The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
QTVTTPLSLTLGHWKDVERIAHNQSVDVKKRRWVTFCSAEWPTFNVGWPRDGTFNRDLITQVKIKVFSPGPHGHPDQVPYIVTWEALAFDPPPWV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Atomic resolution structure of Moloney murine leukaemia virus matrix protein and its relationship to other retroviral matrix proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Core protein p15
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| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Moloney murine leukemia virus
|
| total genus |
32
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-09-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Gamma-retroviral matrix domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1MN8 A; 1UHU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3GV7 B; 4F5P A; 5HNK A; 1DXS A; 4UQG A; 3C5G A; 5ALH A; 5J2G A; 5L1I A; 4EEY A; 4QZ9 A; 1NKC A; 3B0Y A; 5HML A; 3TKA A; 1BPZ A; 3U26 A; 1TE2 A; 8ICM A; 1T94 A; 4RPZ A; 3DDH A; 1NK5 A; 1N56 A; 9ICX A; 4C8L A; 3O0F A; 5ALM A; 5AKG A; 2HHX A; 2KFN A; 1U47 A; 1BPD A; 2KSO B; 5DBA A; 3LVW A; 3BZC A; 3HWT A; 3E0F A; 3QUQ A; 3RB3 A; 4RQ3 A; 4GXK A; 1V38 A; 4PHA A; 2AGO A; 4JV2 A; 1QCK A; 1XWL A; 2ZG6 A; 3QUT A; 2GWS A; 3KFU F; 3V6K A; 5AHX A; 2IMW P; 3JPS A; 4YXM A; 1MSW D; 4ECV A; 4F4X A; 2E3T A; 4QW8 A; 1OXJ A; 4IRD A; 1SXD A; 1PK3 A; 3PNC A; 2H3V A; 3ISD A; 2HOI A; 5EOZ A; 8ICB A; 5AI0 A; 4UAW A; 5KT7 A; 4YMM A; 1IXR A; 4RT2 A; 2WF9 A; 5ALW A; 1QH9 A; 3PO5 A; 4ECT A; 3JPQ A; 2BQ3 A; 3HP6 A; 2KNJ A; 1NNL A; 4RQ8 A; 4GFJ A; 1COK A; 2MAX A; 3MFI A; 1JIH A; 4PH5 A; 5DB7 A; 4ECU A; 2QAR B; 4F72 A; 5DQG A; 5DG7 A; 2BKE A; 5ALP A; 4F5R A; 5DB9 A; 3EZ5 A; 2VAN A; 4ECX A; 9ICR A; 3UM9 A; 5J2K A; 4UBC A; 2I5H A; 2FMP A; 3KKA A; 2WF6 A; 2XGP A; 4RNN A; 3B9J A; 4C7Z A; 3SV4 A; 5HR7 A; 1RG6 A; 4F50 A; 5KFE A; 4OJ6 A; 2KIV A; 2F8L A; 5AM1 A; 2JMG A; 2W04 A; 4ICA A; 2C28 A; 3QNM A; 2ASL A; 4DSL A; 3IG8 A; 1QQ7 A; 5B5E U; 4UB1 A; 7ICT A; 3RJI A; 4GXJ A; 4Y2P A; 5L1M A; 3L3F X; 4Y2V A; 4CGZ A; 4PPX A; 3PZP A; 1RZT A; 7ICR A; 1ZRN A; 3TAD C; 1ZQ1 C; 3I28 A; 4ED1 A; 2PMZ F; 4BWM A; 3AM9 A; 3NTU A; 4OJP A; 3C23 A; 3ETL A; 5AI8 A; 1L3V A; 2PFQ A; 2HDO A; 5AM2 A; 2YMP A; 3FC4 A; 3RF9 A; 4TUP A; 3M8R A; 2B6G A; 5JRT A; 3BQ0 A; 4NL9 C; 1KSP A; 5JUM A; 4JB3 A; 4UAY A; 5KG7 A; 4CRX A; 4KLQ A; 1VDV A; 5KFC A; 1TK5 A; 4O3P A; 3AUO A; 4DL7 A; 4DQR A; 1U45 A; 3RB0 A; 5KFX A; 4PHE A; 2GLE A; 4Y2S A; 5KFN A; 5J0Y A; 3PVX A; 3RJG A; 1SKW A; 3JPN A; 2QB0 B; 4RQ6 A; 9ICK A; 2BDU A; 3SAH A; 2EZX A; 1Q8K A; 5J8Y C; 5C5J A; 2BPC A; 4M9H A; 5J0Q A; 2KG5 A; 4OJ5 A; 4F2S A; 5KTQ A; 3A0H U; 3MBY A; 2KTQ A; 1J2M A; 2DUY A; 3IRU A; 1ED1 A; 2F3N A; 2GO7 A; 2KJ5 A; 3AEV A; 2EZZ A; 4OJL A; 4MFC A; 2R18 A; 1NJW A; 1TK8 A; 3IP4 B; 4CCH A; 1RYU A; 3E2E A; 4YD1 A; 3RJK A; 3HIL A; 5KG1 A; 3QZ7 A; 3QXG A; 2H3Z A; 2H5X A; 4KLL A; 3GDX A; 2NRV A; 1X9S A; 5KL8 B; 4M6W A; 3JPO A; 1IV8 A; 8ICK A; 5GTH U; 4UB2 A; 4OCZ A; 3ZDD A; 5KFA A; 2FPM A; 2FMQ A; 4USA A; 2BCQ A; 5ALX A; 3PW5 A; 5DLG A; 2Q4T A; 3D2N A; 4ELU A; 3F2C A; 1D9F A; 4UB6 U; 2HVI A; 2ZIU A; 2XY6 A; 1S0M A; 1TAQ A; 1Z00 A; 3NVY A; 2HHQ A; 2NRT A; 5H2F U; 2E8O A; 2DPI A; 1AQ6 A; 1H38 A; 2M9N A; 4M9N A; 4QNL A; 2IOH A; 1L6N A; 4YN4 A; 2XVT A; 4B9U A; 5ALF A; 2OHF A; 2OM6 A; 4C8M A; 5BOL A; 2AHO B; 3CP8 A; 5ALJ A; 4UB4 A; 2KHV A; 4M6W B; 4EYI B; 2OCE A; 5DDM A; 7ICP A; 4Y2Y A; 3QZ8 A; 1JX4 A; 2MSN A; 3NUQ A; 3EPI A; 4R64 A; 2G06 A; 3Q8K A; 4IQT A; 4P4O A; 1X42 A; 3ORY A; 2HOF A; 2LKY A; 2R8G A; 2W3R A; 1NJX A; 3WK5 A; 1XS9 D; 3QEB Z; 3N7P D; 3RRH A; 1HJP A; 3RH5 A; 3BJY A; 2ZIU B; 3I1Y A; 9ICB A; 1Z00 B; 4I27 A; 2L5Y A; 1RDF A; 4QWD A; 4DWI A; 2JR5 A; 4DQI A; 1ZQX A; 1ZYQ A; 3N7R C; 4QZH A; 7ICU A; 1VJ5 A; 3DV9 A; 5DLF A; 3PX4 A; 2ISP A; 5AKK A; 2MUT A; 2ZJ5 A; 2W9C A; 5AKL A; 5L1L A; 2CPR A; 3ED5 A; 2W9M A; 1JXE A; 2P6U A; 3SEI A; 3OSN A; 3RTV A; 3M6K A; 2KJ8 A; 4F92 B; 4F4Z A; 3KOO A; 4DOA A; 2DF4 B; 4IQW A; 4I2A A; 3LK9 A; 3SMV A; 2Y0S F; 5KNI A; 4XA5 A; 3Q8L A; 5AIC A; 4YP3 A; 2EAP A; 5J2I A; 4JMU A; 2Z7J A; 4BX9 C; 8ICL A; 2F8K A; 1UPH A; 1JMS A; 5ALE A; 4RQ7 A; 2MRL A; 1N2X A; 4O3N A; 2KJ9 A; 4Q8E A; 4BXO A; 4RPY A; 4B9N A; 5A0L A; 3ISC A; 3MR2 A; 3M9O B; 2G5I B; 3C28 A; 3ZDB A; 4ECQ A; 3ZDA A; 3ISB A; 1CRX A; 5KT5 A; 1B0X A; 2MUT B; 3JPP A; 2W9C B; 3EYZ A; 8ICA A; 5DB8 A; 4FZM A; 4FBU A; 3M6Z A; 5D46 A; 3GU3 A; 1FFV A; 4NLG A; 4ELV A; 7ICE A; 4MEX A; 2YMM A; 4UW9 A; 3TAC B; 4M2Y A; 2ES6 A; 2ZUD A; 8ICX A; 4YVZ A; 3BQ1 A; 5IIN A; 1PVR A; 4I2C A; 2UVR A; 1ZRM A; 2VKQ A; 2VIX A; 1MQ3 A; 3WK4 A; 1S0O A; 5T14 A; 3H8S A; 4CDG A; 4KN4 A; 5IIK A; 5KFO A; 1NK9 A; 3BDP A; 3GIK A; 1ZD3 A; 1DRG A; 3S6J A; 4NWI A; 3IHQ B; 3R9K A; 4BXO B; 4QJF B; 1SB3 C; 1T3N A; 3FM9 A; 1WYG A; 4M9G A; 5AI6 A; 7ICI A; 2D3D A; 1SL1 A; 5KFI A; 2BPG A; 2C2R A; 3BQ2 A; 1MN8 A; 3RFA A; 3RB4 A; 1DGJ A; 1KLN A; 2K4H A; 1S0N A; 4PGY A; 2CXY A; 2QKQ A; 4KTQ A; 5DQH A; 5KT6 A; 4R63 A; 2AGQ A; 4QWE A; 4JWM A; 5AKY A; 1B22 A; 4YR2 A; 3QUB A; 3HW8 A; 7ICL A; 1YZ6 A; 1GO3 F; 1SGG A; 1Z19 A; 4DSK A; 2KZ3 A; 3MGI A; 3GIJ A; 3Q8M A; 2ZIV A; 7ICF A; 1UA0 A; 1ZQS A; 5KL1 B; 3H0R B; 2KIW A; 2E8N A; 4Y2U A; 3VC8 A; 3HT3 A; 5DQI A; 3UXN A; 2HVH A; 3HRD D; 2ATL A; 2YN4 A; 1QQ5 A; 4NLB A; 2DKZ A; 1S0V A; 4BDP A; 4JV0 A; 4J03 A; 4ED2 A; 4QZE A; 4ECS A; 4EX7 A; 1Z4O A; 5KFP A; 3SV3 A; 5AK4 A; 2BPF A; 5KFZ A; 1UCV A; 4DLE A; 4GLX A; 4C7Y A; 2LYA A; 2PI4 A; 8ICH A; 2FJ6 A; 3M1Y A; 3M9M B; 3UQ0 A; 2KV2 A; 9ICO A; 4Z6F A; 3WK9 A; 2LPE A; 4A8E A; 2HBJ A; 1NK8 A; 2ZIV B; 2XIC A; 2K4I A; 5AIA A; 1TK0 A; 3J81 j; 2E8P A; 1X9W A; 4NLC A; 5DBB A; 2QB1 A; 2K8B B; 1WG8 A; 1N62 A; 3RBE A; 3MR5 A; 5KG2 A; 4KIT B; 3NVW A; 4MF8 A; 1J2N A; 4UAV A; 4ELT A; 3UMG A; 4F2R A; 3KHG A; 3PMN A; 3KZX A; 2W54 A; 4J9P A; 5BPC A; 3WK7 A; 5EWF A; 4RQ1 A; 4F71 A; 3C2K A; 3SQI A; 2KD1 A; 3A0B U; 3NRZ A; 4KLI A; 1Z3E B; 3GII A; 1ZQF A; 2W55 A; 9ICE A; 1X2I A; 4R65 A; 4XQ8 A; 5KFT A; 1LV5 A; 1A0P A; 2KE7 A; 3ZDE A; 3SZ2 A; 3LWL A; 4F91 B; 3RBD A; 1FIQ A; 2OH2 A; 4O5E A; 4IL6 U; 5KFM A; 4FBT A; 4C8N A; 1BGX T; 3NGD A; 4R66 A; 2WB1 F; 3MAB A; 1S8O A; 3G6Y A; 2JXJ A; 2KZZ A; 1TVA A; 1P7D A; 5AKE A; 4O5K A; 4M9J A; 1ZQY A; 1S5L U; 2IHM A; 2HOQ A; 2QAR A; 4MEY A; 2F44 A; 4EEL A; 2YML A; 9ICF A; 1K1S A; 4F5Q A; 5GTI U; 5IIL A; 2AXT U; 1JI7 A; 2W11 A; 1T8E A; 3RH4 A; 4KLE A; 5F9N A; 1L7O A; 5KFV A; 3T79 A; 1SIJ A; 5DGA A; 5CEH A; 2K8A A; 1N5X A; 5DBC A; 3TQ1 A; 2E1F A; 1NJY A; 1BPE A; 5ALV A; 3H0M B; 2IHN A; 5AKI A; 3GV5 B; 2W8K A; 2E8M A; 4C8K A; 2Y1I A; 4QZB A; 1WWU A; 4QZG A; 3K1R B; 7ICN A; 8ICG A; 4KLF A; 4ED7 A; 2W3S A; 4UB8 U; 3H8J A; 3C2L A; 4EX6 A; 4FZN A; 3KKA C; 4JK1 A; 2VJ5 A; 2NYV A; 2OEH A; 1T7P A; 1SZH A; 3ONN A; 1A6S A; 1RYS A; 4DCC A; 7ICQ A; 1LKY A; 1RYR A; 4HAI A; 4NLZ A; 2LM1 A; 3JPT A; 1CUK A; 4EYH B; 4I2I A; 1F0M A; 2VJ4 A; 3LDA A; 1SXE A; 2ZIX B; 5TZV A; 4QZF A; 3PX6 A; 3V72 A; 4IR1 A; 1N48 A; 2XGQ A; 5ALZ A; 2F77 X; 8ICW A; 1JN3 A; 5EE1 A; 4YD2 A; 1SL0 A; 4TQR A; 3NAS A; 1QLN A; 4CF4 A; 4J9R A; 4YR0 A; 1WCL A; 5AKH A; 3RAX A; 4RQ2 A; 4GXI A; 5HHI A; 5J2E A; 5IIO A; 3N97 B; 4U6P A; 3M9N B; 4KLS A; 2KN7 A; 3RJJ A; 2WF7 A; 1KRP A; 5ALN A; 5DKW A; 5AK5 A; 4KN7 A; 4IR9 A; 2LYB A; 2QB0 A; 4DSE A; 3RH6 A; 1TKD A; 1A77 A; 3OJU A; 4Y2J A; 5DG9 A; 2BR0 A; 4NM1 A; 5IIM A; 2I6X A; 5TIS U; 2ZUC A; 4NM2 A; 1VLB A; 2C2D A; 2LHT A; 4DFK A; 1XO0 A; 4KMU A; 2CN1 A; 1TFR A; 1X6I A; 1LKY B; 1SZP A; 2C2E A; 2JEF A; 4QZD A; 3PX0 A; 1PUZ A; 3OHB A; 4K4I A; 5D49 A; 3TAD A; 5J0P A; 2FDR A; 2ZXH A; 4F4W A; 4TUR A; 3GFK B; 2NO5 A; 2FMS A; 1BVS A; 4RQ5 A; 4QWC A; 3WKB A; 1ZQO A; 2PMZ C; 2BQR A; 1ZQZ A; 5KG4 A; 2V9W A; 4DS5 A; 1KFD A; 4J9S A; 2K8C B; 5DG8 A; 3FAH A; 4FS1 A; 5KT3 A; 1V9P A; 4O3Q A; 4TUQ A; 1ZQW A; 4NL9 A; 2AQ0 A; 4QIW F; 4AYB F; 5DB6 A; 3HX0 A; 1BPY A; 3H4D A; 8ICZ A; 1LVH A; 1K1Q A; 2RDI A; 3I76 A; 3TAQ A; 5AI5 A; 3TFS A; 4DSJ A; 5KFH A; 5J2J A; 2D6F C; 3BS5 B; 5J0W A; 2LM4 A; 3PW0 A; 1NK7 A; 5KFF A; 2BGW A; 1QTM A; 2BQU A; 1Z1B A; 2FI1 A; 4PHD A; 1WWV A; 1QSL A; 1SWV A; 1NK4 A; 4QWB A; 2WHE A; 3SAG A; 4G3I A; 3H7I A; 3IM1 A; 2DKX A; 5DGB A; 2DPJ A; 4QIW C; 4AYB C; 1MQ2 A; 2F1I A; 3T5K A; 3TAP A; 2PFP A; 2A1J B; 3BS7 A; 4F8R A; 4DOB A; 2JHD A; 3CYM A; 4DSF A; 4RNO A; 2RRD A; 4P0Q B; 1Y88 A; 2ZUB A; 3SR6 A; 5B66 U; 5AM5 A; 3RR8 A; 5HHH A; 1XSP A; 4RZR A; 4I2B A; 1DOQ A; 8ICU A; 2XY5 A; 8ICV A; 5J2C A; 4F3O A; 5CWR A; 3MR3 A; 3NVZ A; 4DF8 A; 5E79 U; 3MDA A; 2HI0 A; 2XI9 A; 3OTQ A; 2H3Q A; 1U48 A; 1ZQG A; 3ZD9 A; 1ZQD A; 3PML A; 4TUS A; 7ICO A; 1XSL A; 2PKE A; 4DS4 A; 4RNM A; 5KFB A; 2QLT A; 4LZD A; 3PY8 A; 2I1Q A; 2ZTC A; 3THV A; 2WAQ F; 5J29 A; 5J2A A; 2A3V A; 2KFZ A; 2IOF K; 3RJE A; 3PR5 B; 1X9X A; 3KHL A; 3N7S C; 3FYH A; 5BOM A; 9ICG A; 1PZN A; 2BCS A; 2NRW A; 3UXO A; 3CRX A; 1SV4 A; 5KFW A; 1BNP A; 2HHU A; 1C20 A; 2V4Q A; 1QSY A; 2YB4 A; 2P35 A; 4RT3 A; 2F76 X; 3CW2 C; 4YMO A; 1V85 A; 1ECW A; 1N60 A; 1QQ6 A; 4PL2 A; 3LWM A; 1CI4 A; 3QEA Z; 1SV0 C; 4J9L A; 3G6V A; 1L7P A; 5ALY A; 3AN1 A; 4C0Z A; 3PW4 A; 1HUZ A; 5J2H A; 4ACO A; 3Q8Q B; 4U7C A; 2AU0 A; 1MA7 A; 2YY6 A; 4IQU A; 1DGS A; 3C5F A; 2FLL A; 3K75 D; 1ZJM A; 5CA7 A; 4O3O A; 5J0T A; 5AK3 A; 2XY7 A; 1MC8 A; 1X40 A; 4RQN A; 5FP0 A; 4QWA A; 1L3T A; 1KQQ A; 1KKX A; 4AP9 A; 2NRZ A; 2W7P A; 1OW5 A; 2Y0S C; 4KX3 A; 8ICO A; 1PK1 B; 2DBY A; 5JU5 A; 5AM3 A; 4ED0 A; 5AKJ A; 3AL0 B; 4J9N A; 3AU6 A; 3H4B A; 2G08 A; 2ALZ A; 3VCB A; 4FFD A; 3WKD A; 4PHP A; 8ICI A; 1D8L A; 3IV6 A; 3V7J A; 1IIP A; 4ECR A; 5ALI A; 4Y2R A; 3EUB 2; 1TV9 A; 4RPX A; 3M8S A; 3V6H A; 5AI9 A; 1XSN A; 3G6X A; 4P0P A; 2DQN B; 5AIB A; 1S9F A; 3QU7 A; 4DQP A; 4EZ9 A; 2DL0 A; 1WUD A; 2FPL A; 4P4P A; 1KFT A; 2OYY A; 9ICS A; 4KMO B; 4DFD A; 9ICH A; 2HBK A; 1TAU A; 1KDH A; 3TFR A; 4IC9 A; 5F3X B; 2Y1J A; 3SAF A; 2YX8 A; 4X5V A; 5KFL A; 2DGZ A; 1HUO A; 1NKE A; 4O5C A; 5HMM A; 5KAI U; 3KD3 A; 5AKX A; 1RXW A; 2PFN A; 1NOM A; 4DLG A; 4I2H A; 4Q45 A; 5EE0 A; 2UVW A; 3SEN A; 2HHS A; 3L5K A; 3T3F A; 1S77 D; 2YB1 A; 9ICM A; 2A19 A; 2I9G A; 4P0P B; 4IQV A; 7ICM A; 4F5O A; 3PSF A; 2P66 A; 1S76 D; 1L8L A; 2J6U A; 5KAF U; 2HBL A; 1KL9 A; 2RQ5 A; 2EZY A; 3PSI A; 2LBO A; 5CJ7 A; 4B9S A; 5KG5 A; 3TAR A; 9ICI A; 4RUC A; 4B9L A; 1U9L A; 2JH1 A; 2ZJ8 A; 2ZIW A; 4QW9 A; 3PV8 A; 4I2E A; 4GIB A; 2E1E A; 5AKZ A; 4JWN A; 2HBM A; 1V97 A; 2KVC A; 1T4G A; 5L1K A; 5J2D A; 7ICG A; 2B21 A; 2EH9 A; 3K1Z A; 1Q3V A; 1O03 A; 2VA2 A; 4DL4 A; 1L8O A; 4DF4 A; 2HHV A; 4UAT A; 1KEJ A; 3TI0 A; 4LZG A; 3C21 A; 4GC7 A; 9ICP A; 1NZB A; 1KBU A; 3B0X A; 5ALG A; 2WFA A; 2OWO A; 1NZP A; 2JH7 A; 4BGD A; 1NK0 A; 2KP7 A; 1URJ A; 2R8I A; 1T3Q A; 5KG6 A; 3OGU A; 1ZQJ A; 2KMD A; 4UAU A; 5CHG A; 4BJQ A; 1PVQ A; 3LYS A; 3IDW A; 4B9V A; 2W43 A; 3QUC A; 9ICU A; 3QE9 Y; 4LVS A; 2ZIW B; 7ICH A; 3F2B A; 2KK0 A; 1KTQ A; 4EBC A; 4DQS A; 4PGQ A; 2EDU A; 2ASD A; 2EQY A; 4I28 A; 2ZJA A; 4EZ6 A; 3C29 A; 5III A; 3QU4 A; 1SKR A; 4F5N A; 4RQ4 A; 2VA8 A; 3V7K A; 2HW3 A; 4F93 B; 4I2D A; 4UB3 A; 1RQN A; 1X6J A; 4UAS A; 3F5A A; 5EE3 A; 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