The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
114
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structure length |
114
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Chain Sequence |
GEKITKVYELGNEPERKLWVDRYLTFMEERGSPVSSLPAVGKKPLDLFRLYVCVKEIGGLAQVNKNKKWRELATNLNVGTSSSAASSLKKQYIQYLFAFECKIERGEEPPPEVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Crystal structure of the hBAF250b AT-rich interaction domain (ARID)
rcsb |
| molecule keywords |
BAF250b subunit
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| total genus |
35
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| structure length |
114
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| sequence length |
114
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-07-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KQQ A; 2CXY A; 4LJX A; 2EQY A; 2LM1 A; 1KKX A; 2KK0 A; 1C20 A; 2LI6 A; 2JXJ A; 1KN5 A; 1IG6 A; 5CEH A; 2RQ5 A; 2EH9 A; 2JRZ A; 2OEH A; 5K4L A; 1RYU A; 2YQE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4UQG A; 4M6W B; 9ICJ A; 2BCQ A; 3Q8M A; 3V72 A; 1ZD4 A; 4OJ6 A; 2M0N A; 4BDP A; 3BQ2 A; 1K1S A; 2DKZ A; 1Q46 A; 3PW5 A; 1HEK A; 5KFN A; 9ICF A; 4P0Q B; 3AM9 A; 4KX3 A; 3ZDE A; 3GII A; 2BKE A; 2ES6 A; 2ZIW B; 5J8Y A; 1SGG A; 1KKX A; 2AHO B; 2KJ8 A; 1ZQW A; 2JH1 A; 1KN5 A; 4DL4 A; 2XY6 A; 4F4K A; 4NLK A; 1H38 A; 1YZ7 A; 4DEZ A; 2XIC A; 2RQ5 A; 2BPC A; 5KT6 A; 2YTU A; 2W04 A; 3DV9 A; 3QX7 A; 1SV0 C; 1B43 A; 4F5P A; 3MBY A; 1U48 A; 3PSP A; 2JEI A; 1QQ7 A; 1TE2 A; 4E0D A; 1CEZ A; 3AL0 B; 2BCR A; 5DLG A; 1D8B A; 5ALF A; 1S0N A; 9ICN A; 3AQE A; 4ELU A; 1Z1V A; 1ZQS A; 1A76 A; 2Y0S F; 1A6S A; 5JTI A; 9ICK A; 4I2H A; 1L6N A; 2KG5 A; 2RHF A; 3WKA A; 2QLT A; 3N7S C; 5IIO A; 3QZ7 A; 1ZQX A; 2JGA A; 3G6Y A; 2EZZ A; 5AKH A; 5KG1 A; 5KFD A; 4RPY A; 5J2A A; 1KL9 A; 1IXR A; 3G6V A; 2OCE A; 3WU2 U; 1SV0 A; 2ZIU B; 4YN4 A; 5ALT A; 2G07 A; 4FE3 A; 4EZ6 A; 1K5O A; 2EQY A; 1T4G A; 5KAI U; 2LM1 A; 2IMW P; 2F44 A; 2G0A A; 3RR7 A; 1A0P A; 8ICG A; 3WKE A; 1RZT A; 3TQ1 A; 2BDU A; 3QUQ A; 3B0Y A; 4CF5 A; 1RYS A; 7ICT A; 3GIK A; 3AMZ A; 4JUZ A; 9ICV A; 9ICL A; 1D8Y A; 2CRX A; 4K4H A; 5KFO A; 7ICJ A; 5ALJ A; 1UCV A; 1X9X A; 1N56 A; 3SD7 A; 2KKP A; 1CUK A; 1T94 A; 4M04 A; 2KIC A; 2OHF A; 3MFI A; 5ALD A; 2OM6 A; 4KMU A; 3VC8 A; 5KT2 A; 2XY5 A; 1X6J A; 4RT3 A; 3PZP A; 4B9V A; 1SKS A; 2K4E A; 2JR5 A; 1N5W A; 1RQN A; 5AHX A; 5L1I A; 1QSY A; 5KNI A; 4RT2 A; 4GLX A; 1X66 A; 2FPL A; 1NJX A; 3BS5 A; 9ICT A; 2YMM A; 4P4O A; 2DFL A; 2Y1J A; 3ZD8 A; 1QLN A; 4X5V A; 2IHM A; 4DSJ A; 1UT8 A; 4O3M A; 4EEL A; 5BOM A; 5CRX A; 8ICU A; 3MGV A; 9ICH A; 1XSL A; 2E5S A; 2LMR A; 4J9N A; 4OJL A; 4EEN A; 2BCS A; 1KSP A; 2WAQ F; 3N4M B; 5KFL A; 4F5R A; 9ICC A; 2EAP A; 2F2A B; 3I1Y A; 1AQ6 A; 5GTI U; 4MEX A; 4Y2J A; 1PVP A; 2K4P A; 5KG7 A; 1V97 A; 3GIL A; 7ICL A; 4DSI A; 3ICX A; 4C4S A; 1LV5 A; 1PVQ A; 3EYZ A; 5KG4 A; 4RQ1 A; 5DDY A; 3GV5 B; 2KIW A; 1QSL A; 3GFK B; 4QWE A; 4DQS A; 4OJO A; 2IHN A; 8ICA A; 2Q4T A; 3SEI A; 4MHV A; 4OO1 J; 1LVH A; 3JPT A; 5AM0 A; 3D2Q A; 3RR8 A; 4RQ5 A; 4ZOH C; 2WTF A; 1ZQK A; 1U9L A; 1TAQ A; 4C8M A; 4RNN A; 3VCB A; 1TK0 A; 4YG2 A; 4DLG A; 5TZV A; 1SWW A; 4RQ4 A; 2QB0 A; 3IV6 A; 4GIB A; 4M2Y A; 3N7R C; 2PFQ A; 2RDI A; 4ECY A; 3MR3 A; 1JUD A; 4Z6D A; 5IIN A; 5KFX A; 1ZQO A; 1J2N A; 1VJ5 A; 3BQ0 A; 3AU6 A; 3IRU A; 8ICZ A; 4CNQ A; 5T14 A; 4ED2 A; 2FPK A; 5J2G A; 4B9M A; 2E1E A; 4P4P A; 4BGD A; 8ICQ A; 2H3I A; 2XC9 A; 1ZQR A; 1ZQF A; 2E3T A; 1OXJ A; 4P0Q A; 3HKZ F; 1SL2 A; 2NV3 A; 4CF4 A; 2NRX A; 3PNC A; 5J2C A; 4JWM A; 1KDH A; 2KZ3 A; 4YR2 A; 2CPR A; 4G3I A; 5ALK A; 2BPF A; 4US9 A; 2MUT A; 1S0M A; 2K89 A; 4RQ2 A; 5J0O A; 1ED1 A; 1Z4N A; 2HHV A; 3MGI A; 3U26 A; 3KTQ A; 2L5Y A; 1B4F A; 4TQR A; 2V4R A; 4UAW A; 4F2R A; 1PZN A; 1HIW A; 2C2E A; 2EZX A; 4QZD A; 8ICC A; 4F50 A; 5EOZ A; 4KTQ A; 2YQE A; 4DSL A; 2YMP A; 1KRP A; 2LHT A; 2H3F A; 2HBK A; 1CI4 A; 4F72 A; 3Q8R B; 1QQ5 A; 4MF8 A; 4YXJ A; 4UB3 A; 2ZXI A; 2BPG A; 4IR1 A; 4YMM A; 2RLT A; 2YML A; 3AQF A; 5F9L A; 5J0X A; 2ZJ5 A; 1ARO P; 5C5J A; 3ISC A; 3DDH A; 5HHI A; 4QWA A; 3WKD A; 4QZH A; 3H4B A; 5J2D A; 1JX4 A; 2HVH A; 3QUC A; 1L3S A; 2I9G A; 5KT7 A; 3TKA A; 4F2S A; 1ZJN A; 2XI9 A; 4UB6 U; 3SAF A; 3T5L A; 1PVR A; 2ZTE A; 3M9M B; 5DG9 A; 4RQ0 A; 5AK6 A; 5B66 U; 1O08 A; 5ALN A; 4C0Z A; 4B9L A; 5DB6 A; 2BR0 A; 5C0Y A; 4B6J A; 2F3N A; 4UAZ A; 4AYB C; 5KFK A; 4UB2 A; 2AJQ A; 2PMZ F; 3NTU A; 5KT4 A; 4KLO A; 2HHT A; 5EWE A; 4Q8E A; 1KQQ A; 3M9N B; 4KLI A; 4YD1 A; 3PML A; 1KTQ A; 3CNH A; 3PR4 A; 3MC1 A; 5JUM A; 4YR0 A; 2OH2 A; 4QW9 A; 3V6H A; 4RPX A; 2F8K A; 4CCH A; 3IG5 A; 3FM9 A; 4Y2V A; 3M1Y A; 2HW3 A; 1ZXI A; 2PFP A; 2LYB A; 3ORY A; 4PZN A; 4XQ8 A; 5L1L A; 1UQV A; 4DF4 A; 5AM5 A; 4YP3 A; 3J81 j; 5EWF A; 1ZQJ A; 4TUS A; 8ICL A; 2VAN A; 2PXI A; 2E1F A; 2E8O A; 2HBL A; 8ICJ A; 3UPQ A; 2LPE A; 5ALM A; 2UVR A; 3L4P A; 4F4X A; 3RJK A; 3RJI A; 1NK0 A; 4KLH A; 2GO7 A; 4KLG A; 4ED8 A; 4OJP A; 4JB3 A; 4TUR A; 1S0V A; 4NY8 A; 4F4Y A; 1XO1 A; 3BQ1 A; 1ZQT A; 3C28 A; 4NM1 A; 2ESE A; 1SB3 C; 4J03 A; 4GC6 A; 4C4T A; 2R8J A; 2HCF A; 1IIP A; 5AK3 A; 5DQI A; 1RG6 A; 1ZQE A; 7ICV A; 2ZUC A; 1TK5 A; 5DQH A; 4J9S A; 4QZ9 A; 3HT3 A; 3WK4 A; 5DQG A; 4IRK A; 1WG8 A; 1MQ3 A; 1SL0 A; 3RH6 A; 2WF6 A; 1SL1 A; 4Z6F A; 4KLT A; 2WF7 A; 2ZJ8 A; 1NK4 A; 3NGD A; 3NRW A; 4UAT A; 3RRH A; 3GV7 B; 2PI4 A; 4P2H A; 2W9M A; 3E0F A; 2E8P A; 2K8A A; 5KFS A; 5KAF U; 9ICU A; 5DB9 A; 2DL0 A; 1S5L U; 4C8K A; 1JIH A; 2QAR B; 1Z00 B; 1K1Q A; 4ED7 A; 4XRH A; 4O3S A; 1IV8 A; 1ZD3 A; 3PSF A; 5HML A; 1SZP A; 3NVW A; 2WF9 A; 5AIC A; 4KLM A; 1DGJ A; 5DKW A; 3NAS A; 4J9M A; 2DPI A; 4QZE A; 1XWL A; 1FEZ A; 2FDR A; 4QWD A; 4NWI A; 1X9M A; 2KHV A; 2W11 A; 5G5G A; 2XID A; 2EAO A; 4UBC A; 2JHD A; 4BWM A; 5L1K A; 2VJ4 A; 5AM1 A; 8ICI A; 4J9P A; 3T5H A; 2A3V A; 3JPO A; 5ALW A; 3SAG A; 3M8S A; 2FMQ A; 4F92 B; 1PK1 B; 2ZIV B; 9ICX A; 1FIQ A; 5AKG A; 5TIS U; 2KJ9 A; 2HHS A; 4R8U B; 3IG8 A; 3V7L A; 3LYS A; 2NYV A; 4F93 B; 2BHN A; 2KNJ A; 3KZI U; 4QZF A; 1X2I A; 2MRL A; 1LKY B; 1NJZ A; 2C2R A; 2WHE A; 3E58 A; 4PGQ A; 1U4B A; 3H0L B; 1C7Y A; 2ZXH A; 1BGX T; 3OTQ A; 4DL3 A; 4DWI A; 3PO4 A; 1SKW A; 2A1J A; 1T3N A; 3RFA A; 2GWS A; 1X9W A; 3V6J A; 2W43 A; 1ZET A; 1BPZ A; 3UQ0 A; 4YMO A; 3ZD9 A; 2IOF K; 1ZRM A; 4QWB A; 2CN1 A; 5J2E A; 3QE9 Y; 2WF5 A; 5KFC A; 4TQS A; 3ONN A; 4RQN A; 1BPB A; 3RRG A; 5GTH U; 3HPO A; 3UQ2 A; 2YX8 A; 2R8I A; 3H8W A; 2IBK A; 2R18 A; 1ZRN A; 1YZ6 A; 3OHB A; 4IQT A; 9ICQ A; 4RNO A; 5J0W A; 3PW2 A; 1Z1B A; 3SI8 A; 1UA0 A; 3C23 A; 1P7D A; 2FI1 A; 3TAD C; 1JAL A; 1TK8 A; 1JXL A; 3M7D A; 7ICU A; 4F91 B; 4EYI B; 4QZC A; 4UB5 A; 3BQ7 A; 1BPY A; 4NXZ A; 4NLN A; 4Y2Q A; 3F2D A; 5KL1 B; 3Q8P B; 3H40 A; 4LJX A; 4LZD A; 5KTQ A; 4EX7 A; 7ICN A; 3I28 A; 4AP9 A; 2BCU A; 4I2D A; 4JV1 A; 4RQM A; 4FBU A; 1RQL A; 5KFI A; 3NVV A; 5J2F A; 3QYP A; 4R66 A; 1XNS A; 5HR7 A; 9ICP A; 4B9U A; 4QIW F; 4MFA A; 1ZJM A; 4KLU A; 3FDS A; 2W9C A; 2F1I A; 3GZF A; 3EWA A; 2FMP A; 4KMO B; 5DBA A; 3H8S A; 4HYK A; 1BPD A; 4O5C A; 2DWQ A; 4LZG A; 1B0X A; 3OSP A; 5AM4 A; 3C5F A; 2JRZ A; 4JV2 A; 9ICM A; 3TAD A; 1S76 D; 4DFK A; 1RM6 C; 5AKL A; 1CRX A; 1ZQQ A; 4Y2T A; 4EZ9 A; 2E8M A; 5AK5 A; 5HP4 A; 4ICA A; 4QZ8 A; 4M9L A; 9ICW A; 4US8 A; 3V6K A; 1GO3 F; 4F71 A; 5ALR A; 3ZDA A; 3TI0 A; 3G6X A; 1UA1 A; 4BWJ A; 4I2I A; 3RB0 A; 4KN7 A; 4EBE A; 3MFH A; 2DGZ A; 2LM4 A; 1N5X A; 4PL1 A; 4NLB A; 5AKE A; 2BQ3 A; 2VKQ A; 3PW4 A; 2HOQ A; 1NJY A; 4TUP A; 4CRX A; 3NUQ A; 3GU3 A; 2KVS A; 7ICH A; 4DSE A; 3TFS A; 2I1Q A; 4UAR A; 1Q3V A; 2WFA A; 5AK4 A; 5BOL A; 4NLG A; 3ISD A; 3H4D A; 2LYA A; 4K4I A; 3A0H U; 5AKK A; 3LWL A; 3OJS A; 4I2G A; 4XA5 A; 1SV4 A; 1A77 A; 2Y0S C; 4UB8 U; 4DS4 A; 5CP2 A; 2JEF A; 2Y9T A; 4DOB A; 2K8B B; 3H8J A; 1XS9 D; 4QJF B; 2JEJ A; 2QAR A; 1Z00 A; 4GFJ A; 4RUC A; 3QZ8 A; 3LVW A; 1JI7 A; 9ICE A; 1FFU A; 3RJE A; 2K8C B; 1DGS A; 5J2K A; 4GXJ A; 2ZJA A; 5EE3 A; 1ZQP A; 4EX6 A; 2ZG6 A; 1C20 A; 4YMN A; 2ASJ A; 5KG2 A; 7ICR A; 1BNO A; 2K4H A; 3TFR A; 4M6W A; 3V7J A; 2W7P A; 2VIX A; 2EH9 A; 4OCZ A; 4IQU A; 4DFP A; 4B9T A; 3GDX A; 3M8R A; 4BXO B; 4FZM A; 5EWG A; 4R65 A; 2ZTD A; 3TAR A; 5DB8 A; 4Y2Y A; 1PK1 A; 2ZIV A; 5KG5 A; 1FO4 A; 2FLP A; 1L3T A; 3QXG A; 3D2N A; 3PMN A; 2LI6 A; 2P6U A; 4O3O A; 3HIL A; 2ASL A; 3I76 A; 3T5K A; 5ALY A; 1ZQU A; 5KFU A; 1V9P A; 2ZIW A; 3QUT A; 5K4L A; 5DB7 A; 4PHD A; 4IL6 U; 1LKY A; 2OXO A; 3S6J A; 3F5A A; 3AEV A; 1Z3E B; 1DK2 A; 2YN4 A; 1D9D A; 2UVU A; 2C28 A; 3QEA Z; 5L1J A; 3KOO A; 4ED1 A; 5KFT A; 1WYG A; 4DL7 A; 2EZY A; 4GC7 A; 3SV4 A; 1VLB A; 3AUO A; 3CP8 A; 1D9F A; 5DLF A; 5KFG A; 2WAQ C; 4P0P B; 4ACO A; 2KK0 A; 4I2C A; 3UXO A; 1EXN A; 1J97 A; 3RH5 A; 5G5H A; 8ICH A; 2JV3 A; 5ALL A; 2BZF A; 2UVW A; 3DEE A; 1ZQ1 C; 2V4Q A; 4Y2U A; 1SKR A; 1JMS A; 4PGX A; 3BQT A; 1MQ2 A; 2WB1 F; 5AM2 A; 3JPR A; 5AKJ A; 5KG0 A; 3C5G A; 4Q44 A; 5AI5 A; 5ALI A; 3C2L A; 2ZIU A; 1V85 A; 4RPZ A; 1HUZ A; 1NZP A; 4LVS A; 2HHU A; 2JZB B; 4DQP A; 3BDP A; 1ZQN A; 4PL2 A; 2P66 A; 5ALG A; 2H3V A; 5J0T A; 3EPI A; 1Q3U A; 5F3X B; 1DRG A; 1ZD5 A; 3ALR A; 1UT5 A; 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3M6K A; 2KD1 A; 2LBO A; 4F5O A; 4FS2 A; 3ETR A; 1KFD A; 5B5E U; 4DL5 A; 2KJ5 A; 3HP6 A; 4DS5 A; 4RUA A; 2YB1 A; 5KFE A; 7ICE A; 9ICS A; 2R8G A; 1S9F A; 3PST A; 1ECW A; 4YR3 A; 4JV0 A; 3TAN A; 2KFN A; 3ZI4 A; 2AU0 A; 2B6G A; 1JN3 A; 4RNM A; 9ICI A; 3RH4 A; 2D6F C; 4O3Q A; 3QU9 A; 2W9B B; 2PMZ C; 2CXY A; 2NO5 A; 1L8O A; 3C1Z A; 5KG6 A; 2XCA A; 3LDA A; 3E2E A; 3PVX A; 5A0L A; 2E8N A; 3WKC A; 4GXK A; 2NRW A; 5EE1 A; 5AM3 A; 5AIA A; 4NJ8 A; 2B0C A; 4DSF A; 1ZQV A; 2C2D A; 3C2M A; 4Z6C A; 2O6K A; 3MR5 A; 2KV2 A; 4NV0 A; 1X40 A; 3UMC A; 3RTV A; 4UAV A; 4ELT A; 1QQ6 A; 1Q8K A; 3LWM A; 3HW8 A; 1PK3 A; 1PUZ A; 3FYH A; 2F8L A; 4C8N A; 3K4G A; 3ISB A; 2JMG A; 3Q8L A; 1U49 A; 3B9J A; 2QB0 B; 2IOF A; 5D46 A; 1RYR A; 1ZQH A; 3MGH A; 4Y2P A; 1KBU A; 4P0P A; 4ECS A; 2JH7 A; 2MAX A; 4UB1 A; 1NK6 A; 4YCX A; 4CDG A; 1XSN A; 3RAX A; 4ECR A; 3CW2 C; 4FFD A; 5CR0 A; 1NKB A; 3WKB A; 2KZZ A; 7ICO A; 5HMM A; 4MEY A; 2ZTC A; 9ICA A; 8ICW A; 5J0Q A; 2VJ5 A; 1QCK A; 1J2M A; 2EDU A; 3OJU A; 4YD2 A; 3RJG A; 5ALE A; 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