The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
97
|
structure length |
97
|
Chain Sequence |
GSSGSSGMLSARTMKEVVYWSPKKVADWLLENAMPEYCEPLEHFTGQDLINLTQEDFKKPPLYRVSSDNGQRLLDMIETLKMEHHMEAHKNSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the sam-domain of mouse phosphatidyl ceramidecholinephosphotransferase 1
rcsb |
| molecule keywords |
Phosphatidylcholine:ceramide cholinephosphotransferase 1
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Mus musculus
|
| total genus |
11
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| structure length |
97
|
| sequence length |
97
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.8.27: Sphingomyelin synthase. |
| pdb deposition date | 2005-12-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Transcription Factor, Ets-1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5JU5 A; 2L5Y A; 2QB1 A; 1PK3 A; 2B6G A; 2Y9U A; 1OXJ A; 2QKQ A; 3TAD A; 1DXS A; 1UCV A; 2EAO A; 1SV0 C; 1SGG A; 1SV0 A; 1LKY B; 1UQV A; 3SEI A; 2QAR B; 1JI7 A; 1WWU A; 2JV3 A; 2E8O A; 3BS5 B; 3KKA C; 1Z1V A; 2E8P A; 5J8Y C; 4RQM A; 5KNI A; 2F8K A; 1X40 A; 1RG6 A; 1PK1 B; 1B4F A; 1V85 A; 4PZN A; 5L1M A; 2K60 A; 2QB0 B; 1X66 A; 4NL9 A; 2D8C A; 1F0M A; 2KSO B; 4NJ8 A; 3TAC B; 5JTI A; 2QAR A; 2K4P A; 1SV4 A; 4RQN A; 2E8M A; 2DKZ A; 2ES6 A; 3SEN A; 3KKA A; 2E8N A; 2KG5 A; 2DKX A; 5J8Y A; 3HIL A; 2KIV A; 2KMD A; 3K1R B; 5F3X B; 3BS7 A; 1KW4 A; 1X9X A; 2EAP A; 2D3D A; 5JRT A; 1SXE A; 2KE7 A; 4IS7 A; 1V38 A; 2YTU A; 1LKY A; 2DL0 A; 2GLE A; 3BQ7 A; 2EAN A; 4NL9 C; 1OW5 A; 3BS5 A; 1COK A; 1SXD A; 4PZO A; 1B0X A; 1WWV A; 1PK1 A; 2LPE A; 2ESE A; 2LMR A; 2FE9 A; 3H8M A; 3TAD C; 2QB0 A; 2EAM A; 2F44 A; 2KSO A; 4MHV A; 2Y9T A; 2F3N A; 3IDW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RJI A; 2EZX A; 2JZB A; 1X42 A; 1JIH A; 4ECY A; 1L3U A; 1Z1B A; 1PK3 A; 2GOL A; 2JEJ A; 2WFA A; 4C80 A; 2H3V A; 3JPQ A; 5J0Y A; 1Z3E B; 4NY8 A; 5ALE A; 5AKZ A; 1LKY B; 5KT3 A; 2FLL A; 3WK9 A; 4USA A; 1JI7 A; 2JV3 A; 4KLT A; 5T14 A; 2G5H B; 5J0R A; 3MGH A; 4QWA A; 4F4Z A; 1N5X A; 3QZ7 A; 1COO A; 3NAS A; 3QU9 A; 1MC8 A; 1J2M A; 2BCR A; 4PZN A; 4DL6 A; 4F8R A; 2HHT A; 4M6W B; 4O5K A; 1OUQ A; 3SYZ A; 1NJX A; 2K60 A; 3ZD9 A; 5KFW A; 5L1I A; 4ED1 A; 4UB1 A; 3V7L A; 4PJ0 U; 2MAX A; 2XI9 A; 2ZIU B; 5KFR A; 4G9B A; 2ASL A; 3B0Y A; 3KKA A; 2BKE A; 2KMD A; 4CNQ A; 3A0H U; 3M8R A; 1SXE A; 4P2H A; 7ICG A; 4FS2 A; 1SL2 A; 4KN7 A; 2P35 A; 2A1J B; 4YFK A; 2BQR A; 1KBU A; 3GV7 B; 5AIB A; 7ICR A; 2BPC A; 1RDF A; 1Z00 A; 2M0N A; 9ICO A; 3BQ1 A; 1N2X A; 3PSF A; 1C20 A; 4JB3 A; 1TAQ A; 4J9K A; 3OTQ A; 3N97 B; 2ODG A; 1J2N A; 3AMZ A; 4O3M A; 2LYA A; 1URJ A; 5KFO A; 4NLN A; 4OO1 J; 9ICM A; 4QZH A; 2W3S A; 3MFH A; 3UXP A; 3WKC A; 3UQ2 A; 2W8L A; 5KFX A; 1ZQU A; 4OCZ A; 1HUO A; 4DLE A; 3JPS A; 2QB1 A; 4QW8 A; 1XNS A; 5KFG A; 1ZET A; 3BQ0 A; 3C23 A; 1T3Q A; 3BZC A; 5DBC A; 2NO5 A; 4DFJ A; 4KX5 A; 2FMP A; 2RHF A; 4AP9 A; 3CYM A; 1M6Y A; 5J0U A; 8ICT A; 7ICS A; 3GU3 A; 3NUQ A; 3ZDE A; 4YP3 A; 3FDS A; 3HW8 A; 5AK4 A; 4F93 B; 2ZUB A; 2BPG A; 1SWV A; 2YN4 A; 3UXO A; 4FFD A; 4UAV A; 2V4R A; 1QTM A; 1K5O A; 5H2F U; 3JPP A; 1JX4 A; 4ED8 A; 2Z7J A; 2DKZ A; 4DF8 A; 4Z6D A; 5DLG A; 5EWF A; 1A0P A; 3JPT A; 3BDP A; 4B9S A; 3NVZ A; 4DLG A; 1YZ7 A; 1XS9 D; 3NGD A; 1Z19 A; 2LYH A; 2ZIW B; 4C4S A; 2R8I A; 4M9N A; 1JRP A; 4F5O A; 1DK2 A; 5C0Y A; 3DEE A; 9ICF A; 3T5K A; 5HP4 A; 7ICO A; 4NLG A; 4PHA A; 4Y2J A; 4QZG A; 4O3Q A; 1D8L A; 2DPJ A; 2UVV A; 3TFS A; 3MR2 A; 4UB6 U; 1QSS A; 2KNJ A; 1S0M A; 3IDW A; 4Q44 A; 1TV9 A; 2OEH A; 4C7Z A; 3RJJ A; 4R63 A; 2HHU A; 2WB1 C; 1F44 A; 4I2H A; 4UAR A; 3QXG A; 4FZN A; 9ICU A; 2WAQ C; 2R8G A; 5AI9 A; 2A1A A; 2QKQ A; 9ICW A; 3GV5 B; 2KJ8 A; 5F9N A; 2DWQ A; 4QZF A; 1DXS A; 1T8E A; 2KIW A; 4C8M A; 4KLG A; 3C1Y A; 4FS1 A; 2WAQ F; 3TAN A; 4DSJ A; 1WWU A; 3E0F A; 3PW2 A; 1JXE A; 1S0V A; 3KKA C; 3MR6 A; 4E0D A; 4DEZ A; 2W9A A; 1U49 A; 2PXI A; 1X9S A; 2AQ0 A; 3GFK B; 1WCL A; 5AKG A; 4NV0 A; 1L7P A; 8ICB A; 2HBJ A; 3B9J A; 3RH5 A; 2ATL A; 4QZB A; 5ALL A; 4YR3 A; 3OJS A; 1ZQP A; 3G6Y A; 3ISC A; 5DG7 A; 3RB6 A; 8ICY A; 5FP0 A; 2Y0S C; 3HT3 A; 3TQ1 A; 1N62 A; 1NOM A; 5ALV A; 5KFM A; 4FZL A; 2ZJ8 A; 2KEY A; 4OJ6 A; 4UBB A; 5AM4 A; 2YQE A; 5GTI U; 4BDP A; 2G0A A; 5ALH A; 3EZ5 A; 1WYG A; 4UBC A; 1VDV A; 1A6S A; 1SL1 A; 2YX8 A; 2OM6 A; 4NLB A; 4NWI A; 3RFA A; 3EYZ A; 2LPE A; 2KZZ A; 4TQS A; 4Y2X A; 1N63 A; 4QW9 A; 3EPI A; 4YD1 A; 1XC9 A; 2KV2 A; 3PZP A; 3UMB A; 1SZP A; 1S9F A; 4ECU A; 2R8K A; 2W9C A; 4Y2U A; 4B6J A; 2JRZ A; 5KG5 A; 5AM3 A; 2MUT B; 4ELU A; 4EX7 A; 1AQ6 A; 3SV4 A; 5KFB A; 1N56 A; 1IV8 A; 4R65 A; 2F2A B; 3LVW A; 5ALT A; 2VKQ A; 2NRW A; 5ALN A; 4X5V A; 1SV0 A; 4DQI A; 2ZTC A; 2BDU A; 1L3V A; 1HUZ A; 4O0I A; 3PW7 A; 2KVS A; 1S97 A; 3IG8 A; 1GO3 F; 2XY5 A; 1EXN A; 4K4I A; 2K4I A; 1SKW A; 2JEF A; 2BCV A; 4BWM A; 7ICT A; 5B5E U; 3MGI A; 5DB7 A; 1U4B A; 4HAI A; 3SD7 A; 2KSO B; 4KLH A; 4A8E A; 4J9N A; 4NLZ A; 4IRK A; 1ED1 A; 5KFJ A; 3RBE A; 3PR5 B; 3V7J A; 2KG5 A; 5IIN A; 1V9P A; 3LDA A; 4UAZ A; 3CP8 A; 4YR0 A; 2KFN A; 1NK9 A; 4KLD A; 2IHM A; 3AU2 A; 2FJ6 A; 2FLP A; 1FIQ A; 5DQG A; 1V38 A; 2VA3 A; 1ZJM A; 4R8U B; 3BQ7 A; 5IIM A; 4RPZ A; 4KTQ A; 4IQT A; 5ALF A; 4P0Q A; 3T5L A; 2WHE A; 4PGX A; 5ALQ A; 4F4K A; 3SQI A; 5J2J A; 5L9X A; 2ZUD A; 5CRX A; 5J0Q A; 3H8M A; 5KT6 A; 4QWC A; 3KZX A; 5KG6 A; 3BQ2 A; 2GWS A; 2Q4T A; 2F44 A; 4MHV A; 4IQV A; 5KFC A; 1LV5 A; 4KMO B; 1BPB A; 1UHU A; 5ALY A; 2NRT A; 1JAL A; 1L5U A; 4RQ1 A; 4QJF B; 4QIW C; 2HW3 A; 7ICE A; 2ZTE A; 4B9T A; 2CRX A; 1DK3 A; 1DGJ A; 2FI1 A; 3I76 A; 2WF9 A; 4M9J A; 5DB8 A; 1JN3 A; 5HNK A; 1RXW A; 3M6K A; 5AKX A; 3RB0 A; 2E8P A; 3C5F A; 3ED5 A; 4RQM A; 1J97 A; 2MU2 A; 4F5P A; 5DBB A; 3CNH A; 2H3I A; 5J29 A; 3TAR A; 3H4B A; 2PFP A; 4RQ0 A; 4DFP A; 5KFU A; 9ICH A; 3PVX A; 2KJ5 A; 2A3V A; 1X66 A; 3D2N A; 2HHW A; 4UB2 A; 4ECW A; 2K8B B; 1SV4 A; 2HHS A; 2XIC A; 1VJ5 A; 4PGQ A; 1F5S A; 2IOF K; 5EWE A; 5J0P A; 4OJP A; 3RH6 A; 4KLQ A; 1ZQM A; 5G5G A; 1KW4 A; 1ZQQ A; 4GXJ A; 1ZJN A; 4JV2 A; 7ICL A; 5BOL A; 4F3O A; 3HRD D; 8ICP A; 2LM1 A; 2ZIU A; 9ICA A; 4JV0 A; 3LVV A; 4ICA A; 5AM2 A; 3RJE A; 3PY8 A; 1RYS A; 5J2K A; 2EQY A; 3AUO A; 2VJ5 A; 4CF3 A; 4IRC A; 1D8B A; 5HR6 A; 2F1I A; 2KIC A; 2F8L A; 4IQW A; 5ALI A; 2W7O A; 1NZB A; 2H3F A; 1XSP A; 1CRX A; 1V97 A; 3EUB 2; 4I28 A; 1HJP A; 4LZG A; 4YG2 A; 4Y2S A; 2EH9 A; 3RH4 A; 5KG1 A; 2W3R A; 3PX0 A; 3PSI A; 1L7M A; 3V6J A; 1ZQT A; 5ALU A; 4O5E A; 3IHQ B; 3EWA A; 3BS5 B; 4OJL A; 3LWM A; 5D4B A; 2F8K A; 4QWD A; 1PK1 B; 4YVZ A; 4O3N A; 3RAX A; 1ZQS A; 1B4F A; 1TK0 A; 2FPM A; 1YZ6 A; 4Q45 A; 5KFK A; 3GV8 B; 2ZIV A; 4RUC A; 3QUB A; 3V72 A; 1L6N A; 2F76 X; 4J9P A; 4M47 A; 3H0M B; 4HYK A; 3PW4 A; 5J2E A; 1IIP A; 1QCK A; 4UAU A; 3Q8M A; 4ED2 A; 4MF2 A; 2VA8 A; 5AI4 A; 8ICF A; 5KL1 B; 2FMS A; 3PO5 A; 3AM9 A; 4J9L A; 4C4T A; 4ZOH C; 2AHO B; 3C2L A; 4P4O A; 2NRX A; 4KLE A; 3I28 A; 4NXZ A; 4QZE A; 1KQQ A; 5EWG A; 2G09 A; 1MA7 A; 1RYU A; 4PZO A; 4ECR A; 1NK4 A; 1D8Y A; 1SZH A; 2JH7 A; 3FC4 A; 2JEG A; 3RF9 A; 1QSL A; 5AK3 A; 3RR8 A; 4I2J A; 3EW9 A; 4DSK A; 1L7N A; 2VIX A; 9ICX A; 3RTV A; 5DGB A; 2KFZ A; 2KZ3 A; 1LVH A; 3H4D A; 5ALP A; 4F5R A; 2CPR A; 4Z6E A; 4DWI A; 2KZM A; 9ICT A; 1O08 A; 7ICU A; 5DG9 A; 3QE9 Y; 2HOI A; 4I2B A; 3RRG A; 3IRU A; 4QWB A; 4UB3 A; 3SAH A; 3L4P A; 5E79 U; 3QUC A; 4J9S A; 4RQ3 A; 2HOQ A; 3HWT A; 8ICX A; 1RG6 A; 2KVC A; 3S6J A; 2KKP A; 7ICQ A; 5J2G A; 1NKC A; 4I2A A; 8ICW A; 2EZY A; 1MQ2 A; 8ICK A; 3M9M B; 3N4M B; 4DFM A; 4O5C A; 2QB0 B; 3BJY A; 1RM6 C; 4FO6 A; 9ICV A; 2G5I B; 5JTI A; 4YCX A; 1ZQE A; 5J2I A; 3EPG A; 5B66 U; 5AKK A; 1BNO A; 4QZ9 A; 4QZ8 A; 4MEX A; 1DRG A; 4YN4 A; 2W9B B; 2KIV A; 2BCS A; 1PUZ A; 1X9X A; 5JRT A; 1ZD5 A; 3MDA A; 2LYB A; 4DSF A; 8ICJ A; 5TZV A; 1K1S A; 2XY7 A; 1L7O A; 4M04 A; 2W8K A; 2MRL A; 2JR5 A; 1ZD4 A; 4CF4 A; 2H3Z A; 1B22 A; 3OGU A; 2M9N A; 2ZG6 A; 4F2R A; 4NM1 A; 4MF8 A; 4MEY A; 2XVT A; 3C2M A; 5KFY A; 4R64 A; 3HX0 A; 4JK1 A; 9ICI A; 4ECQ A; 5L1K A; 2E3T A; 2EAM A; 2RDI A; 4RPY A; 1FFU A; 4EYI B; 9ICJ A; 3F2D A; 1ZQN A; 5DLF A; 4O3P A; 4FBU A; 5AKJ A; 2NV3 A; 3N7R C; 3U26 A; 1ZD3 A; 4O3O A; 2W9M A; 2YY6 A; 3KHG A; 2AH5 A; 1WCN A; 3K1Z A; 2PI4 A; 4US9 A; 2F1J A; 3ICX A; 3IG5 A; 3M1Y A; 1RZT A; 3HP6 A; 5KFT A; 2E8O A; 2HDO A; 5EE9 A; 1Z00 B; 4DQQ A; 1Z1V A; 4B9V A; 5A0L A; 3H40 A; 2C2E A; 5AIA A; 5KG0 A; 2C22 A; 3H0L B; 2XCP A; 3UMG A; 1NKE A; 7ICM A; 4F5N A; 2XY6 A; 2YMQ A; 1Q3U A; 4Q8F A; 4I2C A; 4DL2 A; 1N61 A; 3KBB A; 1RQL A; 1MQ3 A; 3D2S A; 3DDH A; 2C28 A; 3Q8K A; 4ED3 A; 4DFK A; 4C4R A; 4GC7 A; 8ICO A; 1XSL A; 5K4L A; 2CN1 A; 2FPK A; 5ALM A; 5DQH A; 2EAP A; 5KFP A; 3QEA Z; 1X2I A; 3ISB A; 2KE7 A; 3UQ0 A; 3HPO A; 5KFA A; 3VC8 A; 3OJU A; 3IM1 A; 4TUQ A; 4ZH4 A; 2ISO A; 4DQP A; 9ICB A; 1WWV A; 4P4P A; 3D6J A; 9ICC A; 2JHD A; 2H3Q A; 4U7C A; 4EZ6 A; 9ICS A; 3C29 A; 3T79 A; 2XID A; 3M8S A; 9ICR A; 2G07 A; 4DCC A; 4YMM A; 2KP7 A; 4R8U A; 3MC1 A; 1BPZ A; 5JU5 A; 4LZD A; 2DFL A; 5J2B A; 2UVR A; 5AIC A; 2ZUC A; 2PMZ F; 4LVS A; 5AKL A; 4GIB A; 4NLK A; 1D9F A; 2JGA A; 3J81 j; 1TVA A; 1X9W A; 3I1Y A; 3A0B U; 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3AQE A; 2LM4 A; 3ALR A; 1U47 A; 3WKB A; 5ALD A; 2VAN A; 1S10 A; 3ONN A; 1KFS A; 2DQN B; 5AHX A; 4P0P A; 2DUY A; 2W9C B; 5DDY A; 2E8M A; 1ZQW A; 2BR0 A; 2FLN A; 1UT5 A; 1SKS A; 3PNC A; 1B43 A; 5HMM A; 2G08 A; 3KD3 A; 4J9R A; 2E1E A; 4MFC A; 2JEI A; 1BNP A; 3QUT A; 1ZQI A; 1BPX A; 2R8J A; 4IR9 A; 4F71 A; 5DBA A; 4ELT A; 3MR3 A; 1DGS A; 4WJ3 B; 1L8O A; 8ICH A; 1LKY A; 2EAN A; 5KAI U; 3UPQ A; 4RQ6 A; 5KT2 A; 4ECZ A; 1KLN A; 4M9L A; 4K4H A; 1CUK A; 2O6K A; 4KX3 A; 3QZ8 A; 3FAH A; 4J9Q A; 3DV9 A; 7ICF A; 3TI0 A; 2CXY A; 4C0Z A; 5AKI A; 2WF6 A; 1ZQL A; 3WKA A; 3QU5 A; 3KHL A; 4M6W A; 2HBM A; 4GXI A; 4YMO A; 1FFV A; 1IXR A; 1HEK A; 3WKD A; 3H0R B; 1KRP A; 2W04 A; 3H8S A; 5KT7 A; 1TAM A; 3M6Z A; 2IHN A; 2W54 A; 5CA7 A; 2HHV A; 4QZA A; 4TQR A; 3UXN A; 3WK8 A; 1RXV A; 5L1J A; 1JUD A; 1Y88 A; 2HBL A; 4G3I A; 3IP4 B; 4J03 A; 3PST A; 1SV0 C; 2A1J A; 3QU7 A; 4RQ4 A; 1ZQO A; 4P0Q B; 3IV6 A; 1CEZ A; 5KFF A; 4RZR A; 4YR2 A; 3F2C A; 1PVR A; 1U9L A; 5HHI A; 4KLO A; 4KLM A; 4IR1 A; 2HSZ A; 2C2R A; 5AM1 A; 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