2NRVA

Crystal structure of the c-terminal half of uvrc
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
RGLRKEALEELMKLLNMKDFPYRIEGIDISHLQGKYTVASLVVFEDGFPKKGDYRRYKIEQDHPDDYESIRTVVKRRYSKHPLPNLLFVDGGIGQVNAAIEALKEIGKDCPVVGLAKKEETVVFENREIHLPHDHPVLRLLVQIRDETHRFAVSYHRKRREKESLRSVLDNVPGIGPIRKKKLIEHFGSLENIRSASLEEIARVIGSTEIARRVLDIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
publication title Structure of the C-terminal half of UvrC reveals an RNase H endonuclease domain with an Argonaute-like catalytic triad.
pubmed doi rcsb
molecule keywords UvrABC system protein C
total genus 75
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08459 UvrC_HhH_N UvrC Helix-hairpin-helix N-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.20 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain 2nrvA02
3.30.420.340 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2nrvA01
3KHGA 1Z00B 4F4ZA 4KLMA 1S77D 2JEFA 4YN4A 3MFHA 4P4PA 5HHIA 2ZUCA 9ICSA 3SZ2A 9ICFA 4K4IA 2WTFA 3RBDA 2V9WA 4UAWA 1TK5A 2ASDA 3OHAA 5KFMA 4XA5A 4DFPA 2HVHA 7ICJA 5DDMA 5KT3A 2Q0ZX 3TAPA 3QZ8A 2HVIA 3OSNA 3UXNA 5TZVA 5KG0A 3G6YA 5DB9A 4TQRA 2BR0A 2ZJAA 1XWLA 4NY8A 2H5XA 3MR2A 4X5VA 1S10A 4UAYA 9ICUA 4ECQA 5J2DA 4DOBA 3UPQA 7ICSA 3GIIA 8ICTA 4J9OA 3ZD8A 2W9AA 4UBBA 9ICLA 2V4RA 4NM2A 2MAXA 1BPBA 2XO7A 3PW4A 3B0XA 1JN3A 3N4MB 1ZQBA 2HHVA 4EYHB 2HHWA 4YXMA 1L3VA 1LB2B 2BCSA 8ICEA 1BGXT 3V7LA 4DFJA 2Y1IA 1XO1A 4KLJA 9ICOA 3C23A 4DOCA 4F5OA 1NJWA 1CUKA 5KFDA 3EPIA 1A76A 2KZ3A 3ETLA 3EWAA 3JPTA 2GWSA 8ICQA 2AGOA 1NK9A 5BOMA 5DG9A 4MF2A 4O9MA 1TAQA 4DQRA 3OSPA 1BPZA 4QZ9A 4M9LA 4R65A 4ELVA 2PXIA 3PX6A 4BDPA 1U47A 1C7YA 1L3SA 7ICMA 1ZQVA 2NRXA 2VA2A 1N56A 4DQSA 4ECXA 4QZDA 5IILA 7ICPA 4YCXA 5L1LA 4DF8A 1KEJA 4RNMA 4EBCA 4J9PA 4RNOA 7ICUA 5J2BA 8ICIA 3IHQB 1KRPA 2XGQA 5F9LA 1IXRA 1ZQZA 4I2HA 4Z6FA 1ZQRA 5HHHA 3C2KA 5J0OA 4DSFA 5DDYA 4BXOA 5BPCA 4DSJA 2W9BB 5J0YA 4RUCA 4PHPA 5J2CA 3H4DA 5J2IA 2XY5A 3T5HA 4O5KA 8ICOA 2J6SA 1SKRA 5DBBA 8ICMA 2PFOA 3RJKA 4I2IA 4RQ2A 4YR0A 1U48A 3Q8KA 4KLGA 9ICKA 4LZDA 2R8HA 1MSWD 4R63A 4EYIB 9ICGA 4DL2A 4ECZA 1RZTA 1RXVA 4C8NA 1XSNA 1ZQGA 2PFPA 2P6UA 4RPZA 2FPKA 4QZAA 4YMMA 4BWJA 2KFZA 5DLFA 5CR0A 5DQIA 5KFLA 1TV9A 3KTQA 2UVWA 3SV4A 1LV5A 2XY6A 3RB3A 4I2EA 4YR3A 4PPXA 1ZYQA 4DL5A 3RJIA 4RQ7A 4PGYA 5KFSA 2C2EA 5KFPA 3G6XA 2BQUA 1MC8A 1ZQFA 2NRRA 1TK0A 3C21A 3UXPA 3QE9Y 5KT6A 4O0IA 2KN7A 1RYSA 1S0OA 1KFSA 2BCRA 3Q8PB 1ZQUA 4O3QA 4M9JA 5DKWA 5BOLA 3EPGA 4ED0A 5DB7A 3RJGA 2HHUA 4KMUA 3BQTA 3QZ7A 4I2CA 4TQSA 5KG5A 4NLGA 2W9BA 3KHLA 1B43A 5J0UA 4EBEA 3RJEA 9ICWA 1KDHA 5DBCA 5CWRA 5DG8A 4RPYA 1COOA 3ORYA 1S76D 4YD1A 3T5JA 4CCHA 3AUOA 3MABA 4I28A 4RPXA 5IINA 2HHTA 4O3OA 4QZHA 7ICLA 3RB4A 3TAQA 5IIMA 9ICBA 1SL0A 4F4XA 4C8MA 1WCNA 3C2MA 2C2RA 5EOZA 1L3TA 4RQ0A 4ELTA 8ICJA 2XC9A 4P2HA 4F5PA 1S0NA 4RQ1A 5KFQA 3RTVA 1ZQSA 3EYZA 4J9MA 1NK8A 2BDPA 3RH5A 4B9NA 8ICVA 5J0TA 3TFSA 3UQ0A 3PV8A 2AQ0A 2W9MA 4I2BA 2IMWP 1ZQKA 4F5NA 3LK9A 2PFQA 4IRDA 1AROP 1NOMA 3PX4A 4C8OA 4DLEA 4O5EA 4I2FA 1DGSA 3M9MB 3BQ2A 4F93B 2HW3A 4QWEA 5HMLA 1SL1A 1NKCA 4F3OA 4IRCA 4K4GA 5KFVA 8ICLA 4RT3A 2DPIA 4YP3A 1ZJNA 2FLLA 4M0AA 8ICCA 8ICUA 4Z6EA 2BCVA 2ISPA 4UB1A 5CA7A 3QEBZ 3C5GA 4KLHA 1EXNA 2F1IA 4I2DA 1NJXA 2A1JB 4XRHA 3TQ1A 1ZQDA 4M9HA 2JEIA 2ZJ8A 3MR5A 4F50A 1ZQAA 3LDAA 1S97A 5KFGA 1XC9A 4M2YA 4MFFA 4MEYA 1X9MA 1QSSA 2AQ4A 8ICYA 3ZDEA 4QZBA 4UB2A 4BXOB 4IR1A 4M47A 4G3IA 9ICEA 5L1IA 3KHHA 1KFTA 1U45A 8ICFA 5KFTA 5J2JA 5DLGA 1ZQPA 2BHNA 3HX0A 3RRHA 8ICKA 2DFLA 3M9OB 7ICRA 4EEYA 9ICCA 1JIHA 3M9NB 1K1QA 3Q8LA 1T4GA 4DLGA 2IBKA 8ICNA 5KFRA 4ECSA 1T3NA 1JX4A 3UQ2A 4FO6A 3LWLA 5DG7A 3H8JA 3ZDAA 4KLOA 3IM1A 2I9GA 7ICVA 5HNKA 2W8LA 2AU0A 1JXEA 3ISBA 5DGAA 1SKSA 2NRWA 2ZUBA 4M9GA 2BPGA 4ED7A 4F92B 4NLNA 1ZQQA 4JK1A 4RUAA 3MGHA 3FYHA 4JWNA 3Q8RB 1NKBA 3PMNA 3RB6A 4KLDA 2A1JA 2NRZA 3NTUA 5DGBA 3JPOA 4RT2A 4QWAA 3PMLA 4ED3A 4ED1A 5J2GA 1NK6A 4LZGA 3SV3A 1XS9D 1TFRA 5KFJA 5CHGA 4UAZA 4RU9A 8ICXA 1HUZA 3JPPA 3JPRA 3B0YA 3PW5A 4FBTA 1ZQNA 2XCAA 4JV1A 1TVAA 3H8WA 1KLNA 4I2GA 4EZ9A 5KFYA 3T5LA 3HPOA 3HT3A 4B9UA 5J0XA 1H38A 2MUTB 4J9LA 1ZQEA 4DL4A 2M9NA 5L1JA 1ZQHA 2RDIA 3PVXA 4DL6A 1KFDA 3GV8B 2DPJA 1XU4A 3RJFA 3RR8A 3ZDDA 1B22A 2C2DA 4PHAA 4RQ3A 1KTQA 2AGPA 5CJ7A 8ICWA 5IIIA 7ICKA 2NRVA 4KLTA 9ICHA 2F1JA 2VA8A 1JXLA 2KZMA 4P4MA 4HYKA 4JWMA 4Z6CA 4QZGA 1D8YA 2FPMA 4F91B 2ASLA 5F9NA 3GV5B 4ECYA 2ZTDA 2XGPA 4KLLA 2I1QA 3PX0A 4MF8A 4TUQA 2FLPA 4QW8A 4IQVA 4IQTA 3PR4A 2W9CA 3Q8SB 3MR6A 2Y1JA 1ZQLA 1T7PA 5CP2A 4KLIA 3MDAA 5KFUA 2C28A 2XY7A 3TANA 4B9VA 3MFIA 9ICQA 5J0SA 4BWMA 4DF4A 5C5JA 3E2EA 3M8RA 8ICRA 1WCLA 1CEZA 5KG4A 4RZRA 2W8KA 3RJJA 3SI8A 2ZTCA 3MGIA 1ZETA 5EWEA 3C1YA 4Q44A 4FS2A 4YMNA 5HMMA 5KFCA 5J2KA 4QZCA 2IHNA 2R8JA 3V72A 2FPLA 3FDSA 3K4GA 2BCUA 1X2IA 4RQ8A 2MUTA 3GDXA 4JUZA 7ICEA 3PNCA 5L9XA 4TURA 4KLQA 4ED6A 2BPFA 5J2EA 4NM1A 4M04A 2ZTEA 3PO5A 2FMQA 5DBAA 4RQ5A 1UT8A 4DO9A 1V9PA 1X9WA 5KG2A 4FBUA 4EZ6A 5JUMA 4GXKA 8ICZA 3MR3A 2JEGA 3RB0A 4MEXA 4RNNA 3RJHA 4KITB 4F8RA 3AU2A 3OGUA 3ISCA 4E0DA 4ECVA 3C2LA 4MFCA 4Q8EA 2HHXA 2JZBA 4M6WB 3V6KA 1UA1A 2ZUDA 5D49A 4PGXA 4R8UA 4TUPA 3GIKA 1ZQXA 4J9NA 4I29A 1U9LA 2BCQA 5DB6A 1SKWA 3MDCA 2OWOA 5KG6A 5KFWA 9ICAA 5J29A 4K4HA 8ICPA 3M8SA 2BGWA 3EW9A 4Q45A 4GC6A 1HJPA 3OJSA 3JPQA 2J6TA 4R64A 3BQ1A 5KFOA 1NJZA 5KFEA 2P6RA 9ICVA 3N97B 5KFNA 1N48A 9ICMA 3GIMA 4BGDA 4NLKA 5KFZA 5DB8A 3HP6A 3C1ZA 8ICHA 5J0WA 3Q8QB 3MBYA 3PW7A 1BPDA 1BPEA 5KFFA 1SL2A 2BPCA 3V6JA 1TAUA 1QSYA 4C8KA 5EWGA 3K75D 1S9FA 4F4KA 3ZDBA 3H4BA 1BVSA 1DOQA 1JMSA 3UXOA 1NK7A 2IA6A 4YG2A 7ICQA 4J9KA 3T5KA 3SYZA 4O3NA 2R8GA 8ICBA 3PO4A 3PY8A 2ATLA 4KLEA 5KT5A 1UA0A 5KG1A 2P66A 1D9DA 3ZD9A 1ZQCA 8ICSA 4KLUA 4M6WA 5KFIA 1Y88A 4YVZA 4UB4A 3NGDA 1Z3EB 3HWTA 4QZFA 3KHRA 4Q43A 5KT7A 3H8SA 1U4BA 1ZQJA 4F2RA 1NK0A 9ICTA 9ICRA 4F2SA 7ICOA 2B21A 4ZH4A 5J0QA 2R8IA 4YMOA 5KG3A 3JPSA 1T8EA 2NRTA 4F4YA 3C65A 4JV0A 2PI4A 1ZQMA 4O3SA 4IQUA 2HHSA 3LWMA 1S0VA 4F4WA 1RXWA 4DWIA 1ZQOA 4ECWA 1Z00A 3T3FA 2W9CB 2AJQA 4J9RA 1L5UA 1XSPA 4C8LA 4XUSA 3G6VA 4DFMA 3AU6A 1U49A 2FLNA 2IHMA 4O3PA 7ICNA 2ZJ5A 3GILA 2R8KA 5IIKA 3Q8MA 2HHQA 7ICHA 4UQGA 4MFAA 3RRGA 5CB1A 4PHDA 8ICGA 4EBDA 4B9LA 3H40A 4DS4A 4O5CA 2PFNA 4DFKA 2ISOA 5KFAA 1IM4A 5IIOA 4QW9A 4B9TA 2RDJA 9ICXA 4KN4A 2KFNA 3RAXA 4QWCA 3BJYA 1K1SA 3OHBA 4UBCA 1KSPA 3H7IA 5DQGA 5J0RA 3HW8A 5L1KA 3TARA 4DS5A 7ICFA 1S0MA 9ICPA 1X9SA 2UVUA 3V7KA 4R66A 3TFRA 3BQ0A 4DOAA 5HP4A 4DSKA 4GXJA 1ZQIA 2V4QA 4KLSA 4Q8FA 2VANA 4QZ8A 3OJUA 3RR7A 4B9MA 4M9NA 4I2JA 4QZEA 1XSLA 1NJYA 2VA3A 2J6UA 2UVVA 2KZZA 4F5RA 1BPXA 5J2HA 5EWFA 4DL3A 3PW2A 4IR9A 5D4BA 4NLZA 4YXJA 2JZBB 3BDPA 4TUSA 1TKDA 4NXZA 4Z6DA 3RH4A 1ZQYA 1SZPA 7ICGA 2BKEA 4KN7A 4R8UB 5KT4A 5J2AA 4GC7A 4JV2A 5J2FA 4ED8A 4DQQA 3V6HA 3V7JA 3RH6A 4XQ8A 1D9FA 4QZIA 4ECUA 9ICIA 3TI0A 4YR2A 8ICAA 3PR5B 1QLNA 4B9SA 1NKEA 2F1HA 4YFKA 4DQIA 4IQWA 4KLFA 2C22A 2FMPA 1A77A 5J0PA 4DQPA 5KG7A 4KTQA 3RAQA 4RQ4A 3RBEA 4FS1A 4RQ6A 3ISDA 1ZQWA 5KFXA 1QTMA 2UVRA 3QEAZ 1RPLA 4DEZA 4GXIA 3ZDCA 4YQWA 3C5FA 4ECRA 3GV7B 4O3RA 5DQHA 1BPYA 4ECTA 4IRKA 5KTQA 4I27A 4UB3A 4QWBA 5KFKA 4YD2A 4DSIA 2JEJA 5D46A 1L3UA 2KTQA 4ED2A 7ICIA 2ALZA 5KFBA 9ICNA 3JPNA 1NK5A 2BQRA 4DSLA 4LVSA 4PHEA 1MQ2A 4PH5A 1PZNA 4P4OA 1MQ3A 1RYRA 4J9SA 1UT5A 5IIJA 2ASJA 2LYHA 1TK8A 2BQ3A 4QWDA 3PW0A 5KFHA 4DSEA 2PI5A 1HUOA 2AGQA 2XCPA 4DL7A 3GIJA 1ZQTA 1ZJMA 1D8LA 4F5QA 3GQCA 4GLXA 1QSLA 7ICTA 4J9QA 9ICJA 4ELUA 3GFKB 1NK4A 5KT2A 4UB5A 2FMSA 4PGQA 3EZ5A 4I2AA 3THVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2H3IA 3MK6A 4F4ZA 3AVNA 4EEKA 2JEFA 4TSXA 2ZJRL 1K5OA 2VGNA 3HPGA 3AM9A 3KZIU 5HHIA 4EAHD 3G0ZA 4CJFA 9ICSA 2P1JA 1VHXA 2WTFA 4PKHA 3WUHA 3G10A 5KFMA 4FJ5A 3P4IA 1Q18A 2NO5A 2JXJA 2K4IA 3PIPL 4CBWA 2FJ6A 1N60A 4EENA 5DB9A 2ZJAA 2H5XA 2KV2A 3AVKA 1WOQA 5EOYA 1S10A 4PHTX 2O8FB 3B8AX 5J2DA 3EL2A 1RBTA 2O8DB 3E0FA 3FFKB 3ZD8A 4A59A 2KICA 1WB9A 1YVUA 3RMDA 1HJRA 4RCHA 2E8PA 4W5RA 4CNQA 4C4RA 4FOEA 1Z4NA 1WLJA 4YXMA 4MQ3A 2QWQA 4HCCA 2Y1IA 2QK9A 1T94A 3C23A 2YN4A 4XIUA 3AA5X 2HBJA 1GLFO 3ETLA 2GWSA 8ICQA 2AGOA 3FFIA 3ZSWA 4BG8A 4KX5A 2IOFA 4O9MA 3ULEA 1TAQA 4LSNA 4RW6A 1K9MO 4QZ9A 2LYAA 4DTPA 4ELVA 4BQZA 3HOTA 4BDPA 2K4EA 2O6KA 4M45A 1C7YA 1ZQVA 3IRUA 3M5RA 1BA1A 4OJPA 4DQSA 2K89A 1RTJA 1X3MA 2QARB 3WT0A 4CEAA 1R0AA 1N5YA 1HR0K 4DF8A 2WAQF 2E8AA 3K5OA 4RW4A 4CF8A 2V7YA 4EBCA 4YOXA 3FZMA 3UIQA 1IKYA 7ICUA 2E20A 5BR9A 4YFUA 5J8YA 3BP8A 5AFUH 2XIDA 8ICIA 1RDCA 2G8VA 1IXRA 5GAHP 2HB5A 2F77X 5DDYA 3L2RA 1N32K 4CFAA 3VQ7A 1NGAA 2ZGYA 3DXMB 4RUCA 2IAJA 4AP9A 3T5HA 2AXTU 5DBBA 2PFOA 2VWBA 3RJKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KHG A;  1Z00 B;  4F4Z A;  4KLM A;  1S77 D;  2JEF A;  4YN4 A;  3MFH A;  4P4P A;  5HHI A;  2ZUC A;  9ICS A;  3SZ2 A;  9ICF A;  4K4I A;  2WTF A;  3RBD A;  2V9W A;  4UAW A;  1TK5 A;  2ASD A;  3OHA A;  5KFM A;  4XA5 A;  4DFP A;  2HVH A;  7ICJ A;  5DDM A;  5KT3 A;  2Q0Z X;  3TAP A;  3QZ8 A;  2HVI A;  3OSN A;  3UXN A;  5TZV A;  5KG0 A;  3G6Y A;  5DB9 A;  4TQR A;  2BR0 A;  2ZJA A;  1XWL A;  4NY8 A;  2H5X A;  3MR2 A;  4X5V A;  1S10 A;  4UAY A;  9ICU A;  4ECQ A;  5J2D A;  4DOB A;  3UPQ A;  7ICS A;  3GII A;  8ICT A;  4J9O A;  3ZD8 A;  2W9A A;  4UBB A;  9ICL A;  2V4R A;  4NM2 A;  2MAX A;  1BPB A;  2XO7 A;  3PW4 A;  3B0X A;  1JN3 A;  3N4M B;  1ZQB A;  2HHV A;  4EYH B;  2HHW A;  4YXM A;  1L3V A;  1LB2 B;  2BCS A;  8ICE A;  1BGX T;  3V7L A;  4DFJ A;  2Y1I A;  1XO1 A;  4KLJ A;  9ICO A;  3C23 A;  4DOC A;  4F5O A;  1NJW A;  1CUK A;  5KFD A;  3EPI A;  1A76 A;  2KZ3 A;  3ETL A;  3EWA A;  3JPT A;  2GWS A;  8ICQ A;  2AGO A;  1NK9 A;  5BOM A;  5DG9 A;  4MF2 A;  4O9M A;  1TAQ A;  4DQR A;  3OSP A;  1BPZ A;  4QZ9 A; 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 2KZZ A;  4F5R A;  1BPX A;  5J2H A;  5EWF A;  4DL3 A;  3PW2 A;  4IR9 A;  5D4B A;  4NLZ A;  4YXJ A;  2JZB B;  3BDP A;  4TUS A;  1TKD A;  4NXZ A;  4Z6D A;  3RH4 A;  1ZQY A;  1SZP A;  7ICG A;  2BKE A;  4KN7 A;  4R8U B;  5KT4 A;  5J2A A;  4GC7 A;  4JV2 A;  5J2F A;  4ED8 A;  4DQQ A;  3V6H A;  3V7J A;  3RH6 A;  4XQ8 A;  1D9F A;  4QZI A;  4ECU A;  9ICI A;  3TI0 A;  4YR2 A;  8ICA A;  3PR5 B;  1QLN A;  4B9S A;  1NKE A;  2F1H A;  4YFK A;  4DQI A;  4IQW A;  4KLF A;  2C22 A;  2FMP A;  1A77 A;  5J0P A;  4DQP A;  5KG7 A;  4KTQ A;  3RAQ A;  4RQ4 A;  3RBE A;  4FS1 A;  4RQ6 A;  3ISD A;  1ZQW A;  5KFX A;  1QTM A;  2UVR A;  3QEA Z;  1RPL A;  4DEZ A;  4GXI A;  3ZDC A;  4YQW A;  3C5F A;  4ECR A;  3GV7 B;  4O3R A;  5DQH A;  1BPY A;  4ECT A;  4IRK A;  5KTQ A;  4I27 A;  4UB3 A;  4QWB A;  5KFK A;  4YD2 A;  4DSI A;  2JEJ A;  5D46 A;  1L3U A;  2KTQ A;  4ED2 A;  7ICI A;  2ALZ A;  5KFB A;  9ICN A;  3JPN A;  1NK5 A;  2BQR A;  4DSL A;  4LVS A;  4PHE A;  1MQ2 A;  4PH5 A;  1PZN A;  4P4O A;  1MQ3 A;  1RYR A;  4J9S A;  1UT5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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