The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
80
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structure length |
80
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Chain Sequence |
ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ubiquitin
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| total genus |
16
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| structure length |
80
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| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K89 A; 3PST A; 2K8A A; 2K8B B; 2K8C B; 3L3F X; 3PSP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AQE A; 4KMO B; 2PI5 A; 5J0W A; 2KTQ A; 1U4B A; 3WKD A; 3RAQ A; 4M9L A; 3HX0 A; 5AIB A; 1NKE A; 3Q8P B; 2F77 X; 3ICX A; 5J8Y C; 1ZJM A; 2EAO A; 3BZC A; 4P4O A; 4M6W A; 2KSO B; 2FMQ A; 3OTQ A; 3MFH A; 2FLP A; 2LI6 A; 2R8H A; 5ALQ A; 1ZQI A; 1N2X A; 1FIQ A; 2KE7 A; 3QU4 A; 5F9N A; 2R18 A; 1RXW A; 4A8E A; 2KKV A; 4MEX A; 3V7J A; 2W7O A; 1DGS A; 5DBB A; 2I5H A; 3TFR A; 4C4S A; 3C2M A; 4B6J A; 1DOQ A; 3RAX A; 5B66 U; 5KG7 A; 3IHQ B; 1NKB A; 2BDU A; 2KHV A; 4DO9 A; 3F2D A; 3QXG A; 4MFF A; 5IIK A; 3JPS A; 5KFB A; 2KD1 A; 3MGH A; 2QKQ A; 2C2R A; 1J2M A; 5ALF A; 4Y2U A; 1UCV A; 3PY8 A; 1PZN A; 5KAF U; 4KX5 A; 5DGA A; 2KIW A; 5DB8 A; 5ALT A; 4JWM A; 4RQ6 A; 4DL3 A; 2CXY A; 4I2E A; 1BPB A; 5J0P A; 2BQR A; 4F91 B; 1BNP A; 5AK5 A; 2CPR A; 1F0M A; 4ED8 A; 4B9V A; 3K1R B; 3PMN A; 1NK8 A; 3WK9 A; 4TQS A; 3RJF A; 1Z4N A; 3RB4 A; 1S0M A; 3Q8K A; 3RF9 A; 1ZD2 P; 2FJ6 A; 1D9F A; 4ECS A; 2B6G A; 1PVQ A; 3GV7 B; 2PXI A; 4JV1 A; 5KFE A; 2WHE A; 4DQS A; 3RJI A; 3RH4 A; 1ZQT A; 3V7K A; 5J0R A; 1Z1B A; 3LDA A; 5FP0 A; 2ZTC A; 5KFR A; 4OJO A; 4UB6 U; 3HP6 A; 2ISO A; 2HHV A; 2OYY A; 1TAQ A; 1DK3 A; 2HDO A; 1BPX A; 3SAH A; 3PSP A; 4BDP A; 2GWS A; 5KFS A; 1KDH A; 4QZD A; 2H3F A; 1WG8 A; 3EPG A; 1F5S A; 9ICQ A; 1T4G A; 2MRL A; 1L8L A; 9ICB A; 3C2K A; 5KG5 A; 2AGO A; 3GFK B; 3I28 A; 4ECQ A; 4EYI B; 4RQ2 A; 3JPN A; 4F8R A; 1CUK A; 1ZQG A; 1KN5 A; 4QWA A; 2VA8 A; 5KG1 A; 1P7D A; 4UAU A; 4RNM A; 4Z6F A; 5ALI A; 3CW2 C; 5ALH A; 3MR5 A; 2P35 A; 5DGB A; 4KLF A; 9ICE A; 1RG6 A; 5CRX A; 5III A; 4YCX A; 3J81 j; 2WB1 F; 2IHM A; 5ALU A; 2LYH A; 2BCU A; 1H38 A; 4AYB C; 4M9G A; 3UQ0 A; 1JRP A; 2IOF K; 5ALW A; 2NRV A; 1FFU A; 5D49 A; 4DQQ A; 4ED2 A; 1ZQK A; 3V7L A; 4F5N A; 1SKR A; 1JUD A; 2YMM A; 3Q8L A; 3A0H U; 2JEJ A; 2O6K A; 4O3S A; 3IN5 A; 2A3V A; 4F5Q A; 4UB4 A; 1KFS A; 8ICJ A; 3QU2 A; 3SI8 A; 1ZQZ A; 3TAD C; 3ZDC A; 3QUQ A; 1O03 A; 1MA7 A; 1XO0 A; 4OJ5 A; 3RJG A; 4USA A; 2ZJ8 A; 3FDS A; 5G5G A; 3NVW A; 1BPZ A; 3PX4 A; 2EAN A; 3MGV A; 3JPO A; 1BPE A; 3OGU A; 2PFQ A; 2D8C A; 2YX8 A; 2BCV A; 3NVV A; 2DL0 A; 2BGW A; 2E8O A; 1QQ5 A; 1PVR A; 3OSP A; 2OM6 A; 1LKY B; 5DBA A; 2QLT A; 1U49 A; 4Y2J A; 3QZ7 A; 1TVA A; 2XC9 A; 5ALX A; 3E2E A; 1C20 A; 4M6W B; 3C23 A; 4U6P A; 2JEF A; 2GH1 A; 2KIC A; 3NRZ A; 4PHE A; 4C8K A; 2KZZ A; 4C7Z A; 3IG8 A; 2KHQ A; 5D4B A; 1QH9 A; 4AYB F; 1N63 A; 1MQ2 A; 4F3O A; 2HW3 A; 1ZQA A; 2HMX A; 3HWT A; 5KFC A; 2EDU A; 7ICE A; 4EEN A; 1NZP A; 1TK5 A; 5IIJ A; 4BXO A; 5J29 A; 4JV0 A; 2YY6 A; 2ZIW A; 3HT3 A; 2L5Y A; 3N7R C; 3T5H A; 3L4P A; 1XC9 A; 4CRX A; 2G09 A; 2HHW A; 2NRX A; 2FPK A; 1NJY A; 4EBC A; 3N28 A; 1ZQF A; 3V6H A; 5J2D A; 1NJW A; 4IR1 A; 1N48 A; 4YN4 A; 3M6Z A; 4RNO A; 2K4P A; 4O5C A; 5ALP A; 5HHI A; 7ICJ A; 4Y2R A; 2JZB B; 3EYZ A; 4CCH A; 1ZD3 A; 1IM4 A; 4B9S A; 3WK7 A; 5KFN A; 3VCB A; 4DEZ A; 1Q3U A; 2EZY A; 4QZ9 A; 3PO5 A; 4R8U A; 4ACO A; 3RR7 A; 9ICS A; 3F2B A; 2E3T A; 4YD2 A; 4ECX A; 2AGP A; 4IRK A; 4J9Q A; 1B43 A; 3GQC A; 1LV5 A; 3BJY A; 5DG9 A; 2PI4 A; 5KFM A; 4FZN A; 3LVV A; 5DDY A; 2JRZ A; 9ICI A; 3B0X A; 4P0Q B; 5AI4 A; 3UMG A; 4YR2 A; 1ZJN A; 4KLO A; 2RP5 A; 1NKC A; 1HIW A; 2YMP A; 8ICV A; 4K4G A; 5DDM A; 1SL2 A; 5EWF A; 1L5U A; 4QZA A; 2MAX A; 2W7P A; 4Z6E A; 2W9B A; 2RDI A; 3IRU A; 3EZ5 A; 4UAZ A; 4KLI A; 3WU2 U; 3EW9 A; 1D8B A; 5AKL A; 1MC8 A; 4M9J A; 4KLU A; 5J2F A; 2JMG A; 2BCR A; 2KZ3 A; 3IM1 A; 4PJ0 U; 2ESE A; 5J0Q A; 3G6V A; 5BOM A; 4MHV A; 1SV4 A; 1T8E A; 3PST A; 2LPE A; 2W11 A; 1QSS A; 4QZ8 A; 3AMZ A; 4PH5 A; 3GIK A; 1WCN A; 5HNK A; 3DEE A; 5AKH A; 4QWE A; 3H8J A; 1ED1 A; 1KW4 A; 1Z4O A; 1L7O A; 2KN7 A; 2R8I A; 5J2C A; 3PR5 B; 3CYM A; 3VC8 A; 1PUZ A; 1QSY A; 1TAU A; 4ZH4 A; 1ZYQ A; 2D6F C; 1CRX A; 2E5S A; 5DKW A; 5HHH A; 3QE9 Y; 5EWG A; 1B0X A; 3MDA A; 5IIN A; 2A1J A; 1RYU A; 2M0N A; 3WKE A; 1B4F A; 4C8M A; 4PGX A; 3PVX A; 3AN1 A; 2YTU A; 4P0P A; 2W3S A; 3RJH A; 2HBM A; 2ES6 A; 3QU7 A; 3TAR A; 3AUO A; 4DF8 A; 5HP4 A; 1WWU A; 3N7S C; 4BWM A; 5AKI A; 3WKA A; 3RR8 A; 1UPH A; 3BS7 A; 4DF4 A; 8ICU A; 2FMP A; 3C29 A; 4US9 A; 2M9N A; 2J6S A; 3K4G A; 5L1L A; 1UA0 A; 1SV0 A; 4DS5 A; 5KFH A; 5J0U A; 1UT5 A; 2W54 A; 1JAL A; 3RH6 A; 1S10 A; 2BKE A; 4I2D A; 3QNM A; 4CF5 A; 1L7N A; 5ALO A; 1SXD A; 5AKE A; 1OW5 A; 1U47 A; 3ZI4 A; 5KFV A; 3AL0 B; 2HBL A; 5KG6 A; 5J0S A; 4IRC A; 4NJ8 A; 4DFP A; 2W04 A; 5DLF A; 2F76 X; 2K4H A; 1NK5 A; 3PW4 A; 3F5A A; 4I27 A; 3FM9 A; 1X66 A; 4EEK A; 3UXO A; 3NUQ A; 4UAY A; 1N61 A; 3RJK A; 1JXL A; 4BXO B; 2B21 A; 4MF8 A; 1ZQN A; 2PMZ C; 3SEN A; 2ZIW B; 2DF4 B; 1ZQX A; 4K4H A; 4J9S A; 3H8W A; 2JXJ A; 4BGD A; 2ZIU A; 1A77 A; 3BQT A; 4U7C A; 1ZET A; 3K75 D; 4KLT A; 4UAW A; 3H4D A; 4ECV A; 2HHS A; 4MFC A; 4DQP A; 4I2C A; 2W9C A; 4FS2 A; 7ICL A; 1TAM A; 4YXM A; 2E1E A; 3LWM A; 4YMN A; 2NV3 A; 5AKJ A; 5CA7 A; 2H3I A; 3QEB Z; 2ZTD A; 4FBU A; 1SWW A; 4DOB A; 5AK6 A; 3ISB A; 1X6I A; 2ZIX A; 2J6T A; 3PO4 A; 5HMM A; 1D8L A; 5ALV A; 4R8U B; 1U9L A; 3PR4 A; 4YD1 A; 4B9N A; 5C5J A; 5ALJ A; 1ZQM A; 2BZF A; 1ZXI A; 5EE1 A; 3C28 A; 4NXZ A; 2NO5 A; 5KFZ A; 1DGJ A; 1N60 A; 5HR6 A; 2DUY A; 4RPZ A; 2FDR A; 2XVT A; 4QIW C; 4JK1 A; 5AM4 A; 1COK A; 1SGG A; 4HYK A; 3BQ7 A; 4NY8 A; 2F8L A; 3RRG A; 3MAB A; 2PMZ F; 2FE9 A; 4MFA A; 2BCQ A; 3ISD A; 5AKK A; 7ICV A; 2XGQ A; 2W9B B; 1XSN A; 2MUT A; 2VJ4 A; 4Q8F A; 4FO6 A; 3OHB A; 2QB0 A; 2GOL A; 3DV9 A; 4GFJ A; 1HUO A; 2EZZ A; 4Y2Q A; 1OXJ A; 1V97 A; 4O3M A; 1XU4 A; 4RT3 A; 4YMO A; 4PL2 A; 3UMC A; 4IRD A; 9ICM A; 3HPO A; 1ZQS A; 3KZI U; 1BGX T; 2E8P A; 8ICR A; 4ED1 A; 2YQE A; 2BQ3 A; 4QZF A; 3C1Y A; 3RTV A; 2BPF A; 3FC4 A; 1N62 A; 3ALR A; 1PVP A; 3C5F A; 2JZB A; 7ICH A; 2DBY A; 2HOF A; 5A0L A; 4ECU A; 2A1J B; 2WB1 C; 5KFI A; 2IMW P; 4ELU A; 5KFY A; 5AM2 A; 4M47 A; 2H5X A; 3U26 A; 5IIO A; 2UVR A; 3IDW A; 1KQQ A; 4P0P B; 5DB6 A; 3PX0 A; 4QIW F; 1V85 A; 4DQI A; 1NI3 A; 3KOO A; 2XY7 A; 1SKW A; 2NRZ A; 4CDG A; 4RZR A; 1J2N A; 3QUT A; 4Q45 A; 2K8B B; 3SD7 A; 3M9N B; 1RQL A; 1X40 A; 1TKD A; 2WF6 A; 4P0Q A; 3MR3 A; 3G6X A; 2MA1 A; 2RLT A; 7ICS A; 3H0M B; 2A19 A; 4ZOH C; 3V6K A; 4F2S A; 1D9D A; 1SKS A; 3T5J A; 4DQR A; 1RXV A; 3ZDE A; 2KVS A; 4O3Q A; 2BPC A; 4DOC A; 1JRO A; 2VAN A; 2C2E A; 4DSJ A; 2RQ5 A; 3NTU A; 2OXO A; 4I2I A; 4UAS A; 4EZ6 A; 5L1K A; 4NV0 A; 2K89 A; 1A76 A; 3LYS A; 2F1I A; 5J2B A; 9ICJ A; 1S97 A; 3AEV A; 5KFW A; 4EEL A; 2F44 A; 3DDH A; 8ICW A; 2KEY A; 1A6S A; 2DWQ A; 1SB3 C; 4ECW A; 1S0V A; 3HKZ C; 1V38 A; 5ALM A; 3WK8 A; 1ZQD A; 3SAF A; 1T3N A; 3QUC A; 2HBJ A; 2ZIU B; 4RQ8 A; 3PW7 A; 3F5E A; 5AI9 A; 2AU0 A; 4AP9 A; 1ZD4 A; 9ICX A; 4J9O A; 2W9C B; 2G06 A; 3OJS A; 1B22 A; 5KFK A; 3PW0 A; 4ECR A; 5J2K A; 3IV6 A; 4J9L A; 4NM1 A; 4KTQ A; 2G0A A; 2F1H A; 4RT2 A; 1NZB A; 1QSL A; 4GXJ A; 4F72 A; 1AQ6 A; 4OJP A; 2ZIX B; 3SZ2 A; 1YZ6 A; 2UVV A; 4QWC A; 4KLS A; 4LZD A; 2ZG6 A; 7ICQ A; 1LB2 B; 4QW8 A; 2ZIV A; 2I9G A; 2AHO B; 4PL1 A; 2WTF A; 3C21 A; 4J9P A; 1ZQU A; 4RNN A; 3T5L A; 1QQ6 A; 4I2A A; 3GIL A; 2YML A; 3GII A; 1MSW D; 4JMU A; 2DQN B; 4OJL A; 3RBD A; 3FYH A; 8ICO A; 4Q44 A; 2KOB A; 2LHT A; 1L3T A; 1CEZ A; 3C5G A; 2LM1 A; 4DFD A; 4GXI A; 1L8O A; 5DB9 A; 3KFU F; 1VJ5 A; 2KNJ A; 1EXN A; 5CHG A; 3UMB A; 3B0Y A; 4KLG A; 1N5W A; 1C7Y A; 3V6J A; 2AQ0 A; 2LBO A; 3HKZ F; 2RHF A; 5AM5 A; 1UT8 A; 2MUT B; 2XY6 A; 4O3P A; 8ICB A; 2QB0 B; 1NK4 A; 4DFM A; 3B9J A; 1XNS A; 4I29 A; 2UVU A; 3KBB A; 1WYG A; 2LYB A; 3UXP A; 2ZTE A; 1V9P A; 4Z6C A; 1QQ7 A; 4UB2 A; 2K60 A; 2YMQ A; 4P4P A; 8ICM A; 2JR5 A; 3ISC A; 3HRD D; 3D6J A; 2HCF A; 3M7D A; 5CP2 A; 3QZ8 A; 2IA6 A; 4F50 A; 3CNH A; 3PSI A; 4Q43 A; 1VDV A; 2QAR A; 5JRT A; 9ICV A; 2K4I A; 4F4Y A; 2B0C A; 2RRD A; 4YR0 A; 1NK7 A; 5T14 A; 9ICH A; 1ZQL A; 4BX9 C; 2JV3 A; 5L9X A; 4CGZ A; 4CF3 A; 3JPQ A; 4C7Y A; 4WJ3 B; 2P6U A; 2BDP A; 4DSF A; 1K1S A; 4KN4 A; 4YG2 A; 7ICK A; 3GZF A; 1X9W A; 8ICY A; 1A0P A; 3D2N A; 2GO7 A; 5J2H A; 1DK2 A; 1SL0 A; 5KFA A; 3BS5 A; 2NO4 A; 3MR2 A; 1XO1 A; 2H3Q A; 5ALN A; 4OO1 J; 1UHU A; 2KK0 A; 5DQH A; 3KKA A; 3OJU A; 3RJE A; 3MDC A; 2NRT A; 4KX3 A; 3SQI A; 4M0A A; 1TK0 A; 1ZQ1 C; 2ZJ5 A; 5IIL A; 1L3V A; 5F9L A; 3KHH A; 5DBC A; 1NJX A; 9ICN A; 5CB1 A; 4CF4 A; 5KT7 A; 4J9R A; 5ALZ A; 1KFD A; 2KJ9 A; 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2H3Z A; 4I28 A; 3ZDB A; 1BNO A; 2JEG A; 2HHU A; 2W8K A; 4RQM A; 4I2H A; 2Y1J A; 8ICF A; 2K4E A; 1XS9 D; 4KIT B; 3AM9 A; 4YXJ A; 5DQG A; 3BDP A; 3AQF A; 4XQ8 A; 1NK6 A; 3K1Z A; 2EZX A; 3LWL A; 2VIX A; 3L5K A; 5JTI A; 1Z00 B; 2F3N A; 3MFI A; 4UB5 A; 4BUG A; 2FPL A; 7ICT A; 4RQ3 A; 4HAI A; 9ICR A; 2ZUC A; 4RQN A; 1BPY A; 4J9M A; 1ZQC A; 5BOL A; 1N56 A; 2H3V A; 2YN4 A; 3H8S A; 4ECZ A; 2EAM A; 3TAC B; 2XO7 A; 2AQ4 A; 1X9X A; 4RUA A; 2G5I B; 2QAR B; 1T7P A; 4NLK A; 4DCC A; 2WAQ F; 3GV5 B; 4RQ7 A; 8ICC A; 1S8O A; 2KMD A; 2XY5 A; 4EX6 A; 1IV8 A; 1YZ7 A; 4XA5 A; 2FMS A; 1S76 D; 3OPX A; 5CEH A; 2FPM A; 5KT4 A; 3KD3 A; 1X6J A; 1DXS A; 3CRX A; 1D8Y A; 3WK6 A; 2CN1 A; 2Y0S C; 3OSN A; 2HHT A; 4YP3 A; 4KLM A; 4GC7 A; 1ZQV A; 3H7I A; 3A0B U; 4IC9 A; 4QWB A; 1LVH A; 3SV4 A; 3GIJ A; 2JEI A; 8ICZ A; 3BS5 B; 2XGP A; 3IG5 A; 2F1J A; 2I1Q A; 3PSF A; 3GDX A; 2D3D A; 2Y9T A; 1O08 A; 5H2F U; 2V4R A; 2F2A B; 4RPY A; 3ONN A; 3M1Y A; 2PFO A; 3H8M A; 9ICK A; 1RYS A; 4PZN A; 5ALK A; 4P4M A; 2VJ5 A; 3I76 A; 1UQV A; 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