The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
80
|
structure length |
80
|
Chain Sequence |
b'ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ubiquitin
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Protein binding
|
| total genus |
16
|
| structure length |
80
|
| sequence length |
80
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K89 A; 3PSP A; 2K8A A; 2K8C B; 3L3F X; 2K8B B; 3PST A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2W11 A; 3HPO A; 1RQL A; 1TAQ A; 5AKE A; 2RQ5 A; 5BOL A; 1ZQQ A; 1KRP A; 4F4W A; 2WTF A; 1TKD A; 2ZXI A; 1U4B A; 2ZUC A; 1KBU A; 5HHI A; 3V6H A; 2LM4 A; 4GXJ A; 4O3N A; 3BS5 B; 2LI6 A; 3PX0 A; 1SWW A; 1MC8 A; 3ED5 A; 7ICS A; 1N60 A; 2JH7 A; 4ECQ A; 8ICV A; 3NS1 A; 4DCC A; 2JHD A; 2PXI A; 8ICG A; 2E8N A; 2HCF A; 2FI1 A; 4EBC A; 3FYH A; 3NRW A; 3PO4 A; 1ZQW A; 2C2E A; 3FM9 A; 3HP6 A; 4B9N A; 2ASD A; 2DBY A; 1X6I A; 2H3F A; 2WF7 A; 3MDC A; 5J29 A; 5KFU A; 4O9M A; 3PSP A; 2VAN A; 3NTU A; 4B9V A; 1TVA A; 1NKC A; 1ZQO A; 4DL5 A; 3MC1 A; 2HSZ A; 4C4T A; 2BDP A; 2BKE A; 2LYB A; 1MQ2 A; 1CI4 A; 1NZP A; 1A77 A; 2ODG A; 4UBB A; 5TIS U; 4RUA A; 2E8M A; 5GTH U; 8ICT A; 1NK5 A; 3G6Y A; 3RB4 A; 2J6S A; 1N61 A; 3KZX A; 1JX4 A; 5K4L A; 2ZTD A; 4EZ9 A; 4TUS A; 3B0X A; 4PHP A; 4C8O A; 4BWJ A; 2YN4 A; 3QUT A; 3DDH A; 4HYK A; 4YR2 A; 2I5H A; 1UA0 A; 3UPQ A; 8ICZ A; 3RH4 A; 4YMO A; 1NK9 A; 3OTQ A; 2XIC A; 2MUT B; 2IA6 A; 2JEF A; 5ALZ A; 4YCX A; 5IIK A; 4O3O A; 4Y2Y A; 1XC9 A; 4EX7 A; 4DL7 A; 2R8K A; 2E3T A; 4OJ5 A; 2J6T A; 3GIL A; 3EUB 2; 4DL2 A; 5KFV A; 3IM1 A; 3N97 B; 4R8U B; 3GIK A; 4QWC A; 1VDV A; 2GLE A; 4QZA A; 4ZH4 A; 5DB9 A; 1HUO A; 2ZIV B; 1IV8 A; 4DL6 A; 5AIB A; 2C2R A; 1KSP A; 1L8L A; 2KFZ A; 9ICP A; 2GWS A; 2LBO A; 5KFJ A; 3PNC A; 7ICK A; 8ICC A; 1IIP A; 2JH1 A; 3F53 A; 4YVZ A; 1ZQK A; 4KLG A; 4RNO A; 3LWL A; 2F44 A; 4I2E A; 2HVI A; 8ICR A; 3ZDA A; 3RB0 A; 3JPT A; 2Y9U A; 5KT3 A; 3QNM A; 2DL0 A; 2WFA A; 2NRV A; 3B0Y A; 2EQY A; 1SV4 A; 4DL3 A; 5KFD A; 1RXW A; 2OH2 A; 1NOM A; 3ZDB A; 1QSS A; 3PW2 A; 4OJ6 A; 3F2D A; 2ISO A; 5KFK A; 5DKW A; 2ISP A; 1WUD A; 3C1Y A; 5KFM A; 1T8E A; 5AIC A; 2HHQ A; 3WKA A; 2F1H A; 4UAV A; 2BQU A; 2Y0S F; 1HEK A; 4DSL A; 1ZQS A; 1ZQC A; 1T4G A; 1X42 A; 4F5N A; 2W8K A; 1ZJN A; 2FMS A; 2DPJ A; 5CRX A; 3ISD A; 2VA2 A; 3HX0 A; 4UB1 A; 1X2I A; 4FZN A; 2KG5 A; 2EAP A; 2KHQ A; 2JGA A; 4Y2T A; 4QZC A; 8ICP A; 3IHQ B; 4I2C A; 4RPY A; 5AM1 A; 8ICS A; 1V85 A; 5EE1 A; 4ECX A; 5KG2 A; 4P0Q B; 4JV2 A; 4EX6 A; 2P6R A; 4P0P A; 4CF4 A; 5AI9 A; 5KAI U; 2NV3 A; 1U45 A; 5DBC A; 3H0L B; 3GDX A; 3QX7 A; 5KFN A; 2KE7 A; 3GIM A; 4ECR A; 4FFD A; 4F4Z A; 4UB3 A; 2KFN A; 3GFK B; 1MN8 A; 2GO7 A; 4MF2 A; 2G08 A; 7ICG A; 4PHA A; 1L6N A; 2F2A B; 3H0M B; 1T7P A; 3RR7 A; 2V4Q A; 3LK9 A; 3ORY A; 9ICG A; 2YY6 A; 4ED2 A; 4P2H A; 1ZQB A; 5ALJ A; 2XCP A; 9ICO A; 5D4B A; 2OYY A; 1V97 A; 3J81 j; 9ICQ A; 8ICL A; 2AHO B; 1ZQJ A; 3NGD A; 1N48 A; 4ELU A; 4M9G A; 2PKE A; 5AI4 A; 4ECT A; 4DFK A; 3M6K A; 2EAN A; 2IHM A; 3QU7 A; 3PW5 A; 5ALD A; 5D49 A; 4DOC A; 3T5L A; 3UMG A; 5ALQ A; 2KJ8 A; 2JR5 A; 5DBB A; 4NXZ A; 4US8 A; 2RRD A; 4F8R A; 2HBL A; 7ICI A; 2UVV A; 2NYV A; 5III A; 1ZQZ A; 5DG9 A; 1SB3 C; 2NRT A; 1EXN A; 3NRZ A; 4US9 A; 2PFO A; 3VCB A; 2FE9 A; 3BJY A; 1TV9 A; 2DF4 B; 2E8P A; 3RRG A; 4B9L A; 5L1M A; 3CRX A; 4F4X A; 3T3F A; 2IBK A; 9ICI A; 1QCK A; 2YB1 A; 5IIJ A; 3EPG A; 4YFK A; 5KT7 A; 3D2Q A; 2WF9 A; 5KG6 A; 3QZ7 A; 4F4Y A; 3RH5 A; 1NKE A; 4YD2 A; 1A6S A; 4ECW A; 4YXJ A; 4F4K A; 2YTU A; 3AM9 A; 4YG2 A; 4OD0 A; 5ALW A; 5DGA A; 1A0P A; 3IG5 A; 1N5X A; 1SZP A; 4YD1 A; 4F71 A; 4F93 B; 4CF5 A; 2W9M A; 2A1J B; 1SL1 A; 3EYZ A; 2OHF A; 3PZP A; 2W03 A; 5AK5 A; 5J0X A; 3CP8 A; 4O5K A; 2F8K A; 4DQS A; 1DRG A; 3RJE A; 5J2I A; 1XWL A; 4O3S A; 4IS7 A; 4XUS A; 1S97 A; 4M9N A; 5L9X A; 4EEY A; 1NJZ A; 1BNP A; 8ICH A; 4F72 A; 3KBB A; 3L3F X; 4RQ1 A; 4CGZ A; 1Q3V A; 1DOQ A; 4P4P A; 2WB1 C; 4F5Q A; 4OO1 J; 8ICO A; 1ZQG A; 1ZRN A; 3WK9 A; 2B6G A; 1ZQX A; 3I28 A; 3C1Z A; 2JEJ A; 3HT3 A; 9ICR A; 2K8B B; 9ICU A; 4C8M A; 1JXL A; 4Y2V A; 1LVH A; 9ICH A; 2BPC A; 4ECZ A; 2RLT A; 4ZOH C; 2QKQ A; 3TAP A; 3BDP A; 3AU6 A; 4O3Q A; 2G09 A; 3BQT A; 3PX6 A; 5HHH A; 4J9Q A; 1B22 A; 4NY8 A; 3WU2 U; 4P0P B; 3QZ8 A; 4ED7 A; 9ICM A; 4MF8 A; 1ZD3 A; 4XQ8 A; 7ICQ A; 9ICT A; 1RDF A; 3JPS A; 2HI0 A; 3BS7 A; 2DQN B; 5AKK A; 2AH5 A; 2BCQ A; 3MFH A; 4IRD A; 1Z4O A; 4CCH A; 3RBD A; 1L7O A; 4YR0 A; 2HHW A; 3NVW A; 4QW9 A; 1FFU A; 5EE9 A; 5JU5 A; 3TAN A; 3QYP A; 3IV6 A; 1RXV A; 3GIJ A; 1DXS A; 4I28 A; 5AI6 A; 5ALF A; 4EYH B; 1X6J A; 2Y9T A; 2YML A; 1PVP A; 3PO5 A; 2ZTE A; 7ICE A; 1T94 A; 5KG0 A; 3PX4 A; 3HIL A; 3QU9 A; 1COK A; 9ICX A; 4F2R A; 4K4I A; 1XO0 A; 5AM3 A; 4LJX A; 4JWM A; 3THV A; 3MAB A; 2G5H B; 1HIW A; 5KAF U; 5L1L A; 4J9K A; 4M9J A; 4RQ2 A; 1U48 A; 5J0Q A; 4QIW C; 3NAS A; 5KFA A; 4DSJ A; 4MHV A; 4Y2P A; 1PVQ A; 3TFR A; 9ICN A; 2CN1 A; 3AU2 A; 2HW3 A; 2BPG A; 3MFI A; 2KSO A; 3E58 A; 2ZIW A; 2F77 X; 5HR7 A; 2QAR B; 4I2B A; 4XA5 A; 1U9L A; 1SIJ A; 8ICJ A; 5J8Y A; 3RB6 A; 3SD7 A; 1OW5 A; 1N2X A; 1ZQU A; 4KLU A; 4KMO B; 1JMS A; 3OSN A; 1Z1V A; 3EPI A; 1DK3 A; 3IP4 B; 5ALE A; 3KFU F; 5AI5 A; 2R8H A; 4LVS A; 8ICE A; 3MDA A; 5AKX A; 5KT2 A; 2FLL A; 3FDS A; 2ZXH A; 5KFO A; 4DLE A; 1ZQP A; 2PI5 A; 2ZUB A; 1TE2 A; 4GXI A; 5DGB A; 4FS1 A; 4M47 A; 4YMM A; 4F91 B; 2ES6 A; 2ZIU B; 4NV0 A; 1ZYQ A; 4KLJ A; 9ICC A; 1WYG A; 4IRK A; 2WAQ C; 3C2L A; 5DG7 A; 3MGI A; 2JV3 A; 4RQ0 A; 5C0Y A; 4ICA A; 2BGW A; 3IN5 A; 4Y2J A; 1S0M A; 5KFZ A; 4C8N A; 3RBE A; 1D9D A; 3KD3 A; 2JRZ A; 2BQR A; 3WK4 A; 2K4E A; 3PY8 A; 4YMN A; 3JPP A; 1ZJM A; 2FPM A; 3L5K A; 4BX9 C; 2F3N A; 1ZQY A; 2W9C A; 4CNQ A; 3QUC A; 5F9N A; 2HHU A; 2ZTC A; 1ZD5 A; 4UAW A; 2VJ4 A; 3S6J A; 5ALI A; 2AJQ A; 3HKZ F; 2W9B A; 7ICV A; 4M04 A; 2V9W A; 2EAO A; 2HDO A; 5AKY A; 4NLG A; 2BCR A; 4M6W B; 5J2B A; 2MU2 A; 1D8B A; 4C7Y A; 5DDY A; 2ZIX A; 4KX3 A; 5BPC A; 3OJS A; 3M9M B; 1F5S A; 3GZF A; 4KLF A; 1X9M A; 4RQ5 A; 2VA8 A; 3KHR A; 1X9W A; 7ICM A; 4MFF A; 2W8L A; 1Z19 A; 5DLF A; 2B0C A; 3UQ2 A; 5L1K A; 4USA A; 4DSI A; 2DUY A; 3AEV A; 2E8O A; 4IQT A; 5EWG A; 3TAQ A; 3C23 A; 2EZX A; 2IOH A; 3H4B A; 1UPH A; 4RT3 A; 4IQW A; 8ICK A; 2H3I A; 3T79 A; 1KN5 A; 2A1A A; 3T5J A; 4F5P A; 3Q8K A; 3FC4 A; 1BPD A; 1XSN A; 4NL9 A; 1NK8 A; 1KFD A; 1LB2 B; 1PZN A; 2XY7 A; 3PSI A; 1NI3 A; 4RZR A; 4P4O A; 4IR9 A; 2O6K A; 4O3M A; 1L5U A; 1SV0 C; 4UAR A; 2MA1 A; 4FZL A; 2OCE A; 5ALP A; 2YMM A; 4QWA A; 2ZJA A; 5KT5 A; 3M7D A; 2RHF A; 1MQ3 A; 3TKA A; 3JPR A; 2HHS A; 3AL0 B; 3A0H U; 2DKZ A; 5ALV A; 3WK5 A; 4C7Z A; 2E1E A; 3V7K A; 2KKV A; 4PJ0 U; 3WK7 A; 2FMQ A; 4DS5 A; 3UMB A; 4PZO A; 2KIW A; 1DGS A; 2KJ9 A; 2QB0 A; 2W43 A; 4Z6D A; 4Q45 A; 4JMU A; 3GV5 B; 1BPE A; 2KK0 A; 3M9O B; 4DQP A; 1CRX A; 1WCL A; 3KOO A; 2ALZ A; 2M9N A; 1T3N A; 3JPO A; 1UCV A; 2EDU A; 3QE9 Y; 9ICF A; 2W3S A; 3PST A; 1RQN A; 2HHX A; 3BQ0 A; 3IRU A; 4RNM A; 3KHG A; 1YZ6 A; 8ICI A; 2KSO B; 4UB8 U; 1S0N A; 2ZIW B; 1ZQL A; 5AM4 A; 1COO A; 2JXJ A; 2AQ4 A; 1OXJ A; 2HHT A; 2Y1I A; 5T14 A; 3V7J A; 2FJ6 A; 3TFS A; 5AKJ A; 1PVR A; 2VA3 A; 1WCN A; 3SR6 A; 4C4R A; 4ED3 A; 5ALX A; 4DO9 A; 2E5S A; 4QZI A; 4PGY A; 2R8I A; 3PSF A; 1XSP A; 2KEY A; 4QZF A; 5A0L A; 1QLN A; 5KFF A; 3SAF A; 2FLP A; 1KTQ A; 5J0S A; 1H38 A; 1RPL A; 5ALO A; 4DOA A; 3RJI A; 1UT5 A; 5J0Y A; 1N56 A; 9ICS A; 4EEN A; 4DQI A; 2N1R A; 2GH1 A; 5G5H A; 4GFJ A; 4KN4 A; 1J2N A; 4M0A A; 1IXR A; 1ZQN A; 2W3R A; 3GQC A; 2ZUD A; 3ISB A; 4YQW A; 1NK7 A; 4JV1 A; 3FAH A; 2R8G A; 1LKY A; 5KFC A; 5ALK A; 4PL1 A; 4RQN A; 2C2D A; 4KX5 A; 4O3P A; 5KFT A; 2EAM A; 3WK6 A; 5DB8 A; 1Q8K A; 5G5G A; 2K60 A; 2BR0 A; 1XSL A; 4R65 A; 2FMP A; 2W9C B; 2OWO A; 1AQ6 A; 3T5K A; 4DEZ A; 3M1Y A; 3A0B U; 2RDJ A; 2Y0S C; 5DLG A; 2BCU A; 3SAH A; 4DSE A; 4ECV A; 4O5C A; 5AHX A; 3RJG A; 2V4R A; 1XNS A; 2BQ3 A; 2KP7 A; 2R18 A; 5KFI A; 5ALT A; 3R9K A; 3K4G A; 4QZG A; 5KFL A; 1JRO A; 1ZD4 A; 4KLI A; 1KEJ A; 2K4H A; 3HRD D; 4Y2X A; 5C5J A; 1ZQA A; 5F9L A; 2UVW A; 3RJJ A; 2IOF A; 3WKD A; 1RM6 C; 5KFB A; 8ICY A; 3C5F A; 4KN7 A; 4DOB A; 1KKX A; 3QXG A; 3F2B A; 3ZDC A; 4UAZ A; 1M6Y A; 3M9N B; 4IC9 A; 3BZC A; 4EYI B; 2LYH A; 4U6P A; 1L3V A; 5KL8 B; 1JAL A; 4Z6C A; 5KNI A; 2JZB A; 2BPF A; 2YMP A; 3PV8 A; 4KLD A; 4DWI A; 2K8A A; 1LV5 A; 4R64 A; 2YMQ A; 2KTQ A; 3K1Z A; 4BDP A; 2YX8 A; 5JRT A; 2FDR A; 2NRW A; 3H8J A; 9ICB A; 2LMR A; 4MFC A; 3M8S A; 2A19 A; 4Z6F A; 5AKI A; 4X5V A; 3QUQ A; 4R63 A; 1BPX A; 3RAQ A; 2KN7 A; 4QWD A; 1URJ A; 3SEN A; 3KKA C; 3TI0 A; 3UXO A; 4EEL A; 1D8Y A; 4IL6 U; 7ICN A; 4BXO A; 3H0R B; 2P6U A; 4C8L A; 2W04 A; 2NRZ A; 4JK1 A; 2PMZ F; 5KG1 A; 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4KLQ A; 5J0P A; 5AKL A; 5E79 U; 2BCV A; 1KLN A; 1L3U A; 1NK4 A; 2VIX A; 3LYS A; 3BQ2 A; 3C2K A; 3F5E A; 2LYA A; 3GU3 A; 3MBY A; 4YR3 A; 4DSK A; 3PW4 A; 1D8L A; 5L1J A; 5HR6 A; 2XVT A; 3N4M B; 4Y2Q A; 2KZZ A; 3LVV A; 3KZI U; 2XGP A; 2MUT A; 3RR8 A; 5J2E A; 4B9T A; 3RFA A; 4IRC A; 2G0A A; 4J03 A; 3ONN A; 5J0R A; 1SXE A; 4TQS A; 1RYS A; 4DFD A; 2JZB B; 5CJ7 A; 1TK8 A; 5TZV A; 2KZM A; 4QZE A; 5B5E U; 4KMU A; 9ICL A; 2XY5 A; 4F3O A; 4I2I A; 2HMX A; 3M6Z A; 5F3X B; 3C21 A; 2HBJ A; 4LZD A; 2LKY A; 2KKP A; 5KL1 B; 1VLB A; 3Q8P B; 1QQ6 A; 5H2F U; 2DKX A; 2K89 A; 1SKS A; 1BVS A; 3MR2 A; 4O0I A; 4OJL A; 2NRX A; 4XRH A; 3NUQ A; 1YT3 A; 2H3V A; 5AK6 A; 3O0F A; 2R8J A; 3MGH A; 3QU4 A; 3V6K A; 1IM4 A; 3Q8S B; 1Z1B A; 1PK3 A; 2PI4 A; 2KVC A; 5DQG A; 4RUC A; 4QZ9 A; 9ICW A; 3N7S C; 4NLN A; 4RQ4 A; 3AUO A; 1MA7 A; 5HMM A; 1NJX A; 1L7M A; 7ICP A; 3T5H A; 4RPZ A; 4UAU A; 2F1J A; 2W55 A; 1BPB A; 2OM6 A; 4UAT A; 4NWI A; 5D46 A; 1Z4N A; 3OGU A; 1Z00 B; 2G07 A; 1QH9 A; 4J9P A; 3OJU A; 3F2C A; 3NVZ A; 2AGP A; 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