The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
128
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structure length |
128
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Chain Sequence |
GWSFEEQFKQVRQLYEINDDPKRKEFLDDLFSFMQKRGTPINRLPIMAKSVLDLYELYNLVIARGGLVDVINKKLWQEIIKGLHLPSSITSAAFTLRTQYMKYLYPYECEKKNLSTPAELQAAIDGNR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the DNA binding domain from Dead ringer, a sequence-specific AT-rich interaction domain (ARID).
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
DEAD RINGER PROTEIN
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Drosophila melanogaster
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| total genus |
32
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| structure length |
128
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| sequence length |
128
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1999-07-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2JRZ A; 5K4L A; 2RQ5 A; 2LI6 A; 2LM1 A; 1RYU A; 1KN5 A; 2JXJ A; 1C20 A; 1IG6 A; 4LJX A; 2CXY A; 2YQE A; 2EH9 A; 1KQQ A; 2OEH A; 2KK0 A; 2EQY A; 5CEH A; 1KKX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4F3O A; 9ICU A; 3D2N A; 1XWL A; 2C2E A; 3ORY A; 2WAQ C; 5KT7 A; 2W54 A; 5IIN A; 2W9A A; 2E8O A; 2HHX A; 5BOM A; 4ECZ A; 4ED2 A; 1SKR A; 4USA A; 2P6R A; 5AI4 A; 2CXY A; 1KTQ A; 3WK4 A; 2OCE A; 4IRK A; 4PGY A; 1D8B A; 3SZ2 A; 3MAB A; 1RYR A; 5J2C A; 1VDV A; 2JH7 A; 3WU2 U; 1T3N A; 4ED7 A; 4KLT A; 4YD1 A; 1S5L U; 2P35 A; 4Q8F A; 8ICO A; 1LVH A; 4QZD A; 3K1R B; 1FO4 A; 4C4S A; 3N7P D; 3RR7 A; 4RQM A; 5HML A; 2QAR A; 4RQ0 A; 3AQE A; 3HP6 A; 2EZY A; 2KK0 A; 2G07 A; 8ICB A; 3M8S A; 3AM9 A; 5L1M A; 4MF2 A; 1U45 A; 3C2L A; 3KBB A; 1S0O A; 2D6F C; 3KD3 A; 5ALP A; 1B4F A; 5EE3 A; 3OSP A; 4O3O A; 4GXJ A; 4EBE A; 2W03 A; 4I2I A; 1T7P A; 1X42 A; 5DB9 A; 2Q4T A; 5EWE A; 4DL5 A; 4PL2 A; 5KFT A; 4M04 A; 5ALG A; 4C80 A; 2EAP A; 3VCB A; 2JGA A; 5J0P A; 1QCK A; 3MR2 A; 2XCP A; 1L3V A; 3TAQ A; 5DBB A; 4QWC A; 4U6P A; 4CGZ A; 2DUY A; 1ZJN A; 9ICA A; 5ALN A; 3ZI4 A; 3EYZ A; 3WKC A; 2W04 A; 4I2G A; 4RQ8 A; 1RXV A; 3RFA A; 4UAV A; 5KT5 A; 9ICC A; 4NLG A; 3HPO A; 5J2D A; 1RDF A; 1DGS A; 4IQT A; 1KRP A; 2VJ5 A; 3KTQ A; 4UW9 A; 2M9N A; 2AU0 A; 2HHW A; 4KLF A; 3QZ7 A; 4QZ9 A; 4OJ5 A; 5IIM A; 4IL6 U; 3J81 j; 2D3D A; 5TIS U; 4GC6 A; 3KZI U; 4XUS A; 4EEL A; 5TZV A; 1Z3E B; 7ICJ A; 1VLB A; 2NRV A; 4JUZ A; 2IHN A; 1MSW D; 4BXO A; 4ED8 A; 2JEG A; 2PI5 A; 5AM2 A; 4HAI A; 3GII A; 3MGI A; 2ZJA A; 4O3Q A; 4O9M A; 2ASD A; 3IRU A; 1JRP A; 4Y2X A; 3KHL A; 5ALQ A; 5D4B A; 3AN1 A; 2EZX A; 4RNN A; 4PHE A; 1SL1 A; 9ICG A; 4FZM A; 3RR8 A; 1UT5 A; 4AYB C; 3ISC A; 4DF8 A; 2E8M A; 5AK4 A; 4NJ8 A; 8ICT A; 1NK6 A; 3ED5 A; 3GQC A; 1ZQW A; 2NRW A; 2P6U A; 2K60 A; 4LZD A; 7ICP A; 3SAG A; 4UB1 A; 4A8E A; 4YXM A; 2FMS A; 3KZX A; 2XO7 A; 5KT4 A; 3BS5 B; 5ALY A; 4R66 A; 1ZQJ A; 1SWV A; 2ZXH A; 5AHX A; 4DFJ A; 4FS2 A; 1OXJ A; 1X9M A; 4UAZ A; 4DOC A; 5KFQ A; 1BVS A; 2HSZ A; 4ICA A; 2XGP A; 4R65 A; 3BDP A; 2NO4 A; 1FFU A; 2KSO A; 2UVR A; 9ICB A; 3IDW A; 2NRZ A; 4YG2 A; 3OJS A; 3QUQ A; 2WB1 F; 2R8I A; 9ICF A; 4QZF A; 3FYH A; 1DRG A; 4QZA A; 2LKY A; 5HHI A; 4EBC A; 4P4P A; 8ICK A; 4KLS A; 2BPG A; 1WWU A; 3I76 A; 2BCR A; 2W7O A; 4GLX A; 3FC4 A; 1J2M A; 2PXI A; 1ZQQ A; 1PVQ A; 5KFF A; 5AI5 A; 5KFH A; 2XC9 A; 4BWM A; 3IHQ B; 1NI3 A; 3TAD C; 3RH6 A; 7ICQ A; 5DG9 A; 2BGW A; 3UQ2 A; 1IG6 A; 1L7O A; 5EE0 A; 4I2A A; 5KG5 A; 3DDH A; 3H7I A; 3QUC A; 4PZO A; 7ICE A; 1NJY A; 2FE9 A; 5L1L A; 1ZD3 A; 1WCN A; 5J2G A; 3AU6 A; 5DDM A; 2HHQ A; 2LYB A; 3GIL A; 1ZQC A; 5DLG A; 4RT3 A; 2GO7 A; 4DEZ A; 3AUO A; 8ICU A; 5AIB A; 4F93 B; 3GIK A; 2CPR A; 2Z7J A; 2BDP A; 5DG7 A; 4R8U A; 3SEI A; 2IMW P; 2K8B B; 3H0R B; 3C2K A; 4UBB A; 1JRO A; 8ICW A; 4GIB A; 1NK0 A; 4KLM A; 1A0P A; 4JV0 A; 3JPO A; 4FZN A; 4RQ7 A; 5CWR A; 2KP7 A; 3I28 A; 3CNH A; 4BUG A; 8ICS A; 5JTI A; 2WF7 A; 1PVP A; 1A76 A; 5J0X A; 3UXP A; 2VIX A; 4I2J A; 4DL2 A; 2FLL A; 3MGV A; 1SZP A; 1SL2 A; 3FDS A; 3TI0 A; 1DK2 A; 2G5I B; 3VC8 A; 5BPC A; 2B0C A; 4C8M A; 1ZQN A; 5G5G A; 1JUD A; 2QB1 A; 5ALH A; 3V6J A; 4ECW A; 2XGQ A; 1NK4 A; 3GV7 B; 1QTM A; 2A19 A; 4KIT B; 1ZOL A; 5AM5 A; 4GC7 A; 4DS4 A; 2O6K A; 8ICI A; 3SV4 A; 3LWL A; 4UAT A; 3RB4 A; 2A1A A; 1GO3 F; 8ICZ A; 4MHV A; 5AKJ A; 3NS1 A; 1WYG A; 5H2F U; 3ICX A; 1L7M A; 1ARO P; 7ICU A; 2DFL A; 2AQ4 A; 3PML A; 5CEH A; 2W9C B; 1UHU A; 2IOH A; 2NRT A; 2ZIU B; 4KX5 A; 5AM1 A; 3C29 A; 4C8N A; 4RQ6 A; 4O3N A; 4QWE A; 1ZQG A; 2KJ9 A; 1SWW A; 5KFL A; 1SKW A; 4B9U A; 1CI4 A; 3NTU A; 1TVA A; 4R63 A; 3TAP A; 4TUQ A; 1KN5 A; 2FJ6 A; 1IM4 A; 3ISD A; 4KN7 A; 3GIJ A; 7ICL A; 4P2H A; 3N97 B; 3D2S A; 2FI1 A; 1BPB A; 3QZ8 A; 2PMZ C; 1NK7 A; 3N7S C; 1XSN A; 3V7L A; 5CR0 A; 1N2X A; 1KW4 A; 3H8S A; 2YML A; 4J9O A; 1BPX A; 3V72 A; 3QUT A; 3E0F A; 4JK1 A; 5KG2 A; 4ECX A; 4KLJ A; 1TAM A; 2DGZ A; 4OO1 J; 3H40 A; 4EZ9 A; 2OWO A; 4M9J A; 2AGP A; 3HKZ F; 3D2Q A; 5A0L A; 3NVV A; 2FMP A; 1L3T A; 5AKG A; 5J2B A; 5FP0 A; 5C5J A; 5ALL A; 1MC8 A; 3M6K A; 3KKA A; 5JUM A; 3IG8 A; 4EX6 A; 3WK9 A; 3GDX A; 2AH5 A; 2ISP A; 2KVC A; 5KG3 A; 2ISO A; 2KKP A; 9ICQ A; 5T14 A; 4NV0 A; 5F9N A; 7ICS A; 3T5K A; 4I28 A; 3MDA A; 2KVS A; 4QNL A; 2WHE A; 4TUS A; 3K75 D; 9ICM A; 2G08 A; 3M9N B; 2ZTE A; 2FMQ A; 4FO6 A; 4EEK A; 1KFD A; 2HBK A; 4EX7 A; 2HBM A; 2C2D A; 3SD7 A; 2EAO A; 4X5V A; 2RHF A; 4IRD A; 4RPZ A; 3TAN A; 1QH9 A; 5KFV A; 2I9G A; 2ZG6 A; 2JMG A; 1LKY B; 4XA5 A; 1XU4 A; 7ICR A; 5AKH A; 4F5P A; 5ALS A; 3PX0 A; 1NZB A; 3KHH A; 2BCU A; 1WWV A; 1PVR A; 2RLT A; 3RRH A; 5B5E U; 3UPQ A; 4DQS A; 3I1Y A; 1L6N A; 5ALT A; 3SMV A; 2AGO A; 1QLN A; 1L3U A; 5ALF A; 2OM6 A; 2KHV A; 4DQQ A; 9ICK A; 1S0M A; 2HVH A; 4YR2 A; 3NAS A; 5AK5 A; 2AJQ A; 1CUK A; 2HHU A; 1V97 A; 5KAF U; 1A6S A; 4B9V A; 5KFO A; 5J0Q A; 4QWA A; 4ECR A; 1U48 A; 2KJ5 A; 2GLE A; 4Y2T A; 2JZB A; 3BZC A; 2KTQ A; 1SGG A; 4DL6 A; 3QUB A; 2ALZ A; 2MU2 A; 3JPT A; 3PZP A; 3F53 A; 1DXS A; 3NVY A; 3JPR A; 2YMQ A; 4CF5 A; 4UAR A; 3QU2 A; 1UT8 A; 3HWT A; 1QQ5 A; 1XSP A; 5GTI U; 3L4P A; 1NKE A; 4RU9 A; 3PO5 A; 3CW2 C; 4Y2R A; 4J9N A; 4US9 A; 2A1J A; 4UB8 U; 4NWI A; 2F2A B; 5J2F A; 2G09 A; 4UAW A; 9ICN A; 3WKD A; 4UB2 A; 4G3I A; 1ZQS A; 1Q3U A; 3AU2 A; 4UBC A; 5KFW A; 4OJ6 A; 5EE1 A; 5J2E A; 1ZQL A; 4QZG A; 2XIC A; 3CYM A; 4MEX A; 2LYH A; 1SV0 A; 3TAC B; 4F71 A; 3BS5 A; 1OUQ A; 5CRX A; 4RQN A; 4B9T A; 2HHS A; 5HHH A; 1RYU A; 4BGD A; 9ICV A; 3UQ0 A; 1Y88 A; 7ICO A; 2KKV A; 1ZQY A; 1ZQP A; 2ZIW A; 1PUZ A; 3MGH A; 5KFN A; 3F2B A; 1O08 A; 1ZD5 A; 4RQ5 A; 4NLC A; 3QXG A; 3IG5 A; 4KTQ A; 4Y2U A; 4BX9 C; 1JMS A; 1ZQU A; 4LJX A; 1IV8 A; 3C2M A; 2JEF A; 4QIW F; 3MR6 A; 5ALM A; 4NM1 A; 4KLL A; 3PY8 A; 4F92 B; 5IIO A; 4EYI B; 2UVV A; 4DL3 A; 1UCV A; 2ASL A; 4ED0 A; 1S9F A; 1BGX T; 2KE7 A; 2WFA A; 4YMN A; 2H3Z A; 4YD2 A; 3M7D A; 4OJL A; 9ICJ A; 3R9K A; 1CEZ A; 2DBY A; 4JV1 A; 4DSE A; 3OPX A; 4DFP A; 4EEY A; 9ICL A; 2H3Q A; 3KFU F; 2NRX A; 4RQ3 A; 8ICG A; 4M6W B; 1COK A; 4M9N A; 4PGQ A; 5DBA A; 3TKA A; 3C1Z A; 1UA1 A; 1DK3 A; 2AXT U; 3HX0 A; 2ZIV B; 2N1R A; 5EE9 A; 2HI0 A; 2WF6 A; 4KLG A; 3QU9 A; 3RTV A; 5AK3 A; 3SI8 A; 4J9S A; 3CRX A; 2KG5 A; 2LYA A; 5G5H A; 5E79 U; 2Y1J A; 2W3R A; 4I2F A; 1S8O A; 2LHT A; 2HVI A; 4ECQ A; 5AM0 A; 2BCV A; 3C5G A; 1S10 A; 3RJH A; 4F4W A; 1BNP A; 4QZH A; 2HBL A; 3Q8R B; 2J6S A; 2HOI A; 1A77 A; 4Q45 A; 1TK8 A; 3QU5 A; 1NK8 A; 4GFJ A; 1MQ3 A; 2BZF A; 3MDC A; 3T5J A; 2MSN A; 3BQ1 A; 2IHM A; 5AM4 A; 1XO1 A; 5D46 A; 3GU3 A; 1TV9 A; 3SR6 A; 2BQ3 A; 2XCA A; 1LV5 A; 2V9W A; 3UMC A; 5J0T A; 3F2D A; 3WKE A; 4OJP A; 2F1H A; 1L7N A; 3PW5 A; 1RPL A; 3GFK B; 3BZK A; 1SIJ A; 2GOL A; 1DOQ A; 1KQQ A; 1DGJ A; 2R8J A; 2KOB A; 4C7Y A; 5JU5 A; 2W9B B; 4GXK A; 2KFZ A; 3ZD9 A; 2KZ3 A; 4K4I A; 4M9G A; 4ZH4 A; 4MEY A; 4Z6E A; 2MUT B; 3EZ5 A; 2FDR A; 1D8Y A; 1PK1 B; 4NL9 A; 3RJI A; 5KT2 A; 3QE9 Y; 4ZOH C; 4C4T A; 1LB2 B; 4IQU A; 3IP4 B; 7ICH A; 1ZQK A; 3IN5 A; 2VJ4 A; 3K1Z A; 5KFY A; 2XY7 A; 3OTQ A; 2JEI A; 3AMZ A; 1C7Y A; 4F4Y A; 5CB1 A; 3WK6 A; 1ZQF A; 2ZIU A; 1ZXI A; 8ICP A; 3E58 A; 4C8L A; 1ZET A; 2W9M A; 2PFO A; 2E1F A; 1KEJ A; 5K4L A; 1KBU A; 1JXE A; 2AHO B; 1SXE A; 3T79 A; 3DV9 A; 3BQ0 A; 5J2A A; 4P0P B; 2YQE A; 4ECV A; 1J2N A; 1ED1 A; 4ACO A; 1MQ2 A; 4BWJ A; 4JMU A; 5KFK A; 1HUO A; 1FIQ A; 1EXN A; 2Y0S F; 2QB0 B; 5DKW A; 1TK5 A; 2YMM A; 1TE2 A; 2K4H A; 5KFC A; 5AK6 A; 4RUC A; 3GV8 B; 4Z6C A; 2L5Y A; 3F2C A; 4FBT A; 4F5Q A; 4EYH B; 4NL9 C; 4QZI A; 4YQW A; 1Z00 A; 9ICX A; 3RB0 A; 2BQR A; 4ELT A; 1ZQB A; 5AKK A; 4J9K A; 3AEV A; 3QNM A; 5KG0 A; 2JV3 A; 4UAY A; 2HBJ A; 3UM9 A; 3M6Z A; 1L8O A; 1KSP A; 5B66 U; 3RB6 A; 2KZZ A; 1N62 A; 3ZDE A; 4US8 A; 5J0Y A; 1JXL A; 1D8L A; 5KG4 A; 4UB5 A; 1Z1V A; 3G6X A; 4CCH A; 4DWI A; 2F3N A; 4ECY A; 2F77 X; 4PHA A; 1BPY A; 2VAN A; 2EAN A; 4RQ1 A; 3NRZ A; 2HDO A; 3FAH A; 1NK5 A; 3QU7 A; 3LVV A; 2W3S A; 5J0R A; 4FBU A; 4RQ2 A; 3RBE A; 2V4Q A; 4CDG A; 4P0Q A; 5KFI A; 4NXZ A; 3PO4 A; 2BKE A; 1JIH A; 2D8C A; 5III A; 3RJK A; 4PHP A; 2W7P A; 3F5E A; 1SL0 A; 3NVZ A; 2LM1 A; 5ALX A; 1S0N A; 1S76 D; 4TUR A; 1COO A; 1S77 D; 4DQR A; 5KFX A; 2XY5 A; 1ECW A; 4F4X A; 4DQP A; 2LMR A; 1T3Q A; 2YY6 A; 3B0Y A; 5DQI A; 1ZQX A; 2I5H A; 2ZTD A; 4O5C A; 3WKA A; 4OCZ A; 2K8C B; 4KMO B; 2CN1 A; 2WAQ F; 4I27 A; 1RYS A; 5L1I A; 2V4R A; 1WG8 A; 2DF4 B; 4J9L A; 4IC9 A; 2ASJ A; 4YMO A; 1T8E A; 1ZQZ A; 2LPE A; 5ALO A; 4EBD A; 4CF3 A; 5F3X B; 1F5S A; 5AKX A; 4I2E A; 2HCF A; 4O0I A; 2R8G A; 2HW3 A; 1XO0 A; 3QEA Z; 9ICO A; 2BDU A; 1S0V A; 1YZ6 A; 3ETR A; 1MA7 A; 3CP8 A; 5C0Y A; 5KFS A; 3OSN A; 4IR9 A; 2KN7 A; 5AKE A; 2H5X A; 2G5H B; 4QZC A; 3BQ2 A; 4M47 A; 2F44 A; 4IQV A; 4DQI A; 3RH4 A; 1JAL A; 2JXJ A; 2K4P A; 4QW8 A; 2DPI A; 4YN4 A; 5KNI A; 3PX4 A; 4I2C A; 1SXD A; 2MA1 A; 9ICW A; 3UMG A; 3PR4 A; 5DDY A; 1WCL A; 3RJE A; 2K4I A; 4O5K A; 3GZF A; 5KFM A; 2Y9T A; 2ZXI A; 4Q8E A; 2VA2 A; 5JRT A; 3SV3 A; 2C28 A; 2BCS A; 1BPE A; 2YB4 A; 1B0X A; 1VJ5 A; 5CJ7 A; 3RF9 A; 1X6J A; 1IXR A; 4F5N A; 2RDJ A; 2DWQ A; 4ELU A; 2W43 A; 2R8H A; 3SAF A; 1ZQV A; 3SYZ A; 5DB6 A; 2KZM A; 9ICR A; 1RXW A; 5DQG A; 3ZDA A; 4KLU A; 4MFF A; 7ICM A; 4C4R A; 1L3S A; 2ESE A; 2JHD A; 2XY6 A; 4R8U B; 3PNC A; 2WB1 C; 2WF9 A; 2F76 X; 1ZQM A; 4J03 A; 1KL9 A; 4YMM A; 4O3P A; 1X2I A; 4ED3 A; 3WK8 A; 1M6Y A; 2E8P A; 3V6K A; 9ICH A; 2KIW A; 4UAS A; 1RQL A; 2W8K A; 4TQR A; 1N56 A; 3KHG A; 3UXO A; 2PFN A; 3ONN A; 2BPC A; 7ICK A; 3T5H A; 3KKA C; 8ICC A; 5J0U A; 1TKD A; 5KFE A; 4AYB F; 1AQ6 A; 5KFP A; 3S6J A; 4J9R A; 1U47 A; 1QQ6 A; 1C20 A; 2FPM A; 4O3S A; 3WK5 A; 2VA8 A; 3TAR A; 4F5R A; 4K4G A; 4Q43 A; 4DCC A; 4KLO A; 2HHT A; 2G06 A; 2DL0 A; 5AIC A; 1XSL A; 2J6U A; 2A3V A; 2DPJ A; 2FLN A; 5KG7 A; 1H38 A; 4DSI A; 5ALW A; 5D49 A; 5CHG A; 3H8J A; 4LVS A; 4Y2P A; 3SQI A; 4CF4 A; 1F0M A; 1BPZ A; 4I29 A; 3AL0 B; 3LWM A; 2MAX A; 1FEZ A; 2JEJ A; 5ALU A; 4OJO A; 4I2B A; 2QKQ A; 1NJZ A; 4XQ8 A; 3GIM A; 1ZQR A; 1BPD A; 1P7D A; 4F2S A; 1B22 A; 1U49 A; 3PW2 A; 4NY8 A; 3H8M A; 3TFS A; 2R18 A; 4F72 A; 1X40 A; 5J8Y A; 2LM4 A; 2HHV A; 3WKB A; 2NO5 A; 4NLK A; 4IQW A; 2W9B A; 2MRL A; 2ZTC A; 5ALI A; 4QWB A; 2RDI A; 3ZDC A; 2OYY A; 8ICH A; 2QLT A; 2FPL A; 9ICS A; 2MUT A; 5J2K A; 5HR6 A; 1PK3 A; 1UQV A; 2C2R A; 1YZ7 A; 4DSF A; 1QSY A; 2LI6 A; 2DKX A; 3M8R A; 2KIC A; 2DKZ A; 5ALK A; 2KHQ A; 4BJQ A; 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