The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
SVLSGKKADELEKIRLRPGGKKKYMLKHVVWAANELDRFGLAESLLENKEGCQKILSVLAPLVPTGSENLKSLYNTVCVIWCIHAEEKVKHTEEAKQIVQRHLVVETGTAETMP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of SIV matrix antigen and implications for virus assembly.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
GAG POLYPROTEIN
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Simian immunodeficiency virus - mac
|
| total genus |
37
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| structure length |
114
|
| sequence length |
114
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2000-01-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JMG A; 4IC9 A; 2K4I A; 2HMX A; 2K4H A; 4ICA A; 1ED1 A; 1HEK A; 1L6N A; 1ECW A; 2H3V A; 2K4E A; 2N1R A; 4JMU A; 2H3F A; 2H3Z A; 2H3I A; 2GOL A; 2H3Q A; 2LYB A; 1A6S A; 1UPH A; 2NV3 A; 1HIW A; 1TAM A; 2LYA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2GWS A; 2QLT A; 2HSZ A; 1KQQ A; 2XO7 A; 2YTU A; 1UT8 A; 1N63 A; 1QLN A; 7ICV A; 4CNQ A; 1CRX A; 3H40 A; 4MF8 A; 1AQ6 A; 3OGU A; 2AGO A; 1L7O A; 2FE9 A; 4DQP A; 4I2D A; 4IRC A; 4M9N A; 5HR6 A; 4UBC A; 1WWU A; 4QWB A; 3PW0 A; 1TAQ A; 8ICK A; 3QU2 A; 4WJ3 B; 5AK3 A; 4RQ2 A; 4J9L A; 1K5O A; 1NK6 A; 1COO A; 2HBJ A; 2W3R A; 4LVS A; 1NKC A; 3CW2 C; 3HX0 A; 4IQU A; 1ZQL A; 2FI1 A; 2M0N A; 4J9P A; 2W04 A; 1L3V A; 5AM1 A; 2WTF A; 2G08 A; 2ZIU A; 2PMZ F; 4F71 A; 4ED3 A; 2HOQ A; 4UAU A; 2PFQ A; 2E8P A; 2NO5 A; 3I1Y A; 8ICL A; 2B21 A; 2K4I A; 5L1I A; 5EE3 A; 1ZQ1 C; 2KMD A; 4ZH4 A; 1TK8 A; 4YXM A; 4DS4 A; 4MFF A; 1BPB A; 2JZB A; 2XI9 A; 3SEI A; 2F1I A; 2NRX A; 2DWQ A; 5AKK A; 1NJZ A; 4YP3 A; 4ECX A; 3HT3 A; 1NKB A; 2QAR B; 1BPY A; 8ICW A; 4RQ8 A; 1BPE A; 2IMW P; 1LKY A; 3C23 A; 2ASJ A; 9ICC A; 2N1R A; 2HHT A; 4DS5 A; 4O3P A; 4LZG A; 3LVW A; 2E8O A; 2UVV A; 2WF9 A; 3RR7 A; 4J9R A; 4P0Q B; 2KEY A; 1NNL A; 4UBB A; 2LM1 A; 3B9J A; 2KJ8 A; 3M1Y A; 4R65 A; 1ZYQ A; 4BX9 C; 1ZQI A; 5AKL A; 2W7O A; 4UB8 U; 4ECW A; 3MR5 A; 1TAU A; 4F5O A; 1JMS A; 2RHF A; 2K8C B; 2KNJ A; 2NV3 A; 1IG6 A; 5J2I A; 1KSP A; 1RXV A; 4UAS A; 2Y0S F; 2C28 A; 2B6G A; 5J2B A; 3G6V A; 1VLB A; 4F4Z A; 1SB3 C; 5L1J A; 9ICW A; 2MAX A; 4UB4 A; 1NOM A; 1KDH A; 4NL9 A; 4YR0 A; 4IQT A; 4DF8 A; 2NRT A; 2I5H A; 4DQR A; 5AIC A; 3T5L A; 4RQN A; 2C2D A; 1NJX A; 4XA5 A; 3BZK A; 1ZQN A; 1PK1 A; 2J6T A; 2DL0 A; 1KEJ A; 4OJ5 A; 1V97 A; 2YB4 A; 2XVT A; 4UQG A; 2H5X A; 2PI4 A; 2NYV A; 3TI0 A; 1B4F A; 2LPE A; 4F4W A; 1PVP A; 1KKX A; 4EYI B; 1PVR A; 1F44 A; 2ZIV A; 2QB1 A; 4Y2T A; 5J0Q A; 3VCB A; 2W9M A; 1MQ3 A; 2HOF A; 2J6U A; 4CDG A; 3UXO A; 3NRW A; 3CNH A; 4I2A A; 1ZQF A; 3GZF A; 3PNC A; 4KX3 A; 4I2B A; 8ICP A; 3HRD D; 3WK4 A; 4QZI A; 1PVQ A; 7ICF A; 1SL0 A; 4US9 A; 2HVI A; 3FYH A; 3MBY A; 1L3S A; 4YCX A; 4TUP A; 3ETL A; 1L7P A; 2ZIX A; 1ZRM A; 4ECQ A; 3OSP A; 3H7I A; 2AXT U; 3RB0 A; 3GV8 B; 4B9V A; 3BQ1 A; 4FBU A; 5AI5 A; 4F4K A; 2XCP A; 1ZQM A; 2F8L A; 4JUZ A; 4JV2 A; 3KZX A; 3RB4 A; 2GOL A; 2LYB A; 3WU2 U; 4RQ5 A; 4B9L A; 4RQ7 A; 4F2R A; 1U4B A; 5KFD A; 2LYA A; 5GTI U; 1L8L A; 4B9S A; 1D9D A; 4UB5 A; 1S0V A; 1BNO A; 3MR3 A; 3AMZ A; 3JPT A; 1SV0 C; 2KJ5 A; 1L3T A; 2VA2 A; 5AM2 A; 1SKS A; 3NVV A; 4C80 A; 3BZC A; 5KT5 A; 2MRL A; 4BGD A; 1ZQO A; 8ICQ A; 4DL2 A; 4QWA A; 3CP8 A; 2FMS A; 5IIL A; 4GXK A; 2HBK A; 3EUB 2; 3F5A A; 3IDW A; 2EAO A; 5KFP A; 2NRZ A; 5KFQ A; 4KN4 A; 4OO1 J; 3H0M B; 3DV9 A; 2H3Q A; 4YFK A; 4USA A; 3UQ2 A; 4YR3 A; 4I2J A; 3C2K A; 1WCN A; 5AK5 A; 2ZG6 A; 3N97 B; 3GU3 A; 4ELU A; 4KLO A; 3ONN A; 4ECY A; 4Y2S A; 2FPL A; 4EEL A; 2KKV A; 1HJP A; 3ZD9 A; 3N4M B; 4PHD A; 2I9G A; 3RAX A; 4DCC A; 1JIH A; 4KTQ A; 2BKE A; 2W9A A; 3RH6 A; 4FZL A; 2W54 A; 9ICM A; 5L9X A; 1XNS A; 2DPI A; 1Z19 A; 2FMP A; 4LJX A; 3QZ8 A; 4B9M A; 2LM4 A; 4LZD A; 3V7J A; 1NK5 A; 4R8U B; 1BGX T; 1ZQD A; 1UHU A; 1UCV A; 1QTM A; 2F8K A; 4EBC A; 4G9B A; 4KLF A; 2YMM A; 4PL2 A; 3QU5 A; 1O03 A; 3SV4 A; 1X2I A; 5KFG A; 2JEI A; 4NJ8 A; 4QZA A; 5KFB A; 3GV5 B; 2P6U A; 1ZQS A; 5DG7 A; 8ICS A; 1KFS A; 4ACO A; 4O0I A; 2KSO B; 2W9B A; 4YMO A; 4PH5 A; 4ECZ A; 4PPX A; 8ICC A; 3SZ2 A; 2V9W A; 4QIW F; 5CHG A; 5KFW A; 1Q8K A; 1ECW A; 5G5H A; 3JPP A; 5ALM A; 3KZI U; 3T5H A; 1Z00 B; 3ALR A; 3JPN A; 3RH4 A; 2YY6 A; 1ZOL A; 4M2Y A; 1RXW A; 4XRH A; 3I28 A; 5KT6 A; 5IIM A; 4O3S A; 4NV0 A; 1U45 A; 3ISC A; 4DWI A; 2BCV A; 2Y9U A; 4J9N A; 4QZH A; 3QEB Z; 3KHH A; 1V38 A; 2IHM A; 2YMP A; 1U49 A; 2FPK A; 4AYB C; 3GV7 B; 4UAV A; 4BXO A; 3LVV A; 1ZQG A; 3IG5 A; 4OJL A; 4QZD A; 5ALU A; 3BJY A; 1XSP A; 4KLI A; 4RZR A; 1OXJ A; 2E8N A; 3E2E A; 7ICT A; 3BQT A; 2FDR A; 3QXG A; 2EH9 A; 3V72 A; 3RAQ A; 1MC8 A; 2KVC A; 2HCF A; 2ZIW A; 2YB1 A; 1MA7 A; 3H8M A; 2EZZ A; 1RYU A; 5AKZ A; 3LWL A; 2VA3 A; 1SV4 A; 5KFE A; 1XO0 A; 4RNM A; 4RPZ A; 4NWI A; 1ZQT A; 1DK3 A; 4F8R A; 4RUA A; 5AHX A; 3BS5 B; 2C2R A; 3TKA A; 4AP9 A; 2MA1 A; 3PZP A; 3EZ5 A; 2EAP A; 2YMQ A; 1SWW A; 3NAS A; 4RT2 A; 1L8O A; 3ZDD A; 2OH2 A; 4JV0 A; 1SXD A; 5KFN A; 2YQE A; 1H38 A; 4KLQ A; 1JX4 A; 2FLN A; 4DSE A; 2IBK A; 5AKE A; 5AI9 A; 1J2M A; 5DQH A; 3HIL A; 5J2E A; 3T5J A; 5KAI U; 3GIJ A; 5KFJ A; 4YXJ A; 5J8Y A; 3HP6 A; 2WB1 F; 4DSJ A; 2HHW A; 3ZDE A; 5ALQ A; 4ED0 A; 2W8K A; 2OWO A; 2ZTD A; 4BDP A; 4DL4 A; 2XY7 A; 4EEY A; 4DL6 A; 1C20 A; 2PMZ C; 4Q45 A; 7ICE A; 4Y2Q A; 2V4R A; 1CEZ A; 2IHN A; 3T3F A; 2FMQ A; 4I2F A; 5C0Y A; 2ZUB A; 4IRK A; 4NLK A; 2LBO A; 7ICS A; 5AK4 A; 4CF5 A; 5A0L A; 5AKI A; 5AKH A; 1XSN A; 5T14 A; 3PSI A; 5AI0 A; 4ED8 A; 3OTQ A; 4M9J A; 2F1H A; 5HML A; 3G6X A; 2DUY A; 4FFD A; 4F5R A; 4YMM A; 3U26 A; 4RU9 A; 5IIO A; 4DOB A; 4IQW A; 4UAZ A; 3H4D A; 2JHD A; 3AU6 A; 4I2C A; 3L5K A; 9ICR A; 3UXN A; 5AM3 A; 2KJ9 A; 5J0S A; 2QB0 B; 5DB9 A; 5AM4 A; 2JXJ A; 4O3N A; 4RUC A; 3KKA A; 1RZT A; 2JEF A; 5ALL A; 1ZQQ A; 2PFN A; 1U9L A; 1YZ7 A; 3QUQ A; 5AK6 A; 5F9L A; 3OPX A; 3LK9 A; 5DBB A; 2DBY A; 4FE3 A; 4MEY A; 4EYH B; 3TAQ A; 5AKG A; 5J2A A; 5J0Y A; 4O3O A; 4GC7 A; 5ALW A; 2W11 A; 5J0X A; 4UAR A; 4P4O A; 2NRV A; 3JPO A; 4M0A A; 1T3Q A; 4QWC A; 1ED1 A; 1S0N A; 5L1L A; 4DSF A; 4I2G A; 4B9U A; 3SEN A; 2AJQ A; 3QE9 Y; 5AKY A; 3BQ2 A; 4DL7 A; 5ALN A; 3KHG A; 5KTQ A; 3ZDA A; 4EBE A; 3RJF A; 4IC9 A; 1B43 A; 1Z3E B; 1PK3 A; 2K89 A; 1KFD A; 2UVR A; 5KL8 B; 3NVW A; 5KFA A; 3FC4 A; 5J2G A; 4F93 B; 3Q8Q B; 2DPJ A; 4R66 A; 1BNP A; 3IHQ B; 2MUT B; 4QW9 A; 3AU2 A; 1WWV A; 4Y2P A; 1XS9 D; 1XU4 A; 1T8E A; 3B0Y A; 3NTU A; 1M6Y A; 5KFZ A; 1N48 A; 1T4G A; 3FDS A; 3RJI A; 2K4H A; 3NUQ A; 1ZQU A; 4FS2 A; 4I29 A; 2LI6 A; 1DRG A; 4CGZ A; 3RR8 A; 5H2F U; 3M7D A; 2LHT A; 5KFY A; 3SQI A; 3VC8 A; 3AM9 A; 4DSI A; 5CWR A; 4OJ6 A; 4Y2V A; 3N7S C; 4QW8 A; 1A76 A; 3DDH A; 2P6R A; 2MSN A; 2VA8 A; 4DO9 A; 5EWF A; 4NL9 C; 7ICO A; 3R9K A; 5J2J A; 4NLG A; 4CF4 A; 3AUO A; 2QAR A; 4PHP A; 2KFN A; 3F2B A; 7ICN A; 3F53 A; 3V7K A; 5KFC A; 1COK A; 1S9F A; 1HUO A; 1JI7 A; 4KX5 A; 5J0U A; 1ZQZ A; 3JPS A; 3BDP A; 1ZRN A; 2ZIU B; 3RH5 A; 1RPL A; 5L1K A; 4O5E A; 5ALR A; 2Y9T A; 5KFH A; 2HOI A; 3NS1 A; 7ICK A; 4FZM A; 4BWM A; 2HHQ A; 3GII A; 4Y2J A; 4DLG A; 5DG8 A; 3M8S A; 2HDO A; 3L3F X; 3SAG A; 8ICO A; 3O0F A; 4ECR A; 3MDA A; 1J97 A; 2JZB B; 1B0X A; 4G3I A; 1S76 D; 3SV3 A; 3IN5 A; 1Q46 A; 3D6J A; 3TAN A; 1O08 A; 3N7P D; 1ZQH A; 1SWV A; 1LVH A; 2ASL A; 1OW5 A; 4QZ9 A; 4F5P A; 1LKY B; 1IIP A; 2J6S A; 3Q8K A; 1IV8 A; 2CPR A; 3QUC A; 3C1Z A; 5J2H A; 3H0R B; 4UB2 A; 1BPD A; 2L5Y A; 5DGB A; 3C2M A; 4P4P A; 4ECS A; 4J9K A; 4RQ4 A; 9ICP A; 5DB6 A; 4ED1 A; 3PX4 A; 1TVA A; 3IRU A; 4OJP A; 4YG2 A; 3THV A; 4PZO A; 9ICV A; 1ZQE A; 4IRD A; 8ICM A; 2Z7J A; 4KIT B; 4QNL A; 2XC9 A; 1NZP A; 5KG7 A; 2PFP A; 3C28 A; 3GFK B; 3TAR A; 1UA1 A; 1SL2 A; 2VKQ A; 3NVY A; 1X40 A; 3AN1 A; 1UT5 A; 5HMM A; 2XY6 A; 1X9X A; 1FFV A; 4CE6 A; 8ICT A; 4Z6E A; 3N7R C; 4BUG A; 1S0O A; 3RTV A; 2DF4 B; 3Q8M A; 3I76 A; 3RJK A; 2WF5 A; 4DFK A; 4M47 A; 2K8B B; 3MGH A; 3RJG A; 3PST A; 2OYY A; 2WF6 A; 2RDI A; 4JWN A; 1NK8 A; 4DSL A; 4RQ3 A; 4C4T A; 4BWJ A; 4RPY A; 2R8G A; 5ALF A; 3WK5 A; 1HEK A; 7ICG A; 1JRO A; 2EDU A; 5KL1 B; 1L3U A; 1ARO P; 3ISB A; 2W9C A; 1N5X A; 2R18 A; 2R8I A; 2OCE A; 5BOM A; 2P66 A; 4M04 A; 1QQ6 A; 2KVS A; 2ZIX B; 2XCA A; 4P0P B; 3NRZ A; 1SGG A; 4XUS A; 1ZQV A; 5DDY A; 2VIX A; 1NK7 A; 1J2N A; 5HP4 A; 5AIA A; 3KD3 A; 1ZQY A; 5ALK A; 2KV2 A; 2KZZ A; 5ALT A; 1DXS A; 2JH1 A; 3PML A; 2ZXI A; 2G09 A; 4YMN A; 1PUZ A; 3PR4 A; 3WK8 A; 2RP5 A; 4ED7 A; 1RYS A; 4JK1 A; 2RDJ A; 4Q44 A; 4M9G A; 2G06 A; 4KLH A; 3PW4 A; 2KE7 A; 4J03 A; 2KIW A; 3ISD A; 4HAI A; 5ALG A; 4DFJ A; 4YD2 A; 3QU4 A; 3F5E A; 1DOQ A; 4QZF A; 4GC6 A; 8ICX A; 5ALO A; 3J81 j; 3N28 A; 4F72 A; 3CRX A; 2H3V A; 1X9W A; 3Q8S B; 2FLP A; 4K4G A; 5KG0 A; 9ICU A; 3V6K A; 2I6X A; 4R8U A; 4X5V A; 2WB1 C; 2BR0 A; 3WKC A; 5KFS A; 3M9N B; 3MGI A; 5EWG A; 4Q8E A; 5E79 U; 1F5S A; 1WUD A; 5AM5 A; 2NO4 A; 2AHO B; 1QCK A; 1C7Y A; 2G5I B; 1X66 A; 3B0X A; 5AI4 A; 3PMN A; 2KSO A; 5DB8 A; 1X9M A; 4GXJ A; 4JMU A; 4EX7 A; 4Y2R A; 2BQU A; 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2F77 X; 4F50 A; 1T3N A; 3IM1 A; 4DLE A; 1DGS A; 5TZV A; 3QU7 A; 4YN4 A; 3SR6 A; 3UXP A; 1Q3U A; 4KMO B; 2G0A A; 5ALI A; 4C8O A; 2AGP A; 2BQR A; 1MSW D; 4UB6 U; 4C8K A; 5JTI A; 5G5G A; 2GH1 A; 4JV1 A; 1ZQW A; 5KFL A; 9ICK A; 1D8L A; 9ICN A; 1TKD A; 5ALY A; 4J9M A; 1X6I A; 5KG3 A; 4FS1 A; 5KFF A; 1WYG A; 8ICN A; 7ICJ A; 1FEZ A; 3PW2 A; 1L7N A; 4DQS A; 4KLE A; 4C4R A; 4ICA A; 4OJO A; 5EE1 A; 4F2S A; 2QB0 A; 4Y2X A; 4C0Z A; 4M9H A; 4I28 A; 1X42 A; 5D49 A; 1RM6 C; 4KLJ A; 4MEX A; 2B0C A; 3C1Y A; 1S97 A; 4A8E A; 3H8J A; 3QNM A; 1S5L U; 1URJ A; 2ASD A; 3F2C A; 2EQY A; 1K1Q A; 1A0P A; 3OJU A; 3PO5 A; 1S77 D; 2VJ4 A; 3UQ0 A; 2WFA A; 3Q8P B; 5J0R A; 2H3Z A; 1RDF A; 1JXE A; 3NGD A; 5J0P A; 4R63 A; 5J0O A; 2BZF A; 4U6P A; 4PHE A; 2JMG A; 1PZN A; 4NLB A; 2KN7 A; 2ZTE A; 4CF3 A; 4JWM A; 5KAF U; 2F2A B; 2QKQ A; 4KLL A; 1QSL A; 3G6Y A; 3V6J A; 4Q8F A; 4NXZ A; 3QYP A; 3RFA A; 3MR6 A; 3QX7 A; 1MN8 A; 4EEK A; 4AYB F; 4QWD A; 3Q8R B; 2Y0S C; 2ZJ8 A; 1A77 A; 1JN3 A; 4ELT A; 2K4P A; 2MUT A; 1JRP A; 9ICX A; 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