The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
134
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structure length |
134
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Chain Sequence |
GARNSVLRGKKADELERIRLRPGGKKKYRLKHIVWAANKLDRFGLAESLLESKEGCQKILTVLDPMVPTGSENLKSLFNTVCVIWCIHAEEKVKDTEGAKQIVRRHLVAETGTAEKMPSTSRPTAPSSEKGGNY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural protein
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| source organism |
Human immunodeficiency virus type 2
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| publication title |
Structure of the myristylated human immunodeficiency virus type 2 matrix protein and the role of phosphatidylinositol-(4,5)-bisphosphate in membrane targeting.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
HIV-2 myristoylated matrix protein
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| total genus |
32
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| structure length |
134
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| sequence length |
134
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2008-06-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2H3I A; 2JMG A; 4IC9 A; 2LYA A; 2N1R A; 1ECW A; 2K4E A; 1HIW A; 2K4H A; 2HMX A; 2H3Z A; 1UPH A; 4ICA A; 1TAM A; 2GOL A; 2LYB A; 4JMU A; 1HEK A; 2H3F A; 2NV3 A; 2H3Q A; 1L6N A; 2K4I A; 1A6S A; 1ED1 A; 2H3V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3B0Y A; 5A0L A; 2LYA A; 4YQW A; 4OJ6 A; 4YP3 A; 5EE1 A; 1U49 A; 5ALR A; 3ZDB A; 2ASL A; 2B21 A; 2QB0 A; 2ZIW B; 5DGB A; 2LMR A; 1FIQ A; 1VLB A; 2AGP A; 5AKX A; 2GH1 A; 2KIV A; 1CEZ A; 1QTM A; 1PVQ A; 1BPE A; 1N5W A; 4DL2 A; 2BDU A; 4OD0 A; 2BCQ A; 5AIB A; 2I6X A; 1JX4 A; 1O03 A; 5IIK A; 2E8N A; 1NK5 A; 3OSP A; 4HAI A; 2PFP A; 3RH4 A; 4IQU A; 4M0A A; 4P4P A; 1NKC A; 1OW5 A; 4YD1 A; 4O3P A; 3WK6 A; 4TUR A; 1QQ7 A; 3FAH A; 4A8E A; 7ICF A; 2BCV A; 3IV6 A; 5H2F U; 1UA1 A; 2HBM A; 1BPZ A; 1BPX A; 2QB1 A; 4PHA A; 5J8Y A; 3G6Y A; 3M9N B; 4YD2 A; 4C0Z A; 1HEK A; 1TK8 A; 2Q0Z X; 4J03 A; 1U9L A; 3H8W A; 2J6T A; 1L3V A; 2LKY A; 2BR0 A; 5DB9 A; 8ICB A; 4O3O A; 1RXW A; 4DSL A; 4YXM A; 2ZXI A; 4M6W A; 4KLL A; 4YFK A; 3F53 A; 5J0U A; 5J2K A; 1ZD5 A; 4YVZ A; 3PML A; 1ZOL A; 3F5E A; 4CF4 A; 4RQ0 A; 5C0Y A; 3ORY A; 3PW5 A; 3LK9 A; 4KMU A; 1T3Q A; 4C4T A; 3GIK A; 4F4K A; 5ALN A; 4TQS A; 1XSN A; 5AM3 A; 3SEI A; 2ZUD A; 2D8C A; 3AU2 A; 3TAD C; 3OJS A; 3GIM A; 3GFK B; 4UAV A; 2PI5 A; 5L9X A; 3I1Y A; 1SL0 A; 2R8G A; 2D6F C; 3SAF A; 3V72 A; 4P4O A; 5TIS U; 2L5Y A; 5F9N A; 5C5J A; 2E1F A; 5AK6 A; 1ZQI A; 4PH5 A; 1A0P A; 3F2B A; 4QIW F; 2ISO A; 3RAQ A; 5L1I A; 3ISC A; 5KAI U; 3QU5 A; 5F9L A; 1MQ2 A; 1ZQQ A; 4GXJ A; 2NRV A; 2KV2 A; 2IHN A; 1A77 A; 1PVR A; 2HHV A; 2PFQ A; 8ICA A; 8ICS A; 2OYY A; 4R8U B; 3N7R C; 5EWE A; 1ZQK A; 1ZQW A; 3JPT A; 1QSS A; 1C20 A; 2YB4 A; 3PY8 A; 5ALT A; 3SYZ A; 1JN3 A; 2EZZ A; 2ATL A; 2DGZ A; 5G5H A; 4ED6 A; 1NKB A; 2IBK A; 4MF8 A; 1BPB A; 1SL2 A; 4Q44 A; 7ICL A; 1F44 A; 2G5I B; 3KHH A; 1SIJ A; 2PXI A; 1L3S A; 4Q45 A; 5F3X B; 1KFD A; 4Z6F A; 3RB3 A; 4FBU A; 1PZN A; 1KQQ A; 2RLT A; 3WK5 A; 2B6G A; 3ZDD A; 4RQM A; 1SGG A; 1L7O A; 9ICT A; 4ED1 A; 2UVV A; 2HW3 A; 4FS1 A; 5DB6 A; 4KLG A; 1ARO P; 5EE9 A; 4UAU A; 4UB3 A; 3UXN A; 2FDR A; 1P7D A; 3JPP A; 5J0O A; 4I2D A; 2NRT A; 2KIC A; 2RDJ A; 3C2M A; 2ASJ A; 4KIT B; 4O3Q A; 1IV8 A; 5B66 U; 2BPF A; 3N4M B; 5KL8 B; 3C5F A; 1X9M A; 1RQL A; 1TAU A; 3GV7 B; 1MQ3 A; 3F2D A; 4FZN A; 2FLP A; 2E8O A; 1RZT A; 1RYR A; 2WF6 A; 3ED5 A; 4KLI A; 2PKE A; 3GZF A; 4F5R A; 1ZQR A; 8ICM A; 4RPY A; 1COO A; 2A1J B; 3QX7 A; 4XUS A; 1D9F A; 4O5E A; 4UQG A; 2YMM A; 2HBL A; 1QSL A; 2ALZ A; 4MHV A; 2H5X A; 4UB1 A; 2Q4T A; 4F5Q A; 3SAH A; 1T7P A; 4KLQ A; 3JPN A; 9ICL A; 5AI9 A; 1B0X A; 1ZQU A; 1WYG A; 4F8R A; 3PMN A; 2IHM A; 3I76 A; 4J9P A; 8ICR A; 5EWF A; 5J2B A; 4Q43 A; 1KFT A; 4KLU A; 4YR0 A; 3MR3 A; 5ALU A; 1FFV A; 2WTF A; 5KG6 A; 2MU2 A; 1U45 A; 5DB7 A; 5ALM A; 4DL6 A; 3PX6 A; 3PR5 B; 4I2F A; 3RTV A; 4J9O A; 2FPK A; 4JUZ A; 1RYS A; 1ZJM A; 1DGS A; 1ZQT A; 3BS5 A; 2AJQ A; 1NK6 A; 4YMM A; 2WAQ F; 3MFI A; 4I2E A; 2DFL A; 3WK9 A; 3RJH A; 4P0Q A; 3T5H A; 2DQN B; 2OHF A; 4O5C A; 4MF2 A; 4XRH A; 5ALZ A; 2G07 A; 1BPY A; 3WK8 A; 2C2R A; 5ALH A; 4I2C A; 3R9K A; 2J6S A; 1RQN A; 4M9N A; 2XID A; 1S76 D; 4QZE A; 1BVS A; 4R66 A; 1Q46 A; 3NVV A; 4RQ2 A; 8ICP A; 3BDP A; 4JMU A; 3PSF A; 3O0F A; 3J81 j; 2FMQ A; 5CA7 A; 1FO4 A; 1N63 A; 4QZI A; 3LYS A; 4LVS A; 5HNK A; 4ACO A; 5J0R A; 8ICU A; 4ECS A; 2KNJ A; 1ED1 A; 1U47 A; 3E2E A; 3KHL A; 2H3I A; 2HBK A; 5ALP A; 3RJG A; 5HML A; 2XO7 A; 4PGQ A; 3QZ7 A; 5J2J A; 2YX8 A; 3M7D A; 9ICE A; 1XSL A; 3PZP A; 2LYB A; 5DG9 A; 2NYV A; 2KZZ A; 2H3F A; 1SXE A; 2E3T A; 2RP5 A; 1B22 A; 3H7I A; 2K4I A; 5B5E U; 1YZ7 A; 1T94 A; 1HUO A; 1LKY B; 5TZV A; 1CI4 A; 2YML A; 1H38 A; 1WWU A; 4EX6 A; 8ICN A; 2VAN A; 5CJ7 A; 2P35 A; 2C2D A; 1K1S A; 4RUC A; 7ICR A; 2CPR A; 4NY8 A; 4R63 A; 2CRX A; 9ICM A; 1URJ A; 4C8K A; 3KOO A; 4AP9 A; 9ICB A; 4Y2X A; 5J0X A; 9ICK A; 3E0F A; 1TK0 A; 4M9H A; 1N56 A; 4JV0 A; 8ICF A; 3MDA A; 5BOM A; 4M47 A; 2HSZ A; 1L3T A; 2JEG A; 4TUQ A; 2P66 A; 4Z6E A; 3PO5 A; 3DDH A; 3N7S C; 3TAP A; 4J9N A; 2NRZ A; 4C8M A; 5KG1 A; 2K4H A; 3BS7 A; 2G08 A; 2W7O A; 3M9O B; 3V6H A; 5ALY A; 4F2R A; 4QZC A; 3TAR A; 1KSP A; 4F92 B; 2KSO B; 5J2A A; 3LWL A; 4NLB A; 7ICE A; 4M9L A; 5KT7 A; 4ED0 A; 4OJL A; 4ECQ A; 1N62 A; 5K4L A; 1YT3 A; 4DWI A; 4EBE A; 4NM2 A; 1DK2 A; 4RU9 A; 3IRU A; 2GWS A; 4DFD A; 4US8 A; 4OJ5 A; 4YXJ A; 3QUQ A; 4RQ8 A; 3Q8L A; 4P0P B; 4MFA A; 1NJX A; 2WF9 A; 3K75 D; 4DLG A; 3GU3 A; 3RB6 A; 8ICZ A; 3BQ2 A; 1X6I A; 3CW2 C; 7ICV A; 4FE3 A; 2W9C A; 3CYM A; 1D9D A; 2VA3 A; 3B0X A; 5ALQ A; 2UVU A; 4KLD A; 3T5J A; 2JZB A; 5AI0 A; 7ICI A; 2Y9U A; 5KFI A; 3BJY A; 1SZP A; 2BCU A; 3D2S A; 4ECT A; 2E5S A; 3PW0 A; 1FFU A; 5ALO A; 4ED2 A; 5J2D A; 5AKL A; 4IRC A; 2PI4 A; 2BKE A; 2XCA A; 2F77 X; 8ICL A; 2W03 A; 1B43 A; 1NKE A; 3HJE A; 1S0N A; 4ECW A; 4P2H A; 4O3N A; 3Q8R B; 4KLS A; 1F5S A; 2E8P A; 1GO3 F; 2W9B A; 1D8L A; 4QZA A; 3RJE A; 1V97 A; 2ZIX B; 2KZ3 A; 3LVW A; 5J0Y A; 5AK3 A; 4PHE A; 1SKW A; 2JMG A; 1WUD A; 3ISD A; 4QWE A; 3NRZ A; 1UCV A; 1XC9 A; 1O08 A; 4EEK A; 1ZRM A; 3ETR A; 4F4W A; 1SL1 A; 5KFM A; 4RQ3 A; 2ZTE A; 2W9B B; 4ECX A; 2MUT B; 1TKD A; 3WK4 A; 4Y2S A; 2NRW A; 2WFA A; 4DQS A; 1WCL A; 2BQ3 A; 2E8M A; 5AI8 A; 2XY7 A; 2R8K A; 1MN8 A; 5EOZ A; 2FMS A; 2HHS A; 1DGJ A; 5AM4 A; 3D2Q A; 3AEV A; 5KFP A; 4I2I A; 3PX4 A; 4LJX A; 4J9M A; 1MC8 A; 1MA7 A; 2WB1 F; 3T5L A; 1HJP A; 2KK0 A; 2C22 A; 1TK5 A; 9ICI A; 4CDG A; 2V9W A; 2KFZ A; 2V4Q A; 4B9L A; 5J0Q A; 4F93 B; 4GXI A; 3CNH A; 4C4S A; 3RR7 A; 4Y2Q A; 5CHG A; 2HHT A; 2QB0 B; 2CXY A; 4QZH A; 1N48 A; 2EAN A; 2I5H A; 4NL9 C; 5AI5 A; 1L5U A; 3MC1 A; 3KD3 A; 1WCN A; 2K8B B; 5DG8 A; 3M6Z A; 4DF8 A; 3AM9 A; 5T14 A; 3RJJ A; 2ZTC A; 3MFH A; 2K60 A; 3GQC A; 4XQ8 A; 3CRX A; 3QUT A; 5AK5 A; 2WF7 A; 4JV1 A; 2W8L A; 5J0S A; 4O0I A; 1XNS A; 3H0M B; 3HT3 A; 1YZ6 A; 5AKY A; 4M9J A; 4F4Y A; 4QIW C; 1Z4O A; 1PK1 A; 5KAF U; 3SR6 A; 4QWC A; 2JGA A; 2VA8 A; 2OCE A; 2YY6 A; 4KLH A; 4RQN A; 2R8H A; 4RQ7 A; 5D46 A; 2NO5 A; 7ICM A; 2KVS A; 5DB8 A; 3OHA A; 1S77 D; 3G6X A; 4ELT A; 3LWM A; 2ZIU A; 2ZUB A; 2XI9 A; 4BUG A; 2ZIV A; 4MEY A; 5DBB A; 3C21 A; 3HIL A; 3V7L A; 4DSE A; 5KFQ A; 2WHE A; 3MGI A; 4ELV A; 5ALD A; 4ELU A; 3Q8S B; 8ICE A; 5ALL A; 4RNO A; 4O9M A; 4DOA A; 4M6W B; 2H3Z A; 2KOB A; 2V4R A; 2B0C A; 4DFK A; 4PL1 A; 4IR1 A; 5ALG A; 1XWL A; 4QZ8 A; 1COK A; 4DOC A; 1X9W A; 4I28 A; 8ICW A; 1RXV A; 1NK0 A; 2D3D A; 3KHG A; 3ICX A; 2AHO B; 3H8M A; 4GC7 A; 4RT3 A; 4ZOH C; 4DCC A; 4DEZ A; 4BJQ A; 5KT3 A; 8ICK A; 4NLK A; 2JHD A; 4NV0 A; 5KG7 A; 4U6P A; 1UT5 A; 5AKI A; 4Y2J A; 1S9F A; 4K4I A; 4DLE A; 4FO6 A; 5DQG A; 2OM6 A; 3UQ2 A; 1L8O A; 5J2H A; 4EBC A; 2IOF K; 1UQV A; 1ZQM A; 1U4B A; 3H8J A; 1ZQZ A; 4KLF A; 3WKE A; 5BOL A; 5ALW A; 1TAQ A; 4UB5 A; 2F1H A; 5KFZ A; 3SI8 A; 5KL1 B; 2BGW A; 3CP8 A; 4YR2 A; 4DFM A; 7ICU A; 5CR0 A; 4RZR A; 3ZDA A; 4J9Q A; 1VDV A; 2GLE A; 4ED7 A; 1ZXI A; 4NLN A; 1N61 A; 2ZUC A; 5DQH A; 2HCF A; 5DDY A; 2ZXH A; 4KLT A; 2Y1J A; 3HRD D; 2IOF A; 4NLC A; 2EQY A; 1L7N A; 4DF4 A; 4I2G A; 4IC9 A; 5EE3 A; 3N97 B; 2QAR A; 5IIJ A; 5AM5 A; 5KFA A; 3UXP A; 1ZQA A; 2HI0 A; 4ECY A; 3EPG A; 9ICS A; 5EWG A; 4C8O A; 2Y9T A; 5AM0 A; 4IQW A; 7ICO A; 4TUS A; 1KRP A; 4IS7 A; 1KL9 A; 3SEN A; 1S10 A; 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5G5G A; 1QSY A; 1A6S A; 3SZ2 A; 5DLF A; 5AKG A; 2AQ0 A; 3WKC A; 4UAS A; 4IRD A; 3FDS A; 3FC4 A; 4F5P A; 1HIW A; 3KKA C; 4RQ1 A; 4DQR A; 1UHU A; 4USA A; 5AI4 A; 5D49 A; 3QEA Z; 3NVY A; 1TFR A; 3M6K A; 3GIL A; 3ALR A; 1KTQ A; 3SV4 A; 1RG6 A; 5J2I A; 4FZM A; 1ZJN A; 5DBC A; 3Q8P B; 2KE7 A; 3NVW A; 2JR5 A; 1UT8 A; 4U7C A; 4I2H A; 2DKX A; 2KMD A; 1XO0 A; 2K8A A; 2IOH A; 1Z4N A; 2Y0S F; 4B9V A; 4UB2 A; 3F2C A; 5JU5 A; 5HR6 A; 5AKK A; 3MR5 A; 5AM2 A; 2LM1 A; 3PST A; 5KFO A; 3UXO A; 2EAP A; 4KX3 A; 1NK8 A; 2R18 A; 1QH9 A; 5JUM A; 4QNL A; 4CNQ A; 1ZET A; 1B4F A; 2AQ4 A; 5CB1 A; 1EXN A; 5HP4 A; 1L3U A; 5AIA A; 4JB3 A; 3C29 A; 3EYZ A; 2VKQ A; 5KNI A; 2Y1I A; 4C8N A; 2KHV A; 2EZY A; 8ICX A; 4UAT A; 1X9S A; 2KIW A; 5ALX A; 3AUO A; 4NM1 A; 1QCK A; 3KZX A; 2FJ6 A; 5KT5 A; 3EPI A; 8ICT A; 3UMB A; 2DPJ A; 4JV2 A; 1Z00 A; 1X9X A; 4DL7 A; 2W8K A; 1ZQH A; 4LZG A; 1NI3 A; 1N2X A; 3M1Y A; 2NRX A; 3V7J A; 2NO4 A; 7ICS A; 2XIC A; 3N28 A; 4YN4 A; 3L4P A; 3B9J A; 4K4G A; 4KMO B; 4ED3 A; 3IHQ B; 4Q8E A; 3QNM A; 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