The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
|
sequence length |
77
|
structure length |
77
|
Chain Sequence |
SIRLPAHLRLQPIYWSRDDVAQWLKWAENEFSLRPIDSNTFEMNGKDLLLLTKEDFRYRSPHSGDVLYELLQHILKQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Native interface of the SAM domain polymer of TEL.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TRANSCRIPTION FACTOR ETV6
|
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
24
|
| structure length |
77
|
| sequence length |
77
|
| chains with identical sequence |
D, F
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-04-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Transcription Factor, Ets-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NL9 C; 1B4F A; 5L1M A; 2KSO A; 3BQ7 A; 3IDW A; 2B6G A; 1X40 A; 3KKA A; 5KNI A; 1B0X A; 1X66 A; 2JV3 A; 1F0M A; 2EAM A; 2E8N A; 2ES6 A; 1SXD A; 1JI7 A; 3SEN A; 1SXE A; 2LMR A; 2QB0 A; 1COK A; 2DKZ A; 5J8Y A; 4PZN A; 1WWV A; 3K1R B; 4RQN A; 5F3X B; 1SGG A; 2EAN A; 3TAD C; 5JRT A; 2QAR A; 3BS5 B; 2QKQ A; 2LPE A; 2KE7 A; 2Y9T A; 2KSO B; 3BS5 A; 2KMD A; 2E8M A; 1OW5 A; 4PZO A; 3H8M A; 1V38 A; 2E8O A; 2YTU A; 2GLE A; 1SV0 C; 2QB0 B; 2EAO A; 1KW4 A; 3BS7 A; 1OXJ A; 2F8K A; 2QAR B; 4NL9 A; 3TAC B; 1RG6 A; 2F44 A; 4NJ8 A; 5JTI A; 3HIL A; 2D8C A; 1LKY A; 1DXS A; 1X9X A; 5JU5 A; 2ESE A; 4IS7 A; 4MHV A; 3KKA C; 2K60 A; 3SEI A; 2DL0 A; 1PK1 A; 2FE9 A; 3TAD A; 5J8Y C; 2KG5 A; 2QB1 A; 1V85 A; 1PK3 A; 1UQV A; 1LKY B; 2EAP A; 2E8P A; 1SV0 A; 1UCV A; 2Y9U A; 1PK1 B; 2F3N A; 4RQM A; 2KIV A; 2L5Y A; 1Z1V A; 1WWU A; 1SV4 A; 2D3D A; 2DKX A; 2K4P A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1B4F A; 4F4K A; 3C29 A; 4I2J A; 2JXJ A; 4Q8F A; 1SZH A; 4Y2R A; 3RBD A; 3IV6 A; 1JRP A; 1NKC A; 4QZ8 A; 3OHB A; 1BNP A; 2KJ8 A; 2J6S A; 3JPN A; 2FPK A; 3E0F A; 8ICK A; 2ZUD A; 2LYB A; 3TAN A; 2E5S A; 4ED3 A; 5DG7 A; 2XC9 A; 4HYK A; 4BDP A; 1A77 A; 2IBK A; 5B66 U; 3QUQ A; 1HEK A; 1JXE A; 1ZD4 A; 2RHF A; 4ELV A; 3BQ0 A; 7ICJ A; 1V38 A; 3C5F A; 4ECW A; 2LI6 A; 3R9K A; 1RM6 C; 4ACO A; 2RP5 A; 3EUB 2; 1U45 A; 1YT3 A; 7ICM A; 1UT8 A; 4F93 B; 2E1E A; 2I1Q A; 4BXO B; 4P4P A; 3A0H U; 4F91 B; 3MDC A; 1U49 A; 4ECT A; 1ZQR A; 2XI9 A; 4O5C A; 4Y2Q A; 3M9M B; 8ICZ A; 1PZN A; 4FFD A; 2ODG A; 2H5X A; 2P6R A; 5KTQ A; 1VLB A; 2XCA A; 2KG5 A; 4KMU A; 1PK3 A; 4O3O A; 4UQG A; 2WAQ C; 2NO4 A; 5DDM A; 9ICJ A; 2FDR A; 1ZQK A; 1S0N A; 2PKE A; 4F71 A; 2KK0 A; 5BPC A; 1ZQW A; 2K89 A; 1SV4 A; 2Y0S C; 3FAH A; 2XVT A; 5K4L A; 2A3V A; 4DL6 A; 2ZTD A; 5AIC A; 3NVV A; 4RNM A; 2WF9 A; 1X66 A; 1BVS A; 3WKB A; 3WK7 A; 4P0Q A; 4B9L A; 8ICX A; 1S8O A; 2AGP A; 2C28 A; 7ICR A; 5HHH A; 4CNQ A; 4F5P A; 2ZUC A; 4M9G A; 2HHU A; 4UBC A; 4GXJ A; 4Y2V A; 1D9F A; 3JPR A; 4UAT A; 2LPE A; 2Y9T A; 9ICS A; 3E58 A; 4PZO A; 2FLP A; 1LV5 A; 2H3Z A; 5IIM A; 3RAQ A; 2NO5 A; 1T3Q A; 3GU3 A; 3ISC A; 1Y88 A; 1L8L A; 2I6X A; 1V9P A; 4MFC A; 1MSW D; 2W43 A; 4F3O A; 4PHA A; 2G0A A; 3BQ1 A; 3PST A; 5HHI A; 7ICP A; 3PO5 A; 2W54 A; 3HIL A; 1QSS A; 4PHD A; 1X9X A; 5D4B A; 2KV2 A; 5AI6 A; 2JHD A; 4DL4 A; 3Q8S B; 4ED7 A; 5DGA A; 5AI9 A; 5AKZ A; 5DB7 A; 4GXI A; 3PW5 A; 4QW8 A; 1NK5 A; 2HMX A; 5D49 A; 4I28 A; 1SKS A; 4YQW A; 2JRZ A; 2FMQ A; 5J0R A; 7ICE A; 3V6K A; 4EEN A; 3FC4 A; 3O0F A; 2MUT B; 4DOB A; 4NLN A; 2K8C B; 2HSZ A; 3AMZ A; 4IQT A; 4RQM A; 2LYH A; 3KZI U; 4OO1 J; 2ZIX A; 3F5E A; 3CNH A; 1DGJ A; 4Z6D A; 4KLG A; 2P66 A; 4JV2 A; 4UB4 A; 4KN7 A; 3QU9 A; 4YR2 A; 4DOC A; 3PW4 A; 3H8S A; 3DV9 A; 4J9L A; 4PL2 A; 2MRL A; 5KG0 A; 3KKA A; 3A0B U; 1ZQC A; 1KFD A; 4RQ1 A; 1TFR A; 3IG5 A; 4EZ9 A; 3SEN A; 5AKK A; 2J6T A; 1A76 A; 2PMZ F; 4U6P A; 2GH1 A; 5EOZ A; 1KFS A; 3CW2 C; 3GIJ A; 5L1L A; 1L3S A; 3E2E A; 1GO3 F; 4PZN A; 3QU2 A; 1TAU A; 2JGA A; 5KFM A; 9ICG A; 3V7J A; 3TAQ A; 5KT4 A; 5KFR A; 3RB0 A; 2KSO B; 3AQF A; 3WKC A; 4UB1 A; 5IIL A; 4I27 A; 4MEX A; 2OXO A; 5ALM A; 3SD7 A; 3TKA A; 3D6J A; 5DB6 A; 2EAO A; 1L5U A; 3VC8 A; 5HR6 A; 7ICU A; 1UT5 A; 3M6Z A; 3BQT A; 2M0N A; 1ZD2 P; 4F4W A; 3ZDE A; 1XSP A; 2I9G A; 1DXS A; 4C0Z A; 1BPB A; 1K1S A; 1T4G A; 2RDI A; 3PW2 A; 3CYM A; 3T5K A; 2G5I B; 4NLC A; 2ASJ A; 1SKW A; 5KFO A; 3KD3 A; 5HP4 A; 1RYS A; 3ZI4 A; 4ECV A; 3ALR A; 3TAD A; 4NWI A; 2ISO A; 4UAR A; 1S5L U; 5CR0 A; 3FYH A; 8ICW A; 3QNM A; 1UQV A; 3RRH A; 2MU2 A; 3V72 A; 2KEY A; 1TK5 A; 4YR0 A; 3ICX A; 4G3I A; 2OCE A; 1N2X A; 4YMO A; 1RPL A; 2LM1 A; 1B22 A; 2PFN A; 4IC9 A; 2LBO A; 4EBE A; 2KHQ A; 3NVW A; 2RRD A; 2W11 A; 2ZJ8 A; 2VJ4 A; 3QUT A; 2KIW A; 4J9N A; 4KLM A; 4RQ4 A; 2B6G A; 2F1H A; 4P0Q B; 4IQV A; 5DDY A; 2E8N A; 2YB1 A; 1SXD A; 5KG2 A; 5L1K A; 3ZDC A; 1RQL A; 3C28 A; 5KFB A; 3EYZ A; 1XNS A; 5ALG A; 3UMB A; 2V4Q A; 2XIC A; 1WWV A; 3RH6 A; 5F3X B; 5B5E U; 2H3Q A; 4DS5 A; 1CRX A; 5JRT A; 2NYV A; 4DWI A; 4CGZ A; 4DL7 A; 4M0A A; 3H8M A; 2J6U A; 4M9N A; 1TAQ A; 4I2C A; 1IM4 A; 5KAI U; 3GII A; 3AUO A; 3KHR A; 4FBU A; 2DUY A; 1ZQL A; 2QAR B; 4NL9 A; 1ZJN A; 3OJU A; 1NJZ A; 3GV7 B; 5JU5 A; 2KN7 A; 4M47 A; 2BPC A; 2HVH A; 4P4M A; 3LK9 A; 4QIW F; 2HBK A; 1NI3 A; 5DBB A; 1VJ5 A; 4F2R A; 4PGX A; 4NM2 A; 2KZ3 A; 3JPT A; 2AQ4 A; 4DSL A; 1LVH A; 5J8Y C; 3HKZ F; 4IRK A; 4DFK A; 4ECS A; 4TUQ A; 2BCS A; 1C20 A; 1Q46 A; 3PNC A; 1KLN A; 1RYU A; 8ICA A; 4DEZ A; 4ECU A; 1ZQQ A; 1TK8 A; 2W03 A; 4ELU A; 3SAH A; 1NOM A; 1ED1 A; 3ISD A; 4K4I A; 2HOQ A; 5J2H A; 2DF4 B; 2OYY A; 3OJS A; 3NAS A; 2XID A; 5ALI A; 9ICR A; 2JH1 A; 4GLX A; 9ICA A; 1Z00 B; 3MGV A; 4XRH A; 3ED5 A; 5EE9 A; 2LKY A; 5KFI A; 4I2H A; 4USA A; 5L1M A; 4O3R A; 5KFD A; 8ICM A; 5AI4 A; 4RU9 A; 1ZQY A; 4YMN A; 3TFS A; 9ICP A; 4M04 A; 4YXM A; 4BX9 C; 1JX4 A; 4EEY A; 1RDF A; 4P0P A; 3PX4 A; 2Y1J A; 1ZQV A; 5J2G A; 2YMP A; 3N7S C; 4QWA A; 4UAY A; 4KLH A; 8ICT A; 2NV3 A; 2QKQ A; 2AGO A; 9ICK A; 4J9S A; 2BCQ A; 5AKI A; 2HVI A; 2W55 A; 2W9M A; 2RQ5 A; 5AI8 A; 1T7P A; 3PV8 A; 5KT3 A; 1F44 A; 3BDP A; 3ZDA A; 5AM0 A; 5AKL A; 4KLJ A; 3D2S A; 4Q8E A; 4DSI A; 2ZTC A; 2KIC A; 2KOB A; 2WF5 A; 1EXN A; 2BQU A; 3MGI A; 2ZIW A; 3EZ5 A; 1LKY A; 5ALK A; 5KT7 A; 2R18 A; 2IOF K; 1N63 A; 1TKD A; 4RQ7 A; 4KMO B; 1UHU A; 1ZRM A; 4DO9 A; 2KVS A; 3ZDB A; 1ZQS A; 9ICW A; 3AN1 A; 1KEJ A; 5DQI A; 1ZQA A; 4F5O A; 1JXL A; 3H0M B; 4J9O A; 3F2B A; 2FLL A; 1V85 A; 2EZY A; 7ICT A; 2W9C A; 2NRT A; 4Y2U A; 2FPM A; 1MQ3 A; 2C2R A; 3RBE A; 1ZQM A; 4RPZ A; 2ZXI A; 1UCV A; 3PML A; 2KIV A; 1ZQJ A; 1NKE A; 3RTV A; 1VDV A; 4ECQ A; 3T5J A; 1YZ7 A; 4FO6 A; 4BWM A; 4QZB A; 5T14 A; 3Q8R B; 5KFG A; 3WK5 A; 4QZF A; 4QW9 A; 2XGP A; 5A0L A; 1S10 A; 2FLN A; 1U48 A; 2PMZ C; 1L8O A; 5KT2 A; 1ZET A; 5ALE A; 1KN5 A; 5KG6 A; 2F1I A; 2W8L A; 4F5Q A; 5CJ7 A; 2DKZ A; 4R65 A; 1JRO A; 4RQN A; 1L7N A; 9ICN A; 3OPX A; 1URJ A; 1SWV A; 1BPX A; 2A1J B; 4O3Q A; 4C8M A; 1JIH A; 4M6W B; 2HW3 A; 7ICH A; 2ZIU B; 5CHG A; 4PJ0 U; 1XU4 A; 5EE1 A; 2E8O A; 2YTU A; 3S6J A; 3LWM A; 2GLE A; 3RJK A; 3UXN A; 4R8U B; 4IQU A; 1SB3 C; 4NXZ A; 1ECW A; 3KBB A; 3QU5 A; 1PUZ A; 4UAW A; 1X2I A; 3C2L A; 3ISB A; 3QEA Z; 3N7P D; 5KG1 A; 9ICQ A; 1HIW A; 2RDJ A; 4UB5 A; 2BCR A; 5KT5 A; 4JV0 A; 1KRP A; 3RJG A; 4Y2T A; 5J0X A; 3CP8 A; 5L1I A; 1BPE A; 5J0U A; 3QUC A; 4TQR A; 4FS2 A; 3OTQ A; 2IOH A; 3QEB Z; 1KSP A; 5AI0 A; 3JPP A; 4CDG A; 2KHV A; 2CRX A; 5F9N A; 4LJX A; 2JEI A; 3G6Y A; 1LB2 B; 4HAI A; 3UPQ A; 2ZIV A; 3LYS A; 4U7C A; 4RUA A; 2O6K A; 3L5K A; 2GO7 A; 3RB4 A; 9ICX A; 7ICK A; 3TQ1 A; 1ZQZ A; 3M6K A; 5DBA A; 2E8P A; 3AEV A; 2Q0Z X; 3NS1 A; 1U47 A; 2YML A; 5ALU A; 3SI8 A; 2F77 X; 3OHA A; 5DBC A; 4YXJ A; 5KFQ A; 1QSY A; 1TVA A; 3NVY A; 8ICG A; 1B0X A; 2HCF A; 3N28 A; 2VAN A; 2Q4T A; 5J0P A; 2H3F A; 2NRW A; 5AKJ A; 4Q45 A; 4DQP A; 4P0P B; 1FEZ A; 4DFM A; 1WCN A; 3K1R B; 1ZQD A; 4UB2 A; 2EZX A; 4YD1 A; 3Q8L A; 4YP3 A; 4ED1 A; 1NK6 A; 3THV A; 1D9D A; 1UA0 A; 5J2F A; 1MC8 A; 4UBB A; 5KFV A; 2ASD A; 4QJF B; 4QZE A; 4YD2 A; 2E1F A; 2K4E A; 3NVZ A; 4QWD A; 3GIK A; 1L3U A; 1ZQN A; 5L1J A; 2V4R A; 4JUZ A; 4DOA A; 2QB0 B; 2ZJA A; 4YMM A; 3LVV A; 4YG2 A; 1MN8 A; 3PSP A; 3PSF A; 3QU4 A; 1ZXI A; 1OUQ A; 4J9R A; 5JTI A; 1H38 A; 4J9M A; 2YX8 A; 2D8C A; 4QIW C; 1BPD A; 2AU0 A; 3RH5 A; 5KFE A; 4AYB F; 3QE9 Y; 2VA8 A; 3HKZ C; 1HJP A; 4C7Y A; 3JPS A; 4CCH A; 3GIM A; 2NRV A; 4YFK A; 1T3N A; 2BQR A; 2ZG6 A; 3GDX A; 4X5V A; 1BNO A; 2QB1 A; 4DSE A; 1RZT A; 2JZB A; 4C4R A; 2ALZ A; 3M8S A; 4C8K A; 3B0Y A; 4KTQ A; 4GIB A; 1WYG A; 2XGQ A; 9ICV A; 4FBT A; 2PI5 A; 5HMM A; 2JMG A; 2K4I A; 1SV0 A; 2F2A B; 3G6X A; 4KLO A; 4KN4 A; 4KLL A; 5AM4 A; 1A6S A; 4Y2S A; 1QQ5 A; 2VKQ A; 2KZZ A; 2BCV A; 3NRZ A; 5GTH U; 4ECY A; 2BHN A; 4GC6 A; 2OEH A; 3IP4 B; 4CF4 A; 2EQY A; 1ZQH A; 5DGB A; 1L6N A; 1S97 A; 4QZI A; 1BGX T; 5ALN A; 4MEY A; 1F5S A; 3MFI A; 3F5A A; 2XY5 A; 5AIA A; 5BOL A; 1Z19 A; 3I28 A; 4EBC A; 3C2K A; 5J2C A; 2KMD A; 3N4M B; 3PSI A; 2WF8 A; 1IXR A; 8ICE A; 2G08 A; 2BQ3 A; 3FDS A; 4DLE A; 3RB3 A; 4DSJ A; 3BJY A; 4ZOH C; 8ICP A; 4NLB A; 3LDA A; 3H4D A; 3WK8 A; 3SYZ A; 3MR6 A; 2KZM A; 2KD1 A; 4RUC A; 3UQ0 A; 2ESE A; 3HPO A; 8ICI A; 1DK3 A; 3GQC A; 2BDU A; 3C1Y A; 4KLU A; 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8ICV A; 3PW7 A; 5KG4 A; 8ICH A; 1WUD A; 5GTI U; 2EAP A; 4KLT A; 3UXO A; 4DQR A; 5DG8 A; 1XSN A; 3NGD A; 3MBY A; 8ICR A; 4QWC A; 1NJY A; 4PPX A; 4PGY A; 5J2K A; 5AIB A; 1IG6 A; 4QZG A; 4DF8 A; 4EX7 A; 1ZQG A; 3N7R C; 4ED6 A; 2ASL A; 5ALD A; 2K4H A; 3SR6 A; 4C4S A; 1Z4O A; 1TAM A; 1DRG A; 4CF3 A; 4B9U A; 2AQ0 A; 4J9P A; 1ZQB A; 1NKB A; 1XWL A; 2ZIX B; 4DSF A; 5KFT A; 4F8R A; 2C2D A; 3IM1 A; 4XQ8 A; 1O03 A; 3TAD C; 3ZDD A; 1X42 A; 8ICF A; 4QWB A; 1FIQ A; 3BS5 A; 3NRW A; 4RQ5 A; 1OW5 A; 1CEZ A; 5KFP A; 5TIS U; 4F5N A; 4AP9 A; 3B9J A; 2IA6 A; 3TFR A; 4DFP A; 7ICO A; 5G5G A; 1UA1 A; 1L7P A; 2DPI A; 8ICY A; 1KW4 A; 3BS7 A; 5AK3 A; 2CXY A; 5ALF A; 4EBD A; 4RZR A; 3AM9 A; 4K4H A; 1IIP A; 3AQE A; 2R8I A; 3F2C A; 3PZP A; 3PX0 A; 3CRX A; 4AYB C; 4LZD A; 3EPI A; 1N5W A; 4I2E A; 4DLG A; 1SL1 A; 1JN3 A; 3IRU A; 4C4T A; 9ICU A; 5J0S A; 5BOM A; 1T94 A; 5HNK A; 2E3T A; 2B0C A; 3PR5 B; 3M9N B; 5C0Y A; 2DGZ A; 3Q8Q B; 3MGH A; 3RJI A; 1QTM A; 5J2A A; 3RH4 A; 1NK9 A; 4Y2X A; 2BKE A; 3MR5 A; 5KL1 B; 1U4B A; 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