 A; 5EOZ A; 3PSI A; 3OHB A; 2D6F C; 1FFV A; 1L7M A; 3AQF A; 3V72 A; 4RQ1 A; 1SWW A; 2G09 A; 1ED1 A; 2KIW A; 4PGQ A; 1ZQW A; 2KP7 A; 1Z4O A; 1Q3V A; 5KFW A; 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1RXW A; 3WKE A; 4ED1 A; 2MSN A; 4I2C A; 5BPC A; 3KHG A; 3BQ2 A; 1WG8 A; 2YTU A; 3FDS A; 3JPO A; 1KSP A; 1ZRN A; 3DDH A; 1X2I A; 3GQC A; 4F92 B; 4Y2Y A; 4C4S A; 2RHF A; 8ICC A; 3SEN A; 2HOI A; 1JXE A; 4OD0 A; 4RNO A; 4Q43 A; 3KOO A; 4IRD A; 2I6X A; 2R18 A; 5KFU A; 5KT3 A; 2AHO B; 3GIJ A; 5G5G A; 2BDU A; 5IIO A; 5ALF A; 4ED2 A; 1RQN A; 3NAS A; 4KMU A; 3K1R B; 1T94 A; 1NZP A; 4B9V A; 4DL3 A; 1RQL A; 4O3S A; 5KT6 A; 4LZD A; 3V7J A; 4KLM A; 1BVS A; 2NV3 A; 3TFS A; 1KRP A; 4Q8F A; 2KOB A; 2EAM A; 2BPC A; 1SXD A; 4QZA A; 4GXK A; 4R63 A; 5L1J A; 3HP6 A; 3PSP A; 5CJ7 A; 4J9S A; 2C2R A; 2LMR A; 5EE1 A; 4QJF B; 4JV0 A; 5JRT A; 2HI0 A; 4EX6 A; 1UT8 A; 1QSY A; 2Y9T A; 1EXN A; 4EEK A; 1RYR A; 2Y0S F; 4DSF A; 1NK6 A; 5KFL A; 5AKX A; 4TUR A; 3H4D A; 3C23 A; 4F4Z A; 3AM9 A; 2XIC A; 3VC8 A; 3RTV A; 4M0A A; 5ALH A; 1URJ A; 1H38 A; 2OHF A; 3F5E A; 1JX4 A; 5AKK A; 3RB4 A; 4DL7 A; 4JV2 A; 4FZM A; 3N4M B; 7ICU A; 4ECZ A; 4RPZ A; 4F4X A; 4BJQ A; 1SV0 C; 2AQ0 A; 8ICU A; 3OJU A; 4P0Q B; 3Q8M A; 4DFD A; 1ZQN A; 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