The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
86
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structure length |
86
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Chain Sequence |
SKRKAPQETLNGGITDMLVELANFEKNVSQAIHKYNAYRKAASVIAKYPHKIKSGAEAKKLPGVGTKIAEKIDEFLATGKLRKLEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Backbone dynamics and refined solution structure of the N-terminal domain of DNA polymerase beta. Correlation with DNA binding and dRP lyase activity.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA POLYMERASE BETA
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| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Rattus norvegicus
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| total genus |
19
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| structure length |
86
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| sequence length |
86
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 1999-12-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14716 | HHH_8 | Helix-hairpin-helix domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase beta, N-terminal domain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4TUS A; 3MDC A; 1ZJM A; 3RJH A; 3JPO A; 4QZI A; 5EOZ A; 5J0R A; 4QZC A; 4I2B A; 4UAZ A; 4RT2 A; 3UPQ A; 4XUS A; 5III A; 2P66 A; 4RQ0 A; 3RJJ A; 4NLZ A; 5IIL A; 5DBC A; 5D46 A; 1ZQP A; 2PFP A; 4O5K A; 4R63 A; 5J0T A; 1ZJN A; 4QZB A; 4M9L A; 4KLF A; 4MFC A; 3RH4 A; 8ICU A; 4RQ3 A; 7ICT A; 7ICR A; 1ZQR A; 3UQ2 A; 7ICI A; 4QZA A; 3B0Y A; 8ICH A; 7ICV A; 7ICU A; 4UAW A; 4KLD A; 1ZQM A; 4RPZ A; 1HUO A; 3JPT A; 9ICR A; 4GXI A; 3AU2 A; 4I2C A; 5DDY A; 3C2L A; 5IIJ A; 5J0Y A; 4K4I A; 7ICO A; 8ICY A; 4YMO A; 3C5G A; 4YD1 A; 4PGY A; 2FMQ A; 4KLQ A; 4KLE A; 7ICJ A; 9ICS A; 4I27 A; 4I2D A; 4NM1 A; 5IIK A; 4PGX A; 5J2A A; 5J0O A; 3C2K A; 4MFA A; 3JPQ A; 5HHH A; 3UQ0 A; 5J2C A; 9ICJ A; 5BOL A; 1BPZ A; 3ISD A; 4IQT A; 8ICV A; 4TUR A; 4DO9 A; 5D4B A; 3B0X A; 4I2F A; 5J2H A; 4RPY A; 9ICG A; 1ZQE A; 4KLG A; 7ICK A; 8ICB A; 4KLU A; 1DK2 A; 9ICW A; 5CWR A; 1TV9 A; 7ICF A; 4KLJ A; 5J2I A; 4NLK A; 4KLO A; 8ICS A; 4KLS A; 4MF8 A; 4IQW A; 3V7K A; 3V7J A; 4JWM A; 1ZQG A; 1ZQA A; 5IIN A; 5DKW A; 8ICK A; 4I2I A; 4I2J A; 4QZ8 A; 4NY8 A; 3RJK A; 7ICN A; 5IIO A; 4I2A A; 4QZ9 A; 4Z6C A; 9ICF A; 8ICW A; 3RJE A; 3PNC A; 3JPN A; 4P2H A; 3RJI A; 9ICC A; 3OGU A; 1ZQH A; 3MDA A; 9ICN A; 1ZQI A; 2BCQ A; 4M2Y A; 1ZQB A; 1JMS A; 5J29 A; 3PMN A; 4RT3 A; 1DK3 A; 8ICO A; 8ICL A; 8ICA A; 3TFS A; 4MFF A; 8ICQ A; 4QZD A; 3ISB A; 9ICX A; 4O5C A; 4KLH A; 4X5V A; 4NLN A; 4RQ1 A; 5DB8 A; 4QZF A; 8ICR A; 1BPE A; 4F5Q A; 4UB5 A; 1ZQQ A; 1BPX A; 4K4H A; 9ICA A; 1XSP A; 4M9N A; 4IQV A; 5J0X A; 4O9M A; 1ZQJ A; 4LVS A; 3MGI A; 3TFR A; 4YMN A; 3V72 A; 4I2H A; 5D49 A; 1ZQD A; 4DOB A; 4I28 A; 4KLL A; 5J2E A; 5J2F A; 2BCV A; 2PXI A; 4K4G A; 4R64 A; 9ICT A; 9ICO A; 7ICM A; 5J2K A; 1MQ2 A; 4IQU A; 9ICU A; 4QZH A; 3LK9 A; 1BNP A; 9ICH A; 2PFN A; 2BPF A; 8ICE A; 2KP7 A; 2ISO A; 1XSL A; 4UB4 A; 4JWN A; 1BPY A; 3MBY A; 3RJG A; 1KEJ A; 3AU6 A; 1ZQO A; 4RQ2 A; 7ICP A; 4F5O A; 4RQ8 A; 4RQ5 A; 3C2M A; 4KLT A; 5J0U A; 8ICM A; 4PHP A; 9ICP A; 5J0Q A; 4DOA A; 8ICI A; 8ICJ A; 1MQ3 A; 4PHE A; 2FMS A; 2PFQ A; 2BCU A; 4YD2 A; 3JPP A; 1ZQC A; 4YMM A; 4M9G A; 9ICE A; 4FO6 A; 4MF2 A; 3ISC A; 5IIM A; 5DB9 A; 3RJF A; 3HW8 A; 1ZQF A; 4PGQ A; 2GWS A; 9ICV A; 4DOC A; 1RZT A; 7ICE A; 3GDX A; 7ICL A; 4M9J A; 3JPR A; 2FMP A; 4PHD A; 4KLM A; 2BPG A; 4UBB A; 3PML A; 3UXN A; 1NZP A; 1ZQN A; 2BCR A; 3HWT A; 3AUO A; 4O5E A; 4UB1 A; 4I2E A; 9ICB A; 4PH5 A; 1XSN A; 2W9M A; 4TUP A; 4TUQ A; 4GXK A; 4GXJ A; 4M04 A; 4I29 A; 3UXP A; 3UXO A; 3JPS A; 5DBA A; 4RPX A; 9ICM A; 4M9H A; 1BPD A; 4UBC A; 2I9G A; 4M47 A; 9ICK A; 3RH5 A; 1TVA A; 8ICP A; 5J0W A; 7ICS A; 2PFO A; 9ICI A; 8ICN A; 4PHA A; 7ICH A; 5J2D A; 3C5F A; 4PPX A; 4UAY A; 5J2B A; 5DB6 A; 5BOM A; 8ICZ A; 9ICQ A; 4F5R A; 2BCS A; 1ZQS A; 1HUZ A; 4KLI A; 4QZE A; 4R65 A; 5HHI A; 4UB2 A; 4M0A A; 4Z6D A; 5DBB A; 8ICC A; 4YN4 A; 1BNO A; 1ZQT A; 4F5N A; 5TZV A; 4RQ4 A; 1ZQK A; 9ICL A; 4R66 A; 8ICF A; 8ICX A; 4QZG A; 3HX0 A; 1KDH A; 2ISP A; 4RQ6 A; 4LZD A; 7ICQ A; 4YCX A; 5J2J A; 5CB1 A; 5J2G A; 2IHM A; 5DB7 A; 5BPC A; 7ICG A; 4LZG A; 4RQ7 A; 3RH6 A; 4I2G A; 5J0P A; 3V7L A; 4NXZ A; 4NM2 A; 4XA5 A; 8ICT A; 5J0S A; 8ICG A; 4UB3 A; 4Z6E A; 4Z6F A; 3MGH A; 4F5P A; 1ZQL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YMQ A; 3WKC A; 3RJH A; 1ZJM A; 3I28 A; 4YG2 A; 2CPR A; 4DQP A; 4FZM A; 4QZI A; 3JPO A; 3AN1 A; 1UA1 A; 2R8K A; 1DRG A; 1KN5 A; 5J8Y A; 1DGS A; 4ED1 A; 5G5H A; 2P66 A; 4DL2 A; 2MAX A; 3RJJ A; 4NLZ A; 3D2Q A; 2RLT A; 2QLT A; 3TAD C; 5D46 A; 4DSJ A; 2AH5 A; 4JV2 A; 5ALI A; 4QZB A; 1UHU A; 2J6S A; 1ZQR A; 2KMD A; 5DLG A; 2ASL A; 8ICH A; 4F4K A; 2H3Q A; 3SMV A; 4KLD A; 1SKR A; 1JRP A; 2KIC A; 2ASJ A; 3VC8 A; 1X9X A; 9ICR A; 2N1R A; 4IR9 A; 5KL1 B; 2KJ8 A; 2ES6 A; 1NK7 A; 4QIW C; 2YB1 A; 3Q8S B; 2E5S A; 1T94 A; 4B9L A; 8ICY A; 2IOF K; 3T79 A; 1PUZ A; 1F44 A; 4YD1 A; 2WB1 C; 4Y2J A; 4YVZ A; 2IA6 A; 4DL6 A; 1QQ7 A; 1WWV A; 4QWD A; 9ICS A; 3QNM A; 1NZB A; 4NM1 A; 3HRD D; 5KFL A; 3UM9 A; 5KFN A; 4B9M A; 5J0O A; 3BS7 A; 2OCE A; 3NVY A; 2ZIW A; 1JRO A; 4U6P A; 4EBC A; 3WKD A; 4M6W A; 3UMG A; 1CRX A; 3WKA A; 1JXE A; 5ALJ A; 5CEH A; 3WKE A; 2QB0 B; 3UMC A; 1B0X A; 1SWV A; 4P0Q B; 4C8K A; 4Y2V A; 4P0Q A; 5J2H A; 3IDW A; 4I2F A; 2KFZ A; 4OJ6 A; 1S10 A; 4RPY A; 4QNL A; 4HAI A; 4NWI A; 1ZQE A; 9ICG A; 3M7D A; 2XCP A; 4EEY A; 4KLG A; 4DQI A; 5KFE A; 3L5K A; 1L8L A; 4ED6 A; 2UVV A; 2DUY A; 2JEI A; 1S0N A; 1TV9 A; 2EZZ A; 7ICF A; 3MR5 A; 4KLJ A; 5CP2 A; 5AKX A; 4KLO A; 3EW9 A; 3IRU A; 3QX7 A; 3PR5 B; 4O3N A; 4FBT A; 4KLS A; 2KIV A; 1NK6 A; 3V7K A; 4J9S A; 1COO A; 5KFU A; 3RB3 A; 1S0V A; 1ZQG A; 4F92 B; 5IIN A; 5DKW A; 3E2E A; 3GIL A; 4I2J A; 1X9M A; 3RJK A; 4F91 B; 4Z6C A; 2CRX A; 4CF4 A; 4PL1 A; 1X42 A; 4TQR A; 3T5K A; 3NTU A; 4P2H A; 4ECZ A; 5L1M A; 4OCZ A; 9ICC A; 4RUA A; 9ICN A; 3KHL A; 3QEA Z; 4ED8 A; 1XC9 A; 4DSL A; 4DFM A; 3KTQ A; 1MA7 A; 3NRZ A; 4C8M A; 2V9W A; 5ALK A; 1GO3 F; 3GFK B; 2G08 A; 3QZ8 A; 4MFF A; 1ZQV A; 3SEN A; 4F2S A; 4QZD A; 1BPB A; 4UQG A; 2LPE A; 4UAU A; 5KFC A; 1BVS A; 4ICA A; 5ALV A; 1KFT A; 1X40 A; 1Y88 A; 2KZM A; 5DB8 A; 1WCN A; 1NNL A; 4UB5 A; 1BPX A; 1ZQQ A; 4YXJ A; 4K4H A; 4WJ3 B; 4DSI A; 2BQR A; 2XGP A; 5K4L A; 4J9Q A; 1DXS A; 9ICA A; 2HHQ A; 1ZYQ A; 3PSF A; 3OPX A; 3PST A; 3MGI A; 4NL9 A; 3TFR A; 2WF9 A; 4F4W A; 4I2H A; 5AKZ A; 1U47 A; 4O3M A; 4KLL A; 2W8L A; 5J2F A; 9ICT A; 5TIS U; 5J2K A; 1KBU A; 1XO1 A; 1MQ2 A; 1OUQ A; 4IQU A; 4BUG A; 3WK6 A; 9ICH A; 1PVR A; 1RXV A; 2MRL A; 3IM1 A; 4YXM A; 5DG8 A; 8ICE A; 1ZXI A; 2VAN A; 3MFI A; 2ZTD A; 1KFS A; 4HYK A; 3TAQ A; 1IXR A; 3LVW A; 3GZF A; 4MHV A; 3KD3 A; 3RR8 A; 3RBE A; 1ZQO A; 2GH1 A; 3S6J A; 4Q45 A; 1N60 A; 4RQ5 A; 3M8R A; 3C2M A; 5J0U A; 4C0Z A; 4PHP A; 3IN5 A; 8ICI A; 8ICJ A; 2M0N A; 4RUC A; 2V4R A; 2W9A A; 2HBJ A; 2BDP A; 3OJU A; 2Z7J A; 2OEH A; 1ZQC A; 5EWG A; 5KFW A; 4FO6 A; 3V6H A; 3F5E A; 4QW8 A; 2G5I B; 4C4R A; 4DL5 A; 4F2R A; 3EPG A; 3F2C A; 5KFF A; 4DOC A; 7ICE A; 2E3T A; 2HHV A; 4Y2P A; 1S8O A; 5AM2 A; 1JIH A; 2BPG A; 2Y0S C; 3KKA C; 3UXN A; 4GIB A; 2BCR A; 4O3O A; 3GIK A; 3PW4 A; 3AUO A; 4EX7 A; 4O5E A; 1P7D A; 1KW4 A; 4I2E A; 9ICB A; 4UAT A; 2PKE A; 1FIQ A; 2NRT A; 4IRC A; 4TUQ A; 1T3Q A; 4GXK A; 1Z4N A; 3EYZ A; 1X6I A; 4KX3 A; 1TKD A; 3UXO A; 3JPS A; 5ALD A; 2NRV A; 3N97 B; 2F76 X; 5KFP A; 4RPX A; 1BPD A; 4UBC A; 1J2M A; 9ICK A; 1NKC A; 2W9C B; 2Q4T A; 2KIW A; 8ICP A; 7ICS A; 4Y2Q A; 4PHA A; 1T4G A; 1N48 A; 1QQ6 A; 1KSP A; 5CHG A; 5ALX A; 2KK0 A; 3NUQ A; 1QCK A; 4UAY A; 2ZXH A; 5DB6 A; 2LM4 A; 4EZ9 A; 5JTI A; 2R8J A; 1NK5 A; 1NJY A; 2WHE A; 2BCS A; 2WF5 A; 4R65 A; 3A0B U; 1PVP A; 2W55 A; 5HHI A; 3I76 A; 4Z6D A; 2WAQ F; 2KFN A; 3QYP A; 5HP4 A; 4F3O A; 1RXW A; 2DWQ A; 4J9L A; 3HKZ C; 4BJQ A; 4R66 A; 4OD0 A; 2H5X A; 1X6J A; 2K60 A; 1KQQ A; 3C1Y A; 2ISP A; 4ED0 A; 1ZQZ A; 1YZ6 A; 2OHF A; 2KHQ A; 3Q8P B; 4IR1 A; 5J2J A; 3KZX A; 5GTH U; 1B4F A; 5T14 A; 2IHM A; 2QKQ A; 7ICG A; 5C5J A; 5KFJ A; 3BQ7 A; 2NRZ A; 3V7L A; 3BZC A; 1U4B A; 4OO1 J; 3TKA A; 5J0S A; 1KFD A; 4U7C A; 4GC7 A; 1SZP A; 3GIM A; 3MDC A; 4JMU A; 4J9O A; 4QZC A; 4NLG A; 1SIJ A; 4RT2 A; 2ZJ5 A; 2HHW A; 5AM4 A; 4DSK A; 1PZN A; 4ELU A; 2WTF A; 5KG1 A; 5IIL A; 5KFK A; 4O5K A; 2AJQ A; 5CR0 A; 1ZJN A; 3B9J A; 2HHX A; 3RH4 A; 8ICU A; 3K1R B; 3PO5 A; 4RQ3 A; 7ICR A; 4QW9 A; 3UQ2 A; 3T3F A; 2G0A A; 4QZA A; 1O08 A; 4DQR A; 3GQC A; 5KNI A; 3QZ7 A; 1HUO A; 2RRD A; 3JPT A; 3QU4 A; 2KE7 A; 1SWW A; 2FPK A; 1ZQU A; 1WUD A; 2HHT A; 3HPO A; 4I2C A; 3DV9 A; 1NK4 A; 3C2L A; 5J0Y A; 2AHO B; 1HJP A; 3QUB A; 5L1L A; 3V6K A; 1Z4O A; 7ICO A; 2MSN A; 4YMO A; 1LV5 A; 5KT4 A; 4DQQ A; 2FMQ A; 4ECS A; 2XGQ A; 5EE1 A; 4OJP A; 3QUC A; 4I27 A; 4GC6 A; 3AQF A; 5IIK A; 5J2A A; 3ETL A; 2G07 A; 2HBL A; 3KHH A; 3GV7 B; 3M6K A; 3JPQ A; 3UQ0 A; 2C2R A; 1RQL A; 9ICJ A; 2XIC A; 1SKS A; 4DL3 A; 5AM5 A; 1U49 A; 3RAX A; 4IQT A; 4DO9 A; 2W8K A; 2F2A B; 1NK0 A; 2ZTE A; 3TAD A; 5ALE A; 4J9M A; 1C20 A; 4C7Y A; 2XY5 A; 5AIA A; 7ICK A; 8ICB A; 2LYA A; 1L3U A; 1S5L U; 1DK2 A; 5CA7 A; 5F9N A; 4OJ5 A; 1Q3V A; 3QU9 A; 5AKI A; 4FS2 A; 4NLK A; 2FI1 A; 5G5G A; 5AI0 A; 4B9U A; 2LMR A; 4XQ8 A; 2O6K A; 1A0P A; 5ALQ A; 4MF8 A; 3SYZ A; 1RQN A; 3BQ1 A; 3PO4 A; 4ZOH C; 1L7O A; 3N7S C; 1ZQA A; 2ZIV B; 2BGW A; 1PVQ A; 2GO7 A; 4QZ8 A; 3LDA A; 2ZIU B; 2W3R A; 2ZIV A; 3AQE A; 5L9X A; 3AMZ A; 2D3D A; 5F3X B; 8ICW A; 2ZIU A; 1UCV A; 5AIB A; 3RJE A; 2HMX A; 4DS4 A; 1VDV A; 2E8P A; 5KT3 A; 3M6Z A; 2KVC A; 3RJI A; 4QWA A; 3ZDB A; 4EZ6 A; 2NRW A; 3EWA A; 5KT7 A; 3QXG A; 2LM1 A; 3KZI U; 1JMS A; 1QH9 A; 3PMN A; 4BWJ A; 4RT3 A; 1NJX A; 5EE3 A; 3DDH A; 4TQS A; 3T5H A; 2P35 A; 2GOL A; 1XWL A; 8ICQ A; 9ICX A; 4AYB F; 3LVV A; 3PW0 A; 5AI8 A; 4ELV A; 4QZF A; 4QJF B; 5EE9 A; 2FE9 A; 4DSE A; 1LVH A; 4O3Q A; 2UVU A; 4DEZ A; 5AM0 A; 4F72 A; 5A0L A; 4EBD A; 1XSP A; 4M9N A; 1TK8 A; 2KHV A; 3PSP A; 5J0X A; 2KJ9 A; 4O9M A; 4QWC A; 4YMN A; 5D49 A; 4DOB A; 4K4G A; 4R64 A; 2WF6 A; 3ETR A; 1COK A; 5KG5 A; 5KG0 A; 1WYG A; 1N62 A; 2PFN A; 2AGO A; 2QB0 A; 2YQE A; 1O03 A; 1TFR A; 3WK4 A; 2KP7 A; 1Z3E B; 2EAM A; 2EQY A; 1XSL A; 2NO5 A; 3BQ2 A; 1MN8 A; 2MUT B; 3GII A; 4FZL A; 3MBY A; 4US9 A; 1KEJ A; 2KN7 A; 4RQ2 A; 7ICP A; 1WWU A; 4F5O A; 2E1E A; 4O3R A; 4KLT A; 4F4X A; 3ZI4 A; 2W7P A; 1JXL A; 9ICP A; 2HBM A; 2H3F A; 2UVR A; 3CW2 C; 5J0Q A; 4C4T A; 1TAU A; 4J03 A; 3FC4 A; 3QU7 A; 4PHE A; 4RNN A; 5KFV A; 4YMM A; 1XU4 A; 3C28 A; 5ALU A; 3HW8 A; 4PGQ A; 2OYY A; 2C2D A; 4P0P B; 4BWM A; 3GDX A; 2A1J B; 1N61 A; 7ICL A; 3TI0 A; 4P0P A; 2FMP A; 4KLM A; 5KT6 A; 2JZB B; 3ICX A; 3HWT A; 1L7P A; 2JZB A; 2Y9T A; 4UB1 A; 4ED3 A; 4DFP A; 1T3N A; 1UPH A; 5DG7 A; 3SV3 A; 3N28 A; 1XSN A; 5DQG A; 4ELT A; 4C8O A; 4O3P A; 1U9L A; 1RDF A; 3PV8 A; 3V6J A; 1SZH A; 2LBO A; 1M6Y A; 1TAQ A; 2DBY A; 4M9H A; 5KG2 A; 1NKB A; 5J0W A; 3QU2 A; 2YB4 A; 4KIT B; 5KG3 A; 3OHA A; 8ICN A; 4QWE A; 3NGD A; 4ECY A; 2HDO A; 3RB4 A; 3AL0 B; 4YFK A; 1SL0 A; 1RYU A; 1CI4 A; 4PJ0 U; 4DF8 A; 2XY7 A; 1T7P A; 5ALP A; 4IC9 A; 4US8 A; 2YTU A; 2ATL A; 5DLF A; 3NVW A; 4OJL A; 2V4Q A; 1PK1 B; 2K4P A; 2HOF A; 2HW3 A; 3CNH A; 4RNO A; 3C21 A; 3T5L A; 4IRD A; 2NYV A; 2R8I A; 1CUK A; 4M0A A; 3EPI A; 4F50 A; 8ICC A; 2DL0 A; 3ZDD A; 1BNO A; 5DDM A; 1XNS A; 4F5N A; 2ESE A; 4ED7 A; 2ZJA A; 3MR2 A; 3H0R B; 1X66 A; 4ED2 A; 5ALH A; 3MAB A; 5DGA A; 5AKH A; 8ICX A; 3THV A; 2E8O A; 3HX0 A; 5ALY A; 1ZQW A; 4NLB A; 4AP9 A; 3PX4 A; 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