The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
80
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structure length |
80
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Chain Sequence |
ANQQTSGKVLYEGKEFDYVFSIDVNEGGPSYKLPYNTSDDPWLTAYNFLQKNDLNPMFLDQVAKFIIDNTKGQMLGLGNP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
Ubiquitin
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| publication title |
Structural Basis for Ubiquitin Recognition by a Novel Domain from Human Phospholipase A2-activating Protein.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
16
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| structure length |
80
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| sequence length |
80
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-09-04 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PSP A; 2K8A A; 2K8B B; 2K8C B; 2K89 A; 3PST A; 3L3F X; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UQV A; 3PR5 B; 3QU5 A; 1RM6 C; 8ICI A; 3GIK A; 4FS1 A; 2H3F A; 3V7L A; 3N7R C; 2W55 A; 5KFR A; 3AEV A; 7ICO A; 3V6J A; 8ICO A; 4J9P A; 1K1Q A; 5T14 A; 1KDH A; 2A1J B; 5KG4 A; 2VAN A; 2K4E A; 1PVP A; 1QQ5 A; 5JTI A; 2MUT B; 4ZOH C; 1U45 A; 1NJW A; 4UAR A; 2H3Z A; 2W04 A; 1Z19 A; 5C5J A; 4OJO A; 1SGG A; 4UB1 A; 4C80 A; 5KG2 A; 8ICX A; 3SD7 A; 3RRH A; 2JR5 A; 5AIC A; 4YQW A; 3RB0 A; 9ICG A; 4J9N A; 3TAC B; 4QZC A; 3C1Y A; 5JUM A; 5DDY A; 2W11 A; 5CJ7 A; 5AM4 A; 2KJ9 A; 4DL5 A; 8ICL A; 4RZR A; 4NLG A; 2HHW A; 2KP7 A; 3RJF A; 2XI9 A; 2H5X A; 2BZF A; 3NAS A; 2YMP A; 2W03 A; 2ZUC A; 4ECY A; 4PHA A; 3KHG A; 2HOI A; 3ONN A; 1ZQE A; 4MF2 A; 5J2G A; 1K1S A; 3GV8 B; 1Z00 A; 2W54 A; 4QZ9 A; 2DGZ A; 4O3O A; 3LWL A; 1U48 A; 3AMZ A; 5AIA A; 1XWL A; 3IDW A; 1NKC A; 2LM4 A; 1L7O A; 1ECW A; 1RQN A; 3M1Y A; 3MC1 A; 4Y2U A; 1T4G A; 4FO6 A; 3D2Q A; 1V38 A; 3WKD A; 1L6N A; 4RT2 A; 3QUQ A; 4QNL A; 4R66 A; 5J2C A; 5L1K A; 3RTV A; 3V6H A; 2K60 A; 3PX6 A; 2KEY A; 1XO1 A; 4FZM A; 5AI4 A; 9ICR A; 4NLC A; 8ICP A; 2YY6 A; 3QEA Z; 1L3S A; 3GIJ A; 3AQF A; 3HRD D; 2W9M A; 4F4W A; 4P2H A; 5EWE A; 3QXG A; 5AK3 A; 4TQS A; 4QW8 A; 2JEF A; 1QSL A; 5ALR A; 5DG9 A; 2YQE A; 1BPB A; 2ZIV A; 1UA1 A; 5L1J A; 3OHA A; 1IV8 A; 2HBL A; 4O3S A; 3U26 A; 1V85 A; 4UB6 U; 4P0Q A; 4O3M A; 4DF4 A; 4R8U A; 3A0B U; 1X6J A; 1ZRM A; 9ICK A; 3BQ7 A; 3FC4 A; 2MSN A; 2QAR B; 5DBA A; 2Y9T A; 3L3F X; 4EZ6 A; 2KG5 A; 4DFJ A; 5KFX A; 2IOF A; 1BPX A; 4U7C A; 4FBT A; 2D8C A; 5AKY A; 3EYZ A; 4UB4 A; 3EZ5 A; 4RNM A; 2VIX A; 2M9N A; 4PHE A; 1XSP A; 3IM1 A; 3Q8S B; 4KLL A; 4M47 A; 2RDI A; 4DFM A; 4MFC A; 2FPM A; 4NLZ A; 2W43 A; 3HP6 A; 2ZTC A; 3UM9 A; 7ICG A; 3BS5 B; 1ARO P; 3BDP A; 3ORY A; 4USA A; 1L7M A; 3TFS A; 2G07 A; 4DL4 A; 1ZQ1 C; 1ZD3 A; 3FAH A; 3QU9 A; 1NI3 A; 4GIB A; 2DKZ A; 2KIW A; 2JEI A; 4IR1 A; 3ED5 A; 3AU2 A; 3CW2 C; 4PH5 A; 4CNQ A; 3PSF A; 5KFC A; 1U47 A; 2JH7 A; 5EWF A; 2P6U A; 5ALG A; 4PZN A; 4QZA A; 3C5G A; 2ZJA A; 1TV9 A; 3PW4 A; 4ECX A; 4DLG A; 4KLH A; 4YMO A; 5ALT A; 2NYV A; 2WF8 A; 4R65 A; 4F4K A; 4DL7 A; 5KNI A; 3RJG A; 2FJ6 A; 2F44 A; 3QU7 A; 4GXJ A; 1ZQT A; 3RAQ A; 8ICY A; 1HUZ A; 2FMS A; 1VLB A; 2DBY A; 2I1Q A; 4Z6C A; 2PFO A; 4G3I A; 3PX0 A; 2ZUB A; 8ICH A; 1TVA A; 5CHG A; 7ICJ A; 1WWU A; 1L3U A; 5J0T A; 3PY8 A; 2CRX A; 4UAU A; 2YTU A; 2WAQ F; 3PNC A; 5KFB A; 1S0N A; 2GO7 A; 3MR3 A; 1QQ6 A; 3OTQ A; 4Y2R A; 4CE6 A; 2V4R A; 3JPT A; 4B9M A; 3QZ8 A; 5ALI A; 1S0V A; 4KN7 A; 4DSJ A; 1ZOL A; 4RQM A; 5EE3 A; 4AP9 A; 5H2F U; 7ICQ A; 1KLN A; 1TAQ A; 4I2F A; 2XGQ A; 5KL8 B; 4IRC A; 1T3Q A; 4JV2 A; 2OHF A; 3IV6 A; 3PVX A; 3GIL A; 2BKE A; 4RPX A; 9ICT A; 4EZ9 A; 1L8L A; 4UW9 A; 3SEN A; 1SKS A; 2E1F A; 4UB2 A; 4OJ5 A; 4EEN A; 1XNS A; 3CNH A; 1ZQO A; 5DKW A; 1DK3 A; 1N56 A; 4ECT A; 4UAZ A; 2EZZ A; 2PI5 A; 1PK3 A; 3OJU A; 4J9Q A; 4JK1 A; 1S97 A; 4J9S A; 3KOO A; 4F4Z A; 2ZIW A; 3H8W A; 5IIN A; 3JPN A; 1Q46 A; 3C1Z A; 3ZDA A; 3N97 B; 3EPG A; 2NRW A; 4KN4 A; 2QB0 B; 2A1A A; 3UMC A; 4ECR A; 2ALZ A; 3PR4 A; 3NVY A; 1YZ6 A; 1D9F A; 3N4M B; 3NVZ A; 2VJ4 A; 3H0R B; 5L1M A; 1X66 A; 1PK1 A; 5IIK A; 4YCX A; 2ASD A; 4WJ3 B; 2R8I A; 3KHL A; 3KKA C; 1F44 A; 2XID A; 2EQY A; 9ICB A; 7ICI A; 3IP4 B; 4QZB A; 1J97 A; 2KK0 A; 2Y9U A; 1EXN A; 4UAW A; 5DLF A; 4DSL A; 5J0O A; 4B9S A; 2EDU A; 3T5K A; 1L3V A; 2R8H A; 1B4F A; 4AYB F; 2H3Q A; 4ED6 A; 1SXE A; 2JRZ A; 3GII A; 2RRD A; 4C7Y A; 5J8Y C; 3TQ1 A; 2ZXH A; 4KLO A; 4YP3 A; 3MR2 A; 1HEK A; 4OJP A; 1ZQH A; 3M9M B; 5KG0 A; 5L1L A; 1QQ7 A; 1QSS A; 3UQ0 A; 3V72 A; 5DQG A; 4ELT A; 2K8C B; 5J0P A; 3PW2 A; 2ZIX A; 3T5L A; 1WYG A; 4KLJ A; 4Y2V A; 4MFF A; 4O3P A; 5D49 A; 5CP2 A; 3KKA A; 5J2F A; 1SZP A; 4DQI A; 4RQ0 A; 1KL9 A; 2F77 X; 5ALK A; 4Q45 A; 2P66 A; 8ICF A; 4F91 B; 4KIT B; 2ESE A; 1KEJ A; 4QWC A; 1S77 D; 4X5V A; 4DWI A; 1ZJN A; 1ZQW A; 4NLB A; 1L5U A; 2BGW A; 2H3V A; 4ELV A; 1Z4N A; 5ALD A; 1X9W A; 2M0N A; 2EAP A; 8ICJ A; 5J8Y A; 1KN5 A; 1O08 A; 2JEJ A; 5J0S A; 5III A; 1TKD A; 3DDH A; 1S0O A; 5J0R A; 4JWN A; 2NRZ A; 1V97 A; 5AI6 A; 8ICR A; 2R8K A; 5EE1 A; 3THV A; 4QIW F; 2D3D A; 2W9A A; 3MDA A; 4NL9 C; 2IHN A; 1SXD A; 2A19 A; 3ZDC A; 3H8S A; 4P0P A; 4BXO A; 1L8O A; 5AK6 A; 3RB6 A; 5CEH A; 3RJH A; 5DQH A; 5ALX A; 4UB5 A; 1CUK A; 3F5A A; 1ZD4 A; 4I2D A; 1X2I A; 2DF4 B; 1T3N A; 5AM5 A; 2KFN A; 5G5H A; 3CYM A; 3A0H U; 3RJI A; 3MR6 A; 3RR8 A; 2KVS A; 3HKZ F; 2PMZ C; 3M6Z A; 2BQ3 A; 5ALF A; 1Q8K A; 2E5S A; 2Y0S F; 4RQ1 A; 4C8N A; 5KFS A; 1UT5 A; 7ICF A; 3G6X A; 1QCK A; 4ED1 A; 5GTI U; 1ZQM A; 3TKA A; 2OXO A; 4ED8 A; 1JAL A; 3RBE A; 2K4I A; 5AM3 A; 2LKY A; 2LYH A; 1ZET A; 1KTQ A; 2JHD A; 7ICN A; 3HWT A; 4YFK A; 2OEH A; 3WK4 A; 5D46 A; 1KW4 A; 2KE7 A; 4A8E A; 1C7Y A; 2FLN A; 5J0X A; 4O0I A; 3RR7 A; 3OPX A; 9ICS A; 1SWW A; 2DFL A; 1UCV A; 4NL9 A; 4EEY A; 4DO9 A; 1ZQB A; 4M9J A; 1KKX A; 2EZX A; 2O6K A; 4EEL A; 1QSY A; 3OGU A; 2Y1I A; 4DSF A; 2EAO A; 4IQU A; 3PSI A; 2J6U A; 4BUG A; 3WKC A; 4O3N A; 3H0L B; 4C8M A; 5BOM A; 2YMQ A; 2IOH A; 5ALM A; 2ZUD A; 3ETL A; 1RPL A; 4F8R A; 2G09 A; 1ZQX A; 4RQ7 A; 5AKZ A; 5J0U A; 3K1Z A; 4DQS A; 2R8J A; 3N28 A; 5ALJ A; 1FFU A; 4BWM A; 1BPE A; 3KTQ A; 4F2S A; 1S5L U; 5KT3 A; 4DSI A; 7ICK A; 2XIC A; 4EBC A; 1HIW A; 2ZJ8 A; 4FFD A; 4ED0 A; 4NJ8 A; 2W9B A; 4UAV A; 4IR9 A; 3QE9 Y; 1DXS A; 1WCL A; 3B0Y A; 5ALP A; 5ALV A; 3QEB Z; 4F3O A; 4Y2X A; 4QZE A; 2QB1 A; 3ETR A; 3QUT A; 4Q8F A; 4M9L A; 3WK9 A; 4P0Q B; 2UVR A; 4NY8 A; 4DL6 A; 1KRP A; 2I6X A; 3ZD8 A; 5F3X B; 2IBK A; 8ICV A; 3PZP A; 3ZDB A; 3F5E A; 2W7P A; 1NK8 A; 1X9S A; 8ICM A; 3I1Y A; 4PZO A; 5KAF U; 2BCS A; 1T7P A; 4CGZ A; 3TAQ A; 4ED7 A; 4DOC A; 2LMR A; 1OXJ A; 3N7P D; 2WF5 A; 4EX6 A; 2FPK A; 2VJ5 A; 4QJF B; 8ICZ A; 4O5E A; 2JZB B; 4I2I A; 9ICC A; 2EAN A; 2AQ4 A; 2G5H B; 3T79 A; 2GLE A; 1NKE A; 5KTQ A; 3RH5 A; 5KFA A; 4M6W A; 4DOB A; 1L7N A; 1KBU A; 4RQ2 A; 1NK0 A; 2KTQ A; 4RQN A; 4P4P A; 2XCA A; 2EAM A; 4C4R A; 1BPD A; 3IHQ B; 3V7J A; 3MGI A; 4MF8 A; 2LPE A; 3O0F A; 3NVW A; 1RDF A; 4J9R A; 4DF8 A; 4YG2 A; 4IS7 A; 5AK4 A; 3AM9 A; 2LM1 A; 3C23 A; 3KD3 A; 1S8O A; 2MUT A; 2DL0 A; 5KFW A; 2ZIU A; 3G6Y A; 3J81 j; 1A6S A; 1FO4 A; 3I28 A; 1RYU A; 4KTQ A; 4CCH A; 2AH5 A; 2K4H A; 4OCZ A; 5KFD A; 4Z6E A; 5HP4 A; 4CF4 A; 3TAP A; 2ZJ5 A; 3PO5 A; 4M9G A; 3SQI A; 2LBO A; 1KFT A; 1RG6 A; 4O3Q A; 3SAH A; 3M9N B; 4XQ8 A; 2BCR A; 2KZM A; 2C2D A; 1U9L A; 8ICU A; 3UPQ A; 5ALU A; 5D4B A; 2F76 X; 4P4M A; 9ICH A; 1KQQ A; 1ED1 A; 2W9C B; 3MGV A; 5KT7 A; 5B5E U; 3MGH A; 4DFP A; 3GQC A; 2W8K A; 3VC8 A; 4CF3 A; 4PHD A; 3MFI A; 2CXY A; 4YVZ A; 4OJL A; 2XY6 A; 5F9L A; 2KOB A; 3K1R B; 2E8M A; 3Q8L A; 4GLX A; 1D8L A; 5KFK A; 2HOQ A; 4I2C A; 3UMB A; 3ICX A; 4IC9 A; 3GFK B; 4F50 A; 2HVH A; 2PFP A; 1MA7 A; 4US8 A; 9ICU A; 5ALW A; 4IQV A; 3KHR A; 8ICW A; 5KFN A; 2P6R A; 2F1I A; 2E3T A; 4PPX A; 1SZH A; 2YB1 A; 2KN7 A; 1TFR A; 1CEZ A; 3RH4 A; 1OW5 A; 2JGA A; 1TK8 A; 5DLG A; 3E0F A; 5KG3 A; 1SKW A; 2OH2 A; 5KT4 A; 2LHT A; 5J2A A; 4F93 B; 1FEZ A; 2XY5 A; 4GXI A; 2BDU A; 2IOF K; 4LZD A; 4QZI A; 4DEZ A; 2K89 A; 4J9L A; 5BPC A; 3M8S A; 1BPZ A; 4F5O A; 2PFQ A; 1X6I A; 4KLM A; 3E2E A; 5KFV A; 2R8G A; 1Z3E B; 3TAN A; 4OJ6 A; 3S6J A; 4DOA A; 1IIP A; 1VJ5 A; 8ICC A; 7ICU A; 5DB8 A; 4UQG A; 9ICX A; 4UAS A; 2KZ3 A; 1TK5 A; 4C7Z A; 2QAR A; 2Q0Z X; 4FZN A; 1NJX A; 4O5K A; 5L9X A; 3MAB A; 2LYA A; 3KBB A; 4DS4 A; 2XGP A; 4I27 A; 4Q44 A; 3BS5 A; 1IM4 A; 2NO5 A; 1ZYQ A; 7ICP A; 2WF7 A; 3QU2 A; 4UB3 A; 3EW9 A; 4DSK A; 5HR7 A; 4QW9 A; 2W7O A; 2AQ0 A; 2OYY A; 5AKG A; 5J2H A; 1S10 A; 2PKE A; 4KX5 A; 4KLF A; 3H8M A; 3GZF A; 3OSP A; 3F2B A; 2G0A A; 5DGB A; 1COO A; 2HVI A; 3ALR A; 1X9M A; 8ICE A; 2IMW P; 1Q3V A; 5KAI U; 4JB3 A; 3EPI A; 4QZG A; 2VA2 A; 3PO4 A; 5DQI A; 2XY7 A; 1U49 A; 4JV1 A; 2FLL A; 3HJE A; 5AI9 A; 3QZ7 A; 3ZDE A; 5F9N A; 3F2C A; 5CR0 A; 1ZQJ A; 2BPF A; 1NOM A; 1ZQY A; 4QZF A; 2IA6 A; 4XRH A; 1PUZ A; 1PVQ A; 2G5I B; 4UAY A; 4HYK A; 4B9N A; 2F1J A; 1DGS A; 2JXJ A; 4DS5 A; 4O3R A; 5CWR A; 5K4L A; 3TAD C; 9ICE A; 3LWM A; 3NGD A; 5IIL A; 5KG7 A; 5E79 U; 5J2I A; 3QX7 A; 2E8N A; 3E58 A; 4CDG A; 4YXM A; 4I28 A; 5ALY A; 4JMU A; 1DOQ A; 1BVS A; 1ZQI A; 2UVW A; 3ZD9 A; 4ECZ A; 3SAG A; 3FDS A; 5IIO A; 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8ICT A; 1VDV A; 2Q4T A; 2WF9 A; 3AL0 B; 3GDX A; 5ALN A; 2KNJ A; 4NWI A; 4PGX A; 4CF5 A; 5AKX A; 2PFN A; 7ICM A; 2G06 A; 2YML A; 2V4Q A; 5ALO A; 3M7D A; 2BCQ A; 3WKB A; 2BDP A; 2KHQ A; 1WUD A; 2FE9 A; 2UVU A; 1LV5 A; 4DQR A; 2BQR A; 3FYH A; 3GV7 B; 8ICN A; 1K5O A; 3F2D A; 1PZN A; 3MDC A; 3UQ2 A; 4QWB A; 3D6J A; 4B9U A; 1SIJ A; 1KFD A; 5AK5 A; 5AI8 A; 3PV8 A; 4QWD A; 3GV5 B; 2KHV A; 4M9N A; 4NM2 A; 2KIV A; 4KMO B; 3M6K A; 3OSN A; 1MN8 A; 5KFG A; 5AM0 A; 3H40 A; 9ICM A; 3EWA A; 3JPQ A; 2WF6 A; 1H38 A; 4YN4 A; 5GTH U; 3PST A; 2ZTD A; 1L3T A; 3N7S C; 4TUS A; 3HPO A; 4Y2P A; 1ZQG A; 8ICB A; 1B0X A; 4B9V A; 1NK9 A; 5J0W A; 2N1R A; 1ZQK A; 3JPP A; 1NK4 A; 4I2E A; 1RYS A; 1X42 A; 1Z00 B; 2GOL A; 2MU2 A; 1BNP A; 3TAR A; 5KFT A; 1URJ A; 2FMP A; 1SV0 C; 2KD1 A; 3HIL A; 4Y2J A; 4XA5 A; 3ZI4 A; 4G9B A; 2F3N A; 4J9O A; 8ICQ A; 3BQT A; 1RXW A; 2KV2 A; 4NLN A; 4Y2S A; 5HR6 A; 2PXI A; 3UXO A; 3GIM A; 5EWG A; 4RNN A; 4KLS A; 4PJ0 U; 4EEK A; 2PI4 A; 2AGQ A; 1D8B A; 4RQ6 A; 3LVV A; 3JPS A; 2BHN A; 2J6T A; 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