The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
97
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structure length |
97
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Chain Sequence |
GSSGSSGMLSARTMKEVVYWSPKKVADWLLENAMPEYCEPLEHFTGQDLINLTQEDFKKPPLYRVSSDNGQRLLDMIETLKMEHHMEAHKNSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the sam-domain of mouse phosphatidyl ceramidecholinephosphotransferase 1
rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
Phosphatidylcholine:ceramide cholinephosphotransferase 1
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| total genus |
11
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| structure length |
97
|
| sequence length |
97
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| ec nomenclature |
ec
2.7.8.27: Sphingomyelin synthase. |
| pdb deposition date | 2005-12-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Transcription Factor, Ets-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YTU A; 1X9X A; 2GLE A; 4MHV A; 2EAN A; 2K60 A; 2Y9U A; 1OW5 A; 1PK3 A; 2LMR A; 2QB1 A; 2D3D A; 1OXJ A; 4PZO A; 3H8M A; 2QKQ A; 4RQM A; 2ESE A; 4NJ8 A; 2KG5 A; 2KSO A; 1WWU A; 2E8N A; 2QB0 A; 1SV0 C; 4PZN A; 4IS7 A; 2F8K A; 1PK1 B; 2QAR A; 3HIL A; 4NL9 A; 2E8O A; 1B4F A; 2B6G A; 3KKA A; 2KMD A; 3TAD C; 5J8Y A; 1SV4 A; 3BS5 B; 1SXE A; 5JRT A; 1RG6 A; 2K4P A; 2L5Y A; 2KIV A; 5L1M A; 1V85 A; 3TAC B; 1LKY B; 1UCV A; 2EAO A; 2LPE A; 2FE9 A; 1V38 A; 1UQV A; 2DKZ A; 4RQN A; 5JU5 A; 5JTI A; 5F3X B; 2F44 A; 2F3N A; 2DKX A; 1KW4 A; 5J8Y C; 5KNI A; 2E8P A; 1WWV A; 2KE7 A; 2QAR B; 2DL0 A; 1DXS A; 1X40 A; 1SXD A; 1LKY A; 3BS7 A; 2ES6 A; 1Z1V A; 1PK1 A; 2D8C A; 4NL9 C; 3TAD A; 3IDW A; 1X66 A; 1JI7 A; 3KKA C; 3BQ7 A; 3SEI A; 2JV3 A; 2KSO B; 1B0X A; 2QB0 B; 2EAP A; 2EAM A; 3K1R B; 1F0M A; 1COK A; 2E8M A; 1SV0 A; 3SEN A; 3BS5 A; 2Y9T A; 1SGG A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JV1 A; 4ECU A; 3GIJ A; 4KLM A; 4B9T A; 4FBT A; 2EZY A; 3MR3 A; 1L3S A; 3ZDA A; 7ICJ A; 5ALP A; 2HVI A; 3C23 A; 1CEZ A; 3PSP A; 5KT7 A; 3NGD A; 2KZM A; 1TKD A; 2XC9 A; 4G3I A; 4DOB A; 2KSO A; 7ICE A; 4PZN A; 2W43 A; 1XS9 D; 1ZQM A; 1EXN A; 2QAR A; 5CHG A; 4PGQ A; 4Z6C A; 3QU2 A; 2W9C A; 5KG4 A; 2I5H A; 1NZB A; 1SL2 A; 5J0W A; 5L1I A; 2KTQ A; 1KKX A; 3QXG A; 4J9R A; 1QTM A; 9ICJ A; 4RT2 A; 3TAC B; 1UCV A; 5KL1 B; 2XCA A; 3CYM A; 8ICZ A; 2KZ3 A; 4TQR A; 2F1I A; 4F4Y A; 3SV4 A; 4ECT A; 1TK0 A; 4US9 A; 3PZP A; 2DKX A; 5ALU A; 4C8L A; 1JUD A; 4RPY A; 3ED5 A; 2B21 A; 4R8U A; 3Q8P B; 4QJF B; 1RXW A; 3ZDE A; 2BCV A; 2M0N A; 4ED8 A; 5CJ7 A; 2OWO A; 5DB8 A; 2HHQ A; 1O03 A; 2KN7 A; 3V6K A; 2JEG A; 4CGZ A; 1BPX A; 5ALY A; 4ECY A; 5KFU A; 5AKX A; 3PW2 A; 3U26 A; 4RQ2 A; 1F0M A; 2Y1I A; 2FLL A; 3K1R B; 3MAB A; 2ZXH A; 4C7Y A; 5ALK A; 4YD2 A; 4X5V A; 2GLE A; 1HJP A; 4FS1 A; 4I27 A; 4AYB F; 4ED2 A; 4MFC A; 8ICU A; 4DSI A; 3HKZ C; 2DWQ A; 2QB1 A; 5ALT A; 4UAR A; 1OXJ A; 4C8O A; 1ZQO A; 4BWJ A; 1ZQ1 C; 1QQ6 A; 2HBK A; 2KNJ A; 3FAH A; 3PW4 A; 2BCU A; 5ALR A; 2KG5 A; 3M9O B; 5DQH A; 2ZUB A; 2ZG6 A; 4I2B A; 8ICB A; 3Q8M A; 1BPB A; 5KL8 B; 2G06 A; 2J6S A; 2R8G A; 1COO A; 1SV4 A; 2C28 A; 3PSI A; 1NK4 A; 4MEX A; 5KG2 A; 3BQ0 A; 3HT3 A; 5AI8 A; 2DGZ A; 1NJW A; 2F77 X; 4PPX A; 1NK7 A; 5KFM A; 2JEF A; 4I2I A; 3PX0 A; 5EWG A; 3RH5 A; 4EYI B; 1Z00 B; 5HHI A; 4F50 A; 4J9O A; 5DLF A; 5DB7 A; 1A0P A; 4IL6 U; 1Q3V A; 1L3U A; 1QQ5 A; 4F71 A; 1ZQF A; 5KFL A; 2LYB A; 2RP5 A; 4YR2 A; 4PJ0 U; 3QU5 A; 4NLB A; 5KFF A; 1KFS A; 4DF8 A; 3MR2 A; 9ICA A; 4DL5 A; 1A76 A; 3KZX A; 2ZXI A; 2PI4 A; 4PGY A; 1ZQH A; 1X6I A; 2ISO A; 1XO0 A; 2JH7 A; 2JEJ A; 4LZD A; 5AKZ A; 3ETL A; 9ICV A; 2EAM A; 8ICW A; 3D2Q A; 4C4T A; 3RH4 A; 2GOL A; 4OD0 A; 2BCR A; 1KN5 A; 9ICK A; 5G5G A; 3UMC A; 2W11 A; 4CF4 A; 3WKB A; 4FO6 A; 4CNQ A; 4JB3 A; 3M8S A; 2MRL A; 2WF5 A; 2F1H A; 5ALM A; 3UMB A; 2ZIX A; 1ZQU A; 3IM1 A; 2F8L A; 9ICW A; 2MUT A; 3PVX A; 4Y2V A; 7ICQ A; 4C0Z A; 1AQ6 A; 4FFD A; 2KVS A; 2P66 A; 1T3Q A; 2ZTD A; 5D49 A; 2ZIU A; 1S76 D; 5ALO A; 5ALE A; 1B22 A; 2G5I B; 3N7P D; 2W9B A; 1N62 A; 4UB2 A; 4OO1 J; 4Y2R A; 3PX4 A; 4DS4 A; 2HSZ A; 3EZ5 A; 1JMS A; 2JR5 A; 3JPP A; 4TUQ A; 4B9U A; 2K8C B; 2HHX A; 3OSN A; 3C29 A; 2EAO A; 2ODG A; 4OJP A; 3V72 A; 8ICA A; 3UM9 A; 5EOZ A; 4DSL A; 1J97 A; 4YXM A; 4I2J A; 4K4H A; 2KKV A; 1ZQR A; 4QZE A; 2RDI A; 5AI0 A; 3EUB 2; 3ISC A; 4JV2 A; 7ICK A; 2V4R A; 1SWV A; 4DSF A; 3PW7 A; 4DL2 A; 3ORY A; 5AKH A; 3T5K A; 2NYV A; 1Z1B A; 3OJS A; 2BQU A; 2KSO B; 4EEK A; 3N28 A; 3RJH A; 5KTQ A; 2E8M A; 3M8R A; 2Q4T A; 1TAU A; 1QLN A; 1X9X A; 3HX0 A; 3R9K A; 2YX8 A; 4PHE A; 2KOB A; 3RRG A; 4RNM A; 5KFB A; 3PO5 A; 8ICO A; 2ATL A; 5ALH A; 2G07 A; 3WK7 A; 2JGA A; 2XGP A; 2H3F A; 4IRD A; 1TFR A; 3C5G A; 1QCK A; 4YXJ A; 4EEL A; 3FC4 A; 1T4G A; 5HHH A; 3MGI A; 2A1J B; 2XO7 A; 1TK8 A; 4DQQ A; 2NRV A; 1N61 A; 4XUS A; 3KKA A; 2V4Q A; 4QZI A; 2K4H A; 4O3Q A; 1HUZ A; 4MF2 A; 2Y0S F; 3GV8 B; 3M7D A; 2E1F A; 1U49 A; 4JMU A; 2I1Q A; 5ALN A; 1BPY A; 1S97 A; 2R8H A; 4J9M A; 1U4B A; 1V38 A; 4QZH A; 4FBU A; 4JK1 A; 2AGQ A; 3JPT A; 2K4I A; 4YCX A; 1LB2 B; 1LVH A; 3C21 A; 4WJ3 B; 2NRZ A; 2G5H B; 1L8L A; 2YMM A; 2W04 A; 3IP4 B; 4TUS A; 3PY8 A; 4EX6 A; 5TZV A; 4DLG A; 9ICC A; 3KBB A; 1PVP A; 4NV0 A; 5A0L A; 1S0O A; 4Y2S A; 3J81 j; 3BS7 A; 1IG6 A; 5AI9 A; 2ES6 A; 4UW9 A; 5BOL A; 3MDC A; 4F3O A; 1JAL A; 4F4Z A; 9ICP A; 4DF4 A; 1NI3 A; 2ALZ A; 3KKA C; 3BQ7 A; 4JWM A; 4C4R A; 3M9N B; 2LYH A; 3OSP A; 5J29 A; 4YD1 A; 2UVR A; 4RQ4 A; 2G0A A; 2NRX A; 3TAR A; 2K60 A; 4O3P A; 1OW5 A; 1HIW A; 3B9J A; 3H8M A; 5AI4 A; 5AK5 A; 4RQM A; 8ICP A; 1D8B A; 2NO4 A; 3AL0 B; 3QX7 A; 1VDV A; 5J0X A; 5T14 A; 3F2C A; 5ALF A; 2E8N A; 3Q8S B; 1SIJ A; 1ZD5 A; 3OPX A; 1D8L A; 3ZDD A; 1T94 A; 5ALV A; 4F93 B; 5J2K A; 5EWE A; 3QE9 Y; 8ICS A; 2KMD A; 3SQI A; 2O6K A; 4M47 A; 3IG8 A; 5III A; 8ICL A; 2BQ3 A; 2KIV A; 4EBD A; 3VCB A; 3PV8 A; 4CF5 A; 5HMM A; 4DFP A; 7ICO A; 3KFU F; 4MEY A; 1KLN A; 4I2C A; 3EW9 A; 4DWI A; 5KFJ A; 4ELU A; 4PL1 A; 2VKQ A; 4QWB A; 4O0I A; 2FI1 A; 3HKZ F; 3RR7 A; 4KLF A; 1C20 A; 4A8E A; 4ECX A; 4QZA A; 3HW8 A; 3FYH A; 2LKY A; 4KLQ A; 4PHA A; 5J2B A; 2AHO B; 8ICE A; 5ALZ A; 4YMM A; 5KFS A; 1X40 A; 3G6V A; 4B9M A; 8ICJ A; 2GH1 A; 9ICI A; 2KHQ A; 5EE9 A; 3BJY A; 2UVU A; 4LVS A; 1WYG A; 2ZUC A; 3ETR A; 3IG5 A; 5KFC A; 3IV6 A; 5J2E A; 3QUQ A; 2WHE A; 4IQW A; 1XNS A; 2MUT B; 1QH9 A; 2WAQ C; 3SEN A; 2W8K A; 2Y9T A; 1S0V A; 2R8K A; 4KN4 A; 5AKK A; 2P35 A; 3IHQ B; 2HBJ A; 5DBB A; 4DQI A; 1IM4 A; 1DGJ A; 2XI9 A; 4O3S A; 2NRT A; 3H4B A; 2KJ9 A; 1DRG A; 2KV2 A; 5DB9 A; 2D3D A; 1X6J A; 2YB4 A; 3H8S A; 1KTQ A; 1X9M A; 3QUC A; 5DG9 A; 2XCP A; 3CNH A; 3TAN A; 2BDP A; 4NJ8 A; 2JH1 A; 1N48 A; 1SV0 C; 4M6W B; 1FIQ A; 5AKE A; 4IS7 A; 3JPS A; 2FMS A; 5J2F A; 4C8M A; 3RBD A; 3EYZ A; 4KN7 A; 3PST A; 1K1Q A; 9ICN A; 5DBA A; 4BX9 C; 3WKC A; 4I2E A; 1PZN A; 3I28 A; 3EPG A; 3AUO A; 1DK2 A; 4US8 A; 1RPL A; 2P6U A; 1RYS A; 5DGB A; 5IIK A; 1UQV A; 3H0L B; 3PSF A; 2JMG A; 3HRD D; 4QWC A; 3SYZ A; 3G6Y A; 1T8E A; 1ARO P; 2VJ5 A; 3Q8K A; 4Y2P A; 2KP7 A; 4U7C A; 4Y2X A; 1K1S A; 3H0R B; 3GFK B; 1J2M A; 5DQG A; 4F2R A; 3NUQ A; 2FLP A; 1SL1 A; 3RB0 A; 2UVW A; 2HOI A; 5KG6 A; 3SR6 A; 2A1J A; 3TKA A; 1YZ7 A; 2PFO A; 3K75 D; 3THV A; 4BGD A; 3G6X A; 2BDU A; 1L3T A; 1KRP A; 3V7L A; 2GWS A; 8ICM A; 5KFG A; 1MA7 A; 4UAS A; 3L4P A; 2KVC A; 4CF3 A; 3MR6 A; 2CN1 A; 2C22 A; 1UHU A; 2MU2 A; 2ZJ8 A; 4NLN A; 1FEZ A; 1M6Y A; 4R63 A; 4Q43 A; 1T7P A; 4PH5 A; 4DQR A; 3RB4 A; 5AKG A; 2HBM A; 2E1E A; 4F4X A; 4DSK A; 3DEE A; 5AK3 A; 5ALL A; 4Y2Q A; 4ZH4 A; 4J9N A; 3K1Z A; 4AP9 A; 3TQ1 A; 1ZQK A; 1RYU A; 7ICI A; 4ECQ A; 2Y1J A; 1MQ3 A; 4OJO A; 4R65 A; 4DL7 A; 3V6H A; 1SGG A; 5ALG A; 4IRC A; 2K8A A; 3QU9 A; 4GC7 A; 3AEV A; 4QZG A; 5AKI A; 2JRZ A; 3ZI4 A; 1RZT A; 4RQN A; 5BPC A; 4TUR A; 8ICQ A; 1NJX A; 4HAI A; 4ELV A; 2LM1 A; 4R64 A; 3QZ7 A; 5J8Y C; 1X9S A; 5KFK A; 4EX7 A; 5L1J A; 2PMZ C; 1N60 A; 4J03 A; 5ALI A; 5ALW A; 5EWF A; 5FP0 A; 4F2S A; 4RQ6 A; 1RDF A; 1HUO A; 3ISD A; 3IDW A; 4NXZ A; 5C5J A; 7ICN A; 3AM9 A; 3CP8 A; 3HJE A; 3TFR A; 1XSP A; 3NS1 A; 1YZ6 A; 2FLN A; 3BQ2 A; 4QNL A; 3SV3 A; 7ICT A; 5HR7 A; 3WK8 A; 2EAN A; 2OM6 A; 1N5X A; 2DFL A; 2XY7 A; 1MC8 A; 5AM1 A; 2HHU A; 2W55 A; 2MSN A; 5KFQ A; 5AIA A; 5KFZ A; 1ZQC A; 1Q3U A; 4J9P A; 1XSL A; 1NK0 A; 4UQG A; 4QZD A; 3RJJ A; 3M6K A; 2YQE A; 5AI5 A; 4ECV A; 2B0C A; 3B0X A; 2VAN A; 4USA A; 4KLL A; 2F8K A; 1SB3 C; 1KFT A; 4C4S A; 2A1A A; 1RQN A; 5EE3 A; 5AM0 A; 1SKS A; 4CRX A; 1PVQ A; 3T3F A; 9ICH A; 1ZD3 A; 4GXK A; 1ZQG A; 2AQ4 A; 4DFD A; 2KJ8 A; 4RQ7 A; 1SXE A; 4QW8 A; 5AM5 A; 5JRT A; 5J0Q A; 1ZQL A; 2R8J A; 2K4P A; 3LWL A; 3O0F A; 2EH9 A; 5IIL A; 3JPN A; 4LZG A; 3RB6 A; 4RU9 A; 2C2E A; 3BZK A; 3SI8 A; 4KX5 A; 2FE9 A; 4G9B A; 2BPG A; 3KTQ A; 5CRX A; 3MGH A; 3ICX A; 2YMQ A; 5L1L A; 3E2E A; 2W03 A; 1PVR A; 4I29 A; 2F44 A; 4NWI A; 2DPI A; 1S8O A; 1F44 A; 1Z19 A; 4M9N A; 3VC8 A; 3NVZ A; 4P4P A; 1WWV A; 4QWD A; 4MF8 A; 4PL2 A; 2FMQ A; 3ZDB A; 5KFY A; 5J0T A; 8ICK A; 3WKA A; 5DG8 A; 1VLB A; 3NRW A; 3A0H U; 4M6W A; 3GII A; 1L8O A; 1ZQJ A; 3T5J A; 2CPR A; 1A77 A; 1ZQY A; 1SZH A; 2AH5 A; 3T5H A; 2NV3 A; 1JI7 A; 5F9L A; 1L5U A; 2I6X A; 3H0M B; 4Q8F A; 3V7K A; 5EE1 A; 3NVV A; 3TAQ A; 5J2I A; 5KFI A; 2KIW A; 4M9L A; 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5BOM A; 1L7M A; 8ICI A; 1IXR A; 1JRO A; 5KFD A; 4EBE A; 4KLO A; 1OUQ A; 1WG8 A; 2F2A B; 1ZQD A; 3T5L A; 4C7Z A; 2XY6 A; 1VJ5 A; 4ACO A; 4DQS A; 2KIC A; 4Y2Y A; 4YFK A; 1S9F A; 1S0M A; 2AXT U; 2G09 A; 4QW9 A; 5KFA A; 1FFV A; 2DQN B; 4BWM A; 1L7O A; 2BZF A; 5DBC A; 4MFA A; 1ECW A; 3IN5 A; 2MA1 A; 5L1M A; 4GXJ A; 5CP2 A; 4B9V A; 5L1K A; 2KZZ A; 2Q0Z X; 2IBK A; 1ZQX A; 2N1R A; 3RAX A; 7ICL A; 5ALS A; 4DQP A; 2VIX A; 2H3I A; 4F5P A; 3NVY A; 2DF4 B; 5IIM A; 2YN4 A; 5KG7 A; 2F3N A; 2XIC A; 4ECW A; 2H3Q A; 5AKJ A; 3RJI A; 2W9M A; 8ICX A; 4DEZ A; 5ALX A; 3HP6 A; 5DLG A; 2E8P A; 4YR0 A; 5CA7 A; 4KLI A; 3RJF A; 1SWW A; 1ZQS A; 1WCL A; 3PO4 A; 2F76 X; 2XY5 A; 4RQ8 A; 1XU4 A; 5D46 A; 4GC6 A; 1Q46 A; 4DOC A; 4UAU A; 4I2G A; 3SEI A; 3H8W A; 1ZQW A; 2K4E A; 4RQ0 A; 2FPM A; 5AIC A; 4C80 A; 2MAX A; 4Q8E A; 5DGA A; 1SV0 A; 3LDA A; 3GU3 A; 4NLK A; 3KOO A; 5JUM A; 5HP4 A; 3TI0 A; 2YTU A; 7ICR A; 4DL4 A; 5C0Y A; 4BXO B; 4O3R A; 4P4M A; 5TIS U; 1L7P A; 1Z4N A; 5DG7 A; 5J2J A; 4ICA A; 2ZIV A; 3AQE A; 3JPR A; 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