The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
SVLSGKKADELEKIRLRPGGKKKYMLKHVVWAANELDRFGLAESLLENKEGCQKILSVLAPLVPTGSENLKSLYNTVCVIWCIHAEEKVKHTEEAKQIVQRHLVVETGTAETMP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of SIV matrix antigen and implications for virus assembly.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Simian immunodeficiency virus - mac
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| molecule keywords |
GAG POLYPROTEIN
|
| total genus |
37
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2000-01-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2H3Q A; 2GOL A; 1HEK A; 4IC9 A; 2LYA A; 1HIW A; 1TAM A; 1ECW A; 2JMG A; 2H3F A; 2N1R A; 1ED1 A; 2K4I A; 4ICA A; 2H3V A; 2NV3 A; 2H3I A; 2HMX A; 1UPH A; 4JMU A; 2H3Z A; 2K4E A; 2LYB A; 1A6S A; 1L6N A; 2K4H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZUD A; 2W3S A; 4P0P A; 3RBD A; 2KNJ A; 2VAN A; 1JRO A; 3BQ0 A; 4R8U B; 5ALF A; 4YCX A; 9ICB A; 1IIP A; 1X9X A; 5CRX A; 5AHX A; 2FDR A; 4KLJ A; 1U49 A; 4J9P A; 3ZD8 A; 5AKZ A; 2E1F A; 4F71 A; 3RRH A; 4RQ3 A; 3HKZ F; 3MBY A; 3RH5 A; 5J2D A; 2HHQ A; 2J6U A; 4F8R A; 1L7M A; 1XC9 A; 2AHO B; 4M04 A; 4F4Y A; 3GU3 A; 3RJH A; 3T5H A; 3RB4 A; 2DBY A; 1D8Y A; 4KX3 A; 2F76 X; 2XCP A; 2LYB A; 4QZI A; 2HHU A; 4ED1 A; 4Y2U A; 3UXO A; 2YTU A; 3Q8S B; 1KEJ A; 1CI4 A; 5CR0 A; 1X40 A; 3PML A; 1JUD A; 3Q8P B; 2DWQ A; 2C2R A; 3SV3 A; 4I2D A; 1BPD A; 1PK1 B; 7ICV A; 7ICH A; 1J2N A; 2P35 A; 2YN4 A; 4NL9 C; 1X2I A; 1V85 A; 2ISO A; 3HPO A; 1TK0 A; 4P4P A; 4KLE A; 2F3N A; 4O9M A; 4F5O A; 2QKQ A; 2UVW A; 3GZF A; 1QQ6 A; 2HOI A; 2L5Y A; 1WWU A; 5J0Y A; 2WB1 F; 9ICV A; 8ICV A; 4EZ6 A; 3HKZ C; 4QZD A; 5G5H A; 5ALO A; 2Z7J A; 1RDF A; 1PVR A; 1JXL A; 2EZY A; 5CWR A; 4Y2V A; 3DDH A; 9ICU A; 5J2B A; 4IQU A; 4JWM A; 2OH2 A; 4K4I A; 4B6J A; 2DF4 B; 5J2A A; 8ICI A; 1JAL A; 3N7S C; 4NLZ A; 4M6W B; 5JRT A; 4DL5 A; 5AKE A; 2UVR A; 9ICR A; 4DSJ A; 3F2B A; 2AU0 A; 3U26 A; 5FP0 A; 4Z6D A; 3N4M B; 8ICK A; 1X42 A; 2W03 A; 4M6W A; 5KAF U; 3F2C A; 4Y2X A; 2HBM A; 2YY6 A; 4F4W A; 5J0X A; 3JPS A; 1ZQ1 C; 2HHV A; 4ELV A; 1RPL A; 2HSZ A; 2KJ5 A; 4F5N A; 1K1Q A; 3K75 D; 4USA A; 2A19 A; 1SL0 A; 4F5P A; 3I28 A; 4KLM A; 3PNC A; 1SZP A; 1TFR A; 4HYK A; 2WB1 C; 1S9F A; 2KP7 A; 4Q43 A; 1XSL A; 3RB6 A; 3B0Y A; 5KT7 A; 4XRH A; 2HCF A; 3V6K A; 4XUS A; 1MN8 A; 3EPI A; 5DB6 A; 2XY5 A; 5KG5 A; 4O3Q A; 4BWJ A; 3UPQ A; 1KFT A; 3WK7 A; 2RLT A; 5AIB A; 1XO1 A; 2B0C A; 3RJG A; 2JGA A; 2KVC A; 1X9M A; 1QSL A; 1H38 A; 5CHG A; 4ECZ A; 4IQT A; 1WCN A; 1XNS A; 1Z4N A; 5F9N A; 1GO3 F; 3QXG A; 2AJQ A; 5KFN A; 2E8P A; 4AYB F; 4DSF A; 5IIM A; 4UBC A; 4QJF B; 1N62 A; 1SZH A; 3HRD D; 2ES6 A; 3SEI A; 1OUQ A; 2DQN B; 1ZD2 P; 2IA6 A; 4ELT A; 1KN5 A; 2W55 A; 5AKX A; 2FMP A; 3AQF A; 2Y1J A; 5B66 U; 2AH5 A; 3CYM A; 1J97 A; 4YR2 A; 2V4Q A; 2N1R A; 2Y1I A; 5KT4 A; 1NZB A; 3V7K A; 4EEY A; 1YZ7 A; 1B4F A; 4M9G A; 2KZM A; 2ZJ5 A; 4RQ7 A; 4FZN A; 1IXR A; 4DFP A; 4O3O A; 5CJ7 A; 4U7C A; 1N61 A; 2VA3 A; 3RH4 A; 4QZB A; 2KVS A; 2XGQ A; 1U9L A; 4YMN A; 8ICM A; 4RQ6 A; 1JN3 A; 1KRP A; 5KFC A; 4FO6 A; 5EE3 A; 1JRP A; 3JPN A; 2YB4 A; 4PHD A; 3KBB A; 4YD2 A; 3ZDB A; 2AQ0 A; 2JH7 A; 3PSI A; 2K60 A; 1U47 A; 1SXE A; 1ZJM A; 3QYP A; 4ECX A; 4RQ2 A; 2FMS A; 2KZZ A; 2I1Q A; 4JMU A; 1AQ6 A; 5HR6 A; 4AYB C; 3PZP A; 2K89 A; 4OJO A; 4KLT A; 5ALT A; 5J29 A; 1DGS A; 1Z4O A; 4RQ0 A; 4J9R A; 1XSP A; 1Z3E B; 1BPB A; 4DQI A; 4JV2 A; 3KKA C; 4DSK A; 1MQ3 A; 1B22 A; 4PHE A; 4DLE A; 2NRZ A; 4NL9 A; 4YQW A; 1L3T A; 1COK A; 5D4B A; 5DGB A; 2WF9 A; 3ZDC A; 7ICT A; 4UAY A; 4DQP A; 1SB3 C; 3AU6 A; 3UXN A; 3NRW A; 2XID A; 3M9O B; 1QSS A; 4Y2J A; 3F53 A; 2XI9 A; 3C2M A; 5KFX A; 4KLG A; 5EE9 A; 3L3F X; 3SV4 A; 2YMM A; 4A8E A; 3H0M B; 5KFF A; 4O3M A; 4DF4 A; 1Z19 A; 5F9L A; 1MA7 A; 4RPX A; 3H8M A; 1NKE A; 2HHS A; 1ZQK A; 1FEZ A; 4C8N A; 1Q3V A; 1O08 A; 5KFU A; 3UXP A; 3JPP A; 2KSO B; 1VLB A; 3BQ1 A; 4C8M A; 3NVW A; 4Y2S A; 1YT3 A; 3Q8M A; 1ZJN A; 2ATL A; 1ZQN A; 4UB8 U; 3KHR A; 3HJE A; 1T3Q A; 2PKE A; 4QNL A; 1N56 A; 5KFZ A; 5AK3 A; 3L5K A; 3C29 A; 3IN5 A; 3RJI A; 2JEF A; 3LDA A; 5JTI A; 1QSY A; 1QLN A; 4OJ5 A; 2KHV A; 2WF8 A; 1UHU A; 1KFS A; 2WF6 A; 2HMX A; 1KDH A; 1ZQS A; 4KLL A; 1ZQM A; 4QZF A; 5DLF A; 3RJJ A; 4B9U A; 4EX7 A; 7ICJ A; 2FPM A; 3HW8 A; 9ICP A; 2KE7 A; 3PSF A; 4K4H A; 3C2L A; 2P6R A; 1L5U A; 3OSN A; 1D8L A; 3ETR A; 4DOC A; 4MFA A; 4KN4 A; 2OWO A; 2BHN A; 4IL6 U; 2WF5 A; 2YX8 A; 2DL0 A; 4FFD A; 2F44 A; 5HR7 A; 5AM4 A; 3T3F A; 3UMB A; 8ICN A; 4UAT A; 4EYH B; 7ICI A; 3K1Z A; 5DG7 A; 5KFA A; 4BDP A; 3N97 B; 2JRZ A; 2RHF A; 4ECU A; 2W54 A; 1Q3U A; 3LK9 A; 7ICR A; 5KFR A; 3H4D A; 5KT2 A; 4C8O A; 2G5H B; 5J8Y A; 4OCZ A; 3QEA Z; 1XS9 D; 4KLU A; 2CN1 A; 3LWM A; 4M47 A; 5DQG A; 4YMM A; 2ZG6 A; 1RYR A; 3TQ1 A; 1ZQC A; 4RUA A; 4UB5 A; 1L3U A; 2EAO A; 4RZR A; 3QU4 A; 4RPY A; 3PV8 A; 5DDY A; 3ICX A; 2LBO A; 4TUP A; 3ZDD A; 4NLG A; 1ZQR A; 2BKE A; 4US8 A; 3UMC A; 5J2G A; 2ZTD A; 2H5X A; 4B9M A; 1S0N A; 9ICA A; 4DFK A; 5AK6 A; 5KG4 A; 5AKL A; 1ZQO A; 1COO A; 3G6Y A; 2XIC A; 4ECR A; 3IG8 A; 3M9N B; 1KW4 A; 2FJ6 A; 3KHH A; 9ICC A; 4NM1 A; 4DF8 A; 2GLE A; 4JB3 A; 3WK4 A; 5KFY A; 3FAH A; 4M9J A; 1EXN A; 2PXI A; 1ZQG A; 2JEG A; 1ZQX A; 2BCQ A; 4G3I A; 1T8E A; 4QWE A; 2KZ3 A; 1LVH A; 2W9C B; 3GDX A; 4ECY A; 4M0A A; 5KG3 A; 3WKC A; 5DG8 A; 3D2S A; 4YMO A; 2H3V A; 1J2M A; 3MFI A; 1NK7 A; 7ICN A; 2C2E A; 4BJQ A; 2W9C A; 3DEE A; 5ALP A; 4GFJ A; 3FM9 A; 1FIQ A; 4I2C A; 2I5H A; 2B21 A; 2XY7 A; 1M6Y A; 2ESE A; 4ELU A; 1ZYQ A; 4QZC A; 4KIT B; 2IMW P; 3QNM A; 2I6X A; 1ZQW A; 1A76 A; 3BZK A; 3C2K A; 3SZ2 A; 2JH1 A; 2AGP A; 2K8A A; 3E0F A; 3F5A A; 3TAD A; 1X66 A; 4C0Z A; 5KFH A; 3IG5 A; 3JPR A; 3T5J A; 5J0R A; 3SAF A; 7ICG A; 5CB1 A; 4OO1 J; 5E79 U; 3RJK A; 1Y88 A; 4KLQ A; 4ED8 A; 4F91 B; 3JPQ A; 3KHL A; 5ALI A; 1N48 A; 2OHF A; 4RPZ A; 1NK8 A; 4B9N A; 1ZQL A; 4EEN A; 3NAS A; 2FPK A; 1DRG A; 3H4B A; 1SV0 C; 3RR8 A; 3NVV A; 5ALD A; 1HUO A; 3Q8R B; 2HOF A; 4O3S A; 4J9O A; 3ETL A; 4QZE A; 4ED7 A; 1NK9 A; 4Y2P A; 4Z6C A; 3LYS A; 5AK4 A; 1L8O A; 4RUC A; 3ISD A; 3SQI A; 4CRX A; 3T5K A; 2F1I A; 2NRX A; 2ZUB A; 4UAS A; 1ZQQ A; 1PVQ A; 1S77 D; 3OHB A; 5ALE A; 1SV4 A; 1KBU A; 2VKQ A; 5KT6 A; 4YN4 A; 5AKI A; 1T94 A; 2CPR A; 4PL2 A; 5IIO A; 4JUZ A; 2K4P A; 1S0O A; 4IR9 A; 4O3R A; 2GOL A; 3N7P D; 2RDI A; 5GTI U; 4YXM A; 2O6K A; 4LJX A; 4FBU A; 5KFL A; 3FC4 A; 5IIK A; 1RXV A; 5D46 A; 3C1Y A; 4ACO A; 4Y2Y A; 2BQR A; 1DK2 A; 5BPC A; 9ICM A; 2VIX A; 3PR5 B; 1F44 A; 4R63 A; 3PX6 A; 3MDA A; 1NK5 A; 1UT8 A; 1ZQT A; 1FFV A; 5ALS A; 4B9L A; 1PK3 A; 2QLT A; 5KNI A; 2KIV A; 2LM4 A; 4YR0 A; 4R64 A; 4DFM A; 1KKX A; 4QIW F; 4QZ9 A; 1ZQY A; 3D6J A; 5J0T A; 2KJ8 A; 1L6N A; 4ED0 A; 5DGA A; 2BPF A; 1MC8 A; 4RNM A; 5AKH A; 5KFO A; 3MR2 A; 1SL2 A; 4NJ8 A; 3THV A; 2HI0 A; 2R8J A; 4I2B A; 1RM6 C; 4PGY A; 5KFQ A; 4O5K A; 4P2H A; 4KLD A; 3DV9 A; 1S0V A; 2EAM A; 1RQL A; 4RQ5 A; 5EWG A; 2FLL A; 3SI8 A; 1CEZ A; 4XA5 A; 2D8C A; 3F5E A; 3GIK A; 3PO5 A; 2K4H A; 5L1L A; 5JU5 A; 2KIC A; 4DEZ A; 4PZN A; 1T4G A; 3IHQ B; 5EWF A; 3GIJ A; 3LWL A; 5J0P A; 3CNH A; 5F3X B; 1TV9 A; 1ZOL A; 5ALX A; 2P66 A; 2BQ3 A; 2LI6 A; 4GXK A; 4NWI A; 1C7Y A; 2XGP A; 3TKA A; 1JXE A; 8ICU A; 1UT5 A; 3L4P A; 4FS1 A; 4YP3 A; 4QIW C; 4US9 A; 4I27 A; 1ED1 A; 2G06 A; 2BCS A; 2W8K A; 9ICH A; 4F3O A; 2F77 X; 2CRX A; 3H40 A; 5ALM A; 2JR5 A; 4GIB A; 4IS7 A; 3PMN A; 2G07 A; 4DL3 A; 1KSP A; 2UVV A; 4F50 A; 5J0U A; 4KMO B; 4YVZ A; 3F2D A; 3AN1 A; 4DL7 A; 2PFO A; 2OEH A; 4MF2 A; 2XY6 A; 1TK8 A; 1KTQ A; 5IIL A; 3PW5 A; 1ZQH A; 3V7L A; 4YD1 A; 2E8M A; 7ICP A; 4EBC A; 4DCC A; 5KG2 A; 3GFK B; 1NK4 A; 3MR3 A; 3AEV A; 4J9N A; 8ICS A; 2LPE A; 3GV7 B; 3PW4 A; 3JPT A; 1JX4 A; 1VDV A; 2FI1 A; 4UQG A; 4F2S A; 4QW9 A; 4PH5 A; 2IHM A; 2E5S A; 2ZXH A; 4JWN A; 5ALH A; 3EUB 2; 3EYZ A; 1FO4 A; 1Q8K A; 1NI3 A; 3TI0 A; 2PFP A; 2KEY A; 3C21 A; 4C7Y A; 2GH1 A; 1SV0 A; 3FDS A; 5TZV A; 1S0M A; 2HHX A; 3QE9 Y; 3V72 A; 3AUO A; 2J6S A; 3MR6 A; 3RB3 A; 1V38 A; 1URJ A; 1ZD4 A; 5AM1 A; 4TUR A; 3ISB A; 4PGQ A; 5ALK A; 3N7R C; 3H8W A; 4M2Y A; 2HHT A; 3PW0 A; 4UAV A; 2ASJ A; 1N5W A; 2W3R A; 3HWT A; 4QZG A; 1SXD A; 2H3F A; 5B5E U; 2GWS A; 4DQQ A; 1S97 A; 2PI4 A; 3CP8 A; 1WWV A; 1LKY B; 3I1Y A; 3TAR A; 2NO5 A; 2WF7 A; 4NLB A; 4OJ6 A; 5KFJ A; 1XWL A; 2KD1 A; 2AXT U; 5K4L A; 3UMG A; 2EQY A; 4IC9 A; 1X6J A; 3WKA A; 4Y2T A; 2G09 A; 1LKY A; 3Q8L A; 7ICL A; 4DSI A; 3B9J A; 4QWA A; 5HP4 A; 1SKS A; 4KLS A; 5AKJ A; 3VC8 A; 1QCK A; 2J6T A; 4B9V A; 1OXJ A; 2ASL A; 2R8G A; 4NY8 A; 5KTQ A; 1U45 A; 2W9B B; 2YMP A; 5DG9 A; 1NJY A; 1KL9 A; 3S6J A; 3ONN A; 1ZQV A; 2EZZ A; 3WK6 A; 5J2E A; 4FZM A; 3QUC A; 2W9B A; 1C20 A; 2IOF A; 2XCA A; 5T14 A; 3IDW A; 4MHV A; 5A0L A; 4TQS A; 3PR4 A; 2H3I A; 5TIS U; 4EBE A; 5J0O A; 8ICH A; 1DK3 A; 1NK6 A; 1ZET A; 4UAR A; 4JV0 A; 4AP9 A; 2C22 A; 4YR3 A; 2A1A A; 4UB2 A; 1UQV A; 4I28 A; 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3AM9 A; 3OGU A; 1RYS A; 4GLX A; 4K4G A; 1HEK A; 2R8I A; 5ALZ A; 1T3N A; 1D9F A; 1TVA A; 2A3V A; 3TAC B; 2JEJ A; 2C28 A; 3GV8 B; 1N5X A; 4RQN A; 3J81 j; 1PUZ A; 4ED3 A; 2BQU A; 5EWE A; 3RAX A; 2MAX A; 4UW9 A; 2ZTE A; 1L7P A; 2ZTC A; 4BX9 C; 3RJF A; 5J2I A; 5ALY A; 1ZQA A; 4PHA A; 3M1Y A; 5EOZ A; 2W04 A; 2MUT B; 4QZ8 A; 2A1J B; 2VJ5 A; 2R8H A; 1A0P A; 2FLP A; 3KKA A; 9ICN A; 1NNL A; 2EAN A; 2MUT A; 2H3Z A; 2A1J A; 2KK0 A; 2CXY A; 5GTH U; 5J2F A; 4MF8 A; 8ICJ A; 2YB1 A; 1SWW A; 4QW8 A; 2BPG A; 4IR1 A; 3H8J A; 4J9M A; 1RYU A; 4F5Q A; 3K1R B; 3G6V A; 3N28 A; 1SKR A; 5AI9 A; 5AI5 A; 2K4E A; 2HHW A; 4NXZ A; 4TUS A; 1S10 A; 3ISC A; 9ICG A; 3SMV A; 4ECS A; 1IG6 A; 1WUD A; 1RZT A; 2HBL A; 8ICP A; 5HMM A; 2BCU A; 4I2A A; 5DBB A; 1LB2 B; 4ICA A; 4I2I A; 2E3T A; 3HIL A; 2F8K A; 2YMQ A; 2QB0 B; 3IP4 B; 3O0F A; 4I2F A; 1D9D A; 1WYG A; 3AQE A; 5HNK A; 3C28 A; 1BNO A; 1BGX T; 4LZG A; 5KFI A; 1SL1 A; 4I29 A; 9ICS A; 5DBC A; 2QB0 A; 5J0Q A; 2K8C B; 4YFK A; 1TAU A; 1K5O A; 1KLN A; 3ZI4 A; 4QZA A; 2MRL A; 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