The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
SVLSGKKADELEKIRLRPGGKKKYMLKHVVWAANELDRFGLAESLLENKEGCQKILSVLAPLVPTGSENLKSLYNTVCVIWCIHAEEKVKHTEEAKQIVQRHLVVETGTAETMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of SIV matrix antigen and implications for virus assembly.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Simian immunodeficiency virus
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| molecule keywords |
GAG POLYPROTEIN
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| total genus |
38
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2000-01-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2K4E A; 2N1R A; 2LYB A; 1HIW A; 2H3V A; 1ECW A; 2K4H A; 2HMX A; 2NV3 A; 1HEK A; 2H3Z A; 1UPH A; 2JMG A; 2H3F A; 1TAM A; 1A6S A; 2K4I A; 4ICA A; 2H3Q A; 1ED1 A; 2LYA A; 4IC9 A; 2GOL A; 4JMU A; 2H3I A; 1L6N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JIH A; 3K1R B; 3UXN A; 2D8C A; 3SYZ A; 3QUT A; 1C20 A; 4PZN A; 3OPX A; 5KFH A; 7ICQ A; 8ICC A; 3BQT A; 2HBL A; 4G9B A; 1JXL A; 4FE3 A; 1D9D A; 2OHF A; 3UQ2 A; 2HW3 A; 1A77 A; 3HKZ C; 3HT3 A; 9ICN A; 5KL8 B; 4ZH4 A; 3TFR A; 1KFT A; 3HW8 A; 2HHX A; 4R8U B; 1F0M A; 3SEN A; 5DLG A; 2AGP A; 4Z6E A; 3IDW A; 4QZI A; 1QH9 A; 1QCK A; 2W7P A; 3H8W A; 4Y2X A; 3RBD A; 4RUA A; 3UQ0 A; 3CP8 A; 2AXT U; 5J2G A; 2IMW P; 2XGQ A; 3IM1 A; 9ICX A; 4KTQ A; 1S8O A; 4FZL A; 5KT2 A; 1SKW A; 7ICV A; 1QLN A; 4UB4 A; 3C2M A; 1SIJ A; 3QU7 A; 1VJ5 A; 5DG9 A; 2ZIW A; 3Q8P B; 4UB6 U; 2KHQ A; 1RYU A; 2FLL A; 5DQG A; 1BNO A; 2GOL A; 1CI4 A; 7ICP A; 5ALT A; 1FFV A; 3WK4 A; 1WCN A; 2N1R A; 2FJ6 A; 3RBE A; 1JUD A; 4CE6 A; 4ECT A; 4I2J A; 2ZIU A; 5JRT A; 3WKE A; 2JEJ A; 2NRV A; 1Z3E B; 7ICG A; 3AM9 A; 2R8H A; 2FLP A; 3TAQ A; 1KN5 A; 3T5L A; 4QZD A; 4JMU A; 2GWS A; 3QXG A; 4DL2 A; 3DDH A; 1NJY A; 4B9L A; 4NLG A; 3J81 j; 3KBB A; 3V7J A; 3D2N A; 3C29 A; 2WF8 A; 3C2K A; 2KJ5 A; 2PI5 A; 4QW9 A; 1YT3 A; 5ALG A; 4BXO B; 4YMM A; 1ZQM A; 1TVA A; 2E8N A; 4PL2 A; 1S77 D; 4Z6C A; 3RRH A; 2H3I A; 4AYB C; 1X2I A; 5KFM A; 2OXO A; 1T7P A; 4ED0 A; 2EZX A; 2DBY A; 5DBB A; 3MBY A; 2W9M A; 4I2D A; 1IM4 A; 2Y0S C; 2RDJ A; 5AK3 A; 4C4S A; 2ZG6 A; 5KG1 A; 2FMP A; 3ISB A; 4Z6D A; 4DFJ A; 4DQQ A; 1B22 A; 5EWF A; 2KN7 A; 4P0Q A; 4KLI A; 2G07 A; 4DOB A; 1GO3 F; 1JRP A; 5D46 A; 5AKJ A; 1SKR A; 4FS2 A; 2CRX A; 2DPI A; 3D2S A; 3KTQ A; 4IRD A; 4YFK A; 4ECX A; 3BS5 A; 4KX3 A; 1X9M A; 1CRX A; 4B9N A; 1BGX T; 3ZDE A; 1L7M A; 5J2J A; 2IA6 A; 2EZZ A; 2LHT A; 4BWJ A; 3IP4 B; 1V38 A; 4KLS A; 3L4P A; 3RB3 A; 3ZDD A; 2LI6 A; 3BZK A; 1TAQ A; 4QIW C; 2ODG A; 3B9J A; 4QNL A; 5KFA A; 4PH5 A; 1RG6 A; 2BQR A; 1ZET A; 4KIT B; 3SEI A; 2RHF A; 1NKC A; 1NZP A; 5IIM A; 7ICS A; 2LYB A; 4I2E A; 3BQ7 A; 3WKA A; 5J2E A; 5J0W A; 9ICE A; 2JZB A; 1ZQO A; 4LZD A; 3C1Z A; 4BGD A; 5H2F U; 4QW8 A; 5HR7 A; 4RQM A; 3WK7 A; 1Z00 B; 1NKE A; 2E8O A; 4JV2 A; 2KOB A; 8ICQ A; 9ICR A; 4B9U A; 3LK9 A; 3OSP A; 1UHU A; 8ICR A; 4KN4 A; 3Q8M A; 1SZP A; 1SL0 A; 3PR5 B; 7ICT A; 3DEE A; 4QZ8 A; 5AM4 A; 8ICV A; 4TUR A; 5AKI A; 4RQ7 A; 3MGV A; 3AQF A; 4CF5 A; 4OCZ A; 2ZIX A; 1MQ3 A; 8ICF A; 2G5H B; 3H8S A; 5AK4 A; 5AM3 A; 1U45 A; 5J2F A; 3PX0 A; 4RUC A; 2M0N A; 3TI0 A; 2DL0 A; 1WG8 A; 1KTQ A; 3DV9 A; 4RQ8 A; 3ETR A; 1HJP A; 4ECY A; 3KOO A; 2G06 A; 4F4Z A; 1L6N A; 1LKY A; 1ZQS A; 4RU9 A; 2HHV A; 2KVC A; 4CF3 A; 3M8S A; 3QU4 A; 4FZM A; 4DS4 A; 2KJ9 A; 5ALV A; 5J2I A; 3TAC B; 2PXI A; 2VJ4 A; 4F3O A; 3RJI A; 3N7P D; 2W03 A; 4GXJ A; 4ELT A; 2EAM A; 2BR0 A; 2FMS A; 5J0Q A; 7ICM A; 4O5K A; 1L3T A; 5KT4 A; 4M2Y A; 1Z1B A; 1XO0 A; 5DB9 A; 2KE7 A; 4F5P A; 9ICH A; 4M9G A; 3ZDB A; 2JV3 A; 2MAX A; 2I5H A; 4PL1 A; 5CB1 A; 4ED7 A; 8ICH A; 1DK3 A; 3BJY A; 4OO1 J; 3I28 A; 5HML A; 3MDA A; 4ECV A; 2MSN A; 3SV3 A; 4MEY A; 4QZE A; 5HHI A; 4M9N A; 2HOI A; 5HR6 A; 2A3V A; 1N2X A; 1ZQP A; 1ZQB A; 1XO1 A; 5ALP A; 3MGH A; 4KLJ A; 5HHH A; 3B0Y A; 3PSF A; 1Z00 A; 2H5X A; 4DLG A; 3NTU A; 1D9F A; 4OJP A; 4YD2 A; 2PMZ F; 4Q45 A; 1BPX A; 5J0U A; 5KFL A; 2WB1 F; 5DDY A; 2XY6 A; 2K4E A; 4BWM A; 3KHH A; 4UAW A; 2G09 A; 5IIK A; 2J6T A; 2W55 A; 1Q8K A; 3EWA A; 3K4G A; 2MA1 A; 5AKH A; 4M04 A; 5AI0 A; 5AI4 A; 4RQ4 A; 1SWV A; 4ACO A; 4NLC A; 4JK1 A; 3BQ2 A; 2BCS A; 1ZQK A; 4BUG A; 3RH5 A; 2F77 X; 5KT7 A; 3NVZ A; 5KG6 A; 4P4O A; 4QWC A; 3PW7 A; 4OJL A; 2C2E A; 3V72 A; 1SWW A; 3MR5 A; 4YVZ A; 2HDO A; 4Y2P A; 5KFX A; 2JEG A; 5AI9 A; 4US9 A; 3RH6 A; 3M6Z A; 2JEI A; 3ED5 A; 3QZ7 A; 4RQ3 A; 1VLB A; 2WAQ C; 5C5J A; 2BHN A; 5JU5 A; 3A0B U; 1JX4 A; 5HMM A; 5DKW A; 4DSE A; 2YY6 A; 3PMN A; 1TFR A; 5D49 A; 4Y2U A; 4IR1 A; 2HHW A; 2PFQ A; 2KVS A; 1JI7 A; 4DL3 A; 5AIA A; 5K4L A; 1S9F A; 1O03 A; 3ORY A; 4R63 A; 5AI5 A; 4EYH B; 2VA2 A; 1DXS A; 3H8J A; 1JMS A; 3SI8 A; 4P4P A; 1NK4 A; 3VC8 A; 2KIC A; 4P4M A; 1RYR A; 4GFJ A; 4PZO A; 5CR0 A; 3SD7 A; 5J0T A; 5ALF A; 2IBK A; 4C4R A; 2QB1 A; 4OJ6 A; 3K75 D; 4BJQ A; 2W9B A; 5AM5 A; 4O5E A; 4IC9 A; 4I27 A; 1QQ5 A; 4YR2 A; 2AGQ A; 2ZIV A; 3GFK B; 2AQ0 A; 4EZ6 A; 5G5G A; 1ZQJ A; 1QSS A; 2PFN A; 2K4P A; 5KFV A; 1L7O A; 4DQR A; 2UVU A; 5AIC A; 2NYV A; 2ZJ5 A; 3GIM A; 4MFA A; 4NXZ A; 2L5Y A; 1UA1 A; 5DB6 A; 3RB0 A; 2LYA A; 5ALW A; 2F44 A; 2R18 A; 2YB4 A; 5AKK A; 2OCE A; 5KFW A; 4MF2 A; 8ICG A; 4CNQ A; 1T4G A; 3C23 A; 3N97 B; 2YQE A; 3RR7 A; 1X9X A; 2VKQ A; 5AKE A; 4KN7 A; 5ALQ A; 2FI1 A; 1MN8 A; 1KBU A; 2K8A A; 3CNH A; 1RDF A; 3IG5 A; 1ZRM A; 3C5F A; 1U48 A; 4YMO A; 2ISO A; 4JWM A; 2VIX A; 1SXD A; 2RP5 A; 3NRW A; 5E79 U; 2KNJ A; 3ALR A; 2BCR A; 1PUZ A; 2HBM A; 4HAI A; 2XCP A; 3LVW A; 3PW5 A; 4CGZ A; 4XUS A; 8ICU A; 4UQG A; 1AQ6 A; 4EEN A; 5T14 A; 3NRZ A; 5DQH A; 4UAU A; 5KFG A; 5F3X B; 3JPQ A; 2HOF A; 5ALD A; 8ICT A; 3SZ2 A; 3F2D A; 4B9M A; 4PHE A; 4TUS A; 2OYY A; 2WF7 A; 3E0F A; 3QX7 A; 5J2B A; 3NGD A; 4M47 A; 2BPF A; 2PFO A; 2HVH A; 3NVY A; 2V4Q A; 5HNK A; 4E0D A; 2QAR B; 1L7N A; 1BPD A; 4NJ8 A; 1SV4 A; 4J9L A; 4I2C A; 4C8N A; 4UAT A; 4O3O A; 4Q43 A; 2JH1 A; 2HSZ A; 1XSN A; 4BX9 C; 1N5X A; 4F4X A; 1BPE A; 2VA8 A; 2D3D A; 4UB8 U; 1PVQ A; 1HUZ A; 2YMM A; 4C7Y A; 5DG8 A; 2UVV A; 4RNM A; 3ZD9 A; 4ED8 A; 9ICL A; 2XIC A; 3FM9 A; 1JXE A; 4P0P B; 5AI6 A; 4DSI A; 1NZB A; 8ICO A; 2E5S A; 2LKY A; 4C8O A; 5TIS U; 3T5K A; 1MQ2 A; 2F76 X; 2P6U A; 3H7I A; 2W3R A; 3LWM A; 4F5Q A; 8ICY A; 2YML A; 3H8M A; 2W3S A; 2XY7 A; 2NRT A; 2JGA A; 2VA3 A; 1X40 A; 3FDS A; 4KMU A; 1TE2 A; 2MRL A; 3WK6 A; 3AUO A; 2BQU A; 4QZB A; 5CHG A; 7ICU A; 1ZQX A; 4C80 A; 5TZV A; 9ICK A; 3WKD A; 1KRP A; 3ISC A; 1T8E A; 2C22 A; 2A1J B; 4LJX A; 3GU3 A; 2AHO B; 5JTI A; 4RQN A; 4RQ2 A; 3RJG A; 5DQI A; 4M6W B; 1BVS A; 3GIL A; 2RRD A; 4IS7 A; 7ICI A; 2K8C B; 2AH5 A; 2KIV A; 4UW9 A; 4F92 B; 3RF9 A; 3OJU A; 2KFN A; 4QZH A; 2EAP A; 4IQV A; 4RNN A; 1PK1 B; 2J6U A; 4R8U A; 1ZD5 A; 1IIP A; 2J6S A; 3ZDA A; 4RNO A; 5KT6 A; 1S10 A; 2W11 A; 1UA0 A; 3IV6 A; 3E2E A; 2ATL A; 4B9V A; 4P2H A; 1XU4 A; 2A19 A; 4YP3 A; 3VCB A; 1PVP A; 2QAR A; 2I6X A; 5L1I A; 4ZOH C; 2QB0 B; 2G08 A; 3HIL A; 3TAD C; 2UVW A; 5J0S A; 1NJX A; 1XWL A; 4M9H A; 1Z1V A; 3SQI A; 4NV0 A; 4FZN A; 1LVH A; 3OTQ A; 3PY8 A; 3S6J A; 1P7D A; 4TUP A; 4UB3 A; 4R64 A; 3PVX A; 1TK0 A; 4QZA A; 4RQ1 A; 3F2B A; 3N28 A; 4C4T A; 4KMO B; 2GLE A; 2H3F A; 2BKE A; 4GXI A; 1COK A; 1A6S A; 5KFY A; 2YX8 A; 3UXP A; 8ICA A; 2EZY A; 3SAF A; 3NAS A; 3GII A; 4GIB A; 4DOA A; 2PI4 A; 3HPO A; 1BPY A; 3PV8 A; 2DUY A; 3QU5 A; 3RR8 A; 5KFU A; 4NLB A; 5J2K A; 9ICQ A; 4IR9 A; 5F9L A; 3ZD8 A; 3I1Y A; 2WHE A; 5EE0 A; 4OJO A; 8ICS A; 2YMP A; 2Y9U A; 3IG8 A; 4M9L A; 4EX6 A; 2F1J A; 4DFD A; 3KHR A; 3QU9 A; 3K1Z A; 2IOF K; 3L3F X; 3BDP A; 4BXO A; 2ZXI A; 1ZQN A; 2B0C A; 5KG0 A; 3RTV A; 3L5K A; 4M6W A; 4FS1 A; 4YD1 A; 3CRX A; 5DGA A; 3RRG A; 2HMX A; 1FO4 A; 3JPR A; 4C7Z A; 5DGB A; 1HEK A; 2JH7 A; 1NK8 A; 1U49 A; 4YXJ A; 3A0H U; 3ICX A; 3EYZ A; 5ALY A; 3MR2 A; 1J2N A; 9ICM A; 4RT2 A; 1NJW A; 1A76 A; 1ZJN A; 4ED2 A; 2ZJ8 A; 2Q0Z X; 4RZR A; 3AU2 A; 3G6V A; 1X9S A; 2IOH A; 4J9R A; 1COO A; 4TQR A; 9ICP A; 3LYS A; 1HUO A; 2F1I A; 1SGG A; 7ICR A; 2KKP A; 5IIL A; 4PHA A; 2ZUC A; 1YZ6 A; 3PO4 A; 1D8B A; 2KG5 A; 1J97 A; 5J2C A; 1X6I A; 3TAD A; 4K4H A; 1BPZ A; 2ZTC A; 5AM1 A; 5KFE A; 4A8E A; 1OUQ A; 1RXV A; 2KV2 A; 4YQW A; 1JAL A; 5IIO A; 1K1S A; 2HHU A; 1UPH A; 3F5E A; 5AK5 A; 5AKL A; 4GLX A; 1Z4O A; 4ECU A; 4I28 A; 3HJE A; 2KZM A; 3NS1 A; 4F50 A; 1U47 A; 4KLM A; 2NRW A; 2XO7 A; 2HI0 A; 4QWA A; 2EDU A; 3MGI A; 4DSJ A; 3JPO A; 3PNC A; 2XGP A; 4KLG A; 2WF5 A; 3PX6 A; 1LV5 A; 2IOF A; 5L1L A; 2KFZ A; 1UQV A; 1KEJ A; 1NKB A; 4JWN A; 4PPX A; 1URJ A; 5KFC A; 1S0V A; 1NJZ A; 5AI8 A; 2MUT B; 3AMZ A; 4Y2J A; 3GDX A; 2K4H A; 4O3Q A; 1KQQ A; 5HP4 A; 2FE9 A; 2XVT A; 2LBO A; 1N63 A; 2BGW A; 4QJF B; 2PFP A; 1SXE A; 1RXW A; 2DKZ A; 8ICE A; 2XID A; 4G3I A; 5ALS A; 1U9L A; 3H40 A; 2F1H A; 3QEA Z; 2CN1 A; 1X6J A; 3Q8S B; 2YMQ A; 4EEY A; 8ICP A; 3NVV A; 3M6K A; 4Z6F A; 2NRZ A; 4ECQ A; 1NK9 A; 5DLF A; 2E8M A; 9ICW A; 2ASJ A; 5AK6 A; 4NY8 A; 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4RQ6 A; 3F53 A; 1NK0 A; 9ICG A; 4QZG A; 4F91 B; 8ICK A; 2LM1 A; 5KFT A; 3KZX A; 1EXN A; 3H4D A; 3RJE A; 4DWI A; 2BDU A; 3Q8K A; 5F9N A; 4O3P A; 5CJ7 A; 1JN3 A; 4ECS A; 4IQU A; 1D8L A; 1SZH A; 5J0O A; 5J0X A; 3SAH A; 4MFC A; 5J8Y C; 1KKX A; 4DQS A; 1N60 A; 2E1E A; 2ZIW B; 2W7O A; 3KZI U; 3AU6 A; 1ZQR A; 1ZQZ A; 5KFP A; 1Q3V A; 4IQT A; 2NV3 A; 5CWR A; 2MU2 A; 3V6K A; 1N62 A; 7ICL A; 4DOC A; 2B21 A; 8ICB A; 9ICJ A; 4B9S A; 4ED1 A; 2GO7 A; 4U7C A; 4I2B A; 9ICT A; 4J9S A; 3TAP A; 3QUB A; 2C28 A; 4EBE A; 2XC9 A; 1T3N A; 4XRH A; 5ALL A; 1FEZ A; 3V7L A; 1SL1 A; 3H4B A; 4XA5 A; 3ISD A; 5KFI A; 4ECZ A; 1TK5 A; 5BPC A; 2HCF A; 1B43 A; 1Z4N A; 5AKZ A; 2JR5 A; 3T5H A; 4AP9 A; 1TV9 A; 4AYB F; 1KW4 A; 5B66 U; 4C8L A; 4C0Z A; 8ICM A; 5EWE A; 3PSI A; 3MAB A; 3GIJ A; 3BS7 A; 2M9N A; 2QKQ A; 3QZ8 A; 4QZF A; 2LYH A; 4DO9 A; 1SB3 C; 2GH1 A; 8ICI A; 4DFP A; 3PW4 A; 2YN4 A; 3FYH A; 2Y0S F; 2LMR A; 4DSF A; 2R8G A; 2H3Q A; 5KT3 A; 2W9C A; 2CXY A; 4JUZ A; 4YMN A; 4KLT A; 2WF9 A; 3LVV A; 3UXO A; 4F5O A; 5IIJ A; 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