The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
105
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structure length |
105
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Chain Sequence |
GSSGSSGTPLSLTLDHWSEIRSRAHNLSVEIKKGPWRTFCASEWPTFDVGWPPEGTFDLTVIFEVKAIVFQDGPGSHPDQQPYITVWQDLVQNSPPWIKSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the retroviral Gag MA-like domain of RIKEN cDNA 3110009E22
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
product of RIKEN cDNA 3110009E22
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| total genus |
24
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-07-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Gamma-retroviral matrix domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1UHU A; 1MN8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZIX A; 3OSP A; 5KFY A; 4PGX A; 3RTV A; 1L3T A; 2GO7 A; 4A8E A; 1KQQ A; 1X42 A; 3D2N A; 3WK8 A; 3TAD C; 1TK0 A; 1NJX A; 4ACO A; 1FIQ A; 4F5Q A; 4JWN A; 3TAN A; 1XO1 A; 3GQC A; 4F71 A; 2F8K A; 4P0P B; 1L5U A; 2K8A A; 3TFS A; 4EZ6 A; 8ICY A; 4DL4 A; 4JV2 A; 1ZQI A; 3BDP A; 5ALL A; 1DRG A; 1AQ6 A; 5KG3 A; 2HOF A; 3RBE A; 4DQS A; 2XY5 A; 4ZH4 A; 4LVS A; 1O08 A; 4EX6 A; 3RJI A; 2AGP A; 4RT3 A; 1NNL A; 2KKP A; 3BQ7 A; 4M6W B; 4NL9 C; 3ZI4 A; 4O0I A; 2E8P A; 2KSO A; 4DF8 A; 5ALJ A; 2HCF A; 3PNC A; 4I2C A; 1QCK A; 1L3U A; 9ICG A; 5GTI U; 4I28 A; 3UXP A; 4YD2 A; 3MGV A; 1KDH A; 1FFV A; 2W43 A; 3M9N B; 1VDV A; 4M04 A; 5J0Y A; 1ZQY A; 4FO6 A; 4P0Q B; 1BNP A; 2KJ9 A; 5KAI U; 9ICM A; 1N62 A; 5J0O A; 4JUZ A; 2LYH A; 2DKX A; 2WTF A; 5D46 A; 5ALP A; 1KFT A; 4AP9 A; 5AM0 A; 5J29 A; 4Q45 A; 4EYI B; 4ED1 A; 4O5E A; 3K4G A; 4J9N A; 4AYB F; 3QE9 Y; 3V7L A; 4Y2U A; 2MSN A; 3ISB A; 1HEK A; 4PPX A; 2HSZ A; 4P0P A; 4F5P A; 4F5O A; 3TAD A; 1L7O A; 4BGD A; 2BCU A; 2W03 A; 2K8B B; 1TAQ A; 4QW9 A; 3Q8M A; 1WWU A; 4J9M A; 2HHV A; 1ZJM A; 3C5F A; 1F5S A; 5EOZ A; 3F5A A; 4QJF B; 3UMC A; 2UVR A; 5J0W A; 1URJ A; 2DWQ A; 4QZ8 A; 1ZQR A; 5DG8 A; 2ISO A; 2PFN A; 4M6W A; 1KW4 A; 2BCQ A; 3C23 A; 3ZDB A; 3QU5 A; 4DSK A; 1S9F A; 4DLE A; 3MR3 A; 4UB5 A; 2NO4 A; 1PK1 A; 1TV9 A; 1JI7 A; 4DOA A; 3N7R C; 1UHU A; 5AK5 A; 3Q8P B; 2LBO A; 4P0Q A; 1S76 D; 4J9O A; 3F2D A; 1NKB A; 4ECW A; 5C5J A; 5AIA A; 1SV4 A; 2W7P A; 2LI6 A; 2H3F A; 4YMM A; 3LWL A; 1JXL A; 1S77 D; 2C22 A; 9ICB A; 3OHA A; 4DCC A; 3F53 A; 5GTH U; 1SKR A; 8ICO A; 2DFL A; 4JV0 A; 5DQI A; 1N5X A; 5DB8 A; 2IOH A; 5KT2 A; 2IBK A; 3IV6 A; 1JX4 A; 2AXT U; 1RZT A; 1X2I A; 4C8K A; 5DG7 A; 5AKJ A; 4DSI A; 4NLK A; 2LPE A; 3PW2 A; 2MU2 A; 4PHA A; 4B9L A; 4KLO A; 4DQR A; 1ZRM A; 5ALQ A; 5KFQ A; 4IRC A; 8ICX A; 3ONN A; 2IMW P; 2JEI A; 2YMQ A; 5JTI A; 4DFK A; 3EZ5 A; 4ZOH C; 1ZQD A; 2Y0S F; 1UA1 A; 4WJ3 B; 3M6Z A; 1ZQO A; 2KIC A; 8ICM A; 4NLC A; 5ALH A; 4F4Y A; 1SL1 A; 3I1Y A; 2QKQ A; 1RDF A; 4M9G A; 4GFJ A; 3M8R A; 3MR5 A; 4TUP A; 5KG0 A; 2WB1 F; 3F2B A; 2KZZ A; 1DOQ A; 5DG9 A; 3PVX A; 1ZQW A; 4QWA A; 4DF4 A; 2Y9T A; 1MA7 A; 2XIC A; 1A76 A; 3ICX A; 3AM9 A; 4YN4 A; 2W7O A; 4NJ8 A; 5J2B A; 2AQ0 A; 4EZ9 A; 4DS5 A; 4BDP A; 3GII A; 2ZXH A; 3C2M A; 4KLU A; 2D6F C; 2W04 A; 5J2A A; 2LM1 A; 1DGJ A; 2KEY A; 2F1I A; 3UXO A; 3H0R B; 2WAQ F; 5EWF A; 2XY7 A; 3N7P D; 4EBC A; 1RG6 A; 2KZM A; 5IIO A; 1TAM A; 4Y2P A; 1X9M A; 2YQE A; 5ALX A; 4ECY A; 4DWI A; 3Q8L A; 1ARO P; 3QZ7 A; 4OCZ A; 1YZ6 A; 3OPX A; 3PSP A; 2RLT A; 9ICH A; 3BS5 A; 5AKI A; 5AKG A; 5ALS A; 4KIT B; 4RNM A; 2E5S A; 2JH7 A; 5KT7 A; 1KEJ A; 3T3F A; 2KP7 A; 2VJ4 A; 1BPY A; 4UAZ A; 8ICB A; 3SV3 A; 5ALE A; 8ICI A; 2YY6 A; 2RDJ A; 2NRV A; 4QZG A; 3N97 B; 5IIN A; 1TK8 A; 2BCR A; 4CNQ A; 5CRX A; 5HR7 A; 4KN7 A; 3FYH A; 2VA2 A; 4UBB A; 1V38 A; 4JV1 A; 3G6Y A; 8ICT A; 4M2Y A; 2JEF A; 1SKW A; 1UT8 A; 5J0R A; 4DFP A; 3U26 A; 2ZXI A; 1D8B A; 1V9P A; 1ZQC A; 2G5H B; 3RH6 A; 8ICF A; 4QWB A; 3AQF A; 4B6J A; 1COK A; 3T5H A; 4QZD A; 2Q0Z X; 5KFH A; 3RB6 A; 5KFE A; 2RP5 A; 3RB3 A; 3RRH A; 5ALN A; 2ZJ5 A; 4C8M A; 5CJ7 A; 1NJW A; 1ZQG A; 1J97 A; 4MFC A; 1SGG A; 3BQ1 A; 3RRG A; 4O3O A; 4YP3 A; 2RQ5 A; 4RT2 A; 2FLL A; 1LKY A; 1ED1 A; 4IQT A; 5KFN A; 4NWI A; 2BQ3 A; 5CA7 A; 2KNJ A; 1U49 A; 4FZL A; 1BPX A; 3NVY A; 3IN5 A; 4CF4 A; 3SMV A; 3EPG A; 2JHD A; 9ICK A; 4IQW A; 3R9K A; 3KTQ A; 3RJG A; 4RQ8 A; 2UVV A; 4PGQ A; 8ICW A; 5B5E U; 2C2D A; 4EBD A; 3AL0 B; 3QUQ A; 3T5J A; 1X9X A; 2R8K A; 3E2E A; 3EW9 A; 7ICF A; 2DUY A; 4PGY A; 3RJF A; 2ZIV A; 3NTU A; 3UQ0 A; 4P4O A; 2H3Q A; 1CUK A; 4U6P A; 4K4G A; 2DPI A; 3ZD8 A; 3OJS A; 2V9W A; 5KT3 A; 1SWV A; 4OJP A; 3PR5 B; 5EWE A; 1RYU A; 1D9D A; 1ZQJ A; 5KG2 A; 3LDA A; 9ICJ A; 1ZD4 A; 3PX0 A; 2G07 A; 3JPO A; 1SWW A; 4NLZ A; 2D8C A; 3KKA A; 3RJK A; 2KKV A; 1JN3 A; 4UAR A; 3CW2 C; 1N48 A; 1H38 A; 2CN1 A; 4UQG A; 3WK5 A; 1QH9 A; 3RB0 A; 1QQ7 A; 1ZQK A; 3TQ1 A; 1U45 A; 3RFA A; 5J2G A; 3C2L A; 3JPT A; 3BQ2 A; 2MUT B; 2EAM A; 2QB0 B; 4YG2 A; 3RJJ A; 4C4T A; 2HI0 A; 4OJ5 A; 4UAV A; 3N28 A; 1OUQ A; 2KN7 A; 3NRZ A; 9ICA A; 4F4K A; 3LK9 A; 4Y2R A; 3HPO A; 4Q8E A; 2BKE A; 2PMZ C; 3UPQ A; 8ICA A; 3GIK A; 1N63 A; 3WKA A; 8ICC A; 1U47 A; 1KLN A; 2OHF A; 5L9X A; 4F93 B; 3WKD A; 2W54 A; 5AI9 A; 4IS7 A; 2W3S A; 4K4I A; 7ICQ A; 3RB4 A; 4ECZ A; 1PVP A; 1S0N A; 1IM4 A; 1Z1V A; 2F76 X; 3AN1 A; 2W8L A; 2D3D A; 3HKZ C; 1Z00 A; 4RQN A; 3KHL A; 2KVS A; 1XSL A; 2EDU A; 5F9N A; 2Y1I A; 5KFB A; 2NO5 A; 2J6U A; 3H8S A; 2KMD A; 4ECU A; 1F44 A; 2K8C B; 2FLN A; 2ZIU B; 4GXK A; 9ICV A; 4EEK A; 4P4M A; 1X6J A; 4UAT A; 4IR9 A; 2E8O A; 9ICT A; 4U7C A; 4DLG A; 3PSI A; 3VCB A; 4ECS A; 3ALR A; 3M9O B; 1QQ5 A; 7ICS A; 1Q3V A; 4DOB A; 2QB0 A; 1HUZ A; 2J6T A; 1DGS A; 2G06 A; 2KV2 A; 4DL7 A; 2GWS A; 4Y2X A; 4DQI A; 1TKD A; 2G09 A; 3GIJ A; 5AM5 A; 4QW8 A; 1KL9 A; 5HHI A; 1ZQ1 C; 2NRT A; 2A1J B; 9ICP A; 4RPY A; 4B9U A; 3DEE A; 4B9S A; 4NV0 A; 2FI1 A; 2KHV A; 1Z3E B; 7ICT A; 1KFD A; 5L1L A; 2EH9 A; 5AK6 A; 5KL8 B; 4KX5 A; 1BPD A; 2J6S A; 2DQN B; 1Z19 A; 1TFR A; 3THV A; 1RXV A; 5J0S A; 5AKX A; 3OGU A; 3E0F A; 4RQ1 A; 1DK3 A; 2ZG6 A; 2I1Q A; 3ETL A; 2UVW A; 4M47 A; 2W9B A; 2ZIU A; 5AI0 A; 2KD1 A; 2XO7 A; 4RNN A; 5AKL A; 4EBE A; 1ZQB A; 4QNL A; 4R8U B; 4IL6 U; 4J9Q A; 4GXI A; 5DDY A; 3PX4 A; 2V4R A; 4RNO A; 1RYR A; 4PHD A; 3QX7 A; 5CB1 A; 5ALR A; 4O3M A; 3BS7 A; 1Z4N A; 5AIB A; 7ICV A; 5J2K A; 1IXR A; 3PST A; 3NUQ A; 4RPZ A; 1PVQ A; 2A1J A; 5FP0 A; 4CF5 A; 2H5X A; 2I6X A; 1WCN A; 4OJO A; 4QZE A; 1L7P A; 1NOM A; 1S97 A; 2PI5 A; 2JZB B; 3DDH A; 2HHT A; 1ZJN A; 3GV5 B; 3MFI A; 2F8L A; 5ALD A; 1U4B A; 3I76 A; 3A0B U; 5AM2 A; 3LVW A; 1ZQF A; 4Z6F A; 2QB1 A; 3SR6 A; 2CPR A; 2EAO A; 4R63 A; 1CEZ A; 1KBU A; 1KTQ A; 2JXJ A; 2QAR B; 4US8 A; 4O3S A; 4O3N A; 1UA0 A; 3B9J A; 1KFS A; 4RU9 A; 3D6J A; 4F72 A; 1RPL A; 2WHE A; 4XQ8 A; 2HOI A; 4R8U A; 3ZD9 A; 5KG5 A; 1QLN A; 1C7Y A; 4MF2 A; 5AKE A; 9ICU A; 3T79 A; 3SQI A; 5KFJ A; 1SV0 C; 4F3O A; 2KIW A; 1T8E A; 5DBC A; 4Z6E A; 5HHH A; 1ZQE A; 1X40 A; 1XS9 D; 4NXZ A; 3H4B A; 4B9M A; 3GIM A; 2ATL A; 2N1R A; 4B9N A; 4RQ3 A; 3F2C A; 2A19 A; 3PW0 A; 4F2R A; 4YMO A; 5CHG A; 2RHF A; 2OXO A; 2A3V A; 2LYB A; 1T7P A; 3JPR A; 2OCE A; 2F44 A; 3D2S A; 1N5W A; 2NV3 A; 3LYS A; 2XY6 A; 8ICN A; 3PZP A; 2ZTE A; 4ELV A; 1X66 A; 1ZQT A; 3B0Y A; 4BWM A; 8ICJ A; 1VLB A; 1RQL A; 3PML A; 3SI8 A; 4F5N A; 1WUD A; 5IIL A; 4Z6C A; 3NAS A; 3V7K A; 2BQU A; 2FMS A; 1QSS A; 4KLT A; 1SKS A; 3KD3 A; 3K1Z A; 4KLQ A; 2WF7 A; 1YZ7 A; 2XI9 A; 3WK4 A; 4F5R A; 1SL2 A; 1QQ6 A; 4JMU A; 4MEX A; 3TKA A; 7ICL A; 3JPP A; 4PHP A; 4YD1 A; 7ICO A; 5KT5 A; 5AKY A; 1SV0 A; 2JEG A; 2K60 A; 3RBD A; 3Q8K A; 5KFL A; 3EWA A; 2KJ5 A; 4QIW F; 1QSL A; 5IIJ A; 4KLL A; 2M0N A; 1HIW A; 2WF5 A; 3CNH A; 3QYP A; 3L3F X; 3HX0 A; 3RAQ A; 4UW9 A; 4OJ6 A; 2B6G A; 5DDM A; 3TI0 A; 3QNM A; 3QEA Z; 4NM1 A; 1N60 A; 4UB4 A; 1BGX T; 4C7Z A; 2OM6 A; 2HMX A; 4EX7 A; 3V6K A; 3AEV A; 2F1J A; 2LMR A; 4MHV A; 4MFA A; 2E1F A; 4Y2T A; 2VIX A; 3SAF A; 3SD7 A; 2XC9 A; 5BPC A; 4Q44 A; 2K4H A; 2JGA A; 2DGZ A; 3PV8 A; 3KHH A; 3NRW A; 2JRZ A; 4AYB C; 3TFR A; 1N56 A; 3M8S A; 4CF3 A; 2ZJ8 A; 3TAQ A; 3JPQ A; 1SB3 C; 4FS1 A; 2CRX A; 4PZN A; 2BR0 A; 2F3N A; 2R8I A; 1B22 A; 1EXN A; 2HVI A; 4QZI A; 3QUT A; 5HML A; 1T4G A; 4KLJ A; 4TUR A; 4M0A A; 5DLG A; 4I2F A; 3JPS A; 3UQ2 A; 3KHR A; 2LKY A; 3VC8 A; 2W9M A; 5KG6 A; 1NK6 A; 2OWO A; 4PHE A; 4O3P A; 1SZP A; 1MC8 A; 4I2E A; 1QTM A; 1UQV A; 2ASL A; 2LYA A; 5ALG A; 1ZET A; 2KIV A; 5BOL A; 2E8M A; 3SYZ A; 4BXO B; 4G3I A; 1ZQZ A; 4XUS A; 4KLF A; 4IQV A; 1ZQM A; 1NKE A; 4TUS A; 2VKQ A; 1Z4O A; 5L1J A; 5DBB A; 4PZO A; 4RQM A; 1LV5 A; 5DLF A; 2FJ6 A; 5J0T A; 5J0P A; 9ICC A; 2V4Q A; 5AK3 A; 3G6X A; 3T5L A; 4C8N A; 2JEJ A; 8ICZ A; 2BPC A; 5KT6 A; 3MBY A; 4USA A; 2EAP A; 3RR7 A; 7ICJ A; 1D9F A; 4QZA A; 5KL1 B; 1JIH A; 4DS4 A; 4HAI A; 3KKA C; 4DSF A; 4M9L A; 1X9W A; 3UM9 A; 3C5G A; 2KVC A; 2JH1 A; 4YR3 A; 4HYK A; 3QU2 A; 1RXW A; 4KX3 A; 2Y0S C; 2FPK A; 1SZH A; 4TQS A; 3KOO A; 4XRH A; 1CRX A; 3MDA A; 2WB1 C; 2C2R A; 4US9 A; 3F5E A; 3WK9 A; 9ICQ A; 1TK5 A; 4GC7 A; 4LJX A; 2DPJ A; 7ICG A; 1J2M A; 2LHT A; 3ED5 A; 4ECT A; 4BWJ A; 1NK8 A; 3Q8Q B; 4J9L A; 4O5C A; 2KFZ A; 3EUB 2; 5J0U A; 2ALZ A; 4ECV A; 5K4L A; 4EEL A; 2WAQ C; 3IP4 B; 4J9S A; 1FFU A; 2ODG A; 2IOF K; 2K89 A; 3LVV A; 8ICP A; 2HHX A; 5EWG A; 2EZY A; 4YQW A; 1MN8 A; 3HW8 A; 5AI8 A; 3BZK A; 4QZB A; 1BPE A; 4NM2 A; 1DK2 A; 1JUD A; 4ECR A; 2HDO A; 3ORY A; 3UMB A; 4C7Y A; 3KBB A; 9ICO A; 7ICI A; 4YXM A; 5DBA A; 3TAP A; 3IDW A; 1V85 A; 2KG5 A; 1KSP A; 4CE6 A; 4YR2 A; 4I2J A; 5KG1 A; 4M9J A; 4C8O A; 3Q8S B; 8ICV A; 2Y1J A; 4ED6 A; 3KFU F; 4Y2J A; 2ZTD A; 1A0P A; 3L5K A; 4RQ7 A; 1Y88 A; 2P35 A; 4FS2 A; 8ICU A; 2G08 A; 5ALV A; 4I2B A; 2AGQ A; 3QXG A; 3SAH A; 4IRD A; 7ICH A; 4F2S A; 2BPG A; 4C4S A; 4UBC A; 5ALI A; 3L4P A; 3PO5 A; 1Q3U A; 1PK3 A; 2EAN A; 1NK7 A; 2UVU A; 2WFA A; 2DL0 A; 3H8M A; 2ZUB A; 9ICN A; 1IV8 A; 3KZI U; 1BPB A; 4UB8 U; 2AU0 A; 4KLD A; 5KFR A; 4C0Z A; 3ZDA A; 3AU2 A; 3AMZ A; 3M1Y A; 1T94 A; 2HVH A; 1MQ3 A; 2XCP A; 1ECW A; 3C28 A; 5TZV A; 3QU4 A; 1NZB A; 2HW3 A; 1TE2 A; 4FBU A; 4F4X A; 4DQQ A; 3D2Q A; 4OO1 J; 2GOL A; 4GIB A; 4CRX A; 1NK5 A; 5KT4 A; 2ZIX B; 2MUT A; 4OJL A; 5KFA A; 3HWT A; 4I2H A; 2W9C B; 3C21 A; 3ZDE A; 9ICI A; 2BGW A; 3ZDD A; 5AI4 A; 3MR6 A; 8ICH A; 4O3R A; 5DQH A; 3CP8 A; 1ZQL A; 5ALF A; 3PW5 A; 1T3Q A; 3LWM A; 3J81 j; 5ALZ A; 1JRO A; 4EEY A; 2HHW A; 4IR1 A; 3KHG A; 5CWR A; 1D8L A; 2RDI A; 4NLG A; 2K4E A; 7ICK A; 3OSN A; 4I29 A; 4GXJ A; 1LVH A; 5JUM A; 1SL0 A; 3FAH A; 4OD0 A; 4O9M A; 5KAF U; 3WKC A; 4ELU A; 4DFD A; 2KSO B; 2R8J A; 4PH5 A; 3GIL A; 2ASJ A; 9ICX A; 2YN4 A; 5HP4 A; 4DQP A; 4NLB A; 2BCV A; 2BDP A; 2R18 A; 4I2G A; 4ED8 A; 5E79 U; 2G0A A; 1B43 A; 4BJQ A; 2NRZ A; 3IRU A; 4DL3 A; 3A0H U; 4DOC A; 4ICA A; 4P4P A; 7ICN A; 4P2H A; 2PKE A; 2RRD A; 8ICE A; 2LM4 A; 5JRT A; 5KG7 A; 2W9C A; 2H3Z A; 4ED3 A; 5L1M A; 3C29 A; 1ZOL A; 5KFP A; 4EYH B; 4RQ0 A; 4J9K A; 3NVW A; 3H7I A; 3BQ0 A; 5J8Y A; 1XNS A; 2EQY A; 4ED2 A; 1NJZ A; 3S6J A; 5AM1 A; 1PVR A; 4MEY A; 9ICS A; 5ALT A; 4YR0 A; 5KTQ A; 2YB1 A; 5B66 U; 4PJ0 U; 1D8Y A; 3K75 D; 1F0M A; 4EEN A; 3H8W A; 3OJU A; 4UB1 A; 3RH4 A; 8ICL A; 1ZQN A; 1S8O A; 1X9S A; 1PK1 B; 2GH1 A; 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