The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
107
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structure length |
107
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Chain Sequence |
RADEQAFLVALYKYMKERKTPIERIPYLGFKQINLWTMFQAAQKLGGYETITARRQWKHIYDELGGNPGSTSAATCTRRHYERLILPYERFIKGEEDKPLPPIKPRK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
HUMAN MRF-2 DOMAIN, NMR, 11 STRUCTURES
rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
MODULATOR RECOGNITION FACTOR 2
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| total genus |
33
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| structure length |
107
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| sequence length |
107
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RQ5 A; 2YQE A; 5K4L A; 2OEH A; 2KK0 A; 5CEH A; 1KQQ A; 2EQY A; 2LI6 A; 1RYU A; 1KN5 A; 2CXY A; 2EH9 A; 1IG6 A; 2LM1 A; 1C20 A; 1KKX A; 2JXJ A; 2JRZ A; 4LJX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CF5 A; 3M9N B; 3CNH A; 4M9L A; 4CCH A; 5ALT A; 3UMG A; 1L7N A; 3TI0 A; 5DLG A; 5III A; 1TK5 A; 1Q3U A; 4Y2J A; 4E0D A; 3PW0 A; 4IQV A; 3G6V A; 2ZIV A; 1ZQI A; 5C0Y A; 8ICR A; 2JRZ A; 2QB0 B; 5H2F U; 5CHG A; 3WK6 A; 2AQ4 A; 2XY5 A; 1D8B A; 2KK0 A; 4PHA A; 4C8M A; 9ICF A; 3PVX A; 4RQM A; 1S97 A; 5AM4 A; 4RPY A; 8ICN A; 4F92 B; 2RHF A; 5L9X A; 1ZYQ A; 1UT8 A; 4J9M A; 3JPT A; 1PVP A; 4OJO A; 4UAS A; 2JEG A; 4DFJ A; 2ASD A; 4JK1 A; 5CWR A; 1ZQD A; 4DLG A; 4FS2 A; 4MFA A; 2BPF A; 5KNI A; 4PZN A; 3EW9 A; 2KZ3 A; 4TUP A; 2Y9U A; 4KN4 A; 3D6J A; 3LDA A; 4J9L A; 4EYH B; 9ICM A; 4OJ5 A; 3ZD9 A; 4DSF A; 1P7D A; 4JWM A; 4KN7 A; 2DL0 A; 9ICC A; 2M9N A; 2ZTC A; 3OTQ A; 2AU0 A; 1S77 D; 4DS5 A; 1MSW D; 2AGO A; 2BPC A; 1IM4 A; 2RP5 A; 1PK3 A; 4NLN A; 2LBO A; 2DPI A; 4NWI A; 3RBD A; 4F5P A; 4ICA A; 4UBC A; 1KFT A; 3RJE A; 1X6J A; 1PK1 B; 2EH9 A; 3WKB A; 1ZQG A; 2F1I A; 2K8B B; 2WF5 A; 2ESE A; 3U26 A; 2W3R A; 4MFF A; 2ES6 A; 4MFC A; 2B21 A; 1KEJ A; 4ECZ A; 5KFC A; 3BZC A; 1QSS A; 3K1R B; 4DL6 A; 8ICX A; 4RT2 A; 3NVV A; 4R8U A; 4P4M A; 4KLT A; 5KFZ A; 1LKY A; 4C8O A; 1IIP A; 2RDJ A; 1KN5 A; 2Y1I A; 1QLN A; 2JGA A; 3PMN A; 4KTQ A; 8ICV A; 8ICO A; 5AKG A; 2HSZ A; 3UXO A; 2W9C A; 5KG0 A; 2KKP A; 5J0P A; 5J2E A; 1NK8 A; 1LVH A; 1QH9 A; 4UBB A; 1KLN A; 1JN3 A; 5BOL A; 4DL4 A; 2PFO A; 4ECW A; 2JHD A; 8ICG A; 4YCX A; 1A76 A; 1ZQX A; 3DV9 A; 2YY6 A; 3KKA A; 4KLE A; 3C1Z A; 3SZ2 A; 7ICO A; 1X6I A; 3L3F X; 3BQ2 A; 2W54 A; 1JAL A; 1KBU A; 1RG6 A; 1FFV A; 2KZM A; 8ICM A; 2YN4 A; 2ISO A; 9ICU A; 2O6K A; 2QAR B; 3JPS A; 3Q8L A; 3RR8 A; 4R65 A; 3FAH A; 3NS1 A; 1PUZ A; 2JEI A; 4U6P A; 2R18 A; 3JPP A; 4M04 A; 5J8Y C; 4QW8 A; 1QSY A; 5ALG A; 1X66 A; 5KT5 A; 4QWA A; 1WYG A; 4QZD A; 4EEL A; 2KJ8 A; 5CA7 A; 1SWV A; 4F2S A; 4K4I A; 1TAM A; 2W03 A; 4UB2 A; 5DB7 A; 2KE7 A; 2WF6 A; 4YG2 A; 4QZI A; 1SV4 A; 1ZQF A; 4ED2 A; 1SKW A; 4US8 A; 3HJE A; 1X42 A; 4KLQ A; 1SZH A; 2LHT A; 3AUO A; 3BZK A; 1N63 A; 4UAZ A; 5KT2 A; 4GFJ A; 1XU4 A; 1JX4 A; 4I2F A; 2FDR A; 3LWL A; 2IOF K; 1BVS A; 2KP7 A; 3IV6 A; 5AIB A; 2YQE A; 3NUQ A; 3HWT A; 1XO0 A; 4I2J A; 2XCP A; 3RJH A; 4B9N A; 2L5Y A; 1XS9 D; 5HHI A; 4TUS A; 3BS5 A; 5AKI A; 3MR2 A; 5IIL A; 5BPC A; 2R8J A; 3Q8P B; 3RRH A; 2BQ3 A; 1ZQW A; 3H0R B; 4P4O A; 3UXP A; 9ICP A; 4QWC A; 1ZQM A; 3UMB A; 4OD0 A; 3ONN A; 2AGQ A; 3GIK A; 2DKZ A; 2ZTD A; 1SV0 A; 3N4M B; 1B4F A; 1IXR A; 2LYB A; 3MR6 A; 5KFR A; 4Y2Q A; 5JTI A; 5AKJ A; 2ZXH A; 3WKC A; 3GU3 A; 4GXI A; 5CP2 A; 4UAW A; 1XC9 A; 9ICH A; 5AKL A; 3PO4 A; 1RZT A; 1BPE A; 3PX6 A; 4RQ3 A; 8ICK A; 1HUZ A; 3RB4 A; 4QZB A; 1ZQE A; 1VLB A; 3BDP A; 1QQ6 A; 5J2G A; 1ZQL A; 3T3F A; 5J2B A; 5DKW A; 5F9L A; 4F72 A; 1K1S A; 2C2D A; 2ZIW A; 5D4B A; 2DF4 B; 4UAT A; 5AKH A; 8ICJ A; 5ALW A; 3TAQ A; 3M6K A; 4CDG A; 4IC9 A; 4F71 A; 1DRG A; 4I2G A; 1L8L A; 3QU7 A; 4B9S A; 4US9 A; 4PPX A; 5GTH U; 5AKX A; 4RNM A; 1MA7 A; 3O0F A; 4F4Y A; 4P0P B; 4QZH A; 5ALR A; 5GTI U; 5AM5 A; 4A8E A; 5IIN A; 3F5E A; 1XSP A; 1Z4N A; 2XCA A; 5EWG A; 3GFK B; 2QKQ A; 2XC9 A; 1B43 A; 1WCL A; 2PI5 A; 2E1E A; 2JH1 A; 4M9H A; 2FPM A; 3IRU A; 1L6N A; 3QU5 A; 3Q8S B; 4FZN A; 1COO A; 2KEY A; 1O03 A; 2A19 A; 3KHL A; 5L1M A; 3AQF A; 4XA5 A; 4PJ0 U; 2VA2 A; 5KFS A; 4JMU A; 4FBT A; 5KAF U; 4KLF A; 3IG5 A; 4XQ8 A; 3UMC A; 2XGP A; 3AM9 A; 2I6X A; 1JRP A; 4C80 A; 1HIW A; 2CN1 A; 1ZQB A; 4P2H A; 2YMM A; 3BJY A; 2H3Q A; 3NRW A; 4EX6 A; 4NLG A; 5AKE A; 3M9M B; 3AEV A; 5HHH A; 1SL2 A; 3K1Z A; 5ALP A; 3F2D A; 9ICI A; 1L3V A; 4TUQ A; 4BXO A; 1JIH A; 4FE3 A; 4M6W A; 4K4G A; 2KNJ A; 3ZDA A; 3D2Q A; 4HYK A; 4QIW F; 4DQP A; 4C8N A; 5KFT A; 3JPN A; 3HT3 A; 2AHO B; 4QWB A; 2P35 A; 1SIJ A; 3RH4 A; 4Z6C A; 5J0U A; 3F2B A; 4ZH4 A; 1L7P A; 5B66 U; 2ALZ A; 1TKD A; 1MQ3 A; 5C5J A; 4XRH A; 9ICL A; 2JZB B; 4QZA A; 5DBB A; 5CR0 A; 4J9Q A; 3PSF A; 2E5S A; 4Q44 A; 4QZE A; 1HUO A; 1L3U A; 3RFA A; 3SAF A; 2NO5 A; 1NK0 A; 2MUT A; 1X9X A; 5DGB A; 1T94 A; 2IA6 A; 1BPY A; 2E3T A; 2HBJ A; 1FO4 A; 2F8L A; 2A1J B; 4BDP A; 3CP8 A; 4BWM A; 3WU2 U; 4QNL A; 1S8O A; 4ELV A; 2LI6 A; 5ALV A; 2R8K A; 2UVV A; 3PW4 A; 3IM1 A; 5DLF A; 4YP3 A; 1JXL A; 5DQH A; 3K75 D; 1Q8K A; 3THV A; 4YR0 A; 4F5O A; 4MF2 A; 4Q43 A; 2Q4T A; 3MDA A; 3RAQ A; 2BDP A; 3UQ2 A; 2HHU A; 2VJ4 A; 2MU2 A; 3HRD D; 5ALS A; 5EWF A; 3UQ0 A; 1NKE A; 4NJ8 A; 7ICV A; 1Z19 A; 2QB1 A; 4P0Q A; 3HP6 A; 3TAP A; 3GIJ A; 3NAS A; 1NK4 A; 3OJU A; 4M9G A; 9ICN A; 5J0X A; 2JXJ A; 4C7Y A; 3BQ0 A; 3EPI A; 1Z4O A; 2E8O A; 2VA8 A; 2HHW A; 3GV8 B; 3RAX A; 3ICX A; 5ALY A; 1ZD5 A; 4Y2V A; 4QZF A; 8ICQ A; 2ASJ A; 2KV2 A; 1X9W A; 1DGJ A; 5J2I A; 1O08 A; 2K8C B; 4O5K A; 1ZXI A; 4J9O A; 5KFU A; 3BS7 A; 1J2N A; 5BOM A; 1SXD A; 5KFP A; 1KKX A; 3C28 A; 1Y88 A; 4EZ6 A; 3PML A; 3PX4 A; 4NY8 A; 1A77 A; 4KLM A; 3I1Y A; 3HX0 A; 4DQQ A; 1UHU A; 2YML A; 2KOB A; 4JWN A; 1BGX T; 2F44 A; 4O9M A; 2NRZ A; 1NJY A; 1JMS A; 4RNN A; 2BQU A; 3N7P D; 4I2I A; 4OJL A; 2D6F C; 1QQ5 A; 3RRG A; 9ICO A; 1ZQH A; 2IHM A; 3E2E A; 1ZQN A; 4EYI B; 1U48 A; 3AMZ A; 3M6Z A; 9ICW A; 2LPE A; 4BWJ A; 4Q45 A; 2BQR A; 4UAV A; 2PFP A; 4BX9 C; 2W8K A; 4PHE A; 4KLS A; 2WHE A; 4GLX A; 5AI9 A; 3E0F A; 2ZIX B; 8ICU A; 2FJ6 A; 5KFG A; 1ZQY A; 5KFN A; 2LMR A; 3HPO A; 3QZ8 A; 1UQV A; 5ALF A; 5JRT A; 5J0S A; 1L3S A; 2PMZ C; 2PXI A; 2DPJ A; 5J2C A; 3RBE A; 3SI8 A; 1S76 D; 2HHV A; 2FMP A; 1D8L A; 4IR1 A; 1RQN A; 2WF8 A; 2F1H A; 4UB1 A; 1KDH A; 3T5J A; 4DFK A; 1ECW A; 4J9P A; 3GV7 B; 5ALH A; 5AI8 A; 4EEN A; 4DL2 A; 1ZQA A; 4R64 A; 3D2N A; 2NO4 A; 2ZXI A; 2JMG A; 2NRV A; 5AKZ A; 5KT3 A; 1K1Q A; 1KSP A; 4DL7 A; 2G07 A; 3IG8 A; 1DXS A; 5ALU A; 2IMW P; 2GWS A; 3PY8 A; 2GLE A; 1JRO A; 3T5L A; 1U9L A; 4YMN A; 2OXO A; 4KLJ A; 4YVZ A; 1V97 A; 3GIL A; 3RJI A; 1BNP A; 2V4R A; 1CRX A; 2NRT A; 4Y2X A; 2Y9T A; 4QWE A; 1JUD A; 1NI3 A; 2HOQ A; 4F4K A; 2OYY A; 2E8M A; 2AQ0 A; 2JH7 A; 2BCQ A; 4KLD A; 2LM4 A; 1V85 A; 3N7R C; 2HVH A; 5ALZ A; 1RDF A; 3SD7 A; 2RQ5 A; 3KHG A; 8ICC A; 2OEH A; 4JV1 A; 3NTU A; 2BHN A; 4CF4 A; 3MFH A; 5KFV A; 1T3Q A; 1XO1 A; 4RUC A; 3PW2 A; 4NL9 C; 2YMP A; 4DSI A; 2VJ5 A; 4C4T A; 1SL0 A; 1ZET A; 3MC1 A; 3L5K A; 5KFX A; 5DG9 A; 4I2A A; 3GIM A; 4CRX A; 4DFD A; 1F5S A; 4R63 A; 3TAN A; 2K4P A; 1MN8 A; 2UVU A; 4F8R A; 1J97 A; 2KHV A; 3QU4 A; 5AK4 A; 3SV3 A; 1S10 A; 5D49 A; 5KG5 A; 1X9S A; 2KSO B; 5J0W A; 4F5Q A; 2C22 A; 2VAN A; 2VIX A; 1L7O A; 3M9O B; 2RRD A; 2ODG A; 1GO3 F; 3GDX A; 4F93 B; 1ZQC A; 3ORY A; 4FBU A; 4XUS A; 2H5X A; 3QYP A; 5KL8 B; 2KFN A; 4R66 A; 3TFS A; 1Z00 A; 3EYZ A; 2PI4 A; 4TUR A; 1OUQ A; 3RB6 A; 1KTQ A; 1ZJM A; 3C29 A; 5KG2 A; 3C2M A; 1PVR A; 4B9M A; 2G0A A; 2K4H A; 4ECX A; 3KZI U; 1S5L U; 1N56 A; 4YMO A; 4ED1 A; 5B5E U; 2K4I A; 2ISP A; 4ECR A; 3ISD A; 3LVV A; 2XGQ A; 2FMS A; 3QEA Z; 4CNQ A; 5KFF A; 3RTV A; 5KFJ A; 5DQI A; 2HOF A; 4C8L A; 4F91 B; 4F5R A; 1FEZ A; 5D46 A; 7ICI A; 2WF9 A; 1WWV A; 4DSL A; 3BQ1 A; 4DQS A; 5KG6 A; 4LJX A; 2BZF A; 3IP4 B; 2FMQ A; 3F53 A; 2WB1 C; 5DGA A; 2G09 A; 2XY7 A; 1B22 A; 4PHP A; 3H4B A; 2RDI A; 3KBB A; 5J29 A; 5DBA A; 2PKE A; 2GH1 A; 1VJ5 A; 2W9B A; 1HEK A; 1EXN A; 3C1Y A; 5EE9 A; 2KG5 A; 4GC7 A; 1A0P A; 3TAR A; 2ZIU A; 4DWI A; 1TK0 A; 2DUY A; 3PST A; 4DQR A; 2K89 A; 5J0O A; 3OJS A; 5ALJ A; 5KFL A; 4NLC A; 3G6Y A; 1T3N A; 4YQW A; 2OHF A; 4QJF B; 1LV5 A; 4YR2 A; 5KG4 A; 3AN1 A; 5J2D A; 4I28 A; 5AM3 A; 2W04 A; 4ECY A; 4EBE A; 3WKE A; 2LKY A; 4F5N A; 3B0Y A; 2HBK A; 2QB0 A; 1QSL A; 1ZD2 P; 1T8E A; 1N48 A; 4UW9 A; 5J2H A; 3F5A A; 3PW5 A; 4YD2 A; 2W8L A; 2PMZ F; 2BCU A; 1ZQO A; 3TAC B; 5EE1 A; 1D8Y A; 3M7D A; 2H3I A; 5AKK A; 4ECS A; 2F1J A; 3GV5 B; 1FFU A; 4J03 A; 1COK A; 3C23 A; 1ZQU A; 2DQN B; 1C20 A; 4UAY A; 5HNK A; 4DO9 A; 1ZQV A; 4DL5 A; 5KFA A; 1SL1 A; 3C5F A; 4DLE A; 2GOL A; 5IIO A; 4U7C A; 2WAQ C; 1JXE A; 4NXZ A; 3ZDD A; 1MQ2 A; 9ICJ A; 2HBL A; 7ICL A; 3PO5 A; 5KFK A; 1XWL A; 5L1L A; 4GXJ A; 5EWE A; 5J2K A; 7ICM A; 4QZ9 A; 2BKE A; 4PGY A; 4F3O A; 2Z7J A; 1M6Y A; 4ED6 A; 2F77 X; 1PK1 A; 4B9U A; 4NLB A; 5DQG A; 3PV8 A; 1UT5 A; 3SYZ A; 1PZN A; 4Q8F A; 4EBD A; 3QNM A; 3RB0 A; 2HVI A; 4AYB C; 1S0N A; 3PSI A; 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3KD3 A; 4UB4 A; 5KT6 A; 5IIM A; 3F2C A; 2DKX A; 2EZX A; 5J0R A; 4I2B A; 4BGD A; 5G5G A; 3EWA A; 1CEZ A; 4LZG A; 2XO7 A; 1RYS A; 3WKD A; 5J0Q A; 2W9C B; 4EBC A; 4MEY A; 2W3S A; 3LK9 A; 3ZI4 A; 1BPB A; 3Q8K A; 4DOA A; 2DFL A; 1F0M A; 1WG8 A; 4YFK A; 4UAU A; 4KLI A; 2WB1 F; 4RQ7 A; 4ACO A; 1WCN A; 4G3I A; 1D9D A; 1NK5 A; 2I9G A; 4M9N A; 5ALK A; 2C2E A; 1IG6 A; 1F44 A; 4TQS A; 4NM1 A; 3ZDB A; 7ICE A; 4X5V A; 4ECV A; 1QCK A; 3MR3 A; 2W7O A; 3HKZ C; 2KVC A; 7ICP A; 2H3F A; 3T79 A; 4C0Z A; 3PX0 A; 3L4P A; 4YXM A; 1ZQ1 C; 4KLG A; 1FIQ A; 3MAB A; 4DEZ A; 2NRW A; 3GZF A; 2LM1 A; 9ICA A; 4ED0 A; 1L3T A; 4LVS A; 4WJ3 B; 4Z6D A; 3QUQ A; 3RJJ A; 4O3P A; 4IL6 U; 3T5K A; 3K4G A; 4NM2 A; 4NL9 A; 4QW9 A; 2IOF A; 2OWO A; 3ZDE A; 5KFO A; 4OO1 J; 1KQQ A; 1ZQK A; 3MBY A; 5J0Y A; 2R8G A; 2EZZ A; 2YX8 A; 2ZJ5 A; 8ICH A; 4B9V A; 4M9J A; 1UA1 A; 3PR5 B; 1LB2 B; 4P0P A; 3WK9 A; 1SKS A; 4KLL A; 2JEJ A; 2MSN A; 3IDW A; 3QX7 A; 4MEX A; 2IOH A; 2E1F A; 4FZL A; 1NJX A; 2HHX A; 1S0M A; 2D8C A; 1XSN A; 3V6H A; 3IHQ B; 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