The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
107
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structure length |
107
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Chain Sequence |
RADEQAFLVALYKYMKERKTPIERIPYLGFKQINLWTMFQAAQKLGGYETITARRQWKHIYDELGGNPGSTSAATCTRRHYERLILPYERFIKGEEDKPLPPIKPRK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
HUMAN MRF-2 DOMAIN, NMR, 11 STRUCTURES
rcsb |
| molecule keywords |
MODULATOR RECOGNITION FACTOR 2
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| total genus |
33
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| structure length |
107
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| sequence length |
107
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YQE A; 1IG6 A; 1KKX A; 2LI6 A; 2CXY A; 2KK0 A; 5K4L A; 5CEH A; 2EQY A; 2JRZ A; 1RYU A; 1KQQ A; 2RQ5 A; 2JXJ A; 2LM1 A; 2OEH A; 4LJX A; 2EH9 A; 1KN5 A; 1C20 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2F44 A; 2I5H A; 4J03 A; 1ZQG A; 1PUZ A; 3DV9 A; 1ECW A; 3JPO A; 4MFC A; 4JV1 A; 1BPX A; 4PH5 A; 2KKP A; 2KHV A; 3QYP A; 1L7N A; 3C28 A; 5L1I A; 2IOF A; 3TQ1 A; 1ZD2 P; 3JPR A; 4I28 A; 3PX6 A; 4E0D A; 2BCS A; 4HAI A; 4UAZ A; 2R8H A; 2ZIX A; 4RQ6 A; 4O3M A; 5CEH A; 2QB1 A; 5ALZ A; 2D3D A; 2ZIW B; 1HEK A; 3H8S A; 1L3V A; 1UCV A; 2YML A; 2KVS A; 5HMM A; 4KLH A; 3R9K A; 3C1Y A; 1ZQQ A; 4ELU A; 1MC8 A; 3CP8 A; 5KFR A; 2DBY A; 3WK5 A; 1XSP A; 4C80 A; 5L1M A; 1TAM A; 3NS1 A; 5D46 A; 4ED7 A; 1KRP A; 4F5Q A; 3C23 A; 3IM1 A; 4O3P A; 9ICH A; 2HHS A; 1UA0 A; 1SB3 C; 3OJU A; 3Q8K A; 5AI9 A; 5KTQ A; 4ZH4 A; 1SWW A; 2KZ3 A; 4AYB F; 3UMB A; 1L5U A; 3NRZ A; 2HI0 A; 1BVS A; 2FMS A; 1FFV A; 2CXY A; 4PJ0 U; 9ICA A; 3Q8L A; 1U49 A; 1S77 D; 4I2G A; 3FC4 A; 2KP7 A; 5HHH A; 1B22 A; 5ALH A; 4WJ3 B; 3HKZ C; 2FPM A; 3SR6 A; 4PGX A; 3I1Y A; 3F5E A; 4QZF A; 3SMV A; 1NKB A; 3PO5 A; 9ICT A; 3IHQ B; 2JGA A; 3GZF A; 5CRX A; 3IN5 A; 3BZK A; 4JV2 A; 4J9R A; 5KG3 A; 2NO5 A; 3SEI A; 2BR0 A; 1Z19 A; 4I27 A; 4QW8 A; 3HWT A; 5AKX A; 4ELT A; 4DOA A; 4F3O A; 3EWA A; 8ICZ A; 2F1J A; 1F5S A; 2GLE A; 4TQS A; 3PW0 A; 3FYH A; 2AQ4 A; 2XCP A; 4DF8 A; 4I2C A; 2WF5 A; 8ICX A; 2Z7J A; 5E79 U; 4RT2 A; 2CPR A; 5C0Y A; 4RQ8 A; 3C2K A; 1BNO A; 1NK5 A; 1D8B A; 4DFP A; 4BWJ A; 4UAT A; 5AK5 A; 2CN1 A; 3RB3 A; 1JAL A; 2FJ6 A; 1X9S A; 5J2H A; 7ICN A; 3F2C A; 7ICI A; 2W03 A; 3UXP A; 8ICK A; 2J6T A; 2LM1 A; 1ZQX A; 4B9S A; 1C20 A; 4C4T A; 2E5S A; 4Y2V A; 2JH1 A; 2P6U A; 4BWM A; 5J2B A; 4DS4 A; 1SGG A; 2H3F A; 3JPP A; 4EYH B; 2ASD A; 4UAR A; 2XVT A; 5J2F A; 3M7D A; 2HOF A; 2OEH A; 1RXW A; 2E8M A; 3QUB A; 2YMP A; 2P35 A; 2ZIV A; 1U9L A; 5IIL A; 4OJ6 A; 5KFJ A; 4QWD A; 4ECZ A; 2I9G A; 3WK6 A; 4ECY A; 1ZYQ A; 2WF8 A; 5EWF A; 1ZQP A; 5ALT A; 2WFA A; 4QZD A; 5KFQ A; 1ZQY A; 5J29 A; 3M9O B; 5AKG A; 1S0N A; 3WK7 A; 5KFF A; 4UQG A; 1VJ5 A; 5AKL A; 2Y9U A; 2DKX A; 2KOB A; 1DRG A; 3UQ2 A; 4FS2 A; 1DOQ A; 2BQ3 A; 4I2J A; 3PY8 A; 1SWV A; 4KLG A; 3TFR A; 5KG1 A; 7ICM A; 4KN4 A; 1BPY A; 5KFL A; 1ZQE A; 1URJ A; 9ICV A; 4J9M A; 1S0M A; 2C22 A; 2GOL A; 2LMR A; 4ECS A; 2XGP A; 3T5K A; 2KSO A; 4DLG A; 2DPJ A; 2XC9 A; 4KIT B; 3MGI A; 3TAN A; 5KT7 A; 3RRG A; 1N62 A; 4O5E A; 3N4M B; 2BDU A; 2KE7 A; 5KT3 A; 4XA5 A; 3OPX A; 2FPL A; 2JHD A; 3BQT A; 3AU2 A; 1T4G A; 3PX0 A; 4XUS A; 3T5J A; 2HBK A; 5J2G A; 5J0Q A; 1S76 D; 3WK8 A; 4LJX A; 3ZDD A; 2PMZ F; 1TAU A; 9ICI A; 1X9W A; 4DS5 A; 1ARO P; 5J0X A; 1K1Q A; 4CRX A; 9ICM A; 2K4E A; 1JRO A; 3KOO A; 3MDA A; 5JUM A; 1CRX A; 1PK3 A; 2K4I A; 2XID A; 2YB4 A; 2W3S A; 2ZXH A; 2VA8 A; 5H2F U; 5JTI A; 3Q8M A; 2W9B A; 5J2I A; 3F53 A; 1VDV A; 3F5A A; 4QZE A; 1H38 A; 2M0N A; 3UXN A; 2G0A A; 5BPC A; 5EOZ A; 5J2D A; 1UT5 A; 4OJ5 A; 2KJ9 A; 5GTI U; 4KLS A; 2ISO A; 4NL9 C; 1HIW A; 1ZXI A; 3RJJ A; 4IR9 A; 4NL9 A; 1WG8 A; 2R8I A; 1NNL A; 2N1R A; 2YY6 A; 1KFD A; 1NOM A; 3GQC A; 1TK0 A; 5AK3 A; 2W9A A; 1LVH A; 4C8O A; 2KZZ A; 4PGQ A; 4M04 A; 5J0P A; 2XY5 A; 4Y2Y A; 2BPG A; 5ALU A; 2B21 A; 3RRH A; 2LM4 A; 3CNH A; 2ZIW A; 3M6K A; 4UBB A; 3QU4 A; 3OHB A; 4F2S A; 5L9X A; 3QU2 A; 3GIL A; 5ALF A; 5AHX A; 1WUD A; 1UA1 A; 1MA7 A; 1BPD A; 3GV7 B; 3Q8Q B; 4EYI B; 3T3F A; 4RNN A; 3HX0 A; 3AM9 A; 1A0P A; 4DSL A; 4BUG A; 5EE0 A; 3RB6 A; 1KQQ A; 1N5W A; 1MQ3 A; 3VC8 A; 4IQW A; 3NVY A; 3SAF A; 2AU0 A; 3HIL A; 1KFT A; 2D6F C; 4F4W A; 2K89 A; 3ZI4 A; 5B5E U; 1XS9 D; 5AK4 A; 2HBM A; 1BNP A; 4ED6 A; 1NK9 A; 3QZ8 A; 8ICR A; 2AGO A; 4HYK A; 2QAR B; 3Q8P B; 2KVC A; 4USA A; 3BQ0 A; 4P4M A; 2HHT A; 1S5L U; 2W9M A; 4KLE A; 1ZQT A; 1COO A; 4M9N A; 4GXI A; 4QZG A; 3ORY A; 2A3V A; 3Q8S B; 1TAQ A; 3RH4 A; 1L7O A; 5DKW A; 1LKY B; 2C2R A; 3GV5 B; 4I29 A; 4P0P A; 2JEI A; 3BQ1 A; 3KZX A; 1DK3 A; 3UPQ A; 5AKK A; 1ZQI A; 4GC7 A; 4MF8 A; 5AI8 A; 2XCA A; 3FDS A; 1XO1 A; 2P66 A; 1K1S A; 5DDY A; 4M6W B; 4QWA A; 1BGX T; 3KD3 A; 4YFK A; 9ICQ A; 4J9K A; 2KK0 A; 4YR2 A; 2F77 X; 5KFH A; 5K4L A; 1Z00 B; 5ALS A; 4C8N A; 4UBC A; 1D9D A; 4IQV A; 4PPX A; 3JPN A; 2YX8 A; 1XU4 A; 5DQH A; 2BCQ A; 5KG2 A; 5KFU A; 2FLP A; 2PFQ A; 1ZQF A; 3L5K A; 5HML A; 3OSN A; 4P0Q A; 2ES6 A; 2AH5 A; 2F8L A; 2XGQ A; 8ICT A; 3RBD A; 5KT6 A; 4B6J A; 4M9H A; 5ALR A; 4ECW A; 3ISD A; 5IIK A; 9ICK A; 4NLZ A; 3AL0 B; 5AIB A; 2AQ0 A; 3C5F A; 2OWO A; 4FE3 A; 3SEN A; 4F91 B; 3GDX A; 3V6H A; 5DGA A; 4ECV A; 5KFE A; 4DF4 A; 4OCZ A; 4LZG A; 2EZZ A; 2JV3 A; 2DGZ A; 4IC9 A; 4QIW C; 7ICS A; 1TK5 A; 3O0F A; 2KKV A; 2BPC A; 5CWR A; 4EBC A; 4YD1 A; 3RTV A; 2IOF K; 2CRX A; 1JX4 A; 4US9 A; 1Q3U A; 2E8N A; 8ICA A; 3SD7 A; 1ZQK A; 4ZOH C; 3AUO A; 3ICX A; 5D4B A; 4DQI A; 3WKD A; 3G6X A; 5KAI U; 4UB1 A; 3RJE A; 2JZB B; 2R8G A; 1YZ7 A; 4Y2P A; 3NAS A; 2IHN A; 1ZQR A; 4YXJ A; 2EAP A; 5DQG A; 4AP9 A; 5TIS U; 5KFV A; 1DGJ A; 4XRH A; 4I2I A; 2PFP A; 5KNI A; 3QZ7 A; 5KL8 B; 4F72 A; 4KTQ A; 5G5H A; 2F3N A; 4RQ3 A; 4R63 A; 1X66 A; 2NYV A; 2ZIU B; 4B9M A; 4DFK A; 3H8M A; 4C7Y A; 5J2A A; 2NRX A; 1NKC A; 2V9W A; 4ELV A; 2HOQ A; 5ALO A; 2EAN A; 3M8R A; 2KMD A; 4M9G A; 1AQ6 A; 2BGW A; 2LKY A; 3PR4 A; 4J9S A; 2WAQ C; 3KHH A; 4O5C A; 1QH9 A; 5EE1 A; 5KFD A; 3N28 A; 5EWG A; 2C2E A; 5AKJ A; 2DKZ A; 2IA6 A; 3AQF A; 1F0M A; 5ALP A; 3E58 A; 5EWE A; 4C4S A; 4KLJ A; 3MFI A; 1Z3E B; 3LWM A; 4DSJ A; 3NVV A; 2KFZ A; 4IQT A; 5D49 A; 3H8J A; 5JU5 A; 4GLX A; 2FE9 A; 4BGD A; 4R8U B; 1IV8 A; 1S0V A; 4PHD A; 1ZQS A; 5KT4 A; 5KFP A; 1HUZ A; 4DQR A; 5KT2 A; 4EEN A; 4C4R A; 4NM1 A; 1Z1V A; 4EEK A; 2AXT U; 2VIX A; 7ICK A; 4EZ9 A; 5B66 U; 1DK2 A; 5C5J A; 1N2X A; 5AI5 A; 2EAO A; 2DQN B; 2F2A B; 2WB1 F; 2EDU A; 2NO4 A; 1BPE A; 4DQP A; 4F5O A; 3RJK A; 3RJF A; 1FIQ A; 1JMS A; 5AKY A; 4Z6C A; 3G6V A; 3SYZ A; 5ALW A; 1N48 A; 4RQN A; 3N97 B; 5AI6 A; 1ZJM A; 4Q8E A; 4K4H A; 5KFA A; 3TI0 A; 4Y2S A; 2WHE A; 5DLF A; 5F9L A; 4UB6 U; 1N63 A; 2G09 A; 3GIJ A; 5CJ7 A; 2MUT B; 5KFN A; 1MSW D; 5J2J A; 5KFS A; 4TQR A; 4X5V A; 4JWN A; 3ZD9 A; 1XSL A; 1X6J A; 4G9B A; 2VA3 A; 5DBB A; 2NRZ A; 9ICF A; 4CF4 A; 2W55 A; 3T5H A; 4MEY A; 4DL7 A; 4O5K A; 3I76 A; 2FLN A; 1RM6 C; 4R65 A; 1EXN A; 2KN7 A; 2R8K A; 5KFY A; 3MFH A; 1JXL A; 4MF2 A; 1NJZ A; 4UW9 A; 2H3I A; 4NY8 A; 8ICV A; 1JXE A; 1SL1 A; 1VLB A; 1NJX A; 4KLO A; 5J0T A; 1YZ6 A; 4AYB C; 1S9F A; 2GWS A; 2RHF A; 5KFB A; 1A76 A; 3RH6 A; 8ICL A; 1QTM A; 4I2B A; 2RQ5 A; 1DXS A; 3TAR A; 5J0Y A; 1NJW A; 3H0L B; 1UQV A; 2HHX A; 1LB2 B; 4NLC A; 2EAM A; 3QU7 A; 2OYY A; 2KTQ A; 2Y0S F; 3TAC B; 5HR6 A; 1N5X A; 2ASL A; 2QAR A; 4KLL A; 4QZA A; 5DQI A; 1L3S A; 2ZTD A; 1NZP A; 2Q0Z X; 3ISB A; 3PW2 A; 4KLD A; 3NVZ A; 1SZP A; 4RQ1 A; 1D8Y A; 5AKI A; 2KHQ A; 1LKY A; 4ECX A; 4J9O A; 7ICP A; 3C5G A; 1X9M A; 4O0I A; 3B9J A; 5ALN A; 4OJL A; 3SAH A; 1N60 A; 4RQ0 A; 1B4F A; 5TZV A; 3I28 A; 3Q8R B; 2K8A A; 5ALI A; 1KFS A; 3NGD A; 1KLN A; 2ZIX B; 2E8P A; 4JMU A; 5ALL A; 3BJY A; 1WCN A; 8ICW A; 3ZDC A; 3RAQ A; 3B0X A; 2UVV A; 1Z00 A; 3PSP A; 4DFD A; 2E8O A; 4DQQ A; 2W7O A; 3ED5 A; 3RJG A; 2LBO A; 3A0B U; 4QZB A; 2KNJ A; 4O3Q A; 2EH9 A; 1QQ7 A; 3PNC A; 2WF7 A; 4KX5 A; 4QWE A; 1D8L A; 4IS7 A; 1QQ5 A; 4QNL A; 3IG8 A; 2C2D A; 2O6K A; 3K75 D; 3BDP A; 2D8C A; 2A1J B; 5IIJ A; 4K4I A; 3RJH A; 7ICR A; 4NLB A; 3QUC A; 1V85 A; 3PW7 A; 3K1R B; 1L8L A; 4Y2T A; 4XQ8 A; 2HW3 A; 3S6J A; 2J6U A; 2JR5 A; 3QXG A; 3BQ7 A; 3IV6 A; 2BPF A; 4F4X A; 2XIC A; 4ECT A; 4DLE A; 4EZ6 A; 4KLQ A; 2DWQ A; 2KV2 A; 3C1Z A; 1ZQJ A; 2ZUD A; 1L3T A; 4UB5 A; 5IIO A; 1RYU A; 2J6S A; 5L1K A; 1UPH A; 4IR1 A; 4M2Y A; 5AKH A; 4ECR A; 4UAW A; 4Y2J A; 4JUZ A; 3KKA C; 2KJ5 A; 4UAU A; 1X42 A; 1PK1 B; 3KKA A; 3U26 A; 4DL3 A; 9ICR A; 2XI9 A; 4EEL A; 2JH7 A; 2MAX A; 3V6J A; 2EZX A; 9ICW A; 4Q44 A; 1TV9 A; 2YMM A; 5ALY A; 2Q4T A; 4TUP A; 5KL1 B; 4I2F A; 5HR7 A; 4C8M A; 5DG7 A; 3G6Y A; 2JZB A; 1CEZ A; 4RQ2 A; 3THV A; 3PW4 A; 1ZJN A; 4YVZ A; 2GO7 A; 4O9M A; 1U47 A; 3SV3 A; 4DL2 A; 1ZQA A; 3H40 A; 3MAB A; 9ICS A; 2EQY A; 2JRZ A; 3K1Z A; 2GH1 A; 3GV8 B; 1L3U A; 1N56 A; 2HCF A; 7ICV A; 1ED1 A; 3F2B A; 3PML A; 2EZY A; 4P4P A; 1D9F A; 1ZQU A; 2L5Y A; 3M9M B; 4YCX A; 2ISP A; 4U7C A; 1JI7 A; 3EUB 2; 4YMO A; 1BPZ A; 2OM6 A; 4ED8 A; 3ETR A; 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1TK8 A; 8ICJ A; 3AEV A; 4Q45 A; 4YN4 A; 2K4P A; 3M9N B; 3RJI A; 1S8O A; 1TKD A; 3D6J A; 5J8Y A; 1ZQW A; 4RQ7 A; 4RNO A; 4B9L A; 3H4B A; 9ICC A; 3GIM A; 2G07 A; 2IOH A; 5A0L A; 4BX9 C; 2VA2 A; 1JIH A; 4Z6E A; 4C0Z A; 2KJ8 A; 1XSN A; 3KHL A; 4NLG A; 4NM2 A; 4PGY A; 2FI1 A; 2RRD A; 4QWC A; 4CCH A; 2W8K A; 5F3X B; 4NV0 A; 4DSE A; 1Z1B A; 2I1Q A; 1NK7 A; 4IRD A; 4DL5 A; 2OH2 A; 2V4R A; 3GII A; 1U4B A; 2YMQ A; 9ICO A; 3RF9 A; 1ZQO A; 3HKZ F; 5CA7 A; 4Y2R A; 4QZ8 A; 2HBL A; 5DG8 A; 5JRT A; 1B43 A; 4PHA A; 3BS7 A; 5DGB A; 3WK9 A; 3C21 A; 5AK6 A; 2B6G A; 4FBU A; 4IL6 U; 2ZJ8 A; 2Y1J A; 5KG5 A; 3WKC A; 3N7P D; 4RQ5 A; 4NXZ A; 5KAF U; 4G3I A; 1J2N A; 4UAY A; 5AI0 A; 3UM9 A; 2W43 A; 7ICH A; 5G5G A; 1SKW A; 2V4Q A; 3KZI U; 4M0A A; 2A19 A; 4FO6 A; 2HOI A; 2MSN A; 9ICG A; 1KBU A; 3PX4 A; 4RUA A; 1HJP A; 5ALK A; 5ALQ A; 2ZJA A; 2K8B B; 2FLL A; 7ICG A; 4NJ8 A; 5BOM A; 2JEF A; 2BCR A; 2YN4 A; 1SV0 C; 5ALD A; 5DBA A; 5AM1 A; 1SV0 A; 4EEY A; 3L4P A; 4QWB A; 3PSF A; 1Q46 A; 5BOL A; 2H5X A; 8ICN A; 2DPI A; 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