The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
77
|
structure length |
77
|
Chain Sequence |
SIRLPAHLRLQPIYWSRDDVAQWLKWAENEFSLRPIDSNTFEMNGKALLLLTKEDFRYRSPHSGDRLYELLQHILKQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Native interface of the SAM domain polymer of TEL.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
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| total genus |
24
|
| structure length |
77
|
| sequence length |
77
|
| chains with identical sequence |
C, E
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-04-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Transcription Factor, Ets-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GLE A; 2ES6 A; 2JV3 A; 4NL9 A; 3KKA A; 1V85 A; 2QKQ A; 2E8O A; 5JRT A; 1B0X A; 3H8M A; 1F0M A; 2KG5 A; 3BS7 A; 1X66 A; 2QAR B; 1LKY B; 2LPE A; 2KE7 A; 5J8Y C; 5KNI A; 2L5Y A; 3HIL A; 4MHV A; 4RQM A; 2F8K A; 1DXS A; 2EAM A; 2DL0 A; 4IS7 A; 2KSO A; 2QB0 A; 1X40 A; 2DKX A; 2D3D A; 1UCV A; 5JU5 A; 1PK1 B; 2DKZ A; 1OW5 A; 1B4F A; 5JTI A; 2ESE A; 3K1R B; 5J8Y A; 1JI7 A; 2K60 A; 1WWU A; 2LMR A; 2QB1 A; 2QAR A; 3IDW A; 1RG6 A; 1SXD A; 2B6G A; 1LKY A; 2D8C A; 2QB0 B; 2EAP A; 5F3X B; 3BS5 A; 5L1M A; 1PK3 A; 1SV0 C; 2Y9U A; 2EAO A; 3TAD C; 3TAC B; 2E8P A; 2YTU A; 1COK A; 1SV0 A; 1X9X A; 3SEN A; 3TAD A; 4RQN A; 2E8M A; 4PZO A; 2E8N A; 3BQ7 A; 2K4P A; 2EAN A; 4NJ8 A; 1OXJ A; 1UQV A; 2KMD A; 1PK1 A; 2KIV A; 4PZN A; 1SXE A; 2F3N A; 1V38 A; 2FE9 A; 2KSO B; 1KW4 A; 1SV4 A; 1SGG A; 1Z1V A; 3BS5 B; 2F44 A; 3SEI A; 2Y9T A; 4NL9 C; 3KKA C; 1WWV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2K4I A; 1CUK A; 5HHI A; 2F1H A; 2QKQ A; 3L4P A; 1B0X A; 1TFR A; 3N4M B; 2YB1 A; 2KFZ A; 5KFZ A; 4PHP A; 5KFT A; 1ZQL A; 9ICG A; 2OWO A; 4EEK A; 1LV5 A; 4QZ9 A; 1KKX A; 4JUZ A; 4BGD A; 2BR0 A; 3OHA A; 1S97 A; 3ONN A; 3BDP A; 4RQM A; 3F5E A; 4RNO A; 3RJJ A; 2ASL A; 2Y1I A; 3N7S C; 4GC7 A; 1T94 A; 4JB3 A; 3EPG A; 3PX0 A; 2FPK A; 5IIM A; 1CI4 A; 1X2I A; 4DSF A; 1PK1 B; 4IRC A; 4DL4 A; 3HWT A; 2HHS A; 2W11 A; 4R64 A; 1WYG A; 5DB6 A; 2HVI A; 4F93 B; 3TAR A; 3LVW A; 2R8H A; 3SYZ A; 1JRP A; 5KFP A; 3AU6 A; 1DK3 A; 2E1E A; 1ZQQ A; 1KRP A; 5DG7 A; 2KOB A; 4OJ6 A; 3TAD C; 1RYS A; 2FDR A; 2PFP A; 4OJO A; 4IR1 A; 1HUZ A; 5J2I A; 3E2E A; 2Z7J A; 4TQR A; 4JV1 A; 4U7C A; 2N1R A; 4ECW A; 3GV5 B; 1UQV A; 4ZH4 A; 4I2C A; 2KHV A; 4IQT A; 2G5I B; 4RQ7 A; 2FE9 A; 5KFK A; 4TUS A; 1QQ7 A; 1PVP A; 3N28 A; 4PGY A; 4KTQ A; 4PL1 A; 5EE1 A; 3JPP A; 4XRH A; 1A0P A; 4QZE A; 5ALW A; 3DV9 A; 4EYI B; 4I2G A; 1HIW A; 2HBM A; 1ZQ1 C; 1Z3E B; 3PMN A; 2R8I A; 4J9L A; 3MFH A; 4F5P A; 5KL8 B; 3RB4 A; 2KG5 A; 3RB3 A; 2QAR B; 1ZD5 A; 3SMV A; 1ZQF A; 1TE2 A; 3UMG A; 1JX4 A; 4CGZ A; 4I2J A; 4C0Z A; 1QSY A; 1TAQ A; 4QW9 A; 4GIB A; 2FLN A; 5IIK A; 9ICF A; 4EEN A; 4MEX A; 2DL0 A; 2JHD A; 4GXJ A; 1TAM A; 3MR2 A; 3M9O B; 4B6J A; 4DF8 A; 1ZXI A; 1XS9 D; 8ICS A; 2VKQ A; 2P6U A; 2K8C B; 1ZQR A; 2P6R A; 5ALT A; 2XC9 A; 1U9L A; 1ZQP A; 5HR7 A; 3MBY A; 1SWW A; 5TZV A; 1PVR A; 1PVQ A; 3F53 A; 2NRV A; 2DF4 B; 4J9P A; 4QJF B; 5ALV A; 4K4I A; 1NI3 A; 2AH5 A; 2ISO A; 4AYB C; 2DBY A; 4DQS A; 1N5W A; 2LM1 A; 4YVZ A; 3UQ0 A; 1YZ6 A; 3RJK A; 2ATL A; 4DFD A; 1ZQE A; 1WCN A; 3ZDD A; 3F2D A; 1RYU A; 3TFS A; 3IG8 A; 3SEN A; 4ECV A; 1SZH A; 1T3Q A; 1ZQB A; 2W04 A; 3HRD D; 5ALR A; 2EDU A; 4B9S A; 4FS1 A; 4O3R A; 2JR5 A; 8ICZ A; 1V97 A; 1BNP A; 3DEE A; 1YZ7 A; 2NYV A; 1Z1V A; 3UXN A; 3KHL A; 3HKZ C; 1L3T A; 1COO A; 1EXN A; 5ALO A; 2O6K A; 2W55 A; 1V9P A; 7ICN A; 2VA3 A; 5AK4 A; 8ICG A; 4C7Y A; 5JRT A; 3Q8K A; 5DB8 A; 2FI1 A; 4PHD A; 5KFD A; 1F0M A; 1IV8 A; 1S8O A; 2BCS A; 2YML A; 3JPO A; 5AK5 A; 2LPE A; 2KE7 A; 2J6U A; 5AIB A; 4BXO B; 2WAQ C; 1S0M A; 2BQU A; 2VA8 A; 5III A; 3J81 j; 5KL1 B; 2HHT A; 3I1Y A; 2KJ9 A; 4O3P A; 3IG5 A; 4AYB F; 2KIC A; 4Y2T A; 5CJ7 A; 3MGV A; 4DSI A; 4CF4 A; 1SKR A; 2D6F C; 2UVW A; 3SAH A; 1OW5 A; 4KLF A; 1N63 A; 2JMG A; 4QZB A; 2NRX A; 3FYH A; 1S9F A; 4R65 A; 4RT3 A; 4KX3 A; 1JI7 A; 4NXZ A; 2AXT U; 4QWD A; 5E79 U; 3BZK A; 1L8O A; 4TUR A; 4EEY A; 2PI4 A; 1RG6 A; 2ZIW B; 2D8C A; 4F2R A; 3HKZ F; 3SR6 A; 5DBA A; 4DSK A; 2W9C A; 4AP9 A; 8ICA A; 5AI0 A; 1KBU A; 4ED1 A; 1WG8 A; 1ZQT A; 2KZM A; 5BOL A; 3NGD A; 3H4D A; 4J9M A; 2IA6 A; 4B9M A; 3PX6 A; 3B0Y A; 2KD1 A; 4P4P A; 2C28 A; 1N62 A; 3AL0 B; 4CF5 A; 4UB6 U; 2KIV A; 3FDS A; 2F3N A; 1V38 A; 3RB6 A; 1HJP A; 2KSO B; 2WAQ F; 1KW4 A; 5ALL A; 5AKK A; 3SD7 A; 5AK3 A; 4F50 A; 2NRT A; 3WK9 A; 3G6V A; 3TAP A; 4BJQ A; 2GO7 A; 5J0T A; 2PI5 A; 2YN4 A; 1J2N A; 5KFV A; 2ZIU B; 5KFI A; 4ED8 A; 5KG7 A; 1QQ6 A; 2KJ5 A; 4KLL A; 2W3S A; 1OUQ A; 4KLS A; 3NVW A; 3NS1 A; 1LKY B; 3PR5 B; 2YX8 A; 3ICX A; 4RUA A; 5KTQ A; 2AQ4 A; 2JEI A; 7ICK A; 3PSP A; 4TUQ A; 4PPX A; 3GIJ A; 8ICW A; 4DOA A; 3N97 B; 4ECT A; 2BCQ A; 4I2D A; 4RNN A; 3GV7 B; 2KP7 A; 1XSL A; 2DKZ A; 3B0X A; 3SV3 A; 3AUO A; 3GZF A; 5EE3 A; 3F2C A; 5C0Y A; 2Y0S F; 4FZL A; 5AKL A; 2QB1 A; 2ZJA A; 4PHE A; 1YT3 A; 3KHH A; 1H38 A; 3OJU A; 4R8U A; 3AEV A; 2QB0 B; 2YMQ A; 1HEK A; 4DSE A; 2KHQ A; 3RBD A; 2C22 A; 2EAO A; 4E0D A; 8ICT A; 3PW5 A; 4MF2 A; 1DGJ A; 5AM4 A; 3TAQ A; 4F5Q A; 3H8S A; 3IHQ B; 3BQ7 A; 3M8S A; 1BPX A; 3UQ2 A; 3UPQ A; 2JH7 A; 1ZQX A; 2ZXH A; 2J6T A; 5HML A; 2M0N A; 4K4G A; 4FE3 A; 5ALF A; 4O5C A; 2LM4 A; 4KMU A; 1ZJN A; 1BNO A; 3T5L A; 1ZQA A; 3ETL A; 5AM2 A; 4ECQ A; 3BS7 A; 2W9M A; 4WJ3 B; 7ICE A; 5KT6 A; 2KTQ A; 2I5H A; 4JWM A; 8ICJ A; 2KNJ A; 3QYP A; 4LZG A; 2ISP A; 4OJP A; 2IOF A; 5KFB A; 2XI9 A; 2W9B A; 3EW9 A; 5BOM A; 5KFX A; 2WF7 A; 4CCH A; 4UBC A; 4NLK A; 9ICW A; 1UA0 A; 1X9S A; 5CRX A; 1UT8 A; 2ZTE A; 5J2G A; 4JMU A; 2EQY A; 3PSF A; 1CRX A; 5DGA A; 4ICA A; 4YG2 A; 4DS5 A; 4FS2 A; 3PML A; 3LYS A; 1ZD3 A; 8ICP A; 1RM6 C; 3TAN A; 2EZY A; 4DEZ A; 2BKE A; 5L1L A; 2E1F A; 2XGQ A; 2KEY A; 2A1A A; 4QWE A; 5KT2 A; 4ELT A; 4F4Z A; 5J0R A; 2W03 A; 4UAV A; 4RQ6 A; 5AM3 A; 3RAX A; 3QU2 A; 4C8K A; 2KK0 A; 9ICQ A; 2IMW P; 1OXJ A; 3PO5 A; 2LYA A; 2WF5 A; 4Y2R A; 4FZM A; 4I2H A; 4F71 A; 1SGG A; 1O08 A; 1RXV A; 3AM9 A; 3RRG A; 2KFN A; 4EZ9 A; 2NRZ A; 3RR8 A; 9ICO A; 1BVS A; 4P4M A; 4ZOH C; 3H8M A; 1JUD A; 2K4H A; 2C2E A; 2JGA A; 1ZD4 A; 4RU9 A; 5KT3 A; 4GFJ A; 1ZQU A; 9ICH A; 1X42 A; 3V6J A; 4RUC A; 3PR4 A; 1C7Y A; 4QWA A; 3HIL A; 2JEJ A; 4F8R A; 3QNM A; 4RZR A; 8ICH A; 1KL9 A; 5HMM A; 1TK5 A; 2IBK A; 4UB2 A; 3HP6 A; 2HOI A; 4M2Y A; 3D2Q A; 5KAI U; 2ZXI A; 2QB0 A; 3NVZ A; 4USA A; 3LWL A; 3AN1 A; 4Q8F A; 4RQ5 A; 3GIM A; 4UAZ A; 4U6P A; 3A0B U; 3FAH A; 4LJX A; 2LI6 A; 4NLG A; 2H3I A; 5JTI A; 4UB5 A; 1U47 A; 9ICB A; 4Q43 A; 2ZJ8 A; 5AKI A; 4DFP A; 1BGX T; 3AMZ A; 8ICK A; 2I1Q A; 4YN4 A; 5DG8 A; 3IDW A; 5AM1 A; 2NRW A; 1QH9 A; 2AHO B; 4QZC A; 1X9W A; 4M9J A; 3GU3 A; 3QZ8 A; 4EX7 A; 2FPL A; 3WKD A; 4UQG A; 3QX7 A; 2Y9U A; 7ICG A; 2IHN A; 3RRH A; 3GIK A; 5D49 A; 2W8L A; 4O3S A; 3ZDC A; 5DQI A; 1N60 A; 3Q8P B; 2J6S A; 1KQQ A; 7ICU A; 2H3Q A; 4BUG A; 2K4P A; 1GO3 F; 1IXR A; 4Q8E A; 4RPZ A; 2H3Z A; 4I2F A; 3NVY A; 5AKH A; 3RJE A; 8ICM A; 5J2F A; 2GOL A; 1J97 A; 1N61 A; 5ALS A; 5J2E A; 5KT4 A; 4XQ8 A; 2ZIV B; 2Q0Z X; 1V85 A; 4Y2U A; 3DDH A; 1RXW A; 3CRX A; 4KLD A; 2BHN A; 4YMN A; 9ICE A; 3GV8 B; 4P0Q B; 4DOC A; 1QSS A; 2EZX A; 4B9T A; 3WKA A; 1T7P A; 2IOF K; 1D8L A; 2W9C B; 4Y2V A; 1P7D A; 2GH1 A; 4OD0 A; 2LYH A; 1NK5 A; 3C5G A; 1ZQI A; 2HVH A; 3I28 A; 4QIW C; 5J29 A; 2PKE A; 2EAM A; 9ICN A; 3SI8 A; 1IM4 A; 4OCZ A; 4NY8 A; 5KFC A; 2HBL A; 2DKX A; 3NAS A; 5KFG A; 4IC9 A; 2HI0 A; 5ALU A; 2BDP A; 2QLT A; 1Q3V A; 2EZZ A; 2XCP A; 9ICR A; 1IG6 A; 2W3R A; 4C4T A; 4XA5 A; 2PMZ C; 5DLG A; 2FLL A; 1S5L U; 2OYY A; 4NLC A; 4EBE A; 1N48 A; 3Q8S B; 8ICF A; 1JN3 A; 3KHG A; 3BZC A; 3V6H A; 2G07 A; 1L7M A; 4ECR A; 1MSW D; 1SKS A; 1ZQM A; 5L1I A; 1X9M A; 2VA2 A; 2FPM A; 1NZP A; 3MC1 A; 3BJY A; 3M9M B; 2AJQ A; 5AKY A; 3I76 A; 3OGU A; 3C1Z A; 1T3N A; 4KN4 A; 4F5N A; 4IQW A; 2F76 X; 2BCU A; 1SXE A; 5AI4 A; 4DL6 A; 4Y2Y A; 4M0A A; 4PGX A; 3NRZ A; 4X5V A; 4DQR A; 4QZ8 A; 4ED3 A; 2R8J A; 1MQ3 A; 4IRD A; 3PO4 A; 3OSP A; 2K8A A; 4QIW F; 1U45 A; 4QZA A; 4YD2 A; 3LDA A; 3RJH A; 3QUB A; 1XWL A; 2CN1 A; 1ZQD A; 4F5R A; 3KD3 A; 4DQQ A; 2KZZ A; 1XO0 A; 4KLH A; 1Y88 A; 2KIW A; 2LBO A; 5CHG A; 3ISC A; 5KFS A; 4R8U B; 5J8Y C; 1L7O A; 2DUY A; 2PMZ F; 1B22 A; 4ECS A; 1U48 A; 2R18 A; 8ICQ A; 4FZN A; 5GTH U; 3BQ1 A; 2W7O A; 4YQW A; 4US9 A; 5G5G A; 4BX9 C; 2HCF A; 3IM1 A; 3NRW A; 2HHQ A; 4HYK A; 1SZP A; 1ZD2 P; 2JZB A; 4IRK A; 3VC8 A; 4O3Q A; 5EE9 A; 3AQE A; 4YCX A; 5D4B A; 4C8M A; 1T8E A; 3G6X A; 4OO1 J; 7ICO A; 2RLT A; 4I29 A; 4QWC A; 2NO5 A; 5ALX A; 7ICQ A; 4IQV A; 2ODG A; 4GXK A; 3RBE A; 4K4H A; 4M9N A; 4KIT B; 2LHT A; 4M9G A; 3QU5 A; 2JEF A; 2YMP A; 3CW2 C; 2DPJ A; 1KEJ A; 2R8G A; 1N56 A; 8ICV A; 2HHU A; 2UVV A; 8ICN A; 4A8E A; 5F3X B; 1NK4 A; 5KG4 A; 4FFD A; 4YXJ A; 2YTU A; 3PVX A; 5CEH A; 2P35 A; 3EPI A; 2FMQ A; 3CP8 A; 2ZIV A; 4PJ0 U; 1ZYQ A; 2FJ6 A; 4RQN A; 3WKC A; 1QQ5 A; 2YQE A; 3L3F X; 4KX5 A; 4M9L A; 5KFH A; 4O9M A; 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2F1I A; 5G5H A; 3GIL A; 2WB1 C; 2M9N A; 3KHR A; 4CRX A; 2OH2 A; 8ICR A; 2B21 A; 1UPH A; 2WF6 A; 2PFQ A; 2NV3 A; 4NLN A; 1ZRM A; 4DL3 A; 1JIH A; 2OXO A; 2OM6 A; 1LVH A; 3NUQ A; 7ICM A; 3QU7 A; 1XSP A; 4DLE A; 3H8W A; 5BPC A; 3LVV A; 1Q3U A; 5L1J A; 2H5X A; 4PH5 A; 5KT7 A; 1NKC A; 4PL2 A; 1NNL A; 3B9J A; 1XC9 A; 7ICH A; 2K4E A; 9ICX A; 1UHU A; 5DBB A; 3SZ2 A; 2HHX A; 5FP0 A; 3T5H A; 3WKB A; 1F44 A; 1S0O A; 1ZRN A; 2ZTD A; 3RAQ A; 1ZQO A; 5GTI U; 4DS4 A; 4Y2X A; 2XCA A; 4UBB A; 1LB2 B; 4KLT A; 1B4F A; 1XSN A; 3H7I A; 2OCE A; 1NKB A; 4DL2 A; 4KMO B; 4HAI A; 4F3O A; 4QWB A; 7ICS A; 5EWG A; 3PW0 A; 3H8J A; 1VJ5 A; 5J0S A; 2WF9 A; 4ECY A; 4UB8 U; 7ICF A; 1TAU A; 1SXD A; 4IR9 A; 1BPD A; 3ORY A; 3UMC A; 1L3V A; 2HBK A; 4J9K A; 5DBC A; 1A6S A; 4P4O A; 5CA7 A; 2MUT A; 2BPC A; 5F9N A; 3RJI A; 2WB1 F; 2E8P A; 4DFJ A; 9ICL A; 1SL0 A; 2RP5 A; 2ZIX A; 3F2B A; 4KLQ A; 5AM5 A; 4GC6 A; 3C5F A; 5AI9 A; 1KTQ A; 4M6W A; 1K1S A; 2XVT A; 3NTU A; 3KFU F; 1N2X A; 1NK6 A; 4UAW A; 2KJ8 A; 4DL7 A; 2ZUC A; 1UT5 A; 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