The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
SVLSGKKADELEKIRLRPGGKKKYMLKHVVWAANELDRFGLAESLLENKEGCQKILSVLAPLVPTGSENLKSLYNTVCVIWCIHAEEKVKHTEEAKQIVQRHLVVETGTAETMP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of SIV matrix antigen and implications for virus assembly.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GAG POLYPROTEIN
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Simian immunodeficiency virus
|
| total genus |
38
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2000-01-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HIW A; 2H3I A; 1A6S A; 1UPH A; 2H3Q A; 1ED1 A; 2K4H A; 2H3Z A; 2N1R A; 1HEK A; 2JMG A; 2GOL A; 2H3F A; 2K4I A; 1ECW A; 2LYA A; 2H3V A; 4JMU A; 2HMX A; 2K4E A; 4ICA A; 1L6N A; 2LYB A; 1TAM A; 4IC9 A; 2NV3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QU4 A; 1JRP A; 1ZYQ A; 2VAN A; 2F3N A; 2RRD A; 2JRZ A; 9ICE A; 2MUT A; 2NRT A; 3OGU A; 1NK7 A; 1L8O A; 3AU2 A; 3F5E A; 2WTF A; 2HDO A; 1Q3U A; 1NK0 A; 4P0Q A; 3OTQ A; 2KNJ A; 3ZD9 A; 3KD3 A; 1BNP A; 2JGA A; 2D3D A; 4DEZ A; 4UQG A; 4R63 A; 1ZRM A; 5AKX A; 4XA5 A; 5KFY A; 3TFR A; 1S0V A; 1UT5 A; 4BJQ A; 3RTV A; 4PZN A; 5AHX A; 4IQV A; 2AGP A; 3QZ7 A; 3NVV A; 4YXM A; 2G5I B; 4RQ8 A; 1JRO A; 4M9H A; 4HAI A; 1WWU A; 2R8H A; 4M6W A; 1ZQT A; 3PX4 A; 2A1J A; 3GFK B; 3H4B A; 4M9J A; 3AUO A; 4F2S A; 1OW5 A; 1D9F A; 4F4W A; 3ALR A; 3CNH A; 4TUS A; 1NZP A; 3SYZ A; 4QZA A; 4J9M A; 2F77 X; 4FZL A; 1NI3 A; 1WUD A; 5J8Y A; 5AK3 A; 1HUO A; 1ZQO A; 5J0W A; 9ICV A; 2BHN A; 4CF3 A; 1S97 A; 1NKB A; 3A0B U; 4DCC A; 1GO3 F; 1H38 A; 1Z19 A; 3DDH A; 4EZ6 A; 4F4Z A; 4RQN A; 1B0X A; 3PSF A; 2EZX A; 2HHT A; 1B4F A; 1T7P A; 2H3Z A; 2AHO B; 1KDH A; 2CXY A; 3BDP A; 4RQM A; 2ASJ A; 4B9M A; 1JX4 A; 8ICS A; 2E3T A; 4RQ3 A; 3HKZ F; 4ACO A; 5ALT A; 5AKG A; 8ICT A; 5ALP A; 2JR5 A; 2HW3 A; 4I2E A; 4MF2 A; 4ZH4 A; 4C0Z A; 1U9L A; 4TQS A; 4RQ1 A; 5AKH A; 1A77 A; 4C8L A; 4MF8 A; 1MQ3 A; 2ZXI A; 4YFK A; 4Q8E A; 2HHX A; 4I2G A; 2KZZ A; 4PGX A; 4I28 A; 2M0N A; 2EAO A; 4QZ9 A; 5J0X A; 3ZDD A; 1L7O A; 1TAQ A; 2VA8 A; 1S0N A; 1ZJM A; 3PW0 A; 4UAZ A; 2D6F C; 2XGQ A; 5C0Y A; 1L7P A; 4EBC A; 5KFX A; 2WF8 A; 2KP7 A; 2KE7 A; 3V7J A; 3TAC B; 3RB6 A; 5AI9 A; 1XU4 A; 5HR7 A; 9ICG A; 5AM1 A; 4Q44 A; 2KJ5 A; 9ICL A; 9ICS A; 1KEJ A; 3HX0 A; 2Q4T A; 2W9B A; 4DL7 A; 1NK4 A; 4ECR A; 2JH1 A; 2K60 A; 2K8C B; 5KTQ A; 4NY8 A; 3PX0 A; 1N5X A; 3S6J A; 9ICX A; 3UXN A; 3M6Z A; 4XQ8 A; 5KFP A; 4YMM A; 2E8O A; 8ICB A; 3OJS A; 2DWQ A; 2FDR A; 4I2F A; 1T4G A; 1SV0 C; 1WYG A; 4C7Y A; 2HHQ A; 2FPL A; 1IIP A; 1SKW A; 4M2Y A; 2YTU A; 4Y2T A; 2W03 A; 4DL4 A; 2E1E A; 1SV4 A; 4BX9 C; 2ISP A; 3Q8S B; 3IV6 A; 2DKX A; 3D2N A; 3N97 B; 2J6T A; 3C1Z A; 1PZN A; 1ECW A; 1QQ7 A; 2AGO A; 3PNC A; 3GIM A; 2WAQ C; 3N7P D; 5J0T A; 4YD1 A; 3MDA A; 4PHP A; 3FC4 A; 1URJ A; 4BGD A; 4DFK A; 1U49 A; 3AN1 A; 2G5H B; 2KN7 A; 4DQP A; 2NYV A; 3KZX A; 3O0F A; 4KLD A; 4BWJ A; 3MAB A; 1UA1 A; 2GLE A; 1VJ5 A; 2ZIV B; 4O0I A; 4F50 A; 2ATL A; 1N5W A; 3IHQ B; 3RAQ A; 3QUC A; 3HWT A; 5KFF A; 4DOA A; 3V7K A; 4KLU A; 5KNI A; 3IN5 A; 1S9F A; 4DSL A; 2YMM A; 2H5X A; 2OCE A; 1T8E A; 4UW9 A; 5G5H A; 3HIL A; 4Z6D A; 2PFP A; 4J03 A; 3BZK A; 3TKA A; 2D8C A; 1PVQ A; 2KK0 A; 1ZQY A; 2GWS A; 2IMW P; 3G6Y A; 5CHG A; 5AKJ A; 4RQ2 A; 3NRZ A; 4PHA A; 4JV2 A; 2BQU A; 4AYB F; 3PSP A; 1LVH A; 5D49 A; 8ICZ A; 2BPG A; 4ELU A; 3JPR A; 4DS4 A; 2NO5 A; 1YT3 A; 2FPK A; 1WCN A; 2KZ3 A; 2Y0S C; 1HIW A; 5TIS U; 1ZQP A; 1LKY A; 1TAU A; 4KLF A; 4DL6 A; 1ZJN A; 2HBJ A; 2ZIU A; 4JUZ A; 3RJE A; 9ICW A; 3RR8 A; 2XIC A; 2HI0 A; 3NRW A; 5JU5 A; 3JPO A; 2GH1 A; 2RHF A; 2PXI A; 3WKB A; 4PHE A; 2YQE A; 2JXJ A; 7ICE A; 1ARO P; 2HMX A; 2R8G A; 4QZG A; 4DFJ A; 1X9X A; 4DOB A; 1X9M A; 2OXO A; 4ECT A; 5KFI A; 4C80 A; 3B0X A; 4JWN A; 2HOF A; 4F4K A; 3C2L A; 4DFD A; 1KFD A; 4C4S A; 4J9P A; 3PSI A; 1N56 A; 4O3R A; 1Z4N A; 5DGB A; 4ELV A; 2WF6 A; 2ZIW A; 4NL9 A; 3L3F X; 3UM9 A; 1UA0 A; 1V97 A; 2KVC A; 4QWA A; 3PW2 A; 2MU2 A; 3MDC A; 4F5N A; 2E5S A; 2VJ5 A; 4AP9 A; 1RM6 C; 4FBT A; 3NVY A; 5BOM A; 9ICK A; 2MUT B; 4XRH A; 2YY6 A; 3PO5 A; 5J2B A; 1BPZ A; 2KEY A; 2QLT A; 4KLT A; 4P0Q B; 3PX6 A; 2IHM A; 2IOH A; 2ZJA A; 8ICE A; 3RJH A; 4CRX A; 2AQ0 A; 4RPX A; 3CRX A; 4GXJ A; 3NTU A; 3KHG A; 4G3I A; 1DK2 A; 3WKA A; 4PZO A; 1X6J A; 2BCU A; 5HHH A; 2WB1 F; 3RJK A; 3KFU F; 4RNN A; 1B22 A; 1P7D A; 9ICC A; 3Q8M A; 3UPQ A; 1XSL A; 4M6W B; 2XID A; 3Q8P B; 2A1J B; 3BQ7 A; 1QCK A; 2MAX A; 4UAV A; 5J2A A; 3TAP A; 1RYS A; 5CWR A; 1AQ6 A; 3MR6 A; 4Q45 A; 8ICA A; 1B43 A; 1C7Y A; 2E1F A; 4GFJ A; 5ALE A; 1DOQ A; 4KLQ A; 3KOO A; 3PW4 A; 2WHE A; 4M9G A; 3SAH A; 2KFN A; 4WJ3 B; 1SXE A; 1X2I A; 1L3U A; 3BS7 A; 1NNL A; 4IRK A; 5ALF A; 1ZXI A; 4LVS A; 2ZXH A; 3GV8 B; 1JIH A; 4HYK A; 5KT3 A; 1UCV A; 4US9 A; 3KZI U; 1QSL A; 5AK6 A; 1FEZ A; 5ALG A; 9ICB A; 3NGD A; 4MFC A; 2DF4 B; 5KFV A; 1SL2 A; 4DL3 A; 2XY6 A; 1L6N A; 5GTI U; 1NJZ A; 1TAM A; 2YX8 A; 4UAW A; 4E0D A; 2BCR A; 5TZV A; 2ZUC A; 5KFK A; 7ICP A; 1T3Q A; 3JPQ A; 4TUP A; 3BQ2 A; 4DQS A; 4QIW F; 4Q43 A; 4C4T A; 4P2H A; 4ED0 A; 3BQ0 A; 4ECZ A; 4IRC A; 2RDI A; 2VJ4 A; 5ALW A; 2KIV A; 1Q46 A; 2PI4 A; 4FS2 A; 2W55 A; 4C7Z A; 5KFA A; 5III A; 3AL0 B; 2DBY A; 2MRL A; 1V9P A; 2NV3 A; 2J6S A; 4P4M A; 3PO4 A; 5HR6 A; 2WB1 C; 1A6S A; 1BPD A; 2K4H A; 3WKD A; 3ZI4 A; 4F93 B; 1ZQK A; 4DQI A; 3TAQ A; 1X9S A; 8ICL A; 5F3X B; 4PL2 A; 1OXJ A; 3F2C A; 1SZP A; 2E8M A; 1RZT A; 4NLK A; 3HT3 A; 1KKX A; 3H4D A; 1S10 A; 4F5Q A; 2M9N A; 4CF5 A; 1M6Y A; 3AMZ A; 2EAM A; 2ISO A; 4IS7 A; 2I6X A; 9ICO A; 3SEI A; 1NKE A; 4QZE A; 4UB2 A; 1RDF A; 5DB8 A; 3JPP A; 1KBU A; 3H7I A; 1SB3 C; 7ICV A; 2AU0 A; 4O3S A; 2QKQ A; 2W9B B; 2BCQ A; 4RQ5 A; 1TE2 A; 2CPR A; 3C28 A; 4KMU A; 4YQW A; 2HBL A; 3Q8R B; 4QW8 A; 5J0Y A; 5EWF A; 4LZG A; 2LYH A; 4QZD A; 3SAF A; 1NK5 A; 1D8Y A; 2ZUD A; 8ICX A; 2W04 A; 1BPX A; 2YN4 A; 3TAD A; 1KL9 A; 2RP5 A; 4GC7 A; 4M9N A; 1V85 A; 2G08 A; 4B9N A; 2KHQ A; 1ZQH A; 2ZJ5 A; 5ALO A; 3CW2 C; 5J2I A; 4BDP A; 4PPX A; 3H0M B; 2QB0 A; 5AI6 A; 4QIW C; 3RJI A; 3ORY A; 1V38 A; 1TVA A; 2XCA A; 5C5J A; 4NV0 A; 5DB6 A; 5KL1 B; 3ISC A; 1KRP A; 1ZQD A; 1F0M A; 2P35 A; 1ZQB A; 4Y2S A; 2Y9U A; 4B9L A; 4QZ8 A; 3JPN A; 2CRX A; 2RDJ A; 8ICN A; 5ALD A; 5F9L A; 5D4B A; 2KVS A; 1BPY A; 1DGS A; 2KKV A; 2WF7 A; 8ICV A; 3RFA A; 4QWB A; 1ZQJ A; 3SR6 A; 4YR2 A; 1UT8 A; 8ICQ A; 1IV8 A; 4FZM A; 4F5R A; 1KFS A; 3LVW A; 4YXJ A; 3L4P A; 2EZY A; 2FPM A; 3KBB A; 3Q8Q B; 2HHV A; 1JN3 A; 1BPE A; 4RPZ A; 1ZD5 A; 1JXE A; 4UAR A; 1TV9 A; 2VA3 A; 3TFS A; 4CDG A; 2LMR A; 2XI9 A; 5BOL A; 4LJX A; 4Z6F A; 4PHD A; 4IRD A; 1NJY A; 5AI5 A; 3SV3 A; 4A8E A; 3KKA A; 8ICH A; 1RYR A; 3WKC A; 3UXP A; 5DLF A; 4DFP A; 5AKK A; 1LB2 B; 1QSY A; 4NLC A; 3RBE A; 4QW9 A; 4QZB A; 7ICQ A; 3I28 A; 9ICF A; 3M9N B; 4KLH A; 5ALM A; 2WAQ F; 3C23 A; 2W11 A; 1XWL A; 4TUQ A; 5IIJ A; 1PVR A; 4F72 A; 1LKY B; 3T5K A; 5KFO A; 4PL1 A; 2ZIU B; 1SXD A; 4I2B A; 3EUB 2; 1SZH A; 5J2J A; 4DQR A; 1NK9 A; 4M04 A; 2G0A A; 5CA7 A; 4C8K A; 1TK5 A; 5EWE A; 1HUZ A; 2KMD A; 3F5A A; 4RQ7 A; 3KHR A; 2BR0 A; 1SKR A; 5KT7 A; 3BZC A; 3BQ1 A; 3AU6 A; 1Z1V A; 2G09 A; 2R8I A; 3FYH A; 3MC1 A; 4US8 A; 3EZ5 A; 2UVV A; 1F5S A; 1WG8 A; 4KN4 A; 2LHT A; 2RLT A; 2ZIW B; 1XSN A; 3E2E A; 2ZTC A; 2JHD A; 9ICQ A; 2W7O A; 3JPS A; 4F71 A; 2OYY A; 4YN4 A; 1NJW A; 5ALS A; 5HNK A; 4Y2Y A; 4OJ6 A; 4NM1 A; 2W9M A; 1YZ7 A; 4F5P A; 4ECY A; 3BJY A; 2G07 A; 5DG7 A; 1ZQW A; 3QEA Z; 5ALK A; 3RJJ A; 1U4B A; 2K4I A; 9ICH A; 3IM1 A; 2VKQ A; 4P0P A; 4DF8 A; 2ZIX A; 4I2C A; 1T94 A; 1N48 A; 5KFL A; 4RQ0 A; 1MA7 A; 2AXT U; 3QUQ A; 2W54 A; 2Y0S F; 5AK4 A; 4OCZ A; 3AQE A; 3C5G A; 1Q8K A; 3MFH A; 3QZ8 A; 3HJE A; 1DK3 A; 3GIK A; 2NRX A; 3KTQ A; 5DDY A; 3L5K A; 4RU9 A; 2P6R A; 8ICC A; 2AH5 A; 1QTM A; 4K4H A; 3IDW A; 1TFR A; 4F92 B; 2R18 A; 2C28 A; 3GV7 B; 2AGQ A; 4UAU A; 5B66 U; 5AM2 A; 3EYZ A; 1ZD4 A; 5IIN A; 4KIT B; 4TUR A; 3SI8 A; 9ICP A; 5FP0 A; 5DQH A; 2KIC A; 1YZ6 A; 1FFU A; 4FFD A; 3UQ0 A; 1J2M A; 4YCX A; 3M7D A; 4P4O A; 7ICG A; 1X6I A; 5KFT A; 1KSP A; 5D46 A; 9ICM A; 5KFJ A; 2XC9 A; 2BDU A; 4B9T A; 3MR5 A; 4XUS A; 2IHN A; 4O3Q A; 4JV1 A; 5KFQ A; 3HW8 A; 1RPL A; 2BGW A; 2OWO A; 2W8K A; 4KMO B; 1TK0 A; 3V6H A; 2R8J A; 2BQR A; 3IG5 A; 1FFV A; 2YMQ A; 2B0C A; 2KG5 A; 4K4I A; 4R65 A; 2IA6 A; 3VC8 A; 2EH9 A; 3QYP A; 3RF9 A; 3GZF A; 3K75 D; 4I2J A; 3B0Y A; 4DF4 A; 5E79 U; 4I2D A; 3VCB A; 3PVX A; 4GC6 A; 1K1Q A; 4DSK A; 3EW9 A; 2UVW A; 5CJ7 A; 2B6G A; 3RRG A; 4KLG A; 2QB1 A; 2AQ4 A; 9ICI A; 4O5K A; 3OJU A; 2I9G A; 3V7L A; 4OJO A; 4MHV A; 1ZQS A; 4IR1 A; 2KJ9 A; 8ICR A; 1A0P A; 1ZQL A; 1U45 A; 8ICW A; 2LM1 A; 3ISD A; 2IOF K; 3J81 j; 2Y9T A; 5L1K A; 4BXO A; 4DS5 A; 2Y1J A; 1SIJ A; 4DLG A; 4BUG A; 4NJ8 A; 7ICO A; 4ECV A; 3TQ1 A; 4RNM A; 5AKZ A; 2KTQ A; 2LKY A; 1D8B A; 3T3F A; 4QJF B; 5L9X A; 1Z4O A; 1F44 A; 1COO A; 5HMM A; 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2YMP A; 7ICN A; 4DQQ A; 4KLL A; 3V6J A; 2OH2 A; 1COK A; 2KIW A; 4B9U A; 4CGZ A; 2V4Q A; 1ZQX A; 5AIA A; 4ECQ A; 4NXZ A; 5KT4 A; 4R8U A; 5J8Y C; 2VA2 A; 1BPB A; 4QZI A; 1ZQR A; 7ICS A; 2K4E A; 1JMS A; 2LYB A; 4OJP A; 2C2R A; 3N4M B; 4I2I A; 5DBC A; 3RB3 A; 4ED6 A; 2ESE A; 8ICY A; 1PK3 A; 4UB1 A; 3ZDB A; 1S0M A; 4ZOH C; 1CI4 A; 4GXK A; 2F1H A; 2ASL A; 1CUK A; 3M1Y A; 3MGV A; 2BPC A; 3GDX A; 2LM4 A; 2XVT A; 4F4Y A; 4Z6E A; 3WKE A; 4RT2 A; 3AEV A; 1MSW D; 2GO7 A; 4OO1 J; 4RUC A; 9ICJ A; 4J9Q A; 4IQT A; 4RQ4 A; 3IP4 B; 3KHH A; 4UAS A; 4KLO A; 2A1A A; 2YB4 A; 3SZ2 A; 2DFL A; 3C2M A; 7ICH A; 1KFT A; 2ZTD A; 4YR3 A; 5BPC A; 4ECW A; 4C4R A; 1O03 A; 4MFF A; 4B9S A; 2BDP A; 2ODG A; 5L1J A; 4YD2 A; 3MR2 A; 3NVW A; 5AKY A; 4BWM A; 5AI8 A; 1L3V A; 3C29 A; 4DFM A; 3NAS A; 3C21 A; 4B6J A; 5J29 A; 2K8A A; 3NUQ A; 4P0P B; 5JRT A; 4DSF A; 1Q3V A; 5ALY A; 2KOB A; 5IIO A; 2ZIX B; 4P4P A; 4YR0 A; 4ECS A; 2F44 A; 4PGQ A; 3EWA A; 3UMG A; 2NRZ A; 4KX5 A; 2QAR A; 4CCH A; 2R8K A; 4ED3 A; 3SV4 A; 3ETL A; 3GQC A; 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