The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
77
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structure length |
77
|
Chain Sequence |
SIRLPAHLRLQPIYWSRDDVAQWLKWAENEFSLRPIDSNTFEMNGKDLLLLTKEDFRYRSPHSGDVLYELLQHILKQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Native interface of the SAM domain polymer of TEL.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
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| total genus |
24
|
| structure length |
77
|
| sequence length |
77
|
| chains with identical sequence |
D, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-04-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Transcription Factor, Ets-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EAO A; 2KG5 A; 3KKA C; 4IS7 A; 1X9X A; 2ESE A; 5L1M A; 5J8Y A; 1V38 A; 1OW5 A; 2JV3 A; 1SV0 C; 3IDW A; 4NL9 C; 3K1R B; 4RQN A; 2YTU A; 3SEI A; 2Y9T A; 1PK1 A; 2EAN A; 2QB0 B; 2KMD A; 2QAR A; 2B6G A; 5JRT A; 2F44 A; 1LKY A; 3BS5 B; 2KIV A; 2FE9 A; 2KSO A; 2QKQ A; 1SXE A; 1V85 A; 1PK1 B; 2EAM A; 3TAD A; 5KNI A; 2E8P A; 2E8N A; 2LMR A; 1RG6 A; 2F3N A; 2K60 A; 2E8O A; 4MHV A; 3KKA A; 1SV4 A; 5J8Y C; 4PZO A; 2F8K A; 1SV0 A; 5F3X B; 2K4P A; 5JU5 A; 4NL9 A; 2L5Y A; 4RQM A; 3TAC B; 4NJ8 A; 3SEN A; 2E8M A; 1UQV A; 2ES6 A; 1SGG A; 1B4F A; 2DKX A; 3BS7 A; 2QAR B; 2KE7 A; 1LKY B; 5JTI A; 1X40 A; 1DXS A; 1PK3 A; 2QB1 A; 1KW4 A; 1B0X A; 2KSO B; 1WWV A; 1COK A; 2D3D A; 2EAP A; 1JI7 A; 2LPE A; 2DKZ A; 1UCV A; 2Y9U A; 1F0M A; 2DL0 A; 2QB0 A; 1Z1V A; 2GLE A; 1X66 A; 3HIL A; 3BS5 A; 3BQ7 A; 1WWU A; 3TAD C; 2D8C A; 3H8M A; 1OXJ A; 4PZN A; 1SXD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KD1 A; 4AP9 A; 5C5J A; 2F2A B; 3FM9 A; 4AYB F; 3N97 B; 2XI9 A; 1X9X A; 3T5K A; 4BXO A; 3AUO A; 1T3Q A; 5ALR A; 2E1E A; 3MR5 A; 5AM5 A; 4NL9 C; 5J29 A; 3QU5 A; 5CWR A; 2DGZ A; 1URJ A; 4I2G A; 1NNL A; 3GIJ A; 1Z00 A; 5ALF A; 3Q8R B; 1BPX A; 1CEZ A; 8ICI A; 4FZL A; 7ICG A; 1ZQE A; 2G5I B; 3M9O B; 2W9C A; 2XY6 A; 3HT3 A; 2ISP A; 1TAU A; 2DBY A; 3PW2 A; 1BPE A; 5F9L A; 4CF5 A; 9ICK A; 2YQE A; 5KFB A; 4IRC A; 5CA7 A; 2C22 A; 4EZ6 A; 5ALP A; 2ASJ A; 5J2G A; 1QQ6 A; 4KX3 A; 4R65 A; 4B9U A; 3HWT A; 2BPG A; 3I1Y A; 4KLH A; 8ICQ A; 4JMU A; 4C8L A; 3L4P A; 1SZP A; 1Q3V A; 3G6Y A; 5AIA A; 4GXK A; 1RYU A; 1ZJM A; 1MC8 A; 1DXS A; 3VCB A; 3MR6 A; 4Y2X A; 4EYH B; 4KIT B; 4UB1 A; 5IIK A; 5AK6 A; 2RHF A; 2KHQ A; 4NM1 A; 8ICN A; 4I2J A; 4Z6F A; 3QZ8 A; 2HDO A; 1ZQU A; 3MFI A; 1QQ5 A; 4Y2R A; 4QZG A; 3TAR A; 1S0M A; 3V7L A; 1QLN A; 3BQT A; 5AI5 A; 5KFX A; 1L6N A; 4YR2 A; 4J9S A; 3ICX A; 4LVS A; 4USA A; 4B9T A; 3TAP A; 2G5H B; 2HBM A; 3QEA Z; 4R66 A; 1RXV A; 2Y1J A; 1L5U A; 4GIB A; 8ICS A; 4F5Q A; 4F92 B; 1JUD A; 3RFA A; 1P7D A; 4C4S A; 3ISD A; 4MF8 A; 2QAR A; 4Q44 A; 3IM1 A; 5AKI A; 2AQ0 A; 1T3N A; 1LKY A; 4WJ3 B; 2H5X A; 4RQ4 A; 3ETR A; 3AQF A; 5DLG A; 5KAI U; 4JV0 A; 3H40 A; 3NRZ A; 4YMN A; 1K1Q A; 4FZM A; 1NJY A; 2DUY A; 5KTQ A; 3G6X A; 1ZQX A; 3KKA A; 5L1I A; 1ZQV A; 4YP3 A; 5KG7 A; 2UVU A; 4PHD A; 4GXJ A; 1SL2 A; 2OYY A; 2K4P A; 4ELT A; 3QU4 A; 4B9L A; 3SEN A; 2AGQ A; 2EZZ A; 3PST A; 4ED6 A; 4XUS A; 1ZRN A; 1SKS A; 3TAN A; 2D3D A; 7ICS A; 1S97 A; 4RQ5 A; 2JR5 A; 5AIB A; 5HHI A; 1IIP A; 5AM1 A; 3NVW A; 4FO6 A; 2YML A; 4QZ8 A; 2G07 A; 1QSY A; 2CXY A; 4KLJ A; 3N4M B; 2OWO A; 2YMP A; 8ICX A; 2NRX A; 1XU4 A; 1SXD A; 4QZB A; 2WF8 A; 3UMG A; 1MSW D; 5IIM A; 5ALJ A; 2XGP A; 3JPP A; 2KG5 A; 1KFS A; 2FLP A; 2FMP A; 3WK8 A; 5H2F U; 1KSP A; 3PSI A; 4RQ2 A; 3E0F A; 2KJ9 A; 3GU3 A; 2R8G A; 3K1R B; 4KLM A; 4UAU A; 5CJ7 A; 4DS4 A; 1NK9 A; 4MFC A; 3SEI A; 3KZX A; 5KFT A; 4ELV A; 2KJ8 A; 2DF4 B; 3QEB Z; 8ICL A; 2JMG A; 4DFK A; 5JRT A; 3ONN A; 8ICY A; 1SB3 C; 1RZT A; 3MFH A; 9ICP A; 1SKW A; 4DFP A; 2YMQ A; 3O0F A; 1PK1 B; 1UT8 A; 4F4Y A; 5J0U A; 4RQ1 A; 3C2K A; 1OUQ A; 4YFK A; 2LBO A; 4RQ6 A; 9ICN A; 2AJQ A; 2B21 A; 4CCH A; 4TUP A; 2DQN B; 3ZD9 A; 1Z19 A; 4C7Y A; 3H8S A; 4O3R A; 2W9B B; 5IIO A; 5HMM A; 4NL9 A; 5J2F A; 1S5L U; 1JXL A; 2BCU A; 4CRX A; 2KN7 A; 5AKZ A; 1B4F A; 2H3V A; 5AKX A; 4ECY A; 4Z6D A; 9ICM A; 5KFS A; 4P0Q B; 2G0A A; 4UB8 U; 2KSO B; 4R8U B; 2W9A A; 1COK A; 2FDR A; 4CGZ A; 3CP8 A; 4AYB C; 9ICL A; 3IN5 A; 3GZF A; 4EBD A; 4C8K A; 4UB2 A; 2XCA A; 1FO4 A; 2GO7 A; 4F72 A; 5KFR A; 4F50 A; 1QSL A; 4ECW A; 8ICW A; 1L7O A; 1RQN A; 3RTV A; 3SD7 A; 3E58 A; 4I2H A; 1BNP A; 5CR0 A; 1D8B A; 4NWI A; 2R8J A; 2LYA A; 5AK5 A; 2GOL A; 1S8O A; 2JGA A; 4I2D A; 4MFA A; 1UA1 A; 3V6J A; 1COO A; 4RQN A; 7ICU A; 4ED0 A; 4OJ6 A; 1ZQW A; 2AU0 A; 3LWL A; 1TE2 A; 2Y9T A; 4P2H A; 3PW4 A; 3MR3 A; 5B66 U; 3LK9 A; 2ASD A; 1YT3 A; 3H8W A; 2EAN A; 2QB0 B; 4QZE A; 4UB6 U; 4PGY A; 2NRW A; 2KIV A; 3WKE A; 2ALZ A; 5J0S A; 3NGD A; 2F77 X; 4J9K A; 4YD2 A; 3Q8Q B; 3RJH A; 4MF2 A; 1U48 A; 2WF9 A; 5KG4 A; 3QU7 A; 4QW8 A; 3ZI4 A; 5J2H A; 1ZQL A; 8ICA A; 2MUT B; 5B5E U; 5KFM A; 4LZG A; 2A1J B; 5KG5 A; 5J2J A; 3S6J A; 3GIM A; 5KFW A; 3MDC A; 9ICO A; 3QNM A; 1ZQ1 C; 4F91 B; 2JZB A; 9ICC A; 5DQH A; 2G08 A; 3PO4 A; 1ZD5 A; 3IP4 B; 3D6J A; 3WK7 A; 1L8O A; 2DKZ A; 4QWE A; 4FBU A; 2YY6 A; 4EX6 A; 4PL1 A; 5KG0 A; 1HUO A; 3C28 A; 3LVW A; 5KT4 A; 1SWV A; 1UHU A; 3QUQ A; 4OD0 A; 9ICQ A; 2BCS A; 4E0D A; 1A77 A; 2LYH A; 2H3F A; 1ZJN A; 4EZ9 A; 4JK1 A; 1O03 A; 1N2X A; 1U49 A; 1KFD A; 2W55 A; 4BJQ A; 3SV3 A; 1XO0 A; 1ARO P; 3ZDB A; 3F53 A; 3ZDC A; 1ZQP A; 4NLN A; 3WKD A; 1KRP A; 2XCP A; 3RJF A; 2PMZ F; 4F4W A; 4BGD A; 4LZD A; 4A8E A; 4IQT A; 4UBC A; 2VKQ A; 3C21 A; 2ZIX B; 4EEY A; 1QH9 A; 1U4B A; 2A19 A; 1DOQ A; 2RLT A; 2RP5 A; 5J0R A; 1C7Y A; 3QYP A; 3RF9 A; 1ZQD A; 4DSI A; 5EE3 A; 1JIH A; 2ZXH A; 4KN4 A; 1ZRM A; 4DOA A; 5KFK A; 2ZJ8 A; 2XC9 A; 4C8O A; 7ICE A; 3RJI A; 3HPO A; 4ICA A; 3M9N B; 2Y1I A; 3KHG A; 2W03 A; 2BQU A; 3WKC A; 2E3T A; 5F3X B; 4HYK A; 5JU5 A; 3M6K A; 4RQM A; 1S0O A; 5AK3 A; 2C28 A; 9ICJ A; 1IXR A; 3LWM A; 3MR2 A; 4DSE A; 3CRX A; 3K4G A; 3HJE A; 3C5F A; 4J9P A; 4ED1 A; 4UAT A; 3FYH A; 2IOF K; 3RH6 A; 1L3V A; 4TUS A; 3D2Q A; 2CN1 A; 3AL0 B; 5BPC A; 3WK5 A; 2BCR A; 4C0Z A; 5DDM A; 5KFC A; 1NK5 A; 2HBK A; 4M9H A; 1IM4 A; 2XIC A; 1DRG A; 2F1I A; 3C2L A; 3GV7 B; 4CE6 A; 2JXJ A; 4B9V A; 5DQI A; 4PZN A; 2WF7 A; 3Q8L A; 3QX7 A; 4KN7 A; 7ICF A; 4EEK A; 2KFN A; 4IL6 U; 1BVS A; 2KZZ A; 3RR7 A; 1S77 D; 4QZA A; 4RPY A; 2NRZ A; 2G09 A; 2R8I A; 4F4Z A; 3M9M B; 3AMZ A; 2C2R A; 5J2D A; 2JEJ A; 2KNJ A; 3F2B A; 3GV8 B; 3WU2 U; 1Z3E B; 2KZ3 A; 2JH1 A; 4RT2 A; 2Q0Z X; 5GTH U; 4Y2Q A; 4DFJ A; 2ZJA A; 1NK7 A; 2DWQ A; 2HMX A; 2J6S A; 2HBJ A; 3IV6 A; 1NJX A; 2KSO A; 2QKQ A; 2CPR A; 4R8U A; 4JWN A; 5KFA A; 5HP4 A; 3PSF A; 4EYI B; 2ZIW B; 2BQR A; 2MRL A; 2EAM A; 3TAQ A; 2RRD A; 4F3O A; 3PNC A; 5EWE A; 1A0P A; 3PW5 A; 4DQP A; 4UAV A; 4M9N A; 5L1K A; 3A0B U; 3ED5 A; 3ZDD A; 5CRX A; 2HHS A; 2MA1 A; 5HR6 A; 4PZO A; 2HBL A; 5AI9 A; 1JX4 A; 3GIL A; 4JWM A; 4DSK A; 4ECV A; 1X6I A; 5KFY A; 4BDP A; 1NK0 A; 2WF6 A; 4Y2S A; 5A0L A; 3BS7 A; 3KTQ A; 5JTI A; 8ICV A; 4IR9 A; 2QB1 A; 4DLG A; 1UT5 A; 3F2C A; 5KG3 A; 5ALW A; 2Y9U A; 2XY7 A; 4DL6 A; 2QB0 A; 2FPK A; 2EZX A; 4BUG A; 3NTU A; 2WB1 F; 5AKG A; 4BX9 C; 1X2I A; 4RQ8 A; 1HUZ A; 3KHL A; 4DL3 A; 1ZQC A; 4M6W B; 5L9X A; 2RQ5 A; 4QZH A; 7ICP A; 4IQV A; 2W8L A; 4QZI A; 2BHN A; 3EYZ A; 4Y2V A; 1Q46 A; 2W3R A; 5KT6 A; 2UVV A; 3AU6 A; 1EXN A; 5DLF A; 4O3M A; 1MQ3 A; 1RQL A; 4F5P A; 2MUT A; 2ZG6 A; 1TAQ A; 2HW3 A; 1B22 A; 2A1J A; 5TIS U; 3BQ0 A; 2F76 X; 5DB9 A; 3BS5 B; 1CRX A; 3PZP A; 2PFQ A; 1V97 A; 5G5G A; 4F2S A; 5KFL A; 3MC1 A; 4YVZ A; 4FFD A; 4KLD A; 4KLE A; 3GIK A; 5KFE A; 9ICF A; 3PR4 A; 1WUD A; 3ISB A; 5ALO A; 2KZM A; 2ZUB A; 5DB8 A; 2E8O A; 1RYR A; 5KFH A; 4O3S A; 1KTQ A; 4KMO B; 2J6U A; 4O3O A; 4F5R A; 2W7O A; 2F8K A; 3SQI A; 3HP6 A; 2I6X A; 4KLL A; 2Y0S F; 7ICM A; 3SMV A; 8ICO A; 3AN1 A; 4QJF B; 1XSL A; 1DK2 A; 3QUC A; 1T4G A; 4ED3 A; 1X40 A; 4ECX A; 4GXI A; 4KX5 A; 4PHA A; 4UBB A; 3HW8 A; 1XS9 D; 3RAQ A; 3F5A A; 1Y88 A; 3H0R B; 1KL9 A; 5L1J A; 2DL0 A; 1JMS A; 3C1Y A; 1L3T A; 2N1R A; 4YQW A; 5J2E A; 1ZYQ A; 4DQR A; 4C80 A; 1TK0 A; 2OH2 A; 2PMZ C; 2BPC A; 1NZB A; 1N48 A; 1SL0 A; 4Y2U A; 1TK8 A; 5EOZ A; 2IMW P; 1L3S A; 2I5H A; 4M9G A; 4K4G A; 3JPS A; 4DF4 A; 1ZQZ A; 1T94 A; 1U47 A; 4OJ5 A; 1D8Y A; 2KJ5 A; 2IHN A; 3QE9 Y; 1QSS A; 4HAI A; 4TQR A; 9ICV A; 1K5O A; 4DCC A; 3V72 A; 4KTQ A; 4PH5 A; 4KLT A; 2HHU A; 1S9F A; 4YR3 A; 3MDA A; 2HOQ A; 3KZI U; 2OEH A; 5DG9 A; 1S76 D; 4QZD A; 1KEJ A; 4B6J A; 1CUK A; 4DL5 A; 2KP7 A; 2BQ3 A; 3UXP A; 1NK6 A; 9ICG A; 3WK6 A; 5T14 A; 4MHV A; 5DB7 A; 4F93 B; 2RDJ A; 3TQ1 A; 5ALI A; 2YN4 A; 3B0X A; 5DG7 A; 1ZQK A; 7ICK A; 1TFR A; 4RQ0 A; 4ZOH C; 3TAC B; 4RNN A; 4Y2T A; 4YMO A; 2AXT U; 2AH5 A; 5CB1 A; 1T8E A; 4QIW C; 2LM1 A; 1ZQN A; 4OO1 J; 3J81 j; 2P6U A; 3B9J A; 2HHQ A; 9ICR A; 2YMM A; 3NUQ A; 1A76 A; 1VDV A; 2K8B B; 4YD1 A; 3PY8 A; 2KEY A; 2E1F A; 1N60 A; 2I1Q A; 3T5H A; 1TAM A; 4QZC A; 1FFU A; 8ICE A; 2ZIU B; 7ICO A; 3GQC A; 4XA5 A; 2ZIW A; 3OHA A; 3BQ1 A; 8ICP A; 5ALX A; 3A0H U; 4RZR A; 3IRU A; 4DLE A; 2AQ4 A; 1NK4 A; 1GO3 F; 3R9K A; 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4DFM A; 4DL7 A; 5ALK A; 2YTU A; 3N28 A; 5FP0 A; 4IRK A; 2JH7 A; 2NV3 A; 3UXO A; 1FIQ A; 2K4I A; 2WHE A; 5AKH A; 2KMD A; 2B6G A; 4I2F A; 3NVY A; 5ALE A; 3PW0 A; 2OHF A; 5KG1 A; 5J2K A; 3M8S A; 2W3S A; 2W04 A; 3SAH A; 1QQ7 A; 3T3F A; 3HKZ F; 2PFN A; 1KQQ A; 5J0O A; 2BKE A; 3EUB 2; 2C2D A; 2Y0S C; 3TFS A; 3PVX A; 4F4K A; 4O0I A; 3OSN A; 1YZ6 A; 3GV5 B; 5KFV A; 3THV A; 4RU9 A; 5ALV A; 3WK4 A; 3RH4 A; 5J0Y A; 9ICX A; 3UM9 A; 1LB2 B; 2HCF A; 2R8H A; 2JRZ A; 5EE9 A; 2PFP A; 1NK8 A; 2FI1 A; 1NJZ A; 2VIX A; 3OSP A; 1SGG A; 1NKE A; 3OTQ A; 7ICL A; 2KE7 A; 4QZ9 A; 2XY5 A; 4K4H A; 1PK3 A; 3KHR A; 3PX0 A; 4YXJ A; 2R18 A; 3LDA A; 3SAG A; 3IG8 A; 4G9B A; 4FZN A; 3QU2 A; 2ZUC A; 3TKA A; 1BPD A; 5KT7 A; 3AM9 A; 1PVR A; 3F5E A; 3M7D A; 5AI6 A; 1XSP A; 4DWI A; 4RUA A; 1ZQB A; 3N7R C; 4UAS A; 1J2N A; 1DGJ A; 1MN8 A; 4C4T A; 4IS7 A; 2VJ4 A; 1ZQA A; 3I76 A; 3H4B A; 2GH1 A; 2K4H A; 5ALG A; 3ZDA A; 5KFU A; 4EEL A; 4F5N A; 2ODG A; 5KFF A; 2A3V A; 2HVH A; 4KLI A; 1MQ2 A; 5IIL A; 4UB5 A; 2FLL A; 2E5S A; 1KLN A; 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