The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
SVLSGKKADELEKIRLRPGGKKKYMLKHVVWAANELDRFGLAESLLENKEGCQKILSVLAPLVPTGSENLKSLYNTVCVIWCIHAEEKVKHTEEAKQIVQRHLVVETGTAETMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of SIV matrix antigen and implications for virus assembly.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Simian immunodeficiency virus - mac
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| molecule keywords |
GAG POLYPROTEIN
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| total genus |
37
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2000-01-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HMX A; 1A6S A; 2K4H A; 1HIW A; 2H3Q A; 4ICA A; 2H3Z A; 2K4E A; 4JMU A; 1L6N A; 4IC9 A; 1ECW A; 1ED1 A; 2H3F A; 2LYA A; 2H3I A; 2H3V A; 2NV3 A; 2N1R A; 1HEK A; 2LYB A; 2K4I A; 2JMG A; 1UPH A; 1TAM A; 2GOL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4QZ8 A; 7ICO A; 2F1I A; 5J8Y A; 5CJ7 A; 4RQ2 A; 3C1Y A; 3V7K A; 2ZTE A; 3SEI A; 3Q8M A; 2ZIX A; 3RB3 A; 2B0C A; 2Q4T A; 1T4G A; 3UMC A; 3K1Z A; 4KMU A; 4F71 A; 2N1R A; 1MC8 A; 5AI6 A; 2JZB B; 1D9D A; 2ZG6 A; 3ZDE A; 1H38 A; 3WKD A; 3V6K A; 3HRD D; 1A6S A; 4U7C A; 4IL6 U; 2BQ3 A; 4Q43 A; 2DKZ A; 5AI5 A; 1LKY A; 1OUQ A; 4YP3 A; 4M9L A; 4F5N A; 3QNM A; 2KN7 A; 4CF3 A; 4Y2S A; 2W7O A; 1C7Y A; 3M7D A; 2XY5 A; 1U9L A; 5KFH A; 2YX8 A; 2AGP A; 4PZN A; 4CCH A; 3MDA A; 1FO4 A; 1T3N A; 1UCV A; 3HP6 A; 3V6J A; 1X66 A; 5DB8 A; 1D8B A; 2C22 A; 2B21 A; 1N61 A; 2KJ5 A; 1D9F A; 3ZD9 A; 5J2C A; 2MUT B; 3AM9 A; 4PHA A; 2XGQ A; 2QLT A; 4FFD A; 4CNQ A; 4YG2 A; 3GV7 B; 1JRP A; 2BKE A; 5KG3 A; 1QLN A; 5HMM A; 4F4K A; 3MDC A; 1TE2 A; 2DPI A; 2XO7 A; 5HNK A; 3C2M A; 2YQE A; 3H0M B; 3FAH A; 3B0X A; 2J6U A; 2ATL A; 4QZG A; 1PVP A; 4EZ6 A; 4O3P A; 1Q46 A; 1ZD2 P; 2DUY A; 5KFL A; 4G3I A; 1NK5 A; 2KFZ A; 4I2F A; 7ICT A; 3QXG A; 3UXO A; 4UBB A; 4DFK A; 3AL0 B; 3BZC A; 1Q3V A; 3HIL A; 1XC9 A; 2YMP A; 1NK4 A; 4BGD A; 5KFY A; 9ICO A; 3UQ2 A; 2DL0 A; 3GII A; 5EE3 A; 1FEZ A; 5KFJ A; 2F2A B; 4B9V A; 5HR7 A; 4YN4 A; 2UVW A; 5D4B A; 1SL0 A; 5IIK A; 4FZL A; 2QKQ A; 4BDP A; 1XO1 A; 1BPX A; 4JUZ A; 5DB9 A; 1JRO A; 1YZ6 A; 2XID A; 4O5C A; 4TUQ A; 2KSO A; 4DEZ A; 4FBT A; 4ACO A; 4FE3 A; 1VJ5 A; 4PPX A; 5AIC A; 4YVZ A; 1A76 A; 4CDG A; 5J2E A; 3GIJ A; 2LM1 A; 2KD1 A; 3S6J A; 2HOQ A; 4M47 A; 4I2D A; 1BNP A; 2KVC A; 4Q8E A; 1KTQ A; 2HI0 A; 5KFV A; 3TAD C; 2O6K A; 3M8S A; 2IHN A; 2Z7J A; 4UAU A; 5KFE A; 1U48 A; 1U47 A; 3OTQ A; 3EPI A; 3LWM A; 5AK5 A; 1L7P A; 1XO0 A; 4QZA A; 4QWC A; 2K89 A; 2KP7 A; 3RB6 A; 3QUC A; 1SZP A; 2W8L A; 4C7Y A; 1NK0 A; 4QZ9 A; 4LZD A; 1ZD4 A; 1ZQL A; 4UAS A; 5AM4 A; 5KFX A; 1BPZ A; 4EEY A; 3WK7 A; 2OWO A; 2A19 A; 5L1L A; 3RR7 A; 3PMN A; 4MFA A; 2CXY A; 4OJL A; 1X40 A; 4IR9 A; 7ICQ A; 3RAX A; 1S0O A; 5KFG A; 3PX6 A; 1L3S A; 1LVH A; 5J2B A; 4RQ5 A; 1Z1V A; 3T5H A; 4NLN A; 5EE9 A; 4JB3 A; 1Y88 A; 4ECZ A; 3G6X A; 1MQ3 A; 1SV0 A; 3ZDD A; 2EAM A; 5JRT A; 3C5F A; 1UPH A; 4KLT A; 3E0F A; 5L1K A; 4QWA A; 3RJE A; 5KFZ A; 2BGW A; 4C4R A; 8ICC A; 3IRU A; 4NL9 A; 3PSI A; 7ICU A; 2IBK A; 4F2R A; 3QZ8 A; 2XVT A; 3R9K A; 3SAH A; 1BNO A; 4KN7 A; 9ICC A; 4PH5 A; 2XCA A; 4O3R A; 3QU2 A; 3RJI A; 5KG5 A; 2JEG A; 5AM1 A; 4UAY A; 3C5G A; 4M6W A; 5ALT A; 2F8L A; 4Q44 A; 7ICG A; 1PK1 A; 4UBC A; 4KLS A; 4PJ0 U; 4QW8 A; 1SKS A; 5DG9 A; 5IIM A; 2Y0S F; 4C4S A; 1IG6 A; 3RBD A; 3D6J A; 3SI8 A; 5AKZ A; 1VLB A; 3TAP A; 2W11 A; 5KT4 A; 2H3Q A; 1L7N A; 2VA8 A; 1KL9 A; 5KTQ A; 3SV3 A; 3CW2 C; 5G5G A; 3ICX A; 5TZV A; 4BXO A; 3N7P D; 1JXL A; 2XIC A; 1BPD A; 4I2E A; 1T3Q A; 2HW3 A; 1L7O A; 4RUA A; 3QE9 Y; 3QUT A; 5KG7 A; 3EZ5 A; 2HMX A; 2OEH A; 3Q8P B; 2ZIW A; 3PST A; 1RYR A; 8ICO A; 3MR2 A; 8ICV A; 3PW5 A; 7ICL A; 4RUC A; 5ALI A; 2W7P A; 1L6N A; 1ED1 A; 3ZI4 A; 3SAF A; 2K8C B; 4F5Q A; 3QU9 A; 4OO1 J; 3E2E A; 3RFA A; 3G6V A; 3QYP A; 2A1A A; 3KD3 A; 2G07 A; 1KEJ A; 3PSF A; 4QZD A; 4ED3 A; 1PUZ A; 4B9U A; 5J2F A; 4WJ3 B; 4JV1 A; 2DBY A; 4M9J A; 4DL6 A; 3ONN A; 3PW4 A; 2FE9 A; 4I27 A; 4RU9 A; 2VJ4 A; 1COO A; 2G08 A; 1B43 A; 5J0Q A; 3MAB A; 4DLG A; 5CWR A; 4DWI A; 1N60 A; 3NVY A; 2JR5 A; 5DLG A; 2AH5 A; 2KMD A; 4FZN A; 2BCU A; 1S97 A; 4O3S A; 2MAX A; 2K4H A; 2WTF A; 3BZK A; 4A8E A; 3V72 A; 1CI4 A; 4P0Q B; 1QTM A; 5ALF A; 2HVH A; 5IIJ A; 4CGZ A; 4I2A A; 2BDP A; 2MSN A; 1V85 A; 3HT3 A; 5KFK A; 3K1R B; 2P6U A; 4P0P A; 2ASD A; 3TAN A; 1BVS A; 2A3V A; 5DGA A; 4NJ8 A; 2NRW A; 3MR3 A; 3LK9 A; 2LM4 A; 5ALD A; 8ICU A; 4US8 A; 2ZIV A; 4B9T A; 3KKA A; 2KIV A; 4RQ0 A; 3N97 B; 1RXV A; 3LVW A; 3MFI A; 4J9K A; 2NRV A; 4O5E A; 4US9 A; 2RLT A; 1SXE A; 3WKC A; 1SWW A; 3D2N A; 4PL1 A; 4ECU A; 2JMG A; 2FPK A; 9ICM A; 4ZOH C; 2XC9 A; 3F2C A; 5ALO A; 4Z6C A; 4UAV A; 4JWN A; 5IIL A; 5AKE A; 1UT5 A; 1ZQU A; 5AIA A; 3RJH A; 5JU5 A; 2BQR A; 3NAS A; 4DOC A; 3NVW A; 1BGX T; 4FS1 A; 4DQP A; 2H3I A; 4B9L A; 3BQ2 A; 4BX9 C; 1DRG A; 3OHB A; 3RBE A; 5GTI U; 1V38 A; 3SAG A; 1V9P A; 3GU3 A; 2LI6 A; 4F50 A; 3KBB A; 4RQ8 A; 2ZIU B; 3T5L A; 4DSL A; 4ICA A; 4UQG A; 5FP0 A; 2OM6 A; 4QZI A; 1ZQZ A; 5DBC A; 1QH9 A; 1VDV A; 5KT3 A; 1ZQH A; 1MN8 A; 2HBK A; 1O03 A; 2LHT A; 8ICY A; 5J0R A; 1C20 A; 1IV8 A; 4LVS A; 2HDO A; 2JEI A; 5ALY A; 4QZH A; 1RM6 C; 2HSZ A; 1L3U A; 4M9N A; 4CE6 A; 3L3F X; 3THV A; 1S0V A; 3OGU A; 9ICX A; 5AI0 A; 2BCQ A; 3UMB A; 4J03 A; 3BQ0 A; 4BWJ A; 2G0A A; 4DQS A; 2HOI A; 7ICI A; 1ZOL A; 3ETR A; 3C29 A; 4GC6 A; 1JIH A; 2EH9 A; 4KLD A; 4RPY A; 4IRD A; 3LDA A; 1UQV A; 2RP5 A; 3RRH A; 3GDX A; 2W54 A; 9ICS A; 3ETL A; 1T94 A; 1ZQJ A; 4QZC A; 1RDF A; 4FO6 A; 2KZ3 A; 2KHV A; 5ALZ A; 3M9N B; 4ECX A; 4PL2 A; 1WWV A; 1JUD A; 1N63 A; 1KN5 A; 4J9M A; 4Y2Q A; 2F8K A; 3PW2 A; 2R8K A; 3OJS A; 1P7D A; 4Z6E A; 3MR6 A; 3UXN A; 2G09 A; 2E8M A; 2EQY A; 3K75 D; 1NKE A; 4R65 A; 3RJJ A; 1XSP A; 1SGG A; 2ZUB A; 2VIX A; 3WU2 U; 2YB1 A; 1WYG A; 5KG4 A; 4QIW C; 1WUD A; 1QSL A; 3RH4 A; 2NRX A; 2ZUC A; 2W9C B; 4PGQ A; 2XI9 A; 1ZQS A; 2E8P A; 4XUS A; 2R8I A; 3KFU F; 1CUK A; 1FIQ A; 4FS2 A; 5L9X A; 3IM1 A; 4CRX A; 5KAF U; 4G9B A; 1DOQ A; 3OPX A; 3RF9 A; 4DL4 A; 4KLL A; 3RH6 A; 4F92 B; 3N4M B; 4RPZ A; 4KLO A; 5EOZ A; 3M1Y A; 1NOM A; 2UVR A; 5AI4 A; 2D3D A; 2EAP A; 2PXI A; 8ICF A; 2F1J A; 2FLP A; 4IRK A; 3SQI A; 2QB0 B; 2C28 A; 8ICW A; 2JGA A; 3BS7 A; 2G5H B; 2JXJ A; 5C0Y A; 4MFC A; 3A0H U; 3QU5 A; 2VA3 A; 5KFM A; 5KG0 A; 4UB2 A; 5HR6 A; 3E58 A; 5KL1 B; 3H4B A; 4C8K A; 1ZQM A; 1S76 D; 2WF9 A; 5D46 A; 1ZQW A; 4ECW A; 2K8B B; 5DQI A; 4CF4 A; 3Q8R B; 3HPO A; 2KKV A; 3K4G A; 3SMV A; 3PO5 A; 5AKY A; 3RRG A; 1EXN A; 4KN4 A; 4KLF A; 3BQ1 A; 1ZQT A; 1S5L U; 2G5I B; 3PX0 A; 1TK5 A; 1TFR A; 5EE1 A; 5J0Y A; 4YFK A; 4O5K A; 2ZJ5 A; 1X2I A; 1A77 A; 3JPP A; 3M9M B; 1TAM A; 3KHH A; 4YCX A; 2RDJ A; 3Q8K A; 4KTQ A; 4KLH A; 4UB6 U; 1KRP A; 1NK6 A; 3FYH A; 4C8M A; 1U49 A; 9ICW A; 7ICK A; 2P35 A; 3IP4 B; 2EZZ A; 5KFT A; 2E8O A; 2OCE A; 2BR0 A; 2HOF A; 5DDM A; 2BPF A; 5ALH A; 1X9M A; 3NUQ A; 2Y0S C; 1RG6 A; 3F2B A; 2ES6 A; 5AM2 A; 2NYV A; 3NGD A; 4C0Z A; 1B0X A; 2XCP A; 1RQL A; 8ICL A; 4QWB A; 1X6I A; 1B4F A; 4RQ4 A; 4JWM A; 7ICS A; 2JEJ A; 1DK2 A; 4UAR A; 4DF8 A; 5J2D A; 1K5O A; 4ELU A; 2KG5 A; 4C8L A; 2VKQ A; 3TAD A; 1NJW A; 8ICR A; 1HJP A; 4PGY A; 5ALE A; 2FPL A; 5A0L A; 5CR0 A; 4RT3 A; 4KMO B; 3JPT A; 1NI3 A; 4DL2 A; 1OW5 A; 5ALK A; 2KZZ A; 5H2F U; 3EYZ A; 4DSK A; 4Y2J A; 3CP8 A; 2D6F C; 2EAN A; 4QIW F; 1TK8 A; 3H8S A; 3RTV A; 2JRZ A; 3GZF A; 4DFD A; 1KBU A; 3FDS A; 5AM3 A; 2CPR A; 4MEX A; 3WK9 A; 2K4E A; 1ZQB A; 2BCR A; 3WK5 A; 3SEN A; 4DSF A; 2LYA A; 2W3S A; 4DSE A; 2QAR B; 1JI7 A; 4Y2R A; 3ALR A; 2LBO A; 4J9R A; 1T7P A; 4F72 A; 1NNL A; 3Q8S B; 4RQN A; 3KZI U; 5KG1 A; 5AI8 A; 4HYK A; 2HBJ A; 2DPJ A; 2QB1 A; 5J0O A; 2KZM A; 3BS5 B; 4QWE A; 3CNH A; 2W04 A; 2B6G A; 2KTQ A; 1TKD A; 5J2J A; 3O0F A; 4J9S A; 4R8U B; 1ECW A; 1FFV A; 2I5H A; 2WFA A; 2KVS A; 1Z00 A; 4R64 A; 8ICN A; 4JK1 A; 8ICT A; 4BWM A; 3SZ2 A; 5GTH U; 4UAW A; 4IQU A; 1Q8K A; 1WCL A; 4UAZ A; 4TUP A; 4QWD A; 3Q8L A; 5J0U A; 4DF4 A; 3F53 A; 4M2Y A; 2LKY A; 5ALV A; 3V7L A; 2WB1 F; 4IS7 A; 1UA1 A; 5ALS A; 3MGH A; 4QZE A; 4U6P A; 3EWA A; 4YMM A; 9ICV A; 4OCZ A; 1K1Q A; 4M9H A; 5DQG A; 4BJQ A; 4DS4 A; 3AU2 A; 3KTQ A; 3DV9 A; 4NXZ A; 4XRH A; 1NJY A; 5AM0 A; 2F77 X; 1LKY B; 3M9O B; 3T5J A; 4F5O A; 2W9B A; 9ICE A; 4LJX A; 4EBD A; 4DQI A; 3DEE A; 4PHP A; 1URJ A; 2KIW A; 4AYB F; 3M8R A; 5AI9 A; 1Z3E B; 2ZJA A; 2PKE A; 4KLQ A; 5D49 A; 4DS5 A; 2KIC A; 2ZTC A; 1UHU A; 1ZRM A; 4UB8 U; 3RB0 A; 2EZX A; 5L1J A; 3SV4 A; 3IN5 A; 2M9N A; 1LV5 A; 4ED2 A; 1HUO A; 2RRD A; 1ZET A; 3I76 A; 4IQV A; 1L7M A; 3N28 A; 4GXJ A; 1DGJ A; 3KHG A; 4YD2 A; 9ICQ A; 2YTU A; 5E79 U; 1TK0 A; 5AM5 A; 4GXI A; 4Q8F A; 4P4P A; 5AKG A; 4RT2 A; 5KFC A; 2Y1I A; 4ZH4 A; 3D2S A; 4KLG A; 1RXW A; 3NRZ A; 4YXM A; 1X9S A; 4Y2X A; 4J9L A; 1ZQG A; 3L5K A; 1F44 A; 5KFF A; 2AQ4 A; 2UVU A; 2WF8 A; 4ED6 A; 1WWU A; 2RDI A; 4P4M A; 5F3X B; 4O9M A; 1RYS A; 2V4Q A; 4QW9 A; 2ZXI A; 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2FLL A; 4ED7 A; 1ZQD A; 5KFA A; 3GIL A; 3WK4 A; 4ED8 A; 1SL2 A; 2V9W A; 7ICN A; 1NK7 A; 4I28 A; 5AKJ A; 9ICG A; 2ESE A; 2HBL A; 5AK3 A; 1PVQ A; 5JTI A; 3GIM A; 2NO5 A; 9ICU A; 3I28 A; 2PMZ C; 2XY6 A; 2AU0 A; 1QQ6 A; 4NLC A; 3TFS A; 4Y2V A; 2HHV A; 1L5U A; 2GH1 A; 1RPL A; 4ELT A; 5EWG A; 3F5E A; 4MF2 A; 1D8Y A; 4YMO A; 1ZQX A; 4Y2T A; 3I1Y A; 4FZM A; 4EZ9 A; 7ICM A; 1RQN A; 1Z19 A; 1XU4 A; 5KT2 A; 3H7I A; 2DGZ A; 3KZX A; 3T3F A; 3PX4 A; 5K4L A; 4TUS A; 5CA7 A; 1X42 A; 3JPQ A; 4EYI B; 3ZDC A; 2HHW A; 2IOF K; 5J0S A; 1ZD5 A; 2BHN A; 3BQ7 A; 4M6W B; 2PFN A; 5DQH A; 2PI5 A; 2JHD A; 5KG6 A; 2HCF A; 1PK1 B; 3JPR A; 5EE0 A; 5AHX A; 3NRW A; 1SWV A; 3PR4 A; 3OSN A; 3C1Z A; 2FMP A; 3ISB A; 1KQQ A; 1X6J A; 5AKL A; 1YZ7 A; 3C2K A; 1XNS A; 2JEF A; 2EAO A; 4RNN A; 9ICA A; 4C4T A; 4C8N A; 4OJO A; 2F1H A; 1NKC A; 4BXO B; 1NJZ A; 5DB6 A; 1U45 A; 1S0M A; 4DFJ A; 1IM4 A; 2KKP A; 2JV3 A; 3NVV A; 3PVX A; 2RQ5 A; 4UW9 A; 4C7Z A; 3Q8Q B; 2RHF A; 3H0L B; 2KJ9 A; 2IOH A; 4ECS A; 2NV3 A; 4C80 A; 4F4X A; 3TAQ A; 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