The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
SVLSGKKADELEKIRLRPGGKKKYMLKHVVWAANELDRFGLAESLLENKEGCQKILSVLAPLVPTGSENLKSLYNTVCVIWCIHAEEKVKHTEEAKQIVQRHLVVETGTAETMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of SIV matrix antigen and implications for virus assembly.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Simian immunodeficiency virus - mac
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| molecule keywords |
GAG POLYPROTEIN
|
| total genus |
37
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2000-01-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K4E A; 2N1R A; 2K4I A; 1ECW A; 2HMX A; 4ICA A; 1TAM A; 4JMU A; 2LYA A; 1ED1 A; 1UPH A; 2H3V A; 2GOL A; 1L6N A; 2H3Z A; 1HIW A; 2LYB A; 2H3I A; 2H3Q A; 1A6S A; 2JMG A; 2NV3 A; 2K4H A; 2H3F A; 1HEK A; 4IC9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZTD A; 4HAI A; 3WKC A; 4UQG A; 2HHQ A; 4PL2 A; 2DPJ A; 3WKE A; 4B9V A; 1SXE A; 2QAR A; 3GQC A; 9ICV A; 1ZQE A; 1SL2 A; 4Y2Q A; 5A0L A; 5ALJ A; 2HHW A; 1TK0 A; 4E0D A; 5ALE A; 4ZH4 A; 3PR5 B; 7ICR A; 4O5E A; 2BDU A; 2Y9U A; 3IN5 A; 4M9H A; 5ALR A; 4DFK A; 4ELU A; 5L1L A; 2H3I A; 3H8J A; 2F44 A; 3VCB A; 2IHN A; 1IG6 A; 1WWU A; 4RU9 A; 1BPY A; 1LVH A; 3F5E A; 5KFQ A; 5AI9 A; 1MSW D; 8ICE A; 8ICH A; 1X6I A; 4B6J A; 5ALH A; 3UM9 A; 4OJP A; 1WCL A; 5ALO A; 1UPH A; 4I2H A; 2VAN A; 3K1Z A; 8ICG A; 3ZD9 A; 2G08 A; 8ICU A; 2UVU A; 3V7L A; 4DL6 A; 2K8B B; 4QIW C; 3Q8L A; 1HUZ A; 4DFJ A; 4DEZ A; 4C8M A; 3C29 A; 5ALW A; 2AXT U; 4LJX A; 5KG1 A; 3GZF A; 2KFN A; 2C2D A; 2C28 A; 4F72 A; 1N61 A; 2KVS A; 4I29 A; 4P4M A; 1NZP A; 5ALP A; 1RXV A; 3AUO A; 2IOF A; 4NXZ A; 2JH7 A; 2RRD A; 2QB0 B; 2W54 A; 2RDJ A; 3PO5 A; 2NRX A; 9ICF A; 4RQ0 A; 3LWM A; 2JEJ A; 1COO A; 1XWL A; 5H2F U; 1QSS A; 4MFA A; 2OM6 A; 4QZI A; 4F5P A; 1T8E A; 1Q8K A; 4F5Q A; 2ATL A; 1K1S A; 2YB4 A; 4YP3 A; 3LWL A; 4I2D A; 4EEK A; 4F4X A; 1D8Y A; 5KG2 A; 1KFS A; 4JV2 A; 2W9M A; 1SV4 A; 2YB1 A; 3KHR A; 1XO0 A; 3MR3 A; 2I9G A; 4F71 A; 3BS7 A; 2R8J A; 3H0R B; 2AJQ A; 4YXM A; 3S6J A; 3ISD A; 9ICU A; 1ZQQ A; 5EE1 A; 1BGX T; 4YR2 A; 1M6Y A; 4RNN A; 2GLE A; 1SWW A; 5J2K A; 5KAI U; 1MN8 A; 5J2J A; 1KDH A; 4O5K A; 2LM1 A; 1A6S A; 4GIB A; 2RQ5 A; 4FS1 A; 3EWA A; 4P0P A; 5AM1 A; 4DL4 A; 2E8M A; 4QIW F; 4PHD A; 1JI7 A; 8ICJ A; 4NLZ A; 3U26 A; 8ICV A; 2JZB B; 5J2B A; 4DS5 A; 4KLH A; 4QZD A; 3I28 A; 4I2I A; 3IG5 A; 2DKX A; 1ZQA A; 3WK5 A; 3BDP A; 4I2C A; 4U6P A; 2KN7 A; 4KLG A; 4WJ3 B; 3C5G A; 4C8K A; 5AHX A; 4QNL A; 1JUD A; 2FMP A; 2BQ3 A; 1WYG A; 4DS4 A; 1ZQZ A; 2QAR B; 1TV9 A; 5KTQ A; 9ICN A; 2ZXH A; 3H7I A; 1MC8 A; 3MR5 A; 5DB7 A; 5DBB A; 1Q3U A; 3ZD8 A; 4KIT B; 5ALX A; 5AM3 A; 4QJF B; 2I1Q A; 3Q8Q B; 5AKX A; 2VJ5 A; 5AK4 A; 4PZO A; 8ICL A; 3BQ1 A; 1ZQM A; 2YMM A; 3KHG A; 4GXI A; 4TQR A; 4F4Z A; 1ZQO A; 3ONN A; 5L1M A; 1VJ5 A; 2MU2 A; 2YML A; 2V4Q A; 1L7P A; 5ALL A; 4I2E A; 1CI4 A; 3TAC B; 4Z6C A; 4MF2 A; 3D2Q A; 5IIL A; 3TAR A; 2FPL A; 2NV3 A; 4F2R A; 3H8M A; 5DB6 A; 1UCV A; 2F77 X; 1XC9 A; 9ICR A; 9ICQ A; 2JV3 A; 3V6K A; 1ZET A; 4YVZ A; 3BQ7 A; 2WHE A; 4Q43 A; 4M04 A; 7ICT A; 3RH6 A; 4UB3 A; 1C20 A; 3Q8R B; 2ISO A; 2G06 A; 3EPG A; 5IIK A; 9ICX A; 4QZH A; 3QE9 Y; 4NLB A; 7ICP A; 5CR0 A; 2DWQ A; 2PFQ A; 3NVZ A; 1L3S A; 5KFW A; 4O0I A; 3PW7 A; 3QUC A; 1D9F A; 1NKE A; 2ESE A; 4YD1 A; 2KEY A; 1N56 A; 1X9M A; 2IOH A; 3JPP A; 1IM4 A; 2HCF A; 2AGO A; 5KFO A; 3MR6 A; 4KX5 A; 4NJ8 A; 4QZ8 A; 1PVR A; 1Z4O A; 3JPN A; 4UAR A; 3HJE A; 2OHF A; 3IDW A; 4EBC A; 2KZZ A; 1UA0 A; 1A76 A; 4F8R A; 3MC1 A; 2W9C A; 1TKD A; 1TAM A; 3BQ0 A; 5DG9 A; 7ICM A; 1OXJ A; 3K75 D; 1ZD4 A; 5J0W A; 4X5V A; 5KFU A; 5TZV A; 3CYM A; 2ZJ5 A; 3IG8 A; 1SXD A; 1X40 A; 3OJU A; 2YQE A; 5CA7 A; 4NL9 C; 1PVP A; 4PGY A; 2DBY A; 4LZG A; 4GC6 A; 4KLI A; 5ALF A; 2J6U A; 3QU2 A; 1D9D A; 2F76 X; 2F1J A; 4M9G A; 3NAS A; 2H3Z A; 3BJY A; 4ED0 A; 5IIJ A; 3LK9 A; 5CHG A; 3NVW A; 4P0P B; 3DEE A; 8ICZ A; 2IMW P; 3TAD A; 3KFU F; 4Q8E A; 3PW0 A; 2P6U A; 2KKV A; 3PY8 A; 1WUD A; 5KG6 A; 3QEB Z; 4Y2S A; 2VA8 A; 4XA5 A; 4B9U A; 4ED7 A; 5DG8 A; 3AL0 B; 4RT3 A; 5KFL A; 5G5H A; 8ICS A; 4PL1 A; 2OWO A; 3C5F A; 5KFM A; 2KJ8 A; 3TAP A; 3N7R C; 4C80 A; 1X2I A; 1ZD3 A; 1IIP A; 3H0M B; 2OH2 A; 1BPB A; 3E58 A; 4I2J A; 2BPC A; 4QZA A; 2K89 A; 1XNS A; 4DWI A; 1ZQB A; 3CNH A; 2C2E A; 3ZDA A; 1NNL A; 5KL8 B; 4O3N A; 4US9 A; 2WF9 A; 4RT2 A; 2HOI A; 2RLT A; 3RRG A; 7ICK A; 2PFP A; 2ZIV A; 5DQG A; 2NO5 A; 3JPS A; 3WU2 U; 3R9K A; 2K4I A; 4QZ9 A; 1EXN A; 3GIK A; 9ICP A; 3A0H U; 1RQN A; 3EZ5 A; 2RDI A; 4BWM A; 2WF5 A; 3QU5 A; 1SKR A; 1SV0 C; 1L3T A; 4UAW A; 5DLF A; 4GFJ A; 4F93 B; 7ICN A; 1Z4N A; 1B43 A; 5CP2 A; 2G5I B; 3JPR A; 2YTU A; 3ZDE A; 1RXW A; 4ED6 A; 1YZ6 A; 5DQH A; 1RYU A; 4R8U A; 4OJO A; 2Z7J A; 3V6H A; 2ALZ A; 3HKZ C; 4M47 A; 4OD0 A; 3QU9 A; 1XSN A; 2IOF K; 2HI0 A; 2HBM A; 2R8K A; 3QUB A; 3EYZ A; 4EEN A; 2A19 A; 2HMX A; 3NVV A; 1RQL A; 3H0L B; 1UT8 A; 1A0P A; 1KFD A; 4K4G A; 2KSO A; 4KLT A; 3BZC A; 3C2M A; 2BQR A; 2E1F A; 4KLM A; 3HPO A; 3WKB A; 2UVV A; 4IRC A; 3G6X A; 3SV3 A; 4KN7 A; 1B22 A; 1T94 A; 5EWE A; 3F5A A; 9ICI A; 4QZG A; 4EYH B; 3RJK A; 3J81 j; 2FMS A; 2J6S A; 1DGS A; 3CRX A; 3VC8 A; 3QU7 A; 4KMU A; 4DOA A; 1ZQJ A; 3M6K A; 1PUZ A; 1SL1 A; 9ICK A; 8ICN A; 3TAQ A; 5JU5 A; 4F5R A; 1X6J A; 2MA1 A; 1ZRM A; 3AQE A; 4I27 A; 1SL0 A; 4ECU A; 1T7P A; 4B9L A; 4QWC A; 2VIX A; 3L3F X; 5ALU A; 2KE7 A; 1S10 A; 2YX8 A; 1ZQT A; 1QSY A; 5AIA A; 5DGB A; 1LKY A; 8ICW A; 1S97 A; 2BQU A; 2FMQ A; 5CEH A; 1DK3 A; 1T4G A; 2W8L A; 4C7Y A; 2YY6 A; 4GLX A; 1PZN A; 3HKZ F; 2AQ4 A; 4TUS A; 4RQ3 A; 2B6G A; 2DF4 B; 1UQV A; 4IRD A; 4JUZ A; 3H8W A; 1KRP A; 2JRZ A; 2JZB A; 2YMQ A; 4NM2 A; 5AKI A; 3D6J A; 2F8L A; 5AI4 A; 3L4P A; 2E5S A; 4YMM A; 4UBB A; 2EAM A; 2GO7 A; 4Y2R A; 4IQT A; 1RG6 A; 2A1A A; 2EAN A; 2W55 A; 2ASL A; 4F2S A; 4EZ9 A; 4RQ5 A; 1QTM A; 2FE9 A; 4J9P A; 5ALY A; 3H4B A; 3C23 A; 3RB4 A; 1QSL A; 4YN4 A; 3MR2 A; 4ECZ A; 3LDA A; 3PNC A; 4FFD A; 5KFZ A; 1SKW A; 5J0S A; 5B5E U; 4RPZ A; 2ZIV B; 1RYR A; 3QEA Z; 2MSN A; 2EZZ A; 3RJE A; 2P6R A; 3BQ2 A; 4KMO B; 2V4R A; 3OHA A; 1TK5 A; 5ALN A; 3MFI A; 3RJF A; 9ICC A; 1NK7 A; 4DQR A; 1TAQ A; 3OSP A; 2YMP A; 3ZI4 A; 4EZ6 A; 3SEN A; 4Z6F A; 3RJG A; 1PK3 A; 2ZJ8 A; 4NLK A; 4LZD A; 3M9M B; 3RBE A; 1DK2 A; 3KKA C; 1Y88 A; 4KLJ A; 2GWS A; 2JH1 A; 4RQ2 A; 1QQ7 A; 1IV8 A; 4RUC A; 1ZQP A; 2PKE A; 2W3S A; 1BPE A; 4QW8 A; 4K4H A; 1ARO P; 1LV5 A; 3C2L A; 4R8U B; 2MUT A; 2VJ4 A; 5J29 A; 2XGP A; 1JN3 A; 1KFT A; 4MFC A; 1QLN A; 3ETL A; 5AM5 A; 4P2H A; 2JEI A; 2KD1 A; 5AM2 A; 5J2I A; 1KN5 A; 2BKE A; 2IBK A; 1J2M A; 1FO4 A; 3RFA A; 2AGQ A; 2R18 A; 3B0Y A; 2K60 A; 2G09 A; 3N4M B; 5KFN A; 5AK6 A; 4DFD A; 2K4E A; 4M6W A; 1L7O A; 2KSO B; 1TAU A; 1PK1 A; 4M9J A; 5HR7 A; 4O3R A; 3MAB A; 1PVQ A; 4MF8 A; 2OXO A; 2F8K A; 1X66 A; 2BGW A; 1L7N A; 5KFE A; 1ZJM A; 2K4P A; 3PSI A; 4R65 A; 3SMV A; 5ALQ A; 9ICJ A; 2ZIX A; 3M9N B; 2BPG A; 3AM9 A; 2V9W A; 2MRL A; 1Q3V A; 3AQF A; 2A3V A; 3WK7 A; 4PH5 A; 1S8O A; 3I1Y A; 5HHH A; 4KLQ A; 3GIJ A; 4Q44 A; 5BOM A; 3NGD A; 5DGA A; 5HHI A; 2KOB A; 5IIO A; 3ZDC A; 4J9O A; 5KFX A; 3RJI A; 2JHD A; 3V7J A; 5CRX A; 2DFL A; 1SGG A; 1SB3 C; 4J9Q A; 2M0N A; 2FLP A; 5B66 U; 5EOZ A; 4U7C A; 1LKY B; 2UVW A; 1TVA A; 3UXN A; 1BPX A; 1ZRN A; 2NRW A; 3QU4 A; 4EEY A; 4CCH A; 4UAU A; 2HSZ A; 2BR0 A; 2RP5 A; 4FZL A; 8ICY A; 5HMM A; 2OCE A; 1N63 A; 3SV4 A; 5KFV A; 2LYH A; 5KFD A; 2H5X A; 2NRV A; 4RZR A; 3PR4 A; 1NK6 A; 5ALS A; 1JRO A; 4I2F A; 3QUT A; 4R66 A; 1L6N A; 3D2N A; 1J2N A; 4Y2V A; 1ZQN A; 3K1R B; 2HDO A; 1VDV A; 1CRX A; 2XCA A; 4ED8 A; 4DL7 A; 4BDP A; 1ZQU A; 4TQS A; 3V6J A; 3OJS A; 1SZP A; 3QXG A; 4DL3 A; 3GIL A; 3KZX A; 2DPI A; 1ZQW A; 1JMS A; 4QZE A; 1YT3 A; 2GOL A; 1AQ6 A; 3ICX A; 4ED2 A; 2ZG6 A; 3T79 A; 2AHO B; 1ZQF A; 5TIS U; 4DQI A; 5AI5 A; 3KOO A; 3LYS A; 3M8S A; 5KL1 B; 4MFF A; 1A77 A; 8ICX A; 4Z6D A; 2IA6 A; 1NKB A; 1IXR A; 4I28 A; 3MBY A; 3NS1 A; 4DL2 A; 9ICE A; 4EBD A; 4C4S A; 2DQN B; 3GU3 A; 3HW8 A; 2FPM A; 4I2B A; 3FM9 A; 1FFU A; 3KTQ A; 5J0O A; 2NRT A; 2H3F A; 4YCX A; 3IP4 B; 5J2F A; 4XRH A; 2MUT B; 4PGX A; 1P7D A; 5DDM A; 2XID A; 3F2B A; 4P4P A; 2F1H A; 4PHE A; 5AK5 A; 4DSJ A; 4Y2Y A; 2F3N A; 5CWR A; 3HT3 A; 1U49 A; 3IM1 A; 4JWM A; 5ALK A; 3PSP A; 4YMO A; 4YXJ A; 2J6T A; 3BQT A; 2AQ0 A; 4TUQ A; 4M6W B; 1PK1 B; 7ICV A; 3MGH A; 3MDC A; 1ZQL A; 5C0Y A; 2FLN A; 5J0Y A; 4ZOH C; 4EBE A; 1OW5 A; 3OGU A; 2JEG A; 2A1J A; 7ICU A; 4CF3 A; 1NKC A; 2ZXI A; 2XO7 A; 5BOL A; 4RQ7 A; 5J2H A; 4UAV A; 2HHX A; 4KLD A; 2NYV A; 3PV8 A; 4OO1 J; 5G5G A; 2ZIX B; 4XUS A; 4PPX A; 4J9R A; 4B9M A; 2Q0Z X; 3NRZ A; 5ALZ A; 4P0Q A; 3H4D A; 7ICF A; 4UB6 U; 1JXE A; 5AIC A; 8ICF A; 3MGV A; 7ICL A; 2KTQ A; 7ICI A; 2KHV A; 5KFC A; 4QZF A; 3E0F A; 4XQ8 A; 5T14 A; 1SWV A; 1D8B A; 3SAG A; 4RQ8 A; 5KFA A; 2WTF A; 4Y2U A; 2KVC A; 5KG7 A; 5J0T A; 4EX6 A; 4YR0 A; 2B21 A; 2LI6 A; 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2KJ9 A; 1NJY A; 3QYP A; 4OJ5 A; 4RQ1 A; 2ODG A; 2AGP A; 4BXO A; 4NLG A; 1JRP A; 5J0U A; 3UMC A; 1B4F A; 3KZI U; 4NV0 A; 3EUB 2; 2KG5 A; 3Q8K A; 5EE9 A; 4DFM A; 3UMB A; 4P0Q B; 3SAF A; 4YQW A; 2VA3 A; 4FBU A; 5J8Y A; 4QZC A; 1Z00 A; 2E1E A; 3G6Y A; 1UHU A; 3G6V A; 3PMN A; 5AKE A; 2BCR A; 1V97 A; 4NM1 A; 3Q8M A; 2QB1 A; 4O3Q A; 4M2Y A; 3E2E A; 4PGQ A; 5CJ7 A; 4EYI B; 5DB8 A; 5JUM A; 4DSF A; 4GC7 A; 2OYY A; 4CGZ A; 3AU6 A; 4C8N A; 5ALI A; 4DQP A; 4RQN A; 4MEX A; 5KG4 A; 4ACO A; 2WB1 C; 1NK9 A; 4PZN A; 1ZD2 P; 3SYZ A; 4MHV A; 1UA1 A; 5ALV A; 4KLF A; 5KFT A; 5L9X A; 1SZH A; 3H40 A; 2ZIW B; 3GDX A; 3RJH A; 1ZQK A; 3V72 A; 2PMZ C; 3WK6 A; 1NK8 A; 4ELV A; 4DL5 A; 5KAF U; 5KT6 A; 3Q8S B; 3C1Y A; 1Z1V A; 3QNM A; 1ZQH A; 1U47 A; 2D3D A; 9ICG A; 4FE3 A; 2EAP A; 3LVV A; 4ELT A; 3C1Z A; 4YMN A; 8ICM A; 5K4L A; 2PI4 A; 1DOQ A; 4IQU A; 5KFI A; 2BCU A; 3SI8 A; 4F4W A; 4Q8F A; 2ZUB A; 5III A; 5KG3 A; 3ORY A; 5BPC A; 1U48 A; 9ICA A; 3T3F A; 1ZD5 A; 5KFB A; 5J0P A; 4F5N A; 2XC9 A; 3GFK B; 2EQY A; 7ICS A; 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