The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
115
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structure length |
115
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Chain Sequence |
VLSGGELDKWEKIRLRPGGKKQYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEELRSLYNTIAVLYCVHQRIDVKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQAAAD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of the trimeric human immunodeficiency virus type 1 matrix protein: implications for membrane association and assembly.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Matrix protein
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| source organism |
Human immunodeficiency virus 1
|
| molecule keywords |
HIV-1 MATRIX PROTEIN
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| total genus |
40
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| structure length |
115
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| sequence length |
115
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| chains with identical sequence |
B, C, Q, R, S
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 1996-02-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00540 | Gag_p17 | gag gene protein p17 (matrix protein) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2NV3 A; 2GOL A; 2H3I A; 4ICA A; 2JMG A; 2HMX A; 2N1R A; 1ED1 A; 4JMU A; 1TAM A; 1HEK A; 1HIW A; 1ECW A; 2H3Z A; 1A6S A; 2K4I A; 2H3V A; 2H3F A; 2LYA A; 2LYB A; 1L6N A; 4IC9 A; 2K4E A; 2H3Q A; 1UPH A; 2K4H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZIX A; 3OSP A; 5KFY A; 4PGX A; 3RTV A; 1L3T A; 2GO7 A; 4A8E A; 1KQQ A; 1X42 A; 3D2N A; 3WK8 A; 3TAD C; 1TK0 A; 1NJX A; 4ACO A; 1FIQ A; 4F5Q A; 4JWN A; 3TAN A; 1XO1 A; 3GQC A; 4F71 A; 2F8K A; 4P0P B; 1L5U A; 2K8A A; 3TFS A; 4EZ6 A; 8ICY A; 4DL4 A; 4JV2 A; 1ZQI A; 3BDP A; 5ALL A; 1DRG A; 1AQ6 A; 5KG3 A; 2HOF A; 3RBE A; 4DQS A; 2XY5 A; 4ZH4 A; 4LVS A; 1O08 A; 4EX6 A; 3RJI A; 2AGP A; 4RT3 A; 1NNL A; 2KKP A; 3BQ7 A; 4M6W B; 4NL9 C; 3ZI4 A; 4O0I A; 2E8P A; 2KSO A; 4DF8 A; 5ALJ A; 2HCF A; 3PNC A; 4I2C A; 1QCK A; 1L3U A; 9ICG A; 5GTI U; 4I28 A; 3UXP A; 4YD2 A; 3MGV A; 1KDH A; 1FFV A; 2W43 A; 3M9N B; 1VDV A; 4M04 A; 5J0Y A; 1ZQY A; 4FO6 A; 4P0Q B; 1BNP A; 2KJ9 A; 5KAI U; 9ICM A; 1N62 A; 5J0O A; 4JUZ A; 2LYH A; 2DKX A; 2WTF A; 5D46 A; 5ALP A; 1KFT A; 4AP9 A; 5AM0 A; 5J29 A; 4Q45 A; 4EYI B; 4ED1 A; 4O5E A; 3K4G A; 4J9N A; 4AYB F; 3QE9 Y; 3V7L A; 4Y2U A; 2MSN A; 3ISB A; 1HEK A; 4PPX A; 2HSZ A; 4P0P A; 4F5P A; 4F5O A; 3TAD A; 1L7O A; 4BGD A; 2BCU A; 2W03 A; 2K8B B; 1TAQ A; 4QW9 A; 3Q8M A; 1WWU A; 4J9M A; 2HHV A; 1ZJM A; 3C5F A; 1F5S A; 5EOZ A; 3F5A A; 4QJF B; 3UMC A; 2UVR A; 5J0W A; 1URJ A; 2DWQ A; 4QZ8 A; 1ZQR A; 5DG8 A; 2ISO A; 2PFN A; 4M6W A; 1KW4 A; 2BCQ A; 3C23 A; 3ZDB A; 3QU5 A; 4DSK A; 1S9F A; 4DLE A; 3MR3 A; 4UB5 A; 2NO4 A; 1PK1 A; 1TV9 A; 1JI7 A; 4DOA A; 3N7R C; 1UHU A; 5AK5 A; 3Q8P B; 2LBO A; 4P0Q A; 1S76 D; 4J9O A; 3F2D A; 1NKB A; 4ECW A; 5C5J A; 5AIA A; 1SV4 A; 2W7P A; 2LI6 A; 2H3F A; 4YMM A; 3LWL A; 1JXL A; 1S77 D; 2C22 A; 9ICB A; 3OHA A; 4DCC A; 3F53 A; 5GTH U; 1SKR A; 8ICO A; 2DFL A; 4JV0 A; 5DQI A; 1N5X A; 5DB8 A; 2IOH A; 5KT2 A; 2IBK A; 3IV6 A; 1JX4 A; 2AXT U; 1RZT A; 1X2I A; 4C8K A; 5DG7 A; 5AKJ A; 4DSI A; 4NLK A; 2LPE A; 3PW2 A; 2MU2 A; 4PHA A; 4B9L A; 4KLO A; 4DQR A; 1ZRM A; 5ALQ A; 5KFQ A; 4IRC A; 8ICX A; 3ONN A; 2IMW P; 2JEI A; 2YMQ A; 5JTI A; 4DFK A; 3EZ5 A; 4ZOH C; 1ZQD A; 2Y0S F; 1UA1 A; 4WJ3 B; 3M6Z A; 1ZQO A; 2KIC A; 8ICM A; 4NLC A; 5ALH A; 4F4Y A; 1SL1 A; 3I1Y A; 2QKQ A; 1RDF A; 4M9G A; 4GFJ A; 3M8R A; 3MR5 A; 4TUP A; 5KG0 A; 2WB1 F; 3F2B A; 2KZZ A; 1DOQ A; 5DG9 A; 3PVX A; 1ZQW A; 4QWA A; 4DF4 A; 2Y9T A; 1MA7 A; 2XIC A; 1A76 A; 3ICX A; 3AM9 A; 4YN4 A; 2W7O A; 4NJ8 A; 5J2B A; 2AQ0 A; 4EZ9 A; 4DS5 A; 4BDP A; 3GII A; 2ZXH A; 3C2M A; 4KLU A; 2D6F C; 2W04 A; 5J2A A; 2LM1 A; 1DGJ A; 2KEY A; 2F1I A; 3UXO A; 3H0R B; 2WAQ F; 5EWF A; 2XY7 A; 3N7P D; 4EBC A; 1RG6 A; 2KZM A; 5IIO A; 1TAM A; 4Y2P A; 1X9M A; 2YQE A; 5ALX A; 4ECY A; 4DWI A; 3Q8L A; 1ARO P; 3QZ7 A; 4OCZ A; 1YZ6 A; 3OPX A; 3PSP A; 2RLT A; 9ICH A; 3BS5 A; 5AKI A; 5AKG A; 5ALS A; 4KIT B; 4RNM A; 2E5S A; 2JH7 A; 5KT7 A; 1KEJ A; 3T3F A; 2KP7 A; 2VJ4 A; 1BPY A; 4UAZ A; 8ICB A; 3SV3 A; 5ALE A; 8ICI A; 2YY6 A; 2RDJ A; 2NRV A; 4QZG A; 3N97 B; 5IIN A; 1TK8 A; 2BCR A; 4CNQ A; 5CRX A; 5HR7 A; 4KN7 A; 3FYH A; 2VA2 A; 4UBB A; 1V38 A; 4JV1 A; 3G6Y A; 8ICT A; 4M2Y A; 2JEF A; 1SKW A; 1UT8 A; 5J0R A; 4DFP A; 3U26 A; 2ZXI A; 1D8B A; 1V9P A; 1ZQC A; 2G5H B; 3RH6 A; 8ICF A; 4QWB A; 3AQF A; 4B6J A; 1COK A; 3T5H A; 4QZD A; 2Q0Z X; 5KFH A; 3RB6 A; 5KFE A; 2RP5 A; 3RB3 A; 3RRH A; 5ALN A; 2ZJ5 A; 4C8M A; 5CJ7 A; 1NJW A; 1ZQG A; 1J97 A; 4MFC A; 1SGG A; 3BQ1 A; 3RRG A; 4O3O A; 4YP3 A; 2RQ5 A; 4RT2 A; 2FLL A; 1LKY A; 1ED1 A; 4IQT A; 5KFN A; 4NWI A; 2BQ3 A; 5CA7 A; 2KNJ A; 1U49 A; 4FZL A; 1BPX A; 3NVY A; 3IN5 A; 4CF4 A; 3SMV A; 3EPG A; 2JHD A; 9ICK A; 4IQW A; 3R9K A; 3KTQ A; 3RJG A; 4RQ8 A; 2UVV A; 4PGQ A; 8ICW A; 5B5E U; 2C2D A; 4EBD A; 3AL0 B; 3QUQ A; 3T5J A; 1X9X A; 2R8K A; 3E2E A; 3EW9 A; 7ICF A; 2DUY A; 4PGY A; 3RJF A; 2ZIV A; 3NTU A; 3UQ0 A; 4P4O A; 2H3Q A; 1CUK A; 4U6P A; 4K4G A; 2DPI A; 3ZD8 A; 3OJS A; 2V9W A; 5KT3 A; 1SWV A; 4OJP A; 3PR5 B; 5EWE A; 1RYU A; 1D9D A; 1ZQJ A; 5KG2 A; 3LDA A; 9ICJ A; 1ZD4 A; 3PX0 A; 2G07 A; 3JPO A; 1SWW A; 4NLZ A; 2D8C A; 3KKA A; 3RJK A; 2KKV A; 1JN3 A; 4UAR A; 3CW2 C; 1N48 A; 1H38 A; 2CN1 A; 4UQG A; 3WK5 A; 1QH9 A; 3RB0 A; 1QQ7 A; 1ZQK A; 3TQ1 A; 1U45 A; 3RFA A; 5J2G A; 3C2L A; 3JPT A; 3BQ2 A; 2MUT B; 2EAM A; 2QB0 B; 4YG2 A; 3RJJ A; 4C4T A; 2HI0 A; 4OJ5 A; 4UAV A; 3N28 A; 1OUQ A; 2KN7 A; 3NRZ A; 9ICA A; 4F4K A; 3LK9 A; 4Y2R A; 3HPO A; 4Q8E A; 2BKE A; 2PMZ C; 3UPQ A; 8ICA A; 3GIK A; 1N63 A; 3WKA A; 8ICC A; 1U47 A; 1KLN A; 2OHF A; 5L9X A; 4F93 B; 3WKD A; 2W54 A; 5AI9 A; 4IS7 A; 2W3S A; 4K4I A; 7ICQ A; 3RB4 A; 4ECZ A; 1PVP A; 1S0N A; 1IM4 A; 1Z1V A; 2F76 X; 3AN1 A; 2W8L A; 2D3D A; 3HKZ C; 1Z00 A; 4RQN A; 3KHL A; 2KVS A; 1XSL A; 2EDU A; 5F9N A; 2Y1I A; 5KFB A; 2NO5 A; 2J6U A; 3H8S A; 2KMD A; 4ECU A; 1F44 A; 2K8C B; 2FLN A; 2ZIU B; 4GXK A; 9ICV A; 4EEK A; 4P4M A; 1X6J A; 4UAT A; 4IR9 A; 2E8O A; 9ICT A; 4U7C A; 4DLG A; 3PSI A; 3VCB A; 4ECS A; 3ALR A; 3M9O B; 1QQ5 A; 7ICS A; 1Q3V A; 4DOB A; 2QB0 A; 1HUZ A; 2J6T A; 1DGS A; 2G06 A; 2KV2 A; 4DL7 A; 2GWS A; 4Y2X A; 4DQI A; 1TKD A; 2G09 A; 3GIJ A; 5AM5 A; 4QW8 A; 1KL9 A; 5HHI A; 1ZQ1 C; 2NRT A; 2A1J B; 9ICP A; 4RPY A; 4B9U A; 3DEE A; 4B9S A; 4NV0 A; 2FI1 A; 2KHV A; 1Z3E B; 7ICT A; 1KFD A; 5L1L A; 2EH9 A; 5AK6 A; 5KL8 B; 4KX5 A; 1BPD A; 2J6S A; 2DQN B; 1Z19 A; 1TFR A; 3THV A; 1RXV A; 5J0S A; 5AKX A; 3OGU A; 3E0F A; 4RQ1 A; 1DK3 A; 2ZG6 A; 2I1Q A; 3ETL A; 2UVW A; 4M47 A; 2W9B A; 2ZIU A; 5AI0 A; 2KD1 A; 2XO7 A; 4RNN A; 5AKL A; 4EBE A; 1ZQB A; 4QNL A; 4R8U B; 4IL6 U; 4J9Q A; 4GXI A; 5DDY A; 3PX4 A; 2V4R A; 4RNO A; 1RYR A; 4PHD A; 3QX7 A; 5CB1 A; 5ALR A; 4O3M A; 3BS7 A; 1Z4N A; 5AIB A; 7ICV A; 5J2K A; 1IXR A; 3PST A; 3NUQ A; 4RPZ A; 1PVQ A; 2A1J A; 5FP0 A; 4CF5 A; 2H5X A; 2I6X A; 1WCN A; 4OJO A; 4QZE A; 1L7P A; 1NOM A; 1S97 A; 2PI5 A; 2JZB B; 3DDH A; 2HHT A; 1ZJN A; 3GV5 B; 3MFI A; 2F8L A; 5ALD A; 1U4B A; 3I76 A; 3A0B U; 5AM2 A; 3LVW A; 1ZQF A; 4Z6F A; 2QB1 A; 3SR6 A; 2CPR A; 2EAO A; 4R63 A; 1CEZ A; 1KBU A; 1KTQ A; 2JXJ A; 2QAR B; 4US8 A; 4O3S A; 4O3N A; 1UA0 A; 3B9J A; 1KFS A; 4RU9 A; 3D6J A; 4F72 A; 1RPL A; 2WHE A; 4XQ8 A; 2HOI A; 4R8U A; 3ZD9 A; 5KG5 A; 1QLN A; 1C7Y A; 4MF2 A; 5AKE A; 9ICU A; 3T79 A; 3SQI A; 5KFJ A; 1SV0 C; 4F3O A; 2KIW A; 1T8E A; 5DBC A; 4Z6E A; 5HHH A; 1ZQE A; 1X40 A; 1XS9 D; 4NXZ A; 3H4B A; 4B9M A; 3GIM A; 2ATL A; 2N1R A; 4B9N A; 4RQ3 A; 3F2C A; 2A19 A; 3PW0 A; 4F2R A; 4YMO A; 5CHG A; 2RHF A; 2OXO A; 2A3V A; 2LYB A; 1T7P A; 3JPR A; 2OCE A; 2F44 A; 3D2S A; 1N5W A; 2NV3 A; 3LYS A; 2XY6 A; 8ICN A; 3PZP A; 2ZTE A; 4ELV A; 1X66 A; 1ZQT A; 3B0Y A; 4BWM A; 8ICJ A; 1VLB A; 1RQL A; 3PML A; 3SI8 A; 4F5N A; 1WUD A; 5IIL A; 4Z6C A; 3NAS A; 3V7K A; 2BQU A; 2FMS A; 1QSS A; 4KLT A; 1SKS A; 3KD3 A; 3K1Z A; 4KLQ A; 2WF7 A; 1YZ7 A; 2XI9 A; 3WK4 A; 4F5R A; 1SL2 A; 1QQ6 A; 4JMU A; 4MEX A; 3TKA A; 7ICL A; 3JPP A; 4PHP A; 4YD1 A; 7ICO A; 5KT5 A; 5AKY A; 1SV0 A; 2JEG A; 2K60 A; 3RBD A; 3Q8K A; 5KFL A; 3EWA A; 2KJ5 A; 4QIW F; 1QSL A; 5IIJ A; 4KLL A; 2M0N A; 1HIW A; 2WF5 A; 3CNH A; 3QYP A; 3L3F X; 3HX0 A; 3RAQ A; 4UW9 A; 4OJ6 A; 2B6G A; 5DDM A; 3TI0 A; 3QNM A; 3QEA Z; 4NM1 A; 1N60 A; 4UB4 A; 1BGX T; 4C7Z A; 2OM6 A; 2HMX A; 4EX7 A; 3V6K A; 3AEV A; 2F1J A; 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1SZH A; 4TQS A; 3KOO A; 4XRH A; 1CRX A; 3MDA A; 2WB1 C; 2C2R A; 4US9 A; 3F5E A; 3WK9 A; 9ICQ A; 1TK5 A; 4GC7 A; 4LJX A; 2DPJ A; 7ICG A; 1J2M A; 2LHT A; 3ED5 A; 4ECT A; 4BWJ A; 1NK8 A; 3Q8Q B; 4J9L A; 4O5C A; 2KFZ A; 3EUB 2; 5J0U A; 2ALZ A; 4ECV A; 5K4L A; 4EEL A; 2WAQ C; 3IP4 B; 4J9S A; 1FFU A; 2ODG A; 2IOF K; 2K89 A; 3LVV A; 8ICP A; 2HHX A; 5EWG A; 2EZY A; 4YQW A; 1MN8 A; 3HW8 A; 5AI8 A; 3BZK A; 4QZB A; 1BPE A; 4NM2 A; 1DK2 A; 1JUD A; 4ECR A; 2HDO A; 3ORY A; 3UMB A; 4C7Y A; 3KBB A; 9ICO A; 7ICI A; 4YXM A; 5DBA A; 3TAP A; 3IDW A; 1V85 A; 2KG5 A; 1KSP A; 4CE6 A; 4YR2 A; 4I2J A; 5KG1 A; 4M9J A; 4C8O A; 3Q8S B; 8ICV A; 2Y1J A; 4ED6 A; 3KFU F; 4Y2J A; 2ZTD A; 1A0P A; 3L5K A; 4RQ7 A; 1Y88 A; 2P35 A; 4FS2 A; 8ICU A; 2G08 A; 5ALV A; 4I2B A; 2AGQ A; 3QXG A; 3SAH A; 4IRD A; 7ICH A; 4F2S A; 2BPG A; 4C4S A; 4UBC A; 5ALI A; 3L4P A; 3PO5 A; 1Q3U A; 1PK3 A; 2EAN A; 1NK7 A; 2UVU A; 2WFA A; 2DL0 A; 3H8M A; 2ZUB A; 9ICN A; 1IV8 A; 3KZI U; 1BPB A; 4UB8 U; 2AU0 A; 4KLD A; 5KFR A; 4C0Z A; 3ZDA A; 3AU2 A; 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