The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
107
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structure length |
107
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Chain Sequence |
RADEQAFLVALYKYMKERKTPIERIPYLGFKQINLWTMFQAAQKLGGYETITARRQWKHIYDELGGNPGSTSAATCTRRHYERLILPYERFIKGEEDKPLPPIKPRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| molecule keywords |
MODULATOR RECOGNITION FACTOR 2
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| publication title |
HUMAN MRF-2 DOMAIN, NMR, 11 STRUCTURES
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
33
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| structure length |
107
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| sequence length |
107
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LI6 A; 1KQQ A; 2KK0 A; 5CEH A; 1IG6 A; 1KKX A; 1RYU A; 2OEH A; 2RQ5 A; 2EH9 A; 2LM1 A; 2YQE A; 5K4L A; 2EQY A; 2CXY A; 4LJX A; 1C20 A; 1KN5 A; 2JRZ A; 2JXJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2P35 A; 2W7O A; 4P0Q B; 2JH1 A; 4KN7 A; 4ELU A; 3QUQ A; 2BPC A; 4PHA A; 2K4H A; 3PSF A; 2ZIX B; 5IIN A; 4EEL A; 4ELT A; 3I76 A; 1JN3 A; 5ALF A; 2M9N A; 1D9F A; 5KFD A; 1ZQL A; 3L3F X; 4NLB A; 3SQI A; 1KN5 A; 3Q8S B; 1PK1 B; 4F93 B; 1MQ3 A; 1X66 A; 4PHP A; 3PNC A; 2K4I A; 4XUS A; 4BXO A; 1SL1 A; 2LMR A; 8ICM A; 2HOI A; 1X9W A; 1WCN A; 4UB6 U; 3ZDA A; 1L7P A; 3PX4 A; 4UAV A; 4M04 A; 3I1Y A; 3OPX A; 9ICR A; 2P6R A; 3UXP A; 3A0H U; 1P7D A; 3SZ2 A; 5EE3 A; 1WYG A; 2D8C A; 4BWM A; 4YN4 A; 9ICB A; 3WKD A; 3LK9 A; 4NWI A; 4RPY A; 4B9S A; 4O5E A; 5KT4 A; 1NOM A; 2W3S A; 2AQ4 A; 4TUR A; 3D6J A; 1XO0 A; 5F9L A; 2LYB A; 3EW9 A; 2Y0S F; 2HCF A; 1X9M A; 2AXT U; 3MBY A; 1LKY B; 9ICQ A; 5CP2 A; 2KFZ A; 1L3V A; 2IOF K; 2QLT A; 2R8J A; 2JEJ A; 1QLN A; 2ZTE A; 1NI3 A; 4F4Y A; 2W55 A; 1ZRN A; 5CA7 A; 4R8U B; 2KEY A; 5EWG A; 5KFQ A; 4DL7 A; 5J0O A; 4C8O A; 2RRD A; 5KFP A; 1Z19 A; 3NVW A; 2XCA A; 8ICY A; 1ZQB A; 4PZN A; 2R8K A; 4K4H A; 2VKQ A; 2YY6 A; 4KLL A; 2KE7 A; 5KTQ A; 2ASL A; 4GLX A; 1BPD A; 1J2N A; 5KFH A; 4YD2 A; 5EE1 A; 1URJ A; 2GOL A; 1Z00 B; 4NV0 A; 2ASD A; 3Q8L A; 1NKE A; 3M8S A; 4QZG A; 4UAR A; 4DSL A; 3QEA Z; 3NS1 A; 4RQN A; 3DEE A; 3KHG A; 5AM3 A; 3C28 A; 4IRD A; 5KFG A; 3RRH A; 5HML A; 3T5H A; 2F8L A; 5DLG A; 4F5P A; 2ZUD A; 2DKX A; 3RAQ A; 1Q3U A; 9ICC A; 4BJQ A; 4JMU A; 3HX0 A; 1KKX A; 2F77 X; 3K1R B; 1HUO A; 4R65 A; 2PFP A; 4KLU A; 3PML A; 4LJX A; 1N5W A; 3MAB A; 7ICR A; 3HRD D; 3H0R B; 1FO4 A; 4CE6 A; 2NV3 A; 5ALQ A; 4F4Z A; 3HWT A; 2FE9 A; 3WKC A; 4QZH A; 7ICH A; 1C7Y A; 3EPG A; 4JWM A; 1QCK A; 2KSO A; 2DWQ A; 7ICQ A; 1NK9 A; 1ZQU A; 4NLK A; 1BVS A; 2F8K A; 4PH5 A; 4EEN A; 2KMD A; 2K89 A; 3H8W A; 1KLN A; 3H4B A; 3TFR A; 1SL0 A; 3RJJ A; 5ALM A; 1COO A; 2KJ9 A; 5AKZ A; 1SKS A; 4ED8 A; 3H8S A; 5F3X B; 1ZYQ A; 4J9N A; 1QQ7 A; 3EWA A; 8ICL A; 1TAU A; 3UQ2 A; 8ICX A; 1VDV A; 4F4K A; 2QB1 A; 3QU2 A; 7ICU A; 2H3Z A; 3CP8 A; 1JRO A; 3WKB A; 1X9S A; 3N7R C; 4FFD A; 2YX8 A; 2MAX A; 2OXO A; 4O3S A; 7ICL A; 2KHQ A; 2EAN A; 1ZQS A; 5KG6 A; 3GIL A; 3QE9 Y; 3C21 A; 9ICI A; 5AK5 A; 2GWS A; 3C23 A; 1BPY A; 2ZJ5 A; 2ZTC A; 5KT5 A; 4ECS A; 2VIX A; 2N1R A; 2WF6 A; 1Q8K A; 2KD1 A; 2O6K A; 3QNM A; 7ICO A; 2FPM A; 4FBU A; 3IG8 A; 5DB7 A; 3N4M B; 3AEV A; 4DFJ A; 4EYI B; 3RJK A; 4C7Z A; 4IQV A; 2KKV A; 9ICP A; 5AIC A; 2BKE A; 2MRL A; 1S97 A; 8ICQ A; 4RQ0 A; 3KTQ A; 3RBE A; 1ZQV A; 8ICH A; 1BNP A; 4AP9 A; 4YR0 A; 4RNO A; 1JI7 A; 5AI4 A; 2JZB B; 2WTF A; 4DQP A; 4M2Y A; 1VLB A; 1NK6 A; 1L7N A; 4NJ8 A; 4F72 A; 3N28 A; 2DUY A; 5K4L A; 2NRT A; 1U49 A; 2ISO A; 2WFA A; 1V85 A; 3FM9 A; 3RR8 A; 7ICV A; 2KJ5 A; 9ICK A; 3WK9 A; 3BZC A; 4XQ8 A; 4KTQ A; 2C22 A; 2NO5 A; 3D2N A; 3WK8 A; 4IQU A; 3LDA A; 1JRP A; 3PV8 A; 2MA1 A; 1DK3 A; 2GO7 A; 1S0O A; 3MGI A; 3LVV A; 1ZQJ A; 4M9G A; 1SZH A; 5BPC A; 3MGH A; 2I1Q A; 1B0X A; 1D8Y A; 1ZQD A; 3D2S A; 4O0I A; 4ED2 A; 4QZ8 A; 4DSE A; 2F44 A; 2AJQ A; 1HEK A; 5KT6 A; 3TFS A; 1NNL A; 4RQ7 A; 3TI0 A; 4RUA A; 4NLZ A; 4O3M A; 7ICP A; 1AQ6 A; 3J81 j; 3C29 A; 1J97 A; 1F5S A; 3H0L B; 3M1Y A; 3QUB A; 1XO1 A; 4QIW F; 5T14 A; 2W8K A; 1WCL A; 9ICU A; 2UVW A; 4Y2Q A; 4IC9 A; 3V6J A; 5H2F U; 2KFN A; 5AKG A; 2Y1I A; 3H8J A; 2JGA A; 4F50 A; 2Y1J A; 2H3Q A; 2ZG6 A; 5AKY A; 1SKR A; 2KN7 A; 4BWJ A; 3NVZ A; 1TK8 A; 5EE0 A; 1RPL A; 1PVP A; 3K75 D; 2ASJ A; 1SIJ A; 1TV9 A; 5ALR A; 3H4D A; 9ICV A; 4MEY A; 4ECZ A; 4DQR A; 4QIW C; 5ALZ A; 3OHA A; 2YB4 A; 8ICW A; 2KVS A; 3WKE A; 4OD0 A; 2KV2 A; 8ICT A; 4UAW A; 4Z6E A; 3V72 A; 4CF5 A; 3CRX A; 2XID A; 1N2X A; 1IM4 A; 2JMG A; 4UQG A; 2HHT A; 2JEF A; 2KTQ A; 5AI5 A; 2UVV A; 3DDH A; 5TZV A; 4DFP A; 1WUD A; 8ICI A; 2WF8 A; 2HMX A; 4XA5 A; 4Y2J A; 4F91 B; 3OTQ A; 3KHR A; 3V7L A; 2E1E A; 2FMP A; 3EPI A; 3ALR A; 1RZT A; 5KG2 A; 3GII A; 1COK A; 2EZZ A; 2VAN A; 2G08 A; 4CRX A; 5ALK A; 3TAN A; 2RQ5 A; 2NRW A; 1Z3E B; 4DWI A; 4C8L A; 4DSJ A; 3SV3 A; 2A1A A; 4ELV A; 4PHE A; 3Q8M A; 1GO3 F; 4ECU A; 2XC9 A; 4B9V A; 2GH1 A; 1YZ6 A; 2WHE A; 2UVU A; 5AM5 A; 7ICS A; 2HHW A; 1UA1 A; 3AMZ A; 3BQ2 A; 2WB1 F; 1OUQ A; 4U7C A; 3JPN A; 2XO7 A; 1WWV A; 8ICB A; 1F0M A; 2K8C B; 4KX5 A; 3ZD8 A; 3KBB A; 3HIL A; 4UB3 A; 4Y2S A; 3TAR A; 5KFX A; 5DKW A; 1ZD2 P; 4I2E A; 3BQ1 A; 2ZJ8 A; 5DG8 A; 2YMP A; 1NKB A; 2QAR A; 4UBC A; 5CR0 A; 4QWE A; 2KKP A; 7ICG A; 4DQI A; 5AM1 A; 4MHV A; 2EZX A; 3AN1 A; 1NJX A; 3SR6 A; 7ICE A; 4IL6 U; 3M8R A; 2WB1 C; 2WAQ F; 4MFC A; 5EOZ A; 4ECY A; 5CEH A; 1T94 A; 5ALJ A; 1Q46 A; 2DPI A; 8ICO A; 1FFU A; 5ALS A; 2Q4T A; 2XI9 A; 3F2D A; 3ZDB A; 1N5X A; 4M6W A; 3QU7 A; 3ORY A; 1DGS A; 3CYM A; 4RQ2 A; 3M6Z A; 1T7P A; 9ICO A; 4UAT A; 4TUP A; 5G5G A; 2YML A; 4PHD A; 5DQG A; 2G06 A; 5L1J A; 2BR0 A; 4NY8 A; 2MUT A; 3SV4 A; 4IR1 A; 3ICX A; 3OJS A; 2Y9U A; 5DQI A; 2PI4 A; 1JAL A; 4K4I A; 2RDI A; 1OXJ A; 5KT2 A; 3BS5 A; 3LVW A; 2YMM A; 4F4X A; 3IN5 A; 3Q8P B; 2BHN A; 5ALL A; 2B21 A; 1KSP A; 1L7O A; 2ZIU A; 2LPE A; 4ED0 A; 1XS9 D; 1LV5 A; 3QU4 A; 1LVH A; 4C8K A; 9ICW A; 1T3Q A; 4XRH A; 5J0S A; 3M9N B; 4YMN A; 5KFO A; 4MF2 A; 2A1J B; 2W9B A; 5AKX A; 4DO9 A; 1ZD5 A; 3OHB A; 2YN4 A; 5KL8 B; 2HI0 A; 2BPG A; 3TAP A; 4B9M A; 2PI5 A; 3UMG A; 3KOO A; 5AKJ A; 1ZQP A; 2IHM A; 4RQ8 A; 1SV4 A; 4FE3 A; 4UB5 A; 2KG5 A; 2NRZ A; 2K60 A; 1ZQ1 C; 5D46 A; 3EUB 2; 3MR5 A; 3Q8R B; 8ICE A; 5KFC A; 1A6S A; 5HNK A; 2KIW A; 2OH2 A; 1UQV A; 2KZZ A; 1S0M A; 1D9D A; 3AM9 A; 2JXJ A; 2AU0 A; 3GIM A; 4EEK A; 2HBL A; 4KLI A; 1CRX A; 4TQS A; 5AKI A; 3LWL A; 2FLN A; 2KK0 A; 2W3R A; 2FDR A; 9ICN A; 4QNL A; 4WJ3 B; 5C5J A; 2OYY A; 1CEZ A; 2F1I A; 3C2M A; 4Q8E A; 5J0R A; 3WK7 A; 3WK4 A; 1HUZ A; 2BCQ A; 1SWV A; 5KFF A; 4IRK A; 2GLE A; 5GTI U; 3AUO A; 7ICT A; 2PKE A; 2D3D A; 4KLG A; 1QH9 A; 4KLS A; 5JTI A; 2E5S A; 3E0F A; 3JPO A; 3T5J A; 3LWM A; 1ZET A; 3TAC B; 4I2I A; 3PX0 A; 4J9O A; 3PY8 A; 3HT3 A; 1ZQT A; 2B6G A; 4QJF B; 1ZQN A; 1L3S A; 5FP0 A; 3HP6 A; 5KT3 A; 1BPZ A; 4ECT A; 2Y0S C; 4O5K A; 4RUC A; 5KFA A; 4QZB A; 1ZQZ A; 1D8L A; 4LZD A; 1PVR A; 5CB1 A; 1KFD A; 3GQC A; 3SAF A; 4Q8F A; 4BUG A; 2IMW P; 9ICM A; 2BDU A; 2C2E A; 4F92 B; 3WU2 U; 5EWF A; 3PZP A; 4P0P B; 4JB3 A; 3UM9 A; 4TQR A; 4J9L A; 4B9N A; 4ZH4 A; 4DSK A; 4LZG A; 4QZC A; 3F53 A; 2XIC A; 2H3F A; 4DEZ A; 3KKA A; 2EH9 A; 5HHI A; 2CRX A; 4DLG A; 2K4P A; 7ICK A; 1ZQH A; 3MDC A; 2HW3 A; 1QQ6 A; 1U47 A; 1U48 A; 1ZOL A; 3CNH A; 1SB3 C; 2RLT A; 3LYS A; 2G0A A; 1QSS A; 1S5L U; 2FMQ A; 5KFE A; 1NZP A; 2D6F C; 1YZ7 A; 1ZQM A; 4QZA A; 3ETL A; 4FS1 A; 2FI1 A; 2ATL A; 3VCB A; 1XU4 A; 3KKA C; 4FO6 A; 1BGX T; 2ZIV A; 3RF9 A; 2DFL A; 8ICA A; 2A3V A; 2HHQ A; 1A76 A; 2NO4 A; 3ETR A; 1H38 A; 1SWW A; 2OM6 A; 2W9C B; 2C2R A; 2HOQ A; 1U45 A; 1MSW D; 2K4E A; 3OSP A; 4QZD A; 1UPH A; 7ICN A; 3HW8 A; 4YG2 A; 1FEZ A; 8ICJ A; 4QZE A; 4EZ9 A; 3M9O B; 4EX6 A; 2L5Y A; 1TK0 A; 4DSF A; 2EAM A; 4B9T A; 4US9 A; 3MC1 A; 4I2A A; 1T4G A; 2QB0 A; 3Q8Q B; 2XY7 A; 4Q45 A; 3CW2 C; 4J9P A; 4KN4 A; 1KQQ A; 5AI9 A; 2BGW A; 2DPJ A; 3QUC A; 2W43 A; 1WWU A; 5EE9 A; 1UHU A; 4BX9 C; 3M6K A; 3MGV A; 1IIP A; 4QWB A; 4TUQ A; 4M9L A; 3AL0 B; 1ZQF A; 4DL5 A; 1ARO P; 1QQ5 A; 1X42 A; 2JHD A; 4PZO A; 3UMB A; 5ALH A; 5AKL A; 1T3N A; 1BPE A; 4CF4 A; 5AI0 A; 1RXV A; 5J2I A; 1KW4 A; 5DLF A; 2EAO A; 4M9N A; 4UB4 A; 1XC9 A; 1BPX A; 4JK1 A; 1L7M A; 2EQY A; 4J9S A; 2HHV A; 4RZR A; 2CN1 A; 3M9M B; 2XY6 A; 3JPS A; 1UT8 A; 2YTU A; 5G5H A; 1L3U A; 4Z6C A; 4IRC A; 3SEI A; 4PPX A; 5AM2 A; 1RYS A; 4EEY A; 4F5Q A; 1NZB A; 1U4B A; 4OCZ A; 1ZRM A; 4DQS A; 3V6K A; 1HIW A; 3IV6 A; 2BCS A; 5KFY A; 1X6J A; 4BXO B; 3T3F A; 4DOB A; 4RPZ A; 4RNN A; 5KFZ A; 2IHN A; 1XSN A; 2HHS A; 1RYU A; 3NVY A; 2NRX A; 4DL6 A; 2LM1 A; 4B9U A; 2W03 A; 1ZQO A; 3SAG A; 5J2B A; 3QXG A; 2XGP A; 2NRV A; 1C20 A; 4U6P A; 4J03 A; 3V7K A; 2HHX A; 1CI4 A; 2OHF A; 1OW5 A; 2PFN A; 4ECW A; 5ALV A; 5J2D A; 8ICV A; 1ZD4 A; 2ZXH A; 5KFJ A; 4DFK A; 1KEJ A; 1JUD A; 5KFL A; 4KLH A; 4PGY A; 1X6I A; 1TE2 A; 2ZIW A; 3G6X A; 3RFA A; 1ED1 A; 1Z1V A; 4PGQ A; 4YP3 A; 4GXK A; 1ZQY A; 4YXJ A; 4P0Q A; 4PL2 A; 3KHH A; 1EXN A; 2JR5 A; 3GFK B; 4DLE A; 2F1H A; 5KFM A; 2LHT A; 4UB1 A; 3SAH A; 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2J6S A; 3V7J A; 2H3V A; 2AGO A; 5E79 U; 2AHO B; 4FS2 A; 4O5C A; 1TVA A; 5KAI U; 4OJ5 A; 3KHL A; 4E0D A; 3PMN A; 5DB8 A; 5J0U A; 4BDP A; 3GV8 B; 4KLT A; 4R64 A; 4PJ0 U; 3UXO A; 3IP4 B; 4QZF A; 5KFI A; 2XCP A; 3H8M A; 1NKC A; 3PO4 A; 3ONN A; 3PO5 A; 2JV3 A; 2ODG A; 4C80 A; 1SGG A; 3OSN A; 4F71 A; 5AKE A; 3NVV A; 5KFK A; 2J6T A; 7ICF A; 5KL1 B; 2HVI A; 4QZ9 A; 2WF7 A; 1RDF A; 5AK6 A; 5J2C A; 3MR6 A; 2I6X A; 4CF3 A; 1T8E A; 4A8E A; 4UAU A; 5KFR A; 2RHF A; 5KAF U; 5CWR A; 5L1K A; 3C1Y A; 4NM1 A; 3PR5 B; 4C4R A; 3JPR A; 3RH5 A; 1L5U A; 4NLC A; 2YB1 A; 2MU2 A; 2VJ4 A; 5ALG A; 5DBA A; 1N61 A; 3TAD A; 5CRX A; 2XGQ A; 2NYV A; 2WAQ C; 1N60 A; 1F44 A; 4ZOH C; 1KTQ A; 2DBY A; 1TK5 A; 2ESE A; 3ZD9 A; 1K1S A; 4KLQ A; 4BGD A; 9ICG A; 4MFA A; 3WKA A; 2XVT A; 1ZQC A; 3K1Z A; 5J2H A; 5IIM A; 4KLO A; 1V97 A; 1JXE A; 1IXR A; 4UB2 A; 4UW9 A; 4I28 A; 3RJH A; 2ZIW B; 4M9J A; 3N7S C; 5HR7 A; 2LBO A; 3GIJ A; 4I2J A; 5CHG A; 2R8G A; 4DOC A; 3JPQ A; 4R66 A; 3QYP A; 5IIK A; 2IBK A; 3E58 A; 1A77 A; 2JEI A; 4OJ6 A; 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